TRD/AliTRDalignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // An AliTRDalignment object contains the alignment data (3 shifts and 3     //
  20 // tilts) for all the alignable volumes of the TRD, i.e. for 18 supermodules //
  21 // and 540 chambers. The class provides simple tools for reading and writing //
  22 // these data in different formats, and for generating fake data that can be //
  23 // used to simulate misalignment.                                            //
  24 // The six alignment variables have the following meaning:                   //
  25 // shift in rphi                                                             //
  26 // shift in z                                                                //
  27 // shift in r                                                                //
  28 // tilt around rphi                                                          //
  29 // tilt around z                                                             //
  30 // tilt around r                                                             //
  31 // The shifts are in cm and the tilts are in degrees.                        //
  32 // The currently supported formats are:                                      //
  33 // - ascii                                                                   //
  34 // - root file containing a TClonesArray of alignment objects                //
  35 // - offline conditions database                                             //
  36 // - OCDB-like root file                                                     //
  37 // - geometry file (like misaligned_geometry.root)                           //
  38 //                                                                           //
  39 // Some examples of usage (in an aliroot session):                           //
  40 // AliTRDalignment a,b,c,d,e;                                                //
  41 // double xsm[]={0,0,0,-70,0,0};                                             //
  42 // double xch[]={0,0,-50,0,0,0};                                             //
  43 // a.SetSm(4,xsm);                                                           //
  44 // a.SetCh(120,xch);                                                         //
  45 // a.WriteAscii("kuku.dat");                                                 //
  46 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteRoot("kuku.root");           //
  47 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteDB("kukudb.root",0,0);       //
  48 // TGeoManager::Import("geometry.root");                                     //
  49 // a.WriteDB("local://$ALICE_ROOT/OCDB", "TRD/Align/Data", 0,0);                  //
  50 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteGeo("kukugeometry.root");    //
  51 //                                                                           //
  52 // b.ReadAscii("kuku.dat");                                                  //
  53 // TGeoManager::Import("geometry.root"); c.ReadRoot("kuku.root");            //
  54 // TGeoManager::Import("geometry.root"); d.ReadDB("kukudb.root");            //
  55 // TGeoManager::Import("kukugeometry.root"); e.ReadCurrentGeo();             //
  56 //                                                                           //
  57 // e.PrintSm(4);                                                             //
  58 // e.PrintCh(120);                                                           //
  59 // a.PrintRMS();                                                             //
  60 // b.PrintRMS();                                                             //
  61 // e.PrintRMS();                                                             //
  62 //                                                                           //
  63 //                                                                           //
  64 // D.Miskowiec, November 2006                                                //
  65 //                                                                           //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <iostream>
  69 #include <fstream>
  70
  71 #include "TMath.h"
  72 #include "TFile.h"
  73 #include "TGeoManager.h"
  74 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  75 #include "TClonesArray.h"
  76 #include "TString.h"
  77 #include "TFitter.h"
  78 #include "TMinuit.h"
  79
  80 #include "AliLog.h"
  81 #include "AliAlignObj.h"
  82 #include "AliAlignObjParams.h"
  83 #include "AliCDBManager.h"
  84 #include "AliCDBStorage.h"
  85 #include "AliCDBMetaData.h"
  86 #include "AliCDBEntry.h"
  87 #include "AliSurveyObj.h"
  88 #include "AliSurveyPoint.h"
  89
  90 #include "AliTRDalignment.h"
  91
  92 void trdAlignmentFcn(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *x, Int_t iflag);
  93
  94 ClassImp(AliTRDalignment)
  95
  96 //_____________________________________________________________________________
  97 AliTRDalignment::AliTRDalignment()
  98   :TObject()
  99   ,fComment()
 100   ,fRan(0)
 101 {
 102   //
 103   // constructor
 104   //
 105
 106   SetZero();
 107
 108   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 109     fSurveyX[i][j][k][l] = 0.0;
 110     fSurveyY[i][j][k][l] = 0.0;
 111     fSurveyZ[i][j][k][l] = 0.0;
 112     fSurveyEX[i][j][k][l] = 0.0;
 113     fSurveyEY[i][j][k][l] = 0.0;
 114     fSurveyEZ[i][j][k][l] = 0.0;
 115   }
 116
 117   // Initialize the nominal positions of the survey points
 118   // in the local frame of supermodule (where y is the long side,
 119   // z corresponds to the radius in lab, and x to the phi in lab).
 120   // Four survey marks are on each z-side of the supermodule.
