TPC/AliTPCseed.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------
  20 //           Implementation of the TPC seed class
  21 //        This class is used by the AliTPCtrackerMI class
  22 //      Origin: Marian Ivanov, CERN, Marian.Ivanov@cern.ch
  23 //-----------------------------------------------------------------
  24 #include "TClonesArray.h"
  25 #include "AliTPCseed.h"
  26 #include "AliTPCReconstructor.h"
  27 #include "AliTPCClusterParam.h"
  28 #include "AliTPCCalPad.h"
  29 #include "AliTPCCalROC.h"
  30 #include "AliTPCcalibDB.h"
  31 #include "AliTPCParam.h"
  32 #include "AliMathBase.h"
  33 #include "AliTPCTransform.h"
  34 #include "AliSplineFit.h"
  35 #include "AliCDBManager.h"
  36
  37
  38
  39 ClassImp(AliTPCseed)
  40
  41
  42
  43 AliTPCseed::AliTPCseed():
  44   AliTPCtrack(),
  45   fEsd(0x0),
  46   fClusterOwner(kFALSE),
  47   fRow(0),
  48   fSector(-1),
  49   fRelativeSector(-1),
  50   fCurrentSigmaY2(1e10),
  51   fCurrentSigmaZ2(1e10),
  52   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
  53   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
  54   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
  55   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
  56   //
  57   fErrorY2(1e10),
  58   fErrorZ2(1e10),
  59   fCurrentCluster(0x0),
  60   fCurrentClusterIndex1(-1),
  61   fInDead(kFALSE),
  62   fIsSeeding(kFALSE),
  63   fNoCluster(0),
  64   fSort(0),
  65   fBSigned(kFALSE),
  66   fSeedType(0),
  67   fSeed1(-1),
  68   fSeed2(-1),
  69   fMAngular(0),
  70   fCircular(0),
  71   fClusterMap(159),
  72   fSharedMap(159)
  73 {
  74   //
  75   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
  76   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
  77   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
  78   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=0.2;
  79   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
  80     fDEDX[i] = 0.;
  81     fSDEDX[i] = 1e10;
  82     fNCDEDX[i] = 0;
  83   }
  84   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
  85   //  for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterMap[i]=kFALSE;
  86   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fSharedMap[i]=kFALSE;
  87   fClusterMap.ResetAllBits(kFALSE);
  88   fSharedMap.ResetAllBits(kFALSE);
  89
  90 }
  91
  92 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCseed &s, Bool_t clusterOwner):
  93   AliTPCtrack(s),
  94   fEsd(0x0),
  95   fClusterOwner(clusterOwner),
  96   fRow(0),
  97   fSector(-1),
  98   fRelativeSector(-1),
  99   fCurrentSigmaY2(-1),
 100   fCurrentSigmaZ2(-1),
 101   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 102   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 103   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 104   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 105   fErrorY2(1e10),
 106   fErrorZ2(1e10),
 107   fCurrentCluster(0x0),
 108   fCurrentClusterIndex1(-1),
 109   fInDead(kFALSE),
 110   fIsSeeding(kFALSE),
 111   fNoCluster(0),
 112   fSort(0),
 113   fBSigned(kFALSE),
 114   fSeedType(0),
 115   fSeed1(-1),
 116   fSeed2(-1),
 117   fMAngular(0),
 118   fCircular(0),
 119   fClusterMap(s.fClusterMap),
 120   fSharedMap(s.fSharedMap)
 121 {
 122   //---------------------
 123   // dummy copy constructor
 124   //-------------------------
 125   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 126     fClusterPointer[i]=0;
 127     if (fClusterOwner){
 128       if (s.fClusterPointer[i])
 129         fClusterPointer[i] = new AliTPCclusterMI(*(s.fClusterPointer[i]));
 130     }else{
 131       fClusterPointer[i] = s.fClusterPointer[i];
 132     }
 133     fTrackPoints[i] = s.fTrackPoints[i];
 134   }
 135   for (Int_t i=0;i<160;i++) fIndex[i] = s.fIndex[i];
 136   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=s.fTPCr[i];
 137   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 138     fDEDX[i] = s.fDEDX[i];
 139     fSDEDX[i] = s.fSDEDX[i];
 140     fNCDEDX[i] = s.fNCDEDX[i];
 141   }
 142   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = s.fOverlapLabels[i];
 143
 144 }
 145
 146
 147 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t):
 148   AliTPCtrack(t),
 149   fEsd(0x0),
 150   fClusterOwner(kFALSE),
 151   fRow(0),
 152   fSector(-1),
 153   fRelativeSector(-1),
 154   fCurrentSigmaY2(-1),
 155   fCurrentSigmaZ2(-1),
 156   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 157   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 158   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 159   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 160   fErrorY2(1e10),
 161   fErrorZ2(1e10),
 162   fCurrentCluster(0x0),
 163   fCurrentClusterIndex1(-1),
 164   fInDead(kFALSE),
 165   fIsSeeding(kFALSE),
 166   fNoCluster(0),
 167   fSort(0),
 168   fBSigned(kFALSE),
 169   fSeedType(0),
 170   fSeed1(-1),
 171   fSeed2(-1),
 172   fMAngular(0),
 173   fCircular(0),
 174   fClusterMap(159),
 175   fSharedMap(159)
 176 {
 177   //
 178   // Constructor from AliTPCtrack
 179   //
 180   fFirstPoint =0;
 181   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 182   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 183     fClusterPointer[i] = 0;
 184     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
 185     if (index>=-1){
 186       SetClusterIndex2(i,index);
 187     }
 188     else{
 189       SetClusterIndex2(i,-3);
 190     }
 191   }
 192   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 193     fDEDX[i] = 0.;
 194     fSDEDX[i] = 1e10;
 195     fNCDEDX[i] = 0;
 196   }
 197   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 198
 199   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterMap[i]=kFALSE;
 200   //for (Int_t i=0;i<160;i++) fSharedMap[i]=kFALSE;
 201   fClusterMap.ResetAllBits(kFALSE);
 202   fSharedMap.ResetAllBits(kFALSE);
 203
 204 }
 205
 206 AliTPCseed::AliTPCseed(Double_t xr, Double_t alpha, const Double_t xx[5],
 207                        const Double_t cc[15], Int_t index):
 208   AliTPCtrack(xr, alpha, xx, cc, index),
 209   fEsd(0x0),
 210   fClusterOwner(kFALSE),
 211   fRow(0),
