Defining properly momentum components in AliMUONHit constructors (thanks Artur)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCclustererMI.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-------------------------------------------------------
19 //          Implementation of the TPC clusterer
20 //
21 //   Origin: Marian Ivanov 
22 //-------------------------------------------------------
23
24 #include "AliTPCclustererMI.h"
25 #include "AliTPCclusterMI.h"
26 #include <TObjArray.h>
27 #include <TFile.h>
28 #include "AliTPCClustersArray.h"
29 #include "AliTPCClustersRow.h"
30 #include "AliTPCRawStream.h"
31 #include "AliDigits.h"
32 #include "AliSimDigits.h"
33 #include "AliTPCParam.h"
34 #include "AliRawReader.h"
35 #include "AliTPCRawStream.h"
36 #include "AliRunLoader.h"
37 #include "AliLoader.h"
38 #include "Riostream.h"
39 #include <TTree.h>
40
41 ClassImp(AliTPCclustererMI)
42
43
44
45 AliTPCclustererMI::AliTPCclustererMI(const AliTPCParam* par)
46 {
47   fInput =0;
48   fOutput=0;
49   fParam = par;
50 }
51 void AliTPCclustererMI::SetInput(TTree * tree)
52 {
53   //
54   // set input tree with digits
55   //
56   fInput = tree;  
57   if  (!fInput->GetBranch("Segment")){
58     cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): no porper input tree !\n";
59     fInput=0;
60     return;
61   }
62 }
63
64 void AliTPCclustererMI::SetOutput(TTree * tree) 
65 {
66   //
67   //
68   fOutput= tree;  
69   AliTPCClustersRow clrow;
70   AliTPCClustersRow *pclrow=&clrow;  
71   clrow.SetClass("AliTPCclusterMI");
72   clrow.SetArray(1); // to make Clones array
73   fOutput->Branch("Segment","AliTPCClustersRow",&pclrow,32000,200);    
74 }
75
76
77 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaY2(Int_t iz){
78   // sigma y2 = in digits  - we don't know the angle
79   Float_t z = iz*fParam->GetZWidth();
80   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/
81     (fPadWidth*fPadWidth);
82   Float_t sres = 0.25;
83   Float_t res = sd2+sres;
84   return res;
85 }
86
87
88 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaZ2(Int_t iz){
89   //sigma z2 = in digits - angle estimated supposing vertex constraint
90   Float_t z = iz*fZWidth;
91   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/(fZWidth*fZWidth);
92   Float_t angular = fPadLength*(fParam->GetZLength()-z)/(fRx*fZWidth);
93   angular*=angular;
94   angular/=12.;
95   Float_t sres = fParam->GetZSigma()/fZWidth;
96   sres *=sres;
97   Float_t res = angular +sd2+sres;
98   return res;
99 }
100
101 void AliTPCclustererMI::MakeCluster(Int_t k,Int_t max,Int_t *bins, UInt_t /*m*/,
102 AliTPCclusterMI &c) 
103 {
104   Int_t i0=k/max;  //central pad
105   Int_t j0=k%max;  //central time bin
106
107   // set pointers to data
108   //Int_t dummy[5] ={0,0,0,0,0};
109   Int_t * matrix[5]; //5x5 matrix with digits  - indexing i = 0 ..4  j = -2..2
110   Int_t * resmatrix[5];
111   for (Int_t di=-2;di<=2;di++){
112     matrix[di+2]  =  &bins[k+di*max];
113     resmatrix[di+2]  =  &fResBins[k+di*max];
114   }
115   //build matrix with virtual charge
116   Float_t sigmay2= GetSigmaY2(j0);
117   Float_t sigmaz2= GetSigmaZ2(j0);
118
119   Float_t vmatrix[5][5];
120   vmatrix[2][2] = matrix[2][0];
121   c.SetType(0);
122   c.SetMax(Short_t(vmatrix[2][2])); // write maximal amplitude
123   for (Int_t di =-1;di <=1;di++)
124     for (Int_t dj =-1;dj <=1;dj++){
125       Float_t amp = matrix[di+2][dj];
126       if ( (amp<2) && (fLoop<2)){
127         // if under threshold  - calculate virtual charge
128         Float_t ratio = TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(di)/sigmay2)*TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(dj)/sigmaz2);
129         amp = ((matrix[2][0]-2)*(matrix[2][0]-2)/(matrix[-di+2][-dj]+2))*ratio;
130         if (amp>2) amp = 2;
