TRD module
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / TRDrec / AliTRDseedV1.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliTRDseedV1.cxx 60233 2013-01-10 09:04:08Z abercuci $ */
17
18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 ////
20 //  The TRD offline tracklet
21 //
22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
26 //   4. Linear track approximation (Fit)
27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
31 //
32 //  Authors:                                                              //
33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
35 //                                                                        //
36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
37
38 #include "TMath.h"
39 #include "TGeoManager.h"
40 #include "TTreeStream.h"
41 #include "TGraphErrors.h"
42
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliMathBase.h"
45 #include "AliRieman.h"
46 #include "AliCDBManager.h"
47
48 #include "AliTRDReconstructor.h"
49 #include "AliTRDpadPlane.h"
50 #include "AliTRDtransform.h"
51 #include "AliTRDcluster.h"
52 #include "AliTRDseedV1.h"
53 #include "AliTRDtrackV1.h"
54 #include "AliTRDcalibDB.h"
55 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
56 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
57 #include "AliTRDtrackerV1.h"
58 #include "AliTRDrecoParam.h"
59 #include "AliTRDCommonParam.h"
60 #include "AliTRDtrackletOflHelper.h"
61
62 #include "AliTRDCalTrkAttach.h"
63 #include "AliTRDCalPID.h"
64 #include "AliTRDCalROC.h"
65 #include "AliTRDCalDet.h"
66
67 class AliTracker;
68
69 ClassImp(AliTRDseedV1)
70
71 //____________________________________________________________________
72 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
73   :AliTRDtrackletBase()
74   ,fkReconstructor(NULL)
75   ,fClusterIter(NULL)
76   ,fExB(0.)
77   ,fVD(0.)
78   ,fT0(0.)
79   ,fS2PRF(0.)
80   ,fDiffL(0.)
81   ,fDiffT(0.)
82   ,fClusterIdx(0)
83   ,fErrorMsg(0)
84   ,fN(0)
85   ,fDet(det)
86   ,fPt(0.)
87   ,fdX(0.)
88   ,fX0(0.)
89   ,fX(0.)
90   ,fY(0.)
91   ,fZ(0.)
92   ,fS2Y(0.)
93   ,fS2Z(0.)
94   ,fChi2(0.)
95 {
96   //
97   // Constructor
98   //
99   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
100   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
101   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
102   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
103   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
104   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
105   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
106   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
107   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
108   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
109   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
110   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
111   // stand alone curvature
112   fC[0] = 0.; fC[1] = 0.; 
113   // covariance matrix [diagonal]
114   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
115   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
116   SetStandAlone(kFALSE);
117 }
118
119 //____________________________________________________________________
120 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
121   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
122   ,fkReconstructor(NULL)
123   ,fClusterIter(NULL)
124   ,fExB(0.)
125   ,fVD(0.)
126   ,fT0(0.)
127   ,fS2PRF(0.)
128   ,fDiffL(0.)
129   ,fDiffT(0.)
130   ,fClusterIdx(0)
131   ,fErrorMsg(0)
132   ,fN(0)
133   ,fDet(-1)
134   ,fPt(0.)
135   ,fdX(0.)
136   ,fX0(0.)
137   ,fX(0.)
138   ,fY(0.)
139   ,fZ(0.)
140   ,fS2Y(0.)
141   ,fS2Z(0.)
142   ,fChi2(0.)
143 {
144   //
145   // Copy Constructor performing a deep copy
146   //
147   if(this != &ref){
148     ref.Copy(*this);
149   }
150   SetBit(kOwner, kFALSE);
151   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
152 }
153
154
155 //____________________________________________________________________
156 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
157 {
158   //
159   // Assignment Operator using the copy function
160   //
161
162   if(this != &ref){
163     ref.Copy(*this);
164   }
165   SetBit(kOwner, kFALSE);
166
167   return *this;
168 }
169
170 //____________________________________________________________________
171 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
172 {
173   //
174   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
175   //
176
177   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
178
179   if(IsOwner()) {
180     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
181       if(!fClusters[itb]) continue; 
182       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
183       delete fClusters[itb];
184       fClusters[itb] = NULL;
185     }
186   }
187 }
188
189 //____________________________________________________________________
190 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
191 {
192   //
193   // Copy function
194   //
195
196   //AliInfo("");
197   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
198
199   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
200   target.fClusterIter   = NULL;
201   target.fExB           = fExB;
202   target.fVD            = fVD;
203   target.fT0            = fT0;
204   target.fS2PRF         = fS2PRF;
205   target.fDiffL         = fDiffL;
206   target.fDiffT         = fDiffT;
207   target.fClusterIdx    = 0;
208   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
209   target.fN             = fN;
210   target.fDet           = fDet;
211   target.fPt            = fPt;
212   target.fdX            = fdX;
213   target.fX0            = fX0;
214   target.fX             = fX;
215   target.fY             = fY;
216   target.fZ             = fZ;
217   target.fS2Y           = fS2Y;
218   target.fS2Z           = fS2Z;
219   target.fChi2          = fChi2;
220   
221   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
222   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
223   memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
224   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
225   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
226   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
227   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
228   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
229   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
230   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
231   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
232   target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
233   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
234   
235   TObject::Copy(ref);
236 }
237
238
239 //____________________________________________________________
240 void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
241 {
242 // Initialize this tracklet using the riemann fit information
243
244
245   fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
246   fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
247   fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
248   fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
249   if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
250     fRefCov[0] = 1;
251     fRefCov[2] = 10;
252   }else{
253     fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
254     fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
255   }
256   fC[0]    = rieman->GetC(); 
257   fChi2    = rieman->GetChi2();
258 }
259
260
261 //____________________________________________________________
262 Bool_t AliTRDseedV1::Init(const AliTRDtrackV1 *track)
263 {
264 // Initialize this tracklet using the track information
265 //
266 // Parameters:
267 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
268 // 
269 // Detailed description
270 // The function sets the starting point and direction of the
271 // tracklet according to the information from the TRD track.
272 // 
273 // Caution
274 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
275 // chamber where the tracklet will be constructed
276 //
277
278   Double_t y, z; 
279   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
280   Update(track);
281   return kTRUE;
282 }
283
284
285 //_____________________________________________________________________________
286 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
287 {
288 //
289 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
290 //
291   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
292   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
293   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
294   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
295
296   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
297   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
298   fClusterIdx=0;
299   fErrorMsg = 0;
300   fDet=-1;
301   fPt=0.;
302   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
303   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
304   fC[0]=0.; fC[1]=0.; 
305   fChi2 = 0.;
306
307   memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
308   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
309   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
310   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
311   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
312   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
313   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
314   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
315   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
316   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
317   // covariance matrix [diagonal]
318   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
319   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
320 }
321
322 //____________________________________________________________________
323 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
324
325   // update tracklet reference position from the TRD track
326
327   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
328   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
329   fPt = trk->Pt();
330   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
331   fYref[1] = fSnp*norm;
332   fZref[1] = fTgl*norm;
333   SetCovRef(trk->GetCovariance());
334
335   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
336   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
337   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
338 }
339
340 //_____________________________________________________________________________
341 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
342 {
343   //
344   // Calculate number of used clusers in the tracklet
345   //
346
347   Int_t nused = 0, nshared = 0;
348   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
349     if (!fClusters[i]) continue;
350     if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
351       nused++;
352     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
353       if(IsStandAlone()) nused++;
354       else nshared++;
355     }
356   }
357   SetNUsed(nused);
358   SetNShared(nshared);
359 }
360
361 //_____________________________________________________________________________
362 void AliTRDseedV1::UseClusters()
363 {
364   //
365   // Use clusters
366   //
367   // In stand alone mode:
368   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
369   // removed from the tracklet
370   //
371   // In barrel mode:
372   // - Clusters which are used by another track become shared
373   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
374   //
375   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
376   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
377     if(!(*c)) continue;
378     if(IsStandAlone()){
379       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
380         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
381         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
382         (*c) = NULL;
383         fIndexes[ic] = -1;
384         SetN(GetN()-1);
385         continue;
386       }
387     } else {
388       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
389         (*c)->SetShared();
390         continue;
391       }
392     }
393     (*c)->Use();
394   }
395 }
396
397
398
399 //____________________________________________________________________
400 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
401 {
402 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx. 
403 //
404 // Parameters:
405 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
406 // Output:
407 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
408 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
409 //
410 // Detailed description
411 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
412 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
413 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
414 //
415 // The following effects are included in the calculation:
416 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
417 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
418 // 3. cluster size
419 //
420
421   memset(fdEdx, 0, kNdEdxSlices*sizeof(Float_t));
422   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
423
424   AliTRDcluster *c(NULL);
425   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
426     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
427     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
428
429     // Filter clusters for dE/dx calculation
430
431     // 1.consider calibration effects for slice determination
432     Int_t slice;
433     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
434       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
435     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
436
437
438     // 2. take sharing into account
439     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
440
441     // 3. take into account large clusters TODO
442     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
443
444     //CHECK !!!
445     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
446   } // End of loop over clusters
447 }
448
449 //_____________________________________________________________________________
450 void AliTRDseedV1::CookLabels()
451 {
452   //
453   // Cook 2 labels for seed
454   //
455
456   Int_t labels[200];
457   Int_t out[200];
458   Int_t nlab = 0;
459   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
460     if (!fClusters[i]) continue;
461     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
462       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
463         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
464         nlab++;
465       }
466     }
467   }
468
469   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
470   fLabels[0] = out[0];
471   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
472 }
473
474 //____________________________________________________________
475 Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
476 {
477 // Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
478
479   Float_t d = fPad[3] - zt;
480   if(d<0.){
481     AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
482     return 0.125;
483   } 
484   d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
485   if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
486   return d;
487 }
488
489
490 //____________________________________________________________________
491 Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers) const
492 {
493 // Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters 
494 // which are not in chamber are also used (default false)
495
496   AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
497   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
498     if(!(c=fClusters[ic])) continue;
499     if(!c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
500     qt += TMath::Abs(c->GetQ());
501   }
502   return qt;
503 }
504
505 //____________________________________________________________________
506 Int_t AliTRDseedV1::GetChargeGaps(Float_t sz[kNtb], Float_t pos[kNtb], Int_t isz[kNtb]) const
507 {
508 // Find number, size and position of charge gaps (consecutive missing time bins).
