detailed analysis of pad rows sets of clusters attached to tracklets
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TLinearFitter.h"
40 #include "TClonesArray.h" // tmp
41 #include <TTreeStream.h>
42
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliMathBase.h"
45 #include "AliCDBManager.h"
46 #include "AliTracker.h"
47
48 #include "AliTRDpadPlane.h"
49 #include "AliTRDcluster.h"
50 #include "AliTRDseedV1.h"
51 #include "AliTRDtrackV1.h"
52 #include "AliTRDcalibDB.h"
53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
56 #include "AliTRDrecoParam.h"
57 #include "AliTRDCommonParam.h"
58
59 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
60 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
61 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
62
63 ClassImp(AliTRDseedV1)
64
65 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterY = NULL;
66 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterZ = NULL;
67
68 //____________________________________________________________________
69 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
70   :AliTRDtrackletBase()
71   ,fkReconstructor(NULL)
72   ,fClusterIter(NULL)
73   ,fExB(0.)
74   ,fVD(0.)
75   ,fT0(0.)
76   ,fS2PRF(0.)
77   ,fDiffL(0.)
78   ,fDiffT(0.)
79   ,fClusterIdx(0)
80   ,fErrorMsg(0)
81   ,fN(0)
82   ,fDet(det)
83   ,fPt(0.)
84   ,fdX(0.)
85   ,fX0(0.)
86   ,fX(0.)
87   ,fY(0.)
88   ,fZ(0.)
89   ,fS2Y(0.)
90   ,fS2Z(0.)
91   ,fC(0.)
92   ,fChi2(0.)
93 {
94   //
95   // Constructor
96   //
97   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
98   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
99   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
100   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
101   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
102   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
103   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
104   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
105   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
106   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
107   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
108   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
109   // covariance matrix [diagonal]
110   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
111   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
112   SetStandAlone(kFALSE);
113 }
114
115 //____________________________________________________________________
116 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
117   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
118   ,fkReconstructor(NULL)
119   ,fClusterIter(NULL)
120   ,fExB(0.)
121   ,fVD(0.)
122   ,fT0(0.)
123   ,fS2PRF(0.)
124   ,fDiffL(0.)
125   ,fDiffT(0.)
126   ,fClusterIdx(0)
127   ,fErrorMsg(0)
128   ,fN(0)
129   ,fDet(-1)
130   ,fPt(0.)
131   ,fdX(0.)
132   ,fX0(0.)
133   ,fX(0.)
134   ,fY(0.)
135   ,fZ(0.)
136   ,fS2Y(0.)
137   ,fS2Z(0.)
138   ,fC(0.)
139   ,fChi2(0.)
140 {
141   //
142   // Copy Constructor performing a deep copy
143   //
144   if(this != &ref){
145     ref.Copy(*this);
146   }
147   SetBit(kOwner, kFALSE);
148   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
149 }
150
151
152 //____________________________________________________________________
153 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
154 {
155   //
156   // Assignment Operator using the copy function
157   //
158
159   if(this != &ref){
160     ref.Copy(*this);
161   }
162   SetBit(kOwner, kFALSE);
163
164   return *this;
165 }
166
167 //____________________________________________________________________
168 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
169 {
170   //
171   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
172   //
173
174   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
175
176   if(IsOwner()) {
177     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
178       if(!fClusters[itb]) continue; 
179       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
180       delete fClusters[itb];
181       fClusters[itb] = NULL;
182     }
183   }
184 }
185
186 //____________________________________________________________________
187 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
188 {
189   //
190   // Copy function
191   //
192
193   //AliInfo("");
194   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
195
196   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
197   target.fClusterIter   = NULL;
198   target.fExB           = fExB;
199   target.fVD            = fVD;
200   target.fT0            = fT0;
201   target.fS2PRF         = fS2PRF;
202   target.fDiffL         = fDiffL;
203   target.fDiffT         = fDiffT;
204   target.fClusterIdx    = 0;
205   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
206   target.fN             = fN;
207   target.fDet           = fDet;
208   target.fPt            = fPt;
209   target.fdX            = fdX;
210   target.fX0            = fX0;
211   target.fX             = fX;
212   target.fY             = fY;
213   target.fZ             = fZ;
214   target.fS2Y           = fS2Y;
215   target.fS2Z           = fS2Z;
216   target.fC             = fC;
217   target.fChi2          = fChi2;
218   
219   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
220   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
221   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
222   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
223   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
224   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
225   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
226   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
227   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
228   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
229   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
230   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
231   
232   TObject::Copy(ref);
233 }
234
235
236 //____________________________________________________________
237 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
238 {
239 // Initialize this tracklet using the track information
240 //
241 // Parameters:
242 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
243 // 
244 // Detailed description
245 // The function sets the starting point and direction of the
246 // tracklet according to the information from the TRD track.
