TRD/AliTRDalignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // An AliTRDalignment object contains the alignment data (3 shifts and 3     //
  20 // tilts) for all the alignable volumes of the TRD, i.e. for 18 supermodules //
  21 // and 540 chambers. The class provides simple tools for reading and writing //
  22 // these data in different formats, and for generating fake data that can be //
  23 // used to simulate misalignment.                                            //
  24 // The six alignment variables have the following meaning:                   //
  25 // shift in rphi                                                             //
  26 // shift in z                                                                //
  27 // shift in r                                                                //
  28 // tilt around rphi                                                          //
  29 // tilt around z                                                             //
  30 // tilt around r                                                             //
  31 // The shifts are in cm and the tilts are in degrees.                        //
  32 // The currently supported formats are:                                      //
  33 // - ascii                                                                   //
  34 // - root file containing a TClonesArray of alignment objects                //
  35 // - offline conditions database                                             //
  36 // - OCDB-like root file                                                     //
  37 // - geometry file (like misaligned_geometry.root)                           //
  38 //                                                                           //
  39 // Some examples of usage (in an aliroot session):                           //
  40 // AliTRDalignment a,b,c,d,e;                                                //
  41 // double xsm[]={0,0,0,-70,0,0};                                             //
  42 // double xch[]={0,0,-50,0,0,0};                                             //
  43 // a.SetSm(4,xsm);                                                           //
  44 // a.SetCh(120,xch);                                                         //
  45 // a.WriteAscii("kuku.dat");                                                 //
  46 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteRoot("kuku.root");           //
  47 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteDB("kukudb.root",0,0);       //
  48 // TGeoManager::Import("geometry.root");                                     //
  49 // a.WriteDB("local://$ALICE_ROOT/OCDB", "TRD/Align/Data", 0,0);                  //
  50 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteGeo("kukugeometry.root");    //
  51 //                                                                           //
  52 // b.ReadAscii("kuku.dat");                                                  //
  53 // TGeoManager::Import("geometry.root"); c.ReadRoot("kuku.root");            //
  54 // TGeoManager::Import("geometry.root"); d.ReadDB("kukudb.root");            //
  55 // TGeoManager::Import("kukugeometry.root"); e.ReadCurrentGeo();             //
  56 //                                                                           //
  57 // e.PrintSm(4);                                                             //
  58 // e.PrintCh(120);                                                           //
  59 // a.PrintRMS();                                                             //
  60 // b.PrintRMS();                                                             //
  61 // e.PrintRMS();                                                             //
  62 //                                                                           //
  63 //                                                                           //
  64 // D.Miskowiec, November 2006                                                //
  65 //                                                                           //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <iostream>
  69 #include <fstream>
  70 //#include <string>
  71
  72 #include "TMath.h"
  73 #include "TFile.h"
  74 #include "TGeoManager.h"
  75 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  76 #include "TClonesArray.h"
  77 #include "TString.h"
  78 #include "TFitter.h"
  79 #include "TMinuit.h"
  80
  81 #include "AliLog.h"
  82 #include "AliAlignObj.h"
  83 #include "AliAlignObjParams.h"
  84 #include "AliCDBManager.h"
  85 #include "AliCDBStorage.h"
  86 #include "AliCDBMetaData.h"
  87 #include "AliCDBEntry.h"
  88 #include "AliCDBId.h"
  89 #include "AliSurveyObj.h"
  90 #include "AliSurveyPoint.h"
  91
  92 #include "AliTRDalignment.h"
  93
  94 void trdAlignmentFcn(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *x, Int_t iflag);
  95
  96 ClassImp(AliTRDalignment)
  97
  98 //_____________________________________________________________________________
  99 AliTRDalignment::AliTRDalignment()
 100   :TObject()
 101   ,fComment()
 102   ,fRan(0)
 103 {
 104   //
 105   // constructor
 106   //
 107
 108   SetZero();
 109
 110   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 111     fSurveyX[i][j][k][l] = 0.0;
 112     fSurveyY[i][j][k][l] = 0.0;
 113     fSurveyZ[i][j][k][l] = 0.0;
 114     fSurveyEX[i][j][k][l] = 0.0;
 115     fSurveyEY[i][j][k][l] = 0.0;
 116     fSurveyEZ[i][j][k][l] = 0.0;
 117   }
 118
 119   // Initialize the nominal positions of the survey points
 120   // in the local frame of supermodule (where y is the long side,
 121   // z corresponds to the radius in lab, and x to the phi in lab).
 122   // Four survey marks are on each z-side of the supermodule.
