TPC/AliTPCtrackerMI.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.18  2003/10/17 15:42:14  kowal2
  19 Back to the previous version. The warning was erronously generated
  20 by the compiler
  21
  22 Revision 1.17  2003/10/17 12:28:02  kowal2
  23 Removed "always true" comparison
  24
  25 Revision 1.16  2003/10/17 12:01:16  kowal2
  26 Removed compiler warning.
  27
  28 Revision 1.15  2003/09/29 11:56:58  kowal2
  29 bug fix2
  30
  31 Revision 1.14  2003/09/29 11:39:43  kowal2
  32 bug fix
  33
  34 Revision 1.13  2003/09/29 11:28:19  kowal2
  35 completly rewritten
  36
  37 Revision 1.9.4.3  2003/06/23 14:47:10  hristov
  38 Minor fix
  39
  40 Revision 1.9.4.2  2003/06/23 10:06:13  hristov
  41 Updated information about the overlapping clusters (M.Ivanov)
  42
  43 Revision 1.9.4.1  2003/06/19 06:59:58  hristov
  44 Updated version of parallel tracking (M.Ivanov)
  45
  46 Revision 1.9  2003/03/19 17:14:11  hristov
  47 Load/UnloadClusters added to the base class and the derived classes changed correspondingly. Possibility to give 2 input files for ITS and TPC tracks in PropagateBack. TRD tracker uses fEventN from the base class (T.Kuhr)
  48
  49 Revision 1.8  2003/03/05 11:16:15  kowal2
  50 Logs added
  51
  52 */
  53
  54
  55
  56
  57
  58
  59
  60 /*
  61   AliTPC parallel tracker -
  62   How to use?  -
  63   run AliTPCFindClusters.C macro - clusters neccessary for tracker are founded
  64   run AliTPCFindTracksMI.C macro - to find tracks
  65   tracks are written to AliTPCtracks.root file
  66   for comparison also seeds are written to the same file - to special branch
  67 */
  68
  69 //-------------------------------------------------------
  70 //          Implementation of the TPC tracker
  71 //
  72 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
  73 //
  74 //-------------------------------------------------------
  75 #include <TObjArray.h>
  76 #include <TFile.h>
  77 #include <TTree.h>
  78 #include "Riostream.h"
  79
  80 #include "AliTPCtrackerMI.h"
  81 #include "AliTPCclusterMI.h"
  82 #include "AliTPCParam.h"
  83 #include "AliTPCClustersRow.h"
  84 #include "AliComplexCluster.h"
  85 #include "AliTPCpolyTrack.h"
  86 #include "TStopwatch.h"
  87 #include "AliESD.h"
  88 #include "AliHelix.h"
  89 #include "TGraph.h"
  90 //
  91 #include "AliRunLoader.h"
  92
  93
  94
  95 ClassImp(AliTPCseed)
  96 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
  97
  98
  99 class TPCFastMath {
 100 public:
 101   TPCFastMath();
 102   static Double_t FastAsin(Double_t x);
 103  private:
 104   static Double_t fgFastAsin[20000];
 105 };
 106
 107 Double_t TPCFastMath::fgFastAsin[20000];
 108
 109 TPCFastMath::TPCFastMath(){
 110   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
 111     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
 112     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
 113   }
 114 }
 115
 116 Double_t TPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
 117   if (x>0){
 118     Int_t index = int(x*10000);
 119     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
 120   }
 121   x*=-1;
 122   Int_t index = int(x*10000);
 123   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
 124 }
 125
 126 TPCFastMath gTPCMath;
 127
 128
 129
 130 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
 131
 132   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
 133   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
 134
 135   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
 136
 137   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24;
 138   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16;
 139   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
 140   track->fSector = sec;
 141   //  Int_t index = i&0xFFFF;
 142   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow();
 143   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);
 144
 145   //track->fFirstPoint = row;
 146   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
 147   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
 148   //  printf("problem\n");
 149   //}
 150   if (track->fFirstPoint>track->fRow)
 151     track->fFirstPoint = track->fRow;
 152   if (track->fLastPoint<track->fRow)
 153     track->fLastPoint  = track->fRow;
 154
 155
 156   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;
 157   //
 158
 159   Float_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
 160   angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2));
 161   //
 162   //SET NEW Track Point
 163   //
 164   //  if (debug)
 165   {
 166     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
 167     //
 168     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
 169     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
 170     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
 171     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
 172     //
 173     point.SetX(track->GetX());
 174     point.SetY(track->GetY());
 175     point.SetZ(track->GetZ());
 176     point.SetAngleY(angle2);
 177     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
 178     if (point.fIsShared){
 179       track->fErrorY2 *= 4;
 180       track->fErrorZ2 *= 4;
 181     }
 182   }
 183
 184   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
 185   //
 186   track->fErrorY2 *= 1.3;
 187   track->fErrorY2 += 0.01;
 188   track->fErrorZ2 *= 1.3;
 189   track->fErrorZ2 += 0.005;
 190     //}
 191   if (accept>0) return 0;
 192   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
 193     //    if (track->fHelixIn){
 194     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);
 195     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
 196     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;
 197     //}
 198   }
 199   track->fNoCluster =0;
 200   return track->Update(c,chi2,i);
 201 }
 202
 203
 204
 205 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor,
 206                                       Float_t cory, Float_t corz)
 207 {
 208   //
 209   // decide according desired precision to accept given
 210   // cluster for tracking
 211   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
 212   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
 213   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
 214   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
 215
 216   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
 217   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
 218
 219   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
 220     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
 221   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
 222     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
 223
 224   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
 225   //Int_t  accept =0;
 226
 227   if (rdistance2>16) return 3;
 228
 229
 230   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)
 231     return 2;  //suspisiouce - will be changed
 232
 233   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)
 234     // strict cut on overlaped cluster
 235     return  2;  //suspisiouce - will be changed
 236
 237   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor )
 238        && cluster->GetType()<0){
 239     seed->fNFoundable--;
 240     return 2;
 241   }
 242   return 0;
 243 }
 244
 245
 246
 247
 248 //_____________________________________________________________________________
 249 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par):
 250 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
 251 {
 252   //---------------------------------------------------------------------
 253   // The main TPC tracker constructor
 254   //---------------------------------------------------------------------
 255   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];
 256   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
 257
 258   Int_t i;
 259   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
 260   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
 261
 262   fN=0;  fSectors=0;
 263
 264   fSeeds=0;
 265   fNtracks = 0;
 266   fParam = par;
 267   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
 268   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
 269
 270
 271   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
 272     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
 273     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
 274     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
 275   }
 276
 277
 278   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
 279     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
 280     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
 281     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
 282   }
 283   fSeeds=0;
 284   //
 285   fInput    = 0;
 286   fOutput   = 0;
 287   fSeedTree = 0;
 288   fTreeDebug =0;
 289   fNewIO     =0;
 290   fDebug     =0;
 291   fEvent     =0;
 292 }
 293
 294 //_____________________________________________________________________________
 295 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
 296   //------------------------------------------------------------------
 297   // TPC tracker destructor
 298   //------------------------------------------------------------------
 299   delete[] fInnerSec;
 300   delete[] fOuterSec;
 301   if (fSeeds) {
 302     fSeeds->Delete();
 303     delete fSeeds;
 304   }
 305 }
 306
 307 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
 308 {
 309   //
 310   fNewIO   =  kTRUE;
 311   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
 312   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
 313   AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
 314   //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
 315   //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");
 316   fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 317   delete iotrack;
 318 }
 319
 320 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
 321 {
 322
 323   // set input
 324   fNewIO = kFALSE;
 325   fInput    = 0;
 326   fOutput   = 0;
 327   fSeedTree = 0;
 328   fTreeDebug =0;
 329   fInput = input;
 330   if (input==0){
 331     return;
 332   }
 333   //set output
 334   fOutput = output;
 335   if (output){
 336     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
 337     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
 338     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");
 339     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 340     delete iotrack;
 341   }
 342   if (output && (fDebug&2)){
 343     //write the full seed information if specified in debug mode
 344     //
 345     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
 346     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
 347     //
 348     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
 349     arrtr->ExpandCreateFast(160);
 350     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
 351     //
 352     vseed->fPoints = arrtr;
 353     vseed->fEPoints = arre;
 354     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
 355     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
 356     delete arrtr;
 357     delete arre;
 358     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
 359     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
 360     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
 361   }
 362
 363
 364   //set ESD event
 365   fEvent  = event;
 366 }
 367
 368 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
 369 {
 370   //
 371   // write tracks to the given output tree -
 372   // output specified with SetIO routine
 373   if (!fSeeds)  return;
 374   if (fEvent){
 375     // write tracks to the event
 376     // store index of the track
 377     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
 378     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 379       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 380       if (!pt) continue;
 381       AliESDtrack iotrack;
 382       iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 383       //iotrack.SetTPCindex(i);
 384       fEvent->AddTrack(&iotrack);
 385     }
 386   }
 387
 388
 389   if (fOutput){
 390     AliTPCtrack *iotrack= 0;
 391     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
 392     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 393       iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 394       if (iotrack) break;
 395     }
 396
 397     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 398     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
 399     br->SetAddress(&iotrack);
 400     //
 401     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 402       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 403       if (!pt) continue;
 404       iotrack = pt;
 405       pt->fLab2 =i;
 406       //      br->SetAddress(&iotrack);
 407       fOutput->Fill();
 408       iotrack =0;
 409     }
 410   }
 411     // delete iotrack;
 412     //
 413   if (fSeedTree){
 414     //write the full seed information if specified in debug mode
 415
 416     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
 417     //
 418     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
 419     arrtr->ExpandCreateFast(160);
 420     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
 421     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
 422     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
 423     //
 424     vseed->fPoints = arrtr;
 425     vseed->fEPoints = arre;
 426     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
 427     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
 428     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
 429
 430     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
 431
 432     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 433       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 434       if (!pt) continue;
 435       pt->fPoints = arrtr;
 436       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
 437       pt->fEPoints       = arre;
 438       pt->RebuildSeed();
 439       vseed = pt;
 440       brseed->SetAddress(&vseed);
 441       fSeedTree->Fill();
 442       pt->fPoints  = 0;
 443       pt->fEPoints = 0;
 444       //      pt->fClusterPoints = 0;
 445     }
 446     fSeedTree->Write();
 447     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
 448   }
 449
 450 }
 451
 452
 453
 454
 455 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 456   //
 457   //
 458   //seed->SetErrorY2(0.1);
 459   //return 0.1;
 460   //calculate look-up table at the beginning
 461   static Bool_t  ginit = kFALSE;
 462   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
 463   static Float_t ggg1[10000];
 464   static Float_t ggg2[10000];
 465   static Float_t ggg3[10000];
 466   static Float_t glandau1[10000];
 467   static Float_t glandau2[10000];
 468   static Float_t glandau3[10000];
 469   //
 470   static Float_t gcor01[500];
 471   static Float_t gcor02[500];
 472   static Float_t gcorp[500];
 473   //
 474
 475   //
 476   if (ginit==kFALSE){
 477     for (Int_t i=1;i<500;i++){
 478       Float_t rsigma = float(i)/100.;
 479       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
 480       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
 481       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
 482     }
 483
 484     //
 485     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
 486       //
 487       //
 488       // inner sector
 489       Float_t amp = float(i);
 490       Float_t padlength =0.75;
 491       gnoise1 = 0.0004/padlength;
 492       Float_t nel     = 0.268*amp;
 493       Float_t nprim   = 0.155*amp;
 494       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 495       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 496       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
 497       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;
 498       //
 499       // outer short
 500       padlength =1.;
 501       gnoise2   = 0.0004/padlength;
 502       nel       = 0.3*amp;
 503       nprim     = 0.133*amp;
 504       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 505       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 506       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
 507       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
 508       //
 509       //
 510       // outer long
 511       padlength =1.5;
 512       gnoise3   = 0.0004/padlength;
 513       nel       = 0.3*amp;
 514       nprim     = 0.133*amp;
 515       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 516       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 517       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
 518       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
 519       //
 520     }
 521     ginit = kTRUE;
 522   }
 523   //
 524   //
 525   //
 526   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));
 527   if (amp>9999) {
 528     seed->SetErrorY2(1.);
 529     return 1.;
 530   }
 531   Float_t snoise2;
 532   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 533   Int_t ctype = cl->GetType();
 534   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
 535   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 536   angle2 = angle2/(1-angle2);
 537   //
 538   //cluster "quality"
 539   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
 540   Float_t res;
 541   //
 542   if (fSectors==fInnerSec){
 543     snoise2 = gnoise1;
 544     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;
 545     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
 546     if ((ctype>0)){
 547       res+=0.002;
 548       res*= gcorp[rsigmay];
 549     }
 550   }
 551   else {
 552     if (padlength<1.1){
 553       snoise2 = gnoise2;
 554       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2;
 555       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
 556       if ((ctype>0)){
 557         res+=0.002;
 558         res*= gcorp[rsigmay];
 559       }
 560     }
 561     else{
 562       snoise2 = gnoise3;
 563       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2;
 564       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
 565       if ((ctype>0)){
 566         res+=0.002;
 567         res*= gcorp[rsigmay];
 568       }
 569     }
 570   }
 571
 572   if (ctype<0){
 573     res+=0.005;
 574     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
 575   }
 576   res+= snoise2;
 577
 578   if (res<2*snoise2)
 579     res = 2*snoise2;
 580
 581   seed->SetErrorY2(res);
 582   return res;
 583
 584
 585 }
 586
 587
 588
 589 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 590   //
 591   //
 592   //seed->SetErrorY2(0.1);
 593   //return 0.1;
 594   //calculate look-up table at the beginning
 595   static Bool_t  ginit = kFALSE;
 596   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
 597   static Float_t ggg1[10000];
 598   static Float_t ggg2[10000];
 599   static Float_t ggg3[10000];
 600   static Float_t glandau1[10000];
 601   static Float_t glandau2[10000];
 602   static Float_t glandau3[10000];
 603   //
 604   static Float_t gcor01[1000];
 605   static Float_t gcor02[1000];
 606   static Float_t gcorp[1000];
 607   //
 608
 609   //
 610   if (ginit==kFALSE){
 611     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
 612       Float_t rsigma = float(i)/100.;
 613       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
 614       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
 615       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
 616     }
 617
 618     //
 619     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
 620       //
 621       //
 622       // inner sector
 623       Float_t amp = float(i);
 624       Float_t padlength =0.75;
 625       gnoise1 = 0.0004/padlength;
 626       Float_t nel     = 0.268*amp;
 627       Float_t nprim   = 0.155*amp;
 628       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 629       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 630       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
 631       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;
 632       //
 633       // outer short
 634       padlength =1.;
 635       gnoise2   = 0.0004/padlength;
 636       nel       = 0.3*amp;
 637       nprim     = 0.133*amp;
 638       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 639       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 640       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
 641       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
 642       //
 643       //
 644       // outer long
 645       padlength =1.5;
 646       gnoise3   = 0.0004/padlength;
 647       nel       = 0.3*amp;
 648       nprim     = 0.133*amp;
 649       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 650       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 651       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
 652       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
 653       //
 654     }
 655     ginit = kTRUE;
 656   }
 657   //
 658   //
 659   //
 660   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));
 661   if (amp>9999) {
 662     seed->SetErrorY2(1.);
 663     return 1.;
 664   }
 665   Float_t snoise2;
 666   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 667   Int_t ctype = cl->GetType();
 668   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
 669   //
 670   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 671   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
 672   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2));
 673   //
 674   //cluster "quality"
 675   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
 676   Float_t res;
 677   //
 678   if (fSectors==fInnerSec){
 679     snoise2 = gnoise1;
 680     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;
 681     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
 682     if ((ctype>0)){
 683       res+=0.002;
 684       res*= gcorp[rsigmaz];
 685     }
 686   }
 687   else {
 688     if (padlength<1.1){
 689       snoise2 = gnoise2;
 690       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2;
 691       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
 692       if ((ctype>0)){
 693         res+=0.002;
 694         res*= gcorp[rsigmaz];
 695       }
 696     }
 697     else{
 698       snoise2 = gnoise3;
 699       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2;
 700       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
 701       if ((ctype>0)){
 702         res+=0.002;
 703         res*= gcorp[rsigmaz];
 704       }
 705     }
 706   }
 707
 708   if (ctype<0){
 709     res+=0.002;
 710     res*=1.3;
 711   }
 712   if ((ctype<0) &&amp<70){
 713     res+=0.002;
 714     res*=1.3;
 715   }
 716   res += snoise2;
 717   if (res<2*snoise2)
 718      res = 2*snoise2;
 719   if (res>3) res =3;
 720   seed->SetErrorZ2(res);
 721   return res;
 722 }
 723
 724
 725
 726 /*
 727 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 728   //
 729   //
 730   //seed->SetErrorZ2(0.1);
 731   //return 0.1;
 732
 733   Float_t snoise2;
 734   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 735   //
 736   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
 737   Int_t ctype = cl->GetType();
 738   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
 739
 740   Float_t nel;
 741   Float_t nprim;
 742   //
 743   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
 744   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
 745   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
 746
 747   if (fSectors==fInnerSec){
 748     snoise2 = 0.0004/padlength;
 749     nel     = 0.268*amp;
 750     nprim   = 0.155*amp;
 751     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 752     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 753     if (landau>1) landau=1;
 754   }
 755   else {
 756     snoise2 = 0.0004/padlength;
 757     nel     = 0.3*amp;
 758     nprim   = 0.133*amp;
 759     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 760     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 761     if (landau>1) landau=1;
 762   }
 763   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
 764
 765   //
 766   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 767   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
 768   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
 769   //angle2 = 1;
 770
 771   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
 772   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
 773   Float_t res = sdiff + angular;
 774
 775
 776   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
 777     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
 778
 779   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
 780     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
 781
 782   if ((ctype>0)){
 783     res+=0.005;
 784     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
 785   }
 786   if (ctype<0){
 787     res+=0.002;
 788     res*=1.3;
 789   }
 790   if ((ctype<0) &&amp<70){
 791     res+=0.002;
 792     res*=1.3;
 793   }
 794   res += snoise2;
 795   if (res<2*snoise2)
 796      res = 2*snoise2;
 797
 798   seed->SetErrorZ2(res);
 799   return res;
 800 }
 801 */
 802
 803
 804
 805 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
 806 {
 807   //
 808   //
 809   SetNumberOfClusters(0);
 810   fNFoundable = 0;
 811   SetChi2(0);
 812   ResetCovariance();
 813   /*
 814   if (fTrackPoints){
 815     for (Int_t i=0;i<8;i++){
 816       delete [] fTrackPoints[i];
 817     }
 818     delete fTrackPoints;
 819     fTrackPoints =0;
 820   }
 821   */
 822
 823   if (all){
 824     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 825     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 826   }
 827
 828 }
 829
 830
 831 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
 832 {
 833
 834   //------------------------------------------------------------------
 835   //This function makes a track forget its history :)
 836   //------------------------------------------------------------------
 837   if (factor<=0) {
 838     ResetCovariance();
 839     return;
 840   }
 841   fC00*=factor;
 842   fC10*=factor;  fC11*=factor;
 843   fC20*=factor;  fC21*=factor;  fC22*=factor;
 844   fC30*=factor;  fC31*=factor;  fC32*=factor;  fC33*=factor;
 845   fC40*=factor;  fC41*=factor;  fC42*=factor;  fC43*=factor;  fC44*=factor;
 846   SetNumberOfClusters(0);
 847   fNFoundable =0;
 848   SetChi2(0);
 849   fRemoval = 0;
 850   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
 851   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
 852   fNoCluster     = 0;
 853   //fFirstPoint = 160;
 854   //fLastPoint  = 0;
 855 }
 856
 857
 858
 859
 860 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
 861 {
 862   //-----------------------------------------------------------------
 863   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
 864   // doesn't change internal state of the track
 865   //-----------------------------------------------------------------
 866
 867   Double_t x1=fX, x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
 868
 869   if (TMath::Abs(fP4*xk - fP2) >= 0.999) {
 870     return 0;
 871   }
 872
 873   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
 874   Double_t c1=fP4*x1 - fP2, r1=sqrt(1.- c1*c1);
 875   Double_t c2=fP4*x2 - fP2, r2=sqrt(1.- c2*c2);
 876
 877   y = fP0;
 878   z = fP1;
 879   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 880   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
 881
 882   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 883   Double_t dz = 0;
 884   //
 885   Double_t delta = fP4*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 886   /*
 887   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
 888     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
 889   }else{
 890     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 891   }
 892   */
 893   dz =  fP3*TPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
 894   //
 895   y+=dy;
 896   z+=dz;
 897
 898
 899   return 1;
 900 }
 901
 902
 903 //_____________________________________________________________________________
 904 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliTPCclusterMI *c) const
 905 {
 906   //-----------------------------------------------------------------
 907   // This function calculates a predicted chi2 increment.