509 // Returns the number of gaps and fills their size in input array "sz" and position in array "pos"
510
511   Bool_t gap(kFALSE);
512   Int_t n(0);
513   Int_t ipos[kNtb]; memset(isz, 0, kNtb*sizeof(Int_t));memset(ipos, 0, kNtb*sizeof(Int_t));
514   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
515     if(fClusters[ic] || fClusters[ic+kNtb]){
516       if(gap) n++;
517       continue;
518     }
519     gap = kTRUE;
520     isz[n]++;
521     ipos[n] = ic;
522   }
523   if(!n) return 0;
524
525   // write calibrated values
526   AliTRDcluster fake;
527   for(Int_t igap(0); igap<n; igap++){
528     sz[igap] = isz[igap]*fVD/AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
529     fake.SetPadTime(ipos[igap]);
530     pos[igap] = fake.GetXloc(fT0, fVD);
531     if(isz[igap]>1){
532       fake.SetPadTime(ipos[igap]-isz[igap]+1);
533       pos[igap] += fake.GetXloc(fT0, fVD);
534       pos[igap] /= 2.;
535     }
536   }
537   return n;
538 }
539
540
541 //____________________________________________________________________
542 Double_t AliTRDseedV1::EstimatedCrossPoint(AliTRDpadPlane *pp, Float_t bz)
543 {
544 // Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets or the z coordinate of pad row without pad row cross in the local chamber coordinates.
545 // Returns variance of the radial offset from anode wire in case of raw cross or 0 otherwise.
546
547   Int_t row[] = {-1, -1};
548   Double_t zoff(0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd())), sx(0.), mean(0.5*pp->GetNrows()-0.5);
549   AliTRDcluster *c(NULL);
550   fS2Y = 0.;
551   
552   if(!IsRowCross()){ 
553     for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
554       if(!(c=fClusters[ic])) continue;
555       if(!c->IsInChamber()) continue;
556       row[0]   = c->GetPadRow();
557       fZfit[0] = Int_t(mean-row[0])*pp->GetLengthIPad() + 
558                  0.5*(mean-row[0]>0.?1.:-1.)*(row[0]>0&&row[0]<pp->GetNrows()-1?pp->GetLengthIPad():pp->GetLengthOPad());      
559       break;
560     }
561   } else {  
562     Float_t tbm[2] = {0.}; // mean value of time bin in rows
563     Int_t tb[kNtb]={0}, //array of time bins from first row
564           nc[2] = {0},  // no. of clusters in rows
565           mc(0);  // no. of common clusters
566     Bool_t w[2] = {kFALSE, kFALSE};   // acceptance flag for rows
567     // Find radial range for first row
568     for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
569       tb[ic]= -1;
570       if(!(c=fClusters[ic]) || !c->IsInChamber()) continue;
571       if(row[0]<0) row[0] = c->GetPadRow();
572       tb[nc[0]++] = ic; tbm[0] += ic;
573     }
574     if(nc[0]>2){
575       tbm[0] /= nc[0];
576       w[0] = kTRUE;
577     }
578     // Find radial range for second row
579     for(int ic(kNtb), jc(0); ic<kNclusters; ic++, jc++){
580       if(!(c=fClusters[ic]) || !c->IsInChamber()) continue;
581       if(row[1]<0) row[1] = c->GetPadRow();
582       tbm[1] += jc; nc[1]++;
583       for(Int_t kc(0); kc<nc[0]; kc++) 
584         if(tb[kc]==jc){
585           tb[kc] += 100; // mark common cluster
586           mc++;
587           break;
588         }
589     }
590     if(nc[1]>2){
591       tbm[1] /= nc[1];
592       w[1] = kTRUE;
593     }
594     //printf("0 : %f[%2d] 1 : %f[%2d] mc[%d]\n", tbm[0], nc[0], tbm[1], nc[1], mc);
595     if(!w[0] && !w[1]){
596       AliError("Too few clusters to estimate tracklet.");
597       return -1;
598     }
599     if(!w[0] || !w[1]){ 
600       SetBit(kRowCross, kFALSE); // reset RC bit
601       if(w[1]) row[0] = row[1];
602       fZfit[0] = Int_t(mean-row[0])*pp->GetLengthIPad() + 
603                  0.5*(mean-row[0]>0.?1.:-1.)*(row[0]>0&&row[0]<pp->GetNrows()-1?pp->GetLengthIPad():pp->GetLengthOPad());      
604     }else{ // find the best matching timebin 
605       fZfit[0] = Int_t(mean-0.5*(row[0]+row[1]))*pp->GetLengthIPad(); 
606       Int_t itb(0), dtb(0);
607       if(!mc) { // no common range
608         itb = Int_t(0.5*(tbm[0] + tbm[1]));
609         dtb = Int_t(0.5*TMath::Abs(tbm[0] - tbm[1])); // simple parameterization of the cluster gap
610       } else {
611         Double_t rmax(100.); Int_t itbStart(-1), itbStop(0);
612         // compute distance from 
613         for(Int_t jc(0); jc<nc[0]; jc++){
614           if(tb[jc] < 100) continue;
615           Int_t ltb(tb[jc]-100);
616           Double_t r = (1. - ltb/tbm[0])*(1. - ltb/tbm[1]);
617           //printf("tb[%2d] dr[%f %f %f] rmax[%f]\n", ltb, r, 1. - ltb/tbm[0], 1. - ltb/tbm[1], rmax);
618           if(TMath::Abs(r)<rmax){ rmax = TMath::Abs(r); itb = ltb; }
619           if(itbStart<0) itbStart = ltb;
620           itbStop = ltb;
621         } 
622         dtb = itbStop-itbStart+1;
623       }
624       AliTRDCommonParam *cp = AliTRDCommonParam::Instance(); 
625       Double_t freq(cp?cp->GetSamplingFrequency():10.);
626       fS2Y = ((itb-0.5)/freq - fT0 - 0.189)*fVD; // xOff
627       sx   = dtb*0.288675134594812921/freq; sx *= sx; sx += 1.56e-2; sx *= fVD*fVD;
628     }    
629   }
630
631   // estimate dzdx
632   Float_t dx(fX0-fS2Y);
633   fZfit[1] = (fZfit[0]+zoff)/dx; 
634
635   // correct dzdx for the bias
636   UnbiasDZDX(IsRowCross(), bz);
637   if(IsRowCross()){
638     // correct x_cross/sigma(x_cross) for the bias in dzdx
639     const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
640     if(recoParam){ 
641       fS2Y += recoParam->GetCorrDZDXxcross()*TMath::Abs(fZfit[1]);
642       sx   += recoParam->GetCorrDZDXxcross()*recoParam->GetCorrDZDXxcross()*GetS2DZDX(fZfit[1]);
643     }
644     // correct sigma(x_cross) for the width of the crossing area
645     sx   += GetS2XcrossDZDX(TMath::Abs(fZfit[1]));
646     
647     // estimate z and error @ anode wire
648     fZfit[0] += fZfit[1]*fS2Y;
649     fS2Z  = fZfit[1]*fZfit[1]*sx+fS2Y*fS2Y*GetS2DZDX(fZfit[1]); 
650   }
651   return sx;
652 }
653
654 //____________________________________________________________________
655 void AliTRDseedV1::UnbiasDZDX(Bool_t rc, Float_t bz)
656 {
657   // correct dzdx for the bias in z according to MC
658   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
659   if(!recoParam) return;
660   fZfit[1] *= recoParam->GetCorrDZDX(rc)-(bz>0?0.01:0.);
661   if(rc) fZfit[1] += recoParam->GetCorrDZDXbiasRC(fZfit[1]<0);
662 }
663
664 //____________________________________________________________________
665 Double_t AliTRDseedV1::UnbiasY(Bool_t rc, Float_t bz)
666 {
667 // correct y coordinate for tail cancellation. This should be fixed by considering TC as a function of q/pt. 
668 //  rc : TRUE if tracklet crosses rows
669 // bz : magnetic field z component
670   
671   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();
672   if(!recoParam) return 0.;
673   Double_t par[3]={0.};
674   Int_t idx(2*(rc?1:0)+Int_t(bz>0));
675   recoParam->GetYcorrTailCancel(idx, par);
676   return par[0]*TMath::Sin(par[1]*fYref[1])+par[2];
677 }
678
679
680 //____________________________________________________________________
681 Float_t AliTRDseedV1::GetQperTB(Int_t tb) const
682 {
683   //
684   // Charge of the clusters at timebin
685   //
686   Float_t q = 0;
687   if(fClusters[tb] /*&& fClusters[tb]->IsInChamber()*/)
688     q += TMath::Abs(fClusters[tb]->GetQ());
689   if(fClusters[tb+kNtb] /*&& fClusters[tb+kNtb]->IsInChamber()*/)
690     q += TMath::Abs(fClusters[tb+kNtb]->GetQ());
691   return q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
692 }
693
694 //____________________________________________________________________
695 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl() const
696 {
697 // Calculate total charge / tracklet length for 1D PID
698 //
699   Float_t Q = GetCharge(kTRUE);
700   return Q/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
701 }
702
703 //____________________________________________________________________
704 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
705 {
706 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
707 // the charge per unit length can be written as:
708 // BEGIN_LATEX
709 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
710 // END_LATEX
711 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
712 // of the time bin. 
713 // The following correction are applied :
714 //   - charge : pad row cross corrections
715 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
716 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
717 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
718 // 
719 //Begin_Html
720 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
721 //End_Html
722 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
723 // drift length [right] for different particle species is displayed.
