TPC/CalibMacros/AnalyzeLaserCE.C

   1 /*
   2
   3 Macro to perform fits of the Laser Central electrode data
   4 Several fit methods implemented
   5
   6 0. RebuildCE("ce.root","pul.root"); - rebuild data from the scratch
   7                                     - the data will be storered in file inname
   8
   9 1. RebuildData() - transform arbitrary layout of the Input data to the internal format
  10    StoreData();  - The data tree expected in file inname (see variable bellow)
  11    StoreTree();  - Modify inname and xxside and tcor in order to transform data
  12
  13
  14 2. MakeFit();    - Make a fit of the data - already in internal format
  15    StoreData();  - Store
  16    StoreTree();
  17
  18 3. MakeRes();    - Make the final calibration  + combination of different components
  19
  20 4. LoadViewer(); - Browse the fit parameters
  21
  22
  23 .x ~/rootlogon.C
  24 gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/STAT");
  25 gSystem->Load("libSTAT.so");
  26 .L $ALICE_ROOT/TPC/CalibMacros/AnalyzeLaserCE.C+
  27
  28 // setup aliases
  29 qaside="CE_Q";
  30 taside="CE_T";
  31 raside="CE_RMS";
  32 qcside="CE_Q";
  33 tcside="CE_T";
  34 rcside="CE_RMS";
  35
  36
  37
  38
  39 Calibration viewer variables:
  40
  41 Result  -  resulting correction
  42 out     -  outlyers not used for fit
  43 tcor    -  offset specified by user before fitting
  44 timeF1  -  sector local fit - plane
  45 timeF2  -  sector local fit - parabola
  46 timeIn  -  input times
  47 qIn     -  input charge
  48 out     -  outlyers not used for fit
  49 tcor    -  offset specified by user before fitting
  50 timeF1  -  sector time local fit - plane
  51 timeF2  -  sector time local fit - parabola
  52 qF1     -  sector q local fit    - plane
  53 qF2     -  sector q local fit    - parabola
  54 // fitted values
  55 //
  56 ffit0   - base fit
  57 ffit1   - adding common shifts    - alpha dependendent
  58 ffit2   - adding opposite shifts  - alpha dependent
  59 //
  60 fGXY    -  global fit parameter - XY
  61 fInOut  -  global fit parameter - inner-outer sector matching
  62 fLX     -  global LX  dependence
  63 //
  64 Gloabl fit o consist of
  65 -fGXY~-fLX~-fTL~-fOff~:ffit0~
  66
  67 //
  68 // Control variable - check results
  69 //
  70 //
  71 ffit2~-(timeIn~):lx~  - fit value minus input time
  72
  73 result cosntruction:
  74 (timeF2~-ffit2~+fTL~+fInOut~):Result~
  75 //
  76 timeF2~-Result~:ffit2~-fTL~-fInOut~
  77
  78
  79 */
  80 #include "TString.h"
  81 #include "TSystem.h"
  82 #include "TTree.h"
  83 #include "TCut.h"
  84 #include "TStatToolkit.h"
  85 #include "AliTPCCalibViewer.h"
  86 #include "AliTPCCalibViewerGUI.h"
  87 #include "AliTPCPreprocessorOnline.h"
  88 #include "AliTPCCalibCE.h"
  89 #include "AliTPCCalibPulser.h"
  90 #include "TStopwatch.h"
  91 //
  92 //Define interesting variables - file names
  93 //
  94 char * inname = "treeCE.root";  // input file with tree
  95 //
  96 // variable name definition in input tree - change it according the input
  97 //
  98 TString qaside("CE_Q");
  99 TString taside("CE_T");
 100 TString raside("CE_RMS");
 101 TString qcside("CE_Q");
 102 TString tcside("CE_T");
 103 TString rcside("CE_RMS");
 104
 105 //
 106 // correction variable - usually Pulser time
 107 //
 108 TString tcor("-pulCorr");
 109
 110 //
 111 char * fname  = "treefitCE.root";       // output file with tree
 112 char * oname  = "fitCE.root";           // output file with CalPads fit
 113
 114 //
 115 //