 908   //-----------------------------------------------------------------
 909   //Double_t r00=c->GetSigmaY2(), r01=0., r11=c->GetSigmaZ2();
 910   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
 911   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
 912
 913   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
 914   if (TMath::Abs(det) < 1.e-10) {
 915     Int_t n=GetNumberOfClusters();
 916     if (n>4) cerr<<n<<" AliKalmanTrack warning: Singular matrix !\n";
 917     return 1e10;
 918   }
 919   Double_t tmp=r00; r00=r11; r11=tmp; r01=-r01;
 920
 921   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
 922
 923   return (dy*r00*dy + 2*r01*dy*dz + dz*r11*dz)/det;
 924 }
 925
 926
 927 //_________________________________________________________________________________________
 928
 929
 930 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
 931   //-----------------------------------------------------------------
 932   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
 933   //-----------------------------------------------------------------
 934   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
 935
 936   if (fSort == 0){
 937     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
 938     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
 939     Double_t z2 = t->GetZ();
 940     Double_t z1 = GetZ();
 941     if (z2>z1) return 1;
 942     if (z2<z1) return -1;
 943     return 0;
 944   }
 945   else {
 946     Float_t f2 =1;
 947     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->fC44)/(TMath::Abs(t->GetC())+0.0066);
 948     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
 949
 950     Float_t f1 =1;
 951     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(fC44)/(TMath::Abs(GetC())+0.0066);
 952
 953     if (fBConstrain)   f1=1.2;
 954
 955     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
 956     else return +1;
 957   }
 958 }
 959
 960 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
 961 {
 962   //rotate to track "local coordinata
 963   Float_t x = seed->GetX();
 964   Float_t y = seed->GetY();
 965   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
 966
 967   if (y > ymax) {
 968     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
 969     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha()))
 970       return;
 971   } else if (y <-ymax) {
 972     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
 973     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
 974       return;
 975   }
 976
 977 }
 978
 979
 980
 981
 982 //_____________________________________________________________________________
 983 Int_t AliTPCseed::Update(const AliTPCclusterMI *c, Double_t chisq, UInt_t /*index*/) {
 984   //-----------------------------------------------------------------
 985   // This function associates a cluster with this track.
 986   //-----------------------------------------------------------------
 987   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
 988
 989   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
 990   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
 991   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
 992
 993   Double_t k00=fC00*r00+fC10*r01, k01=fC00*r01+fC10*r11;
 994   Double_t k10=fC10*r00+fC11*r01, k11=fC10*r01+fC11*r11;
 995   Double_t k20=fC20*r00+fC21*r01, k21=fC20*r01+fC21*r11;
 996   Double_t k30=fC30*r00+fC31*r01, k31=fC30*r01+fC31*r11;
 997   Double_t k40=fC40*r00+fC41*r01, k41=fC40*r01+fC41*r11;
 998
 999   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
1000   Double_t cur=fP4 + k40*dy + k41*dz, eta=fP2 + k20*dy + k21*dz;
1001   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.9) {
1002     return 0;
1003   }
1004
1005   fP0 += k00*dy + k01*dz;
1006   fP1 += k10*dy + k11*dz;
1007   fP2  = eta;
1008   fP3 += k30*dy + k31*dz;
1009   fP4  = cur;
1010
1011   Double_t c01=fC10, c02=fC20, c03=fC30, c04=fC40;
1012   Double_t c12=fC21, c13=fC31, c14=fC41;
1013
1014   fC00-=k00*fC00+k01*fC10; fC10-=k00*c01+k01*fC11;
1015   fC20-=k00*c02+k01*c12;   fC30-=k00*c03+k01*c13;
1016   fC40-=k00*c04+k01*c14;
1017
1018   fC11-=k10*c01+k11*fC11;
1019   fC21-=k10*c02+k11*c12;   fC31-=k10*c03+k11*c13;
1020   fC41-=k10*c04+k11*c14;
1021
1022   fC22-=k20*c02+k21*c12;   fC32-=k20*c03+k21*c13;
1023   fC42-=k20*c04+k21*c14;
1024
1025   fC33-=k30*c03+k31*c13;
1026   fC43-=k40*c03+k41*c13;
1027
1028   fC44-=k40*c04+k41*c14;
1029
1030   Int_t n=GetNumberOfClusters();
1031   //  fIndex[n]=index;
1032   SetNumberOfClusters(n+1);
1033   SetChi2(GetChi2()+chisq);
1034
1035   return 1;
1036 }
1037
1038
1039
1040 //_____________________________________________________________________________
1041 Double_t AliTPCtrackerMI::f1old(Double_t x1,Double_t y1,
1042                    Double_t x2,Double_t y2,
1043                    Double_t x3,Double_t y3)
1044 {
1045   //-----------------------------------------------------------------
1046   // Initial approximation of the track curvature
1047   //-----------------------------------------------------------------
1048   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1049   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1050                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1051   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1052                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1053
1054   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1055   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
1056   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1057 }
1058
1059
1060
1061 //_____________________________________________________________________________
1062 Double_t AliTPCtrackerMI::f1(Double_t x1,Double_t y1,
1063                    Double_t x2,Double_t y2,
1064                    Double_t x3,Double_t y3)
1065 {
1066   //-----------------------------------------------------------------
1067   // Initial approximation of the track curvature
1068   //-----------------------------------------------------------------
1069   x3 -=x1;
1070   x2 -=x1;
1071   y3 -=y1;
1072   y2 -=y1;
1073   //
1074   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1075   if (det==0) {
1076     return 100;
1077   }
1078   //
1079   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1080   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1081   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1082   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1083   if (det<0) c2*=-1;
1084   return c2;
1085 }
1086
1087
1088 Double_t AliTPCtrackerMI::f2(Double_t x1,Double_t y1,
1089                    Double_t x2,Double_t y2,
1090                    Double_t x3,Double_t y3)
1091 {
1092   //-----------------------------------------------------------------
1093   // Initial approximation of the track curvature
1094   //-----------------------------------------------------------------
1095   x3 -=x1;
1096   x2 -=x1;
1097   y3 -=y1;
1098   y2 -=y1;
1099   //
1100   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1101   if (det==0) {
1102     return 100;
1103   }
1104   //
1105   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1106   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1107   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1108   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1109   if (det<0) c2*=-1;
1110   x0+=x1;
1111   x0*=c2;
1112   return x0;
1113 }
1114
1115
1116
1117 //_____________________________________________________________________________
1118 Double_t AliTPCtrackerMI::f2old(Double_t x1,Double_t y1,
1119                    Double_t x2,Double_t y2,
1120                    Double_t x3,Double_t y3)
1121 {
1122   //-----------------------------------------------------------------
1123   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1124   //-----------------------------------------------------------------
1125   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1126   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1127                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1128   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1129                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1130
1131   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1132
1133   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1134 }
1135
1136 //_____________________________________________________________________________
1137 Double_t AliTPCtrackerMI::f3(Double_t x1,Double_t y1,
1138                    Double_t x2,Double_t y2,
1139                    Double_t z1,Double_t z2)
1140 {
1141   //-----------------------------------------------------------------
1142   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1143   //-----------------------------------------------------------------
1144   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1145 }
1146
1147
1148 Double_t AliTPCtrackerMI::f3n(Double_t x1,Double_t y1,
1149                    Double_t x2,Double_t y2,
1150                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c)
1151 {
1152   //-----------------------------------------------------------------
1153   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1154   //-----------------------------------------------------------------
1155
1156   //  Double_t angle1;
1157
1158   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1159   //
1160   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1161   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1162   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1163   //  Double_t   angle2    =  TPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1164   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): TPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1165
1166   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1167   return angle2;
1168 }
1169
1170 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1171 {//-----------------------------------------------------------------
1172   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1173   //-----------------------------------------------------------------
1174
1175   Double_t dx=x2-x1;
1176
1177   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {
1178     return kFALSE;
1179   }
1180
1181   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1182   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);
1183   y = x[0];
1184   z = x[1];
1185
1186   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1187   Double_t dz = 0;
1188   //
1189   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1190
1191   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1192     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1193   }else{
1194     dz = x[3]*TPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1195   }
1196
1197   //dz = x[3]*TPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1198
1199   y+=dy;
1200   z+=dz;
1201
1202   return kTRUE;
1203 }
1204
1205
1206
1207 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1208 {
1209   //
1210   // load clusters to the memory
1211   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1212   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1213   clrow->SetArray(0);
1214   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1215   //
1216   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1217
1218   TTree * tree = fInput;
1219   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1220   br->SetAddress(&clrow);
1221   //
1222   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1223   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1224     br->GetEntry(i);
1225     //
1226     Int_t sec,row;
1227     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1228     //
1229     AliTPCRow * tpcrow=0;
1230     Int_t left=0;
1231     if (sec<fkNIS*2){
1232       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1233       left = sec/fkNIS;
1234     }
1235     else{
1236       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1237       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1238     }
1239     if (left ==0){
1240       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1241       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1242       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++)
1243         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1244     }
1245     if (left ==1){
1246       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1247       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1248       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++)
1249         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1250     }
1251   }
1252   //
1253   delete clrow;
1254   LoadOuterSectors();
1255   LoadInnerSectors();
1256   return 0;
1257 }
1258
1259
1260 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1261 {
1262   //
1263   // unload clusters from the memory
1264   //
1265   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1266   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1267     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1268       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1269       if (tpcrow){
1270         if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1;
1271         if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2;
1272       }
1273     }
1274   //
1275   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1276   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1277     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1278       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1279       if (tpcrow){
1280         if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1;
1281         if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2;
1282       }
1283     }
1284
1285   return ;
1286 }
1287
1288
1289 //_____________________________________________________________________________
1290 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1291   //-----------------------------------------------------------------
1292   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1293   //-----------------------------------------------------------------
1294   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1295   UInt_t index=0;
1296   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1297     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1298       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1299       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1300       //left
1301       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1302       while (ncl--) {
1303         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1304         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1305         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1306       }
1307       //right
1308       ncl = tpcrow->fN2;
1309       while (ncl--) {
1310         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1311         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1312         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1313       }
1314       //
1315       // write indexes for fast acces
1316       //
1317       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1318         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1319       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1320         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1321         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1322       }
1323       Int_t last = 0;
1324       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1325         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1326           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1327         else
1328           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1329       }
1330     }
1331   fN=fkNOS;
1332   fSectors=fOuterSec;
1333   return 0;
1334 }
1335
1336
1337 //_____________________________________________________________________________
1338 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1339   //-----------------------------------------------------------------
1340   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1341   //-----------------------------------------------------------------
1342   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1343   UInt_t index=0;
1344   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1345     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1346       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1347       //
1348       //left
1349       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1350       while (ncl--) {
1351         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1352         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1353         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1354       }
1355       //right
1356       ncl = tpcrow->fN2;
1357       while (ncl--) {
1358         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1359         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1360         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1361       }
1362       //
1363       // write indexes for fast acces
1364       //
1365       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1366         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1367       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1368         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1369         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1370       }
1371       Int_t last = 0;
1372       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1373         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1374           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1375         else
1376           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1377       }
1378
1379     }
1380
1381   fN=fkNIS;
1382   fSectors=fInnerSec;
1383   return 0;
1384 }
1385
1386
1387
1388 //_________________________________________________________________________
1389 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1390   //--------------------------------------------------------------------
1391   //       Return pointer to a given cluster
1392   //--------------------------------------------------------------------
1393   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24;
1394   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16;
1395   Int_t ncl=(index&0x0000ffff)>>00;
1396
1397   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1398   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1399   if (sec<fkNIS*2){
1400     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1401     if (sec<fkNIS)
1402       clrow = tpcrow->fClusters1;
1403     else
1404       clrow = tpcrow->fClusters2;
1405   }
1406   else{
1407     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1408     if (sec-2*fkNIS<fkNOS)
1409       clrow = tpcrow->fClusters1;
1410     else
1411       clrow = tpcrow->fClusters2;
1412   }
1413   if (tpcrow==0) return 0;
1414   if (tpcrow->GetN()<=ncl) return 0;
1415   //  return (AliTPCclusterMI*)(*tpcrow)[ncl];
1416   return &(clrow[ncl]);
1417
1418 }
1419
1420
1421
1422 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1423   //-----------------------------------------------------------------
1424   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1425   //-----------------------------------------------------------------
1426   //
1427   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1428
1429   //  if (t.GetRadius()>x+10 ) return 0;
1430   //  t.PropagateTo(x+0.02);
1431   //t.PropagateTo(x+0.01);
1432   if (!t.PropagateTo(x)) {
1433     t.fRemoval = 10;
1434     return 0;
1435   }
1436   //
1437   Double_t  y=t.GetY(), z=t.GetZ();
1438   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1439     if (y > ymax) {
1440       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1441       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1442         return 0;
1443     } else if (y <-ymax) {
1444       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1445       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1446         return 0;
1447     }
1448     if (!t.PropagateTo(x)) {
1449       return 0;
1450     }
1451     y=t.GetY();
1452   }
1453   //
1454   // update current shape info every 3 pad-row
1455   if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1456     //t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1457     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1458     GetShape(&t,nr);
1459   }
1460   //
1461   AliTPCclusterMI *cl=0;
1462   UInt_t index=0;
1463
1464
1465   //Int_t nr2 = nr;
1466   if (t.GetClusterIndex2(nr)>0){
1467     //
1468     //cl = GetClusterMI(t.GetClusterIndex2(nr));
1469     index = t.GetClusterIndex2(nr);
1470     cl = t.fClusterPointer[nr];
1471     if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1472     t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1473   }
1474
1475   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1476   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1477   Double_t  roady  =1.;
1478   Double_t  roadz = 1.;
1479   //
1480   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1481     t.fInDead = kTRUE;
1482     t.SetClusterIndex2(nr,-1);
1483     return 0;
1484   }
1485   else
1486     {
1487       if (TMath::Abs(z)<(1.05*x+10)) t.fNFoundable++;
1488       else
1489         return 0;
1490     }
1491   //calculate
1492   if (cl){
1493     t.fCurrentCluster = cl;
1494     t.fRow = nr;
1495     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1496     if (accept<3) {
1497       //if founded cluster is acceptible
1498       UpdateTrack(&t,accept);
1499       return 1;
1500     }
1501   }
1502
1503   if (krow) {
1504     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);
1505     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1506     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1507   }
1508   //  t.fNoCluster++;
1509
1510   if (cl) {
1511     t.fCurrentCluster = cl;
1512     t.fRow = nr;
1513     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1514
1515     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1516       //
1517       //
1518
1519       t.fNShared++;
1520       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1521         t.fRemoval =10;
1522         return 0;
1523       }
1524     }
1525
1526     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1527
1528   } else {
1529     if (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1530
1531   }
1532   return 1;
1533 }
1534
1535 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1536   //-----------------------------------------------------------------
1537   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1538   //-----------------------------------------------------------------
1539   //
1540   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1541   Double_t y,z;
1542   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1543     t.fRemoval = 10;
1544     return 0;
1545   }
1546   //
1547   //
1548   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1549     return 0;
1550
1551     if (y > ymax) {
1552       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1553       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1554         return 0;
1555     } else if (y <-ymax) {
1556       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1557       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1558         return 0;
1559     }
1560     if (!t.PropagateTo(x)) {
1561       return 0;
1562     }
1563     t.GetProlongation(x,y,z);
1564   }
1565   //
1566   // update current shape info every 3 pad-row
1567   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1568     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1569     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1570     GetShape(&t,nr);
1571   }
1572   //
1573   AliTPCclusterMI *cl=0;
1574   UInt_t index=0;
1575
1576
1577   //Int_t nr2 = nr;
1578   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1579   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1580   Double_t  roady  =1.;
1581   Double_t  roadz = 1.;
1582   //
1583   Int_t row = nr;
1584   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1585     t.fInDead = kTRUE;
1586     t.SetClusterIndex2(row,-1);
1587     return 0;
1588   }
1589   else
1590     {
1591       if (TMath::Abs(z)>(1.05*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1592     }
1593   //calculate
1594
1595   if ((cl==0)&&(krow)) {
1596     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);
1597     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1598
1599     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1600   }
1601
1602   if (cl) {
1603     t.fCurrentCluster = cl;
1604     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1605     //if (accept<3){
1606       t.SetClusterIndex2(row,index);
1607       t.fClusterPointer[row] = cl;
1608       //}
1609   }
1610   return 1;
1611 }
1612
1613
1614
1615 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1616   //-----------------------------------------------------------------
1617   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1618   //-----------------------------------------------------------------
1619   t.fCurrentCluster  = 0;
1620   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;
1621
1622   Double_t xt=t.GetX();
1623   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1;
1624   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1625
1626   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1627   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1628     t.fRemoval =10;
1629     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1630   }
1631   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1632     t.fRemoval =10;
1633     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1634   }
1635
1636   Double_t x= GetXrow(nr);
1637   Double_t y,z;
1638   //t.PropagateTo(x+0.02);
1639   //t.PropagateTo(x+0.01);
1640   if (!t.PropagateTo(x)){
1641     return 0;
1642   }
1643   //
1644   y=t.GetY();
1645   z=t.GetZ();
1646
1647   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1648     if (y > ymax) {
