Reduced output (M.Ivanov)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCtrackerMI.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17 //-------------------------------------------------------
18 //          Implementation of the TPC tracker
19 //
20 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
21 // 
22 //  AliTPC parallel tracker - 
23 //  How to use?  - 
24 //  run AliTPCFindClusters.C macro - clusters neccessary for tracker are founded
25 //  run AliTPCFindTracksMI.C macro - to find tracks
26 //  tracks are written to AliTPCtracks.root file
27 //  for comparison also seeds are written to the same file - to special branch
28 //-------------------------------------------------------
29
30
31 /* $Id$ */
32
33
34 #include <TObjArray.h>
35 #include <TFile.h>
36 #include <TTree.h>
37 #include <TClonesArray.h>
38
39 #include "Riostream.h"
40
41 #include "AliTPCclusterMI.h"
42 #include "AliComplexCluster.h"
43 #include "AliTPCParam.h"
44 #include "AliTPCClustersRow.h"
45 #include "AliTPCpolyTrack.h"
46 #include "TStopwatch.h"
47 #include "AliESD.h"
48 #include "AliHelix.h"
49 //
50 #include "AliRunLoader.h"
51 //
52 #include "AliTPCreco.h" 
53 #include "AliTPCtrackerMI.h"
54
55
56
57 ClassImp(AliTPCseed)
58 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
59
60
61 class AliTPCFastMath {
62 public:
63   AliTPCFastMath();  
64   static Double_t FastAsin(Double_t x);   
65  private: 
66   static Double_t fgFastAsin[20000];  //lookup table for fast asin computation
67 };
68
69 Double_t AliTPCFastMath::fgFastAsin[20000];
70 AliTPCFastMath gAliTPCFastMath;
71
72 AliTPCFastMath::AliTPCFastMath(){
73   //
74   // initialized lookup table;
75   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
76     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
77     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
78   }
79 }
80
81 Double_t AliTPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
82   //
83   // return asin using lookup table
84   if (x>0){
85     Int_t index = int(x*10000);
86     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
87   }
88   x*=-1;
89   Int_t index = int(x*10000);
90   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
91 }
92
93
94
95
96 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
97   //
98   //update track information using current cluster - track->fCurrentCluster
99
100
101   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
102   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
103
104   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
105
106   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24; 
107   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16; 
108   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
109   track->fSector = sec;
110   //  Int_t index = i&0xFFFF;
111   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow(); 
112   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);  
113   //track->fFirstPoint = row;
114   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
115   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
116   //  printf("problem\n");
117   //}
118   if (track->fFirstPoint>track->fRow) 
119     track->fFirstPoint = track->fRow;
120   if (track->fLastPoint<track->fRow) 
121     track->fLastPoint  = track->fRow;
122   
123
124   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;  
125   //
126
127   Float_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
128   angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2)); 
129   //
130   //SET NEW Track Point
131   //
132   //  if (debug)
133   {
134     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
135     //
136     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
137     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
138     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
139     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
140     //
141     point.SetX(track->GetX());
142     point.SetY(track->GetY());
143     point.SetZ(track->GetZ());
144     point.SetAngleY(angle2);
145     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
146     if (point.fIsShared){
147       track->fErrorY2 *= 4;
148       track->fErrorZ2 *= 4;
149     }
150   }  
151
152   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
153   //
154   track->fErrorY2 *= 1.3;
155   track->fErrorY2 += 0.01;    
156   track->fErrorZ2 *= 1.3;   
157   track->fErrorZ2 += 0.005;      
158     //}
159   if (accept>0) return 0;
160   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
161     //    if (track->fHelixIn){
162     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);    
163     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
164     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;    
165     //}
166   }
167   track->fNoCluster =0;
168   return track->Update(c,chi2,i);
169 }
170
171
172
173 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor, 
174                                       Float_t cory, Float_t corz)
175 {
176   //
177   // decide according desired precision to accept given 
178   // cluster for tracking
179   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
180   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
181   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
182   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
183   
184   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
185   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
186   
187   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
188     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
189   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
190     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
191   
192   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
193   //Int_t  accept =0;
194   
195   if (rdistance2>16) return 3;
196   
197   
198   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)  
199     return 2;  //suspisiouce - will be changed
200   
201   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)  
202     // strict cut on overlaped cluster
203     return  2;  //suspisiouce - will be changed
204   
205   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor ) 
206        && cluster->GetType()<0){
207     seed->fNFoundable--;
208     return 2;    
209   }
210   return 0;
211 }
212
213
214
215
216 //_____________________________________________________________________________
217 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par): 
218 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
219 {
220   //---------------------------------------------------------------------
221   // The main TPC tracker constructor
222   //---------------------------------------------------------------------
223   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];         
224   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
225  
226   Int_t i;
227   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
228   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
229
230   fN=0;  fSectors=0;
231
232   fSeeds=0;
233   fNtracks = 0;
234   fParam = par;  
235   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
236   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
237
238   
239   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
240     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
241     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
242     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
243   }
244
245   
246   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
247     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
248     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
249     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
250   }
251   fSeeds=0;
252   //
253   fInput    = 0;
254   fOutput   = 0;
255   fSeedTree = 0;
256   fTreeDebug =0;
257   fNewIO     =0;
258   fDebug     =0;
259   fEvent     =0;
260 }
261
262 //_____________________________________________________________________________
263 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
264   //------------------------------------------------------------------
265   // TPC tracker destructor
266   //------------------------------------------------------------------
267   delete[] fInnerSec;
268   delete[] fOuterSec;
269   if (fSeeds) {
270     fSeeds->Delete(); 
271     delete fSeeds;
272   }
273 }
274
275 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
276 {
277   //
278   fNewIO   =  kTRUE;
279   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
280   
281   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
282   if (fOutput){
283     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
284     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
285     delete iotrack;
286   }
287 }
288
289
290 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
291 {
292
293   // set input
294   fNewIO = kFALSE;
295   fInput    = 0;
296   fOutput   = 0;
297   fSeedTree = 0;
298   fTreeDebug =0;
299   fInput = input;
300   if (input==0){
301     return;
302   }  
303   //set output
304   fOutput = output;
305   if (output){
306     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
307     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
308     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");    
309     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
310     delete iotrack;
311   }
312   if (output && (fDebug&2)){
313     //write the full seed information if specified in debug mode
314     //
315     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
316     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
317     //
318     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
319     arrtr->ExpandCreateFast(160);
320     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
321     //
322     vseed->fPoints = arrtr;
323     vseed->fEPoints = arre;
324     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
325     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
326     delete arrtr;
327     delete arre;    
328     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
329     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
330     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
331   }
332
333
334   //set ESD event  
335   fEvent  = event;  
336 }
337
338 void AliTPCtrackerMI::FillESD(TObjArray* arr)
339 {
340   //
341   //
342   //fill esds using updated tracks
343   if (fEvent){
344     // write tracks to the event
345     // store index of the track
346     Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
347     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
348       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
349       if (!pt) continue; 
350       pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
351       if (pt->GetNumberOfClusters()>70) {
352         AliESDtrack iotrack;
353         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);      
354         //iotrack.SetTPCindex(i);
355         fEvent->AddTrack(&iotrack);
356       }        
357     }
358   }
359 }
360
361 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks(TTree * tree)
362 {
363   //
364   // write tracks from seed array to selected tree
365   //
366   fOutput  = tree;
367   if (fOutput){
368     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
369     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
370   }
371   WriteTracks();
372 }
373
374 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
375 {
376   //
377   // write tracks to the given output tree -
378   // output specified with SetIO routine
379   if (!fSeeds)  return;
380   if (!fOutput){
381     SetIO();
382   }
383
384   if (fOutput){
385     AliTPCtrack *iotrack= 0;
386     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
387     //for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
388     //  iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
389     //  if (iotrack) break;      
390     //}    
391     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
392     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
393     br->SetAddress(&iotrack);
394     //
395     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
396       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
397       if (!pt) continue;    
398       AliTPCtrack * track = new AliTPCtrack(*pt);
399       iotrack = track;
400       pt->fLab2 =i; 
401       //      br->SetAddress(&iotrack);
402       fOutput->Fill();
403       delete track;
404       iotrack =0;
405     }
406     //fOutput->GetDirectory()->cd();
407     //fOutput->Write();
408   }
409   // delete iotrack;
410   //
411   if (fSeedTree){
412     //write the full seed information if specified in debug mode
413       
414     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
415     //
416     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
417     arrtr->ExpandCreateFast(160);
418     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
419     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
420     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
421     //
422     vseed->fPoints = arrtr;
423     vseed->fEPoints = arre;
424     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
425     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
426     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
427     
428     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
429     
430     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
431       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
432       if (!pt) continue;     
433       pt->fPoints = arrtr;
434       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
435       pt->fEPoints       = arre;
436       pt->RebuildSeed();
437       vseed = pt;
438       brseed->SetAddress(&vseed);
439       fSeedTree->Fill();
440       pt->fPoints  = 0;