 123   //               A           B
 124   //           ----o-----------o----        x |
 125   //           \                   /          |
 126   //            \                 /           |
 127   //             \               /            |
 128   //              \             /             |
 129   //               ---o-----o---              -------------->
 130   //                  C     D                              y
 131   //
 132   // For the purpose of this explanation lets define the origin such that
 133   // the supermodule occupies 0 < x < 77.9 cm. Then the coordinates (x,y)
 134   // are (in cm)
 135   // A (76.2,-30.25)
 136   // B (76.2,+30.25)
 137   // C ( 2.2,-22.5 )
 138   // D ( 2.2,+22.5 )
 139   //
 140
 141   double x[2] = {22.5,30.25};                   // lab phi, or tracking-y
 142   double y[2] = {353.0, -353.0};                // lab z; inc. 2 cm survey target offset
 143   double z[2] = {-(77.9/2.0-2.0),77.9/2.0-1.5}; // lab r, or better tracking-x
 144
 145   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 146     fSurveyX0[j][k][l] = -TMath::Power(-1,l) * x[k];
 147     fSurveyY0[j][k][l] = y[j];
 148     fSurveyZ0[j][k][l] = z[k];
 149   }
 150
 151 }
 152
 153 //_____________________________________________________________________________
 154 AliTRDalignment::AliTRDalignment(const AliTRDalignment& source)
 155   :TObject(source)
 156   ,fComment(source.fComment)
 157   ,fRan(source.fRan)
 158 {
 159   //
 160   // copy constructor
 161   //
 162
 163   for (int i=0; i<18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 164   for (int i=0; i<540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 165   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 166     fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 167     fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 168     fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 169     fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 170     fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 171     fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 172   }
 173   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 174     fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 175     fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 176     fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 177   }
 178
 179 }
 180
 181 //_____________________________________________________________________________
 182 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator=(const AliTRDalignment &source)
 183 {
 184   //
 185   // assignment operator
 186   //
 187
 188   if (this != &source) {
 189     for (int i = 0; i <  18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 190     for (int i = 0; i < 540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 191     for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 192       fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 193       fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 194       fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 195       fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 196       fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 197       fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 198     }
 199     for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 200       fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 201       fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 202       fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 203     }
 204     fComment = source.fComment;
 205   }
 206
 207   return *this;
 208
 209 }
 210
 211 //_____________________________________________________________________________
 212 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator*=(double fac)
 213 {
 214   //
 215   // multiplication operator
 216   //
 217
 218   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] *= fac;
 219   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] *= fac;
 220
 221   return *this;
 222
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator+=(const AliTRDalignment &source)
 227 {
 228   //
 229   // addition operator
 230   //
 231
 232   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] += source.fSm[i][j];
 233   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] += source.fCh[i][j];
 234
 235   return *this;
 236
 237 }
 238
 239 //_____________________________________________________________________________
 240 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator-=(const AliTRDalignment &source)
 241 {
 242   //
 243   // subtraction operator
 244   //
 245
 246   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fSm[i][j] -= source.fSm[i][j];
 247   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fCh[i][j] -= source.fCh[i][j];
 248
 249   return *this;
 250
 251 }
 252
 253 //_____________________________________________________________________________
 254 Bool_t AliTRDalignment::operator==(const AliTRDalignment &source) const
 255 {
 256   //
 257   // comparison operator
 258   //
 259
 260   Bool_t areEqual = 1;
 261
 262   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fSm[i][j] == source.fSm[i][j]);
 263   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fCh[i][j] == source.fCh[i][j]);
 264
 265   return areEqual;
 266
 267 }
 268
 269 //_____________________________________________________________________________
 270 void AliTRDalignment::SetSmZero()
 271 {
 272   //
 273   // reset to zero supermodule data
 274   //
 275
 276   memset(&fSm[0][0],0,sizeof(fSm));
 277
 278 }
 279
 280 //_____________________________________________________________________________
 281 void AliTRDalignment::SetChZero()
 282 {
 283   //
 284   // reset to zero chamber data
 285   //
 286
 287   memset(&fCh[0][0],0,sizeof(fCh));
 288
 289 }
 290
 291 //_____________________________________________________________________________
 292 void AliTRDalignment::SetSmRandom(double a[6])
 293 {
 294   //
 295   // generate random gaussian supermodule data with sigmas a