 212   fSector(-1),
 213   fRelativeSector(-1),
 214   fCurrentSigmaY2(-1),
 215   fCurrentSigmaZ2(-1),
 216   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 217   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 218   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 219   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 220   fErrorY2(1e10),
 221   fErrorZ2(1e10),
 222   fCurrentCluster(0x0),
 223   fCurrentClusterIndex1(-1),
 224   fInDead(kFALSE),
 225   fIsSeeding(kFALSE),
 226   fNoCluster(0),
 227   fSort(0),
 228   fBSigned(kFALSE),
 229   fSeedType(0),
 230   fSeed1(-1),
 231   fSeed2(-1),
 232   fMAngular(0),
 233   fCircular(0),
 234   fClusterMap(159),
 235   fSharedMap(159)
 236 {
 237   //
 238   // Constructor
 239   //
 240   fFirstPoint =0;
 241   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 242   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 243   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 244   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 245     fDEDX[i] = 0.;
 246     fSDEDX[i] = 1e10;
 247     fNCDEDX[i] = 0;
 248   }
 249   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 250 }
 251
 252 AliTPCseed::~AliTPCseed(){
 253   //
 254   // destructor
 255   fNoCluster =0;
 256   if (fClusterOwner){
 257     for (Int_t icluster=0; icluster<160; icluster++){
 258       delete fClusterPointer[icluster];
 259     }
 260   }
 261
 262 }
 263 //_________________________________________________
 264 AliTPCseed & AliTPCseed::operator=(const AliTPCseed &param)
 265 {
 266   //
 267   // assignment operator
 268   //
 269   if(this!=&param){
 270     AliTPCtrack::operator=(param);
 271     fEsd =param.fEsd;
 272     for(Int_t i = 0;i<160;++i)fClusterPointer[i] = param.fClusterPointer[i]; // this is not allocated by AliTPCSeed
 273     fClusterOwner = param.fClusterOwner;
 274     // leave out fPoint, they are also not copied in the copy ctor...
 275     // but deleted in the dtor... strange...
 276     fRow            = param.fRow;
 277     fSector         = param.fSector;
 278     fRelativeSector = param.fRelativeSector;
 279     fCurrentSigmaY2 = param.fCurrentSigmaY2;
 280     fCurrentSigmaZ2 = param.fCurrentSigmaZ2;
 281     fErrorY2        = param.fErrorY2;
 282     fErrorZ2        = param.fErrorZ2;
 283     fCurrentCluster = param.fCurrentCluster; // this is not allocated by AliTPCSeed
 284     fCurrentClusterIndex1 = param.fCurrentClusterIndex1;
 285     fInDead         = param.fInDead;
 286     fIsSeeding      = param.fIsSeeding;
 287     fNoCluster      = param.fNoCluster;
 288     fSort           = param.fSort;
 289     fBSigned        = param.fBSigned;
 290     for(Int_t i = 0;i<4;++i){
 291       fDEDX[i]   = param.fDEDX[i];
 292       fSDEDX[i]  = param.fSDEDX[i];
 293       fNCDEDX[i] = param.fNCDEDX[i];
 294     }
 295     for(Int_t i = 0;i<AliPID::kSPECIES;++i)fTPCr[i] = param.fTPCr[i];
 296
 297     fSeedType = param.fSeedType;
 298     fSeed1    = param.fSeed1;
 299     fSeed2    = param.fSeed2;
 300     for(Int_t i = 0;i<12;++i)fOverlapLabels[i] = param.fOverlapLabels[i];
 301     fMAngular = param.fMAngular;
 302     fCircular = param.fCircular;
 303     for(int i = 0;i<160;++i)fTrackPoints[i] =  param.fTrackPoints[i];
 304     fClusterMap = param.fClusterMap;
 305     fSharedMap = param.fSharedMap;
 306   }
 307   return (*this);
 308 }
 309 //____________________________________________________
 310 AliTPCTrackerPoint * AliTPCseed::GetTrackPoint(Int_t i)
 311 {
 312   //
 313   //
 314   return &fTrackPoints[i];
 315 }
 316
 317
 318
 319 Double_t AliTPCseed::GetDensityFirst(Int_t n)
 320 {
 321   //
 322   //
 323   // return cluster for n rows bellow first point
 324   Int_t nfoundable = 1;
 325   Int_t nfound      = 1;
 326   for (Int_t i=fLastPoint-1;i>0&&nfoundable<n; i--){
 327     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 328     if (index!=-1) nfoundable++;
 329     if (index>0) nfound++;
 330   }
 331   if (nfoundable<n) return 0;
 332   return Double_t(nfound)/Double_t(nfoundable);
 333
 334 }
 335
 336
 337 void AliTPCseed::GetClusterStatistic(Int_t first, Int_t last, Int_t &found, Int_t &foundable, Int_t &shared, Bool_t plus2)
 338 {
 339   // get cluster stat.  on given region
 340   //
 341   found       = 0;
 342   foundable   = 0;
 343   shared      =0;
 344   for (Int_t i=first;i<last; i++){
 345     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 346     if (index!=-1) foundable++;
 347     if (index&0x8000) continue;
 348     if (fClusterPointer[i]) {
 349       found++;
 350     }
 351     else
 352       continue;
 353
 354     if (fClusterPointer[i]->IsUsed(10)) {
 355       shared++;
 356       continue;
 357     }
 358     if (!plus2) continue; //take also neighborhoud
 359     //
 360     if ( (i>0) && fClusterPointer[i-1]){
 361       if (fClusterPointer[i-1]->IsUsed(10)) {
 362         shared++;
 363         continue;
 364       }
 365     }
 366     if ( fClusterPointer[i+1]){
 367       if (fClusterPointer[i+1]->IsUsed(10)) {
 368         shared++;
 369         continue;
 370       }
 371     }
 372
 373   }
 374   //if (shared>found){
 375     //Error("AliTPCseed::GetClusterStatistic","problem\n");
 376   //}
 377 }
 378
 379
 380
 381
 382
 383 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
 384 {
 385   //
 386   //
 387   SetNumberOfClusters(0);
 388   fNFoundable = 0;
 389   SetChi2(0);
 390   ResetCovariance(10.);
 391   /*
 392   if (fTrackPoints){
 393     for (Int_t i=0;i<8;i++){
 394       delete [] fTrackPoints[i];
 395     }
 396     delete fTrackPoints;
 397     fTrackPoints =0;
 398   }
 399   */
 400
 401   if (all){
 402     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 403     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 404   }
 405
 406 }
 407
 408
 409 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
 410 {
 411
 412   //------------------------------------------------------------------
 413   //This function makes a track forget its history :)
 414   //------------------------------------------------------------------
 415   if (factor<=0) {
 416     ResetCovariance(10.);
