TPC/AliTPCseed.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------
  20 //           Implementation of the TPC seed class
  21 //        This class is used by the AliTPCtrackerMI class
  22 //      Origin: Marian Ivanov, CERN, Marian.Ivanov@cern.ch
  23 //-----------------------------------------------------------------
  24 #include "TClonesArray.h"
  25 #include "TGraphErrors.h"
  26 #include "AliTPCseed.h"
  27 #include "AliTPCReconstructor.h"
  28 #include "AliTPCClusterParam.h"
  29 #include "AliTPCCalPad.h"
  30 #include "AliTPCCalROC.h"
  31 #include "AliTPCcalibDB.h"
  32 #include "AliTPCParam.h"
  33 #include "AliMathBase.h"
  34 #include "AliTPCTransform.h"
  35 #include "AliSplineFit.h"
  36 #include "AliCDBManager.h"
  37 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  38
  39
  40 ClassImp(AliTPCseed)
  41
  42
  43
  44 AliTPCseed::AliTPCseed():
  45   AliTPCtrack(),
  46   fEsd(0x0),
  47   fClusterOwner(kFALSE),
  48   fRow(0),
  49   fSector(-1),
  50   fRelativeSector(-1),
  51   fCurrentSigmaY2(1e10),
  52   fCurrentSigmaZ2(1e10),
  53   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
  54   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
  55   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
  56   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
  57   //
  58   fErrorY2(1e10),
  59   fErrorZ2(1e10),
  60   fCurrentCluster(0x0),
  61   fCurrentClusterIndex1(-1),
  62   fInDead(kFALSE),
  63   fIsSeeding(kFALSE),
  64   fNoCluster(0),
  65   fSort(0),
  66   fBSigned(kFALSE),
  67   fSeedType(0),
  68   fSeed1(-1),
  69   fSeed2(-1),
  70   fMAngular(0),
  71   fCircular(0),
  72   fClusterMap(159),
  73   fSharedMap(159)
  74 {
  75   //
  76   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
  77   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
  78   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
  79   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=0.2;
  80   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
  81     fDEDX[i] = 0.;
  82     fSDEDX[i] = 1e10;
  83     fNCDEDX[i] = 0;
  84   }
  85   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
  86   //  for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterMap[i]=kFALSE;
  87   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fSharedMap[i]=kFALSE;
  88   fClusterMap.ResetAllBits(kFALSE);
  89   fSharedMap.ResetAllBits(kFALSE);
  90
  91 }
  92
  93 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCseed &s, Bool_t clusterOwner):
  94   AliTPCtrack(s),
  95   fEsd(0x0),
  96   fClusterOwner(clusterOwner),
  97   fRow(0),
  98   fSector(-1),
  99   fRelativeSector(-1),
 100   fCurrentSigmaY2(-1),
 101   fCurrentSigmaZ2(-1),
 102   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 103   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 104   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 105   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 106   fErrorY2(1e10),
 107   fErrorZ2(1e10),
 108   fCurrentCluster(0x0),
 109   fCurrentClusterIndex1(-1),
 110   fInDead(kFALSE),
 111   fIsSeeding(kFALSE),
 112   fNoCluster(0),
 113   fSort(0),
 114   fBSigned(kFALSE),
 115   fSeedType(0),
 116   fSeed1(-1),
 117   fSeed2(-1),
 118   fMAngular(0),
 119   fCircular(0),
 120   fClusterMap(s.fClusterMap),
 121   fSharedMap(s.fSharedMap)
 122 {
 123   //---------------------
 124   // dummy copy constructor
 125   //-------------------------
 126   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 127     fClusterPointer[i]=0;
 128     if (fClusterOwner){
 129       if (s.fClusterPointer[i])
 130         fClusterPointer[i] = new AliTPCclusterMI(*(s.fClusterPointer[i]));
 131     }else{
 132       fClusterPointer[i] = s.fClusterPointer[i];
 133     }
 134     fTrackPoints[i] = s.fTrackPoints[i];
 135   }
 136   for (Int_t i=0;i<160;i++) fIndex[i] = s.fIndex[i];
 137   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=s.fTPCr[i];
 138   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 139     fDEDX[i] = s.fDEDX[i];
 140     fSDEDX[i] = s.fSDEDX[i];
 141     fNCDEDX[i] = s.fNCDEDX[i];
 142   }
 143   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = s.fOverlapLabels[i];
 144
 145 }
 146
 147
 148 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t):
 149   AliTPCtrack(t),
 150   fEsd(0x0),
 151   fClusterOwner(kFALSE),
 152   fRow(0),
 153   fSector(-1),
 154   fRelativeSector(-1),
 155   fCurrentSigmaY2(-1),
 156   fCurrentSigmaZ2(-1),
 157   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 158   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 159   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 160   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 161   fErrorY2(1e10),
 162   fErrorZ2(1e10),
 163   fCurrentCluster(0x0),
 164   fCurrentClusterIndex1(-1),
 165   fInDead(kFALSE),
 166   fIsSeeding(kFALSE),
 167   fNoCluster(0),
 168   fSort(0),
 169   fBSigned(kFALSE),
 170   fSeedType(0),
 171   fSeed1(-1),
 172   fSeed2(-1),
 173   fMAngular(0),
 174   fCircular(0),
 175   fClusterMap(159),
 176   fSharedMap(159)
 177 {
 178   //
 179   // Constructor from AliTPCtrack
 180   //
 181   fFirstPoint =0;
 182   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 183   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 184     fClusterPointer[i] = 0;
 185     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
 186     if (index>=-1){
 187       SetClusterIndex2(i,index);
 188     }
 189     else{
 190       SetClusterIndex2(i,-3);
 191     }
 192   }
 193   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 194     fDEDX[i] = 0.;
 195     fSDEDX[i] = 1e10;
 196     fNCDEDX[i] = 0;
 197   }
 198   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 199
 200   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterMap[i]=kFALSE;
 201   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fSharedMap[i]=kFALSE;
 202   fClusterMap.ResetAllBits(kFALSE);
 203   fSharedMap.ResetAllBits(kFALSE);
 204
 205 }
 206
 207 AliTPCseed::AliTPCseed(Double_t xr, Double_t alpha, const Double_t xx[5],
 208                        const Double_t cc[15], Int_t index):
 209   AliTPCtrack(xr, alpha, xx, cc, index),
 210   fEsd(0x0),
 211   fClusterOwner(kFALSE),
 212   fRow(0),
 213   fSector(-1),
 214   fRelativeSector(-1),
 215   fCurrentSigmaY2(-1),
 216   fCurrentSigmaZ2(-1),
 217   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 218   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 219   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 220   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 221   fErrorY2(1e10),
 222   fErrorZ2(1e10),
 223   fCurrentCluster(0x0),
 224   fCurrentClusterIndex1(-1),
 225   fInDead(kFALSE),
 226   fIsSeeding(kFALSE),
 227   fNoCluster(0),
 228   fSort(0),
 229   fBSigned(kFALSE),
 230   fSeedType(0),
 231   fSeed1(-1),
 232   fSeed2(-1),
 233   fMAngular(0),
 234   fCircular(0),
 235   fClusterMap(159),
 236   fSharedMap(159)
 237 {
 238   //
 239   // Constructor
 240   //
 241   fFirstPoint =0;
