334417376e4911e9a9025d934a4784a6e604d2af
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDtrackerV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 //  Track finder                                                             //
21 //                                                                           //
22 //  Authors:                                                                 //
23 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                        //
24 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                          //
25 //                                                                           //
26 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
27
28 #include <TBranch.h>
29 #include <TDirectory.h>
30 #include <TLinearFitter.h>
31 #include <TTree.h>  
32 #include <TClonesArray.h>
33 #include <TTreeStream.h>
34 #include <TGeoMatrix.h>
35 #include <TGeoManager.h>
36
37 #include "AliLog.h"
38 #include "AliMathBase.h"
39 #include "AliESDEvent.h"
40 #include "AliGeomManager.h"
41 #include "AliRieman.h"
42 #include "AliTrackPointArray.h"
43
44 #include "AliTRDgeometry.h"
45 #include "AliTRDpadPlane.h"
46 #include "AliTRDcalibDB.h"
47 #include "AliTRDReconstructor.h"
48 #include "AliTRDCalibraFillHisto.h"
49 #include "AliTRDrecoParam.h"
50
51 #include "AliTRDcluster.h" 
52 #include "AliTRDdigitsParam.h"
53 #include "AliTRDseedV1.h"
54 #include "AliTRDtrackV1.h"
55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
56 #include "AliTRDtrackerDebug.h"
57 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
58 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
59
60 ClassImp(AliTRDtrackerV1)
61 ClassImp(AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare)
62 ClassImp(AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman)
63
64 const  Float_t  AliTRDtrackerV1::fgkMinClustersInTrack =  0.5;  //
65 const  Float_t  AliTRDtrackerV1::fgkLabelFraction      =  0.8;  //
66 const  Double_t AliTRDtrackerV1::fgkMaxChi2            = 12.0;  //
67 const  Double_t AliTRDtrackerV1::fgkMaxSnp             =  0.95; // Maximum local sine of the azimuthal angle
68 const  Double_t AliTRDtrackerV1::fgkMaxStep            =  2.0;  // Maximal step size in propagation 
69 Double_t AliTRDtrackerV1::fgTopologicQA[kNConfigs] = {
70   0.5112, 0.5112, 0.5112, 0.0786, 0.0786,
71   0.0786, 0.0786, 0.0579, 0.0579, 0.0474,
72   0.0474, 0.0408, 0.0335, 0.0335, 0.0335
73 };  
74 const Double_t AliTRDtrackerV1::fgkX0[kNPlanes]    = {
75   300.2, 312.8, 325.4, 338.0, 350.6, 363.2};
76 Int_t AliTRDtrackerV1::fgNTimeBins = 0;
77 AliRieman* AliTRDtrackerV1::fgRieman = NULL;
78 TLinearFitter* AliTRDtrackerV1::fgTiltedRieman = NULL;
79 TLinearFitter* AliTRDtrackerV1::fgTiltedRiemanConstrained = NULL;
80
81 //____________________________________________________________________
82 AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackerV1(AliTRDReconstructor *rec) 
83   :AliTracker()
84   ,fkReconstructor(NULL)
85   ,fkRecoParam(NULL)
86   ,fGeom(NULL)
87   ,fClusters(NULL)
88   ,fTracklets(NULL)
89   ,fTracks(NULL)
90   ,fTracksESD(NULL)
91   ,fSieveSeeding(0)
92 {
93   //
94   // Default constructor.
95   // 
96   
97   SetReconstructor(rec); // initialize reconstructor
98
99   // initialize geometry
100   if(!AliGeomManager::GetGeometry()){
101     AliFatal("Could not get geometry.");
102   }
103   fGeom = new AliTRDgeometry();
104   fGeom->CreateClusterMatrixArray();
105   TGeoHMatrix *matrix = NULL;
106   Double_t loc[] = {0., 0., 0.};
107   Double_t glb[] = {0., 0., 0.};
108   for(Int_t ily=kNPlanes; ily--;){
109     Int_t ism = 0;
110     while(!(matrix = fGeom->GetClusterMatrix(AliTRDgeometry::GetDetector(ily, 2, ism)))) ism++;
111     if(!matrix){
112       AliError(Form("Could not get transformation matrix for layer %d. Use default.", ily));
113       fR[ily] = fgkX0[ily];
114       continue;
115     }
116     matrix->LocalToMaster(loc, glb);
117     fR[ily] = glb[0]+ AliTRDgeometry::AnodePos()-.5*AliTRDgeometry::AmThick() - AliTRDgeometry::DrThick();
118   }
119
120   // initialize cluster containers
121   for (Int_t isector = 0; isector < AliTRDgeometry::kNsector; isector++) new(&fTrSec[isector]) AliTRDtrackingSector(fGeom, isector);
122   
123   // initialize arrays
124   memset(fTrackQuality, 0, kMaxTracksStack*sizeof(Double_t));
125   memset(fSeedLayer, 0, kMaxTracksStack*sizeof(Int_t));
126   memset(fSeedTB, 0, kNSeedPlanes*sizeof(AliTRDchamberTimeBin*));
127   fTracksESD = new TClonesArray("AliESDtrack", 2*kMaxTracksStack);
128   fTracksESD->SetOwner();
129 }
130
131 //____________________________________________________________________
132 AliTRDtrackerV1::~AliTRDtrackerV1()
133
134   //
135   // Destructor
136   //
137   
138   if(fgRieman) delete fgRieman; fgRieman = NULL;
139   if(fgTiltedRieman) delete fgTiltedRieman; fgTiltedRieman = NULL;
140   if(fgTiltedRiemanConstrained) delete fgTiltedRiemanConstrained; fgTiltedRiemanConstrained = NULL;
141   for(Int_t isl =0; isl<kNSeedPlanes; isl++) if(fSeedTB[isl]) delete fSeedTB[isl];
142   if(fTracksESD){ fTracksESD->Delete(); delete fTracksESD; }
143   if(fTracks) {fTracks->Delete(); delete fTracks;}
144   if(fTracklets) {fTracklets->Delete(); delete fTracklets;}
145   if(fClusters) {
146     fClusters->Delete(); delete fClusters;
147   }
148   if(fGeom) delete fGeom;
149 }
150
151 //____________________________________________________________________
152 Int_t AliTRDtrackerV1::Clusters2Tracks(AliESDEvent *esd)
153 {
154   //
155   // Steering stand alone tracking for full TRD detector
156   //
157   // Parameters :
158   //   esd     : The ESD event. On output it contains 
159   //             the ESD tracks found in TRD.
160   //
161   // Output :
162   //   Number of tracks found in the TRD detector.
163   // 
164   // Detailed description
165   // 1. Launch individual SM trackers. 
166   //    See AliTRDtrackerV1::Clusters2TracksSM() for details.
167   //
168
169   if(!fkRecoParam){
170     AliError("Reconstruction configuration not initialized. Call first AliTRDReconstructor::SetRecoParam().");
171     return 0;
172   }
173   
174   //AliInfo("Start Track Finder ...");
175   Int_t ntracks = 0;
176   for(int ism=0; ism<AliTRDgeometry::kNsector; ism++){
177     //  for(int ism=1; ism<2; ism++){
178     //AliInfo(Form("Processing supermodule %i ...", ism));
179     ntracks += Clusters2TracksSM(ism, esd);
180   }
181   AliInfo(Form("Number of tracks: !TRDin[%d]", ntracks));
182   return ntracks;
183 }
184
185
186 //_____________________________________________________________________________
187 Bool_t AliTRDtrackerV1::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint &p) const
188 {
189   //AliInfo(Form("Asking for tracklet %d", index));
190   
191   // reset position of the point before using it
192   p.SetXYZ(0., 0., 0.);
193   AliTRDseedV1 *tracklet = GetTracklet(index); 
194   if (!tracklet) return kFALSE;
195
196   // get detector for this tracklet
197   Int_t det = tracklet->GetDetector();
198   Int_t sec = fGeom->GetSector(det);
199   Double_t alpha = (sec+.5)*AliTRDgeometry::GetAlpha(),
200            sinA  = TMath::Sin(alpha),
201            cosA  = TMath::Cos(alpha);
202   Double_t local[3];
203   local[0] = tracklet->GetX(); 
204   local[1] = tracklet->GetY();
205   local[2] = tracklet->GetZ();
206   Double_t global[3];
207   fGeom->RotateBack(det, local, global);
208
209   Double_t cov2D[3]; Float_t cov[6];
210   tracklet->GetCovAt(local[0], cov2D);
211   cov[0] = cov2D[0]*sinA*sinA;
212   cov[1] =-cov2D[0]*sinA*cosA;
213   cov[2] =-cov2D[1]*sinA;
214   cov[3] = cov2D[0]*cosA*cosA;
215   cov[4] = cov2D[1]*cosA;
216   cov[5] = cov2D[2];
217   // store the global position of the tracklet and its covariance matrix in the track point 
218   p.SetXYZ(global[0],global[1],global[2], cov);
219   
220   // setting volume id
221   AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::ELayerID(AliGeomManager::kTRD1+fGeom->GetLayer(det));
222   Int_t    modId = fGeom->GetSector(det) * AliTRDgeometry::kNstack + fGeom->GetStack(det);
223   UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer, modId);
224   p.SetVolumeID(volid);
225     
226   return kTRUE;
227 }
228
229 //____________________________________________________________________
230 TLinearFitter* AliTRDtrackerV1::GetTiltedRiemanFitter()
231 {
232   if(!fgTiltedRieman) fgTiltedRieman = new TLinearFitter(4, "hyp4");
233   return fgTiltedRieman;
234 }
235
236 //____________________________________________________________________
237 TLinearFitter* AliTRDtrackerV1::GetTiltedRiemanFitterConstraint()
238 {
239   if(!fgTiltedRiemanConstrained) fgTiltedRiemanConstrained = new TLinearFitter(2, "hyp2");
240   return fgTiltedRiemanConstrained;
241 }
242   
243 //____________________________________________________________________  
244 AliRieman* AliTRDtrackerV1::GetRiemanFitter()
245 {
246   if(!fgRieman) fgRieman = new AliRieman(AliTRDseedV1::kNtb * AliTRDgeometry::kNlayer);
247   return fgRieman;
248 }
249   
250 //_____________________________________________________________________________
251 Int_t AliTRDtrackerV1::PropagateBack(AliESDEvent *event) 
252 {
253 // Propagation of ESD tracks from TPC to TOF detectors and building of the TRD track. For building
254 // a TRD track an ESD track is used as seed. The informations obtained on the TRD track (measured points,
255 // covariance, PID, etc.) are than used to update the corresponding ESD track.
256 // Each track seed is first propagated to the geometrical limit of the TRD detector. 
257 // Its prolongation is searched in the TRD and if corresponding clusters are found tracklets are 
258 // constructed out of them (see AliTRDseedV1::AttachClusters()) and the track is updated. 
259 // Otherwise the ESD track is left unchanged.
260 // 
261 // The following steps are performed:
262 // 1. Selection of tracks based on the variance in the y-z plane.
263 // 2. Propagation to the geometrical limit of the TRD volume. If track propagation fails the AliESDtrack::kTRDStop is set.
264 // 3. Prolongation inside the fiducial volume (see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()) and marking
265 // the following status bits:
266 //   - AliESDtrack::kTRDin - if the tracks enters the TRD fiducial volume
267 //   - AliESDtrack::kTRDStop - if the tracks fails propagation
268 //   - AliESDtrack::kTRDbackup - if the tracks fulfills chi2 conditions and qualify for refitting
269 // 4. Writting to friends, PID, MC label, quality etc. Setting status bit AliESDtrack::kTRDout.
270 // 5. Propagation to TOF. If track propagation fails the AliESDtrack::kTRDStop is set.
271 //  
272
273   if(!fClusters || !fClusters->GetEntriesFast()){ 
274     AliInfo("No TRD clusters");
275     return 0;
276   }
277   AliTRDCalibraFillHisto *calibra = AliTRDCalibraFillHisto::Instance(); // Calibration monitor
278   if (!calibra) AliInfo("Could not get Calibra instance");
279   if (!fgNTimeBins) fgNTimeBins = fkReconstructor->GetNTimeBins(); 
280
281   // Define scalers
282   Int_t nFound   = 0, // number of tracks found
283         nBacked  = 0, // number of tracks backed up for refit
284         nSeeds   = 0, // total number of ESD seeds
285         nTRDseeds= 0, // number of seeds in the TRD acceptance
286         nTPCseeds= 0; // number of TPC seeds
287   Float_t foundMin = 20.0;
288   
289   Float_t *quality = NULL;
290   Int_t   *index   = NULL;
291   nSeeds   = event->GetNumberOfTracks();
292   // Sort tracks according to quality 
293   // (covariance in the yz plane)
294   if(nSeeds){  
295     quality = new Float_t[nSeeds];
296     index   = new Int_t[nSeeds];
297     for (Int_t iSeed = nSeeds; iSeed--;) {
298       AliESDtrack *seed = event->GetTrack(iSeed);
299       Double_t covariance[15];
300       seed->GetExternalCovariance(covariance);
301       quality[iSeed] = covariance[0] + covariance[2];
302     }
303     TMath::Sort(nSeeds, quality, index,kFALSE);
304   }
305   
306   // Propagate all seeds
307   Int_t   expectedClr;
308   AliTRDtrackV1 track;
309   for (Int_t iSeed = 0; iSeed < nSeeds; iSeed++) {
310   
311     // Get the seeds in sorted sequence
312     AliESDtrack *seed = event->GetTrack(index[iSeed]);
313     Float_t p4  = seed->GetC(seed->GetBz());
314   
315     // Check the seed status
316     ULong_t status = seed->GetStatus();
317     if ((status & AliESDtrack::kTPCout) == 0) continue;
318     if ((status & AliESDtrack::kTRDout) != 0) continue;
319
320     // Propagate to the entrance in the TRD mother volume
321     track.~AliTRDtrackV1();
322     new(&track) AliTRDtrackV1(*seed);
323     if(AliTRDgeometry::GetXtrdBeg() > (fgkMaxStep + track.GetX()) && !PropagateToX(track, AliTRDgeometry::GetXtrdBeg(), fgkMaxStep)){ 
324       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
325       continue;
326     }    
327     if(!AdjustSector(&track)){
328       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
329       continue;
330     }
331     if(TMath::Abs(track.GetSnp()) > fgkMaxSnp) {
332       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
333       continue;
334     }
335     nTPCseeds++;
336     AliDebug(2, Form("TRD propagate TPC seed[%d] = %d.", iSeed, index[iSeed]));
337     // store track status at TRD entrance
338     seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDbackup);
339
340     // prepare track and do propagation in the TRD
341     track.SetReconstructor(fkReconstructor);
342     track.SetKink(Bool_t(seed->GetKinkIndex(0)));
343     track.SetPrimary(status & AliESDtrack::kTPCin);
344     expectedClr = FollowBackProlongation(track);
345     // check if track entered the TRD fiducial volume
346     if(track.GetTrackIn()){ 
347       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDin);
348       nTRDseeds++;
349     }
350     // check if track was stopped in the TRD
351     if (expectedClr<0){      
352       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
353       continue;
354     }
355
356     if(expectedClr){
357       nFound++;  
358       // computes PID for track
359       track.CookPID();
360       // update calibration references using this track
361       if(calibra->GetHisto2d()) calibra->UpdateHistogramsV1(&track);
362       // save calibration object
363       if (fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 0) { 
364         AliTRDtrackV1 *calibTrack = new AliTRDtrackV1(track);
365         calibTrack->SetOwner();
366         seed->AddCalibObject(calibTrack);
367       }
368       //update ESD track
369       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDout);
370       track.UpdateESDtrack(seed);
371     }
372
373     if ((TMath::Abs(track.GetC(track.GetBz()) - p4) / TMath::Abs(p4) < 0.2) ||(track.Pt() > 0.8)) {
374
375       // Make backup for back propagation
376       Int_t foundClr = track.GetNumberOfClusters();
377       if (foundClr >= foundMin) {
378         track.CookLabel(1. - fgkLabelFraction);
379         //if(track.GetBackupTrack()) UseClusters(track.GetBackupTrack());
380
381         // Sign only gold tracks
382         if (track.GetChi2() / track.GetNumberOfClusters() < 4) {
383           //if ((seed->GetKinkIndex(0)      ==   0) && (track.Pt() <  1.5)) UseClusters(&track);
384         }
385         Bool_t isGold = kFALSE;
386   
387         // Full gold track
388         if (track.GetChi2() / track.GetNumberOfClusters() < 5) {
389           if (track.GetBackupTrack()) seed->UpdateTrackParams(track.GetBackupTrack(),AliESDtrack::kTRDbackup);
390           nBacked++;
391           isGold = kTRUE;
392         }
393   
394         // Almost gold track
395         if ((!isGold)  && (track.GetNCross() == 0) &&   (track.GetChi2() / track.GetNumberOfClusters()  < 7)) {
396           //seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDbackup);
397           if (track.GetBackupTrack()) seed->UpdateTrackParams(track.GetBackupTrack(),AliESDtrack::kTRDbackup);
398           nBacked++;
399           isGold = kTRUE;
400         }
401         
402         if ((!isGold) && (track.GetBackupTrack())) {
403           if ((track.GetBackupTrack()->GetNumberOfClusters() > foundMin) && ((track.GetBackupTrack()->GetChi2()/(track.GetBackupTrack()->GetNumberOfClusters()+1)) < 7)) {
404             seed->UpdateTrackParams(track.GetBackupTrack(),AliESDtrack::kTRDbackup);
405             nBacked++;
406             isGold = kTRUE;
407           }
408         }
409       }
410     }
411     
412     // Propagation to the TOF
413     if(!(seed->GetStatus()&AliESDtrack::kTRDStop)) {
414       Int_t sm = track.GetSector();
415       // default value in case we have problems with the geometry.
416       Double_t xtof  = 371.; 
417       //Calculate radial position of the beginning of the TOF
418       //mother volume. In order to avoid mixing of the TRD 
419       //and TOF modules some hard values are needed. This are:
420       //1. The path to the TOF module.
421       //2. The width of the TOF (29.05 cm)
422       //(with the help of Annalisa de Caro Mar-17-2009)
423       if(gGeoManager){
424         gGeoManager->cd(Form("/ALIC_1/B077_1/BSEGMO%d_1/BTOF%d_1", sm, sm));
425         TGeoHMatrix *m = NULL;
426         Double_t loc[]={0., 0., -.5*29.05}, glob[3];
427         
428         if((m=gGeoManager->GetCurrentMatrix())){
429           m->LocalToMaster(loc, glob);
430           xtof = TMath::Sqrt(glob[0]*glob[0]+glob[1]*glob[1]);
431         }
432       }
433       if(xtof > (fgkMaxStep + track.GetX()) && !PropagateToX(track, xtof, fgkMaxStep)){ 
434         seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
435         continue;
436       }
437       if(!AdjustSector(&track)){ 
438         seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
439         continue;
440       }
441       if(TMath::Abs(track.GetSnp()) > fgkMaxSnp){ 
442         seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDStop);
443         continue;
444       }
445       //seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDout);
446       // TODO obsolete - delete
447       seed->SetTRDQuality(track.StatusForTOF()); 
448     }
449     seed->SetTRDBudget(track.GetBudget(0));
450   }
451   if(index) delete [] index;
452   if(quality) delete [] quality;
453
454   AliInfo(Form("Number of seeds: TPCout[%d] TRDin[%d]", nTPCseeds, nTRDseeds));
455   AliInfo(Form("Number of tracks: TRDout[%d] TRDbackup[%d]", nFound, nBacked));
456
457   // run stand alone tracking
458   if (fkReconstructor->IsSeeding()) Clusters2Tracks(event);
459   
460   return 0;
461 }
462
463
464 //____________________________________________________________________
465 Int_t AliTRDtrackerV1::RefitInward(AliESDEvent *event)
466 {
467   //
468   // Refits tracks within the TRD. The ESD event is expected to contain seeds 
469   // at the outer part of the TRD. 
470   // The tracks are propagated to the innermost time bin 
471   // of the TRD and the ESD event is updated
472   // Origin: Thomas KUHR (Thomas.Kuhr@cern.ch)
473   //
474
475   Int_t   nseed    = 0; // contor for loaded seeds
476   Int_t   found    = 0; // contor for updated TRD tracks
477   
478   
479   if(!fClusters || !fClusters->GetEntriesFast()){ 
480     AliInfo("No TRD clusters");
481     return 0;
482   }
483   AliTRDtrackV1 track;
484   for (Int_t itrack = 0; itrack < event->GetNumberOfTracks(); itrack++) {
485     AliESDtrack *seed = event->GetTrack(itrack);
486     ULong_t status = seed->GetStatus();
487
488     new(&track) AliTRDtrackV1(*seed);
489     if (track.GetX() < 270.0) {
490       seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDbackup);
491       continue;
492     }
493
494     // reject tracks which failed propagation in the TRD or
495     // are produced by the TRD stand alone tracker
496     if(!(status & AliESDtrack::kTRDout)) continue;
497     if(!(status & AliESDtrack::kTRDin)) continue;
498     nseed++; 
499
500     track.ResetCovariance(50.0);
501
502     // do the propagation and processing
503     Bool_t kUPDATE = kFALSE;
504     Double_t xTPC = 250.0;
505     if(FollowProlongation(track)){      
506       // Update the friend track
507       if (fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 0){ 
508         TObject *o = NULL; Int_t ic = 0;
509         AliTRDtrackV1 *calibTrack = NULL; 
510         while((o = seed->GetCalibObject(ic++))){
511           if(!(calibTrack = dynamic_cast<AliTRDtrackV1*>(o))) continue;
512           calibTrack->SetTrackOut(&track);
513         }
514       }
515
516       // Prolongate to TPC
517       if (PropagateToX(track, xTPC, fgkMaxStep)) { //  -with update
518         seed->UpdateTrackParams(&track, AliESDtrack::kTRDrefit);
519         found++;
520         kUPDATE = kTRUE;
521       }
522     }
523     
524     // Prolongate to TPC without update
525     if(!kUPDATE) {
526       AliTRDtrackV1 tt(*seed);
527       if (PropagateToX(tt, xTPC, fgkMaxStep)) seed->UpdateTrackParams(&tt, AliESDtrack::kTRDbackup);
528     }
529   }
530   AliInfo(Form("Number of seeds: TRDout[%d]", nseed));
531   AliInfo(Form("Number of tracks: TRDrefit[%d]", found));
532   
533   return 0;
534 }
535
536 //____________________________________________________________________
537 Int_t AliTRDtrackerV1::FollowProlongation(AliTRDtrackV1 &t)
538 {
539   // Extrapolates the TRD track in the TPC direction.
