Fix Coverity defects
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include <TTreeStream.h>
40
41 #include "AliLog.h"
42 #include "AliMathBase.h"
43 #include "AliRieman.h"
44 #include "AliCDBManager.h"
45
46 #include "AliTRDReconstructor.h"
47 #include "AliTRDpadPlane.h"
48 #include "AliTRDcluster.h"
49 #include "AliTRDseedV1.h"
50 #include "AliTRDtrackV1.h"
51 #include "AliTRDcalibDB.h"
52 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
53 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
54 #include "AliTRDtrackerV1.h"
55 #include "AliTRDrecoParam.h"
56 #include "AliTRDCommonParam.h"
57
58 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
59 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
60 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
61
62 class AliTracker;
63
64 ClassImp(AliTRDseedV1)
65
66 //____________________________________________________________________
67 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
68   :AliTRDtrackletBase()
69   ,fkReconstructor(NULL)
70   ,fClusterIter(NULL)
71   ,fExB(0.)
72   ,fVD(0.)
73   ,fT0(0.)
74   ,fS2PRF(0.)
75   ,fDiffL(0.)
76   ,fDiffT(0.)
77   ,fClusterIdx(0)
78   ,fErrorMsg(0)
79   ,fN(0)
80   ,fDet(det)
81   ,fPt(0.)
82   ,fdX(0.)
83   ,fX0(0.)
84   ,fX(0.)
85   ,fY(0.)
86   ,fZ(0.)
87   ,fS2Y(0.)
88   ,fS2Z(0.)
89   ,fChi2(0.)
90 {
91   //
92   // Constructor
93   //
94   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
95   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
96   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
97   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
98   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
99   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
100   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
101   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
102   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
103   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
104   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
105   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
106   // stand alone curvature
107   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.; 
108   // covariance matrix [diagonal]
109   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
110   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
111   SetStandAlone(kFALSE);
112 }
113
114 //____________________________________________________________________
115 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
116   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
117   ,fkReconstructor(NULL)
118   ,fClusterIter(NULL)
119   ,fExB(0.)
120   ,fVD(0.)
121   ,fT0(0.)
122   ,fS2PRF(0.)
123   ,fDiffL(0.)
124   ,fDiffT(0.)
125   ,fClusterIdx(0)
126   ,fErrorMsg(0)
127   ,fN(0)
128   ,fDet(-1)
129   ,fPt(0.)
130   ,fdX(0.)
131   ,fX0(0.)
132   ,fX(0.)
133   ,fY(0.)
134   ,fZ(0.)
135   ,fS2Y(0.)
136   ,fS2Z(0.)
137   ,fChi2(0.)
138 {
139   //
140   // Copy Constructor performing a deep copy
141   //
142   if(this != &ref){
143     ref.Copy(*this);
144   }
145   SetBit(kOwner, kFALSE);
146   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
147 }
148
149
150 //____________________________________________________________________
151 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
152 {
153   //
154   // Assignment Operator using the copy function
155   //
156
157   if(this != &ref){
158     ref.Copy(*this);
159   }
160   SetBit(kOwner, kFALSE);
161
162   return *this;
163 }
164
165 //____________________________________________________________________
166 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
167 {
168   //
169   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
170   //
171
172   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
173
174   if(IsOwner()) {
175     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
176       if(!fClusters[itb]) continue; 
177       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
178       delete fClusters[itb];
179       fClusters[itb] = NULL;
180     }
181   }
182 }
183
184 //____________________________________________________________________
185 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
186 {
187   //
188   // Copy function
189   //
190
191   //AliInfo("");
192   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
193
194   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
195   target.fClusterIter   = NULL;
196   target.fExB           = fExB;
197   target.fVD            = fVD;
198   target.fT0            = fT0;
199   target.fS2PRF         = fS2PRF;
200   target.fDiffL         = fDiffL;
201   target.fDiffT         = fDiffT;
202   target.fClusterIdx    = 0;
203   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
204   target.fN             = fN;
205   target.fDet           = fDet;
206   target.fPt            = fPt;
207   target.fdX            = fdX;
208   target.fX0            = fX0;
209   target.fX             = fX;
210   target.fY             = fY;
211   target.fZ             = fZ;
212   target.fS2Y           = fS2Y;
213   target.fS2Z           = fS2Z;
214   target.fChi2          = fChi2;
215   
216   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
217   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
218   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
219   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
220   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
221   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
222   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
223   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
224   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
225   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
226   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
227   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
228   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
229   
230   TObject::Copy(ref);
231 }
232
233
234 //____________________________________________________________
235 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
236 {
237 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
238
239
240   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
241   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
242   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
243   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
244   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
245     fRefCov[0] = 1;
246     fRefCov[2] = 10;
247   }else{
248     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
249     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
250   }
251   fC[0]    = rieman->GetC(); 
252   fChi2    = rieman->GetChi2();
253 }
254
255
256 //____________________________________________________________
257 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
258 {
259 // Initialize this tracklet using the track information
260 //
261 // Parameters:
262 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
263 // 
264 // Detailed description
265 // The function sets the starting point and direction of the
266 // tracklet according to the information from the TRD track.