 242   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 243   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 244   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 245   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 246     fDEDX[i] = 0.;
 247     fSDEDX[i] = 1e10;
 248     fNCDEDX[i] = 0;
 249   }
 250   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 251 }
 252
 253 AliTPCseed::~AliTPCseed(){
 254   //
 255   // destructor
 256   fNoCluster =0;
 257   if (fClusterOwner){
 258     for (Int_t icluster=0; icluster<160; icluster++){
 259       delete fClusterPointer[icluster];
 260     }
 261   }
 262
 263 }
 264 //_________________________________________________
 265 AliTPCseed & AliTPCseed::operator=(const AliTPCseed &param)
 266 {
 267   //
 268   // assignment operator
 269   //
 270   if(this!=&param){
 271     AliTPCtrack::operator=(param);
 272     fEsd =param.fEsd;
 273     for(Int_t i = 0;i<160;++i)fClusterPointer[i] = param.fClusterPointer[i]; // this is not allocated by AliTPCSeed
 274     fClusterOwner = param.fClusterOwner;
 275     // leave out fPoint, they are also not copied in the copy ctor...
 276     // but deleted in the dtor... strange...
 277     fRow            = param.fRow;
 278     fSector         = param.fSector;
 279     fRelativeSector = param.fRelativeSector;
 280     fCurrentSigmaY2 = param.fCurrentSigmaY2;
 281     fCurrentSigmaZ2 = param.fCurrentSigmaZ2;
 282     fErrorY2        = param.fErrorY2;
 283     fErrorZ2        = param.fErrorZ2;
 284     fCurrentCluster = param.fCurrentCluster; // this is not allocated by AliTPCSeed
 285     fCurrentClusterIndex1 = param.fCurrentClusterIndex1;
 286     fInDead         = param.fInDead;
 287     fIsSeeding      = param.fIsSeeding;
 288     fNoCluster      = param.fNoCluster;
 289     fSort           = param.fSort;
 290     fBSigned        = param.fBSigned;
 291     for(Int_t i = 0;i<4;++i){
 292       fDEDX[i]   = param.fDEDX[i];
 293       fSDEDX[i]  = param.fSDEDX[i];
 294       fNCDEDX[i] = param.fNCDEDX[i];
 295     }
 296     for(Int_t i = 0;i<AliPID::kSPECIES;++i)fTPCr[i] = param.fTPCr[i];
 297
 298     fSeedType = param.fSeedType;
 299     fSeed1    = param.fSeed1;
 300     fSeed2    = param.fSeed2;
 301     for(Int_t i = 0;i<12;++i)fOverlapLabels[i] = param.fOverlapLabels[i];
 302     fMAngular = param.fMAngular;
 303     fCircular = param.fCircular;
 304     for(int i = 0;i<160;++i)fTrackPoints[i] =  param.fTrackPoints[i];
 305     fClusterMap = param.fClusterMap;
 306     fSharedMap = param.fSharedMap;
 307   }
 308   return (*this);
 309 }
 310 //____________________________________________________
 311 AliTPCTrackerPoint * AliTPCseed::GetTrackPoint(Int_t i)
 312 {
 313   //
 314   //
 315   return &fTrackPoints[i];
 316 }
 317
 318
 319
 320 Double_t AliTPCseed::GetDensityFirst(Int_t n)
 321 {
 322   //
 323   //
 324   // return cluster for n rows bellow first point
 325   Int_t nfoundable = 1;
 326   Int_t nfound      = 1;
 327   for (Int_t i=fLastPoint-1;i>0&&nfoundable<n; i--){
 328     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 329     if (index!=-1) nfoundable++;
 330     if (index>0) nfound++;
 331   }
 332   if (nfoundable<n) return 0;
 333   return Double_t(nfound)/Double_t(nfoundable);
 334
 335 }
 336
 337
 338 void AliTPCseed::GetClusterStatistic(Int_t first, Int_t last, Int_t &found, Int_t &foundable, Int_t &shared, Bool_t plus2)
 339 {
 340   // get cluster stat.  on given region
 341   //
 342   found       = 0;
 343   foundable   = 0;
 344   shared      =0;
 345   for (Int_t i=first;i<last; i++){
 346     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 347     if (index!=-1) foundable++;
 348     if (index&0x8000) continue;
 349     if (fClusterPointer[i]) {
 350       found++;
 351     }
 352     else
 353       continue;
 354
 355     if (fClusterPointer[i]->IsUsed(10)) {
 356       shared++;
 357       continue;
 358     }
 359     if (!plus2) continue; //take also neighborhoud
 360     //
 361     if ( (i>0) && fClusterPointer[i-1]){
 362       if (fClusterPointer[i-1]->IsUsed(10)) {
 363         shared++;
 364         continue;
 365       }
 366     }
 367     if ( fClusterPointer[i+1]){
 368       if (fClusterPointer[i+1]->IsUsed(10)) {
 369         shared++;
 370         continue;
 371       }
 372     }
 373
 374   }
 375   //if (shared>found){
 376     //Error("AliTPCseed::GetClusterStatistic","problem\n");
 377   //}
 378 }
 379
 380
 381
 382
 383
 384 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
 385 {
 386   //
 387   //
 388   SetNumberOfClusters(0);
 389   fNFoundable = 0;
 390   SetChi2(0);
 391   ResetCovariance(10.);
 392   /*
 393   if (fTrackPoints){
 394     for (Int_t i=0;i<8;i++){
 395       delete [] fTrackPoints[i];
 396     }
 397     delete fTrackPoints;
 398     fTrackPoints =0;
 399   }
 400   */
 401
 402   if (all){
 403     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 404     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 405   }
 406
 407 }
 408
 409
 410 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
 411 {
 412
 413   //------------------------------------------------------------------
 414   //This function makes a track forget its history :)
 415   //------------------------------------------------------------------
 416   if (factor<=0) {
 417     ResetCovariance(10.);
 418     return;
 419   }
 420   ResetCovariance(factor);
 421
 422   SetNumberOfClusters(0);
 423   fNFoundable =0;
 424   SetChi2(0);
 425   fRemoval = 0;
 426   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
 427   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
 428   fNoCluster     = 0;
 429   //fFirstPoint = 160;
 430   //fLastPoint  = 0;
 431 }
 432
 433
 434
 435
 436 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
 437 {
 438   //-----------------------------------------------------------------
 439   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
 440   // doesn't change internal state of the track
 441   //-----------------------------------------------------------------
 442
 443   Double_t x1=GetX(), x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
 444
 445   if (TMath::Abs(GetSnp()+GetC()*dx) >= AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) {
 446     return 0;
 447   }
 448
 449   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
 450   Double_t c1=GetSnp(), r1=sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 451   Double_t c2=c1 + GetC()*dx, r2=sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 452
 453   y = GetY();
 454   z = GetZ();
 455   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 456   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
 457
 458   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 459   Double_t dz = 0;
 460   //
 461   Double_t delta = GetC()*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 462   /*
 463   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
 464     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
 465   }else{
 466     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 467   }
 468   */
 469   //  dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
