updated macros (with new cut values) for (anti-)proton-(anti-)lambda and lambda-...
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliTRDseedV1.cxx 60233 2013-01-10 09:04:08Z abercuci $ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TGeoManager.h"
40 #include "TTreeStream.h"
41 #include "TGraphErrors.h"
42
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliMathBase.h"
45 #include "AliRieman.h"
46 #include "AliCDBManager.h"
47
48 #include "AliTRDReconstructor.h"
49 #include "AliTRDpadPlane.h"
50 #include "AliTRDtransform.h"
51 #include "AliTRDcluster.h"
52 #include "AliTRDseedV1.h"
53 #include "AliTRDtrackV1.h"
54 #include "AliTRDcalibDB.h"
55 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
56 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
57 #include "AliTRDtrackerV1.h"
58 #include "AliTRDrecoParam.h"
59 #include "AliTRDCommonParam.h"
60 #include "AliTRDtrackletOflHelper.h"
61
62 #include "Cal/AliTRDCalTrkAttach.h"
63 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
64 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
65 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
66
67 class AliTracker;
68
69 ClassImp(AliTRDseedV1)
70
71 //____________________________________________________________________
72 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
73   :AliTRDtrackletBase()
74   ,fkReconstructor(NULL)
75   ,fClusterIter(NULL)
76   ,fExB(0.)
77   ,fVD(0.)
78   ,fT0(0.)
79   ,fS2PRF(0.)
80   ,fDiffL(0.)
81   ,fDiffT(0.)
82   ,fClusterIdx(0)
83   ,fErrorMsg(0)
84   ,fN(0)
85   ,fDet(det)
86   ,fPt(0.)
87   ,fdX(0.)
88   ,fX0(0.)
89   ,fX(0.)
90   ,fY(0.)
91   ,fZ(0.)
92   ,fS2Y(0.)
93   ,fS2Z(0.)
94   ,fChi2(0.)
95 {
96   //
97   // Constructor
98   //
99   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
100   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
101   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
102   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
103   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
104   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
105   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
106   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
107   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
108   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
109   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
110   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
111   // stand alone curvature
112   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.; 
113   // covariance matrix [diagonal]
114   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
115   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
116   SetStandAlone(kFALSE);
117 }
118
119 //____________________________________________________________________
120 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
121   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
122   ,fkReconstructor(NULL)
123   ,fClusterIter(NULL)
124   ,fExB(0.)
125   ,fVD(0.)
126   ,fT0(0.)
127   ,fS2PRF(0.)
128   ,fDiffL(0.)
129   ,fDiffT(0.)
130   ,fClusterIdx(0)
131   ,fErrorMsg(0)
132   ,fN(0)
133   ,fDet(-1)
134   ,fPt(0.)
135   ,fdX(0.)
136   ,fX0(0.)
137   ,fX(0.)
138   ,fY(0.)
139   ,fZ(0.)
140   ,fS2Y(0.)
141   ,fS2Z(0.)
142   ,fChi2(0.)
143 {
144   //
145   // Copy Constructor performing a deep copy
146   //
147   if(this != &ref){
148     ref.Copy(*this);
149   }
150   SetBit(kOwner, kFALSE);
151   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
152 }
153
154
155 //____________________________________________________________________
156 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
157 {
158   //
159   // Assignment Operator using the copy function
160   //
161
162   if(this != &ref){
163     ref.Copy(*this);
164   }
165   SetBit(kOwner, kFALSE);
166
167   return *this;
168 }
169
170 //____________________________________________________________________
171 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
172 {
173   //
174   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
175   //
176
177   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
178
179   if(IsOwner()) {
180     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
181       if(!fClusters[itb]) continue; 
182       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
183       delete fClusters[itb];
184       fClusters[itb] = NULL;
185     }
186   }
187 }
188
189 //____________________________________________________________________
190 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
191 {
192   //
193   // Copy function
194   //
195
196   //AliInfo("");
197   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
198
199   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
200   target.fClusterIter   = NULL;
201   target.fExB           = fExB;
202   target.fVD            = fVD;
203   target.fT0            = fT0;
204   target.fS2PRF         = fS2PRF;
205   target.fDiffL         = fDiffL;
206   target.fDiffT         = fDiffT;
207   target.fClusterIdx    = 0;
208   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
209   target.fN             = fN;
210   target.fDet           = fDet;
211   target.fPt            = fPt;
212   target.fdX            = fdX;
213   target.fX0            = fX0;
214   target.fX             = fX;
215   target.fY             = fY;
216   target.fZ             = fZ;
217   target.fS2Y           = fS2Y;
218   target.fS2Z           = fS2Z;
219   target.fChi2          = fChi2;
220   
221   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
222   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
223   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
224   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
225   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
226   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
227   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
228   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
229   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
230   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
231   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
232   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
233   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
234   
235   TObject::Copy(ref);
236 }
237
238
239 //____________________________________________________________
240 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
241 {
242 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
243
244
245   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
246   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
247   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
248   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
249   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
250     fRefCov[0] = 1;
251     fRefCov[2] = 10;
252   }else{
253     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
254     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
255   }
256   fC[0]    = rieman->GetC(); 
257   fChi2    = rieman->GetChi2();
258 }
259
260
261 //____________________________________________________________
262 Bool_t AliTRDseedV1::Init(const AliTRDtrackV1 *track)
263 {
264 // Initialize this tracklet using the track information
265 //
266 // Parameters:
267 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
268 // 
269 // Detailed description
270 // The function sets the starting point and direction of the
271 // tracklet according to the information from the TRD track.
272 // 
273 // Caution
274 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
275 // chamber where the tracklet will be constructed
276 //
277
278   Double_t y, z; 
279   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
280   Update(track);
281   return kTRUE;
282 }
283
284
285 //_____________________________________________________________________________
286 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
287 {
288 //
289 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
290 //
291   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
292   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
293   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
294   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
295
296   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
297   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
298   fClusterIdx=0;
299   fErrorMsg = 0;
300   fDet=-1;
301   fPt=0.;
302   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
303   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
304   fC[0]=0.; fC[1]=0.; 
305   fChi2 = 0.;
306
307   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
308   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
309   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
310   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
311   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
312   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
313   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
314   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
315   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
316   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
317   // covariance matrix [diagonal]
318   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
319   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
320 }
321
322 //____________________________________________________________________
323 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
324
325   // update tracklet reference position from the TRD track
326
327   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
328   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
329   fPt = trk->Pt();
330   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
331   fYref[1] = fSnp*norm;
332   fZref[1] = fTgl*norm;
333   SetCovRef(trk->GetCovariance());
334
335   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
336   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
337   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
338 }
339
340 //_____________________________________________________________________________
341 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
342 {
343   //
344   // Calculate number of used clusers in the tracklet
345   //
346
347   Int_t nused = 0, nshared = 0;
348   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
349     if (!fClusters[i]) continue;
350     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
351       nused++;
352     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
353       if(IsStandAlone()) nused++;
354       else nshared++;
355     }
356   }
357   SetNUsed(nused);
358   SetNShared(nshared);
359 }
360
361 //_____________________________________________________________________________
362 void AliTRDseedV1::UseClusters()
363 {
364   //
365   // Use clusters
366   //
367   // In stand alone mode:
368   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
369   // removed from the tracklet
370   //
371   // In barrel mode:
372   // - Clusters which are used by another track become shared
373   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
374   //
375   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
376   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
377     if(!(*c)) continue;
378     if(IsStandAlone()){
379       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
380         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
381         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
382         (*c) = NULL;
383         fIndexes[ic] = -1;
384         SetN(GetN()-1);
385         continue;
386       }
387     } else {
388       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
389         (*c)->SetShared();
390         continue;
391       }
392     }
393     (*c)->Use();
394   }
395 }
396
397
398
399 //____________________________________________________________________
400 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
401 {
402 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
403 //
404 // Parameters:
405 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
406 // Output:
407 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
408 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
409 //
410 // Detailed description
411 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
412 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
413 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
414 //
415 // The following effects are included in the calculation:
416 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
417 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
418 // 3. cluster size
419 //
420
421   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
422   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
423
424   AliTRDcluster *c(NULL);
425   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
426     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
427     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
428
429     // Filter clusters for dE/dx calculation
430
431     // 1.consider calibration effects for slice determination
432     Int_t slice;
433     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
434       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
435     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
436
437
438     // 2. take sharing into account
439     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
440
441     // 3. take into account large clusters TODO
442     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
443
444     //CHECK !!!
445     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
446   } // End of loop over clusters
447 }
448
449 //_____________________________________________________________________________
450 void AliTRDseedV1::CookLabels()
451 {
452   //
453   // Cook 2 labels for seed
454   //
455
456   Int_t labels[200];
457   Int_t out[200];
458   Int_t nlab = 0;
459   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
460     if (!fClusters[i]) continue;
461     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
462       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
463         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
464         nlab++;
465       }
466     }
467   }
468
469   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
470   fLabels[0] = out[0];
471   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
472 }
473
474 //____________________________________________________________
475 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
476 {
477 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
478
479   Float_t d = fPad[3] - zt;
480   if(d<0.){
481     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
482     return 0.125;
483   } 
484   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
485   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
486   return d;
487 }
488
489
490 //____________________________________________________________________
491 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers) const
492 {
493 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters 
494 // which are not in chamber are also used (default false)
495
496   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
497   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
498     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
499     if(!c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
500     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
501   }
502   return qt;
503 }
504
505 //____________________________________________________________________
506 Int_t AliTRDseedV1::GetChargeGaps(Float_t sz[kNtb], Float_t pos[kNtb], Int_t isz[kNtb]) const
507 {
508 // Find number, size and position of charge gaps (consecutive missing time bins).