247 // 
248 // Caution
249 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
250 // chamber where the tracklet will be constructed
251 //
252
253   Double_t y, z; 
254   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
255   Update(track);
256   return kTRUE;
257 }
258
259
260 //_____________________________________________________________________________
261 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
262 {
263 //
264 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
265 //
266   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
267   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
268   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
269   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
270
271   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
272   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
273   fClusterIdx=0;
274   fErrorMsg = 0;
275   fDet=-1;
276   fPt=0.;
277   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
278   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
279   fC=0.; fChi2 = 0.;
280
281   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
282   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
283   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
284   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
285   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
286   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
287   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
288   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
289   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
290   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
291   // covariance matrix [diagonal]
292   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
293   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
294 }
295
296 //____________________________________________________________________
297 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
298
299   // update tracklet reference position from the TRD track
300
301   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
302   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
303   fPt = trk->Pt();
304   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp); 
305   fYref[1] = fSnp*norm;
306   fZref[1] = fTgl*norm;
307   SetCovRef(trk->GetCovariance());
308
309   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
310   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
311   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
312 }
313
314 //_____________________________________________________________________________
315 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
316 {
317   //
318   // Calculate number of used clusers in the tracklet
319   //
320
321   Int_t nused = 0, nshared = 0;
322   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
323     if (!fClusters[i]) continue;
324     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
325       nused++;
326     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
327       if(IsStandAlone()) nused++;
328       else nshared++;
329     }
330   }
331   SetNUsed(nused);
332   SetNShared(nshared);
333 }
334
335 //_____________________________________________________________________________
336 void AliTRDseedV1::UseClusters()
337 {
338   //
339   // Use clusters
340   //
341   // In stand alone mode:
342   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
343   // removed from the tracklet
344   //
345   // In barrel mode:
346   // - Clusters which are used by another track become shared
347   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
348   //
349   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
350   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
351     if(!(*c)) continue;
352     if(IsStandAlone()){
353       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
354         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
355         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
356         (*c) = NULL;
357         fIndexes[ic] = -1;
358         SetN(GetN()-1);
359         continue;
360       }
361     } else {
362       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
363         (*c)->SetShared();
364         continue;
365       }
366     }
367     (*c)->Use();
368   }
369 }
370
371
372
373 //____________________________________________________________________
374 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
375 {
376 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
377 //
378 // Parameters:
379 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
380 // Output:
381 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
382 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
383 //
384 // Detailed description
385 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
386 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
387 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
388 //
389 // The following effects are included in the calculation:
390 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
391 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
392 // 3. cluster size
393 //
394
395   Int_t nclusters[kNslices]; 
396   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
397   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
398
399   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
400
401   AliTRDcluster *c = NULL;
402   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
403     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
404     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
405     
406     // Filter clusters for dE/dx calculation
407     
408     // 1.consider calibration effects for slice determination
409     Int_t slice;
410     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber() 
411       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
412     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
413
414
415     // 2. take sharing into account
416     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
417     
418     // 3. take into account large clusters TODO
419     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
420     
421     //CHECK !!!
422     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
423     nclusters[slice]++;
424   } // End of loop over clusters
425
426   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
427   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
428   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
429     for(int is=0; is<nslices; is++){ 
430       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
431     }
432   }
433 }
434
435 //_____________________________________________________________________________
436 void AliTRDseedV1::CookLabels()
437 {
438   //
439   // Cook 2 labels for seed
440   //
441
442   Int_t labels[200];
443   Int_t out[200];
444   Int_t nlab = 0;
445   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
446     if (!fClusters[i]) continue;
447     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
448       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
449         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
450         nlab++;
451       }
452     }
453   }
454
455   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
456   fLabels[0] = out[0];
457   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
458 }
459
460
461 //____________________________________________________________________
462 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
463 {
464 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
465 // the charge per unit length can be written as:
466 // BEGIN_LATEX
467 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
468 // END_LATEX
469 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
470 // of the time bin. 
