TPC/AliTPCclustererMI.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-------------------------------------------------------
  19 //          Implementation of the TPC clusterer
  20 //
  21 //   Origin: Marian Ivanov
  22 //-------------------------------------------------------
  23
  24 #include "AliTPCclustererMI.h"
  25 #include "AliTPCclusterMI.h"
  26 #include <TObjArray.h>
  27 #include <TFile.h>
  28 #include "AliTPCClustersArray.h"
  29 #include "AliTPCClustersRow.h"
  30 #include "AliTPCRawStream.h"
  31 #include "AliDigits.h"
  32 #include "AliSimDigits.h"
  33 #include "AliTPCParam.h"
  34 #include "AliRawReader.h"
  35 #include "AliTPCRawStream.h"
  36 #include "AliRunLoader.h"
  37 #include "AliLoader.h"
  38 #include "Riostream.h"
  39 #include <TTree.h>
  40
  41 ClassImp(AliTPCclustererMI)
  42
  43
  44
  45 AliTPCclustererMI::AliTPCclustererMI(const AliTPCParam* par)
  46 {
  47   fInput =0;
  48   fOutput=0;
  49   fParam = par;
  50 }
  51 void AliTPCclustererMI::SetInput(TTree * tree)
  52 {
  53   //
  54   // set input tree with digits
  55   //
  56   fInput = tree;
  57   if  (!fInput->GetBranch("Segment")){
  58     cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): no porper input tree !\n";
  59     fInput=0;
  60     return;
  61   }
  62 }
  63
  64 void AliTPCclustererMI::SetOutput(TTree * tree)
  65 {
  66   //
  67   //
  68   fOutput= tree;
  69   AliTPCClustersRow clrow;
  70   AliTPCClustersRow *pclrow=&clrow;
  71   clrow.SetClass("AliTPCclusterMI");
  72   clrow.SetArray(1); // to make Clones array
  73   fOutput->Branch("Segment","AliTPCClustersRow",&pclrow,32000,200);
  74 }
  75
  76
  77 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaY2(Int_t iz){
  78   // sigma y2 = in digits  - we don't know the angle
  79   Float_t z = iz*fParam->GetZWidth();
  80   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/
  81     (fPadWidth*fPadWidth);
  82   Float_t sres = 0.25;
  83   Float_t res = sd2+sres;
  84   return res;
  85 }
  86
  87
  88 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaZ2(Int_t iz){
  89   //sigma z2 = in digits - angle estimated supposing vertex constraint
  90   Float_t z = iz*fZWidth;
  91   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/(fZWidth*fZWidth);
  92   Float_t angular = fPadLength*(fParam->GetZLength()-z)/(fRx*fZWidth);
  93   angular*=angular;
  94   angular/=12.;
  95   Float_t sres = fParam->GetZSigma()/fZWidth;
  96   sres *=sres;
  97   Float_t res = angular +sd2+sres;
  98   return res;
  99 }
 100
 101 void AliTPCclustererMI::MakeCluster(Int_t k,Int_t max,Int_t *bins, UInt_t /*m*/,
 102 AliTPCclusterMI &c)
 103 {
 104   Int_t i0=k/max;  //central pad
 105   Int_t j0=k%max;  //central time bin
 106
 107   // set pointers to data
 108   //Int_t dummy[5] ={0,0,0,0,0};
 109   Int_t * matrix[5]; //5x5 matrix with digits  - indexing i = 0 ..4  j = -2..2
 110   Int_t * resmatrix[5];
 111   for (Int_t di=-2;di<=2;di++){
 112     matrix[di+2]  =  &bins[k+di*max];
 113     resmatrix[di+2]  =  &fResBins[k+di*max];
 114   }
 115   //build matrix with virtual charge
 116   Float_t sigmay2= GetSigmaY2(j0);
 117   Float_t sigmaz2= GetSigmaZ2(j0);
 118
 119   Float_t vmatrix[5][5];
 120   vmatrix[2][2] = matrix[2][0];
 121   c.SetType(0);
 122   c.SetMax(Short_t(vmatrix[2][2])); // write maximal amplitude
 123   for (Int_t di =-1;di <=1;di++)
 124     for (Int_t dj =-1;dj <=1;dj++){
 125       Float_t amp = matrix[di+2][dj];
 126       if ( (amp<2) && (fLoop<2)){
 127         // if under threshold  - calculate virtual charge
 128         Float_t ratio = TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(di)/sigmay2)*TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(dj)/sigmaz2);
