- expand buffer in AttachClusters to accomodate large roads in stand
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TLinearFitter.h"
40 #include "TClonesArray.h" // tmp
41 #include <TTreeStream.h>
42
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliMathBase.h"
45 #include "AliCDBManager.h"
46 #include "AliTracker.h"
47
48 #include "AliTRDpadPlane.h"
49 #include "AliTRDcluster.h"
50 #include "AliTRDseedV1.h"
51 #include "AliTRDtrackV1.h"
52 #include "AliTRDcalibDB.h"
53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
56 #include "AliTRDReconstructor.h"
57 #include "AliTRDrecoParam.h"
58 #include "AliTRDCommonParam.h"
59
60 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
61 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
62 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
63
64 ClassImp(AliTRDseedV1)
65
66 //____________________________________________________________________
67 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
68   :AliTRDtrackletBase()
69   ,fReconstructor(0x0)
70   ,fClusterIter(0x0)
71   ,fExB(0.)
72   ,fVD(0.)
73   ,fT0(0.)
74   ,fS2PRF(0.)
75   ,fDiffL(0.)
76   ,fDiffT(0.)
77   ,fClusterIdx(0)
78   ,fN(0)
79   ,fDet(det)
80   ,fPt(0.)
81   ,fdX(0.)
82   ,fX0(0.)
83   ,fX(0.)
84   ,fY(0.)
85   ,fZ(0.)
86   ,fS2Y(0.)
87   ,fS2Z(0.)
88   ,fC(0.)
89   ,fChi2(0.)
90 {
91   //
92   // Constructor
93   //
94   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
95   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
96   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
97   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
98   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
99   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
100   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
101   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
102   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
103   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
104   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
105   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
106   // covariance matrix [diagonal]
107   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
108   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
109   SetStandAlone(kFALSE);
110 }
111
112 //____________________________________________________________________
113 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
114   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
115   ,fReconstructor(0x0)
116   ,fClusterIter(0x0)
117   ,fExB(0.)
118   ,fVD(0.)
119   ,fT0(0.)
120   ,fS2PRF(0.)
121   ,fDiffL(0.)
122   ,fDiffT(0.)
123   ,fClusterIdx(0)
124   ,fN(0)
125   ,fDet(-1)
126   ,fPt(0.)
127   ,fdX(0.)
128   ,fX0(0.)
129   ,fX(0.)
130   ,fY(0.)
131   ,fZ(0.)
132   ,fS2Y(0.)
133   ,fS2Z(0.)
134   ,fC(0.)
135   ,fChi2(0.)
136 {
137   //
138   // Copy Constructor performing a deep copy
139   //
140   if(this != &ref){
141     ref.Copy(*this);
142   }
143   SetBit(kOwner, kFALSE);
144   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
145 }
146
147
148 //____________________________________________________________________
149 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
150 {
151   //
152   // Assignment Operator using the copy function
153   //
154
155   if(this != &ref){
156     ref.Copy(*this);
157   }
158   SetBit(kOwner, kFALSE);
159
160   return *this;
161 }
162
163 //____________________________________________________________________
164 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
165 {
166   //
167   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
168   //
169
170   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
171
172   if(IsOwner()) {
173     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
174       if(!fClusters[itb]) continue; 
175       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
176       delete fClusters[itb];
177       fClusters[itb] = 0x0;
178     }
179   }
180 }
181
182 //____________________________________________________________________
183 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
184 {
185   //
186   // Copy function
187   //
188
189   //AliInfo("");
190   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
191
192   target.fReconstructor = fReconstructor;
193   target.fClusterIter   = 0x0;
194   target.fExB           = fExB;
195   target.fVD            = fVD;
196   target.fT0            = fT0;
197   target.fS2PRF         = fS2PRF;
198   target.fDiffL         = fDiffL;
199   target.fDiffT         = fDiffT;
200   target.fClusterIdx    = 0;
201   target.fN             = fN;
202   target.fDet           = fDet;
203   target.fPt            = fPt;
204   target.fdX            = fdX;
205   target.fX0            = fX0;
206   target.fX             = fX;
207   target.fY             = fY;
208   target.fZ             = fZ;
209   target.fS2Y           = fS2Y;
210   target.fS2Z           = fS2Z;
211   target.fC             = fC;
212   target.fChi2          = fChi2;
213   
214   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
215   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
216   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
217   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
218   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
219   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
220   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
221   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
222   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
223   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
224   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
225   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
226   
227   TObject::Copy(ref);
228 }
229
230
231 //____________________________________________________________
232 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
233 {
234 // Initialize this tracklet using the track information
235 //
236 // Parameters:
237 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
238 // 
239 // Detailed description
240 // The function sets the starting point and direction of the
241 // tracklet according to the information from the TRD track.