441       pt->fEPoints = 0;
442       //      pt->fClusterPoints = 0;
443     }
444     fSeedTree->Write();
445     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
446   }
447
448 }
449   
450
451
452
453 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
454   //
455   //
456   //seed->SetErrorY2(0.1);
457   //return 0.1;
458   //calculate look-up table at the beginning
459   static Bool_t  ginit = kFALSE;
460   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
461   static Float_t ggg1[10000];
462   static Float_t ggg2[10000];
463   static Float_t ggg3[10000];
464   static Float_t glandau1[10000];
465   static Float_t glandau2[10000];
466   static Float_t glandau3[10000];
467   //
468   static Float_t gcor01[500];
469   static Float_t gcor02[500];
470   static Float_t gcorp[500];
471   //
472
473   //
474   if (ginit==kFALSE){
475     for (Int_t i=1;i<500;i++){
476       Float_t rsigma = float(i)/100.;
477       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
478       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
479       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
480     }
481
482     //
483     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
484       //
485       //
486       // inner sector
487       Float_t amp = float(i);
488       Float_t padlength =0.75;
489       gnoise1 = 0.0004/padlength;
490       Float_t nel     = 0.268*amp;
491       Float_t nprim   = 0.155*amp;
492       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
493       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
494       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
495       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
496       //
497       // outer short
498       padlength =1.;
499       gnoise2   = 0.0004/padlength;
500       nel       = 0.3*amp;
501       nprim     = 0.133*amp;
502       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
503       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
504       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
505       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
506       //
507       //
508       // outer long
509       padlength =1.5;
510       gnoise3   = 0.0004/padlength;
511       nel       = 0.3*amp;
512       nprim     = 0.133*amp;
513       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
514       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
515       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
516       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
517       //
518     }
519     ginit = kTRUE;
520   }
521   //
522   //
523   //
524   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
525   if (amp>9999) {
526     seed->SetErrorY2(1.);
527     return 1.;
528   }
529   Float_t snoise2;
530   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
531   Int_t ctype = cl->GetType();  
532   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
533   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
534   angle2 = angle2/(1-angle2); 
535   //
536   //cluster "quality"
537   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
538   Float_t res;
539   //
540   if (fSectors==fInnerSec){
541     snoise2 = gnoise1;
542     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
543     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
544     if ((ctype>0)){
545       res+=0.002;
546       res*= gcorp[rsigmay];
547     }
548   }
549   else {
550     if (padlength<1.1){
551       snoise2 = gnoise2;
552       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
553       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];      
554       if ((ctype>0)){
555         res+=0.002;
556         res*= gcorp[rsigmay];
557       }
558     }
559     else{
560       snoise2 = gnoise3;      
561       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
562       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
563       if ((ctype>0)){
564         res+=0.002;
565         res*= gcorp[rsigmay];
566       }
567     }
568   }  
569
570   if (ctype<0){
571     res+=0.005;
572     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
573   }
574   res+= snoise2;
575  
576   if (res<2*snoise2)
577     res = 2*snoise2;
578   
579   seed->SetErrorY2(res);
580   return res;
581
582
583 }
584
585
586
587 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
588   //
589   //
590   //seed->SetErrorY2(0.1);
591   //return 0.1;
592   //calculate look-up table at the beginning
593   static Bool_t  ginit = kFALSE;
594   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
595   static Float_t ggg1[10000];
596   static Float_t ggg2[10000];
597   static Float_t ggg3[10000];
598   static Float_t glandau1[10000];
599   static Float_t glandau2[10000];
600   static Float_t glandau3[10000];
601   //
602   static Float_t gcor01[1000];
603   static Float_t gcor02[1000];
604   static Float_t gcorp[1000];
605   //
606
607   //
608   if (ginit==kFALSE){
609     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
610       Float_t rsigma = float(i)/100.;
611       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
612       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
613       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
614     }
615
616     //
617     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
618       //
619       //
620       // inner sector
621       Float_t amp = float(i);
622       Float_t padlength =0.75;
623       gnoise1 = 0.0004/padlength;
624       Float_t nel     = 0.268*amp;
625       Float_t nprim   = 0.155*amp;
626       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
627       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
628       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
629       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
630       //
631       // outer short
632       padlength =1.;
633       gnoise2   = 0.0004/padlength;
634       nel       = 0.3*amp;
635       nprim     = 0.133*amp;
636       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
637       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
638       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
639       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
640       //
641       //
642       // outer long
643       padlength =1.5;
644       gnoise3   = 0.0004/padlength;
645       nel       = 0.3*amp;
646       nprim     = 0.133*amp;
647       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
648       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
649       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
650       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
651       //
652     }
653     ginit = kTRUE;
654   }
655   //
656   //
657   //
658   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
659   if (amp>9999) {
660     seed->SetErrorY2(1.);
661     return 1.;
662   }
663   Float_t snoise2;
664   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
665   Int_t ctype = cl->GetType();  
666   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
667   //
668   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
669   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
670   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2)); 
671   //
672   //cluster "quality"
673   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
674   Float_t res;
675   //
676   if (fSectors==fInnerSec){
677     snoise2 = gnoise1;
678     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
679     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
680     if ((ctype>0)){
681       res+=0.002;
682       res*= gcorp[rsigmaz];
683     }
684   }
685   else {
686     if (padlength<1.1){
687       snoise2 = gnoise2;
688       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
689       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];      
690       if ((ctype>0)){
691         res+=0.002;
692         res*= gcorp[rsigmaz];
693       }
694     }
695     else{
696       snoise2 = gnoise3;      
697       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
698       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
699       if ((ctype>0)){
700         res+=0.002;
701         res*= gcorp[rsigmaz];
702       }
703     }
704   }  
705
706   if (ctype<0){
707     res+=0.002;
708     res*=1.3;
709   }
710   if ((ctype<0) &&amp<70){
711     res+=0.002;
712     res*=1.3;  
713   }
714   res += snoise2;
715   if (res<2*snoise2)
716      res = 2*snoise2;
717   if (res>3) res =3;
718   seed->SetErrorZ2(res);
719   return res;
720 }
721
722
723
724 /*
725 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
726   //
727   //
728   //seed->SetErrorZ2(0.1);
729   //return 0.1;
730
731   Float_t snoise2;
732   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
733   //
734   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
735   Int_t ctype = cl->GetType();
736   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
737   
738   Float_t nel;
739   Float_t nprim;
740   //
741   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
742   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
743   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
744  
745   if (fSectors==fInnerSec){
746     snoise2 = 0.0004/padlength;
747     nel     = 0.268*amp;
748     nprim   = 0.155*amp;
749     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
750     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
751     if (landau>1) landau=1;
752   }
753   else {
754     snoise2 = 0.0004/padlength;
755     nel     = 0.3*amp;
756     nprim   = 0.133*amp;
757     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
758     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
759     if (landau>1) landau=1;
760   }
761   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
762
763   //
764   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
765   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
766   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
767   //angle2 = 1;
768
769   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
770   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
771   Float_t res = sdiff + angular;
772
773   
774   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
775     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
776
777   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
778     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
779   
780   if ((ctype>0)){
781     res+=0.005;
782     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
783   }
784   if (ctype<0){
785     res+=0.002;
786     res*=1.3;
787   }
788   if ((ctype<0) &&amp<70){
789     res+=0.002;
790     res*=1.3;  
791   }
792   res += snoise2;
793   if (res<2*snoise2)
794      res = 2*snoise2;
795
796   seed->SetErrorZ2(res);
797   return res;
798 }
799 */
800
801
802
803 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
804 {
805   //
806   //
807   SetNumberOfClusters(0);
808   fNFoundable = 0;
809   SetChi2(0);
810   ResetCovariance();
811   /*
812   if (fTrackPoints){
813     for (Int_t i=0;i<8;i++){
814       delete [] fTrackPoints[i];
815     }
816     delete fTrackPoints;
817     fTrackPoints =0;
818   }
819   */
820
821   if (all){   
822     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
823     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
824   }
825
826 }
827
828
829 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
830 {
831
832   //------------------------------------------------------------------
833   //This function makes a track forget its history :)  
834   //------------------------------------------------------------------
835   if (factor<=0) {
836     ResetCovariance();
837     return;
838   }
839   fC00*=factor;
840   fC10*=0;  fC11*=factor;
841   fC20*=0;  fC21*=0;  fC22*=factor;
842   fC30*=0;  fC31*=0;  fC32*=0;  fC33*=factor;
843   fC40*=0;  fC41*=0;  fC42*=0;  fC43*=0;  fC44*=factor;
844   SetNumberOfClusters(0);
845   fNFoundable =0;
846   SetChi2(0);
847   fRemoval = 0;
848   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
849   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
850   fNoCluster     = 0;
851   //fFirstPoint = 160;
852   //fLastPoint  = 0;
853 }
854
855
856
857
858 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
859 {
860   //-----------------------------------------------------------------
861   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
862   // doesn't change internal state of the track
863   //-----------------------------------------------------------------
864   
865   Double_t x1=fX, x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
866
867   if (TMath::Abs(fP4*xk - fP2) >= 0.999) {   
868     return 0;
869   }
870
871   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
872   Double_t c1=fP4*x1 - fP2, r1=sqrt(1.- c1*c1);
873   Double_t c2=fP4*x2 - fP2, r2=sqrt(1.- c2*c2);
874   
875   y = fP0;
876   z = fP1;
877   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
878   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
879   
880   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
881   Double_t dz = 0;
882   //
883   Double_t delta = fP4*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
884   /*
885   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
886     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
887   }else{
888     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
889   }
890   */
891   dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
892   //
893   y+=dy;
894   z+=dz;
895   
896
897   return 1;  
898 }
899
900
901 //_____________________________________________________________________________
902 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliTPCclusterMI *c) const 
903 {
904   //-----------------------------------------------------------------
905   // This function calculates a predicted chi2 increment.