131         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
132         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;
133         if ( (di*dj)!=0){       
134           //DIAGONAL ELEMENTS
135           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
136           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
137         }
138         continue;
139       }
140       if (amp<4){
141         //if small  amplitude - below  2 x threshold  - don't consider other one        
142         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
143         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;  // don't take to the account next bin
144         if ( (di*dj)!=0){       
145           //DIAGONAL ELEMENTS
146           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
147           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
148         }
149         continue;
150       }
151       //if bigger then take everything
152       vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
153       vmatrix[2+2*di][2+2*dj]= matrix[2*di+2][2*dj] ;      
154       if ( (di*dj)!=0){       
155           //DIAGONAL ELEMENTS
156           vmatrix[2+2*di][2+dj] = matrix[2*di+2][dj];
157           vmatrix[2+di][2+2*dj] = matrix[2+di][dj*2];
158         }      
159     }
160
161
162   
163   Float_t sumw=0;
164   Float_t sumiw=0;
165   Float_t sumi2w=0;
166   Float_t sumjw=0;
167   Float_t sumj2w=0;
168   //
169   for (Int_t i=-2;i<=2;i++)
170     for (Int_t j=-2;j<=2;j++){
171       Float_t amp = vmatrix[i+2][j+2];
172
173       sumw    += amp;
174       sumiw   += i*amp;
175       sumi2w  += i*i*amp;
176       sumjw   += j*amp;
177       sumj2w  += j*j*amp;
178     }    
179   //   
180   Float_t meani = sumiw/sumw;
181   Float_t mi2   = sumi2w/sumw-meani*meani;
182   Float_t meanj = sumjw/sumw;
183   Float_t mj2   = sumj2w/sumw-meanj*meanj;
184   //
185   Float_t ry = mi2/sigmay2;
186   Float_t rz = mj2/sigmaz2;
187   
188   //
189   if ( ( (ry<0.6) || (rz<0.6) ) && fLoop==2) return;
190   if ( (ry <1.2) && (rz<1.2) ) {
191     //if cluster looks like expected 
192     //+1.2 deviation from expected sigma accepted
193     //    c.fMax = FitMax(vmatrix,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
194
195     meani +=i0;
196     meanj +=j0;
197     //set cluster parameters
198     c.SetQ(sumw);
199     c.SetY(meani*fPadWidth); 
200     c.SetZ(meanj*fZWidth); 
201     c.SetSigmaY2(mi2);
202     c.SetSigmaZ2(mj2);
203     AddCluster(c);
204     //remove cluster data from data
205     for (Int_t di=-2;di<=2;di++)
206       for (Int_t dj=-2;dj<=2;dj++){
207         resmatrix[di+2][dj] -= Int_t(vmatrix[di+2][dj+2]);
208         if (resmatrix[di+2][dj]<0) resmatrix[di+2][dj]=0;
209       }
210     resmatrix[2][0] =0;
211     return;     
212   }
213   //
214   //unfolding when neccessary  
215   //
216   
217   Int_t * matrix2[7]; //7x7 matrix with digits  - indexing i = 0 ..6  j = -3..3
218   Int_t dummy[7]={0,0,0,0,0,0};
219   for (Int_t di=-3;di<=3;di++){
220     matrix2[di+3] =  &bins[k+di*max];
221     if ((k+di*max)<3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
222     if ((k+di*max)>fMaxBin-3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
223   }
224   Float_t vmatrix2[5][5];
225   Float_t sumu;
226   Float_t overlap;
227   UnfoldCluster(matrix2,vmatrix2,meani,meanj,sumu,overlap);
228   //
229   //  c.fMax = FitMax(vmatrix2,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
230   meani +=i0;
231   meanj +=j0;
232   //set cluster parameters
233   c.SetQ(sumu);
234   c.SetY(meani*fPadWidth); 
235   c.SetZ(meanj*fZWidth); 
236   c.SetSigmaY2(mi2);
237   c.SetSigmaZ2(mj2);
238   c.SetType(Char_t(overlap)+1);
239   AddCluster(c);
240
241   //unfolding 2
242   meani-=i0;
243   meanj-=j0;