1649       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1650       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1651         return 0;
1652     } else if (y <-ymax) {
1653       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1654       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1655         return 0;
1656     }
1657     if (!t.PropagateTo(x)){
1658       return 0;
1659     }
1660     y = t.GetY();
1661   }
1662   //
1663
1664   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1665
1666   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1667     t.fInDead = kTRUE;
1668     t.SetClusterIndex2(nr,-1);
1669     return 0;
1670   }
1671   else
1672     {
1673       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(1.05*t.GetX()+10)) t.fNFoundable++;
1674       else
1675         return 0;
1676     }
1677
1678   // update current
1679   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1680     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1681     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1682     GetShape(&t,nr);
1683   }
1684
1685   AliTPCclusterMI *cl=0;
1686   UInt_t index=0;
1687   //
1688   Double_t roady = 1.;
1689   Double_t roadz = 1.;
1690   //
1691   if (krow) {
1692     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);
1693     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1694   }
1695   t.fCurrentCluster  = cl;
1696   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1697   return 1;
1698 }
1699
1700
1701 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1702   //-----------------------------------------------------------------
1703   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1704   //-----------------------------------------------------------------
1705
1706   //update error according neighborhoud
1707
1708   if (t.fCurrentCluster) {
1709     t.fRow = nr;
1710     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1711
1712     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1713       //
1714       //
1715       //  t.fErrorZ2*=2;
1716       //  t.fErrorY2*=2;
1717       t.fNShared++;
1718       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1719         t.fRemoval =10;
1720         return 0;
1721       }
1722     }
1723
1724     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);
1725
1726   } else {
1727     if (fIteration==0){
1728       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;
1729       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;
1730
1731       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1732     }
1733   }
1734   return 1;
1735 }
1736
1737
1738
1739 //_____________________________________________________________________________
1740 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1741   //-----------------------------------------------------------------
1742   // This function tries to find a track prolongation.
1743   //-----------------------------------------------------------------
1744   Double_t xt=t.GetX();
1745   //
1746   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1747   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1748   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1749   //
1750   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1751
1752   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1753   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {
1754     if (FollowToNext(t,nr)==0)
1755       if (!t.IsActive()) return 0;
1756
1757   }
1758   return 1;
1759 }
1760
1761
1762 //_____________________________________________________________________________
1763 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1764   //-----------------------------------------------------------------
1765   // This function tries to find a track prolongation.
1766   //-----------------------------------------------------------------
1767   Double_t xt=t.GetX();
1768   //
1769   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1770   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1771   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1772   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1773
1774   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1775
1776     if (FollowToNextFast(t,nr)==0)
1777       if (!t.IsActive()) return 0;
1778
1779   }
1780   return 1;
1781 }
1782
1783
1784
1785
1786
1787 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1788   //-----------------------------------------------------------------
1789   // This function tries to find a track prolongation.
1790   //-----------------------------------------------------------------
1791   //  Double_t xt=t.GetX();
1792   //
1793   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1794   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1795   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1796   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1797
1798   Int_t first = 0;
1799   first = t.fFirstPoint+3;
1800   //
1801   if (first<0) first=0;
1802   for (Int_t nr=first+1; nr<=rf; nr++) {
1803     //if ( (t.GetSnp()<0.9))
1804       FollowToNext(t,nr);
1805   }
1806   return 1;
1807 }
1808
1809
1810
1811
1812
1813 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
1814 {
1815   //
1816   //
1817   sum1=0;
1818   sum2=0;
1819   Int_t sum=0;
1820   //
1821   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1822   dz2*=dz2;
1823
1824   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
1825   dy2*=dy2;
1826   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
1827   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1828
1829   //  Int_t offset =0;
1830   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1831   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1832   if (lastpoint>160)
1833     lastpoint =160;
1834   if (firstpoint<0)
1835     firstpoint = 0;
1836   if (firstpoint>lastpoint) {
1837     firstpoint =lastpoint;
1838     //    lastpoint  =160;
1839   }
1840
1841
1842   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
1843     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
1844     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
1845     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1846       sum++;
1847     }
1848   }
1849   if (sum<5) return 0;
1850
1851   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
1852   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
1853   return ratio;
1854 }
1855
1856 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
1857 {
1858   //
1859   //
1860   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
1861   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
1862
1863   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1864   dz2*=dz2;
1865   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
1866   dy2*=dy2;
1867   Float_t distance = dz2+dy2;
1868   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1869
1870   //
1871   Int_t sumshared=0;
1872   //
1873   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1874   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1875   //
1876   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
1877
1878   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1879     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1880     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1881       sumshared++;
1882     }
1883   }
1884   if (sumshared>4){
1885     // sign clusters
1886     //
1887     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1888       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1889       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1890         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
1891         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);;
1892         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
1893           p1->fIsShared = kTRUE;
1894           p2->fIsShared = kTRUE;
1895         }
1896       }
1897     }
1898   }
1899   //
1900   if (sumshared>10){
1901     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1902       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
1903         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
1904         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1905         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
1906         break;
1907       }
1908     }
1909     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1910       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
1911         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
1912         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1913         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
1914         break;
1915       }
1916     }
1917   }
1918
1919 }
1920
1921 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
1922 {
1923   //
1924   //sort trackss according sectors
1925   //
1926   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
1927     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1928     if (!pt) continue;
1929     //if (pt) RotateToLocal(pt);
1930     pt->fSort = 0;
1931   }
1932   arr->UnSort();
1933   arr->Sort();  // sorting according z
1934   arr->Expand(arr->GetEntries());
1935   //
1936   //
1937   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
1938   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1939     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1940     if (!pt) continue;
1941     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
1942       pt->fOverlapLabels[j] =0;
1943     }
1944   }
1945   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1946     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1947     if (!pt) continue;
1948     if (pt->fRemoval>10) continue;
1949     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
1950       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
1951       //      if (pt2){
1952       if (pt2->fRemoval<=10) {
1953         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
1954         SignShared(pt,pt2);
1955       }
1956     }
1957   }
1958 }
1959
1960 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
1961 {
1962   //
1963   //sort trackss according sectors
1964   //
1965   if (fDebug&1) {
1966     printf("Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
1967   }
1968   //
1969   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
1970     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1971     if (!pt) continue;
1972     pt->fSort = 0;
1973   }
1974   arr->UnSort();
1975   arr->Sort();  // sorting according z
1976   arr->Expand(arr->GetEntries());
1977   //
1978   //reset overlap labels
1979   //
1980   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
1981   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1982     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1983     if (!pt) continue;
1984     pt->SetUniqueID(i);
1985     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
1986       pt->fOverlapLabels[j] =0;
1987     }
1988   }
1989   //
1990   //sign shared tracks
1991   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1992     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
1993     if (!pt) continue;
1994     if (pt->fRemoval>10) continue;
1995     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
1996     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
1997       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
1998       //      if (pt2){
1999       if (pt2->fRemoval<=10) {
2000         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2001         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2002         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2003         //
2004         SignShared(pt,pt2);
2005       }
2006     }
2007   }
2008   //
2009   // remove highly shared tracks
2010   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2011     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2012     if (!pt) continue;
2013     if (pt->fRemoval>10) continue;
2014     //
2015     Int_t sumshared =0;
2016     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2017       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];
2018     }
2019     Float_t factor = factor1;
2020     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2021     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2022       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2023         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2024         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue;
2025         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;
2026         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2027         if (!pt2) continue;
2028         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2029           //      pt->fRemoval = removalindex;
2030           delete arr->RemoveAt(i);
2031           break;
2032         }
2033       }
2034     }
2035   }
2036   arr->Compress();
2037   if (fDebug&1) {
2038     printf("Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2039   }
2040 }
2041
2042
2043
2044
2045
2046
2047 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode)
2048 {
2049   //
2050   //sort tracks in array according mode criteria
2051   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2052   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2053     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2054     if (!pt) {
2055       continue;
2056     }
2057     pt->fSort = mode;
2058   }
2059   arr->UnSort();
2060   arr->Sort();
2061 }
2062
2063 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2064 {
2065
2066   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2067   //
2068   //
2069   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2070   Int_t good =0;
2071
2072   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2073     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2074     if (!pt) {
2075       delete arr->RemoveAt(i);
2076     }
2077     else{
2078       pt->fSort =1;
2079       pt->fBSigned = kFALSE;
2080     }
2081   }
2082   arr->Compress();
2083   nseed = arr->GetEntriesFast();
2084   arr->UnSort();
2085   arr->Sort();
2086   //
2087   //unsign used
2088   UnsignClusters();
2089   //
2090   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2091     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2092     if (!pt) {
2093       continue;
2094     }
2095     Int_t found,foundable,shared;
2096     if (pt->IsActive())
2097       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2098     else
2099       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE);
2100     //
2101     Double_t factor = factor2;
2102     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2103
2104     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2105       pt->Desactivate(removalindex);
2106       continue;
2107     }
2108
2109     good++;
2110     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2111       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2112       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2113       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2114       if (!c) continue;
2115       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2116       //if (pt->IsActive())
2117       c->Use(10);
2118       //else
2119       //        c->Use(5);
2120     }
2121
2122   }
2123   fNtracks = good;
2124
2125   printf("\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2126 }
2127
2128 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters()
2129 {
2130   //
2131   // loop over all clusters and unsign them
2132   //
2133
2134   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2135     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2136       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2137       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2138         //      if (cl[icl].IsUsed(10))
2139         cl[icl].Use(-1);
2140       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2141       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2142         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2143           cl[icl].Use(-1);
2144     }
2145   }
2146
2147   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2148     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2149       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2150       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2151         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2152           cl[icl].Use(-1);
2153       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2154       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2155         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2156         cl[icl].Use(-1);
2157     }
2158   }
2159
2160 }
2161
2162
2163
2164 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2165 {
2166   //
2167   //sign clusters to be "used"
2168   //
2169   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2170   // loop over "primaries"
2171
2172   Float_t sumdens=0;
2173   Float_t sumdens2=0;
2174   Float_t sumn   =0;
2175   Float_t sumn2  =0;
2176   Float_t sumchi =0;
2177   Float_t sumchi2 =0;
2178
2179   Float_t sum    =0;
2180
2181   TStopwatch timer;
2182   timer.Start();
2183
2184   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2185   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2186     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2187     if (!pt) {
2188       continue;
2189     }
2190     if (!(pt->IsActive())) continue;
2191     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2192     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2193       sumdens += dens;
2194       sumdens2+= dens*dens;
2195       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2196       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2197       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2198       if (chi2>5) chi2=5;
2199       sumchi  +=chi2;
2200       sumchi2 +=chi2*chi2;
2201       sum++;
2202     }
2203   }
2204
2205   Float_t mdensity = 0.9;
2206   Float_t meann    = 130;
2207   Float_t meanchi  = 1;
2208   Float_t sdensity = 0.1;
2209   Float_t smeann    = 10;
2210   Float_t smeanchi  =0.4;
2211
2212
2213   if (sum>20){
2214     mdensity = sumdens/sum;
2215     meann    = sumn/sum;
2216     meanchi  = sumchi/sum;
2217     //
2218     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2219     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2220     //
2221     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2222     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2223     //
2224     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2225     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2226   }
2227
2228
2229   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2230   //
2231   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2232     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2233     if (!pt) {
2234       continue;
2235     }
2236     if (pt->fBSigned) continue;
2237     if (pt->fBConstrain) continue;
2238     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2239     /*
2240     Int_t found,foundable,shared;
2241     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2242     if (shared/float(found)>0.3) {
2243       if (shared/float(found)>0.9 ){
2244         //delete arr->RemoveAt(i);
2245       }
2246       continue;
2247     }
2248     */
2249     Bool_t isok =kFALSE;
2250     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2251       isok = kTRUE;
2252     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2253       isok =kTRUE;
2254     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2255       isok =kTRUE;
2256     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2257       isok =kTRUE;
2258
2259     if (isok)
2260       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2261         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2262         if (index<0) continue;
2263         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2264         if (!c) continue;
2265         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();
2266         c->Use(10);
2267       }
2268   }
2269
2270
2271   //
2272   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2273
2274   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2275     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2276     if (!pt) {
2277       continue;
2278     }
2279     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2280     if (pt->fBSigned) continue;
2281     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2282     if (chi>maxchi) continue;
2283
2284     Float_t bfactor=1;
2285     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2286
2287     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2288
2289     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue;
2290
2291
2292     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2293     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2294
2295     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2296     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2297       minn=0;
2298
2299     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2300       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2301       pt->fBSigned = kTRUE;
2302       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2303
2304         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2305         if (index<0) continue;
2306         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2307         if (!c) continue;
2308         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();
2309         c->Use(10);
2310       }
2311     }
2312   }
2313   //  gLastCheck = nseed;
2314   //  arr->Compress();
2315   if (fDebug>0){
2316     timer.Print();
2317   }
2318 }
2319
2320
2321 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2)
2322 {
2323   // stop not active tracks
2324   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2325   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows
2326   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2327   //
2328   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2329     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2330     if (!pt) {
2331       continue;
2332     }
2333     if (!(pt->IsActive())) continue;
2334     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2335   }
2336 }
2337
2338
2339
2340 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2341  Float_t th2)
2342 {
2343   // stop not active tracks
2344   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2345   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows
2346   Int_t sumgood1  = 0;
2347   Int_t sumgood2  = 0;
2348   Int_t foundable = 0;
2349   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2350   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2351     seed->Desactivate(10) ;
2352     return;
2353   }
2354
2355   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2356     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2357     if (index!=-1) foundable++;
2358     //if (!c) continue;
2359     if (foundable<=30) sumgood1++;
2360     if (foundable<=50) {
2361       sumgood2++;
2362     }
2363     else{
2364       break;
2365     }
2366   }
2367   if (foundable>=30.){
2368      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2369   }
2370   if (foundable>=50)
2371     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2372 }
2373
2374
2375
2376 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2377 {
2378   //
2379   // back propagation of ESD tracks
2380   //
2381
2382   fEvent = event;
2383   ReadSeeds(event);
2384   PropagateBack(fSeeds);
2385   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2386   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2387     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2388     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2389     seed->CookdEdx(0.02,0.06);
2390     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2391     esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2392   }
2393   fEvent =0;
2394   WriteTracks();
2395   return 0;
2396 }
2397
2398
2399 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2400 {
2401   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2402   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2403     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2404     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2405   }
2406   delete fSeeds;
2407   fSeeds =0;
2408 }
2409
2410 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event)
2411 {
2412   //
2413   //read seeds from the event
2414
2415   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2416   Info("PropagateBack", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2417   if (fSeeds)
2418     DeleteSeeds();
2419   if (!fSeeds){
2420     fSeeds = new TObjArray;
2421   }
2422
2423   //  Int_t ntrk=0;
2424   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2425     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2426     ULong_t status=esd->GetStatus();
2427     const AliTPCtrack t(*esd);
2428     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2429     if (status==AliESDtrack::kTPCin) seed->Modify(0.8);
2430     //
2431     //
2432     // rotate to the local coordinate system
2433
2434     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;
2435
2436     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2437     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2438     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2439     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2440     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2441     alpha-=seed->GetAlpha();
2442     if (!seed->Rotate(alpha)) continue;
2443     //
2444     seed->PropagateTo(fSectors->GetX(0));
2445     //
2446     //    Int_t index = esd->GetTPCindex();
2447     //AliTPCseed * seed2= (AliTPCseed*)fSeeds->At(index);
2448
2449     fSeeds->AddLast(seed);
2450   }
2451 }
2452
2453
2454
2455 //_____________________________________________________________________________
2456 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2457                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2458   //-----------------------------------------------------------------
2459   // This function creates track seeds.