509 // Returns the number of gaps and fills their size in input array "sz" and position in array "pos"
510
511   Bool_t gap(kFALSE);
512   Int_t n(0);
513   Int_t ipos[kNtb]; memset(isz, 0, kNtb*sizeof(Int_t));memset(ipos, 0, kNtb*sizeof(Int_t));
514   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
515     if(fClusters[ic] || fClusters[ic+kNtb]){
516       if(gap) n++;
517       continue;
518     }
519     gap = kTRUE;
520     isz[n]++;
521     ipos[n] = ic;
522   }
523   if(!n) return 0;
524
525   // write calibrated values
526   AliTRDcluster fake;
527   for(Int_t igap(0); igap<n; igap++){
528     sz[igap] = isz[igap]*fVD/AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
529     fake.SetPadTime(ipos[igap]);
530     pos[igap] = fake.GetXloc(fT0, fVD);
531     if(isz[igap]>1){
532       fake.SetPadTime(ipos[igap]-isz[igap]+1);
533       pos[igap] += fake.GetXloc(fT0, fVD);
534       pos[igap] /= 2.;
535     }
536   }
537   return n;
538 }
539
540
541 //____________________________________________________________________
542 Double_t AliTRDseedV1::EstimatedCrossPoint(AliTRDpadPlane *pp)
543 {
544 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets or the z coordinate of pad row without pad row cross in the local chamber coordinates.
545 // Returns variance of the radial offset from anode wire in case of raw cross or 0 otherwise.
546
547   Int_t row[] = {-1, -1};
548   Double_t zoff(0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd())), sx(0.), mean(0.5*pp->GetNrows()-0.5);
549   AliTRDcluster *c(NULL);
550   fS2Y = 0.;
551   
552   if(!IsRowCross()){ 
553     for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
554       if(!(c=fClusters[ic])) continue;
555       if(!c->IsInChamber()) continue;
556       row[0]   = c->GetPadRow();
557       fZfit[0] = Int_t(mean-row[0])*pp->GetLengthIPad() + 
558                  0.5*(mean-row[0]>0.?1.:-1.)*(row[0]>0&&row[0]<pp->GetNrows()-1?pp->GetLengthIPad():pp->GetLengthOPad());      
559       break;
560     }
561   } else {  
562     Float_t tbm[2] = {0.}; // mean value of time bin in rows
563     Int_t tb[kNtb]={0}, //array of time bins from first row
564           nc[2] = {0},  // no. of clusters in rows
565           mc(0);  // no. of common clusters
566     Bool_t w[2] = {kFALSE, kFALSE};   // acceptance flag for rows
567     // Find radial range for first row
568     for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
569       tb[ic]= -1;
570       if(!(c=fClusters[ic]) || !c->IsInChamber()) continue;
571       if(row[0]<0) row[0] = c->GetPadRow();
572       tb[nc[0]++] = ic; tbm[0] += ic;
573     }
574     if(nc[0]>2){
575       tbm[0] /= nc[0];
576       w[0] = kTRUE;
577     }
578     // Find radial range for second row
579     for(int ic(kNtb), jc(0); ic<kNclusters; ic++, jc++){
580       if(!(c=fClusters[ic]) || !c->IsInChamber()) continue;
581       if(row[1]<0) row[1] = c->GetPadRow();
582       tbm[1] += jc; nc[1]++;
583       for(Int_t kc(0); kc<nc[0]; kc++) 
584         if(tb[kc]==jc){
585           tb[kc] += 100; // mark common cluster
586           mc++;
587           break;
588         }
589     }
590     if(nc[1]>2){
591       tbm[1] /= nc[1];
592       w[1] = kTRUE;
593     }
594     //printf("0 : %f[%2d] 1 : %f[%2d] mc[%d]\n", tbm[0], nc[0], tbm[1], nc[1], mc);
595     if(!w[0] && !w[1]){
596       AliError("Too few clusters to estimate tracklet.");
597       return -1;
598     }
599     if(!w[0] || !w[1]){ 
600       SetBit(kRowCross, kFALSE); // reset RC bit
601       if(w[1]) row[0] = row[1];
602       fZfit[0] = Int_t(mean-row[0])*pp->GetLengthIPad() + 
603                  0.5*(mean-row[0]>0.?1.:-1.)*(row[0]>0&&row[0]<pp->GetNrows()-1?pp->GetLengthIPad():pp->GetLengthOPad());      
604     }else{ // find the best matching timebin 
605       fZfit[0] = Int_t(mean-0.5*(row[0]+row[1]))*pp->GetLengthIPad(); 
606       Int_t itb(0), dtb(0);
607       if(!mc) { // no common range
608         itb = Int_t(0.5*(tbm[0] + tbm[1]));
609         dtb = Int_t(0.5*TMath::Abs(tbm[0] - tbm[1])); // simple parameterization of the cluster gap
610       } else {
611         Double_t rmax(100.); Int_t itbStart(-1), itbStop(0);
612         // compute distance from 
613         for(Int_t jc(0); jc<nc[0]; jc++){
614           if(tb[jc] < 100) continue;
615           Int_t ltb(tb[jc]-100);
616           Double_t r = (1. - ltb/tbm[0])*(1. - ltb/tbm[1]);
617           //printf("tb[%2d] dr[%f %f %f] rmax[%f]\n", ltb, r, 1. - ltb/tbm[0], 1. - ltb/tbm[1], rmax);
618           if(TMath::Abs(r)<rmax){ rmax = TMath::Abs(r); itb = ltb; }
619           if(itbStart<0) itbStart = ltb;
620           itbStop = ltb;
621         } 
622         dtb = itbStop-itbStart+1;
623       }
624       AliTRDCommonParam *cp = AliTRDCommonParam::Instance(); 
625       Double_t freq(cp?cp->GetSamplingFrequency():10.);
626       fS2Y = ((itb-0.5)/freq - fT0 - 0.189)*fVD; // xOff
627       sx   = dtb*0.288675134594812921/freq; sx *= sx; sx += 1.56e-2; sx *= fVD*fVD;
628     }    
629   }
630
631   // estimate dzdx
632   Float_t dx(fX0-fS2Y);
633   fZfit[1] = (fZfit[0]+zoff)/dx; 
634
635   // correct dzdx for the bias
636   UnbiasDZDX(IsRowCross());
637   if(IsRowCross()){
638     // correct x_cross/sigma(x_cross) for the bias in dzdx
639     const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
640     if(recoParam){ 
641       fS2Y += recoParam->GetCorrDZDXxcross()*TMath::Abs(fZfit[1]);
642       sx   += recoParam->GetCorrDZDXxcross()*recoParam->GetCorrDZDXxcross()*GetS2DZDX(fZfit[1]);
643     }
644     // correct sigma(x_cross) for the width of the crossing area
645     sx   += GetS2XcrossDZDX(TMath::Abs(fZfit[1]));
646     
647     // estimate z and error @ anode wire
648     fZfit[0] += fZfit[1]*fS2Y;
649     fS2Z  = fZfit[1]*fZfit[1]*sx+fS2Y*fS2Y*GetS2DZDX(fZfit[1]); 
650   }
651   return sx;
652 }
653
654 //____________________________________________________________________
655 void AliTRDseedV1::UnbiasDZDX(Bool_t rc)
656 {
657   // correct dzdx for the bias in z according to MC
658   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
659   if(!recoParam) return;
660   fZfit[1] *= recoParam->GetCorrDZDX(rc);
661   if(rc) fZfit[1] += recoParam->GetCorrDZDXbiasRC(fZfit[1]<0);
662 }
663
664 //____________________________________________________________________
665 Double_t AliTRDseedV1::UnbiasY(Bool_t rc, Bool_t sgn, Int_t chg)
666 {
667 // correct y coordinate for tail cancellation. This should be fixed by considering TC as a function of q/pt. 
668 //  rc : TRUE if tracklet crosses rows
669 // sgn : TRUE if track has same sign with magnetic field
670 // chg : -1 for negative particles, +1 for the rest
671   
672   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
673   if(!recoParam) return 0.;
674   Double_t par[2]={0.};
675   if(rc) recoParam->GetYcorrTailCancel(2, par);
676   else{
677     if(sgn && 1./fPt > 1.5)  recoParam->GetYcorrTailCancel(1, par);
678     else if(!sgn)  recoParam->GetYcorrTailCancel(0, par);
679   }
680   return par[0]+par[1]*chg/fPt;
681 }
682
683
684 //____________________________________________________________________
685 Float_t AliTRDseedV1::GetQperTB(Int_t tb) const
686 {
687   //
688   // Charge of the clusters at timebin
689   //
690   Float_t q = 0;
691   if(fClusters[tb] /*&& fClusters[tb]->IsInChamber()*/)
692     q += TMath::Abs(fClusters[tb]->GetQ());
693   if(fClusters[tb+kNtb] /*&& fClusters[tb+kNtb]->IsInChamber()*/)
694     q += TMath::Abs(fClusters[tb+kNtb]->GetQ());
695   return q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
696 }
697
698 //____________________________________________________________________
699 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl() const
700 {
701 // Calculate total charge / tracklet length for 1D PID
702 //
703   Float_t Q = GetCharge(kTRUE);
704   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
705 }
706
707 //____________________________________________________________________
708 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
709 {
710 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
711 // the charge per unit length can be written as:
712 // BEGIN_LATEX
713 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
714 // END_LATEX
715 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
716 // of the time bin. 
