TRD/AliTRDalignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // An AliTRDalignment object contains the alignment data (3 shifts and 3     //
  20 // tilts) for all the alignable volumes of the TRD, i.e. for 18 supermodules //
  21 // and 540 chambers. The class provides simple tools for reading and writing //
  22 // these data in different formats, and for generating fake data that can be //
  23 // used to simulate misalignment.                                            //
  24 // The six alignment variables have the following meaning:                   //
  25 // shift in rphi                                                             //
  26 // shift in z                                                                //
  27 // shift in r                                                                //
  28 // tilt around rphi                                                          //
  29 // tilt around z                                                             //
  30 // tilt around r                                                             //
  31 // The shifts are in cm and the tilts are in degrees.                        //
  32 // The currently supported formats are:                                      //
  33 // - ascii                                                                   //
  34 // - root file containing a TClonesArray of alignment objects                //
  35 // - offline conditions database                                             //
  36 // - OCDB-like root file                                                     //
  37 // - geometry file (like misaligned_geometry.root)                           //
  38 //                                                                           //
  39 // Some examples of usage (in an aliroot session):                           //
  40 // AliTRDalignment a,b,c,d,e;                                                //
  41 // double xsm[]={0,0,0,-70,0,0};                                             //
  42 // double xch[]={0,0,-50,0,0,0};                                             //
  43 // a.SetSm(4,xsm);                                                           //
  44 // a.SetCh(120,xch);                                                         //
  45 // a.WriteAscii("kuku.dat");                                                 //
  46 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteRoot("kuku.root");           //
  47 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteDB("kukudb.root",0,0);       //
  48 // TGeoManager::Import("geometry.root");                                     //
  49 // a.WriteDB("local://$ALICE_ROOT/OCDB", "TRD/Align/Data", 0,0);                  //
  50 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteGeo("kukugeometry.root");    //
  51 //                                                                           //
  52 // b.ReadAscii("kuku.dat");                                                  //
  53 // TGeoManager::Import("geometry.root"); c.ReadRoot("kuku.root");            //
  54 // TGeoManager::Import("geometry.root"); d.ReadDB("kukudb.root");            //
  55 // TGeoManager::Import("kukugeometry.root"); e.ReadCurrentGeo();             //
  56 //                                                                           //
  57 // e.PrintSm(4);                                                             //
  58 // e.PrintCh(120);                                                           //
  59 // a.PrintRMS();                                                             //
  60 // b.PrintRMS();                                                             //
  61 // e.PrintRMS();                                                             //
  62 //                                                                           //
  63 //                                                                           //
  64 // D.Miskowiec, November 2006                                                //
  65 //                                                                           //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <iostream>
  69 #include <fstream>
  70
  71 #include "TMath.h"
  72 #include "TFile.h"
  73 #include "TGeoManager.h"
  74 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  75 #include "TClonesArray.h"
  76 #include "TString.h"
  77 #include "TFitter.h"
  78 #include "TMinuit.h"
  79
  80 #include "AliLog.h"
  81 #include "AliAlignObj.h"
  82 #include "AliAlignObjParams.h"
  83 #include "AliCDBManager.h"
  84 #include "AliCDBStorage.h"
  85 #include "AliCDBMetaData.h"
  86 #include "AliCDBEntry.h"
  87 #include "AliSurveyObj.h"
  88 #include "AliSurveyPoint.h"
  89
  90 #include "AliTRDalignment.h"
  91
  92 void trdAlignmentFcn(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *x, Int_t iflag);
  93
  94 using std::ostream;
  95 using std::fstream;
  96 ClassImp(AliTRDalignment)
  97
  98 //_____________________________________________________________________________
  99 AliTRDalignment::AliTRDalignment()
 100   :TObject()
 101   ,fComment()
 102   ,fRan(0)
 103 {
 104   //
 105   // constructor
 106   //
 107
 108   SetZero();
 109
 110   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 111     fSurveyX[i][j][k][l] = 0.0;
 112     fSurveyY[i][j][k][l] = 0.0;
 113     fSurveyZ[i][j][k][l] = 0.0;
 114     fSurveyEX[i][j][k][l] = 0.0;
 115     fSurveyEY[i][j][k][l] = 0.0;
 116     fSurveyEZ[i][j][k][l] = 0.0;
 117   }
 118
 119   // Initialize the nominal positions of the survey points
 120   // in the local frame of supermodule (where y is the long side,
 121   // z corresponds to the radius in lab, and x to the phi in lab).
 122   // Four survey marks are on each z-side of the supermodule.