 129         amp = ((matrix[2][0]-2)*(matrix[2][0]-2)/(matrix[-di+2][-dj]+2))*ratio;
 130         if (amp>2) amp = 2;
 131         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 132         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;
 133         if ( (di*dj)!=0){
 134           //DIAGONAL ELEMENTS
 135           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 136           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 137         }
 138         continue;
 139       }
 140       if (amp<4){
 141         //if small  amplitude - below  2 x threshold  - don't consider other one
 142         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 143         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;  // don't take to the account next bin
 144         if ( (di*dj)!=0){
 145           //DIAGONAL ELEMENTS
 146           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 147           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 148         }
 149         continue;
 150       }
 151       //if bigger then take everything
 152       vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 153       vmatrix[2+2*di][2+2*dj]= matrix[2*di+2][2*dj] ;
 154       if ( (di*dj)!=0){
 155           //DIAGONAL ELEMENTS
 156           vmatrix[2+2*di][2+dj] = matrix[2*di+2][dj];
 157           vmatrix[2+di][2+2*dj] = matrix[2+di][dj*2];
 158         }
 159     }
 160
 161
 162
 163   Float_t sumw=0;
 164   Float_t sumiw=0;
 165   Float_t sumi2w=0;
 166   Float_t sumjw=0;
 167   Float_t sumj2w=0;
 168   //
 169   for (Int_t i=-2;i<=2;i++)
 170     for (Int_t j=-2;j<=2;j++){
 171       Float_t amp = vmatrix[i+2][j+2];
 172
 173       sumw    += amp;
 174       sumiw   += i*amp;
 175       sumi2w  += i*i*amp;
 176       sumjw   += j*amp;
 177       sumj2w  += j*j*amp;
 178     }
 179   //
 180   Float_t meani = sumiw/sumw;
 181   Float_t mi2   = sumi2w/sumw-meani*meani;
 182   Float_t meanj = sumjw/sumw;
 183   Float_t mj2   = sumj2w/sumw-meanj*meanj;
 184   //
 185   Float_t ry = mi2/sigmay2;
 186   Float_t rz = mj2/sigmaz2;
 187
 188   //
 189   if ( ( (ry<0.6) || (rz<0.6) ) && fLoop==2) return;
 190   if ( (ry <1.2) && (rz<1.2) ) {
 191     //if cluster looks like expected
 192     //+1.2 deviation from expected sigma accepted
 193     //    c.fMax = FitMax(vmatrix,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 194
 195     meani +=i0;
 196     meanj +=j0;
 197     //set cluster parameters
 198     c.SetQ(sumw);
 199     c.SetY(meani*fPadWidth);
 200     c.SetZ(meanj*fZWidth);
 201     c.SetSigmaY2(mi2);
 202     c.SetSigmaZ2(mj2);
 203     AddCluster(c);
 204     //remove cluster data from data
 205     for (Int_t di=-2;di<=2;di++)
 206       for (Int_t dj=-2;dj<=2;dj++){
 207         resmatrix[di+2][dj] -= Int_t(vmatrix[di+2][dj+2]);
 208         if (resmatrix[di+2][dj]<0) resmatrix[di+2][dj]=0;
 209       }
 210     resmatrix[2][0] =0;
 211     return;
 212   }
 213   //
 214   //unfolding when neccessary
 215   //
 216
 217   Int_t * matrix2[7]; //7x7 matrix with digits  - indexing i = 0 ..6  j = -3..3
 218   Int_t dummy[7]={0,0,0,0,0,0};
 219   for (Int_t di=-3;di<=3;di++){
 220     matrix2[di+3] =  &bins[k+di*max];
 221     if ((k+di*max)<3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 222     if ((k+di*max)>fMaxBin-3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 223   }
 224   Float_t vmatrix2[5][5];
 225   Float_t sumu;
 226   Float_t overlap;
 227   UnfoldCluster(matrix2,vmatrix2,meani,meanj,sumu,overlap);
 228   //
 229   //  c.fMax = FitMax(vmatrix2,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 230   meani +=i0;