471 // The following correction are applied :
472 //   - charge : pad row cross corrections
473 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
474 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
475 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
476 // 
477 //Begin_Html
478 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
479 //End_Html
480 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
481 // drift length [right] for different particle species is displayed.
482 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
483 //
484   Float_t dq = 0.;
485   // check whether both clusters are inside the chamber
486   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
487   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
488     hasClusterInChamber = kTRUE;
489     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
490   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
491     hasClusterInChamber = kTRUE;
492     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
493   }
494   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
495   if(dq<1.e-3) return 0.;
496
497   Double_t dx = fdX;
498   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
499     Float_t x2(0.), x1(0.);
500     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
501     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
502     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
503     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
504     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
505     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
506     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
507     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
508     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
509     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
510
511     dx = .5*(x2 - x1);
512   }
513   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
514   if(dl) (*dl) = dx;
515   return dq/dx;
516 }
517
518 //____________________________________________________________
519 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
520
521 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
522 // BEGIN_LATEX
523 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
524 // END_LATEX
525 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
526 // The estimated variance of the momentum is given by:
527 // BEGIN_LATEX
528 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
529 // END_LATEX
530 // which can be simplified to
531 // BEGIN_LATEX
532 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
533 // END_LATEX
534 //
535
536   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
537   Double_t p2 = p*p;
538   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
539   Double_t pt2 = fPt*fPt;
540   if(err){
541     Double_t s2 = 
542       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
543      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
544      +p2*pt2*fRefCov[6];
545     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
546   }
547   return p;
548 }
549
550
551 //____________________________________________________________________
552 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
553 {       
554   if(!force) return &fProb[0];
555   if(!CookPID()) return NULL;
556   return &fProb[0];
557 }
558
559 //____________________________________________________________
560 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
561 {
562 // Fill probability array for tracklet from the DB.
563 //
564 // Parameters
565 //
566 // Output
567 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
568 //
569 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
570 // - estimated momentum at tracklet reference point 
571 // - dE/dx measurements
572 // - tracklet length
573 // - TRD layer
574 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
575 // - Neural Network [default] - option "nn"  
576 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
577
578   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
579   if (!calibration) {
580     AliError("No access to calibration data");
581     return kFALSE;
582   }
583
584   if (!fkReconstructor) {
585     AliError("Reconstructor not set.");
586     return kFALSE;
587   }
588
589   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
590   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
591   if (!pd) {
592     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
593     return kFALSE;
594   }
595
596   // calculate tracklet length TO DO
597   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
598   
599   //calculate dE/dx
600   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
601   AliDebug(4, Form("PID p[%f] dEdx[%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f] l[%f]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
602
603   // Sets the a priori probabilities
604   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
605     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
606   
607   return kTRUE;
608 }
609
610 //____________________________________________________________________
611 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
612 {
613   //
614   // Returns a quality measurement of the current seed
615   //
616
617   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
618   return 
619       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
620     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
621     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
622     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
623 }
624
625 //____________________________________________________________________
626 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
627 {
628 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
629 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
630 //   cov[0] = Var(y)
631 //   cov[1] = Cov(yz)
632 //   cov[2] = Var(z)
633 //
634 // Details
635 //
636 // For the linear transformation
637 // BEGIN_LATEX
638 // Y = T_{x} X^{T}
639 // END_LATEX
640 //   The error propagation has the general form
641 // BEGIN_LATEX
642 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
643 // END_LATEX
644 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
645 // at point x we consider: 
646 // BEGIN_LATEX
647 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
648 // END_LATEX
649 // and secondly to take into account the tilt angle
650 // BEGIN_LATEX
651 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
652 // END_LATEX
653 //
654 // using simple trigonometrics one can write for this last case
655 // BEGIN_LATEX
656 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
657 // END_LATEX
658 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
659 // BEGIN_LATEX
660 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
661 // END_LATEX
662 //
663 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
664 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