242 // 
243 // Caution
244 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
245 // chamber where the tracklet will be constructed
246 //
247
248   Double_t y, z; 
249   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
250   Update(track);
251   return kTRUE;
252 }
253
254
255 //_____________________________________________________________________________
256 void AliTRDseedV1::Reset()
257 {
258   //
259   // Reset seed
260   //
261   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
262   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
263   fClusterIdx=0;
264   fN=0;
265   fDet=-1;
266   fPt=0.;
267   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
268   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
269   fC=0.; fChi2 = 0.;
270
271   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
272   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
273   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
274   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
275   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
276   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
277   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
278   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
279   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
280   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
281   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
282   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
283   // covariance matrix [diagonal]
284   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
285   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
286 }
287
288 //____________________________________________________________________
289 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
290
291   // update tracklet reference position from the TRD track
292
293   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
294   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
295   fPt = trk->Pt();
296   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp); 
297   fYref[1] = fSnp*norm;
298   fZref[1] = fTgl*norm;
299   SetCovRef(trk->GetCovariance());
300
301   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
302   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
303   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
304 }
305
306 //_____________________________________________________________________________
307 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
308 {
309   //
310   // Calculate number of used clusers in the tracklet
311   //
312
313   Int_t nused = 0, nshared = 0;
314   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
315     if (!fClusters[i]) continue;
316     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
317       nused++;
318     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
319       if(IsStandAlone()) nused++;
320       else nshared++;
321     }
322   }
323   SetNUsed(nused);
324   SetNShared(nshared);
325 }
326
327 //_____________________________________________________________________________
328 void AliTRDseedV1::UseClusters()
329 {
330   //
331   // Use clusters
332   //
333   // In stand alone mode:
334   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
335   // removed from the tracklet
336   //
337   // In barrel mode:
338   // - Clusters which are used by another track become shared
339   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
340   //
341   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
342   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
343     if(!(*c)) continue;
344     if(IsStandAlone()){
345       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
346         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
347         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
348         (*c) = 0x0;
349         fIndexes[ic] = -1;
350         SetN(GetN()-1);
351         continue;
352       }
353     } else {
354       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
355         (*c)->SetShared();
356         continue;
357       }
358     }
359     (*c)->Use();
360   }
361 }
362
363
364
365 //____________________________________________________________________
366 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
367 {
368 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
369 //
370 // Parameters:
371 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
372 // Output:
373 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
374 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
375 //
376 // Detailed description
377 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
378 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
379 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
380 //
381 // The following effects are included in the calculation:
382 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
383 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
384 // 3. cluster size
385 //
386
387   Int_t nclusters[kNslices]; 
388   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
389   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
390
391   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
392
393   AliTRDcluster *c = 0x0;
394   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
395     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
396     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
397     
398     // Filter clusters for dE/dx calculation
399     
400     // 1.consider calibration effects for slice determination
401     Int_t slice;
402     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber() 
403       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
404     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
405
406
407     // 2. take sharing into account
408     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
409     
410     // 3. take into account large clusters TODO
411     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
412     
413     //CHECK !!!
414     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
415     nclusters[slice]++;
416   } // End of loop over clusters
417
418   //if(fReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
419   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
420   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
421     for(int is=0; is<nslices; is++){ 
422       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
423     }
424   }
425 }
426
427 //_____________________________________________________________________________
428 void AliTRDseedV1::CookLabels()
429 {
430   //
431   // Cook 2 labels for seed
432   //
433
434   Int_t labels[200];
435   Int_t out[200];
436   Int_t nlab = 0;
437   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
438     if (!fClusters[i]) continue;
439     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
440       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
441         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
442         nlab++;
443       }
444     }
445   }
446
447   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
448   fLabels[0] = out[0];
449   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
450 }
451
452
453 //____________________________________________________________________
454 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
455 {
456 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
457 // the charge per unit length can be written as:
458 // BEGIN_LATEX
459 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
460 // END_LATEX
461 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
462 // of the time bin. 
463 // The following correction are applied :
464 //   - charge : pad row cross corrections
465 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
466 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
467 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
468 // 
469 //Begin_Html
470 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
471 //End_Html
472 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
473 // drift length [right] for different particle species is displayed.
