Removing warnings (alpha)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCtrackerMI.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17 //-------------------------------------------------------
18 //          Implementation of the TPC tracker
19 //
20 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
21 // 
22 //  AliTPC parallel tracker - 
23 //  How to use?  - 
24 //  run AliTPCFindClusters.C macro - clusters neccessary for tracker are founded
25 //  run AliTPCFindTracksMI.C macro - to find tracks
26 //  tracks are written to AliTPCtracks.root file
27 //  for comparison also seeds are written to the same file - to special branch
28 //-------------------------------------------------------
29
30
31 /* $Id$ */
32
33
34 #include <TObjArray.h>
35 #include <TFile.h>
36 #include <TTree.h>
37 #include <TClonesArray.h>
38
39 #include "Riostream.h"
40
41 #include "AliTPCclusterMI.h"
42 #include "AliComplexCluster.h"
43 #include "AliTPCParam.h"
44 #include "AliTPCClustersRow.h"
45 #include "AliTPCpolyTrack.h"
46 #include "TStopwatch.h"
47 #include "AliESD.h"
48 #include "AliHelix.h"
49 //
50 #include "AliRunLoader.h"
51 //
52 #include "AliTPCreco.h" 
53 #include "AliTPCtrackerMI.h"
54
55
56
57 ClassImp(AliTPCseed)
58 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
59
60
61 class AliTPCFastMath {
62 public:
63   AliTPCFastMath();  
64   static Double_t FastAsin(Double_t x);   
65  private: 
66   static Double_t fgFastAsin[20000];  //lookup table for fast asin computation
67 };
68
69 Double_t AliTPCFastMath::fgFastAsin[20000];
70 AliTPCFastMath gAliTPCFastMath;
71
72 AliTPCFastMath::AliTPCFastMath(){
73   //
74   // initialized lookup table;
75   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
76     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
77     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
78   }
79 }
80
81 Double_t AliTPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
82   //
83   // return asin using lookup table
84   if (x>0){
85     Int_t index = int(x*10000);
86     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
87   }
88   x*=-1;
89   Int_t index = int(x*10000);
90   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
91 }
92
93
94
95
96 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
97   //
98   //update track information using current cluster - track->fCurrentCluster
99
100
101   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
102   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
103
104   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
105
106   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24; 
107   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16; 
108   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
109   track->fSector = sec;
110   //  Int_t index = i&0xFFFF;
111   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow(); 
112   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);  
113   //track->fFirstPoint = row;
114   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
115   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
116   //  printf("problem\n");
117   //}
118   if (track->fFirstPoint>track->fRow) 
119     track->fFirstPoint = track->fRow;
120   if (track->fLastPoint<track->fRow) 
121     track->fLastPoint  = track->fRow;
122   
123
124   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;  
125   //
126
127   Float_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
128   angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2)); 
129   //
130   //SET NEW Track Point
131   //
132   //  if (debug)
133   {
134     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
135     //
136     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
137     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
138     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
139     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
140     //
141     point.SetX(track->GetX());
142     point.SetY(track->GetY());
143     point.SetZ(track->GetZ());
144     point.SetAngleY(angle2);
145     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
146     if (point.fIsShared){
147       track->fErrorY2 *= 4;
148       track->fErrorZ2 *= 4;
149     }
150   }  
151
152   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
153   //
154   track->fErrorY2 *= 1.3;
155   track->fErrorY2 += 0.01;    
156   track->fErrorZ2 *= 1.3;   
157   track->fErrorZ2 += 0.005;      
158     //}
159   if (accept>0) return 0;
160   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
161     //    if (track->fHelixIn){
162     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);    
163     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
164     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;    
165     //}
166   }
167   track->fNoCluster =0;
168   return track->Update(c,chi2,i);
169 }
170
171
172
173 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor, 
174                                       Float_t cory, Float_t corz)
175 {
176   //
177   // decide according desired precision to accept given 
178   // cluster for tracking
179   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
180   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
181   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
182   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
183   
184   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
185   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
186   
187   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
188     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
189   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
190     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
191   
192   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
193   //Int_t  accept =0;
194   
195   if (rdistance2>16) return 3;
196   
197   
198   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)  
199     return 2;  //suspisiouce - will be changed
200   
201   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)  
202     // strict cut on overlaped cluster
203     return  2;  //suspisiouce - will be changed
204   
205   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor ) 
206        && cluster->GetType()<0){
207     seed->fNFoundable--;
208     return 2;    
209   }
210   return 0;
211 }
212
213
214
215
216 //_____________________________________________________________________________
217 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par): 
218 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
219 {
220   //---------------------------------------------------------------------
221   // The main TPC tracker constructor
222   //---------------------------------------------------------------------
223   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];         
224   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
225  
226   Int_t i;
227   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
228   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
229
230   fN=0;  fSectors=0;
231
232   fSeeds=0;
233   fNtracks = 0;
234   fParam = par;  
235   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
236   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
237
238   
239   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
240     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
241     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
242     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
243   }
244
245   
246   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
247     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
248     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
249     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
250   }
251   fSeeds=0;
252   //
253   fInput    = 0;
254   fOutput   = 0;
255   fSeedTree = 0;
256   fTreeDebug =0;
257   fNewIO     =0;
258   fDebug     =0;
259   fEvent     =0;
260 }
261
262 //_____________________________________________________________________________
263 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
264   //------------------------------------------------------------------
265   // TPC tracker destructor
266   //------------------------------------------------------------------
267   delete[] fInnerSec;
268   delete[] fOuterSec;
269   if (fSeeds) {
270     fSeeds->Delete(); 
271     delete fSeeds;
272   }
273 }
274
275 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
276 {
277   //
278   fNewIO   =  kTRUE;
279   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
280   
281   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
282   if (fOutput){
283     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
284     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
285     delete iotrack;
286   }
287 }
288
289
290 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
291 {
292
293   // set input
294   fNewIO = kFALSE;
295   fInput    = 0;
296   fOutput   = 0;
297   fSeedTree = 0;
298   fTreeDebug =0;
299   fInput = input;
300   if (input==0){
301     return;
302   }  
303   //set output
304   fOutput = output;
305   if (output){
306     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
307     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
308     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");    
309     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
310     delete iotrack;
311   }
312   if (output && (fDebug&2)){
313     //write the full seed information if specified in debug mode
314     //
315     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
316     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
317     //
318     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
319     arrtr->ExpandCreateFast(160);
320     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
321     //
322     vseed->fPoints = arrtr;
323     vseed->fEPoints = arre;
324     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
325     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
326     delete arrtr;
327     delete arre;    
328     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
329     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
330     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
331   }
332
333
334   //set ESD event  
335   fEvent  = event;  
336 }
337
338 void AliTPCtrackerMI::FillESD(TObjArray* arr)
339 {
340   //
341   //
342   //fill esds using updated tracks
343   if (fEvent){
344     // write tracks to the event
345     // store index of the track
346     Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
347     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
348       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
349       if (!pt) continue; 
350       pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
351       if (pt->GetNumberOfClusters()>70) {
352         AliESDtrack iotrack;
353         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);      
354         //iotrack.SetTPCindex(i);
355         fEvent->AddTrack(&iotrack);
356       }        
357     }
358   }
359 }
360
361 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks(TTree * tree)
362 {
363   //
364   // write tracks from seed array to selected tree
365   //
366   fOutput  = tree;
367   if (fOutput){
368     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
369     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
370   }
371   WriteTracks();
372 }
373
374 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
375 {
376   //
377   // write tracks to the given output tree -
378   // output specified with SetIO routine
379   if (!fSeeds)  return;
380   if (!fOutput){
381     SetIO();
382   }
383
384   if (fOutput){
385     AliTPCtrack *iotrack= 0;
386     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
387     //for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
388     //  iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
389     //  if (iotrack) break;      
390     //}    
391     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
392     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
393     br->SetAddress(&iotrack);
394     //
395     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
396       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
397       if (!pt) continue;    
398       AliTPCtrack * track = new AliTPCtrack(*pt);
399       iotrack = track;
400       pt->fLab2 =i; 
401       //      br->SetAddress(&iotrack);
402       fOutput->Fill();
403       delete track;
404       iotrack =0;
405     }
406     //fOutput->GetDirectory()->cd();
407     //fOutput->Write();
408   }
409   // delete iotrack;
410   //
411   if (fSeedTree){
412     //write the full seed information if specified in debug mode
413       
414     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
415     //
416     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
417     arrtr->ExpandCreateFast(160);
418     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
419     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
420     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
421     //
422     vseed->fPoints = arrtr;
423     vseed->fEPoints = arre;
424     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
425     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
426     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
427     
428     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
429     
430     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
431       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
432       if (!pt) continue;     
433       pt->fPoints = arrtr;
434       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
435       pt->fEPoints       = arre;
436       pt->RebuildSeed();
437       vseed = pt;
438       brseed->SetAddress(&vseed);
439       fSeedTree->Fill();
440       pt->fPoints  = 0;
441       pt->fEPoints = 0;
442       //      pt->fClusterPoints = 0;
443     }
444     fSeedTree->Write();
445     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
446   }
447
448 }
449   
450
451
452
453 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
454   //
455   //
456   //seed->SetErrorY2(0.1);
457   //return 0.1;
458   //calculate look-up table at the beginning
459   static Bool_t  ginit = kFALSE;
460   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
461   static Float_t ggg1[10000];
462   static Float_t ggg2[10000];
463   static Float_t ggg3[10000];
464   static Float_t glandau1[10000];
465   static Float_t glandau2[10000];
466   static Float_t glandau3[10000];
467   //
468   static Float_t gcor01[500];
469   static Float_t gcor02[500];
470   static Float_t gcorp[500];
471   //
472
473   //
474   if (ginit==kFALSE){
475     for (Int_t i=1;i<500;i++){
476       Float_t rsigma = float(i)/100.;
477       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
478       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
479       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
480     }
481
482     //
483     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
484       //
485       //
486       // inner sector
487       Float_t amp = float(i);
488       Float_t padlength =0.75;
489       gnoise1 = 0.0004/padlength;
490       Float_t nel     = 0.268*amp;
491       Float_t nprim   = 0.155*amp;
492       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
493       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
494       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
495       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
496       //
497       // outer short
498       padlength =1.;
499       gnoise2   = 0.0004/padlength;
500       nel       = 0.3*amp;
501       nprim     = 0.133*amp;
502       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
503       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
504       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
505       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
506       //
507       //
508       // outer long
509       padlength =1.5;
510       gnoise3   = 0.0004/padlength;
511       nel       = 0.3*amp;
512       nprim     = 0.133*amp;
513       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
514       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
515       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
516       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
517       //
518     }
519     ginit = kTRUE;
520   }
521   //
522   //
523   //
524   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
525   if (amp>9999) {
526     seed->SetErrorY2(1.);
527     return 1.;
528   }
529   Float_t snoise2;
530   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
531   Int_t ctype = cl->GetType();  
532   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
533   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
534   angle2 = angle2/(1-angle2); 
535   //
536   //cluster "quality"
537   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
538   Float_t res;
539   //
540   if (fSectors==fInnerSec){
541     snoise2 = gnoise1;
542     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
543     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
544     if ((ctype>0)){
545       res+=0.002;
546       res*= gcorp[rsigmay];
547     }
548   }
549   else {
550     if (padlength<1.1){
551       snoise2 = gnoise2;
552       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
553       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];      
554       if ((ctype>0)){
555         res+=0.002;
556         res*= gcorp[rsigmay];
557       }
558     }
559     else{
560       snoise2 = gnoise3;      
561       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
562       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
563       if ((ctype>0)){
564         res+=0.002;
565         res*= gcorp[rsigmay];
566       }
567     }
568   }  
569
570   if (ctype<0){
571     res+=0.005;
572     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
573   }
574   res+= snoise2;
575  
576   if (res<2*snoise2)
577     res = 2*snoise2;
578   
579   seed->SetErrorY2(res);
580   return res;
581
582
583 }
584
585
586
587 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
588   //
589   //
590   //seed->SetErrorY2(0.1);
591   //return 0.1;
592   //calculate look-up table at the beginning
593   static Bool_t  ginit = kFALSE;
594   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
595   static Float_t ggg1[10000];
596   static Float_t ggg2[10000];
597   static Float_t ggg3[10000];
598   static Float_t glandau1[10000];
599   static Float_t glandau2[10000];
600   static Float_t glandau3[10000];
601   //
602   static Float_t gcor01[1000];
603   static Float_t gcor02[1000];
604   static Float_t gcorp[1000];
605   //
606
607   //
608   if (ginit==kFALSE){
609     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
610       Float_t rsigma = float(i)/100.;
611       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
612       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
613       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
614     }
615
616     //
617     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
618       //
619       //
620       // inner sector
621       Float_t amp = float(i);