 116 // Input CalPads
 117 //
 118 AliTPCCalPad *calPadIn  = 0;            // original time pad
 119 AliTPCCalPad *calPadF1  = 0;            // original time pad - fit plane
 120 AliTPCCalPad *calPadF2  = 0;            // original time pad - fit parabola
 121 AliTPCCalPad *calPadQIn = 0;            // original Q pad
 122 AliTPCCalPad *calPadQF1 = 0;            // original Q pad
 123 AliTPCCalPad *calPadQF2 = 0;            // original Q pad
 124
 125 AliTPCCalPad *calPadCor = 0;            // base correction CalPad
 126 AliTPCCalPad *calPadOut = 0;            // outlyer CalPad
 127 //
 128 // cuts
 129 //
 130 const Float_t tThr=0.3;                // max diff in the sector
 131 const Float_t qThr0=0.5;               // max Q diff in the sector
 132 const Float_t qThr1=2;                 // max Q diff in the sector
 133
 134 //
 135 //
 136 // fit Cal Pads
 137 AliTPCCalPad *calPad0   = 0;            // global fit 0 - base
 138 AliTPCCalPad *calPad1   = 0;            // global fit 1 - common behavior rotation -A-C
 139 AliTPCCalPad *calPad2   = 0;            // gloabl fit 2 - CE missalign rotation     A-C
 140 //
 141 AliTPCCalPad *calPadInOut = 0;          // misaalign in-out
 142 AliTPCCalPad *calPadLX    = 0;          // local x missalign
 143 AliTPCCalPad *calPadTL   = 0;           // tan
 144 AliTPCCalPad *calPadQ     = 0;          // time (q)  correction
 145 AliTPCCalPad *calPadGXY   = 0;          // global XY missalign (drift velocity grad)
 146 AliTPCCalPad *calPadOff   = 0;          // normalization offset fit
 147 AliTPCCalPad *calPadRes   = 0;          // final calibration
 148
 149 TObjString strFit0="";                     // string fit 0
 150 TObjString strFit1="";                     // string fit 1
 151 TObjString strFit2="";                     // string fit 2
 152 TVectorD vecFit0;                       // parameters fit 0
 153 TVectorD vecFit1;                       // parameters fit 1
 154 TVectorD vecFit2;                       // parameters fit 2
 155 //
 156 // working variables
 157 //
 158 AliTPCCalibViewerGUI * viewer=0;   //viewerGUI
 159 AliTPCCalibViewer    *makePad=0;   //viewer
 160 TTree * tree=0;                    // working tree
 161
 162 void LoadViewer();
 163 void RebuildData();   // transform the input data to the fit format
 164 void MakeFit();       // make fits
 165 void MakeFitPulser(); // make fit for pulser correction data
 166 //
 167 //   internal functions
 168 //
 169 void MakeAliases0();  // Make Aliases 0  - for user tree
 170 void MakeAliases1();  // Make Aliases 1  - for default tree
 171 void LoadData();      // Load data
 172 void StoreData();     // store current data
 173 void StoreTree();     // store fit data in the output tree
 174
 175
 176
 177 void AnalyzeLaser(){
 178   //
 179   //
 180   //
 181   LoadViewer();
 182   MakeAliases1();
 183 }
 184
 185 void MakeFitPulser(){
 186   TStatToolkit stat;
 187   Int_t npoints;
 188   Double_t chi2;
 189   TVectorD vec0,vec1,vec2;
 190   TMatrixD mat;
 191   TString fitvar="P_T.fElements";
 192   TCut out("abs(P_T.fElements/P_T_Mean.fElements-1.001)<.002");
 193   TCut fitadd("P_T.fElements>446");
 194   TString fstring="";
 195   fstring+="(sector>=0&&sector<9)++";
 196   fstring+="(sector>=9&&sector<18)++";
 197   fstring+="(sector>=18&&sector<27)++";
 198   fstring+="(sector>=27&&sector<36)++";
 199   fstring+="(sector>=36&&sector<45)++";
 200   fstring+="(sector>=45&&sector<54)++";
 201   fstring+="(sector>=54&&sector<63)++";
 202   fstring+="(sector>=63&&sector<72)";