 417     return;
 418   }
 419   ResetCovariance(factor);
 420
 421   SetNumberOfClusters(0);
 422   fNFoundable =0;
 423   SetChi2(0);
 424   fRemoval = 0;
 425   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
 426   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
 427   fNoCluster     = 0;
 428   //fFirstPoint = 160;
 429   //fLastPoint  = 0;
 430 }
 431
 432
 433
 434
 435 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
 436 {
 437   //-----------------------------------------------------------------
 438   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
 439   // doesn't change internal state of the track
 440   //-----------------------------------------------------------------
 441
 442   Double_t x1=GetX(), x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
 443
 444   if (TMath::Abs(GetSnp()+GetC()*dx) >= AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) {
 445     return 0;
 446   }
 447
 448   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
 449   Double_t c1=GetSnp(), r1=sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 450   Double_t c2=c1 + GetC()*dx, r2=sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 451
 452   y = GetY();
 453   z = GetZ();
 454   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 455   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
 456
 457   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 458   Double_t dz = 0;
 459   //
 460   Double_t delta = GetC()*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 461   /*
 462   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
 463     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
 464   }else{
 465     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 466   }
 467   */
 468   //  dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
 469   dz =  GetTgl()*TMath::ASin(delta)/GetC();
 470   //
 471   y+=dy;
 472   z+=dz;
 473
 474
 475   return 1;
 476 }
 477
 478
 479 //_____________________________________________________________________________
 480 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliCluster *c) const
 481 {
 482   //-----------------------------------------------------------------
 483   // This function calculates a predicted chi2 increment.
 484   //-----------------------------------------------------------------
 485   Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
 486   Double_t cov[3]={fErrorY2, 0., fErrorZ2};
 487
 488   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 489   if (TMath::Abs(dx)>0){
 490     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 491     Float_t dy = dx*ty;
 492     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 493     p[0] = c->GetY()-dy;
 494     p[1] = c->GetZ()-dz;
 495   }
 496   return AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov);
 497 }
 498
 499 //_________________________________________________________________________________________
 500
 501
 502 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
 503   //-----------------------------------------------------------------
 504   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
 505   //-----------------------------------------------------------------
 506   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
 507
 508   if (fSort == 0){
 509     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
 510     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
 511     Double_t z2 = t->GetZ();
 512     Double_t z1 = GetZ();
 513     if (z2>z1) return 1;
 514     if (z2<z1) return -1;
 515     return 0;
 516   }
 517   else {
 518     Float_t f2 =1;
 519     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->GetSigma1Pt2())/(t->OneOverPt()+0.0066);
 520     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
 521
 522     Float_t f1 =1;
 523     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(GetSigma1Pt2())/(OneOverPt()+0.0066);
 524
 525     if (fBConstrain)   f1=1.2;
 526
 527     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
 528     else return +1;
 529   }
 530 }
 531
 532
 533
 534
 535 //_____________________________________________________________________________
 536 Bool_t AliTPCseed::Update(const AliCluster *c, Double_t chisq, Int_t index)
 537 {
 538   //-----------------------------------------------------------------
 539   // This function associates a cluster with this track.
 540   //-----------------------------------------------------------------
 541   Int_t n=GetNumberOfClusters();
 542   Int_t idx=GetClusterIndex(n);    // save the current cluster index
 543
 544   AliCluster cl(*c);  cl.SetSigmaY2(fErrorY2); cl.SetSigmaZ2(fErrorZ2);
 545   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 546   if (TMath::Abs(dx)>0){
 547     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 548     Float_t dy = dx*ty;
 549     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 550     cl.SetY(c->GetY()-dy);
 551     cl.SetZ(c->GetZ()-dz);
 552   }
 553
 554   if (!AliTPCtrack::Update(&cl,chisq,index)) return kFALSE;
 555
 556   if (fCMeanSigmaY2p30<0){
 557     fCMeanSigmaY2p30= c->GetSigmaY2();   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 558     fCMeanSigmaZ2p30= c->GetSigmaZ2();   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 559     fCMeanSigmaY2p30R = 1;   //! current mean sigma Y2 - mean5%
 560     fCMeanSigmaZ2p30R = 1;   //! current mean sigma Z2 - mean5%
 561   }
 562   //
 563   fCMeanSigmaY2p30= 0.70*fCMeanSigmaY2p30 +0.30*c->GetSigmaY2();
 564   fCMeanSigmaZ2p30= 0.70*fCMeanSigmaZ2p30 +0.30*c->GetSigmaZ2();
 565   if (fCurrentSigmaY2>0){
 566     fCMeanSigmaY2p30R = 0.7*fCMeanSigmaY2p30R  +0.3*c->GetSigmaY2()/fCurrentSigmaY2;
 567     fCMeanSigmaZ2p30R = 0.7*fCMeanSigmaZ2p30R  +0.3*c->GetSigmaZ2()/fCurrentSigmaZ2;
 568   }
 569
 570
 571   SetClusterIndex(n,idx);          // restore the current cluster index
 572   return kTRUE;
 573 }
 574
 575
 576
 577 //_____________________________________________________________________________
 578 Float_t AliTPCseed::CookdEdx(Double_t low, Double_t up,Int_t i1, Int_t i2, Bool_t /* onlyused */) {
 579   //-----------------------------------------------------------------