 231   meanj +=j0;
 232   //set cluster parameters
 233   c.SetQ(sumu);
 234   c.SetY(meani*fPadWidth);
 235   c.SetZ(meanj*fZWidth);
 236   c.SetSigmaY2(mi2);
 237   c.SetSigmaZ2(mj2);
 238   c.SetType(Char_t(overlap)+1);
 239   AddCluster(c);
 240
 241   //unfolding 2
 242   meani-=i0;
 243   meanj-=j0;
 244   if (gDebug>4)
 245     printf("%f\t%f\n", vmatrix2[2][2], vmatrix[2][2]);
 246 }
 247
 248
 249
 250 void AliTPCclustererMI::UnfoldCluster(Int_t * matrix2[7], Float_t recmatrix[5][5], Float_t & meani, Float_t & meanj,
 251                                       Float_t & sumu, Float_t & overlap )
 252 {
 253   //
 254   //unfold cluster from input matrix
 255   //data corresponding to cluster writen in recmatrix
 256   //output meani and meanj
 257
 258   //take separatelly y and z
 259
 260   Float_t sum3i[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 261   Float_t sum3j[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 262
 263   for (Int_t k =0;k<7;k++)
 264     for (Int_t l = -1; l<=1;l++){
 265       sum3i[k]+=matrix2[k][l];
 266       sum3j[k]+=matrix2[l+3][k-3];
 267     }
 268   Float_t mratio[3][3]={{1,1,1},{1,1,1},{1,1,1}};
 269   //
 270   //unfold  y
 271   Float_t sum3wi    = 0;  //charge minus overlap
 272   Float_t sum3wio   = 0;  //full charge
 273   Float_t sum3iw    = 0;  //sum for mean value
 274   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 275     sum3wio+=sum3i[dk+3];
 276     if (dk==0){
 277       sum3wi+=sum3i[dk+3];
 278     }
 279     else{
 280       Float_t ratio =1;
 281       if (  ( ((sum3i[dk+3]+3)/(sum3i[3]-3))+1 < (sum3i[2*dk+3]-3)/(sum3i[dk+3]+3))||
 282            sum3i[dk+3]<=sum3i[2*dk+3] && sum3i[dk+3]>2 ){
 283         Float_t xm2 = sum3i[-dk+3];
 284         Float_t xm1 = sum3i[+3];
 285         Float_t x1  = sum3i[2*dk+3];
 286         Float_t x2  = sum3i[3*dk+3];
 287         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 288         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 289         ratio = w11/(w11+w12);
 290         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 291           mratio[dk+1][dl+1] *= ratio;
 292       }
 293       Float_t amp = sum3i[dk+3]*ratio;
 294       sum3wi+=amp;
 295       sum3iw+= dk*amp;
 296     }
 297   }
 298   meani = sum3iw/sum3wi;
 299   Float_t overlapi = (sum3wio-sum3wi)/sum3wio;
 300
 301
 302
 303   //unfold  z
 304   Float_t sum3wj    = 0;  //charge minus overlap
 305   Float_t sum3wjo   = 0;  //full charge
 306   Float_t sum3jw    = 0;  //sum for mean value
 307   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 308     sum3wjo+=sum3j[dk+3];
 309     if (dk==0){
 310       sum3wj+=sum3j[dk+3];
 311     }
 312     else{
 313       Float_t ratio =1;
 314       if ( ( ((sum3j[dk+3]+3)/(sum3j[3]-3))+1 < (sum3j[2*dk+3]-3)/(sum3j[dk+3]+3)) ||
 315            (sum3j[dk+3]<=sum3j[2*dk+3] && sum3j[dk+3]>2)){
 316         Float_t xm2 = sum3j[-dk+3];
 317         Float_t xm1 = sum3j[+3];
 318         Float_t x1  = sum3j[2*dk+3];
 319         Float_t x2  = sum3j[3*dk+3];
 320         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 321         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 322         ratio = w11/(w11+w12);
 323         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 324           mratio[dl+1][dk+1] *= ratio;
 325       }
 326       Float_t amp = sum3j[dk+3]*ratio;
 327       sum3wj+=amp;
 328       sum3jw+= dk*amp;
 329     }
 330   }
 331   meanj = sum3jw/sum3wj;
 332   Float_t overlapj = (sum3wjo-sum3wj)/sum3wjo;
 333   overlap = Int_t(100*TMath::Max(overlapi,overlapj)+3);
 334   sumu = (sum3wj+sum3wi)/2.;
 335
 336   if (overlap ==3) {
 337     //if not overlap detected remove everything