474 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
475 //
476   Float_t dq = 0.;
477   // check whether both clusters are inside the chamber
478   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
479   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
480     hasClusterInChamber = kTRUE;
481     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
482   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
483     hasClusterInChamber = kTRUE;
484     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
485   }
486   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
487   if(dq<1.e-3) return 0.;
488
489   Double_t dx = fdX;
490   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
491     Float_t x2(0.), x1(0.);
492     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
493     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
494     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
495     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
496     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
497     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
498     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
499     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
500     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
501     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
502
503     dx = .5*(x2 - x1);
504   }
505   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
506   if(dl) (*dl) = dx;
507   return dq/dx;
508 }
509
510 //____________________________________________________________
511 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
512
513 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
514 // BEGIN_LATEX
515 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
516 // END_LATEX
517 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
518 // The estimated variance of the momentum is given by:
519 // BEGIN_LATEX
520 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
521 // END_LATEX
522 // which can be simplified to
523 // BEGIN_LATEX
524 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
525 // END_LATEX
526 //
527
528   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
529   Double_t p2 = p*p;
530   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
531   Double_t pt2 = fPt*fPt;
532   if(err){
533     Double_t s2 = 
534       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
535      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
536      +p2*pt2*fRefCov[6];
537     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
538   }
539   return p;
540 }
541
542
543 //____________________________________________________________________
544 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
545 {       
546   if(!force) return &fProb[0];
547   if(!CookPID()) return 0x0;
548   return &fProb[0];
549 }
550
551 //____________________________________________________________
552 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
553 {
554 // Fill probability array for tracklet from the DB.
555 //
556 // Parameters
557 //
558 // Output
559 //   returns pointer to the probability array and 0x0 if missing DB access 
560 //
561 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
562 // - estimated momentum at tracklet reference point 
563 // - dE/dx measurements
564 // - tracklet length
565 // - TRD layer
566 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
567 // - Neural Network [default] - option "nn"  
568 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
569
570   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
571   if (!calibration) {
572     AliError("No access to calibration data");
573     return kFALSE;
574   }
575
576   if (!fReconstructor) {
577     AliError("Reconstructor not set.");
578     return kFALSE;
579   }
580
581   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
582   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fReconstructor->GetPIDMethod());
583   if (!pd) {
584     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
585     return kFALSE;
586   }
587   //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
588
589   // calculate tracklet length TO DO
590   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
591   /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
592   
593   //calculate dE/dx
594   CookdEdx(fReconstructor->GetNdEdxSlices());
595   
596   // Sets the a priori probabilities
597   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) {
598     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());     
599   }
600
601   return kTRUE;
602 }
603
604 //____________________________________________________________________
605 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
606 {
607   //
608   // Returns a quality measurement of the current seed
609   //
610
611   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
612   return 
613       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
614     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
615     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
616     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
617 }
618
619 //____________________________________________________________________
620 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
621 {
622 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
623 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
624 //   cov[0] = Var(y)
625 //   cov[1] = Cov(yz)
626 //   cov[2] = Var(z)
627 //
628 // Details
629 //
630 // For the linear transformation
631 // BEGIN_LATEX
632 // Y = T_{x} X^{T}
633 // END_LATEX
634 //   The error propagation has the general form
635 // BEGIN_LATEX
636 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
637 // END_LATEX
638 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
639 // at point x we consider: 
640 // BEGIN_LATEX
641 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
642 // END_LATEX
643 // and secondly to take into account the tilt angle
644 // BEGIN_LATEX
645 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
646 // END_LATEX
647 //
648 // using simple trigonometrics one can write for this last case
649 // BEGIN_LATEX
650 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
651 // END_LATEX
652 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
653 // BEGIN_LATEX
654 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
655 // END_LATEX
656 //
657 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