906   //-----------------------------------------------------------------
907   //Double_t r00=c->GetSigmaY2(), r01=0., r11=c->GetSigmaZ2();
908   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
909   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
910
911   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
912   if (TMath::Abs(det) < 1.e-10) {
913     Int_t n=GetNumberOfClusters();
914     if (n>4) cerr<<n<<" AliKalmanTrack warning: Singular matrix !\n";
915     return 1e10;
916   }
917   Double_t tmp=r00; r00=r11; r11=tmp; r01=-r01;
918   
919   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
920   
921   return (dy*r00*dy + 2*r01*dy*dz + dz*r11*dz)/det;
922 }
923
924
925 //_________________________________________________________________________________________
926
927
928 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
929   //-----------------------------------------------------------------
930   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
931   //-----------------------------------------------------------------
932   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
933
934   if (fSort == 0){
935     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
936     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
937     Double_t z2 = t->GetZ();
938     Double_t z1 = GetZ();
939     if (z2>z1) return 1;
940     if (z2<z1) return -1;
941     return 0;
942   }
943   else {
944     Float_t f2 =1;
945     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->fC44)/(TMath::Abs(t->GetC())+0.0066);
946     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
947
948     Float_t f1 =1;
949     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(fC44)/(TMath::Abs(GetC())+0.0066);
950
951     if (fBConstrain)   f1=1.2;
952  
953     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
954     else return +1;
955   }
956 }
957
958 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
959 {
960   //rotate to track "local coordinata
961   Float_t x = seed->GetX();
962   Float_t y = seed->GetY();
963   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
964   
965   if (y > ymax) {
966     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
967     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
968       return;
969   } else if (y <-ymax) {
970     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
971     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
972       return;
973   }   
974
975 }
976
977
978
979
980 //_____________________________________________________________________________
981 Int_t AliTPCseed::Update(const AliTPCclusterMI *c, Double_t chisq, UInt_t /*index*/) {
982   //-----------------------------------------------------------------
983   // This function associates a cluster with this track.
984   //-----------------------------------------------------------------
985   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
986
987   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
988   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
989   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
990
991   Double_t k00=fC00*r00+fC10*r01, k01=fC00*r01+fC10*r11;
992   Double_t k10=fC10*r00+fC11*r01, k11=fC10*r01+fC11*r11;
993   Double_t k20=fC20*r00+fC21*r01, k21=fC20*r01+fC21*r11;
994   Double_t k30=fC30*r00+fC31*r01, k31=fC30*r01+fC31*r11;
995   Double_t k40=fC40*r00+fC41*r01, k41=fC40*r01+fC41*r11;
996
997   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
998   Double_t cur=fP4 + k40*dy + k41*dz, eta=fP2 + k20*dy + k21*dz;
999   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.9) {
1000     return 0;
1001   }
1002
1003   fP0 += k00*dy + k01*dz;
1004   fP1 += k10*dy + k11*dz;
1005   fP2  = eta;
1006   fP3 += k30*dy + k31*dz;
1007   fP4  = cur;
1008
1009   Double_t c01=fC10, c02=fC20, c03=fC30, c04=fC40;
1010   Double_t c12=fC21, c13=fC31, c14=fC41;
1011
1012   fC00-=k00*fC00+k01*fC10; fC10-=k00*c01+k01*fC11;
1013   fC20-=k00*c02+k01*c12;   fC30-=k00*c03+k01*c13;
1014   fC40-=k00*c04+k01*c14; 
1015
1016   fC11-=k10*c01+k11*fC11;
1017   fC21-=k10*c02+k11*c12;   fC31-=k10*c03+k11*c13;
1018   fC41-=k10*c04+k11*c14; 
1019
1020   fC22-=k20*c02+k21*c12;   fC32-=k20*c03+k21*c13;
1021   fC42-=k20*c04+k21*c14; 
1022
1023   fC33-=k30*c03+k31*c13;
1024   fC43-=k40*c03+k41*c13; 
1025
1026   fC44-=k40*c04+k41*c14; 
1027
1028   Int_t n=GetNumberOfClusters();
1029   //  fIndex[n]=index;
1030   SetNumberOfClusters(n+1);
1031   SetChi2(GetChi2()+chisq);
1032
1033   return 1;
1034 }
1035
1036
1037
1038 //_____________________________________________________________________________
1039 Double_t AliTPCtrackerMI::F1old(Double_t x1,Double_t y1,
1040                    Double_t x2,Double_t y2,
1041                    Double_t x3,Double_t y3) 
1042 {
1043   //-----------------------------------------------------------------
1044   // Initial approximation of the track curvature
1045   //-----------------------------------------------------------------
1046   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1047   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1048                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1049   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1050                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1051
1052   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1053   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
1054   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr); 
1055 }
1056
1057
1058
1059 //_____________________________________________________________________________
1060 Double_t AliTPCtrackerMI::F1(Double_t x1,Double_t y1,
1061                    Double_t x2,Double_t y2,
1062                    Double_t x3,Double_t y3) 
1063 {
1064   //-----------------------------------------------------------------
1065   // Initial approximation of the track curvature
1066   //-----------------------------------------------------------------
1067   x3 -=x1;
1068   x2 -=x1;
1069   y3 -=y1;
1070   y2 -=y1;
1071   //  
1072   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1073   if (det==0) {
1074     return 100;
1075   }
1076   //
1077   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1078   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1079   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1080   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1081   if (det<0) c2*=-1;
1082   return c2;
1083 }
1084
1085
1086 Double_t AliTPCtrackerMI::F2(Double_t x1,Double_t y1,
1087                    Double_t x2,Double_t y2,
1088                    Double_t x3,Double_t y3) 
1089 {
1090   //-----------------------------------------------------------------
1091   // Initial approximation of the track curvature
1092   //-----------------------------------------------------------------
1093   x3 -=x1;
1094   x2 -=x1;
1095   y3 -=y1;
1096   y2 -=y1;
1097   //  
1098   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1099   if (det==0) {
1100     return 100;
1101   }
1102   //
1103   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1104   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u; 
1105   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1106   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1107   if (det<0) c2*=-1;
1108   x0+=x1;
1109   x0*=c2;  
1110   return x0;
1111 }
1112
1113
1114
1115 //_____________________________________________________________________________
1116 Double_t AliTPCtrackerMI::F2old(Double_t x1,Double_t y1,
1117                    Double_t x2,Double_t y2,
1118                    Double_t x3,Double_t y3) 
1119 {
1120   //-----------------------------------------------------------------
1121   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1122   //-----------------------------------------------------------------
1123   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1124   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1125                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1126   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1127                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1128
1129   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1130   
1131   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1132 }
1133
1134 //_____________________________________________________________________________
1135 Double_t AliTPCtrackerMI::F3(Double_t x1,Double_t y1, 
1136                    Double_t x2,Double_t y2,
1137                    Double_t z1,Double_t z2) 
1138 {
1139   //-----------------------------------------------------------------
1140   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1141   //-----------------------------------------------------------------
1142   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1143 }
1144
1145
1146 Double_t AliTPCtrackerMI::F3n(Double_t x1,Double_t y1, 
1147                    Double_t x2,Double_t y2,
1148                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c) 
1149 {
1150   //-----------------------------------------------------------------
1151   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1152   //-----------------------------------------------------------------
1153
1154   //  Double_t angle1;
1155   
1156   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1157   //
1158   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1159   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1160   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1161   //  Double_t   angle2    =  AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1162   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1163
1164   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1165   return angle2;
1166 }
1167
1168 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1169 {//-----------------------------------------------------------------
1170   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1171   //-----------------------------------------------------------------
1172   
1173   Double_t dx=x2-x1;
1174
1175   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {   
1176     return kFALSE;
1177   }
1178
1179   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1180   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);  
1181   y = x[0];
1182   z = x[1];
1183   
1184   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1185   Double_t dz = 0;
1186   //
1187   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1188   
1189   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1190     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1191   }else{
1192     dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1193   }
1194   
1195   //dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1196
1197   y+=dy;
1198   z+=dz;
1199   
1200   return kTRUE;  
1201 }
1202
1203 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters (TTree *tree)
1204 {
1205   //
1206   //
1207   fInput = tree;
1208   return LoadClusters();
1209 }
1210
1211 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1212 {
1213   //
1214   // load clusters to the memory
1215   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1216   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1217   clrow->SetArray(0);
1218   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1219   //
1220   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1221
1222   TTree * tree = fInput;
1223   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1224   br->SetAddress(&clrow);
1225   //
1226   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1227   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1228     br->GetEntry(i);
1229     //  
1230     Int_t sec,row;
1231     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1232     //
1233     AliTPCRow * tpcrow=0;
1234     Int_t left=0;
1235     if (sec<fkNIS*2){
1236       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);    
1237       left = sec/fkNIS;
1238     }
1239     else{
1240       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1241       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1242     }
1243     if (left ==0){
1244       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1245       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1246       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++) 
1247         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1248     }
1249     if (left ==1){
1250       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1251       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1252       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++) 
1253         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1254     }
1255   }
1256   //
1257   delete clrow;
1258   LoadOuterSectors();
1259   LoadInnerSectors();
1260   return 0;
1261 }
1262
1263
1264 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1265 {
1266   //
1267   // unload clusters from the memory
1268   //
1269   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1270   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1271     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1272       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1273       //      if (tpcrow){
1274       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1275       //        if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1276       //}
1277       tpcrow->ResetClusters();
1278     }
1279   //
1280   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1281   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1282     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1283       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1284       //if (tpcrow){
1285       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1286       //if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1287       //}
1288       tpcrow->ResetClusters();
1289     }
1290
1291   return ;
1292 }
1293
1294
1295 //_____________________________________________________________________________
1296 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1297   //-----------------------------------------------------------------
1298   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1299   //-----------------------------------------------------------------
1300   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1301   UInt_t index=0;
1302   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1303     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1304       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);  
1305       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1306       //left
1307       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1308       while (ncl--) {
1309         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1310         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1311         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1312       }
1313       //right
1314       ncl = tpcrow->fN2;
1315       while (ncl--) {