244   if (gDebug>4)
245     printf("%f\t%f\n", vmatrix2[2][2], vmatrix[2][2]);
246 }
247
248
249
250 void AliTPCclustererMI::UnfoldCluster(Int_t * matrix2[7], Float_t recmatrix[5][5], Float_t & meani, Float_t & meanj, 
251                                       Float_t & sumu, Float_t & overlap )
252 {
253   //
254   //unfold cluster from input matrix
255   //data corresponding to cluster writen in recmatrix
256   //output meani and meanj
257
258   //take separatelly y and z
259
260   Float_t sum3i[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
261   Float_t sum3j[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
262
263   for (Int_t k =0;k<7;k++)
264     for (Int_t l = -1; l<=1;l++){
265       sum3i[k]+=matrix2[k][l];
266       sum3j[k]+=matrix2[l+3][k-3];
267     }
268   Float_t mratio[3][3]={{1,1,1},{1,1,1},{1,1,1}};
269   //
270   //unfold  y 
271   Float_t sum3wi    = 0;  //charge minus overlap
272   Float_t sum3wio   = 0;  //full charge
273   Float_t sum3iw    = 0;  //sum for mean value
274   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
275     sum3wio+=sum3i[dk+3];
276     if (dk==0){
277       sum3wi+=sum3i[dk+3];     
278     }
279     else{
280       Float_t ratio =1;
281       if (  ( ((sum3i[dk+3]+3)/(sum3i[3]-3))+1 < (sum3i[2*dk+3]-3)/(sum3i[dk+3]+3))||
282            sum3i[dk+3]<=sum3i[2*dk+3] && sum3i[dk+3]>2 ){
283         Float_t xm2 = sum3i[-dk+3];
284         Float_t xm1 = sum3i[+3];
285         Float_t x1  = sum3i[2*dk+3];
286         Float_t x2  = sum3i[3*dk+3];    
287         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);      
288         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
289         ratio = w11/(w11+w12);   
290         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
291           mratio[dk+1][dl+1] *= ratio;
292       }
293       Float_t amp = sum3i[dk+3]*ratio;
294       sum3wi+=amp;
295       sum3iw+= dk*amp;      
296     }
297   }
298   meani = sum3iw/sum3wi;
299   Float_t overlapi = (sum3wio-sum3wi)/sum3wio;
300
301
302
303   //unfold  z 
304   Float_t sum3wj    = 0;  //charge minus overlap
305   Float_t sum3wjo   = 0;  //full charge
306   Float_t sum3jw    = 0;  //sum for mean value
307   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
308     sum3wjo+=sum3j[dk+3];
309     if (dk==0){
310       sum3wj+=sum3j[dk+3];     
311     }
312     else{
313       Float_t ratio =1;
314       if ( ( ((sum3j[dk+3]+3)/(sum3j[3]-3))+1 < (sum3j[2*dk+3]-3)/(sum3j[dk+3]+3)) ||
315            (sum3j[dk+3]<=sum3j[2*dk+3] && sum3j[dk+3]>2)){
316         Float_t xm2 = sum3j[-dk+3];
317         Float_t xm1 = sum3j[+3];
318         Float_t x1  = sum3j[2*dk+3];
319         Float_t x2  = sum3j[3*dk+3];    
320         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);      
321         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
322         ratio = w11/(w11+w12);   
323         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
324           mratio[dl+1][dk+1] *= ratio;
325       }
326       Float_t amp = sum3j[dk+3]*ratio;
327       sum3wj+=amp;
328       sum3jw+= dk*amp;      
329     }
330   }
331   meanj = sum3jw/sum3wj;
332   Float_t overlapj = (sum3wjo-sum3wj)/sum3wjo;  
333   overlap = Int_t(100*TMath::Max(overlapi,overlapj)+3);  
334   sumu = (sum3wj+sum3wi)/2.;
335   
336   if (overlap ==3) {
337     //if not overlap detected remove everything
338     for (Int_t di =-2; di<=2;di++)
339       for (Int_t dj =-2; dj<=2;dj++){
340         recmatrix[di+2][dj+2] = matrix2[3+di][dj];
341       }
342   }
343   else{
344     for (Int_t di =-1; di<=1;di++)
345       for (Int_t dj =-1; dj<=1;dj++){
346         Float_t ratio =1;
347         if (mratio[di+1][dj+1]==1){
348           recmatrix[di+2][dj+2]     = matrix2[3+di][dj];
