TRD/AliTRDdigitizer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 //  Creates and handles digits from TRD hits                                 //
  21 //  Author: C. Blume (C.Blume@gsi.de)                                        //
  22 //                                                                           //
  23 //  The following effects are included:                                      //
  24 //      - Diffusion                                                          //
  25 //      - ExB effects                                                        //
  26 //      - Gas gain including fluctuations                                    //
  27 //      - Pad-response (simple Gaussian approximation)                       //
  28 //      - Time-response                                                      //
  29 //      - Electronics noise                                                  //
  30 //      - Electronics gain                                                   //
  31 //      - Digitization                                                       //
  32 //      - ADC threshold                                                      //
  33 //  The corresponding parameter can be adjusted via the various              //
  34 //  Set-functions. If these parameters are not explicitly set, default       //
  35 //  values are used (see Init-function).                                     //
  36 //  As an example on how to use this class to produce digits from hits       //
  37 //  have a look at the macro hits2digits.C                                   //
  38 //  The production of summable digits is demonstrated in hits2sdigits.C      //
  39 //  and the subsequent conversion of the s-digits into normal digits is      //
  40 //  explained in sdigits2digits.C.                                           //
  41 //                                                                           //
  42 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  43
  44 #include <stdlib.h>
  45
  46 #include <TMath.h>
  47 #include <TVector.h>
  48 #include <TRandom.h>
  49 #include <TROOT.h>
  50 #include <TTree.h>
  51 #include <TFile.h>
  52 #include <TF1.h>
  53 #include <TList.h>
  54 #include <TTask.h>
  55
  56 #include "AliRun.h"
  57 #include "AliRunLoader.h"
  58 #include "AliLoader.h"
  59 #include "AliConfig.h"
  60 #include "AliMagF.h"
  61 #include "AliRunDigitizer.h"
  62 #include "AliRunLoader.h"
  63 #include "AliLoader.h"
  64
  65 #include "AliTRD.h"
  66 #include "AliTRDhit.h"
  67 #include "AliTRDdigitizer.h"
  68 #include "AliTRDdataArrayI.h"
  69 #include "AliTRDdataArrayF.h"
  70 #include "AliTRDsegmentArray.h"
  71 #include "AliTRDdigitsManager.h"
  72 #include "AliTRDgeometry.h"
  73 #include "AliTRDparameter.h"
  74
  75 ClassImp(AliTRDdigitizer)
  76
  77 //_____________________________________________________________________________
  78 AliTRDdigitizer::AliTRDdigitizer()
  79 {
  80   //
  81   // AliTRDdigitizer default constructor
  82   //
  83
  84   fRunLoader          = 0;
  85   fDigitsManager      = 0;
  86   fSDigitsManager     = 0;
  87   fSDigitsManagerList = 0;
  88   fTRD                = 0;
  89   fGeo                = 0;
  90   fPar                = 0;
  91   fEvent              = 0;
  92   fMasks              = 0;
  93   fCompress           = kTRUE;
  94   fDebug              = 0;
  95   fSDigits            = kFALSE;
  96   fSDigitsScale       = 0.0;
  97   fMergeSignalOnly    = kFALSE;
  98   fSimpleSim          = kFALSE;
  99   fSimpleDet          = 0;
 100
 101 }
 102
 103 //_____________________________________________________________________________
 104 AliTRDdigitizer::AliTRDdigitizer(const Text_t *name, const Text_t *title)
 105                 :AliDigitizer(name,title)
 106 {
 107   //
 108   // AliTRDdigitizer constructor
 109   //
 110
 111   fRunLoader          = 0;
 112
 113   //NewIO: These data members probably are not needed anymore
 114   fDigitsManager      = 0;
 115   fSDigitsManager     = 0;
 116   fSDigitsManagerList = 0;
 117   fTRD                = 0;
 118   fGeo                = 0;
 119   fPar                = 0;
 120   //End NewIO comment
 121   fEvent              = 0;
 122   fMasks              = 0;
 123   fCompress           = kTRUE;
 124   fDebug              = 0;
 125   fSDigits            = kFALSE;
 126   fSDigitsScale       = 100.; // For the summable digits
 127   fMergeSignalOnly    = kFALSE;
 128   fSimpleSim          = kFALSE;
 129   fSimpleDet          = 0;
 130
 131
 132 }
 133
 134 //_____________________________________________________________________________
 135 AliTRDdigitizer::AliTRDdigitizer(AliRunDigitizer *manager
 136                                 , const Text_t *name, const Text_t *title)
 137                 :AliDigitizer(manager,name,title)
 138 {
 139   //
 140   // AliTRDdigitizer constructor
 141   //
 142
 143   fRunLoader          = 0;
 144   fDigitsManager      = 0;
 145   fSDigitsManager     = 0;
 146   fSDigitsManagerList = 0;
 147   fTRD                = 0;
 148   fGeo                = 0;
 149   fPar                = 0;
 150   fEvent              = 0;
 151   fMasks              = 0;
 152   fCompress           = kTRUE;
 153   fDebug              = 0;
 154   fSDigits            = kFALSE;
 155   fSDigitsScale       = 100.; // For the summable digits
 156   fMergeSignalOnly    = kFALSE;
 157   fSimpleSim          = kFALSE;
 158   fSimpleDet          = 0;
 159
 160
 161 }
 162
 163 //_____________________________________________________________________________
 164 AliTRDdigitizer::AliTRDdigitizer(AliRunDigitizer *manager)
 165                 :AliDigitizer(manager,"AliTRDdigitizer","TRD digitizer")
 166 {
 167   //
 168   // AliTRDdigitizer constructor
 169   //
 170
 171
 172   fRunLoader          = 0;
 173   fDigitsManager      = 0;
 174   fSDigitsManager     = 0;
 175   fSDigitsManagerList = 0;
 176   fTRD                = 0;
 177   fGeo                = 0;
 178   fPar                = 0;
 179   fEvent              = 0;
 180   fMasks              = 0;
 181   fCompress           = kTRUE;
 182   fDebug              = 0;
 183   fSDigits            = kFALSE;
 184   fSDigitsScale       = 100.;  // For the summable digits
 185   fMergeSignalOnly    = kFALSE;
 186   fSimpleSim          = kFALSE;
 187   fSimpleDet          = 0;
 188
 189
 190 }
 191
 192 //_____________________________________________________________________________
 193 AliTRDdigitizer::AliTRDdigitizer(const AliTRDdigitizer &d):AliDigitizer(d)
 194 {
 195   //
 196   // AliTRDdigitizer copy constructor
 197   //
 198
 199   ((AliTRDdigitizer &) d).Copy(*this);
 200
 201 }
 202
 203 //_____________________________________________________________________________