267 // 
268 // Caution
269 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
270 // chamber where the tracklet will be constructed
271 //
272
273   Double_t y, z; 
274   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
275   Update(track);
276   return kTRUE;
277 }
278
279
280 //_____________________________________________________________________________
281 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
282 {
283 //
284 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
285 //
286   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
287   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
288   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
289   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
290
291   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
292   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
293   fClusterIdx=0;
294   fErrorMsg = 0;
295   fDet=-1;
296   fPt=0.;
297   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
298   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
299   fC[0]=0.; fC[1]=0.; 
300   fChi2 = 0.;
301
302   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
303   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
304   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
305   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
306   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
307   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
308   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
309   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
310   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
311   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
312   // covariance matrix [diagonal]
313   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
314   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
315 }
316
317 //____________________________________________________________________
318 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
319
320   // update tracklet reference position from the TRD track
321
322   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
323   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
324   fPt = trk->Pt();
325   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
326   fYref[1] = fSnp*norm;
327   fZref[1] = fTgl*norm;
328   SetCovRef(trk->GetCovariance());
329
330   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
331   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
332   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
333 }
334
335 //_____________________________________________________________________________
336 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
337 {
338   //
339   // Calculate number of used clusers in the tracklet
340   //
341
342   Int_t nused = 0, nshared = 0;
343   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
344     if (!fClusters[i]) continue;
345     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
346       nused++;
347     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
348       if(IsStandAlone()) nused++;
349       else nshared++;
350     }
351   }
352   SetNUsed(nused);
353   SetNShared(nshared);
354 }
355
356 //_____________________________________________________________________________
357 void AliTRDseedV1::UseClusters()
358 {
359   //
360   // Use clusters
361   //
362   // In stand alone mode:
363   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
364   // removed from the tracklet
365   //
366   // In barrel mode:
367   // - Clusters which are used by another track become shared
368   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
369   //
370   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
371   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
372     if(!(*c)) continue;
373     if(IsStandAlone()){
374       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
375         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
376         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
377         (*c) = NULL;
378         fIndexes[ic] = -1;
379         SetN(GetN()-1);
380         continue;
381       }
382     } else {
383       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
384         (*c)->SetShared();
385         continue;
386       }
387     }
388     (*c)->Use();
389   }
390 }
391
392
393
394 //____________________________________________________________________
395 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
396 {
397 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
398 //
399 // Parameters:
400 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
401 // Output:
402 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
403 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
404 //
405 // Detailed description
406 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
407 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
408 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
409 //
410 // The following effects are included in the calculation:
411 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
412 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
413 // 3. cluster size
414 //
415
416   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
417   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
418
419   AliTRDcluster *c(NULL);
420   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
421     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
422     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
423
424     // Filter clusters for dE/dx calculation
425
426     // 1.consider calibration effects for slice determination
427     Int_t slice;
428     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
429       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
430     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
431
432
433     // 2. take sharing into account
434     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
435
436     // 3. take into account large clusters TODO
437     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
438
439     //CHECK !!!
440     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
441   } // End of loop over clusters
442 }
443
444 //_____________________________________________________________________________
445 void AliTRDseedV1::CookLabels()
446 {
447   //
448   // Cook 2 labels for seed
449   //
450
451   Int_t labels[200];
452   Int_t out[200];
453   Int_t nlab = 0;
454   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
455     if (!fClusters[i]) continue;
456     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
457       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
458         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
459         nlab++;
460       }
461     }
462   }
463
464   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
465   fLabels[0] = out[0];
466   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
467 }
468
469 //____________________________________________________________
470 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
471 {
472 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
473
474   Float_t d = fPad[3] - zt;
475   if(d<0.){
476     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
477     return 0.125;
478   } 
479   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
480   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
481   return d;
482 }
483
484
485 //____________________________________________________________________
486 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers)
487 {
488 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters 
489 // which are not in chamber are also used (default false)
490
491   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
492   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
493     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
494     if(c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
495     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
496   }
497   return qt;
498 }
499
500 //____________________________________________________________________
501 Bool_t AliTRDseedV1::GetEstimatedCrossPoint(Float_t &x, Float_t &z) const
502 {
503 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets.
504 // Returns true in case of success.
