TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TLinearFitter.h"
  40 #include "TClonesArray.h" // tmp
  41 #include <TTreeStream.h>
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliMathBase.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46 #include "AliTracker.h"
  47
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDcluster.h"
  50 #include "AliTRDseedV1.h"
  51 #include "AliTRDtrackV1.h"
  52 #include "AliTRDcalibDB.h"
  53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  56 #include "AliTRDrecoParam.h"
  57 #include "AliTRDCommonParam.h"
  58
  59 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  60 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  61 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  62
  63 ClassImp(AliTRDseedV1)
  64
  65 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterY = NULL;
  66 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterZ = NULL;
  67
  68 //____________________________________________________________________
  69 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  70   :AliTRDtrackletBase()
  71   ,fkReconstructor(NULL)
  72   ,fClusterIter(NULL)
  73   ,fExB(0.)
  74   ,fVD(0.)
  75   ,fT0(0.)
  76   ,fS2PRF(0.)
  77   ,fDiffL(0.)
  78   ,fDiffT(0.)
  79   ,fClusterIdx(0)
  80   ,fN(0)
  81   ,fDet(det)
  82   ,fPt(0.)
  83   ,fdX(0.)
  84   ,fX0(0.)
  85   ,fX(0.)
  86   ,fY(0.)
  87   ,fZ(0.)
  88   ,fS2Y(0.)
  89   ,fS2Z(0.)
  90   ,fC(0.)
  91   ,fChi2(0.)
  92 {
  93   //
  94   // Constructor
  95   //
  96   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  97   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
  98   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
  99   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 100   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 101   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 102   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 103   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 104   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 105   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 106   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 107   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 108   // covariance matrix [diagonal]
 109   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 110   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 111   SetStandAlone(kFALSE);
 112 }
 113
 114 //____________________________________________________________________
 115 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 116   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 117   ,fkReconstructor(NULL)
 118   ,fClusterIter(NULL)
 119   ,fExB(0.)
 120   ,fVD(0.)
 121   ,fT0(0.)
 122   ,fS2PRF(0.)
 123   ,fDiffL(0.)
 124   ,fDiffT(0.)
 125   ,fClusterIdx(0)
 126   ,fN(0)
 127   ,fDet(-1)
 128   ,fPt(0.)
 129   ,fdX(0.)
 130   ,fX0(0.)
 131   ,fX(0.)
 132   ,fY(0.)
 133   ,fZ(0.)
 134   ,fS2Y(0.)
 135   ,fS2Z(0.)
 136   ,fC(0.)
 137   ,fChi2(0.)
 138 {
 139   //
 140   // Copy Constructor performing a deep copy
 141   //
 142   if(this != &ref){
 143     ref.Copy(*this);
 144   }
 145   SetBit(kOwner, kFALSE);
 146   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 147 }
 148
 149
 150 //____________________________________________________________________
 151 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 152 {
 153   //
 154   // Assignment Operator using the copy function
 155   //
 156
 157   if(this != &ref){
 158     ref.Copy(*this);
 159   }
 160   SetBit(kOwner, kFALSE);
 161
 162   return *this;
 163 }
 164
 165 //____________________________________________________________________
 166 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 167 {
 168   //
 169   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 170   //
 171
 172   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 173
 174   if(IsOwner()) {
 175     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 176       if(!fClusters[itb]) continue;
 177       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 178       delete fClusters[itb];
 179       fClusters[itb] = NULL;
 180     }
 181   }
 182 }
 183
 184 //____________________________________________________________________
 185 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 186 {
 187   //
 188   // Copy function
 189   //
 190
 191   //AliInfo("");
 192   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 193
 194   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 195   target.fClusterIter   = NULL;
 196   target.fExB           = fExB;
 197   target.fVD            = fVD;
 198   target.fT0            = fT0;
 199   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 200   target.fDiffL         = fDiffL;
 201   target.fDiffT         = fDiffT;
 202   target.fClusterIdx    = 0;
 203   target.fN             = fN;
 204   target.fDet           = fDet;
 205   target.fPt            = fPt;
 206   target.fdX            = fdX;
 207   target.fX0            = fX0;
 208   target.fX             = fX;
 209   target.fY             = fY;
 210   target.fZ             = fZ;
 211   target.fS2Y           = fS2Y;
 212   target.fS2Z           = fS2Z;
 213   target.fC             = fC;
 214   target.fChi2          = fChi2;
 215
 216   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 217   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 218   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
 219   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 220   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 221   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 222   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 223   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 224   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 225   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 226   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 227   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 228
 229   TObject::Copy(ref);
 230 }
 231
 232
 233 //____________________________________________________________
 234 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 235 {
 236 // Initialize this tracklet using the track information
 237 //
 238 // Parameters:
 239 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 240 //
 241 // Detailed description
 242 // The function sets the starting point and direction of the
 243 // tracklet according to the information from the TRD track.
