TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TTreeStream.h"
  40 #include "TGraphErrors.h"
  41
  42 #include "AliLog.h"
  43 #include "AliMathBase.h"
  44 #include "AliRieman.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46
  47 #include "AliTRDReconstructor.h"
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDtransform.h"
  50 #include "AliTRDcluster.h"
  51 #include "AliTRDseedV1.h"
  52 #include "AliTRDtrackV1.h"
  53 #include "AliTRDcalibDB.h"
  54 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  55 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  56 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  57 #include "AliTRDrecoParam.h"
  58 #include "AliTRDCommonParam.h"
  59 #include "AliTRDtrackletOflHelper.h"
  60
  61 #include "Cal/AliTRDCalTrkAttach.h"
  62 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  63 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  64 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  65
  66 class AliTracker;
  67
  68 ClassImp(AliTRDseedV1)
  69
  70 //____________________________________________________________________
  71 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  72   :AliTRDtrackletBase()
  73   ,fkReconstructor(NULL)
  74   ,fClusterIter(NULL)
  75   ,fExB(0.)
  76   ,fVD(0.)
  77   ,fT0(0.)
  78   ,fS2PRF(0.)
  79   ,fDiffL(0.)
  80   ,fDiffT(0.)
  81   ,fClusterIdx(0)
  82   ,fErrorMsg(0)
  83   ,fN(0)
  84   ,fDet(det)
  85   ,fPt(0.)
  86   ,fdX(0.)
  87   ,fX0(0.)
  88   ,fX(0.)
  89   ,fY(0.)
  90   ,fZ(0.)
  91   ,fS2Y(0.)
  92   ,fS2Z(0.)
  93   ,fChi2(0.)
  94 {
  95   //
  96   // Constructor
  97   //
  98   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  99   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 100   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
 101   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 102   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 103   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 104   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 105   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
 106   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 107   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 108   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 109   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 110   // stand alone curvature
 111   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.;
 112   // covariance matrix [diagonal]
 113   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 114   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 115   SetStandAlone(kFALSE);
 116 }
 117
 118 //____________________________________________________________________
 119 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 120   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 121   ,fkReconstructor(NULL)
 122   ,fClusterIter(NULL)
 123   ,fExB(0.)
 124   ,fVD(0.)
 125   ,fT0(0.)
 126   ,fS2PRF(0.)
 127   ,fDiffL(0.)
 128   ,fDiffT(0.)
 129   ,fClusterIdx(0)
 130   ,fErrorMsg(0)
 131   ,fN(0)
 132   ,fDet(-1)
 133   ,fPt(0.)
 134   ,fdX(0.)
 135   ,fX0(0.)
 136   ,fX(0.)
 137   ,fY(0.)
 138   ,fZ(0.)
 139   ,fS2Y(0.)
 140   ,fS2Z(0.)
 141   ,fChi2(0.)
 142 {
 143   //
 144   // Copy Constructor performing a deep copy
 145   //
 146   if(this != &ref){
 147     ref.Copy(*this);
 148   }
 149   SetBit(kOwner, kFALSE);
 150   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 151 }
 152
 153
 154 //____________________________________________________________________
 155 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 156 {
 157   //
 158   // Assignment Operator using the copy function
 159   //
 160
 161   if(this != &ref){
 162     ref.Copy(*this);
 163   }
 164   SetBit(kOwner, kFALSE);
 165
 166   return *this;
 167 }
 168
 169 //____________________________________________________________________
 170 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 171 {
 172   //
 173   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 174   //
 175
 176   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 177
 178   if(IsOwner()) {
 179     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 180       if(!fClusters[itb]) continue;
 181       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 182       delete fClusters[itb];
 183       fClusters[itb] = NULL;
 184     }
 185   }
 186 }
 187
 188 //____________________________________________________________________
 189 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 190 {
 191   //
 192   // Copy function
 193   //
 194
 195   //AliInfo("");
 196   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 197
 198   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 199   target.fClusterIter   = NULL;
 200   target.fExB           = fExB;
 201   target.fVD            = fVD;
 202   target.fT0            = fT0;
 203   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 204   target.fDiffL         = fDiffL;
 205   target.fDiffT         = fDiffT;
 206   target.fClusterIdx    = 0;
 207   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
 208   target.fN             = fN;
 209   target.fDet           = fDet;
 210   target.fPt            = fPt;
 211   target.fdX            = fdX;
 212   target.fX0            = fX0;
 213   target.fX             = fX;
 214   target.fY             = fY;
 215   target.fZ             = fZ;
 216   target.fS2Y           = fS2Y;
 217   target.fS2Z           = fS2Z;
 218   target.fChi2          = fChi2;
 219
 220   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 221   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 222   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
 223   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 224   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 225   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 226   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 227   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
 228   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 229   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 230   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 231   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
 232   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 233
 234   TObject::Copy(ref);
 235 }
 236
 237
 238 //____________________________________________________________
 239 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
 240 {
 241 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
 242
 243
 244   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
 245   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
 246   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
 247   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
 248   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
 249     fRefCov[0] = 1;
 250     fRefCov[2] = 10;
 251   }else{
 252     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
 253     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
 254   }
 255   fC[0]    = rieman->GetC();
 256   fChi2    = rieman->GetChi2();
 257 }
 258
 259
 260 //____________________________________________________________
 261 Bool_t AliTRDseedV1::Init(const AliTRDtrackV1 *track)
 262 {
 263 // Initialize this tracklet using the track information
 264 //
 265 // Parameters:
 266 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 267 //
 268 // Detailed description
 269 // The function sets the starting point and direction of the
 270 // tracklet according to the information from the TRD track.
 271 //
 272 // Caution
 273 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 274 // chamber where the tracklet will be constructed
 275 //
 276
 277   Double_t y, z;
 278   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 279   Update(track);
 280   return kTRUE;
 281 }
 282
 283
 284 //_____________________________________________________________________________
 285 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
 286 {
 287 //
 288 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
 289 //
 290   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 291   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 292   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
 293   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
 294
 295   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 296   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 297   fClusterIdx=0;
 298   fErrorMsg = 0;
 299   fDet=-1;
 300   fPt=0.;
 301   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 302   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 303   fC[0]=0.; fC[1]=0.;
 304   fChi2 = 0.;
 305
 306   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
 307   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 308   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 309   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 310   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 311   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
 312   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 313   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 314   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 315   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 316   // covariance matrix [diagonal]
 317   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 318   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 319 }
 320
 321 //____________________________________________________________________
 322 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 323 {
 324   // update tracklet reference position from the TRD track
 325
 326   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 327   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 328   fPt = trk->Pt();
 329   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp));
 330   fYref[1] = fSnp*norm;
 331   fZref[1] = fTgl*norm;
 332   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 333
 334   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 335   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 336   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 337 }
 338
 339 //_____________________________________________________________________________
 340 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 341 {
 342   //
 343   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 344   //
 345
 346   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 347   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 348     if (!fClusters[i]) continue;
 349     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 350       nused++;
 351     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 352       if(IsStandAlone()) nused++;
 353       else nshared++;
 354     }
 355   }
 356   SetNUsed(nused);
 357   SetNShared(nshared);
 358 }
 359
 360 //_____________________________________________________________________________
 361 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 362 {
 363   //
 364   // Use clusters
 365   //
 366   // In stand alone mode:
 367   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 368   // removed from the tracklet
 369   //
 370   // In barrel mode:
 371   // - Clusters which are used by another track become shared
 372   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 373   //
 374   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 375   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 376     if(!(*c)) continue;
 377     if(IsStandAlone()){
 378       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 379         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 380         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 381         (*c) = NULL;
 382         fIndexes[ic] = -1;
 383         SetN(GetN()-1);
 384         continue;
 385       }
 386     } else {
 387       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 388         (*c)->SetShared();
 389         continue;
 390       }
 391     }
 392     (*c)->Use();
 393   }
 394 }
 395
 396
 397
 398 //____________________________________________________________________
 399 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 400 {
 401 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 402 //
 403 // Parameters:
 404 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 405 // Output:
 406 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 407 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 408 //
 409 // Detailed description
 410 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 411 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 412 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 413 //
 414 // The following effects are included in the calculation:
 415 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 416 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 417 // 3. cluster size
 418 //
 419
 420   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
 421   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 422
 423   AliTRDcluster *c(NULL);
 424   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 425     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 426     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 427
 428     // Filter clusters for dE/dx calculation
 429
 430     // 1.consider calibration effects for slice determination
 431     Int_t slice;
 432     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 433       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 434     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 435
 436
 437     // 2. take sharing into account
 438     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 439
 440     // 3. take into account large clusters TODO
 441     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 442
 443     //CHECK !!!
