Protection against zer findable clusters
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCtrackerMI.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17 //-------------------------------------------------------
18 //          Implementation of the TPC tracker
19 //
20 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
21 // 
22 //  AliTPC parallel tracker
23 //-------------------------------------------------------
24
25
26 /* $Id$ */
27
28 #include "Riostream.h"
29 #include <TClonesArray.h>
30 #include <TFile.h>
31 #include <TObjArray.h>
32 #include <TTree.h>
33
34 #include "AliComplexCluster.h"
35 #include "AliESD.h"
36 #include "AliESDkink.h"
37 #include "AliHelix.h"
38 #include "AliRunLoader.h"
39 #include "AliTPCClustersRow.h"
40 #include "AliTPCParam.h"
41 #include "AliTPCReconstructor.h"
42 #include "AliTPCclusterMI.h"
43 #include "AliTPCpolyTrack.h"
44 #include "AliTPCreco.h"
45 #include "AliTPCseed.h" 
46 #include "AliTPCtrackerMI.h"
47 #include "TStopwatch.h"
48 #include "AliTPCReconstructor.h"
49 #include "AliESDkink.h"
50 #include "AliPID.h"
51 #include "TTreeStream.h"
52 #include "AliAlignObj.h"
53 #include "AliTrackPointArray.h"
54
55 //
56
57 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
58
59
60 class AliTPCFastMath {
61 public:
62   AliTPCFastMath();  
63   static Double_t FastAsin(Double_t x);   
64  private: 
65   static Double_t fgFastAsin[20000];  //lookup table for fast asin computation
66 };
67
68 Double_t AliTPCFastMath::fgFastAsin[20000];
69 AliTPCFastMath gAliTPCFastMath; // needed to fill the LUT
70
71 AliTPCFastMath::AliTPCFastMath(){
72   //
73   // initialized lookup table;
74   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
75     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
76     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
77   }
78 }
79
80 Double_t AliTPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
81   //
82   // return asin using lookup table
83   if (x>0){
84     Int_t index = int(x*10000);
85     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
86   }
87   x*=-1;
88   Int_t index = int(x*10000);
89   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
90 }
91
92
93
94
95 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
96   //
97   //update track information using current cluster - track->fCurrentCluster
98
99
100   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
101   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
102
103   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
104
105   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24; 
106   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16; 
107   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
108   track->fSector = sec;
109   //  Int_t index = i&0xFFFF;
110   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow(); 
111   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);  
112   //track->fFirstPoint = row;
113   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
114   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
115   //  printf("problem\n");
116   //}
117   if (track->fFirstPoint>track->fRow) 
118     track->fFirstPoint = track->fRow;
119   if (track->fLastPoint<track->fRow) 
120     track->fLastPoint  = track->fRow;
121   
122
123   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;  
124   //
125
126   Double_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
127   //
128   //SET NEW Track Point
129   //
130   if (angle2<1) //PH sometimes angle2 is very big. To be investigated...
131   {
132     angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2)); 
133     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
134     //
135     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
136     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
137     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
138     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
139     //
140     point.SetX(track->GetX());
141     point.SetY(track->GetY());
142     point.SetZ(track->GetZ());
143     point.SetAngleY(angle2);
144     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
145     if (point.fIsShared){
146       track->fErrorY2 *= 4;
147       track->fErrorZ2 *= 4;
148     }
149   }  
150
151   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
152   //
153   track->fErrorY2 *= 1.3;
154   track->fErrorY2 += 0.01;    
155   track->fErrorZ2 *= 1.3;   
156   track->fErrorZ2 += 0.005;      
157     //}
158   if (accept>0) return 0;
159   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
160     //    if (track->fHelixIn){
161     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);    
162     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
163     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;    
164     //}
165   }
166   track->fNoCluster =0;
167   return track->Update(c,chi2,i);
168 }
169
170
171
172 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor, 
173                                       Float_t cory, Float_t corz)
174 {
175   //
176   // decide according desired precision to accept given 
177   // cluster for tracking
178   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
179   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
180   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
181   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
182   
183   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
184   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
185   
186   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
187     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
188   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
189     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
190   
191   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
192   //Int_t  accept =0;
193   
194   if (rdistance2>16) return 3;
195   
196   
197   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)  
198     return 2;  //suspisiouce - will be changed
199   
200   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)  
201     // strict cut on overlaped cluster
202     return  2;  //suspisiouce - will be changed
203   
204   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor ) 
205        && cluster->GetType()<0){
206     seed->fNFoundable--;
207     return 2;    
208   }
209   return 0;
210 }
211
212
213
214
215 //_____________________________________________________________________________
216 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par): 
217 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
218 {
219   //---------------------------------------------------------------------
220   // The main TPC tracker constructor
221   //---------------------------------------------------------------------
222   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];         
223   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
224  
225   Int_t i;
226   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
227   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
228
229   fN=0;  fSectors=0;
230
231   fSeeds=0;
232   fNtracks = 0;
233   fParam = par;  
234   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
235   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
236
237   
238   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
239     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
240     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
241     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
242   }
243
244   
245   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
246     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
247     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
248     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
249   }
250   fSeeds=0;
251   //
252   fInput    = 0;
253   fOutput   = 0;
254   fSeedTree = 0;
255   fTreeDebug =0;
256   fNewIO     =0;
257   fDebug     =0;
258   fEvent     =0;
259   fDebugStreamer = new TTreeSRedirector("TPCdebug.root");
260 }
261 //________________________________________________________________________
262 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCtrackerMI &t):
263   AliTracker(t),
264   fkNIS(t.fkNIS),
265   fkNOS(t.fkNOS)
266 {
267   //------------------------------------
268   // dummy copy constructor
269   //------------------------------------------------------------------
270 }
271 AliTPCtrackerMI & AliTPCtrackerMI::operator=(const AliTPCtrackerMI& /*r*/){
272   //------------------------------
273   // dummy 
274   //--------------------------------------------------------------
275   return *this;
276 }
277 //_____________________________________________________________________________
278 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
279   //------------------------------------------------------------------
280   // TPC tracker destructor
281   //------------------------------------------------------------------
282   delete[] fInnerSec;
283   delete[] fOuterSec;
284   if (fSeeds) {
285     fSeeds->Delete(); 
286     delete fSeeds;
287   }
288   if (fDebugStreamer) delete fDebugStreamer;
289 }
290
291 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
292 {
293   //
294   fNewIO   =  kTRUE;
295   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
296   
297   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
298   if (fOutput){
299     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
300     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
301     delete iotrack;
302   }
303 }
304
305
306 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
307 {
308
309   // set input
310   fNewIO = kFALSE;
311   fInput    = 0;
312   fOutput   = 0;
313   fSeedTree = 0;
314   fTreeDebug =0;
315   fInput = input;
316   if (input==0){
317     return;
318   }  
319   //set output
320   fOutput = output;
321   if (output){
322     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
323     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
324     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");    
325     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
326     delete iotrack;
327   }
328   if (output && (fDebug&2)){
329     //write the full seed information if specified in debug mode
330     //
331     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
332     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
333     //
334     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
335     arrtr->ExpandCreateFast(160);
336     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
337     //
338     vseed->fPoints = arrtr;
339     vseed->fEPoints = arre;
340     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
341     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
342     delete arrtr;
343     delete arre;    
344     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
345     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
346     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
347   }
348
349
350   //set ESD event  
351   fEvent  = event;  
352 }
353
354 void AliTPCtrackerMI::FillESD(TObjArray* arr)
355 {
356   //
357   //
358   //fill esds using updated tracks
359   if (fEvent){
360     // write tracks to the event
361     // store index of the track
362     Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
363     //FindKinks(arr,fEvent);
364     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
365       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
366       if (!pt) continue; 
367       pt->UpdatePoints();
368       //      pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
369       if (pt->GetKinkIndex(0)<=0){  //don't propagate daughter tracks 
370         pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
371       }
372  
373       if (( pt->GetPoints()[2]- pt->GetPoints()[0])>5 && pt->GetPoints()[3]>0.8){
374         AliESDtrack iotrack;
375         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
376         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
377         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
378         iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
379         //      iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);
380         //iotrack.SetTPCindex(i);
381         fEvent->AddTrack(&iotrack);
382         continue;
383       }
384        
385       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>70)&& (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.55) {
386         AliESDtrack iotrack;
387         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
388         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
389         //iotrack.SetTPCindex(i);
390         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
391         iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
392         //      iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);
393         fEvent->AddTrack(&iotrack);
394         continue;
395       } 
396       //
397       // short tracks  - maybe decays
398
399       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>30) && (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.70) {
400         Int_t found,foundable,shared;
401         pt->GetClusterStatistic(0,60,found, foundable,shared,kFALSE);
402         if ( (found>20) && (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())<0.2)){
403           AliESDtrack iotrack;
404           iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);    
405           //iotrack.SetTPCindex(i);
406           iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
407           iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
408           iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
409           //iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);
410           fEvent->AddTrack(&iotrack);
411           continue;
412         }
413       }       
414       
415       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>20) && (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.8) {
416         Int_t found,foundable,shared;
417         pt->GetClusterStatistic(0,60,found, foundable,shared,kFALSE);
418         if (found<20) continue;
419         if (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())>0.2) continue;
420         //
421         AliESDtrack iotrack;
422         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);      
423         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
424         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
425         iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
426         //iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);
427         //iotrack.SetTPCindex(i);
428         fEvent->AddTrack(&iotrack);
429         continue;
430       }   
431       // short tracks  - secondaties
432       //
433       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>30) ) {
434         Int_t found,foundable,shared;
435         pt->GetClusterStatistic(128,158,found, foundable,shared,kFALSE);
436         if ( (found>20) && (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())<0.2) &&float(found)/float(foundable)>0.8){
437           AliESDtrack iotrack;
438           iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);    
439           iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
440           iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
441           iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
442           //iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);       
443           //iotrack.SetTPCindex(i);
444           fEvent->AddTrack(&iotrack);
445           continue;
446         }
447       }       
448       
449       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>15)) {
450         Int_t found,foundable,shared;
451         pt->GetClusterStatistic(138,158,found, foundable,shared,kFALSE);
452         if (found<15) continue;
453         if (foundable<=0) continue;
454         if (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())>0.2) continue;
455         if (float(found)/float(foundable)<0.8) continue;
456         //
457         AliESDtrack iotrack;
458         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);      
459         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
460         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
461         iotrack.SetV0Indexes(pt->GetV0Indexes());
462         //      iotrack.SetTPCpid(pt->fTPCr);
463         //iotrack.SetTPCindex(i);
464         fEvent->AddTrack(&iotrack);
465         continue;
466       }   
467     }
468   }
469   printf("Number of filled ESDs-\t%d\n",fEvent->GetNumberOfTracks());
470 }
471
472 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks(TTree * tree)
473 {
474   //
475   // write tracks from seed array to selected tree
476   //
477   fOutput  = tree;
478   if (fOutput){
479     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
480     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
481   }
482   WriteTracks();
483 }
484
485 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
486 {
487   //
488   // write tracks to the given output tree -
489   // output specified with SetIO routine
490   if (!fSeeds)  return;
491   if (!fOutput){
492     SetIO();
493   }
494
495   if (fOutput){
496     AliTPCtrack *iotrack= 0;
497     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
498     //for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
499     //  iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
500     //  if (iotrack) break;      
501     //}    
502     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
503     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
504     br->SetAddress(&iotrack);
505     //
506     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
507       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
508       if (!pt) continue;    
509       AliTPCtrack * track = new AliTPCtrack(*pt);
510       iotrack = track;
511       pt->fLab2 =i; 
512       //      br->SetAddress(&iotrack);
513       fOutput->Fill();
514       delete track;
515       iotrack =0;
516     }
517     //fOutput->GetDirectory()->cd();
518     //fOutput->Write();
519   }
520   // delete iotrack;
521   //
522   if (fSeedTree){
523     //write the full seed information if specified in debug mode
524       
525     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
526     //
527     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
528     arrtr->ExpandCreateFast(160);
529     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
530     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
531     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
532     //
533     vseed->fPoints = arrtr;
534     vseed->fEPoints = arre;
535     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
536     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
537     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
538     
539     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
540     
541     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
542       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);    
543       if (!pt) continue;     
544       pt->fPoints = arrtr;
545       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
546       pt->fEPoints       = arre;
547       pt->RebuildSeed();
548       vseed = pt;
549       brseed->SetAddress(&vseed);
550       fSeedTree->Fill();
551       pt->fPoints  = 0;
552       pt->fEPoints = 0;
553       //      pt->fClusterPoints = 0;
554     }
555     fSeedTree->Write();
556     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
557   }
558
559 }
560   
561
562
563
564 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
565   //
566   //
567   //seed->SetErrorY2(0.1);
568   //return 0.1;
569   //calculate look-up table at the beginning
570   static Bool_t  ginit = kFALSE;
571   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
572   static Float_t ggg1[10000];
573   static Float_t ggg2[10000];
574   static Float_t ggg3[10000];
575   static Float_t glandau1[10000];
576   static Float_t glandau2[10000];
577   static Float_t glandau3[10000];
578   //
579   static Float_t gcor01[500];
580   static Float_t gcor02[500];
581   static Float_t gcorp[500];
582   //
583
584   //
585   if (ginit==kFALSE){