665 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
666 //
667 // Author :
668 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
669 // Date : Jan 8th 2009
670 //
671
672
673   Double_t xr     = fX0-x; 
674   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
675   Double_t sz2    = fS2Z;
676   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
677
678   // insert systematic uncertainties
679   if(fkReconstructor){
680     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
681     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
682     sy2 += sys[0];
683     sz2 += sys[1];
684   }
685   // rotate covariance matrix
686   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
687   Double_t correction = 1./(1. + t2);
688   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
689   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
690   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
691
692   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
693 }
694
695 //____________________________________________________________
696 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
697 {
698 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
699 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
700 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
701 // 
702 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
703 // the following relation is used:
704 // BEGIN_LATEX
705 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
706 // END_LATEX
707 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
708 // In case C is symmetric the followings are true:
709 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
710 //   - V = V^{-1}
711 //
712 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
713 // Date   Mar 19 2009
714
715   Double_t l[2], // eigenvalues
716            v[3]; // eigenvectors
717   // the secular equation and its solution :
718   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
719   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
720   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
721   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
722           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
723   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
724   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
725   l[0] = .5*(tr + dd);
726   l[1] = .5*(tr - dd);
727   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
728
729   // the sym V matrix
730   // | v00   v10|
731   // | v10   v11|
732   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
733   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
734   v[1] = tmp*v[0];
735   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
736   // the VD^{1/2}V is: 
737   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
738   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
739   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
740   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
741
742   return 1.;
743 }
744
745 //____________________________________________________________
746 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
747 {
748 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
749 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
750 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
751 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
752 //
753 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
754 // Date   Mar 19 2009
755
756   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
757   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
758   Double_t invDet = 1./det;
759   d[0] = c[2]*invDet;
760   d[1] =-c[1]*invDet;
761   d[2] = c[0]*invDet;
762   return det;
763 }
764
765 //____________________________________________________________________
766 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
767 {
768   Int_t ic=0;
769   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
770   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
771 }
772
773 //____________________________________________________________________
774 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterY()
775 {
776   if(!fgFitterY) fgFitterY = new TLinearFitter(1, "pol1");
777   fgFitterY->ClearPoints();
778   return fgFitterY;
779 }
780
781 //____________________________________________________________________
782 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterZ()
783 {
784   if(!fgFitterZ) fgFitterZ = new TLinearFitter(1, "pol1");
785   fgFitterZ->ClearPoints();
786   return fgFitterZ;
787 }
788
789 //____________________________________________________________________
790 void AliTRDseedV1::Calibrate()
791 {
792 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
793 // The following information are used
794 //  - detector index
795 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
796 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
797 //
798 // The following information is cached in the tracklet
799 //   t0 (trigger delay)
800 //   drift velocity
801 //   PRF width
802 //   omega*tau = tg(a_L)
803 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
804 //
805 // Author :
806 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
807 // Date : Jan 8th 2009
808 //
809
810   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
811   if(cdb->GetRun() < 0){
812     AliError("OCDB manager not properly initialized");
813     return;
814   }
815
816   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
817   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
818                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
819   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
820   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
821
822   Int_t col = 70, row = 7;
823   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
824   if(GetN()){ 
825     Int_t ic = 0;
826     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
827     if(*c){
828       col = (*c)->GetPadCol();
829       row = (*c)->GetPadRow();
830     }
831   }
832
833   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
834   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
835   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
836   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
837   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
838   fDiffT, fVD);
839   SetBit(kCalib, kTRUE);
840 }
841
842 //____________________________________________________________________
843 void AliTRDseedV1::SetOwner()
844 {
845   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
846   
847   if(TestBit(kOwner)) return;
848   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
849     if(!fClusters[ic]) continue;
850     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
851   }
852   SetBit(kOwner);
853 }
854
855 //____________________________________________________________
856 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
857 {
858 // Shortcut method to initialize pad geometry.
