Processing of many events. Code clean-up (M.Ivanov)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCtrackerMI.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17 //-------------------------------------------------------
18 //          Implementation of the TPC tracker
19 //
20 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
21 // 
22 //  AliTPC parallel tracker - 
23 //  How to use?  - 
24 //  run AliTPCFindClusters.C macro - clusters neccessary for tracker are founded
25 //  run AliTPCFindTracksMI.C macro - to find tracks
26 //  tracks are written to AliTPCtracks.root file
27 //  for comparison also seeds are written to the same file - to special branch
28 //-------------------------------------------------------
29
30
31 /* $Id$ */
32
33
34 #include <TObjArray.h>
35 #include <TFile.h>
36 #include <TTree.h>
37 #include <TClonesArray.h>
38
39 #include "Riostream.h"
40
41 #include "AliTPCclusterMI.h"
42 #include "AliComplexCluster.h"
43 #include "AliTPCParam.h"
44 #include "AliTPCClustersRow.h"
45 #include "AliTPCpolyTrack.h"
46 #include "TStopwatch.h"
47 #include "AliESD.h"
48 #include "AliHelix.h"
49 //
50 #include "AliRunLoader.h"
51 //
52 #include "AliTPCreco.h" 
53 #include "AliTPCtrackerMI.h"
54
55
56
57 ClassImp(AliTPCseed)
58 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
59
60
61 class AliTPCFastMath {
62 public:
63   AliTPCFastMath();  
64   static Double_t FastAsin(Double_t x);   
65  private: 
66   static Double_t fgFastAsin[20000];  //lookup table for fast asin computation
67 };
68
69 Double_t AliTPCFastMath::fgFastAsin[20000];
70 AliTPCFastMath gAliTPCFastMath;
71
72 AliTPCFastMath::AliTPCFastMath(){
73   //
74   // initialized lookup table;
75   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
76     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
77     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
78   }
79 }
80
81 Double_t AliTPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
82   //
83   // return asin using lookup table
84   if (x>0){
85     Int_t index = int(x*10000);
86     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
87   }
88   x*=-1;
89   Int_t index = int(x*10000);
90   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
91 }
92
93
94
95
96 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
97   //
98   //update track information using current cluster - track->fCurrentCluster
99
100
101   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
102   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
103
104   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
105
106   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24; 
107   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16; 
108   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
109   track->fSector = sec;
110   //  Int_t index = i&0xFFFF;
111   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow(); 
112   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);  
113   //track->fFirstPoint = row;
114   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
115   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
116   //  printf("problem\n");
117   //}
118   if (track->fFirstPoint>track->fRow) 
119     track->fFirstPoint = track->fRow;
120   if (track->fLastPoint<track->fRow) 
121     track->fLastPoint  = track->fRow;
122   
123
124   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;  
125   //
126
127   Float_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
128   angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2)); 
129   //
130   //SET NEW Track Point
131   //
132   //  if (debug)
133   {
134     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
135     //
136     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
137     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
138     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
139     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
140     //
141     point.SetX(track->GetX());
142     point.SetY(track->GetY());
143     point.SetZ(track->GetZ());
144     point.SetAngleY(angle2);
145     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
146     if (point.fIsShared){
147       track->fErrorY2 *= 4;
148       track->fErrorZ2 *= 4;
149     }
150   }  
151
152   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
153   //
154   track->fErrorY2 *= 1.3;
155   track->fErrorY2 += 0.01;    
156   track->fErrorZ2 *= 1.3;   
157   track->fErrorZ2 += 0.005;      
158     //}
159   if (accept>0) return 0;
160   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
161     //    if (track->fHelixIn){
162     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);    
163     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
164     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;    
165     //}
166   }
167   track->fNoCluster =0;
168   return track->Update(c,chi2,i);
169 }
170
171
172
173 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor, 
174                                       Float_t cory, Float_t corz)
175 {
176   //
177   // decide according desired precision to accept given 
178   // cluster for tracking
179   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
180   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
181   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
182   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
183   
184   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
185   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
186   
187   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
188     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
189   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
190     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
191   
192   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
193   //Int_t  accept =0;
194   
195   if (rdistance2>16) return 3;
196   
197   
198   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)  
199     return 2;  //suspisiouce - will be changed
200   
201   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)  
202     // strict cut on overlaped cluster
203     return  2;  //suspisiouce - will be changed
204   
205   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor ) 
206        && cluster->GetType()<0){
207     seed->fNFoundable--;
208     return 2;    
209   }
210   return 0;
211 }
212
213
214
215
216 //_____________________________________________________________________________
217 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par): 
218 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
219 {
220   //---------------------------------------------------------------------
221   // The main TPC tracker constructor
222   //---------------------------------------------------------------------
223   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];         
224   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
225  
226   Int_t i;
227   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
228   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
229
230   fN=0;  fSectors=0;
231
232   fSeeds=0;
233   fNtracks = 0;
234   fParam = par;  
235   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
236   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
237
238   
239   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
240     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
241     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
242     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
243   }
244
245   
246   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
247     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
248     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
249     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
250   }
251   fSeeds=0;
252   //
253   fInput    = 0;
254   fOutput   = 0;
255   fSeedTree = 0;
256   fTreeDebug =0;
257   fNewIO     =0;
258   fDebug     =0;
259   fEvent     =0;
260 }
261
262 //_____________________________________________________________________________
263 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
264   //------------------------------------------------------------------
265   // TPC tracker destructor
266   //------------------------------------------------------------------
267   delete[] fInnerSec;
268   delete[] fOuterSec;
269   if (fSeeds) {
270     fSeeds->Delete(); 
271     delete fSeeds;
272   }
273 }
274
275 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
276 {
277   //
278   fNewIO   =  kTRUE;
279   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
280   
281   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName);
282   if (fOutput){
283     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
284     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
285     delete iotrack;
286   }
287 }
288
289
290 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
291 {
292
293   // set input
294   fNewIO = kFALSE;
295   fInput    = 0;
296   fOutput   = 0;
297   fSeedTree = 0;
298   fTreeDebug =0;
299   fInput = input;
300   if (input==0){
301     return;
302   }  
303   //set output
304   fOutput = output;
305   if (output){
306     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
307     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
308     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");    
309     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
310     delete iotrack;
311   }
312   if (output && (fDebug&2)){
313     //write the full seed information if specified in debug mode
314     //
315     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
316     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
317     //
318     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
319     arrtr->ExpandCreateFast(160);
320     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
321     //
322     vseed->fPoints = arrtr;
323     vseed->fEPoints = arre;
324     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
325     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
326     delete arrtr;
327     delete arre;    
328     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
329     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
330     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
331   }
332
333
334   //set ESD event  
335   fEvent  = event;  
336 }
337
338 void AliTPCtrackerMI::FillESD(TObjArray* arr)
339 {
340   //
341   //
342   //fill esds using updated tracks
343   if (fEvent){
344     // write tracks to the event
345     // store index of the track
346     Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
347     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
348       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
349       if (!pt) continue; 
350       pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
351       if (pt->GetNumberOfClusters()>70) {
352         AliESDtrack iotrack;
353         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);      
354         //iotrack.SetTPCindex(i);
355         fEvent->AddTrack(&iotrack);
356       }        
357     }
358   }
359 }
360
361 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks(TTree * tree)
362 {
363   //
364   // write tracks from seed array to selected tree
365   //
366   fOutput  = tree;
367   if (fOutput){
368     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
369     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
370   }
371   WriteTracks();
372 }
373
374 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
375 {
376   //
377   // write tracks to the given output tree -
378   // output specified with SetIO routine
379   if (!fSeeds)  return;
380   if (!fOutput){
381     SetIO();
382   }
383
384   if (fOutput){
385     AliTPCtrack *iotrack= 0;
386     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
387     //for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
388     //  iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
389     //  if (iotrack) break;      
390     //}    
391     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
392     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
393     br->SetAddress(&iotrack);
394     //
395     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
396       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
397       if (!pt) continue;    
398       AliTPCtrack * track = new AliTPCtrack(*pt);
399       iotrack = track;
400       pt->fLab2 =i; 
401       //      br->SetAddress(&iotrack);
402       fOutput->Fill();
403       delete track;
404       iotrack =0;
405     }
406     //fOutput->GetDirectory()->cd();
407     //fOutput->Write();
408   }
409   // delete iotrack;
410   //
411   if (fSeedTree){
412     //write the full seed information if specified in debug mode
413       
414     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
415     //
416     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
417     arrtr->ExpandCreateFast(160);
418     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
419     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
420     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
421     //
422     vseed->fPoints = arrtr;
423     vseed->fEPoints = arre;
424     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
425     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
426     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
427     
428     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
429     
430     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
431       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
432       if (!pt) continue;     
433       pt->fPoints = arrtr;
434       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
435       pt->fEPoints       = arre;
436       pt->RebuildSeed();
437       vseed = pt;
438       brseed->SetAddress(&vseed);
439       fSeedTree->Fill();
440       pt->fPoints  = 0;
441       pt->fEPoints = 0;
442       //      pt->fClusterPoints = 0;
443     }
444     fSeedTree->Write();
445     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
446   }
447
448 }
449   
450
451
452
453 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
454   //
455   //
456   //seed->SetErrorY2(0.1);
457   //return 0.1;
458   //calculate look-up table at the beginning
459   static Bool_t  ginit = kFALSE;
460   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
461   static Float_t ggg1[10000];
462   static Float_t ggg2[10000];
463   static Float_t ggg3[10000];
464   static Float_t glandau1[10000];
465   static Float_t glandau2[10000];
466   static Float_t glandau3[10000];
467   //
468   static Float_t gcor01[500];
469   static Float_t gcor02[500];
470   static Float_t gcorp[500];
471   //
472
473   //
474   if (ginit==kFALSE){
475     for (Int_t i=1;i<500;i++){
476       Float_t rsigma = float(i)/100.;
477       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
478       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
479       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
480     }
481
482     //
483     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
484       //
485       //
486       // inner sector
487       Float_t amp = float(i);
488       Float_t padlength =0.75;
489       gnoise1 = 0.0004/padlength;
490       Float_t nel     = 0.268*amp;
491       Float_t nprim   = 0.155*amp;
492       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
493       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
494       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
495       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
496       //
497       // outer short
498       padlength =1.;
499       gnoise2   = 0.0004/padlength;
500       nel       = 0.3*amp;
501       nprim     = 0.133*amp;
502       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
503       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
504       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
505       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
506       //
507       //
508       // outer long
509       padlength =1.5;
510       gnoise3   = 0.0004/padlength;
511       nel       = 0.3*amp;
512       nprim     = 0.133*amp;
513       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
514       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
515       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
516       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
517       //
518     }
519     ginit = kTRUE;
520   }
521   //
522   //
523   //
524   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
525   if (amp>9999) {
526     seed->SetErrorY2(1.);
527     return 1.;
528   }
529   Float_t snoise2;
530   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
531   Int_t ctype = cl->GetType();  
532   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
533   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
534   angle2 = angle2/(1-angle2); 
535   //
536   //cluster "quality"
537   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
538   Float_t res;
539   //
540   if (fSectors==fInnerSec){
541     snoise2 = gnoise1;
542     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
543     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
544     if ((ctype>0)){
545       res+=0.002;
546       res*= gcorp[rsigmay];
547     }
548   }
549   else {
550     if (padlength<1.1){
551       snoise2 = gnoise2;
552       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
553       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];      
554       if ((ctype>0)){
555         res+=0.002;
556         res*= gcorp[rsigmay];
557       }
558     }
559     else{
560       snoise2 = gnoise3;      
561       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
562       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
563       if ((ctype>0)){
564         res+=0.002;
565         res*= gcorp[rsigmay];
566       }
567     }
568   }  
569
570   if (ctype<0){
571     res+=0.005;
572     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
573   }
574   res+= snoise2;
575  
576   if (res<2*snoise2)
577     res = 2*snoise2;
578   
579   seed->SetErrorY2(res);
580   return res;
581
582
583 }
584
585
586
587 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
588   //
589   //
590   //seed->SetErrorY2(0.1);
591   //return 0.1;
592   //calculate look-up table at the beginning
593   static Bool_t  ginit = kFALSE;
594   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
595   static Float_t ggg1[10000];
596   static Float_t ggg2[10000];
597   static Float_t ggg3[10000];
598   static Float_t glandau1[10000];
599   static Float_t glandau2[10000];
600   static Float_t glandau3[10000];
601   //
602   static Float_t gcor01[1000];
603   static Float_t gcor02[1000];
604   static Float_t gcorp[1000];
605   //
606
607   //
608   if (ginit==kFALSE){
609     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
610       Float_t rsigma = float(i)/100.;
611       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
612       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
613       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
614     }
615
616     //
617     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
618       //
619       //
620       // inner sector
621       Float_t amp = float(i);