 296   //
 297
 298   double x[6];
 299   double xmax[6]={999, 0.6, 999, 999, 999, 999};
 300
 301   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 302     for (int j = 0; j < 6; j++) {
 303       do {x[j] = fRan.Gaus(0,a[j]);} while (TMath::Abs(x[j]) > xmax[j]);
 304     }
 305     SetSm(i,x);
 306     //PrintSm(i);
 307   }
 308
 309 }
 310
 311 //_____________________________________________________________________________
 312 void AliTRDalignment::SetChRandom(double a[6])
 313 {
 314   //
 315   // generate random gaussian chamber data with sigmas a
 316   //
 317
 318   double x[6];
 319
 320   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 321     fRan.Rannor(x[0],x[1]);
 322     fRan.Rannor(x[2],x[3]);
 323     fRan.Rannor(x[4],x[5]);
 324     for (int j = 0; j < 6; j++) x[j] *= a[j];
 325     SetCh(i,x);
 326     //PrintCh(i);
 327   }
 328
 329 }
 330
 331 //_____________________________________________________________________________
 332 void AliTRDalignment::SetSmFull()
 333 {
 334   //
 335   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 336   // expected from the mechanical precision
 337   //
 338
 339   double a[6];
 340
 341   a[0] = 0.3; // phi
 342   a[1] = 0.3; // z
 343   a[2] = 0.3; // r
 344   a[3] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 345   a[4] = 2.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 346   a[5] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 347
 348   SetSmRandom(a);
 349
 350 }
 351
 352 //_____________________________________________________________________________
 353 void AliTRDalignment::SetChFull()
 354 {
 355   //
 356   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 357   // expected from the mechanical precision
 358   //
 359
 360   double a[6];
 361
 362   a[0] = 0.1; // phi
 363   a[1] = 0.1; // z
 364   a[2] = 0.1; // r
 365   a[3] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 366   a[4] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 367   a[5] = 0.7/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 368
 369   SetChRandom(a);
 370
 371 }
 372
 373 //_____________________________________________________________________________
 374 void AliTRDalignment::SetSmResidual()
 375 {
 376   //
 377   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 378   // remaining after full calibration
 379   // I assume that it will be negligible
 380   //
 381
 382   SetSmZero();
 383
 384 }
 385
 386 //_____________________________________________________________________________
 387 void AliTRDalignment::SetChResidual()
 388 {
 389   //
 390   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 391   // remaining after full calibration
 392   //
 393
 394   double a[6];
 395
 396   a[0] = 0.002; // phi
 397   a[1] = 0.003; // z
 398   a[2] = 0.007; // r
 399   a[3] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 400   a[4] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 401   a[5] = 0.1/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 402
 403   SetChRandom(a);
 404
 405 }
 406
 407 //_____________________________________________________________________________
 408 void AliTRDalignment::PrintSm(int i, FILE *fp) const
 409 {
 410   //
 411   // print the supermodule data
 412   //
 413
 414   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 415          ,i,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2],fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
 416          ,0,GetSmName(i));
 417
 418 }
 419
 420 //_____________________________________________________________________________
 421 void AliTRDalignment::PrintCh(int i, FILE *fp) const
 422 {
 423   //
 424   // print the chamber data
 425   //
 426
 427   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 428          ,i,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2],fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
 429          ,GetVoi(i),GetChName(i));
 430
 431 }
 432
 433 //_____________________________________________________________________________
 434 void AliTRDalignment::ReadAscii(char *filename)
 435 {
 436   //
 437   // read the alignment data from ascii file
 438   //
 439
 440   double x[6];      // alignment data
 441   int volid;        // volume id
 442   std::string syna; // symbolic name
 443   int j;            // dummy index
 444
 445   fstream fi(filename,fstream::in);
 446   if (!fi) {
 447     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 448     return;
 449   }
 450
 451   // supermodules
 452
 453   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 454     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 455     if (j != i) AliError(Form("sm %d expected, %d found",i,j));
 456     if (volid != 0) AliError(Form("sm %d volume id %d expected, %d found",i,0,volid));
 457     std::string symnam = GetSmName(i);
 458     if (syna != symnam) AliError(Form("sm %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 459     SetSm(i,x);
 460   }
 461
 462   // chambers
 463
 464   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 465     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 466     if (j != i) AliError(Form("ch %d expected, %d found",i,j));
 467     if (volid != GetVoi(i)) AliError(Form("ch %d volume id %d expected, %d found",i,GetVoi(i),volid));
 468     std::string symnam = GetChName(i);
 469     if (syna != symnam) AliError(Form("ch %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 470     SetCh(i,x);
 471   }
 472
 473   fi.close();
 474
 475 }
 476
 477 //_____________________________________________________________________________
 478 void AliTRDalignment::ReadCurrentGeo()
 479 {
 480   //
 481   // use currently loaded geometry to determine misalignment by comparing
 482   // original and misaligned matrix of the last node
 483   // Now, original, does not mean "ideal". It is the matrix before the alignment.
 484   // So, if alignment was applied more than once, the numbers extracted will
 485   // represent just the last alignment. -- check this!