 121   //               A           B
 122   //           ----o-----------o----        x |
 123   //           \                   /          |
 124   //            \                 /           |
 125   //             \               /            |
 126   //              \             /             |
 127   //               ---o-----o---              -------------->
 128   //                  C     D                              y
 129   //
 130   // For the purpose of this explanation lets define the origin such that
 131   // the supermodule occupies 0 < x < 77.9 cm. Then the coordinates (x,y)
 132   // are (in cm)
 133   // A (76.2,-30.25)
 134   // B (76.2,+30.25)
 135   // C ( 2.2,-22.5 )
 136   // D ( 2.2,+22.5 )
 137   //
 138
 139   double x[2] = {22.5,30.25};                   // lab phi, or tracking-y
 140   double y[2] = {353.0, -353.0};                // lab z; inc. 2 cm survey target offset
 141   double z[2] = {-(77.9/2.0-2.0),77.9/2.0-1.5}; // lab r, or better tracking-x
 142
 143   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 144     fSurveyX0[j][k][l] = -TMath::Power(-1,l) * x[k];
 145     fSurveyY0[j][k][l] = y[j];
 146     fSurveyZ0[j][k][l] = z[k];
 147   }
 148
 149   for (int i=0; i<1000; i++) {
 150     fIbuffer[i] = 0;
 151     fDbuffer[i] = 0.0;
 152   }
 153
 154 }
 155
 156 //_____________________________________________________________________________
 157 AliTRDalignment::AliTRDalignment(const AliTRDalignment& source)
 158   :TObject(source)
 159   ,fComment(source.fComment)
 160   ,fRan(source.fRan)
 161 {
 162   //
 163   // copy constructor
 164   //
 165
 166   for (int i=0; i<18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 167   for (int i=0; i<540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 168   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 169     fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 170     fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 171     fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 172     fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 173     fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 174     fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 175   }
 176   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 177     fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 178     fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 179     fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 180   }
 181   for (int i=0; i<1000; i++) {
 182     fIbuffer[i] = 0;
 183     fDbuffer[i] = 0.0;
 184   }
 185
 186 }
 187
 188 //_____________________________________________________________________________
 189 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator=(const AliTRDalignment &source)
 190 {
 191   //
 192   // assignment operator
 193   //
 194
 195   if (this != &source) {
 196     for (int i = 0; i <  18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 197     for (int i = 0; i < 540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 198     for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 199       fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 200       fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 201       fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 202       fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 203       fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 204       fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 205     }
 206     for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 207       fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 208       fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 209       fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 210     }
 211     fComment = source.fComment;
 212   }
 213
 214   return *this;
 215
 216 }
 217
 218 //_____________________________________________________________________________
 219 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator*=(double fac)
 220 {
 221   //
 222   // multiplication operator
 223   //
 224
 225   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] *= fac;
 226   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] *= fac;
 227
 228   return *this;
 229
 230 }
 231
 232 //_____________________________________________________________________________
 233 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator+=(const AliTRDalignment &source)
 234 {
 235   //
 236   // addition operator
 237   //
 238
 239   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] += source.fSm[i][j];
 240   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] += source.fCh[i][j];
 241
 242   return *this;
 243
 244 }
 245
 246 //_____________________________________________________________________________
 247 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator-=(const AliTRDalignment &source)
 248 {
 249   //
 250   // subtraction operator
 251   //
 252
 253   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fSm[i][j] -= source.fSm[i][j];
 254   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fCh[i][j] -= source.fCh[i][j];
 255
 256   return *this;
 257
 258 }
 259
 260 //_____________________________________________________________________________
 261 Bool_t AliTRDalignment::operator==(const AliTRDalignment &source) const
 262 {
 263   //
 264   // comparison operator
 265   //
 266
 267   Bool_t areEqual = 1;
 268
 269   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fSm[i][j] == source.fSm[i][j]);
 270   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fCh[i][j] == source.fCh[i][j]);
 271
 272   return areEqual;
 273
 274 }
 275
 276 //_____________________________________________________________________________
 277 void AliTRDalignment::SetSmZero()
 278 {
 279   //
 280   // reset to zero supermodule data
 281   //
 282
 283   memset(&fSm[0][0],0,sizeof(fSm));
 284
 285 }
 286
 287 //_____________________________________________________________________________
 288 void AliTRDalignment::SetChZero()
 289 {
 290   //
 291   // reset to zero chamber data
 292   //
 293
 294   memset(&fCh[0][0],0,sizeof(fCh));
 295
 296 }
 297