505   if(!IsRowCross()) return kFALSE;
506
507   x=0.; z=0.;
508   AliTRDcluster *c(NULL);
509   // Find radial range for first row
510   Float_t x1[] = {0., 1.e3};
511   for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
512     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
513     if(!c->IsInChamber()) continue;
514     if(c->GetX() <= x1[1]) x1[1] = c->GetX();
515     if(c->GetX() >= x1[0]) x1[0] = c->GetX();
516     z=c->GetZ();
517   }
518   if((x1[0] - x1[1])<1.e-5) return kFALSE;
519
520   // Find radial range for second row
521   Bool_t kZ(kFALSE);
522   Float_t x2[] = {0., 1.e3};
523   for(int ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++){
524     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
525     if(!c->IsInChamber()) continue;
526     if(c->GetX() <= x2[1]) x2[1] = c->GetX();
527     if(c->GetX() >= x2[0]) x2[0] = c->GetX();
528     if(!kZ){
529       z+=c->GetZ();
530       z*=0.5;
531       kZ=kTRUE;
532     }
533   }
534   if((x2[0] - x2[1])<1.e-5) return kFALSE;
535
536   // Find intersection of the 2 radial regions
537   x = 0.5*((x1[0]+x1[1] > x2[0]+x2[1]) ? (x1[1]+x2[0]) : (x1[0]+x2[1]));
538   return kTRUE;
539 }
540
541 //____________________________________________________________________
542 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
543 {
544 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
545 // the charge per unit length can be written as:
546 // BEGIN_LATEX
547 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
548 // END_LATEX
549 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
550 // of the time bin. 
551 // The following correction are applied :
552 //   - charge : pad row cross corrections
553 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
554 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
555 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
556 // 
557 //Begin_Html
558 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
559 //End_Html
560 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
561 // drift length [right] for different particle species is displayed.
562 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
563 //
564   Float_t dq = 0.;
565   // check whether both clusters are inside the chamber
566   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
567   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
568     hasClusterInChamber = kTRUE;
569     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
570   }
571   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
572     hasClusterInChamber = kTRUE;
573     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
574   }
575   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
576   if(dq<1.e-3) return 0.;
577
578   Double_t dx = fdX;
579   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
580     Float_t x2(0.), x1(0.);
581     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
582     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
583     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
584     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
585     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
586     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
587     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
588     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
589     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
590     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
591
592     dx = .5*(x2 - x1);
593   }
594   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
595   if(dl) (*dl) = dx;
596   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
597   else return 0.;
598 }
599
600 //____________________________________________________________
601 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
602
603 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
604 // BEGIN_LATEX
605 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
606 // END_LATEX
607 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
608 // The estimated variance of the momentum is given by:
609 // BEGIN_LATEX
610 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
611 // END_LATEX
612 // which can be simplified to
613 // BEGIN_LATEX
614 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
615 // END_LATEX
616 //
617
618   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
619   Double_t p2 = p*p;
620   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
621   Double_t pt2 = fPt*fPt;
622   if(err){
623     Double_t s2 = 
624       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
625      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
626      +p2*pt2*fRefCov[6];
627     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
628   }
629   return p;
630 }
631
632 //____________________________________________________________________
633 Float_t AliTRDseedV1::GetOccupancyTB() const
634 {
635 // Returns procentage of TB occupied by clusters
636
637   Int_t n(0);
638   AliTRDcluster *c(NULL);
639   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
640     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
641     n++;
642   }
643
644   return Float_t(n)/AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins();
645 }
646
647 //____________________________________________________________________
648 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
649 {       
650   if(!force) return &fProb[0];
651   if(!CookPID()) return NULL;
652   return &fProb[0];
653 }
654
655 //____________________________________________________________
656 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
657 {
658 // Fill probability array for tracklet from the DB.