 486   //
 487
 488   TGeoPNEntry *pne;
 489   TGeoHMatrix *ideSm[18];  // ideal
 490   TGeoHMatrix *misSm[18];  // misaligned
 491   for (int i = 0; i < 18; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i)))) {
 492
 493     // read misaligned and original matrices
 494
 495     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 496     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 497     if (!node) continue;
 498     misSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 499     ideSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 500
 501     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 502
 503     TGeoHMatrix mat(ideSm[i]->Inverse());
 504     mat.Multiply(misSm[i]);
 505     double *tra = mat.GetTranslation();
 506     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 507     double pars[6];
 508     pars[0] = tra[0];
 509     pars[1] = tra[1];
 510     pars[2] = tra[2];
 511     if (TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 512     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 513     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 514     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 515     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 516     SetSm(i,pars);
 517
 518     // cleanup
 519
 520     delete ideSm[i];
 521     delete misSm[i];
 522   }
 523
 524   TGeoHMatrix *ideCh[540]; // ideal
 525   TGeoHMatrix *misCh[540]; // misaligned
 526   for (int i = 0; i < 540; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i)))) {
 527
 528     // read misaligned and original matrices
 529
 530     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 531     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetChName(i)));
 532     if (!node) continue;
 533     misCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 534     ideCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 535
 536     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 537
 538     TGeoHMatrix mat(ideCh[i]->Inverse());
 539     mat.Multiply(misCh[i]);
 540     double *tra = mat.GetTranslation();
 541     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 542     double pars[6];
 543     pars[0] = tra[0];
 544     pars[1] = tra[1];
 545     pars[2] = tra[2];
 546     if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
 547       AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 548       return;
 549     }
 550     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 551     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 552     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 553     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 554     SetCh(i,pars);
 555
 556     // cleanup
 557     delete ideCh[i];
 558     delete misCh[i];
 559   }
 560
 561   return;
 562
 563 }
 564
 565 //_____________________________________________________________________________
 566 void AliTRDalignment::ReadRoot(char *filename)
 567 {
 568   //
 569   // read the alignment data from root file
 570   //
 571
 572   TFile fi(filename,"READ");
 573
 574   if (fi.IsOpen()) {
 575     TClonesArray *ar = (TClonesArray*) fi.Get("TRDAlignObjs");
 576     ArToNumbers(ar);
 577     fi.Close();
 578   }
 579   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 580
 581   return;
 582
 583 }
 584
 585 //_____________________________________________________________________________
 586 void AliTRDalignment::ReadDB(char *filename)
 587 {
 588   //
 589   // read the alignment data from database file
 590   //
 591
 592   TFile fi(filename,"READ");
 593
 594   if (fi.IsOpen()) {
 595     AliCDBEntry  *e  = (AliCDBEntry *) fi.Get("AliCDBEntry");
 596     e->PrintMetaData();
 597     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 598     TClonesArray *ar = (TClonesArray *) e->GetObject();
 599     ArToNumbers(ar);
 600     fi.Close();
 601   }
 602   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 603
 604   return;
 605
 606 }
 607
 608 //_____________________________________________________________________________
 609 void AliTRDalignment::ReadDB(char *db, char *path, int run
 610                            , int version, int subversion)
 611 {
 612   //
 613   // read the alignment data from database
 614   //
 615
 616   AliCDBManager *cdb     = AliCDBManager::Instance();
 617   AliCDBStorage *storLoc = cdb->GetStorage(db);
 618   AliCDBEntry   *e       = storLoc->Get(path,run,version,subversion);
 619   if (e) {
 620     e->PrintMetaData();
 621     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 622     TClonesArray  *ar      =  (TClonesArray *) e->GetObject();
 623     ArToNumbers(ar);
 624   }
 625 }
 626
 627 //_____________________________________________________________________________
 628 Bool_t AliTRDalignment::DecodeSurveyPointName(TString pna, Int_t &sm, Int_t &iz,
 629                                               Int_t &ir, Int_t &iphi) {
 630   // decode the survey point name and extract the sm, z, r and phi indices
 631
 632   if (pna(0,6)!="TRD_sm") {
 633     AliError(Form("unexpected point name: %s",pna.Data()));
 634     return kFALSE;
 635   }
 636   sm = atoi(pna(6,2).Data()); // supermodule number
 637   iz = -1;
 638   if (pna(8) == 'a') iz=0; // anticlockwise, positive z
 639   if (pna(8) == 'c') iz=1; // clockwise, negative z
 640   ir = -1;
 641   if (pna(9) == 'l') ir=0; // low radius
 642   if (pna(9) == 'h') ir=1; // high radius
 643   iphi = -1;
 644   if (pna(10) == '0') iphi = 0; // low phi within supermodule
 645   if (pna(10) == '1') iphi = 1; // high phi within supermodule
 646   if (sm>=0 && sm<18 && iz>=0 && iz<2 && ir>=0 && ir<2 && iphi>=0 && iphi<2) return kTRUE;
 647   AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 648   return kFALSE;
 649 }
 650
 651 //_____________________________________________________________________________
 652 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(char *filename)
 653 {
 654   //
 655   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 656   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 657   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 658   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 659   //
 660   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 661   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 662   //
 663   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 664   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 665   //
 666   // l or h denote low radius and high radius holes
 667   //
 668   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 669   //
 670
 671   // read the survey file
 672
 673   fstream in(filename,fstream::in);