 123   //               A           B
 124   //           ----o-----------o----        x |
 125   //           \                   /          |
 126   //            \                 /           |
 127   //             \               /            |
 128   //              \             /             |
 129   //               ---o-----o---              -------------->
 130   //                  C     D                              y
 131   //
 132   // For the purpose of this explanation lets define the origin such that
 133   // the supermodule occupies 0 < x < 77.9 cm. Then the coordinates (x,y)
 134   // are (in cm)
 135   // A (76.2,-30.25)
 136   // B (76.2,+30.25)
 137   // C ( 2.2,-22.5 )
 138   // D ( 2.2,+22.5 )
 139   //
 140
 141   double x[2] = {22.5,30.25};                   // lab phi, or tracking-y
 142   double y[2] = {353.0, -353.0};                // lab z; inc. 2 cm survey target offset
 143   double z[2] = {-(77.9/2.0-2.0),77.9/2.0-1.5}; // lab r, or better tracking-x
 144
 145   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 146     fSurveyX0[j][k][l] = -TMath::Power(-1,l) * x[k];
 147     fSurveyY0[j][k][l] = y[j];
 148     fSurveyZ0[j][k][l] = z[k];
 149   }
 150
 151   for (int i=0; i<1000; i++) {
 152     fIbuffer[i] = 0;
 153     fDbuffer[i] = 0.0;
 154   }
 155
 156 }
 157
 158 //_____________________________________________________________________________
 159 AliTRDalignment::AliTRDalignment(const AliTRDalignment& source)
 160   :TObject(source)
 161   ,fComment(source.fComment)
 162   ,fRan(source.fRan)
 163 {
 164   //
 165   // copy constructor
 166   //
 167
 168   for (int i=0; i<18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 169   for (int i=0; i<540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 170   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 171     fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 172     fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 173     fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 174     fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 175     fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 176     fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 177   }
 178   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 179     fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 180     fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 181     fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 182   }
 183   for (int i=0; i<1000; i++) {
 184     fIbuffer[i] = 0;
 185     fDbuffer[i] = 0.0;
 186   }
 187
 188 }
 189
 190 //_____________________________________________________________________________
 191 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator=(const AliTRDalignment &source)
 192 {
 193   //
 194   // assignment operator
 195   //
 196
 197   if (this != &source) {
 198     for (int i = 0; i <  18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 199     for (int i = 0; i < 540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 200     for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 201       fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 202       fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 203       fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 204       fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 205       fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 206       fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 207     }
 208     for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 209       fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 210       fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 211       fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 212     }
 213     fComment = source.fComment;
 214   }
 215
 216   return *this;
 217
 218 }
 219
 220 //_____________________________________________________________________________
 221 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator*=(double fac)
 222 {
 223   //
 224   // multiplication operator
 225   //
 226
 227   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] *= fac;
 228   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] *= fac;
 229
 230   return *this;
 231
 232 }
 233
 234 //_____________________________________________________________________________
 235 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator+=(const AliTRDalignment &source)
 236 {
 237   //
 238   // addition operator
 239   //
 240
 241   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] += source.fSm[i][j];
 242   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] += source.fCh[i][j];
 243
 244   return *this;
 245
 246 }
 247
 248 //_____________________________________________________________________________
 249 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator-=(const AliTRDalignment &source)
 250 {
 251   //
 252   // subtraction operator
 253   //
 254
 255   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fSm[i][j] -= source.fSm[i][j];
 256   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fCh[i][j] -= source.fCh[i][j];
 257
 258   return *this;
 259
 260 }
 261
 262 //_____________________________________________________________________________
 263 Bool_t AliTRDalignment::operator==(const AliTRDalignment &source) const
 264 {
 265   //
 266   // comparison operator
 267   //
 268
 269   Bool_t areEqual = 1;
 270
 271   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fSm[i][j] == source.fSm[i][j]);
 272   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fCh[i][j] == source.fCh[i][j]);
 273
 274   return areEqual;
 275
 276 }
 277
 278 //_____________________________________________________________________________
 279 void AliTRDalignment::SetSmZero()
 280 {
 281   //
 282   // reset to zero supermodule data
 283   //
 284
 285   memset(&fSm[0][0],0,sizeof(fSm));
 286
 287 }
 288
 289 //_____________________________________________________________________________
 290 void AliTRDalignment::SetChZero()
 291 {
 292   //
 293   // reset to zero chamber data
 294   //
 295
 296   memset(&fCh[0][0],0,sizeof(fCh));