540   //
541   // Parameters
542   //   t : the TRD track which has to be extrapolated
543   // 
544   // Output
545   //   number of clusters attached to the track
546   //
547   // Detailed description
548   //
549   // Starting from current radial position of track <t> this function
550   // extrapolates the track through the 6 TRD layers. The following steps
551   // are being performed for each plane:
552   // 1. prepare track:
553   //   a. get plane limits in the local x direction
554   //   b. check crossing sectors 
555   //   c. check track inclination
556   // 2. search tracklet in the tracker list (see GetTracklet() for details)
557   // 3. evaluate material budget using the geo manager
558   // 4. propagate and update track using the tracklet information.
559   //
560   // Debug level 2
561   //
562   
563   Int_t    nClustersExpected = 0;
564   for (Int_t iplane = kNPlanes; iplane--;) {
565     Int_t   index(-1);
566     AliTRDseedV1 *tracklet = GetTracklet(&t, iplane, index);
567     AliDebug(2, Form("Tracklet[%p] ly[%d] idx[%d]", (void*)tracklet, iplane, index));
568     if(!tracklet) continue;
569     if(!tracklet->IsOK()){ 
570       AliDebug(1, Form("Tracklet Det[%d] !OK", tracklet->GetDetector()));
571       continue;
572     }
573     Double_t x  = tracklet->GetX();//GetX0();
574     // reject tracklets which are not considered for inward refit
575     if(x > t.GetX()+fgkMaxStep) continue;
576
577     // append tracklet to track
578     t.SetTracklet(tracklet, index);
579     
580     if (x < (t.GetX()-fgkMaxStep) && !PropagateToX(t, x+fgkMaxStep, fgkMaxStep)) break;
581     if (!AdjustSector(&t)) break;
582     
583     // Start global position
584     Double_t xyz0[3];
585     t.GetXYZ(xyz0);
586
587     // End global position
588     Double_t alpha = t.GetAlpha(), y, z;
589     if (!t.GetProlongation(x,y,z)) break;    
590     Double_t xyz1[3];
591     xyz1[0] =  x * TMath::Cos(alpha) - y * TMath::Sin(alpha);
592     xyz1[1] =  x * TMath::Sin(alpha) + y * TMath::Cos(alpha);
593     xyz1[2] =  z;
594         
595     Double_t length = TMath::Sqrt(
596       (xyz0[0]-xyz1[0])*(xyz0[0]-xyz1[0]) +
597       (xyz0[1]-xyz1[1])*(xyz0[1]-xyz1[1]) +
598       (xyz0[2]-xyz1[2])*(xyz0[2]-xyz1[2])
599     );
600     if(length>0.){
601       // Get material budget
602       Double_t param[7];
603       if(AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0, xyz1, param)<=0.) break;
604       Double_t xrho= param[0]*param[4];
605       Double_t xx0 = param[1]; // Get mean propagation parameters
606   
607       // Propagate and update           
608       t.PropagateTo(x, xx0, xrho);
609       if (!AdjustSector(&t)) break;
610     }
611
612     Double_t cov[3]; tracklet->GetCovAt(x, cov);
613     Double_t p[2] = { tracklet->GetY(), tracklet->GetZ()};
614     Double_t chi2 = ((AliExternalTrackParam)t).GetPredictedChi2(p, cov);
615     if (chi2 < 1e+10 && ((AliExternalTrackParam&)t).Update(p, cov)){ 
616       // Register info to track
617       t.SetNumberOfClusters();
618       t.UpdateChi2(chi2);
619       nClustersExpected += tracklet->GetN();
620     }
621   }
622
623   if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1){
624     Int_t index;
625     for(int iplane=0; iplane<AliTRDgeometry::kNlayer; iplane++){
626       AliTRDseedV1 *tracklet = GetTracklet(&t, iplane, index);
627       if(!tracklet) continue;
628       t.SetTracklet(tracklet, index);
629     }
630
631     if(fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
632       Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
633       TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
634       AliTRDtrackV1 track(t);
635       track.SetOwner();
636       cstreamer << "FollowProlongation"
637           << "EventNumber="     << eventNumber
638           << "ncl="                                     << nClustersExpected
639           << "track.="                  << &track
640           << "\n";
641     }
642   }
643   return nClustersExpected;
644
645 }
646
647 //_____________________________________________________________________________
648 Int_t AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation(AliTRDtrackV1 &t)
649 {
650 // Extrapolates/Build the TRD track in the TOF direction.
651 //
652 // Parameters
653 //   t : the TRD track which has to be extrapolated
654 // 
655 // Output
656 //   number of clusters attached to the track
657 //
658 // Starting from current radial position of track <t> this function
659 // extrapolates the track through the 6 TRD layers. The following steps
660 // are being performed for each plane:
661 // 1. Propagate track to the entrance of the next chamber:
662 //   - get chamber limits in the radial direction
663 //   - check crossing sectors 
664 //   - check track inclination
665 //   - check track prolongation against boundary conditions (see exclusion boundaries on AliTRDgeometry::IsOnBoundary())
666 // 2. Build tracklet (see AliTRDseed::AttachClusters() for details) for this layer if needed. If only 
667 //    Kalman filter is needed and tracklets are already linked to the track this step is skipped.
668 // 3. Fit tracklet using the information from the Kalman filter.
669 // 4. Propagate and update track at reference radial position of the tracklet.
670 // 5. Register tracklet with the tracker and track; update pulls monitoring.
671 //
672 // Observation
673 //   1. During the propagation a bit map is filled detailing the status of the track in each TRD chamber. The following errors are being registered for each tracklet:
674 // - AliTRDtrackV1::kProlongation : track prolongation failed
675 // - AliTRDtrackV1::kPropagation : track prolongation failed
676 // - AliTRDtrackV1::kAdjustSector : failed during sector crossing
677 // - AliTRDtrackV1::kSnp : too large bending
678 // - AliTRDtrackV1::kTrackletInit : fail to initialize tracklet
679 // - AliTRDtrackV1::kUpdate : fail to attach clusters or fit the tracklet
680 // - AliTRDtrackV1::kUnknown : anything which is not covered before
681 //   2. By default the status of the track before first TRD update is saved. 
682 // 
683 // Debug level 2
684 //
685 // Author
686 //   Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
687 //
688
689   Int_t n = 0;
690   Double_t driftLength = .5*AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick();
691   AliTRDtrackingChamber *chamber = NULL;
692   
693   Int_t debugLevel = fkReconstructor->IsDebugStreaming() ? fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) : 0;
694   TTreeSRedirector *cstreamer = fkReconstructor->IsDebugStreaming() ? fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker) : 0x0;
695
696   Bool_t kStoreIn(kTRUE),     // toggel store track params. at TRD entry
697          kStandAlone(kFALSE), // toggle tracker awarness of stand alone seeding 
698          kUseTRD(fkRecoParam->IsOverPtThreshold(t.Pt()));// use TRD measurment to update Kalman
699
700   Int_t startLayer(0);
701   AliTRDseedV1 tracklet, *ptrTracklet = NULL;
702   // Special case for stand alone tracking
703   // - store all tracklets found by seeding
704   // - start propagation from first tracklet found
705   AliTRDseedV1 *tracklets[kNPlanes];
706   memset(tracklets, 0, sizeof(AliTRDseedV1 *) * kNPlanes);
707   for(Int_t ip(kNPlanes); ip--;){
708     if(!(tracklets[ip] = t.GetTracklet(ip))) continue;
709     t.UnsetTracklet(ip);
710     if(tracklets[ip]->IsOK()) startLayer=ip;
711     kStandAlone = kTRUE;
712     kUseTRD = kTRUE;
713   } 
714   AliDebug(4, Form("SA[%c] Start[%d]\n"
715     "  [0]idx[%d] traklet[%p]\n"
716     "  [1]idx[%d] traklet[%p]\n"
717     "  [2]idx[%d] traklet[%p]\n"
718     "  [3]idx[%d] traklet[%p]\n"
719     "  [4]idx[%d] traklet[%p]\n"
720     "  [5]idx[%d] traklet[%p]"
721     , kStandAlone?'y':'n', startLayer
722     , t.GetTrackletIndex(0), (void*)tracklets[0]
723     , t.GetTrackletIndex(1), (void*)tracklets[1]
724     , t.GetTrackletIndex(2), (void*)tracklets[2]
725     , t.GetTrackletIndex(3), (void*)tracklets[3]
726     , t.GetTrackletIndex(4), (void*)tracklets[4]
727     , t.GetTrackletIndex(5), (void*)tracklets[5]));
728
729   // Loop through the TRD layers
730   TGeoHMatrix *matrix = NULL;
731   Double_t x, y, z;
732   for (Int_t ily=startLayer, sm=-1, stk=-1, det=-1; ily < AliTRDgeometry::kNlayer; ily++) {
733     AliDebug(2, Form("Propagate to x[%d] = %7.2f", ily, fR[ily]));
734
735     // rough estimate of the entry point
736     if (!t.GetProlongation(fR[ily], y, z)){
737       n=-1; 
738       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kProlongation);
739       AliDebug(4, Form("Failed Rough Prolongation to ly[%d] x[%7.2f] y[%7.2f] z[%7.2f]", ily, fR[ily], y, z));
740       break;
741     }
742
743     // find sector / stack / detector
744     sm = t.GetSector();
745     // TODO cross check with y value !
746     stk = fGeom->GetStack(z, ily);
747     det = stk>=0 ? AliTRDgeometry::GetDetector(ily, stk, sm) : -1;
748     matrix = det>=0 ? fGeom->GetClusterMatrix(det) : NULL;
749     AliDebug(3, Form("Propagate to det[%3d]", det));
750
751     // check if supermodule/chamber is installed
752     if( !fGeom->GetSMstatus(sm) ||
753         stk<0. ||
754         fGeom->IsHole(ily, stk, sm) ||
755         !matrix ){ 
756       AliDebug(4, Form("Missing Geometry ly[%d]. Guess radial position", ily));
757       // propagate to the default radial position
758       if(fR[ily] > (fgkMaxStep + t.GetX()) && !PropagateToX(t, fR[ily], fgkMaxStep)){
759         n=-1; 
760         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kPropagation);
761         AliDebug(4, "Failed Propagation [Missing Geometry]");
762         break;
763       }
764       if(!AdjustSector(&t)){
765         n=-1; 
766         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kAdjustSector);
767         AliDebug(4, "Failed Adjust Sector [Missing Geometry]");
768         break;
769       }
770       if(TMath::Abs(t.GetSnp()) > fgkMaxSnp){
771         n=-1; 
772         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kSnp);
773         AliDebug(4, "Failed Max Snp [Missing Geometry]");
774         break;
775       }
776       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kGeometry, ily);
777       continue;
778     }
779
780     // retrieve rotation matrix for the current chamber
781     Double_t loc[] = {AliTRDgeometry::AnodePos()- driftLength, 0., 0.};
782     Double_t glb[] = {0., 0., 0.};
783     matrix->LocalToMaster(loc, glb);
784
785     // Propagate to the radial distance of the current layer
786     x = glb[0] - fgkMaxStep;
787     if(x > (fgkMaxStep + t.GetX()) && !PropagateToX(t, x, fgkMaxStep)){
788       n=-1; 
789       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kPropagation);
790       AliDebug(4, Form("Failed Initial Propagation to x[%7.2f]", x));
791       break;
792     }
793     if(!AdjustSector(&t)){
794       n=-1; 
795       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kAdjustSector);
796       AliDebug(4, "Failed Adjust Sector Start");
797       break;
798     }
799     if(TMath::Abs(t.GetSnp()) > fgkMaxSnp) {
800       n=-1; 
801       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kSnp);
802       AliDebug(4, Form("Failed Max Snp[%f] MaxSnp[%f]", t.GetSnp(), fgkMaxSnp));
803       break;
804     }
805     Bool_t doRecalculate = kFALSE;
806     if(sm != t.GetSector()){
807       sm = t.GetSector(); 
808       doRecalculate = kTRUE;
809     }
810     if(stk != fGeom->GetStack(z, ily)){
811       stk = fGeom->GetStack(z, ily);
812       doRecalculate = kTRUE;
813     }
814     if(doRecalculate){
815       det = AliTRDgeometry::GetDetector(ily, stk, sm);
816       if(!(matrix = fGeom->GetClusterMatrix(det))){ 
817         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kGeometry, ily);
818         AliDebug(4, Form("Failed Geometry Matrix ly[%d]", ily));
819         continue;
820       }
821       matrix->LocalToMaster(loc, glb);
822       x = glb[0] - fgkMaxStep;
823     }
824
825     // check if track is well inside fiducial volume 
826     if (!t.GetProlongation(x+fgkMaxStep, y, z)) {
827       n=-1; 
828       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kProlongation);
829       AliDebug(4, Form("Failed Prolongation to x[%7.2f] y[%7.2f] z[%7.2f]", x+fgkMaxStep, y, z));
830       break;
831     }
832     if(fGeom->IsOnBoundary(det, y, z, .5)){ 
833       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kBoundary, ily);
834       AliDebug(4, "Failed Track on Boundary");
835       continue;
836     }
837     // mark track as entering the FIDUCIAL volume of TRD
838     if(kStoreIn){
839       t.SetTrackIn(); 
840       kStoreIn = kFALSE;
841     }
842
843     ptrTracklet  = tracklets[ily];
844     if(!ptrTracklet){ // BUILD TRACKLET
845       AliDebug(3, Form("Building tracklet det[%d]", det));
846       // check data in supermodule
847       if(!fTrSec[sm].GetNChambers()){ 
848         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoClusters, ily);
849         AliDebug(4, "Failed NoClusters");
850         continue;
851       }
852       if(fTrSec[sm].GetX(ily) < 1.){ 
853         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoClusters, ily);
854         AliDebug(4, "Failed NoX");
855         continue;
856       }
857       
858       // check data in chamber
859       if(!(chamber = fTrSec[sm].GetChamber(stk, ily))){ 
860         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoClusters, ily);
861         AliDebug(4, "Failed No Detector");
862         continue;
863       }
864       if(chamber->GetNClusters() < fgNTimeBins*fkRecoParam ->GetFindableClusters()){ 
865         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoClusters, ily);
866         AliDebug(4, "Failed Not Enough Clusters in Detector");
867         continue;
868       }      
869       // build tracklet
870       tracklet.~AliTRDseedV1();
871       ptrTracklet = new(&tracklet) AliTRDseedV1(det);
872       ptrTracklet->SetReconstructor(fkReconstructor);
873       ptrTracklet->SetKink(t.IsKink());
874       ptrTracklet->SetPrimary(t.IsPrimary());
875       ptrTracklet->SetPadPlane(fGeom->GetPadPlane(ily, stk));
876       ptrTracklet->SetX0(glb[0]+driftLength);
877       if(!ptrTracklet->Init(&t)){
878         n=-1; 
879         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kTrackletInit);
880         AliDebug(4, "Failed Tracklet Init");
881         break;
882       }
883       if(!ptrTracklet->AttachClusters(chamber, kTRUE)){
884         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoAttach, ily);
885         if(debugLevel>3){
886           AliTRDseedV1 trackletCp(*ptrTracklet);
887           UChar_t status(t.GetStatusTRD(ily));
888           (*cstreamer)   << "FollowBackProlongation2"
889           <<"status="    << status
890           <<"tracklet.=" << &trackletCp
891           << "\n";
892         }
893         AliDebug(4, "Failed Attach Clusters");
894         continue;
895       }
896       AliDebug(3, Form("Number of Clusters in Tracklet: %d", ptrTracklet->GetN()));
897       if(ptrTracklet->GetN() < fgNTimeBins*fkRecoParam->GetFindableClusters()){
898         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoClustersTracklet, ily);
899         if(debugLevel>3){
900           AliTRDseedV1 trackletCp(*ptrTracklet);
901           UChar_t status(t.GetStatusTRD(ily));
902           (*cstreamer)   << "FollowBackProlongation2"
903           <<"status="    << status
904           <<"tracklet.=" << &trackletCp
905           << "\n";
906         }
907         AliDebug(4, "Failed N Clusters Attached");
908         continue;
909       }
910       ptrTracklet->UpdateUsed();
911     } else AliDebug(2, Form("Use external tracklet ly[%d]", ily));
912     // propagate track to the radial position of the tracklet
913
914     // fit tracklet 
915     // tilt correction options
916     // 0 : no correction
917     // 2 : pseudo tilt correction
918     if(!ptrTracklet->Fit(2)){
919       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kNoFit, ily);
920       AliDebug(4, "Failed Tracklet Fit");
921       continue;
922     } 
923     x = ptrTracklet->GetX(); //GetX0();
924     if(x > (fgkMaxStep + t.GetX()) && !PropagateToX(t, x, fgkMaxStep)) {
925       n=-1; 
926       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kPropagation);
927       AliDebug(4, Form("Failed Propagation to Tracklet x[%7.2f]", x));
928       break;
929     }
930     if(!AdjustSector(&t)) {
931       n=-1; 
932       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kAdjustSector);
933       AliDebug(4, "Failed Adjust Sector");
934       break;
935     }
936     if(TMath::Abs(t.GetSnp()) > fgkMaxSnp) {
937       n=-1; 
938       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kSnp);
939       AliDebug(4, Form("Failed Max Snp[%f] MaxSnp[%f]", t.GetSnp(), fgkMaxSnp));
940       break;
941     }
942     Double_t cov[3]; ptrTracklet->GetCovAt(x, cov);
943     Double_t p[2] = { ptrTracklet->GetY(), ptrTracklet->GetZ()};
944     Double_t chi2 = ((AliExternalTrackParam)t).GetPredictedChi2(p, cov);
945     // update Kalman with the TRD measurement
946     if(chi2>1e+10){ // TODO
947       t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kChi2, ily);
948       if(debugLevel > 2){
949         UChar_t status(t.GetStatusTRD());
950         AliTRDseedV1  trackletCp(*ptrTracklet);
951         AliTRDtrackV1 trackCp(t);
952         trackCp.SetOwner();
953         (*cstreamer) << "FollowBackProlongation1"
954             << "status="      << status
955             << "tracklet.="   << &trackletCp
956             << "track.="      << &trackCp
957             << "\n";
958       }
959       AliDebug(4, Form("Failed Chi2[%f]", chi2));
960       continue; 
961     }
962     if(kUseTRD){
963       if(!((AliExternalTrackParam&)t).Update(p, cov)) {
964         n=-1; 
965         t.SetStatus(AliTRDtrackV1::kUpdate);
966         if(debugLevel > 2){
967           UChar_t status(t.GetStatusTRD());
968           AliTRDseedV1  trackletCp(*ptrTracklet);
969           AliTRDtrackV1 trackCp(t);
970           trackCp.SetOwner();
971           (*cstreamer) << "FollowBackProlongation1"
972               << "status="      << status
973               << "tracklet.="   << &trackletCp
974               << "track.="      << &trackCp
975               << "\n";
976         }
977         AliDebug(4, Form("Failed Track Update @ y[%7.2f] z[%7.2f] s2y[%f] s2z[%f] covyz[%f]", p[0], p[1], cov[0], cov[2], cov[1]));
978         break;
979       }
980     }
981     if(!kStandAlone) ptrTracklet->UseClusters();
982     // fill residuals ?!
983     AliTracker::FillResiduals(&t, p, cov, ptrTracklet->GetVolumeId());
984   
985
986     // register tracklet with the tracker and track
987     ptrTracklet->Update(&t);
988     ptrTracklet = SetTracklet(ptrTracklet);
989     Int_t index(fTracklets->GetEntriesFast()-1);
990     t.SetTracklet(ptrTracklet, index);
991     // Register info to track
992     t.SetNumberOfClusters();
993     t.UpdateChi2(chi2);
994
995     n += ptrTracklet->GetN();
996     AliDebug(2, Form("Setting Tracklet[%d] @ Idx[%d]", ily, index));
997
998     // Reset material budget if 2 consecutive gold
999 //     if(ilayer>0 && t.GetTracklet(ilayer-1) && ptrTracklet->GetN() + t.GetTracklet(ilayer-1)->GetN() > 20) t.SetBudget(2, 0.);
1000
1001     // Make backup of the track until is gold
1002     Int_t failed(0);
1003     if(!kStandAlone && (failed = t.MakeBackupTrack())) AliDebug(2, Form("Failed backup on cut[%d]", failed));
1004
1005   } // end layers loop
1006   //printf("clusters[%d] chi2[%f] x[%f] status[%d ", n, t.GetChi2(), t.GetX(), t.GetStatusTRD());
1007   //for(int i=0; i<6; i++) printf("%d ", t.GetStatusTRD(i)); printf("]\n");
1008
1009   if(debugLevel > 1){
1010     Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
1011     AliTRDtrackV1 track(t);
1012     track.SetOwner();
1013     (*cstreamer) << "FollowBackProlongation0"
1014         << "EventNumber=" << eventNumber
1015         << "ncl="         << n
1016         << "track.="      << &track
1017         << "\n";
1018   }
1019   
1020   return n;
1021 }
1022
1023 //_________________________________________________________________________
1024 Float_t AliTRDtrackerV1::FitRieman(AliTRDseedV1 *tracklets, Double_t *chi2, Int_t *const planes){
1025   //
1026   // Fits a Riemann-circle to the given points without tilting pad correction.
1027   // The fit is performed using an instance of the class AliRieman (equations 
1028   // and transformations see documentation of this class)
1029   // Afterwards all the tracklets are Updated
1030   //
1031   // Parameters: - Array of tracklets (AliTRDseedV1)
1032   //             - Storage for the chi2 values (beginning with direction z)  
1033   //             - Seeding configuration
1034   // Output:     - The curvature
1035   //
1036   AliRieman *fitter = AliTRDtrackerV1::GetRiemanFitter();
1037   fitter->Reset();
1038   Int_t allplanes[] = {0, 1, 2, 3, 4, 5};
1039   Int_t *ppl = &allplanes[0];
1040   Int_t maxLayers = 6;
1041   if(planes){
1042     maxLayers = 4;
1043     ppl = planes;
1044   }
1045   for(Int_t il = 0; il < maxLayers; il++){
1046     if(!tracklets[ppl[il]].IsOK()) continue;
1047     fitter->AddPoint(tracklets[ppl[il]].GetX0(), tracklets[ppl[il]].GetYfit(0), tracklets[ppl[il]].GetZfit(0),1,10);
1048   }
1049   fitter->Update();
1050   // Set the reference position of the fit and calculate the chi2 values
1051   memset(chi2, 0, sizeof(Double_t) * 2);
1052   for(Int_t il = 0; il < maxLayers; il++){
1053     // Reference positions
1054     tracklets[ppl[il]].Init(fitter);
1055     
1056     // chi2
1057     if((!tracklets[ppl[il]].IsOK()) && (!planes)) continue;
1058     chi2[0] += tracklets[ppl[il]].GetChi2Y();
1059     chi2[1] += tracklets[ppl[il]].GetChi2Z();
1060   }
1061   return fitter->GetC();
1062 }
1063
1064 //_________________________________________________________________________
1065 void AliTRDtrackerV1::FitRieman(AliTRDcluster **seedcl, Double_t chi2[2])
1066 {
1067   //
1068   // Performs a Riemann helix fit using the seedclusters as spacepoints
1069   // Afterwards the chi2 values are calculated and the seeds are updated
1070   //
1071   // Parameters: - The four seedclusters
1072   //             - The tracklet array (AliTRDseedV1)
1073   //             - The seeding configuration
1074   //             - Chi2 array
1075   //
1076   // debug level 2
1077   //
1078   AliRieman *fitter = AliTRDtrackerV1::GetRiemanFitter();
1079   fitter->Reset();
1080   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
1081     fitter->AddPoint(seedcl[i]->GetX(), seedcl[i]->GetY(), seedcl[i]->GetZ(), 1., 10.);
1082   }
1083   fitter->Update();
1084   
1085   
1086   // Update the seed and calculated the chi2 value
1087   chi2[0] = 0; chi2[1] = 0;
1088   for(Int_t ipl = 0; ipl < kNSeedPlanes; ipl++){
1089     // chi2
1090     chi2[0] += (seedcl[ipl]->GetZ() - fitter->GetZat(seedcl[ipl]->GetX())) * (seedcl[ipl]->GetZ() - fitter->GetZat(seedcl[ipl]->GetX()));
1091     chi2[1] += (seedcl[ipl]->GetY() - fitter->GetYat(seedcl[ipl]->GetX())) * (seedcl[ipl]->GetY() - fitter->GetYat(seedcl[ipl]->GetX()));
1092   }     
1093 }
1094
1095
1096 //_________________________________________________________________________
1097 Float_t AliTRDtrackerV1::FitTiltedRiemanConstraint(AliTRDseedV1 *tracklets, Double_t zVertex)
1098 {
1099   //
1100   // Fits a helix to the clusters. Pad tilting is considered. As constraint it is 
1101   // assumed that the vertex position is set to 0.