586     for (Int_t i=1;i<500;i++){
587       Float_t rsigma = float(i)/100.;
588       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
589       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
590       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
591     }
592
593     //
594     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
595       //
596       //
597       // inner sector
598       Float_t amp = float(i);
599       Float_t padlength =0.75;
600       gnoise1 = 0.0004/padlength;
601       Float_t nel     = 0.268*amp;
602       Float_t nprim   = 0.155*amp;
603       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
604       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
605       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
606       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
607       //
608       // outer short
609       padlength =1.;
610       gnoise2   = 0.0004/padlength;
611       nel       = 0.3*amp;
612       nprim     = 0.133*amp;
613       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
614       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
615       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
616       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
617       //
618       //
619       // outer long
620       padlength =1.5;
621       gnoise3   = 0.0004/padlength;
622       nel       = 0.3*amp;
623       nprim     = 0.133*amp;
624       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
625       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
626       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
627       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
628       //
629     }
630     ginit = kTRUE;
631   }
632   //
633   //
634   //
635   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
636   if (amp>9999) {
637     seed->SetErrorY2(1.);
638     return 1.;
639   }
640   Float_t snoise2;
641   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
642   Int_t ctype = cl->GetType();  
643   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
644   Double_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
645   angle2 = angle2/(1-angle2); 
646   //
647   //cluster "quality"
648   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
649   Float_t res;
650   //
651   if (fSectors==fInnerSec){
652     snoise2 = gnoise1;
653     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
654     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
655     if ((ctype>0)){
656       res+=0.002;
657       res*= gcorp[rsigmay];
658     }
659   }
660   else {
661     if (padlength<1.1){
662       snoise2 = gnoise2;
663       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
664       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];      
665       if ((ctype>0)){
666         res+=0.002;
667         res*= gcorp[rsigmay];
668       }
669     }
670     else{
671       snoise2 = gnoise3;      
672       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
673       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
674       if ((ctype>0)){
675         res+=0.002;
676         res*= gcorp[rsigmay];
677       }
678     }
679   }  
680
681   if (ctype<0){
682     res+=0.005;
683     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
684   }
685   res+= snoise2;
686  
687   if (res<2*snoise2)
688     res = 2*snoise2;
689   
690   seed->SetErrorY2(res);
691   return res;
692
693
694 }
695
696
697
698 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
699   //
700   //
701   //seed->SetErrorY2(0.1);
702   //return 0.1;
703   //calculate look-up table at the beginning
704   static Bool_t  ginit = kFALSE;
705   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
706   static Float_t ggg1[10000];
707   static Float_t ggg2[10000];
708   static Float_t ggg3[10000];
709   static Float_t glandau1[10000];
710   static Float_t glandau2[10000];
711   static Float_t glandau3[10000];
712   //
713   static Float_t gcor01[1000];
714   static Float_t gcor02[1000];
715   static Float_t gcorp[1000];
716   //
717
718   //
719   if (ginit==kFALSE){
720     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
721       Float_t rsigma = float(i)/100.;
722       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
723       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
724       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
725     }
726
727     //
728     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
729       //
730       //
731       // inner sector
732       Float_t amp = float(i);
733       Float_t padlength =0.75;
734       gnoise1 = 0.0004/padlength;
735       Float_t nel     = 0.268*amp;
736       Float_t nprim   = 0.155*amp;
737       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
738       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
739       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
740       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;      
741       //
742       // outer short
743       padlength =1.;
744       gnoise2   = 0.0004/padlength;
745       nel       = 0.3*amp;
746       nprim     = 0.133*amp;
747       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
748       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
749       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
750       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
751       //
752       //
753       // outer long
754       padlength =1.5;
755       gnoise3   = 0.0004/padlength;
756       nel       = 0.3*amp;
757       nprim     = 0.133*amp;
758       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
759       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
760       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
761       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
762       //
763     }
764     ginit = kTRUE;
765   }
766   //
767   //
768   //
769   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));  
770   if (amp>9999) {
771     seed->SetErrorY2(1.);
772     return 1.;
773   }
774   Float_t snoise2;
775   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
776   Int_t ctype = cl->GetType();  
777   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
778   //
779   Double_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
780   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
781   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2)); 
782   //
783   //cluster "quality"
784   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
785   Float_t res;
786   //
787   if (fSectors==fInnerSec){
788     snoise2 = gnoise1;
789     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;     
790     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
791     if ((ctype>0)){
792       res+=0.002;
793       res*= gcorp[rsigmaz];
794     }
795   }
796   else {
797     if (padlength<1.1){
798       snoise2 = gnoise2;
799       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2; 
800       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];      
801       if ((ctype>0)){
802         res+=0.002;
803         res*= gcorp[rsigmaz];
804       }
805     }
806     else{
807       snoise2 = gnoise3;      
808       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2; 
809       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
810       if ((ctype>0)){
811         res+=0.002;
812         res*= gcorp[rsigmaz];
813       }
814     }
815   }  
816
817   if (ctype<0){
818     res+=0.002;
819     res*=1.3;
820   }
821   if ((ctype<0) &&amp<70){
822     res+=0.002;
823     res*=1.3;  
824   }
825   res += snoise2;
826   if (res<2*snoise2)
827      res = 2*snoise2;
828   if (res>3) res =3;
829   seed->SetErrorZ2(res);
830   return res;
831 }
832
833
834
835 /*
836 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
837   //
838   //
839   //seed->SetErrorZ2(0.1);
840   //return 0.1;
841
842   Float_t snoise2;
843   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
844   //
845   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
846   Int_t ctype = cl->GetType();
847   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
848   
849   Float_t nel;
850   Float_t nprim;
851   //
852   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
853   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
854   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
855  
856   if (fSectors==fInnerSec){
857     snoise2 = 0.0004/padlength;
858     nel     = 0.268*amp;
859     nprim   = 0.155*amp;
860     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
861     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
862     if (landau>1) landau=1;
863   }
864   else {
865     snoise2 = 0.0004/padlength;
866     nel     = 0.3*amp;
867     nprim   = 0.133*amp;
868     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
869     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
870     if (landau>1) landau=1;
871   }
872   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
873
874   //
875   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
876   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
877   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
878   //angle2 = 1;
879
880   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
881   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
882   Float_t res = sdiff + angular;
883
884   
885   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
886     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
887
888   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
889     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
890   
891   if ((ctype>0)){
892     res+=0.005;
893     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
894   }
895   if (ctype<0){
896     res+=0.002;
897     res*=1.3;
898   }
899   if ((ctype<0) &&amp<70){
900     res+=0.002;
901     res*=1.3;  
902   }
903   res += snoise2;
904   if (res<2*snoise2)
905      res = 2*snoise2;
906
907   seed->SetErrorZ2(res);
908   return res;
909 }
910 */
911
912
913
914
915 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
916 {
917   //rotate to track "local coordinata
918   Float_t x = seed->GetX();
919   Float_t y = seed->GetY();
920   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
921   
922   if (y > ymax) {
923     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
924     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
925       return;
926   } else if (y <-ymax) {
927     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
928     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
929       return;
930   }   
931
932 }
933
934
935
936 //_____________________________________________________________________________
937 Double_t AliTPCtrackerMI::F1old(Double_t x1,Double_t y1,
938                    Double_t x2,Double_t y2,
939                    Double_t x3,Double_t y3) 
940 {
941   //-----------------------------------------------------------------
942   // Initial approximation of the track curvature
943   //-----------------------------------------------------------------
944   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
945   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
946                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
947   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
948                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
949
950   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
951   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
952   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr); 
953 }
954
955
956
957 //_____________________________________________________________________________
958 Double_t AliTPCtrackerMI::F1(Double_t x1,Double_t y1,
959                    Double_t x2,Double_t y2,
960                    Double_t x3,Double_t y3) 
961 {
962   //-----------------------------------------------------------------
963   // Initial approximation of the track curvature
964   //-----------------------------------------------------------------
965   x3 -=x1;
966   x2 -=x1;
967   y3 -=y1;
968   y2 -=y1;
969   //  
970   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
971   if (det==0) {
972     return 100;
973   }
974   //
975   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
976   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
977   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
978   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
979   if (det<0) c2*=-1;
980   return c2;
981 }
982
983
984 Double_t AliTPCtrackerMI::F2(Double_t x1,Double_t y1,
985                    Double_t x2,Double_t y2,
986                    Double_t x3,Double_t y3) 
987 {
988   //-----------------------------------------------------------------
989   // Initial approximation of the track curvature
990   //-----------------------------------------------------------------
991   x3 -=x1;
992   x2 -=x1;
993   y3 -=y1;
994   y2 -=y1;
995   //  
996   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
997   if (det==0) {
998     return 100;
999   }
1000   //
1001   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1002   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u; 
1003   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1004   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1005   if (det<0) c2*=-1;
1006   x0+=x1;
1007   x0*=c2;  
1008   return x0;
1009 }
1010
1011
1012
1013 //_____________________________________________________________________________
1014 Double_t AliTPCtrackerMI::F2old(Double_t x1,Double_t y1,
1015                    Double_t x2,Double_t y2,
1016                    Double_t x3,Double_t y3) 
1017 {
1018   //-----------------------------------------------------------------
1019   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1020   //-----------------------------------------------------------------
1021   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1022   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1023                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1024   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1025                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1026
1027   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1028   
1029   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1030 }
1031
1032 //_____________________________________________________________________________
1033 Double_t AliTPCtrackerMI::F3(Double_t x1,Double_t y1, 
1034                    Double_t x2,Double_t y2,
1035                    Double_t z1,Double_t z2) 
1036 {
1037   //-----------------------------------------------------------------
1038   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1039   //-----------------------------------------------------------------
1040   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1041 }
1042
1043
1044 Double_t AliTPCtrackerMI::F3n(Double_t x1,Double_t y1, 
1045                    Double_t x2,Double_t y2,
1046                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c) 
1047 {
1048   //-----------------------------------------------------------------
1049   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1050   //-----------------------------------------------------------------
1051
1052   //  Double_t angle1;
1053   
1054   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1055   //
1056   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1057   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1058   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1059   //  Double_t   angle2    =  AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1060   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1061
1062   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1063   return angle2;
1064 }
1065
1066 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1067 {//-----------------------------------------------------------------
1068   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1069   //-----------------------------------------------------------------
1070   
1071   Double_t dx=x2-x1;
1072
1073   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {   
1074     return kFALSE;
1075   }
1076
1077   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1078   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);  
1079   y = x[0];
1080   z = x[1];
1081   
1082   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1083   Double_t dz = 0;
1084   //
1085   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1086   
1087   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1088     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1089   }else{
1090     dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1091   }
1092   
1093   //dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1094
1095   y+=dy;
1096   z+=dz;
1097   
1098   return kTRUE;  
1099 }
1100
1101 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters (TTree *tree)
1102 {
1103   //
1104   //
1105   fInput = tree;
1106   return LoadClusters();
1107 }
1108
1109 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1110 {
1111   //
1112   // load clusters to the memory
1113   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1114   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1115   clrow->SetArray(0);
1116   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1117   //
1118   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1119
1120   TTree * tree = fInput;
1121   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1122   br->SetAddress(&clrow);
1123   //
1124   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1125   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1126     br->GetEntry(i);
1127     //  
1128     Int_t sec,row;
1129     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1130     for (Int_t icl=0; icl<clrow->GetArray()->GetEntriesFast(); icl++){
1131       Transform((AliCluster*)(clrow->GetArray()->At(icl)));
1132     }
1133     //
1134     AliTPCRow * tpcrow=0;
1135     Int_t left=0;
1136     if (sec<fkNIS*2){
1137       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);    
1138       left = sec/fkNIS;
1139     }
1140     else{
1141       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1142       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1143     }
1144     if (left ==0){
1145       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1146       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1147       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++) 
1148         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1149     }
1150     if (left ==1){
1151       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1152       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1153       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++) 
1154         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1155     }
1156   }
1157   //
1158   delete clrow;
1159   LoadOuterSectors();
1160   LoadInnerSectors();
1161   return 0;
1162 }
1163
1164
1165 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1166 {
1167   //
1168   // unload clusters from the memory
1169   //
1170   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1171   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1172     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1173       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1174       //      if (tpcrow){
1175       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1176       //        if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1177       //}
1178       tpcrow->ResetClusters();
1179     }
1180   //
1181   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1182   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1183     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1184       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1185       //if (tpcrow){
1186       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1; 
1187       //if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2; 
1188       //}
1189       tpcrow->ResetClusters();
1190     }
1191
1192   return ;
1193 }
1194
1195 void   AliTPCtrackerMI::Transform(AliCluster * cluster){
1196   //
1197   // 
1198   //
1199   //if (!fParam->IsGeoRead()) fParam->ReadGeoMatrices();