622       Float_t padlength =0.75;
623       gnoise1 = 0.0004/padlength;
624       Float_t nel     = 0.268*amp;
625       Float_t nprim   = 0.155*amp;
626       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
627       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
628       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
629       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
630       //
631       // outer short
632       padlength =1.;
633       gnoise2   = 0.0004/padlength;
634       nel       = 0.3*amp;
635       nprim     = 0.133*amp;
636       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
637       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
638       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
639       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
640       //
641       //
642       // outer long
643       padlength =1.5;
644       gnoise3   = 0.0004/padlength;
645       nel       = 0.3*amp;
646       nprim     = 0.133*amp;
647       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
648       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
649       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
650       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
651       //
652     }
653     ginit = kTRUE;
654   }
655   //
656   //
657   //
658   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
659   if (amp>9999) {
660     seed->SetErrorY2(1.);
661     return 1.;
662   }
663   Float_t snoise2;
664   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
665   Int_t ctype = cl->GetType();  
666   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
667   //
668   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
669   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
670   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2)); 
671   //
672   //cluster "quality"
673   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
674   Float_t res;
675   //
676   if (fSectors==fInnerSec){
677     snoise2 = gnoise1;
678     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
679     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
680     if ((ctype>0)){
681       res+=0.002;
682       res*= gcorp[rsigmaz];
683     }
684   }
685   else {
686     if (padlength<1.1){
687       snoise2 = gnoise2;
688       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
689       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];      
690       if ((ctype>0)){
691         res+=0.002;
692         res*= gcorp[rsigmaz];
693       }
694     }
695     else{
696       snoise2 = gnoise3;      
697       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
698       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
699       if ((ctype>0)){
700         res+=0.002;
701         res*= gcorp[rsigmaz];
702       }
703     }
704   }  
705
706   if (ctype<0){
707     res+=0.002;
708     res*=1.3;
709   }
710   if ((ctype<0) &&amp<70){
711     res+=0.002;
712     res*=1.3;  
713   }
714   res += snoise2;
715   if (res<2*snoise2)
716      res = 2*snoise2;
717   if (res>3) res =3;
718   seed->SetErrorZ2(res);
719   return res;
720 }
721
722
723
724 /*
725 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
726   //
727   //
728   //seed->SetErrorZ2(0.1);
729   //return 0.1;
730
731   Float_t snoise2;
732   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
733   //
734   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
735   Int_t ctype = cl->GetType();
736   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
737   
738   Float_t nel;
739   Float_t nprim;
740   //
741   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
742   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
743   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
744  
745   if (fSectors==fInnerSec){
746     snoise2 = 0.0004/padlength;
747     nel     = 0.268*amp;
748     nprim   = 0.155*amp;
749     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
750     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
751     if (landau>1) landau=1;
752   }
753   else {
754     snoise2 = 0.0004/padlength;
755     nel     = 0.3*amp;
756     nprim   = 0.133*amp;
757     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
758     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
759     if (landau>1) landau=1;
760   }
761   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
762
763   //
764   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
765   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
766   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
767   //angle2 = 1;
768
769   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
770   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
771   Float_t res = sdiff + angular;
772
773   
774   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
775     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
776
777   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
778     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
779   
780   if ((ctype>0)){
781     res+=0.005;
782     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
783   }
784   if (ctype<0){
785     res+=0.002;
786     res*=1.3;
787   }
788   if ((ctype<0) &&amp<70){
789     res+=0.002;
790     res*=1.3;  
791   }
792   res += snoise2;
793   if (res<2*snoise2)
794      res = 2*snoise2;
795
796   seed->SetErrorZ2(res);
797   return res;
798 }
799 */
800
801
802
803 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
804 {
805   //
806   //
807   SetNumberOfClusters(0);
808   fNFoundable = 0;
809   SetChi2(0);
810   ResetCovariance();
811   /*
812   if (fTrackPoints){
813     for (Int_t i=0;i<8;i++){
814       delete [] fTrackPoints[i];
815     }
816     delete fTrackPoints;
817     fTrackPoints =0;
818   }
819   */
820
821   if (all){   
822     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
823     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
824   }
825
826 }
827
828
829 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
830 {
831
832   //------------------------------------------------------------------
833   //This function makes a track forget its history :)  
834   //------------------------------------------------------------------
835   if (factor<=0) {
836     ResetCovariance();
837     return;
838   }
839   fC00*=factor;
840   fC10*=0;  fC11*=factor;
841   fC20*=0;  fC21*=0;  fC22*=factor;
842   fC30*=0;  fC31*=0;  fC32*=0;  fC33*=factor;
843   fC40*=0;  fC41*=0;  fC42*=0;  fC43*=0;  fC44*=factor;
844   SetNumberOfClusters(0);
845   fNFoundable =0;
846   SetChi2(0);
847   fRemoval = 0;
848   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
849   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
850   fNoCluster     = 0;
851   //fFirstPoint = 160;
852   //fLastPoint  = 0;
853 }
854
855
856
857
858 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
859 {
860   //-----------------------------------------------------------------
861   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
862   // doesn't change internal state of the track
863   //-----------------------------------------------------------------
864   
865   Double_t x1=fX, x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
866
867   if (TMath::Abs(fP4*xk - fP2) >= 0.999) {   
868     return 0;
869   }
870
871   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
872   Double_t c1=fP4*x1 - fP2, r1=sqrt(1.- c1*c1);
873   Double_t c2=fP4*x2 - fP2, r2=sqrt(1.- c2*c2);
874   
875   y = fP0;
876   z = fP1;
877   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
878   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
879   
880   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
881   Double_t dz = 0;
882   //
883   Double_t delta = fP4*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
884   /*
885   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
886     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
887   }else{
888     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
889   }
890   */
891   dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
892   //
893   y+=dy;
894   z+=dz;
895   
896
897   return 1;  
898 }
899
900
901 //_____________________________________________________________________________
902 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliTPCclusterMI *c) const 
903 {
904   //-----------------------------------------------------------------
905   // This function calculates a predicted chi2 increment.
906   //-----------------------------------------------------------------
907   //Double_t r00=c->GetSigmaY2(), r01=0., r11=c->GetSigmaZ2();
908   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
909   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
910
911   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
912   if (TMath::Abs(det) < 1.e-10) {
913     Int_t n=GetNumberOfClusters();
914     if (n>4) cerr<<n<<" AliKalmanTrack warning: Singular matrix !\n";
915     return 1e10;
916   }
917   Double_t tmp=r00; r00=r11; r11=tmp; r01=-r01;
918   
919   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
920   
921   return (dy*r00*dy + 2*r01*dy*dz + dz*r11*dz)/det;
922 }
923
924
925 //_________________________________________________________________________________________
926
927
928 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
929   //-----------------------------------------------------------------
930   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
931   //-----------------------------------------------------------------
932   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
933
934   if (fSort == 0){
935     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
936     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
937     Double_t z2 = t->GetZ();
938     Double_t z1 = GetZ();
939     if (z2>z1) return 1;
940     if (z2<z1) return -1;
941     return 0;
942   }
943   else {
944     Float_t f2 =1;
945     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->fC44)/(TMath::Abs(t->GetC())+0.0066);
946     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
947
948     Float_t f1 =1;
949     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(fC44)/(TMath::Abs(GetC())+0.0066);
950
951     if (fBConstrain)   f1=1.2;
952  
953     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
954     else return +1;
955   }
956 }
957
958 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
959 {
960   //rotate to track "local coordinata
961   Float_t x = seed->GetX();
962   Float_t y = seed->GetY();
963   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
964   
965   if (y > ymax) {
966     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
967     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
968       return;
969   } else if (y <-ymax) {
970     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
971     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
972       return;
973   }   
974
975 }
976
977
978
979
980 //_____________________________________________________________________________
981 Int_t AliTPCseed::Update(const AliTPCclusterMI *c, Double_t chisq, UInt_t /*index*/) {
982   //-----------------------------------------------------------------
983   // This function associates a cluster with this track.
984   //-----------------------------------------------------------------
985   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
986
987   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
988   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
989   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
990
991   Double_t k00=fC00*r00+fC10*r01, k01=fC00*r01+fC10*r11;
992   Double_t k10=fC10*r00+fC11*r01, k11=fC10*r01+fC11*r11;
993   Double_t k20=fC20*r00+fC21*r01, k21=fC20*r01+fC21*r11;
994   Double_t k30=fC30*r00+fC31*r01, k31=fC30*r01+fC31*r11;
995   Double_t k40=fC40*r00+fC41*r01, k41=fC40*r01+fC41*r11;
996
997   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
998   Double_t cur=fP4 + k40*dy + k41*dz, eta=fP2 + k20*dy + k21*dz;
999   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.9) {
1000     return 0;
1001   }
1002
1003   fP0 += k00*dy + k01*dz;
1004   fP1 += k10*dy + k11*dz;
1005   fP2  = eta;
1006   fP3 += k30*dy + k31*dz;
1007   fP4  = cur;
1008
1009   Double_t c01=fC10, c02=fC20, c03=fC30, c04=fC40;
1010   Double_t c12=fC21, c13=fC31, c14=fC41;
1011
1012   fC00-=k00*fC00+k01*fC10; fC10-=k00*c01+k01*fC11;
1013   fC20-=k00*c02+k01*c12;   fC30-=k00*c03+k01*c13;
1014   fC40-=k00*c04+k01*c14; 
1015
1016   fC11-=k10*c01+k11*fC11;
1017   fC21-=k10*c02+k11*c12;   fC31-=k10*c03+k11*c13;
1018   fC41-=k10*c04+k11*c14; 
1019
1020   fC22-=k20*c02+k21*c12;   fC32-=k20*c03+k21*c13;
1021   fC42-=k20*c04+k21*c14; 
1022
1023   fC33-=k30*c03+k31*c13;
1024   fC43-=k40*c03+k41*c13; 
1025
1026   fC44-=k40*c04+k41*c14; 
1027
1028   Int_t n=GetNumberOfClusters();
1029   //  fIndex[n]=index;
1030   SetNumberOfClusters(n+1);
1031   SetChi2(GetChi2()+chisq);
1032
1033   return 1;
1034 }
1035
1036
1037
1038 //_____________________________________________________________________________
1039 Double_t AliTPCtrackerMI::F1old(Double_t x1,Double_t y1,
1040                    Double_t x2,Double_t y2,
1041                    Double_t x3,Double_t y3) 
1042 {
1043   //-----------------------------------------------------------------
1044   // Initial approximation of the track curvature
1045   //-----------------------------------------------------------------
1046   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1047   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1048                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1049   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1050                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1051
1052   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1053   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
1054   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr); 
1055 }
1056
1057
1058
1059 //_____________________________________________________________________________
1060 Double_t AliTPCtrackerMI::F1(Double_t x1,Double_t y1,
1061                    Double_t x2,Double_t y2,
1062                    Double_t x3,Double_t y3) 
1063 {
1064   //-----------------------------------------------------------------
1065   // Initial approximation of the track curvature
1066   //-----------------------------------------------------------------
1067   x3 -=x1;
1068   x2 -=x1;
1069   y3 -=y1;
1070   y2 -=y1;
1071   //  
1072   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1073   if (det==0) {
1074     return 100;
1075   }
1076   //
1077   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1078   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1079   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1080   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1081   if (det<0) c2*=-1;
1082   return c2;
1083 }
1084
1085
1086 Double_t AliTPCtrackerMI::F2(Double_t x1,Double_t y1,
1087                    Double_t x2,Double_t y2,
1088                    Double_t x3,Double_t y3) 
1089 {
1090   //-----------------------------------------------------------------
1091   // Initial approximation of the track curvature
1092   //-----------------------------------------------------------------
1093   x3 -=x1;
1094   x2 -=x1;
1095   y3 -=y1;
1096   y2 -=y1;
1097   //  
1098   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1099   if (det==0) {
1100     return 100;
1101   }
1102   //
1103   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1104   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u; 
1105   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1106   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1107   if (det<0) c2*=-1;
1108   x0+=x1;
1109   x0*=c2;  
1110   return x0;
1111 }
1112
1113
1114
1115 //_____________________________________________________________________________
1116 Double_t AliTPCtrackerMI::F2old(Double_t x1,Double_t y1,
1117                    Double_t x2,Double_t y2,
1118                    Double_t x3,Double_t y3) 
1119 {
1120   //-----------------------------------------------------------------
1121   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1122   //-----------------------------------------------------------------
1123   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1124   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1125                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1126   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1127                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1128
1129   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1130   
1131   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1132 }
1133
1134 //_____________________________________________________________________________
1135 Double_t AliTPCtrackerMI::F3(Double_t x1,Double_t y1, 
1136                    Double_t x2,Double_t y2,
1137                    Double_t z1,Double_t z2) 
1138 {
1139   //-----------------------------------------------------------------
1140   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1141   //-----------------------------------------------------------------
1142   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1143 }
1144
1145
1146 Double_t AliTPCtrackerMI::F3n(Double_t x1,Double_t y1, 
1147                    Double_t x2,Double_t y2,
1148                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c) 
1149 {
1150   //-----------------------------------------------------------------
1151   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1152   //-----------------------------------------------------------------
1153
1154   //  Double_t angle1;
1155   
1156   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1157   //
1158   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1159   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1160   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1161   //  Double_t   angle2    =  AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1162   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1163
1164   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1165   return angle2;
1166 }
1167
1168 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1169 {//-----------------------------------------------------------------
1170   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1171   //-----------------------------------------------------------------
1172   
1173   Double_t dx=x2-x1;
1174
1175   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {   
1176     return kFALSE;
1177   }
1178
1179   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1180   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);  
1181   y = x[0];
1182   z = x[1];
1183   
1184   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1185   Double_t dz = 0;
1186   //
1187   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1188   
1189   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1190     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1191   }else{
1192     dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1193   }
1194   
1195   //dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1196
1197   y+=dy;
1198   z+=dz;
1199   
1200   return kTRUE;  
1201 }
