TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TLinearFitter.h"
  40 #include "TClonesArray.h" // tmp
  41 #include <TTreeStream.h>
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliMathBase.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46 #include "AliTracker.h"
  47
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDcluster.h"
  50 #include "AliTRDseedV1.h"
  51 #include "AliTRDtrackV1.h"
  52 #include "AliTRDcalibDB.h"
  53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  56 #include "AliTRDrecoParam.h"
  57 #include "AliTRDCommonParam.h"
  58
  59 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  60 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  61 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  62
  63 ClassImp(AliTRDseedV1)
  64
  65 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterY = NULL;
  66 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterZ = NULL;
  67
  68 //____________________________________________________________________
  69 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  70   :AliTRDtrackletBase()
  71   ,fkReconstructor(NULL)
  72   ,fClusterIter(NULL)
  73   ,fExB(0.)
  74   ,fVD(0.)
  75   ,fT0(0.)
  76   ,fS2PRF(0.)
  77   ,fDiffL(0.)
  78   ,fDiffT(0.)
  79   ,fClusterIdx(0)
  80   ,fErrorMsg(0)
  81   ,fN(0)
  82   ,fDet(det)
  83   ,fPt(0.)
  84   ,fdX(0.)
  85   ,fX0(0.)
  86   ,fX(0.)
  87   ,fY(0.)
  88   ,fZ(0.)
  89   ,fS2Y(0.)
  90   ,fS2Z(0.)
  91   ,fC(0.)
  92   ,fChi2(0.)
  93 {
  94   //
  95   // Constructor
  96   //
  97   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  98   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
  99   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 100   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 101   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 102   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 103   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 104   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 105   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 106   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 107   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 108   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 109   // covariance matrix [diagonal]
 110   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 111   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 112   SetStandAlone(kFALSE);
 113 }
 114
 115 //____________________________________________________________________
 116 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 117   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 118   ,fkReconstructor(NULL)
 119   ,fClusterIter(NULL)
 120   ,fExB(0.)
 121   ,fVD(0.)
 122   ,fT0(0.)
 123   ,fS2PRF(0.)
 124   ,fDiffL(0.)
 125   ,fDiffT(0.)
 126   ,fClusterIdx(0)
 127   ,fErrorMsg(0)
 128   ,fN(0)
 129   ,fDet(-1)
 130   ,fPt(0.)
 131   ,fdX(0.)
 132   ,fX0(0.)
 133   ,fX(0.)
 134   ,fY(0.)
 135   ,fZ(0.)
 136   ,fS2Y(0.)
 137   ,fS2Z(0.)
 138   ,fC(0.)
 139   ,fChi2(0.)
 140 {
 141   //
 142   // Copy Constructor performing a deep copy
 143   //
 144   if(this != &ref){
 145     ref.Copy(*this);
 146   }
 147   SetBit(kOwner, kFALSE);
 148   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 149 }
 150
 151
 152 //____________________________________________________________________
 153 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 154 {
 155   //
 156   // Assignment Operator using the copy function
 157   //
 158
 159   if(this != &ref){
 160     ref.Copy(*this);
 161   }
 162   SetBit(kOwner, kFALSE);
 163
 164   return *this;
 165 }
 166
 167 //____________________________________________________________________
 168 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 169 {
 170   //
 171   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 172   //
 173
 174   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 175
 176   if(IsOwner()) {
 177     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 178       if(!fClusters[itb]) continue;
 179       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 180       delete fClusters[itb];
 181       fClusters[itb] = NULL;
 182     }
 183   }
 184 }
 185
 186 //____________________________________________________________________
 187 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 188 {
 189   //
 190   // Copy function
 191   //
 192
 193   //AliInfo("");
 194   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 195
 196   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 197   target.fClusterIter   = NULL;
 198   target.fExB           = fExB;
 199   target.fVD            = fVD;
 200   target.fT0            = fT0;
 201   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 202   target.fDiffL         = fDiffL;
 203   target.fDiffT         = fDiffT;
 204   target.fClusterIdx    = 0;
 205   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
 206   target.fN             = fN;
 207   target.fDet           = fDet;
 208   target.fPt            = fPt;
 209   target.fdX            = fdX;
 210   target.fX0            = fX0;
 211   target.fX             = fX;
 212   target.fY             = fY;
 213   target.fZ             = fZ;
 214   target.fS2Y           = fS2Y;
 215   target.fS2Z           = fS2Z;
 216   target.fC             = fC;
 217   target.fChi2          = fChi2;
 218
 219   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 220   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 221   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
 222   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 223   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 224   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 225   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 226   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 227   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 228   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 229   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 230   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 231
 232   TObject::Copy(ref);
 233 }
 234
 235
 236 //____________________________________________________________
 237 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 238 {
 239 // Initialize this tracklet using the track information
 240 //
 241 // Parameters:
 242 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 243 //
 244 // Detailed description
 245 // The function sets the starting point and direction of the
 246 // tracklet according to the information from the TRD track.