 244 //
 245 // Caution
 246 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 247 // chamber where the tracklet will be constructed
 248 //
 249
 250   Double_t y, z;
 251   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 252   Update(track);
 253   return kTRUE;
 254 }
 255
 256
 257 //_____________________________________________________________________________
 258 void AliTRDseedV1::Reset()
 259 {
 260   //
 261   // Reset seed
 262   //
 263   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 264   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 265   fClusterIdx=0;
 266   fN=0;
 267   fDet=-1;
 268   fPt=0.;
 269   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 270   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 271   fC=0.; fChi2 = 0.;
 272
 273   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 274   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 275   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 276   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 277   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 278   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 279   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 280   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 281   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 282   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 283   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 284   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 285   // covariance matrix [diagonal]
 286   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 287   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 288 }
 289
 290 //____________________________________________________________________
 291 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 292 {
 293   // update tracklet reference position from the TRD track
 294
 295   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 296   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 297   fPt = trk->Pt();
 298   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp);
 299   fYref[1] = fSnp*norm;
 300   fZref[1] = fTgl*norm;
 301   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 302
 303   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 304   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 305   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 306 }
 307
 308 //_____________________________________________________________________________
 309 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 310 {
 311   //
 312   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 313   //
 314
 315   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 316   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 317     if (!fClusters[i]) continue;
 318     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 319       nused++;
 320     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 321       if(IsStandAlone()) nused++;
 322       else nshared++;
 323     }
 324   }
 325   SetNUsed(nused);
 326   SetNShared(nshared);
 327 }
 328
 329 //_____________________________________________________________________________
 330 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 331 {
 332   //
 333   // Use clusters
 334   //
 335   // In stand alone mode:
 336   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 337   // removed from the tracklet
 338   //
 339   // In barrel mode:
 340   // - Clusters which are used by another track become shared
 341   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 342   //
 343   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 344   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 345     if(!(*c)) continue;
 346     if(IsStandAlone()){
 347       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 348         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 349         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 350         (*c) = NULL;
 351         fIndexes[ic] = -1;
 352         SetN(GetN()-1);
 353         continue;
 354       }
 355     } else {
 356       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 357         (*c)->SetShared();
 358         continue;
 359       }
 360     }
 361     (*c)->Use();
 362   }
 363 }
 364
 365
 366
 367 //____________________________________________________________________
 368 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 369 {
 370 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 371 //
 372 // Parameters:
 373 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 374 // Output:
 375 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 376 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 377 //
 378 // Detailed description
 379 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 380 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 381 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 382 //
 383 // The following effects are included in the calculation:
 384 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 385 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 386 // 3. cluster size
 387 //
 388
 389   Int_t nclusters[kNslices];
 390   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
 391   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 392
 393   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 394
 395   AliTRDcluster *c = NULL;
 396   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 397     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 398     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 399
 400     // Filter clusters for dE/dx calculation
 401
 402     // 1.consider calibration effects for slice determination
 403     Int_t slice;
 404     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 405       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 406     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 407
 408
 409     // 2. take sharing into account
 410     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 411
 412     // 3. take into account large clusters TODO
 413     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 414
 415     //CHECK !!!
 416     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 417     nclusters[slice]++;
 418   } // End of loop over clusters
 419
 420   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
 421   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
 422   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
 423     for(int is=0; is<nslices; is++){
 424       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
 425     }
 426   }
 427 }
 428
 429 //_____________________________________________________________________________
 430 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 431 {
 432   //
 433   // Cook 2 labels for seed
 434   //
 435
 436   Int_t labels[200];
 437   Int_t out[200];
 438   Int_t nlab = 0;
 439   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 440     if (!fClusters[i]) continue;
 441     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 442       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 443         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 444         nlab++;
 445       }
 446     }
 447   }
 448
 449   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 450   fLabels[0] = out[0];
 451   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 452 }
 453
 454
 455 //____________________________________________________________________
 456 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 457 {
 458 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 459 // the charge per unit length can be written as:
 460 // BEGIN_LATEX
 461 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 462 // END_LATEX
 463 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 464 // of the time bin.