 298 //_____________________________________________________________________________
 299 void AliTRDalignment::SetSmRandom(double a[6])
 300 {
 301   //
 302   // generate random gaussian supermodule data with sigmas a
 303   //
 304
 305   double x[6];
 306   double xmax[6]={999, 0.6, 999, 999, 999, 999};
 307
 308   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 309     for (int j = 0; j < 6; j++) {
 310       do {x[j] = fRan.Gaus(0,a[j]);} while (TMath::Abs(x[j]) > xmax[j]);
 311     }
 312     SetSm(i,x);
 313     //PrintSm(i);
 314   }
 315
 316 }
 317
 318 //_____________________________________________________________________________
 319 void AliTRDalignment::SetChRandom(double a[6])
 320 {
 321   //
 322   // generate random gaussian chamber data with sigmas a
 323   //
 324
 325   double x[6];
 326
 327   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 328     fRan.Rannor(x[0],x[1]);
 329     fRan.Rannor(x[2],x[3]);
 330     fRan.Rannor(x[4],x[5]);
 331     for (int j = 0; j < 6; j++) x[j] *= a[j];
 332     SetCh(i,x);
 333     //PrintCh(i);
 334   }
 335
 336 }
 337
 338 //_____________________________________________________________________________
 339 void AliTRDalignment::SetSmFull()
 340 {
 341   //
 342   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 343   // expected from the mechanical precision
 344   //
 345
 346   double a[6];
 347
 348   a[0] = 0.3; // phi
 349   a[1] = 0.3; // z
 350   a[2] = 0.3; // r
 351   a[3] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 352   a[4] = 2.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 353   a[5] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 354
 355   SetSmRandom(a);
 356
 357 }
 358
 359 //_____________________________________________________________________________
 360 void AliTRDalignment::SetChFull()
 361 {
 362   //
 363   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 364   // expected from the mechanical precision
 365   //
 366
 367   double a[6];
 368
 369   a[0] = 0.1; // phi
 370   a[1] = 0.1; // z
 371   a[2] = 0.1; // r
 372   a[3] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 373   a[4] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 374   a[5] = 0.7/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 375
 376   SetChRandom(a);
 377
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________
 381 void AliTRDalignment::SetSmResidual()
 382 {
 383   //
 384   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 385   // remaining after full calibration
 386   // I assume that it will be negligible
 387   //
 388
 389   SetSmZero();
 390
 391 }
 392
 393 //_____________________________________________________________________________
 394 void AliTRDalignment::SetChResidual()
 395 {
 396   //
 397   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 398   // remaining after full calibration
 399   //
 400
 401   double a[6];
 402
 403   a[0] = 0.002; // phi
 404   a[1] = 0.003; // z
 405   a[2] = 0.007; // r
 406   a[3] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 407   a[4] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 408   a[5] = 0.1/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 409
 410   SetChRandom(a);
 411
 412 }
 413
 414 //_____________________________________________________________________________
 415 void AliTRDalignment::PrintSm(int i, FILE * const fp) const
 416 {
 417   //
 418   // print the supermodule data
 419   //
 420
 421   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 422          ,i,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2],fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
 423          ,0,GetSmName(i));
 424
 425 }
 426
 427 //_____________________________________________________________________________
 428 void AliTRDalignment::PrintCh(int i, FILE * const fp) const
 429 {
 430   //
 431   // print the chamber data
 432   //
 433
 434   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 435          ,i,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2],fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
 436          ,GetVoi(i),GetChName(i));
 437
 438 }
 439
 440 //_____________________________________________________________________________
 441 void AliTRDalignment::ReadAscii(const char * const filename)
 442 {
 443   //
 444   // read the alignment data from ascii file
 445   //
 446
 447   double x[6];      // alignment data
 448   int volid;        // volume id
 449   std::string syna; // symbolic name
 450   int j;            // dummy index
 451
 452   fstream fi(filename,fstream::in);
 453   if (!fi) {
 454     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 455     return;
 456   }
 457
 458   // supermodules
 459
 460   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 461     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 462     if (j != i) AliError(Form("sm %d expected, %d found",i,j));
 463     if (volid != 0) AliError(Form("sm %d volume id %d expected, %d found",i,0,volid));
 464     std::string symnam = GetSmName(i);
 465     if (syna != symnam) AliError(Form("sm %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 466     SetSm(i,x);
 467   }
 468
 469   // chambers
 470
 471   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 472     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 473     if (j != i) AliError(Form("ch %d expected, %d found",i,j));
 474     if (volid != GetVoi(i)) AliError(Form("ch %d volume id %d expected, %d found",i,GetVoi(i),volid));
 475     std::string symnam = GetChName(i);
 476     if (syna != symnam) AliError(Form("ch %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 477     SetCh(i,x);
 478   }
 479
 480   fi.close();
 481
 482 }
 483
 484 //_____________________________________________________________________________
 485 void AliTRDalignment::ReadCurrentGeo()
 486 {
 487   //
 488   // use currently loaded geometry to determine misalignment by comparing
 489   // original and misaligned matrix of the last node
 490   // Now, original, does not mean "ideal". It is the matrix before the alignment.
 491   // So, if alignment was applied more than once, the numbers extracted will
 492   // represent just the last alignment. -- check this!