658 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
659 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
660 //
661 // Author :
662 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
663 // Date : Jan 8th 2009
664 //
665
666
667   Double_t xr     = fX0-x; 
668   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
669   Double_t sz2    = fS2Z;
670   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
671
672   // insert systematic uncertainties
673   if(fReconstructor){
674     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
675     fReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
676     sy2 += sys[0];
677     sz2 += sys[1];
678   }
679   // rotate covariance matrix
680   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
681   Double_t correction = 1./(1. + t2);
682   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
683   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
684   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
685
686   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
687 }
688
689 //____________________________________________________________
690 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(Double_t *c, Double_t *d)
691 {
692 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
693 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
694 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
695 // 
696 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
697 // the following relation is used:
698 // BEGIN_LATEX
699 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
700 // END_LATEX
701 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
702 // In case C is symmetric the followings are true:
703 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
704 //   - V = V^{-1}
705 //
706 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
707 // Date   Mar 19 2009
708
709   Double_t L[2], // eigenvalues
710            V[3]; // eigenvectors
711   // the secular equation and its solution :
712   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
713   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
714   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
715   Double_t Tr = c[0]+c[2],           // trace
716           DET = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
717   if(TMath::Abs(DET)<1.e-20) return -1.;
718   Double_t DD = TMath::Sqrt(Tr*Tr - 4*DET);
719   L[0] = .5*(Tr + DD);
720   L[1] = .5*(Tr - DD);
721   if(L[0]<0. || L[1]<0.) return -1.;
722
723   // the sym V matrix
724   // | v00   v10|
725   // | v10   v11|
726   Double_t tmp = (L[0]-c[0])/c[1];
727   V[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
728   V[1] = tmp*V[0];
729   V[2] = V[1]*c[1]/(L[1]-c[2]);
730   // the VD^{1/2}V is: 
731   L[0] = TMath::Sqrt(L[0]); L[1] = TMath::Sqrt(L[1]);
732   d[0] = V[0]*V[0]*L[0]+V[1]*V[1]*L[1];
733   d[1] = V[0]*V[1]*L[0]+V[1]*V[2]*L[1];
734   d[2] = V[1]*V[1]*L[0]+V[2]*V[2]*L[1];
735
736   return 1.;
737 }
738
739 //____________________________________________________________
740 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(Double_t *c, Double_t *d)
741 {
742 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
743 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
744 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
745 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
746 //
747 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
748 // Date   Mar 19 2009
749
750   Double_t Det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
751   if(TMath::Abs(Det)<1.e-20) return 0.;
752   Double_t InvDet = 1./Det;
753   d[0] = c[2]*InvDet;
754   d[1] =-c[1]*InvDet;
755   d[2] = c[0]*InvDet;
756   return Det;
757 }
758
759 //____________________________________________________________________
760 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
761 {
762   Int_t ic=0;
763   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
764   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
765 }
766
767
768 //____________________________________________________________________
769 void AliTRDseedV1::Calibrate()
770 {
771 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
772 // The following information are used
773 //  - detector index
774 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
775 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
776 //
777 // The following information is cached in the tracklet
778 //   t0 (trigger delay)
779 //   drift velocity
780 //   PRF width
781 //   omega*tau = tg(a_L)
782 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
783 //
784 // Author :
785 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
786 // Date : Jan 8th 2009
787 //
788
789   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
790   if(cdb->GetRun() < 0){
791     AliError("OCDB manager not properly initialized");
792     return;
793   }
794
795   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
796   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
797                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
798   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
799   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
800
801   Int_t col = 70, row = 7;
802   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
803   if(GetN()){ 
804     Int_t ic = 0;
805     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
806     if(*c){
807       col = (*c)->GetPadCol();
808       row = (*c)->GetPadRow();
809     }
810   }
811
812   fT0    = t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row);
813   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
814   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
815   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
816   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
817   fDiffT, fVD);
818   SetBit(kCalib, kTRUE);
819 }
820
821 //____________________________________________________________________
822 void AliTRDseedV1::SetOwner()
823 {
824   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
825   
826   if(TestBit(kOwner)) return;
827   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
828     if(!fClusters[ic]) continue;
829     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
830   }
831   SetBit(kOwner);
832 }
833
834 //____________________________________________________________
835 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
836 {
837 // Shortcut method to initialize pad geometry.