2460   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN
2461   //-----------------------------------------------------------------
2462   // cuts[0]   - fP4 cut
2463   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2464   // cuts[2]   - zvertex cut
2465   // cuts[3]   - fP3 cut
2466   Int_t nin0  = 0;
2467   Int_t nin1  = 0;
2468   Int_t nin2  = 0;
2469   Int_t nin   = 0;
2470   Int_t nout1 = 0;
2471   Int_t nout2 = 0;
2472
2473   Double_t x[5], c[15];
2474   //  Int_t di = i1-i2;
2475   //
2476   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2477   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2478   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2479   //
2480   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2481   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2482
2483   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2484   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2485
2486   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2487
2488   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2489   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2490   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2491   //
2492   Int_t ns =sec;
2493
2494   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2495   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;
2496   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;
2497
2498   //
2499   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2500   // maximal curvature set to reach it
2501   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2502   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2503     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2504   }
2505   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2506
2507   //  Int_t ddsec = 1;
2508   if (deltay>0) ddsec = 0;
2509   // loop over clusters
2510   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2511     //
2512     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2513     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();
2514     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2515
2516     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2517
2518     // find possible directions
2519     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2520     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z
2521     //
2522     //
2523     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2524     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2525     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2526     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2527     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);
2528
2529     //
2530     // loop over 2 sectors
2531     Int_t dsec1=-ddsec;
2532     Int_t dsec2= ddsec;
2533     if (y1<0)  dsec2= 0;
2534     if (y1>0)  dsec1= 0;
2535
2536     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2537     Double_t dddz2=0;
2538     if ( (z1-z3)>0)
2539       dddz1 =1;
2540     else
2541       dddz2 =1;
2542     //
2543     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2544       Int_t sec2 = sec + dsec;
2545       //
2546       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2547       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2548       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2549       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2550       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2551       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2552
2553       // rotation angles to p1-p3
2554       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;
2555       Double_t x2,   y2,   z2;
2556       //
2557       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2558
2559       //
2560       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2561       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2562       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2563         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2564         if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2565         //
2566         //calcutate parameters
2567         //
2568         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2569         // stright track
2570         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2571         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2572         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2573         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;
2574         //curvature (radius) cut
2575         if (r02<r2min) continue;
2576
2577         nin0++;
2578         //
2579         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2580         if (yy0>0) c0*=-1.;
2581
2582
2583         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2584         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2585         Double_t dfi0   = 2.*TPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2586         Double_t dfi1   = 2.*TPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2587         //
2588         //
2589         Double_t z0  =  kcl->GetZ();
2590         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2591         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;
2592         nin1++;
2593         //
2594         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;
2595         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2596         //
2597         y2 = kcl->GetY();
2598         if (dsec==0){
2599           x2 = xx2;
2600           z2 = kcl->GetZ();
2601         }
2602         else
2603           {
2604             // rotation
2605             z2 = kcl->GetZ();
2606             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
2607             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
2608           }
2609
2610         x[0] = y1;
2611         x[1] = z1;
2612         x[2] = x0;
2613         x[3] = dip;
2614         x[4] = c0;
2615         //
2616         //
2617         // do we have cluster at the middle ?
2618         Double_t ym,zm;
2619         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
2620         UInt_t dummy;
2621         AliTPCclusterMI * cm=0;
2622         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2623           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2624           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {
2625             continue;
2626           }
2627         }
2628         else{
2629           // rotate y1 to system 0
2630           // get state vector in rotated system
2631           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
2632           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
2633           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
2634           //
2635           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
2636           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2637             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2638             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {
2639               continue;
2640             }
2641           }
2642         }
2643
2644
2645         Double_t dym = 0;
2646         Double_t dzm = 0;
2647         if (cm){
2648           dym = ym - cm->GetY();
2649           dzm = zm - cm->GetZ();
2650         }
2651         nin2++;
2652
2653
2654         //
2655         //
2656         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
2657         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
2658         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
2659         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
2660         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
2661
2662         Double_t f40=(f1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2663         Double_t f42=(f1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2664         Double_t f43=(f1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2665         Double_t f20=(f2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2666         Double_t f22=(f2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2667         Double_t f23=(f2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2668
2669         Double_t f30=(f3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2670         Double_t f31=(f3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2671         Double_t f32=(f3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2672         Double_t f34=(f3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2673
2674         c[0]=sy1;
2675         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2676         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2677         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2678                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2679         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
2680         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
2681         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
2682
2683         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
2684
2685         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
2686         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
2687
2688         track->fIsSeeding = kTRUE;
2689         track->fSeed1 = i1;
2690         track->fSeed2 = i2;
2691         track->fSeedType=3;
2692
2693
2694         //if (dsec==0) {
2695           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
2696           Int_t foundable,found,shared;
2697           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
2698           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
2699             seed->Reset();
2700             seed->~AliTPCseed();
2701             continue;
2702           }
2703           //}
2704
2705         nin++;
2706         FollowProlongation(*track, i2,1);
2707
2708
2709         //Int_t rc = 1;
2710         track->fBConstrain =1;
2711         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
2712         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
2713         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
2714
2715         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
2716             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 ||
2717             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
2718           seed->Reset();
2719           seed->~AliTPCseed();
2720           continue;
2721         }
2722         nout1++;
2723         // Z VERTEX CONDITION
2724         Double_t zv;
2725         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2726           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2727         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
2728           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
2729           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2730             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2731           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
2732             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
2733             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2734               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2735             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
2736               // make seed without constrain
2737               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
2738               FollowProlongation(*track2, i2,1);
2739               track2->fBConstrain = kFALSE;
2740               track2->fSeedType = 1;
2741               arr->AddLast(track2);
2742               seed->Reset();
2743               seed->~AliTPCseed();
2744               continue;
2745             }
2746             else{
2747               seed->Reset();
2748               seed->~AliTPCseed();
2749               continue;
2750
2751             }
2752           }
2753         }
2754
2755         track->fSeedType =0;
2756         arr->AddLast(track);
2757         seed = new AliTPCseed;
2758         nout2++;
2759         // don't consider other combinations
2760         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
2761           break;
2762       }
2763     }
2764   }
2765   if (fDebug>1){
2766     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
2767   }
2768   delete seed;
2769 }
2770
2771
2772 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2773                                  Float_t deltay) {
2774
2775
2776
2777   //-----------------------------------------------------------------
2778   // This function creates track seeds.
2779   //-----------------------------------------------------------------
2780   // cuts[0]   - fP4 cut
2781   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2782   // cuts[2]   - zvertex cut
2783   // cuts[3]   - fP3 cut
2784
2785
2786   Int_t nin0  = 0;
2787   Int_t nin1  = 0;
2788   Int_t nin2  = 0;
2789   Int_t nin   = 0;
2790   Int_t nout1 = 0;
2791   Int_t nout2 = 0;
2792   Int_t nout3 =0;
2793   Double_t x[5], c[15];
2794   //
2795   // make temporary seed
2796   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2797   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
2798   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2799   //
2800   //
2801
2802   // first 3 padrows
2803   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
2804   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
2805   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;
2806   //
2807   Double_t x1p = GetXrow(i1);
2808   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
2809   //
2810   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
2811   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
2812
2813   //
2814   //last 3 padrow for seeding
2815   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
2816   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
2817   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;
2818   //
2819   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
2820   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
2821   //
2822   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
2823   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
2824
2825   //
2826   //
2827   // middle padrow
2828   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
2829   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
2830   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
2831   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;
2832   //
2833   //
2834   Double_t deltax  = x1-x3;
2835   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
2836   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
2837   //
2838   // loop over clusters
2839   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2840     //
2841     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2842     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();
2843     //
2844     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2845     //
2846     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
2847     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
2848     //
2849     Double_t y3,   z3;
2850     //
2851     //
2852     UInt_t index;
2853     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2854       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
2855       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2856       y3 = kcl->GetY();
2857       // apply angular cuts
2858       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
2859       x3 = x3;
2860       z3 = kcl->GetZ();
2861       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
2862       //
2863       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
2864       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2865       //
2866       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2867       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2868       //
2869       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
2870       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
2871
2872       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
2873       if (!kcm) continue;
2874       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
2875
2876       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2877       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2878       //
2879       //
2880       //
2881       Int_t used  =0;
2882       Int_t found =0;
2883       //
2884       // look around first
2885       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
2886                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
2887                                                       erry,errz,index);
2888       //
2889       if (kc1m){
2890         found++;
2891         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
2892       }
2893       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
2894                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
2895                                                       erry,errz,index);
2896       //
2897       if (kc1p){
2898         found++;
2899         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
2900       }
2901       if (used>1)  continue;
2902       if (found<1) continue;
2903
2904       //
2905       // look around last
2906       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
2907                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
2908                                                       erry,errz,index);
2909       //
2910       if (kc3m){
2911         found++;
2912         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
2913       }
2914       else
2915         continue;
2916       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
2917                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
2918                                                       erry,errz,index);
2919       //
2920       if (kc3p){
2921         found++;
2922         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
2923       }
2924       else
2925         continue;
2926       if (used>1)  continue;
2927       if (found<3) continue;
2928       //
2929       Double_t x2,y2,z2;
2930       x2 = xm;
2931       y2 = kcm->GetY();
2932       z2 = kcm->GetZ();
2933       //
2934
2935       x[0]=y1;
2936       x[1]=z1;
2937       x[4]=f1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
2938       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
2939       nin0++;
2940       //
2941       x[2]=f2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
2942       nin1++;
2943       //
2944       x[3]=f3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
2945       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
2946       nin2++;
2947       //
2948       //
2949       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
2950       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
2951       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
2952
2953       Double_t f40=(f1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2954       Double_t f42=(f1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2955       Double_t f43=(f1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2956       Double_t f20=(f2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2957       Double_t f22=(f2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2958       Double_t f23=(f2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2959
2960       Double_t f30=(f3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2961       Double_t f31=(f3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2962       Double_t f32=(f3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2963       Double_t f34=(f3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2964
2965       c[0]=sy1;
2966       c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2967       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2968       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2969       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2970       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
2971       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
2972       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
2973
2974       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
2975
2976       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
2977       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
2978
2979       track->fIsSeeding = kTRUE;
2980
2981       nin++;
2982       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
2983       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 ||
2984           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
2985         seed->Reset();
2986         seed->~AliTPCseed();
2987         continue;
2988       }
2989       nout1++;
2990       nout2++;
2991       //Int_t rc = 1;
2992       FollowProlongation(*track, i2,1);
2993       track->fBConstrain =0;
2994       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
2995       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
2996
2997       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
2998           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 ||
2999           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3000         seed->Reset();
3001         seed->~AliTPCseed();
3002         continue;
3003       }
3004
3005       {
3006         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3007         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3008         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3009         track2->fBConstrain = kFALSE;
3010         track2->fSeedType = 4;
3011         arr->AddLast(track2);
3012         seed->Reset();
3013         seed->~AliTPCseed();
3014       }
3015
3016
3017       //arr->AddLast(track);
3018       //seed = new AliTPCseed;
3019       nout3++;
3020     }
3021   }
3022
3023   if (fDebug>1){
3024     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3025   }
3026   delete seed;
3027 }
3028
3029
3030 //_____________________________________________________________________________
3031 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3032                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3033   //-----------------------------------------------------------------
3034   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3035   //-----------------------------------------------------------------
3036   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3037   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3038   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied
3039   // cuts[3]   - fP3 cut
3040   Int_t nin0=0;
3041   Int_t nin1=0;
3042   Int_t nin2=0;
3043   Int_t nin3=0;
3044   //  Int_t nin4=0;
3045   //Int_t nin5=0;
3046
3047
3048
3049   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3050   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3051   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3052   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3053   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3054   AliTPCRow * kr=0;
3055
3056   AliTPCpolyTrack polytrack;
3057   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3058   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3059
3060   Int_t sumused=0;
3061   Int_t cused=0;
3062   Int_t cnused=0;
3063   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3064     Int_t nfound =0;
3065     Int_t nfoundable =0;
3066     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3067       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3068       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];
3069       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3070
3071       if (cl->IsUsed(10)) {
3072         cused++;
3073       }
3074       else{
3075         cnused++;
3076       }
3077       Double_t x = kr0.GetX();
3078       // Initialization of the polytrack
3079       nfound =0;
3080       nfoundable =0;
3081       polytrack.Reset();
3082       //
3083       Double_t y0= cl->GetY();
3084       Double_t z0= cl->GetZ();
3085       Float_t erry = 0;
3086       Float_t errz = 0;
3087
3088       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3089       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3090
3091       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;
3092       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;
3093       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3094
3095       sumused=0;
3096       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3097
3098
3099       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3100       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3101       //
3102       x = krm.GetX();
3103       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3104       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3105         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3106         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3107         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3108         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3109       }
3110       //
3111       x = krp.GetX();
3112       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3113       if (cl2) {
3114         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3115         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3116         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;
3117         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3118       }
3119       //
3120       if (sumused>0) continue;
3121       nin0++;
3122       polytrack.UpdateParameters();
3123       // follow polytrack
3124       roadz = 1.2;
3125       roady = 1.2;
3126       //
3127       Double_t yn,zn;
3128       nfoundable = polytrack.GetN();
3129       nfound     = nfoundable;
3130       //
3131       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3132         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3133         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3134           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3135           kr = &(fSectors[sec][row]);
3136           Double_t xn = kr->GetX();
3137           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3138           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3139           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3140           nfoundable++;
3141           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3142           if (cln) {
3143             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3144             if (dist<maxdist){
3145               /*
3146               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3147               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3148               if (cln->IsUsed(10)) {
3149                 //      printf("used\n");
3150                 sumused++;
3151                 erry*=2;
3152                 errz*=2;
3153               }
3154               */
3155               erry=0.1;
3156               errz=0.1;
3157               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3158               nfound++;
3159             }
3160           }
3161         }
3162         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;
3163         polytrack.UpdateParameters();
3164       }
3165     }
3166     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3167       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3168       continue;
3169     }
3170     nin1++;
3171     Double_t dy,dz;
3172     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3173     AliTPCpolyTrack track2;
3174
3175     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3176     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3177     nin2++;
3178
3179     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3180       //
3181       // test seed with and without constrain
3182       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3183         // add polytrack candidate
3184
3185         Double_t x[5], c[15];
3186         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3187         track2.GetBoundaries(x3,x1);
3188         x2 = (x1+x3)/2.;
3189         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3190         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3191         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3192         //
3193         //is track pointing to the vertex ?
