Visualization scripts (Jens Wiechula)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / scripts / makeCalibTree
1 #!/bin/bash
2
3
4 function usage {
5 echo "Usage:"
6 echo "makeCalibTree [options]"
7 echo
8 echo "options:"
9 echo " -r, --range       : create tree for the given range of runs"
10 echo "                     e.g. 70000-80000"
11 echo " -a, --auto        : create trees in chunks of \$NFILES for all the files"
12 echo "                     found in the OCDB entries of \$AUTOFILES"
13 echo " -l, --list        : text file with a list of runs to process"
14 echo " -d, --outdir      : output file directory"
15 echo " -f, --outfile     : output file name"
16 echo " -b, --batch       : run as batch job(s)"
17 echo " -o, --overwrite   : overwrite old files"
18 echo " -h, --help        : display this help"
19 echo ""
20 exit 0
21
22 }
23
24 #
25 # create a list of files in $RANGE which are also available in $AUTOFILES
26 #
27 function createRangeList {
28   #get first and last run from range
29   local first=$(echo $RANGE | sed 's|\(.*\)-.*|\1|')
30   local last=$(echo $RANGE | sed 's|.*-\(.*\)|\1|')
31   #create list with all TPC runs
32   local command=ls
33   if [ $WITHALIEN -eq 1 ]; then command=alien_ls; fi
34   local dir=$AUTOFILES
35   RUNS=($($command $dir | sed 's|Run\([0-9]\{5\}\)_.*|\1|'))
36   #define filename
37   local filename=calibTreeTime_${first}_${last}
38   #remove old files
39   #test -d $TMPLISTDIR  && rm -rf $TMPLISTDIR
40   test -d $TMPLISTDIR
41   mkdir -p $TMPLISTDIR
42   for (( i=0; i<${#RUNS[*]}; i=i+1 )); do
43     if [ ${RUNS[$i]} -lt $first ]||[ ${RUNS[$i]} -gt $last ]; then continue; fi
44     echo ${RUNS[$i]} >> $TMPLISTDIR/$filename
45   done
46 }
47
48 #
49 # automatic list creation for runs in files in OCDB entry pointed to by $AUTOFILES
50 # crete as many lists as needed in chunks of $NFILES files
51 # respect the run range, if given
52 #
53 function createGuiLists {
54   local command=ls
55   if [ $WITHALIEN -eq 1 ]; then command=alien_ls; fi
56   local dir=$AUTOFILES
57   RUNS=($($command $dir | sed 's|Run\([0-9]\{5\}\)_.*|\1|'))
58   local count=0
59   local iter=0
60   local skip=0
61   local filename=
62   local nfiles=$NFILES
63   #find first and last iterator
64   #get first and last run from range
65   local first=0
66   local last=999999999
67   local ifirst=0
68   local ilast=${#RUNS[*]}
69   if [ "x$RANGE" != "x" ]; then
70     first=$(echo $RANGE | sed 's|\(.*\)-.*|\1|')
71     last=$(echo $RANGE | sed 's|.*-\(.*\)|\1|')
72     for (( i=0; i<${#RUNS[*]}; i=i+1 )); do
73       if [ ${RUNS[i]} -ge $first ]&&[ $ifirst -eq 0 ]; then ifirst=$i; fi
74       if [ ${RUNS[i]} -gt $last ]&&[ $ilast -eq ${#RUNS[*]} ]; then ilast=$i; fi
75     done
76   fi
77   #remove old files
78   #test -d $TMPLISTDIR  && rm -rf $TMPLISTDIR
79   test -d $TMPLISTDIR 
80   mkdir -p $TMPLISTDIR
81   for (( i=$ifirst; i<$ilast; i=i+1 )); do
82     if [ $count -eq $nfiles ]; then
83       count=0
84       let iter=$iter+1
85     fi
86     if [ $count -eq 0 ]; then
87        local firstLocal=$(echo "$iter*$nfiles+$ifirst" | bc)
88        local lastLocal=$(echo "if ($firstLocal+$nfiles-1>=$ilast-$ifirst) $ilast-1 else $firstLocal+$nfiles-1" | bc)