1200   TGeoHMatrix  *mat = fParam->GetClusterMatrix(cluster->GetDetector());
1201   //TGeoHMatrix  mat;
1202   Double_t pos[3]= {cluster->GetX(),cluster->GetY(),cluster->GetZ()};
1203   Double_t posC[3];
1204   //mat.LocalToMaster(pos,posC);
1205   mat->LocalToMaster(pos,posC);
1206   cluster->SetX(posC[0]);
1207   cluster->SetY(posC[1]);
1208   cluster->SetZ(posC[2]);
1209 }
1210
1211 //_____________________________________________________________________________
1212 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1213   //-----------------------------------------------------------------
1214   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1215   //-----------------------------------------------------------------
1216   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1217   UInt_t index=0;
1218   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1219     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1220       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);  
1221       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1222       //left
1223       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1224       while (ncl--) {
1225         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1226         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1227         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1228       }
1229       //right
1230       ncl = tpcrow->fN2;
1231       while (ncl--) {
1232         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1233         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1234         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1235       }
1236       //
1237       // write indexes for fast acces
1238       //
1239       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1240         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1241       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1242         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1243         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1244       }
1245       Int_t last = 0;
1246       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1247         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1248           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1249         else
1250           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1251       }
1252     }  
1253   fN=fkNOS;
1254   fSectors=fOuterSec;
1255   return 0;
1256 }
1257
1258
1259 //_____________________________________________________________________________
1260 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1261   //-----------------------------------------------------------------
1262   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1263   //-----------------------------------------------------------------
1264   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1265   UInt_t index=0;
1266   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1267     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1268       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1269       //
1270       //left
1271       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1272       while (ncl--) {
1273         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1274         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1275         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1276       }
1277       //right
1278       ncl = tpcrow->fN2;
1279       while (ncl--) {
1280         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1281         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1282         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1283       }
1284       //
1285       // write indexes for fast acces
1286       //
1287       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1288         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1289       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1290         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1291         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1292       }
1293       Int_t last = 0;
1294       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1295         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1296           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1297         else
1298           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1299       }
1300
1301     }  
1302    
1303   fN=fkNIS;
1304   fSectors=fInnerSec;
1305   return 0;
1306 }
1307
1308
1309
1310 //_________________________________________________________________________
1311 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1312   //--------------------------------------------------------------------
1313   //       Return pointer to a given cluster
1314   //--------------------------------------------------------------------
1315   if (index<0) return 0; // no cluster
1316   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24; 
1317   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16; 
1318   Int_t ncl=(index&0x00007fff)>>00;
1319
1320   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1321   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1322
1323   if (sec<0 || sec>=fkNIS*4) {
1324     AliWarning(Form("Wrong sector %d",sec));
1325     return 0x0;
1326   }
1327
1328   if (sec<fkNIS*2){
1329     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1330     if (tpcrow==0) return 0;
1331
1332     if (sec<fkNIS) {
1333       if (tpcrow->fN1<=ncl) return 0;
1334       clrow = tpcrow->fClusters1;
1335     }
1336     else {
1337       if (tpcrow->fN2<=ncl) return 0;
1338       clrow = tpcrow->fClusters2;
1339     }
1340   }
1341   else {
1342     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1343     if (tpcrow==0) return 0;
1344
1345     if (sec-2*fkNIS<fkNOS) {
1346       if (tpcrow->fN1<=ncl) return 0;
1347       clrow = tpcrow->fClusters1;
1348     }
1349     else {
1350       if (tpcrow->fN2<=ncl) return 0;
1351       clrow = tpcrow->fClusters2;
1352     }
1353   }
1354
1355   return &(clrow[ncl]);      
1356   
1357 }
1358
1359
1360
1361 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1362   //-----------------------------------------------------------------
1363   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1364   //-----------------------------------------------------------------
1365   //
1366   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1367   AliTPCclusterMI *cl=0;
1368   Int_t tpcindex= t.GetClusterIndex2(nr);
1369   //
1370   // update current shape info every 5 pad-row
1371   //  if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1372     GetShape(&t,nr);    
1373     //}
1374   //  
1375   if (fIteration>0 && tpcindex>=-1){  //if we have already clusters 
1376     //        
1377     if (tpcindex==-1) return 0; //track in dead zone
1378     if (tpcindex>0){     //
1379       cl = t.fClusterPointer[nr];
1380       if ( (cl==0) ) cl = GetClusterMI(tpcindex);
1381       t.fCurrentClusterIndex1 = tpcindex; 
1382     }
1383     if (cl){      
1384       Int_t relativesector = ((tpcindex&0xff000000)>>24)%18;  // if previously accepted cluster in different sector
1385       Float_t angle = relativesector*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift();
1386       //
1387       if (angle<-TMath::Pi()) angle += 2*TMath::Pi();
1388       if (angle>=TMath::Pi()) angle -= 2*TMath::Pi();
1389       
1390       if (TMath::Abs(angle-t.GetAlpha())>0.001){
1391         Double_t rotation = angle-t.GetAlpha();
1392         t.fRelativeSector= relativesector;
1393         if (!t.Rotate(rotation)) return 0;      
1394       }
1395       if (!t.PropagateTo(x)) return 0;
1396       //
1397       t.fCurrentCluster = cl; 
1398       t.fRow = nr;
1399       Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1400       if ((tpcindex&0x8000)==0) accept =0;
1401       if (accept<3) { 
1402         //if founded cluster is acceptible
1403         if (cl->IsUsed(11)) {  // id cluster is shared inrease uncertainty
1404           t.fErrorY2 += 0.03;
1405           t.fErrorZ2 += 0.03; 
1406           t.fErrorY2 *= 3;
1407           t.fErrorZ2 *= 3; 
1408         }
1409         t.fNFoundable++;
1410         UpdateTrack(&t,accept);
1411         return 1;
1412       }    
1413     }
1414   }
1415   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTracker()) return 0;  // cut on angle
1416   if (fIteration>1){
1417     // not look for new cluster during refitting    
1418     t.fNFoundable++; 
1419     return 0;
1420   }
1421   //
1422   UInt_t index=0;
1423   //  if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95 || TMath::Abs(x*t.GetC()-t.GetEta())>0.95) return 0;// patch 28 fev 06
1424   Double_t  y=t.GetYat(x);
1425   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1426     if (y > ymax) {
1427       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1428       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1429         return 0;
1430     } else if (y <-ymax) {
1431       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1432       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1433         return 0;
1434     }
1435     //return 1;
1436   }
1437   //
1438   if (!t.PropagateTo(x)) {
1439     if (fIteration==0) t.fRemoval = 10;
1440     return 0;
1441   }
1442   y=t.GetY(); 
1443   Double_t z=t.GetZ();
1444   //
1445   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1446   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1447   Double_t  roady  =1.;
1448   Double_t  roadz = 1.;
1449   //
1450   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1451     t.fInDead = kTRUE;
1452     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1453     return 0;
1454   } 
1455   else
1456     {
1457       if (TMath::Abs(z)<(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*x+10) && TMath::Abs(z)<fParam->GetZLength() && (TMath::Abs(t.GetSnp())<AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTracker())) 
1458         t.fNFoundable++;
1459       else
1460         return 0;
1461     }   
1462   //calculate 
1463   if (krow) {
1464     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);    
1465     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1466     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1467   }  
1468   if (cl) {
1469     t.fCurrentCluster = cl; 
1470     t.fRow = nr;
1471     if (fIteration==2&&cl->IsUsed(10)) return 0; 
1472     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1473     if (fIteration==2&&cl->IsUsed(11)) {
1474       t.fErrorY2 += 0.03;
1475       t.fErrorZ2 += 0.03; 
1476       t.fErrorY2 *= 3;
1477       t.fErrorZ2 *= 3; 
1478     }
1479     /*    
1480     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1481       //
1482       //     
1483
1484       t.fNShared++;
1485       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1486         t.fRemoval =10;
1487         return 0;
1488       }
1489     }
1490     */
1491     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1492
1493   } else {  
1494     if ( fIteration==0 && t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1495     
1496   }
1497   return 1;
1498 }
1499
1500 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1501   //-----------------------------------------------------------------
1502   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1503   //-----------------------------------------------------------------
1504   //
1505   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1506   Double_t y,z; 
1507   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1508     t.fRemoval = 10;
1509     return 0;
1510   }
1511   //
1512   //
1513   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1514     
1515     if (y > ymax) {
1516       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1517       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1518         return 0;
1519     } else if (y <-ymax) {
1520       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1521       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1522         return 0;
1523     }
1524     if (!t.PropagateTo(x)) {
1525       return 0;
1526     } 
1527     t.GetProlongation(x,y,z);
1528   }
1529   //
1530   // update current shape info every 3 pad-row
1531   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1532     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1533     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1534     GetShape(&t,nr);
1535   }
1536   //  
1537   AliTPCclusterMI *cl=0;
1538   UInt_t index=0;
1539   
1540   
1541   //Int_t nr2 = nr;
1542   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1543   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1544   Double_t  roady  =1.;
1545   Double_t  roadz = 1.;
1546   //
1547   Int_t row = nr;
1548   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1549     t.fInDead = kTRUE;
1550     t.SetClusterIndex2(row,-1); 
1551     return 0;
1552   } 
1553   else
1554     {
1555       if (TMath::Abs(z)>(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1556     }   
1557   //calculate 
1558   
1559   if ((cl==0)&&(krow)) {
1560     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);    
1561     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);    
1562
1563     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);       
1564   }  
1565
1566   if (cl) {
1567     t.fCurrentCluster = cl; 
1568     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);        
1569     //if (accept<3){
1570       t.SetClusterIndex2(row,index);
1571       t.fClusterPointer[row] = cl;
1572       //}
1573   }
1574   return 1;
1575 }
1576
1577
1578
1579 //_________________________________________________________________________
1580 Bool_t AliTPCtrackerMI::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint &p ) const
1581 {
1582   // Get track space point by index
1583   // return false in case the cluster doesn't exist
1584   AliTPCclusterMI *cl = GetClusterMI(index);
1585   if (!cl) return kFALSE;
1586   Int_t sector = (index&0xff000000)>>24;
1587   //  Int_t row = (index&0x00ff0000)>>16;
1588   Float_t xyz[3];
1589   //  xyz[0] = fParam->GetPadRowRadii(sector,row);
1590   xyz[0] = cl->GetX();
1591   xyz[1] = cl->GetY();
1592   xyz[2] = cl->GetZ();
1593   Float_t sin,cos;
1594   fParam->AdjustCosSin(sector,cos,sin);
1595   Float_t x = cos*xyz[0]-sin*xyz[1];
1596   Float_t y = cos*xyz[1]+sin*xyz[0];
1597   Float_t cov[6];
1598   Float_t sigmaY2 = 0.027*cl->GetSigmaY2();
1599   if (sector < fParam->GetNInnerSector()) sigmaY2 *= 2.07;
1600   Float_t sigmaZ2 = 0.066*cl->GetSigmaZ2();
1601   if (sector < fParam->GetNInnerSector()) sigmaZ2 *= 1.77;
1602   cov[0] = sin*sin*sigmaY2;
1603   cov[1] = -sin*cos*sigmaY2;
1604   cov[2] = 0.;
1605   cov[3] = cos*cos*sigmaY2;
1606   cov[4] = 0.;
1607   cov[5] = sigmaZ2;
1608   p.SetXYZ(x,y,xyz[2],cov);
1609   AliAlignObj::ELayerID iLayer;
1610   Int_t idet;
1611   if (sector < fParam->GetNInnerSector()) {
1612     iLayer = AliAlignObj::kTPC1;
1613     idet = sector;
1614   }
1615   else {
1616     iLayer = AliAlignObj::kTPC2;
1617     idet = sector - fParam->GetNInnerSector();
1618   }
1619   UShort_t volid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,idet);
1620   p.SetVolumeID(volid);
1621   return kTRUE;
1622 }
1623
1624
1625
1626 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1627   //-----------------------------------------------------------------
1628   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1629   //-----------------------------------------------------------------
1630   t.fCurrentCluster  = 0;
1631   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;   
1632    
1633   Double_t xt=t.GetX();
1634   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1; 
1635   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1636
1637   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1638 //   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1639 //     t.fRemoval =10;
1640 //     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1641 //   } 
1642 //   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1643 //     t.fRemoval =10;
1644 //     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1645 //   }// patch 28 fev 06
1646
1647   Double_t x= GetXrow(nr);
1648   Double_t y,z;
1649   //t.PropagateTo(x+0.02);
1650   //t.PropagateTo(x+0.01);
1651   if (!t.PropagateTo(x)){
1652     return 0;
1653   }
1654   //
1655   y=t.GetY();
1656   z=t.GetZ();
1657
1658   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1659     if (y > ymax) {
1660       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1661       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha())) 
1662         return 0;
1663     } else if (y <-ymax) {
1664       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1665       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha())) 
1666         return 0;
1667     }
1668     //    if (!t.PropagateTo(x)){
1669     //  return 0;
1670     //}
1671     return 1;
1672     //y = t.GetY();    
1673   }
1674   //
1675   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTracker()) return 0;
1676   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1677
1678   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1679     t.fInDead = kTRUE;
1680     t.SetClusterIndex2(nr,-1); 
1681     return 0;
1682   } 
1683   else
1684     {
1685       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*t.GetX()+10) && (TMath::Abs(t.GetSnp())<AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTracker())) t.fNFoundable++;
1686       else
1687         return 0;      
1688     }
1689
1690   // update current
1691   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1692     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1693     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1694     GetShape(&t,nr);
1695   }
1696     
1697   AliTPCclusterMI *cl=0;
1698   Int_t index=0;
1699   //
1700   Double_t roady = 1.;
1701   Double_t roadz = 1.;
1702   //
1703
1704   if (!cl){
1705     index = t.GetClusterIndex2(nr);    
1706     if ( (index>0) && (index&0x8000)==0){
1707       cl = t.fClusterPointer[nr];
1708       if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1709       t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1710       if (cl) {
1711         t.fCurrentCluster  = cl;
1712         return 1;
1713       }
1714     }
1715   }
1716
1717   //  if (index<0) return 0;
1718   UInt_t uindex = TMath::Abs(index);
1719
1720   if (krow) {    
1721     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,uindex);      
1722     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,uindex);      
1723   }
1724
1725   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(uindex);   
1726   t.fCurrentCluster  = cl;
1727
1728   return 1;
1729 }
1730
1731
1732 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1733   //-----------------------------------------------------------------
1734   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1735   //-----------------------------------------------------------------
1736
1737   //update error according neighborhoud
1738
1739   if (t.fCurrentCluster) {
1740     t.fRow = nr; 
1741     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1742     
1743     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1744       //
1745       //
1746       //  t.fErrorZ2*=2;
1747       //  t.fErrorY2*=2;
1748       t.fNShared++;
1749       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1750         t.fRemoval =10;
1751         return 0;
1752       }
1753     }   
1754     if (fIteration>0) accept = 0;
1755     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);  
1756  
1757   } else {
1758     if (fIteration==0){
1759       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1760       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;      
1761
1762       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1763     }
1764   }
1765   return 1;
1766 }
1767
1768
1769
1770 //_____________________________________________________________________________
1771 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1772   //-----------------------------------------------------------------
1773   // This function tries to find a track prolongation.