724 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
725 //
726   Float_t dq = 0.;
727   // check whether both clusters are inside the chamber
728   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
729   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
730     hasClusterInChamber = kTRUE;
731     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
732   }
733   if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
734     hasClusterInChamber = kTRUE;
735     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
736   }
737   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
738   if(dq<1.e-3) return 0.;
739
740   Double_t dx = fdX;
741   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
742     Float_t x2(0.), x1(0.);
743     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
744     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
745     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
746     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
747     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
748     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
749     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
750     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
751     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
752     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
753
754     dx = .5*(x2 - x1);
755   }
756   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
757   if(dl) (*dl) = dx;
758   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
759   else return 0.;
760 }
761
762 //____________________________________________________________
763 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
764
765 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
766 // BEGIN_LATEX
767 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
768 // END_LATEX
769 // and optionally the momentum error (if err is not null). 
770 // The estimated variance of the momentum is given by:
771 // BEGIN_LATEX
772 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
773 // END_LATEX
774 // which can be simplified to
775 // BEGIN_LATEX
776 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
777 // END_LATEX
778 //
779
780   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
781   if(err){
782     Double_t p2 = p*p;
783     Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
784     Double_t pt2 = fPt*fPt;
785     Double_t s2 =
786       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
787      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
788      +p2*pt2*fRefCov[6];
789     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
790   }
791   return p;
792 }
793
794
795 //____________________________________________________________________
796 Int_t AliTRDseedV1::GetTBoccupancy() const
797 {
798 // Returns no. of TB occupied by clusters
799
800   Int_t n(0);
801   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
802     if(!fClusters[ic] && !fClusters[ic+kNtb]) continue;
803     n++;
804   }
805   return n;
806 }
807
808 //____________________________________________________________________
809 Int_t AliTRDseedV1::GetTBcross() const
810 {
811 // Returns no. of TB occupied by 2 clusters for pad row cross tracklets
812
813   if(!IsRowCross()) return 0;
814   Int_t n(0);
815   for(int ic(0); ic<kNtb; ic++){
816     if(fClusters[ic] && fClusters[ic+kNtb]) n++;
817   }
818   return n;
819 }
820
821 //____________________________________________________________________
822 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
823 {       
824   if(!force) return &fProb[0];
825   if(!CookPID()) return NULL;
826   return &fProb[0];
827 }
828
829 //____________________________________________________________
830 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
831 {
832 // Fill probability array for tracklet from the DB.
833 //
834 // Parameters
835 //
836 // Output
837 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
838 //
839 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
840 // - estimated momentum at tracklet reference point 
841 // - dE/dx measurements
842 // - tracklet length
843 // - TRD layer
844 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
845 // - Neural Network [default] - option "nn"  
846 // - 2D Likelihood - option "!nn"  
847
848   AliWarning(Form("Obsolete function. Use AliTRDPIDResponse::GetResponse() instead."));
849
850   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
851   if (!calibration) {
852     AliError("No access to calibration data");
853     return kFALSE;
854   }
855
856   if (!fkReconstructor) {
857     AliError("Reconstructor not set.");
858     return kFALSE;
859   }
860
861   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
862   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
863   if (!pd) {
864     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
865     return kFALSE;
866   }
867
868   // calculate tracklet length TO DO
869   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
870   
871   //calculate dE/dx
872   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
873   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
874
875   // Sets the a priori probabilities
876   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
877   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
878     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
879   
880   return kTRUE;
881 }
882
883 //____________________________________________________________________
884 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
885 {
886   //
887   // Returns a quality measurement of the current seed
888   //
889
890   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
891   return 
892       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
893     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
894     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
895     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
896 }
897
898 //____________________________________________________________________
899 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t /*x*/, Double_t *cov) const
900 {
901 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
902 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
903 //   cov[0] = Var(y)
904 //   cov[1] = Cov(yz)
905 //   cov[2] = Var(z)
906 //
907 // Details
908 //
909 // For the linear transformation
910 // BEGIN_LATEX
911 // Y = T_{x} X^{T}
912 // END_LATEX
913 //   The error propagation has the general form
914 // BEGIN_LATEX
915 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
916 // END_LATEX
917 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
918 // at point x we consider: 
919 // BEGIN_LATEX
920 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
921 // END_LATEX
922 // and secondly to take into account the tilt angle
923 // BEGIN_LATEX
924 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
925 // END_LATEX
926 //
927 // using simple trigonometrics one can write for this last case
928 // BEGIN_LATEX
929 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
930 // END_LATEX
931 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
932 // BEGIN_LATEX
933 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
934 // END_LATEX
935 //
936 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
937 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
938 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
939 //
940 // Author :
941 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
942 // Date : Jan 8th 2009
943 //
944
945
946   //Double_t xr     = fX0-x; 
947   Double_t sy2    = fCov[0];// +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
948   Double_t sz2    = fS2Z;
949   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
950
951   // insert systematic uncertainties
952   if(fkReconstructor){
953     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
954     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
955 //    sy2 += sys[0];
956 //    sz2 += sys[1];
957   }
958
959   // rotate covariance matrix if no RC
960   if(!IsRowCross()){
961     Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
962     Double_t correction = 1./(1. + t2);
963     cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
964     cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
965     cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
966    } else {
967      cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sz2;
968    }
969
970   AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
971 }
972
973 //____________________________________________________________
974 Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
975 {
976 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
977 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
978 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
979 // 
980 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
981 // the following relation is used:
982 // BEGIN_LATEX
983 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
984 // END_LATEX
985 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
986 // In case C is symmetric the followings are true:
987 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
988 //   - V = V^{-1}
989 //
990 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
991 // Date   Mar 19 2009
992
993   const Double_t kZero(1.e-20);
994   Double_t l[2], // eigenvalues
995            v[3]; // eigenvectors
996   // the secular equation and its solution :
997   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
998   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
999   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
1000   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
1001           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
1002   if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
1003   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
1004   l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
1005   l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
1006   if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
1007   // the sym V matrix
1008   // | v00   v10|
1009   // | v10   v11|
1010   Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
1011   if(den<kZero){ // almost diagonal
1012     v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
1013     v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
1014     v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
1015   } else {
1016     Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
1017     v[0] = c[1]* tmp;
1018     v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
1019     if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
1020     else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
1021   }
1022   // the VD^{1/2}V is: 
1023   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
1024   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
1025   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
1026   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
1027
1028   return 0;
1029 }
1030
1031 //____________________________________________________________
1032 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
1033 {
1034 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
1035 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
1036 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
1037 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
1038 //
1039 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1040 // Date   Mar 19 2009
1041
1042   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
1043   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
1044   Double_t invDet = 1./det;
1045   d[0] = c[2]*invDet;
1046   d[1] =-c[1]*invDet;
1047   d[2] = c[0]*invDet;
1048   return det;
1049 }
1050
1051 //____________________________________________________________________
1052 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
1053 {
1054 // Returns geometry volume id by delegation 
1055
1056   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
1057     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
1058   }
1059   return 0;
1060 }
1061
1062
1063 //____________________________________________________________________
1064 void AliTRDseedV1::Calibrate()
1065 {
1066 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
1067 // The following information are used
1068 //  - detector index
1069 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
1070 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
1071 //
1072 // The following information is cached in the tracklet
1073 //   t0 (trigger delay)
1074 //   drift velocity
1075 //   PRF width
1076 //   omega*tau = tg(a_L)
1077 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
1078 //
1079 // Author :
1080 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
1081 // Date : Jan 8th 2009
1082 //
1083
1084   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1085   if(cdb->GetRun() < 0){
1086     AliError("OCDB manager not properly initialized");
1087     return;
1088   }
1089
1090   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
1091   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
1092                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
1093   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
1094   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
1095
1096   Int_t col = 70, row = 7;
1097   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
1098   if(GetN()){ 
1099     Int_t ic = 0;
1100     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
1101     if(*c){
1102       col = (*c)->GetPadCol();
1103       row = (*c)->GetPadRow();
1104     }
1105   }
1106
1107   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
1108   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
1109   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
1110   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
1111   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
1112   fDiffT, fVD);
1113   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1114
1115
1116   SetBit(kCalib, kTRUE);
1117 }
1118
1119 //____________________________________________________________________
1120 void AliTRDseedV1::SetOwner()
1121 {
1122   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
1123   
1124   if(TestBit(kOwner)) return;
1125   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
1126     if(!fClusters[ic]) continue;
1127     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
1128   }
1129   SetBit(kOwner);
1130 }
1131
1132 //____________________________________________________________
1133 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
1134 {
1135 // Shortcut method to initialize pad geometry.
