minor coverity defect: added protection for self-assignment
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TTreeStream.h"
40 #include "TGraphErrors.h"
41
42 #include "AliLog.h"
43 #include "AliMathBase.h"
44 #include "AliRieman.h"
45 #include "AliCDBManager.h"
46
47 #include "AliTRDReconstructor.h"
48 #include "AliTRDpadPlane.h"
49 #include "AliTRDtransform.h"
50 #include "AliTRDcluster.h"
51 #include "AliTRDseedV1.h"
52 #include "AliTRDtrackV1.h"
53 #include "AliTRDcalibDB.h"
54 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
55 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
56 #include "AliTRDtrackerV1.h"
57 #include "AliTRDrecoParam.h"
58 #include "AliTRDCommonParam.h"
59 #include "AliTRDtrackletOflHelper.h"
60
61 #include "Cal/AliTRDCalTrkAttach.h"
62 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
63 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
64 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
65
66 class AliTracker;
67
68 ClassImp(AliTRDseedV1)
69
70 //____________________________________________________________________
71 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
72   :AliTRDtrackletBase()
73   ,fkReconstructor(NULL)
74   ,fClusterIter(NULL)
75   ,fExB(0.)
76   ,fVD(0.)
77   ,fT0(0.)
78   ,fS2PRF(0.)
79   ,fDiffL(0.)
80   ,fDiffT(0.)
81   ,fClusterIdx(0)
82   ,fErrorMsg(0)
83   ,fN(0)
84   ,fDet(det)
85   ,fPt(0.)
86   ,fdX(0.)
87   ,fX0(0.)
88   ,fX(0.)
89   ,fY(0.)
90   ,fZ(0.)
91   ,fS2Y(0.)
92   ,fS2Z(0.)
93   ,fChi2(0.)
94 {
95   //
96   // Constructor
97   //
98   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
99   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
100   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
101   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
102   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
103   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
104   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
105   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
106   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
107   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
108   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
109   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
110   // stand alone curvature
111   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.; 
112   // covariance matrix [diagonal]
113   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
114   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
115   SetStandAlone(kFALSE);
116 }
117
118 //____________________________________________________________________
119 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
120   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
121   ,fkReconstructor(NULL)
122   ,fClusterIter(NULL)
123   ,fExB(0.)
124   ,fVD(0.)
125   ,fT0(0.)
126   ,fS2PRF(0.)
127   ,fDiffL(0.)
128   ,fDiffT(0.)
129   ,fClusterIdx(0)
130   ,fErrorMsg(0)
131   ,fN(0)
132   ,fDet(-1)
133   ,fPt(0.)
134   ,fdX(0.)
135   ,fX0(0.)
136   ,fX(0.)
137   ,fY(0.)
138   ,fZ(0.)
139   ,fS2Y(0.)
140   ,fS2Z(0.)
141   ,fChi2(0.)
142 {
143   //
144   // Copy Constructor performing a deep copy
145   //
146   if(this != &ref){
147     ref.Copy(*this);
148   }
149   SetBit(kOwner, kFALSE);
150   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
151 }
152
153
154 //____________________________________________________________________
155 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
156 {
157   //
158   // Assignment Operator using the copy function
159   //
160
161   if(this != &ref){
162     ref.Copy(*this);
163   }
164   SetBit(kOwner, kFALSE);
165
166   return *this;
167 }
168
169 //____________________________________________________________________
170 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
171 {
172   //
173   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
174   //
175
176   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
177
178   if(IsOwner()) {
179     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
180       if(!fClusters[itb]) continue; 
181       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
182       delete fClusters[itb];
183       fClusters[itb] = NULL;
184     }
185   }
186 }
187
188 //____________________________________________________________________
189 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
190 {
191   //
192   // Copy function
193   //
194
195   //AliInfo("");
196   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
197
198   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
199   target.fClusterIter   = NULL;
200   target.fExB           = fExB;
201   target.fVD            = fVD;
202   target.fT0            = fT0;
203   target.fS2PRF         = fS2PRF;
204   target.fDiffL         = fDiffL;
205   target.fDiffT         = fDiffT;
206   target.fClusterIdx    = 0;
207   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
208   target.fN             = fN;
209   target.fDet           = fDet;
210   target.fPt            = fPt;
211   target.fdX            = fdX;
212   target.fX0            = fX0;
213   target.fX             = fX;
214   target.fY             = fY;
215   target.fZ             = fZ;
216   target.fS2Y           = fS2Y;
217   target.fS2Z           = fS2Z;
218   target.fChi2          = fChi2;
219   
220   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
221   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
222   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
223   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
224   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
225   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
226   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
227   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
228   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
229   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
230   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
231   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
232   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
233   
234   TObject::Copy(ref);
235 }
236
237
238 //____________________________________________________________
239 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
240 {
241 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
242
243
244   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
245   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
246   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
247   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
248   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
249     fRefCov[0] = 1;
250     fRefCov[2] = 10;
251   }else{
252     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
253     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
254   }
255   fC[0]    = rieman->GetC(); 
256   fChi2    = rieman->GetChi2();
257 }
258
259
260 //____________________________________________________________
261 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
262 {
263 // Initialize this tracklet using the track information
264 //
265 // Parameters:
266 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
267 // 
268 // Detailed description
269 // The function sets the starting point and direction of the
270 // tracklet according to the information from the TRD track.
271 // 
272 // Caution
273 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
274 // chamber where the tracklet will be constructed
275 //
276
277   Double_t y, z; 
278   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
279   Update(track);
280   return kTRUE;
281 }
282
283
284 //_____________________________________________________________________________
285 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
286 {
287 //
288 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
289 //
290   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
291   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
292   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
293   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
294
295   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
296   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
297   fClusterIdx=0;
298   fErrorMsg = 0;
299   fDet=-1;
300   fPt=0.;
301   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
302   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
303   fC[0]=0.; fC[1]=0.; 
304   fChi2 = 0.;
305
306   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
307   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
308   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
309   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
310   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
311   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
312   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
313   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
314   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
315   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
316   // covariance matrix [diagonal]
317   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
318   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
319 }
320
321 //____________________________________________________________________
322 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
323
324   // update tracklet reference position from the TRD track
325
326   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
327   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
328   fPt = trk->Pt();
329   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
330   fYref[1] = fSnp*norm;
331   fZref[1] = fTgl*norm;
332   SetCovRef(trk->GetCovariance());
333
334   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
335   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
336   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
337 }
338
339 //_____________________________________________________________________________
340 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
341 {
342   //
343   // Calculate number of used clusers in the tracklet
344   //
345
346   Int_t nused = 0, nshared = 0;
347   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
348     if (!fClusters[i]) continue;
349     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
350       nused++;
351     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
352       if(IsStandAlone()) nused++;
353       else nshared++;
354     }
355   }
356   SetNUsed(nused);
357   SetNShared(nshared);
358 }
359
360 //_____________________________________________________________________________
361 void AliTRDseedV1::UseClusters()
362 {
363   //
364   // Use clusters
365   //
366   // In stand alone mode:
367   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
368   // removed from the tracklet
369   //
370   // In barrel mode:
371   // - Clusters which are used by another track become shared
372   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
373   //
374   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
375   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
376     if(!(*c)) continue;
377     if(IsStandAlone()){
378       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
379         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
380         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
381         (*c) = NULL;
382         fIndexes[ic] = -1;
383         SetN(GetN()-1);
384         continue;
385       }
386     } else {
387       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
388         (*c)->SetShared();
389         continue;
390       }
391     }
392     (*c)->Use();
393   }
394 }
395
396
397
398 //____________________________________________________________________
399 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
400 {
401 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
402 //
403 // Parameters:
404 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
405 // Output:
406 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
407 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
408 //
409 // Detailed description
410 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
411 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
412 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
413 //
414 // The following effects are included in the calculation:
415 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
416 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
417 // 3. cluster size
418 //
419
420   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
421   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
422
423   AliTRDcluster *c(NULL);
424   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
425     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
426     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
427
428     // Filter clusters for dE/dx calculation
429
430     // 1.consider calibration effects for slice determination
431     Int_t slice;
432     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
433       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
434     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
435
436
437     // 2. take sharing into account
438     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
439
440     // 3. take into account large clusters TODO
441     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
442
443     //CHECK !!!