1102   // This method is very usefull for high-pt particles
1103   // Basis for the fit: (x - x0)^2 + (y - y0)^2 - R^2 = 0
1104   //      x0, y0: Center of the circle
1105   // Measured y-position: ymeas = y - tan(phiT)(zc - zt)
1106   //      zc: center of the pad row
1107   // Equation which has to be fitted (after transformation):
1108   // a + b * u + e * v + 2*(ymeas + tan(phiT)(z - zVertex))*t = 0
1109   // Transformation:
1110   // t = 1/(x^2 + y^2)
1111   // u = 2 * x * t
1112   // v = 2 * x * tan(phiT) * t
1113   // Parameters in the equation: 
1114   //    a = -1/y0, b = x0/y0, e = dz/dx
1115   //
1116   // The Curvature is calculated by the following equation:
1117   //               - curv = a/Sqrt(b^2 + 1) = 1/R
1118   // Parameters:   - the 6 tracklets
1119   //               - the Vertex constraint
1120   // Output:       - the Chi2 value of the track
1121   //
1122   // debug level 5
1123   //
1124
1125   TLinearFitter *fitter = GetTiltedRiemanFitterConstraint();
1126   fitter->StoreData(kTRUE);
1127   fitter->ClearPoints();
1128   AliTRDcluster *cl = NULL;
1129   
1130   Float_t x, y, z, w, t, error, tilt;
1131   Double_t uvt[2];
1132   Int_t nPoints = 0;
1133   for(Int_t ilr = 0; ilr < AliTRDgeometry::kNlayer; ilr++){
1134     if(!tracklets[ilr].IsOK()) continue;
1135     for(Int_t itb = 0; itb < AliTRDseedV1::kNclusters; itb++){
1136       if(!tracklets[ilr].IsUsable(itb)) continue;
1137       if(!(cl = tracklets[ilr].GetClusters(itb))) continue;
1138       if(!cl->IsInChamber()) continue;
1139       x = cl->GetX();
1140       y = cl->GetY();
1141       z = cl->GetZ();
1142       tilt = tracklets[ilr].GetTilt();
1143       // Transformation
1144       t = 1./(x * x + y * y);
1145       uvt[0] = 2. * x * t;
1146       uvt[1] = 2. * x * t * tilt ;
1147       w = 2. * (y + tilt * (z - zVertex)) * t;
1148       error = 2. * TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+tilt*tilt*cl->GetSigmaZ2()) * t;
1149       fitter->AddPoint(uvt, w, error);
1150       nPoints++;
1151     }
1152   }
1153   fitter->Eval();
1154
1155   // Calculate curvature
1156   Double_t a = fitter->GetParameter(0);
1157   Double_t b = fitter->GetParameter(1);
1158   Double_t curvature = a/TMath::Sqrt(b*b + 1);
1159
1160   Float_t chi2track = fitter->GetChisquare()/Double_t(nPoints);
1161   for(Int_t ip = 0; ip < AliTRDtrackerV1::kNPlanes; ip++)
1162     tracklets[ip].SetC(curvature, 1);
1163
1164   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1")>3) printf("D-AliTRDtrackerV1::FitTiltedRiemanConstraint: Chi2[%f] C[%5.2e] pt[%8.3f]\n", chi2track, curvature, GetBz()*kB2C/curvature);
1165
1166 /*  if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker()) >= 5){
1167     //Linear Model on z-direction
1168     Double_t xref = CalculateReferenceX(tracklets);             // Relative to the middle of the stack
1169     Double_t slope = fitter->GetParameter(2);
1170     Double_t zref = slope * xref;
1171     Float_t chi2Z = CalculateChi2Z(tracklets, zref, slope, xref);
1172     Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
1173     Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
1174     TTreeSRedirector &treeStreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDReconstructor::kTracker);
1175     treeStreamer << "FitTiltedRiemanConstraint"
1176     << "EventNumber="           << eventNumber
1177     << "CandidateNumber="       << candidateNumber
1178     << "Curvature="                             << curvature
1179     << "Chi2Track="                             << chi2track
1180     << "Chi2Z="                                         << chi2Z
1181     << "zref="                                          << zref
1182     << "\n";
1183   }*/
1184   return chi2track;
1185 }
1186
1187 //_________________________________________________________________________
1188 Float_t AliTRDtrackerV1::FitTiltedRieman(AliTRDseedV1 *tracklets, Bool_t sigError)
1189 {
1190   //
1191   // Performs a Riemann fit taking tilting pad correction into account
1192   // The equation of a Riemann circle, where the y position is substituted by the 
1193   // measured y-position taking pad tilting into account, has to be transformed
1194   // into a 4-dimensional hyperplane equation
1195   // Riemann circle: (x-x0)^2 + (y-y0)^2 -R^2 = 0
1196   // Measured y-Position: ymeas = y - tan(phiT)(zc - zt)
1197   //          zc: center of the pad row
1198   //          zt: z-position of the track
1199   // The z-position of the track is assumed to be linear dependent on the x-position
1200   // Transformed equation: a + b * u + c * t + d * v  + e * w - 2 * (ymeas + tan(phiT) * zc) * t = 0
1201   // Transformation:       u = 2 * x * t
1202   //                       v = 2 * tan(phiT) * t
1203   //                       w = 2 * tan(phiT) * (x - xref) * t
1204   //                       t = 1 / (x^2 + ymeas^2)
1205   // Parameters:           a = -1/y0
1206   //                       b = x0/y0
1207   //                       c = (R^2 -x0^2 - y0^2)/y0
1208   //                       d = offset
1209   //                       e = dz/dx
1210   // If the offset respectively the slope in z-position is impossible, the parameters are fixed using 
1211   // results from the simple riemann fit. Afterwards the fit is redone.
1212   // The curvature is calculated according to the formula:
1213   //                       curv = a/(1 + b^2 + c*a) = 1/R
1214   //
1215   // Paramters:   - Array of tracklets (connected to the track candidate)
1216   //              - Flag selecting the error definition
1217   // Output:      - Chi2 values of the track (in Parameter list)
1218   //
1219   TLinearFitter *fitter = GetTiltedRiemanFitter();
1220   fitter->StoreData(kTRUE);
1221   fitter->ClearPoints();
1222   AliTRDLeastSquare zfitter;
1223   AliTRDcluster *cl = NULL;
1224
1225   Double_t xref = CalculateReferenceX(tracklets);
1226   Double_t x, y, z, t, tilt, dx, w, we, erry, errz;
1227   Double_t uvt[4], sumPolY[5], sumPolZ[3];
1228   memset(sumPolY, 0, sizeof(Double_t) * 5);
1229   memset(sumPolZ, 0, sizeof(Double_t) * 3);
1230   Int_t nPoints = 0;
1231   // Containers for Least-square fitter
1232   for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1233     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
1234     tilt = tracklets[ipl].GetTilt();
1235     for(Int_t itb = 0; itb < AliTRDseedV1::kNclusters; itb++){
1236       if(!(cl = tracklets[ipl].GetClusters(itb))) continue;
1237       if(!cl->IsInChamber()) continue;
1238       if (!tracklets[ipl].IsUsable(itb)) continue;
1239       x = cl->GetX();
1240       y = cl->GetY();
1241       z = cl->GetZ();
1242       dx = x - xref;
1243       // Transformation
1244       t = 1./(x*x + y*y);
1245       uvt[0] = 2. * x * t;
1246       uvt[1] = t;
1247       uvt[2] = 2. * tilt * t;
1248       uvt[3] = 2. * tilt * dx * t;
1249       w = 2. * (y + tilt*z) * t;
1250       // error definition changes for the different calls
1251       we = 2. * t;
1252       we *= sigError ? TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+tilt*tilt*cl->GetSigmaZ2()) : 0.2;
1253       fitter->AddPoint(uvt, w, we);
1254       zfitter.AddPoint(&x, z, static_cast<Double_t>(TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2())));
1255       // adding points for covariance matrix estimation
1256       erry = 1./(TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()) + 0.1);  // 0.1 is a systematic error (due to misalignment and miscalibration)
1257       erry *= erry;
1258       errz = 1./cl->GetSigmaZ2();
1259       for(Int_t ipol = 0; ipol < 5; ipol++){
1260         sumPolY[ipol] += erry;
1261         erry *= x;
1262         if(ipol < 3){
1263           sumPolZ[ipol] += errz;
1264           errz *= x;
1265         }
1266       }
1267       nPoints++;
1268     }
1269   }
1270   if (fitter->Eval()) return 1.e10;
1271   zfitter.Eval();
1272
1273   Double_t offset = fitter->GetParameter(3);
1274   Double_t slope  = fitter->GetParameter(4);
1275
1276   // Linear fitter  - not possible to make boundaries
1277   // Do not accept non possible z and dzdx combinations
1278   Bool_t acceptablez = kTRUE;
1279   Double_t zref = 0.0;
1280   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < kNPlanes; iLayer++) {
1281     if(!tracklets[iLayer].IsOK()) continue;
1282     zref = offset + slope * (tracklets[iLayer].GetX0() - xref);
1283     if (TMath::Abs(tracklets[iLayer].GetZfit(0) - zref) > tracklets[iLayer].GetPadLength() * 0.5 + 1.0) 
1284       acceptablez = kFALSE;
1285   }
1286   if (!acceptablez) {
1287     Double_t dzmf       = zfitter.GetFunctionParameter(1);
1288     Double_t zmf        = zfitter.GetFunctionValue(&xref);
1289     fgTiltedRieman->FixParameter(3, zmf);
1290     fgTiltedRieman->FixParameter(4, dzmf);
1291     fitter->Eval();
1292     fitter->ReleaseParameter(3);
1293     fitter->ReleaseParameter(4);
1294     offset = fitter->GetParameter(3);
1295     slope = fitter->GetParameter(4);
1296   }
1297
1298   // Calculate Curvarture
1299   Double_t a     =  fitter->GetParameter(0);
1300   Double_t b     =  fitter->GetParameter(1);
1301   Double_t c     =  fitter->GetParameter(2);
1302   Double_t curvature =  1.0 + b*b - c*a;
1303   if (curvature > 0.0) curvature  =  a / TMath::Sqrt(curvature);
1304
1305   Double_t chi2track = fitter->GetChisquare()/Double_t(nPoints);
1306
1307   // Prepare error calculation
1308   TMatrixD covarPolY(3,3);
1309   covarPolY(0,0) = sumPolY[0]; covarPolY(1,1) = sumPolY[2]; covarPolY(2,2) = sumPolY[4];
1310   covarPolY(0,1) = covarPolY(1,0) = sumPolY[1];
1311   covarPolY(0,2) = covarPolY(2,0) = sumPolY[2];
1312   covarPolY(2,1) = covarPolY(1,2) = sumPolY[3];
1313   covarPolY.Invert();
1314   TMatrixD covarPolZ(2,2);
1315   covarPolZ(0,0) = sumPolZ[0]; covarPolZ(1,1) = sumPolZ[2];
1316   covarPolZ(1,0) = covarPolZ(0,1) = sumPolZ[1];
1317   covarPolZ.Invert();
1318
1319   // Update the tracklets
1320   Double_t x1, dy, dz;
1321   Double_t cov[15];
1322   memset(cov, 0, sizeof(Double_t) * 15);
1323   for(Int_t iLayer = 0; iLayer < AliTRDtrackerV1::kNPlanes; iLayer++) {
1324
1325     x  = tracklets[iLayer].GetX0();
1326     x1 = x - xref;
1327     y  = 0;
1328     z  = 0;
1329     dy = 0;
1330     dz = 0;
1331     memset(cov, 0, sizeof(Double_t) * 3);
1332     TMatrixD transform(3,3);
1333     transform(0,0) = 1;
1334     transform(0,1) = x;
1335     transform(0,2) = x*x;
1336     transform(1,1) = 1;
1337     transform(1,2) = x;
1338     transform(2,2) = 1;
1339     TMatrixD covariance(transform, TMatrixD::kMult, covarPolY);
1340     covariance *= transform.T();
1341     TMatrixD transformZ(2,2);
1342     transformZ(0,0) = transformZ(1,1) = 1;
1343     transformZ(0,1) = x;
1344     TMatrixD covarZ(transformZ, TMatrixD::kMult, covarPolZ);
1345     covarZ *= transformZ.T();
1346     // y:     R^2 = (x - x0)^2 + (y - y0)^2
1347     //     =>   y = y0 +/- Sqrt(R^2 - (x - x0)^2)
1348     //          R = Sqrt() = 1/Curvature
1349     //     =>   y = y0 +/- Sqrt(1/Curvature^2 - (x - x0)^2)  
1350     Double_t res = (x * a + b);                                                         // = (x - x0)/y0
1351     res *= res;
1352     res  = 1.0 - c * a + b * b - res;                                   // = (R^2 - (x - x0)^2)/y0^2
1353     if (res >= 0) {
1354       res = TMath::Sqrt(res);
1355       y    = (1.0 - res) / a;
1356     }
1357     cov[0] = covariance(0,0);
1358     cov[2] = covarZ(0,0);
1359     cov[1] = 0.;
1360
1361     // dy:      R^2 = (x - x0)^2 + (y - y0)^2
1362     //     =>     y = +/- Sqrt(R^2 - (x - x0)^2) + y0
1363     //     => dy/dx = (x - x0)/Sqrt(R^2 - (x - x0)^2) 
1364     // Curvature: cr = 1/R = a/Sqrt(1 + b^2 - c*a)
1365     //     => dy/dx =  (x - x0)/(1/(cr^2) - (x - x0)^2) 
1366     Double_t x0 = -b / a;
1367     if (-c * a + b * b + 1 > 0) {
1368       if (1.0/(curvature * curvature) - (x - x0) * (x - x0) > 0.0) {
1369        Double_t yderiv = (x - x0) / TMath::Sqrt(1.0/(curvature * curvature) - (x - x0) * (x - x0));
1370         if (a < 0) yderiv *= -1.0;
1371         dy = yderiv;
1372       }
1373     }
1374     z  = offset + slope * (x - xref);
1375     dz = slope;
1376     tracklets[iLayer].SetYref(0, y);
1377     tracklets[iLayer].SetYref(1, dy);
1378     tracklets[iLayer].SetZref(0, z);
1379     tracklets[iLayer].SetZref(1, dz);
1380     tracklets[iLayer].SetC(curvature);
1381     tracklets[iLayer].SetCovRef(cov);
1382     tracklets[iLayer].SetChi2(chi2track);
1383   }
1384   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1")>3) printf("D-AliTRDtrackerV1::FitTiltedRieman: Chi2[%f] C[%5.2e] pt[%8.3f]\n", chi2track, curvature, GetBz()*kB2C/curvature);
1385   
1386 /*  if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >=5){
1387     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1388     Int_t eventNumber                   = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
1389     Int_t candidateNumber       = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
1390     Double_t chi2z = CalculateChi2Z(tracklets, offset, slope, xref);
1391     cstreamer << "FitTiltedRieman0"
1392         << "EventNumber="                       << eventNumber
1393         << "CandidateNumber="   << candidateNumber
1394         << "xref="                                              << xref
1395         << "Chi2Z="                                             << chi2z
1396         << "\n";
1397   }*/
1398   return chi2track;
1399 }
1400
1401
1402 //____________________________________________________________________
1403 Double_t AliTRDtrackerV1::FitLine(const AliTRDtrackV1 *track, AliTRDseedV1 *tracklets, Bool_t err, Int_t np, AliTrackPoint *points)
1404 {
1405   //
1406   // Fit track with a staight line
1407   // Fills an AliTrackPoint array with np points
1408   // Function should be used to refit tracks when no magnetic field was on
1409   //
1410   AliTRDLeastSquare yfitter, zfitter;
1411   AliTRDcluster *cl = NULL;
1412
1413   AliTRDseedV1 work[kNPlanes], *tracklet = NULL;
1414   if(!tracklets){
1415     for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1416       if(!(tracklet = track->GetTracklet(ipl))) continue;
1417       if(!tracklet->IsOK()) continue;
1418       new(&work[ipl]) AliTRDseedV1(*tracklet);
1419     }
1420     tracklets = &work[0];
1421   }
1422
1423   Double_t xref = CalculateReferenceX(tracklets);
1424   Double_t x, y, z, dx, ye, yr, tilt;
1425   for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1426     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
1427     for(Int_t itb = 0; itb < fgNTimeBins; itb++){
1428       if(!(cl = tracklets[ipl].GetClusters(itb))) continue;
1429       if (!tracklets[ipl].IsUsable(itb)) continue;
1430       x = cl->GetX();
1431       z = cl->GetZ();
1432       dx = x - xref;
1433       zfitter.AddPoint(&dx, z, static_cast<Double_t>(TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2())));
1434     }
1435   }
1436   zfitter.Eval();
1437   Double_t z0    = zfitter.GetFunctionParameter(0);
1438   Double_t dzdx  = zfitter.GetFunctionParameter(1);
1439   for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1440     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
1441     for(Int_t itb = 0; itb < fgNTimeBins; itb++){
1442       if(!(cl = tracklets[ipl].GetClusters(itb))) continue;
1443       if (!tracklets[ipl].IsUsable(itb)) continue;
1444       x = cl->GetX();
1445       y = cl->GetY();
1446       z = cl->GetZ();
1447       tilt = tracklets[ipl].GetTilt();
1448       dx = x - xref;
1449       yr = y + tilt*(z - z0 - dzdx*dx); 
1450       // error definition changes for the different calls
1451       ye = tilt*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2());
1452       ye += err ? tracklets[ipl].GetSigmaY() : 0.2;
1453       yfitter.AddPoint(&dx, yr, ye);
1454     }
1455   }
1456   yfitter.Eval();
1457   Double_t y0   = yfitter.GetFunctionParameter(0);
1458   Double_t dydx = yfitter.GetFunctionParameter(1);
1459   Double_t chi2 = 0.;//yfitter.GetChisquare()/Double_t(nPoints);
1460
1461   //update track points array
1462   if(np && points){
1463     Float_t xyz[3];
1464     for(int ip=0; ip<np; ip++){
1465       points[ip].GetXYZ(xyz);
1466       xyz[1] = y0 + dydx * (xyz[0] - xref);
1467       xyz[2] = z0 + dzdx * (xyz[0] - xref);
1468       points[ip].SetXYZ(xyz);
1469     }
1470   }
1471   return chi2;
1472 }
1473
1474
1475 //_________________________________________________________________________
1476 Double_t AliTRDtrackerV1::FitRiemanTilt(const AliTRDtrackV1 *track, AliTRDseedV1 *tracklets, Bool_t sigError, Int_t np, AliTrackPoint *points)
1477 {
1478 //
1479 // Performs a Riemann fit taking tilting pad correction into account
1480 //
1481 // Paramters:   - Array of tracklets (connected to the track candidate)
1482 //              - Flag selecting the error definition
1483 // Output:      - Chi2 values of the track (in Parameter list)
1484 //
1485 // The equations which has to be solved simultaneously are:
1486 // BEGIN_LATEX
1487 // R^{2} = (x-x_{0})^{2} + (y^{*}-y_{0})^{2}
1488 // y^{*} = y - tg(h)(z - z_{t})
1489 // z_{t} = z_{0}+dzdx*(x-x_{r})
1490 // END_LATEX
1491 // with (x, y, z) the coordinate of the cluster, (x_0, y_0, z_0) the coordinate of the center of the Riemann circle,
1492 // R its radius, x_r a constant refrence radial position in the middle of the TRD stack  and dzdx the slope of the 
1493 // track in the x-z plane. Using the following transformations
1494 // BEGIN_LATEX
1495 // t = 1 / (x^{2} + y^{2})
1496 // u = 2 * x * t
1497 // v = 2 * tan(h) * t
1498 // w = 2 * tan(h) * (x - x_{r}) * t
1499 // END_LATEX
1500 // One gets the following linear equation
1501 // BEGIN_LATEX
1502 // a + b * u + c * t + d * v  + e * w = 2 * (y + tg(h) * z) * t
1503 // END_LATEX
1504 // where the coefficients have the following meaning 
1505 // BEGIN_LATEX
1506 // a = -1/y_{0}
1507 // b = x_{0}/y_{0}
1508 // c = (R^{2} -x_{0}^{2} - y_{0}^{2})/y_{0}
1509 // d = z_{0}
1510 // e = dz/dx
1511 // END_LATEX
1512 // The error calculation for the free term is thus
1513 // BEGIN_LATEX
1514 // #sigma = 2 * #sqrt{#sigma^{2}_{y} + (tilt corr ...) + tg^{2}(h) * #sigma^{2}_{z}} * t
1515 // END_LATEX
1516 //
1517 // From this simple model one can compute chi^2 estimates and a rough approximation of pt from the curvature according 
1518 // to the formula:
1519 // BEGIN_LATEX
1520 // C = 1/R = a/(1 + b^{2} + c*a)
1521 // END_LATEX
1522 //
1523 // Authors
1524 //   M.Ivanov <M.Ivanov@gsi.de>
1525 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1526 //   M.Fasel <M.Fasel@gsi.de>
1527
1528   TLinearFitter *fitter = GetTiltedRiemanFitter();
1529   fitter->StoreData(kTRUE);
1530   fitter->ClearPoints();
1531   AliTRDLeastSquare zfitter;
1532   AliTRDcluster *cl = NULL;
1533
1534   AliTRDseedV1 work[kNPlanes], *tracklet = NULL;
1535   if(!tracklets){
1536     for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1537       if(!(tracklet = track->GetTracklet(ipl))) continue;
1538       if(!tracklet->IsOK()) continue;
1539       new(&work[ipl]) AliTRDseedV1(*tracklet);
1540     }
1541     tracklets = &work[0];
1542   }
1543
1544   Double_t xref = CalculateReferenceX(tracklets);
1545   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1")>3) printf("D-AliTRDtrackerV1::FitRiemanTilt:\nx0[(0)%6.2f (1)%6.2f (2)%6.2f (3)%6.2f (4)%6.2f (5)%6.2f] xref[%6.2f]", tracklets[0].GetX0(), tracklets[1].GetX0(), tracklets[2].GetX0(), tracklets[3].GetX0(), tracklets[4].GetX0(), tracklets[5].GetX0(), xref);
1546   Double_t x, y, z, t, tilt, dx, w, we;
1547   Double_t uvt[4];
1548   Int_t nPoints = 0;
1549   // Containers for Least-square fitter
1550   for(Int_t ipl = 0; ipl < kNPlanes; ipl++){
1551     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
1552     for(Int_t itb = 0; itb < AliTRDseedV1::kNclusters; itb++){
1553       if(!(cl = tracklets[ipl].GetClusters(itb))) continue;
1554       //if (!tracklets[ipl].IsUsable(itb)) continue;
1555       x = cl->GetX();
1556       y = cl->GetY();
1557       z = cl->GetZ();
1558       tilt = tracklets[ipl].GetTilt();
1559       dx = x - xref;
1560       // Transformation
1561       t = 1./(x*x + y*y);
1562       uvt[0] = 2. * x * t;
1563       uvt[1] = t;
1564       uvt[2] = 2. * tilt * t;
1565       uvt[3] = 2. * tilt * dx * t;
1566       w = 2. * (y + tilt*z) * t;
1567       // error definition changes for the different calls
1568       we = 2. * t;
1569       we *= sigError ? TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()) : 0.2;
1570       fitter->AddPoint(uvt, w, we);
1571       zfitter.AddPoint(&x, z, static_cast<Double_t>(TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2())));
1572       nPoints++;
1573     }
1574   }
1575   if(fitter->Eval()) return 1.E10;
1576
1577   Double_t z0    = fitter->GetParameter(3);
1578   Double_t dzdx  = fitter->GetParameter(4);
1579
1580
1581   // Linear fitter  - not possible to make boundaries
1582   // Do not accept non possible z and dzdx combinations
1583   Bool_t accept = kTRUE;
1584   Double_t zref = 0.0;
1585   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < kNPlanes; iLayer++) {
1586     if(!tracklets[iLayer].IsOK()) continue;
1587     zref = z0 + dzdx * (tracklets[iLayer].GetX0() - xref);
1588     if (TMath::Abs(tracklets[iLayer].GetZfit(0) - zref) > tracklets[iLayer].GetPadLength() * 0.5 + 1.0) 
1589       accept = kFALSE;
1590   }
1591   if (!accept) {
1592     zfitter.Eval();
1593     Double_t dzmf       = zfitter.GetFunctionParameter(1);
1594     Double_t zmf        = zfitter.GetFunctionValue(&xref);
1595     fitter->FixParameter(3, zmf);
1596     fitter->FixParameter(4, dzmf);
1597     fitter->Eval();
1598     fitter->ReleaseParameter(3);
1599     fitter->ReleaseParameter(4);
1600     z0   = fitter->GetParameter(3); // = zmf ?