1136   fPad[0] = p->GetLengthIPad();
1137   fPad[1] = p->GetWidthIPad();
1138   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
1139   fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
1140 }
1141
1142
1143
1144 //____________________________________________________________________
1145 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt, Bool_t chgPos, Int_t ev)
1146 {
1147 //
1148 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
1149 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
1150 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
1151 // 3. purge clusters
1152 // 4. truncated mean on z direction
1153 // 5. purge clusters
1154 //
1155 // Parameters
1156 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
1157 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
1158 //  - chgPos  : mark same[kFALSE] and opposite[kTRUE] sign tracks with respect to Bz field sign [default true]
1159 //  - ev      : event number for debug purposes [default = -1]
1160 // Output
1161 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
1162 //      -
1163 // Detailed description
1164 //  
1165 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
1166 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
1167 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
1168 // BEGIN_LATEX
1169 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
1170 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
1171 // END_LATEX
1172 // 
1173 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1174 // Debug  : level = 2 for calibration
1175 //          level = 3 for visualization in the track SR
1176 //          level = 4 for full visualization including digit level
1177
1178   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
1179
1180   if(!recoParam){
1181     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
1182     return kFALSE;
1183   }
1184   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
1185   if (!calibration) {
1186     AliError("No access to calibration data");
1187     return kFALSE;
1188   }
1189   // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
1190   const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
1191   if (!attach) {
1192     AliError("No usable AttachClusters calib object.");
1193     return kFALSE;
1194   }
1195
1196   // Initialize reco params for this tracklet
1197   // 1. first time bin in the drift region
1198   Int_t t0 = 14;
1199   Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
1200   Int_t kTBmin = 4;
1201
1202   Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov); 
1203   Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
1204            s2yCl = 0., 
1205            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
1206            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
1207            t2    = GetTilt()*GetTilt();
1208   //define roads
1209   const Double_t kroady = 3.; //recoParam->GetRoad1y();
1210   const Double_t kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
1211   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
1212   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
1213   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
1214   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
1215   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1216
1217 /*  Int_t kroadyShift(0);
1218   Float_t bz(AliTrackerBase::GetBz());
1219   if(TMath::Abs(bz)>2.){
1220     if(bz<0.) kroadyShift = chgPos ? +1 : -1;
1221     else kroadyShift = chgPos ? -1 : +1;
1222   }*/
1223   AliDebug(4, Form("\n       syTrk[cm]=%4.2f dydxTrk[deg]=%+6.2f Chg[%c] rY[cm]=%4.2f rZ[cm]=%5.2f TC[%c]", syRef, TMath::ATan(fYref[1])*TMath::RadToDeg(), chgPos?'+':'-', kroady, kroadz, tilt?'y':'n'));
1224   Double_t phiTrk(TMath::ATan(fYref[1])),
1225            thtTrk(TMath::ATan(fZref[1]));
1226
1227   // working variables
1228   const Int_t kNrows = 16;
1229   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
1230   TObjArray clst[kNrows];
1231   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
1232   Double_t cond[4],
1233            dx, dy, dz,
1234            yt, zt,
1235            zc[kNrows],
1236            xres[kNrows][kNcls], yres[kNrows][kNcls], zres[kNrows][kNcls], s2y[kNrows][kNcls];
1237   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
1238   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
1239   memset(zc, 0, kNrows*sizeof(Double_t));
1240   memset(idxs, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Int_t));
1241   memset(xres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1242   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1243   memset(zres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1244   memset(s2y, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
1245   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
1246
1247   Double_t roady(0.), s2Mean(0.); Int_t ns2Mean(0);
1248
1249   // Do cluster projection and pick up cluster candidates
1250   AliTRDcluster *c(NULL);
1251   AliTRDchamberTimeBin *layer(NULL);
1252   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
1253   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
1254     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
1255     if(!Int_t(*layer)) continue;
1256     // get track projection at layers position
1257     dx   = fX0 - layer->GetX();
1258     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1259     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1260     // get standard cluster error corrected for tilt if selected
1261     cp.SetLocalTimeBin(it);
1262     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
1263     s2yCl = cp.GetSigmaY2() + sysCov[0]; if(!tilt) s2yCl = (s2yCl + t2*s2zCl)/(1.+t2);
1264     if(TMath::Abs(it-12)<7){ s2Mean += cp.GetSigmaY2(); ns2Mean++;}
1265     // get estimated road in r-phi direction
1266     roady = TMath::Min(3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl)), kroady);
1267
1268     AliDebug(5, Form("\n"
1269       "  %2d xd[cm]=%6.3f yt[cm]=%7.2f zt[cm]=%8.2f\n"
1270       "      syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f\n"
1271       "      Ry[mm]=%f"
1272       , it, dx, yt, zt
1273       , 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()+sysCov[0]), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl)
1274       , 1.e1*roady));
1275
1276     // get clusters from layer
1277     cond[0] = yt/*+0.5*kroadyShift*kroady*/; cond[2] = roady;
1278     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
1279     Int_t n=0, idx[6]; layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
1280     for(Int_t ic = n; ic--;){
1281       c  = (*layer)[idx[ic]];
1282       dx = fX0 - c->GetX();
1283       yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
1284       zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
1285       dz = zt - c->GetZ();
1286       dy = yt - (c->GetY() + (tilt ? (GetTilt() * dz) : 0.));
1287       Int_t r = c->GetPadRow();
1288       clst[r].AddAtAndExpand(c, ncl[r]);
1289       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
1290       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
1291       zres[r][ncl[r]] = dz/GetPadLength();
1292       yres[r][ncl[r]] = dy;
1293       xres[r][ncl[r]] = dx;
1294       zc[r]           = c->GetZ();
1295       // TODO temporary solution to avoid divercences in error parametrization
1296       s2y[r][ncl[r]]  = TMath::Min(c->GetSigmaY2()+sysCov[0], 0.025); 
1297       AliDebug(5, Form("   -> dy[cm]=%+7.4f yc[cm]=%7.2f row[%d] idx[%2d]", dy, c->GetY(), r, ncl[r]));
1298       ncl[r]++; ncls++;
1299
1300       if(ncl[r] >= kNcls) {
1301         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
1302         kBUFFER = kTRUE;
1303         break;
1304       }
1305     }
1306     if(kBUFFER) break;
1307   }
1308   if(ncls<kClmin){ 
1309     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
1310     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1311     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1312     return kFALSE;
1313   }
1314   if(ns2Mean<kTBmin){
1315     AliDebug(1, Form("CLUSTERS IN TimeBins %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ns2Mean, kTBmin));
1316     SetErrorMsg(kAttachClFound);
1317     for(Int_t ir(kNrows);ir--;) clst[ir].Clear();
1318     return kFALSE;
1319   }
1320   s2Mean /= ns2Mean; //sMean = TMath::Sqrt(s2Mean);
1321   //Double_t sRef(TMath::Sqrt(s2Mean+s2yTrk)); // reference error parameterization
1322
1323   // organize row candidates
1324   Int_t idxRow[kNrows], nrc(0); Double_t zresRow[kNrows];
1325   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){
1326     idxRow[ir]=-1; zresRow[ir] = 999.;
1327     if(!ncl[ir]) continue;
1328     // get mean z resolution
1329     dz = 0.; for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;) dz += zres[ir][ic]; dz/=ncl[ir];
1330     // insert row
1331     idxRow[nrc] = ir; zresRow[nrc] = TMath::Abs(dz); nrc++;
1332   }
1333   AliDebug(4, Form("Found %d clusters in %d rows. Sorting ...", ncls, nrc));
1334
1335   // sort row candidates
1336   if(nrc>=2){
1337     if(nrc==2){
1338       if(zresRow[0]>zresRow[1]){ // swap
1339         Int_t itmp=idxRow[1]; idxRow[1] = idxRow[0]; idxRow[0] = itmp;
1340         Double_t dtmp=zresRow[1]; zresRow[1] = zresRow[0]; zresRow[0] = dtmp;
1341       }
1342       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1343         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1344         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Select first candidate.\n"
1345                     "       row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1346                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1347         nrc=1; idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.;
1348       }
1349     } else {
1350       Int_t idx0[kNrows];
1351       TMath::Sort(nrc, zresRow, idx0, kFALSE);
1352       nrc = 3; // select only maximum first 3 candidates
1353       Int_t iatmp[] = {-1, -1, -1}; Double_t datmp[] = {999., 999., 999.};
1354       for(Int_t irc(0); irc<nrc; irc++){
1355         iatmp[irc] = idxRow[idx0[irc]];
1356         datmp[irc] = zresRow[idx0[irc]];
1357       }
1358       idxRow[0] = iatmp[0]; zresRow[0] = datmp[0];
1359       idxRow[1] = iatmp[1]; zresRow[1] = datmp[1];
1360       idxRow[2] = iatmp[2]; zresRow[2] = datmp[2]; // temporary
1361       if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[0]) != 1){
1362         SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1363         AliDebug(2, Form("Rows attached not continuous. Turn on selection.\n"
1364                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1365                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f\n"
1366                     "row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f",
1367                     idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0],
1368                     idxRow[1], ncl[idxRow[1]], zresRow[1],
1369                     idxRow[2], ncl[idxRow[2]], zresRow[2]));
1370         if(TMath::Abs(idxRow[0] - idxRow[2]) == 1){ // select second candidate
1371           AliDebug(2, "Solved ! Remove second candidate.");
1372           nrc = 2;
1373           idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1374           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;              // remove
1375         } else if(TMath::Abs(idxRow[1] - idxRow[2]) == 1){
1376           if(ncl[idxRow[1]]+ncl[idxRow[2]] > ncl[idxRow[0]]){
1377             AliDebug(2, "Solved ! Remove first candidate.");
1378             nrc = 2;
1379             idxRow[0] = idxRow[1]; zresRow[0] = zresRow[1]; // swap
1380             idxRow[1] = idxRow[2]; zresRow[1] = zresRow[2]; // swap
1381           } else {
1382             AliDebug(2, "Solved ! Remove second and third candidate.");
1383             nrc = 1;