 203
 204   TString *pulOff =stat.FitPlane(tree,fitvar.Data(),fstring.Data(),(out+fitadd).GetTitle(),chi2,npoints,vec0,mat);
 205
 206   tree->SetAlias("pul0",pulOff->Data());
 207   tree->SetAlias("pulCorr","P_T.fElements-pul0");
 208   tree->SetAlias("pulOut",out.GetTitle());
 209 }
 210
 211 void MakeFit(){
 212   //
 213   //
 214   LoadData();
 215   //LoadViewer();
 216   //
 217   makePad = new AliTPCCalibViewer(fname);
 218   tree = makePad->GetTree();
 219   MakeAliases1();
 220   //
 221   //  MakeFitPulser();
 222   TStatToolkit stat;
 223   Int_t npoints;
 224   Double_t chi2;
 225   TMatrixD mat;
 226   TString fstring="";
 227   //
 228   //Basic  correction
 229   //
 230   fstring+="side++";        // offset on 2 different sides              //1
 231   //fstring+="(1/qp)++";      // Q -threshold effect correction           //2
 232   //fstring+="(qp)++";        // Q -threshold effect correction           //3
 233   fstring+="(inn)++";       //  inner outer misalign   - common         //4
 234   fstring+="(side*inn)++";  //                         - opposite       //5
 235   //
 236   fstring+="(gyr)++";       // drift velocity gradient - common         //6
 237   fstring+="(side*gyr)++";  //                         - opposite       //7
 238   fstring+="(gxr)++";       //  global x tilt          - common         //8
 239   fstring+="(side*gxr)++";  //                         - opposite       //9
 240   //
 241   fstring+="tl^2++";        // local phi correction                     //10
 242   //
 243   fstring+="(lxr)++";       // zr            angle      - common        //11
 244   fstring+="(side*lxr)++";  //                          - opposite      //12
 245   fstring+="(inn*lxr)++";   // inner outer angle        - common        //13
 246   fstring+="(side*inn*lxr)++";//                        - opposite      //14
 247   fstring+="(lxr^2)++";       // zr          second     - common        //15
 248   fstring+="(side*lxr^2)++";  //                        - opposite      //16
 249   fstring+="(inn*lxr^2)++";       // zr          second     - common        //15
 250   fstring+="(inn*side*lxr^2)++";  //                        - opposite      //16
 251   //
 252   printf("Fit0\t start\n");
 253   TString *fit0 =stat.FitPlane(tree,"dt",fstring.Data(),"cutF&&cutCE",chi2,npoints,vecFit0,mat,0.9);
 254   tree->SetAlias("f0",fit0->Data());
 255   strFit0 = fit0->Data();
 256   printf("Fit0\t end\n");
 257   printf("Chi2/npoints\t=%f\n",TMath::Sqrt(chi2/npoints));
 258   fit0->Tokenize("++")->Print();
 259   //
 260   printf("Global tendencies extraction\n");
 261   //
 262   // Extract variables
 263   //
 264   TString tmpstr = fstring;
 265   TObjArray *arr = tmpstr.Tokenize("++");
 266   TString fitQ("0");       // q correction
 267   TString fitLX("0");      // lx correction
 268   TString fitInOut("0");   // inner-outer - match
 269   TString fitGXY("0");      // global xy fit
 270   TString fitOff("0");  // side offsets
 271   TString fitTL("0");  // side offsets
 272   //
 273   fitOff+="+";
 274   fitOff+=vecFit0[0];
 275   fitOff+="+side*";
 276   fitOff+=vecFit0[1];
 277   {
 278   for(Int_t i=0;i<arr->GetEntriesFast();i++){
 279     if (!arr->At(i)) continue;
 280     TString *fitstr = new TString(arr->At(i)->GetName());
 281     //
 282     //Bool_t isQ      = fitstr->Contains("qp)");
 283     Bool_t isRot    = fitstr->Contains("sin(")+fitstr->Contains("cos(");
 284     Bool_t isLX     = fitstr->Contains("lxr");