 297
 298 }
 299
 300 //_____________________________________________________________________________
 301 void AliTRDalignment::SetSmRandom(double a[6])
 302 {
 303   //
 304   // generate random gaussian supermodule data with sigmas a
 305   //
 306
 307   double x[6];
 308   double xmax[6]={999, 0.6, 999, 999, 999, 999};
 309
 310   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 311     for (int j = 0; j < 6; j++) {
 312       do {x[j] = fRan.Gaus(0,a[j]);} while (TMath::Abs(x[j]) > xmax[j]);
 313     }
 314     SetSm(i,x);
 315     //PrintSm(i);
 316   }
 317
 318 }
 319
 320 //_____________________________________________________________________________
 321 void AliTRDalignment::SetChRandom(double a[6])
 322 {
 323   //
 324   // generate random gaussian chamber data with sigmas a
 325   //
 326
 327   double x[6];
 328
 329   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 330     fRan.Rannor(x[0],x[1]);
 331     fRan.Rannor(x[2],x[3]);
 332     fRan.Rannor(x[4],x[5]);
 333     for (int j = 0; j < 6; j++) x[j] *= a[j];
 334     SetCh(i,x);
 335     //PrintCh(i);
 336   }
 337
 338 }
 339
 340 //_____________________________________________________________________________
 341 void AliTRDalignment::SetSmFull()
 342 {
 343   //
 344   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 345   // expected from the mechanical precision
 346   //
 347
 348   double a[6];
 349
 350   a[0] = 0.3; // phi
 351   a[1] = 0.3; // z
 352   a[2] = 0.3; // r
 353   a[3] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 354   a[4] = 2.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 355   a[5] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 356
 357   SetSmRandom(a);
 358
 359 }
 360
 361 //_____________________________________________________________________________
 362 void AliTRDalignment::SetChFull()
 363 {
 364   //
 365   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 366   // expected from the mechanical precision
 367   //
 368
 369   double a[6];
 370
 371   a[0] = 0.1; // phi
 372   a[1] = 0.1; // z
 373   a[2] = 0.1; // r
 374   a[3] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 375   a[4] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 376   a[5] = 0.7/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 377
 378   SetChRandom(a);
 379
 380 }
 381
 382 //_____________________________________________________________________________
 383 void AliTRDalignment::SetSmResidual()
 384 {
 385   //
 386   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 387   // remaining after full calibration
 388   // I assume that it will be negligible
 389   //
 390
 391   SetSmZero();
 392
 393 }
 394
 395 //_____________________________________________________________________________
 396 void AliTRDalignment::SetChResidual()
 397 {
 398   //
 399   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 400   // remaining after full calibration
 401   //
 402
 403   double a[6];
 404
 405   a[0] = 0.002; // phi
 406   a[1] = 0.003; // z
 407   a[2] = 0.007; // r
 408   a[3] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 409   a[4] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 410   a[5] = 0.1/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 411
 412   SetChRandom(a);
 413
 414 }
 415
 416 //_____________________________________________________________________________
 417 void AliTRDalignment::PrintSm(int i, FILE * const fp) const
 418 {
 419   //
 420   // print the supermodule data
 421   //
 422
 423   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 424          ,i,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2],fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
 425          ,0,GetSmName(i));
 426
 427 }
 428
 429 //_____________________________________________________________________________
 430 void AliTRDalignment::PrintCh(int i, FILE * const fp) const
 431 {
 432   //
 433   // print the chamber data
 434   //
 435
 436   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 437          ,i,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2],fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
 438          ,GetVoi(i),GetChName(i));
 439
 440 }
 441
 442 //_____________________________________________________________________________
 443 void AliTRDalignment::ReadAscii(const char * const filename)
 444 {
 445   //
 446   // read the alignment data from ascii file
 447   //
 448
 449   double x[6];      // alignment data
 450   int volid;        // volume id
 451   std::string syna; // symbolic name
 452   int j;            // dummy index
 453
 454   fstream fi(filename,fstream::in);
 455   if (!fi) {
 456     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 457     return;
 458   }
 459
 460   // supermodules
 461
 462   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 463     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 464     if (j != i) AliError(Form("sm %d expected, %d found",i,j));
 465     if (volid != 0) AliError(Form("sm %d volume id %d expected, %d found",i,0,volid));
 466     std::string symnam = GetSmName(i);
 467     if (syna != symnam) AliError(Form("sm %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 468     SetSm(i,x);
 469   }
 470
 471   // chambers
 472
 473   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 474     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 475     if (j != i) AliError(Form("ch %d expected, %d found",i,j));
 476     if (volid != GetVoi(i)) AliError(Form("ch %d volume id %d expected, %d found",i,GetVoi(i),volid));
 477     std::string symnam = GetChName(i);
 478     if (syna != symnam) AliError(Form("ch %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 479     SetCh(i,x);
 480   }
 481
 482   fi.close();
 483
 484 }
 485
 486 //_____________________________________________________________________________
 487 void AliTRDalignment::ReadCurrentGeo()
 488 {
 489   //
 490   // use currently loaded geometry to determine misalignment by comparing
 491   // original and misaligned matrix of the last node
 492   // Now, original, does not mean "ideal". It is the matrix before the alignment.