3194         Double_t x0,y0,z0;
3195         x0=0;
3196         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3197
3198         if (constrain) {
3199           x2 = x3;
3200           y2 = y3;
3201           z2 = z3;
3202
3203           x3 = 0;
3204           y3 = 0;
3205           z3 = 0;
3206         }
3207         x[0]=y1;
3208         x[1]=z1;
3209         x[4]=f1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3210
3211         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3212         x[2]=f2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3213
3214         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3215         //x[3]=f3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3216         x[3]=f3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3217         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3218
3219
3220         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3221         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3222         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3223         Double_t sy3=0.02;
3224
3225         if (constrain){
3226           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3227         }
3228
3229         Double_t f40=(f1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3230         Double_t f42=(f1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3231         Double_t f43=(f1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3232         Double_t f20=(f2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3233         Double_t f22=(f2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3234         Double_t f23=(f2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3235
3236         Double_t f30=(f3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3237         Double_t f31=(f3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3238         Double_t f32=(f3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3239         Double_t f34=(f3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3240
3241
3242         c[0]=sy1;
3243         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3244         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3245         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3246         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3247         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3248         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3249         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3250
3251         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3252         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3253
3254         UInt_t index=0;
3255         //kr0.GetIndex(is);
3256         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3257         track->fIsSeeding = kTRUE;
3258         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);
3259         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3260         else
3261           track->fBConstrain =0;
3262         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3263         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3264
3265         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
3266             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 ||
3267             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3268           //delete track;
3269           seed->Reset();
3270           seed->~AliTPCseed();
3271         }
3272         else {
3273           arr->AddLast(track);
3274           seed = new AliTPCseed;
3275         }
3276         nin3++;
3277       }
3278     }  // if accepted seed
3279   }
3280   if (fDebug>1){
3281     printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3282   }
3283   delete seed;
3284 }
3285
3286
3287 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3288 {
3289   //
3290   //
3291   //reseed
3292   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0
3293   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3294   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3295   Int_t pp2=0;
3296   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3297   x0[0]=-1;
3298   x0[0]=-1;
3299   x0[0]=-1;
3300
3301   // find track position at given ratio of the length
3302   Int_t  sec0, sec1, sec2;
3303   sec0=0;
3304   sec1=0;
3305   sec2=0;
3306   Int_t index=-1;
3307   Int_t clindex;
3308   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3309     if (track->fClusterPointer[i]){
3310       index++;
3311       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3312       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3313         if (trpoint->GetX()>1){
3314           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3315           if (clindex>0){
3316             x0[0] = trpoint->GetX();
3317             x0[1] = trpoint->GetY();
3318             x0[2] = trpoint->GetZ();
3319             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3320           }
3321         }
3322       }
3323
3324       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3325         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3326         if (clindex>0){
3327           x1[0] = trpoint->GetX();
3328           x1[1] = trpoint->GetY();
3329           x1[2] = trpoint->GetZ();
3330           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3331         }
3332       }
3333       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3334         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3335         if (clindex>0){
3336           x2[0] = trpoint->GetX();
3337           x2[1] = trpoint->GetY();
3338           x2[2] = trpoint->GetZ();
3339           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3340           pp2 = i;
3341         }
3342       }
3343     }
3344   }
3345
3346   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3347   //
3348   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3349   cs = TMath::Cos(alpha);
3350   sn = TMath::Sin(alpha);
3351   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3352   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3353   x1[0] = xx2;
3354   x1[1] = yy2;
3355   //
3356   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3357   cs = TMath::Cos(alpha);
3358   sn = TMath::Sin(alpha);
3359   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3360   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3361   x0[0] = xx2;
3362   x0[1] = yy2;
3363   //
3364   //
3365   //
3366   Double_t x[5],c[15];
3367   //
3368   x[0]=x2[1];
3369   x[1]=x2[2];
3370   x[4]=f1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3371   //  if (x[4]>1) return 0;
3372   x[2]=f2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3373   x[3]=f3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3374   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3375   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3376   //
3377   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3378   //
3379   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3380   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3381   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3382   //
3383   Double_t f40=(f1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3384   Double_t f42=(f1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3385   Double_t f43=(f1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3386   Double_t f20=(f2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3387   Double_t f22=(f2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3388   Double_t f23=(f2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3389   //
3390   Double_t f30=(f3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3391   Double_t f31=(f3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3392   Double_t f32=(f3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3393   Double_t f34=(f3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3394
3395
3396   c[0]=sy1;
3397   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3398   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3399   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3400   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3401   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3402   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3403   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3404
3405   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3406   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3407   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3408   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3409   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3410   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3411   //  seed =0;
3412   seed->fLastPoint  = pp2;
3413   seed->fFirstPoint = pp2;
3414
3415
3416   return seed;
3417 }
3418
3419 Int_t  AliTPCtrackerMI::CheckKinkPoint(AliTPCseed*seed, Float_t th)
3420 {
3421   //
3422   //
3423   //
3424   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3425   //
3426   if (TMath::Abs(seed->GetC())>0.01) return 0;
3427   //
3428
3429   Float_t x[160], y[160], erry[160], z[160], errz[160];
3430   Int_t sec[160];
3431   Float_t xt[160], yt[160], zt[160];
3432   Int_t i1 = 200;
3433   Int_t i2 = 0;
3434   Int_t secm   = -1;
3435   Int_t padm   = -1;
3436   Int_t middle = seed->GetNumberOfClusters()/2;
3437   //
3438   //
3439   // find central sector, get local cooordinates
3440   Int_t count = 0;
3441   for (Int_t i=seed->fFirstPoint;i<=seed->fLastPoint;i++) {
3442     sec[i]= seed->GetClusterSector(i)%18;
3443     x[i]  = GetXrow(i);
3444     if (sec[i]>=0) {
3445       AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3446       //      if (cl==0)        cl = GetClusterMI(seed->GetClusterIndex2(i));
3447       if (cl==0) {
3448         sec[i] = -1;
3449         continue;
3450       }
3451       //
3452       //
3453       if (i>i2)  i2 = i;  //last  point with cluster
3454       if (i2<i1) i1 = i;  //first point with cluster
3455       y[i] = cl->GetY();
3456       z[i] = cl->GetZ();
3457       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3458       xt[i] = x[i];
3459       yt[i] = point->GetY();
3460       zt[i] = point->GetZ();
3461
3462       if (point->GetX()>0){
3463         erry[i] = point->GetErrY();
3464         errz[i] = point->GetErrZ();
3465       }
3466
3467       count++;
3468       if (count<middle) {
3469         secm = sec[i];  //central sector
3470         padm = i;       //middle point with cluster
3471       }
3472     }
3473   }
3474   //
3475   // rotate position to global coordinate system connected to  sector at last the point
3476   //
3477   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3478     //
3479     if (sec[i]<0) continue;
3480     Double_t alpha = (sec[i2]-sec[i])*fSectors->GetAlpha();
3481     Double_t cs = TMath::Cos(alpha);
3482     Double_t sn = TMath::Sin(alpha);
3483     Float_t xx2= x[i]*cs+y[i]*sn;
3484     Float_t yy2= -x[i]*sn+y[i]*cs;
3485     x[i] = xx2;
3486     y[i] = yy2;
3487     //
3488     xx2= xt[i]*cs+yt[i]*sn;
3489     yy2= -xt[i]*sn+yt[i]*cs;
3490     xt[i] = xx2;
3491     yt[i] = yy2;
3492
3493   }
3494   //get "state" vector
3495   Double_t xh[5],xm = x[padm];
3496   xh[0]=yt[i2];
3497   xh[1]=zt[i2];
3498   xh[4]=f1(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);
3499   xh[2]=f2(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);
3500   xh[3]=f3n(xt[i2],yt[i2],xt[i1],yt[i1],zt[i2],zt[i1],xh[4]);
3501   //
3502   //
3503   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3504     Double_t yy,zz;
3505     if (sec[i]<0) continue;
3506     GetProlongation(x[i2], x[i],xh,yy,zz);
3507     if (TMath::Abs(y[i]-yy)>4||TMath::Abs(z[i]-zz)>4){
3508       //Double_t xxh[5];
3509       //xxh[4]=f1old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);
3510       //xxh[2]=f2old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);
3511       printf("problem\n");
3512     }
3513     y[i] = y[i] - yy;
3514     z[i] = z[i] - zz;
3515   }
3516   Float_t dyup[160],dydown[160], dzup[160], dzdown[160];
3517   Float_t yup[160], ydown[160],  zup[160],  zdown[160];
3518
3519   AliTPCpolyTrack ptrack1,ptrack2;
3520   //
3521   // derivation up
3522   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3523     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3524     if (!cl) continue;
3525     if (cl->GetType()<0) continue;
3526     if (cl->GetType()>10) continue;
3527
3528     if (sec[i]>=0){
3529       ptrack1.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3530     }
3531     if (ptrack1.GetN()>4.){
3532       ptrack1.UpdateParameters();
3533       Double_t ddy,ddz;
3534       ptrack1.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3535       Double_t yy,zz;
3536       ptrack1.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3537
3538       dyup[i] = ddy;
3539       dzup[i] = ddz;
3540       yup[i]  = yy;
3541       zup[i]  = zz;
3542
3543     }
3544     else{
3545       dyup[i]=0.;  //not enough points
3546     }
3547   }
3548   //
3549   // derivation down
3550   for (Int_t i=i2;i>=i1;i--){
3551     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3552     if (!cl) continue;
3553     if (cl->GetType()<0) continue;
3554     if (cl->GetType()>10) continue;
3555     if (sec[i]>=0){
3556       ptrack2.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3557     }
3558     if (ptrack2.GetN()>4){
3559       ptrack2.UpdateParameters();
3560       Double_t ddy,ddz;
3561       ptrack2.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3562       Double_t yy,zz;
3563       ptrack2.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3564
3565       dydown[i] = ddy;
3566       dzdown[i] = ddz;
3567       ydown[i]  = yy;
3568       zdown[i]  = zz;
3569     }
3570     else{
3571       dydown[i]=0.;  //not enough points
3572     }
3573   }
3574   //
3575   //
3576   // find maximal difference of the derivation
3577   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3578
3579
3580   for (Int_t i=i1+10;i<i2-10;i++){
3581     if ( (TMath::Abs(dydown[i])<0.00000001)  ||  (TMath::Abs(dyup[i])<0.00000001) ||i<30)continue;
3582     //    printf("%f\t%f\t%f\t%f\t%f\n",x[i],dydown[i],dyup[i],dzdown[i],dzup[i]);
3583     //
3584     Float_t ddy = TMath::Abs(dydown[i]-dyup[i]);
3585     Float_t ddz = TMath::Abs(dzdown[i]-dzup[i]);
3586     if ( (ddy+ddz)> th){
3587       seed->fKinkPoint[0] = i;
3588       seed->fKinkPoint[1] = ddy;
3589       seed->fKinkPoint[2] = ddz;
3590       th = ddy+ddz;
3591     }
3592   }
3593
3594   if (fTreeDebug){
3595     //
3596     //write information to the debug tree
3597     TBranch * br = fTreeDebug->GetBranch("debug");
3598     TClonesArray * arr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2");
3599     arr->ExpandCreateFast(i2-i1);
3600     br->SetAddress(&arr);
3601     //
3602     AliTPCclusterMI cldummy;
3603     cldummy.SetQ(0);
3604     AliTPCTrackPoint2 pdummy;
3605     pdummy.GetTPoint().fIsShared = 10;
3606     //
3607     Double_t alpha = sec[i2]*fSectors->GetAlpha();
3608     Double_t cs    = TMath::Cos(alpha);
3609     Double_t sn    = TMath::Sin(alpha);
3610
3611     for (Int_t i=i1;i<i2;i++){
3612       AliTPCTrackPoint2 *trpoint = (AliTPCTrackPoint2*)arr->UncheckedAt(i-i1);
3613       //cluster info
3614       AliTPCclusterMI * cl0 = seed->fClusterPointer[i];
3615       //
3616       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3617
3618       if (cl0){
3619         Double_t x = GetXrow(i);
3620         trpoint->GetTPoint() = *point;
3621         trpoint->GetCPoint() = *cl0;
3622         trpoint->GetCPoint().SetQ(TMath::Abs(cl0->GetQ()));
3623         trpoint->fID    = seed->GetUniqueID();
3624         trpoint->fLab   = seed->GetLabel();
3625         //
3626         trpoint->fGX =  cs *x + sn*point->GetY();
3627         trpoint->fGY = -sn *x + cs*point->GetY() ;
3628         trpoint->fGZ = point->GetZ();
3629         //
3630         trpoint->fDY = y[i];
3631         trpoint->fDZ = z[i];
3632         //
3633         trpoint->fDYU = dyup[i];
3634         trpoint->fDZU = dzup[i];
3635         //
3636         trpoint->fDYD = dydown[i];
3637         trpoint->fDZD = dzdown[i];
3638         //
3639         if (TMath::Abs(dyup[i])>0.00000000001 &&TMath::Abs(dydown[i])>0.00000000001){
3640           trpoint->fDDY = dydown[i]-dyup[i];
3641           trpoint->fDDZ = dzdown[i]-dzup[i];
3642         }else{
3643           trpoint->fDDY = 0.;
3644           trpoint->fDDZ = 0.;
3645         }
3646       }
3647       else{
3648         *trpoint = pdummy;
3649         trpoint->GetCPoint()= cldummy;
3650         trpoint->fID = -1;
3651       }
3652       //
3653     }
3654     fTreeDebug->Fill();
3655   }
3656
3657
3658   return 0;
3659
3660 }
3661
3662
3663
3664
3665
3666 AliTPCseed*  AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *t)
3667 {
3668   //
3669   // reseed - refit -  track
3670   //
3671   Int_t first = 0;
3672   //  Int_t last  = fSectors->GetNRows()-1;
3673   //
3674   if (fSectors == fOuterSec){
3675     first = TMath::Max(first, t->fFirstPoint-fInnerSec->GetNRows());
3676     //last  =
3677   }
3678   else
3679     first = t->fFirstPoint;
3680   //
3681   AliTPCseed * seed = MakeSeed(t,0.1,0.5,0.9);
3682   FollowBackProlongation(*t,fSectors->GetNRows()-1);
3683   t->Reset(kFALSE);
3684   FollowProlongation(*t,first);
3685   return seed;
3686 }
3687
3688
3689
3690
3691
3692
3693
3694 //_____________________________________________________________________________
3695 Int_t AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(const TFile *inp) {
3696   //-----------------------------------------------------------------
3697   // This function reades track seeds.