1774   //-----------------------------------------------------------------
1775   Double_t xt=t.GetX();
1776   //
1777   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1778   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1779   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1780   //
1781   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1782     
1783   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1784   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {
1785     // update kink info
1786     if (t.GetKinkIndexes()[0]>0){
1787       for (Int_t i=0;i<3;i++){
1788         Int_t index = t.GetKinkIndexes()[i];
1789         if (index==0) break;
1790         if (index<0) continue;
1791         //
1792         AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
1793         if (!kink){
1794           printf("PROBLEM\n");
1795         }
1796         else{
1797           Int_t kinkrow = kink->GetTPCRow0()+2+Int_t(0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));
1798           if (kinkrow==nr){
1799             AliExternalTrackParam paramd(t);
1800             kink->SetDaughter(paramd);
1801             kink->SetStatus(2,5);
1802             kink->Update();
1803           }
1804         }
1805       }
1806     }
1807
1808     if (nr==80) t.UpdateReference();
1809     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1810       fSectors = fInnerSec;
1811     else
1812       fSectors = fOuterSec;
1813     if (FollowToNext(t,nr)==0) 
1814       if (!t.IsActive()) 
1815         return 0;
1816     
1817   }   
1818   return 1;
1819 }
1820
1821
1822 //_____________________________________________________________________________
1823 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1824   //-----------------------------------------------------------------
1825   // This function tries to find a track prolongation.
1826   //-----------------------------------------------------------------
1827   Double_t xt=t.GetX();
1828   //
1829   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1830   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1831   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1832   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1833     
1834   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1835     
1836     if (FollowToNextFast(t,nr)==0) 
1837       if (!t.IsActive()) return 0;
1838     
1839   }   
1840   return 1;
1841 }
1842
1843
1844
1845
1846
1847 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1848   //-----------------------------------------------------------------
1849   // This function tries to find a track prolongation.
1850   //-----------------------------------------------------------------
1851   //
1852   Double_t xt=t.GetX();  
1853   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1854   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();  
1855   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();  
1856   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1857     
1858   Int_t first = t.fFirstPoint;
1859   if (first<GetRowNumber(xt)+1) first = GetRowNumber(xt)+1;
1860   //
1861   if (first<0) first=0;
1862   for (Int_t nr=first; nr<=rf; nr++) {
1863     //    if ( (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95)) break;//patch 28 fev 06
1864     if (t.GetKinkIndexes()[0]<0){
1865       for (Int_t i=0;i<3;i++){
1866         Int_t index = t.GetKinkIndexes()[i];
1867         if (index==0) break;
1868         if (index>0) continue;
1869         index = TMath::Abs(index);
1870         AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
1871         if (!kink){
1872           printf("PROBLEM\n");
1873         }
1874         else{
1875           Int_t kinkrow = kink->GetTPCRow0()-2-Int_t(0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));
1876           if (kinkrow==nr){
1877             AliExternalTrackParam paramm(t);
1878             kink->SetMother(paramm);
1879             kink->SetStatus(2,1);
1880             kink->Update();
1881           }
1882         }
1883       }      
1884     }
1885     //
1886     if (nr<fInnerSec->GetNRows()) 
1887       fSectors = fInnerSec;
1888     else
1889       fSectors = fOuterSec;
1890     FollowToNext(t,nr);                                                             
1891   }   
1892   return 1;
1893 }
1894
1895
1896
1897
1898    
1899 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
1900 {
1901   //
1902   //
1903   sum1=0;
1904   sum2=0;
1905   Int_t sum=0;
1906   //
1907   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1908   dz2*=dz2;  
1909
1910   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
1911   dy2*=dy2;
1912   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
1913   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1914  
1915   //  Int_t offset =0;
1916   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1917   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1918   if (lastpoint>160) 
1919     lastpoint =160;
1920   if (firstpoint<0) 
1921     firstpoint = 0;
1922   if (firstpoint>lastpoint) {
1923     firstpoint =lastpoint;
1924     //    lastpoint  =160;
1925   }
1926     
1927   
1928   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
1929     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
1930     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
1931     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1932       sum++;
1933     }
1934   }
1935   if (sum<5) return 0;
1936
1937   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
1938   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
1939   return ratio;
1940 }
1941
1942 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
1943 {
1944   //
1945   //
1946   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
1947   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
1948
1949   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
1950   dz2*=dz2;
1951   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
1952   dy2*=dy2;
1953   Float_t distance = dz2+dy2;
1954   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
1955   
1956   //
1957   Int_t sumshared=0;
1958   //
1959   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
1960   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
1961   //
1962   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
1963
1964   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1965     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1966     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1967       sumshared++;
1968     }
1969   }
1970   if (sumshared>4){
1971     // sign clusters
1972     //
1973     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
1974       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1975       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
1976         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
1977         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);; 
1978         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
1979           p1->fIsShared = kTRUE;
1980           p2->fIsShared = kTRUE;
1981         }       
1982       }
1983     }
1984   }
1985   //  
1986   if (sumshared>10){
1987     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1988       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
1989         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
1990         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1991         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
1992         break;
1993       } 
1994     }
1995     for (Int_t i=0;i<4;i++){
1996       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
1997         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
1998         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
1999         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
2000         break;
2001       } 
2002     }    
2003   }
2004   
2005 }
2006
2007 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
2008 {
2009   //
2010   //sort trackss according sectors
2011   //  
2012   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2013     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2014     if (!pt) continue;
2015     //if (pt) RotateToLocal(pt);
2016     pt->fSort = 0;
2017   }
2018   arr->UnSort();
2019   arr->Sort();  // sorting according z
2020   arr->Expand(arr->GetEntries());
2021   //
2022   //
2023   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2024   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2025     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2026     if (!pt) continue;
2027     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2028       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2029     }
2030   }
2031   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2032     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2033     if (!pt) continue;
2034     if (pt->fRemoval>10) continue;
2035     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2036       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2037       //      if (pt2){
2038       if (pt2->fRemoval<=10) {
2039         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2040         SignShared(pt,pt2);
2041       }
2042     }  
2043   }
2044 }
2045
2046 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
2047 {
2048   //
2049   //sort trackss according sectors
2050   //
2051   if (fDebug&1) {
2052     Info("RemoveDouble","Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2053   }
2054   //
2055   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2056     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2057     if (!pt) continue;
2058     pt->fSort = 0;
2059   }
2060   arr->UnSort();
2061   arr->Sort();  // sorting according z
2062   arr->Expand(arr->GetEntries());
2063   //
2064   //reset overlap labels
2065   //
2066   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2067   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2068     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2069     if (!pt) continue;
2070     pt->SetUniqueID(i);
2071     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2072       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2073     }
2074   }
2075   //
2076   //sign shared tracks
2077   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2078     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2079     if (!pt) continue;
2080     if (pt->fRemoval>10) continue;
2081     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
2082     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2083       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2084       //      if (pt2){
2085       if (pt2->fRemoval<=10) {
2086         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2087         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2088         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2089         //
2090         SignShared(pt,pt2);
2091       }
2092     }
2093   }
2094   //
2095   // remove highly shared tracks
2096   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2097     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2098     if (!pt) continue;
2099     if (pt->fRemoval>10) continue;
2100     //
2101     Int_t sumshared =0;
2102     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2103       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];      
2104     }
2105     Float_t factor = factor1;
2106     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2107     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2108       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2109         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2110         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue; 
2111         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;      
2112         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2113         if (!pt2) continue;
2114         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2115           //      pt->fRemoval = removalindex;
2116           delete arr->RemoveAt(i);        
2117           break;
2118         }
2119       }      
2120     }
2121   }
2122   arr->Compress();
2123   if (fDebug&1) {
2124     Info("RemoveDouble","Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2125   }
2126 }
2127
2128
2129
2130
2131
2132
2133 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode) const
2134 {
2135   //
2136   //sort tracks in array according mode criteria
2137   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();    
2138   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2139     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2140     if (!pt) {
2141       continue;
2142     }
2143     pt->fSort = mode;
2144   }
2145   arr->UnSort();
2146   arr->Sort();
2147 }
2148
2149 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2150 {
2151
2152   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2153   //
2154   //
2155   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2156   Int_t good =0;
2157
2158   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2159     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2160     if (!pt) {
2161       delete arr->RemoveAt(i);
2162     }
2163     else{
2164       pt->fSort =1;
2165       pt->fBSigned = kFALSE;
2166     }
2167   }
2168   arr->Compress();
2169   nseed = arr->GetEntriesFast();
2170   arr->UnSort();
2171   arr->Sort();
2172   //
2173   //unsign used
2174   UnsignClusters();
2175   //
2176   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2177     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2178     if (!pt) {
2179       continue;
2180     }    
2181     Int_t found,foundable,shared;
2182     if (pt->IsActive()) 
2183       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2184     else
2185       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE); 
2186     //
2187     Double_t factor = factor2;
2188     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2189
2190     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2191       pt->Desactivate(removalindex);
2192       continue;
2193     }
2194
2195     good++;
2196     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2197       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2198       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2199       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];        
2200       if (!c) continue;
2201       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2202       //if (pt->IsActive()) 
2203       c->Use(10);  
2204       //else
2205       //        c->Use(5);
2206     }
2207     
2208   }
2209   fNtracks = good;
2210   if (fDebug>0){
2211     Info("RemoveUsed","\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2212   }
2213 }
2214
2215
2216 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed2(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t minimal)
2217 {
2218
2219   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2220   //
2221   //
2222   UnsignClusters();
2223   //
2224   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2225   Float_t * quality = new Float_t[nseed];
2226   Int_t   * indexes = new Int_t[nseed];
2227   Int_t good =0;
2228   //
2229   //
2230   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2231     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2232     if (!pt){
2233       quality[i]=-1;
2234       continue;
2235     }
2236     pt->UpdatePoints();    //select first last max dens points
2237     Float_t * points = pt->GetPoints();
2238     if (points[3]<0.8) quality[i] =-1;
2239     //
2240     quality[i] = (points[2]-points[0])+pt->GetNumberOfClusters();
2241   }
2242   TMath::Sort(nseed,quality,indexes);
2243   //
2244   //
2245   for (Int_t itrack=0; itrack<nseed; itrack++) {
2246     Int_t trackindex = indexes[itrack];
2247     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(trackindex);    
2248     if (quality[trackindex]<0){
2249       if (pt) {
2250         delete arr->RemoveAt(trackindex);
2251       }
2252       else{
2253         arr->RemoveAt(trackindex);
2254       }
2255       continue;
2256     }
2257     //
2258     Int_t first = Int_t(pt->GetPoints()[0]);
2259     Int_t last  = Int_t(pt->GetPoints()[2]);
2260     Double_t factor = (pt->fBConstrain) ? factor1: factor2;
2261     //
2262     Int_t found,foundable,shared;
2263     pt->GetClusterStatistic(first,last, found, foundable,shared,kFALSE);
2264     Float_t sharedfactor = Float_t(shared+1)/Float_t(found+1);