 493   //
 494
 495   TGeoPNEntry *pne;
 496   TGeoHMatrix *ideSm[18];  // ideal
 497   TGeoHMatrix *misSm[18];  // misaligned
 498   for (int i = 0; i < 18; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i)))) {
 499
 500     // read misaligned and original matrices
 501
 502     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 503     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 504     if (!node) continue;
 505     misSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 506     ideSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 507
 508     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 509
 510     TGeoHMatrix mat(ideSm[i]->Inverse());
 511     mat.Multiply(misSm[i]);
 512     double *tra = mat.GetTranslation();
 513     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 514     double pars[6];
 515     pars[0] = tra[0];
 516     pars[1] = tra[1];
 517     pars[2] = tra[2];
 518     if (TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 519     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 520     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 521     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 522     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 523     SetSm(i,pars);
 524
 525     // cleanup
 526
 527     delete ideSm[i];
 528     delete misSm[i];
 529   }
 530
 531   TGeoHMatrix *ideCh[540]; // ideal
 532   TGeoHMatrix *misCh[540]; // misaligned
 533   for (int i = 0; i < 540; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i)))) {
 534
 535     // read misaligned and original matrices
 536
 537     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 538     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetChName(i)));
 539     if (!node) continue;
 540     misCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 541     ideCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 542
 543     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 544
 545     TGeoHMatrix mat(ideCh[i]->Inverse());
 546     mat.Multiply(misCh[i]);
 547     double *tra = mat.GetTranslation();
 548     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 549     double pars[6];
 550     pars[0] = tra[0];
 551     pars[1] = tra[1];
 552     pars[2] = tra[2];
 553     if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
 554       AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 555       return;
 556     }
 557     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 558     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 559     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 560     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 561     SetCh(i,pars);
 562
 563     // cleanup
 564     delete ideCh[i];
 565     delete misCh[i];
 566   }
 567
 568   return;
 569
 570 }
 571
 572 //_____________________________________________________________________________
 573 void AliTRDalignment::ReadRoot(const char * const filename)
 574 {
 575   //
 576   // read the alignment data from root file
 577   //
 578
 579   TFile fi(filename,"READ");
 580
 581   if (fi.IsOpen()) {
 582     TClonesArray *ar = (TClonesArray*) fi.Get("TRDAlignObjs");
 583     ArToNumbers(ar);
 584     fi.Close();
 585   }
 586   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 587
 588   return;
 589
 590 }
 591
 592 //_____________________________________________________________________________
 593 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const filename)
 594 {
 595   //
 596   // read the alignment data from database file
 597   //
 598
 599   TFile fi(filename,"READ");
 600
 601   if (fi.IsOpen()) {
 602     AliCDBEntry  *e  = (AliCDBEntry *) fi.Get("AliCDBEntry");
 603     e->PrintMetaData();
 604     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 605     TClonesArray *ar = (TClonesArray *) e->GetObject();
 606     ArToNumbers(ar);
 607     fi.Close();
 608   }
 609   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 610
 611   return;
 612
 613 }
 614
 615 //_____________________________________________________________________________
 616 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const db, const char * const path,
 617                              int run, int version, int subversion)
 618 {
 619   //
 620   // read the alignment data from database
 621   //
 622
 623   AliCDBManager *cdb     = AliCDBManager::Instance();
 624   AliCDBStorage *storLoc = cdb->GetStorage(db);
 625   AliCDBEntry   *e       = storLoc->Get(path,run,version,subversion);
 626   if (e) {
 627     e->PrintMetaData();
 628     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 629     TClonesArray  *ar      =  (TClonesArray *) e->GetObject();
 630     ArToNumbers(ar);
 631   }
 632 }
 633
 634 //_____________________________________________________________________________
 635 Bool_t AliTRDalignment::DecodeSurveyPointName(TString pna, Int_t &sm, Int_t &iz,
 636                                               Int_t &ir, Int_t &iphi) {
 637   // decode the survey point name and extract the sm, z, r and phi indices
 638
 639   if (pna(0,6)!="TRD_sm") {
 640     AliError(Form("unexpected point name: %s",pna.Data()));
 641     return kFALSE;
 642   }
 643   sm = atoi(pna(6,2).Data()); // supermodule number
 644   iz = -1;
 645   if (pna(8) == 'a') iz=0; // anticlockwise, positive z
 646   if (pna(8) == 'c') iz=1; // clockwise, negative z
 647   ir = -1;
 648   if (pna(9) == 'l') ir=0; // low radius
 649   if (pna(9) == 'h') ir=1; // high radius
 650   iphi = -1;
 651   if (pna(10) == '0') iphi = 0; // low phi within supermodule
 652   if (pna(10) == '1') iphi = 1; // high phi within supermodule
 653   if (sm>=0 && sm<18 && iz>=0 && iz<2 && ir>=0 && ir<2 && iphi>=0 && iphi<2) return kTRUE;
 654   AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 655   return kFALSE;
 656 }
 657
 658 //_____________________________________________________________________________
 659 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const char * const filename)
 660 {
 661   //
 662   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 663   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 664   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 665   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 666   //
 667   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 668   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 669   //
 670   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 671   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 672   //
 673   // l or h denote low radius and high radius holes
 674   //
 675   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 676   //
 677
 678   // read the survey file