 470   dz =  GetTgl()*TMath::ASin(delta)/GetC();
 471   //
 472   y+=dy;
 473   z+=dz;
 474
 475
 476   return 1;
 477 }
 478
 479
 480 //_____________________________________________________________________________
 481 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliCluster *c) const
 482 {
 483   //-----------------------------------------------------------------
 484   // This function calculates a predicted chi2 increment.
 485   //-----------------------------------------------------------------
 486   Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
 487   Double_t cov[3]={fErrorY2, 0., fErrorZ2};
 488
 489   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 490   if (TMath::Abs(dx)>0){
 491     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 492     Float_t dy = dx*ty;
 493     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 494     p[0] = c->GetY()-dy;
 495     p[1] = c->GetZ()-dz;
 496   }
 497   return AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov);
 498 }
 499
 500 //_________________________________________________________________________________________
 501
 502
 503 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
 504   //-----------------------------------------------------------------
 505   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
 506   //-----------------------------------------------------------------
 507   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
 508
 509   if (fSort == 0){
 510     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
 511     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
 512     Double_t z2 = t->GetZ();
 513     Double_t z1 = GetZ();
 514     if (z2>z1) return 1;
 515     if (z2<z1) return -1;
 516     return 0;
 517   }
 518   else {
 519     Float_t f2 =1;
 520     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->GetSigma1Pt2())/(t->OneOverPt()+0.0066);
 521     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
 522
 523     Float_t f1 =1;
 524     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(GetSigma1Pt2())/(OneOverPt()+0.0066);
 525
 526     if (fBConstrain)   f1=1.2;
 527
 528     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
 529     else return +1;
 530   }
 531 }
 532
 533
 534
 535
 536 //_____________________________________________________________________________
 537 Bool_t AliTPCseed::Update(const AliCluster *c, Double_t chisq, Int_t index)
 538 {
 539   //-----------------------------------------------------------------
 540   // This function associates a cluster with this track.
 541   //-----------------------------------------------------------------
 542   Int_t n=GetNumberOfClusters();
 543   Int_t idx=GetClusterIndex(n);    // save the current cluster index
 544
 545   AliCluster cl(*c);  cl.SetSigmaY2(fErrorY2); cl.SetSigmaZ2(fErrorZ2);
 546   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 547   if (TMath::Abs(dx)>0){
 548     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 549     Float_t dy = dx*ty;
 550     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 551     cl.SetY(c->GetY()-dy);
 552     cl.SetZ(c->GetZ()-dz);
 553   }
 554
 555   if (!AliTPCtrack::Update(&cl,chisq,index)) return kFALSE;
 556
 557   if (fCMeanSigmaY2p30<0){
 558     fCMeanSigmaY2p30= c->GetSigmaY2();   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 559     fCMeanSigmaZ2p30= c->GetSigmaZ2();   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 560     fCMeanSigmaY2p30R = 1;   //! current mean sigma Y2 - mean5%
 561     fCMeanSigmaZ2p30R = 1;   //! current mean sigma Z2 - mean5%
 562   }
 563   //
 564   fCMeanSigmaY2p30= 0.70*fCMeanSigmaY2p30 +0.30*c->GetSigmaY2();
 565   fCMeanSigmaZ2p30= 0.70*fCMeanSigmaZ2p30 +0.30*c->GetSigmaZ2();
 566   if (fCurrentSigmaY2>0){
 567     fCMeanSigmaY2p30R = 0.7*fCMeanSigmaY2p30R  +0.3*c->GetSigmaY2()/fCurrentSigmaY2;
 568     fCMeanSigmaZ2p30R = 0.7*fCMeanSigmaZ2p30R  +0.3*c->GetSigmaZ2()/fCurrentSigmaZ2;
 569   }
 570
 571
 572   SetClusterIndex(n,idx);          // restore the current cluster index
 573   return kTRUE;
 574 }
 575
 576
 577
 578 //_____________________________________________________________________________
 579 Float_t AliTPCseed::CookdEdx(Double_t low, Double_t up,Int_t i1, Int_t i2, Bool_t /* onlyused */) {
 580   //-----------------------------------------------------------------
 581   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
 582   //-----------------------------------------------------------------
 583   // CookdEdxAnalytical(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Int_t returnVal)
 584   AliTPCParam *param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 585
 586   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 587   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 588   Int_t row2 = row1+param->GetNRowUp2();
 589   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
 590   Int_t useTot = 0;
 591   if (recoParam) useTot = (recoParam->GetUseTotCharge())? 0:1;
 592   //
 593   //
 594   //
 595   fDEDX[0]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   0);
 596   fDEDX[1]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 0);
 597   fDEDX[2]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 0);
 598   fDEDX[3]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 0);
 599   //
 600   fSDEDX[0]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   1);
 601   fSDEDX[1]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 1);
 602   fSDEDX[2]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 1);
 603   fSDEDX[3]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 1);
 604   //
 605   fNCDEDX[0]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   2));
 606   fNCDEDX[1]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 2));
 607   fNCDEDX[2]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 2));
 608   fNCDEDX[3]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 2));
 609
 610   SetdEdx(fDEDX[0]);
 611   return fDEDX[0];
 612
 613 //  return CookdEdxNorm(low,up,0,i1,i2,1,0,2);
 614
 615
 616 //   Float_t amp[200];
 617 //   Float_t angular[200];
 618 //   Float_t weight[200];
 619 //   Int_t index[200];
 620 //   //Int_t nc = 0;
 621 //   Float_t meanlog = 100.;
 622
 623 //   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
 624 //   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
 625 //   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
 626 //   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
 627 //   //
 628 //   //
 629 //   fNShared =0;
 630
 631 //   Float_t gainGG = 1;
 632 //   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 633 //     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000.;  //relative gas gain
 634 //   }
 635
 636
 637 //   for (Int_t of =0; of<4; of++){
 638 //     for (Int_t i=of+i1;i<i2;i+=4)
 639 //       {
 640 //      Int_t clindex = fIndex[i];
 641 //      if (clindex<0||clindex&0x8000) continue;
 642
 643 //      //AliTPCTrackPoint * point = (AliTPCTrackPoint *) arr.At(i);
 644 //      AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