 444     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 445   } // End of loop over clusters
 446 }
 447
 448 //_____________________________________________________________________________
 449 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 450 {
 451   //
 452   // Cook 2 labels for seed
 453   //
 454
 455   Int_t labels[200];
 456   Int_t out[200];
 457   Int_t nlab = 0;
 458   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 459     if (!fClusters[i]) continue;
 460     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 461       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 462         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 463         nlab++;
 464       }
 465     }
 466   }
 467
 468   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 469   fLabels[0] = out[0];
 470   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 471 }
 472
 473 //____________________________________________________________
 474 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
 475 {
 476 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
 477
 478   Float_t d = fPad[3] - zt;
 479   if(d<0.){
 480     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
 481     return 0.125;
 482   }
 483   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
 484   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
 485   return d;
 486 }
 487
 488
 489 //____________________________________________________________________
 490 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers) const
 491 {
 492 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters
 493 // which are not in chamber are also used (default false)
 494
 495   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
 496   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 497     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 498     if(!c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
 499     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
 500   }
 501   return qt;
 502 }
 503
 504 //____________________________________________________________________
 505 Int_t AliTRDseedV1::GetChargeGaps(Float_t sz[kNtb], Float_t pos[kNtb], Int_t isz[kNtb]) const
 506 {
 507 // Find number, size and position of charge gaps (consecutive missing time bins).
 508 // Returns the number of gaps and fills their size in input array "sz" and position in array "pos"
 509
 510   Bool_t gap(kFALSE);
 511   Int_t n(0);
 512   Int_t ipos[kNtb]; memset(isz, 0, kNtb*sizeof(Int_t));memset(ipos, 0, kNtb*sizeof(Int_t));
 513   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
 514     if(fClusters[ic] || fClusters[ic+kNtb]){
 515       if(gap) n++;
 516       continue;
 517     }
 518     gap = kTRUE;
 519     isz[n]++;
 520     ipos[n] = ic;
 521   }
 522   if(!n) return 0;
 523
 524   // write calibrated values
 525   AliTRDcluster fake;
 526   for(Int_t igap(0); igap<n; igap++){
 527     sz[igap] = isz[igap]*fVD/AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 528     fake.SetPadTime(ipos[igap]);
 529     pos[igap] = fake.GetXloc(fT0, fVD);
 530     if(isz[igap]>1){
 531       fake.SetPadTime(ipos[igap]-isz[igap]+1);
 532       pos[igap] += fake.GetXloc(fT0, fVD);
 533       pos[igap] /= 2.;
 534     }
 535   }
 536   return n;
 537 }
 538
 539
 540 //____________________________________________________________________
 541 Bool_t AliTRDseedV1::GetEstimatedCrossPoint(Float_t &x, Float_t &z) const
 542 {
 543 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets.
 544 // Returns true in case of success.
 545   if(!IsRowCross()) return kFALSE;
 546
 547   x=0.; z=0.;
 548   AliTRDcluster *c(NULL);
 549   // Find radial range for first row
 550   Float_t x1[] = {0., 1.e3};
 551   for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
 552     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 553     if(!c->IsInChamber()) continue;
 554     if(c->GetX() <= x1[1]) x1[1] = c->GetX();
 555     if(c->GetX() >= x1[0]) x1[0] = c->GetX();
 556     z=c->GetZ();
 557   }
 558   if((x1[0] - x1[1])<1.e-5) return kFALSE;
 559
 560   // Find radial range for second row
 561   Bool_t kZ(kFALSE);
 562   Float_t x2[] = {0., 1.e3};
 563   for(int ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++){
 564     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
 565     if(!c->IsInChamber()) continue;
 566     if(c->GetX() <= x2[1]) x2[1] = c->GetX();
 567     if(c->GetX() >= x2[0]) x2[0] = c->GetX();
 568     if(!kZ){
 569       z+=c->GetZ();
 570       z*=0.5;
 571       kZ=kTRUE;
 572     }
 573   }
 574   if((x2[0] - x2[1])<1.e-5) return kFALSE;
 575
 576   // Find intersection of the 2 radial regions
 577   x = 0.5*((x1[0]+x1[1] > x2[0]+x2[1]) ? (x1[1]+x2[0]) : (x1[0]+x2[1]));
 578   return kTRUE;
 579 }
 580
 581 //____________________________________________________________________
 582 Float_t AliTRDseedV1::GetQperTB(Int_t tb) const
 583 {
 584   //
 585   // Charge of the clusters at timebin
 586   //
 587   Float_t q = 0;
 588   if(fClusters[tb] /*&& fClusters[tb]->IsInChamber()*/)
 589     q += TMath::Abs(fClusters[tb]->GetQ());
 590   if(fClusters[tb+kNtb] /*&& fClusters[tb+kNtb]->IsInChamber()*/)
 591     q += TMath::Abs(fClusters[tb+kNtb]->GetQ());
 592   return q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 593 }
 594
 595 //____________________________________________________________________
 596 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl() const
 597 {
 598 // Calculate total charge / tracklet length for 1D PID
 599 //
 600   Float_t Q = GetCharge(kTRUE);
 601   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 602 }
 603
 604 //____________________________________________________________________
 605 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 606 {
 607 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 608 // the charge per unit length can be written as:
 609 // BEGIN_LATEX
 610 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 611 // END_LATEX
 612 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 613 // of the time bin.