2265     Bool_t itsgold =kFALSE;
2266     if (pt->fEsd){
2267       Int_t dummy[12];
2268       if (pt->fEsd->GetITSclusters(dummy)>4) itsgold= kTRUE;
2269     }
2270     if (!itsgold){
2271       //
2272       if (Float_t(shared+1)/Float_t(found+1)>factor){
2273         if (pt->GetKinkIndexes()[0]!=0) continue;  //don't remove tracks  - part of the kinks
2274         delete arr->RemoveAt(trackindex);
2275         continue;
2276       }      
2277       if (pt->GetNumberOfClusters()<50&&(found-0.5*shared)<minimal){  //remove short tracks
2278         if (pt->GetKinkIndexes()[0]!=0) continue;  //don't remove tracks  - part of the kinks
2279         delete arr->RemoveAt(trackindex);
2280         continue;
2281       }
2282     }
2283
2284     good++;
2285     if (sharedfactor>0.4) continue;
2286     if (pt->GetKinkIndexes()[0]>0) continue;
2287     for (Int_t i=first; i<last; i++) {
2288       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2289       // if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2290       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2291       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];        
2292       if (!c) continue;
2293       c->Use(10);  
2294     }    
2295   }
2296   fNtracks = good;
2297   if (fDebug>0){
2298     Info("RemoveUsed","\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2299   }
2300   delete []quality;
2301   delete []indexes;
2302 }
2303
2304 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters() 
2305 {
2306   //
2307   // loop over all clusters and unsign them
2308   //
2309   
2310   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2311     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2312       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2313       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2314         //      if (cl[icl].IsUsed(10))         
2315         cl[icl].Use(-1);
2316       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2317       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2318         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2319           cl[icl].Use(-1);      
2320     }
2321   }
2322   
2323   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2324     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2325       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2326       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2327         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2328           cl[icl].Use(-1);
2329       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2330       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2331         //if (cl[icl].IsUsed(10))       
2332         cl[icl].Use(-1);      
2333     }
2334   }
2335   
2336 }
2337
2338
2339
2340 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2341 {
2342   //
2343   //sign clusters to be "used"
2344   //
2345   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2346   // loop over "primaries"
2347   
2348   Float_t sumdens=0;
2349   Float_t sumdens2=0;
2350   Float_t sumn   =0;
2351   Float_t sumn2  =0;
2352   Float_t sumchi =0;
2353   Float_t sumchi2 =0;
2354
2355   Float_t sum    =0;
2356
2357   TStopwatch timer;
2358   timer.Start();
2359
2360   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2361   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2362     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2363     if (!pt) {
2364       continue;
2365     }    
2366     if (!(pt->IsActive())) continue;
2367     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2368     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2369       sumdens += dens;
2370       sumdens2+= dens*dens;
2371       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2372       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2373       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2374       if (chi2>5) chi2=5;
2375       sumchi  +=chi2;
2376       sumchi2 +=chi2*chi2;
2377       sum++;
2378     }
2379   }
2380
2381   Float_t mdensity = 0.9;
2382   Float_t meann    = 130;
2383   Float_t meanchi  = 1;
2384   Float_t sdensity = 0.1;
2385   Float_t smeann    = 10;
2386   Float_t smeanchi  =0.4;
2387   
2388
2389   if (sum>20){
2390     mdensity = sumdens/sum;
2391     meann    = sumn/sum;
2392     meanchi  = sumchi/sum;
2393     //
2394     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2395     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2396     //
2397     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2398     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2399     //
2400     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2401     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2402   }
2403
2404
2405   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2406   //
2407   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2408     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2409     if (!pt) {
2410       continue;
2411     }
2412     if (pt->fBSigned) continue;
2413     if (pt->fBConstrain) continue;    
2414     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2415     /*
2416     Int_t found,foundable,shared;    
2417     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2418     if (shared/float(found)>0.3) {
2419       if (shared/float(found)>0.9 ){
2420         //delete arr->RemoveAt(i);
2421       }
2422       continue;
2423     }
2424     */
2425     Bool_t isok =kFALSE;
2426     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2427       isok = kTRUE;
2428     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2429       isok =kTRUE;
2430     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2431       isok =kTRUE;
2432     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2433       isok =kTRUE;
2434     
2435     if (isok)     
2436       for (Int_t i=0; i<160; i++) {     
2437         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2438         if (index<0) continue;
2439         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2440         if (!c) continue;
2441         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2442         c->Use(10);  
2443       }
2444   }
2445   
2446   
2447   //
2448   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2449
2450   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2451     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2452     if (!pt) {
2453       continue;
2454     }    
2455     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2456     if (pt->fBSigned) continue;
2457     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2458     if (chi>maxchi) continue;
2459
2460     Float_t bfactor=1;
2461     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2462    
2463     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2464     
2465     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue; 
2466     
2467     
2468     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2469     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2470    
2471     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2472     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2473       minn=0;
2474
2475     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2476       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2477       pt->fBSigned = kTRUE;
2478       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2479
2480         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2481         if (index<0) continue;
2482         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2483         if (!c) continue;
2484         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();  
2485         c->Use(10);  
2486       }
2487     }
2488   }
2489   //  gLastCheck = nseed;
2490   //  arr->Compress();
2491   if (fDebug>0){
2492     timer.Print();
2493   }
2494 }
2495
2496
2497 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2) const
2498 {
2499   // stop not active tracks
2500   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2501   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2502   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();  
2503   //
2504   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2505     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);    
2506     if (!pt) {
2507       continue;
2508     }
2509     if (!(pt->IsActive())) continue;
2510     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2511   }
2512 }
2513
2514
2515
2516 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2517  Float_t th2) const
2518 {
2519   // stop not active tracks
2520   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2521   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows 
2522   Int_t sumgood1  = 0;
2523   Int_t sumgood2  = 0;
2524   Int_t foundable = 0;
2525   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2526   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2527     seed->Desactivate(10) ;
2528     return;
2529   }
2530
2531   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2532     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2533     if (index!=-1) foundable++;
2534     //if (!c) continue;
2535     if (foundable<=30) sumgood1++;
2536     if (foundable<=50) {
2537       sumgood2++;
2538     }
2539     else{ 
2540       break;
2541     }        
2542   }
2543   if (foundable>=30.){ 
2544      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2545   }
2546   if (foundable>=50)
2547     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2548 }
2549
2550
2551 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitInward(AliESD *event)
2552 {
2553   //
2554   // back propagation of ESD tracks
2555   //
2556   //return 0;
2557   fEvent = event;
2558   ReadSeeds(event,2);
2559   fIteration=2;
2560   //PrepareForProlongation(fSeeds,1);
2561   PropagateForward2(fSeeds);
2562
2563   Int_t ntracks=0;
2564   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2565   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2566     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2567     if (!seed) continue;
2568     if (seed->GetKinkIndex(0)>0)  UpdateKinkQualityD(seed);  // update quality informations for kinks
2569
2570     seed->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
2571     seed->UpdatePoints();
2572     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2573     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2574     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2575     //
2576     if (AliTPCReconstructor::StreamLevel()>0 && seed!=0&&esd!=0) {
2577       TTreeSRedirector &cstream = *fDebugStreamer;
2578       cstream<<"Crefit"<<
2579         "Esd.="<<esd<<
2580         "Track.="<<seed<<
2581         "\n"; 
2582     }
2583     if (seed->GetNumberOfClusters()>15){
2584       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCrefit); 
2585       esd->SetTPCPoints(seed->GetPoints());
2586       esd->SetTPCPointsF(seed->fNFoundable);
2587       Int_t ndedx   = seed->fNCDEDX[0]+seed->fNCDEDX[1]+seed->fNCDEDX[2]+seed->fNCDEDX[3];
2588       Float_t sdedx = (seed->fSDEDX[0]+seed->fSDEDX[1]+seed->fSDEDX[2]+seed->fSDEDX[3])*0.25;
2589       Float_t dedx  = seed->GetdEdx();
2590       esd->SetTPCsignal(dedx, sdedx, ndedx);
2591       //
2592       // add seed to the esd track in Calib level
2593       //
2594       if (AliTPCReconstructor::StreamLevel()>0){
2595         AliTPCseed * seedCopy = new AliTPCseed(*seed, kTRUE); 
2596         esd->AddCalibObject(seedCopy);
2597       }
2598       ntracks++;
2599     }
2600     else{
2601       //printf("problem\n");
2602     }
2603   }
2604   //FindKinks(fSeeds,event);
2605   Info("RefitInward","Number of refitted tracks %d",ntracks);
2606   fEvent =0;
2607   //WriteTracks();
2608   return 0;
2609 }
2610
2611
2612 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2613 {
2614   //
2615   // back propagation of ESD tracks
2616   //
2617
2618   fEvent = event;
2619   fIteration = 1;
2620   ReadSeeds(event,1);
2621   PropagateBack(fSeeds); 
2622   RemoveUsed2(fSeeds,0.4,0.4,20);
2623   //
2624   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2625   Int_t ntracks=0;
2626   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2627     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2628     if (!seed) continue;
2629     if (seed->GetKinkIndex(0)<0)  UpdateKinkQualityM(seed);  // update quality informations for kinks
2630     seed->UpdatePoints();
2631     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2632     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2633     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2634     if (seed->GetNumberOfClusters()>15){
2635       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2636       esd->SetTPCPoints(seed->GetPoints());
2637       esd->SetTPCPointsF(seed->fNFoundable);
2638       Int_t ndedx   = seed->fNCDEDX[0]+seed->fNCDEDX[1]+seed->fNCDEDX[2]+seed->fNCDEDX[3];
2639       Float_t sdedx = (seed->fSDEDX[0]+seed->fSDEDX[1]+seed->fSDEDX[2]+seed->fSDEDX[3])*0.25;
2640       Float_t dedx  = seed->GetdEdx();
2641       esd->SetTPCsignal(dedx, sdedx, ndedx);
2642       ntracks++;
2643       Int_t eventnumber = event->GetEventNumber();// patch 28 fev 06
2644       (*fDebugStreamer)<<"Cback"<<
2645         "Tr0.="<<seed<<
2646         "EventNr="<<eventnumber<<
2647         "\n"; // patch 28 fev 06   
2648     }
2649   }
2650   //FindKinks(fSeeds,event);
2651   Info("PropagateBack","Number of back propagated tracks %d",ntracks);
2652   fEvent =0;
2653   //WriteTracks();
2654   return 0;
2655 }
2656
2657
2658 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2659 {
2660   //
2661   //delete Seeds
2662   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2663   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2664     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2665     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2666   }
2667   delete fSeeds;
2668   fSeeds =0;
2669 }
2670
2671 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event, Int_t direction)
2672 {
2673   //
2674   //read seeds from the event
2675   
2676   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2677   if (fDebug>0){
2678     Info("ReadSeeds", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2679   }
2680   if (fSeeds) 
2681     DeleteSeeds();
2682   if (!fSeeds){   
2683     fSeeds = new TObjArray(nentr);
2684   }
2685   UnsignClusters();
2686   //  Int_t ntrk=0;  
2687   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2688     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2689     ULong_t status=esd->GetStatus();
2690     if (!(status&AliESDtrack::kTPCin)) continue;
2691     AliTPCtrack t(*esd);
2692     t.SetNumberOfClusters(0);
2693     //    AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2694     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t/*,t.GetAlpha()*/);
2695     for (Int_t ikink=0;ikink<3;ikink++) {
2696       Int_t index = esd->GetKinkIndex(ikink);
2697       seed->GetKinkIndexes()[ikink] = index;
2698       if (index==0) continue;
2699       index = TMath::Abs(index);
2700       AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
2701       if (kink&&esd->GetKinkIndex(ikink)<0){
2702         if ((status & AliESDtrack::kTRDrefit) != 0) kink->SetStatus(1,2);
2703         if ((status & AliESDtrack::kITSout) != 0)   kink->SetStatus(1,0);
2704       }
2705       if (kink&&esd->GetKinkIndex(ikink)>0){
2706         if ((status & AliESDtrack::kTRDrefit) != 0) kink->SetStatus(1,6);
2707         if ((status & AliESDtrack::kITSout) != 0)   kink->SetStatus(1,4);
2708       }
2709
2710     }
2711     if (((status&AliESDtrack::kITSout)==0)&&(direction==1)) seed->ResetCovariance(); 
2712     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) == 0 ) seed->ResetCovariance();
2713     if ( direction ==2 && ((status & AliESDtrack::kTPCout) == 0) ) {
2714       fSeeds->AddAt(0,i);
2715       delete seed;
2716       continue;    
2717     }
2718     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) > 0 )  {
2719       Double_t par0[5],par1[5],alpha,x;
2720       esd->GetInnerExternalParameters(alpha,x,par0);
2721       esd->GetExternalParameters(x,par1);
2722       Double_t delta1 = TMath::Abs(par0[4]-par1[4])/(0.000000001+TMath::Abs(par0[4]+par1[4]));
2723       Double_t delta2 = TMath::Abs(par0[3]-par1[3]);
2724       Double_t trdchi2=0;
2725       if (esd->GetTRDncls()>0) trdchi2 = esd->GetTRDchi2()/esd->GetTRDncls();
2726       //reset covariance if suspicious 
2727       if ( (delta1>0.1) || (delta2>0.006) ||trdchi2>7.)