444     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
445   } // End of loop over clusters
446 }
447
448 //_____________________________________________________________________________
449 void AliTRDseedV1::CookLabels()
450 {
451   //
452   // Cook 2 labels for seed
453   //
454
455   Int_t labels[200];
456   Int_t out[200];
457   Int_t nlab = 0;
458   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
459     if (!fClusters[i]) continue;
460     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
461       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
462         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
463         nlab++;
464       }
465     }
466   }
467
468   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
469   fLabels[0] = out[0];
470   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
471 }
472
473 //____________________________________________________________
474 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
475 {
476 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
477
478   Float_t d = fPad[3] - zt;
479   if(d<0.){
480     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
481     return 0.125;
482   } 
483   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
484   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
485   return d;
486 }
487
488
489 //____________________________________________________________________
490 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers) const
491 {
492 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters 
493 // which are not in chamber are also used (default false)
494
495   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
496   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
497     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
498     if(c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
499     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
500   }
501   return qt;
502 }
503
504 //____________________________________________________________________
505 Bool_t AliTRDseedV1::GetEstimatedCrossPoint(Float_t &x, Float_t &z) const
506 {
507 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets.
508 // Returns true in case of success.
509   if(!IsRowCross()) return kFALSE;
510
511   x=0.; z=0.;
512   AliTRDcluster *c(NULL);
513   // Find radial range for first row
514   Float_t x1[] = {0., 1.e3};
515   for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
516     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
517     if(!c->IsInChamber()) continue;
518     if(c->GetX() <= x1[1]) x1[1] = c->GetX();
519     if(c->GetX() >= x1[0]) x1[0] = c->GetX();
520     z=c->GetZ();
521   }
522   if((x1[0] - x1[1])<1.e-5) return kFALSE;
523
524   // Find radial range for second row
525   Bool_t kZ(kFALSE);
526   Float_t x2[] = {0., 1.e3};
527   for(int ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++){
528     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
529     if(!c->IsInChamber()) continue;
530     if(c->GetX() <= x2[1]) x2[1] = c->GetX();
531     if(c->GetX() >= x2[0]) x2[0] = c->GetX();
532     if(!kZ){
533       z+=c->GetZ();
534       z*=0.5;
535       kZ=kTRUE;
536     }
537   }
538   if((x2[0] - x2[1])<1.e-5) return kFALSE;
539
540   // Find intersection of the 2 radial regions
541   x = 0.5*((x1[0]+x1[1] > x2[0]+x2[1]) ? (x1[1]+x2[0]) : (x1[0]+x2[1]));
542   return kTRUE;
543 }
544
545 //____________________________________________________________________
546 Float_t AliTRDseedV1::GetQperTB(Int_t tb) const
547 {
548   //
549   // Charge of the clusters at timebin
550   //
551   Float_t Q = 0;
552   if(fClusters[tb] /*&& fClusters[tb]->IsInChamber()*/)
553     Q += TMath::Abs(fClusters[tb]->GetQ());
554   if(fClusters[tb+kNtb] /*&& fClusters[tb+kNtb]->IsInChamber()*/)
555     Q += TMath::Abs(fClusters[tb+kNtb]->GetQ());
556   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
557 }
558
559 //____________________________________________________________________
560 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl() const
561 {
562 // Calculate total charge / tracklet length for 1D PID
563 //
564   Float_t Q = GetCharge(kTRUE);
565   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
566 }
567
568 //____________________________________________________________________
569 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
570 {
571 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
572 // the charge per unit length can be written as:
573 // BEGIN_LATEX
574 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
575 // END_LATEX
576 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
577 // of the time bin. 
578 // The following correction are applied :
579 //   - charge : pad row cross corrections
580 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
581 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
582 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
583 // 
584 //Begin_Html
585 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
586 //End_Html
587 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
588 // drift length [right] for different particle species is displayed.
589 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
590 //
591   Float_t dq = 0.;
592   // check whether both clusters are inside the chamber
593   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
594   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
595     hasClusterInChamber = kTRUE;
596     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
597   }
598   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
599     hasClusterInChamber = kTRUE;
600     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
601   }
602   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
603   if(dq<1.e-3) return 0.;
604
605   Double_t dx = fdX;
606   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
607     Float_t x2(0.), x1(0.);
608     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
609     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
610     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
611     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
612     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
613     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
614     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
615     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
616     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
617     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
618
619     dx = .5*(x2 - x1);
620   }
621   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
622   if(dl) (*dl) = dx;
623   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
624   else return 0.;
625 }
626
627 //____________________________________________________________
628 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
629
630 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
631 // BEGIN_LATEX
632 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
633 // END_LATEX
634 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
635 // The estimated variance of the momentum is given by:
636 // BEGIN_LATEX
637 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
638 // END_LATEX
639 // which can be simplified to
640 // BEGIN_LATEX
641 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
642 // END_LATEX
643 //
644
645   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
646   Double_t p2 = p*p;
647   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
648   Double_t pt2 = fPt*fPt;
649   if(err){
650     Double_t s2 = 
651       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
652      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
653      +p2*pt2*fRefCov[6];
654     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
655   }
656   return p;
657 }
658
659
660 //____________________________________________________________________
661 Int_t AliTRDseedV1::GetTBoccupancy() const
662 {
663 // Returns no. of TB occupied by clusters
664
665   Int_t n(0);
666   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
667     if(!fClusters[ic] && !fClusters[ic+kNtb]) continue;
668     n++;
669   }
670   return n;
671 }
672
673 //____________________________________________________________________
674 Int_t AliTRDseedV1::GetTBcross() const
675 {
676 // Returns no. of TB occupied by 2 clusters for pad row cross tracklets
677
678   if(!IsRowCross()) return 0;
679   Int_t n(0);
680   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
681     if(fClusters[ic] && fClusters[ic+kNtb]) n++;
682   }
683   return n;
684 }
685
686 //____________________________________________________________________
687 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
688 {       
689   if(!force) return &fProb[0];
690   if(!CookPID()) return NULL;
691   return &fProb[0];
692 }
693
694 //____________________________________________________________
695 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
696 {
697 // Fill probability array for tracklet from the DB.