1316         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1317         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1318         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1319       }
1320       //
1321       // write indexes for fast acces
1322       //
1323       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1324         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1325       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1326         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1327         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1328       }
1329       Int_t last = 0;
1330       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1331         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1332           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1333         else
1334           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1335       }
1336     }  
1337   fN=fkNOS;
1338   fSectors=fOuterSec;
1339   return 0;
1340 }
1341
1342
1343 //_____________________________________________________________________________
1344 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1345   //-----------------------------------------------------------------
1346   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1347   //-----------------------------------------------------------------
1348   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1349   UInt_t index=0;
1350   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1351     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1352       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1353       //
1354       //left
1355       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1356       while (ncl--) {
1357         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1358         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1359         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1360       }
1361       //right
1362       ncl = tpcrow->fN2;
1363       while (ncl--) {
1364         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1365         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1366         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1367       }
1368       //
1369       // write indexes for fast acces
1370       //
1371       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1372         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1373       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1374         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1375         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1376       }
1377       Int_t last = 0;
1378       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1379         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1380           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1381         else
1382           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1383       }
1384
1385     }  
1386    
1387   fN=fkNIS;
1388   fSectors=fInnerSec;
1389   return 0;
1390 }
1391
1392
1393
1394 //_________________________________________________________________________
1395 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1396   //--------------------------------------------------------------------
1397   //       Return pointer to a given cluster
1398   //--------------------------------------------------------------------
1399   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24; 
1400   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16; 
1401   Int_t ncl=(index&0x00007fff)>>00;
1402
1403   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1404   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1405   if (sec<fkNIS*2){
1406     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1407     if (sec<fkNIS) 
1408       clrow = tpcrow->fClusters1;
1409     else
1410       clrow = tpcrow->fClusters2;
1411   }
1412   else{
1413     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1414     if (sec-2*fkNIS<fkNOS)
1415       clrow = tpcrow->fClusters1;
1416     else
1417       clrow = tpcrow->fClusters2;
1418   }
1419   if (tpcrow==0) return 0;
1420   if (tpcrow->GetN()<=ncl) return 0;
1421   //  return (AliTPCclusterMI*)(*tpcrow)[ncl];      
1422   return &(clrow[ncl]);      
1423   
1424 }
1425
1426
1427
1428 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1429   //-----------------------------------------------------------------
1430   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1431   //-----------------------------------------------------------------
1432   //
1433   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1434
1435   //  if (t.GetRadius()>x+10 ) return 0;
1436   //  t.PropagateTo(x+0.02);
1437   //t.PropagateTo(x+0.01);
1438   if (!t.PropagateTo(x)) {
1439     t.fRemoval = 10;
1440     return 0;
1441   }
1442   //
1443   Double_t  y=t.GetY(), z=t.GetZ();
1444   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1445     if (y > ymax) {
1446       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1447       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1448         return 0;
1449     } else if (y <-ymax) {
1450       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1451       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1452         return 0;
1453     }
1454     //if (!t.PropagateTo(x)) {
1455     //  return 0;
1456     //}
1457     return 1;
1458   }
1459   //
1460   // update current shape info every 3 pad-row
1461   if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1462     //t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1463     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1464     GetShape(&t,nr);    
1465   }
1466   //  
1467   AliTPCclusterMI *cl=0;
1468   UInt_t index=0;
1469   
1470   
1471   //Int_t nr2 = nr;
1472   if (t.GetClusterIndex2(nr)>0){ 
1473     //
1474     //cl = GetClusterMI(t.GetClusterIndex2(nr));
1475     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1476     cl = t.fClusterPointer[nr];
1477     if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1478     t.fCurrentClusterIndex1 = index; 
1479   }
1480   
1481   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1482   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1483   Double_t  roady  =1.;
1484   Double_t  roadz = 1.;
1485   //
1486   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1487     t.fInDead = kTRUE;
1488     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1489     return 0;
1490   } 
1491   else
1492     {
1493       if (TMath::Abs(z)<(1.05*x+10)) t.fNFoundable++;
1494       else
1495         return 0;
1496     }   
1497   //calculate 
1498   if (cl){
1499     t.fCurrentCluster = cl; 
1500     t.fRow = nr;
1501     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1502     if (fIteration>0) accept =0;
1503     if (accept<3) { 
1504       //if founded cluster is acceptible
1505       UpdateTrack(&t,accept);
1506       return 1;
1507     }    
1508   }
1509
1510   if (krow) {
1511     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);    
1512     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1513     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1514   }  
1515   //  t.fNoCluster++;
1516
1517   if (cl) {
1518     t.fCurrentCluster = cl; 
1519     t.fRow = nr;
1520     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1521     /*    
1522     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1523       //
1524       //     
1525
1526       t.fNShared++;
1527       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1528         t.fRemoval =10;
1529         return 0;
1530       }
1531     }
1532     */
1533     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1534
1535   } else {  
1536     if ( fIteration==0 && t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1537     
1538   }
1539   return 1;
1540 }
1541
1542 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1543   //-----------------------------------------------------------------
1544   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1545   //-----------------------------------------------------------------
1546   //
1547   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1548   Double_t y,z; 
1549   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1550     t.fRemoval = 10;
1551     return 0;
1552   }
1553   //
1554   //
1555   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1556     
1557     if (y > ymax) {
1558       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1559       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1560         return 0;
1561     } else if (y <-ymax) {
1562       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1563       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1564         return 0;
1565     }
1566     if (!t.PropagateTo(x)) {
1567       return 0;
1568     } 
1569     t.GetProlongation(x,y,z);
1570   }
1571   //
1572   // update current shape info every 3 pad-row
1573   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1574     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1575     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1576     GetShape(&t,nr);
1577   }
1578   //  
1579   AliTPCclusterMI *cl=0;
1580   UInt_t index=0;
1581   
1582   
1583   //Int_t nr2 = nr;
1584   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1585   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1586   Double_t  roady  =1.;
1587   Double_t  roadz = 1.;
1588   //
1589   Int_t row = nr;
1590   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1591     t.fInDead = kTRUE;
1592     t.SetClusterIndex2(row,-1); 
1593     return 0;
1594   } 
1595   else
1596     {
1597       if (TMath::Abs(z)>(1.05*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1598     }   
1599   //calculate 
1600   
1601   if ((cl==0)&&(krow)) {
1602     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);    
1603     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1604
1605     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1606   }  
1607
1608   if (cl) {
1609     t.fCurrentCluster = cl; 
1610     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);        
1611     //if (accept<3){
1612       t.SetClusterIndex2(row,index);
1613       t.fClusterPointer[row] = cl;
1614       //}
1615   }
1616   return 1;
1617 }
1618
1619
1620
1621 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1622   //-----------------------------------------------------------------
1623   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1624   //-----------------------------------------------------------------
1625   t.fCurrentCluster  = 0;
1626   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;   
1627    
1628   Double_t xt=t.GetX();
1629   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1; 
1630   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1631
1632   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1633   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1634     t.fRemoval =10;
1635     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1636   } 
1637   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1638     t.fRemoval =10;
1639     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1640   }
1641
1642   Double_t x= GetXrow(nr);
1643   Double_t y,z;
1644   //t.PropagateTo(x+0.02);
1645   //t.PropagateTo(x+0.01);
1646   if (!t.PropagateTo(x)){
1647     return 0;
1648   }
1649   //
1650   y=t.GetY();
1651   z=t.GetZ();
1652
1653   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1654     if (y > ymax) {
1655       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1656       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1657         return 0;
1658     } else if (y <-ymax) {
1659       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1660       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1661         return 0;
1662     }
1663     //    if (!t.PropagateTo(x)){
1664     //  return 0;
1665     //}
1666     return 1;
1667     //y = t.GetY();    
1668   }
1669   //
1670
1671   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1672
1673   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1674     t.fInDead = kTRUE;
1675     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1676     return 0;
1677   } 
1678   else
1679     {
1680       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(1.05*t.GetX()+10)) t.fNFoundable++;
1681       else
1682         return 0;      
1683     }
1684
1685   // update current
1686   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1687     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1688     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1689     GetShape(&t,nr);
1690   }
1691     
1692   AliTPCclusterMI *cl=0;
1693   UInt_t index=0;
1694   //
1695   Double_t roady = 1.;
1696   Double_t roadz = 1.;
1697   //
1698
1699   if (!cl){
1700     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1701     if ( (index>0) && (index&0x8000)==0){
1702       cl = t.fClusterPointer[nr];
1703       if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1704       t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1705       if (cl) {
1706         t.fCurrentCluster  = cl;
1707         return 1;
1708       }
1709     }
1710   }
1711
1712   if (krow) {    
1713     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);      
1714     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);      
1715   }
1716
1717   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);   
1718   t.fCurrentCluster  = cl;
1719
1720   return 1;
1721 }
1722
1723
1724 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1725   //-----------------------------------------------------------------
1726   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1727   //-----------------------------------------------------------------
1728
1729   //update error according neighborhoud
1730
1731   if (t.fCurrentCluster) {
1732     t.fRow = nr; 
1733     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1734     
1735     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1736       //
1737       //
1738       //  t.fErrorZ2*=2;
1739       //  t.fErrorY2*=2;
1740       t.fNShared++;
1741       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1742         t.fRemoval =10;
1743         return 0;
1744       }
1745     }   
1746     if (fIteration>0) accept = 0;
1747     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);  
1748  
1749   } else {
1750     if (fIteration==0){
1751       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1752       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1753
1754       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1755     }
1756   }
1757   return 1;
1758 }
1759
1760
1761
1762 //_____________________________________________________________________________
1763 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1764   //-----------------------------------------------------------------
1765   // This function tries to find a track prolongation.