 285     Bool_t isIn     = fitstr->Contains("inn");
 286     Bool_t isGXY    = fitstr->Contains("gxr")+fitstr->Contains("gyr");
 287     if (fitstr->Contains("tl^2")){
 288       fitTL+="+";
 289       fitTL+=(*fitstr)+"*";
 290       fitTL+=vecFit0[i+1];
 291     }
 292     if (isGXY){
 293       fitGXY+="+";
 294       fitGXY+=(*fitstr)+"*";
 295       fitGXY+=vecFit0[i+1];
 296     }
 297     //
 298     if (isLX&&!isRot&&!isIn){
 299       fitLX+="+";
 300       fitLX+=(*fitstr)+"*";
 301       fitLX+=vecFit0[i+1];
 302     }
 303     //
 304     if (!isRot&&isIn){
 305       fitInOut+="+";
 306       fitInOut+=(*fitstr)+"*";
 307       fitInOut+=vecFit0[i+1];
 308     }
 309   }
 310   }
 311   //
 312   tree->SetAlias("fInOut",fitInOut.Data());
 313   tree->SetAlias("fLX",fitLX.Data());
 314   tree->SetAlias("fGXY",fitGXY.Data());
 315   tree->SetAlias("fOff",fitOff.Data());
 316   //tree->SetAlias("fQ",fitQ.Data());
 317   tree->SetAlias("fTL",fitTL.Data());
 318
 319   //
 320   //
 321   // Common "deformation" tendencies
 322   //
 323   fstring+="(sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)))++";
 324   fstring+="(cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)))++";
 325   //
 326   fstring+="(sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))++";
 327   fstring+="(cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))++";
 328   fstring+="(sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))++";
 329   fstring+="(cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))++";
 330   //
 331   fstring+="(sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))*lxr++";
 332   fstring+="(cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))*lxr++";
 333   fstring+="(sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))*lxr++";
 334   fstring+="(cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))*lxr++";
 335   //
 336
 337   TString *fit1 =stat.FitPlane(tree,"dt",fstring.Data(),"cutF&&cutCE",chi2,npoints,vecFit1,mat,0.9);
 338   tree->SetAlias("f1",fit1->Data());
 339   strFit1 = fit1->Data();
 340   printf("Fit1\t end\n");
 341   printf("Chi2/npoints\t=%f\n",TMath::Sqrt(chi2/npoints));
 342   fit1->Tokenize("++")->Print();
 343
 344   //
 345   // Central electrode "deformation"
 346   //
 347   fstring+="(side*sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)))++";
 348   fstring+="(side*cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)))++";
 349   //
 350   fstring+="(side*sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))++";
 351   fstring+="(side*cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))++";
 352   fstring+="(side*sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))++";
 353   fstring+="(side*cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))++";
 354   //
 355   fstring+="(side*sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))*lxr++";
 356   fstring+="(side*cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*2))*lxr++";
 357   fstring+="(side*sin(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))*lxr++";
 358   fstring+="(side*cos(atan2(gy.fElements,gx.fElements)*3))*lxr++";
 359
 360   TString *fit2 =stat.FitPlane(tree,"dt",fstring.Data(),"cutF&&abs(dt-f0)<0.7&&cutCE",chi2,npoints,vecFit2,mat,0.9);
 361   strFit2 = fit2->Data();
 362   printf("Fit2\t end\n");
 363   printf("Chi2/npoints\t=%f\n",TMath::Sqrt(chi2/npoints));
 364   fit2->Tokenize("++")->Print();
 365   tree->SetAlias("f2",fit2->Data());
 366   //
 367   //
 368   //