 645 //      //AliTPCTrackerPoint * pointm = GetTrackPoint(i-1);
 646 //      //AliTPCTrackerPoint * pointp = 0;
 647 //      //if (i<159) pointp = GetTrackPoint(i+1);
 648
 649 //      if (point==0) continue;
 650 //      AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
 651 //      if (cl==0) continue;
 652 //      if (onlyused && (!cl->IsUsed(10))) continue;
 653 //      if (cl->IsUsed(11)) {
 654 //        fNShared++;
 655 //        continue;
 656 //      }
 657 //      Int_t   type   = cl->GetType();
 658 //      //if (point->fIsShared){
 659 //      //  fNShared++;
 660 //      //  continue;
 661 //      //}
 662 //      //if (pointm)
 663 //      //  if (pointm->fIsShared) continue;
 664 //      //if (pointp)
 665 //      //  if (pointp->fIsShared) continue;
 666
 667 //      if (type<0) continue;
 668 //      //if (type>10) continue;
 669 //      //if (point->GetErrY()==0) continue;
 670 //      //if (point->GetErrZ()==0) continue;
 671
 672 //      //Float_t ddy = (point->GetY()-cl->GetY())/point->GetErrY();
 673 //      //Float_t ddz = (point->GetZ()-cl->GetZ())/point->GetErrZ();
 674 //      //if ((ddy*ddy+ddz*ddz)>10) continue;
 675
 676
 677 //      //      if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
 678 //      if (cl->GetMax()<5) continue;
 679 //      Float_t angley = point->GetAngleY();
 680 //      Float_t anglez = point->GetAngleZ();
 681
 682 //      Float_t rsigmay2 =  point->GetSigmaY();
 683 //      Float_t rsigmaz2 =  point->GetSigmaZ();
 684 //      /*
 685 //      Float_t ns = 1.;
 686 //      if (pointm){
 687 //        rsigmay +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaY();
 688 //        rsigmaz +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaZ();
 689 //        ns+=1.;
 690 //      }
 691 //      if (pointp){
 692 //        rsigmay +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaY();
 693 //        rsigmaz +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaZ();
 694 //        ns+=1.;
 695 //      }
 696 //      rsigmay/=ns;
 697 //      rsigmaz/=ns;
 698 //      */
 699
 700 //      Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay2*rsigmaz2);
 701
 702 //      Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
 703 //      if (i>64){
 704 //        //      ampc = 1.*point->GetCPoint().GetMax();
 705 //        ampc = 1.*cl->GetMax();
 706 //        //ampc = 1.*point->GetCPoint().GetQ();
 707 //        //      AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 708 //        //      Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.6)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.6)+0.5);
 709 //        // Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 710 //        //Float_t dz =
 711 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 712 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 713 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 714 //        //      Float_t zfactor = (AliTPCReconstructor::GetCtgRange()-0.0004*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 715 //        //ampc               *=zfactor;
 716 //      }
 717 //      else{
 718 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetMax();
 719 //        ampc = 1.0*cl->GetMax();
 720 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetQ();
 721 //        //AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 722 //        // Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.4)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.4)+0.5);
 723 //        //Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 724 //        //Float_t dz =
 725 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 726
 727 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 728 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 729 //        //    Float_t zfactor = (1.02-0.000*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 730 //        //ampc               *=zfactor;
 731
 732 //      }
 733 //      ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
 734 //      //ampc *= 0.58;     // put mean value to channel 50
 735 //      Float_t w      =  1.;
 736 //      //      if (type>0)  w =  1./(type/2.-0.5);
 737 //      //      Float_t z = TMath::Abs(cl->GetZ());
 738 //      if (i<64) {
 739 //        ampc /= 0.6;
 740 //        //ampc /= (1+0.0008*z);
 741 //      } else
 742 //        if (i>128){
 743 //          ampc /=1.5;
 744 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 745 //        }else{
 746 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 747 //        }
 748
 749 //      if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
 750 //        // w*= 2.;
 751
 752 //        continue;
 753 //      }
 754 //      if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
 755 //      amp[nc[of]]        = ampc;
 756 //      amp[nc[of]]       /=gainGG;
 757 //      angular[nc[of]]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
 758 //      weight[nc[of]]     = w;
 759 //      nc[of]++;
 760 //       }
 761
 762 //     TMath::Sort(nc[of],amp,index,kFALSE);
 763 //     Float_t sumamp=0;
 764 //     Float_t sumamp2=0;
 765 //     Float_t sumw=0;
 766 //     //meanlog = amp[index[Int_t(nc[of]*0.33)]];
 767 //     meanlog = 50;
 768 //     for (Int_t i=int(nc[of]*low+0.5);i<int(nc[of]*up+0.5);i++){
 769 //       Float_t ampl      = amp[index[i]]/angular[index[i]];
 770 //       ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
 771 //       //
 772 //       sumw    += weight[index[i]];
 773 //       sumamp  += weight[index[i]]*ampl;
 774 //       sumamp2 += weight[index[i]]*ampl*ampl;
 775 //       norm[of]    += angular[index[i]]*weight[index[i]];
 776 //     }
 777 //     if (sumw<1){
 778 //       SetdEdx(0);
 779 //     }
 780 //     else {
 781 //       norm[of] /= sumw;
 782 //       mean[of]  = sumamp/sumw;
 783 //       sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
 784 //       if (sigma[of]>0.1)
 785 //      sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
 786 //       else
 787 //      sigma[of] = 1000;
 788
 789 //     mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
 790 //     //mean  *=(1-0.02*(sigma/(mean*0.17)-1.));
 791 //     //mean *=(1-0.1*(norm-1.));
 792 //     }
 793 //   }
 794
 795 //   Float_t dedx =0;
 796 //   fSdEdx =0;
 797 //   fMAngular =0;
 798 //   //  mean[0]*= (1-0.05*(sigma[0]/(0.01+mean[1]*0.18)-1));
 799 //   //  mean[1]*= (1-0.05*(sigma[1]/(0.01+mean[0]*0.18)-1));
 800
 801
 802 //   //  dedx = (mean[0]* TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+ mean[1]* TMath::Sqrt((1.+nc[1])) )/
 803 //   //  (  TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+TMath::Sqrt((1.+nc[1])));
 804
 805 //   Int_t norm2 = 0;
 806 //   Int_t norm3 = 0;
 807 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 808 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 809 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 810 //       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2);
 811 //       fMAngular += norm[i] *nc[i];
 812 //       norm2     += nc[i];
 813 //       norm3     += nc[i]-2;
 814 //     }