859   if(!p) return;
860   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
861   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
862   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
863 }
864
865
866 //____________________________________________________________________
867 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
868 {
869 //
870 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
871 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
872 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
873 // 3. purge clusters
874 // 4. truncated mean on z direction
875 // 5. purge clusters
876 //
877 // Parameters
878 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
879 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
880 // Output
881 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
882 //      -
883 // Detailed description
884 //      
885 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
886 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
887 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
888 // BEGIN_LATEX
889 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
890 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
891 // END_LATEX
892 // 
893 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
894 // Debug  : level >3
895
896   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
897     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
898     return kFALSE;
899   }
900   // Initialize reco params for this tracklet
901   // 1. first time bin in the drift region
902   Int_t t0 = 14;
903   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
904
905   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov); 
906   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
907            s2yCl = 0., 
908            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
909            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
910            t2    = GetTilt()*GetTilt();
911   //define roads
912   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
913            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
914   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
915   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
916   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
917   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
918   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
919
920   AliDebug(4, "");
921   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
922
923   // working variables
924   const Int_t kNrows = 16;
925   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
926   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
927   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
928   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
929   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
930   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
931   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
932   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
933
934   // Do cluster projection
935   AliTRDcluster *c = NULL;
936   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
937   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
938   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
939     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
940     if(!Int_t(*layer)) continue;
941     // get track projection at layers position
942     dx   = fX0 - layer->GetX();
943     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
944     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
945     // get standard cluster error corrected for tilt
946     cp.SetLocalTimeBin(it);
947     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
948     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
949     // get estimated road
950     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
951
952     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
953
954     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
955
956     // select clusters
957     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
958     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
959     Int_t n=0, idx[6];
960     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
961     for(Int_t ic = n; ic--;){
962       c  = (*layer)[idx[ic]];
963       dy = yt - c->GetY();
964       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
965       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
966 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
967         printf("too large !!!\n");
968         continue;
969       }*/
970       Int_t r = c->GetPadRow();
971       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
972       clst[r][ncl[r]] = c;
973       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
974       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
975       yres[r][ncl[r]] = dy;
976       ncl[r]++; ncls++;
977
978       if(ncl[r] >= kNcls) {
979         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
980         kBUFFER = kTRUE;
981         break;
982       }
983     }
984     if(kBUFFER) break;
985   }
986   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
987   if(ncls<kClmin){ 
988     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
989     SetErrorMsg(kAttachClFound);
990     return kFALSE;
991   }
992
993   // analyze each row individualy
994   Bool_t kRowSelection(kFALSE);
995   Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
996   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
997   TVectorD vdy[3];
998   for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
999     if(!(ncl[ir])) continue;
1000     if(lr>0 && ir-lr != 1){ 
1001       AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection."); 
1002       kRowSelection=kTRUE;
1003     }
1004
1005     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
1006     // Evaluate truncated mean on the y direction
1007     if(ncl[ir] < 4) continue;
1008     AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
1009
1010     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1011     AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
1012     // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
1013     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1014     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1015       if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){ 
1016         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1017       }
1018       nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
1019     }
1020     if(kFOUND){ 
1021       vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
1022       nr++; 
1023     }
1024     lr = ir; if(nr>=3) break;
1025   }
1026   if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1027     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1028     UChar_t stat(0);
1029     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1030     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1031     cstreamer << "AttachClusters"
1032         << "stat="   << stat
1033         << "det="    << fDet
1034         << "pt="     << fPt
1035         << "s2y="    << s2yTrk
1036         << "r0="     << rowId[0]
1037         << "dy0="    << &vdy[0]
1038         << "m0="     << mean[0]
1039         << "s0="     << syDis[0]
1040         << "r1="     << rowId[1]
1041         << "dy1="    << &vdy[1]
1042         << "m1="     << mean[1]
1043         << "s1="     << syDis[1]
1044         << "r2="     << rowId[2]
1045         << "dy2="    << &vdy[2]
1046         << "m2="     << mean[2]
1047         << "s2="     << syDis[2]
1048         << "\n";
1049   }
1050
1051
1052   // analyze gap in rows attached 
1053   if(kRowSelection){
1054     SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1055     Int_t rowRemove(-1); 
1056     if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
1057       if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){ 
1058         if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1059       }else{
1060         if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1061         Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1062         Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1063       }
1064       rowRemove=1; nr=1; 
1065     } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
1066       if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){ 
1067         nr=2;rowRemove=2;
1068       } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){ 
1069         Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
1070         Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
1071         nr=2; rowRemove=2;
1072       }
1073     }
1074     if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
1075   }
1076   AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
1077
1078   if(nr==3){
1079     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1080     SetErrorMsg(kAttachRow);
1081     const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
1082     AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
1083       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1084       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1085       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1086       , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
1087       , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
1088       , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
1089     Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
1090     // backup
1091     Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
1092     Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
1093     Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
1094     Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
1095     nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
1096     nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
1097     nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
1098     AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
1099       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1100       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1101       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1102       , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
1103       , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
1104       , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
1105     nr=2;
1106   } else if(nr==2) {
1107     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1108     if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
1109       Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1110       Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1111     }
1112   }
1113
1114   // Select and store clusters 
1115   // We should consider here :
1116   //  1. How far is the chamber boundary
1117   //  2. How big is the mean
1118   Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
1119   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1120     Int_t jr(rowId[ir]);
1121     AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
1122     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1123       if(!blst[jr][ic])continue;
1124       c = clst[jr][ic];
1125       Int_t it(c->GetPadTime());
1126       Int_t idx(it+kNtb*ir);
1127       if(fClusters[idx]){
1128         AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
1129         // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
1130         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1131         // TODO should also compare with mean and sigma for this row
1132         if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
1133       }
1134
1135       // TODO proper indexing of clusters !!