 679
 680   fstream in(filename,fstream::in);
 681   if (!in) {
 682     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 683     return;
 684   }
 685
 686   // loop through the lines of the file until the beginning of data
 687
 688   TString title,date,subdetector,url,version,observations,system,units;
 689   while (1) {
 690     char pee=in.peek();
 691     if (pee==EOF) break;
 692     TString line;
 693     line.ReadLine(in);
 694     if (line.Contains("Title:"))        title.ReadLine(in);
 695     if (line.Contains("Date:"))         date.ReadLine(in);
 696     if (line.Contains("Subdetector:"))  subdetector.ReadLine(in);
 697     if (line.Contains("URL:"))          url.ReadLine(in);
 698     if (line.Contains("Version:"))      version.ReadLine(in);
 699     if (line.Contains("Observations:")) observations.ReadLine(in);
 700     if (line.Contains("System:"))       system.ReadLine(in);
 701     if (line.Contains("Units:"))        units.ReadLine(in);
 702     if (line.Contains("Data:"))         break;
 703   }
 704
 705   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 706
 707   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 708   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 709   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 710   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 711   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 712   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 713   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 714   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 715
 716   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 717     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 718     return;
 719   }
 720   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 721   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 722   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 723   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 724   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 725   else {
 726     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 727     return;
 728   }
 729   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 730     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 731     return;
 732   }
 733
 734   // scan the rest of the file which should contain list of surveyed points
 735   // for every point, decode the point name and store the numbers in the right
 736   // place in the arrays fSurveyX etc.
 737
 738   while (1) {
 739     TString pna; // point name
 740     char type, target;
 741     double x,y,z,precision;
 742
 743     in >> pna >> x >> y >> z >> type >> target >> precision;
 744     if (in.fail()) break;
 745     Int_t i,j,k,l;
 746     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 747       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*x;
 748       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*y;
 749       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*z;
 750       fSurveyEX[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 751       fSurveyEY[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 752       fSurveyEZ[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 753       // if, at some point, separate precision numbers for x,y,z show up in the
 754       // survey reports the function will fail here
 755       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 756              pna.Data(), i, j, k, l,
 757              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 758              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 759     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 760   }
 761   in.close();
 762   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+version+" "+observations;
 763   info.ReplaceAll("\r","");
 764   fComment.SetString(info.Data());
 765
 766 }
 767
 768 //_____________________________________________________________________________
 769 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const AliSurveyObj * const so)
 770 {
 771   //
 772   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 773   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 774   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 775   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 776   //
 777   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 778   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 779   //
 780   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 781   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 782   //
 783   // l or h denote low radius and high radius holes
 784   //
 785   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 786   //
 787
 788   // read and process the data from the survey object
 789
 790   Int_t size = so->GetEntries();
 791   printf("-> %d\n", size);
 792
 793   TString title        = so->GetReportTitle();
 794   TString date         = so->GetReportDate();
 795   TString subdetector  = so->GetDetector();
 796   TString url          = so->GetURL();
 797   TString report       = so->GetReportNumber();
 798   TString version      = so->GetReportVersion();
 799   TString observations = so->GetObservations();
 800   TString system       = so->GetCoordSys();
 801   TString units        = so->GetUnits();
 802
 803   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 804
 805   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 806   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 807   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 808   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 809   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 810   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 811   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 812   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 813
 814   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 815     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 816     return;
 817   }
 818   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 819   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 820   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 821   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 822   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 823   else {
 824     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 825     return;
 826   }
 827   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 828     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 829     return;
 830   }
 831
 832   // for every survey point, decode the point name and store the numbers in
 833   // the right place in the arrays fSurveyX etc.