 465 // The following correction are applied :
 466 //   - charge : pad row cross corrections
 467 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 468 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 469 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 470 //
 471 //Begin_Html
 472 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 473 //End_Html
 474 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 475 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 476 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 477 //
 478   Float_t dq = 0.;
 479   // check whether both clusters are inside the chamber
 480   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 481   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 482     hasClusterInChamber = kTRUE;
 483     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 484   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 485     hasClusterInChamber = kTRUE;
 486     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 487   }
 488   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 489   if(dq<1.e-3) return 0.;
 490
 491   Double_t dx = fdX;
 492   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 493     Float_t x2(0.), x1(0.);
 494     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 495     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 496     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 497     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 498     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 499     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 500     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 501     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 502     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 503     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 504
 505     dx = .5*(x2 - x1);
 506   }
 507   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 508   if(dl) (*dl) = dx;
 509   return dq/dx;
 510 }
 511
 512 //____________________________________________________________
 513 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 514 {
 515 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 516 // BEGIN_LATEX
 517 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 518 // END_LATEX
 519 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 520 // The estimated variance of the momentum is given by:
 521 // BEGIN_LATEX
 522 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 523 // END_LATEX
 524 // which can be simplified to
 525 // BEGIN_LATEX
 526 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 527 // END_LATEX
 528 //
 529
 530   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 531   Double_t p2 = p*p;
 532   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 533   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 534   if(err){
 535     Double_t s2 =
 536       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 537      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 538      +p2*pt2*fRefCov[6];
 539     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 540   }
 541   return p;
 542 }
 543
 544
 545 //____________________________________________________________________
 546 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 547 {
 548   if(!force) return &fProb[0];
 549   if(!CookPID()) return NULL;
 550   return &fProb[0];
 551 }
 552
 553 //____________________________________________________________
 554 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 555 {
 556 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 557 //
 558 // Parameters
 559 //
 560 // Output
 561 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 562 //
 563 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 564 // - estimated momentum at tracklet reference point
 565 // - dE/dx measurements
 566 // - tracklet length
 567 // - TRD layer
 568 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 569 // - Neural Network [default] - option "nn"
 570 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 571
 572   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 573   if (!calibration) {
 574     AliError("No access to calibration data");
 575     return kFALSE;
 576   }
 577
 578   if (!fkReconstructor) {
 579     AliError("Reconstructor not set.");
 580     return kFALSE;
 581   }
 582
 583   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 584   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 585   if (!pd) {
 586     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 587     return kFALSE;
 588   }
 589   //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
 590
 591   // calculate tracklet length TO DO
 592   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 593   /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
 594
 595   //calculate dE/dx
 596   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
 597
 598   // Sets the a priori probabilities
 599   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 600     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
 601
 602   return kTRUE;
 603 }
 604
 605 //____________________________________________________________________
 606 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 607 {
 608   //
 609   // Returns a quality measurement of the current seed
 610   //
 611
 612   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 613   return
 614       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 615     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 616     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 617     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 618 }
 619
 620 //____________________________________________________________________
 621 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 622 {
 623 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 624 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 625 //   cov[0] = Var(y)
 626 //   cov[1] = Cov(yz)
 627 //   cov[2] = Var(z)
 628 //
 629 // Details
 630 //
 631 // For the linear transformation
 632 // BEGIN_LATEX
 633 // Y = T_{x} X^{T}
 634 // END_LATEX
 635 //   The error propagation has the general form
 636 // BEGIN_LATEX
 637 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 638 // END_LATEX
 639 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 640 // at point x we consider:
 641 // BEGIN_LATEX
 642 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 643 // END_LATEX
 644 // and secondly to take into account the tilt angle
 645 // BEGIN_LATEX
 646 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 647 // END_LATEX
 648 //
 649 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 650 // BEGIN_LATEX
 651 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 652 // END_LATEX
 653 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 654 // BEGIN_LATEX
 655 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 656 // END_LATEX
 657 //
 658 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 659 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 660 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 661 //
 662 // Author :
 663 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 664 // Date : Jan 8th 2009
 665 //
 666
 667
 668   Double_t xr     = fX0-x;
 669   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 670   Double_t sz2    = fS2Z;
 671   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 672
 673   // insert systematic uncertainties
 674   if(fkReconstructor){
 675     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 676     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 677     sy2 += sys[0];