1202
1203 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters (TTree *tree)
1204 {
1205   //
1206   //
1207   fInput = tree;
1208   return LoadClusters();
1209 }
1210
1211 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1212 {
1213   //
1214   // load clusters to the memory
1215   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1216   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1217   clrow->SetArray(0);
1218   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1219   //
1220   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1221
1222   TTree * tree = fInput;
1223   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1224   br->SetAddress(&clrow);
1225   //
1226   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1227   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1228     br->GetEntry(i);
1229     //  
1230     Int_t sec,row;
1231     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1232     //
1233     AliTPCRow * tpcrow=0;
1234     Int_t left=0;
1235     if (sec<fkNIS*2){
1236       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);    
1237       left = sec/fkNIS;
1238     }
1239     else{
1240       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1241       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1242     }
1243     if (left ==0){
1244       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1245       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1246       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++) 
1247         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1248     }
1249     if (left ==1){
1250       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1251       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1252       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++) 
1253         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1254     }
1255   }
1256   //
1257   delete clrow;
1258   LoadOuterSectors();
1259   LoadInnerSectors();
1260   return 0;
1261 }
1262
1263
1264 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1265 {
1266   //
1267   // unload clusters from the memory
1268   //
1269   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1270   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1271     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1272       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1273       //      if (tpcrow){
1274       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1275       //        if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1276       //}
1277       tpcrow->ResetClusters();
1278     }
1279   //
1280   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1281   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1282     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1283       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1284       //if (tpcrow){
1285       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1286       //if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1287       //}
1288       tpcrow->ResetClusters();
1289     }
1290
1291   return ;
1292 }
1293
1294
1295 //_____________________________________________________________________________
1296 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1297   //-----------------------------------------------------------------
1298   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1299   //-----------------------------------------------------------------
1300   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1301   UInt_t index=0;
1302   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1303     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1304       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);  
1305       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1306       //left
1307       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1308       while (ncl--) {
1309         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1310         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1311         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1312       }
1313       //right
1314       ncl = tpcrow->fN2;
1315       while (ncl--) {
1316         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1317         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1318         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1319       }
1320       //
1321       // write indexes for fast acces
1322       //
1323       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1324         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1325       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1326         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1327         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1328       }
1329       Int_t last = 0;
1330       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1331         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1332           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1333         else
1334           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1335       }
1336     }  
1337   fN=fkNOS;
1338   fSectors=fOuterSec;
1339   return 0;
1340 }
1341
1342
1343 //_____________________________________________________________________________
1344 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1345   //-----------------------------------------------------------------
1346   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1347   //-----------------------------------------------------------------
1348   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1349   UInt_t index=0;
1350   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1351     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1352       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1353       //
1354       //left
1355       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1356       while (ncl--) {
1357         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1358         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1359         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1360       }
1361       //right
1362       ncl = tpcrow->fN2;
1363       while (ncl--) {
1364         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1365         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1366         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1367       }
1368       //
1369       // write indexes for fast acces
1370       //
1371       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1372         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1373       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1374         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1375         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1376       }
1377       Int_t last = 0;
1378       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1379         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1380           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1381         else
1382           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1383       }
1384
1385     }  
1386    
1387   fN=fkNIS;
1388   fSectors=fInnerSec;
1389   return 0;
1390 }
1391
1392
1393
1394 //_________________________________________________________________________
1395 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1396   //--------------------------------------------------------------------
1397   //       Return pointer to a given cluster
1398   //--------------------------------------------------------------------
1399   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24; 
1400   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16; 
1401   Int_t ncl=(index&0x00007fff)>>00;
1402
1403   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1404   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1405   if (sec<fkNIS*2){
1406     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1407     if (sec<fkNIS) 
1408       clrow = tpcrow->fClusters1;
1409     else
1410       clrow = tpcrow->fClusters2;
1411   }
1412   else{
1413     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1414     if (sec-2*fkNIS<fkNOS)
1415       clrow = tpcrow->fClusters1;
1416     else
1417       clrow = tpcrow->fClusters2;
1418   }
1419   if (tpcrow==0) return 0;
1420   if (tpcrow->GetN()<=ncl) return 0;
1421   //  return (AliTPCclusterMI*)(*tpcrow)[ncl];      
1422   return &(clrow[ncl]);      
1423   
1424 }
1425
1426
1427
1428 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1429   //-----------------------------------------------------------------
1430   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1431   //-----------------------------------------------------------------
1432   //
1433   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1434
1435   //  if (t.GetRadius()>x+10 ) return 0;
1436   //  t.PropagateTo(x+0.02);
1437   //t.PropagateTo(x+0.01);
1438   if (!t.PropagateTo(x)) {
1439     t.fRemoval = 10;
1440     return 0;
1441   }
1442   //
1443   Double_t  y=t.GetY(), z=t.GetZ();
1444   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1445     if (y > ymax) {
1446       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1447       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1448         return 0;
1449     } else if (y <-ymax) {
1450       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1451       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1452         return 0;
1453     }
1454     //if (!t.PropagateTo(x)) {
1455     //  return 0;
1456     //}
1457     return 1;
1458     y=t.GetY();
1459   }
1460   //
1461   // update current shape info every 3 pad-row
1462   if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1463     //t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1464     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1465     GetShape(&t,nr);    
1466   }
1467   //  
1468   AliTPCclusterMI *cl=0;
1469   UInt_t index=0;
1470   
1471   
1472   //Int_t nr2 = nr;
1473   if (t.GetClusterIndex2(nr)>0){ 
1474     //
1475     //cl = GetClusterMI(t.GetClusterIndex2(nr));
1476     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1477     cl = t.fClusterPointer[nr];
1478     if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1479     t.fCurrentClusterIndex1 = index; 
1480   }
1481   
1482   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1483   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1484   Double_t  roady  =1.;
1485   Double_t  roadz = 1.;
1486   //
1487   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1488     t.fInDead = kTRUE;
1489     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1490     return 0;
1491   } 
1492   else
1493     {
1494       if (TMath::Abs(z)<(1.05*x+10)) t.fNFoundable++;
1495       else
1496         return 0;
1497     }   
1498   //calculate 
1499   if (cl){
1500     t.fCurrentCluster = cl; 
1501     t.fRow = nr;
1502     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1503     if (fIteration>0) accept =0;
1504     if (accept<3) { 
1505       //if founded cluster is acceptible
1506       UpdateTrack(&t,accept);
1507       return 1;
1508     }    
1509   }
1510
1511   if (krow) {
1512     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);    
1513     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1514     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1515   }  
1516   //  t.fNoCluster++;
1517
1518   if (cl) {
1519     t.fCurrentCluster = cl; 
1520     t.fRow = nr;
1521     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1522     /*    
1523     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1524       //
1525       //     
1526
1527       t.fNShared++;
1528       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1529         t.fRemoval =10;
1530         return 0;
1531       }
1532     }
1533     */
1534     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1535
1536   } else {  
1537     if ( fIteration==0 && t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1538     
1539   }
1540   return 1;
1541 }
1542
1543 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1544   //-----------------------------------------------------------------
1545   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1546   //-----------------------------------------------------------------
1547   //
1548   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1549   Double_t y,z; 
1550   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1551     t.fRemoval = 10;
1552     return 0;
1553   }
1554   //
1555   //
1556   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1557     return 0;
1558     
1559     if (y > ymax) {
1560       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1561       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1562         return 0;
1563     } else if (y <-ymax) {
1564       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1565       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1566         return 0;
1567     }
1568     if (!t.PropagateTo(x)) {
1569       return 0;
1570     } 
1571     t.GetProlongation(x,y,z);
1572   }
1573   //
1574   // update current shape info every 3 pad-row
1575   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1576     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1577     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1578     GetShape(&t,nr);
1579   }
1580   //  
1581   AliTPCclusterMI *cl=0;
1582   UInt_t index=0;
1583   
1584   
1585   //Int_t nr2 = nr;
1586   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1587   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1588   Double_t  roady  =1.;
1589   Double_t  roadz = 1.;
1590   //
1591   Int_t row = nr;
1592   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1593     t.fInDead = kTRUE;
1594     t.SetClusterIndex2(row,-1); 
1595     return 0;
1596   } 
1597   else
1598     {
1599       if (TMath::Abs(z)>(1.05*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1600     }   
1601   //calculate 
1602   
1603   if ((cl==0)&&(krow)) {
1604     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);    
1605     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1606
1607     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1608   }  
1609
1610   if (cl) {
1611     t.fCurrentCluster = cl; 
1612     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);        
1613     //if (accept<3){
1614       t.SetClusterIndex2(row,index);
1615       t.fClusterPointer[row] = cl;
1616       //}
1617   }
1618   return 1;
1619 }
1620
1621
1622
1623 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1624   //-----------------------------------------------------------------
1625   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1626   //-----------------------------------------------------------------
1627   t.fCurrentCluster  = 0;
1628   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;   
1629    
1630   Double_t xt=t.GetX();
1631   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1; 
1632   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1633
1634   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1635   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1636     t.fRemoval =10;
1637     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1638   } 
1639   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1640     t.fRemoval =10;
1641     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1642   }
1643
1644   Double_t x= GetXrow(nr);
1645   Double_t y,z;
1646   //t.PropagateTo(x+0.02);
1647   //t.PropagateTo(x+0.01);
1648   if (!t.PropagateTo(x)){
1649     return 0;
1650   }
1651   //
1652   y=t.GetY();
1653   z=t.GetZ();
1654
1655   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1656     if (y > ymax) {
1657       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1658       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1659         return 0;
1660     } else if (y <-ymax) {
1661       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1662       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1663         return 0;
1664     }
1665     //    if (!t.PropagateTo(x)){
1666     //  return 0;
1667     //}
1668     return 1;
1669     //y = t.GetY();    
1670   }
1671   //
1672
1673   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1674
1675   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1676     t.fInDead = kTRUE;
1677     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1678     return 0;
1679   } 
1680   else
1681     {
1682       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(1.05*t.GetX()+10)) t.fNFoundable++;
1683       else
1684         return 0;      
1685     }
1686
1687   // update current
1688   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1689     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1690     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1691     GetShape(&t,nr);
1692   }
1693     
1694   AliTPCclusterMI *cl=0;
1695   UInt_t index=0;
1696   //
1697   Double_t roady = 1.;
1698   Double_t roadz = 1.;
1699   //
1700
1701   if (!cl){
1702     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1703     if ( (index>0) && (index&0x8000)==0){
1704       cl = t.fClusterPointer[nr];
1705       if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1706       t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1707       if (cl) {
1708         t.fCurrentCluster  = cl;
1709         return 1;
1710       }
1711     }
1712   }
1713
1714   if (krow) {    
1715     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);      
1716     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);      
1717   }
1718
1719   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);   
1720   t.fCurrentCluster  = cl;
1721
1722   return 1;
1723 }
1724
1725
1726 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1727   //-----------------------------------------------------------------
1728   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1729   //-----------------------------------------------------------------
1730
1731   //update error according neighborhoud
1732
1733   if (t.fCurrentCluster) {
1734     t.fRow = nr; 
1735     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1736     
1737     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1738       //
1739       //
1740       //  t.fErrorZ2*=2;
1741       //  t.fErrorY2*=2;
1742       t.fNShared++;
1743       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1744         t.fRemoval =10;
1745         return 0;
1746       }
1747     }   
1748     if (fIteration>0) accept = 0;
1749     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);  
1750  
1751   } else {
1752     if (fIteration==0){
1753       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1754       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1755
1756       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1757     }
1758   }
1759   return 1;
1760 }
1761
1762
1763
1764 //_____________________________________________________________________________
1765 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1766   //-----------------------------------------------------------------
1767   // This function tries to find a track prolongation.