1766   //-----------------------------------------------------------------
1767   Double_t xt=t.GetX();
1768   //
1769   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1770   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1771   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1772   //
1773   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1774     
1775   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1776   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {    
1777     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1778       fSectors = fInnerSec;
1779     else
1780       fSectors = fOuterSec;
1781     if (FollowToNext(t,nr)==0) 
1782       if (!t.IsActive()) return 0;
1783     
1784   }   
1785   return 1;
1786 }
1787
1788
1789 //_____________________________________________________________________________
1790 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1791   //-----------------------------------------------------------------
1792   // This function tries to find a track prolongation.
1793   //-----------------------------------------------------------------
1794   Double_t xt=t.GetX();
1795   //
1796   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1797   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1798   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1799   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1800     
1801   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1802     
1803     if (FollowToNextFast(t,nr)==0) 
1804       if (!t.IsActive()) return 0;
1805     
1806   }   
1807   return 1;
1808 }
1809
1810
1811
1812
1813
1814 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1815   //-----------------------------------------------------------------
1816   // This function tries to find a track prolongation.
1817   //-----------------------------------------------------------------
1818   //  Double_t xt=t.GetX();  
1819   //
1820   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1821   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1822   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1823   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1824     
1825   Int_t first = 0;
1826   first = t.fFirstPoint+3;
1827   //
1828   if (first<0) first=0;
1829   for (Int_t nr=first+1; nr<=rf; nr++) {
1830     //if ( (t.GetSnp()<0.9))
1831     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1832       fSectors = fInnerSec;
1833     else
1834       fSectors = fOuterSec;
1835     FollowToNext(t,nr);                                                             
1836   }   
1837   return 1;
1838 }
1839
1840
1841
1842
1843    
1844 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
1845 {
1846   //
1847   //
1848   sum1=0;
1849   sum2=0;
1850   Int_t sum=0;
1851   //
1852   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1853   dz2*=dz2;  
1854
1855   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
1856   dy2*=dy2;
1857   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
1858   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1859  
1860   //  Int_t offset =0;
1861   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1862   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1863   if (lastpoint>160) 
1864     lastpoint =160;
1865   if (firstpoint<0) 
1866     firstpoint = 0;
1867   if (firstpoint>lastpoint) {
1868     firstpoint =lastpoint;
1869     //    lastpoint  =160;
1870   }
1871     
1872   
1873   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
1874     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
1875     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
1876     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1877       sum++;
1878     }
1879   }
1880   if (sum<5) return 0;
1881
1882   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
1883   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
1884   return ratio;
1885 }
1886
1887 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
1888 {
1889   //
1890   //
1891   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
1892   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
1893
1894   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1895   dz2*=dz2;
1896   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
1897   dy2*=dy2;
1898   Float_t distance = dz2+dy2;
1899   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1900   
1901   //
1902   Int_t sumshared=0;
1903   //
1904   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1905   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1906   //
1907   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
1908
1909   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1910     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1911     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1912       sumshared++;
1913     }
1914   }
1915   if (sumshared>4){
1916     // sign clusters
1917     //
1918     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1919       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1920       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1921         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
1922         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);; 
1923         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
1924           p1->fIsShared = kTRUE;
1925           p2->fIsShared = kTRUE;
1926         }       
1927       }
1928     }
1929   }
1930   //  
1931   if (sumshared>10){
1932     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1933       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
1934         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
1935         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1936         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
1937         break;
1938       } 
1939     }
1940     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1941       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
1942         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
1943         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1944         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
1945         break;
1946       } 
1947     }    
1948   }
1949   
1950 }
1951
1952 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
1953 {
1954   //
1955   //sort trackss according sectors
1956   //  
1957   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
1958     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1959     if (!pt) continue;
1960     //if (pt) RotateToLocal(pt);
1961     pt->fSort = 0;
1962   }
1963   arr->UnSort();
1964   arr->Sort();  // sorting according z
1965   arr->Expand(arr->GetEntries());
1966   //
1967   //
1968   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
1969   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1970     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1971     if (!pt) continue;
1972     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
1973       pt->fOverlapLabels[j] =0;
1974     }
1975   }
1976   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1977     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1978     if (!pt) continue;
1979     if (pt->fRemoval>10) continue;
1980     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
1981       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
1982       //      if (pt2){
1983       if (pt2->fRemoval<=10) {
1984         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
1985         SignShared(pt,pt2);
1986       }
1987     }  
1988   }
1989 }
1990
1991 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
1992 {
1993   //
1994   //sort trackss according sectors
1995   //
1996   if (fDebug&1) {
1997     Info("RemoveDouble","Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
1998   }
1999   //
2000   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2001     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2002     if (!pt) continue;
2003     pt->fSort = 0;
2004   }
2005   arr->UnSort();
2006   arr->Sort();  // sorting according z
2007   arr->Expand(arr->GetEntries());
2008   //
2009   //reset overlap labels
2010   //
2011   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2012   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2013     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2014     if (!pt) continue;
2015     pt->SetUniqueID(i);
2016     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2017       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2018     }
2019   }
2020   //
2021   //sign shared tracks
2022   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2023     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2024     if (!pt) continue;
2025     if (pt->fRemoval>10) continue;
2026     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
2027     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2028       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2029       //      if (pt2){
2030       if (pt2->fRemoval<=10) {
2031         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2032         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2033         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2034         //
2035         SignShared(pt,pt2);
2036       }
2037     }
2038   }
2039   //
2040   // remove highly shared tracks
2041   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2042     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2043     if (!pt) continue;
2044     if (pt->fRemoval>10) continue;
2045     //
2046     Int_t sumshared =0;
2047     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2048       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];      
2049     }
2050     Float_t factor = factor1;
2051     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2052     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2053       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2054         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2055         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue; 
2056         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;      
2057         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2058         if (!pt2) continue;
2059         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2060           //      pt->fRemoval = removalindex;
2061           delete arr->RemoveAt(i);        
2062           break;
2063         }
2064       }      
2065     }
2066   }
2067   arr->Compress();
2068   if (fDebug&1) {
2069     Info("RemoveDouble","Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2070   }
2071 }
2072
2073
2074
2075
2076
2077
2078 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode) const
2079 {
2080   //
2081   //sort tracks in array according mode criteria
2082   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();    
2083   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2084     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2085     if (!pt) {
2086       continue;
2087     }
2088     pt->fSort = mode;
2089   }
2090   arr->UnSort();
2091   arr->Sort();
2092 }
2093
2094 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2095 {
2096
2097   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2098   //
2099   //
2100   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2101   Int_t good =0;
2102
2103   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2104     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2105     if (!pt) {
2106       delete arr->RemoveAt(i);
2107     }
2108     else{
2109       pt->fSort =1;
2110       pt->fBSigned = kFALSE;
2111     }
2112   }
2113   arr->Compress();
2114   nseed = arr->GetEntriesFast();
2115   arr->UnSort();
2116   arr->Sort();
2117   //
2118   //unsign used
2119   UnsignClusters();
2120   //
2121   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2122     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2123     if (!pt) {
2124       continue;
2125     }    
2126     Int_t found,foundable,shared;
2127     if (pt->IsActive()) 
2128       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2129     else
2130       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE); 
2131     //
2132     Double_t factor = factor2;
2133     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2134
2135     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2136       pt->Desactivate(removalindex);
2137       continue;
2138     }
2139
2140     good++;
2141     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2142       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2143       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2144       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];        
2145       if (!c) continue;
2146       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2147       //if (pt->IsActive()) 
2148       c->Use(10);  
2149       //else
2150       //        c->Use(5);
2151     }
2152     
2153   }
2154   fNtracks = good;
2155   if (fDebug>0){
2156     Info("RemoveUsed","\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2157   }
2158 }
2159
2160 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters() 
2161 {
2162   //
2163   // loop over all clusters and unsign them
2164   //
2165   
2166   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2167     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2168       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2169       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2170         //      if (cl[icl].IsUsed(10))         
2171         cl[icl].Use(-1);
2172       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2173       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2174         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2175           cl[icl].Use(-1);      
2176     }
2177   }
2178   
2179   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2180     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2181       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2182       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2183         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2184           cl[icl].Use(-1);
2185       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2186       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2187         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2188         cl[icl].Use(-1);      
2189     }
2190   }
2191   
2192 }
2193
2194
2195
2196 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2197 {
2198   //
2199   //sign clusters to be "used"
2200   //
2201   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2202   // loop over "primaries"
2203   
2204   Float_t sumdens=0;
2205   Float_t sumdens2=0;
2206   Float_t sumn   =0;
2207   Float_t sumn2  =0;
2208   Float_t sumchi =0;
2209   Float_t sumchi2 =0;
2210
2211   Float_t sum    =0;
2212
2213   TStopwatch timer;
2214   timer.Start();
2215
2216   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2217   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2218     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2219     if (!pt) {
2220       continue;
2221     }    
2222     if (!(pt->IsActive())) continue;
2223     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2224     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2225       sumdens += dens;
2226       sumdens2+= dens*dens;
2227       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2228       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2229       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2230       if (chi2>5) chi2=5;
2231       sumchi  +=chi2;
2232       sumchi2 +=chi2*chi2;
2233       sum++;
2234     }
2235   }
2236
2237   Float_t mdensity = 0.9;
2238   Float_t meann    = 130;
2239   Float_t meanchi  = 1;
2240   Float_t sdensity = 0.1;
2241   Float_t smeann    = 10;
2242   Float_t smeanchi  =0.4;
2243   