1384             idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1385             idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1386           }
1387         } else {
1388           AliDebug(2, "Unsolved !!! Remove second and third candidate.");
1389           nrc = 1;
1390           idxRow[1] = -1; zresRow[1] = 999.; // remove
1391           idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.; // remove
1392         }
1393       } else { // remove temporary candidate
1394         nrc = 2;
1395         idxRow[2] = -1; zresRow[2] = 999.;
1396       }
1397     }
1398   }
1399   AliDebug(4, Form("Sorted row candidates:\n"
1400       "  row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f row[%2d] Ncl[%2d] <dz>[cm]=%+8.2f"
1401       , idxRow[0], ncl[idxRow[0]], zresRow[0], idxRow[1], idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]], zresRow[1]));
1402
1403   // initialize debug streamer
1404   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
1405   if((recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming())||
1406      AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>30) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1407   if(pstreamer){
1408     // save config. for calibration
1409     TVectorD vdy[2], vdx[2], vs2[2];
1410     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1411       Int_t ir(idxRow[jr]);
1412       vdx[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vdy[jr].ResizeTo(ncl[ir]); vs2[jr].ResizeTo(ncl[ir]);
1413       for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1414         vdx[jr](ic) = xres[ir][ic];
1415         vdy[jr](ic) = yres[ir][ic];
1416         vs2[jr](ic) = s2y[ir][ic];
1417       }
1418     }
1419     (*pstreamer) << "AttachClusters4"
1420         << "r0="     << idxRow[0]
1421         << "dz0="    << zresRow[0]
1422         << "dx0="    << &vdx[0]
1423         << "dy0="    << &vdy[0]
1424         << "s20="    << &vs2[0]
1425         << "r1="     << idxRow[1]
1426         << "dz1="    << zresRow[1]
1427         << "dx1="    << &vdx[1]
1428         << "dy1="    << &vdy[1]
1429         << "s21="    << &vs2[1]
1430         << "\n";
1431     vdx[0].Clear(); vdy[0].Clear(); vs2[0].Clear();
1432     vdx[1].Clear(); vdy[1].Clear(); vs2[1].Clear();
1433     if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 4 ||AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>4){    
1434       Int_t idx(idxRow[1]);
1435       if(idx<0){ 
1436         for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++){ 
1437           if(clst[ir].GetEntries()>0) continue;
1438           idx = ir;
1439           break;
1440         }
1441       }
1442       (*pstreamer) << "AttachClusters5"
1443           << "c0.="    << &clst[idxRow[0]]
1444           << "c1.="    << &clst[idx]
1445           << "\n";
1446     }
1447   }
1448
1449 //=======================================================================================
1450   // Analyse cluster topology
1451   Double_t f[kNcls],     // likelihood factors for segments
1452            r[2][kNcls],  // d(dydx) of tracklet candidate with respect to track
1453            xm[2][kNcls], // mean <x>
1454            ym[2][kNcls], // mean <y>
1455            sm[2][kNcls], // mean <s_y>
1456            s[2][kNcls],  // sigma_y
1457            p[2][kNcls],  // prob of Gauss
1458            q[2][kNcls];  // charge/segment
1459   memset(f, 0, kNcls*sizeof(Double_t));
1460   Int_t index[2][kNcls], n[2][kNcls];
1461   memset(n, 0, 2*kNcls*sizeof(Int_t));
1462   Int_t mts(0), nts[2] = {0, 0};   // no of tracklet segments in row
1463   AliTRDpadPlane *pp(AliTRDtransform::Geometry().GetPadPlane(fDet));
1464   AliTRDtrackletOflHelper helper;
1465   Int_t lyDet(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet));
1466   for(Int_t jr(0), n0(0); jr<nrc; jr++){
1467     Int_t ir(idxRow[jr]);
1468     // cluster segmentation
1469     Bool_t kInit(kFALSE);
1470     if(jr==0){ 
1471       n0 = helper.Init(pp, &clst[ir]); kInit = kTRUE;
1472       if(!n0 || (helper.ClassifyTopology() == AliTRDtrackletOflHelper::kNormal)){
1473         nts[jr] = 1; memset(index[jr], 0, ncl[ir]*sizeof(Int_t));
1474         n[jr][0] = ncl[ir];
1475       }
1476     }
1477     if(!n[jr][0]){
1478       nts[jr] = AliTRDtrackletOflHelper::Segmentation(ncl[ir], xres[ir], yres[ir], index[jr]);
1479       for(Int_t ic(ncl[ir]);ic--;) n[jr][index[jr][ic]]++;
1480     }
1481     mts += nts[jr];
1482     
1483     // tracklet segment processing
1484     for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1485       if(n[jr][its]<=2) {   // don't touch small segments
1486         xm[jr][its] = 0.;ym[jr][its] = 0.;sm[jr][its] = 0.;
1487         for(Int_t ic(ncl[ir]); ic--;){
1488           if(its != index[jr][ic]) continue;
1489           ym[jr][its] += yres[ir][ic];
1490           xm[jr][its] += xres[ir][ic];
1491           sm[jr][its] += TMath::Sqrt(s2y[ir][ic]);
1492         }
1493         if(n[jr][its]==2){ xm[jr][its] *= 0.5; ym[jr][its] *= 0.5; sm[jr][its] *= 0.5;}
1494         xm[jr][its]= fX0 - xm[jr][its];
1495         r[jr][its] = 0.;
1496         s[jr][its] = 1.e-5;
1497         p[jr][its] = 1.;
1498         q[jr][its] = -1.;
1499         continue;
1500       }
1501       
1502       // for longer tracklet segments
1503       if(!kInit) n0 = helper.Init(pp, &clst[ir], index[jr], its);
1504       Int_t n1 = helper.GetRMS(r[jr][its], ym[jr][its], s[jr][its], fX0/*xm[jr][its]*/);
1505       p[jr][its]  = Double_t(n1)/n0;
1506       sm[jr][its] = helper.GetSyMean();
1507       q[jr][its]  = helper.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1508       xm[jr][its] = fX0;
1509       Double_t dxm= fX0 - xm[jr][its];
1510       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm;
1511       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1512       // correct tracklet fit for tilt
1513       ym[jr][its]+= GetTilt()*(zt - zc[ir]);
1514       r[jr][its] += GetTilt() * fZref[1];
1515       // correct tracklet fit for track position/inclination
1516       ym[jr][its] = yt - ym[jr][its];
1517       r[jr][its]  = (r[jr][its] - fYref[1])/(1+r[jr][its]*fYref[1]);
1518       // report inclination in radians
1519       r[jr][its] = TMath::ATan(r[jr][its]);
1520       if(jr) continue; // calculate only for first row likelihoods
1521         
1522       f[its] = attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n[jr][its], ym[jr][its]/*sRef*/, r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), s[jr][its]/sm[jr][its]);
1523     }
1524   }
1525   AliDebug(4, Form("   Tracklet candidates: row[%2d] = %2d row[%2d] = %2d:", idxRow[0], nts[0], idxRow[1], nts[1]));
1526   if(AliLog::GetDebugLevel("TRD", "AliTRDseedV1")>3){
1527     for(Int_t jr(0); jr<nrc; jr++){
1528       Int_t ir(idxRow[jr]);
1529       for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++){
1530         printf("  segId[%2d] row[%2d] Ncl[%2d] x[cm]=%7.2f dz[pu]=%4.2f dy[mm]=%+7.3f r[deg]=%+6.2f p[%%]=%6.2f s[um]=%7.2f\n",
1531             its, ir, n[jr][its], xm[jr][its], zresRow[jr], 1.e1*ym[jr][its], r[jr][its]*TMath::RadToDeg(), 100.*p[jr][its], 1.e4*s[jr][its]);
1532       }
1533     }
1534   }
1535   if(!pstreamer && 
1536      ( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 2 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1537        AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>2 ) 
1538      ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1539   if(pstreamer){
1540     // save config. for calibration
1541     TVectorD vidx, vn, vx, vy, vr, vs, vsm, vp, vf;
1542     vidx.ResizeTo(ncl[idxRow[0]]+(idxRow[1]<0?0:ncl[idxRow[1]]));
1543     vn.ResizeTo(mts);
1544     vx.ResizeTo(mts);
1545     vy.ResizeTo(mts);
1546     vr.ResizeTo(mts);
1547     vs.ResizeTo(mts);
1548     vsm.ResizeTo(mts);
1549     vp.ResizeTo(mts);
1550     vf.ResizeTo(mts);
1551     for(Int_t jr(0), jts(0), jc(0); jr<nrc; jr++){
1552        Int_t ir(idxRow[jr]);
1553        for(Int_t its(0); its<nts[jr]; its++, jts++){
1554         vn[jts] = n[jr][its];
1555         vx[jts] = xm[jr][its];
1556         vy[jts] = ym[jr][its];
1557         vr[jts] = r[jr][its];
1558         vs[jts] = s[jr][its];
1559         vsm[jts]= sm[jr][its];
1560         vp[jts] = p[jr][its];
1561         vf[jts] = jr?-1.:f[its];
1562       }
1563       for(Int_t ic(0); ic<ncl[ir]; ic++, jc++) vidx[jc] = index[jr][ic];
1564     }
1565     (*pstreamer) << "AttachClusters3"
1566         << "idx="    << &vidx
1567         << "n="      << &vn
1568         << "x="      << &vx
1569         << "y="      << &vy
1570         << "r="      << &vr
1571         << "s="      << &vs
1572         << "sm="     << &vsm
1573         << "p="      << &vp
1574         << "f="      << &vf
1575         << "\n";
1576   }
1577
1578 //=========================================================
1579   // Get seed tracklet segment
1580   Int_t idx2[kNcls]; memset(idx2, 0, kNcls*sizeof(Int_t)); // seeding indexing
1581   if(nts[0]>1) TMath::Sort(nts[0], f, idx2);
1582   Int_t is(idx2[0]); // seed index
1583   Int_t     idxTrklt[kNcls],
1584             kts(0),
1585             nTrklt(n[0][is]);
1586   Double_t  fTrklt(f[is]),
1587             rTrklt(r[0][is]), 
1588             yTrklt(ym[0][is]), 
1589             sTrklt(s[0][is]), 
1590             smTrklt(sm[0][is]), 
1591             xTrklt(xm[0][is]), 
1592             pTrklt(p[0][is]),
1593             qTrklt(q[0][is]);
1594   memset(idxTrklt, 0, kNcls*sizeof(Int_t));
1595   // check seed idx2[0] exit if not found
1596   if(f[is]<1.e-2){
1597     AliDebug(1, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] f[%f]<0.01.", is, idxRow[0], n[0][is], f[is]));
1598     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1599     if(!pstreamer && 
1600        ( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1601          AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>1 ) 
1602        ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1603     if(pstreamer){
1604       UChar_t stat(0);
1605       if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1606       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1607       if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1608       SETBIT(stat, 4); // set error bit
1609       TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(1); vidx[0] = is;
1610       (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1611           << "stat="   << stat
1612           << "ev="     << ev
1613           << "chg="    << chgPos
1614           << "det="    << fDet
1615           << "x0="     << fX0
1616           << "y0="     << fYref[0]
1617           << "z0="     << fZref[0]
1618           << "phi="    << phiTrk
1619           << "tht="    << thtTrk
1620           << "pt="     << fPt
1621           << "s2Trk="  << s2yTrk
1622           << "s2Cl="   << s2Mean
1623           << "idx="    << &vidx
1624           << "n="      << nTrklt
1625           << "f="      << fTrklt
1626           << "x="      << xTrklt
1627           << "y="      << yTrklt
1628           << "r="      << rTrklt
1629           << "s="      << sTrklt
1630           << "sm="     << smTrklt
1631           << "p="      << pTrklt
1632           << "q="      << qTrklt
1633           << "\n";
1634     }
1635     return kFALSE;
1636   }
1637   AliDebug(2, Form("Seed   seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%5.3f] q[%6.2f]", is, idxRow[0], n[0][is], ym[0][is], r[0][is]*TMath::RadToDeg(), s[0][is]/sm[0][is], f[is], q[0][is]));
1638
1639   // save seeding segment in the helper
1640   idxTrklt[kts++] = is;
1641   helper.Init(pp, &clst[idxRow[0]], index[0], is);
1642   AliTRDtrackletOflHelper test; // helper to test segment expantion
1643   Float_t rcLikelihood(0.); SetBit(kRowCross, kFALSE);
1644   Double_t dyRez[kNcls]; Int_t idx3[kNcls];
1645   
1646   //=========================================================
1647   // Define filter parameters from OCDB
1648   Int_t kNSgmDy[2]; attach->GetNsgmDy(kNSgmDy[0], kNSgmDy[1]);