717 // The following correction are applied :
718 //   - charge : pad row cross corrections
719 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
720 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
721 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
722 // 
723 //Begin_Html
724 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
725 //End_Html
726 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
727 // drift length [right] for different particle species is displayed.
728 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
729 //
730   Float_t dq = 0.;
731   // check whether both clusters are inside the chamber
732   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
733   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
734     hasClusterInChamber = kTRUE;
735     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
736   }
737   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
738     hasClusterInChamber = kTRUE;
739     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
740   }
741   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
742   if(dq<1.e-3) return 0.;
743
744   Double_t dx = fdX;
745   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
746     Float_t x2(0.), x1(0.);
747     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
748     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
749     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
750     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
751     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
752     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
753     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
754     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
755     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
756     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
757
758     dx = .5*(x2 - x1);
759   }
760   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
761   if(dl) (*dl) = dx;
762   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
763   else return 0.;
764 }
765
766 //____________________________________________________________
767 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
768
769 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
770 // BEGIN_LATEX
771 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
772 // END_LATEX
773 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
774 // The estimated variance of the momentum is given by:
775 // BEGIN_LATEX
776 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
777 // END_LATEX
778 // which can be simplified to
779 // BEGIN_LATEX
780 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
781 // END_LATEX
782 //
783
784   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
785   if(err){
786     Double_t p2 = p*p;
787     Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
788     Double_t pt2 = fPt*fPt;
789     Double_t s2 =
790       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
791      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
792      +p2*pt2*fRefCov[6];
793     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
794   }
795   return p;
796 }
797
798
799 //____________________________________________________________________
800 Int_t AliTRDseedV1::GetTBoccupancy() const
801 {
802 // Returns no. of TB occupied by clusters
803
804   Int_t n(0);
805   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
806     if(!fClusters[ic] && !fClusters[ic+kNtb]) continue;
807     n++;
808   }
809   return n;
810 }
811
812 //____________________________________________________________________
813 Int_t AliTRDseedV1::GetTBcross() const
814 {
815 // Returns no. of TB occupied by 2 clusters for pad row cross tracklets
816
817   if(!IsRowCross()) return 0;
818   Int_t n(0);
819   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
820     if(fClusters[ic] && fClusters[ic+kNtb]) n++;
821   }
822   return n;
823 }
824
825 //____________________________________________________________________
826 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
827 {       
828   if(!force) return &fProb[0];
829   if(!CookPID()) return NULL;
830   return &fProb[0];
831 }
832
833 //____________________________________________________________
834 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
835 {
836 // Fill probability array for tracklet from the DB.
837 //
838 // Parameters
839 //
840 // Output
841 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
842 //
843 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
844 // - estimated momentum at tracklet reference point 
845 // - dE/dx measurements
846 // - tracklet length
847 // - TRD layer
848 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
849 // - Neural Network [default] - option "nn"  
850 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
851
852   AliWarning(Form("Obsolete function. Use AliTRDPIDResponse::GetResponse() instead."));
853
854   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
855   if (!calibration) {
856     AliError("No access to calibration data");
857     return kFALSE;
858   }
859
860   if (!fkReconstructor) {
861     AliError("Reconstructor not set.");
862     return kFALSE;
863   }
864
865   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
866   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
867   if (!pd) {
868     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
869     return kFALSE;
870   }
871
872   // calculate tracklet length TO DO
873   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
874   
875   //calculate dE/dx
876   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
877   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
878
879   // Sets the a priori probabilities
880   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
881   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
882     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
883   
884   return kTRUE;
885 }
886
887 //____________________________________________________________________
888 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
889 {
890   //
891   // Returns a quality measurement of the current seed
892   //
893
894   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
895   return 
896       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
897     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
898     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
899     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
900 }
901
902 //____________________________________________________________________
903 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t /*x*/, Double_t *cov) const
904 {
905 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
906 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
907 //   cov[0] = Var(y)
908 //   cov[1] = Cov(yz)
909 //   cov[2] = Var(z)
910 //
911 // Details
912 //
913 // For the linear transformation
914 // BEGIN_LATEX
915 // Y = T_{x} X^{T}
916 // END_LATEX
917 //   The error propagation has the general form
918 // BEGIN_LATEX
919 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
920 // END_LATEX
921 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
922 // at point x we consider: 
923 // BEGIN_LATEX
924 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
925 // END_LATEX
926 // and secondly to take into account the tilt angle
927 // BEGIN_LATEX
928 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
929 // END_LATEX
930 //
931 // using simple trigonometrics one can write for this last case
932 // BEGIN_LATEX
933 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
934 // END_LATEX
935 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
936 // BEGIN_LATEX
937 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
938 // END_LATEX
939 //
940 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
941 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
942 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
943 //
944 // Author :
945 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
946 // Date : Jan 8th 2009
947 //
948
949
950   //Double_t xr     = fX0-x; 
951   Double_t sy2    = fCov[0];// +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
952   Double_t sz2    = fS2Z;
953   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
954
955   // insert systematic uncertainties
956   if(fkReconstructor){
957     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
958     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
959 //    sy2 += sys[0];
960 //    sz2 += sys[1];
961   }
962
963   // rotate covariance matrix if no RC
964   if(!IsRowCross()){
965     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
966     Double_t correction = 1./(1. + t2);
967     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
968     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
969     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
970    } else {
971      cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sz2;
972    }
973
974   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
975 }
976
977 //____________________________________________________________
978 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
979 {
980 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
981 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
982 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
983 // 
984 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
985 // the following relation is used:
986 // BEGIN_LATEX
987 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
988 // END_LATEX
989 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
990 // In case C is symmetric the followings are true:
991 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
992 //   - V = V^{-1}
993 //
994 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
995 // Date   Mar 19 2009
996
997   const Double_t kZero(1.e-20);
998   Double_t l[2], // eigenvalues
999            v[3]; // eigenvectors
1000   // the secular equation and its solution :
1001   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
1002   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
1003   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
1004   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
1005           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
1006   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
1007   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
1008   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
1009   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
1010   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
1011   // the sym V matrix
1012   // | v00   v10|
1013   // | v10   v11|
1014   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
1015   if(den<kZero){ // almost diagonal
1016     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
1017     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
1018     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
1019   } else {
1020     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
1021     v[0] = c[1]* tmp;
1022     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
1023     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
1024     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
1025   }
1026   // the VD^{1/2}V is: 
1027   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
1028   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
1029   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
1030   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
1031
1032   return 0;
1033 }
1034
1035 //____________________________________________________________
1036 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
1037 {
1038 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
1039 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
1040 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
1041 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
1042 //
1043 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1044 // Date   Mar 19 2009
1045
1046   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
1047   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
1048   Double_t invDet = 1./det;
1049   d[0] = c[2]*invDet;
1050   d[1] =-c[1]*invDet;
1051   d[2] = c[0]*invDet;
1052   return det;
1053 }
1054
1055 //____________________________________________________________________
1056 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
1057 {
1058 // Returns geometry volume id by delegation 
1059
1060   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
1061     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
1062   }
1063   return 0;
1064 }
1065
1066
1067 //____________________________________________________________________
1068 void AliTRDseedV1::Calibrate()
1069 {
1070 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
1071 // The following information are used
1072 //  - detector index
1073 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
1074 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
1075 //
1076 // The following information is cached in the tracklet
1077 //   t0 (trigger delay)
1078 //   drift velocity
1079 //   PRF width
1080 //   omega*tau = tg(a_L)
1081 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
1082 //
1083 // Author :
1084 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
1085 // Date : Jan 8th 2009
1086 //
1087
1088   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1089   if(cdb->GetRun() < 0){
1090     AliError("OCDB manager not properly initialized");
1091     return;
1092   }
1093
1094   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
1095   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
1096                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
1097   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
1098   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
1099
1100   Int_t col = 70, row = 7;
1101   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
1102   if(GetN()){ 
1103     Int_t ic = 0;
1104     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
1105     if(*c){
1106       col = (*c)->GetPadCol();
1107       row = (*c)->GetPadRow();
1108     }
1109   }
1110
1111   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
1112   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
1113   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
1114   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
1115   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
1116   fDiffT, fVD);
1117   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1118
1119
1120   SetBit(kCalib, kTRUE);
1121 }
1122
1123 //____________________________________________________________________
1124 void AliTRDseedV1::SetOwner()
1125 {
1126   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
1127   
1128   if(TestBit(kOwner)) return;
1129   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
1130     if(!fClusters[ic]) continue;
1131     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
1132   }
1133   SetBit(kOwner);
1134 }
1135
1136 //____________________________________________________________
1137 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
1138 {
1139 // Shortcut method to initialize pad geometry.