 614 // The following correction are applied :
 615 //   - charge : pad row cross corrections
 616 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 617 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 618 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 619 //
 620 //Begin_Html
 621 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 622 //End_Html
 623 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 624 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 625 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 626 //
 627   Float_t dq = 0.;
 628   // check whether both clusters are inside the chamber
 629   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 630   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 631     hasClusterInChamber = kTRUE;
 632     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 633   }
 634   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 635     hasClusterInChamber = kTRUE;
 636     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 637   }
 638   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 639   if(dq<1.e-3) return 0.;
 640
 641   Double_t dx = fdX;
 642   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 643     Float_t x2(0.), x1(0.);
 644     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 645     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 646     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 647     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 648     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 649     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 650     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 651     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 652     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 653     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 654
 655     dx = .5*(x2 - x1);
 656   }
 657   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 658   if(dl) (*dl) = dx;
 659   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
 660   else return 0.;
 661 }
 662
 663 //____________________________________________________________
 664 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 665 {
 666 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 667 // BEGIN_LATEX
 668 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 669 // END_LATEX
 670 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 671 // The estimated variance of the momentum is given by:
 672 // BEGIN_LATEX
 673 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 674 // END_LATEX
 675 // which can be simplified to
 676 // BEGIN_LATEX
 677 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 678 // END_LATEX
 679 //
 680
 681   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 682   if(err){
 683     Double_t p2 = p*p;
 684     Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 685     Double_t pt2 = fPt*fPt;
 686     Double_t s2 =
 687       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 688      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 689      +p2*pt2*fRefCov[6];
 690     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 691   }
 692   return p;
 693 }
 694
 695
 696 //____________________________________________________________________
 697 Int_t AliTRDseedV1::GetTBoccupancy() const
 698 {
 699 // Returns no. of TB occupied by clusters
 700
 701   Int_t n(0);
 702   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
 703     if(!fClusters[ic] && !fClusters[ic+kNtb]) continue;
 704     n++;
 705   }
 706   return n;
 707 }
 708
 709 //____________________________________________________________________
 710 Int_t AliTRDseedV1::GetTBcross() const
 711 {
 712 // Returns no. of TB occupied by 2 clusters for pad row cross tracklets
 713
 714   if(!IsRowCross()) return 0;
 715   Int_t n(0);
 716   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
 717     if(fClusters[ic] && fClusters[ic+kNtb]) n++;
 718   }
 719   return n;
 720 }
 721
 722 //____________________________________________________________________
 723 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 724 {
 725   if(!force) return &fProb[0];
 726   if(!CookPID()) return NULL;
 727   return &fProb[0];
 728 }
 729
 730 //____________________________________________________________
 731 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 732 {
 733 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 734 //
 735 // Parameters
 736 //
 737 // Output
 738 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 739 //
 740 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 741 // - estimated momentum at tracklet reference point
 742 // - dE/dx measurements
 743 // - tracklet length
 744 // - TRD layer
 745 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 746 // - Neural Network [default] - option "nn"
 747 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 748
 749   AliWarning(Form("Obsolete function. Use AliTRDPIDResponse::GetResponse() instead."));
 750
 751   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 752   if (!calibration) {
 753     AliError("No access to calibration data");
 754     return kFALSE;
 755   }
 756
 757   if (!fkReconstructor) {
 758     AliError("Reconstructor not set.");
 759     return kFALSE;
 760   }
 761
 762   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 763   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 764   if (!pd) {
 765     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 766     return kFALSE;
 767   }
 768
 769   // calculate tracklet length TO DO
 770   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
 771
 772   //calculate dE/dx
 773   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
 774   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
 775
 776   // Sets the a priori probabilities
 777   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
 778   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 779     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
 780
 781   return kTRUE;
 782 }
 783
 784 //____________________________________________________________________
 785 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 786 {
 787   //
 788   // Returns a quality measurement of the current seed
 789   //
 790
 791   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 792   return
 793       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 794     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 795     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 796     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 797 }
 798
 799 //____________________________________________________________________
 800 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 801 {
 802 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 803 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 804 //   cov[0] = Var(y)
 805 //   cov[1] = Cov(yz)
 806 //   cov[2] = Var(z)
 807 //
 808 // Details
 809 //
 810 // For the linear transformation
 811 // BEGIN_LATEX
 812 // Y = T_{x} X^{T}
 813 // END_LATEX
 814 //   The error propagation has the general form
 815 // BEGIN_LATEX
 816 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 817 // END_LATEX
 818 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 819 // at point x we consider:
 820 // BEGIN_LATEX
 821 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 822 // END_LATEX
 823 // and secondly to take into account the tilt angle
 824 // BEGIN_LATEX
 825 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 826 // END_LATEX
 827 //
 828 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 829 // BEGIN_LATEX
 830 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 831 // END_LATEX
 832 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 833 // BEGIN_LATEX
 834 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 835 // END_LATEX
 836 //
 837 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 838 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 839 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 840 //
 841 // Author :
 842 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 843 // Date : Jan 8th 2009
 844 //
 845
 846
 847   Double_t xr     = fX0-x;
 848   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 849   Double_t sz2    = fS2Z;
 850   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 851
 852   // insert systematic uncertainties
 853   /* //RS
 854   if(fkReconstructor){
 855     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 856     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 857     sy2 += sys[0];
 858     sz2 += sys[1];
 859   }
 860   */
 861   // rotate covariance matrix if no RC
 862   if(!IsRowCross()){
 863     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 864     Double_t correction = 1./(1. + t2);
 865     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 866     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 867     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 868   } else {
 869     cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sy2;
 870   }
 871
 872   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
 873 }
 874
 875 //____________________________________________________________
 876 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 877 {
 878 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 879 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 880 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 881 //
 882 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 883 // the following relation is used:
 884 // BEGIN_LATEX
 885 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 886 // END_LATEX
 887 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 888 // In case C is symmetric the followings are true:
 889 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 890 //   - V = V^{-1}
 891 //
 892 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 893 // Date   Mar 19 2009
 894
 895   const Double_t kZero(1.e-20);
 896   Double_t l[2], // eigenvalues
 897            v[3]; // eigenvectors
 898   // the secular equation and its solution :
 899   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 900   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 901   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 902   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 903           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 904   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
 905   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 906   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
 907   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
 908   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
 909   // the sym V matrix
 910   // | v00   v10|
 911   // | v10   v11|
 912   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
 913   if(den<kZero){ // almost diagonal
 914     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
 915     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
 916     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
 917   } else {
 918     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
 919     v[0] = c[1]* tmp;
 920     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
 921     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
 922     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
 923   }
 924   // the VD^{1/2}V is:
 925   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 926   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 927   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 928   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 929
 930   return 0;
 931 }
 932
 933 //____________________________________________________________
 934 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 935 {
 936 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 937 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 938 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 939 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 940 //
 941 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 942 // Date   Mar 19 2009
 943
 944   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 945   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 946   Double_t invDet = 1./det;
 947   d[0] = c[2]*invDet;
 948   d[1] =-c[1]*invDet;
 949   d[2] = c[0]*invDet;
 950   return det;
 951 }
 952
 953 //____________________________________________________________________
 954 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 955 {
 956 // Returns geometry volume id by delegation
 957
 958   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
 959     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
 960   }
 961   return 0;
 962 }
 963
 964
 965 //____________________________________________________________________
 966 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 967 {
 968 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 969 // The following information are used
 970 //  - detector index
 971 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 972 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 973 //
 974 // The following information is cached in the tracklet
 975 //   t0 (trigger delay)
 976 //   drift velocity
 977 //   PRF width
 978 //   omega*tau = tg(a_L)
 979 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 980 //
 981 // Author :
 982 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 983 // Date : Jan 8th 2009
 984 //
 985
 986   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 987   if(cdb->GetRun() < 0){
 988     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 989     return;
 990   }
 991
 992   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 993   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 994                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 995   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 996   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 997
 998   Int_t col = 70, row = 7;
 999   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
1000   if(GetN()){
1001     Int_t ic = 0;
1002     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
1003     if(*c){
1004       col = (*c)->GetPadCol();
1005       row = (*c)->GetPadRow();
1006     }
1007   }
1008
1009   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
1010   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
1011   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
1012   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
1013   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
1014   fDiffT, fVD);
1015   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1016
1017
1018   SetBit(kCalib, kTRUE);
1019 }
1020
1021 //____________________________________________________________________
1022 void AliTRDseedV1::SetOwner()
1023 {
1024   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
1025
1026   if(TestBit(kOwner)) return;
1027   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
1028     if(!fClusters[ic]) continue;
1029     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
1030   }
1031   SetBit(kOwner);
1032 }
1033
1034 //____________________________________________________________
1035 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
1036 {
1037 // Shortcut method to initialize pad geometry.