1136       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1137       fClusters[idx] = c;
1138       dyc[idx]        = yres[jr][ic];
1139       n++;
1140     }
1141   }
1142   SetN(n);
1143
1144   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1145   if (GetN() < kClmin){
1146     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
1147     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1148     return kFALSE;
1149   }
1150
1151   // Load calibration parameters for this tracklet  
1152   Calibrate();
1153
1154   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1155   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1156   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1157     if(!fClusters[it]) continue;
1158     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1159     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1160     irp++;
1161   }  
1162   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1163   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1164   return kTRUE;
1165 }
1166
1167 //____________________________________________________________
1168 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1169 {
1170 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1171 //   The primitive data are
1172 //   - list of clusters
1173 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1174 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1175 //   - track reference position and direction
1176 //   - momentum of the track
1177 //   - time bin length [cm]
1178 // 
1179 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1180 //
1181   fkReconstructor = rec;
1182   AliTRDgeometry g;
1183   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1184   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1185   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1186   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1187   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1188   //fTgl = fZref[1];
1189   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1190   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1191   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1192     if(!(*cit)) return;
1193     n++;
1194     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1195     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1196   }
1197   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1198   Fit();
1199   CookLabels();
1200   GetProbability();
1201 }
1202
1203
1204 //____________________________________________________________________
1205 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1206 {
1207 //
1208 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1209 //
1210 // Parameters :
1211 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on 
1212 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1213 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity 
1214 //            and a finner error parameterization estimation [default false]  
1215 // Output :
1216 //  True if successful
1217 //
1218 // Detailed description
1219 //
1220 //            Fit in the xy plane
1221 // 
1222 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1223 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1224 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1225 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1226 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1227 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1228 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1229 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1230 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1231 // inclination is given for TRD by:
1232 // BEGIN_LATEX
1233 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1234 // END_LATEX
1235 //
1236 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1237 // by projection i.e.
1238 // BEGIN_LATEX
1239 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1240 // END_LATEX
1241 // and also by the lorentz angle correction
1242 //
1243 //            Fit in the xz plane
1244 //
1245 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1246 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1247 // fit (see below).
1248 // 
1249 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1250 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1251 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1252 // of the z estimate is given by :
1253 // BEGIN_LATEX
1254 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1255 // END_LATEX
1256 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1257 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1258 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1259 // 
1260 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1261 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1262 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1263 //   - no general model for the qx dependence
1264 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1265 //   - gain calibration dependence
1266 //
1267 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1268 //
1269 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1270 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1271 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1272 // BEGIN_LATEX
1273 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1274 // END_LATEX
1275 // and thus the radial position is:
1276 // BEGIN_LATEX
1277 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1278 // END_LATEX
1279 //
1280 //            Estimation of tracklet position error 
1281 //
1282 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1283 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1284 // BEGIN_LATEX
1285 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1286 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1287 // END_LATEX
1288 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1289 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1290 // BEGIN_LATEX
1291 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1292 // END_LATEX
1293 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1294 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1295 //
1296 // Author 
1297 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1298
1299   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1300
1301   const Int_t kClmin = 8;
1302
1303   // get track direction
1304   Double_t y0   = fYref[0];
1305   Double_t dydx = fYref[1]; 
1306   Double_t z0   = fZref[0];
1307   Double_t dzdx = fZref[1];
1308   Double_t yt, zt;
1309
1310   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1311   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1312
1313   // book cluster information
1314   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1315
1316   Int_t n = 0;
1317   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1318   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1319     xc[ic]  = -1.;
1320     yc[ic]  = 999.;
1321     zc[ic]  = 999.;
1322     sy[ic]  = 0.;
1323     if(!(c = (*jc))) continue;
1324     if(!c->IsInChamber()) continue;
1325
1326     Float_t w = 1.;
1327     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1328     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1329
1330     // cluster charge
1331     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1332     // pad row of leading 
1333
1334     // Radial cluster position
1335     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1336     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1337     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1338
1339     // extrapolated track to cluster position
1340     yt = y0 - xc[n]*dydx; 
1341     zt = z0 - xc[n]*dzdx; 
1342
1343     // Recalculate cluster error based on tracking information
1344     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1345     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1346
1347     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ? 