 369   calPad0      = makePad->GetCalPad("f0","1", "ffit0");
 370   calPad1      = makePad->GetCalPad("f1","1", "ffit1");
 371   calPad2      = makePad->GetCalPad("f2","1", "ffit2");
 372   calPadInOut  = makePad->GetCalPad("fInOut","1", "fInOut");
 373   calPadLX     = makePad->GetCalPad("fLX","1", "fLX");
 374   calPadTL     = makePad->GetCalPad("fTL","1", "fTL");
 375   //calPadQ      = makePad->GetCalPad("fQ","1", "fQ");
 376   calPadGXY    = makePad->GetCalPad("fGXY","1", "fGXY");
 377   calPadOff    = makePad->GetCalPad("fOff","1", "fOff");
 378 }
 379
 380
 381
 382 void LoadViewer(){
 383   //
 384   // Load calib Viewer
 385   //
 386   TObjArray * array = AliTPCCalibViewerGUI::ShowGUI(fname);
 387   viewer = (AliTPCCalibViewerGUI*)array->At(0);
 388   makePad = viewer->GetViewer();
 389   tree = viewer->GetViewer()->GetTree();
 390   MakeAliases1();
 391 }
 392
 393
 394
 395
 396
 397
 398 void RebuildData(){
 399   //
 400   // transform the input data to the fit format
 401   //
 402   TStopwatch timer;
 403   makePad = new AliTPCCalibViewer(inname);
 404   tree = makePad->GetTree();
 405   //
 406
 407   timer.Print();
 408   timer.Continue();
 409   printf("-1.   MaQkeFitPulser\n");
 410   MakeFitPulser();
 411   timer.Print();
 412   timer.Continue();
 413   MakeAliases0(); //
 414   //
 415   printf("0.   GetCalPads\n");
 416   timer.Print();
 417   calPadCor = makePad->GetCalPad("tcor","1", "tcor");
 418   calPadOut = makePad->GetCalPad("1","!((cutA||cutC)&&abs(ly.fElements/lx.fElements)<0.16)", "out");
 419   calPadIn  = makePad->GetCalPad("dt","1","timeIn");
 420
 421   calPadF1  = calPadIn->GlobalFit("timeF1", calPadOut,kFALSE,0,0,0.8);  // use robust fit
 422   calPadQIn = makePad->GetCalPad("qa*(sector%36<18)+qc*(sector%36>17)","1","qIn");
 423   //
 424   //
 425   printf("1.   Create outlyer map\n");
 426   timer.Print();
 427   timer.Continue();
 428   //
 429   // Update outlyer maps
 430   //
 431   for (Int_t isector=0;isector<72; isector++){
 432     for (UInt_t ich=0;ich<calPadIn->GetCalROC(isector)->GetNchannels();ich++){
 433       Float_t val0= calPadIn->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 434       Float_t val1= calPadF1->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 435       if (TMath::Abs(val0-val1)>tThr) calPadOut->GetCalROC(isector)->SetValue(ich,1);
 436     }
 437   }
 438   printf("2.   Fit sector parabolas\n");
 439   timer.Print();
 440   timer.Continue();
 441   calPadF1  = calPadIn->GlobalFit("timeF1", calPadOut,kFALSE,0,0,0.9);
 442   calPadF2  = calPadIn->GlobalFit("timeF2", calPadOut,kFALSE,1,0,0.9);
 443   calPadQF1 = calPadQIn->GlobalFit("qF1", calPadOut,kFALSE,1);
 444   calPadQF2 = calPadQIn->GlobalFit("qF2", calPadOut,kFALSE,1);
 445
 446   //
 447   // Update outlyer maps
 448   //
 449   printf("3.   Update outlyer map\n");
 450   for (Int_t isector=0;isector<72; isector++){
 451     for (UInt_t ich=0;ich<calPadIn->GetCalROC(isector)->GetNchannels();ich++){
 452       Float_t val0= calPadQIn->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 453       Float_t val1= calPadQF2->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 454       if (val1<=0)  {
 455         continue;
 456       }
 457       if (TMath::Abs(val0/val1)<qThr0) calPadOut->GetCalROC(isector)->SetValue(ich,1);
 458       if (TMath::Abs(val0/val1)>qThr1) calPadOut->GetCalROC(isector)->SetValue(ich,1);
 459     }
 460   }
 461   printf("4.  Redo fit of the of parabola \n");
 462   timer.Print();
 463   timer.Continue();