1038   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
1039   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
1040   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
1041   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
1042 }
1043
1044
1045
1046 //____________________________________________________________________
1047 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt, Bool_t chgPos, Int_t ev)
1048 {
1049 //
1050 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
1051 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
1052 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
1053 // 3. purge clusters
1054 // 4. truncated mean on z direction
1055 // 5. purge clusters
1056 //
1057 // Parameters
1058 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
1059 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
1060 //  - chgPos  : mark same[kFALSE] and opposite[kTRUE] sign tracks with respect to Bz field sign [default true]
1061 //  - ev      : event number for debug purposes [default = -1]
1062 // Output
1063 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
1064 //      -
1065 // Detailed description
1066 //
1067 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
1068 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
1069 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
1070 // BEGIN_LATEX
1071 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
1072 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
1073 // END_LATEX
1074 //
1075 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1076 // Debug  : level = 2 for calibration
1077 //          level = 3 for visualization in the track SR
1078 //          level = 4 for full visualization including digit level
1079
1080   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1081
1082   if(!recoParam){
1083     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1084     return kFALSE;
1085   }
1086   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
1087   if (!calibration) {
1088     AliError("No access to calibration data");
1089     return kFALSE;
1090   }
1091   // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
1092   const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
1093   if (!attach) {
1094     AliError("No usable AttachClusters calib object.");
1095     return kFALSE;
1096   }
1097
1098   // Initialize reco params for this tracklet
1099   // 1. first time bin in the drift region
1100   Int_t t0 = 14;
1101   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1102   Int_t kTBmin = 4;
1103
1104   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov);
1105   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
1106            s2yCl = 0.,
1107            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
1108            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1109            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1110   //define roads
1111   const Double_t kroady = 3.; //recoParam->GetRoad1y();
1112   const Double_t kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1113   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1114   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1115   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1116   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1117   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1118
1119 /*  Int_t kroadyShift(0);
1120   Float_t bz(AliTrackerBase::GetBz());
1121   if(TMath::Abs(bz)>2.){
1122     if(bz<0.) kroadyShift = chgPos ? +1 : -1;
1123     else kroadyShift = chgPos ? -1 : +1;
1124   }*/
1125   AliDebug(4, Form("\n       syTrk[cm]=%4.2f dydxTrk[deg]=%+6.2f Chg[%c] rY[cm]=%4.2f rZ[cm]=%5.2f TC[%c]", syRef, TMath::ATan(fYref[1])*TMath::RadToDeg(), chgPos?'+':'-', kroady, kroadz, tilt?'y':'n'));
1126   Double_t phiTrk(TMath::ATan(fYref[1])),
1127            thtTrk(TMath::ATan(fZref[1]));
1128
1129   // working variables
1130   const Int_t kNrows = 16;
1131   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1132   TObjArray clst[kNrows];
1133   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1134   Double_t cond[4],
1135            dx, dy, dz,
1136            yt, zt,
1137            zc[kNrows],
1138            xres[kNrows][kNcls], yres[kNrows][kNcls], zres[kNrows][kNcls], s2y[kNrows][kNcls];
1139   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1140   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1141   memset(zc, 0, kNrows*sizeof(Double_t));
1142   memset(idxs, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Int_t));
1143   memset(xres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1144   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1145   memset(zres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1146   memset(s2y, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1147   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1148
1149   Double_t roady(0.), s2Mean(0.); Int_t ns2Mean(0);
1150
1151   // Do cluster projection and pick up cluster candidates
1152   AliTRDcluster *c(NULL);
1153   AliTRDchamberTimeBin *layer(NULL);
1154   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1155   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1156     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1157     if(!Int_t(*layer)) continue;
1158     // get track projection at layers position
1159     dx   = fX0 - layer->GetX();
1160     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1161     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1162     // get standard cluster error corrected for tilt if selected
1163     cp.SetLocalTimeBin(it);
1164     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1165     s2yCl = cp.GetSigmaY2() + sysCov[0]; if(!tilt) s2yCl = (s2yCl + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1166     if(TMath::Abs(it-12)<7){ s2Mean += cp.GetSigmaY2(); ns2Mean++;}
1167     // get estimated road in r-phi direction
1168     roady = TMath::Min(3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl)), kroady);
1169
1170     AliDebug(5, Form("\n"
1171       "  %2d xd[cm]=%6.3f yt[cm]=%7.2f zt[cm]=%8.2f\n"
1172       "      syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f\n"
1173       "      Ry[mm]=%f"
1174       , it, dx, yt, zt
1175       , 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()+sysCov[0]), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl)
1176       , 1.e1*roady));
1177
1178     // get clusters from layer
1179     cond[0] = yt/*+0.5*kroadyShift*kroady*/; cond[2] = roady;
1180     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1181     Int_t n=0, idx[6]; layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1182     for(Int_t ic = n; ic--;){
1183       c  = (*layer)[idx[ic]];
1184       dx = fX0 - c->GetX();
1185       yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1186       zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1187       dz = zt - c->GetZ();
1188       dy = yt - (c->GetY() + (tilt ? (GetTilt() * dz) : 0.));
1189       Int_t r = c->GetPadRow();
1190       clst[r].AddAtAndExpand(c, ncl[r]);
1191       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1192       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1193       zres[r][ncl[r]] = dz/GetPadLength();
1194       yres[r][ncl[r]] = dy;
1195       xres[r][ncl[r]] = dx;
1196       zc[r]           = c->GetZ();
1197       // TODO temporary solution to avoid divercences in error parametrization
1198       s2y[r][ncl[r]]  = TMath::Min(c->GetSigmaY2()+sysCov[0], 0.025);
1199       AliDebug(5, Form("   -> dy[cm]=%+7.4f yc[cm]=%7.2f row[%d] idx[%2d]", dy, c->GetY(), r, ncl[r]));
1200       ncl[r]++; ncls++;
1201
1202       if(ncl[r] >= kNcls) {
1203         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1204         kBUFFER = kTRUE;
1205         break;
1206       }
1207     }
1208     if(kBUFFER) break;
1209   }
1210   if(ncls<kClmin){
1211     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1212     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1213     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1214     return kFALSE;
1215   }
1216   if(ns2Mean<kTBmin){
1217     AliDebug(1, Form("CLUSTERS IN TimeBins %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ns2Mean, kTBmin));
1218     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1219     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1220     return kFALSE;
1221   }
1222   s2Mean /= ns2Mean; //sMean = TMath::Sqrt(s2Mean);
1223   //Double_t sRef(TMath::Sqrt(s2Mean+s2yTrk)); // reference error parameterization
1224
1225   // organize row candidates
1226   Int_t idxRow[kNrows], nrc(0); Double_t zresRow[kNrows];
1227   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1228     idxRow[ir]=-1; zresRow[ir] = 999.;
1229     if(!ncl[ir]) continue;
1230     // get mean z resolution
1231     dz = 0.; for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;) dz += zres[ir][ic]; dz/=ncl[ir];
1232     // insert row
1233     idxRow[nrc] = ir; zresRow[nrc] = TMath::Abs(dz); nrc++;
1234   }
1235   AliDebug(4, Form("Found %d clusters in %d rows. Sorting ...", ncls, nrc));
1236
1237   // sort row candidates
1238   if(nrc>=2){
1239     if(nrc==2){
1240       if(zresRow[0]>zresRow[1]){ // swap
1241         Int_t itmp=idxRow[1]; idxRow[1] = idxRow[0]; idxRow[0] = itmp;
1242         Double_t dtmp=zresRow[1]; zresRow[1] = zresRow[0]; zresRow[0] = dtmp;
1243       }
1244       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1245         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1246         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Select first candidate.\n"
1247                     "       row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1248                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1249         nrc=1; idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.;
1250       }
1251     } else {
1252       Int_t idx0[kNrows];
1253       TMath::Sort(nrc, zresRow, idx0, kFALSE);
1254       nrc = 3; // select only maximum first 3 candidates
1255       Int_t iatmp[] = {-1, -1, -1}; Double_t datmp[] = {999., 999., 999.};
1256       for(Int_t irc(0); irc<nrc; irc++){
1257         iatmp[irc] = idxRow[idx0[irc]];
1258         datmp[irc] = zresRow[idx0[irc]];
1259       }
1260       idxRow[0] = iatmp[0]; zresRow[0] = datmp[0];
1261       idxRow[1] = iatmp[1]; zresRow[1] = datmp[1];