622       Float_t padlength =0.75;
623       gnoise1 = 0.0004/padlength;
624       Float_t nel     = 0.268*amp;
625       Float_t nprim   = 0.155*amp;
626       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
627       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
628       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
629       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
630       //
631       // outer short
632       padlength =1.;
633       gnoise2   = 0.0004/padlength;
634       nel       = 0.3*amp;
635       nprim     = 0.133*amp;
636       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
637       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
638       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
639       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
640       //
641       //
642       // outer long
643       padlength =1.5;
644       gnoise3   = 0.0004/padlength;
645       nel       = 0.3*amp;
646       nprim     = 0.133*amp;
647       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
648       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
649       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
650       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
651       //
652     }
653     ginit = kTRUE;
654   }
655   //
656   //
657   //
658   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
659   if (amp>9999) {
660     seed->SetErrorY2(1.);
661     return 1.;
662   }
663   Float_t snoise2;
664   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
665   Int_t ctype = cl->GetType();  
666   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
667   //
668   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
669   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
670   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2)); 
671   //
672   //cluster "quality"
673   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
674   Float_t res;
675   //
676   if (fSectors==fInnerSec){
677     snoise2 = gnoise1;
678     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
679     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
680     if ((ctype>0)){
681       res+=0.002;
682       res*= gcorp[rsigmaz];
683     }
684   }
685   else {
686     if (padlength<1.1){
687       snoise2 = gnoise2;
688       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
689       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];      
690       if ((ctype>0)){
691         res+=0.002;
692         res*= gcorp[rsigmaz];
693       }
694     }
695     else{
696       snoise2 = gnoise3;      
697       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
698       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
699       if ((ctype>0)){
700         res+=0.002;
701         res*= gcorp[rsigmaz];
702       }
703     }
704   }  
705
706   if (ctype<0){
707     res+=0.002;
708     res*=1.3;
709   }
710   if ((ctype<0) &&amp<70){
711     res+=0.002;
712     res*=1.3;  
713   }
714   res += snoise2;
715   if (res<2*snoise2)
716      res = 2*snoise2;
717   if (res>3) res =3;
718   seed->SetErrorZ2(res);
719   return res;
720 }
721
722
723
724 /*
725 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
726   //
727   //
728   //seed->SetErrorZ2(0.1);
729   //return 0.1;
730
731   Float_t snoise2;
732   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
733   //
734   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
735   Int_t ctype = cl->GetType();
736   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
737   
738   Float_t nel;
739   Float_t nprim;
740   //
741   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
742   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
743   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
744  
745   if (fSectors==fInnerSec){
746     snoise2 = 0.0004/padlength;
747     nel     = 0.268*amp;
748     nprim   = 0.155*amp;
749     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
750     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
751     if (landau>1) landau=1;
752   }
753   else {
754     snoise2 = 0.0004/padlength;
755     nel     = 0.3*amp;
756     nprim   = 0.133*amp;
757     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
758     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
759     if (landau>1) landau=1;
760   }
761   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
762
763   //
764   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
765   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
766   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
767   //angle2 = 1;
768
769   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
770   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
771   Float_t res = sdiff + angular;
772
773   
774   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
775     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
776
777   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
778     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
779   
780   if ((ctype>0)){
781     res+=0.005;
782     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
783   }
784   if (ctype<0){
785     res+=0.002;
786     res*=1.3;
787   }
788   if ((ctype<0) &&amp<70){
789     res+=0.002;
790     res*=1.3;  
791   }
792   res += snoise2;
793   if (res<2*snoise2)
794      res = 2*snoise2;
795
796   seed->SetErrorZ2(res);
797   return res;
798 }
799 */
800
801
802
803 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
804 {
805   //
806   //
807   SetNumberOfClusters(0);
808   fNFoundable = 0;
809   SetChi2(0);
810   ResetCovariance();
811   /*
812   if (fTrackPoints){
813     for (Int_t i=0;i<8;i++){
814       delete [] fTrackPoints[i];
815     }
816     delete fTrackPoints;
817     fTrackPoints =0;
818   }
819   */
820
821   if (all){   
822     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
823     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
824   }
825
826 }
827
828
829 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
830 {
831
832   //------------------------------------------------------------------
833   //This function makes a track forget its history :)  
834   //------------------------------------------------------------------
835   if (factor<=0) {
836     ResetCovariance();
837     return;
838   }
839   fC00*=factor;
840   fC10*=0;  fC11*=factor;
841   fC20*=0;  fC21*=0;  fC22*=factor;
842   fC30*=0;  fC31*=0;  fC32*=0;  fC33*=factor;
843   fC40*=0;  fC41*=0;  fC42*=0;  fC43*=0;  fC44*=factor;
844   SetNumberOfClusters(0);
845   fNFoundable =0;
846   SetChi2(0);
847   fRemoval = 0;
848   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
849   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
850   fNoCluster     = 0;
851   //fFirstPoint = 160;
852   //fLastPoint  = 0;
853 }
854
855
856
857
858 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
859 {
860   //-----------------------------------------------------------------
861   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
862   // doesn't change internal state of the track
863   //-----------------------------------------------------------------
864   
865   Double_t x1=fX, x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
866
867   if (TMath::Abs(fP4*xk - fP2) >= 0.999) {   
868     return 0;
869   }
870
871   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
872   Double_t c1=fP4*x1 - fP2, r1=sqrt(1.- c1*c1);
873   Double_t c2=fP4*x2 - fP2, r2=sqrt(1.- c2*c2);
874   
875   y = fP0;
876   z = fP1;
877   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
878   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
879   
880   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
881   Double_t dz = 0;
882   //
883   Double_t delta = fP4*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
884   /*
885   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
886     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
887   }else{
888     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
889   }
890   */
891   dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
892   //
893   y+=dy;
894   z+=dz;
895   
896
897   return 1;  
898 }
899
900
901 //_____________________________________________________________________________
902 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliTPCclusterMI *c) const 
903 {
904   //-----------------------------------------------------------------
905   // This function calculates a predicted chi2 increment.
906   //-----------------------------------------------------------------
907   //Double_t r00=c->GetSigmaY2(), r01=0., r11=c->GetSigmaZ2();
908   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
909   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
910
911   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
912   if (TMath::Abs(det) < 1.e-10) {
913     Int_t n=GetNumberOfClusters();
914     if (n>4) cerr<<n<<" AliKalmanTrack warning: Singular matrix !\n";
915     return 1e10;
916   }
917   Double_t tmp=r00; r00=r11; r11=tmp; r01=-r01;
918   
919   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
920   
921   return (dy*r00*dy + 2*r01*dy*dz + dz*r11*dz)/det;
922 }
923
924
925 //_________________________________________________________________________________________
926
927
928 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
929   //-----------------------------------------------------------------
930   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
931   //-----------------------------------------------------------------
932   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
933
934   if (fSort == 0){
935     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
936     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
937     Double_t z2 = t->GetZ();
938     Double_t z1 = GetZ();
939     if (z2>z1) return 1;
940     if (z2<z1) return -1;
941     return 0;
942   }
943   else {
944     Float_t f2 =1;
945     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->fC44)/(TMath::Abs(t->GetC())+0.0066);
946     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
947
948     Float_t f1 =1;
949     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(fC44)/(TMath::Abs(GetC())+0.0066);
950
951     if (fBConstrain)   f1=1.2;
952  
953     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
954     else return +1;
955   }
956 }
957
958 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
959 {
960   //rotate to track "local coordinata
961   Float_t x = seed->GetX();
962   Float_t y = seed->GetY();
963   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
964   
965   if (y > ymax) {
966     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
967     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
968       return;
969   } else if (y <-ymax) {
970     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
971     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
972       return;
973   }   
974
975 }
976
977
978
979
980 //_____________________________________________________________________________
981 Int_t AliTPCseed::Update(const AliTPCclusterMI *c, Double_t chisq, UInt_t /*index*/) {
982   //-----------------------------------------------------------------
983   // This function associates a cluster with this track.
984   //-----------------------------------------------------------------
985   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
986
987   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
988   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
989   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
990
991   Double_t k00=fC00*r00+fC10*r01, k01=fC00*r01+fC10*r11;
992   Double_t k10=fC10*r00+fC11*r01, k11=fC10*r01+fC11*r11;
993   Double_t k20=fC20*r00+fC21*r01, k21=fC20*r01+fC21*r11;
994   Double_t k30=fC30*r00+fC31*r01, k31=fC30*r01+fC31*r11;
995   Double_t k40=fC40*r00+fC41*r01, k41=fC40*r01+fC41*r11;
996
997   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
998   Double_t cur=fP4 + k40*dy + k41*dz, eta=fP2 + k20*dy + k21*dz;
999   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.9) {
1000     return 0;
1001   }
1002
1003   fP0 += k00*dy + k01*dz;
1004   fP1 += k10*dy + k11*dz;
1005   fP2  = eta;
1006   fP3 += k30*dy + k31*dz;
1007   fP4  = cur;
1008
1009   Double_t c01=fC10, c02=fC20, c03=fC30, c04=fC40;
1010   Double_t c12=fC21, c13=fC31, c14=fC41;
1011
1012   fC00-=k00*fC00+k01*fC10; fC10-=k00*c01+k01*fC11;
1013   fC20-=k00*c02+k01*c12;   fC30-=k00*c03+k01*c13;
1014   fC40-=k00*c04+k01*c14; 
1015
1016   fC11-=k10*c01+k11*fC11;
1017   fC21-=k10*c02+k11*c12;   fC31-=k10*c03+k11*c13;
1018   fC41-=k10*c04+k11*c14; 
1019
1020   fC22-=k20*c02+k21*c12;   fC32-=k20*c03+k21*c13;
1021   fC42-=k20*c04+k21*c14; 
1022
1023   fC33-=k30*c03+k31*c13;
1024   fC43-=k40*c03+k41*c13; 
1025
1026   fC44-=k40*c04+k41*c14; 
1027
1028   Int_t n=GetNumberOfClusters();
1029   //  fIndex[n]=index;
1030   SetNumberOfClusters(n+1);
1031   SetChi2(GetChi2()+chisq);
1032
1033   return 1;
1034 }
1035
1036
1037
1038 //_____________________________________________________________________________
1039 Double_t AliTPCtrackerMI::F1old(Double_t x1,Double_t y1,
1040                    Double_t x2,Double_t y2,
1041                    Double_t x3,Double_t y3) 
1042 {
1043   //-----------------------------------------------------------------
1044   // Initial approximation of the track curvature
1045   //-----------------------------------------------------------------
1046   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1047   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1048                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1049   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1050                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1051
1052   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1053   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
1054   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr); 
1055 }
1056
1057
1058
1059 //_____________________________________________________________________________
1060 Double_t AliTPCtrackerMI::F1(Double_t x1,Double_t y1,
1061                    Double_t x2,Double_t y2,
1062                    Double_t x3,Double_t y3) 
1063 {
1064   //-----------------------------------------------------------------
1065   // Initial approximation of the track curvature
1066   //-----------------------------------------------------------------
1067   x3 -=x1;
1068   x2 -=x1;
1069   y3 -=y1;
1070   y2 -=y1;
1071   //  
1072   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1073   if (det==0) {
1074     return 100;
1075   }
1076   //
1077   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1078   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1079   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1080   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1081   if (det<0) c2*=-1;
1082   return c2;
1083 }
1084
1085
1086 Double_t AliTPCtrackerMI::F2(Double_t x1,Double_t y1,
1087                    Double_t x2,Double_t y2,
1088                    Double_t x3,Double_t y3) 
1089 {
1090   //-----------------------------------------------------------------
1091   // Initial approximation of the track curvature
1092   //-----------------------------------------------------------------
1093   x3 -=x1;
1094   x2 -=x1;
1095   y3 -=y1;
1096   y2 -=y1;
1097   //  
1098   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1099   if (det==0) {
1100     return 100;
1101   }
1102   //
1103   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1104   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u; 
1105   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1106   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1107   if (det<0) c2*=-1;
1108   x0+=x1;
1109   x0*=c2;  
1110   return x0;
1111 }
1112
1113
1114
1115 //_____________________________________________________________________________
1116 Double_t AliTPCtrackerMI::F2old(Double_t x1,Double_t y1,
1117                    Double_t x2,Double_t y2,
1118                    Double_t x3,Double_t y3) 
1119 {
1120   //-----------------------------------------------------------------
1121   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1122   //-----------------------------------------------------------------
1123   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1124   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1125                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1126   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1127                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1128
1129   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1130   
1131   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1132 }
1133
1134 //_____________________________________________________________________________
1135 Double_t AliTPCtrackerMI::F3(Double_t x1,Double_t y1, 
1136                    Double_t x2,Double_t y2,
1137                    Double_t z1,Double_t z2) 
1138 {
1139   //-----------------------------------------------------------------
1140   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1141   //-----------------------------------------------------------------
1142   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1143 }
1144
1145
1146 Double_t AliTPCtrackerMI::F3n(Double_t x1,Double_t y1, 
1147                    Double_t x2,Double_t y2,
1148                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c) 
1149 {
1150   //-----------------------------------------------------------------
1151   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1152   //-----------------------------------------------------------------
1153
1154   //  Double_t angle1;
1155   
1156   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1157   //
1158   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1159   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1160   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1161   //  Double_t   angle2    =  AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1162   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1163
1164   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1165   return angle2;
1166 }
1167
1168 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1169 {//-----------------------------------------------------------------
1170   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1171   //-----------------------------------------------------------------
1172   
1173   Double_t dx=x2-x1;
1174
1175   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {   
1176     return kFALSE;
1177   }
1178
1179   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1180   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);  
1181   y = x[0];
1182   z = x[1];
1183   
1184   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1185   Double_t dz = 0;
1186   //
1187   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1188   
1189   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1190     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1191   }else{
1192     dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1193   }
1194   
1195   //dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1196
1197   y+=dy;
1198   z+=dz;
1199   
1200   return kTRUE;  
1201 }
