temporary bug fix (speed issues)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TLinearFitter.h"
40 #include "TClonesArray.h" // tmp
41 #include <TTreeStream.h>
42
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliMathBase.h"
45 #include "AliCDBManager.h"
46 #include "AliTracker.h"
47
48 #include "AliTRDpadPlane.h"
49 #include "AliTRDcluster.h"
50 #include "AliTRDseedV1.h"
51 #include "AliTRDtrackV1.h"
52 #include "AliTRDcalibDB.h"
53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
56 #include "AliTRDrecoParam.h"
57 #include "AliTRDCommonParam.h"
58
59 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
60 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
61 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
62
63 ClassImp(AliTRDseedV1)
64
65 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterY = NULL;
66 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterZ = NULL;
67
68 //____________________________________________________________________
69 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
70   :AliTRDtrackletBase()
71   ,fkReconstructor(NULL)
72   ,fClusterIter(NULL)
73   ,fExB(0.)
74   ,fVD(0.)
75   ,fT0(0.)
76   ,fS2PRF(0.)
77   ,fDiffL(0.)
78   ,fDiffT(0.)
79   ,fClusterIdx(0)
80   ,fN(0)
81   ,fDet(det)
82   ,fPt(0.)
83   ,fdX(0.)
84   ,fX0(0.)
85   ,fX(0.)
86   ,fY(0.)
87   ,fZ(0.)
88   ,fS2Y(0.)
89   ,fS2Z(0.)
90   ,fC(0.)
91   ,fChi2(0.)
92 {
93   //
94   // Constructor
95   //
96   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
97   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
98   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
99   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
100   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
101   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
102   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
103   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
104   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
105   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
106   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
107   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
108   // covariance matrix [diagonal]
109   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
110   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
111   SetStandAlone(kFALSE);
112 }
113
114 //____________________________________________________________________
115 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
116   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
117   ,fkReconstructor(NULL)
118   ,fClusterIter(NULL)
119   ,fExB(0.)
120   ,fVD(0.)
121   ,fT0(0.)
122   ,fS2PRF(0.)
123   ,fDiffL(0.)
124   ,fDiffT(0.)
125   ,fClusterIdx(0)
126   ,fN(0)
127   ,fDet(-1)
128   ,fPt(0.)
129   ,fdX(0.)
130   ,fX0(0.)
131   ,fX(0.)
132   ,fY(0.)
133   ,fZ(0.)
134   ,fS2Y(0.)
135   ,fS2Z(0.)
136   ,fC(0.)
137   ,fChi2(0.)
138 {
139   //
140   // Copy Constructor performing a deep copy
141   //
142   if(this != &ref){
143     ref.Copy(*this);
144   }
145   SetBit(kOwner, kFALSE);
146   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
147 }
148
149
150 //____________________________________________________________________
151 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
152 {
153   //
154   // Assignment Operator using the copy function
155   //
156
157   if(this != &ref){
158     ref.Copy(*this);
159   }
160   SetBit(kOwner, kFALSE);
161
162   return *this;
163 }
164
165 //____________________________________________________________________
166 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
167 {
168   //
169   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
170   //
171
172   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
173
174   if(IsOwner()) {
175     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
176       if(!fClusters[itb]) continue; 
177       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
178       delete fClusters[itb];
179       fClusters[itb] = NULL;
180     }
181   }
182 }
183
184 //____________________________________________________________________
185 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
186 {
187   //
188   // Copy function
189   //
190
191   //AliInfo("");
192   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
193
194   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
195   target.fClusterIter   = NULL;
196   target.fExB           = fExB;
197   target.fVD            = fVD;
198   target.fT0            = fT0;
199   target.fS2PRF         = fS2PRF;
200   target.fDiffL         = fDiffL;
201   target.fDiffT         = fDiffT;
202   target.fClusterIdx    = 0;
203   target.fN             = fN;
204   target.fDet           = fDet;
205   target.fPt            = fPt;
206   target.fdX            = fdX;
207   target.fX0            = fX0;
208   target.fX             = fX;
209   target.fY             = fY;
210   target.fZ             = fZ;
211   target.fS2Y           = fS2Y;
212   target.fS2Z           = fS2Z;
213   target.fC             = fC;
214   target.fChi2          = fChi2;
215   
216   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
217   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
218   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
219   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
220   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
221   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
222   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
223   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
224   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
225   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
226   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
227   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
228   
229   TObject::Copy(ref);
230 }
231
232
233 //____________________________________________________________
234 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
235 {
236 // Initialize this tracklet using the track information
237 //
238 // Parameters:
239 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
240 // 
241 // Detailed description
242 // The function sets the starting point and direction of the
243 // tracklet according to the information from the TRD track.