 815 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 816 //     fSDEDX[i] = sigma[i];
 817 //     fNCDEDX[i]= nc[i];
 818 //   }
 819
 820 //   if (norm3>0){
 821 //     dedx   /=norm2;
 822 //     fSdEdx /=norm3;
 823 //     fMAngular/=norm2;
 824 //   }
 825 //   else{
 826 //     SetdEdx(0);
 827 //     return 0;
 828 //   }
 829 //   //  Float_t dedx1 =dedx;
 830 //   /*
 831 //   dedx =0;
 832 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 833 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 834 //       mean[i]   = mean[i]*(1-0.12*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
 835 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 836 //     }
 837 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 838 //   }
 839 //   dedx /= norm2;
 840 //   */
 841
 842
 843 //   SetdEdx(dedx);
 844 //   return dedx;
 845 }
 846
 847 void AliTPCseed::CookPID()
 848 {
 849   //
 850   // cook PID information according dEdx
 851   //
 852   Double_t fRange = 10.;
 853   Double_t fRes   = 0.1;
 854   Double_t fMIP   = 47.;
 855   //
 856   Int_t ns=AliPID::kSPECIES;
 857   Double_t sumr =0;
 858   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 859     Double_t mass=AliPID::ParticleMass(j);
 860     Double_t mom=GetP();
 861     Double_t dedx=fdEdx/fMIP;
 862     Double_t bethe=AliMathBase::BetheBlochAleph(mom/mass);
 863     Double_t sigma=fRes*bethe;
 864     if (sigma>0.001){
 865       if (TMath::Abs(dedx-bethe) > fRange*sigma) {
 866         fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*fRange*fRange)/sigma;
 867         sumr+=fTPCr[j];
 868         continue;
 869       }
 870       fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*(dedx-bethe)*(dedx-bethe)/(sigma*sigma))/sigma;
 871       sumr+=fTPCr[j];
 872     }
 873     else{
 874       fTPCr[j]=1.;
 875       sumr+=fTPCr[j];
 876     }
 877   }
 878   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 879     fTPCr[j]/=sumr;           //normalize
 880   }
 881 }
 882
 883 Double_t AliTPCseed::GetYat(Double_t xk) const {
 884 //-----------------------------------------------------------------
 885 // This function calculates the Y-coordinate of a track at the plane x=xk.
 886 //-----------------------------------------------------------------
 887   if (TMath::Abs(GetSnp())>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0.; //patch 01 jan 06
 888     Double_t c1=GetSnp(), r1=TMath::Sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 889     Double_t c2=c1+GetC()*(xk-GetX());
 890     if (TMath::Abs(c2)>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0;
 891     Double_t r2=TMath::Sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 892     return GetY() + (xk-GetX())*(c1+c2)/(r1+r2);
 893 }
 894
 895 void AliTPCseed::SetClusterMapBit(int ibit, Bool_t state)
 896 {
 897   fClusterMap[ibit] = state;
 898 }
 899 Bool_t AliTPCseed::GetClusterMapBit(int ibit)
 900 {
 901   return fClusterMap[ibit];
 902 }
 903 void AliTPCseed::SetSharedMapBit(int ibit, Bool_t state)
 904 {
 905   fSharedMap[ibit] = state;
 906 }
 907 Bool_t AliTPCseed::GetSharedMapBit(int ibit)
 908 {
 909   return fSharedMap[ibit];
 910 }
 911
 912
 913
 914
 915
 916 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxNorm(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Bool_t shapeNorm,Int_t posNorm, Int_t padNorm, Int_t returnVal){
 917
 918   //
 919   // calculates dedx using the cluster
 920   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
 921   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
 922   //           //2- max no corr 3- total+ correction
 923   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
 924   // shapeNorm - kTRUE  -taken from OCDB
 925   //
 926   // posNorm   - usage of pos normalization
 927   // padNorm   - pad type normalization
 928   // returnVal - 0 return mean
 929   //           - 1 return RMS
 930   //           - 2 return number of clusters
 931   //
 932   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
 933   //
 934   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
 935   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 936   if (!parcl)  return 0;
 937   if (!param) return 0;
 938   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 939   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 940
 941   Float_t amp[160];
 942   Int_t   indexes[160];
 943   Int_t   ncl=0;
 944   //
 945   //
 946   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
 947   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
 948   Float_t corrShape   = 1;  // correction due angular effect, diffusion and electron attachment
 949   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
 950   Float_t corrPadType = 1;  // pad type correction - if padNorm enabled
 951   Float_t corrNorm    = 1;  // normalization factor - set Q to channel 50
 952   //
 953   //
 954   //
 955   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 956     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
 957   }
 958
 959   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
 960   const Float_t kedgey =3.;
 961   //
 962   //
 963   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
 964     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
 965     if (!cluster) continue;
 966     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
 967     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
 968     Int_t  ipad= 0;
 969     if (irow>=row0) ipad=1;
 970     if (irow>=row1) ipad=2;
 971     //
 972     //
 973     //
 974     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
 975     if (gainMap) {
 976       //
 977       // Get gainPad - pad by pad calibration
 978       //
 979       Float_t factor = 1;
 980       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
 981       if (irow < row0) { // IROC
 982         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 983       } else {         // OROC
 984         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 985       }
 986       if (factor>0.5) gainPad=factor;
 987     }
 988     //
 989     //do position and angular normalization
 990     //
 991     if (shapeNorm){
 992       if (type<=1){
 993         //
 994         AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
 995         Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
 996         Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
 997
 998         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
 999         corrShape  = parcl->Qnorm(ipad,type,dr,ty,tz);
1000       }
1001     }
1002
1003     if (posNorm>0){
1004       //
1005       // Do position normalization - relative distance to
1006       // center of pad- time bin
1007       // Work in progress
1008       //      corrPos = parcl->QnormPos(ipad,type, cluster->GetPad(),
1009       //                                cluster->GetTimeBin(), cluster->GetZ(),
1010       //                                cluster->GetSigmaY2(),cluster->GetSigmaZ2(),
1011       //                                cluster->GetMax(),cluster->GetQ());
1012       // scaled response function