1601     dzdx = fitter->GetParameter(4); // = dzmf ?
1602   }
1603
1604   // Calculate Curvature
1605   Double_t a    =  fitter->GetParameter(0);
1606   Double_t b    =  fitter->GetParameter(1);
1607   Double_t c    =  fitter->GetParameter(2);
1608   Double_t y0   = 1. / a;
1609   Double_t x0   = -b * y0;
1610   Double_t tmp  = y0*y0 + x0*x0 - c*y0;
1611   if(tmp<=0.) return 1.E10;
1612   Double_t radius    = TMath::Sqrt(tmp);
1613   Double_t curvature    =  1.0 + b*b - c*a;
1614   if (curvature > 0.0)  curvature  =  a / TMath::Sqrt(curvature);
1615
1616   // Calculate chi2 of the fit 
1617   Double_t chi2 = fitter->GetChisquare()/Double_t(nPoints);
1618   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1")>3) printf("D-AliTRDtrackerV1::FitRiemanTilt:x0[%6.2f] y0[%6.2f] R[%6.2f] chi2[%f]\n", x0, y0, radius, chi2);
1619
1620   // Update the tracklets
1621   if(!track){
1622     for(Int_t ip = 0; ip < kNPlanes; ip++) {
1623       x = tracklets[ip].GetX0();
1624       tmp = radius*radius-(x-x0)*(x-x0);  
1625       if(tmp <= 0.) continue;
1626       tmp = TMath::Sqrt(tmp);  
1627
1628       // y:     R^2 = (x - x0)^2 + (y - y0)^2
1629       //     =>   y = y0 +/- Sqrt(R^2 - (x - x0)^2)
1630       tracklets[ip].SetYref(0, y0 - (y0>0.?1.:-1)*tmp);
1631       //     => dy/dx = (x - x0)/Sqrt(R^2 - (x - x0)^2) 
1632       tracklets[ip].SetYref(1, (x - x0) / tmp);
1633       tracklets[ip].SetZref(0, z0 + dzdx * (x - xref));
1634       tracklets[ip].SetZref(1, dzdx);
1635       tracklets[ip].SetC(curvature);
1636       tracklets[ip].SetChi2(chi2);
1637     }
1638   }
1639   //update track points array
1640   if(np && points){
1641     Float_t xyz[3];
1642     for(int ip=0; ip<np; ip++){
1643       points[ip].GetXYZ(xyz);
1644       xyz[1] = TMath::Abs(xyz[0] - x0) > radius ? 100. : y0 - (y0>0.?1.:-1.)*TMath::Sqrt((radius-(xyz[0]-x0))*(radius+(xyz[0]-x0)));
1645       xyz[2] = z0 + dzdx * (xyz[0] - xref);
1646       points[ip].SetXYZ(xyz);
1647     }
1648   }
1649   
1650   return chi2;
1651 }
1652
1653
1654 //____________________________________________________________________
1655 Double_t AliTRDtrackerV1::FitKalman(AliTRDtrackV1 *track, AliTRDseedV1 * const tracklets, Bool_t up, Int_t np, AliTrackPoint *points)
1656 {
1657 //   Kalman filter implementation for the TRD.
1658 //   It returns the positions of the fit in the array "points"
1659 // 
1660 //   Author : A.Bercuci@gsi.de
1661
1662   // printf("Start track @ x[%f]\n", track->GetX());
1663         
1664   //prepare marker points along the track
1665   Int_t ip = np ? 0 : 1;
1666   while(ip<np){
1667     if((up?-1:1) * (track->GetX() - points[ip].GetX()) > 0.) break;
1668     //printf("AliTRDtrackerV1::FitKalman() : Skip track marker x[%d] = %7.3f. Before track start ( %7.3f ).\n", ip, points[ip].GetX(), track->GetX());
1669     ip++;
1670   }
1671   //if(points) printf("First marker point @ x[%d] = %f\n", ip, points[ip].GetX());
1672
1673
1674   AliTRDseedV1 tracklet, *ptrTracklet = NULL;
1675
1676   //Loop through the TRD planes
1677   for (Int_t jplane = 0; jplane < kNPlanes; jplane++) {
1678     // GET TRACKLET OR BUILT IT         
1679     Int_t iplane = up ? jplane : kNPlanes - 1 - jplane;
1680     if(tracklets){ 
1681       if(!(ptrTracklet = &tracklets[iplane])) continue;
1682     }else{
1683       if(!(ptrTracklet  = track->GetTracklet(iplane))){ 
1684       /*AliTRDtrackerV1 *tracker = NULL;
1685         if(!(tracker = dynamic_cast<AliTRDtrackerV1*>( AliTRDrecoParam:Tracker()))) continue;
1686         ptrTracklet = new(&tracklet) AliTRDseedV1(iplane);
1687         if(!tracker->MakeTracklet(ptrTracklet, track)) */
1688         continue;
1689       }
1690     }
1691     if(!ptrTracklet->IsOK()) continue;
1692
1693     Double_t x = ptrTracklet->GetX0();
1694
1695     while(ip < np){
1696       //don't do anything if next marker is after next update point.
1697       if((up?-1:1) * (points[ip].GetX() - x) - fgkMaxStep < 0) break;
1698       if(((up?-1:1) * (points[ip].GetX() - track->GetX()) < 0) && !PropagateToX(*track, points[ip].GetX(), fgkMaxStep)) return -1.;
1699       
1700       Double_t xyz[3]; // should also get the covariance
1701       track->GetXYZ(xyz);
1702       track->Global2LocalPosition(xyz, track->GetAlpha());
1703       points[ip].SetXYZ(xyz[0], xyz[1], xyz[2]);
1704       ip++;
1705     }
1706     // printf("plane[%d] tracklet[%p] x[%f]\n", iplane, ptrTracklet, x);
1707
1708     // Propagate closer to the next update point 
1709     if(((up?-1:1) * (x - track->GetX()) + fgkMaxStep < 0) && !PropagateToX(*track, x + (up?-1:1)*fgkMaxStep, fgkMaxStep)) return -1.;
1710
1711     if(!AdjustSector(track)) return -1;
1712     if(TMath::Abs(track->GetSnp()) > fgkMaxSnp) return -1;
1713     
1714     //load tracklet to the tracker and the track
1715 /*    Int_t index;
1716     if((index = FindTracklet(ptrTracklet)) < 0){
1717       ptrTracklet = SetTracklet(&tracklet);
1718       index = fTracklets->GetEntriesFast()-1;
1719     }
1720     track->SetTracklet(ptrTracklet, index);*/
1721
1722
1723     // register tracklet to track with tracklet creation !!
1724     // PropagateBack : loaded tracklet to the tracker and update index 
1725     // RefitInward : update index 
1726     // MakeTrack   : loaded tracklet to the tracker and update index 
1727     if(!tracklets) track->SetTracklet(ptrTracklet, -1);
1728     
1729   
1730     //Calculate the mean material budget along the path inside the chamber
1731     Double_t xyz0[3]; track->GetXYZ(xyz0);
1732     Double_t alpha = track->GetAlpha();
1733     Double_t xyz1[3], y, z;
1734     if(!track->GetProlongation(x, y, z)) return -1;
1735     xyz1[0] =  x * TMath::Cos(alpha) - y * TMath::Sin(alpha); 
1736     xyz1[1] = +x * TMath::Sin(alpha) + y * TMath::Cos(alpha);
1737     xyz1[2] =  z;
1738     if(TMath::Abs(xyz0[0] - xyz1[0]) < 1e-3 && TMath::Abs(xyz0[1] - xyz1[1]) < 1e-3) continue; // check wheter we are at the same global x position
1739     Double_t param[7];
1740     if(AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0, xyz1, param) <=0.) break;   
1741     Double_t xrho = param[0]*param[4]; // density*length
1742     Double_t xx0  = param[1]; // radiation length
1743     
1744     //Propagate the track
1745     track->PropagateTo(x, xx0, xrho);
1746     if (!AdjustSector(track)) break;
1747   
1748     //Update track
1749     Double_t cov[3]; ptrTracklet->GetCovAt(x, cov);
1750     Double_t p[2] = { ptrTracklet->GetY(), ptrTracklet->GetZ()};
1751     Double_t chi2 = ((AliExternalTrackParam*)track)->GetPredictedChi2(p, cov);
1752     if(chi2<1e+10) ((AliExternalTrackParam*)track)->Update(p, cov);
1753     if(!up) continue;
1754
1755                 //Reset material budget if 2 consecutive gold
1756                 if(iplane>0 && track->GetTracklet(iplane-1) && ptrTracklet->GetN() + track->GetTracklet(iplane-1)->GetN() > 20) track->SetBudget(2, 0.);
1757         } // end planes loop
1758
1759   // extrapolation
1760   while(ip < np){
1761     if(((up?-1:1) * (points[ip].GetX() - track->GetX()) < 0) && !PropagateToX(*track, points[ip].GetX(), fgkMaxStep)) return -1.;
1762     
1763     Double_t xyz[3]; // should also get the covariance
1764     track->GetXYZ(xyz); 
1765     track->Global2LocalPosition(xyz, track->GetAlpha());
1766     points[ip].SetXYZ(xyz[0], xyz[1], xyz[2]);
1767     ip++;
1768   }
1769
1770         return track->GetChi2();
1771 }
1772
1773 //_________________________________________________________________________
1774 Float_t AliTRDtrackerV1::CalculateChi2Z(AliTRDseedV1 *tracklets, Double_t offset, Double_t slope, Double_t xref)
1775 {
1776   //
1777   // Calculates the chi2-value of the track in z-Direction including tilting pad correction.
1778   // A linear dependence on the x-value serves as a model.
1779   // The parameters are related to the tilted Riemann fit.
1780   // Parameters: - Array of tracklets (AliTRDseedV1) related to the track candidate
1781   //             - the offset for the reference x
1782   //             - the slope
1783   //             - the reference x position
1784   // Output:     - The Chi2 value of the track in z-Direction
1785   //
1786   Float_t chi2Z = 0, nLayers = 0;
1787   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < AliTRDgeometry::kNlayer; iLayer++) {
1788     if(!tracklets[iLayer].IsOK()) continue;
1789     Double_t z = offset + slope * (tracklets[iLayer].GetX0() - xref);
1790     chi2Z += TMath::Abs(tracklets[iLayer].GetZfit(0) - z);
1791     nLayers++;
1792   }
1793   chi2Z /= TMath::Max((nLayers - 3.0),1.0);
1794   return chi2Z;
1795 }
1796
1797 //_____________________________________________________________________________
1798 Int_t AliTRDtrackerV1::PropagateToX(AliTRDtrackV1 &t, Double_t xToGo, Double_t maxStep)
1799 {
1800   //
1801   // Starting from current X-position of track <t> this function
1802   // extrapolates the track up to radial position <xToGo>. 
1803   // Returns 1 if track reaches the plane, and 0 otherwise 
1804   //
1805
1806   const Double_t kEpsilon = 0.00001;
1807
1808   // Current track X-position
1809   Double_t xpos = t.GetX();
1810
1811   // Direction: inward or outward
1812   Double_t dir  = (xpos < xToGo) ? 1.0 : -1.0;
1813
1814   while (((xToGo - xpos) * dir) > kEpsilon) {
1815
1816     Double_t xyz0[3];
1817     Double_t xyz1[3];
1818     Double_t param[7];
1819     Double_t x;
1820     Double_t y;
1821     Double_t z;
1822
1823     // The next step size
1824     Double_t step = dir * TMath::Min(TMath::Abs(xToGo-xpos),maxStep);
1825
1826     // Get the global position of the starting point
1827     t.GetXYZ(xyz0);
1828
1829     // X-position after next step
1830     x = xpos + step;
1831
1832     // Get local Y and Z at the X-position of the next step
1833     if(t.GetProlongation(x,y,z)<0) return 0; // No prolongation possible
1834
1835     // The global position of the end point of this prolongation step
1836     xyz1[0] =  x * TMath::Cos(t.GetAlpha()) - y * TMath::Sin(t.GetAlpha()); 
1837     xyz1[1] = +x * TMath::Sin(t.GetAlpha()) + y * TMath::Cos(t.GetAlpha());
1838     xyz1[2] =  z;
1839
1840     // Calculate the mean material budget between start and
1841     // end point of this prolongation step
1842     if(AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0, xyz1, param)<=0.) return 0;
1843
1844     // Propagate the track to the X-position after the next step
1845     if (!t.PropagateTo(x, param[1], param[0]*param[4])) return 0;
1846
1847     // Rotate the track if necessary
1848     if(!AdjustSector(&t)) return 0;
1849
1850     // New track X-position
1851     xpos = t.GetX();
1852
1853   }
1854
1855   return 1;
1856
1857 }
1858
1859
1860 //_____________________________________________________________________________
1861 Bool_t AliTRDtrackerV1::ReadClusters(TTree *clusterTree)
1862 {
1863   //
1864   // Reads AliTRDclusters from the file. 
1865   // The names of the cluster tree and branches 
1866   // should match the ones used in AliTRDclusterizer::WriteClusters()
1867   //
1868
1869   Int_t nsize = Int_t(clusterTree->GetTotBytes() / (sizeof(AliTRDcluster))); 
1870   TObjArray *clusterArray = new TObjArray(nsize+1000); 
1871   
1872   TBranch *branch = clusterTree->GetBranch("TRDcluster");
1873   if (!branch) {
1874     AliError("Can't get the branch !");
1875     return kFALSE;
1876   }
1877   branch->SetAddress(&clusterArray); 
1878   
1879   if(!fClusters){ 
1880     Float_t nclusters =  fkRecoParam->GetNClusters();
1881     if(fkReconstructor->IsHLT()) nclusters /= AliTRDgeometry::kNsector;
1882     fClusters = new TClonesArray("AliTRDcluster", Int_t(nclusters));
1883     fClusters->SetOwner(kTRUE);
1884   }
1885   
1886   // Loop through all entries in the tree
1887   Int_t nEntries   = (Int_t) clusterTree->GetEntries();
1888   Int_t nbytes     = 0;
1889   Int_t ncl        = 0;
1890   AliTRDcluster *c = NULL;
1891   for (Int_t iEntry = 0; iEntry < nEntries; iEntry++) {
1892     // Import the tree
1893     nbytes += clusterTree->GetEvent(iEntry);  
1894     
1895     // Get the number of points in the detector
1896     Int_t nCluster = clusterArray->GetEntriesFast();  
1897     for (Int_t iCluster = 0; iCluster < nCluster; iCluster++) { 
1898       if(!(c = (AliTRDcluster *) clusterArray->UncheckedAt(iCluster))) continue;
1899       new((*fClusters)[ncl++]) AliTRDcluster(*c);
1900       delete (clusterArray->RemoveAt(iCluster)); 
1901     }
1902   }
1903   delete clusterArray;
1904
1905   return kTRUE;
1906 }
1907
1908 //_____________________________________________________________________________
1909 Int_t AliTRDtrackerV1::LoadClusters(TTree *cTree)
1910 {
1911   //
1912   // Fills clusters into TRD tracking sectors
1913   //
1914   
1915   fkRecoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); // load reco param for this event
1916
1917   if(!fkReconstructor->IsWritingClusters()){ 
1918     fClusters = AliTRDReconstructor::GetClusters();
1919   } else {
1920     if(!ReadClusters(cTree)) {
1921       AliError("Problem with reading the clusters !");
1922       return 1;
1923     }
1924   }
1925   SetClustersOwner();
1926
1927   if(!fClusters || !fClusters->GetEntriesFast()){ 
1928     AliInfo("No TRD clusters");
1929     return 1;
1930   }
1931
1932   //Int_t nin = 
1933   BuildTrackingContainers();  
1934
1935   //Int_t ncl  = fClusters->GetEntriesFast();
1936   //AliInfo(Form("Clusters %d [%6.2f %% in the active volume]", ncl, 100.*float(nin)/ncl));
1937
1938   return 0;
1939 }
1940
1941 //_____________________________________________________________________________
1942 Int_t AliTRDtrackerV1::LoadClusters(TClonesArray * const clusters)
1943 {
1944   //
1945   // Fills clusters into TRD tracking sectors
1946   // Function for use in the HLT
1947   
1948   if(!clusters || !clusters->GetEntriesFast()){ 
1949     AliInfo("No TRD clusters");
1950     return 1;
1951   }
1952
1953   fClusters = clusters;
1954   SetClustersOwner();
1955
1956   fkRecoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); // load reco param for this event
1957   BuildTrackingContainers();  
1958
1959   //Int_t ncl  = fClusters->GetEntriesFast();
1960   //AliInfo(Form("Clusters %d [%6.2f %% in the active volume]", ncl, 100.*float(nin)/ncl));
1961
1962   return 0;
1963 }
1964
1965
1966 //____________________________________________________________________
1967 Int_t AliTRDtrackerV1::BuildTrackingContainers()
1968 {
1969 // Building tracking containers for clusters
1970
1971   Int_t nin(0), ncl(fClusters->GetEntriesFast());
1972   while (ncl--) {
1973     AliTRDcluster *c = (AliTRDcluster *) fClusters->UncheckedAt(ncl);
1974     if(c->IsInChamber()) nin++;
1975     if(fkReconstructor->IsHLT()) c->SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1976     Int_t detector       = c->GetDetector();
1977     Int_t sector         = fGeom->GetSector(detector);
1978     Int_t stack          = fGeom->GetStack(detector);
1979     Int_t layer          = fGeom->GetLayer(detector);
1980     
1981     fTrSec[sector].GetChamber(stack, layer, kTRUE)->InsertCluster(c, ncl);
1982   }
1983
1984   for(int isector =0; isector<AliTRDgeometry::kNsector; isector++){ 
1985     if(!fTrSec[isector].GetNChambers()) continue;
1986     fTrSec[isector].Init(fkReconstructor);
1987   }
1988
1989   return nin;
1990 }
1991
1992
1993
1994 //____________________________________________________________________
1995 void AliTRDtrackerV1::UnloadClusters() 
1996
1997 //
1998 // Clears the arrays of clusters and tracks. Resets sectors and timebins 
1999 // If option "force" is also set the containers are also deleted. This is useful 
2000 // in case of HLT
2001
2002   if(fTracks){ 
2003     fTracks->Delete(); 
2004     if(HasRemoveContainers()){delete fTracks; fTracks = NULL;}
2005   }
2006   if(fTracklets){ 
2007     fTracklets->Delete();
2008     if(HasRemoveContainers()){delete fTracklets; fTracklets = NULL;}
2009   }
2010   if(fClusters){ 
2011     if(IsClustersOwner()) fClusters->Delete();
2012     
2013     // save clusters array in the reconstructor for further use.