 834
 835   TObjArray *points = so->GetData();
 836   for (int ip = 0; ip<points->GetEntries(); ++ip) {
 837     AliSurveyPoint *po = (AliSurveyPoint *) points->At(ip);
 838     TString pna = po->GetPointName();
 839     Int_t i,j,k,l;
 840     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 841       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*po->GetX();
 842       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*po->GetY();
 843       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*po->GetZ();
 844       fSurveyEX[i][j][k][l] = po->GetPrecisionX()/10; // "precision" is supposed to be in mm
 845       fSurveyEY[i][j][k][l] = po->GetPrecisionY()/10;
 846       fSurveyEZ[i][j][k][l] = po->GetPrecisionZ()/10;
 847       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 848              pna.Data(), i, j, k, l,
 849              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 850              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 851     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 852   }
 853
 854   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+report+" "+version+" "+observations;
 855   info.ReplaceAll("\r","");
 856   fComment.SetString(info.Data());
 857 }
 858
 859 //_____________________________________________________________________________
 860 double AliTRDalignment::SurveyChi2(int i, const double * const a) {
 861
 862   //
 863   // Compare the survey results to the ideal positions of the survey marks
 864   // in the local frame of supermodule. When transforming, use the alignment
 865   // parameters a[6]. Return chi-squared.
 866   //
 867
 868   if (!IsGeoLoaded()) return 0;
 869   printf("Survey of supermodule %d\n",i);
 870   AliAlignObjParams al(GetSmName(i),0,a[0],a[1],a[2],a[3],a[4],a[5],0);
 871
 872   TGeoPNEntry      *pne  = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i));
 873   if (!pne) AliError(Form("no such physical node entry: %s",GetSmName(i)));
 874   TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 875   if (!node) {
 876     AliWarning(Form("physical node entry %s has no physical node; making a new one",GetSmName(i)));
 877     node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
 878   }
 879
 880   //  al.ApplyToGeometry();
 881   //  node = pne->GetPhysicalNode(); // changed in the meantime
 882   //  TGeoHMatrix *ma = node->GetMatrix();
 883
 884   // a less destructive method (it does not modify geometry), gives the same result:
 885
 886   TGeoHMatrix *ma = new TGeoHMatrix();
 887   al.GetLocalMatrix(*ma);
 888   ma->MultiplyLeft(node->GetMatrix()); // global trafo, modified by a[]
 889
 890   double chi2=0;
 891   printf("              sm   z   r  phi    x (lab phi)  y (lab z)   z (lab r)   all in cm\n");
 892   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 893     if (fSurveyEX[i][j][k][l] == 0.0
 894         && fSurveyEY[i][j][k][l] == 0.0
 895         && fSurveyEZ[i][j][k][l] == 0.0) continue; // no data for this survey point
 896     double master[3] = {fSurveyX[i][j][k][l],fSurveyY[i][j][k][l],fSurveyZ[i][j][k][l]};
 897     double local[3];
 898     ma->MasterToLocal(master,local);
 899     double dx = local[0]-fSurveyX0[j][k][l];
 900     double dy = local[1]-fSurveyY0[j][k][l];
 901     double dz = local[2]-fSurveyZ0[j][k][l];
 902     chi2 += dx*dx/fSurveyEX[i][j][k][l]/fSurveyEX[i][j][k][l];
 903     chi2 += dy*dy/fSurveyEY[i][j][k][l]/fSurveyEY[i][j][k][l];
 904     chi2 += dz*dz/fSurveyEZ[i][j][k][l]/fSurveyEZ[i][j][k][l];
 905     printf("local survey %3d %3d %3d %3d %12.3f %12.3f %12.3f\n",i,j,k,l,local[0],local[1],local[2]);
 906     printf("local ideal                  %12.3f %12.3f %12.3f\n",fSurveyX0[j][k][l],
 907            fSurveyY0[j][k][l],fSurveyZ0[j][k][l]);
 908     printf("difference                   %12.3f %12.3f %12.3f\n",dx,dy,dz);
 909   }
 910   printf("chi2 = %.2f\n",chi2);
 911   return chi2;
 912 }
 913
 914 //_____________________________________________________________________________
 915 void trdAlignmentFcn(int &npar, double *g, double &f, double *par, int iflag) {
 916
 917   //
 918   // Standard function as needed by Minuit-like minimization procedures.
 919   // For the set of parameters par calculates and returns chi-squared.
 920   //
 921
 922   // smuggle a C++ object into a C function
 923   AliTRDalignment *alignment = (AliTRDalignment*) gMinuit->GetObjectFit();
 924
 925   f = alignment->SurveyChi2(par);
 926   if (iflag==3) {}
 927   if (npar) {}
 928   if (g) {} // no warnings about unused stuff...
 929
 930 }
 931
 932 //_____________________________________________________________________________
 933 void AliTRDalignment::SurveyToAlignment(int i, const char * const flag) {
 934
 935   //
 936   // Find the supermodule alignment parameters needed to make the survey
 937   // results coincide with the ideal positions of the survey marks.
 938   // The string flag should look like "101000"; the six characters corresponds
 939   // to the six alignment parameters and 0/1 mean that the parameter should
 940   // be fixed/released in the fit.