 493   // So, if alignment was applied more than once, the numbers extracted will
 494   // represent just the last alignment. -- check this!
 495   //
 496
 497   TGeoPNEntry *pne;
 498   TGeoHMatrix *ideSm[18];  // ideal
 499   TGeoHMatrix *misSm[18];  // misaligned
 500   for (int i = 0; i < 18; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i)))) {
 501
 502     // read misaligned and original matrices
 503
 504     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 505     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 506     if (!node) continue;
 507     misSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 508     ideSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 509
 510     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 511
 512     TGeoHMatrix mat(ideSm[i]->Inverse());
 513     mat.Multiply(misSm[i]);
 514     double *tra = mat.GetTranslation();
 515     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 516     double pars[6];
 517     pars[0] = tra[0];
 518     pars[1] = tra[1];
 519     pars[2] = tra[2];
 520     if (TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 521     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 522     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 523     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 524     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 525     SetSm(i,pars);
 526
 527     // cleanup
 528
 529     delete ideSm[i];
 530     delete misSm[i];
 531   }
 532
 533   TGeoHMatrix *ideCh[540]; // ideal
 534   TGeoHMatrix *misCh[540]; // misaligned
 535   for (int i = 0; i < 540; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i)))) {
 536
 537     // read misaligned and original matrices
 538
 539     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 540     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetChName(i)));
 541     if (!node) continue;
 542     misCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 543     ideCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 544
 545     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 546
 547     TGeoHMatrix mat(ideCh[i]->Inverse());
 548     mat.Multiply(misCh[i]);
 549     double *tra = mat.GetTranslation();
 550     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 551     double pars[6];
 552     pars[0] = tra[0];
 553     pars[1] = tra[1];
 554     pars[2] = tra[2];
 555     if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
 556       AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 557       return;
 558     }
 559     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 560     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 561     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 562     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 563     SetCh(i,pars);
 564
 565     // cleanup
 566     delete ideCh[i];
 567     delete misCh[i];
 568   }
 569
 570   return;
 571
 572 }
 573
 574 //_____________________________________________________________________________
 575 void AliTRDalignment::ReadRoot(const char * const filename)
 576 {
 577   //
 578   // read the alignment data from root file
 579   //
 580
 581   TFile fi(filename,"READ");
 582
 583   if (fi.IsOpen()) {
 584     TClonesArray *ar = (TClonesArray*) fi.Get("TRDAlignObjs");
 585     ArToNumbers(ar);
 586     fi.Close();
 587   }
 588   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 589
 590   return;
 591
 592 }
 593
 594 //_____________________________________________________________________________
 595 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const filename)
 596 {
 597   //
 598   // read the alignment data from database file
 599   //
 600
 601   TFile fi(filename,"READ");
 602
 603   if (fi.IsOpen()) {
 604     AliCDBEntry  *e  = (AliCDBEntry *) fi.Get("AliCDBEntry");
 605     e->PrintMetaData();
 606     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 607     TClonesArray *ar = (TClonesArray *) e->GetObject();
 608     ArToNumbers(ar);
 609     fi.Close();
 610   }
 611   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 612
 613   return;
 614
 615 }
 616
 617 //_____________________________________________________________________________
 618 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const db, const char * const path,
 619                              int run, int version, int subversion)
 620 {
 621   //
 622   // read the alignment data from database
 623   //
 624
 625   AliCDBManager *cdb     = AliCDBManager::Instance();
 626   AliCDBStorage *storLoc = cdb->GetStorage(db);
 627   AliCDBEntry   *e       = storLoc->Get(path,run,version,subversion);
 628   if (e) {
 629     e->PrintMetaData();
 630     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 631     TClonesArray  *ar      =  (TClonesArray *) e->GetObject();
 632     ArToNumbers(ar);
 633   }
 634 }
 635
 636 //_____________________________________________________________________________
 637 Bool_t AliTRDalignment::DecodeSurveyPointName(TString pna, Int_t &sm, Int_t &iz,
 638                                               Int_t &ir, Int_t &iphi) {
 639   // decode the survey point name and extract the sm, z, r and phi indices
 640
 641   if (pna(0,6)!="TRD_sm") {
 642     AliError(Form("unexpected point name: %s",pna.Data()));
 643     return kFALSE;
 644   }
 645   sm = atoi(pna(6,2).Data()); // supermodule number
 646   iz = -1;
 647   if (pna(8) == 'a') iz=0; // anticlockwise, positive z
 648   if (pna(8) == 'c') iz=1; // clockwise, negative z
 649   ir = -1;
 650   if (pna(9) == 'l') ir=0; // low radius
 651   if (pna(9) == 'h') ir=1; // high radius
 652   iphi = -1;
 653   if (pna(10) == '0') iphi = 0; // low phi within supermodule
 654   if (pna(10) == '1') iphi = 1; // high phi within supermodule
 655   if (sm>=0 && sm<18 && iz>=0 && iz<2 && ir>=0 && ir<2 && iphi>=0 && iphi<2) return kTRUE;
 656   AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 657   return kFALSE;
 658 }
 659
 660 //_____________________________________________________________________________
 661 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const char * const filename)
 662 {
 663   //
 664   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 665   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 666   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 667   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 668   //
 669   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 670   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 671   //
 672   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 673   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 674   //
 675   // l or h denote low radius and high radius holes
 676   //