1768   //-----------------------------------------------------------------
1769   Double_t xt=t.GetX();
1770   //
1771   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1772   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1773   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1774   //
1775   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1776     
1777   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1778   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {    
1779     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1780       fSectors = fInnerSec;
1781     else
1782       fSectors = fOuterSec;
1783     if (FollowToNext(t,nr)==0) 
1784       if (!t.IsActive()) return 0;
1785     
1786   }   
1787   return 1;
1788 }
1789
1790
1791 //_____________________________________________________________________________
1792 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1793   //-----------------------------------------------------------------
1794   // This function tries to find a track prolongation.
1795   //-----------------------------------------------------------------
1796   Double_t xt=t.GetX();
1797   //
1798   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1799   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1800   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1801   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1802     
1803   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1804     
1805     if (FollowToNextFast(t,nr)==0) 
1806       if (!t.IsActive()) return 0;
1807     
1808   }   
1809   return 1;
1810 }
1811
1812
1813
1814
1815
1816 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1817   //-----------------------------------------------------------------
1818   // This function tries to find a track prolongation.
1819   //-----------------------------------------------------------------
1820   //  Double_t xt=t.GetX();  
1821   //
1822   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1823   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1824   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1825   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1826     
1827   Int_t first = 0;
1828   first = t.fFirstPoint+3;
1829   //
1830   if (first<0) first=0;
1831   for (Int_t nr=first+1; nr<=rf; nr++) {
1832     //if ( (t.GetSnp()<0.9))
1833     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1834       fSectors = fInnerSec;
1835     else
1836       fSectors = fOuterSec;
1837     FollowToNext(t,nr);                                                             
1838   }   
1839   return 1;
1840 }
1841
1842
1843
1844
1845    
1846 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
1847 {
1848   //
1849   //
1850   sum1=0;
1851   sum2=0;
1852   Int_t sum=0;
1853   //
1854   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1855   dz2*=dz2;  
1856
1857   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
1858   dy2*=dy2;
1859   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
1860   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1861  
1862   //  Int_t offset =0;
1863   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1864   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1865   if (lastpoint>160) 
1866     lastpoint =160;
1867   if (firstpoint<0) 
1868     firstpoint = 0;
1869   if (firstpoint>lastpoint) {
1870     firstpoint =lastpoint;
1871     //    lastpoint  =160;
1872   }
1873     
1874   
1875   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
1876     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
1877     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
1878     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1879       sum++;
1880     }
1881   }
1882   if (sum<5) return 0;
1883
1884   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
1885   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
1886   return ratio;
1887 }
1888
1889 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
1890 {
1891   //
1892   //
1893   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
1894   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
1895
1896   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1897   dz2*=dz2;
1898   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
1899   dy2*=dy2;
1900   Float_t distance = dz2+dy2;
1901   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1902   
1903   //
1904   Int_t sumshared=0;
1905   //
1906   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1907   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1908   //
1909   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
1910
1911   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1912     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1913     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1914       sumshared++;
1915     }
1916   }
1917   if (sumshared>4){
1918     // sign clusters
1919     //
1920     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1921       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1922       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1923         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
1924         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);; 
1925         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
1926           p1->fIsShared = kTRUE;
1927           p2->fIsShared = kTRUE;
1928         }       
1929       }
1930     }
1931   }
1932   //  
1933   if (sumshared>10){
1934     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1935       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
1936         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
1937         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1938         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
1939         break;
1940       } 
1941     }
1942     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1943       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
1944         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
1945         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1946         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
1947         break;
1948       } 
1949     }    
1950   }
1951   
1952 }
1953
1954 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
1955 {
1956   //
1957   //sort trackss according sectors
1958   //  
1959   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
1960     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1961     if (!pt) continue;
1962     //if (pt) RotateToLocal(pt);
1963     pt->fSort = 0;
1964   }
1965   arr->UnSort();
1966   arr->Sort();  // sorting according z
1967   arr->Expand(arr->GetEntries());
1968   //
1969   //
1970   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
1971   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1972     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1973     if (!pt) continue;
1974     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
1975       pt->fOverlapLabels[j] =0;
1976     }
1977   }
1978   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
1979     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
1980     if (!pt) continue;
1981     if (pt->fRemoval>10) continue;
1982     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
1983       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
1984       //      if (pt2){
1985       if (pt2->fRemoval<=10) {
1986         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
1987         SignShared(pt,pt2);
1988       }
1989     }  
1990   }
1991 }
1992
1993 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
1994 {
1995   //
1996   //sort trackss according sectors
1997   //
1998   if (fDebug&1) {
1999     printf("Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2000   }
2001   //
2002   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2003     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2004     if (!pt) continue;
2005     pt->fSort = 0;
2006   }
2007   arr->UnSort();
2008   arr->Sort();  // sorting according z
2009   arr->Expand(arr->GetEntries());
2010   //
2011   //reset overlap labels
2012   //
2013   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2014   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2015     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2016     if (!pt) continue;
2017     pt->SetUniqueID(i);
2018     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2019       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2020     }
2021   }
2022   //
2023   //sign shared tracks
2024   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2025     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2026     if (!pt) continue;
2027     if (pt->fRemoval>10) continue;
2028     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
2029     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2030       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2031       //      if (pt2){
2032       if (pt2->fRemoval<=10) {
2033         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2034         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2035         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2036         //
2037         SignShared(pt,pt2);
2038       }
2039     }
2040   }
2041   //
2042   // remove highly shared tracks
2043   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2044     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2045     if (!pt) continue;
2046     if (pt->fRemoval>10) continue;
2047     //
2048     Int_t sumshared =0;
2049     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2050       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];      
2051     }
2052     Float_t factor = factor1;
2053     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2054     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2055       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2056         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2057         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue; 
2058         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;      
2059         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2060         if (!pt2) continue;
2061         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2062           //      pt->fRemoval = removalindex;
2063           delete arr->RemoveAt(i);        
2064           break;
2065         }
2066       }      
2067     }
2068   }
2069   arr->Compress();
2070   if (fDebug&1) {
2071     printf("Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2072   }
2073 }
2074
2075
2076
2077
2078
2079
2080 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode) const
2081 {
2082   //
2083   //sort tracks in array according mode criteria
2084   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();    
2085   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2086     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2087     if (!pt) {
2088       continue;
2089     }
2090     pt->fSort = mode;
2091   }
2092   arr->UnSort();
2093   arr->Sort();
2094 }
2095
2096 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2097 {
2098
2099   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2100   //
2101   //
2102   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2103   Int_t good =0;
2104
2105   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2106     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2107     if (!pt) {
2108       delete arr->RemoveAt(i);
2109     }
2110     else{
2111       pt->fSort =1;
2112       pt->fBSigned = kFALSE;
2113     }
2114   }
2115   arr->Compress();
2116   nseed = arr->GetEntriesFast();
2117   arr->UnSort();
2118   arr->Sort();
2119   //
2120   //unsign used
2121   UnsignClusters();
2122   //
2123   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2124     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2125     if (!pt) {
2126       continue;
2127     }    
2128     Int_t found,foundable,shared;
2129     if (pt->IsActive()) 
2130       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2131     else
2132       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE); 
2133     //
2134     Double_t factor = factor2;
2135     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2136
2137     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2138       pt->Desactivate(removalindex);
2139       continue;
2140     }
2141
2142     good++;
2143     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2144       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2145       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2146       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];        
2147       if (!c) continue;
2148       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2149       //if (pt->IsActive()) 
2150       c->Use(10);  
2151       //else
2152       //        c->Use(5);
2153     }
2154     
2155   }
2156   fNtracks = good;
2157
2158   printf("\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2159 }
2160
2161 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters() 
2162 {
2163   //
2164   // loop over all clusters and unsign them
2165   //
2166   
2167   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2168     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2169       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2170       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2171         //      if (cl[icl].IsUsed(10))         
2172         cl[icl].Use(-1);
2173       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2174       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2175         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2176           cl[icl].Use(-1);      
2177     }
2178   }
2179   
2180   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2181     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2182       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2183       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2184         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2185           cl[icl].Use(-1);
2186       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2187       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2188         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2189         cl[icl].Use(-1);      
2190     }
2191   }
2192   
2193 }
2194
2195
2196
2197 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2198 {
2199   //
2200   //sign clusters to be "used"
2201   //
2202   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2203   // loop over "primaries"
2204   
2205   Float_t sumdens=0;
2206   Float_t sumdens2=0;
2207   Float_t sumn   =0;
2208   Float_t sumn2  =0;
2209   Float_t sumchi =0;
2210   Float_t sumchi2 =0;
2211
2212   Float_t sum    =0;
2213
2214   TStopwatch timer;
2215   timer.Start();
2216
2217   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2218   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2219     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2220     if (!pt) {
2221       continue;
2222     }    
2223     if (!(pt->IsActive())) continue;
2224     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2225     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2226       sumdens += dens;
2227       sumdens2+= dens*dens;
2228       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2229       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2230       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2231       if (chi2>5) chi2=5;
2232       sumchi  +=chi2;
2233       sumchi2 +=chi2*chi2;
2234       sum++;
2235     }
2236   }
2237
2238   Float_t mdensity = 0.9;
2239   Float_t meann    = 130;
2240   Float_t meanchi  = 1;
2241   Float_t sdensity = 0.1;
2242   Float_t smeann    = 10;
2243   Float_t smeanchi  =0.4;
2244   
2245
2246   if (sum>20){
2247     mdensity = sumdens/sum;
2248     meann    = sumn/sum;
2249     meanchi  = sumchi/sum;
2250     //
2251     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2252     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2253     //
2254     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2255     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2256     //
2257     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2258     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2259   }
2260
2261
2262   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2263   //
2264   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2265     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2266     if (!pt) {
2267       continue;
2268     }
2269     if (pt->fBSigned) continue;
2270     if (pt->fBConstrain) continue;    
2271     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2272     /*
2273     Int_t found,foundable,shared;    
2274     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2275     if (shared/float(found)>0.3) {
2276       if (shared/float(found)>0.9 ){
2277         //delete arr->RemoveAt(i);
2278       }
2279       continue;
2280     }
2281     */
2282     Bool_t isok =kFALSE;
2283     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2284       isok = kTRUE;
2285     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2286       isok =kTRUE;
2287     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2288       isok =kTRUE;
2289     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2290       isok =kTRUE;
2291     
2292     if (isok)     
2293       for (Int_t i=0; i<160; i++) {     
2294         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2295         if (index<0) continue;
2296         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2297         if (!c) continue;
2298         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2299         c->Use(10);  
2300       }
2301   }
2302   
2303   
2304   //
2305   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2306
2307   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2308     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2309     if (!pt) {
2310       continue;
2311     }    
2312     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2313     if (pt->fBSigned) continue;
2314     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2315     if (chi>maxchi) continue;
2316
2317     Float_t bfactor=1;
2318     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2319    
2320     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2321     
2322     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue; 
2323     
2324     
2325     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2326     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2327    
2328     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2329     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2330       minn=0;
2331
2332     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2333       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2334       pt->fBSigned = kTRUE;
2335       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2336
2337         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2338         if (index<0) continue;