 338     for (Int_t di =-2; di<=2;di++)
 339       for (Int_t dj =-2; dj<=2;dj++){
 340         recmatrix[di+2][dj+2] = matrix2[3+di][dj];
 341       }
 342   }
 343   else{
 344     for (Int_t di =-1; di<=1;di++)
 345       for (Int_t dj =-1; dj<=1;dj++){
 346         Float_t ratio =1;
 347         if (mratio[di+1][dj+1]==1){
 348           recmatrix[di+2][dj+2]     = matrix2[3+di][dj];
 349           if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 350             recmatrix[2*di+2][dj+2] = matrix2[3+2*di][dj];
 351             recmatrix[di+2][2*dj+2] = matrix2[3+di][2*dj];
 352           }
 353           recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = matrix2[3+2*di][2*dj];
 354         }
 355         else
 356           {
 357             //if we have overlap in direction
 358             recmatrix[di+2][dj+2] = mratio[di+1][dj+1]* matrix2[3+di][dj];
 359             if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 360               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+0*di][1*dj]+1)),(Float_t)1.);
 361               recmatrix[2*di+2][dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 362               //
 363               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+1*di][0*dj]+1)),(Float_t)1.);
 364               recmatrix[di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 365             }
 366             else{
 367               ratio =  recmatrix[di+2][dj+2]/matrix2[3][0];
 368               recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 369             }
 370           }
 371       }
 372   }
 373   if (gDebug>4)
 374     printf("%f\n", recmatrix[2][2]);
 375
 376 }
 377
 378 Float_t AliTPCclustererMI::FitMax(Float_t vmatrix[5][5], Float_t y, Float_t z, Float_t sigmay, Float_t sigmaz)
 379 {
 380   //
 381   // estimate max
 382   Float_t sumteor= 0;
 383   Float_t sumamp = 0;
 384
 385   for (Int_t di = -1;di<=1;di++)
 386     for (Int_t dj = -1;dj<=1;dj++){
 387       if (vmatrix[2+di][2+dj]>2){
 388         Float_t teor = TMath::Gaus(di,y,sigmay*1.2)*TMath::Gaus(dj,z,sigmaz*1.2);
 389         sumteor += teor*vmatrix[2+di][2+dj];
 390         sumamp  += vmatrix[2+di][2+dj]*vmatrix[2+di][2+dj];
 391       }
 392     }
 393   Float_t max = sumamp/sumteor;
 394   return max;
 395 }
 396
 397 void AliTPCclustererMI::AddCluster(AliTPCclusterMI &c){
 398   //
 399   // transform cluster to the global coordinata
 400   // add the cluster to the array
 401   //
 402   Float_t meani = c.GetY()/fPadWidth;
 403   Float_t meanj = c.GetZ()/fZWidth;
 404
 405   Int_t ki = TMath::Nint(meani-3);
 406   if (ki<0) ki=0;
 407   if (ki>=fMaxPad) ki = fMaxPad-1;
 408   Int_t kj = TMath::Nint(meanj-3);
 409   if (kj<0) kj=0;
 410   if (kj>=fMaxTime-3) kj=fMaxTime-4;
 411   // ki and kj shifted to "real" coordinata
 412   if (fRowDig) {
 413     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,0)-2,0);
 414     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,1)-2,1);
 415     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,2)-2,2);
 416   }
 417
 418
 419   Float_t s2 = c.GetSigmaY2();
 420   Float_t w=fParam->GetPadPitchWidth(fSector);
 421
 422   c.SetSigmaY2(s2*w*w);
 423   s2 = c.GetSigmaZ2();
 424   w=fZWidth;
 425   c.SetSigmaZ2(s2*w*w);
 426   c.SetY((meani - 2.5 - 0.5*fMaxPad)*fParam->GetPadPitchWidth(fSector));
 427   c.SetZ(fZWidth*(meanj-3));
 428   c.SetZ(c.GetZ()   - 3.*fParam->GetZSigma()); // PASA delay
 429   c.SetZ(fSign*(fParam->GetZLength() - c.GetZ()));
 430
 431   if (ki<=1 || ki>=fMaxPad-1 || kj==1 || kj==fMaxTime-2) {
 432     //c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()*25.);