659 //
660 // Parameters
661 //
662 // Output
663 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
664 //
665 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
666 // - estimated momentum at tracklet reference point 
667 // - dE/dx measurements
668 // - tracklet length
669 // - TRD layer
670 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
671 // - Neural Network [default] - option "nn"  
672 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
673
674   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
675   if (!calibration) {
676     AliError("No access to calibration data");
677     return kFALSE;
678   }
679
680   if (!fkReconstructor) {
681     AliError("Reconstructor not set.");
682     return kFALSE;
683   }
684
685   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
686   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
687   if (!pd) {
688     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
689     return kFALSE;
690   }
691
692   // calculate tracklet length TO DO
693   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
694   
695   //calculate dE/dx
696   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
697   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
698
699   // Sets the a priori probabilities
700   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
701   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
702     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
703   
704   return kTRUE;
705 }
706
707 //____________________________________________________________________
708 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
709 {
710   //
711   // Returns a quality measurement of the current seed
712   //
713
714   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
715   return 
716       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
717     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
718     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
719     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
720 }
721
722 //____________________________________________________________________
723 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
724 {
725 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
726 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
727 //   cov[0] = Var(y)
728 //   cov[1] = Cov(yz)
729 //   cov[2] = Var(z)
730 //
731 // Details
732 //
733 // For the linear transformation
734 // BEGIN_LATEX
735 // Y = T_{x} X^{T}
736 // END_LATEX
737 //   The error propagation has the general form
738 // BEGIN_LATEX
739 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
740 // END_LATEX
741 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
742 // at point x we consider: 
743 // BEGIN_LATEX
744 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
745 // END_LATEX
746 // and secondly to take into account the tilt angle
747 // BEGIN_LATEX
748 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
749 // END_LATEX
750 //
751 // using simple trigonometrics one can write for this last case
752 // BEGIN_LATEX
753 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
754 // END_LATEX
755 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
756 // BEGIN_LATEX
757 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
758 // END_LATEX
759 //
760 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
761 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
762 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
763 //
764 // Author :
765 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
766 // Date : Jan 8th 2009
767 //
768
769
770   Double_t xr     = fX0-x; 
771   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
772   Double_t sz2    = fS2Z;
773   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
774
775   // insert systematic uncertainties
776   if(fkReconstructor){
777     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
778     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
779     sy2 += sys[0];
780     sz2 += sys[1];
781   }
782
783   // rotate covariance matrix if no RC
784   if(!IsRowCross()){
785     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
786     Double_t correction = 1./(1. + t2);
787     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
788     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
789     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
790   } else {
791     cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sy2;
792   }
793
794   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
795 }
796
797 //____________________________________________________________
798 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
799 {
800 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
801 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
802 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
803 // 
804 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
805 // the following relation is used:
806 // BEGIN_LATEX
807 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
808 // END_LATEX
809 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
810 // In case C is symmetric the followings are true:
811 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
812 //   - V = V^{-1}
813 //
814 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
815 // Date   Mar 19 2009
816
817   const Double_t kZero(1.e-20);
818   Double_t l[2], // eigenvalues
819            v[3]; // eigenvectors
820   // the secular equation and its solution :
821   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
822   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
823   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
824   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
825           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
826   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
827   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
828   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
829   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
830   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
831   // the sym V matrix
832   // | v00   v10|
833   // | v10   v11|
834   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
835   if(den<kZero){ // almost diagonal
836     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
837     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
838     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
839   } else {
840     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
841     v[0] = c[1]* tmp;
842     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
843     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
844     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
845   }
846   // the VD^{1/2}V is: 
847   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
848   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
849   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
850   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
851
852   return 0;
853 }
854
855 //____________________________________________________________
856 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
857 {
858 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
859 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
860 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
861 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
862 //
863 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
864 // Date   Mar 19 2009
865
866   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
867   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
868   Double_t invDet = 1./det;
869   d[0] = c[2]*invDet;
870   d[1] =-c[1]*invDet;
871   d[2] = c[0]*invDet;
872   return det;
873 }
874
875 //____________________________________________________________________
876 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
877 {
878 // Returns geometry volume id by delegation 
879
880   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
881     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
882   }
883   return 0;
884 }
885
886
887 //____________________________________________________________________
888 void AliTRDseedV1::Calibrate()
889 {
890 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
891 // The following information are used
892 //  - detector index
893 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
894 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
895 //
896 // The following information is cached in the tracklet
897 //   t0 (trigger delay)
898 //   drift velocity
899 //   PRF width
900 //   omega*tau = tg(a_L)
901 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
902 //
903 // Author :
904 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
905 // Date : Jan 8th 2009
906 //
907
908   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
909   if(cdb->GetRun() < 0){
910     AliError("OCDB manager not properly initialized");
911     return;
912   }
913
914   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
915   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
916                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
917   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
918   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
919
920   Int_t col = 70, row = 7;
921   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
922   if(GetN()){ 
923     Int_t ic = 0;
924     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
925     if(*c){
926       col = (*c)->GetPadCol();
927       row = (*c)->GetPadRow();
928     }
929   }
930
931   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
932   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
933   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
934   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
935   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
936   fDiffT, fVD);
937   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
938
939
940   SetBit(kCalib, kTRUE);
941 }
942
943 //____________________________________________________________________
944 void AliTRDseedV1::SetOwner()
945 {
946   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
947   
948   if(TestBit(kOwner)) return;
949   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
950     if(!fClusters[ic]) continue;
951     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
952   }
953   SetBit(kOwner);
954 }
955
956 //____________________________________________________________
957 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
958 {
959 // Shortcut method to initialize pad geometry.