3698   //-----------------------------------------------------------------
3699   TDirectory *savedir=gDirectory;
3700
3701   TFile *in=(TFile*)inp;
3702   if (!in->IsOpen()) {
3703      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): input file is not open !\n";
3704      return 1;
3705   }
3706
3707   in->cd();
3708   TTree *seedTree=(TTree*)in->Get("Seeds");
3709   if (!seedTree) {
3710      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): ";
3711      cerr<<"can't get a tree with track seeds !\n";
3712      return 2;
3713   }
3714   AliTPCtrack *seed=new AliTPCtrack;
3715   seedTree->SetBranchAddress("tracks",&seed);
3716
3717   if (fSeeds==0) fSeeds=new TObjArray(15000);
3718
3719   Int_t n=(Int_t)seedTree->GetEntries();
3720   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
3721      seedTree->GetEvent(i);
3722      fSeeds->AddLast(new AliTPCseed(*seed,seed->GetAlpha()));
3723   }
3724
3725   delete seed;
3726   delete seedTree;
3727   savedir->cd();
3728   return 0;
3729 }
3730
3731 //_____________________________________________________________________________
3732 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks() {
3733   //-----------------------------------------------------------------
3734   // This is a track finder.
3735   //-----------------------------------------------------------------
3736   TDirectory *savedir=gDirectory;
3737   TStopwatch timer;
3738   //
3739   if (!fInput) SetIO();  //set default IO using loaders
3740   if (!fInput){
3741      cerr<<"AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks(): input file is not open !\n";
3742      return 1;
3743   }
3744   LoadClusters();
3745   //
3746   fIteration = 0;
3747   fSeeds = Tracking();
3748
3749
3750   printf("Time for tracking: \t");timer.Print();timer.Start();
3751
3752   //activate again some tracks
3753   for (Int_t i=0; i<fSeeds->GetEntriesFast(); i++) {
3754     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
3755     if (!pt) continue;
3756     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3757     if (nc<20) {
3758       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3759       continue;
3760     }
3761     if (pt->fRemoval==10) {
3762       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
3763         pt->Desactivate(10);  // make track again active
3764       else{
3765         pt->Desactivate(20);
3766         delete fSeeds->RemoveAt(i);
3767       }
3768     }
3769   }
3770   RemoveDouble(fSeeds,0.2,0.6,11);
3771   //RemoveUsed(fSeeds,0.9,0.9,6);
3772   //RemoveUsed(fSeeds,0.8,0.8,6);
3773   //RemoveUsed(fSeeds,0.7,0.7,6);
3774   RemoveUsed(fSeeds,0.5,0.5,6);
3775
3776   //
3777   Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3778   Int_t found = 0;
3779   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3780     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
3781     if (!pt) continue;
3782     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3783     if (nc<15) {
3784       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3785       continue;
3786     }
3787     CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
3788     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
3789     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
3790       cerr<<found++<<'\r';
3791     }
3792     else
3793       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3794     pt->fLab2 = i;
3795   }
3796
3797
3798   //RemoveOverlap(fSeeds,0.99,7,kTRUE);
3799   SignShared(fSeeds);
3800   //RemoveUsed(fSeeds,0.9,0.9,6);
3801   //
3802   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3803   found = 0;
3804   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3805     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
3806     if (!pt) continue;
3807     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3808     if (nc<15) {
3809       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3810       continue;
3811     }
3812     t.SetUniqueID(i);
3813     t.CookdEdx(0.02,0.6);
3814     //    CheckKinkPoint(&t,0.05);
3815     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
3816     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
3817       cerr<<found++<<'\r';
3818     }
3819     else
3820       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3821     pt->fLab2 = i;
3822   }
3823
3824   SortTracks(fSeeds, 1);
3825
3826   /*
3827   fIteration = 1;
3828   PrepareForBackProlongation(fSeeds,0.5);
3829   PropagateBack(fSeeds);
3830   printf("Time for back propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
3831
3832   fIteration = 2;
3833
3834   PrepareForProlongation(fSeeds,1.);
3835   PropagateForward();
3836
3837   fSectors = fOuterSec;
3838   ParallelTracking(fSeeds,fSectors->GetNRows()-1,0);
3839   fSectors = fInnerSec;
3840   ParallelTracking(fSeeds,fSectors->GetNRows()-1,0);
3841   printf("Time for FORWARD propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
3842   // RemoveUsed(fSeeds,0.7,0.7,6);
3843   //RemoveOverlap(fSeeds,0.9,7,kTRUE);
3844
3845   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3846   found = 0;
3847   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3848     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
3849     if (!pt) continue;
3850     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3851     if (nc<15) {
3852       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3853       continue;
3854     }
3855     t.CookdEdx(0.02,0.6);
3856     //    CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
3857     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
3858     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
3859       cerr<<found++<<'\r';
3860     }
3861     else
3862       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3863     pt->fLab2 = i;
3864   }
3865   */
3866
3867   //  fNTracks = found;
3868   printf("Time for overlap removal, track writing and dedx cooking: \t"); timer.Print();timer.Start();
3869   //
3870   if (fOutput) {
3871     WriteTracks();
3872   }
3873   if (!fNewIO)  fOutput->Write();
3874   else
3875     AliRunLoader::GetDetectorLoader("TPC",AliConfig::fgkDefaultEventFolderName)->WriteTracks("OVERWRITE");
3876
3877
3878   cerr<<"Number of found tracks : "<<"\t"<<found<<endl;
3879   savedir->cd();
3880   //if (seedtree) delete seedtree;
3881   //  UnloadClusters();
3882   //printf("Time for unloading cluster: \t"); timer.Print();timer.Start();
3883
3884   return 0;
3885 }
3886
3887 void AliTPCtrackerMI::Tracking(TObjArray * arr)
3888 {
3889   //
3890   // tracking of the seeds
3891   //
3892
3893   fSectors = fOuterSec;
3894   ParallelTracking(arr,150,63);
3895   fSectors = fOuterSec;
3896   ParallelTracking(arr,63,0);
3897 }
3898
3899 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking(Int_t seedtype, Int_t i1, Int_t i2, Float_t cuts[4], Float_t dy, Int_t dsec)
3900 {
3901   //
3902   //
3903   //tracking routine
3904   TObjArray * arr = new TObjArray;
3905   //
3906   fSectors = fOuterSec;
3907   TStopwatch timer;
3908   timer.Start();
3909   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
3910     if (seedtype==3) MakeSeeds3(arr,sec,i1,i2,cuts,dy, dsec);
3911     if (seedtype==4) MakeSeeds5(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
3912     if (seedtype==2) MakeSeeds2(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
3913   }
3914   if (fDebug>0){
3915     printf("\nSeeding - %d\t%d\t%d\t%d\n",seedtype,i1,i2,arr->GetEntriesFast());
3916     timer.Print();
3917     timer.Start();
3918   }
3919   Tracking(arr);
3920   if (fDebug>0){
3921     timer.Print();
3922   }
3923
3924   return arr;
3925 }
3926
3927 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking()
3928 {
3929   //
3930   //
3931   TStopwatch timer;
3932   timer.Start();
3933   Int_t nup=fOuterSec->GetNRows()+fInnerSec->GetNRows();
3934
3935   TObjArray * seeds = new TObjArray;
3936   TObjArray * arr=0;
3937
3938   Int_t gap =20;
3939   Float_t cuts[4];
3940   cuts[0] = 0.002;
3941   cuts[1] = 1.5;
3942   cuts[2] = 3.;
3943   cuts[3] = 3.;
3944   Float_t fnumber  = 3.0;
3945   Float_t fdensity = 3.0;
3946
3947   //
3948   //find primaries
3949   cuts[0]=0.0066;
3950   for (Int_t delta = 0; delta<18; delta+=6){
3951     //
3952     cuts[0]=0.0070;
3953     cuts[1] = 1.5;
3954     arr = Tracking(3,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1,1);
3955     SumTracks(seeds,arr);
3956     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
3957     //
3958     for (Int_t i=2;i<6;i+=2){
3959       // seed high pt tracks
3960       cuts[0]=0.0022;
3961       cuts[1]=0.3;
3962       arr = Tracking(3,nup-i-delta,nup-i-delta-gap,cuts,-1,0);
3963       SumTracks(seeds,arr);
3964       SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
3965     }
3966   }
3967   fnumber  = 4;
3968   fdensity = 4.;
3969   //  RemoveUsed(seeds,0.9,0.9,1);
3970   //  UnsignClusters();
3971   //  SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
3972
3973   //find primaries
3974   cuts[0]=0.0077;
3975   for (Int_t delta = 20; delta<120; delta+=10){
3976     //
3977     // seed high pt tracks
3978     cuts[0]=0.0060;
3979     cuts[1]=0.3;
3980     cuts[2]=6.;
3981     arr = Tracking(3,nup-delta,nup-delta-gap,cuts,-1);
3982     SumTracks(seeds,arr);
3983     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
3984
3985     cuts[0]=0.003;
3986     cuts[1]=0.3;
3987     cuts[2]=6.;
3988     arr = Tracking(3,nup-delta-5,nup-delta-5-gap,cuts,-1);
3989     SumTracks(seeds,arr);
3990     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
3991   }
3992
3993   cuts[0] = 0.01;
3994   cuts[1] = 2.0;
3995   cuts[2] = 3.;
3996   cuts[3] = 2.0;
3997   fnumber  = 2.;
3998   fdensity = 2.;
3999
4000   if (fDebug>0){
4001     printf("\n\nPrimary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4002     timer.Print();
4003     timer.Start();
4004   }
4005   //  RemoveUsed(seeds,0.75,0.75,1);
4006   //UnsignClusters();
4007   //SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4008
4009   // find secondaries
4010
4011   cuts[0] = 0.3;
4012   cuts[1] = 1.5;
4013   cuts[2] = 3.;
4014   cuts[3] = 1.5;
4015
4016   arr = Tracking(4,nup-1,nup-1-gap,cuts,-1);
4017   SumTracks(seeds,arr);
4018   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4019   //
4020   arr = Tracking(4,nup-2,nup-2-gap,cuts,-1);
4021   SumTracks(seeds,arr);
4022   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4023   //
4024   arr = Tracking(4,nup-3,nup-3-gap,cuts,-1);
4025   SumTracks(seeds,arr);
4026   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4027   //
4028
4029
4030   for (Int_t delta = 3; delta<30; delta+=5){
4031     //
4032     cuts[0] = 0.3;
4033     cuts[1] = 1.5;
4034     cuts[2] = 3.;
4035     cuts[3] = 1.5;
4036     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4037     SumTracks(seeds,arr);
4038     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4039     //
4040     arr = Tracking(4,nup-3-delta,nup-5-delta-gap,cuts,4);
4041     SumTracks(seeds,arr);
4042     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4043     //
4044   }
4045   fnumber  = 1;
4046   fdensity = 1;
4047   //
4048   // change cuts
4049   fnumber  = 2.;
4050   fdensity = 2.;
4051   cuts[0]=0.0080;
4052
4053   // find secondaries
4054   for (Int_t delta = 30; delta<70; delta+=10){
4055     //
4056     cuts[0] = 0.3;
4057     cuts[1] = 1.5;
4058     cuts[2] = 3.;
4059     cuts[3] = 1.5;
4060     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4061     SumTracks(seeds,arr);
4062     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4063     //
4064     arr = Tracking(4,nup-5-delta,nup-5-delta-gap,cuts,5 );
4065     SumTracks(seeds,arr);
4066     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4067   }
4068
4069   if (fDebug>0){
4070     printf("\n\nSecondary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4071     timer.Print();
4072     timer.Start();
4073   }
4074
4075   return seeds;
4076   //
4077
4078 }
4079
4080
4081 void AliTPCtrackerMI::SumTracks(TObjArray *arr1,TObjArray *arr2)
4082 {
4083   //
4084   //sum tracks to common container
4085   //remove suspicious tracks
4086   Int_t nseed = arr2->GetEntriesFast();
4087   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4088     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr2->UncheckedAt(i);
4089     if (pt){
4090
4091       // NORMAL ACTIVE TRACK
4092       if (pt->IsActive()){
4093         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4094         continue;
4095       }
4096       //remove not usable tracks
4097       if (pt->fRemoval!=10){
4098         delete arr2->RemoveAt(i);
4099         continue;
4100       }
4101       // REMOVE VERY SHORT  TRACKS
4102       if (pt->GetNumberOfClusters()<20){
4103         delete arr2->RemoveAt(i);
4104         continue;
4105       }
4106       // ENABLE ONLY ENOUGH GOOD STOPPED TRACKS
4107       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
4108         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4109       else{
4110         delete arr2->RemoveAt(i);
4111       }
4112     }
4113   }
4114   delete arr2;
4115 }
4116
4117
4118
4119 void  AliTPCtrackerMI::ParallelTracking(TObjArray * arr, Int_t rfirst, Int_t rlast)
4120 {
4121   //
4122   // try to track in parralel
4123
4124   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
4125   //prepare seeds for tracking
4126   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4127     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt;
4128     if (!pt) continue;
4129     if (!t.IsActive()) continue;
4130     // follow prolongation to the first layer
4131     if ( (fSectors ==fInnerSec) || (t.fFirstPoint-fParam->GetNRowLow()>rfirst+1) )
4132       FollowProlongation(t, rfirst+1);
4133   }
4134
4135
4136   //
4137   for (Int_t nr=rfirst; nr>=rlast; nr--){
4138     // make indexes with the cluster tracks for given
4139
4140     // find nearest cluster
4141     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4142       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt;
4143       if (!pt) continue;
4144       if (!pt->IsActive()) continue;
4145       //      if ( (fSectors ==fOuterSec) && (pt->fFirstPoint-fParam->GetNRowLow())<nr) continue;
4146       if (pt->fRelativeSector>17) {
4147         continue;
4148       }
4149       UpdateClusters(t,nr);
4150     }
4151     // prolonagate to the nearest cluster - if founded
4152     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4153       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
4154       if (!pt) continue;
4155       if (!pt->IsActive()) continue;
4156       // if ((fSectors ==fOuterSec) && (pt->fFirstPoint-fParam->GetNRowLow())<nr) continue;
4157       if (pt->fRelativeSector>17) {
4158         continue;
4159       }
4160       FollowToNextCluster(*pt,nr);
4161     }
4162   }
4163 }
4164
4165 void AliTPCtrackerMI::PrepareForBackProlongation(TObjArray * arr,Float_t fac)
4166 {
4167   //
4168   //
4169   // if we use TPC track itself we have to "update" covariance
4170   //
4171   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
4172   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4173     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
4174     if (pt) {
4175       pt->Modify(fac);
4176       //
4177       //rotate to current local system at first accepted  point
4178       Int_t index  = pt->GetClusterIndex2(pt->fFirstPoint);
4179       Int_t sec    = (index&0xff000000)>>24;
4180       sec = sec%18;
4181       Float_t angle1 = fInnerSec->GetAlpha()*sec+fInnerSec->GetAlphaShift();
4182       if (angle1>TMath::Pi())
4183         angle1-=2.*TMath::Pi();
4184       Float_t angle2 = pt->GetAlpha();
4185
4186       if (TMath::Abs(angle1-angle2)>0.001){
4187         pt->Rotate(angle1-angle2);
4188         //angle2 = pt->GetAlpha();
4189         //pt->fRelativeSector = pt->GetAlpha()/fInnerSec->GetAlpha();
4190         //if (pt->GetAlpha()<0)
4191         //  pt->fRelativeSector+=18;
4192         //sec = pt->fRelativeSector;
4193       }
4194
4195     }
4196
4197   }
4198
4199
4200 }
4201 void AliTPCtrackerMI::PrepareForProlongation(TObjArray * arr, Float_t fac)
4202 {
4203   //
4204   //
4205   // if we use TPC track itself we have to "update" covariance
4206   //
4207   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
4208   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4209     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
4210     if (pt) {
4211       pt->Modify(fac);
4212       pt->fFirstPoint = pt->fLastPoint;
4213     }
4214
4215   }
4216
4217
4218 }
4219
4220 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(TObjArray * arr)
4221 {
4222   //
4223   // make back propagation
4224   //
4225   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
4226   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4227     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
4228     if (pt) {
4229       AliTPCseed *pt2 = new AliTPCseed(*pt);
4230       fSectors = fInnerSec;
4231       FollowBackProlongation(*pt,fSectors->GetNRows()-1);
4232       fSectors = fOuterSec;
4233       FollowBackProlongation(*pt,fSectors->GetNRows()-1);
4234       fSectors = fOuterSec;
4235       if (pt->GetNumberOfClusters()<35 && pt->GetLabel()>0 ){
4236         printf("\n%d",pt->GetLabel());
4237         fSectors = fInnerSec;
4238         FollowBackProlongation(*pt2,fSectors->GetNRows()-1);
4239         fSectors = fOuterSec;
4240         FollowBackProlongation(*pt2,fSectors->GetNRows()-1);
4241         fSectors = fOuterSec;
4242       }
4243     }
4244   }
4245   return 0;
4246 }
4247
4248
4249 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateForward2(TObjArray * arr)
4250 {
4251   //
4252   // make forward propagation
4253   //
4254   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
4255   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4256     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
4257     if (pt) {
4258       AliTPCseed *pt2 = new AliTPCseed(*pt);
4259       fSectors = fOuterSec;
4260       FollowProlongation(*pt,0);
4261       fSectors = fOuterSec;
4262       FollowProlongation(*pt,0);
4263       fSectors = fInnerSec;
4264       if (pt->GetNumberOfClusters()<35 && pt->GetLabel()>0 ){
4265         printf("\n%d",pt->GetLabel());
4266         fSectors = fOuterSec;
4267         FollowProlongation(*pt2,0);
4268         fSectors = fOuterSec;
4269         FollowProlongation(*pt2,0);
4270         fSectors = fOuterSec;
4271       }
4272     }
4273   }
4274   return 0;
4275 }
4276
4277
4278 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateForward()
4279 {
4280   fSectors = fOuterSec;
4281   ParallelTracking(fSeeds,fSectors->GetNRows()-1,0);
4282   fSectors = fInnerSec;
4283   ParallelTracking(fSeeds,fSectors->GetNRows()-1,0);
4284   //WriteTracks();
4285   return 1;
4286 }
4287
4288
4289
4290
4291
4292
4293 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliTPCseed * pt, Int_t row0, Int_t row1)
4294 {
4295   //
4296   // make back propagation, in between row0 and row1
4297   //
4298
4299   if (pt) {
4300     fSectors = fInnerSec;
4301     Int_t  r1;
4302     //
4303     if (row1<fSectors->GetNRows())
4304       r1 = row1;
4305     else
4306       r1 = fSectors->GetNRows()-1;
4307
4308     if (row0<fSectors->GetNRows()&& r1>0 )
4309       FollowBackProlongation(*pt,r1);
4310     if (row1<=fSectors->GetNRows())
4311       return 0;
4312     //
4313     r1 = row1 - fSectors->GetNRows();
4314     if (r1<=0) return 0;
4315     if (r1>=fOuterSec->GetNRows()) return 0;
4316     fSectors = fOuterSec;
4317     return FollowBackProlongation(*pt,r1);
4318   }
4319   return 0;
4320 }
4321
4322
4323
4324
4325 void  AliTPCtrackerMI::GetShape(AliTPCseed * seed, Int_t row)
4326 {
4327   //
4328   //
4329   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
4330   //  Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
4331   Float_t padlength =  GetPadPitchLength(row);
4332   //
4333   Float_t sresy = (seed->fSector < fParam->GetNSector()/2) ? 0.2 :0.3;
4334   Float_t angulary  = seed->GetSnp();
4335   angulary = angulary*angulary/(1-angulary*angulary);
4336   seed->fCurrentSigmaY2 = sd2+padlength*padlength*angulary/12.+sresy*sresy;
4337   //
4338   Float_t sresz = fParam->GetZSigma();
4339   Float_t angularz  = seed->GetTgl();
4340   seed->fCurrentSigmaZ2 = sd2+padlength*padlength*angularz*angularz*(1+angulary)/12.+sresz*sresz;
4341   /*
4342   Float_t wy = GetSigmaY(seed);
4343   Float_t wz = GetSigmaZ(seed);
4344   wy*=wy;
4345   wz*=wz;
4346   if (TMath::Abs(wy/seed->fCurrentSigmaY2-1)>0.0001 || TMath::Abs(wz/seed->fCurrentSigmaZ2-1)>0.0001 ){
4347     printf("problem\n");
4348   }
4349   */
4350 }
4351
4352
4353 Float_t  AliTPCtrackerMI::GetSigmaY(AliTPCseed * seed)
4354 {
4355   //
4356   //
4357   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
4358   Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
4359   Float_t sres = (seed->fSector < fParam->GetNSector()/2) ? 0.2 :0.3;
4360   Float_t angular  = seed->GetSnp();
4361   angular = angular*angular/(1-angular*angular);
4362   //  angular*=angular;
4363   //angular  = TMath::Sqrt(angular/(1-angular));
4364   Float_t res = TMath::Sqrt(sd2+padlength*padlength*angular/12.+sres*sres);
4365   return res;
4366 }
4367 Float_t  AliTPCtrackerMI::GetSigmaZ(AliTPCseed * seed)
4368 {
4369   //
4370   //
4371   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
4372   Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
4373   Float_t sres = fParam->GetZSigma();
4374   Float_t angular  = seed->GetTgl();
4375   Float_t res = TMath::Sqrt(sd2+padlength*padlength*angular*angular/12.+sres*sres);
4376   return res;
4377 }
4378
4379
4380
4381
4382 //__________________________________________________________________________
4383 void AliTPCtrackerMI::CookLabel(AliTPCseed *t, Float_t wrong) const {
4384   //--------------------------------------------------------------------
4385   //This function "cooks" a track label. If label<0, this track is fake.