 247 //
 248 // Caution
 249 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 250 // chamber where the tracklet will be constructed
 251 //
 252
 253   Double_t y, z;
 254   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 255   Update(track);
 256   return kTRUE;
 257 }
 258
 259
 260 //_____________________________________________________________________________
 261 void AliTRDseedV1::Reset()
 262 {
 263   //
 264   // Reset seed
 265   //
 266   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 267   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 268   fClusterIdx=0;
 269   fErrorMsg = 0;
 270   fN=0;
 271   fDet=-1;
 272   fPt=0.;
 273   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 274   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 275   fC=0.; fChi2 = 0.;
 276
 277   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 278   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 279   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 280   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 281   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 282   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 283   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 284   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 285   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 286   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 287   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 288   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 289   // covariance matrix [diagonal]
 290   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 291   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 292 }
 293
 294 //____________________________________________________________________
 295 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 296 {
 297   // update tracklet reference position from the TRD track
 298
 299   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 300   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 301   fPt = trk->Pt();
 302   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp);
 303   fYref[1] = fSnp*norm;
 304   fZref[1] = fTgl*norm;
 305   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 306
 307   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 308   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 309   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 310 }
 311
 312 //_____________________________________________________________________________
 313 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 314 {
 315   //
 316   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 317   //
 318
 319   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 320   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 321     if (!fClusters[i]) continue;
 322     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 323       nused++;
 324     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 325       if(IsStandAlone()) nused++;
 326       else nshared++;
 327     }
 328   }
 329   SetNUsed(nused);
 330   SetNShared(nshared);
 331 }
 332
 333 //_____________________________________________________________________________
 334 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 335 {
 336   //
 337   // Use clusters
 338   //
 339   // In stand alone mode:
 340   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 341   // removed from the tracklet
 342   //
 343   // In barrel mode:
 344   // - Clusters which are used by another track become shared
 345   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 346   //
 347   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 348   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 349     if(!(*c)) continue;
 350     if(IsStandAlone()){
 351       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 352         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 353         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 354         (*c) = NULL;
 355         fIndexes[ic] = -1;
 356         SetN(GetN()-1);
 357         continue;
 358       }
 359     } else {
 360       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 361         (*c)->SetShared();
 362         continue;
 363       }
 364     }
 365     (*c)->Use();
 366   }
 367 }
 368
 369
 370
 371 //____________________________________________________________________
 372 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 373 {
 374 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 375 //
 376 // Parameters:
 377 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 378 // Output:
 379 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 380 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 381 //
 382 // Detailed description
 383 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 384 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 385 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 386 //
 387 // The following effects are included in the calculation:
 388 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 389 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 390 // 3. cluster size
 391 //
 392
 393   Int_t nclusters[kNslices];
 394   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
 395   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 396
 397   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 398
 399   AliTRDcluster *c = NULL;
 400   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 401     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 402     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 403
 404     // Filter clusters for dE/dx calculation
 405
 406     // 1.consider calibration effects for slice determination
 407     Int_t slice;
 408     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 409       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 410     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 411
 412
 413     // 2. take sharing into account
 414     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 415
 416     // 3. take into account large clusters TODO
 417     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 418
 419     //CHECK !!!
 420     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 421     nclusters[slice]++;
 422   } // End of loop over clusters
 423
 424   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
 425   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
 426   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
 427     for(int is=0; is<nslices; is++){
 428       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
 429     }
 430   }
 431 }
 432
 433 //_____________________________________________________________________________
 434 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 435 {
 436   //
 437   // Cook 2 labels for seed
 438   //
 439
 440   Int_t labels[200];
 441   Int_t out[200];
 442   Int_t nlab = 0;
 443   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 444     if (!fClusters[i]) continue;
 445     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 446       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 447         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 448         nlab++;
 449       }
 450     }
 451   }
 452
 453   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 454   fLabels[0] = out[0];
 455   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 456 }
 457
 458
 459 //____________________________________________________________________
 460 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 461 {
 462 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 463 // the charge per unit length can be written as:
 464 // BEGIN_LATEX
 465 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 466 // END_LATEX
 467 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 468 // of the time bin.