960   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
961   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
962   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
963   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
964 }
965
966
967 //____________________________________________________________________
968 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
969 {
970 //
971 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
972 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
973 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
974 // 3. purge clusters
975 // 4. truncated mean on z direction
976 // 5. purge clusters
977 //
978 // Parameters
979 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
980 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
981 // Output
982 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
983 //      -
984 // Detailed description
985 //      
986 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
987 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
988 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
989 // BEGIN_LATEX
990 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
991 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
992 // END_LATEX
993 // 
994 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
995 // Debug  : level >3
996
997   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
998
999   if(!recoParam){
1000     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1001     return kFALSE;
1002   }
1003   // Initialize reco params for this tracklet
1004   // 1. first time bin in the drift region
1005   Int_t t0 = 14;
1006   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1007
1008   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov);       
1009   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
1010            s2yCl = 0., 
1011            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
1012            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1013            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1014   //define roads
1015   Double_t kroady = 1., //recoParam->GetRoad1y();
1016            kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1017   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1018   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1019   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1020   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1021   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1022
1023   AliDebug(4, "");
1024   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
1025
1026   // working variables
1027   const Int_t kNrows = 16;
1028   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1029   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
1030   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1031   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
1032   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1033   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1034   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1035   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1036
1037   // Do cluster projection
1038   AliTRDcluster *c = NULL;
1039   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
1040   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1041   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1042     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1043     if(!Int_t(*layer)) continue;
1044     // get track projection at layers position
1045     dx   = fX0 - layer->GetX();
1046     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1047     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1048     // get standard cluster error corrected for tilt
1049     cp.SetLocalTimeBin(it);
1050     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1051     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1052     // get estimated road
1053     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
1054
1055     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
1056
1057     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
1058
1059     // select clusters
1060     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
1061     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1062     Int_t n=0, idx[6];
1063     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1064     for(Int_t ic = n; ic--;){
1065       c  = (*layer)[idx[ic]];
1066       dy = yt - c->GetY();
1067       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
1068       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
1069 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
1070         printf("too large !!!\n");
1071         continue;
1072       }*/
1073       Int_t r = c->GetPadRow();
1074       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
1075       clst[r][ncl[r]] = c;
1076       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1077       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1078       yres[r][ncl[r]] = dy;
1079       ncl[r]++; ncls++;
1080
1081       if(ncl[r] >= kNcls) {
1082         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1083         kBUFFER = kTRUE;
1084         break;
1085       }
1086     }
1087     if(kBUFFER) break;
1088   }
1089   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
1090   if(ncls<kClmin){ 
1091     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1092     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1093     return kFALSE;
1094   }
1095
1096   // analyze each row individualy
1097   Bool_t kRowSelection(kFALSE);
1098   Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
1099   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
1100   TVectorD vdy[3];
1101   for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
1102     if(!(ncl[ir])) continue;
1103     if(lr>0 && ir-lr != 1){ 
1104       AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection."); 
1105       kRowSelection=kTRUE;
1106     }
1107
1108     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
1109     // Evaluate truncated mean on the y direction
1110     if(ncl[ir] < 4) continue;
1111     AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
1112
1113     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1114     AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
1115     // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
1116     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1117     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1118       if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){ 
1119         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1120       }
1121       nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
1122     }
1123     if(kFOUND){ 
1124       vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
1125       nr++; 
1126     }
1127     lr = ir; if(nr>=3) break;
1128   }
1129   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1130     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1131     UChar_t stat(0);
1132     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1133     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1134     cstreamer << "AttachClusters"
1135         << "stat="   << stat
1136         << "det="    << fDet
1137         << "pt="     << fPt
1138         << "s2y="    << s2yTrk
1139         << "r0="     << rowId[0]
1140         << "dy0="    << &vdy[0]
1141         << "m0="     << mean[0]
1142         << "s0="     << syDis[0]
1143         << "r1="     << rowId[1]
1144         << "dy1="    << &vdy[1]
1145         << "m1="     << mean[1]
1146         << "s1="     << syDis[1]
1147         << "r2="     << rowId[2]
1148         << "dy2="    << &vdy[2]
1149         << "m2="     << mean[2]
1150         << "s2="     << syDis[2]
1151         << "\n";
1152   }
1153
1154
1155   // analyze gap in rows attached 
1156   if(kRowSelection){
1157     SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1158     Int_t rowRemove(-1); 
1159     if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
1160       if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){ 
1161         if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1162       }else{
1163         if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1164         Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1165         Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1166       }
1167       rowRemove=1; nr=1; 
1168     } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
1169       if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){ 
1170         nr=2;rowRemove=2;
1171       } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){ 
1172         Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
1173         Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
1174         nr=2; rowRemove=2;
1175       }
1176     }
1177     if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
1178   }
1179   AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
1180
1181   if(nr==3){
1182     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1183     SetErrorMsg(kAttachRow);
1184     const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
1185     AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
1186       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1187       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1188       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1189       , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
1190       , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
1191       , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
1192     Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
1193     // backup
1194     Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
1195     Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
1196     Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
1197     Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
1198     nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
1199     nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
1200     nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
1201     AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
1202       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1203       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1204       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1205       , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
1206       , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
1207       , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
1208     nr=2;
1209   } else if(nr==2) {
1210     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1211     if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
1212       Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1213       Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1214     }
1215   }
1216
1217   // Select and store clusters 
1218   // We should consider here :
1219   //  1. How far is the chamber boundary
1220   //  2. How big is the mean
1221   Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
1222   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1223     Int_t jr(rowId[ir]);
1224     AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
1225     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1226       if(!blst[jr][ic])continue;
1227       c = clst[jr][ic];
1228       Int_t it(c->GetPadTime());
1229       Int_t idx(it+kNtb*ir);
1230       if(fClusters[idx]){
1231         AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
1232         // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
1233         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1234         // TODO should also compare with mean and sigma for this row
1235         if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
1236       }
1237
1238       // TODO proper indexing of clusters !!