 580   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
 581   //-----------------------------------------------------------------
 582   AliTPCParam *param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 583
 584   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 585   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 586   Int_t row2 = row1+param->GetNRowUp2();
 587   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
 588   Int_t useTot = 0;
 589   if (recoParam) useTot = (recoParam->GetUseTotCharge())? 0:1;
 590   //
 591   //
 592   //
 593   fDEDX[0]      = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,i1  ,i2,  kTRUE,kFALSE,2,0);
 594   fDEDX[1]      = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,0   ,row0,kTRUE,kFALSE,2,0);
 595   fDEDX[2]      = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row0,row1,kTRUE,kFALSE,2,0);
 596   fDEDX[3]      = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row1,row2,kTRUE,kFALSE,2,0);
 597   //
 598   fSDEDX[0]     = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,i1  ,i2,  kTRUE,kFALSE,2,1);
 599   fSDEDX[1]     = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,0   ,row0,kTRUE,kFALSE,2,1);
 600   fSDEDX[2]     = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row0,row1,kTRUE,kFALSE,2,1);
 601   fSDEDX[3]     = CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row1,row2,kTRUE,kFALSE,2,1);
 602   //
 603   fNCDEDX[0]    = TMath::Nint(CookdEdxNorm(low,up,useTot ,i1  ,i2,  kTRUE,kFALSE,2,2));
 604   fNCDEDX[1]    = TMath::Nint(CookdEdxNorm(low,up,useTot ,0   ,row0,kTRUE,kFALSE,2,2));
 605   fNCDEDX[2]    = TMath::Nint(CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row0,row1,kTRUE,kFALSE,2,2));
 606   fNCDEDX[3]    = TMath::Nint(CookdEdxNorm(low,up,useTot ,row1,row2,kTRUE,kFALSE,2,2));
 607
 608   SetdEdx(fDEDX[0]);
 609   return fDEDX[0];
 610
 611 //  return CookdEdxNorm(low,up,0,i1,i2,1,0,2);
 612
 613
 614 //   Float_t amp[200];
 615 //   Float_t angular[200];
 616 //   Float_t weight[200];
 617 //   Int_t index[200];
 618 //   //Int_t nc = 0;
 619 //   Float_t meanlog = 100.;
 620
 621 //   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
 622 //   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
 623 //   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
 624 //   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
 625 //   //
 626 //   //
 627 //   fNShared =0;
 628
 629 //   Float_t gainGG = 1;
 630 //   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 631 //     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000.;  //relative gas gain
 632 //   }
 633
 634
 635 //   for (Int_t of =0; of<4; of++){
 636 //     for (Int_t i=of+i1;i<i2;i+=4)
 637 //       {
 638 //      Int_t clindex = fIndex[i];
 639 //      if (clindex<0||clindex&0x8000) continue;
 640
 641 //      //AliTPCTrackPoint * point = (AliTPCTrackPoint *) arr.At(i);
 642 //      AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
 643 //      //AliTPCTrackerPoint * pointm = GetTrackPoint(i-1);
 644 //      //AliTPCTrackerPoint * pointp = 0;
 645 //      //if (i<159) pointp = GetTrackPoint(i+1);
 646
 647 //      if (point==0) continue;
 648 //      AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
 649 //      if (cl==0) continue;
 650 //      if (onlyused && (!cl->IsUsed(10))) continue;
 651 //      if (cl->IsUsed(11)) {
 652 //        fNShared++;
 653 //        continue;
 654 //      }
 655 //      Int_t   type   = cl->GetType();
 656 //      //if (point->fIsShared){
 657 //      //  fNShared++;
 658 //      //  continue;
 659 //      //}
 660 //      //if (pointm)
 661 //      //  if (pointm->fIsShared) continue;
 662 //      //if (pointp)
 663 //      //  if (pointp->fIsShared) continue;
 664
 665 //      if (type<0) continue;
 666 //      //if (type>10) continue;
 667 //      //if (point->GetErrY()==0) continue;
 668 //      //if (point->GetErrZ()==0) continue;
 669
 670 //      //Float_t ddy = (point->GetY()-cl->GetY())/point->GetErrY();
 671 //      //Float_t ddz = (point->GetZ()-cl->GetZ())/point->GetErrZ();
 672 //      //if ((ddy*ddy+ddz*ddz)>10) continue;
 673
 674
 675 //      //      if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
 676 //      if (cl->GetMax()<5) continue;
 677 //      Float_t angley = point->GetAngleY();
 678 //      Float_t anglez = point->GetAngleZ();
 679
 680 //      Float_t rsigmay2 =  point->GetSigmaY();
 681 //      Float_t rsigmaz2 =  point->GetSigmaZ();
 682 //      /*
 683 //      Float_t ns = 1.;
 684 //      if (pointm){
 685 //        rsigmay +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaY();
 686 //        rsigmaz +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaZ();
 687 //        ns+=1.;
 688 //      }
 689 //      if (pointp){
 690 //        rsigmay +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaY();
 691 //        rsigmaz +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaZ();
 692 //        ns+=1.;
 693 //      }
 694 //      rsigmay/=ns;
 695 //      rsigmaz/=ns;
 696 //      */
 697
 698 //      Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay2*rsigmaz2);
 699
 700 //      Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
 701 //      if (i>64){
 702 //        //      ampc = 1.*point->GetCPoint().GetMax();
 703 //        ampc = 1.*cl->GetMax();
 704 //        //ampc = 1.*point->GetCPoint().GetQ();
 705 //        //      AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 706 //        //      Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.6)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.6)+0.5);
 707 //        // Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 708 //        //Float_t dz =
 709 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 710 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 711 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 712 //        //      Float_t zfactor = (AliTPCReconstructor::GetCtgRange()-0.0004*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 713 //        //ampc               *=zfactor;
 714 //      }
 715 //      else{