 433     //c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()*4.);
 434     c.SetType(-(c.GetType()+3));  //edge clusters
 435   }
 436   if (fLoop==2) c.SetType(100);
 437
 438   TClonesArray * arr = fRowCl->GetArray();
 439   // AliTPCclusterMI * cl =
 440   new ((*arr)[fNcluster]) AliTPCclusterMI(c);
 441
 442   fNcluster++;
 443 }
 444
 445
 446 //_____________________________________________________________________________
 447 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters()
 448 {
 449   //-----------------------------------------------------------------
 450   // This is a simple cluster finder.
 451   //-----------------------------------------------------------------
 452
 453   if (!fInput) {
 454     Error("Digits2Clusters", "input tree not initialised");
 455     return;
 456   }
 457
 458   if (!fOutput) {
 459     Error("Digits2Clusters", "output tree not initialised");
 460     return;
 461   }
 462
 463   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
 464   fRowDig = dummy;
 465   fInput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&dummy);
 466   Stat_t nentries = fInput->GetEntries();
 467
 468   fMaxTime=fParam->GetMaxTBin()+6; // add 3 virtual time bins before and 3   after
 469
 470   Int_t nclusters  = 0;
 471
 472   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
 473     fInput->GetEvent(n);
 474     Int_t row;
 475     if (!fParam->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),fSector,row)) {
 476       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
 477       continue;
 478     }
 479
 480     AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow();
 481     fRowCl = clrow;
 482     clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
 483     clrow->SetArray(1);
 484
 485     clrow->SetID(digarr.GetID());
 486     fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&clrow);
 487     fRx=fParam->GetPadRowRadii(fSector,row);
 488
 489
 490     const Int_t kNIS=fParam->GetNInnerSector(), kNOS=fParam->GetNOuterSector();
 491     fZWidth = fParam->GetZWidth();
 492     if (fSector < kNIS) {
 493       fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(row);
 494       fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 495       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
 496       fPadWidth = fParam->GetPadPitchWidth();
 497     } else {
 498       fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(row);
 499       fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 500       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
 501       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 502     }
 503
 504
 505     fMaxBin=fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 506     fBins    =new Int_t[fMaxBin];
 507     fResBins =new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop
 508     memset(fBins,0,sizeof(Int_t)*fMaxBin);
 509
 510     if (digarr.First()) //MI change
 511       do {
 512         Short_t dig=digarr.CurrentDigit();
 513         if (dig<=fParam->GetZeroSup()) continue;
 514         Int_t j=digarr.CurrentRow()+3, i=digarr.CurrentColumn()+3;
 515         fBins[i*fMaxTime+j]=dig;
 516       } while (digarr.Next());
 517     digarr.ExpandTrackBuffer();
 518
 519     FindClusters();
 520
 521     fOutput->Fill();
 522     delete clrow;
 523     nclusters+=fNcluster;
 524     delete[] fBins;
 525     delete[] fResBins;
 526   }
 527
 528   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d\n", nclusters);
 529 }
 530
 531 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters(AliRawReader* rawReader)
 532 {
 533 //-----------------------------------------------------------------
 534 // This is a cluster finder for raw data.