838   if(!p) return;
839   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
840   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
841   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
842 }
843
844
845 //____________________________________________________________________
846 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *chamber, Bool_t tilt)
847 {
848 //
849 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
850 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
851 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
852 // 3. purge clusters
853 // 4. truncated mean on z direction
854 // 5. purge clusters
855 //
856 // Parameters
857 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
858 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
859 // Output
860 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
861 //      -
862 // Detailed description
863 //      
864 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
865 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
866 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
867 // BEGIN_LATEX
868 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
869 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
870 // END_LATEX
871 // 
872 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
873 // Debug  : level >3
874
875   Bool_t kPRINT = kFALSE;
876   if(!fReconstructor->GetRecoParam() ){
877     AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
878     return kFALSE;
879   }
880   // Initialize reco params for this tracklet
881   // 1. first time bin in the drift region
882   Int_t t0 = 14;
883   Int_t kClmin = Int_t(fReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
884
885   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
886            s2yCl = 0., 
887            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
888            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
889            t2    = GetTilt()*GetTilt();
890   //define roads
891   Double_t kroady = 1., //fReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
892            kroadz = GetPadLength() * 1.5 + 1.;
893   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
894   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
895   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
896   Calibrate();
897
898   if(kPRINT) printf("AttachClusters() sy[%f] road[%f]\n", syRef, kroady);
899
900   // working variables
901   const Int_t kNrows = 16;
902   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
903   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
904   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
905   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
906   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
907   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
908   memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*));
909
910   // Do cluster projection
911   AliTRDcluster *c = 0x0;
912   AliTRDchamberTimeBin *layer = 0x0;
913   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
914   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
915     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
916     if(!Int_t(*layer)) continue;
917     // get track projection at layers position
918     dx   = fX0 - layer->GetX();
919     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
920     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
921     // get standard cluster error corrected for tilt
922     cp.SetLocalTimeBin(it);
923     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
924     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + t2*s2zCl)/(1.+t2);
925     // get estimated road
926     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
927
928     if(kPRINT) printf("  %2d dx[%f] yt[%f] zt[%f] sT[um]=%6.2f sy[um]=%6.2f syTilt[um]=%6.2f yRoad[mm]=%f\n", it, dx, yt, zt, 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady);
929
930     // select clusters
931     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
932     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
933     Int_t n=0, idx[6];
934     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
935     for(Int_t ic = n; ic--;){
936       c  = (*layer)[idx[ic]];
937       dy = yt - c->GetY();
938       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
939       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
940 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
941         printf("too large !!!\n");
942         continue;
943       }*/
944       Int_t r = c->GetPadRow();
945       if(kPRINT) printf("\t\t%d dy[%f] yc[%f] r[%d]\n", ic, TMath::Abs(dy), c->GetY(), r);
946       clst[r][ncl[r]] = c;
947       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
948       yres[r][ncl[r]] = dy;
949       ncl[r]++; ncls++;
950
951       if(ncl[r] >= kNcls) {
952         AliWarning(Form("Cluster candidates reached buffer limit %d. Some may be lost.", kNcls));
953         kBUFFER = kTRUE;
954         break;
955       }
956     }
957     if(kBUFFER) break;
958   }
959   if(kPRINT) printf("Found %d clusters\n", ncls);
960   if(ncls<kClmin) return kFALSE;
961  
962   // analyze each row individualy
963   Double_t mean, syDis;
964   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, nr = 0, lr=-1;
965   for(Int_t ir=kNrows; ir--;){
966     if(!(ncl[ir])) continue;
967     if(lr>0 && lr-ir != 1){
968       if(kPRINT) printf("W - gap in rows attached !!\n"); 
969     }
970     if(kPRINT) printf("\tir[%d] lr[%d] n[%d]\n", ir, lr, ncl[ir]);
971     // Evaluate truncated mean on the y direction
972     if(ncl[ir] > 3) AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean, syDis, Int_t(ncl[ir]*.8));
973     else {
974       mean = 0.; syDis = 0.;
975       continue;
976     } 
977
978     if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker) > 3){
979       TTreeSRedirector &cstreamer = *fReconstructor->GetDebugStream(AliTRDReconstructor::kTracker);
980       TVectorD dy(ncl[ir], yres[ir]);
981       cstreamer << "AttachClusters"
982           << "dy=" << &dy
983           << "m="  << mean
984           << "s="  << syDis
985           << "\n";
986     }
987
988     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
989     if(kPRINT) printf("\tr[%2d] m[%f %5.3fsigma] s[%f]\n", ir, mean, TMath::Abs(mean/syDis), syDis);
990     // select clusters on a 3 sigmaDistr level
991     Bool_t kFOUND = kFALSE;
992     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
993       if(yres[ir][ic] - mean > 3. * syDis){ 
994         clst[ir][ic] = 0x0; continue;
995       }
996       nrow[nr]++; kFOUND = kTRUE;
997     }
998     // exit loop
999     if(kFOUND) nr++; 
1000     lr = ir; if(nr>=3) break;
1001   }
1002   if(kPRINT) printf("lr[%d] nr[%d] nrow[0]=%d nrow[1]=%d nrow[2]=%d\n", lr, nr, nrow[0], nrow[1], nrow[2]);
1003
1004   // classify cluster rows
1005   Int_t row = -1;
1006   switch(nr){
1007   case 1:
1008     row = lr;
1009     break;
1010   case 2:
1011     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1012     if(nrow[0] > nrow[1]){ row = lr+1; lr = -1;}
1013     else{ 
1014       row = lr; lr = 1;
1015       nrow[2] = nrow[1];
1016       nrow[1] = nrow[0];
1017       nrow[0] = nrow[2];
1018     }
1019     break;
1020   case 3:
1021     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1022     break;
1023   }
1024   if(kPRINT) printf("\trow[%d] n[%d]\n\n", row, nrow[0]);
1025   if(row<0) return kFALSE;
1026
1027   // Select and store clusters 
1028   // We should consider here :
1029   //  1. How far is the chamber boundary
1030   //  2. How big is the mean
1031   Int_t n = 0;
1032   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1033     Int_t jr = row + ir*lr; 
1034     if(kPRINT) printf("\tattach %d clusters for row %d\n", ncl[jr], jr);
1035     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1036       if(!(c = clst[jr][ic])) continue;
1037       Int_t it = c->GetPadTime();
1038       // TODO proper indexing of clusters !!