1239       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1240       fClusters[idx] = c;
1241       dyc[idx]        = yres[jr][ic];
1242       n++;
1243     }
1244   }
1245   SetN(n);
1246
1247   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1248   if (GetN() < kClmin){
1249     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
1250     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1251     return kFALSE;
1252   }
1253
1254   // Load calibration parameters for this tracklet  
1255   Calibrate();
1256
1257   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1258   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1259   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1260     if(!fClusters[it]) continue;
1261     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1262     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1263     irp++;
1264   }  
1265   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1266   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1267   return kTRUE;
1268 }
1269
1270 //____________________________________________________________
1271 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1272 {
1273 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1274 //   The primitive data are
1275 //   - list of clusters
1276 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1277 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1278 //   - track reference position and direction
1279 //   - momentum of the track
1280 //   - time bin length [cm]
1281 // 
1282 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1283 //
1284   fkReconstructor = rec;
1285   AliTRDgeometry g;
1286   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1287
1288   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1289   //fTgl = fZref[1];
1290   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1291   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1292   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1293     if(!(*cit)) return;
1294     n++;
1295     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1296     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1297   }
1298   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1299   Fit();
1300   CookLabels();
1301   GetProbability();
1302 }
1303
1304
1305 //____________________________________________________________________
1306 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1307 {
1308 //
1309 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1310 //
1311 // Parameters :
1312 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1313 //           0 no correction [default]
1314 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1315 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1316 //
1317 // Output :
1318 //  True if successful
1319 //
1320 // Detailed description
1321 //
1322 //            Fit in the xy plane
1323 // 
1324 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1325 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1326 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1327 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1328 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1329 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1330 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1331 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1332 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1333 // inclination is given for TRD by:
1334 // BEGIN_LATEX
1335 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1336 // END_LATEX
1337 //
1338 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1339 // by projection i.e.
1340 // BEGIN_LATEX
1341 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1342 // END_LATEX
1343 // and also by the lorentz angle correction
1344 //
1345 //            Fit in the xz plane
1346 //
1347 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1348 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1349 // fit (see below).
1350 // 
1351 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1352 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1353 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1354 // of the z estimate is given by :
1355 // BEGIN_LATEX
1356 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1357 // END_LATEX
1358 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1359 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1360 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1361 // 
1362 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1363 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1364 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1365 //   - no general model for the qx dependence
1366 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1367 //   - gain calibration dependence
1368 //
1369 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1370 //
1371 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1372 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1373 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1374 // BEGIN_LATEX
1375 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1376 // END_LATEX
1377 // and thus the radial position is:
1378 // BEGIN_LATEX
1379 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1380 // END_LATEX
1381 //
1382 //            Estimation of tracklet position error 
1383 //
1384 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1385 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1386 // BEGIN_LATEX
1387 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1388 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1389 // END_LATEX
1390 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1391 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1392 // BEGIN_LATEX
1393 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1394 // END_LATEX
1395 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1396 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1397 //
1398 // Author 
1399 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1400
1401   if(!fkReconstructor){
1402     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
1403     return kFALSE;
1404   }
1405   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1406   if(opt>2){
1407     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
1408     opt=0;
1409   }
1410
1411   const Int_t kClmin = 8;
1412   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
1413   // get track direction
1414   Double_t y0   = fYref[0];
1415   Double_t dydx = fYref[1]; 
1416   Double_t z0   = fZref[0];
1417   Double_t dzdx = fZref[1];
1418
1419   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1420   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1421
1422   // book cluster information
1423   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1424
1425   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
1426         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
1427         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate 
1428         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
1429   Int_t n(0);   // clusters used in fit 
1430   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
1431   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1432
1433   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
1434   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
1435
1436   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
1437     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
1438     if(!(c = (*jc))) continue;
1439     if(!c->IsInChamber()) continue;
1440     // compute pseudo tilt correction
1441     if(kDZDX){ 
1442       fZfit[0] = c->GetZ();
1443       if(rc){
1444         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
1445           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
1446           if(!cc->IsInChamber()) continue;
1447           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
1448           break;
1449         }
1450       }
1451       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1452       if(rc){
1453         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1454         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1455       }
1456       kDZDX=kFALSE;
1457     }
1458
1459     Float_t w = 1.;
1460     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1461     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1462
1463     // cluster charge
1464     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1465     // pad row of leading 
1466
1467     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1468
1469     // Recalculate cluster error based on tracking information
1470     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
1471     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
1472     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1473
1474     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ? 