244 // 
245 // Caution
246 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
247 // chamber where the tracklet will be constructed
248 //
249
250   Double_t y, z; 
251   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
252   Update(track);
253   return kTRUE;
254 }
255
256
257 //_____________________________________________________________________________
258 void AliTRDseedV1::Reset()
259 {
260   //
261   // Reset seed
262   //
263   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
264   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
265   fClusterIdx=0;
266   fN=0;
267   fDet=-1;
268   fPt=0.;
269   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
270   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
271   fC=0.; fChi2 = 0.;
272
273   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
274   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
275   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
276   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
277   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
278   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
279   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
280   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
281   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
282   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
283   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
284   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
285   // covariance matrix [diagonal]
286   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
287   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
288 }
289
290 //____________________________________________________________________
291 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
292
293   // update tracklet reference position from the TRD track
294
295   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
296   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
297   fPt = trk->Pt();
298   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp); 
299   fYref[1] = fSnp*norm;
300   fZref[1] = fTgl*norm;
301   SetCovRef(trk->GetCovariance());
302
303   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
304   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
305   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
306 }
307
308 //_____________________________________________________________________________
309 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
310 {
311   //
312   // Calculate number of used clusers in the tracklet
313   //
314
315   Int_t nused = 0, nshared = 0;
316   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
317     if (!fClusters[i]) continue;
318     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
319       nused++;
320     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
321       if(IsStandAlone()) nused++;
322       else nshared++;
323     }
324   }
325   SetNUsed(nused);
326   SetNShared(nshared);
327 }
328
329 //_____________________________________________________________________________
330 void AliTRDseedV1::UseClusters()
331 {
332   //
333   // Use clusters
334   //
335   // In stand alone mode:
336   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
337   // removed from the tracklet
338   //
339   // In barrel mode:
340   // - Clusters which are used by another track become shared
341   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
342   //
343   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
344   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
345     if(!(*c)) continue;
346     if(IsStandAlone()){
347       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
348         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
349         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
350         (*c) = NULL;
351         fIndexes[ic] = -1;
352         SetN(GetN()-1);
353         continue;
354       }
355     } else {
356       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
357         (*c)->SetShared();
358         continue;
359       }
360     }
361     (*c)->Use();
362   }
363 }
364
365
366
367 //____________________________________________________________________
368 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
369 {
370 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
371 //
372 // Parameters:
373 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
374 // Output:
375 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
376 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
377 //
378 // Detailed description
379 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
380 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
381 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
382 //
383 // The following effects are included in the calculation:
384 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
385 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
386 // 3. cluster size
387 //
388
389   Int_t nclusters[kNslices]; 
390   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
391   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
392
393   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
394
395   AliTRDcluster *c = NULL;
396   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
397     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
398     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
399     
400     // Filter clusters for dE/dx calculation
401     
402     // 1.consider calibration effects for slice determination
403     Int_t slice;
404     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber() 
405       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
406     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
407
408
409     // 2. take sharing into account
410     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
411     
412     // 3. take into account large clusters TODO
413     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
414     
415     //CHECK !!!
416     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
417     nclusters[slice]++;
418   } // End of loop over clusters
419
420   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
421   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
422   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
423     for(int is=0; is<nslices; is++){ 
424       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
425     }
426   }
427 }
428
429 //_____________________________________________________________________________
430 void AliTRDseedV1::CookLabels()
431 {
432   //
433   // Cook 2 labels for seed
434   //
435
436   Int_t labels[200];
437   Int_t out[200];
438   Int_t nlab = 0;
439   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
440     if (!fClusters[i]) continue;
441     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
442       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
443         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
444         nlab++;
445       }
446     }
447   }
448
449   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
450   fLabels[0] = out[0];
451   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
452 }
453
454
455 //____________________________________________________________________
456 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
457 {
458 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
459 // the charge per unit length can be written as:
460 // BEGIN_LATEX
461 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
462 // END_LATEX
463 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
464 // of the time bin. 
465 // The following correction are applied :
466 //   - charge : pad row cross corrections
467 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
468 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
469 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
470 // 
471 //Begin_Html
472 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
473 //End_Html
474 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
475 // drift length [right] for different particle species is displayed.