 204 AliTRDdigitizer::~AliTRDdigitizer()
 205 {
 206   //
 207   // AliTRDdigitizer destructor
 208   //
 209
 210
 211   if (fDigitsManager) {
 212     delete fDigitsManager;
 213     fDigitsManager = 0;
 214   }
 215
 216   fSDigitsManager = 0;
 217
 218   if (fSDigitsManagerList) {
 219     fSDigitsManagerList->Delete();
 220     delete fSDigitsManagerList;
 221     fSDigitsManagerList = 0;
 222   }
 223
 224   if (fMasks) {
 225     delete [] fMasks;
 226     fMasks = 0;
 227   }
 228
 229 }
 230
 231 //_____________________________________________________________________________
 232 AliTRDdigitizer &AliTRDdigitizer::operator=(const AliTRDdigitizer &d)
 233 {
 234   //
 235   // Assignment operator
 236   //
 237
 238   if (this != &d) ((AliTRDdigitizer &) d).Copy(*this);
 239   return *this;
 240
 241 }
 242
 243 //_____________________________________________________________________________
 244 void AliTRDdigitizer::Copy(TObject &d)
 245 {
 246   //
 247   // Copy function
 248   //
 249
 250   ((AliTRDdigitizer &) d).fRunLoader          = 0;
 251   ((AliTRDdigitizer &) d).fDigitsManager      = 0;
 252   ((AliTRDdigitizer &) d).fSDigitsManager     = 0;
 253   ((AliTRDdigitizer &) d).fSDigitsManagerList = 0;
 254   ((AliTRDdigitizer &) d).fTRD                = 0;
 255   ((AliTRDdigitizer &) d).fGeo                = 0;
 256   ((AliTRDdigitizer &) d).fPar                = 0;
 257   ((AliTRDdigitizer &) d).fEvent              = 0;
 258   ((AliTRDdigitizer &) d).fMasks              = 0;
 259   ((AliTRDdigitizer &) d).fCompress           = fCompress;
 260   ((AliTRDdigitizer &) d).fDebug              = fDebug  ;
 261   ((AliTRDdigitizer &) d).fSDigits            = fSDigits;
 262   ((AliTRDdigitizer &) d).fSDigitsScale       = fSDigitsScale;
 263   ((AliTRDdigitizer &) d).fMergeSignalOnly    = fMergeSignalOnly;
 264   ((AliTRDdigitizer &) d).fSimpleSim          = fSimpleSim;
 265   ((AliTRDdigitizer &) d).fSimpleDet          = fSimpleDet;
 266
 267 }
 268
 269 //_____________________________________________________________________________
 270 void AliTRDdigitizer::Exec(Option_t* option)
 271 {
 272   //
 273   // Executes the merging
 274   //
 275
 276   Int_t iInput;
 277
 278   AliTRDdigitsManager *sdigitsManager;
 279
 280   TString optionString = option;
 281   if (optionString.Contains("deb")) {
 282     fDebug = 1;
 283     if (optionString.Contains("2")) {
 284       fDebug = 2;
 285     }
 286     printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 287     printf("Called with debug option %d\n",fDebug);
 288   }
 289
 290   // The AliRoot file is already connected by the manager
 291   AliRunLoader* inrl;
 292
 293   if (gAlice)
 294    {
 295     if (fDebug > 0) {
 296       printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 297       printf("AliRun object found on file.\n");
 298     }
 299    }
 300   else {
 301     inrl = AliRunLoader::GetRunLoader(fManager->GetInputFolderName(0));
 302     inrl->LoadgAlice();
 303     gAlice = inrl->GetAliRun();
 304     if (!gAlice)
 305      {
 306        printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 307        printf("Could not find AliRun object.\n");
 308        return;
 309      }
 310   }
 311
 312   Int_t nInput = fManager->GetNinputs();
 313   fMasks = new Int_t[nInput];
 314   for (iInput = 0; iInput < nInput; iInput++) {
 315     fMasks[iInput] = fManager->GetMask(iInput);
 316   }
 317
 318   // Initialization
 319
 320   AliRunLoader* orl = AliRunLoader::GetRunLoader(fManager->GetOutputFolderName());
 321   if (InitDetector()) {
 322     AliLoader* ogime = orl->GetLoader("TRDLoader");
 323
 324     TTree* tree = 0;
 325     if (fSDigits)
 326       {
 327         //if we produce SDigits
 328         tree = ogime->TreeS();
 329         if (!tree)
 330           {
 331             ogime->MakeTree("S");
 332             tree = ogime->TreeS();
 333           }
 334       }
 335     else
 336       {//if we produce Digits
 337         tree = ogime->TreeD();
 338         if (!tree)
 339           {
 340             ogime->MakeTree("D");
 341             tree = ogime->TreeD();
 342           }
 343       }
 344     MakeBranch(tree);
 345   }
 346
 347   for (iInput = 0; iInput < nInput; iInput++) {
 348
 349     if (fDebug > 0) {
 350       printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 351       printf("Add input stream %d\n",iInput);
 352     }
 353
 354     // check if the input tree exists
 355     inrl = AliRunLoader::GetRunLoader(fManager->GetInputFolderName(iInput));
 356     AliLoader* gime = inrl->GetLoader("TRDLoader");
 357
 358     TTree * treees =  gime->TreeS();
 359     if (treees == 0x0)
 360      {
 361       if (gime->LoadSDigits())
 362        {
 363          Error("Exec","Error Occured while loading S. Digits for input %d.",iInput);
 364          return;
 365        }
 366       treees =  gime->TreeS();
 367      }
 368
 369     if (treees == 0x0) {
 370       printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 371       printf("Input stream %d does not exist\n",iInput);
 372       return;
 373     }
 374
 375     // Read the s-digits via digits manager
 376     sdigitsManager = new AliTRDdigitsManager();
 377     sdigitsManager->SetDebug(fDebug);
 378     sdigitsManager->SetSDigits(kTRUE);
 379
 380     AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fManager->GetInputFolderName(iInput));
 381     AliLoader* gimme = rl->GetLoader("TRDLoader");
 382     if (!gimme->TreeS()) gimme->LoadSDigits();
 383     sdigitsManager->ReadDigits(gimme->TreeS());
 384
 385     // Add the s-digits to the input list
 386     AddSDigitsManager(sdigitsManager);
 387
 388   }
 389
 390   // Convert the s-digits to normal digits
 391   if (fDebug > 0) {
 392     printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 393     printf("Do the conversion\n");
 394   }
 395   SDigits2Digits();
 396
 397   // Store the digits
 398   if (fDebug > 0) {
 399     printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 400     printf("Write the digits\n");
 401   }
 402
 403   fDigitsManager->WriteDigits();
 404
 405   //Write parameters
 406   orl->CdGAFile();
 407   if (!gFile->Get("TRDParameter")) GetParameter()->Write();
 408
 409   if (fDebug > 0) {
 410     printf("<AliTRDdigitizer::Exec> ");
 411     printf("Done\n");
 412   }
 413
 414   DeleteSDigitsManager();
 415
 416 }
 417
 418 //_____________________________________________________________________________
 419 Bool_t AliTRDdigitizer::Open(const Char_t *file, Int_t nEvent)
 420 {
 421   //
 422   // Opens a ROOT-file with TRD-hits and reads in the hit-tree
 423   //
 424