1140   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
1141   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
1142   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
1143   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
1144 }
1145
1146
1147
1148 //____________________________________________________________________
1149 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt, Bool_t chgPos, Int_t ev)
1150 {
1151 //
1152 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
1153 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
1154 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
1155 // 3. purge clusters
1156 // 4. truncated mean on z direction
1157 // 5. purge clusters
1158 //
1159 // Parameters
1160 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
1161 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
1162 //  - chgPos  : mark same[kFALSE] and opposite[kTRUE] sign tracks with respect to Bz field sign [default true]
1163 //  - ev      : event number for debug purposes [default = -1]
1164 // Output
1165 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
1166 //      -
1167 // Detailed description
1168 //  
1169 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
1170 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
1171 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
1172 // BEGIN_LATEX
1173 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
1174 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
1175 // END_LATEX
1176 // 
1177 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1178 // Debug  : level = 2 for calibration
1179 //          level = 3 for visualization in the track SR
1180 //          level = 4 for full visualization including digit level
1181
1182   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1183
1184   if(!recoParam){
1185     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1186     return kFALSE;
1187   }
1188   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
1189   if (!calibration) {
1190     AliError("No access to calibration data");
1191     return kFALSE;
1192   }
1193   // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
1194   const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
1195   if (!attach) {
1196     AliError("No usable AttachClusters calib object.");
1197     return kFALSE;
1198   }
1199
1200   // Initialize reco params for this tracklet
1201   // 1. first time bin in the drift region
1202   Int_t t0 = 14;
1203   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1204   Int_t kTBmin = 4;
1205
1206   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov); 
1207   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
1208            s2yCl = 0., 
1209            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
1210            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1211            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1212   //define roads
1213   const Double_t kroady = 3.; //recoParam->GetRoad1y();
1214   const Double_t kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1215   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1216   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1217   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1218   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1219   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1220
1221 /*  Int_t kroadyShift(0);
1222   Float_t bz(AliTrackerBase::GetBz());
1223   if(TMath::Abs(bz)>2.){
1224     if(bz<0.) kroadyShift = chgPos ? +1 : -1;
1225     else kroadyShift = chgPos ? -1 : +1;
1226   }*/
1227   AliDebug(4, Form("\n       syTrk[cm]=%4.2f dydxTrk[deg]=%+6.2f Chg[%c] rY[cm]=%4.2f rZ[cm]=%5.2f TC[%c]", syRef, TMath::ATan(fYref[1])*TMath::RadToDeg(), chgPos?'+':'-', kroady, kroadz, tilt?'y':'n'));
1228   Double_t phiTrk(TMath::ATan(fYref[1])),
1229            thtTrk(TMath::ATan(fZref[1]));
1230
1231   // working variables
1232   const Int_t kNrows = 16;
1233   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1234   TObjArray clst[kNrows];
1235   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1236   Double_t cond[4],
1237            dx, dy, dz,
1238            yt, zt,
1239            zc[kNrows],
1240            xres[kNrows][kNcls], yres[kNrows][kNcls], zres[kNrows][kNcls], s2y[kNrows][kNcls];
1241   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1242   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1243   memset(zc, 0, kNrows*sizeof(Double_t));
1244   memset(idxs, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Int_t));
1245   memset(xres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1246   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1247   memset(zres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1248   memset(s2y, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1249   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1250
1251   Double_t roady(0.), s2Mean(0.); Int_t ns2Mean(0);
1252
1253   // Do cluster projection and pick up cluster candidates
1254   AliTRDcluster *c(NULL);
1255   AliTRDchamberTimeBin *layer(NULL);
1256   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1257   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1258     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1259     if(!Int_t(*layer)) continue;
1260     // get track projection at layers position
1261     dx   = fX0 - layer->GetX();
1262     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1263     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1264     // get standard cluster error corrected for tilt if selected
1265     cp.SetLocalTimeBin(it);
1266     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1267     s2yCl = cp.GetSigmaY2() + sysCov[0]; if(!tilt) s2yCl = (s2yCl + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1268     if(TMath::Abs(it-12)<7){ s2Mean += cp.GetSigmaY2(); ns2Mean++;}
1269     // get estimated road in r-phi direction
1270     roady = TMath::Min(3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl)), kroady);
1271
1272     AliDebug(5, Form("\n"
1273       "  %2d xd[cm]=%6.3f yt[cm]=%7.2f zt[cm]=%8.2f\n"
1274       "      syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f\n"
1275       "      Ry[mm]=%f"
1276       , it, dx, yt, zt
1277       , 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()+sysCov[0]), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl)
1278       , 1.e1*roady));
1279
1280     // get clusters from layer
1281     cond[0] = yt/*+0.5*kroadyShift*kroady*/; cond[2] = roady;
1282     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1283     Int_t n=0, idx[6]; layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1284     for(Int_t ic = n; ic--;){
1285       c  = (*layer)[idx[ic]];
1286       dx = fX0 - c->GetX();
1287       yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1288       zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1289       dz = zt - c->GetZ();
1290       dy = yt - (c->GetY() + (tilt ? (GetTilt() * dz) : 0.));
1291       Int_t r = c->GetPadRow();
1292       clst[r].AddAtAndExpand(c, ncl[r]);
1293       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1294       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1295       zres[r][ncl[r]] = dz/GetPadLength();
1296       yres[r][ncl[r]] = dy;
1297       xres[r][ncl[r]] = dx;
1298       zc[r]           = c->GetZ();
1299       // TODO temporary solution to avoid divercences in error parametrization
1300       s2y[r][ncl[r]]  = TMath::Min(c->GetSigmaY2()+sysCov[0], 0.025); 
1301       AliDebug(5, Form("   -> dy[cm]=%+7.4f yc[cm]=%7.2f row[%d] idx[%2d]", dy, c->GetY(), r, ncl[r]));
1302       ncl[r]++; ncls++;
1303
1304       if(ncl[r] >= kNcls) {
1305         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1306         kBUFFER = kTRUE;
1307         break;
1308       }
1309     }
1310     if(kBUFFER) break;
1311   }
1312   if(ncls<kClmin){ 
1313     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1314     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1315     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1316     return kFALSE;
1317   }
1318   if(ns2Mean<kTBmin){
1319     AliDebug(1, Form("CLUSTERS IN TimeBins %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ns2Mean, kTBmin));
1320     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1321     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1322     return kFALSE;
1323   }
1324   s2Mean /= ns2Mean; //sMean = TMath::Sqrt(s2Mean);
1325   //Double_t sRef(TMath::Sqrt(s2Mean+s2yTrk)); // reference error parameterization
1326
1327   // organize row candidates
1328   Int_t idxRow[kNrows], nrc(0); Double_t zresRow[kNrows];
1329   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1330     idxRow[ir]=-1; zresRow[ir] = 999.;
1331     if(!ncl[ir]) continue;
1332     // get mean z resolution
1333     dz = 0.; for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;) dz += zres[ir][ic]; dz/=ncl[ir];
1334     // insert row
1335     idxRow[nrc] = ir; zresRow[nrc] = TMath::Abs(dz); nrc++;
1336   }
1337   AliDebug(4, Form("Found %d clusters in %d rows. Sorting ...", ncls, nrc));
1338
1339   // sort row candidates
1340   if(nrc>=2){
1341     if(nrc==2){
1342       if(zresRow[0]>zresRow[1]){ // swap
1343         Int_t itmp=idxRow[1]; idxRow[1] = idxRow[0]; idxRow[0] = itmp;
1344         Double_t dtmp=zresRow[1]; zresRow[1] = zresRow[0]; zresRow[0] = dtmp;
1345       }
1346       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1347         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1348         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Select first candidate.\n"
1349                     "       row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1350                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1351         nrc=1; idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.;
1352       }
1353     } else {
1354       Int_t idx0[kNrows];
1355       TMath::Sort(nrc, zresRow, idx0, kFALSE);
1356       nrc = 3; // select only maximum first 3 candidates
1357       Int_t iatmp[] = {-1, -1, -1}; Double_t datmp[] = {999., 999., 999.};
1358       for(Int_t irc(0); irc<nrc; irc++){
1359         iatmp[irc] = idxRow[idx0[irc]];
1360         datmp[irc] = zresRow[idx0[irc]];
1361       }
1362       idxRow[0] = iatmp[0]; zresRow[0] = datmp[0];
1363       idxRow[1] = iatmp[1]; zresRow[1] = datmp[1];
1364       idxRow[2] = iatmp[2]; zresRow[2] = datmp[2]; // temporary
1365       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1366         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1367         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Turn on selection.\n"
1368                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1369                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1370                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1371                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0],
1372                     idxRow[1], ncl[idxRow[1]], zresRow[1],
1373                     idxRow[2], ncl[idxRow[2]], zresRow[2]));
1374         if(TMath::Abs(idxRow[0] - idxRow[2]) == 1){ // select second candidate
1375           AliDebug(2, "Solved ! Remove second candidate.");
1376           nrc = 2;
1377           idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1378           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;              // remove
1379         } else if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[2]) == 1){
1380           if(ncl[idxRow[1]]+ncl[idxRow[2]] > ncl[idxRow[0]]){
1381             AliDebug(2, "Solved ! Remove first candidate.");
1382             nrc = 2;
1383             idxRow[0] = idxRow[1]; zresRow[0] = zresRow[1]; // swap
1384             idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1385           } else {