349           if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
350             recmatrix[2*di+2][dj+2] = matrix2[3+2*di][dj];
351             recmatrix[di+2][2*dj+2] = matrix2[3+di][2*dj];
352           }       
353           recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = matrix2[3+2*di][2*dj];
354         }
355         else
356           {
357             //if we have overlap in direction
358             recmatrix[di+2][dj+2] = mratio[di+1][dj+1]* matrix2[3+di][dj];    
359             if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
360               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+0*di][1*dj]+1)),(Float_t)1.);
361               recmatrix[2*di+2][dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
362               //
363               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+1*di][0*dj]+1)),(Float_t)1.);
364               recmatrix[di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
365             }
366             else{
367               ratio =  recmatrix[di+2][dj+2]/matrix2[3][0];
368               recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
369             }
370           }
371       }
372   }
373   if (gDebug>4) 
374     printf("%f\n", recmatrix[2][2]);
375   
376 }
377
378 Float_t AliTPCclustererMI::FitMax(Float_t vmatrix[5][5], Float_t y, Float_t z, Float_t sigmay, Float_t sigmaz)
379 {
380   //
381   // estimate max
382   Float_t sumteor= 0;
383   Float_t sumamp = 0;
384
385   for (Int_t di = -1;di<=1;di++)
386     for (Int_t dj = -1;dj<=1;dj++){
387       if (vmatrix[2+di][2+dj]>2){
388         Float_t teor = TMath::Gaus(di,y,sigmay*1.2)*TMath::Gaus(dj,z,sigmaz*1.2);
389         sumteor += teor*vmatrix[2+di][2+dj];
390         sumamp  += vmatrix[2+di][2+dj]*vmatrix[2+di][2+dj];
391       }
392     }    
393   Float_t max = sumamp/sumteor;
394   return max;
395 }
396
397 void AliTPCclustererMI::AddCluster(AliTPCclusterMI &c){
398   //
399   // transform cluster to the global coordinata
400   // add the cluster to the array
401   //
402   Float_t meani = c.GetY()/fPadWidth;
403   Float_t meanj = c.GetZ()/fZWidth;
404
405   Int_t ki = TMath::Nint(meani-3);
406   if (ki<0) ki=0;
407   if (ki>=fMaxPad) ki = fMaxPad-1;
408   Int_t kj = TMath::Nint(meanj-3);
409   if (kj<0) kj=0;
410   if (kj>=fMaxTime-3) kj=fMaxTime-4;
411   // ki and kj shifted to "real" coordinata
412   if (fRowDig) {
413     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,0)-2,0);
414     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,1)-2,1);
415     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,2)-2,2);
416   }
417   
418   
419   Float_t s2 = c.GetSigmaY2();
420   Float_t w=fParam->GetPadPitchWidth(fSector);
421   
422   c.SetSigmaY2(s2*w*w);
423   s2 = c.GetSigmaZ2(); 
424   w=fZWidth;
425   c.SetSigmaZ2(s2*w*w);
426   c.SetY((meani - 2.5 - 0.5*fMaxPad)*fParam->GetPadPitchWidth(fSector));
427   c.SetZ(fZWidth*(meanj-3)); 
428   c.SetZ(c.GetZ()   - 3.*fParam->GetZSigma()); // PASA delay 
429   c.SetZ(fSign*(fParam->GetZLength() - c.GetZ()));
430   
431   if (ki<=1 || ki>=fMaxPad-1 || kj==1 || kj==fMaxTime-2) {
432     //c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()*25.);
433     //c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()*4.);
434     c.SetType(-(c.GetType()+3));  //edge clusters
435   }
436   if (fLoop==2) c.SetType(100);
437
438   TClonesArray * arr = fRowCl->GetArray();
439   // AliTPCclusterMI * cl = 
440   new ((*arr)[fNcluster]) AliTPCclusterMI(c);
441
442   fNcluster++;
443 }
444
445
446 //_____________________________________________________________________________
447 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters()
448 {
449   //-----------------------------------------------------------------
450   // This is a simple cluster finder.