 674   if (!in) {
 675     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 676     return;
 677   }
 678
 679   // loop through the lines of the file until the beginning of data
 680
 681   TString title,date,subdetector,url,version,observations,system,units;
 682   while (1) {
 683     char pee=in.peek();
 684     if (pee==EOF) break;
 685     TString line;
 686     line.ReadLine(in);
 687     if (line.Contains("Title:"))        title.ReadLine(in);
 688     if (line.Contains("Date:"))         date.ReadLine(in);
 689     if (line.Contains("Subdetector:"))  subdetector.ReadLine(in);
 690     if (line.Contains("URL:"))          url.ReadLine(in);
 691     if (line.Contains("Version:"))      version.ReadLine(in);
 692     if (line.Contains("Observations:")) observations.ReadLine(in);
 693     if (line.Contains("System:"))       system.ReadLine(in);
 694     if (line.Contains("Units:"))        units.ReadLine(in);
 695     if (line.Contains("Data:"))         break;
 696   }
 697
 698   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 699
 700   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 701   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 702   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 703   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 704   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 705   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 706   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 707   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 708
 709   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 710     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 711     return;
 712   }
 713   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 714   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 715   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 716   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 717   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 718   else {
 719     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 720     return;
 721   }
 722   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 723     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 724     return;
 725   }
 726
 727   // scan the rest of the file which should contain list of surveyed points
 728   // for every point, decode the point name and store the numbers in the right
 729   // place in the arrays fSurveyX etc.
 730
 731   while (1) {
 732     TString pna; // point name
 733     char type, target;
 734     double x,y,z,precision;
 735
 736     in >> pna >> x >> y >> z >> type >> target >> precision;
 737     if (in.fail()) break;
 738     Int_t i,j,k,l;
 739     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 740       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*x;
 741       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*y;
 742       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*z;
 743       fSurveyEX[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 744       fSurveyEY[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 745       fSurveyEZ[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 746       // if, at some point, separate precision numbers for x,y,z show up in the
 747       // survey reports the function will fail here
 748       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 749              pna.Data(), i, j, k, l,
 750              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 751              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 752     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 753   }
 754   in.close();
 755   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+version+" "+observations;
 756   info.ReplaceAll("\r","");
 757   fComment.SetString(info.Data());
 758
 759 }
 760
 761 //_____________________________________________________________________________
 762 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(AliSurveyObj *so)
 763 {
 764   //
 765   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 766   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 767   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 768   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 769   //
 770   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 771   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 772   //
 773   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 774   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 775   //
 776   // l or h denote low radius and high radius holes
 777   //
 778   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 779   //
 780
 781   // read and process the data from the survey object
 782
 783   Int_t size = so->GetEntries();
 784   printf("-> %d\n", size);
 785
 786   TString title        = so->GetReportTitle();
 787   TString date         = so->GetReportDate();
 788   TString subdetector  = so->GetDetector();
 789   TString url          = so->GetURL();
 790   TString report       = so->GetReportNumber();
 791   TString version      = so->GetReportVersion();
 792   TString observations = so->GetObservations();
 793   TString system       = so->GetCoordSys();
 794   TString units        = so->GetUnits();
 795
 796   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 797
 798   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 799   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 800   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 801   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 802   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 803   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 804   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 805   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 806
 807   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 808     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 809     return;
 810   }
 811   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 812   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 813   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 814   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 815   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 816   else {
 817     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 818     return;
 819   }
 820   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 821     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 822     return;
 823   }
 824
 825   // for every survey point, decode the point name and store the numbers in
 826   // the right place in the arrays fSurveyX etc.