1386             AliDebug(2, "Solved ! Remove second and third candidate.");
1387             nrc = 1;
1388             idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1389             idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1390           }
1391         } else {
1392           AliDebug(2, "Unsolved !!! Remove second and third candidate.");
1393           nrc = 1;
1394           idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1395           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1396         }
1397       } else { // remove temporary candidate
1398         nrc = 2;
1399         idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;
1400       }
1401     }
1402   }
1403   AliDebug(4, Form("Sorted row candidates:\n"
1404       "  row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f"
1405       , idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1406
1407   // initialize debug streamer
1408   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1409   if((recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming())||
1410      AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>30) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1411   if(pstreamer){
1412     // save config. for calibration
1413     TVectorD vdy[2], vdx[2], vs2[2];
1414     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1415       Int_t ir(idxRow[jr]);
1416       vdx[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vdy[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vs2[jr].ResizeTo(ncl[ir]);
1417       for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1418         vdx[jr](ic) = xres[ir][ic];
1419         vdy[jr](ic) = yres[ir][ic];
1420         vs2[jr](ic) = s2y[ir][ic];
1421       }
1422     }
1423     (*pstreamer) << "AttachClusters4"
1424         << "r0="     << idxRow[0]
1425         << "dz0="    << zresRow[0]
1426         << "dx0="    << &vdx[0]
1427         << "dy0="    << &vdy[0]
1428         << "s20="    << &vs2[0]
1429         << "r1="     << idxRow[1]
1430         << "dz1="    << zresRow[1]
1431         << "dx1="    << &vdx[1]
1432         << "dy1="    << &vdy[1]
1433         << "s21="    << &vs2[1]
1434         << "\n";
1435     vdx[0].Clear(); vdy[0].Clear(); vs2[0].Clear();
1436     vdx[1].Clear(); vdy[1].Clear(); vs2[1].Clear();
1437     if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 4 ||AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>4){    
1438       Int_t idx(idxRow[1]);
1439       if(idx<0){ 
1440         for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){ 
1441           if(clst[ir].GetEntries()>0) continue;
1442           idx = ir;
1443           break;
1444         }
1445       }
1446       (*pstreamer) << "AttachClusters5"
1447           << "c0.="    << &clst[idxRow[0]]
1448           << "c1.="    << &clst[idx]
1449           << "\n";
1450     }
1451   }
1452
1453 //=======================================================================================
1454   // Analyse cluster topology
1455   Double_t f[kNcls],     // likelihood factors for segments
1456            r[2][kNcls],  // d(dydx) of tracklet candidate with respect to track
1457            xm[2][kNcls], // mean <x>
1458            ym[2][kNcls], // mean <y>
1459            sm[2][kNcls], // mean <s_y>
1460            s[2][kNcls],  // sigma_y
1461            p[2][kNcls],  // prob of Gauss
1462            q[2][kNcls];  // charge/segment
1463   memset(f, 0, kNcls*sizeof(Double_t));
1464   Int_t index[2][kNcls], n[2][kNcls];
1465   memset(n, 0, 2*kNcls*sizeof(Int_t));
1466   Int_t mts(0), nts[2] = {0, 0};   // no of tracklet segments in row
1467   AliTRDpadPlane *pp(AliTRDtransform::Geometry().GetPadPlane(fDet));
1468   AliTRDtrackletOflHelper helper;
1469   Int_t lyDet(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet));
1470   for(Int_t jr(0), n0(0); jr<nrc; jr++){
1471     Int_t ir(idxRow[jr]);
1472     // cluster segmentation
1473     Bool_t kInit(kFALSE);
1474     if(jr==0){ 
1475       n0 = helper.Init(pp, &clst[ir]); kInit = kTRUE;
1476       if(!n0 || (helper.ClassifyTopology() == AliTRDtrackletOflHelper::kNormal)){
1477         nts[jr] = 1; memset(index[jr], 0, ncl[ir]*sizeof(Int_t));
1478         n[jr][0] = ncl[ir];
1479       }
1480     }
1481     if(!n[jr][0]){
1482       nts[jr] = AliTRDtrackletOflHelper::Segmentation(ncl[ir], xres[ir], yres[ir], index[jr]);
1483       for(Int_t ic(ncl[ir]);ic--;) n[jr][index[jr][ic]]++;
1484     }
1485     mts += nts[jr];
1486     
1487     // tracklet segment processing
1488     for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1489       if(n[jr][its]<=2) {   // don't touch small segments
1490         xm[jr][its] = 0.;ym[jr][its] = 0.;sm[jr][its] = 0.;
1491         for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1492           if(its != index[jr][ic]) continue;
1493           ym[jr][its] += yres[ir][ic];
1494           xm[jr][its] += xres[ir][ic];
1495           sm[jr][its] += TMath::Sqrt(s2y[ir][ic]);
1496         }
1497         if(n[jr][its]==2){ xm[jr][its] *= 0.5; ym[jr][its] *= 0.5; sm[jr][its] *= 0.5;}
1498         xm[jr][its]= fX0 - xm[jr][its];
1499         r[jr][its] = 0.;
1500         s[jr][its] = 1.e-5;
1501         p[jr][its] = 1.;
1502         q[jr][its] = -1.;
1503         continue;
1504       }
1505       
1506       // for longer tracklet segments
1507       if(!kInit) n0 = helper.Init(pp, &clst[ir], index[jr], its);
1508       Int_t n1 = helper.GetRMS(r[jr][its], ym[jr][its], s[jr][its], fX0/*xm[jr][its]*/);
1509       p[jr][its]  = Double_t(n1)/n0;
1510       sm[jr][its] = helper.GetSyMean();
1511       q[jr][its]  = helper.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1512       xm[jr][its] = fX0;
1513       Double_t dxm= fX0 - xm[jr][its];
1514       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1515       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1516       // correct tracklet fit for tilt
1517       ym[jr][its]+= GetTilt()*(zt - zc[ir]);
1518       r[jr][its] += GetTilt() * fZref[1];
1519       // correct tracklet fit for track position/inclination
1520       ym[jr][its] = yt - ym[jr][its];
1521       r[jr][its]  = (r[jr][its] - fYref[1])/(1+r[jr][its]*fYref[1]);
1522       // report inclination in radians
1523       r[jr][its] = TMath::ATan(r[jr][its]);
1524       if(jr) continue; // calculate only for first row likelihoods
1525         
1526       f[its] = attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n[jr][its], ym[jr][its]/*sRef*/, r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), s[jr][its]/sm[jr][its]);
1527     }
1528   }
1529   AliDebug(4, Form("   Tracklet candidates: row[%2d] = %2d row[%2d] = %2d:", idxRow[0], nts[0], idxRow[1], nts[1]));
1530   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDseedV1")>3){
1531     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1532       Int_t ir(idxRow[jr]);
1533       for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1534         printf("  segId[%2d] row[%2d] Ncl[%2d] x[cm]=%7.2f dz[pu]=%4.2f dy[mm]=%+7.3f r[deg]=%+6.2f p[%%]=%6.2f s[um]=%7.2f\n",
1535             its, ir, n[jr][its], xm[jr][its], zresRow[jr], 1.e1*ym[jr][its], r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), 100.*p[jr][its], 1.e4*s[jr][its]);
1536       }
1537     }
1538   }
1539   if(!pstreamer && 
1540      ( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1541        AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>2 ) 
1542      ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1543   if(pstreamer){
1544     // save config. for calibration
1545     TVectorD vidx, vn, vx, vy, vr, vs, vsm, vp, vf;
1546     vidx.ResizeTo(ncl[idxRow[0]]+(idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]]));
1547     vn.ResizeTo(mts);
1548     vx.ResizeTo(mts);
1549     vy.ResizeTo(mts);
1550     vr.ResizeTo(mts);
1551     vs.ResizeTo(mts);
1552     vsm.ResizeTo(mts);
1553     vp.ResizeTo(mts);
1554     vf.ResizeTo(mts);
1555     for(Int_t jr(0), jts(0), jc(0); jr<nrc; jr++){
1556        Int_t ir(idxRow[jr]);
1557        for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++, jts++){
1558         vn[jts] = n[jr][its];
1559         vx[jts] = xm[jr][its];
1560         vy[jts] = ym[jr][its];
1561         vr[jts] = r[jr][its];
1562         vs[jts] = s[jr][its];
1563         vsm[jts]= sm[jr][its];
1564         vp[jts] = p[jr][its];
1565         vf[jts] = jr?-1.:f[its];
1566       }
1567       for(Int_t ic(0); ic<ncl[ir]; ic++, jc++) vidx[jc] = index[jr][ic];
1568     }
1569     (*pstreamer) << "AttachClusters3"
1570         << "idx="    << &vidx
1571         << "n="      << &vn
1572         << "x="      << &vx
1573         << "y="      << &vy
1574         << "r="      << &vr
1575         << "s="      << &vs
1576         << "sm="     << &vsm
1577         << "p="      << &vp
1578         << "f="      << &vf
1579         << "\n";
1580   }
1581
1582 //=========================================================
1583   // Get seed tracklet segment
1584   Int_t idx2[kNcls]; memset(idx2, 0, kNcls*sizeof(Int_t)); // seeding indexing
1585   if(nts[0]>1) TMath::Sort(nts[0], f, idx2);
1586   Int_t is(idx2[0]); // seed index
1587   Int_t     idxTrklt[kNcls],
1588             kts(0),
1589             nTrklt(n[0][is]);
1590   Double_t  fTrklt(f[is]),
1591             rTrklt(r[0][is]), 
1592             yTrklt(ym[0][is]), 
1593             sTrklt(s[0][is]), 
1594             smTrklt(sm[0][is]), 
1595             xTrklt(xm[0][is]), 
1596             pTrklt(p[0][is]),
1597             qTrklt(q[0][is]);
1598   memset(idxTrklt, 0, kNcls*sizeof(Int_t));
1599   // check seed idx2[0] exit if not found
1600   if(f[is]<1.e-2){
1601     AliDebug(1, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] f[%f]<0.01.", is, idxRow[0], n[0][is], f[is]));
1602     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1603     if(!pstreamer && 
1604        ( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1605          AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>1 ) 
1606        ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1607     if(pstreamer){
1608       UChar_t stat(0);
1609       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1610       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1611       if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1612       SETBIT(stat, 4); // set error bit
1613       TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(1); vidx[0] = is;
1614       (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1615           << "stat="   << stat
1616           << "ev="     << ev
1617           << "chg="    << chgPos
1618           << "det="    << fDet
1619           << "x0="     << fX0
1620           << "y0="     << fYref[0]
1621           << "z0="     << fZref[0]
1622           << "phi="    << phiTrk
1623           << "tht="    << thtTrk
1624           << "pt="     << fPt
1625           << "s2Trk="  << s2yTrk
1626           << "s2Cl="   << s2Mean
1627           << "idx="    << &vidx
1628           << "n="      << nTrklt
1629           << "f="      << fTrklt
1630           << "x="      << xTrklt
1631           << "y="      << yTrklt
1632           << "r="      << rTrklt
1633           << "s="      << sTrklt
1634           << "sm="     << smTrklt
1635           << "p="      << pTrklt
1636           << "q="      << qTrklt
1637           << "\n";
1638     }
1639     return kFALSE;
1640   }
1641   AliDebug(2, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%5.3f] q[%6.2f]", is, idxRow[0], n[0][is], ym[0][is], r[0][is]*TMath::RadToDeg(), s[0][is]/sm[0][is], f[is], q[0][is]));
1642
1643   // save seeding segment in the helper
1644   idxTrklt[kts++] = is;
1645   helper.Init(pp, &clst[idxRow[0]], index[0], is);
1646   AliTRDtrackletOflHelper test; // helper to test segment expantion
1647   Float_t rcLikelihood(0.); SetBit(kRowCross, kFALSE);
1648   Double_t dyRez[kNcls]; Int_t idx3[kNcls];