 425   // Connect the AliRoot file containing Geometry, Kine, and Hits
 426
 427
 428   TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;
 429   fRunLoader = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 430   if (!fRunLoader)
 431     fRunLoader = AliRunLoader::Open(file,AliConfig::fgkDefaultEventFolderName,
 432                                     "UPDATE");
 433
 434   if (!fRunLoader)
 435    {
 436      Error("Open","Can not open session for file %s.",file);
 437      return kFALSE;
 438    }
 439
 440   if (!fRunLoader->GetAliRun()) fRunLoader->LoadgAlice();
 441   gAlice = fRunLoader->GetAliRun();
 442
 443   if (gAlice) {
 444     if (fDebug > 0) {
 445       printf("<AliTRDdigitizer::Open> ");
 446       printf("AliRun object found on file.\n");
 447     }
 448   }
 449   else {
 450     printf("<AliTRDdigitizer::Open> ");
 451     printf("Could not find AliRun object.\n");
 452     return kFALSE;
 453   }
 454
 455   fEvent = nEvent;
 456
 457   // Import the Trees for the event nEvent in the file
 458   fRunLoader->GetEvent(fEvent);
 459
 460   AliLoader* loader = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader");
 461   if (!loader)
 462    {
 463      Error("Open","Can not get TRD loader from Run Loader");
 464      return kFALSE;
 465    }
 466
 467   if (InitDetector()) {
 468     TTree* tree = 0;
 469     if (fSDigits)
 470      {
 471      //if we produce SDigits
 472        tree = loader->TreeS();
 473        if (!tree)
 474         {
 475          loader->MakeTree("S");
 476          tree = loader->TreeS();
 477         }
 478      }
 479     else
 480      {//if we produce Digits
 481        tree = loader->TreeD();
 482        if (!tree)
 483         {
 484          loader->MakeTree("D");
 485          tree = loader->TreeD();
 486         }
 487      }
 488     return MakeBranch(tree);
 489   }
 490   else {
 491     return kFALSE;
 492   }
 493
 494 }
 495
 496 //_____________________________________________________________________________
 497 Bool_t AliTRDdigitizer::InitDetector()
 498 {
 499   //
 500   // Sets the pointer to the TRD detector and the geometry
 501   //
 502
 503   // Get the pointer to the detector class and check for version 1
 504   fTRD = (AliTRD *) gAlice->GetDetector("TRD");
 505   if (!fTRD) {
 506     printf("<AliTRDdigitizer::InitDetector> ");
 507     printf("No TRD module found\n");
 508     exit(1);
 509   }
 510   if (fTRD->IsVersion() != 1) {
 511     printf("<AliTRDdigitizer::InitDetector> ");
 512     printf("TRD must be version 1 (slow simulator).\n");
 513     exit(1);
 514   }
 515
 516   // Get the geometry
 517   fGeo = fTRD->GetGeometry();
 518   if (fDebug > 0) {
 519     printf("<AliTRDdigitizer::InitDetector> ");
 520     printf("Geometry version %d\n",fGeo->IsVersion());
 521   }
 522
 523   // Create a digits manager
 524   delete fDigitsManager;
 525   fDigitsManager = new AliTRDdigitsManager();
 526   fDigitsManager->SetSDigits(fSDigits);
 527   fDigitsManager->CreateArrays();
 528   fDigitsManager->SetEvent(fEvent);
 529   fDigitsManager->SetDebug(fDebug);
 530
 531   // The list for the input s-digits manager to be merged
 532   if (fSDigitsManagerList) {
 533     fSDigitsManagerList->Delete();
 534   } else {
 535     fSDigitsManagerList = new TList();
 536   }
 537
 538   return kTRUE;
 539
 540 }
 541
 542 //_____________________________________________________________________________
 543 Bool_t AliTRDdigitizer::MakeBranch(TTree* tree) const
 544 {
 545   //
 546   // Create the branches for the digits array
 547   //
 548
 549   return fDigitsManager->MakeBranch(tree);
 550
 551 }
 552
 553 //_____________________________________________________________________________
 554 Bool_t AliTRDdigitizer::MakeDigits()
 555 {
 556   //
 557   // Creates digits.
 558   //
 559
 560   ///////////////////////////////////////////////////////////////
 561   // Parameter
 562   ///////////////////////////////////////////////////////////////
 563
 564   // Converts number of electrons to fC
 565   const Double_t kEl2fC  = 1.602E-19 * 1.0E15;
 566
 567   ///////////////////////////////////////////////////////////////
 568
 569   // Number of pads included in the pad response
 570   const Int_t kNpad  = 3;
 571
 572   // Number of track dictionary arrays
 573   const Int_t kNDict = AliTRDdigitsManager::kNDict;
 574
 575   // Half the width of the amplification region
 576   const Float_t kAmWidth = AliTRDgeometry::AmThick() / 2.;
 577
 578   Int_t   iRow, iCol, iTime, iPad;
 579   Int_t   iDict  = 0;
 580   Int_t   nBytes = 0;
 581
 582   Int_t   totalSizeDigits = 0;
 583   Int_t   totalSizeDict0  = 0;
 584   Int_t   totalSizeDict1  = 0;
 585   Int_t   totalSizeDict2  = 0;
 586
 587   Int_t   timeTRDbeg = 0;
 588   Int_t   timeTRDend = 1;
 589
 590   Float_t pos[3];
 591   Float_t rot[3];
 592   Float_t xyz[3];
 593   Float_t padSignal[kNpad];
 594   Float_t signalOld[kNpad];
 595
 596   AliTRDdataArrayF *signals = 0;
 597   AliTRDdataArrayI *digits  = 0;
 598   AliTRDdataArrayI *dictionary[kNDict];
 599
 600   // Create a default parameter class if none is defined
 601   if (!fPar) {
 602     fPar = new AliTRDparameter("TRDparameter","Standard TRD parameter");
 603     if (fDebug > 0) {
 604       printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 605       printf("Create the default parameter object\n");
 606     }
 607   }
 608
 609   // Create a container for the amplitudes
 610   AliTRDsegmentArray *signalsArray
 611                      = new AliTRDsegmentArray("AliTRDdataArrayF"
 612                                              ,AliTRDgeometry::Ndet());
 613
 614   if (fPar->TRFOn()) {
 615     timeTRDbeg = ((Int_t) (-fPar->GetTRFlo() / fPar->GetTimeBinSize())) - 1;
 616     timeTRDend = ((Int_t) ( fPar->GetTRFhi() / fPar->GetTimeBinSize())) - 1;
 617     if (fDebug > 0) {
 618       printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 619       printf("Sample the TRF between -%d and %d\n",timeTRDbeg,timeTRDend);
 620     }
 621   }
 622
 623   Float_t elAttachProp = fPar->GetElAttachProp() / 100.;
 624
 625   if (!fGeo) {
 626     printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 627     printf("No geometry defined\n");
 628     return kFALSE;
 629   }
 630
 631   if (fDebug > 0) {
 632     printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 633     printf("Start creating digits.\n");
 634   }
 635
 636   AliLoader* gimme = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader");
 637   if (!gimme->TreeH()) gimme->LoadHits();
 638   TTree* hitTree = gimme->TreeH();
 639   if (hitTree == 0x0)
 640     {
 641       Error("MakeDigits","Can not get TreeH");
 642       return kFALSE;
 643     }