698 //
699 // Parameters
700 //
701 // Output
702 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
703 //
704 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
705 // - estimated momentum at tracklet reference point 
706 // - dE/dx measurements
707 // - tracklet length
708 // - TRD layer
709 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
710 // - Neural Network [default] - option "nn"  
711 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
712
713   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
714   if (!calibration) {
715     AliError("No access to calibration data");
716     return kFALSE;
717   }
718
719   if (!fkReconstructor) {
720     AliError("Reconstructor not set.");
721     return kFALSE;
722   }
723
724   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
725   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
726   if (!pd) {
727     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
728     return kFALSE;
729   }
730
731   // calculate tracklet length TO DO
732   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
733   
734   //calculate dE/dx
735   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
736   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
737
738   // Sets the a priori probabilities
739   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
740   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
741     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
742   
743   return kTRUE;
744 }
745
746 //____________________________________________________________________
747 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
748 {
749   //
750   // Returns a quality measurement of the current seed
751   //
752
753   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
754   return 
755       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
756     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
757     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
758     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
759 }
760
761 //____________________________________________________________________
762 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
763 {
764 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
765 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
766 //   cov[0] = Var(y)
767 //   cov[1] = Cov(yz)
768 //   cov[2] = Var(z)
769 //
770 // Details
771 //
772 // For the linear transformation
773 // BEGIN_LATEX
774 // Y = T_{x} X^{T}
775 // END_LATEX
776 //   The error propagation has the general form
777 // BEGIN_LATEX
778 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
779 // END_LATEX
780 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
781 // at point x we consider: 
782 // BEGIN_LATEX
783 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
784 // END_LATEX
785 // and secondly to take into account the tilt angle
786 // BEGIN_LATEX
787 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
788 // END_LATEX
789 //
790 // using simple trigonometrics one can write for this last case
791 // BEGIN_LATEX
792 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
793 // END_LATEX
794 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
795 // BEGIN_LATEX
796 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
797 // END_LATEX
798 //
799 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
800 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
801 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
802 //
803 // Author :
804 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
805 // Date : Jan 8th 2009
806 //
807
808
809   Double_t xr     = fX0-x; 
810   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
811   Double_t sz2    = fS2Z;
812   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
813
814   // insert systematic uncertainties
815   if(fkReconstructor){
816     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
817     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
818     sy2 += sys[0];
819     sz2 += sys[1];
820   }
821
822   // rotate covariance matrix if no RC
823   if(!IsRowCross()){
824     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
825     Double_t correction = 1./(1. + t2);
826     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
827     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
828     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
829   } else {
830     cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sy2;
831   }
832
833   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
834 }
835
836 //____________________________________________________________
837 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
838 {
839 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
840 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
841 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
842 // 
843 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
844 // the following relation is used:
845 // BEGIN_LATEX
846 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
847 // END_LATEX
848 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
849 // In case C is symmetric the followings are true:
850 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
851 //   - V = V^{-1}
852 //
853 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
854 // Date   Mar 19 2009
855
856   const Double_t kZero(1.e-20);
857   Double_t l[2], // eigenvalues
858            v[3]; // eigenvectors
859   // the secular equation and its solution :
860   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
861   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
862   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
863   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
864           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
865   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
866   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
867   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
868   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
869   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
870   // the sym V matrix
871   // | v00   v10|
872   // | v10   v11|
873   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
874   if(den<kZero){ // almost diagonal
875     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
876     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
877     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
878   } else {
879     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
880     v[0] = c[1]* tmp;
881     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
882     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
883     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
884   }
885   // the VD^{1/2}V is: 
886   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
887   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
888   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
889   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
890
891   return 0;
892 }
893
894 //____________________________________________________________
895 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
896 {
897 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
898 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
899 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
900 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
901 //
902 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
903 // Date   Mar 19 2009
904
905   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
906   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
907   Double_t invDet = 1./det;
908   d[0] = c[2]*invDet;
909   d[1] =-c[1]*invDet;
910   d[2] = c[0]*invDet;
911   return det;
912 }
913
914 //____________________________________________________________________
915 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
916 {
917 // Returns geometry volume id by delegation 
918
919   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
920     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
921   }
922   return 0;
923 }
924
925
926 //____________________________________________________________________
927 void AliTRDseedV1::Calibrate()
928 {
929 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
930 // The following information are used
931 //  - detector index
932 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
933 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
934 //
935 // The following information is cached in the tracklet
936 //   t0 (trigger delay)
937 //   drift velocity
938 //   PRF width
939 //   omega*tau = tg(a_L)
940 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
941 //
942 // Author :
943 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
944 // Date : Jan 8th 2009
945 //
946
947   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
948   if(cdb->GetRun() < 0){
949     AliError("OCDB manager not properly initialized");
950     return;
951   }
952
953   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
954   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
955                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
956   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
957   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
958
959   Int_t col = 70, row = 7;
960   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
961   if(GetN()){ 
962     Int_t ic = 0;
963     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
964     if(*c){
965       col = (*c)->GetPadCol();
966       row = (*c)->GetPadRow();
967     }
968   }
969
970   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
971   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
972   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
973   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
974   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
975   fDiffT, fVD);
976   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
977
978
979   SetBit(kCalib, kTRUE);
980 }
981
982 //____________________________________________________________________
983 void AliTRDseedV1::SetOwner()
984 {
985   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
986   
987   if(TestBit(kOwner)) return;
988   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
989     if(!fClusters[ic]) continue;
990     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
991   }
992   SetBit(kOwner);
993 }
994