1649   
1650   //=========================================================
1651   // Define filter parameters from OCDB
1652   Int_t kNSgmDy[2]; attach->GetNsgmDy(kNSgmDy[0], kNSgmDy[1]);
1653   Float_t kLikeMinRelDecrease[2]; attach->GetLikeMinRelDecrease(kLikeMinRelDecrease[0], kLikeMinRelDecrease[1]);
1654   Float_t kRClikeLimit(attach->GetRClikeLimit());
1655
1656   //=========================================================
1657   // Try attaching next segments from first row (if any)
1658   if(nts[0]>1){
1659     Int_t jr(0), ir(idxRow[jr]);
1660     // organize  secondary sgms. in decreasing order of their distance from seed 
1661     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1662     for(Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1663       Int_t its(idx2[jts]);
1664       Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1665       dyRez[its] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][its] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][its]));
1666     }
1667     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1668     for (Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1669       Int_t its(idx3[jts]);
1670       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1671         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1672         continue;
1673       }
1674       
1675       test = helper;
1676       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1677       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1678       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1679       pt = Double_t(n1)/n0;
1680       smt = test.GetSyMean();
1681       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1682       xt  = fX0;
1683       // correct position
1684       Double_t dxm= fX0 - xt;
1685       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1686       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1687       // correct tracklet fit for tilt
1688       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1689       rt += GetTilt() * fZref[1];
1690       // correct tracklet fit for track position/inclination
1691       dyt  = yt - dyt;
1692       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1693       // report inclination in radians
1694       rt = TMath::ATan(rt);
1695         
1696       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1697       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1698       
1699       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1700         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1701       if(kAccept){
1702         idxTrklt[kts++] = its;
1703         nTrklt = n0;
1704         fTrklt = ft;
1705         rTrklt = rt;
1706         yTrklt = dyt;
1707         sTrklt = st;
1708         smTrklt= smt;
1709         xTrklt = xt;
1710         pTrklt = pt;
1711         qTrklt = qt;
1712         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1713       }
1714     }
1715   }
1716   
1717   //=========================================================
1718   // Try attaching next segments from second row (if any)
1719   if(nts[1] && (rcLikelihood = zresRow[0]/zresRow[1]) > kRClikeLimit){
1720     // organize  secondaries in decreasing order of their distance from seed 
1721     Int_t jr(1), ir(idxRow[jr]);
1722     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1723     Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1724     for(Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1725       dyRez[jts] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][jts] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][jts]));
1726     }
1727     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1728     for (Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1729       Int_t its(idx3[jts]);
1730       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1731         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1732         continue;
1733       }
1734       
1735       test = helper;
1736       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1737       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1738       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1739       pt = Double_t(n1)/n0;
1740       smt = test.GetSyMean();
1741       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1742       xt  = fX0;
1743       // correct position
1744       Double_t dxm= fX0 - xt;
1745       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1746       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1747       // correct tracklet fit for tilt
1748       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1749       rt += GetTilt() * fZref[1];
1750       // correct tracklet fit for track position/inclination
1751       dyt  = yt - dyt;
1752       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1753       // report inclination in radians
1754       rt = TMath::ATan(rt);
1755         
1756       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1757       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1758       
1759       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1760         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1761       if(kAccept){
1762         idxTrklt[kts++] = its;
1763         nTrklt = n0;
1764         fTrklt = ft;
1765         rTrklt = rt;
1766         yTrklt = dyt;
1767         sTrklt = st;
1768         smTrklt= smt;
1769         xTrklt = xt;
1770         pTrklt = pt;
1771         qTrklt = qt;
1772         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1773         SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1774       }
1775     }
1776   }
1777   // clear local copy of clusters
1778   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++) clst[ir].Clear();
1779   
1780   if(!pstreamer && 
1781      ((recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1782       AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>1 )
1783      ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1784   if(pstreamer){
1785     UChar_t stat(0);
1786     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1787     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1788     if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1789     TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(kts);
1790     for(Int_t its(0); its<kts; its++) vidx[its] = idxTrklt[its];
1791     (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1792         << "stat="   << stat
1793         << "ev="     << ev
1794         << "chg="    << chgPos
1795         << "det="    << fDet
1796         << "x0="     << fX0
1797         << "y0="     << fYref[0]
1798         << "z0="     << fZref[0]
1799         << "phi="    << phiTrk
1800         << "tht="    << thtTrk
1801         << "pt="     << fPt
1802         << "s2Trk="  << s2yTrk
1803         << "s2Cl="   << s2Mean
1804         << "idx="    << &vidx
1805         << "n="      << nTrklt
1806         << "q="      << qTrklt
1807         << "f="      << fTrklt
1808         << "x="      << xTrklt
1809         << "y="      << yTrklt
1810         << "r="      << rTrklt
1811         << "s="      << sTrklt
1812         << "sm="     << smTrklt
1813         << "p="      << pTrklt
1814         << "\n";
1815   }
1816   
1817   
1818   //=========================================================
1819   // Store clusters
1820   Int_t nselected(0), nc(0);
1821   TObjArray *selected(helper.GetClusters());
1822   if(!selected || !(nselected = selected->GetEntriesFast())){
1823     AliError("Cluster candidates missing !!!");
1824     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1825     return kFALSE;
1826   }
1827   for(Int_t ic(0); ic<nselected; ic++){
1828     if(!(c = (AliTRDcluster*)selected->At(ic))) continue;
1829     Int_t it(c->GetPadTime()),
1830           jr(Int_t(helper.GetRow() != c->GetPadRow())),
1831           idx(it+kNtb*jr);
1832     if(fClusters[idx]){
1833       AliDebug(1, Form("Multiple clusters/tb for D[%03d] Tb[%02d] Row[%2d]", fDet, it, c->GetPadRow()));
1834       continue; // already booked
1835     }
1836     // TODO proper indexing of clusters !!
1837     fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[idxRow[jr]][ic]);
1838     fClusters[idx] = c;
1839     nc++;
1840   }
1841   AliDebug(2, Form("Clusters Found[%2d] Attached[%2d] RC[%c]", nselected, nc, IsRowCross()?'y':'n'));
1842
1843   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1844   if (nc < kClmin){
1845     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", nc, kClmin, ncls));
1846     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1847     return kFALSE;
1848   }
1849   SetN(nc);
1850
1851   // Load calibration parameters for this tracklet  
1852   //Calibrate();
1853
1854   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1855   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1856   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1857     if(!fClusters[it]) continue;
1858     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1859     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1860     irp++;
1861   }  
1862   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1863   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1864   return kTRUE;
1865 }
1866
1867 //____________________________________________________________
1868 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1869 {
1870 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1871 //   The primitive data are
1872 //   - list of clusters
1873 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1874 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1875 //   - track reference position and direction
1876 //   - momentum of the track
1877 //   - time bin length [cm]
1878 // 
1879 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1880 //
1881   fkReconstructor = rec;
1882   AliTRDgeometry g;
1883   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1884
1885   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1886   //fTgl = fZref[1];
1887   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1888   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1889   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1890     if(!(*cit)) return;
1891     n++;
1892     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1893     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1894   }
1895   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1896   Fit();
1897   CookLabels();
1898   GetProbability();
1899 }
1900
1901
1902 //____________________________________________________________________
1903 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1904 {
1905 //
1906 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1907 //
1908 // Parameters :
1909 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1910 //           0 no correction [default]
1911 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1912 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1913 //
1914 // Output :
1915 //  True if successful
1916 //
1917 // Detailed description
1918 //
1919 //            Fit in the xy plane
1920 // 
1921 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1922 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1923 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1924 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1925 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1926 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1927 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1928 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1929 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1930 // inclination is given for TRD by:
1931 // BEGIN_LATEX
1932 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1933 // END_LATEX
1934 //
1935 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1936 // by projection i.e.