 464   //
 465   //
 466   AliTPCCalPad *calPadInCor  = makePad->GetCalPad("dt","1","timeIn");
 467   calPadF1  = calPadInCor->GlobalFit("timeF1", calPadOut,kFALSE,0,0.9);
 468   calPadF2  = calPadInCor->GlobalFit("timeF2", calPadOut,kFALSE,1,0.9);
 469   calPadQF1 = calPadQIn->GlobalFit("qF1", calPadOut,kFALSE,0,0,0.9);
 470   calPadQF2 = calPadQIn->GlobalFit("qF2", calPadOut,kFALSE,1,0,0.9);
 471   printf("5. End\n");
 472   timer.Print();
 473
 474 }
 475
 476 void LoadData(){
 477   //
 478   // Get Data
 479   //
 480   TFile f(oname);
 481   calPadIn  = (AliTPCCalPad*)f.Get("timeIn");  // original time pad
 482   calPadF1  = (AliTPCCalPad*)f.Get("timeF1");  // original time pad - fit plane
 483   calPadF2  = (AliTPCCalPad*)f.Get("timeF2");  // original time pad - fit parabola
 484   //
 485   calPadQIn  = (AliTPCCalPad*)f.Get("qIn");  // original time pad
 486   calPadQF1  = (AliTPCCalPad*)f.Get("qF1");  // original time pad - fit plane
 487   calPadQF2  = (AliTPCCalPad*)f.Get("qF2");  // original time pad - fit parabola
 488   //
 489   calPadCor = (AliTPCCalPad*)f.Get("tcor");    // base correction CalPad
 490   calPadOut = (AliTPCCalPad*)f.Get("out");     // outlyer CalPad
 491   //
 492   calPad0   = (AliTPCCalPad*)f.Get("ffit0");   // global fit 0 - base
 493   calPad1   = (AliTPCCalPad*)f.Get("ffit1");   // global fit 1 - common behavior rotation -A-C
 494   calPad2   = (AliTPCCalPad*)f.Get("ffit2");   // gloabl fit 2 - CE missalign rotation     A-C
 495   calPadInOut = (AliTPCCalPad*)f.Get("fInOut");// misaalign in-out
 496   calPadLX    = (AliTPCCalPad*)f.Get("fLX");   // local x missalign
 497   calPadTL    = (AliTPCCalPad*)f.Get("fTL");   // local y/x missalign
 498   calPadQ     = (AliTPCCalPad*)f.Get("fQ");    // time (q)  correction
 499   calPadGXY   = (AliTPCCalPad*)f.Get("fGXY");  // global XY missalign (drift velocity grad)
 500   calPadOff   = (AliTPCCalPad*)f.Get("fOff");  // normalization offset fit
 501   calPadRes   = (AliTPCCalPad*)f.Get("Result");  //resulting calibration
 502 }
 503
 504 void StoreData(){
 505   //
 506   // Store data
 507   //
 508   TFile * fstore = new TFile(oname,"recreate");
 509   if (calPadIn) calPadIn->Write("timeIn");   // original time pad
 510   if (calPadF1) calPadF1->Write("timeF1");   // original time pad - fit plane
 511   if (calPadF2) calPadF2->Write("timeF2");   // original time pad - fit parabola
 512   //
 513   if (calPadQIn) calPadQIn->Write("qIn");   // original time pad
 514   if (calPadQF1) calPadQF1->Write("qF1");   // original time pad - fit plane
 515   if (calPadQF2) calPadQF2->Write("qF2");   // original time pad - fit parabola
 516   //
 517   if (calPadCor) calPadCor->Write("tcor");   // base correction CalPad
 518   if (calPadOut) calPadOut->Write("out");    // outlyer CalPad
 519   //
 520   if (calPad0)   calPad0->Write("ffit0");    // global fit 0 - base
 521   if (calPad1)   calPad1->Write("ffit1");    // global fit 1 - common behavior rotation -A-C
 522   if (calPad2)   calPad2->Write("ffit2");    // gloabl fit 2 - CE missalign rotation     A-C
 523   if (calPadInOut)calPadInOut->Write("fInOut");   // misaalign in-out
 524   if (calPadLX)  calPadLX->Write("fLX");     // local x missalign
 525   if (calPadTL)  calPadTL->Write("fTL");     // local y/x missalign
 526   if (calPadQ)   calPadQ->Write("fQ");       // time (q)  correction
 527   if (calPadGXY) calPadGXY->Write("fGXY");   // global XY missalign (drift velocity grad)
 528   if (calPadOff) calPadOff->Write("fOff");   // normalization offset fit