995 //____________________________________________________________
996 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
997 {
998 // Shortcut method to initialize pad geometry.
999   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
1000   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
1001   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
1002   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
1003 }
1004
1005
1006
1007 //____________________________________________________________________
1008 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt, Bool_t chgPos, Int_t ev)
1009 {
1010 //
1011 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
1012 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
1013 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
1014 // 3. purge clusters
1015 // 4. truncated mean on z direction
1016 // 5. purge clusters
1017 //
1018 // Parameters
1019 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
1020 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
1021 //  - chgPos  : mark same[kFALSE] and opposite[kTRUE] sign tracks with respect to Bz field sign [default true]
1022 //  - ev      : event number for debug purposes [default = -1]
1023 // Output
1024 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
1025 //      -
1026 // Detailed description
1027 //  
1028 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
1029 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
1030 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
1031 // BEGIN_LATEX
1032 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
1033 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
1034 // END_LATEX
1035 // 
1036 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1037 // Debug  : level = 2 for calibration
1038 //          level = 3 for visualization in the track SR
1039 //          level = 4 for full visualization including digit level
1040
1041   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1042
1043   if(!recoParam){
1044     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1045     return kFALSE;
1046   }
1047   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
1048   if (!calibration) {
1049     AliError("No access to calibration data");
1050     return kFALSE;
1051   }
1052   // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
1053   const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
1054   if (!attach) {
1055     AliError("No usable AttachClusters calib object.");
1056     return kFALSE;
1057   }
1058
1059   // Initialize reco params for this tracklet
1060   // 1. first time bin in the drift region
1061   Int_t t0 = 14;
1062   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1063   Int_t kTBmin = 4;
1064
1065   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov); 
1066   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
1067            s2yCl = 0., 
1068            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
1069            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1070            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1071   //define roads
1072   const Double_t kroady = 3.; //recoParam->GetRoad1y();
1073   const Double_t kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1074   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1075   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1076   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1077   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1078   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1079
1080 /*  Int_t kroadyShift(0);
1081   Float_t bz(AliTrackerBase::GetBz());
1082   if(TMath::Abs(bz)>2.){
1083     if(bz<0.) kroadyShift = chgPos ? +1 : -1;
1084     else kroadyShift = chgPos ? -1 : +1;
1085   }*/
1086   AliDebug(4, Form("\n       syTrk[cm]=%4.2f dydxTrk[deg]=%+6.2f Chg[%c] rY[cm]=%4.2f rZ[cm]=%5.2f TC[%c]", syRef, TMath::ATan(fYref[1])*TMath::RadToDeg(), chgPos?'+':'-', kroady, kroadz, tilt?'y':'n'));
1087   Double_t phiTrk(TMath::ATan(fYref[1])),
1088            thtTrk(TMath::ATan(fZref[1]));
1089
1090   // working variables
1091   const Int_t kNrows = 16;
1092   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1093   TObjArray clst[kNrows];
1094   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1095   Double_t cond[4],
1096            dx, dy, dz,
1097            yt, zt,
1098            zc[kNrows],
1099            xres[kNrows][kNcls], yres[kNrows][kNcls], zres[kNrows][kNcls], s2y[kNrows][kNcls];
1100   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1101   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1102   memset(zc, 0, kNrows*sizeof(Double_t));
1103   memset(idxs, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Int_t));
1104   memset(xres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1105   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1106   memset(zres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1107   memset(s2y, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1108   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1109
1110   Double_t roady(0.), s2Mean(0.), sMean(0.); Int_t ns2Mean(0);
1111
1112   // Do cluster projection and pick up cluster candidates
1113   AliTRDcluster *c(NULL);
1114   AliTRDchamberTimeBin *layer(NULL);
1115   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1116   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1117     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1118     if(!Int_t(*layer)) continue;
1119     // get track projection at layers position
1120     dx   = fX0 - layer->GetX();
1121     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1122     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1123     // get standard cluster error corrected for tilt if selected
1124     cp.SetLocalTimeBin(it);
1125     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1126     s2yCl = cp.GetSigmaY2() + sysCov[0]; if(!tilt) s2yCl = (s2yCl + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1127     if(TMath::Abs(it-12)<7){ s2Mean += cp.GetSigmaY2(); ns2Mean++;}
1128     // get estimated road in r-phi direction
1129     roady = TMath::Min(3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl)), kroady);
1130
1131     AliDebug(5, Form("\n"
1132       "  %2d xd[cm]=%6.3f yt[cm]=%7.2f zt[cm]=%8.2f\n"
1133       "      syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f\n"
1134       "      Ry[mm]=%f"
1135       , it, dx, yt, zt
1136       , 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()+sysCov[0]), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl)
1137       , 1.e1*roady));
1138
1139     // get clusters from layer
1140     cond[0] = yt/*+0.5*kroadyShift*kroady*/; cond[2] = roady;
1141     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1142     Int_t n=0, idx[6]; layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1143     for(Int_t ic = n; ic--;){
1144       c  = (*layer)[idx[ic]];
1145       dx = fX0 - c->GetX();
1146       yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1147       zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1148       dz = zt - c->GetZ();
1149       dy = yt - (c->GetY() + (tilt ? (GetTilt() * dz) : 0.));
1150       Int_t r = c->GetPadRow();
1151       clst[r].AddAtAndExpand(c, ncl[r]);
1152       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1153       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1154       zres[r][ncl[r]] = dz/GetPadLength();
1155       yres[r][ncl[r]] = dy;
1156       xres[r][ncl[r]] = dx;
1157       zc[r]           = c->GetZ();
1158       // TODO temporary solution to avoid divercences in error parametrization
1159       s2y[r][ncl[r]]  = TMath::Min(c->GetSigmaY2()+sysCov[0], 0.025); 
1160       AliDebug(5, Form("   -> dy[cm]=%+7.4f yc[cm]=%7.2f row[%d] idx[%2d]", dy, c->GetY(), r, ncl[r]));
1161       ncl[r]++; ncls++;
1162
1163       if(ncl[r] >= kNcls) {
1164         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1165         kBUFFER = kTRUE;
1166         break;
1167       }
1168     }
1169     if(kBUFFER) break;
1170   }
1171   if(ncls<kClmin){ 
1172     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1173     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1174     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1175     return kFALSE;
1176   }
1177   if(ns2Mean<kTBmin){
1178     AliDebug(1, Form("CLUSTERS IN TimeBins %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ns2Mean, kTBmin));
1179     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1180     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1181     return kFALSE;
1182   }
1183   s2Mean /= ns2Mean; sMean = TMath::Sqrt(s2Mean);
1184   //Double_t sRef(TMath::Sqrt(s2Mean+s2yTrk)); // reference error parameterization
1185
1186   // organize row candidates
1187   Int_t idxRow[kNrows], nrc(0); Double_t zresRow[kNrows];
1188   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1189     idxRow[ir]=-1; zresRow[ir] = 999.;
1190     if(!ncl[ir]) continue;
1191     // get mean z resolution
1192     dz = 0.; for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;) dz += zres[ir][ic]; dz/=ncl[ir];
1193     // insert row
1194     idxRow[nrc] = ir; zresRow[nrc] = TMath::Abs(dz); nrc++;
1195   }
1196   AliDebug(4, Form("Found %d clusters in %d rows. Sorting ...", ncls, nrc));
1197
1198   // sort row candidates
1199   if(nrc>=2){
1200     if(nrc==2){
1201       if(zresRow[0]>zresRow[1]){ // swap
1202         Int_t itmp=idxRow[1]; idxRow[1] = idxRow[0]; idxRow[0] = itmp;
1203         Double_t dtmp=zresRow[1]; zresRow[1] = zresRow[0]; zresRow[0] = dtmp;
1204       }
1205       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1206         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1207         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Select first candidate.\n"
1208                     "       row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1209                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1210         nrc=1; idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.;
1211       }
1212     } else {
1213       Int_t idx0[kNrows];
1214       TMath::Sort(nrc, zresRow, idx0, kFALSE);
1215       nrc = 3; // select only maximum first 3 candidates
1216       Int_t iatmp[] = {-1, -1, -1}; Double_t datmp[] = {999., 999., 999.};
1217       for(Int_t irc(0); irc<nrc; irc++){
1218         iatmp[irc] = idxRow[idx0[irc]];
1219         datmp[irc] = zresRow[idx0[irc]];
1220       }