 716 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetMax();
 717 //        ampc = 1.0*cl->GetMax();
 718 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetQ();
 719 //        //AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 720 //        // Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.4)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.4)+0.5);
 721 //        //Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 722 //        //Float_t dz =
 723 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 724
 725 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 726 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 727 //        //    Float_t zfactor = (1.02-0.000*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 728 //        //ampc               *=zfactor;
 729
 730 //      }
 731 //      ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
 732 //      //ampc *= 0.58;     // put mean value to channel 50
 733 //      Float_t w      =  1.;
 734 //      //      if (type>0)  w =  1./(type/2.-0.5);
 735 //      //      Float_t z = TMath::Abs(cl->GetZ());
 736 //      if (i<64) {
 737 //        ampc /= 0.6;
 738 //        //ampc /= (1+0.0008*z);
 739 //      } else
 740 //        if (i>128){
 741 //          ampc /=1.5;
 742 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 743 //        }else{
 744 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 745 //        }
 746
 747 //      if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
 748 //        // w*= 2.;
 749
 750 //        continue;
 751 //      }
 752 //      if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
 753 //      amp[nc[of]]        = ampc;
 754 //      amp[nc[of]]       /=gainGG;
 755 //      angular[nc[of]]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
 756 //      weight[nc[of]]     = w;
 757 //      nc[of]++;
 758 //       }
 759
 760 //     TMath::Sort(nc[of],amp,index,kFALSE);
 761 //     Float_t sumamp=0;
 762 //     Float_t sumamp2=0;
 763 //     Float_t sumw=0;
 764 //     //meanlog = amp[index[Int_t(nc[of]*0.33)]];
 765 //     meanlog = 50;
 766 //     for (Int_t i=int(nc[of]*low+0.5);i<int(nc[of]*up+0.5);i++){
 767 //       Float_t ampl      = amp[index[i]]/angular[index[i]];
 768 //       ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
 769 //       //
 770 //       sumw    += weight[index[i]];
 771 //       sumamp  += weight[index[i]]*ampl;
 772 //       sumamp2 += weight[index[i]]*ampl*ampl;
 773 //       norm[of]    += angular[index[i]]*weight[index[i]];
 774 //     }
 775 //     if (sumw<1){
 776 //       SetdEdx(0);
 777 //     }
 778 //     else {
 779 //       norm[of] /= sumw;
 780 //       mean[of]  = sumamp/sumw;
 781 //       sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
 782 //       if (sigma[of]>0.1)
 783 //      sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
 784 //       else
 785 //      sigma[of] = 1000;
 786
 787 //     mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
 788 //     //mean  *=(1-0.02*(sigma/(mean*0.17)-1.));
 789 //     //mean *=(1-0.1*(norm-1.));
 790 //     }
 791 //   }
 792
 793 //   Float_t dedx =0;
 794 //   fSdEdx =0;
 795 //   fMAngular =0;
 796 //   //  mean[0]*= (1-0.05*(sigma[0]/(0.01+mean[1]*0.18)-1));
 797 //   //  mean[1]*= (1-0.05*(sigma[1]/(0.01+mean[0]*0.18)-1));
 798
 799
 800 //   //  dedx = (mean[0]* TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+ mean[1]* TMath::Sqrt((1.+nc[1])) )/
 801 //   //  (  TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+TMath::Sqrt((1.+nc[1])));
 802
 803 //   Int_t norm2 = 0;
 804 //   Int_t norm3 = 0;
 805 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 806 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 807 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 808 //       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2);
 809 //       fMAngular += norm[i] *nc[i];
 810 //       norm2     += nc[i];
 811 //       norm3     += nc[i]-2;
 812 //     }
 813 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 814 //     fSDEDX[i] = sigma[i];
 815 //     fNCDEDX[i]= nc[i];
 816 //   }
 817
 818 //   if (norm3>0){
 819 //     dedx   /=norm2;
 820 //     fSdEdx /=norm3;
 821 //     fMAngular/=norm2;
 822 //   }
 823 //   else{
 824 //     SetdEdx(0);
 825 //     return 0;
 826 //   }
 827 //   //  Float_t dedx1 =dedx;
 828 //   /*
 829 //   dedx =0;
 830 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 831 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 832 //       mean[i]   = mean[i]*(1-0.12*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
 833 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 834 //     }
 835 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 836 //   }
 837 //   dedx /= norm2;
 838 //   */
 839
 840
 841 //   SetdEdx(dedx);
 842 //   return dedx;
 843 }
 844
 845 void AliTPCseed::CookPID()
 846 {
 847   //
 848   // cook PID information according dEdx
 849   //
 850   Double_t fRange = 10.;
 851   Double_t fRes   = 0.1;
 852   Double_t fMIP   = 47.;
 853   //
 854   Int_t ns=AliPID::kSPECIES;
 855   Double_t sumr =0;
 856   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 857     Double_t mass=AliPID::ParticleMass(j);
 858     Double_t mom=GetP();
 859     Double_t dedx=fdEdx/fMIP;
 860     Double_t bethe=AliMathBase::BetheBlochAleph(mom/mass);
 861     Double_t sigma=fRes*bethe;
 862     if (sigma>0.001){
 863       if (TMath::Abs(dedx-bethe) > fRange*sigma) {
 864         fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*fRange*fRange)/sigma;
 865         sumr+=fTPCr[j];
 866         continue;
 867       }
 868       fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*(dedx-bethe)*(dedx-bethe)/(sigma*sigma))/sigma;
 869       sumr+=fTPCr[j];
 870     }
 871     else{
 872       fTPCr[j]=1.;
 873       sumr+=fTPCr[j];
 874     }
 875   }
 876   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 877     fTPCr[j]/=sumr;           //normalize
 878   }
 879 }
 880
 881 Double_t AliTPCseed::GetYat(Double_t xk) const {
 882 //-----------------------------------------------------------------
 883 // This function calculates the Y-coordinate of a track at the plane x=xk.