 677   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 678   //
 679
 680   // read the survey file
 681
 682   fstream in(filename,fstream::in);
 683   if (!in) {
 684     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 685     return;
 686   }
 687
 688   // loop through the lines of the file until the beginning of data
 689
 690   TString title,date,subdetector,url,version,observations,system,units;
 691   while (1) {
 692     char pee=in.peek();
 693     if (pee==EOF) break;
 694     TString line;
 695     line.ReadLine(in);
 696     if (line.Contains("Title:"))        title.ReadLine(in);
 697     if (line.Contains("Date:"))         date.ReadLine(in);
 698     if (line.Contains("Subdetector:"))  subdetector.ReadLine(in);
 699     if (line.Contains("URL:"))          url.ReadLine(in);
 700     if (line.Contains("Version:"))      version.ReadLine(in);
 701     if (line.Contains("Observations:")) observations.ReadLine(in);
 702     if (line.Contains("System:"))       system.ReadLine(in);
 703     if (line.Contains("Units:"))        units.ReadLine(in);
 704     if (line.Contains("Data:"))         break;
 705   }
 706
 707   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 708
 709   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 710   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 711   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 712   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 713   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 714   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 715   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 716   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 717
 718   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 719     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 720     return;
 721   }
 722   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 723   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 724   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 725   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 726   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 727   else {
 728     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 729     return;
 730   }
 731   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 732     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 733     return;
 734   }
 735
 736   // scan the rest of the file which should contain list of surveyed points
 737   // for every point, decode the point name and store the numbers in the right
 738   // place in the arrays fSurveyX etc.
 739
 740   while (1) {
 741     TString pna; // point name
 742     char type, target;
 743     double x,y,z,precision;
 744
 745     in >> pna >> x >> y >> z >> type >> target >> precision;
 746     if (in.fail()) break;
 747     Int_t i,j,k,l;
 748     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 749       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*x;
 750       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*y;
 751       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*z;
 752       fSurveyEX[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 753       fSurveyEY[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 754       fSurveyEZ[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 755       // if, at some point, separate precision numbers for x,y,z show up in the
 756       // survey reports the function will fail here
 757       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 758              pna.Data(), i, j, k, l,
 759              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 760              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 761     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 762   }
 763   in.close();
 764   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+version+" "+observations;
 765   info.ReplaceAll("\r","");
 766   fComment.SetString(info.Data());
 767
 768 }
 769
 770 //_____________________________________________________________________________
 771 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const AliSurveyObj * const so)
 772 {
 773   //
 774   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 775   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 776   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 777   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 778   //
 779   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 780   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 781   //
 782   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 783   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 784   //
 785   // l or h denote low radius and high radius holes
 786   //
 787   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 788   //
 789
 790   // read and process the data from the survey object
 791
 792   Int_t size = so->GetEntries();
 793   printf("-> %d\n", size);
 794
 795   TString title        = so->GetReportTitle();
 796   TString date         = so->GetReportDate();
 797   TString subdetector  = so->GetDetector();
 798   TString url          = so->GetURL();
 799   TString report       = so->GetReportNumber();
 800   TString version      = so->GetReportVersion();
 801   TString observations = so->GetObservations();
 802   TString system       = so->GetCoordSys();
 803   TString units        = so->GetUnits();
 804
 805   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 806
 807   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 808   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 809   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 810   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 811   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 812   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 813   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 814   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 815
 816   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 817     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 818     return;
 819   }
 820   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 821   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 822   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 823   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 824   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 825   else {
 826     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 827     return;
 828   }
 829   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 830     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 831     return;
 832   }
 833
 834   // for every survey point, decode the point name and store the numbers in
 835   // the right place in the arrays fSurveyX etc.