2339         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2340         if (!c) continue;
2341         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2342         c->Use(10);  
2343       }
2344     }
2345   }
2346   //  gLastCheck = nseed;
2347   //  arr->Compress();
2348   if (fDebug>0){
2349     timer.Print();
2350   }
2351 }
2352
2353
2354 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2) const
2355 {
2356   // stop not active tracks
2357   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2358   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2359   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2360   //
2361   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2362     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2363     if (!pt) {
2364       continue;
2365     }
2366     if (!(pt->IsActive())) continue;
2367     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2368   }
2369 }
2370
2371
2372
2373 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2374  Float_t th2) const
2375 {
2376   // stop not active tracks
2377   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2378   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2379   Int_t sumgood1  = 0;
2380   Int_t sumgood2  = 0;
2381   Int_t foundable = 0;
2382   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2383   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2384     seed->Desactivate(10) ;
2385     return;
2386   }
2387
2388   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2389     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2390     if (index!=-1) foundable++;
2391     //if (!c) continue;
2392     if (foundable<=30) sumgood1++;
2393     if (foundable<=50) {
2394       sumgood2++;
2395     }
2396     else{ 
2397       break;
2398     }        
2399   }
2400   if (foundable>=30.){ 
2401      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2402   }
2403   if (foundable>=50)
2404     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2405 }
2406
2407
2408 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitInward(AliESD *event)
2409 {
2410   //
2411   // back propagation of ESD tracks
2412   //
2413   //return 0;
2414   fEvent = event;
2415   ReadSeeds(event,2);
2416   fIteration=2;
2417   //PrepareForProlongation(fSeeds,1);
2418   PropagateForward2(fSeeds);
2419   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2420   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2421     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2422     seed->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
2423     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2424     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2425     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2426     if (seed->GetNumberOfClusters()>20){
2427       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCrefit);
2428     }
2429     else{
2430       //printf("problem\n");
2431     }
2432   }
2433   fEvent =0;
2434   //WriteTracks();
2435   return 0;
2436 }
2437
2438
2439 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2440 {
2441   //
2442   // back propagation of ESD tracks
2443   //
2444
2445   fEvent = event;
2446   fIteration = 1;
2447   ReadSeeds(event,0);
2448   PropagateBack(fSeeds);
2449   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2450   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2451     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2452     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2453     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2454     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2455     esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2456   }
2457   fEvent =0;
2458   //WriteTracks();
2459   return 0;
2460 }
2461
2462
2463 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2464 {
2465   //
2466   //delete Seeds
2467   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2468   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2469     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2470     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2471   }
2472   delete fSeeds;
2473   fSeeds =0;
2474 }
2475
2476 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event, Int_t direction)
2477 {
2478   //
2479   //read seeds from the event
2480   
2481   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2482   Info("PropagateBack", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2483   if (fSeeds) 
2484     DeleteSeeds();
2485   if (!fSeeds){   
2486     fSeeds = new TObjArray;
2487   }
2488   
2489   //  Int_t ntrk=0;
2490   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2491     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2492     ULong_t status=esd->GetStatus();    
2493     AliTPCtrack t(*esd);
2494     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2495     if ((status==AliESDtrack::kTPCin)&&(direction==1)) seed->ResetCovariance(); 
2496     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) == 0 ) seed->ResetCovariance();
2497
2498     //
2499     //
2500     // rotate to the local coordinate system
2501    
2502     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;
2503     
2504     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2505     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2506     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2507     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2508     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2509     alpha-=seed->GetAlpha();  
2510     if (!seed->Rotate(alpha)) continue;
2511     seed->fEsd = esd;
2512     //
2513     //seed->PropagateTo(fSectors->GetX(0));
2514     //
2515     //    Int_t index = esd->GetTPCindex();
2516     //AliTPCseed * seed2= (AliTPCseed*)fSeeds->At(index);
2517     //if (direction==2){
2518     //  AliTPCseed * seed2  = ReSeed(seed,0.,0.5,1.);
2519     //  if (seed2) {
2520     //  delete seed;
2521     //  seed = seed2;
2522     //  }
2523     //}
2524     
2525     fSeeds->AddLast(seed);
2526   }
2527 }
2528
2529
2530
2531 //_____________________________________________________________________________
2532 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2533                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2534   //-----------------------------------------------------------------
2535   // This function creates track seeds.
2536   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN 
2537   //-----------------------------------------------------------------
2538   // cuts[0]   - fP4 cut
2539   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2540   // cuts[2]   - zvertex cut
2541   // cuts[3]   - fP3 cut
2542   Int_t nin0  = 0;
2543   Int_t nin1  = 0;
2544   Int_t nin2  = 0;
2545   Int_t nin   = 0;
2546   Int_t nout1 = 0;
2547   Int_t nout2 = 0;
2548
2549   Double_t x[5], c[15];
2550   //  Int_t di = i1-i2;
2551   //
2552   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2553   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2554   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2555   //
2556   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2557   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2558   
2559   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2560   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2561
2562   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2563
2564   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2565   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2566   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2567   //
2568   Int_t ns =sec;   
2569
2570   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2571   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2572   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2573
2574   //
2575   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2576   // maximal curvature set to reach it
2577   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2578   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2579     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2580   }
2581   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2582
2583   //  Int_t ddsec = 1;
2584   if (deltay>0) ddsec = 0; 
2585   // loop over clusters  
2586   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2587     //
2588     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2589     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2590     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2591
2592     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2593
2594     // find possible directions    
2595     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3); 
2596     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z      
2597     //
2598     //
2599     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2600     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2601     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2602     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2603     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);            
2604     
2605     //
2606     // loop over 2 sectors
2607     Int_t dsec1=-ddsec;
2608     Int_t dsec2= ddsec;
2609     if (y1<0)  dsec2= 0;
2610     if (y1>0)  dsec1= 0;
2611     
2612     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2613     Double_t dddz2=0;
2614     if ( (z1-z3)>0)
2615       dddz1 =1;    
2616     else
2617       dddz2 =1;
2618     //
2619     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2620       Int_t sec2 = sec + dsec;
2621       // 
2622       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2623       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2624       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2625       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2626       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2627       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2628
2629       // rotation angles to p1-p3
2630       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;            
2631       Double_t x2,   y2,   z2; 
2632       //
2633       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2634
2635       //
2636       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2637       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2638       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2639         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2640         if (kcl->IsUsed(10)) continue;  
2641         //
2642         //calcutate parameters
2643         //      
2644         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2645         // stright track
2646         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2647         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2648         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2649         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;   
2650         //curvature (radius) cut
2651         if (r02<r2min) continue;                
2652        
2653         nin0++; 
2654         //
2655         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2656         if (yy0>0) c0*=-1.;     
2657                
2658        
2659         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2660         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2661         Double_t dfi0   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2662         Double_t dfi1   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);  
2663         //
2664         //
2665         Double_t z0  =  kcl->GetZ();  
2666         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2667         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;       
2668         nin1++;              
2669         //      
2670         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;        
2671         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2672         //
2673         y2 = kcl->GetY(); 
2674         if (dsec==0){
2675           x2 = xx2; 
2676           z2 = kcl->GetZ();       
2677         }
2678         else
2679           {
2680             // rotation 
2681             z2 = kcl->GetZ();  
2682             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
2683             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
2684           }
2685         
2686         x[0] = y1;
2687         x[1] = z1;
2688         x[2] = x0;
2689         x[3] = dip;
2690         x[4] = c0;
2691         //
2692         //
2693         // do we have cluster at the middle ?
2694         Double_t ym,zm;
2695         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
2696         UInt_t dummy; 
2697         AliTPCclusterMI * cm=0;
2698         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){      
2699           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2700           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {        
2701             continue;
2702           }
2703         }
2704         else{     
2705           // rotate y1 to system 0
2706           // get state vector in rotated system 
2707           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
2708           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
2709           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
2710           //
2711           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
2712           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2713             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2714             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {      
2715               continue;
2716             }
2717           }
2718         }
2719        
2720
2721         Double_t dym = 0;
2722         Double_t dzm = 0;
2723         if (cm){
2724           dym = ym - cm->GetY();
2725           dzm = zm - cm->GetZ();
2726         }
2727         nin2++;
2728
2729
2730         //
2731         //
2732         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
2733         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
2734         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
2735         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
2736         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
2737
2738         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2739         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2740         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2741         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2742         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2743         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2744         
2745         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2746         Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2747         Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2748         Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2749         
2750         c[0]=sy1;
2751         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2752         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2753         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2754                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2755         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
2756         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
2757         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
2758         
2759         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
2760         
2761         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
2762         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
2763         
2764         track->fIsSeeding = kTRUE;
2765         track->fSeed1 = i1;
2766         track->fSeed2 = i2;
2767         track->fSeedType=3;
2768
2769        
2770         //if (dsec==0) {
2771           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
2772           Int_t foundable,found,shared;
2773           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
2774           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
2775             seed->Reset();
2776             seed->~AliTPCseed();
2777             continue;
2778           }
2779           //}
2780         
2781         nin++;
2782         FollowProlongation(*track, i2,1);
2783         
2784         
2785         //Int_t rc = 1;
2786         track->fBConstrain =1;
2787         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
2788         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
2789         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
2790         
2791         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
2792             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
2793             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
2794           seed->Reset();
2795           seed->~AliTPCseed();
2796           continue;
2797         }
2798         nout1++;
2799         // Z VERTEX CONDITION
2800         Double_t zv;
2801         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2802           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2803         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
2804           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
2805           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2806             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2807           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
2808             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
2809             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
2810               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
2811             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
2812               // make seed without constrain
2813               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
2814               FollowProlongation(*track2, i2,1);
2815               track2->fBConstrain = kFALSE;
2816               track2->fSeedType = 1;
2817               arr->AddLast(track2); 
2818               seed->Reset();
2819               seed->~AliTPCseed();
2820               continue;         
2821             }
2822             else{
2823               seed->Reset();
2824               seed->~AliTPCseed();
2825               continue;
2826             
2827             }
2828           }
2829         }
2830         
2831         track->fSeedType =0;
2832         arr->AddLast(track); 
2833         seed = new AliTPCseed;  
2834         nout2++;
2835         // don't consider other combinations
2836         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
2837           break;
2838       }
2839     }
2840   }
2841   if (fDebug>1){
2842     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
2843   }
2844   delete seed;
2845 }
2846
2847
2848 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2849                                  Float_t deltay) {
2850   
2851
2852
2853   //-----------------------------------------------------------------
2854   // This function creates track seeds.