1013       Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
1014       Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
1015       //
1016
1017       AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
1018       Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
1019       Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
1020
1021       if (type==1) corrPos =
1022         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1023                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,0.4);
1024       if (type==0) corrPos =
1025         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1026                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,0.4);
1027       if (posNorm==3){
1028         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
1029         Double_t signtgl = (cluster->GetZ()*point->GetAngleZ()>0)? 1:-1;
1030         Double_t p2 = TMath::Abs(TMath::Sin(TMath::ATan(ty)));
1031         Float_t corrHis = parcl->QnormHis(ipad,type,dr,p2,TMath::Abs(point->GetAngleZ())*signtgl);
1032         if (corrHis>0) corrPos*=corrHis;
1033       }
1034
1035     }
1036
1037     if (padNorm==1){
1038       //taken from OCDB
1039       if (type==0 && parcl->QpadTnorm()) corrPadType = (*parcl->QpadTnorm())[ipad];
1040       if (type==1 && parcl->QpadMnorm()) corrPadType = (*parcl->QpadMnorm())[ipad];
1041
1042     }
1043     if (padNorm==2){
1044       corrPadType  =param->GetPadPitchLength(cluster->GetDetector(),cluster->GetRow());
1045       //use hardwired - temp fix
1046       if (type==0) corrNorm=3.;
1047       if (type==1) corrNorm=1.;
1048     }
1049     //
1050     amp[ncl]=charge;
1051     amp[ncl]/=gainGG;
1052     amp[ncl]/=gainPad;
1053     amp[ncl]/=corrShape;
1054     amp[ncl]/=corrPadType;
1055     amp[ncl]/=corrPos;
1056     amp[ncl]/=corrNorm;
1057     //
1058     ncl++;
1059   }
1060
1061   if (type>3) return ncl;
1062   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1063
1064   if (ncl<10) return 0;
1065
1066   Float_t suma=0;
1067   Float_t suma2=0;
1068   Float_t sumn=0;
1069   Int_t icl0=TMath::Nint(ncl*low);
1070   Int_t icl1=TMath::Nint(ncl*up);
1071   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1072     suma+=amp[indexes[icl]];
1073     suma2+=amp[indexes[icl]]*amp[indexes[icl]];
1074     sumn++;
1075   }
1076   Float_t mean =suma/sumn;
1077   Float_t rms  =TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1078   //
1079   // do time-dependent correction for pressure and temperature variations
1080   UInt_t runNumber = 1;
1081   Float_t corrTimeGain = 1;
1082   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1083   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
1084   if (trans && recoParam->GetUseGainCorrectionTime()>0) {
1085     runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1086     //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1087     TObjArray * timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1088     if (timeGainSplines) {
1089       UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1090       AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1091       AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1092       if (fitMIP) {
1093         corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitMIP, time);/*fitMIP->Eval(time);*/
1094       } else {
1095         if (fitFPcosmic) corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitFPcosmic, time);/*fitFPcosmic->Eval(time);*/
1096       }
1097     }
1098   }
1099   mean /= corrTimeGain;
1100   rms /= corrTimeGain;
1101   //
1102   if (returnVal==1) return rms;
1103   if (returnVal==2) return ncl;
1104   return mean;
1105 }
1106
1107 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxAnalytical(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Int_t returnVal, Int_t rowThres){
1108
1109   //
1110   // calculates dedx using the cluster
1111   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
1112   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
1113   //           //2- max no corr 3- total+ correction
1114   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
1115   //
1116   // posNorm   - usage of pos normalization
1117   // returnVal - 0 return mean
1118   //           - 1 return RMS
1119   //           - 2 return number of clusters
1120   //
1121   // rowThres  - number of rows before and after given pad row to check for clusters below threshold
1122   //
1123   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
1124   //
1125   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1126   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1127   if (!parcl)  return 0;
1128   if (!param) return 0;
1129   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
1130   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
1131
1132   Float_t amp[160];
1133   Int_t   indexes[160];
1134   Int_t   ncl=0;
1135   Int_t   nclBelowThr = 0; // counts number of clusters below threshold
1136   //
1137   //
1138   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
1139   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
1140   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
1141   //
1142   //
1143   //
1144   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
1145     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
1146   }
1147   //
1148   // extract time-dependent correction for pressure and temperature variations
1149   //
1150   UInt_t runNumber = 1;
1151   Float_t corrTimeGain = 1;
1152   TObjArray * timeGainSplines = 0x0;
1153   TGraphErrors * grPadEqual = 0x0;
1154   //
1155   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1156   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
1157   //
1158   if (recoParam->GetNeighborRowsDedx() == 0) rowThres = 0;
1159   //
1160   if (trans) {
1161       runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1162       //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1163       timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1164       if (timeGainSplines && recoParam->GetUseGainCorrectionTime()>0) {
1165         UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1166         AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1167         AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1168         if (fitMIP) {
1169           corrTimeGain =  AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitMIP, time); /*fitMIP->Eval(time);*/
1170         } else {
1171           if (fitFPcosmic) corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitFPcosmic, time); /*fitFPcosmic->Eval(time); */
1172         }
1173         //
1174         if (type==1) grPadEqual = (TGraphErrors * ) timeGainSplines->FindObject("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");
1175         if (type==0) grPadEqual = (TGraphErrors * ) timeGainSplines->FindObject("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");
1176       }
1177   }
1178
1179   const Float_t kClusterShapeCut = 1.5; // IMPPRTANT TO DO: move value to AliTPCRecoParam
1180   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
1181   const Float_t kedgey =3.;