1937 // BEGIN_LATEX
1938 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1939 // END_LATEX
1940 // and also by the lorentz angle correction
1941 //
1942 //            Fit in the xz plane
1943 //
1944 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1945 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1946 // fit (see below).
1947 // 
1948 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1949 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1950 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1951 // of the z estimate is given by :
1952 // BEGIN_LATEX
1953 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1954 // END_LATEX
1955 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1956 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1957 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1958 // 
1959 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1960 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1961 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1962 //   - no general model for the qx dependence
1963 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1964 //   - gain calibration dependence
1965 //
1966 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1967 //
1968 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1969 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1970 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1971 // BEGIN_LATEX
1972 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1973 // END_LATEX
1974 // and thus the radial position is:
1975 // BEGIN_LATEX
1976 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1977 // END_LATEX
1978 //
1979 //            Estimation of tracklet position error 
1980 //
1981 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1982 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1983 // BEGIN_LATEX
1984 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1985 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1986 // END_LATEX
1987 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1988 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1989 // BEGIN_LATEX
1990 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1991 // END_LATEX
1992 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1993 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1994 //
1995 // Author 
1996 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1997
1998   if(!fkReconstructor){
1999     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
2000     return kFALSE;
2001   }
2002   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
2003   if(opt>2){
2004     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
2005     opt=0;
2006   }
2007
2008   const Int_t kClmin = 8;
2009   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
2010   // get track direction
2011   Double_t y0   = fYref[0];
2012   Double_t dydx = fYref[1]; 
2013   Double_t z0   = fZref[0];
2014   Double_t dzdx = fZref[1];
2015
2016   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
2017   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
2018
2019   // book cluster information
2020   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
2021
2022   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
2023         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
2024         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate 
2025         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
2026   Int_t n(0);   // clusters used in fit 
2027   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
2028   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
2029
2030   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
2031   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
2032
2033   
2034   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2035     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
2036     if(!(c = (*jc))) continue;
2037     if(!c->IsInChamber()) continue;
2038     // compute pseudo tilt correction
2039     if(kDZDX){ 
2040       fZfit[0] = c->GetZ();
2041       if(rc){
2042         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
2043           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
2044           if(!cc->IsInChamber()) continue;
2045           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
2046           break;
2047         }
2048       }
2049       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
2050       if(rc){
2051         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2052         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
2053       }
2054       kDZDX=kFALSE;
2055     }
2056
2057 //   TODO use this information to adjust cluster error parameterization
2058 //     Float_t w = 1.;
2059 //     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
2060 //     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
2061
2062     // cluster charge
2063     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
2064     // pad row of leading 
2065
2066     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
2067
2068     // Recalculate cluster error based on tracking information
2069     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
2070     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
2071     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
2072
2073     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ? 
2074       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
2075     zc[n]   = c->GetZ();
2076
2077     //optional r-phi correction
2078     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
2079     Float_t correction(0.);
2080     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
2081     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
2082     yc[n]-=correction;
2083     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
2084
2085     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
2086     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
2087     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
2088     n++;
2089   }
2090
2091   // to few clusters
2092   if (n < kClmin){ 
2093     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
2094     SetErrorMsg(kFitCl);
2095     return kFALSE; 
2096   }
2097   // fit XY
2098   if(!fitterY.Eval()){
2099     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
2100     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2101     return kFALSE;
2102   }
2103   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
2104   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
2105   // store covariance
2106   Double_t p[3];
2107   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
2108   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
2109   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
2110   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
2111   // the ref radial position is set at the minimum of 
2112   // the y variance of the tracklet
2113   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
2114   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
2115
2116   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2117   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2118     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
2119     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2120     return kFALSE;
2121   }
2122
2123 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
2124     Float_t xMin = fX0;
2125     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
2126     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
2127     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
2128       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
2129       if(!(c = (*jc))) continue;
2130       if(!c->IsInChamber()) continue;
2131       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
2132       fX = fX0 - c->GetX();
2133     }
2134     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
2135     // Error parameterization
2136     fS2Z     = fdX*fZref[1];
2137     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
2138
2139   // fit QZ
2140   if(opt!=1 && IsRowCross()){
2141     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
2142     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){ 
2143       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
2144       // better knowledge of z position
2145 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
2146 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
2147 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x; 
2148 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0; 
2149 //       redo fit on xy plane
2150     }
2151     // temporary external error parameterization
2152     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
2153     // TODO correct formula
2154     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
2155   } else {
2156     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2157     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
2158   }
2159   return kTRUE;
2160 }
2161
2162
2163 //____________________________________________________________________
2164 Bool_t AliTRDseedV1::FitRobust(AliTRDpadPlane *pp, Bool_t sgn, Int_t chg, Int_t opt)
2165 {
2166 //
2167 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
2168 //   The fit is performed in local chamber coordinates (27.11.2013) to take into account correctly the misalignment
2169 //   Also the pad row cross is checked here and some background is removed
2170 //
2171 // Author 
2172 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
2173
2174   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
2175   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();   
2176   if( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
2177     AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>3 ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2178
2179   // factor to scale y pulls.
2180   // ideally if error parametrization correct this is 1.
2181   //Float_t lyScaler = 1./(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet)+1.);
2182   Float_t kScalePulls = 1.; 
2183   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
2184   if(!calibration){ 
2185     AliWarning("No access to calibration data");
2186   } else {
2187     // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
2188     const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
2189     if(!attach){ 
2190       AliWarning("No usable AttachClusters calib object.");
2191     } else { 
2192       //kScalePulls = attach->GetScaleCov();//*lyScaler;
2193     }
2194     // Retrieve chamber status
2195     SetChmbGood(calibration->IsChamberGood(fDet));
2196     if(!IsChmbGood()) kScalePulls*=10.;
2197   }  
2198   AliTRDCommonParam *cp = AliTRDCommonParam::Instance(); 
2199   Double_t freq(cp?cp->GetSamplingFrequency():10.);
2200       
2201   // evaluate locally z and dzdx from TRD only information
2202   if(EstimatedCrossPoint(pp)<0.) return kFALSE;
2203   
2204   //printf("D%03d RC[%c] dzdx[%f %f] opt[%d]\n", fDet, IsRowCross()?'y':'n', fZref[1], fZfit[1], opt);
2205   Double_t //xchmb = 0.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick(),
2206            //zchmb = 0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd()),
2207            z0(0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd()) + fZfit[0]),  
2208            DZ(pp->GetRow0() - pp->GetRowEnd() - pp->GetAnodeWireOffset() + fZfit[0]),
2209            z, d(-1.);
2210   Double_t xc[kNclusters], yc[kNclusters], dz(0.), dzdx(0.), 
2211            s2dz(0.), s2dzdx(0.), sy[kNclusters],
2212            s2x((8.33e-2/freq/freq+1.56e-2)*fVD*fVD),  // error of 1tb + error of mean time (TRF)
2213            t2(fPad[2]*fPad[2]),
2214            cs(0.);
2215   Int_t n(0),          // clusters used in fit 
2216         row[]={-1, -1},// pad row spanned by the tracklet
2217         col(-1);       // pad column of current cluster
2218   Double_t ycorr(UnbiasY(IsRowCross(), sgn, chg)),
2219            kS2Ycorr(recoParam->GetS2Ycorr(sgn));
2220         
2221   AliTRDcluster *c(NULL), **jc = &fClusters[0];
2222   for(Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
2223     if(!(c = (*jc))) continue;
2224     if(!c->IsInChamber()) continue;
2225     if(row[0]<0){ 
2226       row[0] = c->GetPadRow();
2227       z      = pp->GetRowPos(row[0]) - 0.5*pp->GetRowSize(row[0]);
2228       switch(opt){ 
2229         case 0: // no dz correction (only for RC tracklet) and dzdx from chamber position assuming primary
2230           dzdx  = IsRowCross()?fZfit[1]:0.; 
2231           s2dzdx= IsRowCross()?GetS2DZDX(dzdx):0.;
2232           dz    = IsRowCross()?(z - z0):0.;  
2233           s2dz  = IsRowCross()?fS2Z:0.;
2234           break;
2235         case 1: // dz correction only for RC tracklet and dzdx from reference
2236           dzdx = fZref[1];
2237           dz   = IsRowCross()?(z - z0):0.; 
2238           break;
2239         case 2: // full z correction (z0 & dzdx from reference)
2240           dzdx = fZref[1];
2241           dz   = c->GetZ()-fZref[0]; 
2242           break;
2243         default:
2244           AliError(Form("Wrong option fit %d !", opt));
2245           break;
2246       }    
2247     }
2248     if(col != c->GetPadCol()){
2249       col = c->GetPadCol();
2250       cs  = pp->GetColSize(col);
2251     }
2252     //Use local cluster coordinates - the code should be identical with AliTRDtransform::Transform() !!!