 678     sz2 += sys[1];
 679   }
 680   // rotate covariance matrix
 681   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 682   Double_t correction = 1./(1. + t2);
 683   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 684   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 685   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 686
 687   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
 688 }
 689
 690 //____________________________________________________________
 691 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 692 {
 693 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 694 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 695 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 696 //
 697 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 698 // the following relation is used:
 699 // BEGIN_LATEX
 700 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 701 // END_LATEX
 702 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 703 // In case C is symmetric the followings are true:
 704 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 705 //   - V = V^{-1}
 706 //
 707 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 708 // Date   Mar 19 2009
 709
 710   Double_t l[2], // eigenvalues
 711            v[3]; // eigenvectors
 712   // the secular equation and its solution :
 713   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 714   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 715   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 716   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 717           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 718   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
 719   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 720   l[0] = .5*(tr + dd);
 721   l[1] = .5*(tr - dd);
 722   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
 723
 724   // the sym V matrix
 725   // | v00   v10|
 726   // | v10   v11|
 727   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
 728   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
 729   v[1] = tmp*v[0];
 730   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
 731   // the VD^{1/2}V is:
 732   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 733   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 734   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 735   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 736
 737   return 1.;
 738 }
 739
 740 //____________________________________________________________
 741 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 742 {
 743 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 744 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 745 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 746 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 747 //
 748 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 749 // Date   Mar 19 2009
 750
 751   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 752   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 753   Double_t invDet = 1./det;
 754   d[0] = c[2]*invDet;
 755   d[1] =-c[1]*invDet;
 756   d[2] = c[0]*invDet;
 757   return det;
 758 }
 759
 760 //____________________________________________________________________
 761 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 762 {
 763   Int_t ic=0;
 764   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
 765   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
 766 }
 767
 768 //____________________________________________________________________
 769 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterY()
 770 {
 771   if(!fgFitterY) fgFitterY = new TLinearFitter(1, "pol1");
 772   fgFitterY->ClearPoints();
 773   return fgFitterY;
 774 }
 775
 776 //____________________________________________________________________
 777 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterZ()
 778 {
 779   if(!fgFitterZ) fgFitterZ = new TLinearFitter(1, "pol1");
 780   fgFitterZ->ClearPoints();
 781   return fgFitterZ;
 782 }
 783
 784 //____________________________________________________________________
 785 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 786 {
 787 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 788 // The following information are used
 789 //  - detector index
 790 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 791 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 792 //
 793 // The following information is cached in the tracklet
 794 //   t0 (trigger delay)
 795 //   drift velocity
 796 //   PRF width
 797 //   omega*tau = tg(a_L)
 798 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 799 //
 800 // Author :
 801 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 802 // Date : Jan 8th 2009
 803 //
 804
 805   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 806   if(cdb->GetRun() < 0){
 807     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 808     return;
 809   }
 810
 811   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 812   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 813                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 814   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 815   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 816
 817   Int_t col = 70, row = 7;
 818   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 819   if(GetN()){
 820     Int_t ic = 0;
 821     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 822     if(*c){
 823       col = (*c)->GetPadCol();
 824       row = (*c)->GetPadRow();
 825     }
 826   }
 827
 828   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 829   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 830   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 831   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 832   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 833   fDiffT, fVD);
 834   SetBit(kCalib, kTRUE);
 835 }
 836
 837 //____________________________________________________________________
 838 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 839 {
 840   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 841
 842   if(TestBit(kOwner)) return;
 843   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 844     if(!fClusters[ic]) continue;
 845     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 846   }
 847   SetBit(kOwner);
 848 }
 849
 850 //____________________________________________________________
 851 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
 852 {
 853 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 854   if(!p) return;
 855   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
 856   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
 857   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
 858 }
 859
 860
 861 //____________________________________________________________________
 862 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
 863 {
 864 //
 865 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 866 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 867 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 868 // 3. purge clusters
 869 // 4. truncated mean on z direction
 870 // 5. purge clusters
 871 //
 872 // Parameters
 873 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 874 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 875 // Output
 876 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 877 //      -
 878 // Detailed description
 879 //
 880 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
 881 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
 882 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