 941
 942   if (strlen(flag)!=6) {
 943     AliError(Form("unexpected flag: %s",flag));
 944     return;
 945   }
 946
 947   printf("Finding alignment matrix for supermodule %d\n",i);
 948   fIbuffer[0] = i; // store the sm number in the buffer so minuit can see it
 949
 950   TFitter fitter(100);
 951   gMinuit->SetObjectFit(this);
 952   fitter.SetFCN(trdAlignmentFcn);
 953   fitter.SetParameter(0,"dx",0,0.5,0,0);
 954   fitter.SetParameter(1,"dy",0,0.5,0,0);
 955   fitter.SetParameter(2,"dz",0,0.5,0,0);
 956   fitter.SetParameter(3,"rx",0,0.1,0,0);
 957   fitter.SetParameter(4,"ry",0,0.1,0,0);
 958   fitter.SetParameter(5,"rz",0,0.1,0,0);
 959
 960   for (int j=0; j<6; j++) if (flag[j]=='0') fitter.FixParameter(j);
 961
 962   double arglist[100];
 963   arglist[0] = 2;
 964   fitter.ExecuteCommand("SET PRINT", arglist, 1);
 965   fitter.ExecuteCommand("SET ERR", arglist, 1);
 966   arglist[0]=50;
 967   //fitter.ExecuteCommand("SIMPLEX", arglist, 1);
 968   fitter.ExecuteCommand("MINIMIZE", arglist, 1);
 969   fitter.ExecuteCommand("CALL 3", arglist,0);
 970   double a[6];
 971   for (int j=0; j<6; j++) a[j] = fitter.GetParameter(j);
 972   SetSm(i,a);
 973   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParameter(j));
 974   printf("\n");
 975   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParError(j));
 976   printf("\n");
 977
 978 }
 979
 980 //_____________________________________________________________________________
 981 void AliTRDalignment::ReadAny(const char * const filename)
 982 {
 983   //
 984   // read the alignment data from any kind of file
 985   //
 986
 987   TString fist(filename);
 988   if (fist.EndsWith(".txt")) ReadAscii(filename);
 989   if (fist.EndsWith(".dat")) ReadAscii(filename);
 990   if (fist.EndsWith(".root")) {
 991     if (fist.Contains("Run")) ReadDB(filename);
 992     else ReadRoot(filename);
 993   }
 994
 995 }
 996
 997 //_____________________________________________________________________________
 998 void AliTRDalignment::WriteAscii(const char * const filename) const
 999 {
1000   //
1001   // store the alignment data on ascii file
1002   //
1003
1004   FILE *fp = fopen(filename, "w");
1005   if (!fp) {
1006     AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1007     return;
1008   }
1009
1010   PrintSm(fp);
1011   PrintCh(fp);
1012
1013   fclose(fp);
1014
1015 }
1016
1017 //_____________________________________________________________________________
1018 void AliTRDalignment::WriteRoot(const char * const filename)
1019 {
1020   //
1021   // store the alignment data on root file
1022   //
1023
1024   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1025   NumbersToAr(ar);
1026   TFile fo(filename,"RECREATE");
1027   if (fo.IsOpen()) {
1028     fo.cd();
1029     fo.WriteObject(ar,"TRDAlignObjs","kSingleKey");
1030     fo.Close();
1031   }
1032   else AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1033
1034   delete ar;
1035
1036 }
1037
1038 //_____________________________________________________________________________
1039 void AliTRDalignment::WriteDB(const char * const filename, int run0, int run1, int ver, int subver)
1040 {
1041   //
1042   // dumping on a DB-like file
1043   //
1044
1045   TClonesArray   *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1046   NumbersToAr(ar);
1047   const Char_t *path = "TRD/Align/Data";
1048   AliCDBId id(path,run0,run1);
1049   AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1050   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1051   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1052   AliCDBEntry *e  = new AliCDBEntry(ar, id, md);
1053   e->SetVersion(ver);
1054   e->SetSubVersion(subver);
1055   TFile fi(filename,"RECREATE");
1056   if (fi.IsOpen()) {
1057     e->Write();
1058     fi.Close();
1059   }
1060   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
1061
1062   delete e;
1063   delete md;
1064   delete ar;
1065
1066   return;
1067
1068 }
1069
1070 //_____________________________________________________________________________
1071 void AliTRDalignment::WriteDB(char * const db, const char * const path, int run0, int run1)
1072 {
1073   //
1074   // store the alignment data in database
1075   //
1076
1077   TClonesArray   *ar      = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1078   NumbersToAr(ar);
1079   AliCDBManager  *cdb     = AliCDBManager::Instance();
1080   AliCDBStorage  *storLoc = cdb->GetStorage(db);
1081   AliCDBMetaData *md      = new AliCDBMetaData();
1082   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1083   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1084   AliCDBId id(path,run0,run1);
1085   storLoc->Put(ar,id,md);
1086   md->Delete();
1087   delete ar;
1088
1089 }
1090
1091 //_____________________________________________________________________________
1092 void AliTRDalignment::WriteGeo(char *filename)
1093 {
1094   //
1095   // apply misalignment to current geometry and store the
1096   // resulting geometry on a root file