451   //-----------------------------------------------------------------
452
453   if (!fInput) { 
454     Error("Digits2Clusters", "input tree not initialised");
455     return;
456   }
457  
458   if (!fOutput) {
459     Error("Digits2Clusters", "output tree not initialised");
460     return;
461   }
462
463   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
464   fRowDig = dummy;
465   fInput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&dummy);
466   Stat_t nentries = fInput->GetEntries();
467   
468   fMaxTime=fParam->GetMaxTBin()+6; // add 3 virtual time bins before and 3   after
469     
470   Int_t nclusters  = 0;
471   
472   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
473     fInput->GetEvent(n);
474     Int_t row;
475     if (!fParam->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),fSector,row)) {
476       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
477       continue;
478     }
479         
480     AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow();
481     fRowCl = clrow;
482     clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
483     clrow->SetArray(1);
484
485     clrow->SetID(digarr.GetID());
486     fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&clrow);
487     fRx=fParam->GetPadRowRadii(fSector,row);
488     
489     
490     const Int_t kNIS=fParam->GetNInnerSector(), kNOS=fParam->GetNOuterSector();
491     fZWidth = fParam->GetZWidth();
492     if (fSector < kNIS) {
493       fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(row);
494       fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
495       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
496       fPadWidth = fParam->GetPadPitchWidth();
497     } else {
498       fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(row);
499       fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
500       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
501       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
502     }
503     
504     
505     fMaxBin=fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
506     fBins    =new Int_t[fMaxBin];
507     fResBins =new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop 
508     memset(fBins,0,sizeof(Int_t)*fMaxBin);
509     
510     if (digarr.First()) //MI change
511       do {
512         Short_t dig=digarr.CurrentDigit();
513         if (dig<=fParam->GetZeroSup()) continue;
514         Int_t j=digarr.CurrentRow()+3, i=digarr.CurrentColumn()+3;
515         fBins[i*fMaxTime+j]=dig;
516       } while (digarr.Next());
517     digarr.ExpandTrackBuffer();
518
519     FindClusters();
520
521     fOutput->Fill();
522     delete clrow;    
523     nclusters+=fNcluster;    
524     delete[] fBins;      
525     delete[] fResBins;  
526   }  
527
528   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d", nclusters);
529 }
530
531 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters(AliRawReader* rawReader)
532 {
533 //-----------------------------------------------------------------
534 // This is a cluster finder for raw data.
535 //-----------------------------------------------------------------
536
537   if (!fOutput) {
538     Error("Digits2Clusters", "output tree not initialised");
539     return;
540   }
541
542   rawReader->Reset();
543   AliTPCRawStream input(rawReader);
544
545   fRowDig = NULL;
546
547   Int_t nclusters  = 0;
548   
549   fMaxTime = fParam->GetMaxTBin() + 6; // add 3 virtual time bins before and 3 after
550   const Int_t kNIS = fParam->GetNInnerSector();
551   const Int_t kNOS = fParam->GetNOuterSector();
552   const Int_t kNS = kNIS + kNOS;
553   fZWidth = fParam->GetZWidth();
554   Int_t zeroSup = fParam->GetZeroSup();
555
556   fBins = NULL;
557   Int_t** splitRows = new Int_t* [kNS*2];
558   Int_t** splitRowsRes = new Int_t* [kNS*2];
559   for (Int_t iSector = 0; iSector < kNS*2; iSector++)
560     splitRows[iSector] = NULL;
561   Int_t iSplitRow = -1;
562
563   Bool_t next = kTRUE;
564   while (next) {
565     next = input.Next();
566
567     // when the sector or row number has changed ...
568     if (input.IsNewRow() || !next) {
569
570       // ... find clusters in the previous pad row, and ...
571       if (fBins) {
572         if ((iSplitRow < 0) || splitRows[fSector + kNS*iSplitRow]) {
573           fRowCl = new AliTPCClustersRow;
574           fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
575           fRowCl->SetArray(1);
576           fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, input.GetPrevRow()));
577           fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
578
579           FindClusters();
580
581           fOutput->Fill();
582           delete fRowCl;    
583           nclusters += fNcluster;    
584           delete[] fBins;
585           delete[] fResBins;
586           if (iSplitRow >= 0) splitRows[fSector + kNS*iSplitRow] = NULL;
587
588         } else if (iSplitRow >= 0) {
589           splitRows[fSector + kNS*iSplitRow] = fBins;
590           splitRowsRes[fSector + kNS*iSplitRow] = fResBins;
591         }
592       }
593
594       if (!next) break;
595
596       // ... prepare for the next pad row
597       fSector = input.GetSector();
598       Int_t iRow = input.GetRow();
599       fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, iRow);
600     
601       iSplitRow = -1;
602       if (fSector < kNIS) {
603         fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
604         fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
605         if (iRow == 30) iSplitRow = 0;
606       } else {
607         fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
608         fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
609         if (iRow == 27) iSplitRow = 0;
610         else if (iRow == 76) iSplitRow = 1;
611       }
612       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, iRow);
613       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
614     
615       fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
616       if ((iSplitRow < 0) || !splitRows[fSector + kNS*iSplitRow]) {
617         fBins    = new Int_t[fMaxBin];
618         fResBins = new Int_t[fMaxBin];  //fBins with residuals after 1 finder loop 
619         memset(fBins, 0, sizeof(Int_t)*fMaxBin);
620       } else {
621         fBins    = splitRows[fSector + kNS*iSplitRow];
622         fResBins = splitRowsRes[fSector + kNS*iSplitRow];
623       }
624     }
625
626     // fill fBins with digits data
627     if (input.GetSignal() <= zeroSup) continue;
628     Int_t i = input.GetPad() + 3;
629     Int_t j = input.GetTime() + 3;
630     fBins[i*fMaxTime+j] = input.GetSignal();
631   }
632
633   // find clusters in split rows that were skipped until now.