2728         seed->ResetCovariance();
2729     }
2730
2731     //
2732     //
2733     // rotate to the local coordinate system
2734     //   
2735     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;    
2736     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2737     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2738     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2739     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2740     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2741     if (alpha<-TMath::Pi()) alpha += 2*TMath::Pi();
2742     if (alpha>=TMath::Pi()) alpha -= 2*TMath::Pi();
2743     alpha-=seed->GetAlpha();  
2744     if (!seed->Rotate(alpha)) {
2745       delete seed;
2746       continue;
2747     }
2748     seed->fEsd = esd;
2749     // sign clusters
2750     if (esd->GetKinkIndex(0)<=0){
2751       for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
2752         Int_t index = seed->GetClusterIndex2(irow);    
2753         if (index>0){ 
2754           //
2755           AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(index);
2756           seed->fClusterPointer[irow] = cl;
2757           if (cl){
2758             if ((index & 0x8000)==0){
2759               cl->Use(10);  // accepted cluster   
2760             }else{
2761               cl->Use(6);   // close cluster not accepted
2762             }   
2763           }else{
2764             Info("ReadSeeds","Not found cluster");
2765           }
2766         }
2767       }
2768     }
2769     fSeeds->AddAt(seed,i);
2770   }
2771 }
2772
2773
2774
2775 //_____________________________________________________________________________
2776 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2777                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2778   //-----------------------------------------------------------------
2779   // This function creates track seeds.
2780   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN 
2781   //-----------------------------------------------------------------
2782   // cuts[0]   - fP4 cut
2783   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2784   // cuts[2]   - zvertex cut
2785   // cuts[3]   - fP3 cut
2786   Int_t nin0  = 0;
2787   Int_t nin1  = 0;
2788   Int_t nin2  = 0;
2789   Int_t nin   = 0;
2790   Int_t nout1 = 0;
2791   Int_t nout2 = 0;
2792
2793   Double_t x[5], c[15];
2794   //  Int_t di = i1-i2;
2795   //
2796   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2797   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2798   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2799   //
2800   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2801   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2802   
2803   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2804   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2805
2806   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2807
2808   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2809   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2810   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2811   //
2812   Int_t ns =sec;   
2813
2814   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2815   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2816   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;  
2817
2818   //
2819   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2820   // maximal curvature set to reach it
2821   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2822   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2823     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2824   }
2825   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2826
2827   //  Int_t ddsec = 1;
2828   if (deltay>0) ddsec = 0; 
2829   // loop over clusters  
2830   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2831     //
2832     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2833     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
2834     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2835
2836     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2837
2838     // find possible directions    
2839     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3); 
2840     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z      
2841     //
2842     //
2843     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2844     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2845     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2846     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2847     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);            
2848     
2849     //
2850     // loop over 2 sectors
2851     Int_t dsec1=-ddsec;
2852     Int_t dsec2= ddsec;
2853     if (y1<0)  dsec2= 0;
2854     if (y1>0)  dsec1= 0;
2855     
2856     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2857     Double_t dddz2=0;
2858     if ( (z1-z3)>0)
2859       dddz1 =1;    
2860     else
2861       dddz2 =1;
2862     //
2863     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2864       Int_t sec2 = sec + dsec;
2865       // 
2866       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2867       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2868       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2869       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2870       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2871       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2872
2873       // rotation angles to p1-p3
2874       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;            
2875       Double_t x2,   y2,   z2; 
2876       //
2877       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2878
2879       //
2880       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2881       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2882       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2883         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2884         if (kcl->IsUsed(10)) continue;  
2885         //
2886         //calcutate parameters
2887         //      
2888         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2889         // stright track
2890         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2891         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2892         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2893         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;   
2894         //curvature (radius) cut
2895         if (r02<r2min) continue;                
2896        
2897         nin0++; 
2898         //
2899         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2900         if (yy0>0) c0*=-1.;     
2901                
2902        
2903         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2904         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2905         Double_t dfi0   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2906         Double_t dfi1   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);  
2907         //
2908         //
2909         Double_t z0  =  kcl->GetZ();  
2910         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2911         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;       
2912         nin1++;              
2913         //      
2914         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;        
2915         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2916         //
2917         y2 = kcl->GetY(); 
2918         if (dsec==0){
2919           x2 = xx2; 
2920           z2 = kcl->GetZ();       
2921         }
2922         else
2923           {
2924             // rotation 
2925             z2 = kcl->GetZ();  
2926             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
2927             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
2928           }
2929         
2930         x[0] = y1;
2931         x[1] = z1;
2932         x[2] = x0;
2933         x[3] = dip;
2934         x[4] = c0;
2935         //
2936         //
2937         // do we have cluster at the middle ?
2938         Double_t ym,zm;
2939         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
2940         UInt_t dummy; 
2941         AliTPCclusterMI * cm=0;
2942         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){      
2943           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2944           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {        
2945             continue;
2946           }
2947         }
2948         else{     
2949           // rotate y1 to system 0
2950           // get state vector in rotated system 
2951           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
2952           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
2953           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
2954           //
2955           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
2956           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
2957             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
2958             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {      
2959               continue;
2960             }
2961           }
2962         }
2963        
2964
2965         Double_t dym = 0;
2966         Double_t dzm = 0;
2967         if (cm){
2968           dym = ym - cm->GetY();
2969           dzm = zm - cm->GetZ();
2970         }
2971         nin2++;
2972
2973
2974         //
2975         //
2976         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
2977         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
2978         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
2979         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
2980         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
2981
2982         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
2983         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
2984         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
2985         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
2986         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
2987         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
2988         
2989         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
2990         Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
2991         Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
2992         Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
2993         
2994         c[0]=sy1;
2995         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
2996         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
2997         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
2998                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
2999         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3000         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3001         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3002         
3003         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3004         
3005         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3006         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
3007         
3008         track->fIsSeeding = kTRUE;
3009         track->fSeed1 = i1;
3010         track->fSeed2 = i2;
3011         track->fSeedType=3;
3012
3013        
3014         //if (dsec==0) {
3015           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
3016           Int_t foundable,found,shared;
3017           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
3018           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
3019             seed->Reset();
3020             seed->~AliTPCseed();
3021             continue;
3022           }
3023           //}
3024         
3025         nin++;
3026         FollowProlongation(*track, i2,1);
3027         
3028         
3029         //Int_t rc = 1;
3030         track->fBConstrain =1;
3031         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3032         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
3033         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3034         
3035         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3036             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
3037             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
3038           seed->Reset();
3039           seed->~AliTPCseed();
3040           continue;
3041         }
3042         nout1++;
3043         // Z VERTEX CONDITION
3044         Double_t zv;
3045         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3046           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3047         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
3048           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
3049           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3050             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3051           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
3052             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
3053             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3054               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3055             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
3056               // make seed without constrain
3057               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
3058               FollowProlongation(*track2, i2,1);
3059               track2->fBConstrain = kFALSE;
3060               track2->fSeedType = 1;
3061               arr->AddLast(track2); 
3062               seed->Reset();
3063               seed->~AliTPCseed();
3064               continue;         
3065             }
3066             else{
3067               seed->Reset();
3068               seed->~AliTPCseed();
3069               continue;
3070             
3071             }
3072           }
3073         }
3074         
3075         track->fSeedType =0;
3076         arr->AddLast(track); 
3077         seed = new AliTPCseed;  
3078         nout2++;
3079         // don't consider other combinations
3080         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
3081           break;
3082       }
3083     }
3084   }
3085   if (fDebug>3){
3086     Info("MakeSeeds3","\nSeeding statistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
3087   }
3088   delete seed;
3089 }
3090
3091
3092 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
3093                                  Float_t deltay) {
3094   
3095
3096
3097   //-----------------------------------------------------------------
3098   // This function creates track seeds.
3099   //-----------------------------------------------------------------
3100   // cuts[0]   - fP4 cut
3101   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3102   // cuts[2]   - zvertex cut
3103   // cuts[3]   - fP3 cut
3104
3105
3106   Int_t nin0  = 0;
3107   Int_t nin1  = 0;
3108   Int_t nin2  = 0;
3109   Int_t nin   = 0;
3110   Int_t nout1 = 0;
3111   Int_t nout2 = 0;
3112   Int_t nout3 =0;
3113   Double_t x[5], c[15];
3114   //
3115   // make temporary seed
3116   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3117   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3118   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3119   //
3120   //
3121
3122   // first 3 padrows
3123   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
3124   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
3125   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;  
3126   //
3127   Double_t x1p = GetXrow(i1);
3128   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
3129   //
3130   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
3131   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
3132
3133   //
3134   //last 3 padrow for seeding
3135   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
3136   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
3137   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;  
3138   //
3139   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
3140   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
3141   //
3142   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
3143   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
3144
3145   //
3146   //
3147   // middle padrow
3148   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
3149   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
3150   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
3151   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;  
3152   //
3153   //
3154   Double_t deltax  = x1-x3;
3155   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
3156   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
3157   //
3158   // loop over clusters  
3159   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
3160     //
3161     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
3162     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();    
3163     //
3164     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge    
3165     // 
3166     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
3167     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
3168     //    
3169     Double_t y3,   z3;
3170     //
3171     //
3172     UInt_t index;
3173     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
3174       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
3175       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
3176       y3 = kcl->GetY(); 
3177       // apply angular cuts
3178       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
3179       x3 = x3; 
3180       z3 = kcl->GetZ(); 
3181       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
3182       //
3183       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
3184       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
3185       //
3186       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
3187       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
3188       //
3189       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
3190       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
3191
3192       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
3193       if (!kcm) continue;
3194       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
3195       
3196       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
3197       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
3198       //
3199       //
3200       //
3201       Int_t used  =0;
3202       Int_t found =0;
3203       //
3204       // look around first
3205       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
3206                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
3207                                                       erry,errz,index);
3208       //
3209       if (kc1m){
3210         found++;
3211         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
3212       }
3213       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
3214                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
3215                                                       erry,errz,index);
3216       //
3217       if (kc1p){
3218         found++;
3219         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
3220       }
3221       if (used>1)  continue;
3222       if (found<1) continue; 
3223
3224       //
3225       // look around last
3226       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
3227                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
3228                                                       erry,errz,index);
3229       //
3230       if (kc3m){
3231         found++;
3232         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
3233       }
3234       else 
3235         continue;
3236       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
3237                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
3238                                                       erry,errz,index);
3239       //
3240       if (kc3p){
3241         found++;
3242         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
3243       }
3244       else 
3245         continue;
3246       if (used>1)  continue;
3247       if (found<3) continue;       
3248       //
3249       Double_t x2,y2,z2;
3250       x2 = xm;
3251       y2 = kcm->GetY();
3252       z2 = kcm->GetZ();
3253       //
3254                         
3255       x[0]=y1;
3256       x[1]=z1;
3257       x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3258       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
3259       nin0++;
3260       //
3261       x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3262       nin1++;
3263       //
3264       x[3]=F3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
3265       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3266       nin2++;
3267       //
3268       //
3269       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
3270       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
3271       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
3272       
3273       Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3274       Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3275       Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3276       Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3277       Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3278       Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3279       
3280       Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3281       Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3282       Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3283       Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3284       
3285       c[0]=sy1;
3286       c[1]=0.;       c[2]=sz1; 
3287       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3288       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3289       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3290       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3291       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3292       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3293       
3294       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3295       
3296       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3297       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3298       
3299       track->fIsSeeding = kTRUE;
3300
3301       nin++;      
3302       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
3303       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 || 
3304           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
3305         seed->Reset();
3306         seed->~AliTPCseed();
3307         continue;
3308       }
3309       nout1++;
3310       nout2++;  
3311       //Int_t rc = 1;
3312       FollowProlongation(*track, i2,1);
3313       track->fBConstrain =0;
3314       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3315       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3316       
3317       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3318           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 || 
3319           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3320         seed->Reset();
3321         seed->~AliTPCseed();
3322         continue;
3323       }
3324    
3325       {
3326         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3327         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3328         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3329         track2->fBConstrain = kFALSE;
3330         track2->fSeedType = 4;
3331         arr->AddLast(track2); 
3332         seed->Reset();
3333         seed->~AliTPCseed();
3334       }
3335       
3336    
3337       //arr->AddLast(track); 
3338       //seed = new AliTPCseed;  
3339       nout3++;
3340     }
3341   }
3342   
3343   if (fDebug>3){
3344     Info("MakeSeeds5","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3345   }
3346   delete seed;
3347 }
3348
3349
3350 //_____________________________________________________________________________
3351 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3352                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3353   //-----------------------------------------------------------------
3354   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3355   //-----------------------------------------------------------------
3356   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3357   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3358   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied 
3359   // cuts[3]   - fP3 cut
3360   Int_t nin0=0;
3361   Int_t nin1=0;
3362   Int_t nin2=0;
3363   Int_t nin3=0;
3364   //  Int_t nin4=0;
3365   //Int_t nin5=0;
3366
3367   
3368
3369   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3370   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3371   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3372   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3373   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3374   AliTPCRow * kr=0;
3375
3376   AliTPCpolyTrack polytrack;
3377   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3378   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3379
3380   Int_t sumused=0;
3381   Int_t cused=0;
3382   Int_t cnused=0;
3383   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3384     Int_t nfound =0;
3385     Int_t nfoundable =0;
3386     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3387       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3388       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];      
3389       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3390       
3391       if (cl->IsUsed(10)) {
3392         cused++;
3393       }
3394       else{
3395         cnused++;
3396       }
3397       Double_t x = kr0.GetX();
3398       // Initialization of the polytrack
3399       nfound =0;
3400       nfoundable =0;
3401       polytrack.Reset();
3402       //
3403       Double_t y0= cl->GetY();
3404       Double_t z0= cl->GetZ();
3405       Float_t erry = 0;
3406       Float_t errz = 0;
3407       
3408       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3409       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3410       
3411       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3412       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;      
3413       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3414
3415       sumused=0;
3416       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3417
3418
3419       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3420       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3421       //
3422       x = krm.GetX();
3423       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3424       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3425         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;          
3426         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3427         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3428         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3429       }
3430       //
3431       x = krp.GetX();
3432       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3433       if (cl2) {
3434         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;          
3435         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3436         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;  
3437         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3438       }
3439       //
3440       if (sumused>0) continue;
3441       nin0++;
3442       polytrack.UpdateParameters();
3443       // follow polytrack
3444       roadz = 1.2;
3445       roady = 1.2;
3446       //
3447       Double_t yn,zn;
3448       nfoundable = polytrack.GetN();
3449       nfound     = nfoundable; 
3450       //
3451       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3452         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3453         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3454           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3455           kr = &(fSectors[sec][row]);
3456           Double_t xn = kr->GetX();
3457           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3458           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3459           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3460           nfoundable++;
3461           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3462           if (cln) {
3463             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3464             if (dist<maxdist){
3465               /*
3466               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));         
3467               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3468               if (cln->IsUsed(10)) {
3469                 //      printf("used\n");
3470                 sumused++;
3471                 erry*=2;
3472                 errz*=2;
3473               }
3474               */
3475               erry=0.1;
3476               errz=0.1;
3477               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3478               nfound++;
3479             }
3480           }
3481         }
3482         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;     
3483         polytrack.UpdateParameters();
3484       }           
3485     }
3486     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3487       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3488       continue;
3489     }
3490     nin1++;
3491     Double_t dy,dz;
3492     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3493     AliTPCpolyTrack track2;
3494     
3495     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3496     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3497     nin2++;
3498
3499     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3500       //
3501       // test seed with and without constrain
3502       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3503         // add polytrack candidate
3504
3505         Double_t x[5], c[15];
3506         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3507         track2.GetBoundaries(x3,x1);    
3508         x2 = (x1+x3)/2.;
3509         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3510         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3511         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3512         //
3513         //is track pointing to the vertex ?