1649   Float_t kLikeMinRelDecrease[2]; attach->GetLikeMinRelDecrease(kLikeMinRelDecrease[0], kLikeMinRelDecrease[1]);
1650   Float_t kRClikeLimit(attach->GetRClikeLimit());
1651
1652   //=========================================================
1653   // Try attaching next segments from first row (if any)
1654   if(nts[0]>1){
1655     Int_t jr(0), ir(idxRow[jr]);
1656     // organize  secondary sgms. in decreasing order of their distance from seed 
1657     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1658     for(Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1659       Int_t its(idx2[jts]);
1660       Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1661       dyRez[its] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][its] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][its]));
1662     }
1663     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1664     for (Int_t jts(1); jts<nts[jr]; jts++) {
1665       Int_t its(idx3[jts]);
1666       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1667         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1668         continue;
1669       }
1670       
1671       test = helper;
1672       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1673       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1674       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1675       pt = Double_t(n1)/n0;
1676       smt = test.GetSyMean();
1677       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1678       xt  = fX0;
1679       // correct position
1680       Double_t dxm= fX0 - xt;
1681       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1682       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1683       // correct tracklet fit for tilt
1684       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1685       rt += GetTilt() * fZref[1];
1686       // correct tracklet fit for track position/inclination
1687       dyt  = yt - dyt;
1688       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1689       // report inclination in radians
1690       rt = TMath::ATan(rt);
1691         
1692       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1693       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1694       
1695       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1696         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1697       if(kAccept){
1698         idxTrklt[kts++] = its;
1699         nTrklt = n0;
1700         fTrklt = ft;
1701         rTrklt = rt;
1702         yTrklt = dyt;
1703         sTrklt = st;
1704         smTrklt= smt;
1705         xTrklt = xt;
1706         pTrklt = pt;
1707         qTrklt = qt;
1708         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1709       }
1710     }
1711   }
1712   
1713   //=========================================================
1714   // Try attaching next segments from second row (if any)
1715   if(nts[1] && (rcLikelihood = zresRow[0]/zresRow[1]) > kRClikeLimit){
1716     // organize  secondaries in decreasing order of their distance from seed 
1717     Int_t jr(1), ir(idxRow[jr]);
1718     memset(dyRez, 0, nts[jr]*sizeof(Double_t));
1719     Double_t rot(TMath::Tan(r[0][is]));
1720     for(Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1721       dyRez[jts] = TMath::Abs(ym[0][is] - ym[jr][jts] + rot*(xm[0][is]-xm[jr][jts]));
1722     }
1723     TMath::Sort(nts[jr], dyRez, idx3, kFALSE);
1724     for (Int_t jts(0); jts<nts[jr]; jts++) {
1725       Int_t its(idx3[jts]);
1726       if(dyRez[its] > kNSgmDy[jr]*smTrklt){
1727         AliDebug(2, Form("Reject seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] > %d*s[%f].", its, idxRow[jr], n[jr][its], dyRez[its], kNSgmDy[jr], kNSgmDy[jr]*smTrklt));
1728         continue;
1729       }
1730       
1731       test = helper;
1732       Int_t n0 = test.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1733       Double_t rt, dyt, st, xt, smt, pt, qt, ft;
1734       Int_t n1 = test.GetRMS(rt, dyt, st, fX0/*xt*/);
1735       pt = Double_t(n1)/n0;
1736       smt = test.GetSyMean();
1737       qt  = test.GetQ()/TMath::Sqrt(1. + fYref[1]*fYref[1] + fZref[1]*fZref[1]);
1738       xt  = fX0;
1739       // correct position
1740       Double_t dxm= fX0 - xt;
1741       yt = fYref[0] - fYref[1]*dxm; 
1742       zt = fZref[0] - fZref[1]*dxm;
1743       // correct tracklet fit for tilt
1744       dyt+= GetTilt()*(zt - zc[idxRow[0]]);
1745       rt += GetTilt() * fZref[1];
1746       // correct tracklet fit for track position/inclination
1747       dyt  = yt - dyt;
1748       rt   = (rt - fYref[1])/(1+rt*fYref[1]);
1749       // report inclination in radians
1750       rt = TMath::ATan(rt);
1751         
1752       ft = (n0>=2) ? attach->CookLikelihood(chgPos, lyDet, fPt, phiTrk, n0,  dyt/*sRef*/, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt) : 0.;
1753       Bool_t kAccept(ft>=fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr]));
1754       
1755       AliDebug(2, Form("%s seg[%d] row[%2d] n[%2d] dy[%f] r[%+5.2f] s[%+5.2f] f[%f] < %4.2f*F[%f].", 
1756         (kAccept?"Adding":"Reject"), its, idxRow[jr], n0, dyt, rt*TMath::RadToDeg(), st/smt, ft, 1.-kLikeMinRelDecrease[jr], fTrklt*(1.-kLikeMinRelDecrease[jr])));
1757       if(kAccept){
1758         idxTrklt[kts++] = its;
1759         nTrklt = n0;
1760         fTrklt = ft;
1761         rTrklt = rt;
1762         yTrklt = dyt;
1763         sTrklt = st;
1764         smTrklt= smt;
1765         xTrklt = xt;
1766         pTrklt = pt;
1767         qTrklt = qt;
1768         helper.Expand(&clst[ir], index[jr], its);
1769         SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1770       }
1771     }
1772   }
1773   // clear local copy of clusters
1774   for(Int_t ir(0); ir<kNrows; ir++) clst[ir].Clear();
1775   
1776   if(!pstreamer && 
1777      ((recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 1 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
1778       AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>1 )
1779      ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1780   if(pstreamer){
1781     UChar_t stat(0);
1782     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1783     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1784     if(IsRowCross()) SETBIT(stat, 3);
1785     TVectorD vidx; vidx.ResizeTo(kts);
1786     for(Int_t its(0); its<kts; its++) vidx[its] = idxTrklt[its];
1787     (*pstreamer) << "AttachClusters2"
1788         << "stat="   << stat
1789         << "ev="     << ev
1790         << "chg="    << chgPos
1791         << "det="    << fDet
1792         << "x0="     << fX0
1793         << "y0="     << fYref[0]
1794         << "z0="     << fZref[0]
1795         << "phi="    << phiTrk
1796         << "tht="    << thtTrk
1797         << "pt="     << fPt
1798         << "s2Trk="  << s2yTrk
1799         << "s2Cl="   << s2Mean
1800         << "idx="    << &vidx
1801         << "n="      << nTrklt
1802         << "q="      << qTrklt
1803         << "f="      << fTrklt
1804         << "x="      << xTrklt
1805         << "y="      << yTrklt
1806         << "r="      << rTrklt
1807         << "s="      << sTrklt
1808         << "sm="     << smTrklt
1809         << "p="      << pTrklt
1810         << "\n";
1811   }
1812   
1813   
1814   //=========================================================
1815   // Store clusters
1816   Int_t nselected(0), nc(0);
1817   TObjArray *selected(helper.GetClusters());
1818   if(!selected || !(nselected = selected->GetEntriesFast())){
1819     AliError("Cluster candidates missing !!!");
1820     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1821     return kFALSE;
1822   }
1823   for(Int_t ic(0); ic<nselected; ic++){
1824     if(!(c = (AliTRDcluster*)selected->At(ic))) continue;
1825     Int_t it(c->GetPadTime()),
1826           jr(Int_t(helper.GetRow() != c->GetPadRow())),
1827           idx(it+kNtb*jr);
1828     if(fClusters[idx]){
1829       AliDebug(1, Form("Multiple clusters/tb for D[%03d] Tb[%02d] Row[%2d]", fDet, it, c->GetPadRow()));
1830       continue; // already booked
1831     }
1832     // TODO proper indexing of clusters !!
1833     fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[idxRow[jr]][ic]);
1834     fClusters[idx] = c;
1835     nc++;
1836   }
1837   AliDebug(2, Form("Clusters Found[%2d] Attached[%2d] RC[%c]", nselected, nc, IsRowCross()?'y':'n'));
1838
1839   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1840   if (nc < kClmin){
1841     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", nc, kClmin, ncls));
1842     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1843     return kFALSE;
1844   }
1845   SetN(nc);
1846
1847   // Load calibration parameters for this tracklet  
1848   //Calibrate();
1849
1850   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1851   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1852   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1853     if(!fClusters[it]) continue;
1854     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1855     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1856     irp++;
1857   }  
1858   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1859   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1860   return kTRUE;
1861 }
1862
1863 //____________________________________________________________
1864 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1865 {
1866 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1867 //   The primitive data are
1868 //   - list of clusters
1869 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1870 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1871 //   - track reference position and direction
1872 //   - momentum of the track
1873 //   - time bin length [cm]
1874 // 
1875 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1876 //
1877   fkReconstructor = rec;
1878   AliTRDgeometry g;
1879   SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
1880
1881   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1882   //fTgl = fZref[1];
1883   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1884   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1885   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1886     if(!(*cit)) return;
1887     n++;
1888     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1889     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1890   }
1891   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1892   Fit();
1893   CookLabels();
1894   GetProbability();
1895 }
1896
1897
1898 //____________________________________________________________________
1899 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
1900 {
1901 //
1902 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1903 //
1904 // Parameters :
1905 //   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
1906 //           0 no correction [default]
1907 //           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
1908 //           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
1909 //
1910 // Output :
1911 //  True if successful
1912 //
1913 // Detailed description
1914 //
1915 //            Fit in the xy plane
1916 // 
1917 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
1918 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
1919 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
1920 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
1921 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
1922 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
1923 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
1924 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
1925 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1926 // inclination is given for TRD by:
1927 // BEGIN_LATEX
1928 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1929 // END_LATEX
1930 //
1931 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1932 // by projection i.e.