2244
2245   if (sum>20){
2246     mdensity = sumdens/sum;
2247     meann    = sumn/sum;
2248     meanchi  = sumchi/sum;
2249     //
2250     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2251     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2252     //
2253     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2254     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2255     //
2256     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2257     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2258   }
2259
2260
2261   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2262   //
2263   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2264     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2265     if (!pt) {
2266       continue;
2267     }
2268     if (pt->fBSigned) continue;
2269     if (pt->fBConstrain) continue;    
2270     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2271     /*
2272     Int_t found,foundable,shared;    
2273     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2274     if (shared/float(found)>0.3) {
2275       if (shared/float(found)>0.9 ){
2276         //delete arr->RemoveAt(i);
2277       }
2278       continue;
2279     }
2280     */
2281     Bool_t isok =kFALSE;
2282     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2283       isok = kTRUE;
2284     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2285       isok =kTRUE;
2286     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2287       isok =kTRUE;
2288     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2289       isok =kTRUE;
2290     
2291     if (isok)     
2292       for (Int_t i=0; i<160; i++) {     
2293         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2294         if (index<0) continue;
2295         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2296         if (!c) continue;
2297         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2298         c->Use(10);  
2299       }
2300   }
2301   
2302   
2303   //
2304   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2305
2306   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2307     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2308     if (!pt) {
2309       continue;
2310     }    
2311     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2312     if (pt->fBSigned) continue;
2313     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2314     if (chi>maxchi) continue;
2315
2316     Float_t bfactor=1;
2317     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2318    
2319     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2320     
2321     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue; 
2322     
2323     
2324     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2325     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2326    
2327     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2328     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2329       minn=0;
2330
2331     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2332       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2333       pt->fBSigned = kTRUE;
2334       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2335
2336         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2337         if (index<0) continue;
2338         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2339         if (!c) continue;
2340         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2341         c->Use(10);  
2342       }
2343     }
2344   }
2345   //  gLastCheck = nseed;
2346   //  arr->Compress();
2347   if (fDebug>0){
2348     timer.Print();
2349   }
2350 }
2351
2352
2353 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2) const
2354 {
2355   // stop not active tracks
2356   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2357   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2358   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2359   //
2360   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2361     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2362     if (!pt) {
2363       continue;
2364     }
2365     if (!(pt->IsActive())) continue;
2366     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2367   }
2368 }
2369
2370
2371
2372 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2373  Float_t th2) const
2374 {
2375   // stop not active tracks
2376   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2377   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2378   Int_t sumgood1  = 0;
2379   Int_t sumgood2  = 0;
2380   Int_t foundable = 0;
2381   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2382   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2383     seed->Desactivate(10) ;
2384     return;
2385   }
2386
2387   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2388     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2389     if (index!=-1) foundable++;
2390     //if (!c) continue;
2391     if (foundable<=30) sumgood1++;
2392     if (foundable<=50) {
2393       sumgood2++;
2394     }
2395     else{ 
2396       break;
2397     }        
2398   }
2399   if (foundable>=30.){ 
2400      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2401   }
2402   if (foundable>=50)
2403     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2404 }
2405
2406
2407 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitInward(AliESD *event)
2408 {
2409   //
2410   // back propagation of ESD tracks
2411   //
2412   //return 0;
2413   fEvent = event;
2414   ReadSeeds(event,2);
2415   fIteration=2;
2416   //PrepareForProlongation(fSeeds,1);
2417   PropagateForward2(fSeeds);
2418   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2419   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2420     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2421     seed->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
2422     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2423     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2424     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2425     if (seed->GetNumberOfClusters()>20){
2426       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCrefit);
2427     }
2428     else{
2429       //printf("problem\n");
2430     }
2431   }
2432   fEvent =0;
2433   //WriteTracks();
2434   return 0;
2435 }
2436
2437
2438 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2439 {
2440   //
2441   // back propagation of ESD tracks
2442   //
2443
2444   fEvent = event;
2445   fIteration = 1;
2446   ReadSeeds(event,0);
2447   PropagateBack(fSeeds);
2448   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2449   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2450     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2451     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2452     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2453     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2454     esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2455   }
2456   fEvent =0;
2457   //WriteTracks();
2458   return 0;
2459 }
2460
2461
2462 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2463 {
2464   //
2465   //delete Seeds
2466   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2467   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2468     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2469     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2470   }
2471   delete fSeeds;
2472   fSeeds =0;
2473 }
2474
2475 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event, Int_t direction)
2476 {
2477   //
2478   //read seeds from the event
2479   
2480   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2481   if (fDebug>0){
2482     Info("ReadSeeds", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2483   }
2484   if (fSeeds) 
2485     DeleteSeeds();
2486   if (!fSeeds){   
2487     fSeeds = new TObjArray;
2488   }
2489   
2490   //  Int_t ntrk=0;
2491   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2492     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2493     ULong_t status=esd->GetStatus();    
2494     AliTPCtrack t(*esd);
2495     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2496     if ((status==AliESDtrack::kTPCin)&&(direction==1)) seed->ResetCovariance(); 
2497     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) == 0 ) seed->ResetCovariance();
2498
2499     //
2500     //
2501     // rotate to the local coordinate system
2502    
2503     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;
2504     
2505     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2506     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2507     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2508     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2509     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2510     alpha-=seed->GetAlpha();  
2511     if (!seed->Rotate(alpha)) continue;
2512     seed->fEsd = esd;
2513     //
2514     //seed->PropagateTo(fSectors->GetX(0));
2515     //
2516     //    Int_t index = esd->GetTPCindex();
2517     //AliTPCseed * seed2= (AliTPCseed*)fSeeds->At(index);
2518     //if (direction==2){
2519     //  AliTPCseed * seed2  = ReSeed(seed,0.,0.5,1.);
2520     //  if (seed2) {
2521     //  delete seed;
2522     //  seed = seed2;
2523     //  }
2524     //}
2525     
2526     fSeeds->AddLast(seed);
2527   }
2528 }
2529
2530
2531
2532 //_____________________________________________________________________________
2533 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2534                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2535   //-----------------------------------------------------------------
2536   // This function creates track seeds.
2537   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN 
2538   //-----------------------------------------------------------------
2539   // cuts[0]   - fP4 cut
2540   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2541   // cuts[2]   - zvertex cut
2542   // cuts[3]   - fP3 cut
2543   Int_t nin0  = 0;
2544   Int_t nin1  = 0;
2545   Int_t nin2  = 0;
2546   Int_t nin   = 0;
2547   Int_t nout1 = 0;
2548   Int_t nout2 = 0;
2549
2550   Double_t x[5], c[15];
2551   //  Int_t di = i1-i2;
2552   //
2553   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2554   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2555   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2556   //
2557   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2558   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2559   
2560   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2561   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2562
2563   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2564
2565   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2566   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2567   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2568   //
2569   Int_t ns =sec;   
2570
2571   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2572   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2573   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2574
2575   //
2576   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2577   // maximal curvature set to reach it
2578   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2579   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2580     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2581   }
2582   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2583
2584   //  Int_t ddsec = 1;
2585   if (deltay>0) ddsec = 0; 
2586   // loop over clusters  
2587   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2588     //
2589     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2590     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2591     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2592
2593     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2594
2595     // find possible directions    
2596     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3); 
2597     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z      
2598     //
2599     //
2600     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2601     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2602     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2603     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2604     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);            
2605     
2606     //
2607     // loop over 2 sectors
2608     Int_t dsec1=-ddsec;
2609     Int_t dsec2= ddsec;
2610     if (y1<0)  dsec2= 0;
2611     if (y1>0)  dsec1= 0;
2612     
2613     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2614     Double_t dddz2=0;
2615     if ( (z1-z3)>0)
2616       dddz1 =1;    
2617     else
2618       dddz2 =1;
2619     //
2620     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2621       Int_t sec2 = sec + dsec;
2622       // 
2623       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2624       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2625       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2626       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2627       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2628       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2629
2630       // rotation angles to p1-p3
2631       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;            
2632       Double_t x2,   y2,   z2; 
2633       //
2634       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2635
2636       //
2637       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2638       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2639       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2640         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2641         if (kcl->IsUsed(10)) continue;  
2642         //
2643         //calcutate parameters
2644         //      
2645         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2646         // stright track
2647         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2648         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2649         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2650         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;   
2651         //curvature (radius) cut
2652         if (r02<r2min) continue;                
2653        
2654         nin0++; 
2655         //
2656         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2657         if (yy0>0) c0*=-1.;     
2658                
2659        
2660         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2661         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2662         Double_t dfi0   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2663         Double_t dfi1   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);  
2664         //
2665         //
2666         Double_t z0  =  kcl->GetZ();  
2667         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2668         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;       
2669         nin1++;              
2670         //      
2671         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;        
2672         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2673         //
2674         y2 = kcl->GetY(); 
2675         if (dsec==0){
2676           x2 = xx2; 
2677           z2 = kcl->GetZ();       
2678         }
2679         else
2680           {
2681             // rotation 
2682             z2 = kcl->GetZ();  
2683             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
2684             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
2685           }
2686         
2687         x[0] = y1;
2688         x[1] = z1;
2689         x[2] = x0;
2690         x[3] = dip;
2691         x[4] = c0;
2692         //
2693         //
2694         // do we have cluster at the middle ?