 827
 828   TObjArray *points = so->GetData();
 829   for (int ip = 0; ip<points->GetEntries(); ++ip) {
 830     AliSurveyPoint *po = (AliSurveyPoint *) points->At(ip);
 831     TString pna = po->GetPointName();
 832     Int_t i,j,k,l;
 833     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 834       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*po->GetX();
 835       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*po->GetY();
 836       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*po->GetZ();
 837       fSurveyEX[i][j][k][l] = po->GetPrecisionX()/10; // "precision" is supposed to be in mm
 838       fSurveyEY[i][j][k][l] = po->GetPrecisionY()/10;
 839       fSurveyEZ[i][j][k][l] = po->GetPrecisionZ()/10;
 840       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 841              pna.Data(), i, j, k, l,
 842              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 843              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 844     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 845   }
 846
 847   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+report+" "+version+" "+observations;
 848   info.ReplaceAll("\r","");
 849   fComment.SetString(info.Data());
 850 }
 851
 852 //_____________________________________________________________________________
 853 double AliTRDalignment::SurveyChi2(int i, double *a) {
 854
 855   //
 856   // Compare the survey results to the ideal positions of the survey marks
 857   // in the local frame of supermodule. When transforming, use the alignment
 858   // parameters a[6]. Return chi-squared.
 859   //
 860
 861   if (!IsGeoLoaded()) return 0;
 862   printf("Survey of supermodule %d\n",i);
 863   AliAlignObjParams al(GetSmName(i),0,a[0],a[1],a[2],a[3],a[4],a[5],0);
 864   TGeoPNEntry      *pne  = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i));
 865   if (!pne) AliError(Form("no such physical node entry: %s",GetSmName(i)));
 866   TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 867   if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 868
 869   //  al.ApplyToGeometry();
 870   //  node = pne->GetPhysicalNode(); // changed in the meantime
 871   //  TGeoHMatrix *ma = node->GetMatrix();
 872
 873   // a less destructive method (it does not modify geometry), gives the same result:
 874
 875   TGeoHMatrix *ma = new TGeoHMatrix();
 876   al.GetLocalMatrix(*ma);
 877   ma->MultiplyLeft(node->GetMatrix()); // global trafo, modified by a[]
 878
 879   double chi2=0;
 880   printf("              sm   z   r  phi    x (lab phi)  y (lab z)   z (lab r)   all in cm\n");
 881   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 882     if (fSurveyEX[i][j][k][l] == 0.0
 883         && fSurveyEY[i][j][k][l] == 0.0
 884         && fSurveyEZ[i][j][k][l] == 0.0) continue; // no data for this survey point
 885     double master[3] = {fSurveyX[i][j][k][l],fSurveyY[i][j][k][l],fSurveyZ[i][j][k][l]};
 886     double local[3];
 887     ma->MasterToLocal(master,local);
 888     double dx = local[0]-fSurveyX0[j][k][l];
 889     double dy = local[1]-fSurveyY0[j][k][l];
 890     double dz = local[2]-fSurveyZ0[j][k][l];
 891     chi2 += dx*dx/fSurveyEX[i][j][k][l]/fSurveyEX[i][j][k][l];
 892     chi2 += dy*dy/fSurveyEY[i][j][k][l]/fSurveyEY[i][j][k][l];
 893     chi2 += dz*dz/fSurveyEZ[i][j][k][l]/fSurveyEZ[i][j][k][l];
 894     printf("local survey %3d %3d %3d %3d %12.3f %12.3f %12.3f\n",i,j,k,l,local[0],local[1],local[2]);
 895     printf("local ideal                  %12.3f %12.3f %12.3f\n",fSurveyX0[j][k][l],
 896            fSurveyY0[j][k][l],fSurveyZ0[j][k][l]);
 897     printf("difference                   %12.3f %12.3f %12.3f\n",dx,dy,dz);
 898   }
 899   printf("chi2 = %.2f\n",chi2);
 900   return chi2;
 901 }
 902
 903 //_____________________________________________________________________________
 904 void trdAlignmentFcn(int &npar, double *g, double &f, double *par, int iflag) {
 905
 906   //
 907   // Standard function as needed by Minuit-like minimization procedures.
 908   // For the set of parameters par calculates and returns chi-squared.
 909   //
 910
 911   // smuggle a C++ object into a C function
 912   AliTRDalignment *alignment = (AliTRDalignment*) gMinuit->GetObjectFit();
 913
 914   f = alignment->SurveyChi2(par);
 915   if (iflag==3) {}
 916   if (npar) {}
 917   if (g) {} // no warnings about unused stuff...
 918
 919 }
 920
 921 //_____________________________________________________________________________
 922 void AliTRDalignment::SurveyToAlignment(int i,char *flag) {
 923
 924   //
 925   // Find the supermodule alignment parameters needed to make the survey
 926   // results coincide with the ideal positions of the survey marks.
 927   // The string flag should look like "101000"; the six characters corresponds
 928   // to the six alignment parameters and 0/1 mean that the parameter should
 929   // be fixed/released in the fit.