1475       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1476     zc[n]   = c->GetZ();
1477
1478     //optional r-phi correction
1479     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
1480     Float_t correction(0.);
1481     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
1482     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
1483     yc[n]-=correction;
1484     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
1485
1486     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
1487     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1488     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
1489     n++;
1490   }
1491
1492   // to few clusters
1493   if (n < kClmin){ 
1494     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
1495     SetErrorMsg(kFitCl);
1496     return kFALSE; 
1497   }
1498   // fit XY
1499   if(!fitterY.Eval()){
1500     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
1501     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1502     return kFALSE;
1503   }
1504   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1505   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1506   // store covariance
1507   Double_t p[3];
1508   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1509   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
1510   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
1511   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
1512   // the ref radial position is set at the minimum of 
1513   // the y variance of the tracklet
1514   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1515   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1516
1517   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1518   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1519     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1520     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1521     return kFALSE;
1522   }
1523
1524 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
1525     Float_t xMin = fX0;
1526     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1527     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1528     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1529       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1530       if(!(c = (*jc))) continue;
1531       if(!c->IsInChamber()) continue;
1532       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1533       fX = fX0 - c->GetX();
1534     }
1535     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1536     // Error parameterization
1537     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1538     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1539
1540   // fit QZ
1541   if(opt!=1 && IsRowCross()){
1542     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
1543     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){ 
1544       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
1545       // better knowledge of z position
1546 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1547 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
1548 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x; 
1549 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0; 
1550 //       redo fit on xy plane
1551     }
1552     // temporary external error parameterization
1553     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1554     // TODO correct formula
1555     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1556   } else {
1557     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1558     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1559   }
1560   return kTRUE;
1561 }
1562
1563
1564 /*
1565 //_____________________________________________________________________________
1566 void AliTRDseedV1::FitMI()
1567 {
1568 //
1569 // Fit the seed.
1570 // Marian Ivanov's version 
1571 //
1572 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
1573 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1574 // dy = y - yt             (1)
1575 // the tilting correction is written :
1576 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1577 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1578 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1579 // from (1),(2),(3) and (4)
1580 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1581 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1582 // 1. use tilting correction for calculating the y
1583 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1584   const Float_t kRatio  = 0.8;
1585   const Int_t   kClmin  = 5;
1586   const Float_t kmaxtan = 2;
1587
1588   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1589                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1590                 return;              // Track inclined too much
1591         }
1592
1593   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1594   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
1595   Int_t fNChange = 0;
1596
1597   Double_t sumw;
1598   Double_t sumwx;
1599   Double_t sumwx2;
1600   Double_t sumwy;
1601   Double_t sumwxy;
1602   Double_t sumwz;
1603   Double_t sumwxz;
1604
1605         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1606   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
1607                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1608   Int_t    zouts[2*kNtb];       
1609   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1610   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1611   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1612   
1613   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1614   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1615   
1616   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
1617   fN2 = 0;
1618   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1619     yres[i] = 10000.0;
1620     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1621     if(!c->IsInChamber()) continue;
1622     // Residual y
1623     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1624     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1625     fY[i] = c->GetY();
1626     fZ[i] = c->GetZ();
1627     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1628     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1629     fN++;
1630   }
1631
1632   if (fN < kClmin){
1633     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1634     return; 
1635   }
1636   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1637   Float_t fZProb   = zouts[0];
1638   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1639   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1640     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1641     return;
1642   }
1643   
1644   // Z distance bigger than pad - length
1645   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1646   
1647   Int_t  breaktime = -1;
1648   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1649   Int_t  cumul[kNtb][2];
1650   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1651   
1652   if (zouts[3] >= 3) {
1653
1654     //
1655     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1656     // with maximal number of accepted clusters
1657     //
1658     fNChange = 1;
1659     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1660       cumul[i][0] = counts[0];
1661       cumul[i][1] = counts[1];
1662       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1663       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1664     }
1665     Int_t  maxcount = 0;
1666     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1667       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1668       Int_t before = cumul[i][1];
1669       if (after + before > maxcount) { 
1670         maxcount  = after + before; 
1671         breaktime = i;
1672         mbefore   = kFALSE;
1673       }
1674       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1675       before = cumul[i][0];
1676       if (after + before > maxcount) { 
1677         maxcount  = after + before; 
1678         breaktime = i;
1679         mbefore   = kTRUE;
1680       }
1681     }
1682     breaktime -= 1;
1683   }
1684
1685   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1686     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1687     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1688   }  
1689