4386   //--------------------------------------------------------------------
4387   Int_t noc=t->GetNumberOfClusters();
4388   if (noc<10){
4389     printf("\nnot founded prolongation\n\n\n");
4390     t->Dump();
4391     return ;
4392   }
4393   Int_t lb[160];
4394   Int_t mx[160];
4395   AliTPCclusterMI *clusters[160];
4396   //
4397   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
4398     clusters[i]=0;
4399     lb[i]=mx[i]=0;
4400   }
4401
4402   Int_t i;
4403   Int_t current=0;
4404   for (i=0; i<160 && current<noc; i++) {
4405
4406      Int_t index=t->GetClusterIndex2(i);
4407      if (index<=0) continue;
4408      if (index&0x8000) continue;
4409      //
4410      //clusters[current]=GetClusterMI(index);
4411      if (t->fClusterPointer[i]){
4412        clusters[current]=t->fClusterPointer[i];
4413        current++;
4414      }
4415   }
4416   noc = current;
4417
4418   Int_t lab=123456789;
4419   for (i=0; i<noc; i++) {
4420     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
4421     if (!c) continue;
4422     lab=TMath::Abs(c->GetLabel(0));
4423     Int_t j;
4424     for (j=0; j<noc; j++) if (lb[j]==lab || mx[j]==0) break;
4425     lb[j]=lab;
4426     (mx[j])++;
4427   }
4428
4429   Int_t max=0;
4430   for (i=0; i<noc; i++) if (mx[i]>max) {max=mx[i]; lab=lb[i];}
4431
4432   for (i=0; i<noc; i++) {
4433     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
4434     if (!c) continue;
4435     if (TMath::Abs(c->GetLabel(1)) == lab ||
4436         TMath::Abs(c->GetLabel(2)) == lab ) max++;
4437   }
4438
4439   if ((1.- Float_t(max)/noc) > wrong) lab=-lab;
4440
4441   else {
4442      Int_t tail=Int_t(0.10*noc);
4443      max=0;
4444      Int_t ind=0;
4445      for (i=1; i<=160&&ind<tail; i++) {
4446        //       AliTPCclusterMI *c=clusters[noc-i];
4447        AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
4448        if (!c) continue;
4449        if (lab == TMath::Abs(c->GetLabel(0)) ||
4450            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(1)) ||
4451            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(2))) max++;
4452        ind++;
4453      }
4454      if (max < Int_t(0.5*tail)) lab=-lab;
4455   }
4456
4457   t->SetLabel(lab);
4458
4459   //  delete[] lb;
4460   //delete[] mx;
4461   //delete[] clusters;
4462 }
4463
4464 //_________________________________________________________________________
4465 void AliTPCtrackerMI::AliTPCSector::Setup(const AliTPCParam *par, Int_t f) {
4466   //-----------------------------------------------------------------------
4467   // Setup inner sector
4468   //-----------------------------------------------------------------------
4469   if (f==0) {
4470      fAlpha=par->GetInnerAngle();
4471      fAlphaShift=par->GetInnerAngleShift();
4472      fPadPitchWidth=par->GetInnerPadPitchWidth();
4473      fPadPitchLength=par->GetInnerPadPitchLength();
4474      fN=par->GetNRowLow();
4475      fRow=new AliTPCRow[fN];
4476      for (Int_t i=0; i<fN; i++) {
4477        fRow[i].SetX(par->GetPadRowRadiiLow(i));
4478        fRow[i].fDeadZone =1.5;  //1.5 cm of dead zone
4479      }
4480   } else {
4481      fAlpha=par->GetOuterAngle();
4482      fAlphaShift=par->GetOuterAngleShift();
4483      fPadPitchWidth  = par->GetOuterPadPitchWidth();
4484      fPadPitchLength = par->GetOuter1PadPitchLength();
4485      f1PadPitchLength = par->GetOuter1PadPitchLength();
4486      f2PadPitchLength = par->GetOuter2PadPitchLength();
4487
4488      fN=par->GetNRowUp();
4489      fRow=new AliTPCRow[fN];
4490      for (Int_t i=0; i<fN; i++) {
4491        fRow[i].SetX(par->GetPadRowRadiiUp(i));
4492        fRow[i].fDeadZone =1.5;  // 1.5 cm of dead zone
4493      }
4494   }
4495 }
4496
4497
4498 AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::~AliTPCRow(){
4499   //
4500 }
4501
4502
4503
4504 //_________________________________________________________________________
4505 void
4506 AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::InsertCluster(const AliTPCclusterMI* c, UInt_t index) {
4507   //-----------------------------------------------------------------------
4508   // Insert a cluster into this pad row in accordence with its y-coordinate
4509   //-----------------------------------------------------------------------
4510   if (fN==kMaxClusterPerRow) {
4511     cerr<<"AliTPCRow::InsertCluster(): Too many clusters !\n"; return;
4512   }
4513   if (fN==0) {fIndex[0]=index; fClusters[fN++]=c; return;}
4514   Int_t i=Find(c->GetZ());
4515   memmove(fClusters+i+1 ,fClusters+i,(fN-i)*sizeof(AliTPCclusterMI*));
4516   memmove(fIndex   +i+1 ,fIndex   +i,(fN-i)*sizeof(UInt_t));
4517   fIndex[i]=index; fClusters[i]=c; fN++;
4518 }
4519
4520
4521 //___________________________________________________________________
4522 Int_t AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::Find(Double_t z) const {
4523   //-----------------------------------------------------------------------
4524   // Return the index of the nearest cluster
4525   //-----------------------------------------------------------------------
4526   if (fN==0) return 0;
4527   if (z <= fClusters[0]->GetZ()) return 0;
4528   if (z > fClusters[fN-1]->GetZ()) return fN;
4529   Int_t b=0, e=fN-1, m=(b+e)/2;
4530   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
4531     if (z > fClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
4532     else e=m;
4533   }
4534   return m;
4535 }
4536
4537
4538
4539 //___________________________________________________________________
4540 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz) const {
4541   //-----------------------------------------------------------------------
4542   // Return the index of the nearest cluster in z y
4543   //-----------------------------------------------------------------------
4544   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
4545
4546   AliTPCclusterMI *cl =0;
4547   for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
4548       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
4549       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
4550       if ( (c->GetY()-y) >  roady ) continue;
4551       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
4552       if (maxdistance>distance) {
4553         maxdistance = distance;
4554         cl=c;
4555       }
4556   }
4557   return cl;
4558 }
4559
4560 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest2(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz,UInt_t & index) const
4561 {
4562   //-----------------------------------------------------------------------
4563   // Return the index of the nearest cluster in z y
4564   //-----------------------------------------------------------------------
4565   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
4566   Int_t iz1 = TMath::Max(fFastCluster[Int_t(z-roadz+254.5)]-1,0);
4567   Int_t iz2 = TMath::Min(fFastCluster[Int_t(z+roadz+255.5)]+1,fN);
4568
4569   AliTPCclusterMI *cl =0;
4570   //FindNearest3(y,z,roady,roadz,index);
4571   //  for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
4572   for (Int_t i=iz1; i<iz2; i++) {
4573       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
4574       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
4575       if ( c->GetY()-y >  roady ) continue;
4576       if ( y-c->GetY() >  roady ) continue;
4577       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
4578       if (maxdistance>distance) {
4579         maxdistance = distance;
4580         cl=c;
4581         index =i;
4582         //roady = TMath::Sqrt(maxdistance);
4583       }
4584   }
4585   return cl;
4586 }
4587
4588
4589
4590 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest3(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz,UInt_t & index) const
4591 {
4592   //-----------------------------------------------------------------------
4593   // Return the index of the nearest cluster in z y
4594   //-----------------------------------------------------------------------
4595   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
4596   //  Int_t iz = Int_t(z+255.);
4597   AliTPCclusterMI *cl =0;
4598   for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
4599     //for (Int_t i=fFastCluster[iz-2]; i<fFastCluster[iz+2]; i++) {
4600       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
4601       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
4602       if ( c->GetY()-y >  roady ) continue;
4603       if ( y-c->GetY() >  roady ) continue;
4604       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
4605       if (maxdistance>distance) {
4606         maxdistance = distance;
4607         cl=c;
4608         index =i;
4609         //roady = TMath::Sqrt(maxdistance);
4610       }
4611   }
4612   return cl;
4613 }
4614
4615
4616
4617
4618 AliTPCseed::AliTPCseed():AliTPCtrack(){
4619   //
4620   fRow=0;
4621   fRemoval =0;
4622   for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
4623   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
4624
4625   fPoints = 0;
4626   fEPoints = 0;
4627   fNFoundable =0;
4628   fNShared  =0;
4629   //  fTrackPoints =0;
4630   fRemoval = 0;
4631   fSort =0;
4632   fFirstPoint =0;
4633   fNoCluster =0;
4634   fBSigned = kFALSE;
4635   fSeed1 =-1;
4636   fSeed2 =-1;
4637 }
4638
4639 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t):AliTPCtrack(t){
4640   fPoints = 0;
4641   fEPoints = 0;
4642   fNShared  =0;
4643   //  fTrackPoints =0;
4644   fRemoval =0;
4645   fSort =0;
4646   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
4647     fClusterPointer[i] = 0;
4648     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
4649     if (index>0) {
4650       SetClusterIndex2(i,index);
4651     }
4652     else{
4653       SetClusterIndex2(i,-3);
4654     }
4655   }
4656   fFirstPoint =0;
4657   fNoCluster =0;
4658   fBSigned = kFALSE;
4659   fSeed1 =-1;
4660   fSeed2 =-1;
4661 }
4662
4663 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliKalmanTrack &t, Double_t a):AliTPCtrack(t,a){
4664   fRow=0;
4665   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
4666     fClusterPointer[i] = 0;
4667     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
4668     SetClusterIndex2(i,index);
4669   }
4670
4671   fPoints = 0;
4672   fEPoints = 0;
4673   fNFoundable =0;
4674   fNShared  =0;
4675   //  fTrackPoints =0;
4676   fRemoval =0;
4677   fSort = 0;
4678   fFirstPoint =0;
4679   fNoCluster =0;
4680   fBSigned = kFALSE;
4681   fSeed1 =-1;
4682   fSeed2 =-1;
4683 }
4684
4685 AliTPCseed::AliTPCseed(UInt_t index, const Double_t xx[5], const Double_t cc[15],
4686                                         Double_t xr, Double_t alpha):
4687   AliTPCtrack(index, xx, cc, xr, alpha) {
4688   //
4689   //
4690   fRow =0;
4691   for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
4692   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
4693   fPoints = 0;
4694   fEPoints = 0;
4695   fNFoundable =0;
4696   fNShared  = 0;
4697   //  fTrackPoints =0;
4698   fRemoval =0;
4699   fSort =0;
4700   fFirstPoint =0;
4701   //  fHelixIn = new TClonesArray("AliHelix",0);
4702   //fHelixOut = new TClonesArray("AliHelix",0);
4703   fNoCluster =0;
4704   fBSigned = kFALSE;
4705   fSeed1 =-1;
4706   fSeed2 =-1;
4707 }
4708
4709 AliTPCseed::~AliTPCseed(){
4710   if (fPoints) delete fPoints;
4711   fPoints =0;
4712   if (fEPoints) delete fEPoints;
4713   fEPoints = 0;
4714   fNoCluster =0;
4715 }
4716
4717 AliTPCTrackerPoint * AliTPCseed::GetTrackPoint(Int_t i)
4718 {
4719   //
4720   //
4721   return &fTrackPoints[i];
4722 }
4723
4724 void AliTPCseed::RebuildSeed()
4725 {
4726   //
4727   // rebuild seed to be ready for storing
4728   AliTPCclusterMI cldummy;
4729   cldummy.SetQ(0);
4730   AliTPCTrackPoint pdummy;
4731   pdummy.GetTPoint().fIsShared = 10;
4732   for (Int_t i=0;i<160;i++){
4733     AliTPCclusterMI * cl0 = fClusterPointer[i];
4734     AliTPCTrackPoint *trpoint = (AliTPCTrackPoint*)fPoints->UncheckedAt(i);
4735     if (cl0){
4736       trpoint->GetTPoint() = *(GetTrackPoint(i));
4737       trpoint->GetCPoint() = *cl0;
4738       trpoint->GetCPoint().SetQ(TMath::Abs(cl0->GetQ()));
4739     }
4740     else{
4741       *trpoint = pdummy;
4742       trpoint->GetCPoint()= cldummy;
4743     }
4744
4745   }
4746
4747 }
4748
4749
4750 Double_t AliTPCseed::GetDensityFirst(Int_t n)
4751 {
4752   //
4753   //
4754   // return cluster for n rows bellow first point
4755   Int_t nfoundable = 1;
4756   Int_t nfound      = 1;
4757   for (Int_t i=fLastPoint-1;i>0&&nfoundable<n; i--){
4758     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
4759     if (index!=-1) nfoundable++;
4760     if (index>0) nfound++;
4761   }
4762   if (nfoundable<n) return 0;
4763   return Double_t(nfound)/Double_t(nfoundable);
4764
4765 }
4766
4767
4768 void AliTPCseed::GetClusterStatistic(Int_t first, Int_t last, Int_t &found, Int_t &foundable, Int_t &shared, Bool_t plus2)
4769 {
4770   // get cluster stat.  on given region
4771   //
4772   found       = 0;
4773   foundable   = 0;
4774   shared      =0;
4775   for (Int_t i=first;i<last; i++){
4776     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
4777     if (index!=-1) foundable++;
4778     if (fClusterPointer[i]) {
4779       found++;
4780     }
4781     else
4782       continue;
4783
4784     if (fClusterPointer[i]->IsUsed(10)) {
4785       shared++;
4786       continue;
4787     }
4788     if (!plus2) continue; //take also neighborhoud
4789     //
4790     if ( (i>0) && fClusterPointer[i-1]){
4791       if (fClusterPointer[i-1]->IsUsed(10)) {
4792         shared++;
4793         continue;
4794       }
4795     }
4796     if ( fClusterPointer[i+1]){
4797       if (fClusterPointer[i+1]->IsUsed(10)) {
4798         shared++;
4799         continue;
4800       }
4801     }
4802
4803   }
4804   if (shared>found){
4805     printf("problem\n");
4806   }
4807 }
4808
4809 //_____________________________________________________________________________
4810 void AliTPCseed::CookdEdx(Double_t low, Double_t up,Int_t i1, Int_t i2, Bool_t onlyused) {
4811   //-----------------------------------------------------------------
4812   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
4813   //-----------------------------------------------------------------
4814
4815   Float_t amp[200];
4816   Float_t angular[200];
4817   Float_t weight[200];
4818   Int_t index[200];
4819   //Int_t nc = 0;
4820   //  TClonesArray & arr = *fPoints;