 930
 931   if (strlen(flag)!=6) {
 932     AliError(Form("unexpected flag: %s",flag));
 933     return;
 934   }
 935
 936   printf("Finding alignment matrix for supermodule %d\n",i);
 937   fIbuffer[0] = i; // store the sm number in the buffer so minuit can see it
 938
 939   TFitter fitter(100);
 940   gMinuit->SetObjectFit(this);
 941   fitter.SetFCN(trdAlignmentFcn);
 942   fitter.SetParameter(0,"dx",0,0.5,0,0);
 943   fitter.SetParameter(1,"dy",0,0.5,0,0);
 944   fitter.SetParameter(2,"dz",0,0.5,0,0);
 945   fitter.SetParameter(3,"rx",0,0.1,0,0);
 946   fitter.SetParameter(4,"ry",0,0.1,0,0);
 947   fitter.SetParameter(5,"rz",0,0.1,0,0);
 948
 949   for (int j=0; j<6; j++) if (flag[j]=='0') fitter.FixParameter(j);
 950
 951   double arglist[100];
 952   arglist[0] = 2;
 953   fitter.ExecuteCommand("SET PRINT", arglist, 1);
 954   fitter.ExecuteCommand("SET ERR", arglist, 1);
 955   arglist[0]=50;
 956   //fitter.ExecuteCommand("SIMPLEX", arglist, 1);
 957   fitter.ExecuteCommand("MINIMIZE", arglist, 1);
 958   fitter.ExecuteCommand("CALL 3", arglist,0);
 959   double a[6];
 960   for (int j=0; j<6; j++) a[j] = fitter.GetParameter(j);
 961   SetSm(i,a);
 962   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParameter(j));
 963   printf("\n");
 964   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParError(j));
 965   printf("\n");
 966
 967 }
 968
 969 //_____________________________________________________________________________
 970 void AliTRDalignment::ReadAny(char *filename)
 971 {
 972   //
 973   // read the alignment data from any kind of file
 974   //
 975
 976   TString fist(filename);
 977   if (fist.EndsWith(".txt")) ReadAscii(filename);
 978   if (fist.EndsWith(".dat")) ReadAscii(filename);
 979   if (fist.EndsWith(".root")) {
 980     if (fist.Contains("Run")) ReadDB(filename);
 981     else ReadRoot(filename);
 982   }
 983
 984 }
 985
 986 //_____________________________________________________________________________
 987 void AliTRDalignment::WriteAscii(char *filename) const
 988 {
 989   //
 990   // store the alignment data on ascii file
 991   //
 992
 993   FILE *fp = fopen(filename, "w");
 994   if (!fp) {
 995     AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
 996     return;
 997   }
 998
 999   PrintSm(fp);
1000   PrintCh(fp);
1001
1002   fclose(fp);
1003
1004 }
1005
1006 //_____________________________________________________________________________
1007 void AliTRDalignment::WriteRoot(char *filename)
1008 {
1009   //
1010   // store the alignment data on root file
1011   //
1012
1013   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1014   NumbersToAr(ar);
1015   TFile fo(filename,"RECREATE");
1016   if (fo.IsOpen()) {
1017     fo.cd();
1018     fo.WriteObject(ar,"TRDAlignObjs","kSingleKey");
1019     fo.Close();
1020   }
1021   else AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1022
1023   delete ar;
1024
1025 }
1026
1027 //_____________________________________________________________________________
1028 void AliTRDalignment::WriteDB(char *filename, int run0, int run1)
1029 {
1030   //
1031   // dumping on a DB-like file
1032   //
1033
1034   TClonesArray   *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1035   NumbersToAr(ar);
1036   const Char_t *path = "TRD/Align/Data";
1037   AliCDBId id(path,run0,run1);
1038   AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1039   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1040   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1041   AliCDBEntry    *e  = new AliCDBEntry(ar, id, md);
1042   TFile fi(filename,"RECREATE");
1043   if (fi.IsOpen()) {
1044     e->Write();
1045     fi.Close();
1046   }
1047   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
1048
1049   delete e;
1050   delete md;
1051   delete ar;
1052
1053   return;
1054
1055 }
1056
1057 //_____________________________________________________________________________
1058 void AliTRDalignment::WriteDB(char *db, char *path, int run0, int run1)
1059 {
1060   //
1061   // store the alignment data in database
1062   //
1063
1064   TClonesArray   *ar      = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1065   NumbersToAr(ar);
1066   AliCDBManager  *cdb     = AliCDBManager::Instance();
1067   AliCDBStorage  *storLoc = cdb->GetStorage(db);
1068   AliCDBMetaData *md      = new AliCDBMetaData();
1069   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1070   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1071   AliCDBId id(path,run0,run1);
1072   storLoc->Put(ar,id,md);
1073   md->Delete();
1074   delete ar;
1075
1076 }
1077
1078 //_____________________________________________________________________________
1079 void AliTRDalignment::WriteGeo(char *filename)
1080 {
1081   //
1082   // apply misalignment to current geometry and store the
1083   // resulting geometry on a root file
1084   //
1085