1262       idxRow[2] = iatmp[2]; zresRow[2] = datmp[2]; // temporary
1263       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1264         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1265         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Turn on selection.\n"
1266                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1267                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1268                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1269                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0],
1270                     idxRow[1], ncl[idxRow[1]], zresRow[1],
1271                     idxRow[2], ncl[idxRow[2]], zresRow[2]));
1272         if(TMath::Abs(idxRow[0] - idxRow[2]) == 1){ // select second candidate
1273           AliDebug(2, "Solved ! Remove second candidate.");
1274           nrc = 2;
1275           idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1276           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;              // remove
1277         } else if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[2]) == 1){
1278           if(ncl[idxRow[1]]+ncl[idxRow[2]] > ncl[idxRow[0]]){
1279             AliDebug(2, "Solved ! Remove first candidate.");
1280             nrc = 2;
1281             idxRow[0] = idxRow[1]; zresRow[0] = zresRow[1]; // swap
1282             idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1283           } else {
1284             AliDebug(2, "Solved ! Remove second and third candidate.");
1285             nrc = 1;
1286             idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1287             idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1288           }
1289         } else {
1290           AliDebug(2, "Unsolved !!! Remove second and third candidate.");
1291           nrc = 1;
1292           idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1293           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1294         }
1295       } else { // remove temporary candidate
1296         nrc = 2;
1297         idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;
1298       }
1299     }
1300   }
1301   AliDebug(4, Form("Sorted row candidates:\n"
1302       "  row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f"
1303       , idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1304
1305   // initialize debug streamer
1306   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1307   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1308   if(pstreamer){
1309     // save config. for calibration
1310     TVectorD vdy[2], vdx[2], vs2[2];
1311     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1312       Int_t ir(idxRow[jr]);
1313       vdx[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vdy[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vs2[jr].ResizeTo(ncl[ir]);
1314       for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1315         vdx[jr](ic) = xres[ir][ic];
1316         vdy[jr](ic) = yres[ir][ic];
1317         vs2[jr](ic) = s2y[ir][ic];
1318       }
1319     }
1320     (*pstreamer) << "AttachClusters4"
1321         << "r0="     << idxRow[0]
1322         << "dz0="    << zresRow[0]
1323         << "dx0="    << &vdx[0]
1324         << "dy0="    << &vdy[0]
1325         << "s20="    << &vs2[0]
1326         << "r1="     << idxRow[1]
1327         << "dz1="    << zresRow[1]
1328         << "dx1="    << &vdx[1]
1329         << "dy1="    << &vdy[1]
1330         << "s21="    << &vs2[1]
1331         << "\n";
1332     vdx[0].Clear(); vdy[0].Clear(); vs2[0].Clear();
1333     vdx[1].Clear(); vdy[1].Clear(); vs2[1].Clear();
1334     if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 4){
1335       Int_t idx(idxRow[1]);
1336       if(idx<0){
1337         for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1338           if(clst[ir].GetEntries()>0) continue;
1339           idx = ir;
1340           break;
1341         }
1342       }
1343       (*pstreamer) << "AttachClusters5"
1344           << "c0.="    << &clst[idxRow[0]]
1345           << "c1.="    << &clst[idx]
1346           << "\n";
1347     }
1348   }
1349
1350 //=======================================================================================
1351   // Analyse cluster topology
1352   Double_t f[kNcls],     // likelihood factors for segments
1353            r[2][kNcls],  // d(dydx) of tracklet candidate with respect to track
1354            xm[2][kNcls], // mean <x>
1355            ym[2][kNcls], // mean <y>
1356            sm[2][kNcls], // mean <s_y>
1357            s[2][kNcls],  // sigma_y
1358            p[2][kNcls],  // prob of Gauss
1359            q[2][kNcls];  // charge/segment
1360   memset(f, 0, kNcls*sizeof(Double_t));
1361   Int_t index[2][kNcls], n[2][kNcls];
1362   memset(n, 0, 2*kNcls*sizeof(Int_t));
1363   Int_t mts(0), nts[2] = {0, 0};   // no of tracklet segments in row
1364   AliTRDpadPlane *pp(AliTRDtransform::Geometry().GetPadPlane(fDet));
1365   AliTRDtrackletOflHelper helper;
1366   Int_t lyDet(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet));
1367   for(Int_t jr(0), n0(0); jr<nrc; jr++){
1368     Int_t ir(idxRow[jr]);
1369     // cluster segmentation
1370     Bool_t kInit(kFALSE);
1371     if(jr==0){
1372       n0 = helper.Init(pp, &clst[ir]); kInit = kTRUE;
1373       if(!n0 || (helper.ClassifyTopology() == AliTRDtrackletOflHelper::kNormal)){
1374         nts[jr] = 1; memset(index[jr], 0, ncl[ir]*sizeof(Int_t));
1375         n[jr][0] = ncl[ir];
1376       }
1377     }
1378     if(!n[jr][0]){
1379       nts[jr] = AliTRDtrackletOflHelper::Segmentation(ncl[ir], xres[ir], yres[ir], index[jr]);
1380       for(Int_t ic(ncl[ir]);ic--;) n[jr][index[jr][ic]]++;
1381     }
1382     mts += nts[jr];
1383
1384     // tracklet segment processing
1385     for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1386       if(n[jr][its]<=2) {   // don't touch small segments
1387         xm[jr][its] = 0.;ym[jr][its] = 0.;sm[jr][its] = 0.;
1388         for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1389           if(its != index[jr][ic]) continue;
1390           ym[jr][its] += yres[ir][ic];
1391           xm[jr][its] += xres[ir][ic];
1392           sm[jr][its] += TMath::Sqrt(s2y[ir][ic]);
1393         }
1394         if(n[jr][its]==2){ xm[jr][its] *= 0.5; ym[jr][its] *= 0.5; sm[jr][its] *= 0.5;}
1395         xm[jr][its]= fX0 - xm[jr][its];
1396         r[jr][its] = 0.;
1397         s[jr][its] = 1.e-5;
1398         p[jr][its] = 1.;
1399         q[jr][its] = -1.;
1400         continue;
1401       }
1402
1403       // for longer tracklet segments
1404       if(!kInit) n0 = helper.Init(pp, &clst[ir], index[jr], its);
1405       Int_t n1 = helper.GetRMS(r[jr][its], ym[jr][its], s[jr][its], fX0/*xm[jr][its]*/);
1406       p[jr][its]  = Double_t(n1)/n0;
1407       sm[jr][its] = helper.GetSyMean();
1408       q[jr][its]  = helper.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1409       xm[jr][its] = fX0;
1410       Double_t dxm= fX0 - xm[jr][its];
1411       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1412       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1413       // correct tracklet fit for tilt
1414       ym[jr][its]+= GetTilt()*(zt - zc[ir]);
1415       r[jr][its] += GetTilt() * fZref[1];
1416       // correct tracklet fit for track position/inclination
1417       ym[jr][its] = yt - ym[jr][its];
1418       r[jr][its]  = (r[jr][its] - fYref[1])/(1+r[jr][its]*fYref[1]);
1419       // report inclination in radians
1420       r[jr][its] = TMath::ATan(r[jr][its]);
1421       if(jr) continue; // calculate only for first row likelihoods
1422
1423       f[its] = attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n[jr][its], ym[jr][its]/*sRef*/, r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), s[jr][its]/sm[jr][its]);
1424     }
1425   }
1426   AliDebug(4, Form("   Tracklet candidates: row[%2d] = %2d row[%2d] = %2d:", idxRow[0], nts[0], idxRow[1], nts[1]));
1427   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDseedV1")>3){
1428     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1429       Int_t ir(idxRow[jr]);
1430       for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1431         printf("  segId[%2d] row[%2d] Ncl[%2d] x[cm]=%7.2f dz[pu]=%4.2f dy[mm]=%+7.3f r[deg]=%+6.2f p[%%]=%6.2f s[um]=%7.2f\n",
1432             its, ir, n[jr][its], xm[jr][its], zresRow[jr], 1.e1*ym[jr][its], r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), 100.*p[jr][its], 1.e4*s[jr][its]);
1433       }
1434     }
1435   }
1436   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1437   if(pstreamer){
1438     // save config. for calibration
1439     TVectorD vidx, vn, vx, vy, vr, vs, vsm, vp, vf;
1440     vidx.ResizeTo(ncl[idxRow[0]]+(idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]]));
1441     vn.ResizeTo(mts);
1442     vx.ResizeTo(mts);
1443     vy.ResizeTo(mts);
1444     vr.ResizeTo(mts);
1445     vs.ResizeTo(mts);
1446     vsm.ResizeTo(mts);
1447     vp.ResizeTo(mts);
1448     vf.ResizeTo(mts);
1449     for(Int_t jr(0), jts(0), jc(0); jr<nrc; jr++){
1450        Int_t ir(idxRow[jr]);
1451        for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++, jts++){
1452         vn[jts] = n[jr][its];
1453         vx[jts] = xm[jr][its];
1454         vy[jts] = ym[jr][its];
1455         vr[jts] = r[jr][its];
1456         vs[jts] = s[jr][its];
1457         vsm[jts]= sm[jr][its];
1458         vp[jts] = p[jr][its];
1459         vf[jts] = jr?-1.:f[its];
1460       }
1461       for(Int_t ic(0); ic<ncl[ir]; ic++, jc++) vidx[jc] = index[jr][ic];
1462     }
1463     (*pstreamer) << "AttachClusters3"
1464         << "idx="    << &vidx
1465         << "n="      << &vn
1466         << "x="      << &vx
1467         << "y="      << &vy
1468         << "r="      << &vr
1469         << "s="      << &vs
1470         << "sm="     << &vsm
1471         << "p="      << &vp
1472         << "f="      << &vf
1473         << "\n";
1474   }
1475
1476 //=========================================================
1477   // Get seed tracklet segment
1478   Int_t idx2[kNcls]; memset(idx2, 0, kNcls*sizeof(Int_t)); // seeding indexing
1479   if(nts[0]>1) TMath::Sort(nts[0], f, idx2);
1480   Int_t is(idx2[0]); // seed index
1481   Int_t     idxTrklt[kNcls],
1482             kts(0),
1483             nTrklt(n[0][is]);
1484   Double_t  fTrklt(f[is]),
1485             rTrklt(r[0][is]),