1202
1203 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters (TTree *tree)
1204 {
1205   //
1206   //
1207   fInput = tree;
1208   return LoadClusters();
1209 }
1210
1211 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1212 {
1213   //
1214   // load clusters to the memory
1215   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1216   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1217   clrow->SetArray(0);
1218   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1219   //
1220   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1221
1222   TTree * tree = fInput;
1223   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1224   br->SetAddress(&clrow);
1225   //
1226   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1227   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1228     br->GetEntry(i);
1229     //  
1230     Int_t sec,row;
1231     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1232     //
1233     AliTPCRow * tpcrow=0;
1234     Int_t left=0;
1235     if (sec<fkNIS*2){
1236       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);    
1237       left = sec/fkNIS;
1238     }
1239     else{
1240       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1241       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1242     }
1243     if (left ==0){
1244       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1245       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1246       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++) 
1247         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1248     }
1249     if (left ==1){
1250       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1251       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1252       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++) 
1253         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1254     }
1255   }
1256   //
1257   delete clrow;
1258   LoadOuterSectors();
1259   LoadInnerSectors();
1260   return 0;
1261 }
1262
1263
1264 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1265 {
1266   //
1267   // unload clusters from the memory
1268   //
1269   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1270   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1271     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1272       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1273       //      if (tpcrow){
1274       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1275       //        if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1276       //}
1277       tpcrow->ResetClusters();
1278     }
1279   //
1280   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1281   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1282     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1283       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1284       //if (tpcrow){
1285       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1286       //if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1287       //}
1288       tpcrow->ResetClusters();
1289     }
1290
1291   return ;
1292 }
1293
1294
1295 //_____________________________________________________________________________
1296 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1297   //-----------------------------------------------------------------
1298   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1299   //-----------------------------------------------------------------
1300   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1301   UInt_t index=0;
1302   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1303     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1304       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);  
1305       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1306       //left
1307       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1308       while (ncl--) {
1309         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1310         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1311         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1312       }
1313       //right
1314       ncl = tpcrow->fN2;
1315       while (ncl--) {
1316         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1317         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1318         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1319       }
1320       //
1321       // write indexes for fast acces
1322       //
1323       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1324         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1325       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1326         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1327         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1328       }
1329       Int_t last = 0;
1330       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1331         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1332           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1333         else
1334           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1335       }
1336     }  
1337   fN=fkNOS;
1338   fSectors=fOuterSec;
1339   return 0;
1340 }
1341
1342
1343 //_____________________________________________________________________________
1344 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1345   //-----------------------------------------------------------------
1346   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1347   //-----------------------------------------------------------------
1348   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1349   UInt_t index=0;
1350   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1351     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1352       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1353       //
1354       //left
1355       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1356       while (ncl--) {
1357         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1358         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1359         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1360       }
1361       //right
1362       ncl = tpcrow->fN2;
1363       while (ncl--) {
1364         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1365         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1366         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1367       }
1368       //
1369       // write indexes for fast acces
1370       //
1371       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1372         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1373       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1374         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1375         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1376       }
1377       Int_t last = 0;
1378       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1379         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1380           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1381         else
1382           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1383       }
1384
1385     }  
1386    
1387   fN=fkNIS;
1388   fSectors=fInnerSec;
1389   return 0;
1390 }
1391
1392
1393
1394 //_________________________________________________________________________
1395 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1396   //--------------------------------------------------------------------
1397   //       Return pointer to a given cluster
1398   //--------------------------------------------------------------------
1399   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24; 
1400   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16; 
1401   Int_t ncl=(index&0x00007fff)>>00;
1402
1403   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1404   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1405   if (sec<fkNIS*2){
1406     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1407     if (sec<fkNIS) 
1408       clrow = tpcrow->fClusters1;
1409     else
1410       clrow = tpcrow->fClusters2;
1411   }
1412   else{
1413     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1414     if (sec-2*fkNIS<fkNOS)
1415       clrow = tpcrow->fClusters1;
1416     else
1417       clrow = tpcrow->fClusters2;
1418   }
1419   if (tpcrow==0) return 0;
1420   if (tpcrow->GetN()<=ncl) return 0;
1421   //  return (AliTPCclusterMI*)(*tpcrow)[ncl];      
1422   return &(clrow[ncl]);      
1423   
1424 }
1425
1426
1427
1428 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1429   //-----------------------------------------------------------------
1430   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1431   //-----------------------------------------------------------------
1432   //
1433   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1434
1435   //  if (t.GetRadius()>x+10 ) return 0;
1436   //  t.PropagateTo(x+0.02);
1437   //t.PropagateTo(x+0.01);
1438   if (!t.PropagateTo(x)) {
1439     t.fRemoval = 10;
1440     return 0;
1441   }
1442   //
1443   Double_t  y=t.GetY(), z=t.GetZ();
1444   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1445     if (y > ymax) {
1446       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1447       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1448         return 0;
1449     } else if (y <-ymax) {
1450       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1451       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1452         return 0;
1453     }
1454     //if (!t.PropagateTo(x)) {
1455     //  return 0;
1456     //}
1457     return 1;
1458   }
1459   //
1460   // update current shape info every 3 pad-row
1461   if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1462     //t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1463     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1464     GetShape(&t,nr);    
1465   }
1466   //  
1467   AliTPCclusterMI *cl=0;
1468   UInt_t index=0;
1469   
1470   
1471   //Int_t nr2 = nr;
1472   if (t.GetClusterIndex2(nr)>0){ 
1473     //
1474     //cl = GetClusterMI(t.GetClusterIndex2(nr));
1475     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1476     cl = t.fClusterPointer[nr];
1477     if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1478     t.fCurrentClusterIndex1 = index; 
1479   }
1480   
1481   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1482   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1483   Double_t  roady  =1.;
1484   Double_t  roadz = 1.;
1485   //
1486   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1487     t.fInDead = kTRUE;
1488     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1489     return 0;
1490   } 
1491   else
1492     {
1493       if (TMath::Abs(z)<(1.05*x+10)) t.fNFoundable++;
1494       else
1495         return 0;
1496     }   
1497   //calculate 
1498   if (cl){
1499     t.fCurrentCluster = cl; 
1500     t.fRow = nr;
1501     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1502     if (fIteration>0) accept =0;
1503     if (accept<3) { 
1504       //if founded cluster is acceptible
1505       UpdateTrack(&t,accept);
1506       return 1;
1507     }    
1508   }
1509
1510   if (krow) {
1511     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);    
1512     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1513     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1514   }  
1515   //  t.fNoCluster++;
1516
1517   if (cl) {
1518     t.fCurrentCluster = cl; 
1519     t.fRow = nr;
1520     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1521     /*    
1522     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1523       //
1524       //     
1525
1526       t.fNShared++;
1527       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1528         t.fRemoval =10;
1529         return 0;
1530       }
1531     }
1532     */
1533     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1534
1535   } else {  
1536     if ( fIteration==0 && t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1537     
1538   }
1539   return 1;
1540 }
1541
1542 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1543   //-----------------------------------------------------------------
1544   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1545   //-----------------------------------------------------------------
1546   //
1547   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1548   Double_t y,z; 
1549   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1550     t.fRemoval = 10;
1551     return 0;
1552   }
1553   //
1554   //
1555   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1556     return 0;
1557     
1558     if (y > ymax) {
1559       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1560       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1561         return 0;
1562     } else if (y <-ymax) {
1563       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1564       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1565         return 0;
1566     }
1567     if (!t.PropagateTo(x)) {
1568       return 0;
1569     } 
1570     t.GetProlongation(x,y,z);
1571   }
1572   //
1573   // update current shape info every 3 pad-row
1574   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1575     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1576     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1577     GetShape(&t,nr);
1578   }
1579   //  
1580   AliTPCclusterMI *cl=0;
1581   UInt_t index=0;
1582   
1583   
1584   //Int_t nr2 = nr;
1585   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1586   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1587   Double_t  roady  =1.;
1588   Double_t  roadz = 1.;
1589   //
1590   Int_t row = nr;
1591   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1592     t.fInDead = kTRUE;
1593     t.SetClusterIndex2(row,-1); 
1594     return 0;
1595   } 
1596   else
1597     {
1598       if (TMath::Abs(z)>(1.05*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1599     }   
1600   //calculate 
1601   
1602   if ((cl==0)&&(krow)) {
1603     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);    
1604     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1605
1606     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1607   }  
1608
1609   if (cl) {
1610     t.fCurrentCluster = cl; 
1611     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);        
1612     //if (accept<3){
1613       t.SetClusterIndex2(row,index);
1614       t.fClusterPointer[row] = cl;
1615       //}
1616   }
1617   return 1;
1618 }
1619
1620
1621
1622 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1623   //-----------------------------------------------------------------
1624   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1625   //-----------------------------------------------------------------
1626   t.fCurrentCluster  = 0;
1627   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;   
1628    
1629   Double_t xt=t.GetX();
1630   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1; 
1631   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1632
1633   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1634   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1635     t.fRemoval =10;
1636     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1637   } 
1638   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1639     t.fRemoval =10;
1640     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1641   }
1642
1643   Double_t x= GetXrow(nr);
1644   Double_t y,z;
1645   //t.PropagateTo(x+0.02);
1646   //t.PropagateTo(x+0.01);
1647   if (!t.PropagateTo(x)){
1648     return 0;
1649   }
1650   //
1651   y=t.GetY();
1652   z=t.GetZ();
1653
1654   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1655     if (y > ymax) {
1656       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1657       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1658         return 0;
1659     } else if (y <-ymax) {
1660       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1661       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1662         return 0;
1663     }
1664     //    if (!t.PropagateTo(x)){
1665     //  return 0;
1666     //}
1667     return 1;
1668     //y = t.GetY();    
1669   }
1670   //
1671
1672   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1673
1674   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1675     t.fInDead = kTRUE;
1676     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1677     return 0;
1678   } 
1679   else
1680     {
1681       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(1.05*t.GetX()+10)) t.fNFoundable++;
1682       else
1683         return 0;      
1684     }
1685
1686   // update current
1687   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1688     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1689     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1690     GetShape(&t,nr);
1691   }
1692     
1693   AliTPCclusterMI *cl=0;
1694   UInt_t index=0;
1695   //
1696   Double_t roady = 1.;
1697   Double_t roadz = 1.;
1698   //
1699
1700   if (!cl){
1701     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1702     if ( (index>0) && (index&0x8000)==0){
1703       cl = t.fClusterPointer[nr];
1704       if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1705       t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1706       if (cl) {
1707         t.fCurrentCluster  = cl;
1708         return 1;
1709       }
1710     }
1711   }
1712
1713   if (krow) {    
1714     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);      
1715     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);      
1716   }
1717
1718   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);   
1719   t.fCurrentCluster  = cl;
1720
1721   return 1;
1722 }
1723
1724
1725 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1726   //-----------------------------------------------------------------
1727   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1728   //-----------------------------------------------------------------
1729
1730   //update error according neighborhoud
1731
1732   if (t.fCurrentCluster) {
1733     t.fRow = nr; 
1734     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1735     
1736     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1737       //
1738       //
1739       //  t.fErrorZ2*=2;
1740       //  t.fErrorY2*=2;
1741       t.fNShared++;
1742       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1743         t.fRemoval =10;
1744         return 0;
1745       }
1746     }   
1747     if (fIteration>0) accept = 0;
1748     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);  
1749  
1750   } else {
1751     if (fIteration==0){
1752       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1753       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1754
1755       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1756     }
1757   }
1758   return 1;
1759 }
1760
1761
1762
1763 //_____________________________________________________________________________
1764 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1765   //-----------------------------------------------------------------
1766   // This function tries to find a track prolongation.