3514         Double_t x0,y0,z0;
3515         x0=0;
3516         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3517
3518         if (constrain) {
3519           x2 = x3;
3520           y2 = y3;
3521           z2 = z3;
3522           
3523           x3 = 0;
3524           y3 = 0;
3525           z3 = 0;
3526         }
3527         x[0]=y1;
3528         x[1]=z1;
3529         x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3530                 
3531         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3532         x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3533         
3534         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3535         //x[3]=F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3536         x[3]=F3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3537         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3538
3539         
3540         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3541         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3542         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3543         Double_t sy3=0.02;
3544
3545         if (constrain){
3546           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3547         }
3548         
3549         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3550         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3551         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3552         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3553         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3554         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3555
3556         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3557         Double_t f31=(F3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3558         Double_t f32=(F3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3559         Double_t f34=(F3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3560
3561         
3562         c[0]=sy1;
3563         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3564         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3565         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3566         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3567         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3568         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3569         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3570         
3571         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3572         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3573
3574         UInt_t index=0;
3575         //kr0.GetIndex(is);
3576         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3577         track->fIsSeeding = kTRUE;
3578         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);        
3579         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3580         else
3581           track->fBConstrain =0;
3582         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3583         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3584
3585         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 || 
3586             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 || 
3587             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3588           //delete track;
3589           seed->Reset();
3590           seed->~AliTPCseed();
3591         }
3592         else {
3593           arr->AddLast(track);
3594           seed = new AliTPCseed;
3595         }
3596         nin3++;
3597       }
3598     }  // if accepted seed
3599   }
3600   if (fDebug>3){
3601     Info("MakeSeeds2","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3602   }
3603   delete seed;
3604 }
3605
3606
3607 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3608 {
3609   //
3610   //
3611   //reseed using track points
3612   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0 
3613   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3614   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3615   Int_t pp2=0;
3616   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3617   for (Int_t i=0;i<3;i++){
3618     x0[i]=-1;
3619     x1[i]=-1;
3620     x2[i]=-1;
3621   }
3622
3623   // find track position at given ratio of the length
3624   Int_t  sec0=0, sec1=0, sec2=0;
3625   Int_t index=-1;
3626   Int_t clindex;
3627   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3628     if (track->fClusterPointer[i]){
3629       index++;
3630       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3631       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3632         if (trpoint->GetX()>1){
3633           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3634           if (clindex>0){       
3635             x0[0] = trpoint->GetX();
3636             x0[1] = trpoint->GetY();
3637             x0[2] = trpoint->GetZ();
3638             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3639           }
3640         }
3641       }
3642
3643       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3644         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3645         if (clindex>0){
3646           x1[0] = trpoint->GetX();
3647           x1[1] = trpoint->GetY();
3648           x1[2] = trpoint->GetZ();
3649           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3650         }
3651       }
3652       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3653         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3654         if (clindex>0){
3655           x2[0] = trpoint->GetX();
3656           x2[1] = trpoint->GetY();
3657           x2[2] = trpoint->GetZ(); 
3658           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3659           pp2 = i;
3660         }
3661       }
3662     }
3663   }
3664   
3665   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3666   //
3667   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3668   cs = TMath::Cos(alpha);
3669   sn = TMath::Sin(alpha); 
3670   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3671   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3672   x1[0] = xx2;
3673   x1[1] = yy2;
3674   //
3675   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3676   cs = TMath::Cos(alpha);
3677   sn = TMath::Sin(alpha); 
3678   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3679   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3680   x0[0] = xx2;
3681   x0[1] = yy2;
3682   //
3683   //
3684   //
3685   Double_t x[5],c[15];
3686   //
3687   x[0]=x2[1];
3688   x[1]=x2[2];
3689   x[4]=F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3690   //  if (x[4]>1) return 0;
3691   x[2]=F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3692   x[3]=F3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3693   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3694   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3695   //  
3696   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3697   //
3698   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3699   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3700   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3701   //
3702   Double_t f40=(F1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3703   Double_t f42=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3704   Double_t f43=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3705   Double_t f20=(F2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3706   Double_t f22=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3707   Double_t f23=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3708   //
3709   Double_t f30=(F3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3710   Double_t f31=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3711   Double_t f32=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3712   Double_t f34=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3713   
3714   
3715   c[0]=sy1;
3716   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3717   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3718   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3719   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3720   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3721   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3722   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3723   
3724   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3725   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3726   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3727   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3728   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3729   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3730   //  seed =0;
3731   seed->fLastPoint  = pp2;
3732   seed->fFirstPoint = pp2;
3733   
3734
3735   return seed;
3736 }
3737
3738
3739 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3740 {
3741   //
3742   //
3743   //reseed using founded clusters 
3744   //
3745   // Find the number of clusters
3746   Int_t nclusters = 0;
3747   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3748     if (track->GetClusterIndex(irow)>0) nclusters++;
3749   }
3750   //
3751   Int_t ipos[3];
3752   ipos[0] = TMath::Max(int(r0*nclusters),0);             // point 0 cluster
3753   ipos[1] = TMath::Min(int(r1*nclusters),nclusters-1);   // 
3754   ipos[2] = TMath::Min(int(r2*nclusters),nclusters-1);   // last point
3755   //
3756   //
3757   Double_t  xyz[3][3];
3758   Int_t     row[3],sec[3]={0,0,0};
3759   //
3760   // find track row position at given ratio of the length
3761   Int_t index=-1;
3762   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){    
3763     if (track->GetClusterIndex2(irow)<0) continue;
3764     index++;
3765     for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3766       if (index<=ipos[ipoint]) row[ipoint] = irow;
3767     }        
3768   }
3769   //
3770   //Get cluster and sector position
3771   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3772     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3773     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3774     if (cl==0) {
3775       //Error("Bug\n");
3776       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3777       return 0;
3778     }
3779     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3780     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3781     xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3782     xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3783   }
3784   //
3785   //
3786   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3787
3788   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3789   //
3790   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3791   cs = TMath::Cos(alpha);
3792   sn = TMath::Sin(alpha); 
3793   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3794   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3795   xyz[1][0] = xx2;
3796   xyz[1][1] = yy2;
3797   //
3798   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3799   cs = TMath::Cos(alpha);
3800   sn = TMath::Sin(alpha); 
3801   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3802   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3803   xyz[0][0] = xx2;
3804   xyz[0][1] = yy2;
3805   //
3806   //
3807   //
3808   Double_t x[5],c[15];
3809   //
3810   x[0]=xyz[2][1];
3811   x[1]=xyz[2][2];
3812   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3813   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3814   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3815   //  
3816   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3817   //
3818   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3819   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3820   Double_t sy3=0.2;
3821   //
3822   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3823   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3824   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3825   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3826   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3827   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3828   //
3829   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3830   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3831   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3832   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3833   
3834   
3835   c[0]=sy1;
3836   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3837   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3838   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3839   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3840   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3841   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3842   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3843   
3844   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3845   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3846   seed->fLastPoint  = row[2];
3847   seed->fFirstPoint = row[2];  
3848   return seed;
3849 }
3850
3851
3852 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track,Int_t r0, Bool_t forward)
3853 {
3854   //
3855   //
3856   //reseed using founded clusters 
3857   //
3858   Double_t  xyz[3][3];
3859   Int_t     row[3]={0,0,0};
3860   Int_t     sec[3]={0,0,0};
3861   //
3862   // forward direction
3863   if (forward){
3864     for (Int_t irow=r0;irow<160;irow++){
3865       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3866         row[0] = irow;
3867         break;
3868       }
3869     }
3870     for (Int_t irow=160;irow>r0;irow--){
3871       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3872         row[2] = irow;
3873         break;
3874       }
3875     }
3876     for (Int_t irow=row[2]-15;irow>row[0];irow--){
3877       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3878         row[1] = irow;
3879         break;
3880       }
3881     }
3882     //
3883   }
3884   if (!forward){
3885     for (Int_t irow=0;irow<r0;irow++){