2855   //-----------------------------------------------------------------
2856   // cuts[0]   - fP4 cut
2857   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2858   // cuts[2]   - zvertex cut
2859   // cuts[3]   - fP3 cut
2860
2861
2862   Int_t nin0  = 0;
2863   Int_t nin1  = 0;
2864   Int_t nin2  = 0;
2865   Int_t nin   = 0;
2866   Int_t nout1 = 0;
2867   Int_t nout2 = 0;
2868   Int_t nout3 =0;
2869   Double_t x[5], c[15];
2870   //
2871   // make temporary seed
2872   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2873   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
2874   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2875   //
2876   //
2877
2878   // first 3 padrows
2879   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
2880   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
2881   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2882   //
2883   Double_t x1p = GetXrow(i1);
2884   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
2885   //
2886   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
2887   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
2888
2889   //
2890   //last 3 padrow for seeding
2891   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
2892   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
2893   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;  
2894   //
2895   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
2896   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
2897   //
2898   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
2899   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
2900
2901   //
2902   //
2903   // middle padrow
2904   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
2905   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
2906   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
2907   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2908   //
2909   //
2910   Double_t deltax  = x1-x3;
2911   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
2912   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
2913   //
2914   // loop over clusters  
2915   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2916     //
2917     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2918     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2919     //
2920     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge    
2921     // 
2922     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
2923     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
2924     //    
2925     Double_t y3,   z3;
2926     //
2927     //
2928     UInt_t index;
2929     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2930       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
2931       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2932       y3 = kcl->GetY(); 
2933       // apply angular cuts
2934       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
2935       x3 = x3; 
2936       z3 = kcl->GetZ(); 
2937       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
2938       //
2939       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
2940       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2941       //
2942       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2943       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
2944       //
2945       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
2946       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
2947
2948       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
2949       if (!kcm) continue;
2950       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
2951       
2952       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2953       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
2954       //
2955       //
2956       //
2957       Int_t used  =0;
2958       Int_t found =0;
2959       //
2960       // look around first
2961       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
2962                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
2963                                                       erry,errz,index);
2964       //
2965       if (kc1m){
2966         found++;
2967         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
2968       }
2969       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
2970                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
2971                                                       erry,errz,index);
2972       //
2973       if (kc1p){
2974         found++;
2975         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
2976       }
2977       if (used>1)  continue;
2978       if (found<1) continue; 
2979
2980       //
2981       // look around last
2982       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
2983                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
2984                                                       erry,errz,index);
2985       //
2986       if (kc3m){
2987         found++;
2988         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
2989       }
2990       else 
2991         continue;
2992       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
2993                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
2994                                                       erry,errz,index);
2995       //
2996       if (kc3p){
2997         found++;
2998         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
2999       }
3000       else 
3001         continue;
3002       if (used>1)  continue;
3003       if (found<3) continue;       
3004       //
3005       Double_t x2,y2,z2;
3006       x2 = xm;
3007       y2 = kcm->GetY();
3008       z2 = kcm->GetZ();
3009       //
3010                         
3011       x[0]=y1;
3012       x[1]=z1;
3013       x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3014       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
3015       nin0++;
3016       //
3017       x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3018       nin1++;
3019       //
3020       x[3]=F3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
3021       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3022       nin2++;
3023       //
3024       //
3025       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
3026       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
3027       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
3028       
3029       Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3030       Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3031       Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3032       Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3033       Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3034       Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3035       
3036       Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3037       Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3038       Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3039       Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3040       
3041       c[0]=sy1;
3042       c[1]=0.;       c[2]=sz1; 
3043       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3044       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3045       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3046       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3047       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3048       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3049       
3050       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3051       
3052       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3053       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3054       
3055       track->fIsSeeding = kTRUE;
3056
3057       nin++;      
3058       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
3059       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 || 
3060           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
3061         seed->Reset();
3062         seed->~AliTPCseed();
3063         continue;
3064       }
3065       nout1++;
3066       nout2++;  
3067       //Int_t rc = 1;
3068       FollowProlongation(*track, i2,1);
3069       track->fBConstrain =0;
3070       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3071       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3072       
3073       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3074           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 || 
3075           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3076         seed->Reset();
3077         seed->~AliTPCseed();
3078         continue;
3079       }
3080    
3081       {
3082         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3083         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3084         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3085         track2->fBConstrain = kFALSE;
3086         track2->fSeedType = 4;
3087         arr->AddLast(track2); 
3088         seed->Reset();
3089         seed->~AliTPCseed();
3090       }
3091       
3092    
3093       //arr->AddLast(track); 
3094       //seed = new AliTPCseed;  
3095       nout3++;
3096     }
3097   }
3098   
3099   if (fDebug>1){
3100     //    printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3101   }
3102   delete seed;
3103 }
3104
3105
3106 //_____________________________________________________________________________
3107 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3108                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3109   //-----------------------------------------------------------------
3110   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3111   //-----------------------------------------------------------------
3112   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3113   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3114   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied 
3115   // cuts[3]   - fP3 cut
3116   Int_t nin0=0;
3117   Int_t nin1=0;
3118   Int_t nin2=0;
3119   Int_t nin3=0;
3120   //  Int_t nin4=0;
3121   //Int_t nin5=0;
3122
3123   
3124
3125   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3126   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3127   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3128   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3129   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3130   AliTPCRow * kr=0;
3131
3132   AliTPCpolyTrack polytrack;
3133   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3134   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3135
3136   Int_t sumused=0;
3137   Int_t cused=0;
3138   Int_t cnused=0;
3139   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3140     Int_t nfound =0;
3141     Int_t nfoundable =0;
3142     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3143       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3144       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];      
3145       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3146       
3147       if (cl->IsUsed(10)) {
3148         cused++;
3149       }
3150       else{
3151         cnused++;
3152       }
3153       Double_t x = kr0.GetX();
3154       // Initialization of the polytrack
3155       nfound =0;
3156       nfoundable =0;
3157       polytrack.Reset();
3158       //
3159       Double_t y0= cl->GetY();
3160       Double_t z0= cl->GetZ();
3161       Float_t erry = 0;
3162       Float_t errz = 0;
3163       
3164       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3165       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3166       
3167       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3168       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3169       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3170
3171       sumused=0;
3172       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3173
3174
3175       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3176       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3177       //
3178       x = krm.GetX();
3179       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3180       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3181         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;          
3182         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3183         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3184         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3185       }
3186       //
3187       x = krp.GetX();
3188       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3189       if (cl2) {
3190         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;          
3191         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3192         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;  
3193         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3194       }
3195       //
3196       if (sumused>0) continue;
3197       nin0++;
3198       polytrack.UpdateParameters();
3199       // follow polytrack
3200       roadz = 1.2;
3201       roady = 1.2;
3202       //
3203       Double_t yn,zn;
3204       nfoundable = polytrack.GetN();
3205       nfound     = nfoundable; 
3206       //
3207       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3208         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3209         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3210           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3211           kr = &(fSectors[sec][row]);
3212           Double_t xn = kr->GetX();
3213           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3214           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3215           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3216           nfoundable++;
3217           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3218           if (cln) {
3219             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3220             if (dist<maxdist){
3221               /*
3222               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));         
3223               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3224               if (cln->IsUsed(10)) {
3225                 //      printf("used\n");
3226                 sumused++;
3227                 erry*=2;
3228                 errz*=2;
3229               }
3230               */
3231               erry=0.1;
3232               errz=0.1;
3233               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3234               nfound++;
3235             }
3236           }
3237         }
3238         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;     
3239         polytrack.UpdateParameters();
3240       }           
3241     }
3242     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3243       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3244       continue;
3245     }
3246     nin1++;
3247     Double_t dy,dz;
3248     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3249     AliTPCpolyTrack track2;
3250     
3251     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3252     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3253     nin2++;
3254
3255     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3256       //
3257       // test seed with and without constrain
3258       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3259         // add polytrack candidate
3260
3261         Double_t x[5], c[15];
3262         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3263         track2.GetBoundaries(x3,x1);    
3264         x2 = (x1+x3)/2.;
3265         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3266         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3267         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3268         //
3269         //is track pointing to the vertex ?
3270         Double_t x0,y0,z0;
3271         x0=0;
3272         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3273
3274         if (constrain) {
3275           x2 = x3;
3276           y2 = y3;
3277           z2 = z3;
3278           
3279           x3 = 0;
3280           y3 = 0;
3281           z3 = 0;
3282         }
3283         x[0]=y1;
3284         x[1]=z1;
3285         x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3286                 
3287         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3288         x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3289         
3290         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3291         //x[3]=F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3292         x[3]=F3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3293         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3294
3295         
3296         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3297         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3298         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3299         Double_t sy3=0.02;
3300
3301         if (constrain){
3302           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3303         }
3304         
3305         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3306         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3307         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3308         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3309         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3310         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3311
3312         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3313         Double_t f31=(F3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3314         Double_t f32=(F3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3315         Double_t f34=(F3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3316
3317         
3318         c[0]=sy1;
3319         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3320         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3321         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3322         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3323         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3324         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3325         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3326         
3327         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3328         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3329
3330         UInt_t index=0;
3331         //kr0.GetIndex(is);
3332         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3333         track->fIsSeeding = kTRUE;
3334         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);        
3335         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3336         else
3337           track->fBConstrain =0;
3338         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3339         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3340
3341         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3342             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
3343             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3344           //delete track;
3345           seed->Reset();
3346           seed->~AliTPCseed();
3347         }
3348         else {
3349           arr->AddLast(track);
3350           seed = new AliTPCseed;
3351         }
3352         nin3++;
3353       }
3354     }  // if accepted seed
3355   }
3356   if (fDebug>1){
3357     printf("\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3358   }