1767   //-----------------------------------------------------------------
1768   Double_t xt=t.GetX();
1769   //
1770   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1771   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1772   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1773   //
1774   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1775     
1776   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1777   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {    
1778     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1779       fSectors = fInnerSec;
1780     else
1781       fSectors = fOuterSec;
1782     if (FollowToNext(t,nr)==0) 
1783       if (!t.IsActive()) return 0;
1784     
1785   }   
1786   return 1;
1787 }
1788
1789
1790 //_____________________________________________________________________________
1791 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1792   //-----------------------------------------------------------------
1793   // This function tries to find a track prolongation.
1794   //-----------------------------------------------------------------
1795   Double_t xt=t.GetX();
1796   //
1797   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1798   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1799   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1800   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1801     
1802   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1803     
1804     if (FollowToNextFast(t,nr)==0) 
1805       if (!t.IsActive()) return 0;
1806     
1807   }   
1808   return 1;
1809 }
1810
1811
1812
1813
1814
1815 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1816   //-----------------------------------------------------------------
1817   // This function tries to find a track prolongation.
1818   //-----------------------------------------------------------------
1819   //  Double_t xt=t.GetX();  
1820   //
1821   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1822   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1823   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1824   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1825     
1826   Int_t first = 0;
1827   first = t.fFirstPoint+3;
1828   //
1829   if (first<0) first=0;
1830   for (Int_t nr=first+1; nr<=rf; nr++) {
1831     //if ( (t.GetSnp()<0.9))
1832     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1833       fSectors = fInnerSec;
1834     else
1835       fSectors = fOuterSec;
1836     FollowToNext(t,nr);                                                             
1837   }   
1838   return 1;
1839 }
1840
1841
1842
1843
1844    
1845 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
1846 {
1847   //
1848   //
1849   sum1=0;
1850   sum2=0;
1851   Int_t sum=0;
1852   //
1853   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1854   dz2*=dz2;  
1855
1856   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
1857   dy2*=dy2;
1858   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
1859   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1860  
1861   //  Int_t offset =0;
1862   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1863   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1864   if (lastpoint>160) 
1865     lastpoint =160;
1866   if (firstpoint<0) 
1867     firstpoint = 0;
1868   if (firstpoint>lastpoint) {
1869     firstpoint =lastpoint;
1870     //    lastpoint  =160;
1871   }
1872     
1873   
1874   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
1875     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
1876     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
1877     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1878       sum++;
1879     }
1880   }
1881   if (sum<5) return 0;
1882
1883   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
1884   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
1885   return ratio;
1886 }
1887
1888 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
1889 {
1890   //
1891   //
1892   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
1893   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
1894
1895   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1896   dz2*=dz2;
1897   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
1898   dy2*=dy2;
1899   Float_t distance = dz2+dy2;
1900   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1901   
1902   //
1903   Int_t sumshared=0;
1904   //
1905   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1906   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1907   //
1908   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
1909
1910   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1911     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1912     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1913       sumshared++;
1914     }
1915   }
1916   if (sumshared>4){
1917     // sign clusters
1918     //
1919     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1920       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1921       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1922         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
1923         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);; 
1924         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
1925           p1->fIsShared = kTRUE;
1926           p2->fIsShared = kTRUE;
1927         }       
1928       }
1929     }
1930   }
1931   //  
1932   if (sumshared>10){
1933     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1934       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
1935         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
1936         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1937         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
1938         break;
1939       } 
1940     }
1941     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1942       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
1943         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
1944         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1945         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
1946         break;
1947       } 
1948     }    
1949   }
1950   
1951 }
1952
1953 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
1954 {
1955   //
1956   //sort trackss according sectors
1957   //  
1958   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
1959     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1960     if (!pt) continue;
1961     //if (pt) RotateToLocal(pt);
1962     pt->fSort = 0;
1963   }
1964   arr->UnSort();
1965   arr->Sort();  // sorting according z
1966   arr->Expand(arr->GetEntries());
1967   //
1968   //
1969   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
1970   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1971     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1972     if (!pt) continue;
1973     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
1974       pt->fOverlapLabels[j] =0;
1975     }
1976   }
1977   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1978     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1979     if (!pt) continue;
1980     if (pt->fRemoval>10) continue;
1981     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
1982       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
1983       //      if (pt2){
1984       if (pt2->fRemoval<=10) {
1985         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
1986         SignShared(pt,pt2);
1987       }
1988     }  
1989   }
1990 }
1991
1992 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
1993 {
1994   //
1995   //sort trackss according sectors
1996   //
1997   if (fDebug&1) {
1998     printf("Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
1999   }
2000   //
2001   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2002     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2003     if (!pt) continue;
2004     pt->fSort = 0;
2005   }
2006   arr->UnSort();
2007   arr->Sort();  // sorting according z
2008   arr->Expand(arr->GetEntries());
2009   //
2010   //reset overlap labels
2011   //
2012   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2013   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2014     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2015     if (!pt) continue;
2016     pt->SetUniqueID(i);
2017     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2018       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2019     }
2020   }
2021   //
2022   //sign shared tracks
2023   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2024     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2025     if (!pt) continue;
2026     if (pt->fRemoval>10) continue;
2027     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
2028     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2029       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2030       //      if (pt2){
2031       if (pt2->fRemoval<=10) {
2032         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2033         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2034         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2035         //
2036         SignShared(pt,pt2);
2037       }
2038     }
2039   }
2040   //
2041   // remove highly shared tracks
2042   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2043     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2044     if (!pt) continue;
2045     if (pt->fRemoval>10) continue;
2046     //
2047     Int_t sumshared =0;
2048     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2049       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];      
2050     }
2051     Float_t factor = factor1;
2052     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2053     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2054       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2055         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2056         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue; 
2057         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;      
2058         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2059         if (!pt2) continue;
2060         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2061           //      pt->fRemoval = removalindex;
2062           delete arr->RemoveAt(i);        
2063           break;
2064         }
2065       }      
2066     }
2067   }
2068   arr->Compress();
2069   if (fDebug&1) {
2070     printf("Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2071   }
2072 }
2073
2074
2075
2076
2077
2078
2079 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode) const
2080 {
2081   //
2082   //sort tracks in array according mode criteria
2083   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();    
2084   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2085     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2086     if (!pt) {
2087       continue;
2088     }
2089     pt->fSort = mode;
2090   }
2091   arr->UnSort();
2092   arr->Sort();
2093 }
2094
2095 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2096 {
2097
2098   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2099   //
2100   //
2101   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2102   Int_t good =0;
2103
2104   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2105     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2106     if (!pt) {
2107       delete arr->RemoveAt(i);
2108     }
2109     else{
2110       pt->fSort =1;
2111       pt->fBSigned = kFALSE;
2112     }
2113   }
2114   arr->Compress();
2115   nseed = arr->GetEntriesFast();
2116   arr->UnSort();
2117   arr->Sort();
2118   //
2119   //unsign used
2120   UnsignClusters();
2121   //
2122   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2123     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2124     if (!pt) {
2125       continue;
2126     }    
2127     Int_t found,foundable,shared;
2128     if (pt->IsActive()) 
2129       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2130     else
2131       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE); 
2132     //
2133     Double_t factor = factor2;
2134     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2135
2136     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2137       pt->Desactivate(removalindex);
2138       continue;
2139     }
2140
2141     good++;
2142     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2143       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2144       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2145       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];        
2146       if (!c) continue;
2147       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2148       //if (pt->IsActive()) 
2149       c->Use(10);  
2150       //else
2151       //        c->Use(5);
2152     }
2153     
2154   }
2155   fNtracks = good;
2156
2157   printf("\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2158 }
2159
2160 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters() 
2161 {
2162   //
2163   // loop over all clusters and unsign them
2164   //
2165   
2166   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2167     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2168       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2169       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2170         //      if (cl[icl].IsUsed(10))         
2171         cl[icl].Use(-1);
2172       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2173       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2174         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2175           cl[icl].Use(-1);      
2176     }
2177   }
2178   
2179   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2180     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2181       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2182       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2183         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2184           cl[icl].Use(-1);
2185       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2186       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2187         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2188         cl[icl].Use(-1);      
2189     }
2190   }
2191   
2192 }
2193
2194
2195
2196 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2197 {
2198   //
2199   //sign clusters to be "used"
2200   //
2201   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2202   // loop over "primaries"
2203   
2204   Float_t sumdens=0;
2205   Float_t sumdens2=0;
2206   Float_t sumn   =0;
2207   Float_t sumn2  =0;
2208   Float_t sumchi =0;
2209   Float_t sumchi2 =0;
2210
2211   Float_t sum    =0;
2212
2213   TStopwatch timer;
2214   timer.Start();
2215
2216   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2217   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2218     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2219     if (!pt) {
2220       continue;
2221     }    
2222     if (!(pt->IsActive())) continue;
2223     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2224     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2225       sumdens += dens;
2226       sumdens2+= dens*dens;
2227       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2228       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2229       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2230       if (chi2>5) chi2=5;
2231       sumchi  +=chi2;
2232       sumchi2 +=chi2*chi2;
2233       sum++;
2234     }
2235   }
2236
2237   Float_t mdensity = 0.9;
2238   Float_t meann    = 130;
2239   Float_t meanchi  = 1;
2240   Float_t sdensity = 0.1;
2241   Float_t smeann    = 10;
2242   Float_t smeanchi  =0.4;
2243   
2244
2245   if (sum>20){
2246     mdensity = sumdens/sum;
2247     meann    = sumn/sum;
2248     meanchi  = sumchi/sum;
2249     //
2250     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2251     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2252     //
2253     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2254     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2255     //
2256     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2257     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2258   }
2259
2260
2261   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2262   //
2263   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2264     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2265     if (!pt) {
2266       continue;
2267     }
2268     if (pt->fBSigned) continue;
2269     if (pt->fBConstrain) continue;    
2270     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2271     /*
2272     Int_t found,foundable,shared;    
2273     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2274     if (shared/float(found)>0.3) {
2275       if (shared/float(found)>0.9 ){
2276         //delete arr->RemoveAt(i);
2277       }
2278       continue;
2279     }
2280     */
2281     Bool_t isok =kFALSE;
2282     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2283       isok = kTRUE;
2284     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2285       isok =kTRUE;
2286     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2287       isok =kTRUE;
2288     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2289       isok =kTRUE;
2290     
2291     if (isok)     
2292       for (Int_t i=0; i<160; i++) {     
2293         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2294         if (index<0) continue;
2295         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2296         if (!c) continue;
2297         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2298         c->Use(10);  
2299       }
2300   }
2301   
2302   
2303   //
2304   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2305
2306   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2307     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2308     if (!pt) {
2309       continue;
2310     }    
2311     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2312     if (pt->fBSigned) continue;
2313     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2314     if (chi>maxchi) continue;
2315
2316     Float_t bfactor=1;
2317     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2318    
2319     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2320     
2321     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue; 
2322     
2323     
2324     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2325     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2326    
2327     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2328     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2329       minn=0;
2330
2331     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2332       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2333       pt->fBSigned = kTRUE;
2334       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2335
2336         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2337         if (index<0) continue;