 535 //-----------------------------------------------------------------
 536
 537   if (!fOutput) {
 538     Error("Digits2Clusters", "output tree not initialised");
 539     return;
 540   }
 541
 542   rawReader->Reset();
 543   AliTPCRawStream input(rawReader);
 544
 545   fRowDig = NULL;
 546
 547   Int_t nclusters  = 0;
 548
 549   fMaxTime = fParam->GetMaxTBin() + 6; // add 3 virtual time bins before and 3 after
 550   const Int_t kNIS = fParam->GetNInnerSector();
 551   const Int_t kNOS = fParam->GetNOuterSector();
 552   const Int_t kNS = kNIS + kNOS;
 553   fZWidth = fParam->GetZWidth();
 554   Int_t zeroSup = fParam->GetZeroSup();
 555
 556   fBins = NULL;
 557   Int_t** splitRows = new Int_t* [kNS*2];
 558   Int_t** splitRowsRes = new Int_t* [kNS*2];
 559   for (Int_t iSector = 0; iSector < kNS*2; iSector++)
 560     splitRows[iSector] = NULL;
 561   Int_t iSplitRow = -1;
 562
 563   Bool_t next = kTRUE;
 564   while (next) {
 565     next = input.Next();
 566
 567     // when the sector or row number has changed ...
 568     if (input.IsNewRow() || !next) {
 569
 570       // ... find clusters in the previous pad row, and ...
 571       if (fBins) {
 572         if ((iSplitRow < 0) || splitRows[fSector + kNS*iSplitRow]) {
 573           fRowCl = new AliTPCClustersRow;
 574           fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
 575           fRowCl->SetArray(1);
 576           fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, input.GetPrevRow()));
 577           fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
 578
 579           FindClusters();
 580
 581           fOutput->Fill();
 582           delete fRowCl;
 583           nclusters += fNcluster;
 584           delete[] fBins;
 585           delete[] fResBins;
 586           if (iSplitRow >= 0) splitRows[fSector + kNS*iSplitRow] = NULL;
 587
 588         } else if (iSplitRow >= 0) {
 589           splitRows[fSector + kNS*iSplitRow] = fBins;
 590           splitRowsRes[fSector + kNS*iSplitRow] = fResBins;
 591         }
 592       }
 593
 594       if (!next) break;
 595
 596       // ... prepare for the next pad row
 597       fSector = input.GetSector();
 598       Int_t iRow = input.GetRow();
 599       fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, iRow);
 600
 601       iSplitRow = -1;
 602       if (fSector < kNIS) {
 603         fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
 604         fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 605         if (iRow == 30) iSplitRow = 0;
 606       } else {
 607         fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
 608         fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 609         if (iRow == 27) iSplitRow = 0;
 610         else if (iRow == 76) iSplitRow = 1;
 611       }
 612       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, iRow);
 613       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 614
 615       fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 616       if ((iSplitRow < 0) || !splitRows[fSector + kNS*iSplitRow]) {
 617         fBins    = new Int_t[fMaxBin];
 618         fResBins = new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop
 619         memset(fBins, 0, sizeof(Int_t)*fMaxBin);
 620       } else {
 621         fBins    = splitRows[fSector + kNS*iSplitRow];
 622         fResBins = splitRowsRes[fSector + kNS*iSplitRow];
 623       }
 624     }
 625
 626     // fill fBins with digits data
 627     if (input.GetSignal() <= zeroSup) continue;
 628     Int_t i = input.GetPad() + 3;
 629     Int_t j = input.GetTime() + 3;
 630     fBins[i*fMaxTime+j] = input.GetSignal();
 631   }
 632
 633   // find clusters in split rows that were skipped until now.