 883 // BEGIN_LATEX
 884 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
 885 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
 886 // END_LATEX
 887 //
 888 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 889 // Debug  : level >3
 890
 891   Bool_t kPRINT = kFALSE;
 892   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
 893     AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
 894     return kFALSE;
 895   }
 896   // Initialize reco params for this tracklet
 897   // 1. first time bin in the drift region
 898   Int_t t0 = 14;
 899   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
 900
 901   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov);
 902   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
 903            s2yCl = 0.,
 904            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
 905            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
 906            t2    = GetTilt()*GetTilt();
 907   //define roads
 908   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
 909            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
 910   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
 911   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
 912   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
 913   if(fkReconstructor->IsHLT())cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
 914   Calibrate();
 915
 916   if(kPRINT) printf("AttachClusters() sy[%f] road[%f]\n", syRef, kroady);
 917
 918   // working variables
 919   const Int_t kNrows = 16;
 920   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
 921   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
 922   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
 923   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
 924   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
 925   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
 926   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
 927   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
 928
 929   // Do cluster projection
 930   AliTRDcluster *c = NULL;
 931   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
 932   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
 933   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
 934     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
 935     if(!Int_t(*layer)) continue;
 936     // get track projection at layers position
 937     dx   = fX0 - layer->GetX();
 938     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
 939     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
 940     // get standard cluster error corrected for tilt
 941     cp.SetLocalTimeBin(it);
 942     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
 943     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
 944     // get estimated road
 945     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
 946
 947     if(kPRINT) printf("  %2d dx[%f] yt[%f] zt[%f] sT[um]=%6.2f sy[um]=%6.2f syTilt[um]=%6.2f yRoad[mm]=%f\n", it, dx, yt, zt, 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady);
 948
 949     // select clusters
 950     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
 951     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
 952     Int_t n=0, idx[6];
 953     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
 954     for(Int_t ic = n; ic--;){
 955       c  = (*layer)[idx[ic]];
 956       dy = yt - c->GetY();
 957       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
 958       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
 959 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){
 960         printf("too large !!!\n");
 961         continue;
 962       }*/
 963       Int_t r = c->GetPadRow();
 964       if(kPRINT) printf("\t\t%d dy[%f] yc[%f] r[%d]\n", ic, TMath::Abs(dy), c->GetY(), r);
 965       clst[r][ncl[r]] = c;
 966       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
 967       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
 968       yres[r][ncl[r]] = dy;
 969       ncl[r]++; ncls++;
 970
 971       if(ncl[r] >= kNcls) {
 972         AliWarning(Form("Cluster candidates reached buffer limit %d. Some may be lost.", kNcls));
 973         kBUFFER = kTRUE;
 974         break;
 975       }
 976     }
 977     if(kBUFFER) break;
 978   }
 979   if(kPRINT) printf("Found %d clusters\n", ncls);
 980   if(ncls<kClmin) return kFALSE;
 981
 982   // analyze each row individualy
 983   Double_t mean, syDis;
 984   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, nr = 0, lr=-1;
 985   for(Int_t ir=kNrows; ir--;){
 986     if(!(ncl[ir])) continue;
 987     if(lr>0 && lr-ir != 1){
 988       if(kPRINT) printf("W - gap in rows attached !!\n");
 989     }
 990     if(kPRINT) printf("\tir[%d] lr[%d] n[%d]\n", ir, lr, ncl[ir]);
 991     // Evaluate truncated mean on the y direction
 992     if(ncl[ir] > 3) AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean, syDis, Int_t(ncl[ir]*.8));
 993     else {
 994       mean = 0.; syDis = 0.;
 995       continue;
 996     }
 997
 998     if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
 999       TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1000       TVectorD vdy(ncl[ir], yres[ir]);
1001       UChar_t stat(0);
1002       if(IsKink()) SETBIT(stat, 0);
1003       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 1);
1004       cstreamer << "AttachClusters"
1005           << "stat="   << stat
1006           << "det="    << fDet
1007           << "pt="     << fPt
1008           << "s2y="    << s2yTrk
1009           << "dy="     << &vdy
1010           << "m="      << mean
1011           << "s="      << syDis
1012           << "\n";
1013     }
1014
1015     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1016     if(kPRINT) printf("\tr[%2d] m[%f %5.3fsigma] s[%f]\n", ir, mean, TMath::Abs(mean/syDis), syDis);
1017     // select clusters on a 3 sigmaDistr level
1018     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1019     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1020       if(yres[ir][ic] - mean > 3. * syDis){
1021         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1022       }
1023       nrow[nr]++; kFOUND = kTRUE;
1024     }
1025     // exit loop
1026     if(kFOUND) nr++;
1027     lr = ir; if(nr>=3) break;
1028   }
1029   if(kPRINT) printf("lr[%d] nr[%d] nrow[0]=%d nrow[1]=%d nrow[2]=%d\n", lr, nr, nrow[0], nrow[1], nrow[2]);
1030
1031   // classify cluster rows
1032   Int_t row = -1;
1033   switch(nr){
1034   case 1:
1035     row = lr;
1036     break;
1037   case 2:
1038     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1039     if(nrow[0] > nrow[1]){ row = lr+1; lr = -1;}
1040     else{
1041       row = lr; lr = 1;
1042       nrow[2] = nrow[1];
1043       nrow[1] = nrow[0];
1044       nrow[0] = nrow[2];
1045     }
1046     break;
1047   case 3:
1048     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1049     break;
1050   }
1051   if(kPRINT) printf("\trow[%d] n[%d]\n\n", row, nrow[0]);
1052   if(row<0) return kFALSE;
1053
1054   // Select and store clusters
1055   // We should consider here :
1056   //  1. How far is the chamber boundary
1057   //  2. How big is the mean
1058   Int_t n = 0;
1059   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1060     Int_t jr = row + ir*lr;
1061     if(kPRINT) printf("\tattach %d clusters for row %d\n", ncl[jr], jr);
1062     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1063       if(!blst[jr][ic])continue;
1064       c = clst[jr][ic];
1065       Int_t it = c->GetPadTime();
1066       // TODO proper indexing of clusters !!