1221       idxRow[0] = iatmp[0]; zresRow[0] = datmp[0];
1222       idxRow[1] = iatmp[1]; zresRow[1] = datmp[1];
1223       idxRow[2] = iatmp[2]; zresRow[2] = datmp[2]; // temporary
1224       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1225         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1226         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Turn on selection.\n"
1227                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1228                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1229                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1230                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0],
1231                     idxRow[1], ncl[idxRow[1]], zresRow[1],
1232                     idxRow[2], ncl[idxRow[2]], zresRow[2]));
1233         if(TMath::Abs(idxRow[0] - idxRow[2]) == 1){ // select second candidate
1234           AliDebug(2, "Solved ! Remove second candidate.");
1235           nrc = 2;
1236           idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1237           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;              // remove
1238         } else if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[2]) == 1){
1239           if(ncl[idxRow[1]]+ncl[idxRow[2]] > ncl[idxRow[0]]){
1240             AliDebug(2, "Solved ! Remove first candidate.");
1241             nrc = 2;
1242             idxRow[0] = idxRow[1]; zresRow[0] = zresRow[1]; // swap
1243             idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1244           } else {
1245             AliDebug(2, "Solved ! Remove second and third candidate.");
1246             nrc = 1;
1247             idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1248             idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1249           }
1250         } else {
1251           AliDebug(2, "Unsolved !!! Remove second and third candidate.");
1252           nrc = 1;
1253           idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1254           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1255         }
1256       } else { // remove temporary candidate
1257         nrc = 2;
1258         idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;
1259       }
1260     }
1261   }
1262   AliDebug(4, Form("Sorted row candidates:\n"
1263       "  row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f"
1264       , idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1265
1266   // initialize debug streamer
1267   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1268   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1269   if(pstreamer){
1270     // save config. for calibration
1271     TVectorD vdy[2], vdx[2], vs2[2];
1272     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1273       Int_t ir(idxRow[jr]);
1274       vdx[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vdy[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vs2[jr].ResizeTo(ncl[ir]);
1275       for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1276         vdx[jr](ic) = xres[ir][ic];
1277         vdy[jr](ic) = yres[ir][ic];
1278         vs2[jr](ic) = s2y[ir][ic];
1279       }
1280     }
1281     (*pstreamer) << "AttachClusters4"
1282         << "r0="     << idxRow[0]
1283         << "dz0="    << zresRow[0]
1284         << "dx0="    << &vdx[0]
1285         << "dy0="    << &vdy[0]
1286         << "s20="    << &vs2[0]
1287         << "r1="     << idxRow[1]
1288         << "dz1="    << zresRow[1]
1289         << "dx1="    << &vdx[1]
1290         << "dy1="    << &vdy[1]
1291         << "s21="    << &vs2[1]
1292         << "\n";
1293     vdx[0].Clear(); vdy[0].Clear(); vs2[0].Clear();
1294     vdx[1].Clear(); vdy[1].Clear(); vs2[1].Clear();
1295     if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 4){    
1296       Int_t idx(idxRow[1]);
1297       if(idx<0){ 
1298         for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){ 
1299           if(clst[ir].GetEntries()>0) continue;
1300           idx = ir;
1301           break;
1302         }
1303       }
1304       (*pstreamer) << "AttachClusters5"
1305           << "c0.="    << &clst[idxRow[0]]
1306           << "c1.="    << &clst[idx]
1307           << "\n";
1308     }
1309   }
1310
1311 //=======================================================================================
1312   // Analyse cluster topology
1313   Double_t f[kNcls],     // likelihood factors for segments
1314            r[2][kNcls],  // d(dydx) of tracklet candidate with respect to track
1315            xm[2][kNcls], // mean <x>
1316            ym[2][kNcls], // mean <y>
1317            sm[2][kNcls], // mean <s_y>
1318            s[2][kNcls],  // sigma_y
1319            p[2][kNcls],  // prob of Gauss
1320            q[2][kNcls];  // charge/segment
1321   memset(f, 0, kNcls*sizeof(Double_t));
1322   Int_t index[2][kNcls], n[2][kNcls];
1323   memset(n, 0, 2*kNcls*sizeof(Int_t));
1324   Int_t mts(0), nts[2] = {0, 0};   // no of tracklet segments in row
1325   AliTRDpadPlane *pp(AliTRDtransform::Geometry().GetPadPlane(fDet));
1326   AliTRDtrackletOflHelper helper;
1327   Int_t lyDet(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet));
1328   for(Int_t jr(0), n0(0); jr<nrc; jr++){
1329     Int_t ir(idxRow[jr]);
1330     // cluster segmentation
1331     Bool_t kInit(kFALSE);
1332     if(jr==0){ 
1333       n0 = helper.Init(pp, &clst[ir]); kInit = kTRUE;
1334       if(!n0 || (helper.ClassifyTopology() == AliTRDtrackletOflHelper::kNormal)){
1335         nts[jr] = 1; memset(index[jr], 0, ncl[ir]*sizeof(Int_t));
1336         n[jr][0] = ncl[ir];
1337       }
1338     }
1339     if(!n[jr][0]){
1340       nts[jr] = AliTRDtrackletOflHelper::Segmentation(ncl[ir], xres[ir], yres[ir], index[jr]);
1341       for(Int_t ic(ncl[ir]);ic--;) n[jr][index[jr][ic]]++;
1342     }
1343     mts += nts[jr];
1344     
1345     // tracklet segment processing
1346     for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1347       if(n[jr][its]<=2) {   // don't touch small segments
1348         xm[jr][its] = 0.;ym[jr][its] = 0.;sm[jr][its] = 0.;
1349         for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1350           if(its != index[jr][ic]) continue;
1351           ym[jr][its] += yres[ir][ic];
1352           xm[jr][its] += xres[ir][ic];
1353           sm[jr][its] += TMath::Sqrt(s2y[ir][ic]);
1354         }
1355         if(n[jr][its]==2){ xm[jr][its] *= 0.5; ym[jr][its] *= 0.5; sm[jr][its] *= 0.5;}
1356         xm[jr][its]= fX0 - xm[jr][its];
1357         r[jr][its] = 0.;
1358         s[jr][its] = 1.e-5;
1359         p[jr][its] = 1.;
1360         q[jr][its] = -1.;
1361         continue;
1362       }
1363       
1364       // for longer tracklet segments
1365       if(!kInit) n0 = helper.Init(pp, &clst[ir], index[jr], its);
1366       Int_t n1 = helper.GetRMS(r[jr][its], ym[jr][its], s[jr][its], fX0/*xm[jr][its]*/);
1367       p[jr][its]  = Double_t(n1)/n0;
1368       sm[jr][its] = helper.GetSyMean();
1369       q[jr][its]  = helper.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1370       xm[jr][its] = fX0;
1371       Double_t dxm= fX0 - xm[jr][its];
1372       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1373       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1374       // correct tracklet fit for tilt
1375       ym[jr][its]+= GetTilt()*(zt - zc[ir]);
1376       r[jr][its] += GetTilt() * fZref[1];
1377       // correct tracklet fit for track position/inclination
1378       ym[jr][its] = yt - ym[jr][its];
1379       r[jr][its]  = (r[jr][its] - fYref[1])/(1+r[jr][its]*fYref[1]);
1380       // report inclination in radians
1381       r[jr][its] = TMath::ATan(r[jr][its]);
1382       if(jr) continue; // calculate only for first row likelihoods
1383         
1384       f[its] = attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n[jr][its], ym[jr][its]/*sRef*/, r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), s[jr][its]/sm[jr][its]);
1385     }
1386   }
1387   AliDebug(4, Form("   Tracklet candidates: row[%2d] = %2d row[%2d] = %2d:", idxRow[0], nts[0], idxRow[1], nts[1]));
1388   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDseedV1")>3){
1389     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1390       Int_t ir(idxRow[jr]);
1391       for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1392         printf("  segId[%2d] row[%2d] Ncl[%2d] x[cm]=%7.2f dz[pu]=%4.2f dy[mm]=%+7.3f r[deg]=%+6.2f p[%%]=%6.2f s[um]=%7.2f\n",
1393             its, ir, n[jr][its], xm[jr][its], zresRow[jr], 1.e1*ym[jr][its], r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), 100.*p[jr][its], 1.e4*s[jr][its]);
1394       }
1395     }
1396   }
1397   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1398   if(pstreamer){
1399     // save config. for calibration
1400     TVectorD vidx, vn, vx, vy, vr, vs, vsm, vp, vf;
1401     vidx.ResizeTo(ncl[idxRow[0]]+(idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]]));
1402     vn.ResizeTo(mts);
1403     vx.ResizeTo(mts);
1404     vy.ResizeTo(mts);
1405     vr.ResizeTo(mts);
1406     vs.ResizeTo(mts);
1407     vsm.ResizeTo(mts);
1408     vp.ResizeTo(mts);
1409     vf.ResizeTo(mts);
1410     for(Int_t jr(0), jts(0), jc(0); jr<nrc; jr++){
1411        Int_t ir(idxRow[jr]);
1412        for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++, jts++){
1413         vn[jts] = n[jr][its];
1414         vx[jts] = xm[jr][its];
1415         vy[jts] = ym[jr][its];
1416         vr[jts] = r[jr][its];
1417         vs[jts] = s[jr][its];
1418         vsm[jts]= sm[jr][its];
1419         vp[jts] = p[jr][its];
1420         vf[jts] = jr?-1.:f[its];
1421       }
1422       for(Int_t ic(0); ic<ncl[ir]; ic++, jc++) vidx[jc] = index[jr][ic];
1423     }
1424     (*pstreamer) << "AttachClusters3"
1425         << "idx="    << &vidx
1426         << "n="      << &vn
1427         << "x="      << &vx
1428         << "y="      << &vy
1429         << "r="      << &vr
1430         << "s="      << &vs
1431         << "sm="     << &vsm
1432         << "p="      << &vp
1433         << "f="      << &vf
1434         << "\n";
1435   }
1436
1437 //=========================================================
1438   // Get seed tracklet segment
1439   Int_t idx2[kNcls]; memset(idx2, 0, kNcls*sizeof(Int_t)); // seeding indexing
1440   if(nts[0]>1) TMath::Sort(nts[0], f, idx2);
1441   Int_t is(idx2[0]); // seed index
1442   Int_t     idxTrklt[kNcls],
1443             kts(0),
1444             nTrklt(n[0][is]);