 644   fTRD->SetTreeAddress();
 645
 646   // Get the number of entries in the hit tree
 647   // (Number of primary particles creating a hit somewhere)
 648   Int_t nTrack = 1;
 649   if (!fSimpleSim) {
 650     nTrack = (Int_t) hitTree->GetEntries();
 651     if (fDebug > 0) {
 652       printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 653       printf("Found %d primary particles\n",nTrack);
 654     }
 655   }
 656
 657   Int_t detectorOld = -1;
 658   Int_t countHits   =  0;
 659
 660   // Loop through all entries in the tree
 661   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTrack; iTrack++) {
 662
 663     if (!fSimpleSim) {
 664       gAlice->ResetHits();
 665       nBytes += hitTree->GetEvent(iTrack);
 666     }
 667
 668     // Loop through the TRD hits
 669     Int_t iHit = 0;
 670     AliTRDhit *hit = (AliTRDhit *) fTRD->FirstHit(-1);
 671     while (hit) {
 672
 673       countHits++;
 674       iHit++;
 675
 676               pos[0]      = hit->X();
 677               pos[1]      = hit->Y();
 678               pos[2]      = hit->Z();
 679       Float_t q           = hit->GetCharge();
 680       Int_t   track       = hit->Track();
 681       Int_t   detector    = hit->GetDetector();
 682       Int_t   plane       = fGeo->GetPlane(detector);
 683       Int_t   sector      = fGeo->GetSector(detector);
 684       Int_t   chamber     = fGeo->GetChamber(detector);
 685       Int_t   nRowMax     = fPar->GetRowMax(plane,chamber,sector);
 686       Int_t   nColMax     = fPar->GetColMax(plane);
 687       Int_t   nTimeMax    = fPar->GetTimeMax();
 688       Int_t   nTimeBefore = fPar->GetTimeBefore();
 689       Int_t   nTimeAfter  = fPar->GetTimeAfter();
 690       Int_t   nTimeTotal  = fPar->GetTimeTotal();
 691       Float_t row0        = fPar->GetRow0(plane,chamber,sector);
 692       Float_t col0        = fPar->GetCol0(plane);
 693       Float_t time0       = fPar->GetTime0(plane);
 694       Float_t rowPadSize  = fPar->GetRowPadSize(plane,chamber,sector);
 695       Float_t colPadSize  = fPar->GetColPadSize(plane);
 696       Float_t timeBinSize = fPar->GetTimeBinSize();
 697       Float_t divideRow   = 1.0 / rowPadSize;
 698       Float_t divideCol   = 1.0 / colPadSize;
 699       Float_t divideTime  = 1.0 / timeBinSize;
 700
 701       if (fDebug > 1) {
 702         printf("Analyze hit no. %d ",iHit);
 703         printf("-----------------------------------------------------------\n");
 704         hit->Dump();
 705         printf("plane = %d, sector = %d, chamber = %d\n"
 706               ,plane,sector,chamber);
 707         printf("nRowMax = %d, nColMax = %d, nTimeMax = %d\n"
 708               ,nRowMax,nColMax,nTimeMax);
 709         printf("nTimeBefore = %d, nTimeAfter = %d, nTimeTotal = %d\n"
 710               ,nTimeBefore,nTimeAfter,nTimeTotal);
 711         printf("row0 = %f, col0 = %f, time0 = %f\n"
 712               ,row0,col0,time0);
 713         printf("rowPadSize = %f, colPadSize = %f, timeBinSize = %f\n"
 714                ,rowPadSize,colPadSize,timeBinSize);
 715       }
 716
 717       // Don't analyze test hits and switched off detectors
 718       if ((CheckDetector(plane,chamber,sector)) &&
 719           (((Int_t) q) != 0)) {
 720
 721         if (detector != detectorOld) {
 722
 723           if (fDebug > 1) {
 724             printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 725             printf("Get new container. New det = %d, Old det = %d\n"
 726                   ,detector,detectorOld);
 727           }
 728           // Compress the old one if enabled
 729           if ((fCompress) && (detectorOld > -1)) {
 730             if (fDebug > 1) {
 731               printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 732               printf("Compress the old container ...");
 733             }
 734             signals->Compress(1,0);
 735             for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
 736               dictionary[iDict]->Compress(1,0);
 737             }
 738             if (fDebug > 1) printf("done\n");
 739           }
 740           // Get the new container
 741           signals = (AliTRDdataArrayF *) signalsArray->At(detector);
 742           if (signals->GetNtime() == 0) {
 743             // Allocate a new one if not yet existing
 744             if (fDebug > 1) {
 745               printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 746               printf("Allocate a new container ... ");
 747             }
 748             signals->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
 749           }
 750           else if (fSimpleSim) {
 751             // Clear an old one for the simple simulation
 752             if (fDebug > 1) {
 753               printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 754               printf("Clear a old container ... ");
 755             }
 756             signals->Clear();
 757           }
 758           else {
 759             // Expand an existing one
 760             if (fCompress) {
 761               if (fDebug > 1) {
 762                 printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 763                 printf("Expand an existing container ... ");
 764               }
 765               signals->Expand();
 766             }
 767           }
 768           // The same for the dictionary
 769           if (!fSimpleSim) {
 770             for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
 771               dictionary[iDict] = fDigitsManager->GetDictionary(detector,iDict);
 772               if (dictionary[iDict]->GetNtime() == 0) {
 773                 dictionary[iDict]->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
 774               }
 775               else {
 776                 if (fCompress) dictionary[iDict]->Expand();
 777               }
 778             }
 779           }
 780           if (fDebug > 1) printf("done\n");
 781           detectorOld = detector;
 782         }
 783
 784         // Rotate the sectors on top of each other
 785         if (fSimpleSim) {
 786           rot[0] = pos[0];
 787           rot[1] = pos[1];
 788           rot[2] = pos[2];
 789         }
 790         else {
 791           fGeo->Rotate(detector,pos,rot);
 792         }
 793
 794         // The driftlength. It is negative if the hit is in the
 795         // amplification region.
 796         Float_t driftlength = time0 - rot[0];
 797
 798         // Take also the drift in the amplification region into account
 799         // The drift length is at the moment still the same, regardless of
 800         // the position relativ to the wire. This non-isochronity needs still
 801         // to be implemented.