 836
 837   TObjArray *points = so->GetData();
 838   for (int ip = 0; ip<points->GetEntries(); ++ip) {
 839     AliSurveyPoint *po = (AliSurveyPoint *) points->At(ip);
 840     TString pna = po->GetPointName();
 841     Int_t i,j,k,l;
 842     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 843       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*po->GetX();
 844       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*po->GetY();
 845       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*po->GetZ();
 846       fSurveyEX[i][j][k][l] = po->GetPrecisionX()/10; // "precision" is supposed to be in mm
 847       fSurveyEY[i][j][k][l] = po->GetPrecisionY()/10;
 848       fSurveyEZ[i][j][k][l] = po->GetPrecisionZ()/10;
 849       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 850              pna.Data(), i, j, k, l,
 851              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 852              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 853     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 854   }
 855
 856   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+report+" "+version+" "+observations;
 857   info.ReplaceAll("\r","");
 858   fComment.SetString(info.Data());
 859 }
 860
 861 //_____________________________________________________________________________
 862 double AliTRDalignment::SurveyChi2(int i, const double * const a) {
 863
 864   //
 865   // Compare the survey results to the ideal positions of the survey marks
 866   // in the local frame of supermodule. When transforming, use the alignment
 867   // parameters a[6]. Return chi-squared.
 868   //
 869
 870   if (!IsGeoLoaded()) return 0;
 871   printf("Survey of supermodule %d\n",i);
 872   AliAlignObjParams al(GetSmName(i),0,a[0],a[1],a[2],a[3],a[4],a[5],0);
 873
 874   TGeoPNEntry      *pne  = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i));
 875   if (!pne) AliError(Form("no such physical node entry: %s",GetSmName(i)));
 876   TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 877   if (!node) {
 878     AliWarning(Form("physical node entry %s has no physical node; making a new one",GetSmName(i)));
 879     node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
 880   }
 881
 882   //  al.ApplyToGeometry();
 883   //  node = pne->GetPhysicalNode(); // changed in the meantime
 884   //  TGeoHMatrix *ma = node->GetMatrix();
 885
 886   // a less destructive method (it does not modify geometry), gives the same result:
 887
 888   TGeoHMatrix *ma = new TGeoHMatrix();
 889   al.GetLocalMatrix(*ma);
 890   ma->MultiplyLeft(node->GetMatrix()); // global trafo, modified by a[]
 891
 892   double chi2=0;
 893   printf("              sm   z   r  phi    x (lab phi)  y (lab z)   z (lab r)   all in cm\n");
 894   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 895     if (fSurveyEX[i][j][k][l] == 0.0
 896         && fSurveyEY[i][j][k][l] == 0.0
 897         && fSurveyEZ[i][j][k][l] == 0.0) continue; // no data for this survey point
 898     double master[3] = {fSurveyX[i][j][k][l],fSurveyY[i][j][k][l],fSurveyZ[i][j][k][l]};
 899     double local[3];
 900     ma->MasterToLocal(master,local);
 901     double dx = local[0]-fSurveyX0[j][k][l];
 902     double dy = local[1]-fSurveyY0[j][k][l];
 903     double dz = local[2]-fSurveyZ0[j][k][l];
 904     chi2 += dx*dx/fSurveyEX[i][j][k][l]/fSurveyEX[i][j][k][l];
 905     chi2 += dy*dy/fSurveyEY[i][j][k][l]/fSurveyEY[i][j][k][l];
 906     chi2 += dz*dz/fSurveyEZ[i][j][k][l]/fSurveyEZ[i][j][k][l];
 907     printf("local survey %3d %3d %3d %3d %12.3f %12.3f %12.3f\n",i,j,k,l,local[0],local[1],local[2]);
 908     printf("local ideal                  %12.3f %12.3f %12.3f\n",fSurveyX0[j][k][l],
 909            fSurveyY0[j][k][l],fSurveyZ0[j][k][l]);
 910     printf("difference                   %12.3f %12.3f %12.3f\n",dx,dy,dz);
 911   }
 912   printf("chi2 = %.2f\n",chi2);
 913   return chi2;
 914 }
 915
 916 //_____________________________________________________________________________
 917 void trdAlignmentFcn(int &npar, double *g, double &f, double *par, int iflag) {
 918
 919   //
 920   // Standard function as needed by Minuit-like minimization procedures.
 921   // For the set of parameters par calculates and returns chi-squared.
 922   //
 923
 924   // smuggle a C++ object into a C function
 925   AliTRDalignment *alignment = (AliTRDalignment*) gMinuit->GetObjectFit();
 926
 927   f = alignment->SurveyChi2(par);
 928   if (iflag==3) {}
 929   if (npar) {}
 930   if (g) {} // no warnings about unused stuff...
 931
 932 }
 933
 934 //_____________________________________________________________________________
 935 void AliTRDalignment::SurveyToAlignment(int i, const char * const flag) {
 936
 937   //
 938   // Find the supermodule alignment parameters needed to make the survey
 939   // results coincide with the ideal positions of the survey marks.
 940   // The string flag should look like "101000"; the six characters corresponds
 941   // to the six alignment parameters and 0/1 mean that the parameter should
 942   // be fixed/released in the fit.