 469 // The following correction are applied :
 470 //   - charge : pad row cross corrections
 471 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 472 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 473 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 474 //
 475 //Begin_Html
 476 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 477 //End_Html
 478 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 479 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 480 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 481 //
 482   Float_t dq = 0.;
 483   // check whether both clusters are inside the chamber
 484   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 485   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 486     hasClusterInChamber = kTRUE;
 487     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 488   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 489     hasClusterInChamber = kTRUE;
 490     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 491   }
 492   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 493   if(dq<1.e-3) return 0.;
 494
 495   Double_t dx = fdX;
 496   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 497     Float_t x2(0.), x1(0.);
 498     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 499     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 500     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 501     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 502     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 503     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 504     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 505     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 506     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 507     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 508
 509     dx = .5*(x2 - x1);
 510   }
 511   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 512   if(dl) (*dl) = dx;
 513   return dq/dx;
 514 }
 515
 516 //____________________________________________________________
 517 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 518 {
 519 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 520 // BEGIN_LATEX
 521 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 522 // END_LATEX
 523 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 524 // The estimated variance of the momentum is given by:
 525 // BEGIN_LATEX
 526 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 527 // END_LATEX
 528 // which can be simplified to
 529 // BEGIN_LATEX
 530 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 531 // END_LATEX
 532 //
 533
 534   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 535   Double_t p2 = p*p;
 536   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 537   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 538   if(err){
 539     Double_t s2 =
 540       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 541      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 542      +p2*pt2*fRefCov[6];
 543     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 544   }
 545   return p;
 546 }
 547
 548
 549 //____________________________________________________________________
 550 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 551 {
 552   if(!force) return &fProb[0];
 553   if(!CookPID()) return NULL;
 554   return &fProb[0];
 555 }
 556
 557 //____________________________________________________________
 558 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 559 {
 560 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 561 //
 562 // Parameters
 563 //
 564 // Output
 565 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 566 //
 567 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 568 // - estimated momentum at tracklet reference point
 569 // - dE/dx measurements
 570 // - tracklet length
 571 // - TRD layer
 572 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 573 // - Neural Network [default] - option "nn"
 574 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 575
 576   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 577   if (!calibration) {
 578     AliError("No access to calibration data");
 579     return kFALSE;
 580   }
 581
 582   if (!fkReconstructor) {
 583     AliError("Reconstructor not set.");
 584     return kFALSE;
 585   }
 586
 587   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 588   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 589   if (!pd) {
 590     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 591     return kFALSE;
 592   }
 593   //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
 594
 595   // calculate tracklet length TO DO
 596   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 597   /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
 598
 599   //calculate dE/dx
 600   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
 601
 602   // Sets the a priori probabilities
 603   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 604     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
 605
 606   return kTRUE;
 607 }
 608
 609 //____________________________________________________________________
 610 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 611 {
 612   //
 613   // Returns a quality measurement of the current seed
 614   //
 615
 616   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 617   return
 618       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 619     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 620     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 621     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 622 }
 623
 624 //____________________________________________________________________
 625 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 626 {
 627 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 628 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 629 //   cov[0] = Var(y)
 630 //   cov[1] = Cov(yz)
 631 //   cov[2] = Var(z)
 632 //
 633 // Details
 634 //
 635 // For the linear transformation
 636 // BEGIN_LATEX
 637 // Y = T_{x} X^{T}
 638 // END_LATEX
 639 //   The error propagation has the general form
 640 // BEGIN_LATEX
 641 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 642 // END_LATEX
 643 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 644 // at point x we consider:
 645 // BEGIN_LATEX
 646 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 647 // END_LATEX
 648 // and secondly to take into account the tilt angle
 649 // BEGIN_LATEX
 650 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 651 // END_LATEX
 652 //
 653 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 654 // BEGIN_LATEX
 655 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 656 // END_LATEX
 657 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 658 // BEGIN_LATEX
 659 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 660 // END_LATEX
 661 //
 662 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 663 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 664 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 665 //
 666 // Author :
 667 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 668 // Date : Jan 8th 2009
 669 //
 670
 671
 672   Double_t xr     = fX0-x;
 673   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 674   Double_t sz2    = fS2Z;
 675   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 676
 677   // insert systematic uncertainties
 678   if(fkReconstructor){
 679     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 680     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 681     sy2 += sys[0];
 682     sz2 += sys[1];
 683   }
 684   // rotate covariance matrix