1182   //
1183   //
1184   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
1185     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
1186     if (!cluster && irow > 1 && irow < 157) {
1187       Bool_t isClBefore = kFALSE;
1188       Bool_t isClAfter  = kFALSE;
1189       for(Int_t ithres = 1; ithres <= rowThres; ithres++) {
1190         AliTPCclusterMI * clusterBefore = GetClusterPointer(irow - ithres);
1191         if (clusterBefore) isClBefore = kTRUE;
1192         AliTPCclusterMI * clusterAfter  = GetClusterPointer(irow + ithres);
1193         if (clusterAfter) isClAfter = kTRUE;
1194       }
1195       if (isClBefore && isClAfter) nclBelowThr++;
1196     }
1197     if (!cluster) continue;
1198     //
1199     //
1200     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
1201     //
1202     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
1203     if (point==0) continue;
1204     Float_t rsigmay = TMath::Sqrt(point->GetSigmaY());
1205     if (rsigmay > kClusterShapeCut) continue;
1206     //
1207     if (cluster->IsUsed(11)) continue; // remove shared clusters for PbPb
1208     //
1209     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
1210     Int_t  ipad= 0;
1211     if (irow>=row0) ipad=1;
1212     if (irow>=row1) ipad=2;
1213     //
1214     //
1215     //
1216     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
1217     if (gainMap) {
1218       //
1219       // Get gainPad - pad by pad calibration
1220       //
1221       Float_t factor = 1;
1222       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
1223       if (irow < row0) { // IROC
1224         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1225       } else {         // OROC
1226         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1227       }
1228       if (factor>0.3) gainPad=factor;
1229     }
1230     //
1231     // Do position normalization - relative distance to
1232     // center of pad- time bin
1233
1234     Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
1235     Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
1236     Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
1237     Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
1238
1239     yres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,0);
1240     zres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,1);
1241     Float_t effLength=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,4)*0.5;
1242     Float_t effDiff  =(parcl->GetQnormCorr(ipad, type,2)+parcl->GetQnormCorr(ipad, type,3))*0.5;
1243     //
1244     if (type==1) {
1245       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1246         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1247                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,effLength,effDiff);
1248       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1249       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1250       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1251       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1252       //
1253     }
1254     if (type==0) {
1255       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1256         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1257                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,effLength,effDiff);
1258
1259       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1260       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1261       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1262       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1263       //
1264     }
1265     //
1266     // pad region equalization outside of cluster param
1267     //
1268     Float_t gainEqualPadRegion = 1;
1269     if (grPadEqual) gainEqualPadRegion = grPadEqual->Eval(ipad);
1270     //
1271     amp[ncl]=charge;
1272     amp[ncl]/=gainGG;
1273     amp[ncl]/=gainPad;
1274     amp[ncl]/=corrPos;
1275     amp[ncl]/=gainEqualPadRegion;
1276     //
1277     ncl++;
1278   }
1279
1280   if (type>3) return ncl;
1281   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1282   //
1283   if (ncl<10) return 0;
1284   //
1285   Double_t * ampWithBelow = new Double_t[ncl + nclBelowThr];
1286   for(Int_t iCl = 0; iCl < ncl + nclBelowThr; iCl++) {
1287     if (iCl < nclBelowThr) {
1288       ampWithBelow[iCl] = amp[indexes[0]];
1289     } else {
1290       ampWithBelow[iCl] = amp[indexes[iCl - nclBelowThr]];
1291     }
1292   }
1293   //printf("DEBUG: %i shit %f", nclBelowThr, amp[indexes[0]]);
1294   //
1295   Float_t suma=0;
1296   Float_t suma2=0;
1297   Float_t sumn=0;
1298   Int_t icl0=TMath::Nint((ncl + nclBelowThr)*low);
1299   Int_t icl1=TMath::Nint((ncl + nclBelowThr)*up);
1300   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1301     suma+=ampWithBelow[icl];
1302     suma2+=ampWithBelow[icl]*ampWithBelow[icl];
1303     sumn++;
1304   }
1305   delete [] ampWithBelow;
1306   Float_t mean =suma/sumn;
1307   Float_t rms  =TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1308   //
1309   mean /= corrTimeGain;
1310   rms /= corrTimeGain;
1311   //
1312   if (returnVal==1) return rms;
1313   if (returnVal==2) return ncl;
1314   return mean;
1315 }
1316
1317
1318
1319
1320 Float_t  AliTPCseed::CookShape(Int_t type){
1321   //
1322   //
1323   //
1324  //-----------------------------------------------------------------
1325   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
1326   //-----------------------------------------------------------------
1327   Float_t means=0;
1328   Float_t meanc=0;
1329   for (Int_t i =0; i<160;i++)    {
1330     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
1331     if (point==0) continue;
1332
1333     AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
1334     if (cl==0) continue;
1335
1336     Float_t rsigmay =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaY());
1337     Float_t rsigmaz =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaZ());
1338     Float_t rsigma =   (rsigmay+rsigmaz)*0.5;
1339     if (type==0) means+=rsigma;
1340     if (type==1) means+=rsigmay;
1341     if (type==2) means+=rsigmaz;
1342     meanc++;
1343   }
1344   Float_t mean = (meanc>0)? means/meanc:0;
1345   return mean;
1346 }
1347
1348
1349
1350 Int_t  AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed *seed, AliExternalTrackParam * parin, AliExternalTrackParam * parout){
1351   //
1352   // Refit the track
1353   // return value - number of used clusters
1354   //
1355   //
1356   const Int_t kMinNcl =10;
1357   AliTPCseed *track=new AliTPCseed(*seed);
1358   Int_t sector=-1;
1359   // reset covariance
1360   //
1361   Double_t covar[15];
1362   for (Int_t i=0;i<15;i++) covar[i]=0;
1363   covar[0]=10.*10.;
1364   covar[2]=10.*10.;
1365   covar[5]=10.*10./(64.*64.);
1366   covar[9]=10.*10./(64.*64.);
1367   covar[14]=1*1;
1368   //
1369
1370   Float_t xmin=1000, xmax=-10000;
1371   Int_t imin=158, imax=0;
1372   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
1373     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1374     if (!c) continue;
1375     if (sector<0) sector = c->GetDetector();