 802         Float_t driftlengthL = TMath::Abs(driftlength + kAmWidth);
 803         if (fPar->ExBOn()) driftlengthL /= TMath::Sqrt(fPar->GetLorentzFactor());
 804
 805         // Loop over all electrons of this hit
 806         // TR photons produce hits with negative charge
 807         Int_t nEl = ((Int_t) TMath::Abs(q));
 808         for (Int_t iEl = 0; iEl < nEl; iEl++) {
 809
 810           xyz[0] = rot[0];
 811           xyz[1] = rot[1];
 812           xyz[2] = rot[2];
 813
 814           // Electron attachment
 815           if (fPar->ElAttachOn()) {
 816             if (gRandom->Rndm() < (driftlengthL * elAttachProp))
 817               continue;
 818           }
 819
 820           // Apply the diffusion smearing
 821           if (fPar->DiffusionOn()) {
 822             if (!(fPar->Diffusion(driftlengthL,xyz))) continue;
 823           }
 824
 825           // Apply E x B effects (depends on drift direction)
 826           if (fPar->ExBOn()) {
 827             if (!(fPar->ExB(driftlength+kAmWidth,xyz))) continue;
 828           }
 829
 830           // The electron position after diffusion and ExB in pad coordinates
 831           // The pad row (z-direction)
 832           Float_t rowDist   = xyz[2] - row0;
 833           Int_t   rowE      = ((Int_t) (rowDist * divideRow));
 834           if ((rowE < 0) || (rowE >= nRowMax)) continue;
 835           Float_t rowOffset = ((((Float_t) rowE) + 0.5) * rowPadSize) - rowDist;
 836
 837           // The pad column (rphi-direction)
 838           Float_t col0tilt  = fPar->Col0Tilted(col0,rowOffset,plane);
 839           Float_t colDist   = xyz[1] - col0tilt;
 840           Int_t   colE      = ((Int_t) (colDist * divideCol));
 841           if ((colE < 0) || (colE >= nColMax)) continue;
 842           Float_t colOffset = ((((Float_t) colE) + 0.5) * colPadSize) - colDist;
 843
 844           // The time bin (negative for hits in the amplification region)
 845           // In the amplification region the electrons drift from both sides
 846           // to the middle (anode wire plane)
 847           Float_t timeDist   = time0 - xyz[0];
 848           Float_t timeOffset = 0;
 849           Int_t   timeE      = 0;
 850           if (timeDist > 0) {
 851             // The time bin
 852             timeE      = ((Int_t) (timeDist * divideTime));
 853             // The distance of the position to the middle of the timebin
 854             timeOffset = ((((Float_t) timeE) + 0.5) * timeBinSize) - timeDist;
 855           }
 856           else {
 857             // Difference between half of the amplification gap width and
 858             // the distance to the anode wire
 859             Float_t anodeDist = kAmWidth - TMath::Abs(timeDist + kAmWidth);
 860             // The time bin
 861             timeE      = -1 * (((Int_t ) (anodeDist * divideTime)) + 1);
 862             // The distance of the position to the middle of the timebin
 863             timeOffset = ((((Float_t) timeE) + 0.5) * timeBinSize) + anodeDist;
 864           }
 865
 866           // Apply the gas gain including fluctuations
 867           Float_t ggRndm = 0.0;
 868           do {
 869             ggRndm = gRandom->Rndm();
 870           } while (ggRndm <= 0);
 871           Int_t signal = (Int_t) (-fPar->GetGasGain() * TMath::Log(ggRndm));
 872
 873           // Apply the pad response
 874           if (fPar->PRFOn()) {
 875             // The distance of the electron to the center of the pad
 876             // in units of pad width
 877             Float_t dist = - colOffset * divideCol;
 878             if (!(fPar->PadResponse(signal,dist,plane,padSignal))) continue;
 879           }
 880           else {
 881             padSignal[0] = 0.0;
 882             padSignal[1] = signal;
 883             padSignal[2] = 0.0;
 884           }
 885
 886           // Sample the time response inside the drift region
 887           // + additional time bins before and after.
 888           // The sampling is done always in the middle of the time bin
 889           for (Int_t iTimeBin = TMath::Max(timeE-timeTRDbeg,        -nTimeBefore)
 890                     ;iTimeBin < TMath::Min(timeE+timeTRDend,nTimeMax+nTimeAfter )
 891                     ;iTimeBin++) {
 892
 893             // Apply the time response
 894             Float_t timeResponse = 1.0;
 895             Float_t crossTalk    = 0.0;
 896             Float_t time         = (iTimeBin - timeE) * timeBinSize + timeOffset;
 897             if (fPar->TRFOn()) {
 898               timeResponse = fPar->TimeResponse(time);
 899             }
 900             if (fPar->CTOn()) {
 901               crossTalk    = fPar->CrossTalk(time);
 902             }
 903
 904             signalOld[0] = 0.0;
 905             signalOld[1] = 0.0;
 906             signalOld[2] = 0.0;
 907
 908             for (iPad = 0; iPad < kNpad; iPad++) {
 909
 910               Int_t colPos = colE + iPad - 1;
 911               if (colPos <        0) continue;
 912               if (colPos >= nColMax) break;
 913
 914               // Add the signals
 915               // Note: The time bin number is shifted by nTimeBefore to avoid negative
 916               // time bins. This has to be subtracted later.
 917               Int_t iCurrentTimeBin = iTimeBin + nTimeBefore;
 918               signalOld[iPad]  = signals->GetDataUnchecked(rowE,colPos,iCurrentTimeBin);
 919               if( colPos != colE ) {
 920                 signalOld[iPad] += padSignal[iPad] * (timeResponse + crossTalk);
 921               }
 922               else {
 923                 signalOld[iPad] += padSignal[iPad] * timeResponse;
 924               }
 925               signals->SetDataUnchecked(rowE,colPos,iCurrentTimeBin,signalOld[iPad]);
 926
 927               // Store the track index in the dictionary
 928               // Note: We store index+1 in order to allow the array to be compressed
 929               if ((signalOld[iPad] > 0) && (!fSimpleSim)) {
 930                 for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
 931                   Int_t oldTrack = dictionary[iDict]->GetDataUnchecked(rowE
 932                                                                       ,colPos
 933                                                                       ,iCurrentTimeBin);
 934                   if (oldTrack == track+1) break;
 935                   if (oldTrack ==       0) {
 936                     dictionary[iDict]->SetDataUnchecked(rowE,colPos,iCurrentTimeBin,track+1);
 937                     break;
 938                   }
 939                 }
 940               }
 941
 942             } // Loop: pads
 943
 944           } // Loop: time bins
 945
 946         } // Loop: electrons of a single hit
 947
 948       } // If: detector and test hit
 949
 950       hit = (AliTRDhit *) fTRD->NextHit();
 951
 952     } // Loop: hits of one primary track
 953
 954   } // Loop: primary tracks
 955
 956   if (fDebug > 0) {
 957     printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 958     printf("Finished analyzing %d hits\n",countHits);
 959   }
 960
 961   // The coupling factor
 962   Float_t coupling = fPar->GetPadCoupling()
 963                    * fPar->GetTimeCoupling();
 964
 965   // The conversion factor
 966   Float_t convert  = kEl2fC
 967                    * fPar->GetChipGain();
 968
 969   // Loop through all chambers to finalize the digits
 970   Int_t iDetBeg = 0;
 971   Int_t iDetEnd = AliTRDgeometry::Ndet();
 972   if (fSimpleSim) {
 973     iDetBeg = fSimpleDet;
 974     iDetEnd = iDetBeg + 1;