 529   if (calPadRes) calPadRes->Write("Result");   //resulting calibration
 530   fstore->Close();
 531   delete fstore;
 532 }
 533
 534 void StoreTree(){
 535   //
 536   //
 537   //
 538   AliTPCPreprocessorOnline * preprocesor = new AliTPCPreprocessorOnline;
 539   //
 540   if (calPadIn) preprocesor->AddComponent(calPadIn->Clone());
 541   if (calPadF1) preprocesor->AddComponent(calPadF1->Clone());
 542   if (calPadF2) preprocesor->AddComponent(calPadF2->Clone());
 543   //
 544   if (calPadQIn) preprocesor->AddComponent(calPadQIn->Clone());
 545   if (calPadQF1) preprocesor->AddComponent(calPadQF1->Clone());
 546   if (calPadQF2) preprocesor->AddComponent(calPadQF2->Clone());
 547   //
 548   if (calPadCor) preprocesor->AddComponent(calPadCor->Clone());
 549   if (calPadOut) preprocesor->AddComponent(calPadOut->Clone());
 550   //
 551   if (calPad0)   preprocesor->AddComponent(calPad0->Clone());
 552   if (calPad1)   preprocesor->AddComponent(calPad1->Clone());
 553   if (calPad2)   preprocesor->AddComponent(calPad2->Clone());
 554   if (calPadInOut)preprocesor->AddComponent(calPadInOut->Clone());
 555   if (calPadLX)  preprocesor->AddComponent(calPadLX->Clone());
 556   if (calPadTL)  preprocesor->AddComponent(calPadTL->Clone());
 557   if (calPadQ)   preprocesor->AddComponent(calPadQ->Clone());
 558   if (calPadGXY) preprocesor->AddComponent(calPadGXY->Clone());
 559   if (calPadOff) preprocesor->AddComponent(calPadOff->Clone());
 560   if (calPadRes) preprocesor->AddComponent(calPadRes->Clone());
 561   preprocesor->DumpToFile(fname);
 562   delete preprocesor;
 563 }
 564
 565
 566 void MakeAliases0(){
 567   //
 568   // Define variables and selection of outliers - for user defined tree
 569   //
 570   tree->SetAlias("tcor",tcor.Data());          // correction variable
 571   tree->SetAlias("ta",taside+".fElements");
 572   tree->SetAlias("tc",tcside+".fElements");
 573   tree->SetAlias("qa",qaside+".fElements");
 574   tree->SetAlias("qc",qcside+".fElements");
 575   tree->SetAlias("ra",raside+".fElements");
 576   tree->SetAlias("rc",rcside+".fElements");
 577   tree->SetAlias("side","1-(sector%36>17)*2");
 578   tree->SetAlias("dt","(ta)*(sector%36<18)+(tc)*(sector%36>17)+tcor");
 579   tree->SetAlias("cutA","qa>30&&qa<400&&abs(ta)<2&&ra>0.5&&ra<2");
 580   tree->SetAlias("cutC","qc>30&&qc<400&&abs(tc)<2&&rc>0.5&&rc<2");
 581   tree->SetAlias("cutF","((row.fElements+pad.fElements+sector)%19==0)");  // use just part of the statistic - 5 %
 582   tree->SetAlias("cutCE","V.out.fElements");
 583   //
 584   // fit param aliases
 585   //
 586   tree->SetAlias("inn","sector<36");
 587   tree->SetAlias("gxr","(gx.fElements/250.)"); //
 588   tree->SetAlias("gyr","(gy.fElements/250.)"); //
 589   tree->SetAlias("lxr","(lx.fElements-133.41)/250.");
 590   tree->SetAlias("qp","((sector%36<18)*sqrt(qa)/10.+(sector%36>17)*sqrt(qc)/10.)"); //
 591   tree->SetAlias("tl","(ly.fElements/lx.fElements)/0.17");
 592 }
 593
 594
 595 void MakeAliases1(){
 596   //
 597   // Define variables and selection of outliers -for default usage
 598   //
 599   tree->SetAlias("tcor","tcor.fElements");          // correction variable
 600   tree->SetAlias("side","1-(sector%36>17)*2");
 601   tree->SetAlias("dt","timeIn.fElements");
 602   //
 603   tree->SetAlias("cutA","out.fElements==1");
 604   tree->SetAlias("cutC","out.fElements==1");
 605   tree->SetAlias("cutF","((row.fElements+pad.fElements+sector.fElements)%19==0)");  // use just part of the statistic - 5 %