 685   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 686   Double_t correction = 1./(1. + t2);
 687   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 688   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 689   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 690
 691   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
 692 }
 693
 694 //____________________________________________________________
 695 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 696 {
 697 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 698 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 699 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 700 //
 701 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 702 // the following relation is used:
 703 // BEGIN_LATEX
 704 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 705 // END_LATEX
 706 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 707 // In case C is symmetric the followings are true:
 708 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 709 //   - V = V^{-1}
 710 //
 711 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 712 // Date   Mar 19 2009
 713
 714   Double_t l[2], // eigenvalues
 715            v[3]; // eigenvectors
 716   // the secular equation and its solution :
 717   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 718   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 719   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 720   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 721           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 722   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
 723   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 724   l[0] = .5*(tr + dd);
 725   l[1] = .5*(tr - dd);
 726   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
 727
 728   // the sym V matrix
 729   // | v00   v10|
 730   // | v10   v11|
 731   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
 732   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
 733   v[1] = tmp*v[0];
 734   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
 735   // the VD^{1/2}V is:
 736   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 737   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 738   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 739   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 740
 741   return 1.;
 742 }
 743
 744 //____________________________________________________________
 745 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 746 {
 747 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 748 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 749 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 750 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 751 //
 752 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 753 // Date   Mar 19 2009
 754
 755   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 756   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 757   Double_t invDet = 1./det;
 758   d[0] = c[2]*invDet;
 759   d[1] =-c[1]*invDet;
 760   d[2] = c[0]*invDet;
 761   return det;
 762 }
 763
 764 //____________________________________________________________________
 765 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 766 {
 767   Int_t ic=0;
 768   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
 769   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
 770 }
 771
 772 //____________________________________________________________________
 773 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterY()
 774 {
 775   if(!fgFitterY) fgFitterY = new TLinearFitter(1, "pol1");
 776   fgFitterY->ClearPoints();
 777   return fgFitterY;
 778 }
 779
 780 //____________________________________________________________________
 781 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterZ()
 782 {
 783   if(!fgFitterZ) fgFitterZ = new TLinearFitter(1, "pol1");
 784   fgFitterZ->ClearPoints();
 785   return fgFitterZ;
 786 }
 787
 788 //____________________________________________________________________
 789 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 790 {
 791 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 792 // The following information are used
 793 //  - detector index
 794 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 795 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 796 //
 797 // The following information is cached in the tracklet
 798 //   t0 (trigger delay)
 799 //   drift velocity
 800 //   PRF width
 801 //   omega*tau = tg(a_L)
 802 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 803 //
 804 // Author :
 805 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 806 // Date : Jan 8th 2009
 807 //
 808
 809   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 810   if(cdb->GetRun() < 0){
 811     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 812     return;
 813   }
 814
 815   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 816   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 817                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 818   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 819   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 820
 821   Int_t col = 70, row = 7;
 822   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 823   if(GetN()){
 824     Int_t ic = 0;
 825     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 826     if(*c){
 827       col = (*c)->GetPadCol();
 828       row = (*c)->GetPadRow();
 829     }
 830   }
 831
 832   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 833   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 834   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 835   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 836   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 837   fDiffT, fVD);
 838   SetBit(kCalib, kTRUE);
 839 }
 840
 841 //____________________________________________________________________
 842 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 843 {
 844   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 845
 846   if(TestBit(kOwner)) return;
 847   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 848     if(!fClusters[ic]) continue;
 849     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 850   }
 851   SetBit(kOwner);
 852 }
 853
 854 //____________________________________________________________
 855 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
 856 {
 857 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 858   if(!p) return;
 859   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
 860   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
 861   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
 862 }
 863
 864
 865 //____________________________________________________________________
 866 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
 867 {
 868 //
 869 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 870 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 871 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 872 // 3. purge clusters
 873 // 4. truncated mean on z direction
 874 // 5. purge clusters
 875 //
 876 // Parameters
 877 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 878 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 879 // Output
 880 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 881 //      -
 882 // Detailed description
 883 //
 884 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
 885 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
 886 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
 887 // BEGIN_LATEX
 888 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
 889 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
 890 // END_LATEX
 891 //