 975   }
 976   for (Int_t iDet = iDetBeg; iDet < iDetEnd; iDet++) {
 977
 978     Int_t plane       = fGeo->GetPlane(iDet);
 979     Int_t sector      = fGeo->GetSector(iDet);
 980     Int_t chamber     = fGeo->GetChamber(iDet);
 981     Int_t nRowMax     = fPar->GetRowMax(plane,chamber,sector);
 982     Int_t nColMax     = fPar->GetColMax(plane);
 983     Int_t nTimeMax    = fPar->GetTimeMax();
 984     Int_t nTimeTotal  = fPar->GetTimeTotal();
 985
 986     Double_t *inADC  = new Double_t[nTimeTotal];
 987     Double_t *outADC = new Double_t[nTimeTotal];
 988
 989     if (fDebug > 0) {
 990       printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
 991       printf("Digitization for chamber %d\n",iDet);
 992     }
 993
 994     // Add a container for the digits of this detector
 995     digits = fDigitsManager->GetDigits(iDet);
 996     // Allocate memory space for the digits buffer
 997     if (digits->GetNtime() == 0) {
 998       digits->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
 999     }
1000     else if (fSimpleSim) {
1001       digits->Clear();
1002     }
1003
1004     // Get the signal container
1005     signals = (AliTRDdataArrayF *) signalsArray->At(iDet);
1006     if (signals->GetNtime() == 0) {
1007       // Create missing containers
1008       signals->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
1009     }
1010     else {
1011       // Expand the container if neccessary
1012       if (fCompress) signals->Expand();
1013     }
1014     // Create the missing dictionary containers
1015     if (!fSimpleSim) {
1016       for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1017         dictionary[iDict] = fDigitsManager->GetDictionary(iDet,iDict);
1018         if (dictionary[iDict]->GetNtime() == 0) {
1019           dictionary[iDict]->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
1020         }
1021       }
1022     }
1023
1024     Int_t nDigits = 0;
1025
1026     // Don't create noise in detectors that are switched off
1027     if (CheckDetector(plane,chamber,sector)) {
1028
1029       // Create the digits for this chamber
1030       for (iRow  = 0; iRow  <  nRowMax;   iRow++ ) {
1031         for (iCol  = 0; iCol  <  nColMax;   iCol++ ) {
1032
1033           // Create summable digits
1034           if (fSDigits) {
1035
1036             for (iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1037               Float_t signalAmp = signals->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1038               signalAmp *= fSDigitsScale;
1039               signalAmp  = TMath::Min(signalAmp,(Float_t) 1.0e9);
1040               Int_t adc  = (Int_t) signalAmp;
1041               if (adc > 0) nDigits++;
1042               digits->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,adc);
1043             }
1044
1045           }
1046           // Create normal digits
1047           else {
1048
1049             for (iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1050               Float_t signalAmp = signals->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1051               // Pad and time coupling
1052               signalAmp *= coupling;
1053               // Add the noise, starting from minus ADC baseline in electrons
1054               Double_t baselineEl = fPar->GetADCbaseline() * (fPar->GetADCinRange()
1055                                                            / fPar->GetADCoutRange())
1056                                                            / convert;
1057               signalAmp  = TMath::Max((Double_t) gRandom->Gaus(signalAmp,fPar->GetNoise())
1058                                      ,-baselineEl);
1059               // Convert to mV
1060               signalAmp *= convert;
1061               // Add ADC baseline in mV
1062               signalAmp += fPar->GetADCbaseline() * (fPar->GetADCinRange()
1063                                                    / fPar->GetADCoutRange());
1064               // Convert to ADC counts. Set the overflow-bit fADCoutRange if the
1065               // signal is larger than fADCinRange
1066               Int_t adc  = 0;
1067               if (signalAmp >= fPar->GetADCinRange()) {
1068                 adc = ((Int_t) fPar->GetADCoutRange());
1069               }
1070               else {
1071                 adc = ((Int_t) (signalAmp * (fPar->GetADCoutRange()
1072                                            / fPar->GetADCinRange())));
1073               }
1074               inADC[iTime]  = adc;
1075               outADC[iTime] = adc;
1076             }
1077
1078             // Apply the tail cancelation via the digital filter
1079             if (fPar->TCOn()) {
1080               DeConvExp(inADC,outADC,nTimeTotal,fPar->GetTCnexp());
1081             }
1082
1083             for (iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1084               // Store the amplitude of the digit if above threshold
1085               if (outADC[iTime] > fPar->GetADCthreshold()) {
1086                 if (fDebug > 2) {
1087                   printf("  iRow = %d, iCol = %d, iTime = %d, adc = %f\n"
1088                         ,iRow,iCol,iTime,outADC[iTime]);
1089                 }
1090                 nDigits++;
1091                 digits->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,((Int_t) outADC[iTime]));
1092               }
1093             }
1094
1095           }
1096
1097         }
1098       }
1099
1100     }
1101
1102     // Compress the arrays
1103     if (!fSimpleSim) {
1104       digits->Compress(1,0);
1105       for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1106         dictionary[iDict]->Compress(1,0);
1107       }
1108
1109       totalSizeDigits += digits->GetSize();
1110       totalSizeDict0  += dictionary[0]->GetSize();
1111       totalSizeDict1  += dictionary[1]->GetSize();
1112       totalSizeDict2  += dictionary[2]->GetSize();
1113
1114       Float_t nPixel = nRowMax * nColMax * nTimeMax;
1115       if (fDebug > 0) {
1116         printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
1117         printf("Found %d digits in detector %d (%3.0f).\n"
1118               ,nDigits,iDet
1119               ,100.0 * ((Float_t) nDigits) / nPixel);
1120       }
1121
1122       if (fCompress) signals->Compress(1,0);
1123
1124     }
1125
1126     delete [] inADC;
1127     delete [] outADC;
1128
1129   }
1130
1131   if (signalsArray) {
1132     delete signalsArray;
1133     signalsArray = 0;
1134   }
1135
1136   if (fDebug > 0) {
1137     printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
1138     printf("Total number of analyzed hits = %d\n",countHits);
1139     if (!fSimpleSim) {
1140       printf("<AliTRDdigitizer::MakeDigits> ");
1141       printf("Total digits data size = %d, %d, %d, %d\n",totalSizeDigits
1142                                                         ,totalSizeDict0
1143                                                         ,totalSizeDict1
1144                                                         ,totalSizeDict2);
1145     }
1146   }
1147
1148   return kTRUE;
1149
1150 }
1151
1152 //_____________________________________________________________________________
1153 void AliTRDdigitizer::AddSDigitsManager(AliTRDdigitsManager *man)
1154 {
1155   //
1156   // Add a digits manager for s-digits to the input list.
1157   //
1158
1159   fSDigitsManagerList->Add(man);
1160
1161 }
1162
1163 //_____________________________________________________________________________
1164 void AliTRDdigitizer::DeleteSDigitsManager()
1165 {
1166   //
1167   // Removes digits manager from the input list.