 606
 607   tree->SetAlias("cutCE","out.fElements<0.5");
 608   //
 609   // fit param aliases
 610   //
 611   tree->SetAlias("inn","sector<36");
 612   tree->SetAlias("gxr","(gx.fElements/250.)"); //
 613   tree->SetAlias("gyr","(gy.fElements/250.)"); //
 614   tree->SetAlias("lxr","(lx.fElements-133.41)/250.");
 615   tree->SetAlias("qp","(sqrt(qIn.fElements)/10.+(out.fElements>0.5))"); //
 616   tree->SetAlias("tl","(ly.fElements/lx.fElements)/0.17");
 617 }
 618
 619
 620 void MakeRes()
 621 {
 622   //
 623   // make final calibration
 624   //
 625   AliTPCCalPad * calPadRes0 =new AliTPCCalPad(*calPadIn);
 626   calPadRes0->Add(calPad2,-1);      // remove global fit
 627   calPadRes  = calPadRes0->GlobalFit("Result", calPadOut,kTRUE,1,0.9);
 628   //
 629   //
 630   {
 631     Float_t tlmedian =  calPadTL->GetMedian();
 632     for (Int_t isector=0;isector<72; isector++){
 633       for (UInt_t ich=0;ich<calPadIn->GetCalROC(isector)->GetNchannels();ich++){
 634         //
 635         //
 636         Float_t val0 = calPadRes->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 637         if (TMath::Abs(val0)>0.5) calPadRes->GetCalROC(isector)->SetValue(ich,0);
 638         Float_t tl = calPadTL->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 639         Float_t inOut = calPadInOut->GetCalROC(isector)->GetValue(ich);
 640         calPadRes->GetCalROC(isector)->SetValue(ich,calPadRes->GetCalROC(isector)->GetValue(ich)+tl+inOut);
 641         //
 642       }
 643     }
 644   }
 645   calPadRes->Add(calPadCor,-1);     // remove back correction (e.g Pulser time 0)
 646 }
 647
 648
 649
 650
 651 void RebuildCE(char *finname, char *pulname){
 652   //
 653   // Transformation from the CE to the visualization-analisys output
 654   //
 655   // finname = CE_Vscan_Run_61684-50_170.root;
 656   TFile f(finname);
 657   AliTPCCalibCE * ce  = (AliTPCCalibCE*)f.Get("AliTPCCalibCE");
 658   //
 659   AliTPCCalPad *padtime = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadT0());
 660   AliTPCCalPad *padRMS = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadRMS());
 661   AliTPCCalPad *padq = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadQ());
 662   padtime->SetName("CE_T");
 663   padRMS->SetName("CE_RMS");
 664   padq->SetName("CE_Q");
 665
 666   TFile f2(pulname);
 667   AliTPCCalibPulser *pul = (AliTPCCalibPulser*)f2.Get("AliTPCCalibPulser");
 668   AliTPCCalPad *pultime = new AliTPCCalPad((TObjArray*)pul->GetCalPadT0());
 669   AliTPCCalPad *pulRMS = new AliTPCCalPad((TObjArray*)pul->GetCalPadRMS());
 670   AliTPCCalPad *pulq = new AliTPCCalPad((TObjArray*)pul->GetCalPadQ());
 671   pultime->SetName("P_T");
 672   pulRMS->SetName("P_RMS");
 673   pulq->SetName("P_Q");
 674
 675
 676   AliTPCPreprocessorOnline * preprocesor = new AliTPCPreprocessorOnline;
 677   preprocesor->AddComponent(padtime);
 678   preprocesor->AddComponent(padq);
 679   preprocesor->AddComponent(padRMS);
 680   preprocesor->AddComponent(pultime);
 681   preprocesor->AddComponent(pulq);
 682   preprocesor->AddComponent(pulRMS);
 683   preprocesor->DumpToFile(inname);
 684 }
 685
 686
 687 void AnalyzeLaserCE(){
 688   RebuildCE("ce.root","pul.root");
 689   StoreData();
 690   StoreTree();
 691   RebuildData();
 692   StoreData();
 693   StoreTree();
 694   MakeFit();
 695   StoreData();
 696   StoreTree();
 697   MakeRes();
 698 }
 699
 700 //void AddFile(char *fname, char *aname){
 701 //  TFile f(fname);
 702 //  TTree
 703 //}