1933 // BEGIN_LATEX
1934 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1935 // END_LATEX
1936 // and also by the lorentz angle correction
1937 //
1938 //            Fit in the xz plane
1939 //
1940 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
1941 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
1942 // fit (see below).
1943 // 
1944 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1945 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
1946 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
1947 // of the z estimate is given by :
1948 // BEGIN_LATEX
1949 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1950 // END_LATEX
1951 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1952 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1953 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1954 // 
1955 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
1956 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
1957 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1958 //   - no general model for the qx dependence
1959 //   - physical fluctuations of the charge deposit 
1960 //   - gain calibration dependence
1961 //
1962 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1963 //
1964 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
1965 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1966 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1967 // BEGIN_LATEX
1968 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1969 // END_LATEX
1970 // and thus the radial position is:
1971 // BEGIN_LATEX
1972 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1973 // END_LATEX
1974 //
1975 //            Estimation of tracklet position error 
1976 //
1977 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
1978 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1979 // BEGIN_LATEX
1980 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1981 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1982 // END_LATEX
1983 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
1984 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
1985 // BEGIN_LATEX
1986 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1987 // END_LATEX
1988 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1989 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1990 //
1991 // Author 
1992 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1993
1994   if(!fkReconstructor){
1995     AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
1996     return kFALSE;
1997   }
1998   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1999   if(opt>2){
2000     AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
2001     opt=0;
2002   }
2003
2004   const Int_t kClmin = 8;
2005   const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
2006   // get track direction
2007   Double_t y0   = fYref[0];
2008   Double_t dydx = fYref[1]; 
2009   Double_t z0   = fZref[0];
2010   Double_t dzdx = fZref[1];
2011
2012   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
2013   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
2014
2015   // book cluster information
2016   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
2017
2018   Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
2019         ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
2020         ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate 
2021         ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
2022   Int_t n(0);   // clusters used in fit 
2023   AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
2024   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
2025
2026   const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
2027   AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
2028
2029   
2030   for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2031     xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
2032     if(!(c = (*jc))) continue;
2033     if(!c->IsInChamber()) continue;
2034     // compute pseudo tilt correction
2035     if(kDZDX){ 
2036       fZfit[0] = c->GetZ();
2037       if(rc){
2038         for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
2039           if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
2040           if(!cc->IsInChamber()) continue;
2041           fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
2042           break;
2043         }
2044       }
2045       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
2046       if(rc){
2047         fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2048         fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
2049       }
2050       kDZDX=kFALSE;
2051     }
2052
2053 //   TODO use this information to adjust cluster error parameterization
2054 //     Float_t w = 1.;
2055 //     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
2056 //     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
2057
2058     // cluster charge
2059     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
2060     // pad row of leading 
2061
2062     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
2063
2064     // Recalculate cluster error based on tracking information
2065     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
2066     c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
2067     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
2068
2069     yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ? 
2070       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
2071     zc[n]   = c->GetZ();
2072
2073     //optional r-phi correction
2074     //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
2075     Float_t correction(0.);
2076     if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
2077     else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
2078     yc[n]-=correction;
2079     //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
2080
2081     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
2082     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
2083     if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
2084     n++;
2085   }
2086
2087   // to few clusters
2088   if (n < kClmin){ 
2089     AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
2090     SetErrorMsg(kFitCl);
2091     return kFALSE; 
2092   }
2093   // fit XY
2094   if(!fitterY.Eval()){
2095     AliDebug(1, "Fit Y failed.");
2096     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2097     return kFALSE;
2098   }
2099   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
2100   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
2101   // store covariance
2102   Double_t p[3];
2103   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
2104   fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
2105   fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
2106   fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
2107   // the ref radial position is set at the minimum of 
2108   // the y variance of the tracklet
2109   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
2110   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
2111
2112   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2113   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2114     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
2115     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2116     return kFALSE;
2117   }
2118
2119 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
2120     Float_t xMin = fX0;
2121     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
2122     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
2123     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
2124       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
2125       if(!(c = (*jc))) continue;
2126       if(!c->IsInChamber()) continue;
2127       zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
2128       fX = fX0 - c->GetX();
2129     }
2130     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
2131     // Error parameterization
2132     fS2Z     = fdX*fZref[1];
2133     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
2134
2135   // fit QZ
2136   if(opt!=1 && IsRowCross()){
2137     if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
2138     if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){ 
2139       // TODO - one has to recalculate xy fit based on
2140       // better knowledge of z position
2141 //       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
2142 //       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
2143 //       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x; 
2144 //       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0; 
2145 //       redo fit on xy plane
2146     }
2147     // temporary external error parameterization
2148     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
2149     // TODO correct formula
2150     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
2151   } else {
2152     //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
2153     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
2154   }
2155   return kTRUE;
2156 }
2157
2158
2159 //____________________________________________________________________
2160 Bool_t AliTRDseedV1::FitRobust(AliTRDpadPlane *pp, TGeoHMatrix *mDet, Float_t bz, Int_t chg, Int_t opt)
2161 {
2162 //
2163 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
2164 //   The fit is performed in local chamber coordinates (27.11.2013) to take into account correctly the misalignment
2165 //   Also the pad row cross is checked here and some background is removed
2166 //
2167 // Author 
2168 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
2169
2170   TTreeSRedirector *pstreamer(NULL);
2171   const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam();   
2172   if( (recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()) ||
2173     AliTRDReconstructor::GetStreamLevel()>3 ) pstreamer = fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
2174
2175   // factor to scale y pulls.
2176   // ideally if error parametrization correct this is 1.
2177   //Float_t lyScaler = 1./(AliTRDgeometry::GetLayer(fDet)+1.);
2178   Float_t kScalePulls = 1.; 
2179   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
2180   if(!calibration){ 
2181     AliWarning("No access to calibration data");
2182   } else {
2183     // Retrieve the CDB container class with the parametric likelihood
2184     const AliTRDCalTrkAttach *attach = calibration->GetAttachObject();
2185     if(!attach){ 
2186       AliWarning("No usable AttachClusters calib object.");
2187     } else { 
2188       //kScalePulls = attach->GetScaleCov();//*lyScaler;
2189     }
2190     // Retrieve chamber status
2191     SetChmbGood(calibration->IsChamberGood(fDet));
2192     if(!IsChmbGood()) kScalePulls*=10.;
2193   }  
2194   AliTRDCommonParam *cp = AliTRDCommonParam::Instance(); 
2195   Double_t freq(cp?cp->GetSamplingFrequency():10.);
2196       
2197   // evaluate locally z and dzdx from TRD only information
2198   if(EstimatedCrossPoint(pp, bz)<0.) return kFALSE;
2199   
2200   //printf("D%03d RC[%c] dzdx[%f %f] opt[%d]\n", fDet, IsRowCross()?'y':'n', fZref[1], fZfit[1], opt);
2201   Double_t //xchmb = 0.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick(),
2202            //zchmb = 0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd()),
2203            z0(0.5 * (pp->GetRow0() + pp->GetRowEnd()) + fZfit[0]),  
2204            DZ(pp->GetRow0() - pp->GetRowEnd() - pp->GetAnodeWireOffset() + fZfit[0]),
2205            z, d(-1.);
2206   Double_t xc[kNclusters], yc[kNclusters], dz(0.), dzdx(0.), 
2207            s2dz(0.), s2dzdx(0.), sy[kNclusters],
2208            s2x((8.33e-2/freq/freq+1.56e-2)*fVD*fVD),  // error of 1tb + error of mean time (TRF)
2209            t2(fPad[2]*fPad[2]), loc[3]={0.};
2210   Int_t n(0),          // clusters used in fit 
2211         row[]={-1, -1};// pad row spanned by the tracklet
2212   Double_t ycorr(UnbiasY(IsRowCross(), bz)),
2213            kS2Ycorr(recoParam->GetS2Ycorr(IsRowCross(), chg>0));
2214         
2215   AliTRDcluster *c(NULL), **jc = &fClusters[0];
2216   for(Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
2217     if(!(c = (*jc))) continue;
2218     if(!c->IsInChamber()) continue;
2219     if(row[0]<0){ 
2220       row[0] = c->GetPadRow();
2221       z      = pp->GetRowPos(row[0]) - 0.5*pp->GetRowSize(row[0]);
2222       switch(opt){ 
2223         case 0: // no dz correction (only for RC tracklet) and dzdx from chamber position assuming primary
2224           dzdx  = IsRowCross()?fZfit[1]:0.; 
2225           s2dzdx= IsRowCross()?GetS2DZDX(dzdx):0.;
2226           dz    = IsRowCross()?(z - z0):0.;  
2227           s2dz  = IsRowCross()?fS2Z:0.;
2228           break;
2229         case 1: // dz correction only for RC tracklet and dzdx from reference
2230           dzdx = fZref[1];
2231           dz   = IsRowCross()?(z - z0):0.; 
2232           break;
2233         case 2: // full z correction (z0 & dzdx from reference)
2234           dzdx = fZref[1];
2235           dz   = c->GetZ()-fZref[0]; 
2236           break;
2237         default:
2238           AliError(Form("Wrong option fit %d !", opt));
2239           break;
2240       }    
2241     }
2242     //Use local cluster coordinates 
2243     //A.Bercuci 27.11.13/30.06.14
2244     Double_t trk[] = {c->GetX(), c->GetY(), c->GetZ()};
2245     mDet->MasterToLocal(trk, loc);
2246     xc[n] = AliTRDgeometry::AnodePos()-loc[0]; //c->GetXloc(fT0, fVD); // c->GetX();
2247     yc[n] = loc[1]; //c->GetYloc(pp->GetColPos(col) + .5*cs, fS2PRF, cs) - xc[n]*fExB; //c->GetY();
2248     yc[n]-= fPad[2]*(dz+xc[n]*dzdx);
2249     yc[n]-= ycorr;
2250     if(IsRowCross()){ // estimate closest distance to anode wire
2251       d = DZ-xc[n]*dzdx;
2252       d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
2253       if (d > 0.25) d  = 0.5 - d;
2254     }
2255     // recalculate cluster error from knowledge of the track inclination in the bending plane 
2256     // and eventually distance to anode wire
2257     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], d, fYref[1]);
2258     s2x = c->GetSX(c->GetLocalTimeBin(), d); s2x*=s2x;
2259     sy[n] = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(Double_t(c->GetSigmaY2()), 6.4e-3)):6.4e-3;
2260     sy[n]+= t2*(s2dz+xc[n]*xc[n]*s2dzdx+dzdx*dzdx*s2x);
2261     sy[n] = TMath::Sqrt(sy[n]);
2262     n++;
2263   }
2264   for(Int_t ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
2265     if(!(c = (*jc))) continue;
2266     if(!c->IsInChamber()) continue;
2267     if(row[1]<0){ 
2268       row[1] = c->GetPadRow();
2269       z      = pp->GetRowPos(row[1]) - 0.5*pp->GetRowSize(row[1]);
2270       switch(opt){ 
2271         case 0: // no dz correction (only for RC tracklet) and dzdx from chamber position assuming primary
2272           //dzdx = fZfit[1];
2273           dz   = z - z0; 
2274           break;
2275         case 1: // dz correction only for RC tracklet and dzdx from reference
2276           //dzdx = fZref[1];
2277           dz   = z - z0; 
2278           break;
2279         case 2: // full z correction (z0 & dzdx from reference)
2280           //dzdx = fZref[1];
2281           dz   = c->GetZ()-fZref[0]; 
2282           break;
2283         default:
2284           AliError(Form("Wrong option fit %d !", opt));
2285           break;
2286       }    
2287     }  
2288
2289     //Use local cluster coordinates - the code should be identical with AliTRDtransform::Transform() !!!