1690   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1691       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1692     //
1693     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
1694     //
1695     fNChange = 0;
1696     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1697       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1698     } 
1699   }
1700   
1701   if (fNChange > 0) {
1702     //
1703     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1704     //
1705     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1706       if (!fClusters[i]) continue; 
1707       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1708       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1709       // Residual y
1710       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
1711       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1712 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1713 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1714 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1715       }
1716     }
1717   }
1718   
1719   Double_t yres2[kNtb];
1720   Double_t mean;
1721   Double_t sigma;
1722   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1723     if (!fClusters[i]) continue;
1724     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1725     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1726     yres2[fN2] = yres[i];
1727     fN2++;
1728   }
1729   if (fN2 < kClmin) {
1730                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1731     fN2 = 0;
1732     return;
1733   }
1734   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1735   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1736     sigma = sigmaexp;
1737   }
1738   //Float_t fSigmaY = sigma;
1739
1740   // Reset sums
1741   sumw   = 0; 
1742   sumwx  = 0; 
1743   sumwx2 = 0;
1744   sumwy  = 0; 
1745   sumwxy = 0; 
1746   sumwz  = 0;
1747   sumwxz = 0;
1748
1749   fN2    = 0;
1750   Float_t fMeanz = 0;
1751   Float_t fMPads = 0;
1752   fUsable = 0;
1753   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1754     if (!fClusters[i]) continue;
1755     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1756     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1757     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1758     SETBIT(fUsable,i);
1759     fN2++;
1760     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1761     Float_t weight = 1.0;
1762     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1763     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1764    
1765         
1766     Double_t x = fX[i];
1767     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1768     
1769     sumw   += weight; 
1770     sumwx  += x * weight; 
1771     sumwx2 += x*x * weight;
1772     sumwy  += weight * yres[i];  
1773     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1774     sumwz  += weight * fZ[i];    
1775     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1776
1777   }
1778
1779   if (fN2 < kClmin){
1780                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1781     fN2 = 0;
1782     return;
1783   }
1784   fMeanz = sumwz / sumw;
1785   Float_t correction = 0;
1786   if (fNChange > 0) {
1787     // Tracklet on boundary
1788     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1789     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1790   }
1791
1792   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1793   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1794   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1795   
1796   fS2Y = 0;
1797   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1798     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1799     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1800     fS2Y += delta*delta;
1801   }
1802   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1803         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1804         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1805   
1806   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1807   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1808 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1809 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1810 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1811   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1812
1813   UpdateUsed();
1814 }*/
1815
1816 //___________________________________________________________________
1817 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1818 {
1819   //
1820   // Printing the seedstatus
1821   //
1822
1823   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1824   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1825   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1826   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1827
1828   Double_t cov[3], x=GetX();
1829   GetCovAt(x, cov);
1830   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1831   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1832   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1833   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1834   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
1835   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1836   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1837
1838   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1839
1840   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1841   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1842     if(!(*jc)) continue;
1843     (*jc)->Print(o);
1844   }
1845 }
1846
1847
1848 //___________________________________________________________________
1849 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1850 {
1851   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1852   // as the given one
1853
1854   if(!o) return kFALSE;
1855   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1856   if(!inTracklet) return kFALSE;
1857
1858   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1859     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1860     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1861   }
1862   
1863   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
1864   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
1865   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
1866   
1867   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1868 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1869 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1870 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1871     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1872   }
1873 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1874
1875   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1876     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1877     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1878     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1879   }
1880   
1881 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1882   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1883   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1884   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1885   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1886   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1887    
1888   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
1889   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1890   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
1891   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1892
1893   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1894   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
1895   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
1896   
1897   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1898     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1899     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1900     if (curCluster && inCluster){
1901       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1902         curCluster->Print();
1903         inCluster->Print();
1904         return kFALSE;
1905       }
1906     } else {
1907       // if one cluster exists, and corresponding 
1908       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1909       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1910     }
1911   }
1912   return kTRUE;
1913 }
1914