2253     //A.Bercuci 27.11.13
2254     xc[n] = c->GetXloc(fT0, fVD); // c->GetX();
2255     yc[n] = c->GetYloc(pp->GetColPos(col) + .5*cs, fS2PRF, cs) - xc[n]*fExB; //c->GetY();
2256     yc[n]-= fPad[2]*(dz+xc[n]*dzdx);
2257     yc[n]-= ycorr;
2258     if(IsRowCross()){ // estimate closest distance to anode wire
2259       d = DZ-xc[n]*dzdx;
2260       d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
2261       if (d > 0.25) d  = 0.5 - d;
2262     }
2263     // recalculate cluster error from knowledge of the track inclination in the bending plane 
2264     // and eventually distance to anode wire
2265     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], d, fYref[1]);
2266     s2x = c->GetSX(c->GetLocalTimeBin(), d); s2x*=s2x;
2267     sy[n] = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(Double_t(c->GetSigmaY2()), 6.4e-3)):6.4e-3;
2268     sy[n]+= t2*(s2dz+xc[n]*xc[n]*s2dzdx+dzdx*dzdx*s2x);
2269     sy[n] = TMath::Sqrt(sy[n]);
2270     n++;
2271   }
2272   for(Int_t ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2273     if(!(c = (*jc))) continue;
2274     if(!c->IsInChamber()) continue;
2275     if(row[1]<0){ 
2276       row[1] = c->GetPadRow();
2277       z      = pp->GetRowPos(row[1]) - 0.5*pp->GetRowSize(row[1]);
2278       switch(opt){ 
2279         case 0: // no dz correction (only for RC tracklet) and dzdx from chamber position assuming primary
2280           //dzdx = fZfit[1];
2281           dz   = z - z0; 
2282           break;
2283         case 1: // dz correction only for RC tracklet and dzdx from reference
2284           //dzdx = fZref[1];
2285           dz   = z - z0; 
2286           break;
2287         case 2: // full z correction (z0 & dzdx from reference)
2288           //dzdx = fZref[1];
2289           dz   = c->GetZ()-fZref[0]; 
2290           break;
2291         default:
2292           AliError(Form("Wrong option fit %d !", opt));
2293           break;
2294       }    
2295     }  
2296     if(col != c->GetPadCol()){
2297       col = c->GetPadCol();
2298       cs  = pp->GetColSize(col);
2299     }
2300     //Use local cluster coordinates - the code should be identical with AliTRDtransform::Transform() !!!
2301     //A.Bercuci 27.11.13
2302     xc[n] = c->GetXloc(fT0, fVD); // c->GetX();
2303     yc[n] = c->GetYloc(pp->GetColPos(col) + .5*cs, fS2PRF, cs) - xc[n]*fExB ;
2304     yc[n]-= fPad[2]*(dz+xc[n]*dzdx);
2305     yc[n]-= ycorr;
2306
2307     d = DZ-xc[n]*dzdx;
2308     d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
2309     if (d > 0.25) d  = 0.5 - d;
2310     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], d, fYref[1]);
2311     s2x = c->GetSX(c->GetLocalTimeBin(), d); s2x*=s2x;
2312     sy[n] = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(Double_t(c->GetSigmaY2()), 6.4e-3)):6.4e-3;
2313     sy[n]+= t2*(s2dz+xc[n]*xc[n]*s2dzdx+dzdx*dzdx*s2x);
2314     sy[n] = TMath::Sqrt(sy[n]);
2315     n++;
2316   }
2317
2318   UChar_t status(0);
2319   // the ref radial position is set close to the minimum of 
2320   // the y variance of the tracklet
2321   fX   = 0.;//set reference to anode wire
2322   Double_t par[3] = {0.,0.,fX}, cov[3];
2323   if(!AliTRDtrackletOflHelper::Fit(n, xc, yc, sy, par, 1.5, cov)){ 
2324     AliDebug(1, Form("Tracklet fit failed D[%03d].", fDet));
2325     SetErrorMsg(kFitCl);
2326     return kFALSE; 
2327   }
2328   fYfit[0] = par[0] - fX * par[1];
2329   fYfit[1] = -par[1];
2330   //printf(" yfit: %f [%f] x[%e] dydx[%f]\n", fYfit[0], par[0], fX, par[1]);
2331   // store covariance
2332   fCov[0] = kS2Ycorr*cov[0]; // variance of y0
2333   fCov[1] = kScalePulls*cov[2]; // covariance of y0, dydx
2334   fCov[2] = kScalePulls*cov[1]; // variance of dydx
2335   // check radial position
2336   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2337   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2338     AliDebug(1, Form("Ref radial position x[%5.2f] ouside D[%3d].", fX, fDet));
2339     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2340     return kFALSE;
2341   }
2342   if(!IsRowCross()){ 
2343     Double_t padEffLength(fPad[0] - TMath::Abs(dzdx));
2344     fS2Z = padEffLength*padEffLength/12.;
2345   }
2346   AliDebug(2, Form("[I]  x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg()));
2347   
2348   if(pstreamer){
2349     Float_t x= fX0 -fX,
2350             y = GetY(),
2351             yt = fYref[0]-fX*fYref[1];
2352     SETBIT(status, 2);
2353     TVectorD vcov(3); vcov[0]=cov[0];vcov[1]=cov[1];vcov[2]=cov[2];
2354     Double_t sm(0.), chi2(0.), tmp, dy[kNclusters];
2355     for(Int_t ic(0); ic<n; ic++){
2356       sm   += sy[ic];
2357       dy[ic] = yc[ic]-(fYfit[0]+(xc[ic]-fX0)*fYfit[1]); tmp = dy[ic]/sy[ic];
2358       chi2 += tmp*tmp;
2359     }
2360     sm /= n; chi2 = TMath::Sqrt(chi2);
2361     Double_t m(0.), s(0.);
2362     AliMathBase::EvaluateUni(n, dy, m, s, 0);
2363     (*pstreamer) << "FitRobust4"
2364       << "stat=" << status
2365       << "opt="  << opt
2366       << "ncl="  << n
2367       << "det="  << fDet
2368       << "x0="   << fX0
2369       << "y0="   << fYfit[0]
2370       << "x="    << x
2371       << "y="    << y
2372       << "dydx=" << fYfit[1]
2373       << "pt="   << fPt
2374       << "yt="   << yt
2375       << "dydxt="<< fYref[1]
2376       << "cov="  << &vcov
2377       << "chi2=" << chi2
2378       << "sm="   << sm
2379       << "ss="   << s
2380       << "\n";
2381   }
2382   return kTRUE;
2383 }
2384
2385 //___________________________________________________________________
2386 void AliTRDseedV1::SetXYZ(TGeoHMatrix *mDet)
2387 {
2388 // Apply alignment to the local position of tracklet
2389 // A.Bercuci @ 27.11.2013
2390
2391   Double_t loc[] = {AliTRDgeometry::AnodePos(), GetLocalY(), fZfit[0]}, trk[3]={0.};
2392   mDet->LocalToMaster(loc, trk);
2393   fX0 = trk[0];
2394   fY  = trk[1];
2395   fZ  = trk[2];
2396   return;
2397 //   if(!IsRowCross()){/*fZfit[1] *= 1.09;*/ return;}
2398 //   // recalculate local z coordinate assuming primary track for row cross tracklets
2399 //   Double_t zoff(fZ-fZfit[0]); // no alignment aware !
2400 //   //printf("SetXYZ : zoff[%f] zpp[%f]\n", zoff, zpp);
2401 //   fZfit[0] = fX0*fZfit[1] - zoff; 
2402 //   // recalculate tracking coordinates based on the new z coordinate
2403 //   loc[2] = fZfit[0];
2404 //   mDet->LocalToMaster(loc, trk);
2405 //   fX0 = trk[0];
2406 //   fY  = trk[1];
2407 //   fZ  = trk[2];//-zcorr[stk];
2408   //fZfit[1] = /*(IsRowCross()?1.05:1.09)**/fZ/(fX0-fS2Y);
2409 }
2410
2411
2412 //___________________________________________________________________
2413 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
2414 {
2415   //
2416   // Printing the seedstatus
2417   //
2418
2419   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
2420   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
2421   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
2422   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
2423
2424   Double_t cov[3], x=GetX();
2425   GetCovAt(x, cov);
2426   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
2427   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
2428   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]));
2429   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
2430   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
2431   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
2432   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
2433
2434   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
2435
2436   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
2437   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
2438     if(!(*jc)) continue;
2439     (*jc)->Print(o);
2440   }
2441 }
2442
2443
2444 //___________________________________________________________________
2445 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
2446 {
2447   // Checks if current instance of the class has the same essential members
2448   // as the given one
2449
2450   if(!o) return kFALSE;
2451   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
2452   if(!inTracklet) return kFALSE;
2453
2454   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
2455     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
2456     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
2457   }
2458   
2459   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
2460   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
2461   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
2462   
2463   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
2464 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
2465 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
2466 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
2467     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
2468   }
2469 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
2470
2471   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
2472     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
2473     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
2474     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
2475   }
2476   
2477 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
2478   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
2479   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
2480   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
2481   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
2482   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
2483    
2484   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
2485   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
2486   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
2487   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
2488
2489   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
2490   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
2491   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
2492   
2493   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
2494     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
2495     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
2496     if (curCluster && inCluster){
2497       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
2498         curCluster->Print();
2499         inCluster->Print();
2500         return kFALSE;
2501       }
2502     } else {
2503       // if one cluster exists, and corresponding 
2504       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
2505       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
2506     }
2507   }
2508   return kTRUE;
2509 }
2510