2014     if(!fkReconstructor->IsWritingClusters()){
2015       AliTRDReconstructor::SetClusters(fClusters);
2016       SetClustersOwner(kFALSE);
2017     } else AliTRDReconstructor::SetClusters(NULL);
2018   }
2019
2020   for (int i = 0; i < AliTRDgeometry::kNsector; i++) fTrSec[i].Clear();
2021
2022   // Increment the Event Number
2023   AliTRDtrackerDebug::SetEventNumber(AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber()  + 1);
2024 }
2025
2026 // //____________________________________________________________________
2027 // void AliTRDtrackerV1::UseClusters(const AliKalmanTrack *t, Int_t) const
2028 // {
2029 //   const AliTRDtrackV1 *track = dynamic_cast<const AliTRDtrackV1*>(t);
2030 //   if(!track) return;
2031 // 
2032 //   AliTRDseedV1 *tracklet = NULL;
2033 //   for(Int_t ily=AliTRDgeometry::kNlayer; ily--;){
2034 //     if(!(tracklet = track->GetTracklet(ily))) continue;
2035 //     AliTRDcluster *c = NULL;
2036 //     for(Int_t ic=AliTRDseed::kNclusters; ic--;){
2037 //       if(!(c=tracklet->GetClusters(ic))) continue;
2038 //       c->Use();
2039 //     }
2040 //   }
2041 // }
2042 // 
2043
2044 //_____________________________________________________________________________
2045 Bool_t AliTRDtrackerV1::AdjustSector(AliTRDtrackV1 *const track) 
2046 {
2047   //
2048   // Rotates the track when necessary
2049   //
2050
2051   Double_t alpha = AliTRDgeometry::GetAlpha(); 
2052   Double_t y     = track->GetY();
2053   Double_t ymax  = track->GetX()*TMath::Tan(0.5*alpha);
2054   
2055   if      (y >  ymax) {
2056     if (!track->Rotate( alpha)) {
2057       return kFALSE;
2058     }
2059   } 
2060   else if (y < -ymax) {
2061     if (!track->Rotate(-alpha)) {
2062       return kFALSE;   
2063     }
2064   } 
2065
2066   return kTRUE;
2067
2068 }
2069
2070
2071 //____________________________________________________________________
2072 AliTRDseedV1* AliTRDtrackerV1::GetTracklet(AliTRDtrackV1 *const track, Int_t p, Int_t &idx)
2073 {
2074   // Find tracklet for TRD track <track>
2075   // Parameters
2076   // - track
2077   // - sector
2078   // - plane
2079   // - index
2080   // Output
2081   // tracklet
2082   // index
2083   // Detailed description
2084   //
2085   idx = track->GetTrackletIndex(p);
2086   AliTRDseedV1 *tracklet = (idx<0) ? NULL : (AliTRDseedV1*)fTracklets->UncheckedAt(idx);
2087
2088   return tracklet;
2089 }
2090
2091 //____________________________________________________________________
2092 AliTRDseedV1* AliTRDtrackerV1::SetTracklet(const AliTRDseedV1 * const tracklet)
2093 {
2094   // Add this tracklet to the list of tracklets stored in the tracker
2095   //
2096   // Parameters
2097   //   - tracklet : pointer to the tracklet to be added to the list
2098   //
2099   // Output
2100   //   - the index of the new tracklet in the tracker tracklets list
2101   //
2102   // Detailed description
2103   // Build the tracklets list if it is not yet created (late initialization)
2104   // and adds the new tracklet to the list.
2105   //
2106   if(!fTracklets){
2107     fTracklets = new TClonesArray("AliTRDseedV1", AliTRDgeometry::Nsector()*kMaxTracksStack);
2108     fTracklets->SetOwner(kTRUE);
2109   }
2110   Int_t nentries = fTracklets->GetEntriesFast();
2111   return new ((*fTracklets)[nentries]) AliTRDseedV1(*tracklet);
2112 }
2113
2114 //____________________________________________________________________
2115 AliTRDtrackV1* AliTRDtrackerV1::SetTrack(const AliTRDtrackV1 * const track)
2116 {
2117   // Add this track to the list of tracks stored in the tracker
2118   //
2119   // Parameters
2120   //   - track : pointer to the track to be added to the list
2121   //
2122   // Output
2123   //   - the pointer added
2124   //
2125   // Detailed description
2126   // Build the tracks list if it is not yet created (late initialization)
2127   // and adds the new track to the list.
2128   //
2129   if(!fTracks){
2130     fTracks = new TClonesArray("AliTRDtrackV1", AliTRDgeometry::Nsector()*kMaxTracksStack);
2131     fTracks->SetOwner(kTRUE);
2132   }
2133   Int_t nentries = fTracks->GetEntriesFast();
2134   return new ((*fTracks)[nentries]) AliTRDtrackV1(*track);
2135 }
2136
2137
2138
2139 //____________________________________________________________________
2140 Int_t AliTRDtrackerV1::Clusters2TracksSM(Int_t sector, AliESDEvent *esd)
2141 {
2142   //
2143   // Steer tracking for one SM.
2144   //
2145   // Parameters :
2146   //   sector  : Array of (SM) propagation layers containing clusters
2147   //   esd     : The current ESD event. On output it contains the also
2148   //             the ESD (TRD) tracks found in this SM. 
2149   //
2150   // Output :
2151   //   Number of tracks found in this TRD supermodule.
2152   // 
2153   // Detailed description
2154   //
2155   // 1. Unpack AliTRDpropagationLayers objects for each stack.
2156   // 2. Launch stack tracking. 
2157   //    See AliTRDtrackerV1::Clusters2TracksStack() for details.
2158   // 3. Pack results in the ESD event.
2159   //
2160   
2161   Int_t nTracks   = 0;
2162   Int_t nChambers = 0;
2163   AliTRDtrackingChamber **stack = NULL, *chamber = NULL;
2164   for(int istack = 0; istack<AliTRDgeometry::kNstack; istack++){
2165     if(!(stack = fTrSec[sector].GetStack(istack))) continue;
2166     nChambers = 0;
2167     for(int ilayer=0; ilayer<AliTRDgeometry::kNlayer; ilayer++){
2168       if(!(chamber = stack[ilayer])) continue;
2169       if(chamber->GetNClusters() < fgNTimeBins * fkRecoParam->GetFindableClusters()) continue;
2170       nChambers++;
2171       //AliInfo(Form("sector %d stack %d layer %d clusters %d", sector, istack, ilayer, chamber->GetNClusters()));
2172     }
2173     if(nChambers < 4) continue;
2174     //AliInfo(Form("Doing stack %d", istack));
2175     nTracks += Clusters2TracksStack(stack, fTracksESD);
2176   }
2177   if(nTracks) AliDebug(2, Form("Number of tracks: SM_%02d[%d]", sector, nTracks));
2178
2179   for(int itrack=0; itrack<nTracks; itrack++){
2180     AliESDtrack *esdTrack((AliESDtrack*)(fTracksESD->operator[](itrack)));
2181     Int_t id = esd->AddTrack(esdTrack);
2182
2183     // set ESD id to stand alone TRD tracks
2184     if (fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 0){ 
2185       esdTrack=esd->GetTrack(id);
2186       TObject *o(NULL); Int_t ic(0);
2187       AliTRDtrackV1 *calibTrack(NULL); 
2188       while((o = esdTrack->GetCalibObject(ic++))){
2189         if(!(calibTrack = dynamic_cast<AliTRDtrackV1*>(o))) continue;
2190         calibTrack->SetESDid(esdTrack->GetID());
2191         break;
2192       }
2193     }
2194   }
2195
2196   // Reset Track and Candidate Number
2197   AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(0);
2198   AliTRDtrackerDebug::SetTrackNumber(0);
2199
2200   // delete ESD tracks in the array
2201   fTracksESD->Delete();
2202   return nTracks;
2203 }
2204
2205 //____________________________________________________________________
2206 Int_t AliTRDtrackerV1::Clusters2TracksStack(AliTRDtrackingChamber **stack, TClonesArray * const esdTrackList)
2207 {
2208   //
2209   // Make tracks in one TRD stack.
2210   //
2211   // Parameters :
2212   //   layer  : Array of stack propagation layers containing clusters
2213   //   esdTrackList  : Array of ESD tracks found by the stand alone tracker. 
2214   //                   On exit the tracks found in this stack are appended.
2215   //
2216   // Output :
2217   //   Number of tracks found in this stack.
2218   // 
2219   // Detailed description
2220   //
2221   // 1. Find the 3 most useful seeding chambers. See BuildSeedingConfigs() for details.
2222   // 2. Steer AliTRDtrackerV1::MakeSeeds() for 3 seeding layer configurations. 
2223   //    See AliTRDtrackerV1::MakeSeeds() for more details.
2224   // 3. Arrange track candidates in decreasing order of their quality
2225   // 4. Classify tracks in 5 categories according to:
2226   //    a) number of layers crossed
2227   //    b) track quality 
2228   // 5. Sign clusters by tracks in decreasing order of track quality
2229   // 6. Build AliTRDtrack out of seeding tracklets
2230   // 7. Cook MC label
2231   // 8. Build ESD track and register it to the output list
2232   //
2233
2234   AliTRDtrackingChamber *chamber = NULL;
2235   AliTRDtrackingChamber **ci = NULL;
2236   AliTRDseedV1 sseed[kMaxTracksStack*6]; // to be initialized
2237   Int_t pars[4]; // MakeSeeds parameters
2238
2239   //Double_t alpha = AliTRDgeometry::GetAlpha();
2240   //Double_t shift = .5 * alpha;
2241   Int_t configs[kNConfigs];
2242   
2243   // Purge used clusters from the containers
2244   ci = &stack[0];
2245   for(Int_t ic = kNPlanes; ic--; ci++){
2246     if(!(*ci)) continue;
2247     (*ci)->Update();
2248   }
2249
2250   // Build initial seeding configurations
2251   Double_t quality = BuildSeedingConfigs(stack, configs);
2252   if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 10){
2253     AliInfo(Form("Plane config %d %d %d Quality %f"
2254     , configs[0], configs[1], configs[2], quality));
2255   }
2256
2257   
2258   // Initialize contors
2259   Int_t ntracks,      // number of TRD track candidates
2260     ntracks1,     // number of registered TRD tracks/iter
2261     ntracks2 = 0; // number of all registered TRD tracks in stack
2262   fSieveSeeding = 0;
2263
2264   // Get stack index
2265   Int_t ic = 0; ci = &stack[0];
2266   while(ic<kNPlanes && !(*ci)){ic++; ci++;}
2267   if(!(*ci)) return ntracks2;
2268   Int_t istack = fGeom->GetStack((*ci)->GetDetector());
2269
2270   do{
2271     // Loop over seeding configurations
2272     ntracks = 0; ntracks1 = 0;
2273     for (Int_t iconf = 0; iconf<fkRecoParam->GetNumberOfSeedConfigs(); iconf++) {
2274       pars[0] = configs[iconf];
2275       pars[1] = ntracks;
2276       pars[2] = istack;
2277       ntracks = MakeSeeds(stack, &sseed[6*ntracks], pars);
2278       //AliInfo(Form("Number of Tracks after iteration step %d: %d\n", iconf, ntracks));
2279       if(ntracks == kMaxTracksStack) break;
2280     }
2281     AliDebug(2, Form("Candidate TRD tracks %d in iteration %d.", ntracks, fSieveSeeding));
2282     if(!ntracks) break;
2283     
2284     // Sort the seeds according to their quality
2285     Int_t sort[kMaxTracksStack];
2286     TMath::Sort(ntracks, fTrackQuality, sort, kTRUE);
2287     if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1") > 2){
2288       AliDebug(3, "Track candidates classification:");
2289       for (Int_t it(0); it < ntracks; it++) {
2290         Int_t jt(sort[it]);
2291         printf("   %2d idx[%d] Quality[%e]\n", it, jt, fTrackQuality[jt]);
2292       }
2293     }
2294   
2295     // Initialize number of tracks so far and logic switches
2296     Int_t ntracks0 = esdTrackList->GetEntriesFast();
2297     Bool_t signedTrack[kMaxTracksStack];
2298     Bool_t fakeTrack[kMaxTracksStack];
2299     for (Int_t i=0; i<ntracks; i++){
2300       signedTrack[i] = kFALSE;
2301       fakeTrack[i] = kFALSE;
2302     }
2303     //AliInfo("Selecting track candidates ...");
2304     
2305     // Sieve clusters in decreasing order of track quality
2306     Int_t jSieve(0), rejectedCandidates(0);
2307     do{
2308       // Check track candidates
2309       rejectedCandidates=0;
2310       for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++) {
2311         Int_t trackIndex = sort[itrack];
2312         if (signedTrack[trackIndex] || fakeTrack[trackIndex]) continue;
2313         
2314         // Calculate track parameters from tracklets seeds
2315         Int_t ncl        = 0;
2316         Int_t nused      = 0;
2317         Int_t nlayers    = 0;
2318         Int_t findable   = 0;
2319         for (Int_t jLayer = 0; jLayer < kNPlanes; jLayer++) {
2320           Int_t jseed = kNPlanes*trackIndex+jLayer;
2321           sseed[jseed].UpdateUsed();
2322           if(!sseed[jseed].IsOK()) continue;
2323           // check if primary candidate
2324           if (TMath::Abs(sseed[jseed].GetYref(0) / sseed[jseed].GetX0()) < 0.158) findable++;
2325           ncl   += sseed[jseed].GetN();
2326           nused += sseed[jseed].GetNUsed();
2327           nlayers++;
2328         }
2329
2330         // Filter duplicated tracks
2331         if (nused > 30){
2332           AliDebug(4, Form("REJECTED : %d idx[%d] quality[%e] tracklets[%d] usedClusters[%d]", itrack, trackIndex, fTrackQuality[trackIndex], nlayers, nused));
2333           fakeTrack[trackIndex] = kTRUE;
2334           continue;
2335         }
2336         if (ncl>0 && Float_t(nused)/ncl >= .25){
2337           AliDebug(4, Form("REJECTED : %d idx[%d] quality[%e] tracklets[%d] usedClusters[%d] used/ncl[%f]", itrack, trackIndex, fTrackQuality[trackIndex], nlayers, nused, Float_t(nused)/ncl));
2338           fakeTrack[trackIndex] = kTRUE;
2339           continue;
2340         }
2341
2342         AliDebug(4, Form("Candidate[%d] Quality[%e] Tracklets[%d] Findable[%d] Ncl[%d] Nused[%d]", trackIndex, fTrackQuality[trackIndex], nlayers, findable, ncl, nused));
2343
2344         // Classify tracks
2345         Bool_t skip = kFALSE;
2346         switch(jSieve){
2347           case 0: // select 6 tracklets primary tracks, good quality
2348             if(nlayers > findable || nlayers < kNPlanes) {skip = kTRUE; break;}
2349             if(TMath::Log(1.E-9+fTrackQuality[trackIndex]) < -5.){skip = kTRUE; break;}
2350             break;
2351
2352           case 1: // select shorter primary tracks, good quality
2353             //if(findable<4){skip = kTRUE; break;}
2354             if(nlayers < findable){skip = kTRUE; break;}
2355             if(TMath::Log(1.E-9+fTrackQuality[trackIndex]) < -4.){skip = kTRUE; break;}
2356             break;
2357
2358           case 2: // select 6 tracklets secondary tracks
2359             if(nlayers < kNPlanes) { skip = kTRUE; break;}
2360             if (TMath::Log(1.E-9+fTrackQuality[trackIndex]) < -6.0){skip = kTRUE; break;}
2361             break;
2362
2363           case 3: // select shorter tracks, good quality
2364             if (nlayers<4){skip = kTRUE; break;}
2365             if (TMath::Log(1.E-9+fTrackQuality[trackIndex]) < -5.){skip = kTRUE; break;}
2366             break;
2367
2368           case 4: // select anything with at least 4 tracklets
2369             if (nlayers<4){skip = kTRUE; break;}
2370             //if (TMath::Log(1.E-9+fTrackQuality[trackIndex]) - nused/(nlayers-3.0) < -15.0){skip = kTRUE; break;}
2371             break;
2372         }
2373         if(skip){
2374           rejectedCandidates++;
2375           AliDebug(4, Form("REJECTED : %d idx[%d] quality[%e] tracklets[%d] usedClusters[%d]", itrack, trackIndex, fTrackQuality[trackIndex], nlayers, nused));
2376           continue;
2377         } else AliDebug(4, Form("ACCEPTED : %d idx[%d] quality[%e] tracklets[%d] usedClusters[%d]", itrack, trackIndex, fTrackQuality[trackIndex], nlayers, nused));
2378
2379         signedTrack[trackIndex] = kTRUE;
2380
2381         AliTRDseedV1 *lseed =&sseed[trackIndex*kNPlanes];
2382         AliTRDtrackV1 *track = MakeTrack(lseed);
2383         if(!track){
2384           AliDebug(1, "Track building failed.");
2385           continue;
2386         } else { 
2387           if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1") > 1){
2388             Int_t ich = 0; while(!(chamber = stack[ich])) ich++;
2389             AliDebug(2, Form("Track pt=%7.2fGeV/c SM[%2d] Done.", track->Pt(), fGeom->GetSector(chamber->GetDetector())));
2390           }
2391         }
2392
2393         if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
2394           //AliInfo(Form("Track %d [%d] nlayers %d trackQuality = %e nused %d, yref = %3.3f", itrack, trackIndex, nlayers, fTrackQuality[trackIndex], nused, trackParams[1]));
2395
2396           AliTRDseedV1 *dseed[6];
2397           for(Int_t iseed = AliTRDgeometry::kNlayer; iseed--;) dseed[iseed] = new AliTRDseedV1(lseed[iseed]);
2398
2399           //Int_t eventNrInFile = esd->GetEventNumberInFile();
2400           Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
2401           Int_t trackNumber = AliTRDtrackerDebug::GetTrackNumber();
2402           Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
2403           TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2404           cstreamer << "Clusters2TracksStack"
2405               << "EventNumber="   << eventNumber
2406               << "TrackNumber="   << trackNumber
2407               << "CandidateNumber=" << candidateNumber
2408               << "Iter="        << fSieveSeeding
2409               << "Like="        << fTrackQuality[trackIndex]
2410               << "S0.="       << dseed[0]
2411               << "S1.="       << dseed[1]
2412               << "S2.="       << dseed[2]
2413               << "S3.="       << dseed[3]
2414               << "S4.="       << dseed[4]
2415               << "S5.="       << dseed[5]
2416               << "Ncl="       << ncl
2417               << "NLayers="   << nlayers
2418               << "Findable="  << findable
2419               << "NUsed="     << nused
2420               << "\n";
2421         }
2422
2423
2424         AliESDtrack *esdTrack = new ((*esdTrackList)[ntracks0++]) AliESDtrack();
2425         esdTrack->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDout);
2426         esdTrack->SetLabel(track->GetLabel());
2427         track->UpdateESDtrack(esdTrack);
2428         // write ESD-friends if neccessary
2429         if (fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 0){
2430           AliTRDtrackV1 *calibTrack = new AliTRDtrackV1(*track);
2431           calibTrack->SetOwner();
2432           esdTrack->AddCalibObject(calibTrack);
2433         }
2434         ntracks1++;
2435         AliTRDtrackerDebug::SetTrackNumber(AliTRDtrackerDebug::GetTrackNumber() + 1);
2436       }
2437
2438       jSieve++;
2439     } while(jSieve<5 && rejectedCandidates); // end track candidates sieve
2440     if(!ntracks1) break;
2441
2442     // increment counters
2443     ntracks2 += ntracks1;
2444
2445     if(fkReconstructor->IsHLT()) break;
2446     fSieveSeeding++;
2447
2448     // Rebuild plane configurations and indices taking only unused clusters into account
2449     quality = BuildSeedingConfigs(stack, configs);
2450     if(quality < 1.E-7) break; //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetPlaneQualityThreshold()) break;
2451     
2452     for(Int_t ip = 0; ip < kNPlanes; ip++){ 
2453       if(!(chamber = stack[ip])) continue;
2454       chamber->Build(fGeom);//Indices(fSieveSeeding);
2455     }
2456
2457     if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 10){ 
2458       AliInfo(Form("Sieve level %d Plane config %d %d %d Quality %f", fSieveSeeding, configs[0], configs[1], configs[2], quality));
2459     }
2460   } while(fSieveSeeding<10); // end stack clusters sieve
2461   
2462
2463
2464   //AliInfo(Form("Registered TRD tracks %d in stack %d.", ntracks2, pars[1]));
2465
2466   return ntracks2;
2467 }
2468
2469 //___________________________________________________________________
2470 Double_t AliTRDtrackerV1::BuildSeedingConfigs(AliTRDtrackingChamber **stack, Int_t *configs)
2471 {
2472   //
2473   // Assign probabilities to chambers according to their
2474   // capability of producing seeds.
2475   // 
2476   // Parameters :
2477   //
2478   //   layers : Array of stack propagation layers for all 6 chambers in one stack
2479   //   configs : On exit array of configuration indexes (see GetSeedingConfig()
2480   // for details) in the decreasing order of their seeding probabilities. 
2481   //
2482   // Output :
2483   //
2484   //  Return top configuration quality 
2485   //
2486   // Detailed description:
2487   //
2488   // To each chamber seeding configuration (see GetSeedingConfig() for
2489   // the list of all configurations) one defines 2 quality factors:
2490   //  - an apriori topological quality (see GetSeedingConfig() for details) and
2491   //  - a data quality based on the uniformity of the distribution of
2492   //    clusters over the x range (time bins population). See CookChamberQA() for details.
2493   // The overall chamber quality is given by the product of this 2 contributions.
2494   // 
2495
2496   Double_t chamberQ[kNPlanes];memset(chamberQ, 0, kNPlanes*sizeof(Double_t));
2497   AliTRDtrackingChamber *chamber = NULL;
2498   for(int iplane=0; iplane<kNPlanes; iplane++){
2499     if(!(chamber = stack[iplane])) continue;
2500     chamberQ[iplane] = (chamber = stack[iplane]) ?  chamber->GetQuality() : 0.;
2501   }
2502
2503   Double_t tconfig[kNConfigs];memset(tconfig, 0, kNConfigs*sizeof(Double_t));
2504   Int_t planes[] = {0, 0, 0, 0};
2505   for(int iconf=0; iconf<kNConfigs; iconf++){
2506     GetSeedingConfig(iconf, planes);
2507     tconfig[iconf] = fgTopologicQA[iconf];
2508     for(int iplane=0; iplane<4; iplane++) tconfig[iconf] *= chamberQ[planes[iplane]]; 
2509   }
2510   
2511   TMath::Sort((Int_t)kNConfigs, tconfig, configs, kTRUE);
2512   //    AliInfo(Form("q[%d] = %f", configs[0], tconfig[configs[0]]));
2513   //    AliInfo(Form("q[%d] = %f", configs[1], tconfig[configs[1]]));
2514   //    AliInfo(Form("q[%d] = %f", configs[2], tconfig[configs[2]]));
2515   
2516   return tconfig[configs[0]];
2517 }
2518
2519 //____________________________________________________________________
2520 Int_t AliTRDtrackerV1::MakeSeeds(AliTRDtrackingChamber **stack, AliTRDseedV1 * const sseed, const Int_t * const ipar)
2521 {
2522 //
2523 // Seed tracklets and build candidate TRD tracks. The procedure is used during barrel tracking to account for tracks which are 
2524 // either missed by TPC prolongation or conversions inside the TRD volume. 
2525 // For stand alone tracking the procedure is used to estimate all tracks measured by TRD. 
2526 //
2527 // Parameters :
2528 //   layers : Array of stack propagation layers containing clusters
2529 //   sseed  : Array of empty tracklet seeds. On exit they are filled.