1348       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1349     zc[n]   = c->GetZ();
1350     //optional tilt correction
1351     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt)); 
1352
1353     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1354     if(IsRowCross()) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1355     n++;
1356   }
1357
1358   // to few clusters
1359   if (n < kClmin) return kFALSE; 
1360
1361   // fit XY
1362   fitterY.Eval();
1363   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1364   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1365   // store covariance
1366   Double_t p[3];
1367   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1368   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1369   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1370   fCov[2] = p[1]; // variance of dydx
1371   // the ref radial position is set at the minimum of 
1372   // the y variance of the tracklet
1373   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1374
1375   // collect second row clusters
1376   Int_t m(0);
1377   if(IsRowCross()){
1378 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1379     Float_t xMin = fX0;
1380     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1381     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1382     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1383       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1384       if(!(c = (*jc))) continue;
1385       if(!c->IsInChamber()) continue;
1386       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1387       fX = fX0 - c->GetX();
1388     }
1389     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1390     // Error parameterization
1391     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1392     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1393
1394     // THE FIT X-Q PLANE METHOD 
1395     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1396     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1397       if(!(c = (*jc))) continue;
1398       if(!c->IsInChamber()) continue;
1399       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1400       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1401       zc[n]   = c->GetZ();
1402       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1403       n--;m++;
1404     }
1405   }
1406   // fit XZ
1407   if(m && IsRowCross()){
1408     fitterZ.Eval();
1409     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){ 
1410       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1411       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1412       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1413       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1414       fX-=.055; // TODO to be understood
1415     }
1416
1417     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1418     // temporary external error parameterization
1419     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1420     // TODO correct formula
1421     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1422   } else {
1423     if(IsRowCross() && !m){
1424       AliDebug(1, "Tracklet crossed row but no clusters found in neighbor row.");
1425     }
1426     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1427     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1428   }
1429   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1430   return kTRUE;
1431 }
1432
1433
1434 /*
1435 //_____________________________________________________________________________
1436 void AliTRDseedV1::FitMI()
1437 {
1438 //
1439 // Fit the seed.
1440 // Marian Ivanov's version 
1441 //
1442 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
1443 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1444 // dy = y - yt             (1)
1445 // the tilting correction is written :
1446 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1447 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1448 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1449 // from (1),(2),(3) and (4)
1450 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1451 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1452 // 1. use tilting correction for calculating the y
1453 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1454   const Float_t kRatio  = 0.8;
1455   const Int_t   kClmin  = 5;
1456   const Float_t kmaxtan = 2;
1457
1458   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1459                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1460                 return;              // Track inclined too much
1461         }
1462
1463   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1464   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
1465   Int_t fNChange = 0;
1466
1467   Double_t sumw;
1468   Double_t sumwx;
1469   Double_t sumwx2;
1470   Double_t sumwy;
1471   Double_t sumwxy;
1472   Double_t sumwz;
1473   Double_t sumwxz;
1474
1475         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1476   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
1477                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1478   Int_t    zouts[2*kNtb];       
1479   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1480   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1481   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1482   
1483   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1484   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1485   
1486   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
1487   fN2 = 0;
1488   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1489     yres[i] = 10000.0;
1490     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1491     if(!c->IsInChamber()) continue;
1492     // Residual y
1493     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1494     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1495     fY[i] = c->GetY();
1496     fZ[i] = c->GetZ();
1497     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1498     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1499     fN++;
1500   }
1501
1502   if (fN < kClmin){
1503     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1504     return; 
1505   }
1506   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1507   Float_t fZProb   = zouts[0];
1508   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1509   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1510     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1511     return;
1512   }
1513   
1514   // Z distance bigger than pad - length
1515   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1516   
1517   Int_t  breaktime = -1;
1518   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1519   Int_t  cumul[kNtb][2];
1520   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1521   
1522   if (zouts[3] >= 3) {
1523
1524     //
1525     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1526     // with maximal number of accepted clusters
1527     //
1528     fNChange = 1;
1529     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1530       cumul[i][0] = counts[0];
1531       cumul[i][1] = counts[1];
1532       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1533       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1534     }
1535     Int_t  maxcount = 0;
1536     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1537       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1538       Int_t before = cumul[i][1];
1539       if (after + before > maxcount) { 
1540         maxcount  = after + before; 
1541         breaktime = i;
1542         mbefore   = kFALSE;
1543       }
1544       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1545       before = cumul[i][0];
1546       if (after + before > maxcount) { 
1547         maxcount  = after + before; 
1548         breaktime = i;
1549         mbefore   = kTRUE;
1550       }
1551     }
1552     breaktime -= 1;
1553   }
1554
1555   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1556     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1557     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1558   }  
1559
1560   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1561       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1562     //