2338         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2339         if (!c) continue;
2340         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2341         c->Use(10);  
2342       }
2343     }
2344   }
2345   //  gLastCheck = nseed;
2346   //  arr->Compress();
2347   if (fDebug>0){
2348     timer.Print();
2349   }
2350 }
2351
2352
2353 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2) const
2354 {
2355   // stop not active tracks
2356   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2357   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2358   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2359   //
2360   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2361     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2362     if (!pt) {
2363       continue;
2364     }
2365     if (!(pt->IsActive())) continue;
2366     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2367   }
2368 }
2369
2370
2371
2372 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2373  Float_t th2) const
2374 {
2375   // stop not active tracks
2376   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2377   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2378   Int_t sumgood1  = 0;
2379   Int_t sumgood2  = 0;
2380   Int_t foundable = 0;
2381   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2382   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2383     seed->Desactivate(10) ;
2384     return;
2385   }
2386
2387   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2388     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2389     if (index!=-1) foundable++;
2390     //if (!c) continue;
2391     if (foundable<=30) sumgood1++;
2392     if (foundable<=50) {
2393       sumgood2++;
2394     }
2395     else{ 
2396       break;
2397     }        
2398   }
2399   if (foundable>=30.){ 
2400      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2401   }
2402   if (foundable>=50)
2403     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2404 }
2405
2406
2407 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitInward(AliESD *event)
2408 {
2409   //
2410   // back propagation of ESD tracks
2411   //
2412   //return 0;
2413   fEvent = event;
2414   ReadSeeds(event,2);
2415   fIteration=2;
2416   //PrepareForProlongation(fSeeds,1);
2417   PropagateForward2(fSeeds);
2418   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2419   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2420     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2421     seed->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
2422     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2423     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2424     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2425     if (seed->GetNumberOfClusters()>20){
2426       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCrefit);
2427     }
2428     else{
2429       //printf("problem\n");
2430     }
2431   }
2432   fEvent =0;
2433   //WriteTracks();
2434   return 0;
2435 }
2436
2437
2438 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2439 {
2440   //
2441   // back propagation of ESD tracks
2442   //
2443
2444   fEvent = event;
2445   fIteration = 1;
2446   ReadSeeds(event,0);
2447   PropagateBack(fSeeds);
2448   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2449   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2450     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2451     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2452     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2453     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2454     esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2455   }
2456   fEvent =0;
2457   //WriteTracks();
2458   return 0;
2459 }
2460
2461
2462 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2463 {
2464   //
2465   //delete Seeds
2466   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2467   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2468     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2469     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2470   }
2471   delete fSeeds;
2472   fSeeds =0;
2473 }
2474
2475 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event, Int_t direction)
2476 {
2477   //
2478   //read seeds from the event
2479   
2480   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2481   Info("PropagateBack", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2482   if (fSeeds) 
2483     DeleteSeeds();
2484   if (!fSeeds){   
2485     fSeeds = new TObjArray;
2486   }
2487   
2488   //  Int_t ntrk=0;
2489   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2490     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2491     ULong_t status=esd->GetStatus();    
2492     AliTPCtrack t(*esd);
2493     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2494     if ((status==AliESDtrack::kTPCin)&&(direction==1)) seed->ResetCovariance(); 
2495     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) == 0 ) seed->ResetCovariance();
2496
2497     //
2498     //
2499     // rotate to the local coordinate system
2500    
2501     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;
2502     
2503     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2504     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2505     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2506     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2507     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2508     alpha-=seed->GetAlpha();  
2509     if (!seed->Rotate(alpha)) continue;
2510     seed->fEsd = esd;
2511     //
2512     //seed->PropagateTo(fSectors->GetX(0));
2513     //
2514     //    Int_t index = esd->GetTPCindex();
2515     //AliTPCseed * seed2= (AliTPCseed*)fSeeds->At(index);
2516     //if (direction==2){
2517     //  AliTPCseed * seed2  = ReSeed(seed,0.,0.5,1.);
2518     //  if (seed2) {
2519     //  delete seed;
2520     //  seed = seed2;
2521     //  }
2522     //}
2523     
2524     fSeeds->AddLast(seed);
2525   }
2526 }
2527
2528
2529
2530 //_____________________________________________________________________________
2531 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2532                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2533   //-----------------------------------------------------------------
2534   // This function creates track seeds.
2535   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN 
2536   //-----------------------------------------------------------------
2537   // cuts[0]   - fP4 cut
2538   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2539   // cuts[2]   - zvertex cut
2540   // cuts[3]   - fP3 cut
2541   Int_t nin0  = 0;
2542   Int_t nin1  = 0;
2543   Int_t nin2  = 0;
2544   Int_t nin   = 0;
2545   Int_t nout1 = 0;
2546   Int_t nout2 = 0;
2547
2548   Double_t x[5], c[15];
2549   //  Int_t di = i1-i2;
2550   //
2551   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2552   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2553   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2554   //
2555   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2556   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2557   
2558   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2559   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2560
2561   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2562
2563   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2564   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2565   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2566   //
2567   Int_t ns =sec;   
2568
2569   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2570   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2571   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2572
2573   //
2574   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2575   // maximal curvature set to reach it
2576   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2577   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2578     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2579   }
2580   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2581
2582   //  Int_t ddsec = 1;
2583   if (deltay>0) ddsec = 0; 
2584   // loop over clusters  
2585   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2586     //
2587     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2588     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2589     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2590
2591     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2592
2593     // find possible directions    
2594     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3); 
2595     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z      
2596     //
2597     //
2598     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2599     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2600     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2601     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2602     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);            
2603     
2604     //
2605     // loop over 2 sectors
2606     Int_t dsec1=-ddsec;
2607     Int_t dsec2= ddsec;
2608     if (y1<0)  dsec2= 0;
2609     if (y1>0)  dsec1= 0;
2610     
2611     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2612     Double_t dddz2=0;
2613     if ( (z1-z3)>0)
2614       dddz1 =1;    
2615     else
2616       dddz2 =1;
2617     //
2618     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2619       Int_t sec2 = sec + dsec;
2620       // 
2621       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2622       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2623       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2624       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2625       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2626       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2627
2628       // rotation angles to p1-p3
2629       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;            
2630       Double_t x2,   y2,   z2; 
2631       //
2632       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2633
2634       //
2635       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2636       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2637       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2638         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2639         if (kcl->IsUsed(10)) continue;  
2640         //
2641         //calcutate parameters
2642         //      
2643         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2644         // stright track
2645         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2646         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2647         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2648         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;   
2649         //curvature (radius) cut
2650         if (r02<r2min) continue;                
2651        
2652         nin0++; 
2653         //
2654         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2655         if (yy0>0) c0*=-1.;     
2656                
2657        
2658         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2659         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2660         Double_t dfi0   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2661         Double_t dfi1   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);  
2662         //
2663         //
2664         Double_t z0  =  kcl->GetZ();  
2665         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2666         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;       
2667         nin1++;              
2668         //      
2669         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;        
2670         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2671         //
2672         y2 = kcl->GetY(); 
2673         if (dsec==0){
2674           x2 = xx2; 
2675           z2 = kcl->GetZ();       
2676         }
2677         else
2678           {
2679             // rotation 
2680             z2 = kcl->GetZ();  
2681             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
2682             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
2683           }
2684         
2685         x[0] = y1;
2686         x[1] = z1;
2687         x[2] = x0;
2688         x[3] = dip;
2689         x[4] = c0;
2690         //
2691         //
2692         // do we have cluster at the middle ?
2693         Double_t ym,zm;
2694         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
2695         UInt_t dummy; 
2696         AliTPCclusterMI * cm=0;
2697         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){      
2698           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2699           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {        
2700             continue;
2701           }
2702         }
2703         else{     
2704           // rotate y1 to system 0
2705           // get state vector in rotated system 
2706           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
2707           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
2708           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
2709           //
2710           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
2711           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2712             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2713             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {      
2714               continue;
2715             }
2716           }
2717         }
2718        
2719
2720         Double_t dym = 0;
2721         Double_t dzm = 0;
2722         if (cm){
2723           dym = ym - cm->GetY();
2724           dzm = zm - cm->GetZ();
2725         }
2726         nin2++;
2727
2728
2729         //
2730         //
2731         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
2732         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
2733         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
2734         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
2735         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
2736
2737         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2738         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2739         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2740         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2741         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2742         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2743         
2744         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2745         Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2746         Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2747         Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2748         
2749         c[0]=sy1;
2750         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2751         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2752         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2753                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2754         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
2755         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
2756         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
2757         
2758         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
2759         
2760         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
2761         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
2762         
2763         track->fIsSeeding = kTRUE;
2764         track->fSeed1 = i1;
2765         track->fSeed2 = i2;
2766         track->fSeedType=3;
2767
2768        
2769         //if (dsec==0) {
2770           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
2771           Int_t foundable,found,shared;
2772           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
2773           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
2774             seed->Reset();
2775             seed->~AliTPCseed();
2776             continue;
2777           }
2778           //}
2779         
2780         nin++;
2781         FollowProlongation(*track, i2,1);
2782         
2783         
2784         //Int_t rc = 1;
2785         track->fBConstrain =1;
2786         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
2787         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
2788         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
2789         
2790         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
2791             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
2792             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
2793           seed->Reset();
2794           seed->~AliTPCseed();
2795           continue;
2796         }
2797         nout1++;
2798         // Z VERTEX CONDITION
2799         Double_t zv;
2800         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2801           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2802         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
2803           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
2804           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2805             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2806           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
2807             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
2808             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2809               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2810             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
2811               // make seed without constrain
2812               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
2813               FollowProlongation(*track2, i2,1);
2814               track2->fBConstrain = kFALSE;
2815               track2->fSeedType = 1;
2816               arr->AddLast(track2); 
2817               seed->Reset();
2818               seed->~AliTPCseed();
2819               continue;         
2820             }
2821             else{
2822               seed->Reset();
2823               seed->~AliTPCseed();
2824               continue;
2825             
2826             }
2827           }
2828         }
2829         
2830         track->fSeedType =0;
2831         arr->AddLast(track); 
2832         seed = new AliTPCseed;  
2833         nout2++;
2834         // don't consider other combinations
2835         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
2836           break;
2837       }
2838     }
2839   }
2840   if (fDebug>1){
2841     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
2842   }
2843   delete seed;
2844 }
2845
2846
2847 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2848                                  Float_t deltay) {
2849   
2850
2851
2852   //-----------------------------------------------------------------
2853   // This function creates track seeds.