4821   Float_t meanlog = 100.;
4822
4823   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
4824   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
4825   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
4826   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
4827   //
4828   //
4829   fNShared =0;
4830
4831   for (Int_t of =0; of<4; of++){
4832     for (Int_t i=of+i1;i<i2;i+=4)
4833       {
4834         Int_t index = fIndex[i];
4835         if (index<0||index&0x8000) continue;
4836
4837         //AliTPCTrackPoint * point = (AliTPCTrackPoint *) arr.At(i);
4838         AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
4839         //AliTPCTrackerPoint * pointm = GetTrackPoint(i-1);
4840         //AliTPCTrackerPoint * pointp = 0;
4841         //if (i<159) pointp = GetTrackPoint(i+1);
4842
4843         if (point==0) continue;
4844         AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
4845         if (cl==0) continue;
4846         if (onlyused && (!cl->IsUsed(10))) continue;
4847         if (cl->IsUsed(11)) {
4848           fNShared++;
4849           continue;
4850         }
4851         Int_t   type   = cl->GetType();
4852         //if (point->fIsShared){
4853         //  fNShared++;
4854         //  continue;
4855         //}
4856         //if (pointm)
4857         //  if (pointm->fIsShared) continue;
4858         //if (pointp)
4859         //  if (pointp->fIsShared) continue;
4860
4861         if (type<0) continue;
4862         //if (type>10) continue;
4863         //if (point->GetErrY()==0) continue;
4864         //if (point->GetErrZ()==0) continue;
4865
4866         //Float_t ddy = (point->GetY()-cl->GetY())/point->GetErrY();
4867         //Float_t ddz = (point->GetZ()-cl->GetZ())/point->GetErrZ();
4868         //if ((ddy*ddy+ddz*ddz)>10) continue;
4869
4870
4871         //      if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
4872         if (cl->GetMax()<5) continue;
4873         Float_t angley = point->GetAngleY();
4874         Float_t anglez = point->GetAngleZ();
4875
4876         Float_t rsigmay2 =  point->GetSigmaY();
4877         Float_t rsigmaz2 =  point->GetSigmaZ();
4878         /*
4879         Float_t ns = 1.;
4880         if (pointm){
4881           rsigmay +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaY();
4882           rsigmaz +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaZ();
4883           ns+=1.;
4884         }
4885         if (pointp){
4886           rsigmay +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaY();
4887           rsigmaz +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaZ();
4888           ns+=1.;
4889         }
4890         rsigmay/=ns;
4891         rsigmaz/=ns;
4892         */
4893
4894         Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay2*rsigmaz2);
4895
4896         Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
4897         if (i>64){
4898           //      ampc = 1.*point->GetCPoint().GetMax();
4899           ampc = 1.*cl->GetMax();
4900           //ampc = 1.*point->GetCPoint().GetQ();
4901           //      AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
4902           //      Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.6)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.6)+0.5);
4903           // Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
4904           //Float_t dz =
4905           //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
4906           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
4907           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
4908           //      Float_t zfactor = (1.05-0.0004*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
4909           //ampc               *=zfactor;
4910         }
4911         else{
4912           //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetMax();
4913           ampc = 1.0*cl->GetMax();
4914           //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetQ();
4915           //AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
4916           // Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.4)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.4)+0.5);
4917           //Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
4918           //Float_t dz =
4919           //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
4920
4921           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
4922           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
4923           //    Float_t zfactor = (1.02-0.000*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
4924           //ampc               *=zfactor;
4925
4926         }
4927         ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
4928         //ampc *= 0.58;     // put mean value to channel 50
4929         Float_t w      =  1.;
4930         //      if (type>0)  w =  1./(type/2.-0.5);
4931         //      Float_t z = TMath::Abs(cl->GetZ());
4932         if (i<64) {
4933           ampc /= 0.6;
4934           //ampc /= (1+0.0008*z);
4935         } else
4936           if (i>128){
4937             ampc /=1.5;
4938             //ampc /= (1+0.0008*z);
4939           }else{
4940             //ampc /= (1+0.0008*z);
4941           }
4942
4943         if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
4944           // w*= 2.;
4945
4946           continue;
4947         }
4948         if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
4949         amp[nc[of]]        = ampc;
4950         angular[nc[of]]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
4951         weight[nc[of]]     = w;
4952         nc[of]++;
4953       }
4954
4955     TMath::Sort(nc[of],amp,index,kFALSE);
4956     Float_t sumamp=0;
4957     Float_t sumamp2=0;
4958     Float_t sumw=0;
4959     //meanlog = amp[index[Int_t(nc[of]*0.33)]];
4960     meanlog = 50;
4961     for (Int_t i=int(nc[of]*low+0.5);i<int(nc[of]*up+0.5);i++){
4962       Float_t ampl      = amp[index[i]]/angular[index[i]];
4963       ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
4964       //
4965       sumw    += weight[index[i]];
4966       sumamp  += weight[index[i]]*ampl;
4967       sumamp2 += weight[index[i]]*ampl*ampl;
4968       norm[of]    += angular[index[i]]*weight[index[i]];
4969     }
4970     if (sumw<1){
4971       SetdEdx(0);
4972     }
4973     else {
4974       norm[of] /= sumw;
4975       mean[of]  = sumamp/sumw;
4976       sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
4977       if (sigma[of]>0.1)
4978         sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
4979       else
4980         sigma[of] = 1000;
4981
4982     mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
4983     //mean  *=(1-0.02*(sigma/(mean*0.17)-1.));
4984     //mean *=(1-0.1*(norm-1.));
4985     }
4986   }
4987
4988   Float_t dedx =0;
4989   fSdEdx =0;
4990   fMAngular =0;
4991   //  mean[0]*= (1-0.05*(sigma[0]/(0.01+mean[1]*0.18)-1));
4992   //  mean[1]*= (1-0.05*(sigma[1]/(0.01+mean[0]*0.18)-1));
4993
4994
4995   //  dedx = (mean[0]* TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+ mean[1]* TMath::Sqrt((1.+nc[1])) )/
4996   //  (  TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+TMath::Sqrt((1.+nc[1])));
4997
4998   Int_t norm2 = 0;
4999   Int_t norm3 = 0;
5000   for (Int_t i =0;i<4;i++){
5001     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
5002       dedx      += mean[i] *nc[i];
5003       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2);
5004       fMAngular += norm[i] *nc[i];
5005       norm2     += nc[i];
5006       norm3     += nc[i]-2;
5007     }
5008     fDEDX[i]  = mean[i];
5009     fSDEDX[i] = sigma[i];
5010     fNCDEDX[i]= nc[i];
5011   }
5012
5013   if (norm3>0){
5014     dedx   /=norm2;
5015     fSdEdx /=norm3;
5016     fMAngular/=norm2;
5017   }
5018   else{
5019     SetdEdx(0);
5020     return;
5021   }
5022   //  Float_t dedx1 =dedx;
5023   /*
5024   dedx =0;
5025   for (Int_t i =0;i<4;i++){
5026     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
5027       mean[i]   = mean[i]*(1-0.12*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
5028       dedx      += mean[i] *nc[i];
5029     }
5030     fDEDX[i]  = mean[i];
5031   }
5032   dedx /= norm2;
5033   */
5034
5035
5036   SetdEdx(dedx);
5037
5038   //mi deDX
5039
5040
5041
5042   //Very rough PID
5043   Double_t p=TMath::Sqrt((1.+ GetTgl()*GetTgl())/(Get1Pt()*Get1Pt()));
5044
5045   if (p<0.6) {
5046     if (dedx < 39.+ 12./(p+0.25)/(p+0.25)) { SetMass(0.13957); return;}
5047     if (dedx < 39.+ 12./p/p) { SetMass(0.49368); return;}
5048     SetMass(0.93827); return;
5049   }
5050
5051   if (p<1.2) {
5052     if (dedx < 39.+ 12./(p+0.25)/(p+0.25)) { SetMass(0.13957); return;}
5053     SetMass(0.93827); return;
5054   }
5055
5056   SetMass(0.13957); return;
5057
5058 }
5059
5060
5061
5062 /*
5063
5064
5065
5066 void AliTPCseed::CookdEdx2(Double_t low, Double_t up) {
5067   //-----------------------------------------------------------------
5068   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
5069   //-----------------------------------------------------------------
5070
5071   Float_t amp[200];
5072   Float_t angular[200];
5073   Float_t weight[200];
5074   Int_t index[200];
5075   Bool_t inlimit[200];
5076   for (Int_t i=0;i<200;i++) inlimit[i]=kFALSE;
5077   for (Int_t i=0;i<200;i++) amp[i]=10000;
5078   for (Int_t i=0;i<200;i++) angular[i]= 1;;
5079
5080
5081   //
5082   Float_t meanlog = 100.;
5083   Int_t indexde[4]={0,64,128,160};
5084
5085   Float_t amean     =0;
5086   Float_t asigma    =0;
5087   Float_t anc       =0;
5088   Float_t anorm     =0;
5089
5090   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
5091   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
5092   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
5093   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
5094   //
5095   //
5096   fNShared =0;
5097
5098   //  for (Int_t of =0; of<3; of++){
5099   //  for (Int_t i=indexde[of];i<indexde[of+1];i++)
5100   for (Int_t i =0; i<160;i++)
5101     {
5102         AliTPCTrackPoint * point = GetTrackPoint(i);
5103         if (point==0) continue;
5104         if (point->fIsShared){
5105           fNShared++;
5106           continue;
5107         }
5108         Int_t   type   = point->GetCPoint().GetType();
5109         if (type<0) continue;
5110         if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
5111         Float_t angley = point->GetTPoint().GetAngleY();
5112         Float_t anglez = point->GetTPoint().GetAngleZ();
5113         Float_t rsigmay =  point->GetCPoint().GetSigmaY();
5114         Float_t rsigmaz =  point->GetCPoint().GetSigmaZ();
5115         Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay*rsigmaz);
5116
5117         Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
5118         if (i>64){
5119           ampc =  point->GetCPoint().GetMax();
5120         }
5121         else{
5122           ampc = point->GetCPoint().GetMax();
5123         }
5124         ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
5125         //      ampc *= 0.565;     // put mean value to channel 50
5126
5127         Float_t w      =  1.;
5128         Float_t z = TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ());
5129         if (i<64) {
5130           ampc /= 0.63;
5131         } else
5132           if (i>128){
5133             ampc /=1.51;
5134           }
5135         if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
5136           continue;
5137         }
5138         if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
5139         angular[i]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
5140         amp[i]        = ampc/angular[i];
5141         weight[i]     = w;
5142         anc++;
5143     }
5144
5145   TMath::Sort(159,amp,index,kFALSE);
5146   for (Int_t i=int(anc*low+0.5);i<int(anc*up+0.5);i++){
5147     inlimit[index[i]] = kTRUE;  // take all clusters
5148   }
5149
5150   //  meanlog = amp[index[Int_t(anc*0.3)]];
5151   meanlog =10000.;
5152   for (Int_t of =0; of<3; of++){
5153     Float_t sumamp=0;
5154     Float_t sumamp2=0;
5155     Float_t sumw=0;
5156    for (Int_t i=indexde[of];i<indexde[of+1];i++)
5157       {
5158         if (inlimit[i]==kFALSE) continue;
5159         Float_t ampl      = amp[i];
5160         ///angular[i];
5161         ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
5162         //
5163         sumw    += weight[i];
5164         sumamp  += weight[i]*ampl;
5165         sumamp2 += weight[i]*ampl*ampl;
5166         norm[of]    += angular[i]*weight[i];
5167         nc[of]++;
5168       }
5169    if (sumw<1){
5170      SetdEdx(0);
5171    }
5172    else {
5173      norm[of] /= sumw;
5174      mean[of]  = sumamp/sumw;
5175      sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
5176      if (sigma[of]>0.1)
5177        sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
5178      else
5179        sigma[of] = 1000;
5180      mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
5181    }
5182   }
5183
5184   Float_t dedx =0;
5185   fSdEdx =0;
5186   fMAngular =0;
5187   //
5188   Int_t norm2 = 0;
5189   Int_t norm3 = 0;
5190   Float_t www[3] = {12.,14.,17.};
5191   //Float_t www[3] = {1.,1.,1.};
5192
5193   for (Int_t i =0;i<3;i++){
5194     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
5195       dedx      += mean[i] *nc[i]*www[i]/sigma[i];
5196       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2)*www[i]/sigma[i];
5197       fMAngular += norm[i] *nc[i];
5198       norm2     += nc[i]*www[i]/sigma[i];
5199       norm3     += (nc[i]-2)*www[i]/sigma[i];
5200     }
5201     fDEDX[i]  = mean[i];
5202     fSDEDX[i] = sigma[i];
5203     fNCDEDX[i]= nc[i];
5204   }
5205
5206   if (norm3>0){
5207     dedx   /=norm2;
5208     fSdEdx /=norm3;
5209     fMAngular/=norm2;
5210   }
5211   else{
5212     SetdEdx(0);
5213     return;
5214   }
5215   //  Float_t dedx1 =dedx;
5216
5217   dedx =0;
5218   Float_t norm4 = 0;
5219   for (Int_t i =0;i<3;i++){
5220     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000&&sigma[i]>3){
5221       //mean[i]   = mean[i]*(1+0.08*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
5222       dedx      += mean[i] *(nc[i])/(sigma[i]);
5223       norm4     += (nc[i])/(sigma[i]);
5224     }
5225     fDEDX[i]  = mean[i];
5226   }
5227   if (norm4>0) dedx /= norm4;
5228
5229
5230
5231   SetdEdx(dedx);
5232
5233   //mi deDX
5234
5235 }
5236
5237 */