 943
 944   if (strlen(flag)!=6) {
 945     AliError(Form("unexpected flag: %s",flag));
 946     return;
 947   }
 948
 949   printf("Finding alignment matrix for supermodule %d\n",i);
 950   fIbuffer[0] = i; // store the sm number in the buffer so minuit can see it
 951
 952   TFitter fitter(100);
 953   gMinuit->SetObjectFit(this);
 954   fitter.SetFCN(trdAlignmentFcn);
 955   fitter.SetParameter(0,"dx",0,0.5,0,0);
 956   fitter.SetParameter(1,"dy",0,0.5,0,0);
 957   fitter.SetParameter(2,"dz",0,0.5,0,0);
 958   fitter.SetParameter(3,"rx",0,0.1,0,0);
 959   fitter.SetParameter(4,"ry",0,0.1,0,0);
 960   fitter.SetParameter(5,"rz",0,0.1,0,0);
 961
 962   for (int j=0; j<6; j++) if (flag[j]=='0') fitter.FixParameter(j);
 963
 964   double arglist[100];
 965   arglist[0] = 2;
 966   fitter.ExecuteCommand("SET PRINT", arglist, 1);
 967   fitter.ExecuteCommand("SET ERR", arglist, 1);
 968   arglist[0]=50;
 969   //fitter.ExecuteCommand("SIMPLEX", arglist, 1);
 970   fitter.ExecuteCommand("MINIMIZE", arglist, 1);
 971   fitter.ExecuteCommand("CALL 3", arglist,0);
 972   double a[6];
 973   for (int j=0; j<6; j++) a[j] = fitter.GetParameter(j);
 974   SetSm(i,a);
 975   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParameter(j));
 976   printf("\n");
 977   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParError(j));
 978   printf("\n");
 979
 980 }
 981
 982 //_____________________________________________________________________________
 983 void AliTRDalignment::ReadAny(const char * const filename)
 984 {
 985   //
 986   // read the alignment data from any kind of file
 987   //
 988
 989   TString fist(filename);
 990   if (fist.EndsWith(".txt")) ReadAscii(filename);
 991   if (fist.EndsWith(".dat")) ReadAscii(filename);
 992   if (fist.EndsWith(".root")) {
 993     if (fist.Contains("Run")) ReadDB(filename);
 994     else ReadRoot(filename);
 995   }
 996
 997 }
 998
 999 //_____________________________________________________________________________
1000 void AliTRDalignment::WriteAscii(const char * const filename) const
1001 {
1002   //
1003   // store the alignment data on ascii file
1004   //
1005
1006   FILE *fp = fopen(filename, "w");
1007   if (!fp) {
1008     AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1009     return;
1010   }
1011
1012   PrintSm(fp);
1013   PrintCh(fp);
1014
1015   fclose(fp);
1016
1017 }
1018
1019 //_____________________________________________________________________________
1020 void AliTRDalignment::WriteRoot(const char * const filename)
1021 {
1022   //
1023   // store the alignment data on root file
1024   //
1025
1026   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1027   NumbersToAr(ar);
1028   TFile fo(filename,"RECREATE");
1029   if (fo.IsOpen()) {
1030     fo.cd();
1031     fo.WriteObject(ar,"TRDAlignObjs","kSingleKey");
1032     fo.Close();
1033   }
1034   else AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1035
1036   delete ar;
1037
1038 }
1039
1040 //_____________________________________________________________________________
1041 void AliTRDalignment::WriteDB(const char * const filename, int run0, int run1, int ver, int subver)
1042 {
1043   //
1044   // dumping on a DB-like file
1045   //
1046
1047   TClonesArray   *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1048   NumbersToAr(ar);
1049   const Char_t *path = "TRD/Align/Data";
1050   AliCDBId id(path,run0,run1);
1051   AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1052   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1053   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1054   AliCDBEntry *e  = new AliCDBEntry(ar, id, md);
1055   e->SetVersion(ver);
1056   e->SetSubVersion(subver);
1057   TFile fi(filename,"RECREATE");
1058   if (fi.IsOpen()) {
1059     e->Write();
1060     fi.Close();
1061   }
1062   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
1063
1064   delete e;
1065   delete md;
1066   delete ar;
1067
1068   return;
1069
1070 }
1071
1072 //_____________________________________________________________________________
1073 void AliTRDalignment::WriteDB(char * const db, const char * const path, int run0, int run1)
1074 {
1075   //
1076   // store the alignment data in database
1077   //
1078
1079   TClonesArray   *ar      = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1080   NumbersToAr(ar);
1081   AliCDBManager  *cdb     = AliCDBManager::Instance();
1082   AliCDBStorage  *storLoc = cdb->GetStorage(db);
1083   AliCDBMetaData *md      = new AliCDBMetaData();
1084   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1085   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1086   AliCDBId id(path,run0,run1);
1087   storLoc->Put(ar,id,md);
1088   md->Delete();
1089   delete ar;
1090
1091 }
1092
1093 //_____________________________________________________________________________
1094 void AliTRDalignment::WriteGeo(char *filename)
1095 {
1096   //
1097   // apply misalignment to current geometry and store the
1098   // resulting geometry on a root file