1445   Double_t  fTrklt(f[is]),
1446             rTrklt(r[0][is]), 
1447             yTrklt(ym[0][is]), 
1448             sTrklt(s[0][is]), 
1449             smTrklt(sm[0][is]), 
1450             xTrklt(xm[0][is]), 
1451             pTrklt(p[0][is]),
1452             qTrklt(q[0][is]);
1453   memset(idxTrklt, 0, kNcls*sizeof(Int_t));
1454   // check seed idx2[0] exit if not found
1455   if(f[is]<1.e-2){
1456     AliDebug(1, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] f[%f]<0.01.", is, idxRow[0], n[0][is], f[is]));
1457     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1458     if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1459     if(pstreamer){
1460       UChar_t stat(0);
1461       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1462       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1463       if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1464       SETBIT(stat, 4); // set error bit
1465       TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(1); vidx[0] = is;
1466       (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1467           << "stat="   << stat
1468           << "ev="     << ev
1469           << "chg="    << chgPos
1470           << "det="    << fDet
1471           << "x0="     << fX0
1472           << "y0="     << fYref[0]
1473           << "z0="     << fZref[0]
1474           << "phi="    << phiTrk
1475           << "tht="    << thtTrk
1476           << "pt="     << fPt
1477           << "s2Trk="  << s2yTrk
1478           << "s2Cl="   << s2Mean
1479           << "idx="    << &vidx
1480           << "n="      << nTrklt
1481           << "f="      << fTrklt
1482           << "x="      << xTrklt
1483           << "y="      << yTrklt
1484           << "r="      << rTrklt
1485           << "s="      << sTrklt
1486           << "sm="     << smTrklt
1487           << "p="      << pTrklt
1488           << "q="      << qTrklt
1489           << "\n";
1490     }
1491     return kFALSE;
1492   }
1493   AliDebug(2, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%5.3f] q[%6.2f]", is, idxRow[0], n[0][is], ym[0][is], r[0][is]*TMath::RadToDeg(), s[0][is]/sm[0][is], f[is], q[0][is]));
1494
1495   // save seeding segment in the helper
1496   idxTrklt[kts++] = is;
1497   helper.Init(pp, &clst[idxRow[0]], index[0], is);
1498   AliTRDtrackletOflHelper test; // helper to test segment expantion
1499   Float_t rcLikelihood(0.); SetBit(kRowCross, kFALSE);
1500   Double_t dyRez[kNcls]; Int_t idx3[kNcls];
1501   
1502   //=========================================================
1503   // Define filter parameters from OCDB
1504   Int_t kNSgmDy[2]; attach->GetNsgmDy(kNSgmDy[0], kNSgmDy[1]);
1505   Float_t kLikeMinRelDecrease[2]; attach->GetLikeMinRelDecrease(kLikeMinRelDecrease[0], kLikeMinRelDecrease[1]);
1506   Float_t kRClikeLimit(attach->GetRClikeLimit());
1507
1508   //=========================================================
1509   // Try attaching next segments from first row (if any)
1510   if(nts[0]>1){
1511     Int_t jr(0), ir(idxRow[jr]);
1512     // organize  secondary sgms. in decreasing order of their distance from seed 
1513     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1514     for(Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1515       Int_t its(idx2[jts]);
1516       Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1517       dyRez[its] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][its] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][its]));
1518     }
1519     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1520     for (Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1521       Int_t its(idx3[jts]);
1522       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1523         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1524         continue;
1525       }
1526       
1527       test = helper;
1528       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1529       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1530       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1531       pt = Double_t(n1)/n0;
1532       smt = test.GetSyMean();
1533       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1534       xt  = fX0;
1535       // correct position
1536       Double_t dxm= fX0 - xt;
1537       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1538       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1539       // correct tracklet fit for tilt
1540       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1541       rt += GetTilt() * fZref[1];
1542       // correct tracklet fit for track position/inclination
1543       dyt  = yt - dyt;
1544       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1545       // report inclination in radians
1546       rt = TMath::ATan(rt);
1547         
1548       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1549       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1550       
1551       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1552         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1553       if(kAccept){
1554         idxTrklt[kts++] = its;
1555         nTrklt = n0;
1556         fTrklt = ft;
1557         rTrklt = rt;
1558         yTrklt = dyt;
1559         sTrklt = st;
1560         smTrklt= smt;
1561         xTrklt = xt;
1562         pTrklt = pt;
1563         qTrklt = qt;
1564         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1565       }
1566     }
1567   }
1568   
1569   //=========================================================
1570   // Try attaching next segments from second row (if any)
1571   if(nts[1] && (rcLikelihood = zresRow[0]/zresRow[1]) > kRClikeLimit){
1572     // organize  secondaries in decreasing order of their distance from seed 
1573     Int_t jr(1), ir(idxRow[jr]);
1574     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1575     Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1576     for(Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1577       dyRez[jts] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][jts] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][jts]));
1578     }
1579     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1580     for (Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1581       Int_t its(idx3[jts]);
1582       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1583         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1584         continue;
1585       }
1586       
1587       test = helper;
1588       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1589       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1590       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1591       pt = Double_t(n1)/n0;
1592       smt = test.GetSyMean();
1593       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1594       xt  = fX0;
1595       // correct position
1596       Double_t dxm= fX0 - xt;
1597       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1598       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1599       // correct tracklet fit for tilt
1600       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1601       rt += GetTilt() * fZref[1];
1602       // correct tracklet fit for track position/inclination
1603       dyt  = yt - dyt;
1604       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1605       // report inclination in radians
1606       rt = TMath::ATan(rt);
1607         
1608       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1609       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1610       
1611       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1612         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1613       if(kAccept){
1614         idxTrklt[kts++] = its;
1615         nTrklt = n0;
1616         fTrklt = ft;
1617         rTrklt = rt;
1618         yTrklt = dyt;
1619         sTrklt = st;
1620         smTrklt= smt;
1621         xTrklt = xt;
1622         pTrklt = pt;
1623         qTrklt = qt;
1624         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1625         SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1626       }
1627     }
1628   }
1629   // clear local copy of clusters
1630   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++) clst[ir].Clear();
1631   
1632   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1633   if(pstreamer){
1634     UChar_t stat(0);
1635     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1636     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1637     if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1638     TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(kts);
1639     for(Int_t its(0); its<kts; its++) vidx[its] = idxTrklt[its];
1640     (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1641         << "stat="   << stat
1642         << "ev="     << ev
1643         << "chg="    << chgPos
1644         << "det="    << fDet
1645         << "x0="     << fX0
1646         << "y0="     << fYref[0]
1647         << "z0="     << fZref[0]
1648         << "phi="    << phiTrk
1649         << "tht="    << thtTrk
1650         << "pt="     << fPt
1651         << "s2Trk="  << s2yTrk
1652         << "s2Cl="   << s2Mean
1653         << "idx="    << &vidx
1654         << "n="      << nTrklt
1655         << "q="      << qTrklt
1656         << "f="      << fTrklt
1657         << "x="      << xTrklt
1658         << "y="      << yTrklt
1659         << "r="      << rTrklt
1660         << "s="      << sTrklt
1661         << "sm="     << smTrklt
1662         << "p="      << pTrklt
1663         << "\n";
1664   }
1665   
1666   
1667   //=========================================================
1668   // Store clusters
1669   Int_t nselected(0), nc(0);
1670   TObjArray *selected(helper.GetClusters());
1671   if(!selected || !(nselected = selected->GetEntriesFast())){
1672     AliError("Cluster candidates missing !!!");
1673     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1674     return kFALSE;
1675   }
1676   for(Int_t ic(0); ic<nselected; ic++){
1677     if(!(c = (AliTRDcluster*)selected->At(ic))) continue;
1678     Int_t it(c->GetPadTime()),
1679           jr(Int_t(helper.GetRow() != c->GetPadRow())),
1680           idx(it+kNtb*jr);
1681     if(fClusters[idx]){
1682       AliDebug(1, Form("Multiple clusters/tb for D[%03d] Tb[%02d] Row[%2d]", fDet, it, c->GetPadRow()));
1683       continue; // already booked
1684     }
1685     // TODO proper indexing of clusters !!