 892 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 893 // Debug  : level >3
 894
 895   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
 896     AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
 897     return kFALSE;
 898   }
 899   // Initialize reco params for this tracklet
 900   // 1. first time bin in the drift region
 901   Int_t t0 = 14;
 902   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
 903
 904   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov);
 905   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
 906            s2yCl = 0.,
 907            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
 908            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
 909            t2    = GetTilt()*GetTilt();
 910   //define roads
 911   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
 912            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
 913   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
 914   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
 915   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
 916   if(fkReconstructor->IsHLT())cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
 917   Calibrate();
 918
 919   AliDebug(4, "");
 920   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
 921
 922   // working variables
 923   const Int_t kNrows = 16;
 924   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
 925   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
 926   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
 927   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
 928   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
 929   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
 930   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
 931   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
 932
 933   // Do cluster projection
 934   AliTRDcluster *c = NULL;
 935   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
 936   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
 937   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
 938     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
 939     if(!Int_t(*layer)) continue;
 940     // get track projection at layers position
 941     dx   = fX0 - layer->GetX();
 942     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
 943     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
 944     // get standard cluster error corrected for tilt
 945     cp.SetLocalTimeBin(it);
 946     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
 947     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
 948     // get estimated road
 949     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
 950
 951     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
 952
 953     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
 954
 955     // select clusters
 956     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
 957     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
 958     Int_t n=0, idx[6];
 959     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
 960     for(Int_t ic = n; ic--;){
 961       c  = (*layer)[idx[ic]];
 962       dy = yt - c->GetY();
 963       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
 964       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
 965 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){
 966         printf("too large !!!\n");
 967         continue;
 968       }*/
 969       Int_t r = c->GetPadRow();
 970       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
 971       clst[r][ncl[r]] = c;
 972       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
 973       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
 974       yres[r][ncl[r]] = dy;
 975       ncl[r]++; ncls++;
 976
 977       if(ncl[r] >= kNcls) {
 978         AliWarning(Form("Cluster candidates reached buffer limit %d. Some may be lost.", kNcls));
 979         kBUFFER = kTRUE;
 980         break;
 981       }
 982     }
 983     if(kBUFFER) break;
 984   }
 985   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
 986   if(ncls<kClmin){
 987     AliDebug(2, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
 988     SetErrorMsg(kAttachClFound);
 989     return kFALSE;
 990   }
 991
 992   // analyze each row individualy
 993   Double_t mean, syDis;
 994   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, nr = 0, lr=-1;
 995   for(Int_t ir=kNrows; ir--;){
 996     if(!(ncl[ir])) continue;
 997     if(lr>0 && lr-ir != 1){
 998       AliDebug(2, "Gap in rows attached");
 999     }
1000     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
1001     // Evaluate truncated mean on the y direction
1002     if(ncl[ir] > 3) AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean, syDis, Int_t(ncl[ir]*.8));
1003     else {
1004       mean = 0.; syDis = 0.;
1005       continue;
1006     }
1007
1008     if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1009       TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1010       TVectorD vdy(ncl[ir], yres[ir]);
1011       UChar_t stat(0);
1012       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1013       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1014       cstreamer << "AttachClusters"
1015           << "stat="   << stat
1016           << "det="    << fDet
1017           << "pt="     << fPt
1018           << "s2y="    << s2yTrk
1019           << "dy="     << &vdy
1020           << "m="      << mean
1021           << "s="      << syDis
1022           << "\n";
1023     }
1024
1025     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1026     AliDebug(4, Form("  m[%f (%5.3fs)] s[%f]", mean, TMath::Abs(mean/syDis), syDis));
1027     // select clusters on a 3 sigmaDistr level
1028     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1029     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1030       if(yres[ir][ic] - mean > 3. * syDis){
1031         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1032       }
1033       nrow[nr]++; kFOUND = kTRUE;
1034     }
1035     // exit loop
1036     if(kFOUND) nr++;
1037     lr = ir; if(nr>=3) break;
1038   }
1039   AliDebug(4, Form("  nr[%d = %d + %d + %d]", nr, nrow[0], nrow[1], nrow[2]));
1040
1041   // classify cluster rows
1042   Int_t row = -1;
1043   switch(nr){
1044   case 1:
1045     row = lr;
1046     break;
1047   case 2:
1048     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1049     if(nrow[0] > nrow[1]){ row = lr+1; lr = -1;}
1050     else{
1051       row = lr; lr = 1;
1052       nrow[2] = nrow[1];
1053       nrow[1] = nrow[0];
1054       nrow[0] = nrow[2];
1055     }
1056     break;
1057   case 3:
1058     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1059     break;
1060   }
1061   AliDebug(4, Form("  Ncl[rowMax = %d] = %d", row, nrow[0]));
1062   if(row<0){
1063     AliDebug(2, Form("WRONG ROW %d.", row));
1064     SetErrorMsg(kAttachRow);
1065     return kFALSE;
1066   }
1067   // Select and store clusters
1068   // We should consider here :
1069   //  1. How far is the chamber boundary
1070   //  2. How big is the mean
1071   Int_t n = 0;
1072   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1073     Int_t jr = row + ir*lr;
1074     AliDebug(4, Form("  Ncl[%d] @ R[%d] attaching ...", ncl[jr], jr));
1075     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1076       if(!blst[jr][ic])continue;
1077       c = clst[jr][ic];
1078       Int_t it = c->GetPadTime();
1079       Int_t idx = it+kNtb*ir;
1080       if(fClusters[idx]){
1081         AliDebug(2, Form("Cluster position already allocated tb[%2d] r[%d]. Skip !", it, jr));
1082         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1083         continue;
1084       }
1085
1086       // TODO proper indexing of clusters !!