1039       fIndexes[it+kNtb*ir]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1040       fClusters[it+kNtb*ir] = c;
1041   
1042       //printf("\tid[%2d] it[%d] idx[%d]\n", ic, it, fIndexes[it]);
1043   
1044       n++;
1045     }
1046   }  
1047
1048   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1049   if (n < kClmin){
1050     //AliWarning(Form("Not enough clusters to fit the tracklet %d [%d].", n, kClmin));
1051     return kFALSE;
1052   }
1053   SetN(n);
1054
1055   // Load calibration parameters for this tracklet  
1056   Calibrate();
1057
1058   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1059   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1060   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1061     if(!fClusters[it]) continue;
1062     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1063     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1064     irp++;
1065   }  
1066   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1067   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1068   return kTRUE;
1069 }
1070
1071 //____________________________________________________________
1072 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1073 {
1074 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1075 //   The primitive data are
1076 //   - list of clusters
1077 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1078 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1079 //   - track reference position and direction
1080 //   - momentum of the track
1081 //   - time bin length [cm]
1082 // 
1083 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1084 //
1085   fReconstructor = rec;
1086   AliTRDgeometry g;
1087   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1088   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1089   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1090   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1091   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1092   //fTgl = fZref[1];
1093   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1094   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1095   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1096     if(!(*cit)) return;
1097     n++;
1098     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1099     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1100   }
1101   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1102   Fit();
1103   CookLabels();
1104   GetProbability();
1105 }
1106
1107
1108 //____________________________________________________________________
1109 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1110 {
1111 //
1112 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1113 //
1114 // Parameters :
1115 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on 
1116 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1117 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity 
1118 //            and a finner error parameterization estimation [default false]  
1119 // Output :
1120 //  True if successful
1121 //
1122 // Detailed description
1123 //
1124 //            Fit in the xy plane
1125 // 
1126 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1127 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1128 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1129 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1130 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1131 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1132 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1133 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1134 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1135 // inclination is given for TRD by:
1136 // BEGIN_LATEX
1137 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1138 // END_LATEX
1139 //
1140 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1141 // by projection i.e.
1142 // BEGIN_LATEX
1143 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1144 // END_LATEX
1145 // and also by the lorentz angle correction
1146 //
1147 //            Fit in the xz plane
1148 //
1149 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1150 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1151 // fit (see below).
1152 // 
1153 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1154 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1155 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1156 // of the z estimate is given by :
1157 // BEGIN_LATEX
1158 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1159 // END_LATEX
1160 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1161 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1162 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1163 // 
1164 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1165 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1166 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1167 //   - no general model for the qx dependence
1168 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1169 //   - gain calibration dependence
1170 //
1171 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1172 //
1173 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1174 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1175 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1176 // BEGIN_LATEX
1177 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1178 // END_LATEX
1179 // and thus the radial position is:
1180 // BEGIN_LATEX
1181 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1182 // END_LATEX
1183 //
1184 //            Estimation of tracklet position error 
1185 //
1186 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1187 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1188 // BEGIN_LATEX
1189 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1190 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1191 // END_LATEX
1192 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1193 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1194 // BEGIN_LATEX
1195 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1196 // END_LATEX
1197 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1198 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1199 //
1200 // Author 
1201 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1202
1203   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1204
1205   const Int_t kClmin = 8;
1206
1207   // get track direction
1208   Double_t y0   = fYref[0];
1209   Double_t dydx = fYref[1]; 
1210   Double_t z0   = fZref[0];
1211   Double_t dzdx = fZref[1];
1212   Double_t yt, zt;
1213
1214   //AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1215   TLinearFitter  fitterY(1, "pol1");
1216   TLinearFitter  fitterZ(1, "pol1");
1217   
1218   // book cluster information
1219   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1220
1221   Int_t n = 0;
1222   AliTRDcluster *c=0x0, **jc = &fClusters[0];
1223   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1224     xc[ic]  = -1.;
1225     yc[ic]  = 999.;
1226     zc[ic]  = 999.;
1227     sy[ic]  = 0.;
1228     if(!(c = (*jc))) continue;
1229     if(!c->IsInChamber()) continue;
1230
1231     Float_t w = 1.;
1232     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1233     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1234
1235     // cluster charge
1236     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1237     // pad row of leading 
1238
1239     // Radial cluster position
1240     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1241     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1242     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1243
1244     // extrapolated track to cluster position
1245     yt = y0 - xc[n]*dydx; 
1246     zt = z0 - xc[n]*dzdx; 
1247
1248     // Recalculate cluster error based on tracking information
1249     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1250     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1251
1252     yc[n]   = fReconstructor->UseGAUS() ? 