1067       fIndexes[it+kNtb*ir]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1068       fClusters[it+kNtb*ir] = c;
1069
1070       //printf("\tid[%2d] it[%d] idx[%d]\n", ic, it, fIndexes[it]);
1071
1072       n++;
1073     }
1074   }
1075
1076   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1077   if (n < kClmin){
1078     //AliWarning(Form("Not enough clusters to fit the tracklet %d [%d].", n, kClmin));
1079     return kFALSE;
1080   }
1081   SetN(n);
1082
1083   // Load calibration parameters for this tracklet
1084   Calibrate();
1085
1086   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1087   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1088   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1089     if(!fClusters[it]) continue;
1090     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1091     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1092     irp++;
1093   }
1094   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1095   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1096   return kTRUE;
1097 }
1098
1099 //____________________________________________________________
1100 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1101 {
1102 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1103 //   The primitive data are
1104 //   - list of clusters
1105 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1106 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1107 //   - track reference position and direction
1108 //   - momentum of the track
1109 //   - time bin length [cm]
1110 //
1111 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1112 //
1113   fkReconstructor = rec;
1114   AliTRDgeometry g;
1115   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1116   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1117   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1118   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1119   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1120   //fTgl = fZref[1];
1121   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1122   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1123   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1124     if(!(*cit)) return;
1125     n++;
1126     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1127     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1128   }
1129   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1130   Fit();
1131   CookLabels();
1132   GetProbability();
1133 }
1134
1135
1136 //____________________________________________________________________
1137 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1138 {
1139 //
1140 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1141 //
1142 // Parameters :
1143 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on
1144 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1145 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity
1146 //            and a finner error parameterization estimation [default false]
1147 // Output :
1148 //  True if successful
1149 //
1150 // Detailed description
1151 //
1152 //            Fit in the xy plane
1153 //
1154 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1155 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1156 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1157 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1158 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1159 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1160 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1161 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1162 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1163 // inclination is given for TRD by:
1164 // BEGIN_LATEX
1165 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1166 // END_LATEX
1167 //
1168 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1169 // by projection i.e.
1170 // BEGIN_LATEX
1171 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1172 // END_LATEX
1173 // and also by the lorentz angle correction
1174 //
1175 //            Fit in the xz plane
1176 //
1177 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1178 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1179 // fit (see below).
1180 //
1181 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1182 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1183 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1184 // of the z estimate is given by :
1185 // BEGIN_LATEX
1186 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1187 // END_LATEX
1188 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1189 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1190 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1191 //
1192 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1193 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1194 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1195 //   - no general model for the qx dependence
1196 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1197 //   - gain calibration dependence
1198 //
1199 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1200 //
1201 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1202 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1203 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1204 // BEGIN_LATEX
1205 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1206 // END_LATEX
1207 // and thus the radial position is:
1208 // BEGIN_LATEX
1209 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1210 // END_LATEX
1211 //
1212 //            Estimation of tracklet position error
1213 //
1214 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1215 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1216 // BEGIN_LATEX
1217 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1218 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1219 // END_LATEX
1220 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1221 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1222 // BEGIN_LATEX
1223 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1224 // END_LATEX
1225 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1226 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1227 //
1228 // Author
1229 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1230
1231   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1232
1233   const Int_t kClmin = 8;
1234
1235   // get track direction
1236   Double_t y0   = fYref[0];
1237   Double_t dydx = fYref[1];
1238   Double_t z0   = fZref[0];
1239   Double_t dzdx = fZref[1];
1240   Double_t yt, zt;
1241
1242   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1243   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1244
1245   // book cluster information
1246   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1247
1248   Int_t n = 0;
1249   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1250   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1251     xc[ic]  = -1.;
1252     yc[ic]  = 999.;
1253     zc[ic]  = 999.;
1254     sy[ic]  = 0.;
1255     if(!(c = (*jc))) continue;
1256     if(!c->IsInChamber()) continue;
1257
1258     Float_t w = 1.;
1259     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1260     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1261
1262     // cluster charge
1263     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1264     // pad row of leading
1265
1266     // Radial cluster position
1267     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1268     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1269     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1270
1271     // extrapolated track to cluster position
1272     yt = y0 - xc[n]*dydx;
1273     zt = z0 - xc[n]*dzdx;
1274
1275     // Recalculate cluster error based on tracking information
1276     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1277     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1278
1279     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ?