3359   delete seed;
3360 }
3361
3362
3363 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3364 {
3365   //
3366   //
3367   //reseed using track points
3368   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0 
3369   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3370   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3371   Int_t pp2=0;
3372   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3373   x0[0]=-1;
3374   x0[0]=-1;
3375   x0[0]=-1;
3376
3377   // find track position at given ratio of the length
3378   Int_t  sec0, sec1, sec2;
3379   sec0=0;
3380   sec1=0;
3381   sec2=0;
3382   Int_t index=-1;
3383   Int_t clindex;
3384   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3385     if (track->fClusterPointer[i]){
3386       index++;
3387       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3388       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3389         if (trpoint->GetX()>1){
3390           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3391           if (clindex>0){       
3392             x0[0] = trpoint->GetX();
3393             x0[1] = trpoint->GetY();
3394             x0[2] = trpoint->GetZ();
3395             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3396           }
3397         }
3398       }
3399
3400       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3401         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3402         if (clindex>0){
3403           x1[0] = trpoint->GetX();
3404           x1[1] = trpoint->GetY();
3405           x1[2] = trpoint->GetZ();
3406           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3407         }
3408       }
3409       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3410         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3411         if (clindex>0){
3412           x2[0] = trpoint->GetX();
3413           x2[1] = trpoint->GetY();
3414           x2[2] = trpoint->GetZ(); 
3415           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3416           pp2 = i;
3417         }
3418       }
3419     }
3420   }
3421   
3422   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3423   //
3424   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3425   cs = TMath::Cos(alpha);
3426   sn = TMath::Sin(alpha); 
3427   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3428   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3429   x1[0] = xx2;
3430   x1[1] = yy2;
3431   //
3432   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3433   cs = TMath::Cos(alpha);
3434   sn = TMath::Sin(alpha); 
3435   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3436   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3437   x0[0] = xx2;
3438   x0[1] = yy2;
3439   //
3440   //
3441   //
3442   Double_t x[5],c[15];
3443   //
3444   x[0]=x2[1];
3445   x[1]=x2[2];
3446   x[4]=F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3447   //  if (x[4]>1) return 0;
3448   x[2]=F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3449   x[3]=F3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3450   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3451   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3452   //  
3453   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3454   //
3455   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3456   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3457   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3458   //
3459   Double_t f40=(F1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3460   Double_t f42=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3461   Double_t f43=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3462   Double_t f20=(F2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3463   Double_t f22=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3464   Double_t f23=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3465   //
3466   Double_t f30=(F3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3467   Double_t f31=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3468   Double_t f32=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3469   Double_t f34=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3470   
3471   
3472   c[0]=sy1;
3473   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3474   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3475   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3476   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3477   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3478   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3479   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3480   
3481   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3482   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3483   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3484   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3485   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3486   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3487   //  seed =0;
3488   seed->fLastPoint  = pp2;
3489   seed->fFirstPoint = pp2;
3490   
3491
3492   return seed;
3493 }
3494
3495
3496 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3497 {
3498   //
3499   //
3500   //reseed using founded clusters 
3501   //
3502   // Find the number of clusters
3503   Int_t nclusters = 0;
3504   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3505     if (track->GetClusterIndex(irow)>0) nclusters++;
3506   }
3507   //
3508   Int_t ipos[3];
3509   ipos[0] = TMath::Max(int(r0*nclusters),0);             // point 0 cluster
3510   ipos[1] = TMath::Min(int(r1*nclusters),nclusters-1);   // 
3511   ipos[2] = TMath::Min(int(r2*nclusters),nclusters-1);   // last point
3512   //
3513   //
3514   Double_t  xyz[3][3];
3515   Int_t     row[3],sec[3]={0,0,0};
3516   //
3517   // find track row position at given ratio of the length
3518   Int_t index=-1;
3519   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){    
3520     if (track->GetClusterIndex2(irow)<0) continue;
3521     index++;
3522     for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3523       if (index<=ipos[ipoint]) row[ipoint] = irow;
3524     }        
3525   }
3526   //
3527   //Get cluster and sector position
3528   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3529     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3530     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3531     if (cl==0) {
3532       printf("Bug\n");
3533       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3534       return 0;
3535     }
3536     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3537     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3538     xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3539     xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3540   }
3541   //
3542   //
3543   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3544
3545   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3546   //
3547   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3548   cs = TMath::Cos(alpha);
3549   sn = TMath::Sin(alpha); 
3550   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3551   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3552   xyz[1][0] = xx2;
3553   xyz[1][1] = yy2;
3554   //
3555   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3556   cs = TMath::Cos(alpha);
3557   sn = TMath::Sin(alpha); 
3558   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3559   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3560   xyz[0][0] = xx2;
3561   xyz[0][1] = yy2;
3562   //
3563   //
3564   //
3565   Double_t x[5],c[15];
3566   //
3567   x[0]=xyz[2][1];
3568   x[1]=xyz[2][2];
3569   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3570   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3571   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3572   //  
3573   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3574   //
3575   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3576   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3577   Double_t sy3=0.2;
3578   //
3579   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3580   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3581   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3582   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3583   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3584   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3585   //
3586   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3587   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3588   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3589   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3590   
3591   
3592   c[0]=sy1;
3593   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3594   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3595   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3596   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3597   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3598   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3599   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3600   
3601   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3602   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3603   seed->fLastPoint  = row[2];
3604   seed->fFirstPoint = row[2];  
3605   return seed;
3606 }
3607
3608 Int_t  AliTPCtrackerMI::CheckKinkPoint(AliTPCseed*seed, Float_t th)
3609 {
3610   //
3611   //
3612   // 
3613   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3614   //
3615   if (TMath::Abs(seed->GetC())>0.01) return 0;
3616   //
3617
3618   Float_t x[160], y[160], erry[160], z[160], errz[160];
3619   Int_t sec[160];
3620   Float_t xt[160], yt[160], zt[160];
3621   Int_t i1 = 200;
3622   Int_t i2 = 0;
3623   Int_t secm   = -1;
3624   Int_t padm   = -1;
3625   Int_t middle = seed->GetNumberOfClusters()/2;
3626   //
3627   //
3628   // find central sector, get local cooordinates
3629   Int_t count = 0;
3630   for (Int_t i=seed->fFirstPoint;i<=seed->fLastPoint;i++) {
3631     sec[i]= seed->GetClusterSector(i)%18;
3632     x[i]  = GetXrow(i);  
3633     if (sec[i]>=0) {
3634       AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3635       //      if (cl==0)        cl = GetClusterMI(seed->GetClusterIndex2(i));
3636       if (cl==0) {
3637         sec[i] = -1;
3638         continue;
3639       }
3640       //
3641       //
3642       if (i>i2)  i2 = i;  //last  point with cluster
3643       if (i2<i1) i1 = i;  //first point with cluster
3644       y[i] = cl->GetY();
3645       z[i] = cl->GetZ();
3646       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3647       xt[i] = x[i];
3648       yt[i] = point->GetY();
3649       zt[i] = point->GetZ();
3650   
3651       if (point->GetX()>0){
3652         erry[i] = point->GetErrY();
3653         errz[i] = point->GetErrZ();     
3654       }
3655
3656       count++;
3657       if (count<middle) {
3658         secm = sec[i];  //central sector
3659         padm = i;       //middle point with cluster
3660       }
3661     }
3662   }
3663   //
3664   // rotate position to global coordinate system connected to  sector at last the point
3665   //
3666   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3667     //    
3668     if (sec[i]<0) continue;
3669     Double_t alpha = (sec[i2]-sec[i])*fSectors->GetAlpha();
3670     Double_t cs = TMath::Cos(alpha);
3671     Double_t sn = TMath::Sin(alpha);    
3672     Float_t xx2= x[i]*cs+y[i]*sn;
3673     Float_t yy2= -x[i]*sn+y[i]*cs;
3674     x[i] = xx2;
3675     y[i] = yy2;    
3676     //
3677     xx2= xt[i]*cs+yt[i]*sn;
3678     yy2= -xt[i]*sn+yt[i]*cs;
3679     xt[i] = xx2;
3680     yt[i] = yy2;    
3681
3682   }
3683   //get "state" vector
3684   Double_t xh[5],xm = x[padm];  
3685   xh[0]=yt[i2];
3686   xh[1]=zt[i2];
3687   xh[4]=F1(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);  
3688   xh[2]=F2(xt[i2],yt[i2],xt[padm],yt[padm],xt[i1],yt[i1]);
3689   xh[3]=F3n(xt[i2],yt[i2],xt[i1],yt[i1],zt[i2],zt[i1],xh[4]);
3690   //
3691   //
3692   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3693     Double_t yy,zz;
3694     if (sec[i]<0) continue;    
3695     GetProlongation(x[i2], x[i],xh,yy,zz);
3696     if (TMath::Abs(y[i]-yy)>4||TMath::Abs(z[i]-zz)>4){
3697       //Double_t xxh[5];
3698       //xxh[4]=F1old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);  
3699       //xxh[2]=F2old(x[i2],y[i2],x[padm],y[padm],x[i1],y[i1]);
3700       printf("problem\n");
3701     }
3702     y[i] = y[i] - yy;
3703     z[i] = z[i] - zz;
3704   }
3705   Float_t dyup[160],dydown[160], dzup[160], dzdown[160];
3706   Float_t yup[160], ydown[160],  zup[160],  zdown[160];
3707  
3708   AliTPCpolyTrack ptrack1,ptrack2;
3709   //
3710   // derivation up
3711   for (Int_t i=i1;i<=i2;i++){
3712     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3713     if (!cl) continue;
3714     if (cl->GetType()<0) continue;
3715     if (cl->GetType()>10) continue;
3716
3717     if (sec[i]>=0){
3718       ptrack1.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3719     }
3720     if (ptrack1.GetN()>4.){
3721       ptrack1.UpdateParameters();
3722       Double_t ddy,ddz;
3723       ptrack1.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3724       Double_t yy,zz;
3725       ptrack1.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3726
3727       dyup[i] = ddy;
3728       dzup[i] = ddz;
3729       yup[i]  = yy;
3730       zup[i]  = zz;
3731
3732     }
3733     else{
3734       dyup[i]=0.;  //not enough points
3735     }
3736   }
3737   //
3738   // derivation down
3739   for (Int_t i=i2;i>=i1;i--){
3740     AliTPCclusterMI * cl = seed->fClusterPointer[i];
3741     if (!cl) continue;
3742     if (cl->GetType()<0) continue;
3743     if (cl->GetType()>10) continue;
3744     if (sec[i]>=0){
3745       ptrack2.AddPoint(x[i]-xm,y[i],z[i],0.1,0.1);
3746     }
3747     if (ptrack2.GetN()>4){
3748       ptrack2.UpdateParameters();
3749       Double_t ddy,ddz;
3750       ptrack2.GetFitDerivation(x[i]-xm,ddy,ddz);
3751       Double_t yy,zz;
3752       ptrack2.GetFitPoint(x[i]-xm,yy,zz);
3753
3754       dydown[i] = ddy;
3755       dzdown[i] = ddz;
3756       ydown[i]  = yy;
3757       zdown[i]  = zz;
3758     }
3759     else{
3760       dydown[i]=0.;  //not enough points
3761     }
3762   }
3763   //
3764   //
3765   // find maximal difference of the derivation
3766   for (Int_t i=0;i<12;i++) seed->fKinkPoint[i]=0;
3767
3768
3769   for (Int_t i=i1+10;i<i2-10;i++){
3770     if ( (TMath::Abs(dydown[i])<0.00000001)  ||  (TMath::Abs(dyup[i])<0.00000001) ||i<30)continue;
3771     //    printf("%f\t%f\t%f\t%f\t%f\n",x[i],dydown[i],dyup[i],dzdown[i],dzup[i]);
3772     //
3773     Float_t ddy = TMath::Abs(dydown[i]-dyup[i]);
3774     Float_t ddz = TMath::Abs(dzdown[i]-dzup[i]);    
3775     if ( (ddy+ddz)> th){
3776       seed->fKinkPoint[0] = i;
3777       seed->fKinkPoint[1] = ddy;
3778       seed->fKinkPoint[2] = ddz;
3779       th = ddy+ddz;      
3780     }
3781   }
3782
3783   if (fTreeDebug){
3784     //
3785     //write information to the debug tree
3786     TBranch * br = fTreeDebug->GetBranch("debug");
3787     TClonesArray * arr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2");
3788     arr->ExpandCreateFast(i2-i1);
3789     br->SetAddress(&arr);
3790     //
3791     AliTPCclusterMI cldummy;
3792     cldummy.SetQ(0);
3793     AliTPCTrackPoint2 pdummy;
3794     pdummy.GetTPoint().fIsShared = 10;
3795     //
3796     Double_t alpha = sec[i2]*fSectors->GetAlpha();
3797     Double_t cs    = TMath::Cos(alpha);
3798     Double_t sn    = TMath::Sin(alpha);    
3799
3800     for (Int_t i=i1;i<i2;i++){
3801       AliTPCTrackPoint2 *trpoint = (AliTPCTrackPoint2*)arr->UncheckedAt(i-i1);
3802       //cluster info
3803       AliTPCclusterMI * cl0 = seed->fClusterPointer[i];
3804       //      
3805       AliTPCTrackerPoint * point = seed->GetTrackPoint(i);
3806       
3807       if (cl0){
3808         Double_t x = GetXrow(i);
3809         trpoint->GetTPoint() = *point;
3810         trpoint->GetCPoint() = *cl0;
3811         trpoint->GetCPoint().SetQ(TMath::Abs(cl0->GetQ()));
3812         trpoint->fID    = seed->GetUniqueID();
3813         trpoint->fLab   = seed->GetLabel();
3814         //
3815         trpoint->fGX =  cs *x + sn*point->GetY();
3816         trpoint->fGY = -sn *x + cs*point->GetY() ;
3817         trpoint->fGZ = point->GetZ();
3818         //
3819         trpoint->fDY = y[i];
3820         trpoint->fDZ = z[i];
3821         //
3822         trpoint->fDYU = dyup[i];
3823         trpoint->fDZU = dzup[i];
3824         //
3825         trpoint->fDYD = dydown[i];
3826         trpoint->fDZD = dzdown[i];
3827         //
3828         if (TMath::Abs(dyup[i])>0.00000000001 &&TMath::Abs(dydown[i])>0.00000000001){
3829           trpoint->fDDY = dydown[i]-dyup[i];
3830           trpoint->fDDZ = dzdown[i]-dzup[i];
3831         }else{
3832           trpoint->fDDY = 0.;
3833           trpoint->fDDZ = 0.;
3834         }       
3835       }
3836       else{
3837         *trpoint = pdummy;
3838         trpoint->GetCPoint()= cldummy;
3839         trpoint->fID = -1;
3840       }
3841       //     
3842     }
3843     fTreeDebug->Fill();
3844   }
3845   
3846   
3847   return 0;
3848   
3849 }
3850
3851
3852
3853
3854
3855 AliTPCseed*  AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *t)
3856 {
3857   //
3858   // reseed - refit -  track
3859   //
3860   Int_t first = 0;
3861   //  Int_t last  = fSectors->GetNRows()-1;
3862   //
3863   if (fSectors == fOuterSec){
3864     first = TMath::Max(first, t->fFirstPoint-fInnerSec->GetNRows());
3865     //last  = 
3866   }
3867   else
3868     first = t->fFirstPoint;
3869   //
3870   AliTPCseed * seed = MakeSeed(t,0.1,0.5,0.9);
3871   FollowBackProlongation(*t,fSectors->GetNRows()-1);
3872   t->Reset(kFALSE);
3873   FollowProlongation(*t,first);
3874   return seed;
3875 }
3876
3877
3878
3879
3880
3881
3882
3883 //_____________________________________________________________________________
3884 Int_t AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(const TFile *inp) {
3885   //-----------------------------------------------------------------
3886   // This function reades track seeds.
3887   //-----------------------------------------------------------------
3888   TDirectory *savedir=gDirectory; 
3889
3890   TFile *in=(TFile*)inp;
3891   if (!in->IsOpen()) {
3892      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): input file is not open !\n";
3893      return 1;
3894   }
3895
3896   in->cd();
3897   TTree *seedTree=(TTree*)in->Get("Seeds");
3898   if (!seedTree) {
3899      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): ";
3900      cerr<<"can't get a tree with track seeds !\n";
3901      return 2;
3902   }
3903   AliTPCtrack *seed=new AliTPCtrack; 
3904   seedTree->SetBranchAddress("tracks",&seed);
3905   
3906   if (fSeeds==0) fSeeds=new TObjArray(15000);
3907
3908   Int_t n=(Int_t)seedTree->GetEntries();
3909   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
3910      seedTree->GetEvent(i);
3911      fSeeds->AddLast(new AliTPCseed(*seed,seed->GetAlpha()));
3912   }
3913   
3914   delete seed;
3915   delete seedTree; 
3916   savedir->cd();
3917   return 0;
3918 }
3919
3920 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks (AliESD *esd)
3921 {
3922   //
3923   fEvent = esd;
3924   Clusters2Tracks();
3925   if (!fSeeds) return 1;
3926   FillESD(fSeeds);
3927   return 0;
3928   //
3929 }
3930
3931
3932 //_____________________________________________________________________________
3933 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks() {
3934   //-----------------------------------------------------------------
3935   // This is a track finder.