 884 //-----------------------------------------------------------------
 885   if (TMath::Abs(GetSnp())>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0.; //patch 01 jan 06
 886     Double_t c1=GetSnp(), r1=TMath::Sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 887     Double_t c2=c1+GetC()*(xk-GetX());
 888     if (TMath::Abs(c2)>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0;
 889     Double_t r2=TMath::Sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 890     return GetY() + (xk-GetX())*(c1+c2)/(r1+r2);
 891 }
 892
 893 void AliTPCseed::SetClusterMapBit(int ibit, Bool_t state)
 894 {
 895   fClusterMap[ibit] = state;
 896 }
 897 Bool_t AliTPCseed::GetClusterMapBit(int ibit)
 898 {
 899   return fClusterMap[ibit];
 900 }
 901 void AliTPCseed::SetSharedMapBit(int ibit, Bool_t state)
 902 {
 903   fSharedMap[ibit] = state;
 904 }
 905 Bool_t AliTPCseed::GetSharedMapBit(int ibit)
 906 {
 907   return fSharedMap[ibit];
 908 }
 909
 910
 911
 912
 913
 914 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxNorm(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Bool_t shapeNorm,Int_t posNorm, Int_t padNorm, Int_t returnVal){
 915
 916   //
 917   // calculates dedx using the cluster
 918   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
 919   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
 920   //           //2- max no corr 3- total+ correction
 921   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
 922   // shapeNorm - kTRUE  -taken from OCDB
 923   //
 924   // posNorm   - usage of pos normalization
 925   // padNorm   - pad type normalization
 926   // returnVal - 0 return mean
 927   //           - 1 return RMS
 928   //           - 2 return number of clusters
 929   //
 930   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
 931   //
 932   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
 933   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 934   if (!parcl)  return 0;
 935   if (!param) return 0;
 936   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 937   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 938
 939   Float_t amp[160];
 940   Int_t   indexes[160];
 941   Int_t   ncl=0;
 942   //
 943   //
 944   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
 945   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
 946   Float_t corrShape   = 1;  // correction due angular effect, diffusion and electron attachment
 947   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
 948   Float_t corrPadType = 1;  // pad type correction - if padNorm enabled
 949   Float_t corrNorm    = 1;  // normalization factor - set Q to channel 50
 950   //
 951   //
 952   //
 953   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 954     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
 955   }
 956
 957   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
 958   const Float_t kedgey =3.;
 959   //
 960   //
 961   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
 962     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
 963     if (!cluster) continue;
 964     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
 965     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
 966     Int_t  ipad= 0;
 967     if (irow>=row0) ipad=1;
 968     if (irow>=row1) ipad=2;
 969     //
 970     //
 971     //
 972     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
 973     if (gainMap) {
 974       //
 975       // Get gainPad - pad by pad calibration
 976       //
 977       Float_t factor = 1;
 978       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
 979       if (irow < row0) { // IROC
 980         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 981       } else {         // OROC
 982         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 983       }
 984       if (factor>0.5) gainPad=factor;
 985     }
 986     //
 987     //do position and angular normalization
 988     //
 989     if (shapeNorm){
 990       if (type<=1){
 991         //
 992         AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
 993         Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
 994         Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
 995
 996         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
 997         corrShape  = parcl->Qnorm(ipad,type,dr,ty,tz);
 998       }
 999     }
1000
1001     if (posNorm>0){
1002       //
1003       // Do position normalization - relative distance to
1004       // center of pad- time bin
1005       // Work in progress
1006       //      corrPos = parcl->QnormPos(ipad,type, cluster->GetPad(),
1007       //                                cluster->GetTimeBin(), cluster->GetZ(),
1008       //                                cluster->GetSigmaY2(),cluster->GetSigmaZ2(),
1009       //                                cluster->GetMax(),cluster->GetQ());
1010       // scaled response function
1011       Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
1012       Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
1013       //
1014
1015       AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
1016       Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
1017       Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
1018
1019       if (type==1) corrPos =
1020         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1021                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,0.4);
1022       if (type==0) corrPos =
1023         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1024                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,0.4);
1025       if (posNorm==3){
1026         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
1027         Double_t signtgl = (cluster->GetZ()*point->GetAngleZ()>0)? 1:-1;
1028         Double_t p2 = TMath::Abs(TMath::Sin(TMath::ATan(ty)));
1029         Float_t corrHis = parcl->QnormHis(ipad,type,dr,p2,TMath::Abs(point->GetAngleZ())*signtgl);
1030         if (corrHis>0) corrPos*=corrHis;
1031       }
1032
1033     }
1034
1035     if (padNorm==1){
1036       //taken from OCDB
1037       if (type==0 && parcl->fQpadTnorm) corrPadType = (*parcl->fQpadTnorm)[ipad];
1038       if (type==1 && parcl->fQpadTnorm) corrPadType = (*parcl->fQpadMnorm)[ipad];
1039
1040     }
1041     if (padNorm==2){
1042       corrPadType  =param->GetPadPitchLength(cluster->GetDetector(),cluster->GetRow());
1043       //use hardwired - temp fix
1044       if (type==0) corrNorm=3.;
1045       if (type==1) corrNorm=1.;
1046     }
1047     //
1048     amp[ncl]=charge;
1049     amp[ncl]/=gainGG;
1050     amp[ncl]/=gainPad;
1051     amp[ncl]/=corrShape;
1052     amp[ncl]/=corrPadType;
1053     amp[ncl]/=corrPos;
1054     amp[ncl]/=corrNorm;
1055     //
1056     ncl++;
1057   }
1058
1059   if (type>3) return ncl;
1060   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1061
1062   if (ncl<10) return 0;
1063
1064   Float_t suma=0;
1065   Float_t suma2=0;
1066   Float_t sumn=0;
1067   Int_t icl0=TMath::Nint(ncl*low);
1068   Int_t icl1=TMath::Nint(ncl*up);
1069   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1070     suma+=amp[indexes[icl]];
1071     suma2+=amp[indexes[icl]]*amp[indexes[icl]];
1072     sumn++;
1073   }
1074   Float_t mean =suma/sumn;
1075   Float_t rms  =TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1076   //
1077   // do time-dependent correction for pressure and temperature variations
1078   UInt_t runNumber = 1;
1079   Float_t corrTimeGain = 1;
1080   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1081   if (trans) {
1082     runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1083                 //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1084     TObjArray * timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1085     if (timeGainSplines) {