1280       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1281     zc[n]   = c->GetZ();
1282     //optional tilt correction
1283     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt));
1284
1285     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1286     if(IsRowCross())fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1287     n++;
1288   }
1289
1290   // to few clusters
1291   if (n < kClmin) return kFALSE;
1292
1293   // fit XY
1294   fitterY.Eval();
1295   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1296   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1297   // store covariance
1298   Double_t p[3];
1299   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1300   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1301   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1302   fCov[2] = p[1]; // variance of dydx
1303   // the ref radial position is set at the minimum of
1304   // the y variance of the tracklet
1305   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1306
1307   // fit XZ
1308   if(IsRowCross()){
1309 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1310     Float_t xMin = fX0;
1311     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1312     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1313     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1314       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1315       if(!(c = (*jc))) continue;
1316       if(!c->IsInChamber()) continue;
1317       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1318       fX = fX0 - c->GetX();
1319     }
1320     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1321     // Error parameterization
1322     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1323     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1324
1325     // THE FIT X-Q PLANE METHOD
1326     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1327     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1328       if(!(c = (*jc))) continue;
1329       if(!c->IsInChamber()) continue;
1330       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1331       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1332       zc[n]   = c->GetZ();
1333       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1334       n--;
1335     }
1336     // fit XZ
1337     fitterZ.Eval();
1338     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){
1339       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1340       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1341       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1342       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1343       fX-=.055; // TODO to be understood
1344     }
1345
1346     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1347     // temporary external error parameterization
1348     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1349     // TODO correct formula
1350     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1351   } else {
1352     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1353     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1354   }
1355   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1356   return kTRUE;
1357 }
1358
1359
1360 /*
1361 //_____________________________________________________________________________
1362 void AliTRDseedV1::FitMI()
1363 {
1364 //
1365 // Fit the seed.
1366 // Marian Ivanov's version
1367 //
1368 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction.
1369 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1370 // dy = y - yt             (1)
1371 // the tilting correction is written :
1372 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1373 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1374 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1375 // from (1),(2),(3) and (4)
1376 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1377 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1378 // 1. use tilting correction for calculating the y
1379 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1380   const Float_t kRatio  = 0.8;
1381   const Int_t   kClmin  = 5;
1382   const Float_t kmaxtan = 2;
1383
1384   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1385                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1386                 return;              // Track inclined too much
1387         }
1388
1389   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1390   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing
1391   Int_t fNChange = 0;
1392
1393   Double_t sumw;
1394   Double_t sumwx;
1395   Double_t sumwx2;
1396   Double_t sumwy;
1397   Double_t sumwxy;
1398   Double_t sumwz;
1399   Double_t sumwxz;
1400
1401         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1402   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate
1403                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1404   Int_t    zouts[2*kNtb];
1405   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1406   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1407   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1408
1409   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1410   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1411
1412   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0;
1413   fN2 = 0;
1414   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1415     yres[i] = 10000.0;
1416     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1417     if(!c->IsInChamber()) continue;
1418     // Residual y
1419     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1420     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1421     fY[i] = c->GetY();
1422     fZ[i] = c->GetZ();
1423     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1424     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1425     fN++;
1426   }
1427
1428   if (fN < kClmin){
1429     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1430     return;
1431   }
1432   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1433   Float_t fZProb   = zouts[0];
1434   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1435   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1436     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1437     return;
1438   }
1439
1440   // Z distance bigger than pad - length
1441   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1442
1443   Int_t  breaktime = -1;
1444   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1445   Int_t  cumul[kNtb][2];
1446   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1447
1448   if (zouts[3] >= 3) {
1449
1450     //
1451     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1452     // with maximal number of accepted clusters
1453     //
1454     fNChange = 1;
1455     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1456       cumul[i][0] = counts[0];
1457       cumul[i][1] = counts[1];
1458       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1459       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1460     }
1461     Int_t  maxcount = 0;
1462     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1463       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1464       Int_t before = cumul[i][1];
1465       if (after + before > maxcount) {
1466         maxcount  = after + before;
1467         breaktime = i;
1468         mbefore   = kFALSE;
1469       }
1470       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1471       before = cumul[i][0];
1472       if (after + before > maxcount) {
1473         maxcount  = after + before;
1474         breaktime = i;
1475         mbefore   = kTRUE;
1476       }
1477     }
1478     breaktime -= 1;
1479   }
1480
1481   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1482     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1483     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1484   }
1485
1486   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1487       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1488     //