1253       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1254     zc[n]   = c->GetZ();
1255     //optional tilt correction
1256     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt)); 
1257
1258     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1259     fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1260     n++;
1261   }
1262   // to few clusters
1263   if (n < kClmin) return kFALSE; 
1264
1265   // fit XY
1266   fitterY.Eval();
1267   fYfit[0] = fitterY.GetParameter(0);
1268   fYfit[1] = -fitterY.GetParameter(1);
1269   // store covariance
1270   Double_t *p = fitterY.GetCovarianceMatrix();
1271   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1272   fCov[1] = p[1]; // covariance of y0, dydx
1273   fCov[2] = p[3]; // variance of dydx
1274   // the ref radial position is set at the minimum of 
1275   // the y variance of the tracklet
1276   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1277
1278   // fit XZ
1279   if(IsRowCross()){
1280 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1281     Float_t xMin = fX0;
1282     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1283     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1284     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1285       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1286       if(!(c = (*jc))) continue;
1287       if(!c->IsInChamber()) continue;
1288       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1289       fX = fX0 - c->GetX();
1290     }
1291     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1292     // Error parameterization
1293     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1294     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1295
1296     // THE FIT X-Q PLANE METHOD 
1297     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1298     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1299       if(!(c = (*jc))) continue;
1300       if(!c->IsInChamber()) continue;
1301       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1302       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1303       zc[n]   = c->GetZ();
1304       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1305       n--;
1306     }
1307     // fit XZ
1308     fitterZ.Eval();
1309     if(fitterZ.GetParameter(1)!=0.){ 
1310       fX = -fitterZ.GetParameter(0)/fitterZ.GetParameter(1);
1311       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1312       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1313       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1314       fX-=.055; // TODO to be understood
1315     }
1316
1317     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1318     // temporary external error parameterization
1319     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1320     // TODO correct formula
1321     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1322   } else {
1323     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1324     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1325   }
1326   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1327   return kTRUE;
1328 }
1329
1330
1331 /*
1332 //_____________________________________________________________________________
1333 void AliTRDseedV1::FitMI()
1334 {
1335 //
1336 // Fit the seed.
1337 // Marian Ivanov's version 
1338 //
1339 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
1340 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1341 // dy = y - yt             (1)
1342 // the tilting correction is written :
1343 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1344 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1345 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1346 // from (1),(2),(3) and (4)
1347 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1348 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1349 // 1. use tilting correction for calculating the y
1350 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1351   const Float_t kRatio  = 0.8;
1352   const Int_t   kClmin  = 5;
1353   const Float_t kmaxtan = 2;
1354
1355   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1356                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1357                 return;              // Track inclined too much
1358         }
1359
1360   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1361   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
1362   Int_t fNChange = 0;
1363
1364   Double_t sumw;
1365   Double_t sumwx;
1366   Double_t sumwx2;
1367   Double_t sumwy;
1368   Double_t sumwxy;
1369   Double_t sumwz;
1370   Double_t sumwxz;
1371
1372         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1373   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
1374                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1375   Int_t    zouts[2*kNtb];       
1376   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1377   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1378   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1379   
1380   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1381   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1382   
1383   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
1384   fN2 = 0;
1385   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1386     yres[i] = 10000.0;
1387     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1388     if(!c->IsInChamber()) continue;
1389     // Residual y
1390     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1391     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1392     fY[i] = c->GetY();
1393     fZ[i] = c->GetZ();
1394     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1395     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1396     fN++;
1397   }
1398
1399   if (fN < kClmin){
1400     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1401     return; 
1402   }
1403   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1404   Float_t fZProb   = zouts[0];
1405   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1406   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1407     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1408     return;
1409   }
1410   
1411   // Z distance bigger than pad - length
1412   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1413   
1414   Int_t  breaktime = -1;
1415   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1416   Int_t  cumul[kNtb][2];
1417   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1418   
1419   if (zouts[3] >= 3) {
1420
1421     //
1422     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1423     // with maximal number of accepted clusters
1424     //
1425     fNChange = 1;
1426     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1427       cumul[i][0] = counts[0];
1428       cumul[i][1] = counts[1];
1429       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1430       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1431     }
1432     Int_t  maxcount = 0;
1433     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1434       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1435       Int_t before = cumul[i][1];
1436       if (after + before > maxcount) { 
1437         maxcount  = after + before; 
1438         breaktime = i;
1439         mbefore   = kFALSE;
1440       }
1441       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1442       before = cumul[i][0];
1443       if (after + before > maxcount) { 
1444         maxcount  = after + before; 
1445         breaktime = i;
1446         mbefore   = kTRUE;
1447       }
1448     }
1449     breaktime -= 1;
1450   }
1451
1452   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1453     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1454     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1455   }  
1456
1457   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1458       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1459     //