3936   //-----------------------------------------------------------------
3937   TDirectory *savedir=gDirectory; 
3938   TStopwatch timer;
3939
3940   fIteration = 0;
3941   fSeeds = Tracking();
3942
3943
3944   printf("Time for tracking: \t");timer.Print();timer.Start();
3945
3946   //activate again some tracks
3947   for (Int_t i=0; i<fSeeds->GetEntriesFast(); i++) {
3948     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3949     if (!pt) continue;    
3950     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3951     if (nc<20) {
3952       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3953       continue;
3954     }
3955     if (pt->fRemoval==10) {
3956       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
3957         pt->Desactivate(10);  // make track again active
3958       else{
3959         pt->Desactivate(20);    
3960         delete fSeeds->RemoveAt(i);
3961       }
3962     } 
3963   }
3964   RemoveDouble(fSeeds,0.2,0.6,11);
3965   RemoveUsed(fSeeds,0.5,0.5,6);
3966
3967   //
3968   Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3969   Int_t found = 0;
3970   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3971     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3972     if (!pt) continue;    
3973     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3974     if (nc<15) {
3975       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3976       continue;
3977     }
3978     CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
3979     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
3980     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
3981       cerr<<found++<<'\r';      
3982       pt->fLab2 = i;
3983     }
3984     else
3985       delete fSeeds->RemoveAt(i);
3986   }
3987
3988   
3989   //RemoveOverlap(fSeeds,0.99,7,kTRUE);  
3990   SignShared(fSeeds);  
3991   //RemoveUsed(fSeeds,0.9,0.9,6);
3992   // 
3993   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
3994   found = 0;
3995   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
3996     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
3997     if (!pt) continue;    
3998     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
3999     if (nc<15) {
4000       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4001       continue;
4002     }
4003     t.SetUniqueID(i);
4004     t.CookdEdx(0.02,0.6);
4005     //    CheckKinkPoint(&t,0.05);
4006     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
4007     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
4008       cerr<<found++<<'\r';      
4009       pt->fLab2 = i;
4010     }
4011     else
4012       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4013     //AliTPCseed * seed1 = ReSeed(pt,0.05,0.5,1);
4014     //if (seed1){
4015     //  FollowProlongation(*seed1,0);
4016     //  Int_t n = seed1->GetNumberOfClusters();
4017     //  printf("fP4\t%f\t%f\n",seed1->GetC(),pt->GetC());
4018     //  printf("fN\t%d\t%d\n", seed1->GetNumberOfClusters(),pt->GetNumberOfClusters());
4019     //
4020     //}
4021     //AliTPCseed * seed2 = ReSeed(pt,0.95,0.5,0.05);
4022     
4023   }
4024
4025   SortTracks(fSeeds, 1);
4026   
4027   /*    
4028   fIteration = 1;
4029   PrepareForBackProlongation(fSeeds,5.);
4030   PropagateBack(fSeeds);
4031   printf("Time for back propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
4032   
4033   fIteration = 2;
4034   
4035   PrepareForProlongation(fSeeds,5.);
4036   PropagateForward2(fSeeds);
4037    
4038   printf("Time for FORWARD propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
4039   // RemoveUsed(fSeeds,0.7,0.7,6);
4040   //RemoveOverlap(fSeeds,0.9,7,kTRUE);
4041    
4042   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
4043   found = 0;
4044   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4045     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;    
4046     if (!pt) continue;    
4047     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
4048     if (nc<15) {
4049       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4050       continue;
4051     }
4052     t.CookdEdx(0.02,0.6);
4053     //    CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
4054     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
4055     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
4056       cerr<<found++<<'\r';      
4057     }
4058     else
4059       delete fSeeds->RemoveAt(i);
4060     pt->fLab2 = i;
4061   }
4062   */
4063  
4064   //  fNTracks = found;
4065   printf("Time for overlap removal, track writing and dedx cooking: \t"); timer.Print();timer.Start();
4066   //
4067   cerr<<"Number of found tracks : "<<"\t"<<found<<endl;  
4068   savedir->cd();
4069   //  UnloadClusters();
4070   //  
4071   return 0;
4072 }
4073
4074 void AliTPCtrackerMI::Tracking(TObjArray * arr)
4075 {
4076   //
4077   // tracking of the seeds
4078   //
4079
4080   fSectors = fOuterSec;
4081   ParallelTracking(arr,150,63);
4082   fSectors = fOuterSec;
4083   ParallelTracking(arr,63,0);
4084 }
4085
4086 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking(Int_t seedtype, Int_t i1, Int_t i2, Float_t cuts[4], Float_t dy, Int_t dsec)
4087 {
4088   //
4089   //
4090   //tracking routine
4091   TObjArray * arr = new TObjArray;
4092   // 
4093   fSectors = fOuterSec;
4094   TStopwatch timer;
4095   timer.Start();
4096   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
4097     if (seedtype==3) MakeSeeds3(arr,sec,i1,i2,cuts,dy, dsec);
4098     if (seedtype==4) MakeSeeds5(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);    
4099     if (seedtype==2) MakeSeeds2(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
4100   }
4101   if (fDebug>0){
4102     printf("\nSeeding - %d\t%d\t%d\t%d\n",seedtype,i1,i2,arr->GetEntriesFast());
4103     timer.Print();
4104     timer.Start();
4105   }
4106   Tracking(arr);  
4107   if (fDebug>0){
4108     timer.Print();
4109   }
4110
4111   return arr;
4112 }
4113
4114 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking()
4115 {
4116   //
4117   //
4118   TStopwatch timer;
4119   timer.Start();
4120   Int_t nup=fOuterSec->GetNRows()+fInnerSec->GetNRows();
4121
4122   TObjArray * seeds = new TObjArray;
4123   TObjArray * arr=0;
4124   
4125   Int_t gap =20;
4126   Float_t cuts[4];
4127   cuts[0] = 0.002;
4128   cuts[1] = 1.5;
4129   cuts[2] = 3.;
4130   cuts[3] = 3.;
4131   Float_t fnumber  = 3.0;
4132   Float_t fdensity = 3.0;
4133   
4134   //  
4135   //find primaries  
4136   cuts[0]=0.0066;
4137   for (Int_t delta = 0; delta<18; delta+=6){
4138     //
4139     cuts[0]=0.0070;
4140     cuts[1] = 1.5;
4141     arr = Tracking(3,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1,1);
4142     SumTracks(seeds,arr);   
4143     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity); 
4144     //
4145     for (Int_t i=2;i<6;i+=2){
4146       // seed high pt tracks
4147       cuts[0]=0.0022;
4148       cuts[1]=0.3;
4149       arr = Tracking(3,nup-i-delta,nup-i-delta-gap,cuts,-1,0);
4150       SumTracks(seeds,arr);   
4151       SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);        
4152     }
4153   }
4154   fnumber  = 4;
4155   fdensity = 4.;
4156   //  RemoveUsed(seeds,0.9,0.9,1);
4157   //  UnsignClusters();
4158   //  SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);    
4159
4160   //find primaries  
4161   cuts[0]=0.0077;
4162   for (Int_t delta = 20; delta<120; delta+=10){
4163     //
4164     // seed high pt tracks
4165     cuts[0]=0.0060;
4166     cuts[1]=0.3;
4167     cuts[2]=6.;
4168     arr = Tracking(3,nup-delta,nup-delta-gap,cuts,-1);
4169     SumTracks(seeds,arr);   
4170     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);            
4171
4172     cuts[0]=0.003;
4173     cuts[1]=0.3;
4174     cuts[2]=6.;
4175     arr = Tracking(3,nup-delta-5,nup-delta-5-gap,cuts,-1);
4176     SumTracks(seeds,arr);   
4177     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);            
4178   }
4179
4180   cuts[0] = 0.01;
4181   cuts[1] = 2.0;
4182   cuts[2] = 3.;
4183   cuts[3] = 2.0;
4184   fnumber  = 2.;
4185   fdensity = 2.;
4186   
4187   if (fDebug>0){
4188     printf("\n\nPrimary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4189     timer.Print();
4190     timer.Start();
4191   }
4192   //  RemoveUsed(seeds,0.75,0.75,1);
4193   //UnsignClusters();
4194   //SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
4195   
4196   // find secondaries
4197
4198   cuts[0] = 0.3;
4199   cuts[1] = 1.5;
4200   cuts[2] = 3.;
4201   cuts[3] = 1.5;
4202
4203   arr = Tracking(4,nup-1,nup-1-gap,cuts,-1);
4204   SumTracks(seeds,arr);   
4205   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4206   //
4207   arr = Tracking(4,nup-2,nup-2-gap,cuts,-1);
4208   SumTracks(seeds,arr);   
4209   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4210   //
4211   arr = Tracking(4,nup-3,nup-3-gap,cuts,-1);
4212   SumTracks(seeds,arr);   
4213   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4214   //
4215
4216
4217   for (Int_t delta = 3; delta<30; delta+=5){
4218     //
4219     cuts[0] = 0.3;
4220     cuts[1] = 1.5;
4221     cuts[2] = 3.;
4222     cuts[3] = 1.5;
4223     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4224     SumTracks(seeds,arr);   
4225     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4226     //
4227     arr = Tracking(4,nup-3-delta,nup-5-delta-gap,cuts,4);
4228     SumTracks(seeds,arr);   
4229     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity); 
4230     //
4231   } 
4232   fnumber  = 1;
4233   fdensity = 1;
4234   //
4235   // change cuts
4236   fnumber  = 2.;
4237   fdensity = 2.;
4238   cuts[0]=0.0080;
4239
4240   // find secondaries
4241   for (Int_t delta = 30; delta<70; delta+=10){
4242     //
4243     cuts[0] = 0.3;
4244     cuts[1] = 1.5;
4245     cuts[2] = 3.;
4246     cuts[3] = 1.5;
4247     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
4248     SumTracks(seeds,arr);   
4249     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4250     //
4251     arr = Tracking(4,nup-5-delta,nup-5-delta-gap,cuts,5 );
4252     SumTracks(seeds,arr);   
4253     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);   
4254   }
4255  
4256   if (fDebug>0){
4257     printf("\n\nSecondary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
4258     timer.Print();
4259     timer.Start();
4260   }
4261
4262   return seeds;
4263   //
4264       
4265 }
4266
4267
4268 void AliTPCtrackerMI::SumTracks(TObjArray *arr1,TObjArray *arr2) const
4269 {
4270   //
4271   //sum tracks to common container
4272   //remove suspicious tracks
4273   Int_t nseed = arr2->GetEntriesFast();
4274   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
4275     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr2->UncheckedAt(i);    
4276     if (pt){
4277       
4278       // NORMAL ACTIVE TRACK
4279       if (pt->IsActive()){
4280         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4281         continue;
4282       }
4283       //remove not usable tracks
4284       if (pt->fRemoval!=10){
4285         delete arr2->RemoveAt(i);
4286         continue;
4287       }
4288       // REMOVE VERY SHORT  TRACKS
4289       if (pt->GetNumberOfClusters()<20){ 
4290         delete arr2->RemoveAt(i);
4291         continue;
4292       }
4293       // ENABLE ONLY ENOUGH GOOD STOPPED TRACKS
4294       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
4295         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
4296       else{      
4297         delete arr2->RemoveAt(i);
4298       }
4299     }
4300   }
4301   delete arr2;  
4302 }
4303
4304
4305
4306 void  AliTPCtrackerMI::ParallelTracking(TObjArray * arr, Int_t rfirst, Int_t rlast)
4307 {
4308   //
4309   // try to track in parralel
4310
4311   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
4312   //prepare seeds for tracking
4313   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
4314     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt; 
4315     if (!pt) continue;
4316     if (!t.IsActive()) continue;
4317     // follow prolongation to the first layer
4318     if ( (fSectors ==fInnerSec) || (t.fFirstPoint-fParam->GetNRowLow()>rfirst+1) )  
4319       FollowProlongation(t, rfirst+1);
4320   }
4321
4322
4323   //
4324   for (Int_t nr=rfirst; nr>=rlast; nr--){ 
4325     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
4326       fSectors = fInnerSec;
4327     else
4328       fSectors = fOuterSec;
4329     // make indexes with the cluster tracks for given       
4330
4331     // find nearest cluster