2530 //   ipar   : Control parameters:
2531 //       ipar[0] -> seeding chambers configuration
2532 //       ipar[1] -> stack index
2533 //       ipar[2] -> number of track candidates found so far
2534 //
2535 // Output :
2536 //   Number of tracks candidates found.
2537 // 
2538 // The following steps are performed:
2539 // 1. Build seeding layers by collapsing all time bins from each of the four seeding chambers along the 
2540 // radial coordinate. See AliTRDtrackingChamber::GetSeedingLayer() for details. The chambers selection for seeding
2541 // is described in AliTRDtrackerV1::Clusters2TracksStack().
2542 // 2. Using the seeding clusters from the seeding layer (step 1) build combinatorics using the following algorithm:
2543 // - for each seeding cluster in the lower seeding layer find
2544 // - all seeding clusters in the upper seeding layer inside a road defined by a given phi angle. The angle 
2545 //   is calculated on the minimum pt of tracks from vertex accesible to the stand alone tracker.
2546 // - for each pair of two extreme seeding clusters select middle upper cluster using roads defined externally by the 
2547 //   reco params
2548 // - select last seeding cluster as the nearest to the linear approximation of the track described by the first three
2549 //   seeding clusters.
2550 //   The implementation of road calculation and cluster selection can be found in the functions AliTRDchamberTimeBin::BuildCond()
2551 //   and AliTRDchamberTimeBin::GetClusters().   
2552 // 3. Helix fit of the seeding clusters set. (see AliTRDtrackerFitter::FitRieman(AliTRDcluster**)). No tilt correction is 
2553 //    performed at this level 
2554 // 4. Initialize seeding tracklets in the seeding chambers.
2555 // 5. *Filter 0* Chi2 cut on the Y and Z directions. The threshold is set externally by the reco params.
2556 // 6. Attach (true) clusters to seeding tracklets (see AliTRDseedV1::AttachClusters()) and fit tracklet (see 
2557 //    AliTRDseedV1::Fit()). The number of used clusters used by current seeds should not exceed ... (25).
2558 // 7. *Filter 1* Check if all 4 seeding tracklets are correctly constructed.
2559 // 8. Helix fit of the clusters from the seeding tracklets with tilt correction. Refit tracklets using the new 
2560 //    approximation of the track.
2561 // 9. *Filter 2* Calculate likelihood of the track. (See AliTRDtrackerV1::CookLikelihood()). The following quantities are
2562 //    checked against the Riemann fit:
2563 //      - position resolution in y
2564 //      - angular resolution in the bending plane
2565 //      - likelihood of the number of clusters attached to the tracklet
2566 // 10. Extrapolation of the helix fit to the other 2 chambers *non seeding* chambers:
2567 //      - Initialization of extrapolation tracklets with the fit parameters
2568 //      - Attach clusters to extrapolated tracklets
2569 //      - Helix fit of tracklets
2570 // 11. Improve seeding tracklets quality by reassigning clusters based on the last parameters of the track
2571 //      See AliTRDtrackerV1::ImproveSeedQuality() for details.
2572 // 12. Helix fit of all 6 seeding tracklets and chi2 calculation
2573 // 13. Hyperplane fit and track quality calculation. See AliTRDtrackerFitter::FitHyperplane() for details.
2574 // 14. Cooking labels for tracklets. Should be done only for MC
2575 // 15. Register seeds.
2576 //
2577 // Authors:
2578 //   Marian Ivanov <M.Ivanov@gsi.de>
2579 //   Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
2580 //   Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>
2581
2582   AliTRDtrackingChamber *chamber = NULL;
2583   AliTRDcluster *c[kNSeedPlanes] = {NULL, NULL, NULL, NULL}; // initilize seeding clusters
2584   AliTRDseedV1 *cseed = &sseed[0]; // initialize tracklets for first track
2585   Int_t ncl, mcl; // working variable for looping over clusters
2586   Int_t index[AliTRDchamberTimeBin::kMaxClustersLayer], jndex[AliTRDchamberTimeBin::kMaxClustersLayer];
2587   // chi2 storage
2588   // chi2[0] = tracklet chi2 on the Z direction
2589   // chi2[1] = tracklet chi2 on the R direction
2590   Double_t chi2[4];
2591
2592   // this should be data member of AliTRDtrack TODO
2593   Double_t seedQuality[kMaxTracksStack];
2594   
2595   // unpack control parameters
2596   Int_t config  = ipar[0];
2597   Int_t ntracks = ipar[1];
2598   Int_t istack  = ipar[2];
2599   Int_t planes[kNSeedPlanes]; GetSeedingConfig(config, planes); 
2600   Int_t planesExt[kNPlanes-kNSeedPlanes]; GetExtrapolationConfig(config, planesExt);
2601
2602
2603   // Init chambers geometry
2604   Double_t hL[kNPlanes];       // Tilting angle
2605   Float_t padlength[kNPlanes]; // pad lenghts
2606   Float_t padwidth[kNPlanes];  // pad widths
2607   AliTRDpadPlane *pp = NULL;
2608   for(int iplane=0; iplane<kNPlanes; iplane++){
2609     pp                = fGeom->GetPadPlane(iplane, istack);
2610     hL[iplane]        = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
2611     padlength[iplane] = pp->GetLengthIPad();
2612     padwidth[iplane] = pp->GetWidthIPad();
2613   }
2614   
2615   // Init anode wire position for chambers
2616   Double_t x0[kNPlanes],       // anode wire position
2617            driftLength = .5*AliTRDgeometry::AmThick() - AliTRDgeometry::DrThick(); // drift length
2618   TGeoHMatrix *matrix = NULL;
2619   Double_t loc[] = {AliTRDgeometry::AnodePos(), 0., 0.};
2620   Double_t glb[] = {0., 0., 0.};
2621   AliTRDtrackingChamber **cIter = &stack[0];
2622   for(int iLayer=0; iLayer<kNPlanes; iLayer++,cIter++){
2623     if(!(*cIter)) continue;
2624     if(!(matrix = fGeom->GetClusterMatrix((*cIter)->GetDetector()))){ 
2625       x0[iLayer] = fgkX0[iLayer];
2626       continue;
2627     }
2628     matrix->LocalToMaster(loc, glb);
2629     x0[iLayer] = glb[0];
2630   }
2631
2632   AliDebug(2, Form("Making seeds Stack[%d] Config[%d] Tracks[%d]...", istack, config, ntracks));
2633
2634   // Build seeding layers
2635   ResetSeedTB();
2636   Int_t nlayers = 0;
2637   for(int isl=0; isl<kNSeedPlanes; isl++){ 
2638     if(!(chamber = stack[planes[isl]])) continue;
2639     if(!chamber->GetSeedingLayer(fSeedTB[isl], fGeom, fkReconstructor)) continue;
2640     nlayers++;
2641   }
2642   if(nlayers < kNSeedPlanes) return ntracks;
2643   
2644   
2645   // Start finding seeds
2646   Double_t cond0[4], cond1[4], cond2[4];
2647   Int_t icl = 0;
2648   while((c[3] = (*fSeedTB[3])[icl++])){
2649     if(!c[3]) continue;
2650     fSeedTB[0]->BuildCond(c[3], cond0, 0);
2651     fSeedTB[0]->GetClusters(cond0, index, ncl);
2652     //printf("Found c[3] candidates 0 %d\n", ncl);
2653     Int_t jcl = 0;
2654     while(jcl<ncl) {
2655       c[0] = (*fSeedTB[0])[index[jcl++]];
2656       if(!c[0]) continue;
2657       Double_t dx    = c[3]->GetX() - c[0]->GetX();
2658       Double_t dzdx = (c[3]->GetZ() - c[0]->GetZ())/dx;
2659       Double_t dydx   = (c[3]->GetY() - c[0]->GetY())/dx;
2660       fSeedTB[1]->BuildCond(c[0], cond1, 1, dzdx, dydx);
2661       fSeedTB[1]->GetClusters(cond1, jndex, mcl);
2662       //printf("Found c[0] candidates 1 %d\n", mcl);
2663
2664       Int_t kcl = 0;
2665       while(kcl<mcl) {
2666         c[1] = (*fSeedTB[1])[jndex[kcl++]];
2667         if(!c[1]) continue;
2668         fSeedTB[2]->BuildCond(c[1], cond2, 2, dzdx, dydx);
2669         c[2] = fSeedTB[2]->GetNearestCluster(cond2);
2670         //printf("Found c[1] candidate 2 %p\n", c[2]);
2671         if(!c[2]) continue;
2672
2673         AliDebug(3, Form("Seeding clusters\n 0[%6.3f %6.3f %6.3f]\n 1[%6.3f %6.3f %6.3f]\n 2[%6.3f %6.3f %6.3f]\n 3[%6.3f %6.3f %6.3f].",
2674           c[0]->GetX(), c[0]->GetY(), c[0]->GetZ(),
2675           c[1]->GetX(), c[1]->GetY(), c[1]->GetZ(),
2676           c[2]->GetX(), c[2]->GetY(), c[2]->GetZ(),
2677           c[3]->GetX(), c[3]->GetY(), c[3]->GetZ()));
2678               
2679         for (Int_t il = 0; il < kNPlanes; il++) cseed[il].Reset();
2680       
2681         FitRieman(c, chi2);
2682       
2683         AliTRDseedV1 *tseed = &cseed[0];
2684         cIter = &stack[0];
2685         for(int iLayer=0; iLayer<kNPlanes; iLayer++, tseed++, cIter++){
2686           Int_t det = (*cIter) ? (*cIter)->GetDetector() : -1;
2687           tseed->SetDetector(det);
2688           tseed->SetTilt(hL[iLayer]);
2689           tseed->SetPadLength(padlength[iLayer]);
2690           tseed->SetPadWidth(padwidth[iLayer]);
2691           tseed->SetReconstructor(fkReconstructor);
2692           tseed->SetX0(det<0 ? fR[iLayer]+driftLength : x0[iLayer]);
2693           tseed->Init(GetRiemanFitter());
2694           tseed->SetStandAlone(kTRUE);
2695         }
2696       
2697         Bool_t isFake = kFALSE;
2698         if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
2699           if (c[0]->GetLabel(0) != c[3]->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
2700           if (c[1]->GetLabel(0) != c[3]->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
2701           if (c[2]->GetLabel(0) != c[3]->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
2702       
2703           Double_t xpos[4];
2704           for(Int_t l = 0; l < kNSeedPlanes; l++) xpos[l] = fSeedTB[l]->GetX();
2705           Float_t yref[4];
2706           for(int il=0; il<4; il++) yref[il] = cseed[planes[il]].GetYref(0);
2707           Int_t ll = c[3]->GetLabel(0);
2708           Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
2709           Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
2710           AliRieman *rim = GetRiemanFitter();
2711           TTreeSRedirector &cs0 = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2712           cs0 << "MakeSeeds0"
2713               <<"EventNumber="          << eventNumber
2714               <<"CandidateNumber="      << candidateNumber
2715               <<"isFake="                               << isFake
2716               <<"config="                               << config
2717               <<"label="                                << ll
2718               <<"chi2z="                                << chi2[0]
2719               <<"chi2y="                                << chi2[1]
2720               <<"Y2exp="                                << cond2[0]     
2721               <<"Z2exp="                                << cond2[1]
2722               <<"X0="                                   << xpos[0] //layer[sLayer]->GetX()
2723               <<"X1="                                   << xpos[1] //layer[sLayer + 1]->GetX()
2724               <<"X2="                                   << xpos[2] //layer[sLayer + 2]->GetX()
2725               <<"X3="                                   << xpos[3] //layer[sLayer + 3]->GetX()
2726               <<"yref0="                                << yref[0]
2727               <<"yref1="                                << yref[1]
2728               <<"yref2="                                << yref[2]
2729               <<"yref3="                                << yref[3]
2730               <<"c0.="                          << c[0]
2731               <<"c1.="                          << c[1]
2732               <<"c2.="                          << c[2]
2733               <<"c3.="                          << c[3]
2734               <<"Seed0.="                               << &cseed[planes[0]]
2735               <<"Seed1.="                               << &cseed[planes[1]]
2736               <<"Seed2.="                               << &cseed[planes[2]]
2737               <<"Seed3.="                               << &cseed[planes[3]]
2738               <<"RiemanFitter.="                << rim
2739               <<"\n";
2740         }
2741         if(chi2[0] > fkRecoParam->GetChi2Z()/*7./(3. - sLayer)*//*iter*/){
2742           AliDebug(3, Form("Filter on chi2Z [%f].", chi2[0]));
2743           AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2744           continue;
2745         }
2746         if(chi2[1] > fkRecoParam->GetChi2Y()/*1./(3. - sLayer)*//*iter*/){
2747           AliDebug(3, Form("Filter on chi2Y [%f].", chi2[1]));
2748           AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2749           continue;
2750         }
2751         //AliInfo("Passed chi2 filter.");
2752       
2753         // try attaching clusters to tracklets
2754         Int_t mlayers = 0; 
2755         AliTRDcluster *cl = NULL;
2756         for(int iLayer=0; iLayer<kNSeedPlanes; iLayer++){
2757           Int_t jLayer = planes[iLayer];
2758           Int_t nNotInChamber = 0;
2759           if(!cseed[jLayer].AttachClusters(stack[jLayer], kTRUE)) continue;
2760           if(/*fkReconstructor->IsHLT()*/kFALSE){ 
2761             cseed[jLayer].UpdateUsed();
2762             if(!cseed[jLayer].IsOK()) continue;
2763           }else{
2764             cseed[jLayer].Fit();
2765             cseed[jLayer].UpdateUsed();
2766             cseed[jLayer].ResetClusterIter();
2767             while((cl = cseed[jLayer].NextCluster())){
2768               if(!cl->IsInChamber()) nNotInChamber++;
2769             }
2770             //printf("clusters[%d], used[%d], not in chamber[%d]\n", cseed[jLayer].GetN(), cseed[jLayer].GetNUsed(), nNotInChamber);
2771             if(cseed[jLayer].GetN() - (cseed[jLayer].GetNUsed() + nNotInChamber) < 5) continue; // checking for Cluster which are not in chamber is a much stronger restriction on real data
2772           }
2773           mlayers++;
2774         }
2775
2776         if(mlayers < kNSeedPlanes){ 
2777           AliDebug(2, Form("Found only %d tracklets out of %d. Skip.", mlayers, kNSeedPlanes));
2778           AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2779           continue;
2780         }
2781
2782         // temporary exit door for the HLT
2783         if(fkReconstructor->IsHLT()){ 
2784           // attach clusters to extrapolation chambers
2785           for(int iLayer=0; iLayer<kNPlanes-kNSeedPlanes; iLayer++){
2786             Int_t jLayer = planesExt[iLayer];
2787             if(!(chamber = stack[jLayer])) continue;
2788             if(!cseed[jLayer].AttachClusters(chamber, kTRUE)) continue;
2789             cseed[jLayer].Fit();
2790           }
2791           //FitTiltedRiemanConstraint(&cseed[0], GetZ());
2792           fTrackQuality[ntracks] = 1.; // dummy value
2793           ntracks++;
2794           if(ntracks == kMaxTracksStack) return ntracks;
2795           cseed += 6; 
2796           continue;
2797         }
2798
2799
2800         // Update Seeds and calculate Likelihood
2801         // fit tracklets and cook likelihood
2802         Double_t chi2Vals[4];
2803         chi2Vals[0] = FitTiltedRieman(&cseed[0], kTRUE);
2804         for(int iLayer=0; iLayer<kNSeedPlanes; iLayer++){
2805           Int_t jLayer = planes[iLayer];
2806           cseed[jLayer].Fit(1);
2807         }
2808         Double_t like = CookLikelihood(&cseed[0], planes); // to be checked
2809       
2810         if (TMath::Log(1.E-9 + like) < fkRecoParam->GetTrackLikelihood()){
2811           AliDebug(3, Form("Filter on likelihood %f[%e].", TMath::Log(1.E-9 + like), like));
2812           AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2813           continue;
2814         }
2815         //AliInfo(Form("Passed likelihood %f[%e].", TMath::Log(1.E-9 + like), like));
2816       
2817         // book preliminary results
2818         seedQuality[ntracks] = like;
2819         fSeedLayer[ntracks]  = config;/*sLayer;*/
2820       
2821         // attach clusters to the extrapolation seeds
2822         Int_t elayers(0);
2823         for(int iLayer=0; iLayer<kNPlanes-kNSeedPlanes; iLayer++){
2824           Int_t jLayer = planesExt[iLayer];
2825           if(!(chamber = stack[jLayer])) continue;
2826       
2827           // fit extrapolated seed
2828           if ((jLayer == 0) && !(cseed[1].IsOK())) continue;
2829           if ((jLayer == 5) && !(cseed[4].IsOK())) continue;
2830           AliTRDseedV1 pseed = cseed[jLayer];
2831           if(!pseed.AttachClusters(chamber, kTRUE)) continue;
2832           pseed.Fit(1);
2833           cseed[jLayer] = pseed;
2834           chi2Vals[0] = FitTiltedRieman(cseed,  kTRUE);
2835           cseed[jLayer].Fit(1);
2836           elayers++;
2837         }
2838       
2839         // AliInfo("Extrapolation done.");
2840         // Debug Stream containing all the 6 tracklets
2841         if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
2842           TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2843           TLinearFitter *tiltedRieman = GetTiltedRiemanFitter();
2844           Int_t eventNumber             = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
2845           Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
2846           cstreamer << "MakeSeeds1"
2847               << "EventNumber="         << eventNumber
2848               << "CandidateNumber="     << candidateNumber
2849               << "S0.="                                 << &cseed[0]
2850               << "S1.="                                 << &cseed[1]
2851               << "S2.="                                 << &cseed[2]
2852               << "S3.="                                 << &cseed[3]
2853               << "S4.="                                 << &cseed[4]
2854               << "S5.="                                 << &cseed[5]
2855               << "FitterT.="                    << tiltedRieman
2856               << "\n";
2857         }
2858               
2859         if(fkRecoParam->HasImproveTracklets()){ 
2860           if(!ImproveSeedQuality(stack, cseed, chi2Vals[0])){
2861             AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2862             AliDebug(3, "ImproveSeedQuality() failed.");
2863           }
2864         }
2865       
2866         // do track fitting with vertex constraint
2867         if(fkRecoParam->IsVertexConstrained()) chi2Vals[1] = FitTiltedRiemanConstraint(&cseed[0], GetZ());
2868         else chi2Vals[1] = -1.;
2869         chi2Vals[2] = GetChi2Z(&cseed[0]);
2870         chi2Vals[3] = GetChi2Phi(&cseed[0]);
2871
2872         // calculate track quality
2873         fTrackQuality[ntracks] = CalculateTrackLikelihood(&chi2Vals[0]);
2874                   
2875         if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
2876           TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2877           Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
2878           Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
2879           TLinearFitter *fitterTC = GetTiltedRiemanFitterConstraint();
2880           TLinearFitter *fitterT = GetTiltedRiemanFitter();
2881           Int_t ncls = 0; 
2882           for(Int_t iseed = 0; iseed < kNPlanes; iseed++){
2883                 ncls += cseed[iseed].IsOK() ? cseed[iseed].GetN2() : 0;
2884           }
2885           cstreamer << "MakeSeeds2"
2886               << "EventNumber="                 << eventNumber
2887               << "CandidateNumber="     << candidateNumber
2888               << "Chi2TR="                      << chi2Vals[0]
2889               << "Chi2TC="                      << chi2Vals[1]
2890               << "Nlayers="                     << mlayers
2891               << "NClusters="   << ncls
2892               << "Like="                                << like
2893               << "S0.="                         << &cseed[0]
2894               << "S1.="                         << &cseed[1]
2895               << "S2.="                         << &cseed[2]
2896               << "S3.="                         << &cseed[3]
2897               << "S4.="                         << &cseed[4]
2898               << "S5.="                         << &cseed[5]
2899               << "FitterT.="                    << fitterT
2900               << "FitterTC.="                   << fitterTC
2901               << "\n";
2902         }
2903         if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDtrackerV1")){  
2904           Double_t pt[]={0., 0.};
2905           for(Int_t il(0); il<kNPlanes; il++){
2906             if(!cseed[il].IsOK()) continue;
2907             pt[0] = GetBz()*kB2C/cseed[il].GetC();
2908             pt[1] = GetBz()*kB2C/cseed[il].GetC(1);
2909             break;
2910           }
2911           AliDebug(2, Form("Candidate[%2d] pt[%7.3f %7.3f] Q[%e]\n"
2912             "  [0] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]\n"
2913             "  [1] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]\n"
2914             "  [2] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]\n"
2915             "  [3] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]\n"
2916             "  [4] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]\n"
2917             "  [5] x[%6.2f] n[%2d] nu[%d] OK[%c]"
2918             , ntracks, pt[0], pt[1], fTrackQuality[ntracks]
2919             ,cseed[0].GetX(), cseed[0].GetN(), cseed[0].GetNUsed(), cseed[0].IsOK()?'y':'n'
2920             ,cseed[1].GetX(), cseed[1].GetN(), cseed[1].GetNUsed(), cseed[1].IsOK()?'y':'n'
2921             ,cseed[2].GetX(), cseed[2].GetN(), cseed[2].GetNUsed(), cseed[2].IsOK()?'y':'n'
2922             ,cseed[3].GetX(), cseed[3].GetN(), cseed[3].GetNUsed(), cseed[3].IsOK()?'y':'n'
2923             ,cseed[4].GetX(), cseed[4].GetN(), cseed[4].GetNUsed(), cseed[4].IsOK()?'y':'n'
2924             ,cseed[5].GetX(), cseed[5].GetN(), cseed[5].GetNUsed(), cseed[5].IsOK()?'y':'n'));
2925         }
2926         ntracks++;
2927         AliTRDtrackerDebug::SetCandidateNumber(AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber() + 1);
2928         if(ntracks == kMaxTracksStack){
2929           AliWarning(Form("Number of seeds reached maximum allowed (%d) in stack.", kMaxTracksStack));
2930           return ntracks;
2931         }
2932         cseed += 6;
2933       }
2934     }
2935   }
2936   
2937   return ntracks;
2938 }
2939
2940 //_____________________________________________________________________________
2941 AliTRDtrackV1* AliTRDtrackerV1::MakeTrack(AliTRDseedV1 * const tracklet)
2942 {
2943 //
2944 // Build a TRD track out of tracklet candidates
2945 //
2946 // Parameters :
2947 //   seeds  : array of tracklets
2948 //   params : array of track parameters as they are estimated by stand alone tracker. 7 elements.
2949 //     [0] - radial position of the track at reference point
2950 //     [1] - y position of the fit at [0]
2951 //     [2] - z position of the fit at [0]
2952 //     [3] - snp of the first tracklet
2953 //     [4] - tgl of the first tracklet
2954 //     [5] - curvature of the Riemann fit - 1/pt
2955 //     [6] - sector rotation angle
2956 //
2957 // Output :
2958 //   The TRD track.