1460     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
1461     //
1462     fNChange = 0;
1463     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1464       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1465     } 
1466   }
1467   
1468   if (fNChange > 0) {
1469     //
1470     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1471     //
1472     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1473       if (!fClusters[i]) continue; 
1474       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1475       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1476       // Residual y
1477       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
1478       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1479 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1480 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1481 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1482       }
1483     }
1484   }
1485   
1486   Double_t yres2[kNtb];
1487   Double_t mean;
1488   Double_t sigma;
1489   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1490     if (!fClusters[i]) continue;
1491     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1492     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1493     yres2[fN2] = yres[i];
1494     fN2++;
1495   }
1496   if (fN2 < kClmin) {
1497                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1498     fN2 = 0;
1499     return;
1500   }
1501   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1502   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1503     sigma = sigmaexp;
1504   }
1505   //Float_t fSigmaY = sigma;
1506
1507   // Reset sums
1508   sumw   = 0; 
1509   sumwx  = 0; 
1510   sumwx2 = 0;
1511   sumwy  = 0; 
1512   sumwxy = 0; 
1513   sumwz  = 0;
1514   sumwxz = 0;
1515
1516   fN2    = 0;
1517   Float_t fMeanz = 0;
1518   Float_t fMPads = 0;
1519   fUsable = 0;
1520   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1521     if (!fClusters[i]) continue;
1522     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1523     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1524     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1525     SETBIT(fUsable,i);
1526     fN2++;
1527     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1528     Float_t weight = 1.0;
1529     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1530     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1531    
1532         
1533     Double_t x = fX[i];
1534     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1535     
1536     sumw   += weight; 
1537     sumwx  += x * weight; 
1538     sumwx2 += x*x * weight;
1539     sumwy  += weight * yres[i];  
1540     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1541     sumwz  += weight * fZ[i];    
1542     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1543
1544   }
1545
1546   if (fN2 < kClmin){
1547                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1548     fN2 = 0;
1549     return;
1550   }
1551   fMeanz = sumwz / sumw;
1552   Float_t correction = 0;
1553   if (fNChange > 0) {
1554     // Tracklet on boundary
1555     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1556     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1557   }
1558
1559   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1560   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1561   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1562   
1563   fS2Y = 0;
1564   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1565     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1566     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1567     fS2Y += delta*delta;
1568   }
1569   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1570         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1571         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1572   
1573   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1574   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1575 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1576 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1577 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1578   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1579
1580   UpdateUsed();
1581 }*/
1582
1583 //___________________________________________________________________
1584 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1585 {
1586   //
1587   // Printing the seedstatus
1588   //
1589
1590   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1591   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1592   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1593
1594   Double_t cov[3], x=GetX();
1595   GetCovAt(x, cov);
1596   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1597   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1598   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1599
1600
1601   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1602
1603   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1604   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1605     if(!(*jc)) continue;
1606     (*jc)->Print(o);
1607   }
1608 }
1609
1610
1611 //___________________________________________________________________
1612 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1613 {
1614   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1615   // as the given one
1616
1617   if(!o) return kFALSE;
1618   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1619   if(!inTracklet) return kFALSE;
1620
1621   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1622     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1623     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1624   }
1625   
1626   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1627   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1628   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1629   
1630   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1631 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1632 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1633 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1634     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1635   }
1636 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1637
1638   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1639     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1640     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1641     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1642   }
1643   
1644 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1645   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1646   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1647   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1648   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1649   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1650    
1651   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1652   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1653   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1654   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1655
1656   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1657   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1658   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1659   
1660   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1661     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1662     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1663     if (curCluster && inCluster){
1664       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1665         curCluster->Print();
1666         inCluster->Print();
1667         return kFALSE;
1668       }
1669     } else {
1670       // if one cluster exists, and corresponding 
1671       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1672       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1673     }
1674   }
1675   return kTRUE;
1676 }
1677