1086       UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1087       AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1088       AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1089       if (fitMIP) {
1090         corrTimeGain = fitMIP->Eval(time);
1091       } else {
1092         if (fitFPcosmic) corrTimeGain = fitFPcosmic->Eval(time); // This value describes the ratio FP-to-MIP, hardwired for the moment
1093       }
1094     }
1095   }
1096   mean /= corrTimeGain;
1097   rms /= corrTimeGain;
1098   //
1099   if (returnVal==1) return rms;
1100   if (returnVal==2) return ncl;
1101   return mean;
1102 }
1103
1104 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxAnalytical(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Int_t returnVal){
1105
1106   //
1107   // calculates dedx using the cluster
1108   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
1109   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
1110   //           //2- max no corr 3- total+ correction
1111   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
1112   //
1113   // posNorm   - usage of pos normalization
1114   // returnVal - 0 return mean
1115   //           - 1 return RMS
1116   //           - 2 return number of clusters
1117   //
1118   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
1119   //
1120   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1121   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1122   if (!parcl)  return 0;
1123   if (!param) return 0;
1124   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
1125   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
1126
1127   Float_t amp[160];
1128   Int_t   indexes[160];
1129   Int_t   ncl=0;
1130   //
1131   //
1132   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
1133   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
1134   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
1135
1136   //
1137   //
1138   //
1139   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
1140     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
1141   }
1142
1143   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
1144   const Float_t kedgey =3.;
1145   //
1146   //
1147   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
1148     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
1149     if (!cluster) continue;
1150     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
1151     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
1152     Int_t  ipad= 0;
1153     if (irow>=row0) ipad=1;
1154     if (irow>=row1) ipad=2;
1155     //
1156     //
1157     //
1158     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
1159     if (gainMap) {
1160       //
1161       // Get gainPad - pad by pad calibration
1162       //
1163       Float_t factor = 1;
1164       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
1165       if (irow < row0) { // IROC
1166         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1167       } else {         // OROC
1168         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1169       }
1170       if (factor>0.5) gainPad=factor;
1171     }
1172
1173     //
1174     // Do position normalization - relative distance to
1175     // center of pad- time bin
1176
1177     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
1178     Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
1179     Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
1180     Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
1181     Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
1182
1183     yres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,0);
1184     zres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,1);
1185     Float_t effLength=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,4)*0.5;
1186     Float_t effDiff  =(parcl->GetQnormCorr(ipad, type,2)+parcl->GetQnormCorr(ipad, type,3))*0.5;
1187     //
1188     if (type==1) {
1189       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1190         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1191                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,effLength,effDiff);
1192       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1193       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1194       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1195       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1196       //
1197     }
1198     if (type==0) {
1199       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1200         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1201                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,effLength,effDiff);
1202
1203       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1204       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1205       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1206       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1207       //
1208     }
1209
1210     //
1211     amp[ncl]=charge;
1212     amp[ncl]/=gainGG;
1213     amp[ncl]/=gainPad;
1214     amp[ncl]/=corrPos;
1215     //
1216     ncl++;
1217   }
1218
1219   if (type>3) return ncl;
1220   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1221
1222   if (ncl<10) return 0;
1223
1224   Float_t suma=0;
1225   Float_t suma2=0;
1226   Float_t sumn=0;
1227   Int_t icl0=TMath::Nint(ncl*low);
1228   Int_t icl1=TMath::Nint(ncl*up);
1229   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1230     suma+=amp[indexes[icl]];
1231     suma2+=amp[indexes[icl]]*amp[indexes[icl]];
1232     sumn++;
1233   }
1234   Float_t mean =suma/sumn;
1235   Float_t rms  =TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1236   //
1237   // do time-dependent correction for pressure and temperature variations
1238   UInt_t runNumber = 1;
1239   Float_t corrTimeGain = 1;
1240   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1241   if (trans) {
1242     runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1243     //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1244     TObjArray * timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1245     if (timeGainSplines) {
1246       UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1247       AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1248       AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1249       if (fitMIP) {
1250         corrTimeGain = fitMIP->Eval(time);
1251       } else {
1252         if (fitFPcosmic) corrTimeGain = fitFPcosmic->Eval(time); // This value describes the ratio FP-to-MIP, hardwired for the moment
1253       }
1254     }
1255   }
1256   mean /= corrTimeGain;
1257   rms /= corrTimeGain;
1258   //
1259   if (returnVal==1) return rms;
1260   if (returnVal==2) return ncl;
1261   return mean;
1262 }
1263
1264
1265
1266
1267 Float_t  AliTPCseed::CookShape(Int_t type){
1268   //
1269   //
1270   //
1271  //-----------------------------------------------------------------
1272   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
1273   //-----------------------------------------------------------------
1274   Float_t means=0;
1275   Float_t meanc=0;
1276   for (Int_t i =0; i<160;i++)    {
1277     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
1278     if (point==0) continue;
1279
1280     AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
1281     if (cl==0) continue;
1282
1283     Float_t rsigmay =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaY());
1284     Float_t rsigmaz =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaZ());
1285     Float_t rsigma =   (rsigmay+rsigmaz)*0.5;
1286     if (type==0) means+=rsigma;
1287     if (type==1) means+=rsigmay;
1288     if (type==2) means+=rsigmaz;
1289     meanc++;
1290   }
1291   Float_t mean = (meanc>0)? means/meanc:0;
1292   return mean;
1293 }
1294
1295
1296
1297 Int_t  AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed *seed, AliExternalTrackParam * parin, AliExternalTrackParam * parout){