476 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
477 //
478   Float_t dq = 0.;
479   // check whether both clusters are inside the chamber
480   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
481   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
482     hasClusterInChamber = kTRUE;
483     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
484   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
485     hasClusterInChamber = kTRUE;
486     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
487   }
488   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
489   if(dq<1.e-3) return 0.;
490
491   Double_t dx = fdX;
492   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
493     Float_t x2(0.), x1(0.);
494     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
495     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
496     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
497     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
498     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
499     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
500     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
501     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
502     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
503     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
504
505     dx = .5*(x2 - x1);
506   }
507   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
508   if(dl) (*dl) = dx;
509   return dq/dx;
510 }
511
512 //____________________________________________________________
513 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
514
515 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
516 // BEGIN_LATEX
517 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
518 // END_LATEX
519 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
520 // The estimated variance of the momentum is given by:
521 // BEGIN_LATEX
522 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
523 // END_LATEX
524 // which can be simplified to
525 // BEGIN_LATEX
526 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
527 // END_LATEX
528 //
529
530   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
531   Double_t p2 = p*p;
532   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
533   Double_t pt2 = fPt*fPt;
534   if(err){
535     Double_t s2 = 
536       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
537      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
538      +p2*pt2*fRefCov[6];
539     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
540   }
541   return p;
542 }
543
544
545 //____________________________________________________________________
546 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
547 {       
548   if(!force) return &fProb[0];
549   if(!CookPID()) return NULL;
550   return &fProb[0];
551 }
552
553 //____________________________________________________________
554 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
555 {
556 // Fill probability array for tracklet from the DB.
557 //
558 // Parameters
559 //
560 // Output
561 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
562 //
563 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
564 // - estimated momentum at tracklet reference point 
565 // - dE/dx measurements
566 // - tracklet length
567 // - TRD layer
568 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
569 // - Neural Network [default] - option "nn"  
570 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
571
572   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
573   if (!calibration) {
574     AliError("No access to calibration data");
575     return kFALSE;
576   }
577
578   if (!fkReconstructor) {
579     AliError("Reconstructor not set.");
580     return kFALSE;
581   }
582
583   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
584   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
585   if (!pd) {
586     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
587     return kFALSE;
588   }
589   //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
590
591   // calculate tracklet length TO DO
592   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
593   /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
594   
595   //calculate dE/dx
596   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
597   
598   // Sets the a priori probabilities
599   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
600     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
601   
602   return kTRUE;
603 }
604
605 //____________________________________________________________________
606 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
607 {
608   //
609   // Returns a quality measurement of the current seed
610   //
611
612   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
613   return 
614       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
615     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
616     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
617     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
618 }
619
620 //____________________________________________________________________
621 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
622 {
623 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
624 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
625 //   cov[0] = Var(y)
626 //   cov[1] = Cov(yz)
627 //   cov[2] = Var(z)
628 //
629 // Details
630 //
631 // For the linear transformation
632 // BEGIN_LATEX
633 // Y = T_{x} X^{T}
634 // END_LATEX
635 //   The error propagation has the general form
636 // BEGIN_LATEX
637 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
638 // END_LATEX
639 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
640 // at point x we consider: 
641 // BEGIN_LATEX
642 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
643 // END_LATEX
644 // and secondly to take into account the tilt angle
645 // BEGIN_LATEX
646 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
647 // END_LATEX
648 //
649 // using simple trigonometrics one can write for this last case
650 // BEGIN_LATEX
651 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
652 // END_LATEX
653 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
654 // BEGIN_LATEX
655 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
656 // END_LATEX
657 //
658 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
659 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
660 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
661 //
662 // Author :
663 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
664 // Date : Jan 8th 2009
665 //
666
667
668   Double_t xr     = fX0-x; 
669   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
670   Double_t sz2    = fS2Z;
671   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
672
673   // insert systematic uncertainties
674   if(fkReconstructor){
675     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
676     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
677     sy2 += sys[0];
678     sz2 += sys[1];
679   }
680   // rotate covariance matrix
681   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
682   Double_t correction = 1./(1. + t2);
683   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
684   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
685   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
686
687   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
688 }
689
690 //____________________________________________________________
691 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
692 {
693 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
694 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
695 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
696 // 
697 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
698 // the following relation is used:
699 // BEGIN_LATEX
700 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
701 // END_LATEX
702 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
703 // In case C is symmetric the followings are true:
704 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
705 //   - V = V^{-1}
706 //
707 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
708 // Date   Mar 19 2009
709
710   Double_t l[2], // eigenvalues
711            v[3]; // eigenvectors
712   // the secular equation and its solution :
713   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
714   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
715   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
716   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
717           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
718   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
719   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
720   l[0] = .5*(tr + dd);
721   l[1] = .5*(tr - dd);
722   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
723
724   // the sym V matrix
725   // | v00   v10|
726   // | v10   v11|
727   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
728   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
729   v[1] = tmp*v[0];
730   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
731   // the VD^{1/2}V is: 
732   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
733   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
734   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
735   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
736
737   return 1.;
738 }
739
740 //____________________________________________________________
741 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
742 {
743 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
744 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
745 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
746 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
747 //
748 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
749 // Date   Mar 19 2009
750
751   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
752   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
753   Double_t invDet = 1./det;
754   d[0] = c[2]*invDet;
755   d[1] =-c[1]*invDet;
756   d[2] = c[0]*invDet;
757   return det;
758 }
759
760 //____________________________________________________________________
761 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
762 {
763   Int_t ic=0;
764   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
765   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
766 }
767
768 //____________________________________________________________________
769 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterY()
770 {
771   if(!fgFitterY) fgFitterY = new TLinearFitter(1, "pol1");
772   fgFitterY->ClearPoints();
773   return fgFitterY;
774 }
775
776 //____________________________________________________________________
777 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterZ()
778 {
779   if(!fgFitterZ) fgFitterZ = new TLinearFitter(1, "pol1");
780   fgFitterZ->ClearPoints();
781   return fgFitterZ;
782 }
783
784 //____________________________________________________________________
785 void AliTRDseedV1::Calibrate()
786 {
787 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
788 // The following information are used
789 //  - detector index
790 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
791 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
792 //
793 // The following information is cached in the tracklet
794 //   t0 (trigger delay)
795 //   drift velocity
796 //   PRF width
797 //   omega*tau = tg(a_L)
798 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
799 //
800 // Author :
801 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
802 // Date : Jan 8th 2009
803 //
804
805   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
806   if(cdb->GetRun() < 0){
807     AliError("OCDB manager not properly initialized");
808     return;
809   }
810
811   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
812   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
813                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
814   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
815   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
816
817   Int_t col = 70, row = 7;
818   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
819   if(GetN()){ 
820     Int_t ic = 0;
821     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
822     if(*c){
823       col = (*c)->GetPadCol();
824       row = (*c)->GetPadRow();
825     }
826   }
827
828   fT0    = t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row);
829   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
830   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
831   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
832   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
833   fDiffT, fVD);
834   SetBit(kCalib, kTRUE);
835 }
836
837 //____________________________________________________________________
838 void AliTRDseedV1::SetOwner()
839 {
840   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
841   
842   if(TestBit(kOwner)) return;
843   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
844     if(!fClusters[ic]) continue;
845     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
846   }
847   SetBit(kOwner);
848 }
849
850 //____________________________________________________________
851 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
852 {
853 // Shortcut method to initialize pad geometry.
854   if(!p) return;
855   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
856   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
857   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
858 }
859
860
861 //____________________________________________________________________
862 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
863 {
864 //
865 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
866 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
867 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
868 // 3. purge clusters
869 // 4. truncated mean on z direction
870 // 5. purge clusters
871 //
872 // Parameters
873 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
874 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
875 // Output
876 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
877 //      -
878 // Detailed description
879 //      
880 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
881 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
882 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
883 // BEGIN_LATEX
884 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
885 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
886 // END_LATEX
887 // 
888 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
889 // Debug  : level >3
890
891   Bool_t kPRINT = kFALSE;
892   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
893     AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
894     return kFALSE;
895   }
896   // Initialize reco params for this tracklet
897   // 1. first time bin in the drift region
898   Int_t t0 = 14;
899   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
900
901   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov); 
902   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
903            s2yCl = 0., 
904            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
905            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
906            t2    = GetTilt()*GetTilt();
907   //define roads
908   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
909            kroadz = GetPadLength() * 1.5 + 1.;
910   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
911   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
912   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
913   if(fkReconstructor->IsHLT())cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
914   Calibrate();
915
916   if(kPRINT) printf("AttachClusters() sy[%f] road[%f]\n", syRef, kroady);
917
918   // working variables
919   const Int_t kNrows = 16;
920   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
921   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
922   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
923   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
924   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
925   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
926   memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*));
927
928   // Do cluster projection
929   AliTRDcluster *c = NULL;
930   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
931   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
932   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
933     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
934     if(!Int_t(*layer)) continue;
935     // get track projection at layers position
936     dx   = fX0 - layer->GetX();
937     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
938     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
939     // get standard cluster error corrected for tilt
940     cp.SetLocalTimeBin(it);
941     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
942     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
943     // get estimated road
944     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
945
946     if(kPRINT) printf("  %2d dx[%f] yt[%f] zt[%f] sT[um]=%6.2f sy[um]=%6.2f syTilt[um]=%6.2f yRoad[mm]=%f\n", it, dx, yt, zt, 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady);
947
948     // select clusters
949     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
950     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
951     Int_t n=0, idx[6];
952     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
953     for(Int_t ic = n; ic--;){
954       c  = (*layer)[idx[ic]];
955       dy = yt - c->GetY();
956       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
957       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
958 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
959         printf("too large !!!\n");
960         continue;
961       }*/
962       Int_t r = c->GetPadRow();
963       if(kPRINT) printf("\t\t%d dy[%f] yc[%f] r[%d]\n", ic, TMath::Abs(dy), c->GetY(), r);
964       clst[r][ncl[r]] = c;
965       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
966       yres[r][ncl[r]] = dy;
967       ncl[r]++; ncls++;
968
969       if(ncl[r] >= kNcls) {
970         AliWarning(Form("Cluster candidates reached buffer limit %d. Some may be lost.", kNcls));
971         kBUFFER = kTRUE;
972         break;
973       }
974     }
975     if(kBUFFER) break;
976   }
977   if(kPRINT) printf("Found %d clusters\n", ncls);
978   if(ncls<kClmin) return kFALSE;
979  
980   // analyze each row individualy
981   Double_t mean, syDis;
982   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, nr = 0, lr=-1;
983   for(Int_t ir=kNrows; ir--;){
984     if(!(ncl[ir])) continue;
985     if(lr>0 && lr-ir != 1){
986       if(kPRINT) printf("W - gap in rows attached !!\n"); 
987     }
988     if(kPRINT) printf("\tir[%d] lr[%d] n[%d]\n", ir, lr, ncl[ir]);
989     // Evaluate truncated mean on the y direction
990     if(ncl[ir] > 3) AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean, syDis, Int_t(ncl[ir]*.8));
991     else {
992       mean = 0.; syDis = 0.;
993       continue;
994     } 
995
996     if(fkReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker) > 3){
997       TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDReconstructor::kTracker);
998       TVectorD vdy(ncl[ir], yres[ir]);
999       UChar_t stat(0);
1000       if(IsKink()) SETBIT(stat, 0);
1001       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 1);
1002       cstreamer << "AttachClusters"
1003           << "stat="   << stat
1004           << "det="    << fDet
1005           << "pt="     << fPt
1006           << "s2y="    << s2yTrk
1007           << "dy="     << &vdy
1008           << "m="      << mean
1009           << "s="      << syDis
1010           << "\n";
1011     }
1012
1013     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1014     if(kPRINT) printf("\tr[%2d] m[%f %5.3fsigma] s[%f]\n", ir, mean, TMath::Abs(mean/syDis), syDis);
1015     // select clusters on a 3 sigmaDistr level
1016     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1017     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1018       if(yres[ir][ic] - mean > 3. * syDis){ 
1019         clst[ir][ic] = NULL; continue;
1020       }
1021       nrow[nr]++; kFOUND = kTRUE;
1022     }
1023     // exit loop
1024     if(kFOUND) nr++; 
1025     lr = ir; if(nr>=3) break;
1026   }
1027   if(kPRINT) printf("lr[%d] nr[%d] nrow[0]=%d nrow[1]=%d nrow[2]=%d\n", lr, nr, nrow[0], nrow[1], nrow[2]);
1028
1029   // classify cluster rows
1030   Int_t row = -1;
1031   switch(nr){
1032   case 1:
1033     row = lr;
1034     break;
1035   case 2:
1036     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1037     if(nrow[0] > nrow[1]){ row = lr+1; lr = -1;}
1038     else{ 
1039       row = lr; lr = 1;
1040       nrow[2] = nrow[1];
1041       nrow[1] = nrow[0];
1042       nrow[0] = nrow[2];
1043     }
1044     break;
1045   case 3:
1046     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1047     break;
1048   }
1049   if(kPRINT) printf("\trow[%d] n[%d]\n\n", row, nrow[0]);
1050   if(row<0) return kFALSE;
1051
1052   // Select and store clusters 
1053   // We should consider here :
1054   //  1. How far is the chamber boundary
1055   //  2. How big is the mean
1056   Int_t n = 0;
1057   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1058     Int_t jr = row + ir*lr; 
1059     if(kPRINT) printf("\tattach %d clusters for row %d\n", ncl[jr], jr);
1060     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1061       if(!(c = clst[jr][ic])) continue;
1062       Int_t it = c->GetPadTime();
1063       // TODO proper indexing of clusters !!
1064       fIndexes[it+kNtb*ir]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1065       fClusters[it+kNtb*ir] = c;
1066   
1067       //printf("\tid[%2d] it[%d] idx[%d]\n", ic, it, fIndexes[it]);
1068   
1069       n++;
1070     }
1071   }  
1072
1073   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1074   if (n < kClmin){
1075     //AliWarning(Form("Not enough clusters to fit the tracklet %d [%d].", n, kClmin));
1076     return kFALSE;
1077   }
1078   SetN(n);
1079
1080   // Load calibration parameters for this tracklet  
1081   Calibrate();
1082
1083   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1084   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1085   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1086     if(!fClusters[it]) continue;
1087     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1088     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1089     irp++;
1090   }  
1091   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1092   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1093   return kTRUE;
1094 }
1095
1096 //____________________________________________________________
1097 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1098 {
1099 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1100 //   The primitive data are
1101 //   - list of clusters
1102 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1103 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1104 //   - track reference position and direction
1105 //   - momentum of the track
1106 //   - time bin length [cm]
1107 // 
1108 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1109 //
1110   fkReconstructor = rec;
1111   AliTRDgeometry g;
1112   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1113   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1114   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1115   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1116   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1117   //fTgl = fZref[1];
1118   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1119   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1120   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1121     if(!(*cit)) return;
1122     n++;
1123     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1124     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1125   }
1126   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1127   Fit();
1128   CookLabels();
1129   GetProbability();
1130 }
1131
1132
1133 //____________________________________________________________________
1134 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1135 {
1136 //
1137 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1138 //
1139 // Parameters :
1140 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on 
1141 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1142 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity 
1143 //            and a finner error parameterization estimation [default false]  
1144 // Output :
1145 //  True if successful
1146 //
1147 // Detailed description
1148 //
1149 //            Fit in the xy plane
1150 // 
1151 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1152 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1153 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1154 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1155 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1156 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1157 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1158 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1159 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1160 // inclination is given for TRD by:
1161 // BEGIN_LATEX
1162 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1163 // END_LATEX
1164 //
1165 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1166 // by projection i.e.
1167 // BEGIN_LATEX
1168 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1169 // END_LATEX
1170 // and also by the lorentz angle correction
1171 //
1172 //            Fit in the xz plane
1173 //
1174 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1175 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1176 // fit (see below).
1177 // 
1178 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1179 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1180 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1181 // of the z estimate is given by :
1182 // BEGIN_LATEX
1183 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1184 // END_LATEX
1185 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1186 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1187 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1188 // 
1189 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1190 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1191 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1192 //   - no general model for the qx dependence
1193 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1194 //   - gain calibration dependence
1195 //
1196 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1197 //
1198 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1199 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1200 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1201 // BEGIN_LATEX
1202 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1203 // END_LATEX
1204 // and thus the radial position is:
1205 // BEGIN_LATEX
1206 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1207 // END_LATEX
1208 //
1209 //            Estimation of tracklet position error 
1210 //
1211 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1212 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1213 // BEGIN_LATEX
1214 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1215 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1216 // END_LATEX
1217 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1218 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1219 // BEGIN_LATEX
1220 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1221 // END_LATEX
1222 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1223 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1224 //
1225 // Author 
1226 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1227
1228   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1229
1230   const Int_t kClmin = 8;
1231
1232   // get track direction
1233   Double_t y0   = fYref[0];
1234   Double_t dydx = fYref[1]; 
1235   Double_t z0   = fZref[0];
1236   Double_t dzdx = fZref[1];
1237   Double_t yt, zt;
1238
1239   //AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1240   TLinearFitter& fitterY=*GetFitterY();
1241   TLinearFitter& fitterZ=*GetFitterZ();
1242
1243   // book cluster information
1244   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1245
1246   Int_t n = 0;
1247   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1248   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1249     xc[ic]  = -1.;
1250     yc[ic]  = 999.;
1251     zc[ic]  = 999.;
1252     sy[ic]  = 0.;
1253     if(!(c = (*jc))) continue;
1254     if(!c->IsInChamber()) continue;
1255
1256     Float_t w = 1.;
1257     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1258     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1259
1260     // cluster charge
1261     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1262     // pad row of leading 
1263
1264     // Radial cluster position
1265     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1266     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1267     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1268
1269     // extrapolated track to cluster position
1270     yt = y0 - xc[n]*dydx; 
1271     zt = z0 - xc[n]*dzdx; 
1272
1273     // Recalculate cluster error based on tracking information
1274     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1275     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1276
1277     yc[n]   = fkReconstructor->UseGAUS() ? 
1278       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1279     zc[n]   = c->GetZ();
1280     //optional tilt correction
1281     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt)); 
1282
1283     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1284     fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1285     n++;
1286   }
1287   // to few clusters
1288   if (n < kClmin) return kFALSE; 
1289
1290   // fit XY
1291   fitterY.Eval();
1292   fYfit[0] = fitterY.GetParameter(0);
1293   fYfit[1] = -fitterY.GetParameter(1);
1294   // store covariance
1295   Double_t *p = fitterY.GetCovarianceMatrix();
1296   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1297   fCov[1] = p[1]; // covariance of y0, dydx
1298   fCov[2] = p[3]; // variance of dydx
1299   // the ref radial position is set at the minimum of 
1300   // the y variance of the tracklet
1301   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1302
1303   // fit XZ
1304   if(IsRowCross()){
1305 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1306     Float_t xMin = fX0;
1307     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1308     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1309     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1310       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1311       if(!(c = (*jc))) continue;
1312       if(!c->IsInChamber()) continue;
1313       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1314       fX = fX0 - c->GetX();
1315     }
1316     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1317     // Error parameterization
1318     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1319     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1320
1321     // THE FIT X-Q PLANE METHOD 
1322     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1323     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1324       if(!(c = (*jc))) continue;
1325       if(!c->IsInChamber()) continue;
1326       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1327       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1328       zc[n]   = c->GetZ();
1329       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1330       n--;
1331     }
1332     // fit XZ
1333     fitterZ.Eval();
1334     if(fitterZ.GetParameter(1)!=0.){ 
1335       fX = -fitterZ.GetParameter(0)/fitterZ.GetParameter(1);
1336       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1337       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1338       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1339       fX-=.055; // TODO to be understood
1340     }
1341
1342     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1343     // temporary external error parameterization
1344     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1345     // TODO correct formula
1346     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1347   } else {
1348     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1349     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1350   }
1351   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1352   return kTRUE;
1353 }
1354
1355
1356 /*
1357 //_____________________________________________________________________________
1358 void AliTRDseedV1::FitMI()
1359 {
1360 //
1361 // Fit the seed.
1362 // Marian Ivanov's version 
1363 //
1364 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
1365 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1366 // dy = y - yt             (1)
1367 // the tilting correction is written :
1368 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1369 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1370 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1371 // from (1),(2),(3) and (4)
1372 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1373 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1374 // 1. use tilting correction for calculating the y
1375 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1376   const Float_t kRatio  = 0.8;
1377   const Int_t   kClmin  = 5;
1378   const Float_t kmaxtan = 2;
1379
1380   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1381                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1382                 return;              // Track inclined too much
1383         }
1384
1385   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1386   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
1387   Int_t fNChange = 0;
1388
1389   Double_t sumw;
1390   Double_t sumwx;
1391   Double_t sumwx2;
1392   Double_t sumwy;
1393   Double_t sumwxy;
1394   Double_t sumwz;
1395   Double_t sumwxz;
1396
1397         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1398   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
1399                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1400   Int_t    zouts[2*kNtb];       
1401   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1402   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1403   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1404   
1405   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1406   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1407   
1408   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
1409   fN2 = 0;
1410   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1411     yres[i] = 10000.0;
1412     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1413     if(!c->IsInChamber()) continue;
1414     // Residual y
1415     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1416     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1417     fY[i] = c->GetY();
1418     fZ[i] = c->GetZ();
1419     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1420     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1421     fN++;
1422   }
1423
1424   if (fN < kClmin){
1425     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1426     return; 
1427   }
1428   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1429   Float_t fZProb   = zouts[0];
1430   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1431   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1432     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1433     return;
1434   }
1435   
1436   // Z distance bigger than pad - length
1437   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1438   
1439   Int_t  breaktime = -1;
1440   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1441   Int_t  cumul[kNtb][2];
1442   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1443   
1444   if (zouts[3] >= 3) {
1445
1446     //
1447     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1448     // with maximal number of accepted clusters
1449     //
1450     fNChange = 1;
1451     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1452       cumul[i][0] = counts[0];
1453       cumul[i][1] = counts[1];
1454       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1455       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1456     }
1457     Int_t  maxcount = 0;
1458     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1459       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1460       Int_t before = cumul[i][1];
1461       if (after + before > maxcount) { 
1462         maxcount  = after + before; 
1463         breaktime = i;
1464         mbefore   = kFALSE;
1465       }
1466       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1467       before = cumul[i][0];
1468       if (after + before > maxcount) { 
1469         maxcount  = after + before; 
1470         breaktime = i;
1471         mbefore   = kTRUE;
1472       }
1473     }
1474     breaktime -= 1;
1475   }
1476
1477   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1478     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1479     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1480   }  
1481
1482   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1483       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1484     //
1485     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
1486     //
1487     fNChange = 0;
1488     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1489       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1490     } 
1491   }
1492   
1493   if (fNChange > 0) {
1494     //
1495     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1496     //
1497     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1498       if (!fClusters[i]) continue; 
1499       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1500       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1501       // Residual y
1502       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
1503       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1504 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1505 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1506 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1507       }
1508     }
1509   }
1510   
1511   Double_t yres2[kNtb];
1512   Double_t mean;
1513   Double_t sigma;
1514   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1515     if (!fClusters[i]) continue;
1516     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1517     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1518     yres2[fN2] = yres[i];
1519     fN2++;
1520   }
1521   if (fN2 < kClmin) {
1522                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1523     fN2 = 0;
1524     return;
1525   }
1526   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1527   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1528     sigma = sigmaexp;
1529   }
1530   //Float_t fSigmaY = sigma;
1531
1532   // Reset sums
1533   sumw   = 0; 
1534   sumwx  = 0; 
1535   sumwx2 = 0;
1536   sumwy  = 0; 
1537   sumwxy = 0; 
1538   sumwz  = 0;
1539   sumwxz = 0;
1540
1541   fN2    = 0;
1542   Float_t fMeanz = 0;
1543   Float_t fMPads = 0;
1544   fUsable = 0;
1545   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1546     if (!fClusters[i]) continue;
1547     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1548     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1549     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1550     SETBIT(fUsable,i);
1551     fN2++;
1552     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1553     Float_t weight = 1.0;
1554     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1555     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1556    
1557         
1558     Double_t x = fX[i];
1559     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1560     
1561     sumw   += weight; 
1562     sumwx  += x * weight; 
1563     sumwx2 += x*x * weight;
1564     sumwy  += weight * yres[i];  
1565     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1566     sumwz  += weight * fZ[i];    
1567     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1568
1569   }
1570
1571   if (fN2 < kClmin){
1572                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1573     fN2 = 0;
1574     return;
1575   }
1576   fMeanz = sumwz / sumw;
1577   Float_t correction = 0;
1578   if (fNChange > 0) {
1579     // Tracklet on boundary
1580     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1581     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1582   }
1583
1584   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1585   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1586   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1587   
1588   fS2Y = 0;
1589   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1590     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1591     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1592     fS2Y += delta*delta;
1593   }
1594   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1595         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1596         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1597   
1598   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1599   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1600 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1601 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1602 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1603   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1604
1605   UpdateUsed();
1606 }*/
1607
1608 //___________________________________________________________________
1609 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1610 {
1611   //
1612   // Printing the seedstatus
1613   //
1614
1615   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1616   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1617   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1618
1619   Double_t cov[3], x=GetX();
1620   GetCovAt(x, cov);
1621   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1622   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1623   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1624
1625
1626   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1627
1628   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1629   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1630     if(!(*jc)) continue;
1631     (*jc)->Print(o);
1632   }
1633 }
1634
1635
1636 //___________________________________________________________________
1637 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1638 {
1639   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1640   // as the given one
1641
1642   if(!o) return kFALSE;
1643   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1644   if(!inTracklet) return kFALSE;
1645
1646   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1647     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1648     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1649   }
1650   
1651   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1652   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1653   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1654   
1655   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1656 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1657 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1658 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1659     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1660   }
1661 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1662
1663   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1664     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1665     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1666     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1667   }
1668   
1669 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1670   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1671   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1672   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1673   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1674   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1675    
1676   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1677   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1678   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1679   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1680
1681   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1682   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1683   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1684   
1685   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1686     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1687     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1688     if (curCluster && inCluster){
1689       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1690         curCluster->Print();
1691         inCluster->Print();
1692         return kFALSE;
1693       }
1694     } else {
1695       // if one cluster exists, and corresponding 
1696       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1697       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1698     }
1699   }
1700   return kTRUE;
1701 }
1702