1486             yTrklt(ym[0][is]),
1487             sTrklt(s[0][is]),
1488             smTrklt(sm[0][is]),
1489             xTrklt(xm[0][is]),
1490             pTrklt(p[0][is]),
1491             qTrklt(q[0][is]);
1492   memset(idxTrklt, 0, kNcls*sizeof(Int_t));
1493   // check seed idx2[0] exit if not found
1494   if(f[is]<1.e-2){
1495     AliDebug(1, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] f[%f]<0.01.", is, idxRow[0], n[0][is], f[is]));
1496     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1497     if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1498     if(pstreamer){
1499       UChar_t stat(0);
1500       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1501       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1502       if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1503       SETBIT(stat, 4); // set error bit
1504       TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(1); vidx[0] = is;
1505       (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1506           << "stat="   << stat
1507           << "ev="     << ev
1508           << "chg="    << chgPos
1509           << "det="    << fDet
1510           << "x0="     << fX0
1511           << "y0="     << fYref[0]
1512           << "z0="     << fZref[0]
1513           << "phi="    << phiTrk
1514           << "tht="    << thtTrk
1515           << "pt="     << fPt
1516           << "s2Trk="  << s2yTrk
1517           << "s2Cl="   << s2Mean
1518           << "idx="    << &vidx
1519           << "n="      << nTrklt
1520           << "f="      << fTrklt
1521           << "x="      << xTrklt
1522           << "y="      << yTrklt
1523           << "r="      << rTrklt
1524           << "s="      << sTrklt
1525           << "sm="     << smTrklt
1526           << "p="      << pTrklt
1527           << "q="      << qTrklt
1528           << "\n";
1529     }
1530     return kFALSE;
1531   }
1532   AliDebug(2, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%5.3f] q[%6.2f]", is, idxRow[0], n[0][is], ym[0][is], r[0][is]*TMath::RadToDeg(), s[0][is]/sm[0][is], f[is], q[0][is]));
1533
1534   // save seeding segment in the helper
1535   idxTrklt[kts++] = is;
1536   helper.Init(pp, &clst[idxRow[0]], index[0], is);
1537   AliTRDtrackletOflHelper test; // helper to test segment expantion
1538   Float_t rcLikelihood(0.); SetBit(kRowCross, kFALSE);
1539   Double_t dyRez[kNcls]; Int_t idx3[kNcls];
1540
1541   //=========================================================
1542   // Define filter parameters from OCDB
1543   Int_t kNSgmDy[2]; attach->GetNsgmDy(kNSgmDy[0], kNSgmDy[1]);
1544   Float_t kLikeMinRelDecrease[2]; attach->GetLikeMinRelDecrease(kLikeMinRelDecrease[0], kLikeMinRelDecrease[1]);
1545   Float_t kRClikeLimit(attach->GetRClikeLimit());
1546
1547   //=========================================================
1548   // Try attaching next segments from first row (if any)
1549   if(nts[0]>1){
1550     Int_t jr(0), ir(idxRow[jr]);
1551     // organize  secondary sgms. in decreasing order of their distance from seed
1552     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1553     for(Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1554       Int_t its(idx2[jts]);
1555       Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1556       dyRez[its] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][its] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][its]));
1557     }
1558     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1559     for (Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1560       Int_t its(idx3[jts]);
1561       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1562         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1563         continue;
1564       }
1565
1566       test = helper;
1567       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1568       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1569       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1570       pt = Double_t(n1)/n0;
1571       smt = test.GetSyMean();
1572       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1573       xt  = fX0;
1574       // correct position
1575       Double_t dxm= fX0 - xt;
1576       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1577       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1578       // correct tracklet fit for tilt
1579       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1580       rt += GetTilt() * fZref[1];
1581       // correct tracklet fit for track position/inclination
1582       dyt  = yt - dyt;
1583       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1584       // report inclination in radians
1585       rt = TMath::ATan(rt);
1586
1587       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1588       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1589
1590       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].",
1591         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1592       if(kAccept){
1593         idxTrklt[kts++] = its;
1594         nTrklt = n0;
1595         fTrklt = ft;
1596         rTrklt = rt;
1597         yTrklt = dyt;
1598         sTrklt = st;
1599         smTrklt= smt;
1600         xTrklt = xt;
1601         pTrklt = pt;
1602         qTrklt = qt;
1603         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1604       }
1605     }
1606   }
1607
1608   //=========================================================
1609   // Try attaching next segments from second row (if any)
1610   if(nts[1] && (rcLikelihood = zresRow[0]/zresRow[1]) > kRClikeLimit){
1611     // organize  secondaries in decreasing order of their distance from seed
1612     Int_t jr(1), ir(idxRow[jr]);
1613     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1614     Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1615     for(Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1616       dyRez[jts] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][jts] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][jts]));
1617     }
1618     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1619     for (Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1620       Int_t its(idx3[jts]);
1621       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1622         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1623         continue;
1624       }
1625
1626       test = helper;
1627       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1628       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1629       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1630       pt = Double_t(n1)/n0;
1631       smt = test.GetSyMean();
1632       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1633       xt  = fX0;
1634       // correct position
1635       Double_t dxm= fX0 - xt;
1636       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1637       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1638       // correct tracklet fit for tilt
1639       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1640       rt += GetTilt() * fZref[1];
1641       // correct tracklet fit for track position/inclination
1642       dyt  = yt - dyt;
1643       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1644       // report inclination in radians
1645       rt = TMath::ATan(rt);
1646
1647       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1648       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1649
1650       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].",
1651         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1652       if(kAccept){
1653         idxTrklt[kts++] = its;
1654         nTrklt = n0;
1655         fTrklt = ft;
1656         rTrklt = rt;
1657         yTrklt = dyt;
1658         sTrklt = st;
1659         smTrklt= smt;
1660         xTrklt = xt;
1661         pTrklt = pt;
1662         qTrklt = qt;
1663         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1664         SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1665       }
1666     }
1667   }
1668   // clear local copy of clusters
1669   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++) clst[ir].Clear();
1670
1671   if(!pstreamer && recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1672   if(pstreamer){
1673     UChar_t stat(0);
1674     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1675     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1676     if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1677     TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(kts);
1678     for(Int_t its(0); its<kts; its++) vidx[its] = idxTrklt[its];
1679     (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1680         << "stat="   << stat
1681         << "ev="     << ev
1682         << "chg="    << chgPos
1683         << "det="    << fDet
1684         << "x0="     << fX0
1685         << "y0="     << fYref[0]
1686         << "z0="     << fZref[0]
1687         << "phi="    << phiTrk
1688         << "tht="    << thtTrk
1689         << "pt="     << fPt
1690         << "s2Trk="  << s2yTrk
1691         << "s2Cl="   << s2Mean
1692         << "idx="    << &vidx
1693         << "n="      << nTrklt
1694         << "q="      << qTrklt
1695         << "f="      << fTrklt
1696         << "x="      << xTrklt
1697         << "y="      << yTrklt
1698         << "r="      << rTrklt
1699         << "s="      << sTrklt
1700         << "sm="     << smTrklt
1701         << "p="      << pTrklt
1702         << "\n";
1703   }
1704
1705
1706   //=========================================================
1707   // Store clusters
1708   Int_t nselected(0), nc(0);
1709   TObjArray *selected(helper.GetClusters());
1710   if(!selected || !(nselected = selected->GetEntriesFast())){
1711     AliError("Cluster candidates missing !!!");
1712     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1713     return kFALSE;
1714   }
1715   for(Int_t ic(0); ic<nselected; ic++){
1716     if(!(c = (AliTRDcluster*)selected->At(ic))) continue;
1717     Int_t it(c->GetPadTime()),
1718           jr(Int_t(helper.GetRow() != c->GetPadRow())),
1719           idx(it+kNtb*jr);
1720     if(fClusters[idx]){
1721       AliDebug(1, Form("Multiple clusters/tb for D[%03d] Tb[%02d] Row[%2d]", fDet, it, c->GetPadRow()));
1722       continue; // already booked
1723     }
1724     // TODO proper indexing of clusters !!