634   // this can happen if the rows were not splitted 
635   for (fSector = 0; fSector < kNS; fSector++)
636     for (Int_t iSplit = 0; iSplit < 2; iSplit++)
637       if (splitRows[fSector + kNS*iSplit]) {
638
639         Int_t iRow = -1;
640         if (fSector < kNIS) {
641           iRow = 30;
642           fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
643           fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
644         } else {
645           if (iSplit == 0) iRow = 27; else iRow = 76;
646           fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
647           fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
648         }
649         fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, iRow);
650         fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, iRow);
651         fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
652
653         fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
654         fBins    = splitRows[fSector + kNS*iSplit];
655         fResBins = splitRowsRes[fSector + kNS*iSplit];
656
657         fRowCl = new AliTPCClustersRow;
658         fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
659         fRowCl->SetArray(1);
660         fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, iRow));
661         fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
662
663         FindClusters();
664
665         fOutput->Fill();
666         delete fRowCl;    
667         nclusters += fNcluster;    
668         delete[] fBins;
669         delete[] fResBins;
670       }
671
672   delete[] splitRows;
673   delete[] splitRowsRes;
674   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d\n", nclusters);
675 }
676
677 void AliTPCclustererMI::FindClusters()
678 {
679   //add virtual charge at the edge   
680   for (Int_t i=0; i<fMaxTime; i++){
681     Float_t amp1 = fBins[i+3*fMaxTime]; 
682     Float_t amp0 =0;
683     if (amp1>0){
684       Float_t amp2 = fBins[i+4*fMaxTime];
685       if (amp2==0) amp2=0.5;
686       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);           
687       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);   
688       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
689     }  
690     fBins[i+2*fMaxTime] = Int_t(amp0);    
691     amp0 = 0;
692     amp1 = fBins[(fMaxPad+2)*fMaxTime+i];
693     if (amp1>0){
694       Float_t amp2 = fBins[i+(fMaxPad+1)*fMaxTime];
695       if (amp2==0) amp2=0.5;
696       Float_t sigma2 = GetSigmaY2(i);           
697       amp0 = (amp1*amp1/amp2)*TMath::Exp(-1./sigma2);           
698       if (gDebug>4) printf("\n%f\n",amp0);
699     }        
700     fBins[(fMaxPad+3)*fMaxTime+i] = Int_t(amp0);           
701   }
702
703 //  memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin*2);
704   memcpy(fResBins,fBins, fMaxBin);
705   //
706   fNcluster=0;
707   //first loop - for "gold cluster" 
708   fLoop=1;
709   Int_t *b=&fBins[-1]+2*fMaxTime;
710   Int_t crtime = Int_t((fParam->GetZLength()-1.05*fRx)/fZWidth-5);
711
712   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
713     b++;
714     if (*b<8) continue;   //threshold form maxima
715     if (i%fMaxTime<crtime) {
716       Int_t delta = -(i%fMaxTime)+crtime;
717       b+=delta;
718       i+=delta;
719       continue; 
720     }
721      
722     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
723     AliTPCclusterMI c;
724     Int_t dummy=0;
725     MakeCluster(i, fMaxTime, fBins, dummy,c);
726     //}
727   }
728   //memcpy(fBins,fResBins, fMaxBin*2);
729   //second  loop - for rest cluster 
730   /*        
731   fLoop=2;
732   b=&fResBins[-1]+2*fMaxTime;
733   for (Int_t i=2*fMaxTime; i<fMaxBin-2*fMaxTime; i++) {
734     b++;
735     if (*b<25) continue;   // bigger threshold for maxima
736     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
737     AliTPCclusterMI c;
738     Int_t dummy;
739     MakeCluster(i, fMaxTime, fResBins, dummy,c);
740     //}
741   }
742   */
743 }