2290     //A.Bercuci 27.11.13
2291     Double_t trk[] = {c->GetX(), c->GetY(), c->GetZ()};
2292     mDet->MasterToLocal(trk, loc);
2293     xc[n] = AliTRDgeometry::AnodePos()-loc[0]; //c->GetXloc(fT0, fVD); // c->GetX();
2294     yc[n] = loc[1]; //c->GetYloc(pp->GetColPos(col) + .5*cs, fS2PRF, cs) - xc[n]*fExB; //c->GetY();
2295     yc[n]-= fPad[2]*(dz+xc[n]*dzdx);
2296     yc[n]-= ycorr;
2297
2298     d = DZ-xc[n]*dzdx;
2299     d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
2300     if (d > 0.25) d  = 0.5 - d;
2301     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], d, fYref[1]);
2302     s2x = c->GetSX(c->GetLocalTimeBin(), d); s2x*=s2x;
2303     sy[n] = c->GetSigmaY2()>0?(TMath::Min(Double_t(c->GetSigmaY2()), 6.4e-3)):6.4e-3;
2304     sy[n]+= t2*(s2dz+xc[n]*xc[n]*s2dzdx+dzdx*dzdx*s2x);
2305     sy[n] = TMath::Sqrt(sy[n]);
2306     n++;
2307   }
2308
2309   UChar_t status(0);
2310   // the ref radial position is set close to the minimum of 
2311   // the y variance of the tracklet
2312   fX   = 0.;//set reference to anode wire
2313   Double_t par[3] = {0.,0.,fX}, cov[3];
2314   if(!AliTRDtrackletOflHelper::Fit(n, xc, yc, sy, par, 1.5, cov)){ 
2315     AliDebug(1, Form("Tracklet fit failed D[%03d].", fDet));
2316     SetErrorMsg(kFitCl);
2317     return kFALSE; 
2318   }
2319   fYfit[0] = par[0] - fX * par[1];
2320   fYfit[1] = -par[1];
2321   //printf(" yfit: %f [%f] x[%e] dydx[%f]\n", fYfit[0], par[0], fX, par[1]);
2322   // store covariance
2323   fCov[0] = kS2Ycorr*cov[0]; // variance of y0
2324   fCov[1] = kScalePulls*cov[2]; // covariance of y0, dydx
2325   fCov[2] = kScalePulls*cov[1]; // variance of dydx
2326   // check radial position
2327   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
2328   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
2329     AliDebug(1, Form("Ref radial position x[%5.2f] ouside D[%3d].", fX, fDet));
2330     SetErrorMsg(kFitFailedY);
2331     return kFALSE;
2332   }
2333   if(!IsRowCross()){ 
2334     Double_t padEffLength(fPad[0] - TMath::Abs(dzdx));
2335     fS2Z = padEffLength*padEffLength/12.;
2336   }
2337   AliDebug(2, Form("[I]  x[cm]=%6.2f y[cm]=%+5.2f z[cm]=%+6.2f dydx[deg]=%+5.2f", GetX(), GetY(), GetZ(), TMath::ATan(fYfit[1])*TMath::RadToDeg()));
2338   
2339   if(pstreamer){
2340     Float_t x= fX0 -fX,
2341             y = GetY(),
2342             yt = fYref[0]-fX*fYref[1];
2343     SETBIT(status, 2);
2344     TVectorD vcov(3); vcov[0]=cov[0];vcov[1]=cov[1];vcov[2]=cov[2];
2345     Double_t sm(0.), chi2(0.), tmp, dy[kNclusters];
2346     for(Int_t ic(0); ic<n; ic++){
2347       sm   += sy[ic];
2348       dy[ic] = yc[ic]-(fYfit[0]+(xc[ic]-fX0)*fYfit[1]); tmp = dy[ic]/sy[ic];
2349       chi2 += tmp*tmp;
2350     }
2351     sm /= n; chi2 = TMath::Sqrt(chi2);
2352     Double_t m(0.), s(0.);
2353     AliMathBase::EvaluateUni(n, dy, m, s, 0);
2354     (*pstreamer) << "FitRobust4"
2355       << "stat=" << status
2356       << "opt="  << opt
2357       << "ncl="  << n
2358       << "det="  << fDet
2359       << "x0="   << fX0
2360       << "y0="   << fYfit[0]
2361       << "x="    << x
2362       << "y="    << y
2363       << "dydx=" << fYfit[1]
2364       << "pt="   << fPt
2365       << "yt="   << yt
2366       << "dydxt="<< fYref[1]
2367       << "cov="  << &vcov
2368       << "chi2=" << chi2
2369       << "sm="   << sm
2370       << "ss="   << s
2371       << "\n";
2372   }
2373   return kTRUE;
2374 }
2375
2376 //___________________________________________________________________
2377 void AliTRDseedV1::SetXYZ(TGeoHMatrix *mDet)
2378 {
2379 // Apply alignment to the local position of tracklet
2380 // A.Bercuci @ 27.11.2013
2381
2382   Double_t loc[] = {AliTRDgeometry::AnodePos(), GetLocalY(), fZfit[0]}, trk[3]={0.};
2383   mDet->LocalToMaster(loc, trk);
2384   fX0 = trk[0];
2385   fY  = trk[1];
2386   fZ  = trk[2];
2387   return;
2388 //   if(!IsRowCross()){/*fZfit[1] *= 1.09;*/ return;}
2389 //   // recalculate local z coordinate assuming primary track for row cross tracklets
2390 //   Double_t zoff(fZ-fZfit[0]); // no alignment aware !
2391 //   //printf("SetXYZ : zoff[%f] zpp[%f]\n", zoff, zpp);
2392 //   fZfit[0] = fX0*fZfit[1] - zoff; 
2393 //   // recalculate tracking coordinates based on the new z coordinate
2394 //   loc[2] = fZfit[0];
2395 //   mDet->LocalToMaster(loc, trk);
2396 //   fX0 = trk[0];
2397 //   fY  = trk[1];
2398 //   fZ  = trk[2];//-zcorr[stk];
2399   //fZfit[1] = /*(IsRowCross()?1.05:1.09)**/fZ/(fX0-fS2Y);
2400 }
2401
2402
2403 //___________________________________________________________________
2404 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
2405 {
2406   //
2407   // Printing the seedstatus
2408   //
2409
2410   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
2411   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
2412   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
2413   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
2414
2415   Double_t cov[3], x=GetX();
2416   GetCovAt(x, cov);
2417   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
2418   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
2419   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]));
2420   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
2421   if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
2422   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
2423   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
2424
2425   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
2426
2427   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
2428   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
2429     if(!(*jc)) continue;
2430     (*jc)->Print(o);
2431   }
2432 }
2433
2434
2435 //___________________________________________________________________
2436 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
2437 {
2438   // Checks if current instance of the class has the same essential members
2439   // as the given one
2440
2441   if(!o) return kFALSE;
2442   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
2443   if(!inTracklet) return kFALSE;
2444
2445   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
2446     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
2447     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
2448   }
2449   
2450   if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
2451   if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
2452   if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
2453   
2454   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
2455 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
2456 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
2457 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
2458     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
2459   }
2460 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
2461
2462   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
2463     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
2464     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
2465     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
2466   }
2467   
2468 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
2469   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
2470   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
2471   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
2472   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
2473   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
2474    
2475   if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
2476   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
2477   if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
2478   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
2479
2480   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
2481   if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
2482   if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
2483   
2484   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
2485     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
2486     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
2487     if (curCluster && inCluster){
2488       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
2489         curCluster->Print();
2490         inCluster->Print();
2491         return kFALSE;
2492       }
2493     } else {
2494       // if one cluster exists, and corresponding 
2495       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
2496       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
2497     }
2498   }
2499   return kTRUE;
2500 }
2501