1298   //
1299   // Refit the track
1300   // return value - number of used clusters
1301   //
1302   //
1303   const Int_t kMinNcl =10;
1304   AliTPCseed *track=new AliTPCseed(*seed);
1305   Int_t sector=-1;
1306   // reset covariance
1307   //
1308   Double_t covar[15];
1309   for (Int_t i=0;i<15;i++) covar[i]=0;
1310   covar[0]=10.*10.;
1311   covar[2]=10.*10.;
1312   covar[5]=10.*10./(64.*64.);
1313   covar[9]=10.*10./(64.*64.);
1314   covar[14]=1*1;
1315   //
1316
1317   Float_t xmin=1000, xmax=-10000;
1318   Int_t imin=158, imax=0;
1319   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
1320     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1321     if (!c) continue;
1322     if (sector<0) sector = c->GetDetector();
1323     if (c->GetX()<xmin) xmin=c->GetX();
1324     if (c->GetX()>xmax) xmax=c->GetX();
1325     if (i<imin) imin=i;
1326     if (i>imax) imax=i;
1327   }
1328   if(imax-imin<kMinNcl) {
1329     delete track;
1330     return 0 ;
1331   }
1332   // Not succes to rotate
1333   if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1334     delete track;
1335     return 0;
1336   }
1337   //
1338   //
1339   // fit from inner to outer row
1340   //
1341   AliExternalTrackParam paramIn;
1342   AliExternalTrackParam paramOut;
1343   Bool_t isOK=kTRUE;
1344   Int_t ncl=0;
1345   //
1346   //
1347   //
1348   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1349     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1350     if (!c) continue;
1351     //    if (RejectCluster(c,track)) continue;
1352     sector = (c->GetDetector()%18);
1353     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1354       //continue;
1355     }
1356     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1357     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1358     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1359       isOK=kFALSE;
1360     }
1361     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1362   }
1363   if (!isOK) { delete track; return 0;}
1364   track->AddCovariance(covar);
1365   //
1366   //
1367   //
1368   for (Int_t i=imax; i>=imin; i--){
1369     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1370     if (!c) continue;
1371     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1372     sector = (c->GetDetector()%18);
1373     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1374       //continue;
1375     }
1376     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1377     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1378     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1379       isOK=kFALSE;
1380     }
1381     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1382   }
1383   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1384   paramIn = *track;
1385   track->AddCovariance(covar);
1386   //
1387   //
1388   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1389     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1390     if (!c) continue;
1391     sector = (c->GetDetector()%18);
1392     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1393       //continue;
1394     }
1395     ncl++;
1396     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1397     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1398     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1399     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1400       isOK=kFALSE;
1401     }
1402     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1403   }
1404   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1405   paramOut=*track;
1406   //
1407   //
1408   //
1409   if (parin) (*parin)=paramIn;
1410   if (parout) (*parout)=paramOut;
1411   return ncl;
1412 }
1413
1414
1415
1416 Bool_t AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed* /*seed*/, Bool_t /*out*/){
1417   //
1418   //
1419   //
1420   return kFALSE;
1421 }
1422
1423
1424
1425
1426
1427
1428 void  AliTPCseed::GetError(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1429                                   Double_t& erry, Double_t &errz)
1430 {
1431   //
1432   // Get cluster error at given position
1433   //
1434   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1435   Double_t tany,tanz;
1436   Double_t snp1=param->GetSnp();
1437   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1438   //
1439   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1440   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1441   //
1442   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1443   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1444     padSize = 1;                              // medium pads
1445     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1446   }
1447
1448   erry  = clusterParam->GetError0Par( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany) );
1449   errz  = clusterParam->GetError0Par( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) );
1450 }
1451
1452
1453 void  AliTPCseed::GetShape(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1454                                   Double_t& rmsy, Double_t &rmsz)
1455 {
1456   //
1457   // Get cluster error at given position
1458   //
1459   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1460   Double_t tany,tanz;
1461   Double_t snp1=param->GetSnp();
1462   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1463   //
1464   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1465   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1466   //
1467   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1468   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1469     padSize = 1;                              // medium pads
1470     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1471   }
1472
1473   rmsy  = clusterParam->GetRMSQ( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany), TMath::Abs(cluster->GetMax()) );
1474   rmsz  = clusterParam->GetRMSQ( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) ,TMath::Abs(cluster->GetMax()));
1475 }
1476
1477
1478
1479 Double_t AliTPCseed::GetQCorrGeom(Float_t ty, Float_t tz){
1480   //Geoetrical
1481   //ty    - tangent in local y direction
1482   //tz    - tangent
1483   //
1484   Float_t norm=TMath::Sqrt(1+ty*ty+tz*tz);
1485   return norm;
1486 }
1487
1488 Double_t AliTPCseed::GetQCorrShape(Int_t ipad, Int_t type,Float_t z, Float_t ty, Float_t tz, Float_t /*q*/, Float_t /*thr*/){
1489   //
1490   // Q normalization
1491   //
1492   // return value =  Q Normalization factor
1493   // Normalization - 1 - shape factor part for full drift
1494   //                 1 - electron attachment for 0 drift
1495
1496   // Input parameters:
1497   //
1498   // ipad - 0 short pad
1499   //        1 medium pad
1500   //        2 long pad
1501   //
1502   // type - 0 qmax
1503   //      - 1 qtot
1504   //
1505   //z     - z position (-250,250 cm)
1506   //ty    - tangent in local y direction
1507   //tz    - tangent
1508   //
1509
1510   AliTPCClusterParam * paramCl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1511   AliTPCParam   * paramTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1512
1513   if (!paramCl) return 1;
1514   //
1515   Double_t dr =  250.-TMath::Abs(z);
1516   Double_t sy =  paramCl->GetRMS0( 0,ipad, dr, TMath::Abs(ty));
1517   Double_t sy0=  paramCl->GetRMS0(0,ipad, 250, 0);
1518   Double_t sz =  paramCl->GetRMS0( 1,ipad, dr, TMath::Abs(tz));
1519   Double_t sz0=  paramCl->GetRMS0(1,ipad, 250, 0);
1520
1521   Double_t sfactorMax = TMath::Sqrt(sy0*sz0/(sy*sz));
1522
1523
1524   Double_t dt = 1000000*(dr/paramTPC->GetDriftV());  //time in microsecond
1525   Double_t attProb = TMath::Exp(-paramTPC->GetAttCoef()*paramTPC->GetOxyCont()*dt);
1526   //
1527   //
1528   if (type==0) return sfactorMax*attProb;
1529
1530   return attProb;
1531
1532
1533 }
1534