2695         Double_t ym,zm;
2696         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
2697         UInt_t dummy; 
2698         AliTPCclusterMI * cm=0;
2699         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){      
2700           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2701           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {        
2702             continue;
2703           }
2704         }
2705         else{     
2706           // rotate y1 to system 0
2707           // get state vector in rotated system 
2708           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
2709           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
2710           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
2711           //
2712           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
2713           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2714             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2715             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {      
2716               continue;
2717             }
2718           }
2719         }
2720        
2721
2722         Double_t dym = 0;
2723         Double_t dzm = 0;
2724         if (cm){
2725           dym = ym - cm->GetY();
2726           dzm = zm - cm->GetZ();
2727         }
2728         nin2++;
2729
2730
2731         //
2732         //
2733         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
2734         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
2735         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
2736         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
2737         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
2738
2739         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2740         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2741         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2742         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2743         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2744         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2745         
2746         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2747         Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2748         Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2749         Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2750         
2751         c[0]=sy1;
2752         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2753         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2754         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2755                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2756         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
2757         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
2758         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
2759         
2760         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
2761         
2762         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
2763         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
2764         
2765         track->fIsSeeding = kTRUE;
2766         track->fSeed1 = i1;
2767         track->fSeed2 = i2;
2768         track->fSeedType=3;
2769
2770        
2771         //if (dsec==0) {
2772           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
2773           Int_t foundable,found,shared;
2774           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
2775           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
2776             seed->Reset();
2777             seed->~AliTPCseed();
2778             continue;
2779           }
2780           //}
2781         
2782         nin++;
2783         FollowProlongation(*track, i2,1);
2784         
2785         
2786         //Int_t rc = 1;
2787         track->fBConstrain =1;
2788         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
2789         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
2790         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
2791         
2792         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
2793             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
2794             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
2795           seed->Reset();
2796           seed->~AliTPCseed();
2797           continue;
2798         }
2799         nout1++;
2800         // Z VERTEX CONDITION
2801         Double_t zv;
2802         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2803           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2804         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
2805           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
2806           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2807             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2808           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
2809             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
2810             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2811               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2812             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
2813               // make seed without constrain
2814               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
2815               FollowProlongation(*track2, i2,1);
2816               track2->fBConstrain = kFALSE;
2817               track2->fSeedType = 1;
2818               arr->AddLast(track2); 
2819               seed->Reset();
2820               seed->~AliTPCseed();
2821               continue;         
2822             }
2823             else{
2824               seed->Reset();
2825               seed->~AliTPCseed();
2826               continue;
2827             
2828             }
2829           }
2830         }
2831         
2832         track->fSeedType =0;
2833         arr->AddLast(track); 
2834         seed = new AliTPCseed;  
2835         nout2++;
2836         // don't consider other combinations
2837         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
2838           break;
2839       }
2840     }
2841   }
2842   if (fDebug>3){
2843     Info("MakeSeeds3","\nSeeding statistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
2844   }
2845   delete seed;
2846 }
2847
2848
2849 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2850                                  Float_t deltay) {
2851   
2852
2853
2854   //-----------------------------------------------------------------
2855   // This function creates track seeds.
2856   //-----------------------------------------------------------------
2857   // cuts[0]   - fP4 cut
2858   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2859   // cuts[2]   - zvertex cut
2860   // cuts[3]   - fP3 cut
2861
2862
2863   Int_t nin0  = 0;
2864   Int_t nin1  = 0;
2865   Int_t nin2  = 0;
2866   Int_t nin   = 0;
2867   Int_t nout1 = 0;
2868   Int_t nout2 = 0;
2869   Int_t nout3 =0;
2870   Double_t x[5], c[15];
2871   //
2872   // make temporary seed
2873   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2874   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
2875   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2876   //
2877   //
2878
2879   // first 3 padrows
2880   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
2881   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
2882   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2883   //
2884   Double_t x1p = GetXrow(i1);
2885   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
2886   //
2887   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
2888   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
2889
2890   //
2891   //last 3 padrow for seeding
2892   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
2893   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
2894   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;  
2895   //
2896   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
2897   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
2898   //
2899   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
2900   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
2901
2902   //
2903   //
2904   // middle padrow
2905   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
2906   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
2907   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
2908   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2909   //
2910   //
2911   Double_t deltax  = x1-x3;
2912   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
2913   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
2914   //
2915   // loop over clusters  
2916   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2917     //
2918     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2919     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2920     //
2921     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge    
2922     // 
2923     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
2924     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
2925     //    
2926     Double_t y3,   z3;
2927     //
2928     //
2929     UInt_t index;
2930     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2931       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
2932       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2933       y3 = kcl->GetY(); 
2934       // apply angular cuts
2935       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
2936       x3 = x3; 
2937       z3 = kcl->GetZ(); 
2938       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
2939       //
2940       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
2941       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2942       //
2943       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2944       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2945       //
2946       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
2947       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
2948
2949       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
2950       if (!kcm) continue;
2951       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
2952       
2953       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2954       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2955       //
2956       //
2957       //
2958       Int_t used  =0;
2959       Int_t found =0;
2960       //
2961       // look around first
2962       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
2963                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
2964                                                       erry,errz,index);
2965       //
2966       if (kc1m){
2967         found++;
2968         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
2969       }
2970       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
2971                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
2972                                                       erry,errz,index);
2973       //
2974       if (kc1p){
2975         found++;
2976         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
2977       }
2978       if (used>1)  continue;
2979       if (found<1) continue; 
2980
2981       //
2982       // look around last
2983       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
2984                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
2985                                                       erry,errz,index);
2986       //
2987       if (kc3m){
2988         found++;
2989         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
2990       }
2991       else 
2992         continue;
2993       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
2994                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
2995                                                       erry,errz,index);
2996       //
2997       if (kc3p){
2998         found++;
2999         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
3000       }
3001       else 
3002         continue;
3003       if (used>1)  continue;
3004       if (found<3) continue;       
3005       //
3006       Double_t x2,y2,z2;
3007       x2 = xm;
3008       y2 = kcm->GetY();
3009       z2 = kcm->GetZ();
3010       //
3011                         
3012       x[0]=y1;
3013       x[1]=z1;
3014       x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3015       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
3016       nin0++;
3017       //
3018       x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3019       nin1++;
3020       //
3021       x[3]=F3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
3022       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3023       nin2++;
3024       //
3025       //
3026       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
3027       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
3028       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
3029       
3030       Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3031       Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3032       Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3033       Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3034       Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3035       Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3036       
3037       Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3038       Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3039       Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3040       Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3041       
3042       c[0]=sy1;
3043       c[1]=0.;       c[2]=sz1; 
3044       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3045       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3046       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3047       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3048       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3049       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3050       
3051       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3052       
3053       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3054       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3055       
3056       track->fIsSeeding = kTRUE;
3057
3058       nin++;      
3059       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
3060       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 || 
3061           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
3062         seed->Reset();
3063         seed->~AliTPCseed();
3064         continue;
3065       }
3066       nout1++;
3067       nout2++;  
3068       //Int_t rc = 1;
3069       FollowProlongation(*track, i2,1);
3070       track->fBConstrain =0;
3071       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3072       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3073       
3074       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3075           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 || 
3076           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3077         seed->Reset();
3078         seed->~AliTPCseed();
3079         continue;
3080       }
3081    
3082       {
3083         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3084         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3085         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3086         track2->fBConstrain = kFALSE;
3087         track2->fSeedType = 4;
3088         arr->AddLast(track2); 
3089         seed->Reset();
3090         seed->~AliTPCseed();
3091       }
3092       
3093    
3094       //arr->AddLast(track); 
3095       //seed = new AliTPCseed;  
3096       nout3++;
3097     }
3098   }
3099   
3100   if (fDebug>3){
3101     Info("MakeSeeds5","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3102   }
3103   delete seed;
3104 }
3105
3106
3107 //_____________________________________________________________________________
3108 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3109                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3110   //-----------------------------------------------------------------
3111   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3112   //-----------------------------------------------------------------
3113   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3114   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3115   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied 
3116   // cuts[3]   - fP3 cut
3117   Int_t nin0=0;
3118   Int_t nin1=0;
3119   Int_t nin2=0;
3120   Int_t nin3=0;
3121   //  Int_t nin4=0;
3122   //Int_t nin5=0;
3123
3124   
3125
3126   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3127   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3128   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3129   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3130   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3131   AliTPCRow * kr=0;
3132
3133   AliTPCpolyTrack polytrack;
3134   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3135   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3136
3137   Int_t sumused=0;
3138   Int_t cused=0;
3139   Int_t cnused=0;
3140   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3141     Int_t nfound =0;
3142     Int_t nfoundable =0;
3143     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3144       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3145       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];      
3146       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3147       
3148       if (cl->IsUsed(10)) {
3149         cused++;
3150       }
3151       else{
3152         cnused++;
3153       }
3154       Double_t x = kr0.GetX();
3155       // Initialization of the polytrack
3156       nfound =0;
3157       nfoundable =0;
3158       polytrack.Reset();
3159       //
3160       Double_t y0= cl->GetY();
3161       Double_t z0= cl->GetZ();
3162       Float_t erry = 0;
3163       Float_t errz = 0;
3164       
3165       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3166       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3167       
3168       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3169       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3170       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3171
3172       sumused=0;
3173       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3174
3175
3176       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3177       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3178       //
3179       x = krm.GetX();
3180       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3181       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3182         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;          
3183         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3184         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3185         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3186       }
3187       //
3188       x = krp.GetX();
3189       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3190       if (cl2) {
3191         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;          
3192         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3193         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;  
3194         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3195       }
3196       //
3197       if (sumused>0) continue;
3198       nin0++;
3199       polytrack.UpdateParameters();
3200       // follow polytrack
3201       roadz = 1.2;
3202       roady = 1.2;
3203       //
3204       Double_t yn,zn;
3205       nfoundable = polytrack.GetN();
3206       nfound     = nfoundable; 
3207       //
3208       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3209         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3210         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3211           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3212           kr = &(fSectors[sec][row]);
3213           Double_t xn = kr->GetX();
3214           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3215           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3216           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3217           nfoundable++;
3218           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3219           if (cln) {
3220             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3221             if (dist<maxdist){
3222               /*
3223               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));         
3224               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3225               if (cln->IsUsed(10)) {
3226                 //      printf("used\n");
3227                 sumused++;
3228                 erry*=2;
3229                 errz*=2;
3230               }
3231               */
3232               erry=0.1;
3233               errz=0.1;
3234               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3235               nfound++;
3236             }
3237           }
3238         }
3239         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;     
3240         polytrack.UpdateParameters();
3241       }           
3242     }
3243     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3244       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3245       continue;
3246     }
3247     nin1++;
3248     Double_t dy,dz;
3249     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3250     AliTPCpolyTrack track2;
3251     
3252     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3253     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3254     nin2++;
3255
3256     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3257       //
3258       // test seed with and without constrain
3259       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3260         // add polytrack candidate
3261
3262         Double_t x[5], c[15];
3263         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3264         track2.GetBoundaries(x3,x1);    
3265         x2 = (x1+x3)/2.;
3266         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3267         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3268         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3269         //
3270         //is track pointing to the vertex ?