1686     fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[idxRow[jr]][ic]);
1687     fClusters[idx] = c;
1688     nc++;
1689   }
1690   AliDebug(2, Form("Clusters Found[%2d] Attached[%2d] RC[%c]", nselected, nc, IsRowCross()?'y':'n'));
1691
1692   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1693   if (nc < kClmin){
1694     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", nc, kClmin, ncls));
1695     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1696     return kFALSE;
1697   }
1698   SetN(nc);
1699
1700   // Load calibration parameters for this tracklet  
1701   //Calibrate();
1702
1703   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1704   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1705   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1706     if(!fClusters[it]) continue;
1707     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1708     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1709     irp++;
1710   }  
1711   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1712   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1713   return kTRUE;
1714 }
1715
1716 //____________________________________________________________
1717 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1718 {
1719 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1720 //   The primitive data are
1721 //   - list of clusters
1722 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1723 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1724 //   - track reference position and direction
1725 //   - momentum of the track
1726 //   - time bin length [cm]
1727 // 
1728 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1729 //
1730   fkReconstructor = rec;
1731   AliTRDgeometry g;
1732   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1733
1734   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1735   //fTgl = fZref[1];
1736   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1737   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1738   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1739     if(!(*cit)) return;
1740     n++;
1741     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1742     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1743   }
1744   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1745   Fit();
1746   CookLabels();
1747   GetProbability();
1748 }
1749
1750
1751 //____________________________________________________________________
1752 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1753 {
1754 //
1755 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1756 //
1757 // Parameters :
1758 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1759 //           0 no correction [default]
1760 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1761 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1762 //
1763 // Output :
1764 //  True if successful
1765 //
1766 // Detailed description
1767 //
1768 //            Fit in the xy plane
1769 // 
1770 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1771 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1772 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1773 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1774 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1775 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1776 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1777 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1778 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1779 // inclination is given for TRD by:
1780 // BEGIN_LATEX
1781 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1782 // END_LATEX
1783 //
1784 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1785 // by projection i.e.
1786 // BEGIN_LATEX
1787 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1788 // END_LATEX
1789 // and also by the lorentz angle correction
1790 //
1791 //            Fit in the xz plane
1792 //
1793 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1794 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1795 // fit (see below).
1796 // 
1797 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1798 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1799 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1800 // of the z estimate is given by :
1801 // BEGIN_LATEX
1802 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1803 // END_LATEX
1804 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1805 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1806 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1807 // 
1808 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1809 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1810 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1811 //   - no general model for the qx dependence
1812 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1813 //   - gain calibration dependence
1814 //
1815 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1816 //
1817 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1818 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1819 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1820 // BEGIN_LATEX
1821 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1822 // END_LATEX
1823 // and thus the radial position is:
1824 // BEGIN_LATEX
1825 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1826 // END_LATEX
1827 //
1828 //            Estimation of tracklet position error 
1829 //
1830 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1831 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1832 // BEGIN_LATEX
1833 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1834 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1835 // END_LATEX
1836 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1837 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1838 // BEGIN_LATEX
1839 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1840 // END_LATEX
1841 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1842 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1843 //
1844 // Author 
1845 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1846
1847   if(!fkReconstructor){
1848     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
1849     return kFALSE;
1850   }
1851   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1852   if(opt>2){
1853     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
1854     opt=0;
1855   }
1856
1857   const Int_t kClmin = 8;
1858   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
1859   // get track direction
1860   Double_t y0   = fYref[0];
1861   Double_t dydx = fYref[1]; 
1862   Double_t z0   = fZref[0];
1863   Double_t dzdx = fZref[1];
1864
1865   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1866   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1867
1868   // book cluster information
1869   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1870
1871   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
1872         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
1873         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate 
1874         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
1875   Int_t n(0);   // clusters used in fit 
1876   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
1877   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1878
1879   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
1880   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
1881
1882   
1883   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
1884     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
1885     if(!(c = (*jc))) continue;
1886     if(!c->IsInChamber()) continue;
1887     // compute pseudo tilt correction
1888     if(kDZDX){ 
1889       fZfit[0] = c->GetZ();
1890       if(rc){
1891         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
1892           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
1893           if(!cc->IsInChamber()) continue;
1894           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
1895           break;
1896         }
1897       }
1898       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1899       if(rc){
1900         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1901         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1902       }
1903       kDZDX=kFALSE;
1904     }
1905
1906     Float_t w = 1.;
1907     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1908     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1909
1910     // cluster charge
1911     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1912     // pad row of leading 
1913
1914     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1915
1916     // Recalculate cluster error based on tracking information
1917     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
1918     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
1919     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1920
1921     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ? 
1922       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1923     zc[n]   = c->GetZ();
1924
1925     //optional r-phi correction
1926     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
1927     Float_t correction(0.);
1928     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
1929     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
1930     yc[n]-=correction;
1931     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
1932
1933     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
1934     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1935     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
1936     n++;
1937   }
1938
1939   // to few clusters
1940   if (n < kClmin){ 
1941     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
1942     SetErrorMsg(kFitCl);
1943     return kFALSE; 
1944   }
1945   // fit XY
1946   if(!fitterY.Eval()){
1947     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
1948     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1949     return kFALSE;
1950   }
1951   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1952   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1953   // store covariance
1954   Double_t p[3];
1955   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1956   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
1957   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
1958   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
1959   // the ref radial position is set at the minimum of 
1960   // the y variance of the tracklet
1961   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1962   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1963
1964   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1965   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1966     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1967     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1968     return kFALSE;
1969   }
1970
1971 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
1972     Float_t xMin = fX0;
1973     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1974     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1975     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1976       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1977       if(!(c = (*jc))) continue;
1978       if(!c->IsInChamber()) continue;
1979       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1980       fX = fX0 - c->GetX();
1981     }
1982     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1983     // Error parameterization
1984     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1985     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1986
1987   // fit QZ
1988   if(opt!=1 && IsRowCross()){
1989     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
1990     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){ 
1991       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
1992       // better knowledge of z position
1993 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1994 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
1995 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x; 
1996 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0; 
1997 //       redo fit on xy plane
1998     }
1999     // temporary external error parameterization
2000     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
2001     // TODO correct formula
2002     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
2003   } else {
2004     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2005     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
2006   }
2007   return kTRUE;
2008 }
2009
2010
2011 //____________________________________________________________________
2012 Bool_t AliTRDseedV1::FitRobust(Bool_t chg)
2013 {
2014 //
2015 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
2016 //
2017 // Author 
2018 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
2019
2020   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
2021   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2022
2023   // factor to scale y pulls.