1087       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1088       fClusters[idx] = c;
1089       n++;
1090     }
1091   }
1092   SetN(n);
1093
1094   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1095   if (GetN() < kClmin){
1096     AliDebug(2, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS ATTACHED TO THE TRACKLET %d [%d] FROM FOUND [%d].", GetN(), kClmin, n));
1097     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1098     return kFALSE;
1099   }
1100
1101   // Load calibration parameters for this tracklet
1102   Calibrate();
1103
1104   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1105   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1106   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1107     if(!fClusters[it]) continue;
1108     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1109     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1110     irp++;
1111   }
1112   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1113   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1114   return kTRUE;
1115 }
1116
1117 //____________________________________________________________
1118 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1119 {
1120 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1121 //   The primitive data are
1122 //   - list of clusters
1123 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1124 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1125 //   - track reference position and direction
1126 //   - momentum of the track
1127 //   - time bin length [cm]
1128 //
1129 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1130 //
1131   fkReconstructor = rec;
1132   AliTRDgeometry g;
1133   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1134   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1135   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1136   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1137   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1138   //fTgl = fZref[1];
1139   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1140   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1141   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1142     if(!(*cit)) return;
1143     n++;
1144     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1145     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1146   }
1147   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1148   Fit();
1149   CookLabels();
1150   GetProbability();
1151 }
1152
1153
1154 //____________________________________________________________________
1155 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1156 {
1157 //
1158 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1159 //
1160 // Parameters :
1161 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on
1162 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1163 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity
1164 //            and a finner error parameterization estimation [default false]
1165 // Output :
1166 //  True if successful
1167 //
1168 // Detailed description
1169 //
1170 //            Fit in the xy plane
1171 //
1172 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1173 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1174 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1175 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1176 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1177 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1178 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1179 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1180 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1181 // inclination is given for TRD by:
1182 // BEGIN_LATEX
1183 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1184 // END_LATEX
1185 //
1186 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1187 // by projection i.e.
1188 // BEGIN_LATEX
1189 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1190 // END_LATEX
1191 // and also by the lorentz angle correction
1192 //
1193 //            Fit in the xz plane
1194 //
1195 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1196 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1197 // fit (see below).
1198 //
1199 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1200 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1201 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1202 // of the z estimate is given by :
1203 // BEGIN_LATEX
1204 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1205 // END_LATEX
1206 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1207 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1208 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1209 //
1210 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1211 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1212 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1213 //   - no general model for the qx dependence
1214 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1215 //   - gain calibration dependence
1216 //
1217 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1218 //
1219 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1220 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1221 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1222 // BEGIN_LATEX
1223 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1224 // END_LATEX
1225 // and thus the radial position is:
1226 // BEGIN_LATEX
1227 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1228 // END_LATEX
1229 //
1230 //            Estimation of tracklet position error
1231 //
1232 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1233 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1234 // BEGIN_LATEX
1235 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1236 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1237 // END_LATEX
1238 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1239 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1240 // BEGIN_LATEX
1241 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1242 // END_LATEX
1243 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1244 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1245 //
1246 // Author
1247 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1248
1249   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1250
1251   const Int_t kClmin = 8;
1252
1253   // get track direction
1254   Double_t y0   = fYref[0];
1255   Double_t dydx = fYref[1];
1256   Double_t z0   = fZref[0];
1257   Double_t dzdx = fZref[1];
1258   Double_t yt, zt;
1259
1260   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1261   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1262
1263   // book cluster information
1264   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1265
1266   Int_t n = 0;
1267   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1268   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1269     xc[ic]  = -1.;
1270     yc[ic]  = 999.;
1271     zc[ic]  = 999.;
1272     sy[ic]  = 0.;
1273     if(!(c = (*jc))) continue;
1274     if(!c->IsInChamber()) continue;
1275
1276     Float_t w = 1.;
1277     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1278     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1279
1280     // cluster charge
1281     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1282     // pad row of leading
1283
1284     // Radial cluster position
1285     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1286     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1287     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1288
1289     // extrapolated track to cluster position
1290     yt = y0 - xc[n]*dydx;
1291     zt = z0 - xc[n]*dzdx;
1292
1293     // Recalculate cluster error based on tracking information
1294     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1295     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1296
1297     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ?