3886       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3887         row[0] = irow;
3888         break;
3889       }
3890     }
3891     for (Int_t irow=r0;irow>0;irow--){
3892       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3893         row[2] = irow;
3894         break;
3895       }
3896     }    
3897     for (Int_t irow=row[2]-15;irow>row[0];irow--){
3898       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3899         row[1] = irow;
3900         break;
3901       }
3902     } 
3903   }
3904   //
3905   if ((row[2]-row[0])<20) return 0;
3906   if (row[1]==0) return 0;
3907   //
3908   //
3909   //Get cluster and sector position
3910   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3911     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3912     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3913     if (cl==0) {
3914       //Error("Bug\n");
3915       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3916       return 0;
3917     }
3918     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3919     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3920     AliTPCTrackerPoint * point = track->GetTrackPoint(row[ipoint]);    
3921     if (point&&ipoint<2){
3922       //
3923        xyz[ipoint][1]  = point->GetY();
3924        xyz[ipoint][2]  = point->GetZ();
3925     }
3926     else{
3927       xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3928       xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3929     }
3930   }
3931   //
3932   //
3933   //
3934   //
3935   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3936
3937   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3938   //
3939   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3940   cs = TMath::Cos(alpha);
3941   sn = TMath::Sin(alpha); 
3942   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3943   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3944   xyz[1][0] = xx2;
3945   xyz[1][1] = yy2;
3946   //
3947   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3948   cs = TMath::Cos(alpha);
3949   sn = TMath::Sin(alpha); 
3950   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3951   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3952   xyz[0][0] = xx2;
3953   xyz[0][1] = yy2;
3954   //
3955   //
3956   //
3957   Double_t x[5],c[15];
3958   //
3959   x[0]=xyz[2][1];
3960   x[1]=xyz[2][2];
3961   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3962   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3963   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3964   //  
3965   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3966   //
3967   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3968   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3969   Double_t sy3=0.2;
3970   //
3971   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3972   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3973   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3974   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3975   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3976   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3977   //
3978   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3979   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3980   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3981   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3982   
3983   
3984   c[0]=sy1;
3985   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3986   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3987   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3988   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3989   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3990   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3991   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3992   
3993   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3994   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3995   seed->fLastPoint  = row[2];
3996   seed->fFirstPoint = row[2];  
3997   for (Int_t i=row[0];i<row[2];i++){
3998     seed->fIndex[i] = track->fIndex[i];
3999   }
4000
4001   return seed;
4002 }
4003
4004 void  AliTPCtrackerMI::FindKinks(TObjArray * array, AliESD *esd)
4005 {
4006   //
4007   //  find kinks
4008   //
4009   //
4010
4011   TObjArray *kinks= new TObjArray(10000);
4012   //  TObjArray *v0s= new TObjArray(10000);
4013   Int_t nentries = array->GetEntriesFast();
4014   AliHelix *helixes      = new AliHelix[nentries];
4015   Int_t    *sign         = new Int_t[nentries];
4016   Int_t    *nclusters    = new Int_t[nentries];
4017   Float_t  *alpha        = new Float_t[nentries];
4018   AliESDkink * kink      = new AliESDkink();
4019   Int_t      * usage     = new Int_t[nentries];
4020   Float_t  *zm           = new Float_t[nentries];
4021   Float_t  *z0           = new Float_t[nentries]; 
4022   Float_t  *fim          = new Float_t[nentries];
4023   Float_t  *shared       = new Float_t[nentries];
4024   Bool_t   *circular     = new Bool_t[nentries];
4025   Float_t *dca          = new Float_t[nentries];
4026   //const AliESDVertex * primvertex = esd->GetVertex();
4027   //
4028   //  nentries = array->GetEntriesFast();
4029   //
4030   
4031   //
4032   //
4033   for (Int_t i=0;i<nentries;i++){
4034     sign[i]=0;
4035     usage[i]=0;
4036     AliTPCseed* track = (AliTPCseed*)array->At(i);    
4037     if (!track) continue;
4038     track->fCircular =0;
4039     shared[i] = kFALSE;
4040     track->UpdatePoints();
4041     if (( track->GetPoints()[2]- track->GetPoints()[0])>5 && track->GetPoints()[3]>0.8){
4042     }
4043     nclusters[i]=track->GetNumberOfClusters();
4044     alpha[i] = track->GetAlpha();
4045     new (&helixes[i]) AliHelix(*track);
4046     Double_t xyz[3];
4047     helixes[i].Evaluate(0,xyz);
4048     sign[i] = (track->GetC()>0) ? -1:1;
4049     Double_t x,y,z;
4050     x=160;
4051     if (track->GetProlongation(x,y,z)){
4052       zm[i]  = z;
4053       fim[i] = alpha[i]+TMath::ATan2(y,x);
4054     }
4055     else{
4056       zm[i]  = track->GetZ();
4057       fim[i] = alpha[i];
4058     }   
4059     z0[i]=1000;
4060     circular[i]= kFALSE;
4061     if (track->GetProlongation(0,y,z))  z0[i] = z;
4062     dca[i] = track->GetD(0,0);    
4063   }
4064   //
4065   //
4066   TStopwatch timer;
4067   timer.Start();
4068   Int_t ncandidates =0;
4069   Int_t nall =0;
4070   Int_t ntracks=0; 
4071   Double_t phase[2][2],radius[2];
4072
4073   //
4074   // Find circling track
4075   TTreeSRedirector &cstream = *fDebugStreamer;
4076   //
4077   for (Int_t i0=0;i0<nentries;i0++){
4078     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i0);
4079     if (!track0) continue;    
4080     if (track0->fN<40) continue;
4081     if (TMath::Abs(1./track0->fP4)>200) continue;
4082     for (Int_t i1=i0+1;i1<nentries;i1++){
4083       AliTPCseed * track1 = (AliTPCseed*)array->At(i1);
4084       if (!track1) continue;
4085       if (track1->fN<40)                  continue;
4086       if ( TMath::Abs(track1->fP3+track0->fP3)>0.1) continue;
4087       if (track0->fBConstrain&&track1->fBConstrain) continue;
4088       if (TMath::Abs(1./track1->fP4)>200) continue;
4089       if (track1->fP4*track0->fP4>0)      continue;
4090       if (track1->fP3*track0->fP3>0)      continue;
4091       if (max(TMath::Abs(1./track0->fP4),TMath::Abs(1./track1->fP4))>190) continue;
4092       if (track0->fBConstrain&&TMath::Abs(track1->fP4)<TMath::Abs(track0->fP4)) continue; //returning - lower momenta
4093       if (track1->fBConstrain&&TMath::Abs(track0->fP4)<TMath::Abs(track1->fP4)) continue; //returning - lower momenta
4094       //
4095       Float_t mindcar = TMath::Min(TMath::Abs(dca[i0]),TMath::Abs(dca[i1]));
4096       if (mindcar<5)   continue;
4097       Float_t mindcaz = TMath::Min(TMath::Abs(z0[i0]-GetZ()),TMath::Abs(z0[i1]-GetZ()));
4098       if (mindcaz<5) continue;
4099       if (mindcar+mindcaz<20) continue;
4100       //
4101       //
4102       Float_t xc0 = helixes[i0].GetHelix(6);
4103       Float_t yc0 = helixes[i0].GetHelix(7);
4104       Float_t r0  = helixes[i0].GetHelix(8);
4105       Float_t xc1 = helixes[i1].GetHelix(6);
4106       Float_t yc1 = helixes[i1].GetHelix(7);
4107       Float_t r1  = helixes[i1].GetHelix(8);
4108         
4109       Float_t rmean = (r0+r1)*0.5;
4110       Float_t delta =TMath::Sqrt((xc1-xc0)*(xc1-xc0)+(yc1-yc0)*(yc1-yc0));
4111       //if (delta>30) continue;
4112       if (delta>rmean*0.25) continue;
4113       if (TMath::Abs(r0-r1)/rmean>0.3) continue; 
4114       //
4115       Int_t npoints = helixes[i0].GetRPHIintersections(helixes[i1], phase, radius,10);
4116       if (npoints==0) continue;
4117       helixes[i0].GetClosestPhases(helixes[i1], phase);
4118       //
4119       Double_t xyz0[3];
4120       Double_t xyz1[3];
4121       Double_t hangles[3];
4122       helixes[i0].Evaluate(phase[0][0],xyz0);
4123       helixes[i1].Evaluate(phase[0][1],xyz1);
4124
4125       helixes[i0].GetAngle(phase[0][0],helixes[i1],phase[0][1],hangles);
4126       Double_t deltah[2],deltabest;
4127       if (hangles[2]<2.8) continue;
4128       /*
4129       cstream<<"C"<<track0->fLab<<track1->fLab<<
4130         track0->fP3<<track1->fP3<<
4131         track0->fP4<<track1->fP4<<
4132         delta<<rmean<<npoints<<
4133         hangles[0]<<hangles[2]<<
4134         xyz0[2]<<xyz1[2]<<radius[0]<<"\n"; 
4135       */
4136       if (npoints>0){
4137         Int_t ibest=0;
4138         helixes[i0].ParabolicDCA(helixes[i1],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],deltah[0],2);
4139         if (npoints==2){
4140           helixes[i0].ParabolicDCA(helixes[i1],phase[1][0],phase[1][1],radius[1],deltah[1],2);
4141           if (deltah[1]<deltah[0]) ibest=1;
4142         }
4143         deltabest  = TMath::Sqrt(deltah[ibest]);
4144         helixes[i0].Evaluate(phase[ibest][0],xyz0);
4145         helixes[i1].Evaluate(phase[ibest][1],xyz1);
4146         helixes[i0].GetAngle(phase[ibest][0],helixes[i1],phase[ibest][1],hangles);
4147         Double_t radiusbest = TMath::Sqrt(radius[ibest]);
4148         //
4149         if (deltabest>6) continue;
4150         if (mindcar+mindcaz<40 && (hangles[2]<3.12||deltabest>3)) continue;
4151         Bool_t sign =kFALSE;
4152         if (hangles[2]>3.06) sign =kTRUE;
4153         //
4154         if (sign){
4155           circular[i0] = kTRUE;
4156           circular[i1] = kTRUE;
4157           if (TMath::Abs(track0->fP4)<TMath::Abs(track1->fP4)){
4158             track0->fCircular += 1;
4159             track1->fCircular += 2;
4160           }
4161           else{
4162             track1->fCircular += 1;
4163             track0->fCircular += 2;
4164           }
4165         }               
4166         if (sign&&AliTPCReconstructor::StreamLevel()>1){          
4167           //debug stream          
4168           cstream<<"Curling"<<
4169             "lab0="<<track0->fLab<<
4170             "lab1="<<track1->fLab<<   
4171             "Tr0.="<<track0<<
4172             "Tr1.="<<track1<<      
4173             "dca0="<<dca[i0]<<
4174             "dca1="<<dca[i1]<<
4175             "mindcar="<<mindcar<<
4176             "mindcaz="<<mindcaz<<
4177             "delta="<<delta<<
4178             "rmean="<<rmean<<
4179             "npoints="<<npoints<<                      
4180             "hangles0="<<hangles[0]<<
4181             "hangles2="<<hangles[2]<<                    
4182             "xyz0="<<xyz0[2]<<
4183             "xyzz1="<<xyz1[2]<<
4184             "z0="<<z0[i0]<<
4185             "z1="<<z0[i1]<<
4186             "radius="<<radiusbest<<
4187             "deltabest="<<deltabest<< 
4188             "phase0="<<phase[ibest][0]<<
4189             "phase1="<<phase[ibest][1]<<
4190             "\n";                 
4191         }
4192       }
4193     }
4194   }
4195   //
4196   //  Finf kinks loop
4197   // 
4198   //
4199   for (Int_t i =0;i<nentries;i++){
4200     if (sign[i]==0) continue;
4201     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i);
4202     ntracks++;
4203     //
4204     Double_t cradius0 = 40*40;
4205     Double_t cradius1 = 270*270;
4206     Double_t cdist1=8.;
4207     Double_t cdist2=8.;
4208     Double_t cdist3=0.55; 
4209     for (Int_t j =i+1;j<nentries;j++){
4210       nall++;
4211       if (sign[j]*sign[i]<1) continue;
4212       if ( (nclusters[i]+nclusters[j])>200) continue;
4213       if ( (nclusters[i]+nclusters[j])<80) continue;
4214       if ( TMath::Abs(zm[i]-zm[j])>60.) continue;
4215       if ( TMath::Abs(fim[i]-fim[j])>0.6 && TMath::Abs(fim[i]-fim[j])<5.7 ) continue;
4216       //AliTPCseed * track1 = (AliTPCseed*)array->At(j);  Double_t phase[2][2],radius[2];    
4217       Int_t npoints = helixes[i].GetRPHIintersections(helixes[j], phase, radius,20);
4218       if (npoints<1) continue;
4219       // cuts on radius      
4220       if (npoints==1){
4221         if (radius[0]<cradius0||radius[0]>cradius1) continue;
4222       }
4223       else{
4224         if ( (radius[0]<cradius0||radius[0]>cradius1) && (radius[1]<cradius0||radius[1]>cradius1) ) continue;
4225       }
4226       //      
4227       Double_t delta1=10000,delta2=10000;
4228       // cuts on the intersection radius
4229       helixes[i].LinearDCA(helixes[j],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],delta1);
4230       if (radius[0]<20&&delta1<1) continue; //intersection at vertex
4231       if (radius[0]<10&&delta1<3) continue; //intersection at vertex
4232       if (npoints==2){ 
4233         helixes[i].LinearDCA(helixes[j],phase[1][0],phase[1][1],radius[1],delta2);
4234         if (radius[1]<20&&delta2<1) continue;  //intersection at vertex
4235         if (radius[1]<10&&delta2<3) continue;  //intersection at vertex 
4236       }
4237       //
4238       Double_t distance1 = TMath::Min(delta1,delta2);
4239       if (distance1>cdist1) continue;  // cut on DCA linear approximation
4240       //
4241       npoints = helixes[i].GetRPHIintersections(helixes[j], phase, radius,20);
4242       helixes[i].ParabolicDCA(helixes[j],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],delta1);