2959 //
2960 // Initialize the TRD track based on the parameters of the fit and a parametric covariance matrix 
2961 // (diagonal with constant variance terms TODO - correct parameterization) 
2962 // 
2963 // In case of HLT just register the tracklets in the tracker and return values of the Riemann fit. For the
2964 // offline case perform a full Kalman filter on the already found tracklets (see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
2965 // for details). Do also MC label calculation and PID if propagation successfully.
2966
2967   if(fkReconstructor->IsHLT()) FitTiltedRiemanConstraint(tracklet, 0);
2968   Double_t alpha = AliTRDgeometry::GetAlpha();
2969   Double_t shift = AliTRDgeometry::GetAlpha()/2.0;
2970
2971   // find first good tracklet
2972   Int_t idx(0); while(idx<kNPlanes && !tracklet[idx].IsOK()) idx++;
2973   if(idx>2){ AliDebug(1, Form("Found suspect track start @ layer idx[%d]\n"
2974     "  %c[0] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]\n"
2975     "  %c[1] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]\n"
2976     "  %c[2] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]\n"
2977     "  %c[3] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]\n"
2978     "  %c[4] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]\n"
2979     "  %c[5] x0[%f] n[%d] nu[%d] OK[%c]"
2980     ,idx
2981     ,idx==0?'*':' ', tracklet[0].GetX0(), tracklet[0].GetN(), tracklet[0].GetNUsed(), tracklet[0].IsOK()?'y':'n'
2982     ,idx==1?'*':' ', tracklet[1].GetX0(), tracklet[1].GetN(), tracklet[1].GetNUsed(), tracklet[1].IsOK()?'y':'n'
2983     ,idx==2?'*':' ', tracklet[2].GetX0(), tracklet[2].GetN(), tracklet[2].GetNUsed(), tracklet[2].IsOK()?'y':'n'
2984     ,idx==3?'*':' ', tracklet[3].GetX0(), tracklet[3].GetN(), tracklet[3].GetNUsed(), tracklet[3].IsOK()?'y':'n'
2985     ,idx==4?'*':' ', tracklet[4].GetX0(), tracklet[4].GetN(), tracklet[4].GetNUsed(), tracklet[4].IsOK()?'y':'n'
2986     ,idx==5?'*':' ', tracklet[5].GetX0(), tracklet[5].GetN(), tracklet[5].GetNUsed(), tracklet[5].IsOK()?'y':'n'));
2987     return NULL;
2988   }
2989
2990   Double_t dx(5.);
2991   Double_t x(tracklet[idx].GetX0() - dx);
2992   // Build track parameters
2993   Double_t params[] = {
2994     tracklet[idx].GetYref(0) - dx*tracklet[idx].GetYref(1) // y
2995    ,tracklet[idx].GetZref(0) - dx*tracklet[idx].GetZref(1) // z
2996    ,TMath::Sin(TMath::ATan(tracklet[idx].GetYref(1)))      // snp
2997    ,tracklet[idx].GetZref(1) / TMath::Sqrt(1. + tracklet[idx].GetYref(1) * tracklet[idx].GetYref(1))   // tgl
2998    ,tracklet[idx].GetC(fkReconstructor->IsHLT()?1:0)                                   // curvature -> 1/pt
2999   };
3000   Int_t sector(fGeom->GetSector(tracklet[idx].GetDetector()));
3001
3002   Double_t c[15];
3003   c[ 0] = 0.2; // s^2_y
3004   c[ 1] = 0.0; c[ 2] = 2.0; // s^2_z
3005   c[ 3] = 0.0; c[ 4] = 0.0; c[ 5] = 0.02; // s^2_snp
3006   c[ 6] = 0.0; c[ 7] = 0.0; c[ 8] = 0.0;  c[ 9] = 0.1; // s^2_tgl
3007   c[10] = 0.0; c[11] = 0.0; c[12] = 0.0;  c[13] = 0.0; c[14] = params[4]*params[4]*0.01; // s^2_1/pt
3008
3009   AliTRDtrackV1 track(tracklet, params, c, x, sector*alpha+shift);
3010
3011   AliTRDseedV1 *ptrTracklet = NULL;
3012
3013   // skip Kalman filter for HLT
3014   if(/*fkReconstructor->IsHLT()*/kFALSE){ 
3015     for (Int_t jLayer = 0; jLayer < AliTRDgeometry::kNlayer; jLayer++) {
3016       track.UnsetTracklet(jLayer);
3017       ptrTracklet = &tracklet[jLayer];
3018       if(!ptrTracklet->IsOK()) continue;
3019       if(TMath::Abs(ptrTracklet->GetYref(1) - ptrTracklet->GetYfit(1)) >= .2) continue; // check this condition with Marian
3020       ptrTracklet = SetTracklet(ptrTracklet);
3021       ptrTracklet->UseClusters();
3022       track.SetTracklet(ptrTracklet, fTracklets->GetEntriesFast()-1);
3023     }
3024     AliTRDtrackV1 *ptrTrack = SetTrack(&track);
3025     ptrTrack->CookPID();
3026     ptrTrack->CookLabel(.9);
3027     ptrTrack->SetReconstructor(fkReconstructor);
3028     return ptrTrack;
3029   }
3030
3031   // prevent the error message in AliTracker::MeanMaterialBudget: "start point out of geometry"
3032   if(TMath::Abs(track.GetX()) + TMath::Abs(track.GetY()) + TMath::Abs(track.GetZ()) > 10000) return NULL;
3033
3034   track.ResetCovariance(1);
3035   Int_t nc = TMath::Abs(FollowBackProlongation(track));
3036   if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 5 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
3037     Int_t eventNumber           = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
3038     Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
3039     Double_t p[5]; // Track Params for the Debug Stream
3040     track.GetExternalParameters(x, p);
3041     TTreeSRedirector &cs = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
3042     cs << "MakeTrack"
3043     << "EventNumber="     << eventNumber
3044     << "CandidateNumber=" << candidateNumber
3045     << "nc="     << nc
3046     << "X="      << x
3047     << "Y="      << p[0]
3048     << "Z="      << p[1]
3049     << "snp="    << p[2]
3050     << "tnd="    << p[3]
3051     << "crv="    << p[4]
3052     << "Yin="    << params[0]
3053     << "Zin="    << params[1]
3054     << "snpin="  << params[2]
3055     << "tndin="  << params[3]
3056     << "crvin="  << params[4]
3057     << "track.=" << &track
3058     << "\n";
3059   }
3060   if (nc < 30){ 
3061     UnsetTrackletsTrack(&track);
3062     return NULL;
3063   }
3064   AliTRDtrackV1 *ptrTrack = SetTrack(&track);
3065   ptrTrack->SetReconstructor(fkReconstructor);
3066   ptrTrack->CookLabel(.9);
3067   for(Int_t il(kNPlanes); il--;){
3068     if(!(ptrTracklet = ptrTrack->GetTracklet(il))) continue;
3069     ptrTracklet->UseClusters();
3070   }
3071
3072   // computes PID for track
3073   ptrTrack->CookPID();
3074   // update calibration references using this track
3075   AliTRDCalibraFillHisto *calibra = AliTRDCalibraFillHisto::Instance();
3076   if(!calibra){
3077     AliInfo("Could not get Calibra instance.");
3078   } else if(calibra->GetHisto2d()){
3079     calibra->UpdateHistogramsV1(ptrTrack);
3080   }
3081   return ptrTrack;
3082 }
3083
3084
3085 //____________________________________________________________________
3086 Bool_t AliTRDtrackerV1::ImproveSeedQuality(AliTRDtrackingChamber **stack, AliTRDseedV1 *cseed, Double_t &chi2)
3087 {
3088   //
3089   // Sort tracklets according to "quality" and try to "improve" the first 4 worst
3090   //
3091   // Parameters :
3092   //  layers : Array of propagation layers for a stack/supermodule
3093   //  cseed  : Array of 6 seeding tracklets which has to be improved
3094   // 
3095   // Output : 
3096   //   cssed : Improved seeds
3097   // 
3098   // Detailed description
3099   //
3100   // Iterative procedure in which new clusters are searched for each
3101   // tracklet seed such that the seed quality (see AliTRDseed::GetQuality())
3102   // can be maximized. If some optimization is found the old seeds are replaced.
3103   //
3104   // debug level: 7
3105   //
3106   
3107   // make a local working copy
3108   AliTRDtrackingChamber *chamber = NULL;
3109   AliTRDseedV1 bseed[AliTRDgeometry::kNlayer];
3110
3111   Float_t quality(1.e3), 
3112           lQuality[AliTRDgeometry::kNlayer] = {1.e3, 1.e3, 1.e3, 1.e3, 1.e3, 1.e3};
3113   Int_t rLayers(0);
3114   for(Int_t jLayer=AliTRDgeometry::kNlayer; jLayer--;){ 
3115     bseed[jLayer] = cseed[jLayer];
3116     if(!bseed[jLayer].IsOK()) continue;
3117     rLayers++;
3118     lQuality[jLayer] = bseed[jLayer].GetQuality(kTRUE);
3119     quality    += lQuality[jLayer];
3120   }
3121   quality /= rLayers;
3122   AliDebug(2, Form("Start N[%d] Q[%f] chi2[%f]", rLayers, quality, chi2));
3123
3124   for (Int_t iter = 0; iter < 4; iter++) {
3125     // Try better cluster set
3126     Int_t nLayers(0); Float_t qualitynew(0.);
3127     Int_t  indexes[AliTRDgeometry::kNlayer];
3128     TMath::Sort(Int_t(AliTRDgeometry::kNlayer), lQuality, indexes, kFALSE);
3129     for(Int_t jLayer=AliTRDgeometry::kNlayer; jLayer--;) {
3130       Int_t bLayer = indexes[jLayer];
3131       bseed[bLayer].Reset("c");
3132       if(!(chamber = stack[bLayer])) continue;
3133       if(!bseed[bLayer].AttachClusters(chamber, kTRUE)) continue;
3134       bseed[bLayer].Fit(1);
3135       if(!bseed[bLayer].IsOK()) continue;
3136       nLayers++;
3137       lQuality[jLayer] = bseed[jLayer].GetQuality(kTRUE);
3138       qualitynew    += lQuality[jLayer];
3139     }
3140     if(rLayers > nLayers){
3141       AliDebug(1, Form("Lost %d tracklets while improving.", rLayers-nLayers));
3142       return iter>0?kTRUE:kFALSE;
3143     } else rLayers=nLayers;
3144     qualitynew /= rLayers;
3145
3146     if(qualitynew > quality){ 
3147       AliDebug(4, Form("Quality[%f] worsen in iter[%d] to ref[%f].", qualitynew, iter, quality));
3148       return iter>0?kTRUE:kFALSE;
3149     } else quality = qualitynew;
3150
3151     // try improve track parameters
3152     Float_t chi2new = FitTiltedRieman(bseed, kTRUE);
3153     if(chi2new > chi2){ 
3154       AliDebug(4, Form("Chi2[%f] worsen in iter[%d] to ref[%f].", chi2new, iter, chi2));
3155       return iter>0?kTRUE:kFALSE;
3156     } else chi2 = chi2new;
3157
3158     // store better tracklets
3159     for(Int_t jLayer=AliTRDgeometry::kNlayer; jLayer--;) cseed[jLayer]=bseed[jLayer];
3160     AliDebug(2, Form("Iter[%d] Q[%f] chi2[%f]", iter, quality, chi2));
3161
3162
3163     if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 7 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
3164       Int_t eventNumber                 = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
3165       Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
3166       TLinearFitter *tiltedRieman = GetTiltedRiemanFitter();
3167       TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
3168       cstreamer << "ImproveSeedQuality"
3169         << "EventNumber="               << eventNumber
3170         << "CandidateNumber="   << candidateNumber
3171         << "Iteration="                         << iter
3172         << "S0.="                                                       << &cseed[0]
3173         << "S1.="                                                       << &cseed[1]
3174         << "S2.="                                                       << &cseed[2]
3175         << "S3.="                                                       << &cseed[3]
3176         << "S4.="                                                       << &cseed[4]
3177         << "S5.="                                                       << &cseed[5]
3178         << "FitterT.="                          << tiltedRieman
3179         << "\n";
3180     }
3181   } // Loop: iter
3182
3183   // we are sure that at least 4 tracklets are OK !
3184   return kTRUE;
3185 }
3186
3187 //_________________________________________________________________________
3188 Double_t AliTRDtrackerV1::CalculateTrackLikelihood(Double_t *chi2){
3189   //
3190   // Calculates the Track Likelihood value. This parameter serves as main quality criterion for 
3191   // the track selection
3192   // The likelihood value containes:
3193   //    - The chi2 values from the both fitters and the chi2 values in z-direction from a linear fit
3194   //    - The Sum of the Parameter  |slope_ref - slope_fit|/Sigma of the tracklets
3195   // For all Parameters an exponential dependency is used
3196   //
3197   // Parameters: - Array of tracklets (AliTRDseedV1) related to the track candidate
3198   //             - Array of chi2 values: 
3199   //                 * Non-Constrained Tilted Riemann fit
3200   //                 * Vertex-Constrained Tilted Riemann fit
3201   //                 * z-Direction from Linear fit
3202   // Output:     - The calculated track likelihood
3203   //
3204   // debug level 2
3205   //
3206   
3207   // Non-constrained Tilted Riemann
3208   Double_t likeChi2TR = TMath::Exp(-chi2[0] * 0.0078);
3209   // Constrained Tilted Riemann
3210   Double_t likeChi2TC(1.);
3211   if(chi2[1]>0.){
3212     likeChi2TC = TMath::Exp(-chi2[1] * 0.677);
3213     Double_t r = likeChi2TC/likeChi2TR;
3214     if(r>1.e2){;}   // -> a primary track use TC
3215     else if(r<1.e2) // -> a secondary track use TR
3216       likeChi2TC =1.;
3217     else{;}         // -> test not conclusive
3218   }
3219   // Chi2 only on Z direction
3220   Double_t likeChi2Z  = TMath::Exp(-chi2[2] * 0.14);
3221   // Chi2 angular resolution
3222   Double_t likeChi2Phi= TMath::Exp(-chi2[3] * 3.23);
3223
3224   Double_t trackLikelihood     = likeChi2Z * likeChi2TR * likeChi2TC * likeChi2Phi;
3225
3226   AliDebug(2, Form("Likelihood [%e]\n"
3227     "  Rieman : chi2[%f] likelihood[%6.2e]\n"
3228     "  Vertex : chi2[%f] likelihood[%6.2e]\n"
3229     "  Z      : chi2[%f] likelihood[%6.2e]\n"
3230     "  Phi    : chi2[%f] likelihood[%6.2e]"
3231     , trackLikelihood
3232     , chi2[0], likeChi2TR
3233     , chi2[1], likeChi2TC
3234     , chi2[2], likeChi2Z
3235     , chi2[3], likeChi2Phi
3236   ));
3237
3238   if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
3239     Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
3240     Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
3241     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
3242     cstreamer << "CalculateTrackLikelihood0"
3243         << "EventNumber="                       << eventNumber
3244         << "CandidateNumber="   << candidateNumber
3245         << "LikeChi2Z="                         << likeChi2Z
3246         << "LikeChi2TR="                        << likeChi2TR
3247         << "LikeChi2TC="                        << likeChi2TC
3248         << "LikeChi2Phi="               << likeChi2Phi
3249         << "TrackLikelihood=" << trackLikelihood
3250         << "\n";
3251   }
3252   
3253   return trackLikelihood;
3254 }
3255
3256 //____________________________________________________________________
3257 Double_t AliTRDtrackerV1::CookLikelihood(AliTRDseedV1 *cseed, Int_t planes[4])
3258 {
3259   //
3260   // Calculate the probability of this track candidate.
3261   //
3262   // Parameters :
3263   //   cseeds : array of candidate tracklets
3264   //   planes : array of seeding planes (see seeding configuration)
3265   //   chi2   : chi2 values (on the Z and Y direction) from the rieman fit of the track.
3266   //
3267   // Output :
3268   //   likelihood value
3269   // 
3270   // Detailed description
3271   //
3272   // The track quality is estimated based on the following 4 criteria:
3273   //  1. precision of the rieman fit on the Y direction (likea)
3274   //  2. chi2 on the Y direction (likechi2y)
3275   //  3. chi2 on the Z direction (likechi2z)
3276   //  4. number of attached clusters compared to a reference value 
3277   //     (see AliTRDrecoParam::fkFindable) (likeN)
3278   //
3279   // The distributions for each type of probabilities are given below as of
3280   // (date). They have to be checked to assure consistency of estimation.
3281   //
3282
3283   // ratio of the total number of clusters/track which are expected to be found by the tracker.
3284         Double_t chi2y = GetChi2Y(&cseed[0]);
3285   Double_t chi2z = GetChi2Z(&cseed[0]);
3286
3287   Float_t nclusters = 0.;
3288   Double_t sumda = 0.;
3289   for(UChar_t ilayer = 0; ilayer < 4; ilayer++){
3290     Int_t jlayer = planes[ilayer];
3291     nclusters += cseed[jlayer].GetN2();
3292     sumda += TMath::Abs(cseed[jlayer].GetYfit(1) - cseed[jlayer].GetYref(1));
3293   }
3294   nclusters *= .25;
3295
3296   Double_t likea     = TMath::Exp(-sumda * fkRecoParam->GetPhiSlope());
3297   Double_t likechi2y  = 0.0000000001;
3298   if (fkReconstructor->IsCosmic() || chi2y < fkRecoParam->GetChi2YCut()) likechi2y += TMath::Exp(-TMath::Sqrt(chi2y) * fkRecoParam->GetChi2YSlope());
3299   Double_t likechi2z = TMath::Exp(-chi2z * fkRecoParam->GetChi2ZSlope());
3300   Double_t likeN     = TMath::Exp(-(fkRecoParam->GetNMeanClusters() - nclusters) / fkRecoParam->GetNSigmaClusters());
3301   Double_t like      = likea * likechi2y * likechi2z * likeN;
3302
3303   if(fkRecoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) >= 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
3304     Int_t eventNumber = AliTRDtrackerDebug::GetEventNumber();
3305     Int_t candidateNumber = AliTRDtrackerDebug::GetCandidateNumber();
3306     Int_t nTracklets = 0; Float_t meanNcls = 0;
3307     for(Int_t iseed=0; iseed < kNPlanes; iseed++){
3308         if(!cseed[iseed].IsOK()) continue;
3309         nTracklets++;
3310         meanNcls += cseed[iseed].GetN2();
3311     }
3312     if(nTracklets) meanNcls /= nTracklets;
3313     // The Debug Stream contains the seed 
3314     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
3315     cstreamer << "CookLikelihood"
3316         << "EventNumber="                       << eventNumber
3317         << "CandidateNumber=" << candidateNumber
3318         << "tracklet0.="                        << &cseed[0]
3319         << "tracklet1.="                        << &cseed[1]
3320         << "tracklet2.="                        << &cseed[2]
3321         << "tracklet3.="                        << &cseed[3]
3322         << "tracklet4.="                        << &cseed[4]
3323         << "tracklet5.="                        << &cseed[5]
3324         << "sumda="                                             << sumda
3325         << "chi2y="                                             << chi2y
3326         << "chi2z="                                             << chi2z
3327         << "likea="                                             << likea
3328         << "likechi2y="                         << likechi2y
3329         << "likechi2z="                         << likechi2z
3330         << "nclusters="                         << nclusters
3331         << "likeN="                                             << likeN
3332         << "like="                                              << like
3333         << "meanncls="        << meanNcls
3334         << "\n";
3335   }
3336
3337   return like;
3338 }
3339
3340 //____________________________________________________________________
3341 void AliTRDtrackerV1::GetSeedingConfig(Int_t iconfig, Int_t planes[4])
3342 {
3343   //
3344   // Map seeding configurations to detector planes.
3345   //
3346   // Parameters :
3347   //   iconfig : configuration index
3348   //   planes  : member planes of this configuration. On input empty.
3349   //
3350   // Output :
3351   //   planes : contains the planes which are defining the configuration
3352   // 
3353   // Detailed description
3354   //
3355   // Here is the list of seeding planes configurations together with
3356   // their topological classification:
3357   //
3358   //  0 - 5432 TQ 0
3359   //  1 - 4321 TQ 0
3360   //  2 - 3210 TQ 0
3361   //  3 - 5321 TQ 1
3362   //  4 - 4210 TQ 1
3363   //  5 - 5431 TQ 1
3364   //  6 - 4320 TQ 1
3365   //  7 - 5430 TQ 2
3366   //  8 - 5210 TQ 2
3367   //  9 - 5421 TQ 3
3368   // 10 - 4310 TQ 3
3369   // 11 - 5410 TQ 4
3370   // 12 - 5420 TQ 5
3371   // 13 - 5320 TQ 5
3372   // 14 - 5310 TQ 5
3373   //
3374   // The topologic quality is modeled as follows:
3375   // 1. The general model is define by the equation:
3376   //  p(conf) = exp(-conf/2)
3377   // 2. According to the topologic classification, configurations from the same
3378   //    class are assigned the agerage value over the model values.
3379   // 3. Quality values are normalized.
3380   // 
3381   // The topologic quality distribution as function of configuration is given below:
3382   //Begin_Html
3383   // <img src="gif/topologicQA.gif">
3384   //End_Html
3385   //
3386
3387   switch(iconfig){
3388   case 0: // 5432 TQ 0
3389     planes[0] = 2;
3390     planes[1] = 3;
3391     planes[2] = 4;
3392     planes[3] = 5;
3393     break;
3394   case 1: // 4321 TQ 0
3395     planes[0] = 1;
3396     planes[1] = 2;
3397     planes[2] = 3;
3398     planes[3] = 4;
3399     break;
3400   case 2: // 3210 TQ 0
3401     planes[0] = 0;
3402     planes[1] = 1;
3403     planes[2] = 2;
3404     planes[3] = 3;
3405     break;
3406   case 3: // 5321 TQ 1
3407     planes[0] = 1;
3408     planes[1] = 2;
3409     planes[2] = 3;
3410     planes[3] = 5;
3411     break;
3412   case 4: // 4210 TQ 1
3413     planes[0] = 0;
3414     planes[1] = 1;
3415     planes[2] = 2;
3416     planes[3] = 4;
3417     break;
3418   case 5: // 5431 TQ 1
3419     planes[0] = 1;
3420     planes[1] = 3;
3421     planes[2] = 4;
3422     planes[3] = 5;
3423     break;
3424   case 6: // 4320 TQ 1
3425     planes[0] = 0;
3426     planes[1] = 2;
3427     planes[2] = 3;
3428     planes[3] = 4;
3429     break;
3430   case 7: // 5430 TQ 2
3431     planes[0] = 0;
3432     planes[1] = 3;
3433     planes[2] = 4;
3434     planes[3] = 5;
3435     break;
3436   case 8: // 5210 TQ 2
3437     planes[0] = 0;
3438     planes[1] = 1;
3439     planes[2] = 2;
3440     planes[3] = 5;
3441     break;
3442   case 9: // 5421 TQ 3
3443     planes[0] = 1;
3444     planes[1] = 2;
3445     planes[2] = 4;
3446     planes[3] = 5;
3447     break;
3448   case 10: // 4310 TQ 3
3449     planes[0] = 0;
3450     planes[1] = 1;
3451     planes[2] = 3;
3452     planes[3] = 4;
3453     break;
3454   case 11: // 5410 TQ 4
3455     planes[0] = 0;
3456     planes[1] = 1;
3457     planes[2] = 4;
3458     planes[3] = 5;
3459     break;
3460   case 12: // 5420 TQ 5
3461     planes[0] = 0;
3462     planes[1] = 2;
3463     planes[2] = 4;
3464     planes[3] = 5;
3465     break;
3466   case 13: // 5320 TQ 5
3467     planes[0] = 0;
3468     planes[1] = 2;
3469     planes[2] = 3;
3470     planes[3] = 5;
3471     break;
3472   case 14: // 5310 TQ 5
3473     planes[0] = 0;
3474     planes[1] = 1;
3475     planes[2] = 3;
3476     planes[3] = 5;
3477     break;
3478   }
3479 }
3480
3481 //____________________________________________________________________
3482 void AliTRDtrackerV1::GetExtrapolationConfig(Int_t iconfig, Int_t planes[2])
3483 {
3484   //
3485   // Returns the extrapolation planes for a seeding configuration.