2024   // ideally if error parametrization correct this is 1.
2025   //Float_t lyScaler = 1./(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet)+1.);
2026   Float_t kScalePulls = 1.; 
2027   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
2028   if(!calibration){ 
2029     AliWarning("No access to calibration data");
2030   } else {
2031     // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
2032     const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
2033     if(!attach){ 
2034       AliWarning("No usable AttachClusters calib object.");
2035     } else { 
2036       kScalePulls = attach->GetScaleCov();//*lyScaler;
2037     }
2038     // Retrieve chamber status
2039     SetChmbGood(calibration->IsChamberGood(fDet));
2040     if(!IsChmbGood()) kScalePulls*=10.;
2041   }  
2042   Double_t xc[kNclusters], yc[kNclusters], sy[kNclusters];
2043   Int_t n(0),           // clusters used in fit 
2044         row[]={-1, 0}; // pad row spanned by the tracklet
2045   AliTRDcluster *c(NULL), **jc = &fClusters[0];
2046   for(Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
2047     if(!(c = (*jc))) continue;
2048     if(!c->IsInChamber()) continue;
2049     if(row[0]<0){ 
2050       fZfit[0] = c->GetZ();
2051       fZfit[1] = 0.;
2052       row[0] = c->GetPadRow();
2053     }
2054     xc[n]  = c->GetX();
2055     yc[n]  = c->GetY();
2056     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2057     n++;
2058   }
2059   Double_t corr = fPad[2]*fPad[0];
2060
2061   for(Int_t ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2062     if(!(c = (*jc))) continue;
2063     if(!c->IsInChamber()) continue;
2064     if(row[1]==0) row[1] = c->GetPadRow() - row[0];
2065     xc[n]  = c->GetX();
2066     yc[n]  = c->GetY() + corr*row[1];
2067     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2068     n++;
2069   }
2070   UChar_t status(0);
2071   Double_t par[3] = {0.,0.,fX0}, cov[3];
2072   if(!AliTRDtrackletOflHelper::Fit(n, xc, yc, sy, par, 1.5, cov)){ 
2073     AliDebug(1, Form("Tracklet fit failed D[%03d].", fDet));
2074     SetErrorMsg(kFitCl);
2075     return kFALSE; 
2076   }
2077   fYfit[0] = par[0];
2078   fYfit[1] = par[1];
2079   // store covariance
2080   fCov[0] = kScalePulls*cov[0]; // variance of y0
2081   fCov[1] = kScalePulls*cov[2]; // covariance of y0, dydx
2082   fCov[2] = kScalePulls*cov[1]; // variance of dydx
2083   // the ref radial position is set at the minimum of 
2084   // the y variance of the tracklet
2085   fX   = 0.;//-fCov[1]/fCov[2];
2086   // check radial position
2087   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2088   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2089     AliDebug(1, Form("Ref radial position x[%5.2f] ouside D[%3d].", fX, fDet));
2090     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2091     return kFALSE;
2092   }
2093   fS2Y = fCov[0] + fX*fCov[1];
2094   fS2Z = fPad[0]*fPad[0]/12.;
2095   AliDebug(2, Form("[I]  x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[cm]=%6.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)));
2096   if(IsRowCross()){
2097     Float_t x,z;
2098     if(!GetEstimatedCrossPoint(x,z)){
2099       AliDebug(2, Form("Failed(I) getting crossing point D[%03d].", fDet));
2100       SetErrorMsg(kFitFailedY);
2101       return kTRUE;
2102     }
2103     //if(IsPrimary()){ 
2104       fZfit[0] = fX0*z/x;
2105       fZfit[1] = z/x;
2106       fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZfit[1]); fS2Z *= fS2Z;
2107     //}
2108     AliDebug(2, Form("s2y[%f] s2z[%f]", fS2Y, fS2Z));
2109     AliDebug(2, Form("[II] x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[um]=%6.2f dzdx[deg]=%+5.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)*1.e4, TMath::ATan(fZfit[1])*TMath::RadToDeg()));
2110   }
2111   
2112   if(pstreamer){
2113     Float_t x= fX0 -fX,
2114             y = GetY(),
2115             yt = fYref[0]-fX*fYref[1];
2116     SETBIT(status, 2);
2117     TVectorD vcov(3); vcov[0]=cov[0];vcov[1]=cov[1];vcov[2]=cov[2];
2118     Double_t sm(0.), chi2(0.), tmp, dy[kNclusters];
2119     for(Int_t ic(0); ic<n; ic++){
2120       sm   += sy[ic];
2121       dy[ic] = yc[ic]-(fYfit[0]+(xc[ic]-fX0)*fYfit[1]); tmp = dy[ic]/sy[ic];
2122       chi2 += tmp*tmp;
2123     }
2124     sm /= n; chi2 = TMath::Sqrt(chi2);
2125     Double_t m(0.), s(0.);
2126     AliMathBase::EvaluateUni(n, dy, m, s, 0);
2127     (*pstreamer) << "FitRobust4"
2128       << "stat=" << status
2129       << "chg="  << chg
2130       << "ncl="  << n
2131       << "det="  << fDet
2132       << "x0="   << fX0
2133       << "y0="   << fYfit[0]
2134       << "x="    << x
2135       << "y="    << y
2136       << "dydx=" << fYfit[1]
2137       << "pt="   << fPt
2138       << "yt="   << yt
2139       << "dydxt="<< fYref[1]
2140       << "cov="  << &vcov
2141       << "chi2=" << chi2
2142       << "sm="   << sm
2143       << "ss="   << s
2144       << "\n";
2145   }
2146   return kTRUE;
2147 }
2148
2149 //___________________________________________________________________
2150 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
2151 {
2152   //
2153   // Printing the seedstatus
2154   //
2155
2156   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
2157   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
2158   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
2159   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
2160
2161   Double_t cov[3], x=GetX();
2162   GetCovAt(x, cov);
2163   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
2164   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
2165   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]));
2166   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
2167   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
2168   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
2169   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
2170
2171   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
2172
2173   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
2174   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
2175     if(!(*jc)) continue;
2176     (*jc)->Print(o);
2177   }
2178 }
2179
2180
2181 //___________________________________________________________________
2182 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
2183 {
2184   // Checks if current instance of the class has the same essential members
2185   // as the given one
2186
2187   if(!o) return kFALSE;
2188   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
2189   if(!inTracklet) return kFALSE;
2190
2191   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
2192     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
2193     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
2194   }
2195   
2196   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
2197   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
2198   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
2199   
2200   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
2201 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
2202 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
2203 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
2204     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
2205   }
2206 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
2207
2208   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
2209     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
2210     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
2211     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
2212   }
2213   
2214 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
2215   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
2216   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
2217   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
2218   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
2219   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
2220    
2221   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
2222   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
2223   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
2224   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
2225
2226   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
2227   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
2228   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
2229   
2230   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
2231     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
2232     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
2233     if (curCluster && inCluster){
2234       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
2235         curCluster->Print();
2236         inCluster->Print();
2237         return kFALSE;
2238       }
2239     } else {
2240       // if one cluster exists, and corresponding 
2241       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
2242       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
2243     }
2244   }
2245   return kTRUE;
2246 }
2247