1099   //
1100
1101   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1102   NumbersToAr(ar);
1103   delete ar;
1104   gGeoManager->Export(filename);
1105
1106 }
1107
1108 //_____________________________________________________________________________
1109 double AliTRDalignment::GetSmRMS(int xyz) const
1110 {
1111   //
1112   // rms fSm[][xyz]
1113   //
1114
1115   double s1 = 0.0;
1116   double s2 = 0.0;
1117   for (int i = 0; i < 18; i++) {
1118     s1 += fSm[i][xyz];
1119     s2 += fSm[i][xyz]*fSm[i][xyz];
1120   }
1121   double rms2 = s2/18.0 - s1*s1/18.0/18.0;
1122
1123   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1124
1125 }
1126
1127 //_____________________________________________________________________________
1128 double AliTRDalignment::GetChRMS(int xyz) const
1129 {
1130   //
1131   // rms fCh[][xyz]
1132   //
1133
1134   double s1 =0.0;
1135   double s2 =0.0;
1136   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1137     s1 += fCh[i][xyz];
1138     s2 += fCh[i][xyz]*fCh[i][xyz];
1139   }
1140   double rms2 = s2/540.0 - s1*s1/540.0/540.0;
1141
1142   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1143
1144 }
1145
1146 //_____________________________________________________________________________
1147 void AliTRDalignment::PrintSmRMS() const
1148 {
1149   //
1150   // dump rms of fSm
1151   //
1152
1153   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  supermodule rms\n"
1154         ,GetSmRMS(0),GetSmRMS(1),GetSmRMS(2),GetSmRMS(3),GetSmRMS(4),GetSmRMS(5));
1155
1156 }
1157
1158 //_____________________________________________________________________________
1159 void AliTRDalignment::PrintChRMS() const
1160 {
1161   //
1162   // dump rms of fCh
1163   //
1164
1165   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  chamber rms\n"
1166         ,GetChRMS(0),GetChRMS(1),GetChRMS(2),GetChRMS(3),GetChRMS(4),GetChRMS(5));
1167
1168 }
1169
1170 //_____________________________________________________________________________
1171 void AliTRDalignment::ArToNumbers(TClonesArray * const ar)
1172 {
1173   //
1174   // for each of the alignment objects in array ar extract the six local
1175   // alignment parameters; recognize by name to which supermodule or chamber
1176   // the alignment object pertains; set the respective fSm or fCh
1177   //
1178
1179   ar->Sort();
1180   if (!IsGeoLoaded()) return;
1181   for (int i = 0; i < ar->GetEntries(); i++) {
1182     AliAlignObj *aao = (AliAlignObj *) ar->At(i);
1183     aao->ApplyToGeometry();
1184   }
1185   SetZero();
1186   ReadCurrentGeo();
1187
1188 }
1189
1190 //_____________________________________________________________________________
1191 void AliTRDalignment::NumbersToAr(TClonesArray * const ar)
1192 {
1193   //
1194   // build array of AliAlignObj objects based on fSm and fCh data
1195   // at the same time, apply misalignment to the currently loaded geometry
1196   // it is important to apply misalignment of supermodules before creating
1197   // alignment objects for chambers
1198   //
1199
1200   if (!IsGeoLoaded()) return;
1201   TClonesArray &alobj = *ar;
1202   int nobj = 0;
1203   for (int i = 0; i <  18; i++) {
1204       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetSmName(i)
1205                                         ,0
1206                                         ,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2]
1207                                         ,fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
1208                                         ,0);
1209     ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1210     nobj++;
1211   }
1212
1213   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1214     if (gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i))) {
1215       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetChName(i)
1216                                          ,GetVoi(i)
1217                                          ,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2]
1218                                          ,fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
1219                                          ,0);
1220       ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1221       nobj++;
1222     }
1223   }
1224   AliInfo("current geometry modified");
1225
1226 }
1227
1228 //_____________________________________________________________________________
1229 int AliTRDalignment::IsGeoLoaded()
1230 {
1231   //
1232   // check whether a geometry is loaded
1233   // issue a warning if geometry is not ideal
1234   //
1235
1236   if (gGeoManager) {
1237     if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->GetEntries()) AliWarning("current geometry is not ideal");
1238     return 1;
1239   } else {
1240     AliError("first load geometry by calling TGeoManager::Import(filename)");
1241     return 0;
1242   }
1243
1244 }
1245
1246 //_____________________________________________________________________________