2854   //-----------------------------------------------------------------
2855   // cuts[0]   - fP4 cut
2856   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2857   // cuts[2]   - zvertex cut
2858   // cuts[3]   - fP3 cut
2859
2860
2861   Int_t nin0  = 0;
2862   Int_t nin1  = 0;
2863   Int_t nin2  = 0;
2864   Int_t nin   = 0;
2865   Int_t nout1 = 0;
2866   Int_t nout2 = 0;
2867   Int_t nout3 =0;
2868   Double_t x[5], c[15];
2869   //
2870   // make temporary seed
2871   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2872   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
2873   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2874   //
2875   //
2876
2877   // first 3 padrows
2878   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
2879   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
2880   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2881   //
2882   Double_t x1p = GetXrow(i1);
2883   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
2884   //
2885   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
2886   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
2887
2888   //
2889   //last 3 padrow for seeding
2890   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
2891   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
2892   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;  
2893   //
2894   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
2895   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
2896   //
2897   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
2898   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
2899
2900   //
2901   //
2902   // middle padrow
2903   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
2904   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
2905   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
2906   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2907   //
2908   //
2909   Double_t deltax  = x1-x3;
2910   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
2911   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
2912   //
2913   // loop over clusters  
2914   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2915     //
2916     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2917     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2918     //
2919     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge    
2920     // 
2921     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
2922     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
2923     //    
2924     Double_t y3,   z3;
2925     //
2926     //
2927     UInt_t index;
2928     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2929       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
2930       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2931       y3 = kcl->GetY(); 
2932       // apply angular cuts
2933       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
2934       x3 = x3; 
2935       z3 = kcl->GetZ(); 
2936       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
2937       //
2938       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
2939       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2940       //
2941       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2942       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2943       //
2944       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
2945       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
2946
2947       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
2948       if (!kcm) continue;
2949       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
2950       
2951       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2952       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2953       //
2954       //
2955       //
2956       Int_t used  =0;
2957       Int_t found =0;
2958       //
2959       // look around first
2960       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
2961                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
2962                                                       erry,errz,index);
2963       //
2964       if (kc1m){
2965         found++;
2966         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
2967       }
2968       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
2969                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
2970                                                       erry,errz,index);
2971       //
2972       if (kc1p){
2973         found++;
2974         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
2975       }
2976       if (used>1)  continue;
2977       if (found<1) continue; 
2978
2979       //
2980       // look around last
2981       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
2982                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
2983                                                       erry,errz,index);
2984       //
2985       if (kc3m){
2986         found++;
2987         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
2988       }
2989       else 
2990         continue;
2991       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
2992                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
2993                                                       erry,errz,index);
2994       //
2995       if (kc3p){
2996         found++;
2997         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
2998       }
2999       else 
3000         continue;
3001       if (used>1)  continue;
3002       if (found<3) continue;       
3003       //
3004       Double_t x2,y2,z2;
3005       x2 = xm;
3006       y2 = kcm->GetY();
3007       z2 = kcm->GetZ();
3008       //
3009                         
3010       x[0]=y1;
3011       x[1]=z1;
3012       x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3013       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
3014       nin0++;
3015       //
3016       x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3017       nin1++;
3018       //
3019       x[3]=F3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
3020       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3021       nin2++;
3022       //
3023       //
3024       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
3025       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
3026       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
3027       
3028       Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3029       Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3030       Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3031       Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3032       Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3033       Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3034       
3035       Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3036       Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3037       Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3038       Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3039       
3040       c[0]=sy1;
3041       c[1]=0.;       c[2]=sz1; 
3042       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3043       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3044       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3045       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3046       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3047       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3048       
3049       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3050       
3051       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3052       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3053       
3054       track->fIsSeeding = kTRUE;
3055
3056       nin++;      
3057       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
3058       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 || 
3059           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
3060         seed->Reset();
3061         seed->~AliTPCseed();
3062         continue;
3063       }
3064       nout1++;
3065       nout2++;  
3066       //Int_t rc = 1;
3067       FollowProlongation(*track, i2,1);
3068       track->fBConstrain =0;
3069       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3070       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3071       
3072       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3073           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 || 
3074           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3075         seed->Reset();
3076         seed->~AliTPCseed();
3077         continue;
3078       }
3079    
3080       {
3081         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3082         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3083         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3084         track2->fBConstrain = kFALSE;
3085         track2->fSeedType = 4;
3086         arr->AddLast(track2); 
3087         seed->Reset();
3088         seed->~AliTPCseed();
3089       }
3090       
3091    
3092       //arr->AddLast(track); 
3093       //seed = new AliTPCseed;  
3094       nout3++;
3095     }
3096   }
3097   
3098   if (fDebug>1){
3099     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3100   }
3101   delete seed;
3102 }
3103
3104
3105 //_____________________________________________________________________________
3106 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3107                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3108   //-----------------------------------------------------------------
3109   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3110   //-----------------------------------------------------------------
3111   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3112   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3113   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied 
3114   // cuts[3]   - fP3 cut
3115   Int_t nin0=0;
3116   Int_t nin1=0;
3117   Int_t nin2=0;
3118   Int_t nin3=0;
3119   //  Int_t nin4=0;
3120   //Int_t nin5=0;
3121
3122   
3123
3124   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3125   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3126   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3127   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3128   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3129   AliTPCRow * kr=0;
3130
3131   AliTPCpolyTrack polytrack;
3132   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3133   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3134
3135   Int_t sumused=0;
3136   Int_t cused=0;
3137   Int_t cnused=0;
3138   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3139     Int_t nfound =0;
3140     Int_t nfoundable =0;
3141     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3142       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3143       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];      
3144       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3145       
3146       if (cl->IsUsed(10)) {
3147         cused++;
3148       }
3149       else{
3150         cnused++;
3151       }
3152       Double_t x = kr0.GetX();
3153       // Initialization of the polytrack
3154       nfound =0;
3155       nfoundable =0;
3156       polytrack.Reset();
3157       //
3158       Double_t y0= cl->GetY();
3159       Double_t z0= cl->GetZ();
3160       Float_t erry = 0;
3161       Float_t errz = 0;
3162       
3163       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3164       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3165       
3166       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3167       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3168       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3169
3170       sumused=0;
3171       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3172
3173
3174       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3175       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3176       //
3177       x = krm.GetX();
3178       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3179       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3180         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;          
3181         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3182         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3183         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3184       }
3185       //
3186       x = krp.GetX();
3187       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3188       if (cl2) {
3189         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;          
3190         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3191         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;  
3192         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3193       }
3194       //
3195       if (sumused>0) continue;
3196       nin0++;
3197       polytrack.UpdateParameters();
3198       // follow polytrack
3199       roadz = 1.2;
3200       roady = 1.2;
3201       //
3202       Double_t yn,zn;
3203       nfoundable = polytrack.GetN();
3204       nfound     = nfoundable; 
3205       //
3206       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3207         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3208         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3209           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3210           kr = &(fSectors[sec][row]);
3211           Double_t xn = kr->GetX();
3212           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3213           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3214           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3215           nfoundable++;
3216           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3217           if (cln) {
3218             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3219             if (dist<maxdist){
3220               /*
3221               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));         
3222               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3223               if (cln->IsUsed(10)) {
3224                 //      printf("used\n");
3225                 sumused++;
3226                 erry*=2;
3227                 errz*=2;
3228               }
3229               */
3230               erry=0.1;
3231               errz=0.1;
3232               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3233               nfound++;
3234             }
3235           }
3236         }
3237         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;     
3238         polytrack.UpdateParameters();
3239       }           
3240     }
3241     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3242       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3243       continue;
3244     }
3245     nin1++;
3246     Double_t dy,dz;
3247     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3248     AliTPCpolyTrack track2;
3249     
3250     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3251     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3252     nin2++;
3253
3254     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3255       //
3256       // test seed with and without constrain
3257       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3258         // add polytrack candidate
3259
3260         Double_t x[5], c[15];
3261         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3262         track2.GetBoundaries(x3,x1);    
3263         x2 = (x1+x3)/2.;
3264         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3265         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3266         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3267         //
3268         //is track pointing to the vertex ?
3269         Double_t x0,y0,z0;
3270         x0=0;
3271         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3272
3273         if (constrain) {
3274           x2 = x3;
3275           y2 = y3;
3276           z2 = z3;
3277           
3278           x3 = 0;
3279           y3 = 0;
3280           z3 = 0;
3281         }
3282         x[0]=y1;
3283         x[1]=z1;
3284         x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3285                 
3286         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3287         x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3288         
3289         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3290         //x[3]=F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3291         x[3]=F3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3292         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3293
3294         
3295         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3296         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3297         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3298         Double_t sy3=0.02;
3299
3300         if (constrain){
3301           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3302         }
3303         
3304         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3305         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3306         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3307         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3308         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3309         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3310
3311         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3312         Double_t f31=(F3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3313         Double_t f32=(F3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3314         Double_t f34=(F3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3315
3316         
3317         c[0]=sy1;
3318         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3319         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3320         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3321         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3322         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3323         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3324         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3325         
3326         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3327         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3328
3329         UInt_t index=0;
3330         //kr0.GetIndex(is);
3331         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3332         track->fIsSeeding = kTRUE;
3333         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);        
3334         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3335         else
3336           track->fBConstrain =0;
3337         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3338         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3339
3340         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3341             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
3342             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3343           //delete track;
3344           seed->Reset();
3345           seed->~AliTPCseed();
3346         }
3347         else {
3348           arr->AddLast(track);
3349           seed = new AliTPCseed;
3350         }
3351         nin3++;
3352       }
3353     }  // if accepted seed
3354   }
3355   if (fDebug>1){
3356     printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3357   }
3358   delete seed;
3359 }
3360
3361
3362 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3363 {