1376     if (c->GetX()<xmin) xmin=c->GetX();
1377     if (c->GetX()>xmax) xmax=c->GetX();
1378     if (i<imin) imin=i;
1379     if (i>imax) imax=i;
1380   }
1381   if(imax-imin<kMinNcl) {
1382     delete track;
1383     return 0 ;
1384   }
1385   // Not succes to rotate
1386   if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1387     delete track;
1388     return 0;
1389   }
1390   //
1391   //
1392   // fit from inner to outer row
1393   //
1394   AliExternalTrackParam paramIn;
1395   AliExternalTrackParam paramOut;
1396   Bool_t isOK=kTRUE;
1397   Int_t ncl=0;
1398   //
1399   //
1400   //
1401   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1402     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1403     if (!c) continue;
1404     //    if (RejectCluster(c,track)) continue;
1405     sector = (c->GetDetector()%18);
1406     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1407       //continue;
1408     }
1409     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1410     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1411     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1412       isOK=kFALSE;
1413     }
1414     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1415   }
1416   if (!isOK) { delete track; return 0;}
1417   track->AddCovariance(covar);
1418   //
1419   //
1420   //
1421   for (Int_t i=imax; i>=imin; i--){
1422     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1423     if (!c) continue;
1424     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1425     sector = (c->GetDetector()%18);
1426     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1427       //continue;
1428     }
1429     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1430     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1431     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1432       isOK=kFALSE;
1433     }
1434     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1435   }
1436   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1437   paramIn = *track;
1438   track->AddCovariance(covar);
1439   //
1440   //
1441   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1442     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1443     if (!c) continue;
1444     sector = (c->GetDetector()%18);
1445     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1446       //continue;
1447     }
1448     ncl++;
1449     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1450     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1451     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1452     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1453       isOK=kFALSE;
1454     }
1455     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1456   }
1457   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1458   paramOut=*track;
1459   //
1460   //
1461   //
1462   if (parin) (*parin)=paramIn;
1463   if (parout) (*parout)=paramOut;
1464   delete track;
1465   return ncl;
1466 }
1467
1468
1469
1470 Bool_t AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed* /*seed*/, Bool_t /*out*/){
1471   //
1472   //
1473   //
1474   return kFALSE;
1475 }
1476
1477
1478
1479
1480
1481
1482 void  AliTPCseed::GetError(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1483                                   Double_t& erry, Double_t &errz)
1484 {
1485   //
1486   // Get cluster error at given position
1487   //
1488   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1489   Double_t tany,tanz;
1490   Double_t snp1=param->GetSnp();
1491   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1492   //
1493   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1494   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1495   //
1496   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1497   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1498     padSize = 1;                              // medium pads
1499     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1500   }
1501
1502   erry  = clusterParam->GetError0Par( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany) );
1503   errz  = clusterParam->GetError0Par( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) );
1504 }
1505
1506
1507 void  AliTPCseed::GetShape(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1508                                   Double_t& rmsy, Double_t &rmsz)
1509 {
1510   //
1511   // Get cluster error at given position
1512   //
1513   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1514   Double_t tany,tanz;
1515   Double_t snp1=param->GetSnp();
1516   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1517   //
1518   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1519   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1520   //
1521   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1522   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1523     padSize = 1;                              // medium pads
1524     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1525   }
1526
1527   rmsy  = clusterParam->GetRMSQ( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany), TMath::Abs(cluster->GetMax()) );
1528   rmsz  = clusterParam->GetRMSQ( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) ,TMath::Abs(cluster->GetMax()));
1529 }
1530
1531
1532
1533 Double_t AliTPCseed::GetQCorrGeom(Float_t ty, Float_t tz){
1534   //Geoetrical
1535   //ty    - tangent in local y direction
1536   //tz    - tangent
1537   //
1538   Float_t norm=TMath::Sqrt(1+ty*ty+tz*tz);
1539   return norm;
1540 }
1541
1542 Double_t AliTPCseed::GetQCorrShape(Int_t ipad, Int_t type,Float_t z, Float_t ty, Float_t tz, Float_t /*q*/, Float_t /*thr*/){
1543   //
1544   // Q normalization
1545   //
1546   // return value =  Q Normalization factor
1547   // Normalization - 1 - shape factor part for full drift
1548   //                 1 - electron attachment for 0 drift
1549
1550   // Input parameters:
1551   //
1552   // ipad - 0 short pad
1553   //        1 medium pad
1554   //        2 long pad
1555   //
1556   // type - 0 qmax
1557   //      - 1 qtot
1558   //
1559   //z     - z position (-250,250 cm)
1560   //ty    - tangent in local y direction
1561   //tz    - tangent
1562   //
1563
1564   AliTPCClusterParam * paramCl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1565   AliTPCParam   * paramTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1566
1567   if (!paramCl) return 1;
1568   //
1569   Double_t dr =  250.-TMath::Abs(z);
1570   Double_t sy =  paramCl->GetRMS0( 0,ipad, dr, TMath::Abs(ty));
1571   Double_t sy0=  paramCl->GetRMS0(0,ipad, 250, 0);
1572   Double_t sz =  paramCl->GetRMS0( 1,ipad, dr, TMath::Abs(tz));
1573   Double_t sz0=  paramCl->GetRMS0(1,ipad, 250, 0);
1574
1575   Double_t sfactorMax = TMath::Sqrt(sy0*sz0/(sy*sz));
1576
1577
1578   Double_t dt = 1000000*(dr/paramTPC->GetDriftV());  //time in microsecond
1579   Double_t attProb = TMath::Exp(-paramTPC->GetAttCoef()*paramTPC->GetOxyCont()*dt);
1580   //
1581   //
1582   if (type==0) return sfactorMax*attProb;
1583
1584   return attProb;
1585
1586
1587 }
1588