1489     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
1490     //
1491     fNChange = 0;
1492     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1493       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1494     }
1495   }
1496
1497   if (fNChange > 0) {
1498     //
1499     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1500     //
1501     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1502       if (!fClusters[i]) continue;
1503       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1504       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1505       // Residual y
1506       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1507       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1508 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1509 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1510 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1511       }
1512     }
1513   }
1514
1515   Double_t yres2[kNtb];
1516   Double_t mean;
1517   Double_t sigma;
1518   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1519     if (!fClusters[i]) continue;
1520     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1521     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1522     yres2[fN2] = yres[i];
1523     fN2++;
1524   }
1525   if (fN2 < kClmin) {
1526                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1527     fN2 = 0;
1528     return;
1529   }
1530   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1531   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1532     sigma = sigmaexp;
1533   }
1534   //Float_t fSigmaY = sigma;
1535
1536   // Reset sums
1537   sumw   = 0;
1538   sumwx  = 0;
1539   sumwx2 = 0;
1540   sumwy  = 0;
1541   sumwxy = 0;
1542   sumwz  = 0;
1543   sumwxz = 0;
1544
1545   fN2    = 0;
1546   Float_t fMeanz = 0;
1547   Float_t fMPads = 0;
1548   fUsable = 0;
1549   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1550     if (!fClusters[i]) continue;
1551     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1552     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1553     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1554     SETBIT(fUsable,i);
1555     fN2++;
1556     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1557     Float_t weight = 1.0;
1558     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1559     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1560
1561
1562     Double_t x = fX[i];
1563     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1564
1565     sumw   += weight;
1566     sumwx  += x * weight;
1567     sumwx2 += x*x * weight;
1568     sumwy  += weight * yres[i];
1569     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1570     sumwz  += weight * fZ[i];
1571     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1572
1573   }
1574
1575   if (fN2 < kClmin){
1576                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1577     fN2 = 0;
1578     return;
1579   }
1580   fMeanz = sumwz / sumw;
1581   Float_t correction = 0;
1582   if (fNChange > 0) {
1583     // Tracklet on boundary
1584     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1585     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1586   }
1587
1588   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1589   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1590   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1591
1592   fS2Y = 0;
1593   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1594     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1595     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1596     fS2Y += delta*delta;
1597   }
1598   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1599         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1600         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1601
1602   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1603   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1604 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1605 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1606 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1607   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1608
1609   UpdateUsed();
1610 }*/
1611
1612 //___________________________________________________________________
1613 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1614 {
1615   //
1616   // Printing the seedstatus
1617   //
1618
1619   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1620   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1621   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1622
1623   Double_t cov[3], x=GetX();
1624   GetCovAt(x, cov);
1625   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1626   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1627   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1628
1629
1630   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1631
1632   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1633   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1634     if(!(*jc)) continue;
1635     (*jc)->Print(o);
1636   }
1637 }
1638
1639
1640 //___________________________________________________________________
1641 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1642 {
1643   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1644   // as the given one
1645
1646   if(!o) return kFALSE;
1647   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1648   if(!inTracklet) return kFALSE;
1649
1650   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1651     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1652     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1653   }
1654
1655   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1656   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1657   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1658
1659   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1660 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1661 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1662 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1663     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1664   }
1665 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1666
1667   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1668     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1669     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1670     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1671   }
1672
1673 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1674   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1675   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1676   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1677   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1678   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1679
1680   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1681   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1682   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1683   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1684
1685   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1686   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1687   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1688
1689   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1690     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1691     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1692     if (curCluster && inCluster){
1693       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1694         curCluster->Print();
1695         inCluster->Print();
1696         return kFALSE;
1697       }
1698     } else {
1699       // if one cluster exists, and corresponding
1700       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1701       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1702     }
1703   }
1704   return kTRUE;
1705 }
1706