3364   //
3365   //
3366   //reseed using track points
3367   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0 
3368   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3369   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3370   Int_t pp2=0;
3371   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3372   x0[0]=-1;
3373   x0[0]=-1;
3374   x0[0]=-1;
3375
3376   // find track position at given ratio of the length
3377   Int_t  sec0, sec1, sec2;
3378   sec0=0;
3379   sec1=0;
3380   sec2=0;
3381   Int_t index=-1;
3382   Int_t clindex;
3383   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3384     if (track->fClusterPointer[i]){
3385       index++;
3386       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3387       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3388         if (trpoint->GetX()>1){
3389           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3390           if (clindex>0){       
3391             x0[0] = trpoint->GetX();
3392             x0[1] = trpoint->GetY();
3393             x0[2] = trpoint->GetZ();
3394             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3395           }
3396         }
3397       }
3398
3399       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3400         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3401         if (clindex>0){
3402           x1[0] = trpoint->GetX();
3403           x1[1] = trpoint->GetY();
3404           x1[2] = trpoint->GetZ();
3405           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3406         }
3407       }
3408       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3409         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3410         if (clindex>0){
3411           x2[0] = trpoint->GetX();
3412           x2[1] = trpoint->GetY();
3413           x2[2] = trpoint->GetZ(); 
3414           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3415           pp2 = i;
3416         }
3417       }
3418     }
3419   }
3420   
3421   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3422   //
3423   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3424   cs = TMath::Cos(alpha);
3425   sn = TMath::Sin(alpha); 
3426   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3427   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3428   x1[0] = xx2;
3429   x1[1] = yy2;
3430   //
3431   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3432   cs = TMath::Cos(alpha);
3433   sn = TMath::Sin(alpha); 
3434   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3435   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3436   x0[0] = xx2;
3437   x0[1] = yy2;
3438   //
3439   //
3440   //
3441   Double_t x[5],c[15];
3442   //
3443   x[0]=x2[1];
3444   x[1]=x2[2];
3445   x[4]=F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3446   //  if (x[4]>1) return 0;
3447   x[2]=F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3448   x[3]=F3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3449   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3450   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3451   //  
3452   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3453   //
3454   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3455   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3456   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3457   //
3458   Double_t f40=(F1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3459   Double_t f42=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3460   Double_t f43=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3461   Double_t f20=(F2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3462   Double_t f22=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3463   Double_t f23=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3464   //
3465   Double_t f30=(F3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3466   Double_t f31=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3467   Double_t f32=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3468   Double_t f34=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3469   
3470   
3471   c[0]=sy1;
3472   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3473   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3474   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3475   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3476   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3477   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3478   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3479   
3480   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3481   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3482   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3483   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3484   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3485   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3486   //  seed =0;
3487   seed->fLastPoint  = pp2;
3488   seed->fFirstPoint = pp2;
3489   
3490
3491   return seed;
3492 }
3493
3494
3495 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3496 {
3497   //
3498   //
3499   //reseed using founded clusters 
3500   //
3501   // Find the number of clusters
3502   Int_t nclusters = 0;
3503   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3504     if (track->GetClusterIndex(irow)>0) nclusters++;
3505   }
3506   //
3507   Int_t ipos[3];
3508   ipos[0] = TMath::Max(int(r0*nclusters),0);             // point 0 cluster
3509   ipos[1] = TMath::Min(int(r1*nclusters),nclusters-1);   // 
3510   ipos[2] = TMath::Min(int(r2*nclusters),nclusters-1);   // last point
3511   //
3512   //
3513   Double_t  xyz[3][3];
3514   Int_t     row[3],sec[3]={0,0,0};
3515   //
3516   // find track row position at given ratio of the length
3517   Int_t index=-1;
3518   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){    
3519     if (track->GetClusterIndex2(irow)<0) continue;
3520     index++;
3521     for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3522       if (index<=ipos[ipoint]) row[ipoint] = irow;
3523     }        
3524   }
3525   //
3526   //Get cluster and sector position
3527   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3528     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3529     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3530     if (cl==0) {
3531       printf("Bug\n");
3532       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3533       return 0;
3534     }
3535     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3536     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3537     xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3538     xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3539   }
3540   //
3541   //
3542   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3543
3544   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3545   //
3546   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3547   cs = TMath::Cos(alpha);
3548   sn = TMath::Sin(alpha); 
3549   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3550   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3551   xyz[1][0] = xx2;
3552   xyz[1][1] = yy2;
3553   //
3554   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3555   cs = TMath::Cos(alpha);
3556   sn = TMath::Sin(alpha); 
3557   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3558   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3559   xyz[0][0] = xx2;
3560   xyz[0][1] = yy2;
3561   //
3562   //
3563   //
3564   Double_t x[5],c[15];
3565   //
3566   x[0]=xyz[2][1];
3567   x[1]=xyz[2][2];
3568   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3569   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3570   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3571   //  
3572   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3573   //
3574   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3575   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3576   Double_t sy3=0.2;
3577   //
3578   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3579   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3580   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3581   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3582   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3583   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3584   //
3585   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3586   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3587   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3588   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3589   
3590   
3591   c[0]=sy1;
3592   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3593   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3594   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3595   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3596   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3597   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3598   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3599   
3600   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3601   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3602   seed->fLastPoint  = row[2];
3603   seed->fFirstPoint = row[2];  
3604   return seed;
3605 }
3606
3607 Int_t  AliTPCtrackerMI::CheckKinkPoint(AliTPCseed*seed, Float_t th)
3608 {
3609   //
3610   //
3611   // 
3612   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3613   //
3614   if (TMath::Abs(seed->GetC())>0.01) return 0;
3615   //
3616
3617   Float_t x[160], y[160], erry[160], z[160], errz[160];
3618   Int_t sec[160];
3619   Float_t xt[160], yt[160], zt[160];
3620   Int_t i1 = 200;
3621   Int_t i2 = 0;
3622   Int_t secm   = -1;
3623   Int_t padm   = -1;
3624   Int_t middle = seed->GetNumberOfClusters()/2;
3625   //
3626   //
3627   // find central sector, get local cooordinates
3628   Int_t count = 0;
3629   for (Int_t i=seed->fFirstPoint;i<=seed->fLastPoint;i++) {
3630     sec[i]= seed->GetClusterSector(i)%18;
3631     x[i]  = GetXrow(i);  
3632     if (sec[i]>=0) {
3633       AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3634       //      if (cl==0)        cl = GetClusterMI(seed->GetClusterIndex2(i));
3635       if (cl==0) {
3636         sec[i] = -1;
3637         continue;
3638       }
3639       //
3640       //
3641       if (i>i2)  i2 = i;  //last  point with cluster
3642       if (i2<i1) i1 = i;  //first point with cluster
3643       y[i] = cl->GetY();
3644       z[i] = cl->GetZ();
3645       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3646       xt[i] = x[i];
3647       yt[i] = point->GetY();
3648       zt[i] = point->GetZ();
3649   
3650       if (point->GetX()>0){
3651         erry[i] = point->GetErrY();
3652         errz[i] = point->GetErrZ();     
3653       }
3654
3655       count++;
3656       if (count<middle) {
3657         secm = sec[i];  //central sector
3658         padm = i;       //middle point with cluster
3659       }
3660     }
3661   }
3662   //
3663   // rotate position to global coordinate system connected to  sector at last the point
3664   //
3665   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3666     //    
3667     if (sec[i]<0) continue;
3668     Double_t alpha = (sec[i2]-sec[i])*fSectors->GetAlpha();
3669     Double_t cs = TMath::Cos(alpha);
3670     Double_t sn = TMath::Sin(alpha);    
3671     Float_t xx2= x[i]*cs+y[i]*sn;
3672     Float_t yy2= -x[i]*sn+y[i]*cs;
3673     x[i] = xx2;
3674     y[i] = yy2;    
3675     //
3676     xx2= xt[i]*cs+yt[i]*sn;
3677     yy2= -xt[i]*sn+yt[i]*cs;
3678     xt[i] = xx2;
3679     yt[i] = yy2;    
3680
3681   }
3682   //get "state" vector
3683   Double_t xh[5],xm = x[padm];  
3684   xh[0]=yt[i2];
3685   xh[1]=zt[i2];
3686   xh[4]=F1(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);  
3687   xh[2]=F2(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);
3688   xh[3]=F3n(xt[i2],yt[i2],xt[i1],yt[i1],zt[i2],zt[i1],xh[4]);
3689   //
3690   //
3691   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3692     Double_t yy,zz;
3693     if (sec[i]<0) continue;    
3694     GetProlongation(x[i2], x[i],xh,yy,zz);
3695     if (TMath::Abs(y[i]-yy)>4||TMath::Abs(z[i]-zz)>4){
3696       //Double_t xxh[5];
3697       //xxh[4]=F1old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);  
3698       //xxh[2]=F2old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);
3699       printf("problem\n");
3700     }
3701     y[i] = y[i] - yy;
3702     z[i] = z[i] - zz;
3703   }
3704   Float_t dyup[160],dydown[160], dzup[160], dzdown[160];
3705   Float_t yup[160], ydown[160],  zup[160],  zdown[160];
3706  
3707   AliTPCpolyTrack ptrack1,ptrack2;
3708   //
3709   // derivation up
3710   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3711     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3712     if (!cl) continue;
3713     if (cl->GetType()<0) continue;
3714     if (cl->GetType()>10) continue;
3715
3716     if (sec[i]>=0){
3717       ptrack1.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3718     }
3719     if (ptrack1.GetN()>4.){
3720       ptrack1.UpdateParameters();
3721       Double_t ddy,ddz;
3722       ptrack1.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3723       Double_t yy,zz;
3724       ptrack1.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3725
3726       dyup[i] = ddy;
3727       dzup[i] = ddz;
3728       yup[i]  = yy;
3729       zup[i]  = zz;
3730
3731     }
3732     else{
3733       dyup[i]=0.;  //not enough points
3734     }
3735   }
3736   //
3737   // derivation down
3738   for (Int_t i=i2;i>=i1;i--){
3739     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3740     if (!cl) continue;
3741     if (cl->GetType()<0) continue;
3742     if (cl->GetType()>10) continue;
3743     if (sec[i]>=0){
3744       ptrack2.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3745     }
3746     if (ptrack2.GetN()>4){
3747       ptrack2.UpdateParameters();
3748       Double_t ddy,ddz;
3749       ptrack2.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3750       Double_t yy,zz;
3751       ptrack2.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3752
3753       dydown[i] = ddy;
3754       dzdown[i] = ddz;
3755       ydown[i]  = yy;
3756       zdown[i]  = zz;
3757     }
3758     else{
3759       dydown[i]=0.;  //not enough points
3760     }
3761   }
3762   //
3763   //
3764   // find maximal difference of the derivation
3765   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3766
3767
3768   for (Int_t i=i1+10;i<i2-10;i++){
3769     if ( (TMath::Abs(dydown[i])<0.00000001)  ||  (TMath::Abs(dyup[i])<0.00000001) ||i<30)continue;
3770     //    printf("%f\t%f\t%f\t%f\t%f\n",x[i],dydown[i],dyup[i],dzdown[i],dzup[i]);
3771     //
3772     Float_t ddy = TMath::Abs(dydown[i]-dyup[i]);
3773     Float_t ddz = TMath::Abs(dzdown[i]-dzup[i]);    
3774     if ( (ddy+ddz)> th){
3775       seed->fKinkPoint[0] = i;
3776       seed->fKinkPoint[1] = ddy;
3777       seed->fKinkPoint[2] = ddz;
3778       th = ddy+ddz;      
3779     }
3780   }
3781
3782   if (fTreeDebug){
3783     //
3784     //write information to the debug tree
3785     TBranch * br = fTreeDebug->GetBranch("debug");
3786     TClonesArray * arr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2");
3787     arr->ExpandCreateFast(i2-i1);
3788     br->SetAddress(&arr);
3789     //
3790     AliTPCclusterMI cldummy;
3791     cldummy.SetQ(0);
3792     AliTPCTrackPoint2 pdummy;
3793     pdummy.GetTPoint().fIsShared = 10;
3794     //
3795     Double_t alpha = sec[i2]*fSectors->GetAlpha();
3796     Double_t cs    = TMath::Cos(alpha);
3797     Double_t sn    = TMath::Sin(alpha);    
3798
3799     for (Int_t i=i1;i<i2;i++){
3800       AliTPCTrackPoint2 *trpoint = (AliTPCTrackPoint2*)arr->UncheckedAt(i-i1);
3801       //cluster info
3802       AliTPCclusterMI * cl0 = seed->fClusterPointer[i];
3803       //      
3804       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3805       
3806       if (cl0){
3807         Double_t x = GetXrow(i);
3808         trpoint->GetTPoint() = *point;
3809         trpoint->GetCPoint() = *cl0;
3810         trpoint->GetCPoint().SetQ(TMath::Abs(cl0->GetQ()));
3811         trpoint->fID    = seed->GetUniqueID();
3812         trpoint->fLab   = seed->GetLabel();
3813         //
3814         trpoint->fGX =  cs *x + sn*point->GetY();
3815         trpoint->fGY = -sn *x + cs*point->GetY() ;
3816         trpoint->fGZ = point->GetZ();
3817         //
3818         trpoint->fDY = y[i];
3819         trpoint->fDZ = z[i];
3820         //
3821         trpoint->fDYU = dyup[i];
3822         trpoint->fDZU = dzup[i];
3823         //
3824         trpoint->fDYD = dydown[i];
3825         trpoint->fDZD = dzdown[i];
3826         //
3827         if (TMath::Abs(dyup[i])>0.00000000001 &&TMath::Abs(dydown[i])>0.00000000001){
3828           trpoint->fDDY = dydown[i]-dyup[i];
3829           trpoint->fDDZ = dzdown[i]-dzup[i];
3830         }else{
3831           trpoint->fDDY = 0.;
3832           trpoint->fDDZ = 0.;
3833         }       
3834       }
3835       else{
3836         *trpoint = pdummy;
3837         trpoint->GetCPoint()= cldummy;
3838         trpoint->fID = -1;
3839       }
3840       //     
3841     }
3842     fTreeDebug->Fill();
3843   }
3844   
3845   
3846   return 0;
3847   
3848 }
3849
3850
3851
3852
3853
3854 AliTPCseed*  AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *t)
3855 {
3856   //
3857   // reseed - refit -  track
3858   //
3859   Int_t first = 0;
3860   //  Int_t last  = fSectors->GetNRows()-1;
3861   //
3862   if (fSectors == fOuterSec){
3863     first = TMath::Max(first, t->fFirstPoint-fInnerSec->GetNRows());
3864     //last  = 
3865   }
3866   else
3867     first = t->fFirstPoint;
3868   //
3869   AliTPCseed * seed = MakeSeed(t,0.1,0.5,0.9);
3870   FollowBackProlongation(*t,fSectors->GetNRows()-1);
3871   t->Reset(kFALSE);
3872   FollowProlongation(*t,first);
3873   return seed;
3874 }
3875
3876
3877
3878
3879
3880
3881
3882 //_____________________________________________________________________________
3883 Int_t AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(const TFile *inp) {
3884   //-----------------------------------------------------------------
3885   // This function reades track seeds.
3886   //-----------------------------------------------------------------
3887   TDirectory *savedir=gDirectory; 
3888
3889   TFile *in=(TFile*)inp;
3890   if (!in->IsOpen()) {
3891      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): input file is not open !\n";
3892      return 1;
3893   }
3894
3895   in->cd();
3896   TTree *seedTree=(TTree*)in->Get("Seeds");
3897   if (!seedTree) {
3898      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): ";
3899      cerr<<"can't get a tree with track seeds !\n";
3900      return 2;
3901   }
3902   AliTPCtrack *seed=new AliTPCtrack; 
3903   seedTree->SetBranchAddress("tracks",&seed);
3904   
3905   if (fSeeds==0) fSeeds=new TObjArray(15000);
3906
3907   Int_t n=(Int_t)seedTree->GetEntries();
3908   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
3909      seedTree->GetEvent(i);
3910      fSeeds->AddLast(new AliTPCseed(*seed,seed->GetAlpha()));
3911   }
3912   
3913   delete seed;
3914   delete seedTree; 
3915   savedir->cd();
3916   return 0;
3917 }
3918
3919 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks (AliESD *esd)
3920 {
3921   //
3922   fEvent = esd;
3923   Clusters2Tracks();
3924   if (!fSeeds) return 1;
3925   FillESD(fSeeds);
3926   return 0;
3927   //
3928 }
3929
3930
3931 //_____________________________________________________________________________
3932 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks() {
3933   //-----------------------------------------------------------------
3934   // This is a track finder.