1725     fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[idxRow[jr]][ic]);
1726     fClusters[idx] = c;
1727     nc++;
1728   }
1729   AliDebug(2, Form("Clusters Found[%2d] Attached[%2d] RC[%c]", nselected, nc, IsRowCross()?'y':'n'));
1730
1731   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1732   if (nc < kClmin){
1733     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", nc, kClmin, ncls));
1734     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1735     return kFALSE;
1736   }
1737   SetN(nc);
1738
1739   // Load calibration parameters for this tracklet
1740   //Calibrate();
1741
1742   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1743   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1744   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1745     if(!fClusters[it]) continue;
1746     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1747     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1748     irp++;
1749   }
1750   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1751   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1752   return kTRUE;
1753 }
1754
1755 //____________________________________________________________
1756 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1757 {
1758 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1759 //   The primitive data are
1760 //   - list of clusters
1761 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1762 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1763 //   - track reference position and direction
1764 //   - momentum of the track
1765 //   - time bin length [cm]
1766 //
1767 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1768 //
1769   fkReconstructor = rec;
1770   AliTRDgeometry g;
1771   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1772
1773   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1774   //fTgl = fZref[1];
1775   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1776   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1777   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1778     if(!(*cit)) return;
1779     n++;
1780     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1781     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1782   }
1783   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1784   Fit();
1785   CookLabels();
1786   GetProbability();
1787 }
1788
1789
1790 //____________________________________________________________________
1791 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1792 {
1793 //
1794 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1795 //
1796 // Parameters :
1797 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1798 //           0 no correction [default]
1799 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1800 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1801 //
1802 // Output :
1803 //  True if successful
1804 //
1805 // Detailed description
1806 //
1807 //            Fit in the xy plane
1808 //
1809 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1810 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1811 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1812 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1813 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1814 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1815 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1816 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1817 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1818 // inclination is given for TRD by:
1819 // BEGIN_LATEX
1820 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1821 // END_LATEX
1822 //
1823 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1824 // by projection i.e.
1825 // BEGIN_LATEX
1826 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1827 // END_LATEX
1828 // and also by the lorentz angle correction
1829 //
1830 //            Fit in the xz plane
1831 //
1832 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1833 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1834 // fit (see below).
1835 //
1836 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1837 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1838 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1839 // of the z estimate is given by :
1840 // BEGIN_LATEX
1841 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1842 // END_LATEX
1843 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1844 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1845 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1846 //
1847 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1848 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1849 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1850 //   - no general model for the qx dependence
1851 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1852 //   - gain calibration dependence
1853 //
1854 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1855 //
1856 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1857 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1858 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1859 // BEGIN_LATEX
1860 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1861 // END_LATEX
1862 // and thus the radial position is:
1863 // BEGIN_LATEX
1864 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1865 // END_LATEX
1866 //
1867 //            Estimation of tracklet position error
1868 //
1869 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1870 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1871 // BEGIN_LATEX
1872 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1873 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1874 // END_LATEX
1875 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1876 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1877 // BEGIN_LATEX
1878 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1879 // END_LATEX
1880 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1881 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1882 //
1883 // Author
1884 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1885
1886   if(!fkReconstructor){
1887     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
1888     return kFALSE;
1889   }
1890   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1891   if(opt>2){
1892     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
1893     opt=0;
1894   }
1895
1896   const Int_t kClmin = 8;
1897   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
1898   // get track direction
1899   Double_t y0   = fYref[0];
1900   Double_t dydx = fYref[1];
1901   Double_t z0   = fZref[0];
1902   Double_t dzdx = fZref[1];
1903
1904   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1905   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1906
1907   // book cluster information
1908   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1909
1910   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
1911         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
1912         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate
1913         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
1914   Int_t n(0);   // clusters used in fit
1915   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
1916   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1917
1918   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
1919   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
1920
1921
1922   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
1923     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
1924     if(!(c = (*jc))) continue;
1925     if(!c->IsInChamber()) continue;
1926     // compute pseudo tilt correction
1927     if(kDZDX){
1928       fZfit[0] = c->GetZ();
1929       if(rc){
1930         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
1931           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
1932           if(!cc->IsInChamber()) continue;
1933           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
1934           break;
1935         }
1936       }
1937       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1938       if(rc){
1939         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
1940         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
1941       }
1942       kDZDX=kFALSE;
1943     }
1944
1945 //   TODO use this information to adjust cluster error parameterization
1946 //     Float_t w = 1.;
1947 //     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1948 //     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1949
1950     // cluster charge
1951     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1952     // pad row of leading
1953
1954     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1955
1956     // Recalculate cluster error based on tracking information
1957     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
1958     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
1959     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1960
1961     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ?
1962       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1963     zc[n]   = c->GetZ();
1964
1965     //optional r-phi correction
1966     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
1967     Float_t correction(0.);
1968     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
1969     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
1970     yc[n]-=correction;
1971     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
1972
1973     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
1974     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1975     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
1976     n++;
1977   }
1978
1979   // to few clusters
1980   if (n < kClmin){
1981     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
1982     SetErrorMsg(kFitCl);
1983     return kFALSE;
1984   }
1985   // fit XY
1986   if(!fitterY.Eval()){
1987     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
1988     SetErrorMsg(kFitFailedY);
1989     return kFALSE;
1990   }
1991   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1992   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1993   // store covariance
1994   Double_t p[3];
1995   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1996   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
1997   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
1998   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
1999   // the ref radial position is set at the minimum of
2000   // the y variance of the tracklet
2001   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
2002   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
2003
2004   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2005   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2006     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
2007     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2008     return kFALSE;
2009   }
2010
2011 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
2012     Float_t xMin = fX0;
2013     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
2014     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
2015     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
2016       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
2017       if(!(c = (*jc))) continue;
2018       if(!c->IsInChamber()) continue;
2019       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
2020       fX = fX0 - c->GetX();
2021     }
2022     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
2023     // Error parameterization
2024     fS2Z     = fdX*fZref[1];
2025     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
2026
2027   // fit QZ
2028   if(opt!=1 && IsRowCross()){
2029     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
2030     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){
2031       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
2032       // better knowledge of z position
2033 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
2034 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
2035 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x;
2036 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
2037 //       redo fit on xy plane
2038     }
2039     // temporary external error parameterization
2040     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
2041     // TODO correct formula
2042     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
2043   } else {
2044     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2045     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
2046   }
2047   return kTRUE;
2048 }
2049
2050
2051 //____________________________________________________________________
2052 Bool_t AliTRDseedV1::FitRobust(Bool_t chg)
2053 {
2054 //
2055 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
2056 //
2057 // Author
2058 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
2059
2060   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
2061   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();   if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2062
2063   // factor to scale y pulls.