1086   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1087   NumbersToAr(ar);
1088   delete ar;
1089   gGeoManager->Export(filename);
1090
1091 }
1092
1093 //_____________________________________________________________________________
1094 double AliTRDalignment::GetSmRMS(int xyz) const
1095 {
1096   //
1097   // rms fSm[][xyz]
1098   //
1099
1100   double s1 = 0.0;
1101   double s2 = 0.0;
1102   for (int i = 0; i < 18; i++) {
1103     s1 += fSm[i][xyz];
1104     s2 += fSm[i][xyz]*fSm[i][xyz];
1105   }
1106   double rms2 = s2/18.0 - s1*s1/18.0/18.0;
1107
1108   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1109
1110 }
1111
1112 //_____________________________________________________________________________
1113 double AliTRDalignment::GetChRMS(int xyz) const
1114 {
1115   //
1116   // rms fCh[][xyz]
1117   //
1118
1119   double s1 =0.0;
1120   double s2 =0.0;
1121   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1122     s1 += fCh[i][xyz];
1123     s2 += fCh[i][xyz]*fCh[i][xyz];
1124   }
1125   double rms2 = s2/540.0 - s1*s1/540.0/540.0;
1126
1127   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1128
1129 }
1130
1131 //_____________________________________________________________________________
1132 void AliTRDalignment::PrintSmRMS() const
1133 {
1134   //
1135   // dump rms of fSm
1136   //
1137
1138   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  supermodule rms\n"
1139         ,GetSmRMS(0),GetSmRMS(1),GetSmRMS(2),GetSmRMS(3),GetSmRMS(4),GetSmRMS(5));
1140
1141 }
1142
1143 //_____________________________________________________________________________
1144 void AliTRDalignment::PrintChRMS() const
1145 {
1146   //
1147   // dump rms of fCh
1148   //
1149
1150   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  chamber rms\n"
1151         ,GetChRMS(0),GetChRMS(1),GetChRMS(2),GetChRMS(3),GetChRMS(4),GetChRMS(5));
1152
1153 }
1154
1155 //_____________________________________________________________________________
1156 void AliTRDalignment::ArToNumbers(TClonesArray *ar)
1157 {
1158   //
1159   // for each of the alignment objects in array ar extract the six local
1160   // alignment parameters; recognize by name to which supermodule or chamber
1161   // the alignment object pertains; set the respective fSm or fCh
1162   //
1163
1164   ar->Sort();
1165   if (!IsGeoLoaded()) return;
1166   for (int i = 0; i < ar->GetEntries(); i++) {
1167     AliAlignObj *aao = (AliAlignObj *) ar->At(i);
1168     aao->ApplyToGeometry();
1169   }
1170   SetZero();
1171   ReadCurrentGeo();
1172
1173 }
1174
1175 //_____________________________________________________________________________
1176 void AliTRDalignment::NumbersToAr(TClonesArray *ar)
1177 {
1178   //
1179   // build array of AliAlignObj objects based on fSm and fCh data
1180   // at the same time, apply misalignment to the currently loaded geometry
1181   // it is important to apply misalignment of supermodules before creating
1182   // alignment objects for chambers
1183   //
1184
1185   if (!IsGeoLoaded()) return;
1186   TClonesArray &alobj = *ar;
1187   int nobj = 0;
1188   for (int i = 0; i <  18; i++) {
1189       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetSmName(i)
1190                                         ,0
1191                                         ,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2]
1192                                         ,fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
1193                                         ,0);
1194     ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1195     nobj++;
1196   }
1197
1198   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1199     if (gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i))) {
1200       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetChName(i)
1201                                          ,GetVoi(i)
1202                                          ,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2]
1203                                          ,fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
1204                                          ,0);
1205       ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1206       nobj++;
1207     }
1208   }
1209   AliInfo("current geometry modified");
1210
1211 }
1212
1213 //_____________________________________________________________________________
1214 int AliTRDalignment::IsGeoLoaded()
1215 {
1216   //
1217   // check whether a geometry is loaded
1218   // issue a warning if geometry is not ideal
1219   //
1220
1221   if (gGeoManager) {
1222     if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->GetEntries()) AliWarning("current geometry is not ideal");
1223     return 1;
1224   } else {
1225     AliError("first load geometry by calling TGeoManager::Import(filename)");
1226     return 0;
1227   }
1228
1229 }
1230
1231 //_____________________________________________________________________________