 634   // this can happen if the rows were not splitted
 635   for (fSector = 0; fSector < kNS; fSector++)
 636     for (Int_t iSplit = 0; iSplit < 2; iSplit++)
 637       if (splitRows[fSector + kNS*iSplit]) {
 638
 639         Int_t iRow = -1;
 640         if (fSector < kNIS) {
 641           iRow = 30;
 642           fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
 643           fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 644         } else {
 645           if (iSplit == 0) iRow = 27; else iRow = 76;
 646           fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
 647           fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 648         }
 649         fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, iRow);
 650         fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, iRow);
 651         fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 652
 653         fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 654         fBins    = splitRows[fSector + kNS*iSplit];
 655         fResBins = splitRowsRes[fSector + kNS*iSplit];
 656
 657         fRowCl = new AliTPCClustersRow;
 658         fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
 659         fRowCl->SetArray(1);
 660         fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, iRow));
 661         fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
 662
 663         FindClusters();
 664
 665         fOutput->Fill();
 666         delete fRowCl;
 667         nclusters += fNcluster;
 668         delete[] fBins;
 669         delete[] fResBins;
 670       }
 671
 672   delete[] splitRows;
 673   delete[] splitRowsRes;
 674   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d\n", nclusters);
 675 }
 676
 677 void AliTPCclustererMI::FindClusters()
 678 {
 679   //add virtual charge at the edge
 680   for (Int_t i=0; i<fMaxTime; i++){
 681     Float_t amp1 = fBins[i+3*fMaxTime];
 682     Float_t amp0 =0;
 683     if (amp1>0){
 684       Float_t amp2 = fBins[i+4*fMaxTime];
 685       if (amp2==0) amp2=0.5;
 686       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);
 687       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);
 688       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
 689     }
 690     fBins[i+2*fMaxTime] = Int_t(amp0);
 691     amp0 = 0;
 692     amp1 = fBins[(fMaxPad+2)*fMaxTime+i];
 693     if (amp1>0){
 694       Float_t amp2 = fBins[i+(fMaxPad+1)*fMaxTime];
 695       if (amp2==0) amp2=0.5;
 696       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);
 697       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);
 698       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
 699     }
 700     fBins[(fMaxPad+3)*fMaxTime+i] = Int_t(amp0);
 701   }
 702
 703 //  memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin*2);
 704   memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin);
 705   //
 706   fNcluster=0;
 707   //first loop - for "gold cluster"
 708   fLoop=1;
 709   Int_t *b=&fBins[-1]+2*fMaxTime;
 710   Int_t crtime = Int_t((fParam->GetZLength()-1.05*fRx)/fZWidth-5);
 711
 712   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
 713     b++;
 714     if (*b<8) continue;   //threshold form maxima
 715     if (i%fMaxTime<crtime) {
 716       Int_t delta = -(i%fMaxTime)+crtime;
 717       b+=delta;
 718       i+=delta;
 719       continue;
 720     }
 721
 722     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
 723     AliTPCclusterMI c;
 724     Int_t dummy=0;
 725     MakeCluster(i, fMaxTime, fBins, dummy,c);
 726     //}
 727   }
 728   //memcpy(fBins,fResBins, fMaxBin*2);
 729   //second  loop - for rest cluster
 730   /*
 731   fLoop=2;
 732   b=&fResBins[-1]+2*fMaxTime;
 733   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
 734     b++;
 735     if (*b<25) continue;   // bigger threshold for maxima
 736     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
 737     AliTPCclusterMI c;
 738     Int_t dummy;
 739     MakeCluster(i, fMaxTime, fResBins, dummy,c);
 740     //}
 741   }
 742   */
 743 }