89        filename=calibTreeTime_${RUNS[$firstLocal]}_${RUNS[$lastLocal]}
90     fi
91     echo ${RUNS[$i]} >> $TMPLISTDIR/$filename
92     let count=$count+1
93   done
94 }
95
96 function runJobs {
97   local count=0;
98   local filename=
99   for file in $TMPLISTDIR/*; do
100     if [ "x$OUTFILE" == "x" ]; then
101       filename=$(basename $file).root
102     else
103       filename=${OUTFILE}_${count}
104     fi
105     if [ $OVERWRITE -eq 0 ];then
106       test -f $OUTDIR/$filename && continue
107     fi
108     if [ $BATCH -eq 0 ]; then
109       $SCRIPTDIR/makeCalibTree -l $file -f $filename -d $OUTDIR
110     else
111       $SCRIPTDIR/makeCalibTree -l $file -f $filename -d $OUTDIR -b
112     fi
113   let count=$count+1
114   done
115 }
116
117 function runJobOnList {
118     if [ $OVERWRITE -eq 0 ];then
119       if [ -f $OUTDIR/$OUTFILE ]; then
120         echo "Not overwriting file '$OUTDIR/$OUTFILE' use -o to enforce it"
121         exit 0;
122       fi
123     fi
124     if [ $BATCH -eq 1 ]; then
125       $BATCHCOMMAND -oo $GUI_OUTDIR/logs/$OUTFILE.out.log  -eo $GUI_OUTDIR/logs/$OUTFILE.err.log /$SCRIPTDIR/makeCalibTreeList $LISTFILE $OUTDIR/$OUTFILE $SCRIPTDIR
126     else
127       $SCRIPTDIR/makeCalibTreeList $LISTFILE $OUTDIR/$OUTFILE $SCRIPTDIR
128     fi
129 }
130
131 if [ "x$SCRIPTDIR" == "x" ]; then
132   echo please run:
133   echo export SCRIPTDIR=whatever_is_you_path
134   echo
135   exit 1
136 fi
137 source $SCRIPTDIR/guiEnv.sh
138         
139       
140 #parse options
141 TEMP=`getopt -o r:l:f:d:aboh --long range:,list:,calibDir:,outfile:,outdir:,auto,batch,overwrite,help \
142 -n 'run' -- "$@"`
143
144 if [ $? != 0 ] ; then usage ; fi
145
146 eval set -- "$TEMP"
147
148 RANGE=
149 OUTFILE=
150 OVERWRITE=0
151 LISTFILE=
152 BATCH=0
153 COMMAND=
154 AUTO=0
155 OUTDIR=$GUI_OUTDIR_TIME
156
157 while true ; do
158   case "$1" in
159   -r|--range)     RANGE=$2;    shift 2;;
160   -l|--list)      LISTFILE=$2; shift 2;;
161   -f|--outfile)   OUTFILE=$2;  shift 2;;
162   -d|--outdir)    OUTDIR=$2;   shift 2;;
163   -a|--auto)      AUTO=1;      shift;;
164   -b|--batch)     BATCH=1;     shift;;
165   -o|--overwrite) OVERWRITE=1; shift;;
166   -h|--help)      usage;;
167   --) shift ; break ;;
168   *) echo "Internal error!" ; exit 1 ;;
169   esac
170 done
171
172
173
174 if [ $AUTO -eq 1 ]; then
175   test -d $OUTDIR || mkdir -p $OUTDIR
176   #remove last file if it does not contain $NFILES files
177   lastfile=$(ls $OUTDIR/* | tail -1)
178   if [ "x$lastfile" != "x" ]; then
179     nfiles=$(wc -l $lastfile | awk '{print $1}')
180     if [ $nfiles -ne $NFILES ]; then
181       rm $lastfile
182     fi
183   fi
184   createGuiLists
185   runJobs
186   echo "files written to '$OUTDIR'"
187   exit 0
188 fi
189
190 if [ "x$RANGE" != "x" ]&&[ "x$LISTFILE" == "x" ]; then
191   test -d $OUTDIR || mkdir -p $OUTDIR
192   createRangeList
193   runJobs
194   exit 0
195 fi
196
197 if [ "x$RANGE" == "x" ]&&[ "x$LISTFILE" != "x" ]; then
198   test -d $OUTDIR || mkdir -p $OUTDIR
199   runJobOnList
200   exit 0
201 fi
202
203 #we should have left already, so show usage
204 usage