1168   //
1169
1170   fSDigitsManagerList->Delete();
1171
1172 }
1173
1174 //_____________________________________________________________________________
1175 Bool_t AliTRDdigitizer::ConvertSDigits()
1176 {
1177   //
1178   // Converts s-digits to normal digits
1179   //
1180
1181   // Number of track dictionary arrays
1182   const Int_t    kNDict = AliTRDdigitsManager::kNDict;
1183
1184   // Converts number of electrons to fC
1185   const Double_t kEl2fC = 1.602E-19 * 1.0E15;
1186
1187   Int_t iDict = 0;
1188   Int_t iRow;
1189   Int_t iCol;
1190   Int_t iTime;
1191
1192   if (!fPar) {
1193     fPar = new AliTRDparameter("TRDparameter","Standard parameter");
1194     if (fDebug > 0) {
1195       printf("<AliTRDdigitizer::ConvertSDigits> ");
1196       printf("Create the default parameter object\n");
1197     }
1198   }
1199
1200   Double_t sDigitsScale = 1.0 / GetSDigitsScale();
1201   Double_t noise        = fPar->GetNoise();
1202   Double_t padCoupling  = fPar->GetPadCoupling();
1203   Double_t timeCoupling = fPar->GetTimeCoupling();
1204   Double_t chipGain     = fPar->GetChipGain();
1205   Double_t coupling     = padCoupling * timeCoupling;
1206   Double_t convert      = kEl2fC * chipGain;
1207   Double_t adcInRange   = fPar->GetADCinRange();
1208   Double_t adcOutRange  = fPar->GetADCoutRange();
1209   Int_t    adcThreshold = fPar->GetADCthreshold();
1210   Int_t    adcBaseline  = fPar->GetADCbaseline();
1211
1212   AliTRDdataArrayI *digitsIn;
1213   AliTRDdataArrayI *digitsOut;
1214   AliTRDdataArrayI *dictionaryIn[kNDict];
1215   AliTRDdataArrayI *dictionaryOut[kNDict];
1216
1217   // Loop through the detectors
1218   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliTRDgeometry::Ndet(); iDet++) {
1219
1220     if (fDebug > 0) {
1221       printf("<AliTRDdigitizer::ConvertSDigits> ");
1222       printf("Convert detector %d to digits.\n",iDet);
1223     }
1224
1225     Int_t plane      = fGeo->GetPlane(iDet);
1226     Int_t sector     = fGeo->GetSector(iDet);
1227     Int_t chamber    = fGeo->GetChamber(iDet);
1228     Int_t nRowMax    = fPar->GetRowMax(plane,chamber,sector);
1229     Int_t nColMax    = fPar->GetColMax(plane);
1230     Int_t nTimeTotal = fPar->GetTimeTotal();
1231
1232     Double_t *inADC  = new Double_t[nTimeTotal];
1233     Double_t *outADC = new Double_t[nTimeTotal];
1234
1235     digitsIn  = fSDigitsManager->GetDigits(iDet);
1236     digitsIn->Expand();
1237     digitsOut = fDigitsManager->GetDigits(iDet);
1238     digitsOut->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
1239     for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1240       dictionaryIn[iDict]  = fSDigitsManager->GetDictionary(iDet,iDict);
1241       dictionaryIn[iDict]->Expand();
1242       dictionaryOut[iDict] = fDigitsManager->GetDictionary(iDet,iDict);
1243       dictionaryOut[iDict]->Allocate(nRowMax,nColMax,nTimeTotal);
1244     }
1245
1246     for (iRow  = 0; iRow  <  nRowMax;   iRow++ ) {
1247       for (iCol  = 0; iCol  <  nColMax;   iCol++ ) {
1248
1249         for (iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1250           Double_t signal = (Double_t) digitsIn->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1251           signal *= sDigitsScale;
1252           // Pad and time coupling
1253           signal *= coupling;
1254           // Add the noise, starting from minus ADC baseline in electrons
1255           Double_t baselineEl = adcBaseline * (adcInRange / adcOutRange) / convert;
1256           signal  = TMath::Max((Double_t) gRandom->Gaus(signal,noise),-baselineEl);
1257           // Convert to mV
1258           signal *= convert;
1259           // add ADC baseline in mV
1260           signal += adcBaseline * (adcInRange / adcOutRange);
1261           // Convert to ADC counts. Set the overflow-bit adcOutRange if the
1262           // signal is larger than adcInRange
1263           Int_t adc  = 0;
1264           if (signal >= adcInRange) {
1265             adc = ((Int_t) adcOutRange);
1266           }
1267           else {
1268             adc = ((Int_t) (signal * (adcOutRange / adcInRange)));
1269           }
1270           inADC[iTime]  = adc;
1271           outADC[iTime] = adc;
1272         }
1273
1274         // Apply the tail cancelation via the digital filter
1275         if (fPar->TCOn()) {
1276           DeConvExp(inADC,outADC,nTimeTotal,fPar->GetTCnexp());
1277         }
1278
1279         for (iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1280           // Store the amplitude of the digit if above threshold
1281           if (outADC[iTime] > adcThreshold) {
1282             digitsOut->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,((Int_t) outADC[iTime]));
1283             // Copy the dictionary
1284             for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1285               Int_t track = dictionaryIn[iDict]->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1286               dictionaryOut[iDict]->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,track);
1287             }
1288           }
1289         }
1290
1291       }
1292     }
1293
1294     if (fCompress) {
1295       digitsIn->Compress(1,0);
1296       digitsOut->Compress(1,0);
1297       for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1298         dictionaryIn[iDict]->Compress(1,0);
1299         dictionaryOut[iDict]->Compress(1,0);
1300       }
1301     }
1302
1303     delete [] inADC;
1304     delete [] outADC;
1305
1306   }
1307
1308   return kTRUE;
1309
1310 }
1311
1312 //_____________________________________________________________________________
1313 Bool_t AliTRDdigitizer::MergeSDigits()
1314 {
1315   //
1316   // Merges the input s-digits:
1317   //   - The amplitude of the different inputs are summed up.
1318   //   - Of the track IDs from the input dictionaries only one is
1319   //     kept for each input. This works for maximal 3 different merged inputs.
1320   //
1321
1322   // Number of track dictionary arrays
1323   const Int_t kNDict = AliTRDdigitsManager::kNDict;
1324
1325   if (!fPar) {
1326     fPar = new AliTRDparameter("TRDparameter","Standard parameter");
1327     if (fDebug > 0) {
1328       printf("<AliTRDdigitizer::MergeSDigits> ");
1329       printf("Create the default parameter object\n");
1330     }
1331   }
1332
1333   Int_t iDict = 0;
1334   Int_t jDict = 0;
1335
1336   AliTRDdataArrayI *digitsA;
1337   AliTRDdataArrayI *digitsB;
1338   AliTRDdataArrayI *dictionaryA[kNDict];
1339   AliTRDdataArrayI *dictionaryB[kNDict];
1340
1341   // Get the first s-digits
1342   fSDigitsManager = (AliTRDdigitsManager *) fSDigitsManagerList->First();
1343   if (!fSDigitsManager) return kFALSE;
1344
1345   // Loop through the other sets of s-digits
1346   AliTRDdigitsManager *mergeSDigitsManager;
1347   mergeSDigitsManager = (AliTRDdigitsManager *)
1348                         fSDigitsManagerList->After(fSDigitsManager);
1349
1350   if (fDebug > 0) {
1351     if (mergeSDigitsManager) {
1352       printf("<AliTRDdigitizer::MergeSDigits> ");
1353       printf("Merge %d input files.\n",fSDigitsManagerList->GetSize());
1354     }
1355     else {
1356       printf("<AliTRDdigitizer::MergeSDigits> ");
1357       printf("Only one input file.\n");
1358     }
1359   }
1360
1361   Int_t iMerge = 0;
1362   while (mergeSDigitsManager) {
1363
1364     iMerge++;
1365
1366     // Loop through the detectors
1367     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliTRDgeometry::Ndet(); iDet++) {
1368
1369       Int_t plane      = fGeo->GetPlane(iDet);
1370       Int_t sector     = fGeo->GetSector(iDet);
1371       Int_t chamber    = fGeo->GetChamber(iDet);
1372       Int_t nRowMax    = fPar->GetRowMax(plane,chamber,sector);
1373       Int_t nColMax    = fPar->GetColMax(plane);
1374       Int_t nTimeTotal = fPar->GetTimeTotal();
1375
1376       // Loop through the pixels of one detector and add the signals
1377       digitsA = fSDigitsManager->GetDigits(iDet);
1378       digitsB = mergeSDigitsManager->GetDigits(iDet);
1379       digitsA->Expand();
1380       digitsB->Expand();
1381       for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1382         dictionaryA[iDict] = fSDigitsManager->GetDictionary(iDet,iDict);
1383         dictionaryB[iDict] = mergeSDigitsManager->GetDictionary(iDet,iDict);
1384         dictionaryA[iDict]->Expand();
1385         dictionaryB[iDict]->Expand();
1386       }
1387
1388       // Merge only detectors that contain a signal
1389       Bool_t doMerge = kTRUE;
1390       if (fMergeSignalOnly) {
1391         if (digitsA->GetOverThreshold(0) == 0) {
1392           doMerge = kFALSE;
1393         }
1394       }
1395
1396       if (doMerge) {
1397
1398         if (fDebug > 0) {
1399           printf("<AliTRDdigitizer::MergeSDigits> ");
1400           printf("Merge detector %d of input no.%d\n",iDet,iMerge+1);
1401         }
1402
1403         for (Int_t iRow  = 0; iRow  <  nRowMax;   iRow++ ) {
1404           for (Int_t iCol  = 0; iCol  <  nColMax;   iCol++ ) {
1405             for (Int_t iTime = 0; iTime < nTimeTotal; iTime++) {
1406
1407               // Add the amplitudes of the summable digits
1408               Int_t ampA = digitsA->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1409               Int_t ampB = digitsB->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1410               ampA += ampB;
1411               digitsA->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,ampA);
1412
1413              // Add the mask to the track id if defined.