2064   // ideally if error parametrization correct this is 1.
2065   //Float_t lyScaler = 1./(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet)+1.);
2066   Float_t kScalePulls = 1.;
2067   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
2068   if(!calibration){
2069     AliWarning("No access to calibration data");
2070   } else {
2071     // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
2072     const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
2073     if(!attach){
2074       AliWarning("No usable AttachClusters calib object.");
2075     } else {
2076       // kScalePulls = attach->GetScaleCov();//*lyScaler;
2077     }
2078     // Retrieve chamber status
2079     SetChmbGood(calibration->IsChamberGood(fDet));
2080     if(!IsChmbGood()) kScalePulls*=10.;
2081   }
2082   Double_t xc[kNclusters], yc[kNclusters], sy[kNclusters];
2083   Int_t n(0),           // clusters used in fit
2084         row[]={-1, 0}; // pad row spanned by the tracklet
2085   AliTRDcluster *c(NULL), **jc = &fClusters[0];
2086   for(Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
2087     if(!(c = (*jc))) continue;
2088     if(!c->IsInChamber()) continue;
2089     if(row[0]<0){
2090       fZfit[0] = c->GetZ();
2091       fZfit[1] = 0.;
2092       row[0] = c->GetPadRow();
2093     }
2094     xc[n]  = c->GetX();
2095     yc[n]  = c->GetY();
2096     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2097     n++;
2098   }
2099   Double_t corr = fPad[2]*fPad[0];
2100
2101   for(Int_t ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2102     if(!(c = (*jc))) continue;
2103     if(!c->IsInChamber()) continue;
2104     if(row[1]==0) row[1] = c->GetPadRow() - row[0];
2105     xc[n]  = c->GetX();
2106     yc[n]  = c->GetY() + corr*row[1];
2107     sy[n]  = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2()), 0.08)):0.08;
2108     n++;
2109   }
2110   UChar_t status(0);
2111   Double_t par[3] = {0.,0.,fX0}, cov[3];
2112   if(!AliTRDtrackletOflHelper::Fit(n, xc, yc, sy, par, 1.5, cov)){
2113     AliDebug(1, Form("Tracklet fit failed D[%03d].", fDet));
2114     SetErrorMsg(kFitCl);
2115     return kFALSE;
2116   }
2117   fYfit[0] = par[0];
2118   fYfit[1] = par[1];
2119   // store covariance
2120   fCov[0] = kScalePulls*cov[0]; // variance of y0
2121   fCov[1] = kScalePulls*cov[2]; // covariance of y0, dydx
2122   fCov[2] = kScalePulls*cov[1]; // variance of dydx
2123   // the ref radial position is set at the minimum of
2124   // the y variance of the tracklet
2125   fX   = 0.;//-fCov[1]/fCov[2];
2126   // check radial position
2127   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2128   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2129     AliDebug(1, Form("Ref radial position x[%5.2f] ouside D[%3d].", fX, fDet));
2130     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2131     return kFALSE;
2132   }
2133   fS2Y = fCov[0] + fX*fCov[1];
2134   fS2Z = fPad[0]*fPad[0]/12.;
2135   AliDebug(2, Form("[I]  x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[cm]=%6.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)));
2136   if(IsRowCross()){
2137     Float_t x,z;
2138     if(!GetEstimatedCrossPoint(x,z)){
2139       AliDebug(2, Form("Failed(I) getting crossing point D[%03d].", fDet));
2140       SetErrorMsg(kFitFailedY);
2141       return kTRUE;
2142     }
2143     //if(IsPrimary()){
2144       fZfit[0] = fX0*z/x;
2145       fZfit[1] = z/x;
2146       fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZfit[1]); fS2Z *= fS2Z;
2147     //}
2148     AliDebug(2, Form("s2y[%f] s2z[%f]", fS2Y, fS2Z));
2149     AliDebug(2, Form("[II] x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f sy[um]=%6.2f sz[um]=%6.2f dzdx[deg]=%+5.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg(), TMath::Sqrt(fS2Y)*1.e4, TMath::Sqrt(fS2Z)*1.e4, TMath::ATan(fZfit[1])*TMath::RadToDeg()));
2150   }
2151
2152   if(pstreamer){
2153     Float_t x= fX0 -fX,
2154             y = GetY(),
2155             yt = fYref[0]-fX*fYref[1];
2156     SETBIT(status, 2);
2157     TVectorD vcov(3); vcov[0]=cov[0];vcov[1]=cov[1];vcov[2]=cov[2];
2158     Double_t sm(0.), chi2(0.), tmp, dy[kNclusters];
2159     for(Int_t ic(0); ic<n; ic++){
2160       sm   += sy[ic];
2161       dy[ic] = yc[ic]-(fYfit[0]+(xc[ic]-fX0)*fYfit[1]); tmp = dy[ic]/sy[ic];
2162       chi2 += tmp*tmp;
2163     }
2164     sm /= n; chi2 = TMath::Sqrt(chi2);
2165     Double_t m(0.), s(0.);
2166     AliMathBase::EvaluateUni(n, dy, m, s, 0);
2167     (*pstreamer) << "FitRobust4"
2168       << "stat=" << status
2169       << "chg="  << chg
2170       << "ncl="  << n
2171       << "det="  << fDet
2172       << "x0="   << fX0
2173       << "y0="   << fYfit[0]
2174       << "x="    << x
2175       << "y="    << y
2176       << "dydx=" << fYfit[1]
2177       << "pt="   << fPt
2178       << "yt="   << yt
2179       << "dydxt="<< fYref[1]
2180       << "cov="  << &vcov
2181       << "chi2=" << chi2
2182       << "sm="   << sm
2183       << "ss="   << s
2184       << "\n";
2185   }
2186   return kTRUE;
2187 }
2188
2189 //___________________________________________________________________
2190 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
2191 {
2192   //
2193   // Printing the seedstatus
2194   //
2195
2196   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
2197   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
2198   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
2199   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
2200
2201   Double_t cov[3], x=GetX();
2202   GetCovAt(x, cov);
2203   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
2204   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
2205   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]));
2206   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
2207   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
2208   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
2209   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
2210
2211   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
2212
2213   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
2214   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
2215     if(!(*jc)) continue;
2216     (*jc)->Print(o);
2217   }
2218 }
2219
2220
2221 //___________________________________________________________________
2222 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
2223 {
2224   // Checks if current instance of the class has the same essential members
2225   // as the given one
2226
2227   if(!o) return kFALSE;
2228   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
2229   if(!inTracklet) return kFALSE;
2230
2231   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
2232     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
2233     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
2234   }
2235
2236   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
2237   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
2238   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
2239
2240   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
2241 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
2242 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
2243 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
2244     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
2245   }
2246 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
2247
2248   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
2249     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
2250     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
2251     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
2252   }
2253
2254 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
2255   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
2256   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
2257   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
2258   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
2259   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
2260
2261   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
2262   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
2263   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
2264   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
2265
2266   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
2267   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
2268   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
2269
2270   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
2271     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
2272     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
2273     if (curCluster && inCluster){
2274       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
2275         curCluster->Print();
2276         inCluster->Print();
2277         return kFALSE;
2278       }
2279     } else {
2280       // if one cluster exists, and corresponding
2281       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
2282       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
2283     }
2284   }
2285   return kTRUE;
2286 }
2287