3271         Double_t x0,y0,z0;
3272         x0=0;
3273         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3274
3275         if (constrain) {
3276           x2 = x3;
3277           y2 = y3;
3278           z2 = z3;
3279           
3280           x3 = 0;
3281           y3 = 0;
3282           z3 = 0;
3283         }
3284         x[0]=y1;
3285         x[1]=z1;
3286         x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3287                 
3288         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3289         x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3290         
3291         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3292         //x[3]=F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3293         x[3]=F3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3294         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3295
3296         
3297         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3298         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3299         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3300         Double_t sy3=0.02;
3301
3302         if (constrain){
3303           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3304         }
3305         
3306         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3307         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3308         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3309         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3310         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3311         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3312
3313         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3314         Double_t f31=(F3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3315         Double_t f32=(F3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3316         Double_t f34=(F3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3317
3318         
3319         c[0]=sy1;
3320         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3321         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3322         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3323         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3324         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3325         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3326         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3327         
3328         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3329         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3330
3331         UInt_t index=0;
3332         //kr0.GetIndex(is);
3333         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3334         track->fIsSeeding = kTRUE;
3335         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);        
3336         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3337         else
3338           track->fBConstrain =0;
3339         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3340         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3341
3342         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3343             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
3344             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3345           //delete track;
3346           seed->Reset();
3347           seed->~AliTPCseed();
3348         }
3349         else {
3350           arr->AddLast(track);
3351           seed = new AliTPCseed;
3352         }
3353         nin3++;
3354       }
3355     }  // if accepted seed
3356   }
3357   if (fDebug>3){
3358     Info("MakeSeeds2","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3359   }
3360   delete seed;
3361 }
3362
3363
3364 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3365 {
3366   //
3367   //
3368   //reseed using track points
3369   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0 
3370   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3371   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3372   Int_t pp2=0;
3373   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3374   x0[0]=-1;
3375   x0[0]=-1;
3376   x0[0]=-1;
3377
3378   // find track position at given ratio of the length
3379   Int_t  sec0, sec1, sec2;
3380   sec0=0;
3381   sec1=0;
3382   sec2=0;
3383   Int_t index=-1;
3384   Int_t clindex;
3385   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3386     if (track->fClusterPointer[i]){
3387       index++;
3388       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3389       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3390         if (trpoint->GetX()>1){
3391           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3392           if (clindex>0){       
3393             x0[0] = trpoint->GetX();
3394             x0[1] = trpoint->GetY();
3395             x0[2] = trpoint->GetZ();
3396             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3397           }
3398         }
3399       }
3400
3401       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3402         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3403         if (clindex>0){
3404           x1[0] = trpoint->GetX();
3405           x1[1] = trpoint->GetY();
3406           x1[2] = trpoint->GetZ();
3407           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3408         }
3409       }
3410       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3411         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3412         if (clindex>0){
3413           x2[0] = trpoint->GetX();
3414           x2[1] = trpoint->GetY();
3415           x2[2] = trpoint->GetZ(); 
3416           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3417           pp2 = i;
3418         }
3419       }
3420     }
3421   }
3422   
3423   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3424   //
3425   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3426   cs = TMath::Cos(alpha);
3427   sn = TMath::Sin(alpha); 
3428   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3429   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3430   x1[0] = xx2;
3431   x1[1] = yy2;
3432   //
3433   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3434   cs = TMath::Cos(alpha);
3435   sn = TMath::Sin(alpha); 
3436   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3437   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3438   x0[0] = xx2;
3439   x0[1] = yy2;
3440   //
3441   //
3442   //
3443   Double_t x[5],c[15];
3444   //
3445   x[0]=x2[1];
3446   x[1]=x2[2];
3447   x[4]=F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3448   //  if (x[4]>1) return 0;
3449   x[2]=F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3450   x[3]=F3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3451   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3452   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3453   //  
3454   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3455   //
3456   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3457   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3458   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3459   //
3460   Double_t f40=(F1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3461   Double_t f42=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3462   Double_t f43=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3463   Double_t f20=(F2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3464   Double_t f22=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3465   Double_t f23=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3466   //
3467   Double_t f30=(F3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3468   Double_t f31=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3469   Double_t f32=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3470   Double_t f34=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3471   
3472   
3473   c[0]=sy1;
3474   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3475   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3476   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3477   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3478   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3479   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3480   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3481   
3482   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3483   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3484   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3485   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3486   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3487   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3488   //  seed =0;
3489   seed->fLastPoint  = pp2;
3490   seed->fFirstPoint = pp2;
3491   
3492
3493   return seed;
3494 }
3495
3496
3497 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3498 {
3499   //
3500   //
3501   //reseed using founded clusters 
3502   //
3503   // Find the number of clusters
3504   Int_t nclusters = 0;
3505   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3506     if (track->GetClusterIndex(irow)>0) nclusters++;
3507   }
3508   //
3509   Int_t ipos[3];
3510   ipos[0] = TMath::Max(int(r0*nclusters),0);             // point 0 cluster
3511   ipos[1] = TMath::Min(int(r1*nclusters),nclusters-1);   // 
3512   ipos[2] = TMath::Min(int(r2*nclusters),nclusters-1);   // last point
3513   //
3514   //
3515   Double_t  xyz[3][3];
3516   Int_t     row[3],sec[3]={0,0,0};
3517   //
3518   // find track row position at given ratio of the length
3519   Int_t index=-1;
3520   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){    
3521     if (track->GetClusterIndex2(irow)<0) continue;
3522     index++;
3523     for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3524       if (index<=ipos[ipoint]) row[ipoint] = irow;
3525     }        
3526   }
3527   //
3528   //Get cluster and sector position
3529   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3530     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3531     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3532     if (cl==0) {
3533       //Error("Bug\n");
3534       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3535       return 0;
3536     }
3537     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3538     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3539     xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3540     xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3541   }
3542   //
3543   //
3544   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3545
3546   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3547   //
3548   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3549   cs = TMath::Cos(alpha);
3550   sn = TMath::Sin(alpha); 
3551   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3552   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3553   xyz[1][0] = xx2;
3554   xyz[1][1] = yy2;
3555   //
3556   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3557   cs = TMath::Cos(alpha);
3558   sn = TMath::Sin(alpha); 
3559   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3560   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3561   xyz[0][0] = xx2;
3562   xyz[0][1] = yy2;
3563   //
3564   //
3565   //
3566   Double_t x[5],c[15];
3567   //
3568   x[0]=xyz[2][1];
3569   x[1]=xyz[2][2];
3570   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3571   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3572   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3573   //  
3574   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3575   //
3576   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3577   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3578   Double_t sy3=0.2;
3579   //
3580   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3581   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3582   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3583   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3584   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3585   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3586   //
3587   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3588   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3589   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3590   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3591   
3592   
3593   c[0]=sy1;
3594   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3595   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3596   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3597   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3598   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3599   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3600   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3601   
3602   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3603   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3604   seed->fLastPoint  = row[2];
3605   seed->fFirstPoint = row[2];  
3606   return seed;
3607 }
3608
3609 Int_t  AliTPCtrackerMI::CheckKinkPoint(AliTPCseed*seed, Float_t th)
3610 {
3611   //
3612   //
3613   // 
3614   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3615   //
3616   if (TMath::Abs(seed->GetC())>0.01) return 0;
3617   //
3618
3619   Float_t x[160], y[160], erry[160], z[160], errz[160];
3620   Int_t sec[160];
3621   Float_t xt[160], yt[160], zt[160];
3622   Int_t i1 = 200;
3623   Int_t i2 = 0;
3624   Int_t secm   = -1;
3625   Int_t padm   = -1;
3626   Int_t middle = seed->GetNumberOfClusters()/2;
3627   //
3628   //
3629   // find central sector, get local cooordinates
3630   Int_t count = 0;
3631   for (Int_t i=seed->fFirstPoint;i<=seed->fLastPoint;i++) {
3632     sec[i]= seed->GetClusterSector(i)%18;
3633     x[i]  = GetXrow(i);  
3634     if (sec[i]>=0) {
3635       AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3636       //      if (cl==0)        cl = GetClusterMI(seed->GetClusterIndex2(i));
3637       if (cl==0) {
3638         sec[i] = -1;
3639         continue;
3640       }
3641       //
3642       //
3643       if (i>i2)  i2 = i;  //last  point with cluster
3644       if (i2<i1) i1 = i;  //first point with cluster
3645       y[i] = cl->GetY();
3646       z[i] = cl->GetZ();
3647       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3648       xt[i] = x[i];
3649       yt[i] = point->GetY();
3650       zt[i] = point->GetZ();
3651   
3652       if (point->GetX()>0){
3653         erry[i] = point->GetErrY();
3654         errz[i] = point->GetErrZ();     
3655       }
3656
3657       count++;