3486   //
3487   // Parameters :
3488   //   iconfig : configuration index
3489   //   planes  : planes which are not in this configuration. On input empty.
3490   //
3491   // Output :
3492   //   planes : contains the planes which are not in the configuration
3493   // 
3494   // Detailed description
3495   //
3496
3497   switch(iconfig){
3498   case 0: // 5432 TQ 0
3499     planes[0] = 1;
3500     planes[1] = 0;
3501     break;
3502   case 1: // 4321 TQ 0
3503     planes[0] = 5;
3504     planes[1] = 0;
3505     break;
3506   case 2: // 3210 TQ 0
3507     planes[0] = 4;
3508     planes[1] = 5;
3509     break;
3510   case 3: // 5321 TQ 1
3511     planes[0] = 4;
3512     planes[1] = 0;
3513     break;
3514   case 4: // 4210 TQ 1
3515     planes[0] = 5;
3516     planes[1] = 3;
3517     break;
3518   case 5: // 5431 TQ 1
3519     planes[0] = 2;
3520     planes[1] = 0;
3521     break;
3522   case 6: // 4320 TQ 1
3523     planes[0] = 5;
3524     planes[1] = 1;
3525     break;
3526   case 7: // 5430 TQ 2
3527     planes[0] = 2;
3528     planes[1] = 1;
3529     break;
3530   case 8: // 5210 TQ 2
3531     planes[0] = 4;
3532     planes[1] = 3;
3533     break;
3534   case 9: // 5421 TQ 3
3535     planes[0] = 3;
3536     planes[1] = 0;
3537     break;
3538   case 10: // 4310 TQ 3
3539     planes[0] = 5;
3540     planes[1] = 2;
3541     break;
3542   case 11: // 5410 TQ 4
3543     planes[0] = 3;
3544     planes[1] = 2;
3545     break;
3546   case 12: // 5420 TQ 5
3547     planes[0] = 3;
3548     planes[1] = 1;
3549     break;
3550   case 13: // 5320 TQ 5
3551     planes[0] = 4;
3552     planes[1] = 1;
3553     break;
3554   case 14: // 5310 TQ 5
3555     planes[0] = 4;
3556     planes[1] = 2;
3557     break;
3558   }
3559 }
3560
3561 //____________________________________________________________________
3562 AliCluster* AliTRDtrackerV1::GetCluster(Int_t idx) const
3563 {
3564   if(!fClusters) return NULL;
3565   Int_t ncls = fClusters->GetEntriesFast();
3566   return idx >= 0 && idx < ncls ? (AliCluster*)fClusters->UncheckedAt(idx) : NULL;
3567 }
3568
3569 //____________________________________________________________________
3570 AliTRDseedV1* AliTRDtrackerV1::GetTracklet(Int_t idx) const
3571 {
3572   if(!fTracklets) return NULL;
3573   Int_t ntrklt = fTracklets->GetEntriesFast();
3574   return idx >= 0 && idx < ntrklt ? (AliTRDseedV1*)fTracklets->UncheckedAt(idx) : NULL;
3575 }
3576
3577 //____________________________________________________________________
3578 AliKalmanTrack* AliTRDtrackerV1::GetTrack(Int_t idx) const
3579 {
3580   if(!fTracks) return NULL;
3581   Int_t ntrk = fTracks->GetEntriesFast();
3582   return idx >= 0 && idx < ntrk ? (AliKalmanTrack*)fTracks->UncheckedAt(idx) : NULL;
3583 }
3584
3585
3586
3587 // //_____________________________________________________________________________
3588 // Int_t AliTRDtrackerV1::Freq(Int_t n, const Int_t *inlist
3589 //           , Int_t *outlist, Bool_t down)
3590 // {    
3591 //   //
3592 //   // Sort eleements according occurancy 
3593 //   // The size of output array has is 2*n 
3594 //   //
3595 // 
3596 //   if (n <= 0) {
3597 //     return 0;
3598 //   }
3599 // 
3600 //   Int_t *sindexS = new Int_t[n];   // Temporary array for sorting
3601 //   Int_t *sindexF = new Int_t[2*n];   
3602 //   for (Int_t i = 0; i < n; i++) {
3603 //     sindexF[i] = 0;
3604 //   }
3605 // 
3606 //   TMath::Sort(n,inlist,sindexS,down); 
3607 // 
3608 //   Int_t last     = inlist[sindexS[0]];
3609 //   Int_t val      = last;
3610 //   sindexF[0]     = 1;
3611 //   sindexF[0+n]   = last;
3612 //   Int_t countPos = 0;
3613 // 
3614 //   // Find frequency
3615 //   for (Int_t i = 1; i < n; i++) {
3616 //     val = inlist[sindexS[i]];
3617 //     if (last == val) {
3618 //       sindexF[countPos]++;
3619 //     }
3620 //     else {      
3621 //       countPos++;
3622 //       sindexF[countPos+n] = val;
3623 //       sindexF[countPos]++;
3624 //       last                = val;
3625 //     }
3626 //   }
3627 //   if (last == val) {
3628 //     countPos++;
3629 //   }
3630 // 
3631 //   // Sort according frequency
3632 //   TMath::Sort(countPos,sindexF,sindexS,kTRUE);
3633 // 
3634 //   for (Int_t i = 0; i < countPos; i++) {
3635 //     outlist[2*i  ] = sindexF[sindexS[i]+n];
3636 //     outlist[2*i+1] = sindexF[sindexS[i]];
3637 //   }
3638 // 
3639 //   delete [] sindexS;
3640 //   delete [] sindexF;
3641 //   
3642 //   return countPos;
3643 // 
3644 // }
3645
3646
3647 //____________________________________________________________________
3648 void AliTRDtrackerV1::ResetSeedTB()
3649 {
3650 // reset buffer for seeding time bin layers. If the time bin 
3651 // layers are not allocated this function allocates them  
3652
3653   for(Int_t isl=0; isl<kNSeedPlanes; isl++){
3654     if(!fSeedTB[isl]) fSeedTB[isl] = new AliTRDchamberTimeBin();
3655     else fSeedTB[isl]->Clear();
3656   }
3657 }
3658
3659
3660 //_____________________________________________________________________________
3661 Float_t AliTRDtrackerV1::GetChi2Y(const AliTRDseedV1 * const tracklets) const
3662 {
3663   //    Calculates normalized chi2 in y-direction
3664   // chi2 = Sum chi2 / n_tracklets
3665
3666   Double_t chi2 = 0.; Int_t n = 0;
3667   for(Int_t ipl = kNPlanes; ipl--;){
3668     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
3669     chi2 += tracklets[ipl].GetChi2Y();
3670     n++;
3671   }
3672   return n ? chi2/n : 0.;
3673 }
3674
3675 //_____________________________________________________________________________
3676 Float_t AliTRDtrackerV1::GetChi2Z(const AliTRDseedV1 *const tracklets) const 
3677 {
3678   //    Calculates normalized chi2 in z-direction
3679   // chi2 = Sum chi2 / n_tracklets
3680
3681   Double_t chi2 = 0; Int_t n = 0;
3682   for(Int_t ipl = kNPlanes; ipl--;){
3683     if(!tracklets[ipl].IsOK()) continue;
3684     chi2 += tracklets[ipl].GetChi2Z();
3685     n++;
3686   }
3687   return n ? chi2/n : 0.;
3688 }
3689
3690 //_____________________________________________________________________________
3691 Float_t AliTRDtrackerV1::GetChi2Phi(const AliTRDseedV1 *const tracklets) const 
3692 {
3693   //  Calculates normalized chi2 for angular resolution
3694   // chi2 = Sum chi2 / n_tracklets
3695
3696   Double_t chi2 = 0; Int_t n = 0;
3697   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < kNPlanes; iLayer++) {
3698     if(!tracklets[iLayer].IsOK()) continue;
3699     chi2 += tracklets[iLayer].GetChi2Phi();
3700     n++;
3701   }
3702   return n ? chi2/n: 0.;
3703 }
3704
3705 //____________________________________________________________________
3706 Float_t AliTRDtrackerV1::CalculateReferenceX(const AliTRDseedV1 *const tracklets){
3707         //
3708         // Calculates the reference x-position for the tilted Rieman fit defined as middle
3709         // of the stack (middle between layers 2 and 3). For the calculation all the tracklets
3710         // are taken into account
3711         //
3712         // Parameters: - Array of tracklets(AliTRDseedV1)
3713         //
3714         // Output: - The reference x-position(Float_t)
3715   // Only kept for compatibility with the old code
3716         //
3717         Int_t nDistances = 0;
3718         Float_t meanDistance = 0.;
3719         Int_t startIndex = 5;
3720         for(Int_t il =5; il > 0; il--){
3721         if(tracklets[il].IsOK() && tracklets[il -1].IsOK()){
3722         Float_t xdiff = tracklets[il].GetX0() - tracklets[il -1].GetX0();
3723             meanDistance += xdiff;
3724             nDistances++;
3725           }
3726           if(tracklets[il].IsOK()) startIndex = il;
3727         }
3728         if(tracklets[0].IsOK()) startIndex = 0;
3729         if(!nDistances){
3730           // We should normally never get here
3731           Float_t xpos[2]; memset(xpos, 0, sizeof(Float_t) * 2);
3732           Int_t iok = 0, idiff = 0;
3733           // This attempt is worse and should be avoided:
3734           // check for two chambers which are OK and repeat this without taking the mean value
3735           // Strategy avoids a division by 0;
3736           for(Int_t il = 5; il >= 0; il--){
3737             if(tracklets[il].IsOK()){
3738               xpos[iok] = tracklets[il].GetX0();
3739               iok++;
3740               startIndex = il;
3741             }
3742             if(iok) idiff++; // to get the right difference;
3743             if(iok > 1) break;
3744           }
3745           if(iok > 1){
3746             meanDistance = (xpos[0] - xpos[1])/idiff;
3747           }
3748           else{
3749             // we have do not even have 2 layers which are OK? The we do not need to fit at all
3750             return 331.;
3751         }
3752         }
3753         else{
3754           meanDistance /= nDistances;
3755         }
3756         return tracklets[startIndex].GetX0() + (2.5 - startIndex) * meanDistance - 0.5 * (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
3757 }
3758
3759 //_____________________________________________________________________________
3760 Double_t AliTRDtrackerV1::FitTiltedRiemanV1(AliTRDseedV1 *const tracklets){
3761   //
3762   // Track Fitter Function using the new class implementation of 
3763   // the Rieman fit
3764   //
3765   AliTRDtrackFitterRieman fitter;
3766   fitter.SetRiemanFitter(GetTiltedRiemanFitter());
3767   fitter.Reset();
3768   for(Int_t il = 0; il < AliTRDgeometry::kNlayer; il++) fitter.SetTracklet(il, &tracklets[il]);
3769   Double_t chi2 = fitter.Eval();
3770   // Update the tracklets
3771   Double_t cov[15]; Double_t x0;
3772   memset(cov, 0, sizeof(Double_t) * 15);
3773   for(Int_t il = 0; il < AliTRDgeometry::kNlayer; il++){
3774     x0 = tracklets[il].GetX0();
3775     tracklets[il].SetYref(0, fitter.GetYat(x0));
3776     tracklets[il].SetZref(0, fitter.GetZat(x0));
3777     tracklets[il].SetYref(1, fitter.GetDyDxAt(x0));
3778     tracklets[il].SetZref(1, fitter.GetDzDx());
3779     tracklets[il].SetC(fitter.GetCurvature());
3780     fitter.GetCovAt(x0, cov);
3781     tracklets[il].SetCovRef(cov);
3782     tracklets[il].SetChi2(chi2);
3783   }
3784   return chi2;
3785 }
3786
3787 //____________________________________________________________________
3788 void AliTRDtrackerV1::UnsetTrackletsTrack(const AliTRDtrackV1 * const track)
3789 {
3790   Int_t idx(-1);
3791   for(Int_t il(0); il<kNPlanes; il++){
3792     if((idx = track->GetTrackletIndex(il)) < 0) continue;
3793     delete (fTracklets->RemoveAt(idx));
3794   }
3795 }
3796
3797
3798 ///////////////////////////////////////////////////////
3799 //                                                   //
3800 // Resources of class AliTRDLeastSquare              //
3801 //                                                   //
3802 ///////////////////////////////////////////////////////
3803
3804 //_____________________________________________________________________________
3805 AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::AliTRDLeastSquare(){
3806 //
3807 // Constructor of the nested class AliTRDtrackFitterLeastSquare
3808 //
3809 // Fast solving linear regresion in 2D
3810 //         y=a + bx
3811 // The data members have the following meaning
3812 // fParams[0] : a
3813 // fParams[1] : b
3814 // 
3815 // fSums[0] : S
3816 // fSums[1] : Sx
3817 // fSums[2] : Sy
3818 // fSums[3] : Sxy
3819 // fSums[4] : Sxx
3820 // fSums[5] : Syy
3821 // 
3822 // fCovarianceMatrix[0] : s2a
3823 // fCovarianceMatrix[1] : s2b
3824 // fCovarianceMatrix[2] : cov(ab)
3825
3826   memset(fParams, 0, sizeof(Double_t) * 2);
3827   memset(fSums, 0, sizeof(Double_t) * 6);
3828   memset(fCovarianceMatrix, 0, sizeof(Double_t) * 3);
3829
3830 }
3831
3832 //_____________________________________________________________________________
3833 void AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::AddPoint(const Double_t *const x, Double_t y, Double_t sigmaY){
3834   //
3835   // Adding Point to the fitter
3836   //
3837   
3838   Double_t weight = 1/(sigmaY > 1e-9 ? sigmaY : 1e-9);
3839   weight *= weight;
3840   const Double_t &xpt = *x;
3841   //    printf("Adding point x = %f, y = %f, sigma = %f\n", xpt, y, sigmaY);
3842   fSums[0] += weight;
3843   fSums[1] += weight * xpt;
3844   fSums[2] += weight * y;
3845   fSums[3] += weight * xpt * y;
3846   fSums[4] += weight * xpt * xpt;
3847   fSums[5] += weight * y * y;
3848 }
3849
3850 //_____________________________________________________________________________
3851 void AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::RemovePoint(const Double_t *const x, Double_t y, Double_t sigmaY){
3852   //
3853   // Remove Point from the sample
3854   //
3855
3856   Double_t weight = 1/(sigmaY > 1e-9 ? sigmaY : 1e-9);
3857   weight *= weight;
3858   const Double_t &xpt = *x; 
3859   fSums[0] -= weight;
3860   fSums[1] -= weight * xpt;
3861   fSums[2] -= weight * y;
3862   fSums[3] -= weight * xpt * y;
3863   fSums[4] -= weight * xpt * xpt;
3864   fSums[5] -= weight * y * y;
3865 }
3866
3867 //_____________________________________________________________________________
3868 Bool_t AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::Eval(){
3869   //
3870   // Evaluation of the fit:
3871   // Calculation of the parameters
3872   // Calculation of the covariance matrix
3873   //
3874   
3875   Double_t det = fSums[0] * fSums[4] - fSums[1] *fSums[1];
3876   if(det==0) return kFALSE;
3877
3878   //    for(Int_t isum = 0; isum < 5; isum++)
3879   //            printf("fSums[%d] = %f\n", isum, fSums[isum]);
3880   //    printf("denominator = %f\n", denominator);
3881   fParams[0] = (fSums[2] * fSums[4] - fSums[1] * fSums[3])/det;
3882   fParams[1] = (fSums[0] * fSums[3] - fSums[1] * fSums[2])/det;
3883   //    printf("fParams[0] = %f, fParams[1] = %f\n", fParams[0], fParams[1]);
3884   
3885   // Covariance matrix
3886   Double_t den = fSums[0]*fSums[4] - fSums[1]*fSums[1];
3887   fCovarianceMatrix[0] = fSums[4] / den;
3888   fCovarianceMatrix[1] = fSums[0] / den;
3889   fCovarianceMatrix[2] = -fSums[1] / den;
3890 /*  fCovarianceMatrix[0] = fSums[4] / fSums[0] - fSums[1] * fSums[1] / (fSums[0] * fSums[0]);
3891   fCovarianceMatrix[1] = fSums[5] / fSums[0] - fSums[2] * fSums[2] / (fSums[0] * fSums[0]);
3892   fCovarianceMatrix[2] = fSums[3] / fSums[0] - fSums[1] * fSums[2] / (fSums[0] * fSums[0]);*/
3893
3894
3895
3896   return kTRUE;
3897 }
3898
3899 //_____________________________________________________________________________
3900 Double_t AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::GetFunctionValue(const Double_t *const xpos) const {
3901   //
3902   // Returns the Function value of the fitted function at a given x-position
3903   //
3904   return fParams[0] + fParams[1] * (*xpos);
3905 }
3906
3907 //_____________________________________________________________________________
3908 void AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::GetCovarianceMatrix(Double_t *storage) const {
3909   //
3910   // Copies the values of the covariance matrix into the storage
3911   //
3912   memcpy(storage, fCovarianceMatrix, sizeof(Double_t) * 3);
3913 }
3914
3915 //_____________________________________________________________________________
3916 void AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare::Reset(){
3917   //
3918   // Reset the fitter
3919   //
3920   memset(fParams, 0, sizeof(Double_t) * 2);
3921   memset(fCovarianceMatrix, 0, sizeof(Double_t) * 3);
3922   memset(fSums, 0, sizeof(Double_t) * 6);
3923 }
3924
3925 ///////////////////////////////////////////////////////
3926 //                                                   //
3927 // Resources of class AliTRDtrackFitterRieman        //
3928 //                                                   //
3929 ///////////////////////////////////////////////////////
3930
3931 //_____________________________________________________________________________
3932 AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman::AliTRDtrackFitterRieman():
3933   fTrackFitter(NULL),
3934   fZfitter(NULL),
3935   fCovarPolY(NULL),
3936   fCovarPolZ(NULL),
3937   fXref(0.),
3938   fSysClusterError(0.)
3939 {
3940   //
3941   // Default constructor
3942   //
3943   fZfitter = new AliTRDLeastSquare;
3944   fCovarPolY = new TMatrixD(3,3);
3945   fCovarPolZ = new TMatrixD(2,2);
3946   memset(fTracklets, 0, sizeof(AliTRDseedV1 *) * 6);
3947   memset(fParameters, 0, sizeof(Double_t) * 5);
3948   memset(fSumPolY, 0, sizeof(Double_t) * 5);
3949   memset(fSumPolZ, 0, sizeof(Double_t) * 2);
3950 }
3951
3952 //_____________________________________________________________________________
3953 AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman::~AliTRDtrackFitterRieman(){
3954   //
3955   // Destructor
3956   //
3957   if(fZfitter) delete fZfitter;
3958   if(fCovarPolY) delete fCovarPolY;
3959   if(fCovarPolZ) delete fCovarPolZ;
3960 }
3961
3962 //_____________________________________________________________________________
3963 void AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman::Reset(){
3964   //
3965   // Reset the Fitter
3966   //
3967   if(fTrackFitter){
3968     fTrackFitter->StoreData(kTRUE);
3969     fTrackFitter->ClearPoints();
3970   }
3971   if(fZfitter){
3972     fZfitter->Reset();
3973   }
3974   fXref = 0.;
3975   memset(fTracklets, 0, sizeof(AliTRDseedV1 *) * AliTRDgeometry::kNlayer);
3976   memset(fParameters, 0, sizeof(Double_t) * 5);
3977   memset(fSumPolY, 0, sizeof(Double_t) * 5);
3978   memset(fSumPolZ, 0, sizeof(Double_t) * 2);
3979   for(Int_t irow = 0; irow < fCovarPolY->GetNrows(); irow++)
3980     for(Int_t icol = 0; icol < fCovarPolY->GetNcols(); icol++){
3981       (*fCovarPolY)(irow, icol) = 0.;
3982       if(irow < 2 && icol < 2)
3983         (*fCovarPolZ)(irow, icol) = 0.;
3984     }
3985 }
3986
3987 //_____________________________________________________________________________
3988 void AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman::SetTracklet(Int_t itr, AliTRDseedV1 *tracklet){ 
3989   //
3990   // Add tracklet into the fitter
3991   //
3992   if(itr >= AliTRDgeometry::kNlayer) return;
3993   fTracklets[itr] = tracklet; 
3994 }
3995
3996 //_____________________________________________________________________________
3997 Double_t AliTRDtrackerV1::AliTRDtrackFitterRieman::Eval(){
3998   //
3999   // Perform the fit
4000   // 1. Apply linear transformation and store points in the fitter
4001   // 2. Evaluate the fit
4002   // 3. Check if the result of the fit in z-direction is reasonable
4003   // if not
4004   // 3a. Fix the parameters 3 and 4 with the results of a simple least
4005   //     square fit
4006   // 3b. Redo the fit with the fixed parameters
4007   // 4. Store fit results (parameters and errors)
4008   //
4009   if(!fTrackFitter){
4010     return 1e10;
4011   }
4012   fXref = CalculateReferenceX();
4013   for(Int_t il = 0; il < AliTRDgeometry::kNlayer; il++) UpdateFitters(fTracklets[il]);
4014   if(!fTrackFitter->GetNpoints()) return 1e10;
4015   // perform the fit
4016   fTrackFitter->Eval();
4017   fZfitter->Eval();
4018   fParameters[3] = fTrackFitter->GetParameter(3);
4019   fParameters[4] = fTrackFitter->GetParameter(4);
4020   if(!CheckAcceptable(fParameters[3], fParameters[4])) {
4021     fTrackFitter->FixParameter(3, fZfitter->GetFunctionValue(&fXref));
4022     fTrackFitter->FixParameter(4, fZfitter->GetFunctionParameter(1));
4