1563     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
1564     //
1565     fNChange = 0;
1566     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1567       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1568     } 
1569   }
1570   
1571   if (fNChange > 0) {
1572     //
1573     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1574     //
1575     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1576       if (!fClusters[i]) continue; 
1577       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1578       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1579       // Residual y
1580       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
1581       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1582 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1583 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1584 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1585       }
1586     }
1587   }
1588   
1589   Double_t yres2[kNtb];
1590   Double_t mean;
1591   Double_t sigma;
1592   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1593     if (!fClusters[i]) continue;
1594     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1595     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1596     yres2[fN2] = yres[i];
1597     fN2++;
1598   }
1599   if (fN2 < kClmin) {
1600                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1601     fN2 = 0;
1602     return;
1603   }
1604   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1605   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1606     sigma = sigmaexp;
1607   }
1608   //Float_t fSigmaY = sigma;
1609
1610   // Reset sums
1611   sumw   = 0; 
1612   sumwx  = 0; 
1613   sumwx2 = 0;
1614   sumwy  = 0; 
1615   sumwxy = 0; 
1616   sumwz  = 0;
1617   sumwxz = 0;
1618
1619   fN2    = 0;
1620   Float_t fMeanz = 0;
1621   Float_t fMPads = 0;
1622   fUsable = 0;
1623   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1624     if (!fClusters[i]) continue;
1625     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1626     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1627     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1628     SETBIT(fUsable,i);
1629     fN2++;
1630     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1631     Float_t weight = 1.0;
1632     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1633     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1634    
1635         
1636     Double_t x = fX[i];
1637     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1638     
1639     sumw   += weight; 
1640     sumwx  += x * weight; 
1641     sumwx2 += x*x * weight;
1642     sumwy  += weight * yres[i];  
1643     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1644     sumwz  += weight * fZ[i];    
1645     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1646
1647   }
1648
1649   if (fN2 < kClmin){
1650                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1651     fN2 = 0;
1652     return;
1653   }
1654   fMeanz = sumwz / sumw;
1655   Float_t correction = 0;
1656   if (fNChange > 0) {
1657     // Tracklet on boundary
1658     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1659     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1660   }
1661
1662   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1663   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1664   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1665   
1666   fS2Y = 0;
1667   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1668     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1669     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1670     fS2Y += delta*delta;
1671   }
1672   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1673         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1674         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1675   
1676   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1677   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1678 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1679 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1680 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1681   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1682
1683   UpdateUsed();
1684 }*/
1685
1686 //___________________________________________________________________
1687 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1688 {
1689   //
1690   // Printing the seedstatus
1691   //
1692
1693   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1694   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1695   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1696
1697   Double_t cov[3], x=GetX();
1698   GetCovAt(x, cov);
1699   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1700   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1701   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1702   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1703   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1704   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1705
1706   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1707
1708   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1709   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1710     if(!(*jc)) continue;
1711     (*jc)->Print(o);
1712   }
1713 }
1714
1715
1716 //___________________________________________________________________
1717 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1718 {
1719   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1720   // as the given one
1721
1722   if(!o) return kFALSE;
1723   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1724   if(!inTracklet) return kFALSE;
1725
1726   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1727     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1728     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1729   }
1730   
1731   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1732   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1733   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1734   
1735   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1736 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1737 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1738 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1739     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1740   }
1741 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1742
1743   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1744     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1745     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1746     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1747   }
1748   
1749 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1750   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1751   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1752   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1753   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1754   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1755    
1756   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1757   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1758   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1759   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1760
1761   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1762   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1763   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1764   
1765   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1766     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1767     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1768     if (curCluster && inCluster){
1769       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1770         curCluster->Print();
1771         inCluster->Print();
1772         return kFALSE;
1773       }
1774     } else {
1775       // if one cluster exists, and corresponding 
1776       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1777       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1778     }
1779   }
1780   return kTRUE;
1781 }
1782