1298       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1299     zc[n]   = c->GetZ();
1300     //optional tilt correction
1301     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt));
1302
1303     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1304     if(IsRowCross())fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1305     n++;
1306   }
1307
1308   // to few clusters
1309   if (n < kClmin) return kFALSE;
1310
1311   // fit XY
1312   fitterY.Eval();
1313   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1314   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1315   // store covariance
1316   Double_t p[3];
1317   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1318   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1319   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1320   fCov[2] = p[1]; // variance of dydx
1321   // the ref radial position is set at the minimum of
1322   // the y variance of the tracklet
1323   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1324
1325   // fit XZ
1326   if(IsRowCross()){
1327 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1328     Float_t xMin = fX0;
1329     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1330     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1331     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1332       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1333       if(!(c = (*jc))) continue;
1334       if(!c->IsInChamber()) continue;
1335       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1336       fX = fX0 - c->GetX();
1337     }
1338     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1339     // Error parameterization
1340     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1341     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1342
1343     // THE FIT X-Q PLANE METHOD
1344     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1345     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1346       if(!(c = (*jc))) continue;
1347       if(!c->IsInChamber()) continue;
1348       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1349       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1350       zc[n]   = c->GetZ();
1351       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1352       n--;
1353     }
1354     // fit XZ
1355     fitterZ.Eval();
1356     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){
1357       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1358       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1359       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1360       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1361       fX-=.055; // TODO to be understood
1362     }
1363
1364     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1365     // temporary external error parameterization
1366     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1367     // TODO correct formula
1368     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1369   } else {
1370     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1371     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1372   }
1373   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1374   return kTRUE;
1375 }
1376
1377
1378 /*
1379 //_____________________________________________________________________________
1380 void AliTRDseedV1::FitMI()
1381 {
1382 //
1383 // Fit the seed.
1384 // Marian Ivanov's version
1385 //
1386 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction.
1387 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1388 // dy = y - yt             (1)
1389 // the tilting correction is written :
1390 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1391 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1392 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1393 // from (1),(2),(3) and (4)
1394 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1395 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1396 // 1. use tilting correction for calculating the y
1397 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1398   const Float_t kRatio  = 0.8;
1399   const Int_t   kClmin  = 5;
1400   const Float_t kmaxtan = 2;
1401
1402   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1403                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1404                 return;              // Track inclined too much
1405         }
1406
1407   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1408   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing
1409   Int_t fNChange = 0;
1410
1411   Double_t sumw;
1412   Double_t sumwx;
1413   Double_t sumwx2;
1414   Double_t sumwy;
1415   Double_t sumwxy;
1416   Double_t sumwz;
1417   Double_t sumwxz;
1418
1419         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1420   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate
1421                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1422   Int_t    zouts[2*kNtb];
1423   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1424   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1425   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1426
1427   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1428   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1429
1430   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0;
1431   fN2 = 0;
1432   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1433     yres[i] = 10000.0;
1434     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1435     if(!c->IsInChamber()) continue;
1436     // Residual y
1437     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1438     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1439     fY[i] = c->GetY();
1440     fZ[i] = c->GetZ();
1441     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1442     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1443     fN++;
1444   }
1445
1446   if (fN < kClmin){
1447     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1448     return;
1449   }
1450   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1451   Float_t fZProb   = zouts[0];
1452   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1453   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1454     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1455     return;
1456   }
1457
1458   // Z distance bigger than pad - length
1459   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1460
1461   Int_t  breaktime = -1;
1462   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1463   Int_t  cumul[kNtb][2];
1464   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1465
1466   if (zouts[3] >= 3) {
1467
1468     //
1469     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1470     // with maximal number of accepted clusters
1471     //
1472     fNChange = 1;
1473     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1474       cumul[i][0] = counts[0];
1475       cumul[i][1] = counts[1];
1476       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1477       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1478     }
1479     Int_t  maxcount = 0;
1480     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1481       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1482       Int_t before = cumul[i][1];
1483       if (after + before > maxcount) {
1484         maxcount  = after + before;
1485         breaktime = i;
1486         mbefore   = kFALSE;
1487       }
1488       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1489       before = cumul[i][0];
1490       if (after + before > maxcount) {
1491         maxcount  = after + before;
1492         breaktime = i;
1493         mbefore   = kTRUE;
1494       }
1495     }
1496     breaktime -= 1;
1497   }
1498
1499   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1500     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1501     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1502   }
1503
1504   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1505       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1506     //