1414               for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1415                 Int_t trackB = dictionaryB[iDict]->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1416                 if ((fMasks) && (trackB > 0)) {
1417                   for (jDict = 0; jDict < kNDict; jDict++) {
1418                     Int_t trackA = dictionaryA[iDict]->GetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime);
1419                     if (trackA == 0) {
1420                       trackA = trackB + fMasks[iMerge];
1421                       dictionaryA[iDict]->SetDataUnchecked(iRow,iCol,iTime,trackA);
1422                     }
1423                   }
1424                 }
1425               }
1426
1427             }
1428           }
1429         }
1430
1431       }
1432
1433       if (fCompress) {
1434         digitsA->Compress(1,0);
1435         digitsB->Compress(1,0);
1436         for (iDict = 0; iDict < kNDict; iDict++) {
1437           dictionaryA[iDict]->Compress(1,0);
1438           dictionaryB[iDict]->Compress(1,0);
1439         }
1440       }
1441
1442     }
1443
1444     // The next set of s-digits
1445     mergeSDigitsManager = (AliTRDdigitsManager *)
1446                           fSDigitsManagerList->After(mergeSDigitsManager);
1447
1448   }
1449
1450   return kTRUE;
1451
1452 }
1453
1454 //_____________________________________________________________________________
1455 Bool_t AliTRDdigitizer::SDigits2Digits()
1456 {
1457   //
1458   // Merges the input s-digits and converts them to normal digits
1459   //
1460
1461   if (!MergeSDigits()) return kFALSE;
1462
1463   return ConvertSDigits();
1464
1465 }
1466
1467 //_____________________________________________________________________________
1468 Bool_t AliTRDdigitizer::CheckDetector(Int_t plane, Int_t chamber, Int_t sector)
1469 {
1470   //
1471   // Checks whether a detector is enabled
1472   //
1473
1474   if (fSimpleSim) return kTRUE;
1475
1476   if ((fTRD->GetSensChamber() >=       0) &&
1477       (fTRD->GetSensChamber() != chamber)) return kFALSE;
1478   if ((fTRD->GetSensPlane()   >=       0) &&
1479       (fTRD->GetSensPlane()   !=   plane)) return kFALSE;
1480   if ( fTRD->GetSensSector()  >=       0) {
1481     Int_t sens1 = fTRD->GetSensSector();
1482     Int_t sens2 = sens1 + fTRD->GetSensSectorRange();
1483     sens2 -= ((Int_t) (sens2 / AliTRDgeometry::Nsect()))
1484            * AliTRDgeometry::Nsect();
1485     if (sens1 < sens2) {
1486       if ((sector < sens1) || (sector >= sens2)) return kFALSE;
1487     }
1488     else {
1489       if ((sector < sens1) && (sector >= sens2)) return kFALSE;
1490     }
1491   }
1492
1493   return kTRUE;
1494
1495 }
1496
1497 //_____________________________________________________________________________
1498 Bool_t AliTRDdigitizer::WriteDigits() const
1499 {
1500   //
1501   // Writes out the TRD-digits and the dictionaries
1502   //
1503
1504   // Store the digits and the dictionary in the tree
1505   return fDigitsManager->WriteDigits();
1506
1507 }
1508
1509 //_____________________________________________________________________________
1510 void AliTRDdigitizer::DeConvExp(Double_t *source, Double_t *target
1511                               , Int_t n, Int_t nexp)
1512 {
1513   //
1514   // Does the deconvolution by the digital filter.
1515   //
1516   // Author:        Marcus Gutfleisch, KIP Heidelberg
1517   // Optimized for: New TRF from Venelin Angelov, simulated with CADENCE
1518   //                Pad-ground capacitance = 25 pF
1519   //                Pad-pad cross talk capacitance = 6 pF
1520   //                For 10 MHz digitization, corresponding to 20 time bins
1521   //                in the drift region
1522   //
1523
1524   Double_t rates[2];
1525   Double_t coefficients[2];
1526
1527   /* initialize (coefficient = alpha, rates = lambda) */
1528
1529   if( nexp == 1 ) {
1530     rates[0] = 0.466998;
1531     /* no rescaling */
1532     coefficients[0] = 1.0;
1533   }
1534   if( nexp == 2 ) {
1535     rates[0] = 0.8988162;
1536     coefficients[0] = 0.11392069;
1537     rates[1] = 0.3745688;
1538     coefficients[1] = 0.8860793;
1539     /* no rescaling */
1540     Float_t sumc = coefficients[0]+coefficients[1];
1541     coefficients[0] /= sumc;
1542     coefficients[1] /= sumc;
1543   }
1544
1545   Int_t i, k;
1546   Double_t reminder[2];
1547   Double_t correction, result;
1548
1549   /* attention: computation order is important */
1550   correction=0.0;
1551   for ( k = 0; k < nexp; k++ ) reminder[k]=0.0;
1552
1553   for ( i = 0; i < n; i++ ) {
1554     result = ( source[i] - correction );    /* no rescaling */
1555     target[i] = result;
1556
1557     for ( k = 0; k < nexp; k++ ) reminder[k] = rates[k]
1558                              * ( reminder[k] + coefficients[k] * result);
1559
1560     correction=0.0;
1561     for ( k = 0; k < nexp; k++ ) correction += reminder[k];
1562   }
1563
1564 }
1565
1566 //_____________________________________________________________________________
1567 void AliTRDdigitizer::InitOutput(Int_t iEvent)
1568 {
1569   //
1570   // Initializes the output branches
1571   //
1572
1573   fEvent = iEvent;
1574
1575   if (!fRunLoader)
1576    {
1577      Error("InitOutput","Run Loader is NULL");
1578      return;
1579    }
1580   AliLoader* loader = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader");
1581   if (!loader)
1582    {
1583      Error("Open","Can not get TRD loader from Run Loader");
1584      return;
1585    }
1586
1587   TTree* tree = 0;
1588
1589   if (fSDigits)
1590    {
1591    //if we produce SDigits
1592     tree = loader->TreeS();
1593     if (!tree)
1594      {
1595       loader->MakeTree("S");
1596       tree = loader->TreeS();
1597      }
1598    }
1599   else
1600    {//if we produce Digits
1601      tree = loader->TreeD();
1602      if (!tree)
1603       {
1604        loader->MakeTree("D");
1605        tree = loader->TreeD();
1606       }
1607    }
1608   fDigitsManager->SetEvent(iEvent);
1609   fDigitsManager->MakeBranch(tree);
1610
1611 }