1097   //
1098
1099   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1100   NumbersToAr(ar);
1101   delete ar;
1102   gGeoManager->Export(filename);
1103
1104 }
1105
1106 //_____________________________________________________________________________
1107 double AliTRDalignment::GetSmRMS(int xyz) const
1108 {
1109   //
1110   // rms fSm[][xyz]
1111   //
1112
1113   double s1 = 0.0;
1114   double s2 = 0.0;
1115   for (int i = 0; i < 18; i++) {
1116     s1 += fSm[i][xyz];
1117     s2 += fSm[i][xyz]*fSm[i][xyz];
1118   }
1119   double rms2 = s2/18.0 - s1*s1/18.0/18.0;
1120
1121   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1122
1123 }
1124
1125 //_____________________________________________________________________________
1126 double AliTRDalignment::GetChRMS(int xyz) const
1127 {
1128   //
1129   // rms fCh[][xyz]
1130   //
1131
1132   double s1 =0.0;
1133   double s2 =0.0;
1134   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1135     s1 += fCh[i][xyz];
1136     s2 += fCh[i][xyz]*fCh[i][xyz];
1137   }
1138   double rms2 = s2/540.0 - s1*s1/540.0/540.0;
1139
1140   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1141
1142 }
1143
1144 //_____________________________________________________________________________
1145 void AliTRDalignment::PrintSmRMS() const
1146 {
1147   //
1148   // dump rms of fSm
1149   //
1150
1151   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  supermodule rms\n"
1152         ,GetSmRMS(0),GetSmRMS(1),GetSmRMS(2),GetSmRMS(3),GetSmRMS(4),GetSmRMS(5));
1153
1154 }
1155
1156 //_____________________________________________________________________________
1157 void AliTRDalignment::PrintChRMS() const
1158 {
1159   //
1160   // dump rms of fCh
1161   //
1162
1163   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  chamber rms\n"
1164         ,GetChRMS(0),GetChRMS(1),GetChRMS(2),GetChRMS(3),GetChRMS(4),GetChRMS(5));
1165
1166 }
1167
1168 //_____________________________________________________________________________
1169 void AliTRDalignment::ArToNumbers(TClonesArray * const ar)
1170 {
1171   //
1172   // for each of the alignment objects in array ar extract the six local
1173   // alignment parameters; recognize by name to which supermodule or chamber
1174   // the alignment object pertains; set the respective fSm or fCh
1175   //
1176
1177   ar->Sort();
1178   if (!IsGeoLoaded()) return;
1179   for (int i = 0; i < ar->GetEntries(); i++) {
1180     AliAlignObj *aao = (AliAlignObj *) ar->At(i);
1181     aao->ApplyToGeometry();
1182   }
1183   SetZero();
1184   ReadCurrentGeo();
1185
1186 }
1187
1188 //_____________________________________________________________________________
1189 void AliTRDalignment::NumbersToAr(TClonesArray * const ar)
1190 {
1191   //
1192   // build array of AliAlignObj objects based on fSm and fCh data
1193   // at the same time, apply misalignment to the currently loaded geometry
1194   // it is important to apply misalignment of supermodules before creating
1195   // alignment objects for chambers
1196   //
1197
1198   if (!IsGeoLoaded()) return;
1199   TClonesArray &alobj = *ar;
1200   int nobj = 0;
1201   for (int i = 0; i <  18; i++) {
1202       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetSmName(i)
1203                                         ,0
1204                                         ,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2]
1205                                         ,fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
1206                                         ,0);
1207     ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1208     nobj++;
1209   }
1210
1211   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1212     if (gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i))) {
1213       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetChName(i)
1214                                          ,GetVoi(i)
1215                                          ,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2]
1216                                          ,fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
1217                                          ,0);
1218       ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1219       nobj++;
1220     }
1221   }
1222   AliInfo("current geometry modified");
1223
1224 }
1225
1226 //_____________________________________________________________________________
1227 int AliTRDalignment::IsGeoLoaded()
1228 {
1229   //
1230   // check whether a geometry is loaded
1231   // issue a warning if geometry is not ideal
1232   //
1233
1234   if (gGeoManager) {
1235     if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->GetEntries()) AliWarning("current geometry is not ideal");
1236     return 1;
1237   } else {
1238     AliError("first load geometry by calling TGeoManager::Import(filename)");
1239     return 0;
1240   }
1241
1242 }
1243
1244 //_____________________________________________________________________________