1507     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
1508     //
1509     fNChange = 0;
1510     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1511       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1512     }
1513   }
1514
1515   if (fNChange > 0) {
1516     //
1517     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1518     //
1519     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1520       if (!fClusters[i]) continue;
1521       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1522       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1523       // Residual y
1524       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1525       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1526 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1527 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1528 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1529       }
1530     }
1531   }
1532
1533   Double_t yres2[kNtb];
1534   Double_t mean;
1535   Double_t sigma;
1536   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1537     if (!fClusters[i]) continue;
1538     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1539     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1540     yres2[fN2] = yres[i];
1541     fN2++;
1542   }
1543   if (fN2 < kClmin) {
1544                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1545     fN2 = 0;
1546     return;
1547   }
1548   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1549   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1550     sigma = sigmaexp;
1551   }
1552   //Float_t fSigmaY = sigma;
1553
1554   // Reset sums
1555   sumw   = 0;
1556   sumwx  = 0;
1557   sumwx2 = 0;
1558   sumwy  = 0;
1559   sumwxy = 0;
1560   sumwz  = 0;
1561   sumwxz = 0;
1562
1563   fN2    = 0;
1564   Float_t fMeanz = 0;
1565   Float_t fMPads = 0;
1566   fUsable = 0;
1567   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1568     if (!fClusters[i]) continue;
1569     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1570     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1571     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1572     SETBIT(fUsable,i);
1573     fN2++;
1574     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1575     Float_t weight = 1.0;
1576     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1577     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1578
1579
1580     Double_t x = fX[i];
1581     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1582
1583     sumw   += weight;
1584     sumwx  += x * weight;
1585     sumwx2 += x*x * weight;
1586     sumwy  += weight * yres[i];
1587     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1588     sumwz  += weight * fZ[i];
1589     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1590
1591   }
1592
1593   if (fN2 < kClmin){
1594                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1595     fN2 = 0;
1596     return;
1597   }
1598   fMeanz = sumwz / sumw;
1599   Float_t correction = 0;
1600   if (fNChange > 0) {
1601     // Tracklet on boundary
1602     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1603     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1604   }
1605
1606   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1607   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1608   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1609
1610   fS2Y = 0;
1611   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1612     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1613     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1614     fS2Y += delta*delta;
1615   }
1616   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1617         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1618         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1619
1620   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1621   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1622 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1623 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1624 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1625   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1626
1627   UpdateUsed();
1628 }*/
1629
1630 //___________________________________________________________________
1631 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1632 {
1633   //
1634   // Printing the seedstatus
1635   //
1636
1637   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1638   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1639   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1640
1641   Double_t cov[3], x=GetX();
1642   GetCovAt(x, cov);
1643   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1644   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1645   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1646   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1647   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1648   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1649
1650   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1651
1652   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1653   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1654     if(!(*jc)) continue;
1655     (*jc)->Print(o);
1656   }
1657 }
1658
1659
1660 //___________________________________________________________________
1661 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1662 {
1663   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1664   // as the given one
1665
1666   if(!o) return kFALSE;
1667   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1668   if(!inTracklet) return kFALSE;
1669
1670   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1671     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1672     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1673   }
1674
1675   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1676   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1677   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1678
1679   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1680 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1681 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1682 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1683     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1684   }
1685 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1686
1687   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1688     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1689     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1690     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1691   }
1692
1693 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1694   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1695   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1696   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1697   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1698   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1699
1700   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1701   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1702   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1703   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1704
1705   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1706   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1707   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1708
1709   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1710     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1711     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1712     if (curCluster && inCluster){
1713       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1714         curCluster->Print();
1715         inCluster->Print();
1716         return kFALSE;
1717       }
1718     } else {
1719       // if one cluster exists, and corresponding
1720       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1721       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1722     }
1723   }
1724   return kTRUE;
1725 }
1726