3935   //-----------------------------------------------------------------
3936   TDirectory *savedir=gDirectory; 
3937   TStopwatch timer;
3938
3939   fIteration = 0;
3940   fSeeds = Tracking();
3941
3942
3943   printf("Time for tracking: \t");timer.Print();timer.Start();
3944
3945   //activate again some tracks
3946   for (Int_t i=0; i<fSeeds->GetEntriesFast(); i++) {
3947     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3948     if (!pt) continue;    
3949     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3950     if (nc<20) {
3951       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3952       continue;
3953     }
3954     if (pt->fRemoval==10) {
3955       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
3956         pt->Desactivate(10);  // make track again active
3957       else{
3958         pt->Desactivate(20);    
3959         delete fSeeds->RemoveAt(i);
3960       }
3961     } 
3962   }
3963   RemoveDouble(fSeeds,0.2,0.6,11);
3964   RemoveUsed(fSeeds,0.5,0.5,6);
3965
3966   //
3967   Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3968   Int_t found = 0;
3969   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3970     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3971     if (!pt) continue;    
3972     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3973     if (nc<15) {
3974       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3975       continue;
3976     }
3977     CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
3978     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
3979     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
3980       cerr<<found++<<'\r';      
3981       pt->fLab2 = i;
3982     }
3983     else
3984       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3985   }
3986
3987   
3988   //RemoveOverlap(fSeeds,0.99,7,kTRUE);  
3989   SignShared(fSeeds);  
3990   //RemoveUsed(fSeeds,0.9,0.9,6);
3991   // 
3992   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3993   found = 0;
3994   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3995     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3996     if (!pt) continue;    
3997     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3998     if (nc<15) {
3999       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4000       continue;
4001     }
4002     t.SetUniqueID(i);
4003     t.CookdEdx(0.02,0.6);
4004     //    CheckKinkPoint(&t,0.05);
4005     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
4006     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
4007       cerr<<found++<<'\r';      
4008       pt->fLab2 = i;
4009     }
4010     else
4011       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4012     //AliTPCseed * seed1 = ReSeed(pt,0.05,0.5,1);
4013     //if (seed1){
4014     //  FollowProlongation(*seed1,0);
4015     //  Int_t n = seed1->GetNumberOfClusters();
4016     //  printf("fP4\t%f\t%f\n",seed1->GetC(),pt->GetC());
4017     //  printf("fN\t%d\t%d\n", seed1->GetNumberOfClusters(),pt->GetNumberOfClusters());
4018     //
4019     //}
4020     //AliTPCseed * seed2 = ReSeed(pt,0.95,0.5,0.05);
4021     
4022   }
4023
4024   SortTracks(fSeeds, 1);
4025   
4026   /*    
4027   fIteration = 1;
4028   PrepareForBackProlongation(fSeeds,5.);
4029   PropagateBack(fSeeds);
4030   printf("Time for back propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
4031   
4032   fIteration = 2;
4033   
4034   PrepareForProlongation(fSeeds,5.);
4035   PropagateForward2(fSeeds);
4036    
4037   printf("Time for FORWARD propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
4038   // RemoveUsed(fSeeds,0.7,0.7,6);
4039   //RemoveOverlap(fSeeds,0.9,7,kTRUE);
4040    
4041   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
4042   found = 0;
4043   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4044     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
4045     if (!pt) continue;    
4046     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
4047     if (nc<15) {
4048       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4049       continue;
4050     }
4051     t.CookdEdx(0.02,0.6);
4052     //    CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
4053     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
4054     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
4055       cerr<<found++<<'\r';      
4056     }
4057     else
4058       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4059     pt->fLab2 = i;
4060   }
4061   */
4062  
4063   //  fNTracks = found;
4064   printf("Time for overlap removal, track writing and dedx cooking: \t"); timer.Print();timer.Start();
4065   //
4066   cerr<<"Number of found tracks : "<<"\t"<<found<<endl;  
4067   savedir->cd();
4068   //  UnloadClusters();
4069   //  
4070   return 0;
4071 }
4072
4073 void AliTPCtrackerMI::Tracking(TObjArray * arr)
4074 {
4075   //
4076   // tracking of the seeds
4077   //
4078
4079   fSectors = fOuterSec;
4080   ParallelTracking(arr,150,63);
4081   fSectors = fOuterSec;
4082   ParallelTracking(arr,63,0);
4083 }
4084
4085 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking(Int_t seedtype, Int_t i1, Int_t i2, Float_t cuts[4], Float_t dy, Int_t dsec)
4086 {
4087   //
4088   //
4089   //tracking routine
4090   TObjArray * arr = new TObjArray;
4091   // 
4092   fSectors = fOuterSec;
4093   TStopwatch timer;
4094   timer.Start();
4095   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
4096     if (seedtype==3) MakeSeeds3(arr,sec,i1,i2,cuts,dy, dsec);
4097     if (seedtype==4) MakeSeeds5(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);    
4098     if (seedtype==2) MakeSeeds2(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
4099   }
4100   if (fDebug>0){
4101     printf("\nSeeding - %d\t%d\t%d\t%d\n",seedtype,i1,i2,arr->GetEntriesFast());
4102     timer.Print();
4103     timer.Start();
4104   }
4105   Tracking(arr);  
4106   if (fDebug>0){
4107     timer.Print();
4108   }
4109
4110   return arr;
4111 }
4112
4113 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking()
4114 {
4115   //
4116   //
4117   TStopwatch timer;
4118   timer.Start();
4119   Int_t nup=fOuterSec->GetNRows()+fInnerSec->GetNRows();
4120
4121   TObjArray * seeds = new TObjArray;
4122   TObjArray * arr=0;
4123   
4124   Int_t gap =20;
4125   Float_t cuts[4];
4126   cuts[0] = 0.002;
4127   cuts[1] = 1.5;
4128   cuts[2] = 3.;
4129   cuts[3] = 3.;
4130   Float_t fnumber  = 3.0;
4131   Float_t fdensity = 3.0;
4132   
4133   //  
4134   //find primaries  
4135   cuts[0]=0.0066;
4136   for (Int_t delta = 0; delta<18; delta+=6){
4137     //
4138     cuts[0]=0.0070;
4139     cuts[1] = 1.5;
4140     arr = Tracking(3,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1,1);
4141     SumTracks(seeds,arr);   
4142     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity); 
4143     //
4144     for (Int_t i=2;i<6;i+=2){
4145       // seed high pt tracks
4146       cuts[0]=0.0022;
4147       cuts[1]=0.3;
4148       arr = Tracking(3,nup-i-delta,nup-i-delta-gap,cuts,-1,0);
4149       SumTracks(seeds,arr);   
4150       SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);        
4151     }
4152   }
4153   fnumber  = 4;
4154   fdensity = 4.;
4155   //  RemoveUsed(seeds,0.9,0.9,1);
4156   //  UnsignClusters();
4157   //  SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);    
4158
4159   //find primaries  
4160   cuts[0]=0.0077;
4161   for (Int_t delta = 20; delta<120; delta+=10){
4162     //
4163     // seed high pt tracks
4164     cuts[0]=0.0060;
4165     cuts[1]=0.3;
4166     cuts[2]=6.;
4167     arr = Tracking(3,nup-delta,nup-delta-gap,cuts,-1);
4168     SumTracks(seeds,arr);   
4169     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);            
4170
4171     cuts[0]=0.003;
4172     cuts[1]=0.3;
4173     cuts[2]=6.;
4174     arr = Tracking(3,nup-delta-5,nup-delta-5-gap,cuts,-1);
4175     SumTracks(seeds,arr);   
4176     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);            
4177   }
4178
4179   cuts[0] = 0.01;
4180   cuts[1] = 2.0;
4181   cuts[2] = 3.;
4182   cuts[3] = 2.0;
4183   fnumber  = 2.;
4184   fdensity = 2.;
4185   
4186   if (fDebug>0){
4187     printf("\n\nPrimary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4188     timer.Print();
4189     timer.Start();
4190   }
4191   //  RemoveUsed(seeds,0.75,0.75,1);
4192   //UnsignClusters();
4193   //SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4194   
4195   // find secondaries
4196
4197   cuts[0] = 0.3;
4198   cuts[1] = 1.5;
4199   cuts[2] = 3.;
4200   cuts[3] = 1.5;
4201
4202   arr = Tracking(4,nup-1,nup-1-gap,cuts,-1);
4203   SumTracks(seeds,arr);   
4204   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4205   //
4206   arr = Tracking(4,nup-2,nup-2-gap,cuts,-1);
4207   SumTracks(seeds,arr);   
4208   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4209   //
4210   arr = Tracking(4,nup-3,nup-3-gap,cuts,-1);
4211   SumTracks(seeds,arr);   
4212   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4213   //
4214
4215
4216   for (Int_t delta = 3; delta<30; delta+=5){
4217     //
4218     cuts[0] = 0.3;
4219     cuts[1] = 1.5;
4220     cuts[2] = 3.;
4221     cuts[3] = 1.5;
4222     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4223     SumTracks(seeds,arr);   
4224     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4225     //
4226     arr = Tracking(4,nup-3-delta,nup-5-delta-gap,cuts,4);
4227     SumTracks(seeds,arr);   
4228     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity); 
4229     //
4230   } 
4231   fnumber  = 1;
4232   fdensity = 1;
4233   //
4234   // change cuts
4235   fnumber  = 2.;
4236   fdensity = 2.;
4237   cuts[0]=0.0080;
4238
4239   // find secondaries
4240   for (Int_t delta = 30; delta<70; delta+=10){
4241     //
4242     cuts[0] = 0.3;
4243     cuts[1] = 1.5;
4244     cuts[2] = 3.;
4245     cuts[3] = 1.5;
4246     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4247     SumTracks(seeds,arr);   
4248     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4249     //
4250     arr = Tracking(4,nup-5-delta,nup-5-delta-gap,cuts,5 );
4251     SumTracks(seeds,arr);   
4252     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4253   }
4254  
4255   if (fDebug>0){
4256     printf("\n\nSecondary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4257     timer.Print();
4258     timer.Start();
4259   }
4260
4261   return seeds;
4262   //
4263       
4264 }
4265
4266
4267 void AliTPCtrackerMI::SumTracks(TObjArray *arr1,TObjArray *arr2) const
4268 {
4269   //
4270   //sum tracks to common container
4271   //remove suspicious tracks
4272   Int_t nseed = arr2->GetEntriesFast();
4273   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4274     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr2->UncheckedAt(i);    
4275     if (pt){
4276       
4277       // NORMAL ACTIVE TRACK
4278       if (pt->IsActive()){
4279         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4280         continue;
4281       }
4282       //remove not usable tracks
4283       if (pt->fRemoval!=10){
4284         delete arr2->RemoveAt(i);
4285         continue;
4286       }
4287       // REMOVE VERY SHORT  TRACKS
4288       if (pt->GetNumberOfClusters()<20){ 
4289         delete arr2->RemoveAt(i);
4290         continue;
4291       }
4292       // ENABLE ONLY ENOUGH GOOD STOPPED TRACKS
4293       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
4294         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4295       else{      
4296         delete arr2->RemoveAt(i);
4297       }
4298     }
4299   }
4300   delete arr2;  
4301 }
4302
4303
4304
4305 void  AliTPCtrackerMI::ParallelTracking(TObjArray * arr, Int_t rfirst, Int_t rlast)
4306 {
4307   //
4308   // try to track in parralel
4309
4310   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
4311   //prepare seeds for tracking
4312   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4313     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt; 
4314     if (!pt) continue;
4315     if (!t.IsActive()) continue;
4316     // follow prolongation to the first layer
4317     if ( (fSectors ==fInnerSec) || (t.fFirstPoint-fParam->GetNRowLow()>rfirst+1) )  
4318       FollowProlongation(t, rfirst+1);
4319   }
4320
4321
4322   //
4323   for (Int_t nr=rfirst; nr>=rlast; nr--){ 
4324     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
4325       fSectors = fInnerSec;
4326     else
4327       fSectors = fOuterSec;
4328     // make indexes with the cluster tracks for given       
4329
4330     // find nearest cluster
4331     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {