a1ab57695f78121fdf8832133c40eb397a865d01
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include <TTreeStream.h>
40
41 #include "AliLog.h"
42 #include "AliMathBase.h"
43 #include "AliCDBManager.h"
44 #include "AliTracker.h"
45
46 #include "AliTRDpadPlane.h"
47 #include "AliTRDcluster.h"
48 #include "AliTRDseedV1.h"
49 #include "AliTRDtrackV1.h"
50 #include "AliTRDcalibDB.h"
51 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
52 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
53 #include "AliTRDtrackerV1.h"
54 #include "AliTRDrecoParam.h"
55 #include "AliTRDCommonParam.h"
56
57 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
58 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
59 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
60
61 ClassImp(AliTRDseedV1)
62
63 //____________________________________________________________________
64 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
65   :AliTRDtrackletBase()
66   ,fkReconstructor(NULL)
67   ,fClusterIter(NULL)
68   ,fExB(0.)
69   ,fVD(0.)
70   ,fT0(0.)
71   ,fS2PRF(0.)
72   ,fDiffL(0.)
73   ,fDiffT(0.)
74   ,fClusterIdx(0)
75   ,fErrorMsg(0)
76   ,fN(0)
77   ,fDet(det)
78   ,fPt(0.)
79   ,fdX(0.)
80   ,fX0(0.)
81   ,fX(0.)
82   ,fY(0.)
83   ,fZ(0.)
84   ,fS2Y(0.)
85   ,fS2Z(0.)
86   ,fC(0.)
87   ,fChi2(0.)
88 {
89   //
90   // Constructor
91   //
92   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
93   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
94   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
95   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
96   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
97   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
98   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
99   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
100   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
101   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
102   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
103   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
104   // covariance matrix [diagonal]
105   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
106   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
107   SetStandAlone(kFALSE);
108 }
109
110 //____________________________________________________________________
111 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
112   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
113   ,fkReconstructor(NULL)
114   ,fClusterIter(NULL)
115   ,fExB(0.)
116   ,fVD(0.)
117   ,fT0(0.)
118   ,fS2PRF(0.)
119   ,fDiffL(0.)
120   ,fDiffT(0.)
121   ,fClusterIdx(0)
122   ,fErrorMsg(0)
123   ,fN(0)
124   ,fDet(-1)
125   ,fPt(0.)
126   ,fdX(0.)
127   ,fX0(0.)
128   ,fX(0.)
129   ,fY(0.)
130   ,fZ(0.)
131   ,fS2Y(0.)
132   ,fS2Z(0.)
133   ,fC(0.)
134   ,fChi2(0.)
135 {
136   //
137   // Copy Constructor performing a deep copy
138   //
139   if(this != &ref){
140     ref.Copy(*this);
141   }
142   SetBit(kOwner, kFALSE);
143   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
144 }
145
146
147 //____________________________________________________________________
148 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
149 {
150   //
151   // Assignment Operator using the copy function
152   //
153
154   if(this != &ref){
155     ref.Copy(*this);
156   }
157   SetBit(kOwner, kFALSE);
158
159   return *this;
160 }
161
162 //____________________________________________________________________
163 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
164 {
165   //
166   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
167   //
168
169   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
170
171   if(IsOwner()) {
172     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
173       if(!fClusters[itb]) continue; 
174       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
175       delete fClusters[itb];
176       fClusters[itb] = NULL;
177     }
178   }
179 }
180
181 //____________________________________________________________________
182 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
183 {
184   //
185   // Copy function
186   //
187
188   //AliInfo("");
189   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
190
191   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
192   target.fClusterIter   = NULL;
193   target.fExB           = fExB;
194   target.fVD            = fVD;
195   target.fT0            = fT0;
196   target.fS2PRF         = fS2PRF;
197   target.fDiffL         = fDiffL;
198   target.fDiffT         = fDiffT;
199   target.fClusterIdx    = 0;
200   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
201   target.fN             = fN;
202   target.fDet           = fDet;
203   target.fPt            = fPt;
204   target.fdX            = fdX;
205   target.fX0            = fX0;
206   target.fX             = fX;
207   target.fY             = fY;
208   target.fZ             = fZ;
209   target.fS2Y           = fS2Y;
210   target.fS2Z           = fS2Z;
211   target.fC             = fC;
212   target.fChi2          = fChi2;
213   
214   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
215   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
216   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
217   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
218   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
219   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
220   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
221   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
222   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
223   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
224   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
225   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
226   
227   TObject::Copy(ref);
228 }
229
230
231 //____________________________________________________________
232 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
233 {
234 // Initialize this tracklet using the track information
235 //
236 // Parameters:
237 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
238 // 
239 // Detailed description
240 // The function sets the starting point and direction of the
241 // tracklet according to the information from the TRD track.
242 // 
243 // Caution
244 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
245 // chamber where the tracklet will be constructed
246 //
247
248   Double_t y, z; 
249   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
250   Update(track);
251   return kTRUE;
252 }
253
254
255 //_____________________________________________________________________________
256 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
257 {
258 //
259 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
260 //
261   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
262   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
263   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
264   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
265
266   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
267   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
268   fClusterIdx=0;
269   fErrorMsg = 0;
270   fDet=-1;
271   fPt=0.;
272   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
273   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
274   fC=0.; fChi2 = 0.;
275
276   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
277   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
278   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
279   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
280   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
281   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
282   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
283   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
284   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
285   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
286   // covariance matrix [diagonal]
287   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
288   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
289 }
290
291 //____________________________________________________________________
292 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
293
294   // update tracklet reference position from the TRD track
295
296   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
297   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
298   fPt = trk->Pt();
299   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
300   fYref[1] = fSnp*norm;
301   fZref[1] = fTgl*norm;
302   SetCovRef(trk->GetCovariance());
303
304   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
305   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
306   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
307 }
308
309 //_____________________________________________________________________________
310 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
311 {
312   //
313   // Calculate number of used clusers in the tracklet
314   //
315
316   Int_t nused = 0, nshared = 0;
317   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
318     if (!fClusters[i]) continue;
319     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
320       nused++;
321     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
322       if(IsStandAlone()) nused++;
323       else nshared++;
324     }
325   }
326   SetNUsed(nused);
327   SetNShared(nshared);
328 }
329
330 //_____________________________________________________________________________
331 void AliTRDseedV1::UseClusters()
332 {
333   //
334   // Use clusters
335   //
336   // In stand alone mode:
337   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
338   // removed from the tracklet
339   //
340   // In barrel mode:
341   // - Clusters which are used by another track become shared
342   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
343   //
344   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
345   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
346     if(!(*c)) continue;
347     if(IsStandAlone()){
348       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
349         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
350         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
351         (*c) = NULL;
352         fIndexes[ic] = -1;
353         SetN(GetN()-1);
354         continue;
355       }
356     } else {
357       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
358         (*c)->SetShared();
359         continue;
360       }
361     }
362     (*c)->Use();
363   }
364 }
365
366
367
368 //____________________________________________________________________
369 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
370 {
371 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
372 //
373 // Parameters:
374 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
375 // Output:
376 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
377 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
378 //
379 // Detailed description
380 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
381 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
382 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
383 //
384 // The following effects are included in the calculation:
385 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
386 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
387 // 3. cluster size
388 //
389
390   Int_t nclusters[kNslices]; 
391   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
392   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
393
394   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
395
396   AliTRDcluster *c = NULL;
397   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
398     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
399     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
400     
401     // Filter clusters for dE/dx calculation
402     
403     // 1.consider calibration effects for slice determination
404     Int_t slice;
405     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber() 
406       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
407     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
408
409
410     // 2. take sharing into account
411     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
412     
413     // 3. take into account large clusters TODO
414     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
415     
416     //CHECK !!!
417     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
418     nclusters[slice]++;
419   } // End of loop over clusters
420
421   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
422   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
423   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
424     for(int is=0; is<nslices; is++){ 
425       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
426     }
427   }
428 }
429
430 //_____________________________________________________________________________
431 void AliTRDseedV1::CookLabels()
432 {
433   //
434   // Cook 2 labels for seed
435   //
436
437   Int_t labels[200];
438   Int_t out[200];
439   Int_t nlab = 0;
440   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
441     if (!fClusters[i]) continue;
442     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
443       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
444         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
445         nlab++;
446       }
447     }
448   }
449
450   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
451   fLabels[0] = out[0];
452   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
453 }
454
455
456 //____________________________________________________________________
457 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
458 {
459 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
460 // the charge per unit length can be written as:
461 // BEGIN_LATEX
462 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
463 // END_LATEX
464 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
465 // of the time bin. 
466 // The following correction are applied :
467 //   - charge : pad row cross corrections
468 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
469 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
470 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
471 // 
472 //Begin_Html
473 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
474 //End_Html
475 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
476 // drift length [right] for different particle species is displayed.
477 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
478 //
479   Float_t dq = 0.;
480   // check whether both clusters are inside the chamber
481   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
482   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
483     hasClusterInChamber = kTRUE;
484     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
485   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
486     hasClusterInChamber = kTRUE;
487     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
488   }
489   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
490   if(dq<1.e-3) return 0.;
491
492   Double_t dx = fdX;
493   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
494     Float_t x2(0.), x1(0.);
495     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
496     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
497     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
498     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
499     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
500     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
501     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
502     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
503     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
504     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
505
506     dx = .5*(x2 - x1);
507   }
508   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
509   if(dl) (*dl) = dx;
510   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
511   else return 0.;
512 }
513
514 //____________________________________________________________
515 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
516
517 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
518 // BEGIN_LATEX
519 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
520 // END_LATEX
521 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
522 // The estimated variance of the momentum is given by:
523 // BEGIN_LATEX
524 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
525 // END_LATEX
526 // which can be simplified to
527 // BEGIN_LATEX
528 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
529 // END_LATEX
530 //
531
532   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
533   Double_t p2 = p*p;
534   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
535   Double_t pt2 = fPt*fPt;
536   if(err){
537     Double_t s2 = 
538       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
539      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
540      +p2*pt2*fRefCov[6];
541     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
542   }
543   return p;
544 }
545
546
547 //____________________________________________________________________
548 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
549 {       
550   if(!force) return &fProb[0];
551   if(!CookPID()) return NULL;
552   return &fProb[0];
553 }
554
555 //____________________________________________________________
556 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
557 {
558 // Fill probability array for tracklet from the DB.
559 //
560 // Parameters
561 //
562 // Output
563 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
564 //
565 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
566 // - estimated momentum at tracklet reference point 
567 // - dE/dx measurements
568 // - tracklet length
569 // - TRD layer
570 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
571 // - Neural Network [default] - option "nn"  
572 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
573
574   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
575   if (!calibration) {
576     AliError("No access to calibration data");
577     return kFALSE;
578   }
579
580   if (!fkReconstructor) {
581     AliError("Reconstructor not set.");
582     return kFALSE;
583   }
584
585   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
586   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
587   if (!pd) {
588     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
589     return kFALSE;
590   }
591
592   // calculate tracklet length TO DO
593   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
594   
595   //calculate dE/dx
596   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
597   AliDebug(4, Form("PID p[%f] dEdx[%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f] l[%f]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
598
599   // Sets the a priori probabilities
600   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
601     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
602   
603   return kTRUE;
604 }
605
606 //____________________________________________________________________
607 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
608 {
609   //
610   // Returns a quality measurement of the current seed
611   //
612
613   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
614   return 
615       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
616     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
617     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
618     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
619 }
620
621 //____________________________________________________________________
622 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
623 {
624 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
625 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
626 //   cov[0] = Var(y)
627 //   cov[1] = Cov(yz)
628 //   cov[2] = Var(z)
629 //
630 // Details
631 //
632 // For the linear transformation
633 // BEGIN_LATEX
634 // Y = T_{x} X^{T}
635 // END_LATEX
636 //   The error propagation has the general form
637 // BEGIN_LATEX
638 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
639 // END_LATEX
640 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
641 // at point x we consider: 
642 // BEGIN_LATEX
643 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
644 // END_LATEX
645 // and secondly to take into account the tilt angle
646 // BEGIN_LATEX
647 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
648 // END_LATEX
649 //
650 // using simple trigonometrics one can write for this last case
651 // BEGIN_LATEX
652 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
653 // END_LATEX
654 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
655 // BEGIN_LATEX
656 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
657 // END_LATEX
658 //
659 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
660 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
661 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
662 //
663 // Author :
664 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
665 // Date : Jan 8th 2009
666 //
667
668
669   Double_t xr     = fX0-x; 
670   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
671   Double_t sz2    = fS2Z;
672   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
673
674   // insert systematic uncertainties
675   if(fkReconstructor){
676     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
677     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
678     sy2 += sys[0];
679     sz2 += sys[1];
680   }
681   // rotate covariance matrix
682   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
683   Double_t correction = 1./(1. + t2);
684   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
685   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
686   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
687
688   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
689 }
690
691 //____________________________________________________________
692 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
693 {
694 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
695 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
696 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
697 // 
698 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
699 // the following relation is used:
700 // BEGIN_LATEX
701 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
702 // END_LATEX
703 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
704 // In case C is symmetric the followings are true:
705 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
706 //   - V = V^{-1}
707 //
708 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
709 // Date   Mar 19 2009
710
711   Double_t l[2], // eigenvalues
712            v[3]; // eigenvectors
713   // the secular equation and its solution :
714   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
715   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
716   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
717   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
718           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
719   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
720   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
721   l[0] = .5*(tr + dd);
722   l[1] = .5*(tr - dd);
723   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
724
725   // the sym V matrix
726   // | v00   v10|
727   // | v10   v11|
728   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
729   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
730   v[1] = tmp*v[0];
731   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
732   // the VD^{1/2}V is: 
733   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
734   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
735   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
736   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
737
738   return 1.;
739 }
740
741 //____________________________________________________________
742 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
743 {
744 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
745 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
746 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
747 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
748 //
749 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
750 // Date   Mar 19 2009
751
752   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
753   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
754   Double_t invDet = 1./det;
755   d[0] = c[2]*invDet;
756   d[1] =-c[1]*invDet;
757   d[2] = c[0]*invDet;
758   return det;
759 }
760
761 //____________________________________________________________________
762 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
763 {
764   Int_t ic=0;
765   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
766   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
767 }
768
769
770 //____________________________________________________________________
771 void AliTRDseedV1::Calibrate()
772 {
773 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
774 // The following information are used
775 //  - detector index
776 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
777 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
778 //
779 // The following information is cached in the tracklet
780 //   t0 (trigger delay)
781 //   drift velocity
782 //   PRF width
783 //   omega*tau = tg(a_L)
784 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
785 //
786 // Author :
787 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
788 // Date : Jan 8th 2009
789 //
790
791   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
792   if(cdb->GetRun() < 0){
793     AliError("OCDB manager not properly initialized");
794     return;
795   }
796
797   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
798   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
799                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
800   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
801   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
802
803   Int_t col = 70, row = 7;
804   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
805   if(GetN()){ 
806     Int_t ic = 0;
807     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
808     if(*c){
809       col = (*c)->GetPadCol();
810       row = (*c)->GetPadRow();
811     }
812   }
813
814   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
815   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
816   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
817   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
818   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
819   fDiffT, fVD);
820   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
821
822
823   SetBit(kCalib, kTRUE);
824 }
825
826 //____________________________________________________________________
827 void AliTRDseedV1::SetOwner()
828 {
829   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
830   
831   if(TestBit(kOwner)) return;
832   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
833     if(!fClusters[ic]) continue;
834     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
835   }
836   SetBit(kOwner);
837 }
838
839 //____________________________________________________________
840 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
841 {
842 // Shortcut method to initialize pad geometry.
843   if(!p) return;
844   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
845   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
846   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
847 }
848
849
850 //____________________________________________________________________
851 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
852 {
853 //
854 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
855 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
856 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
857 // 3. purge clusters
858 // 4. truncated mean on z direction
859 // 5. purge clusters
860 //
861 // Parameters
862 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
863 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
864 // Output
865 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
866 //      -
867 // Detailed description
868 //      
869 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
870 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
871 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
872 // BEGIN_LATEX
873 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
874 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
875 // END_LATEX
876 // 
877 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
878 // Debug  : level >3
879
880   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
881     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
882     return kFALSE;
883   }
884   // Initialize reco params for this tracklet
885   // 1. first time bin in the drift region
886   Int_t t0 = 14;
887   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
888
889   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov); 
890   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
891            s2yCl = 0., 
892            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
893            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
894            t2    = GetTilt()*GetTilt();
895   //define roads
896   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
897            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
898   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
899   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
900   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
901   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
902   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
903
904   AliDebug(4, "");
905   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
906
907   // working variables
908   const Int_t kNrows = 16;
909   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
910   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
911   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
912   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
913   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
914   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
915   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
916   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
917
918   // Do cluster projection
919   AliTRDcluster *c = NULL;
920   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
921   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
922   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
923     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
924     if(!Int_t(*layer)) continue;
925     // get track projection at layers position
926     dx   = fX0 - layer->GetX();
927     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
928     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
929     // get standard cluster error corrected for tilt
930     cp.SetLocalTimeBin(it);
931     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
932     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
933     // get estimated road
934     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
935
936     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
937
938     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
939
940     // select clusters
941     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
942     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
943     Int_t n=0, idx[6];
944     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
945     for(Int_t ic = n; ic--;){
946       c  = (*layer)[idx[ic]];
947       dy = yt - c->GetY();
948       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
949       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
950 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
951         printf("too large !!!\n");
952         continue;
953       }*/
954       Int_t r = c->GetPadRow();
955       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
956       clst[r][ncl[r]] = c;
957       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
958       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
959       yres[r][ncl[r]] = dy;
960       ncl[r]++; ncls++;
961
962       if(ncl[r] >= kNcls) {
963         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
964         kBUFFER = kTRUE;
965         break;
966       }
967     }
968     if(kBUFFER) break;
969   }
970   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
971   if(ncls<kClmin){ 
972     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
973     SetErrorMsg(kAttachClFound);
974     return kFALSE;
975   }
976
977   // analyze each row individualy
978   Bool_t kRowSelection(kFALSE);
979   Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
980   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
981   TVectorD vdy[3];
982   for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
983     if(!(ncl[ir])) continue;
984     if(lr>0 && ir-lr != 1){ 
985       AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection."); 
986       kRowSelection=kTRUE;
987     }
988
989     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
990     // Evaluate truncated mean on the y direction
991     if(ncl[ir] < 4) continue;
992     AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
993
994     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
995     AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
996     // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
997     Bool_t kFOUND = kFALSE;
998     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
999       if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){ 
1000         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1001       }
1002       nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
1003     }
1004     if(kFOUND){ 
1005       vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
1006       nr++; 
1007     }
1008     lr = ir; if(nr>=3) break;
1009   }
1010   if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1011     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1012     UChar_t stat(0);
1013     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1014     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1015     cstreamer << "AttachClusters"
1016         << "stat="   << stat
1017         << "det="    << fDet
1018         << "pt="     << fPt
1019         << "s2y="    << s2yTrk
1020         << "r0="     << rowId[0]
1021         << "dy0="    << &vdy[0]
1022         << "m0="     << mean[0]
1023         << "s0="     << syDis[0]
1024         << "r1="     << rowId[1]
1025         << "dy1="    << &vdy[1]
1026         << "m1="     << mean[1]
1027         << "s1="     << syDis[1]
1028         << "r2="     << rowId[2]
1029         << "dy2="    << &vdy[2]
1030         << "m2="     << mean[2]
1031         << "s2="     << syDis[2]
1032         << "\n";
1033   }
1034
1035
1036   // analyze gap in rows attached 
1037   if(kRowSelection){
1038     SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1039     Int_t rowRemove(-1); 
1040     if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
1041       if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){ 
1042         if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1043       }else{
1044         if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1045         Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1046         Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1047       }
1048       rowRemove=1; nr=1; 
1049     } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
1050       if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){ 
1051         nr=2;rowRemove=2;
1052       } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){ 
1053         Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
1054         Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
1055         nr=2; rowRemove=2;
1056       }
1057     }
1058     if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
1059   }
1060   AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
1061
1062   if(nr==3){
1063     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1064     SetErrorMsg(kAttachRow);
1065     const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
1066     AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
1067       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1068       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1069       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1070       , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
1071       , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
1072       , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
1073     Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
1074     // backup
1075     Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
1076     Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
1077     Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
1078     Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
1079     nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
1080     nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
1081     nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
1082     AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
1083       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1084       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1085       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1086       , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
1087       , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
1088       , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
1089     nr=2;
1090   } else if(nr==2) {
1091     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1092     if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
1093       Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1094       Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1095     }
1096   }
1097
1098   // Select and store clusters 
1099   // We should consider here :
1100   //  1. How far is the chamber boundary
1101   //  2. How big is the mean
1102   Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
1103   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1104     Int_t jr(rowId[ir]);
1105     AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
1106     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1107       if(!blst[jr][ic])continue;
1108       c = clst[jr][ic];
1109       Int_t it(c->GetPadTime());
1110       Int_t idx(it+kNtb*ir);
1111       if(fClusters[idx]){
1112         AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
1113         // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
1114         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1115         // TODO should also compare with mean and sigma for this row
1116         if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
1117       }
1118
1119       // TODO proper indexing of clusters !!
1120       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1121       fClusters[idx] = c;
1122       dyc[idx]        = yres[jr][ic];
1123       n++;
1124     }
1125   }
1126   SetN(n);
1127
1128   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1129   if (GetN() < kClmin){
1130     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
1131     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1132     return kFALSE;
1133   }
1134
1135   // Load calibration parameters for this tracklet  
1136   Calibrate();
1137
1138   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1139   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1140   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1141     if(!fClusters[it]) continue;
1142     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1143     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1144     irp++;
1145   }  
1146   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1147   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1148   return kTRUE;
1149 }
1150
1151 //____________________________________________________________
1152 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1153 {
1154 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1155 //   The primitive data are
1156 //   - list of clusters
1157 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1158 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1159 //   - track reference position and direction
1160 //   - momentum of the track
1161 //   - time bin length [cm]
1162 // 
1163 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1164 //
1165   fkReconstructor = rec;
1166   AliTRDgeometry g;
1167   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1168   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1169   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1170   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1171   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1172   //fTgl = fZref[1];
1173   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1174   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1175   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1176     if(!(*cit)) return;
1177     n++;
1178     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1179     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1180   }
1181   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1182   Fit();
1183   CookLabels();
1184   GetProbability();
1185 }
1186
1187
1188 //____________________________________________________________________
1189 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1190 {
1191 //
1192 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1193 //
1194 // Parameters :
1195 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on 
1196 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1197 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity 
1198 //            and a finner error parameterization estimation [default false]  
1199 // Output :
1200 //  True if successful
1201 //
1202 // Detailed description
1203 //
1204 //            Fit in the xy plane
1205 // 
1206 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1207 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1208 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1209 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1210 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1211 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1212 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1213 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1214 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1215 // inclination is given for TRD by:
1216 // BEGIN_LATEX
1217 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1218 // END_LATEX
1219 //
1220 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1221 // by projection i.e.
1222 // BEGIN_LATEX
1223 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1224 // END_LATEX
1225 // and also by the lorentz angle correction
1226 //
1227 //            Fit in the xz plane
1228 //
1229 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1230 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1231 // fit (see below).
1232 // 
1233 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1234 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1235 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1236 // of the z estimate is given by :
1237 // BEGIN_LATEX
1238 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1239 // END_LATEX
1240 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1241 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1242 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1243 // 
1244 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1245 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1246 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1247 //   - no general model for the qx dependence
1248 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1249 //   - gain calibration dependence
1250 //
1251 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1252 //
1253 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1254 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1255 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1256 // BEGIN_LATEX
1257 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1258 // END_LATEX
1259 // and thus the radial position is:
1260 // BEGIN_LATEX
1261 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1262 // END_LATEX
1263 //
1264 //            Estimation of tracklet position error 
1265 //
1266 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1267 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1268 // BEGIN_LATEX
1269 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1270 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1271 // END_LATEX
1272 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1273 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1274 // BEGIN_LATEX
1275 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1276 // END_LATEX
1277 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1278 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1279 //
1280 // Author 
1281 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1282
1283   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1284
1285   const Int_t kClmin = 8;
1286
1287   // get track direction
1288   Double_t y0   = fYref[0];
1289   Double_t dydx = fYref[1]; 
1290   Double_t z0   = fZref[0];
1291   Double_t dzdx = fZref[1];
1292   Double_t yt, zt;
1293
1294   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1295   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1296
1297   // book cluster information
1298   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1299
1300   Int_t n = 0;
1301   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1302   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1303     xc[ic]  = -1.;
1304     yc[ic]  = 999.;
1305     zc[ic]  = 999.;
1306     sy[ic]  = 0.;
1307     if(!(c = (*jc))) continue;
1308     if(!c->IsInChamber()) continue;
1309
1310     Float_t w = 1.;
1311     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1312     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1313
1314     // cluster charge
1315     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1316     // pad row of leading 
1317
1318     // Radial cluster position
1319     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1320     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1321     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1322
1323     // extrapolated track to cluster position
1324     yt = y0 - xc[n]*dydx; 
1325     zt = z0 - xc[n]*dzdx; 
1326
1327     // Recalculate cluster error based on tracking information
1328     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1329     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1330
1331     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ? 
1332       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1333     zc[n]   = c->GetZ();
1334     //optional tilt correction
1335     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt)); 
1336
1337     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1338     if(IsRowCross()) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1339     n++;
1340   }
1341
1342   // to few clusters
1343   if (n < kClmin) return kFALSE; 
1344
1345   // fit XY
1346   if(!fitterY.Eval()){
1347     SetErrorMsg(kFitFailed);
1348     return kFALSE;
1349   }
1350   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1351   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1352   // store covariance
1353   Double_t p[3];
1354   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1355   fCov[0] = p[1]; // variance of y0
1356   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1357   fCov[2] = p[0]; // variance of dydx
1358   // the ref radial position is set at the minimum of 
1359   // the y variance of the tracklet
1360   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1361   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1362   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1363     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1364     SetErrorMsg(kFitOutside);
1365     return kFALSE;
1366   }
1367
1368   // collect second row clusters
1369   Int_t m(0);
1370   if(IsRowCross()){
1371 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1372     Float_t xMin = fX0;
1373     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1374     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1375     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1376       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1377       if(!(c = (*jc))) continue;
1378       if(!c->IsInChamber()) continue;
1379       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
1380       fX = fX0 - c->GetX();
1381     }
1382     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1383     // Error parameterization
1384     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1385     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1386
1387     // THE FIT X-Q PLANE METHOD 
1388     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1389     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1390       if(!(c = (*jc))) continue;
1391       if(!c->IsInChamber()) continue;
1392       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1393       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1394       zc[n]   = c->GetZ();
1395       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1396       n--;m++;
1397     }
1398   }
1399   // fit XZ
1400   if(m && IsRowCross()){
1401     fitterZ.Eval();
1402     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){ 
1403       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1404       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1405       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1406       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1407       fX-=.055; // TODO to be understood
1408     }
1409
1410     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1411     // temporary external error parameterization
1412     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1413     // TODO correct formula
1414     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1415   } else {
1416     if(IsRowCross() && !m){
1417       AliDebug(1, "Tracklet crossed row but no clusters found in neighbor row.");
1418     }
1419     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1420     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1421   }
1422   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1423   return kTRUE;
1424 }
1425
1426
1427 /*
1428 //_____________________________________________________________________________
1429 void AliTRDseedV1::FitMI()
1430 {
1431 //
1432 // Fit the seed.
1433 // Marian Ivanov's version 
1434 //
1435 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
1436 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1437 // dy = y - yt             (1)
1438 // the tilting correction is written :
1439 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1440 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1441 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1442 // from (1),(2),(3) and (4)
1443 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1444 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1445 // 1. use tilting correction for calculating the y
1446 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1447   const Float_t kRatio  = 0.8;
1448   const Int_t   kClmin  = 5;
1449   const Float_t kmaxtan = 2;
1450
1451   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1452                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1453                 return;              // Track inclined too much
1454         }
1455
1456   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1457   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
1458   Int_t fNChange = 0;
1459
1460   Double_t sumw;
1461   Double_t sumwx;
1462   Double_t sumwx2;
1463   Double_t sumwy;
1464   Double_t sumwxy;
1465   Double_t sumwz;
1466   Double_t sumwxz;
1467
1468         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1469   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
1470                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1471   Int_t    zouts[2*kNtb];       
1472   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1473   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1474   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1475   
1476   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1477   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1478   
1479   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
1480   fN2 = 0;
1481   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1482     yres[i] = 10000.0;
1483     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1484     if(!c->IsInChamber()) continue;
1485     // Residual y
1486     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1487     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1488     fY[i] = c->GetY();
1489     fZ[i] = c->GetZ();
1490     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1491     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1492     fN++;
1493   }
1494
1495   if (fN < kClmin){
1496     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1497     return; 
1498   }
1499   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1500   Float_t fZProb   = zouts[0];
1501   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1502   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1503     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1504     return;
1505   }
1506   
1507   // Z distance bigger than pad - length
1508   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1509   
1510   Int_t  breaktime = -1;
1511   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1512   Int_t  cumul[kNtb][2];
1513   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1514   
1515   if (zouts[3] >= 3) {
1516
1517     //
1518     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1519     // with maximal number of accepted clusters
1520     //
1521     fNChange = 1;
1522     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1523       cumul[i][0] = counts[0];
1524       cumul[i][1] = counts[1];
1525       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1526       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1527     }
1528     Int_t  maxcount = 0;
1529     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1530       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1531       Int_t before = cumul[i][1];
1532       if (after + before > maxcount) { 
1533         maxcount  = after + before; 
1534         breaktime = i;
1535         mbefore   = kFALSE;
1536       }
1537       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1538       before = cumul[i][0];
1539       if (after + before > maxcount) { 
1540         maxcount  = after + before; 
1541         breaktime = i;
1542         mbefore   = kTRUE;
1543       }
1544     }
1545     breaktime -= 1;
1546   }
1547
1548   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1549     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1550     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1551   }  
1552
1553   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1554       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1555     //
1556     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
1557     //
1558     fNChange = 0;
1559     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1560       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1561     } 
1562   }
1563   
1564   if (fNChange > 0) {
1565     //
1566     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1567     //
1568     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1569       if (!fClusters[i]) continue; 
1570       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1571       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1572       // Residual y
1573       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
1574       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1575 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1576 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1577 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1578       }
1579     }
1580   }
1581   
1582   Double_t yres2[kNtb];
1583   Double_t mean;
1584   Double_t sigma;
1585   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1586     if (!fClusters[i]) continue;
1587     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1588     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1589     yres2[fN2] = yres[i];
1590     fN2++;
1591   }
1592   if (fN2 < kClmin) {
1593                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1594     fN2 = 0;
1595     return;
1596   }
1597   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1598   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1599     sigma = sigmaexp;
1600   }
1601   //Float_t fSigmaY = sigma;
1602
1603   // Reset sums
1604   sumw   = 0; 
1605   sumwx  = 0; 
1606   sumwx2 = 0;
1607   sumwy  = 0; 
1608   sumwxy = 0; 
1609   sumwz  = 0;
1610   sumwxz = 0;
1611
1612   fN2    = 0;
1613   Float_t fMeanz = 0;
1614   Float_t fMPads = 0;
1615   fUsable = 0;
1616   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1617     if (!fClusters[i]) continue;
1618     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1619     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1620     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1621     SETBIT(fUsable,i);
1622     fN2++;
1623     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1624     Float_t weight = 1.0;
1625     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1626     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1627    
1628         
1629     Double_t x = fX[i];
1630     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1631     
1632     sumw   += weight; 
1633     sumwx  += x * weight; 
1634     sumwx2 += x*x * weight;
1635     sumwy  += weight * yres[i];  
1636     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1637     sumwz  += weight * fZ[i];    
1638     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1639
1640   }
1641
1642   if (fN2 < kClmin){
1643                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1644     fN2 = 0;
1645     return;
1646   }
1647   fMeanz = sumwz / sumw;
1648   Float_t correction = 0;
1649   if (fNChange > 0) {
1650     // Tracklet on boundary
1651     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1652     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1653   }
1654
1655   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1656   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1657   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1658   
1659   fS2Y = 0;
1660   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1661     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1662     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1663     fS2Y += delta*delta;
1664   }
1665   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1666         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1667         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1668   
1669   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1670   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1671 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1672 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1673 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1674   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1675
1676   UpdateUsed();
1677 }*/
1678
1679 //___________________________________________________________________
1680 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1681 {
1682   //
1683   // Printing the seedstatus
1684   //
1685
1686   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1687   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1688   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1689   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1690
1691   Double_t cov[3], x=GetX();
1692   GetCovAt(x, cov);
1693   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1694   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1695   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1696   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1697   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1698   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1699
1700   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1701
1702   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1703   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1704     if(!(*jc)) continue;
1705     (*jc)->Print(o);
1706   }
1707 }
1708
1709
1710 //___________________________________________________________________
1711 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1712 {
1713   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1714   // as the given one
1715
1716   if(!o) return kFALSE;
1717   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1718   if(!inTracklet) return kFALSE;
1719
1720   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1721     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1722     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1723   }
1724   
1725   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1726   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1727   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1728   
1729   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1730 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1731 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1732 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1733     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1734   }
1735 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1736
1737   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1738     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1739     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1740     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1741   }
1742   
1743 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1744   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1745   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1746   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1747   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1748   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1749    
1750   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1751   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1752   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1753   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1754
1755   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1756   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1757   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1758   
1759   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1760     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1761     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1762     if (curCluster && inCluster){
1763       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1764         curCluster->Print();
1765         inCluster->Print();
1766         return kFALSE;
1767       }
1768     } else {
1769       // if one cluster exists, and corresponding 
1770       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1771       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1772     }
1773   }
1774   return kTRUE;
1775 }
1776