]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx
Added Protection and Error Message for missing Output Tree
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliAnalysisManager.cxx
index d34a434a130c74b5cc991f06c066ff6398c83f52..05fc5cfe1660d7f8da82ce99d6f38125764f4e84 100644 (file)
@@ -30,7 +30,9 @@
 #include <TError.h>
 #include <TClass.h>
 #include <TFile.h>
-#include <TKey.h>
+//#include <TKey.h>
+#include <TMath.h>
+#include <TH1.h>
 #include <TMethodCall.h>
 #include <TChain.h>
 #include <TSystem.h>
@@ -73,6 +75,7 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
                     fContainers(NULL),
                     fInputs(NULL),
                     fOutputs(NULL),
+                    fParamCont(NULL),
                     fCommonInput(NULL),
                     fCommonOutput(NULL),
                     fSelector(NULL),
@@ -88,7 +91,9 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
    fContainers = new TObjArray();
    fInputs     = new TObjArray();
    fOutputs    = new TObjArray();
+   fParamCont  = new TObjArray();
    SetEventLoop(kTRUE);
+   TObject::SetObjectStat(kFALSE);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -111,6 +116,7 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
                     fContainers(NULL),
                     fInputs(NULL),
                     fOutputs(NULL),
+                    fParamCont(NULL),
                     fCommonInput(NULL),
                     fCommonOutput(NULL),
                     fSelector(NULL),
@@ -124,8 +130,10 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
+   fParamCont  = new TObjArray(*other.fParamCont);
    fgCommonFileName  = "AnalysisResults.root";
    fgAnalysisManager = this;
+   TObject::SetObjectStat(kFALSE);
 }
    
 //______________________________________________________________________________
@@ -150,6 +158,7 @@ AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& othe
       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
+      fParamCont  = new TObjArray(*other.fParamCont);
       fCommonInput = NULL;
       fCommonOutput = NULL;
       fSelector   = NULL;
@@ -171,15 +180,20 @@ AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
    if (fInputs) delete fInputs;
    if (fOutputs) delete fOutputs;
+   if (fParamCont) delete fParamCont;
    if (fGridHandler) delete fGridHandler;
+   if (fInputEventHandler) delete fInputEventHandler;
+   if (fOutputEventHandler) delete fOutputEventHandler;
+   if (fMCtruthEventHandler) delete fMCtruthEventHandler;
+   if (fEventPool) delete fEventPool;
    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
+   TObject::SetObjectStat(kTRUE);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 {
 // Read one entry of the tree or a whole branch.
-   if (fDebug > 0) printf("== AliAnalysisManager::GetEntry(%lld)\n", entry);
    fCurrentEntry = entry;
    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 }
@@ -226,7 +240,7 @@ Bool_t AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
       if(!tree->GetTree()) {
          Long64_t readEntry = tree->LoadTree(0);
          if (readEntry == -2) {
-            Error("Init", "Input tree has no entry. Aborting");
+            Error("Init", "Input tree has no entry. Exiting");
             return kFALSE;
          }
       }   
@@ -322,9 +336,13 @@ void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
    TIter next(fTasks);
    AliAnalysisTask *task;
    // Call CreateOutputObjects for all tasks
+   Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
+   Int_t itask = 0;
    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
       curdir = gDirectory;
       task->CreateOutputObjects();
+      if (getsysInfo) AliSysInfo::AddStamp(Form("%s_CREATEOUTOBJ",task->ClassName()), 0, itask, 0);
+      itask++;
       if (curdir) curdir->cd();
    }
    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
@@ -408,12 +426,15 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
   // stage in PROOF case for each slave.
    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::PackOutput()\n");
    if (!target) {
-      Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
+      Error("PackOutput", "No target. Exiting.");
       return;
    }
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   gROOT->cd();
    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
+   gROOT->cd();
 
    // Call FinishTaskOutput() for each event loop task (not called for 
    // post-event loop tasks - use Terminate() fo those)
@@ -423,6 +444,7 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
       if (!task->IsPostEventLoop()) {
          if (fDebug > 0) printf("->FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
          task->FinishTaskOutput();
+         gROOT->cd();
          if (fDebug > 0) printf("<-FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
       }
    }      
@@ -451,10 +473,11 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
             if (strlen(filename) && !isManagedByHandler) {
                // Backup current folder
                TDirectory *opwd = gDirectory;
-               // File resident outputs
-               TFile *file = AliAnalysisManager::OpenFile(output, "RECREATE", kTRUE);
-               // Clear file list to release object ownership to user.
-               file->Clear();
+               // File resident outputs. 
+               // Check first if the file exists.
+               TString openoption = "RECREATE";
+               if (!gSystem->AccessPathName(output->GetFileName())) openoption = "UPDATE";
+               TFile *file = AliAnalysisManager::OpenFile(output, openoption, kTRUE);
                // Save data to file, then close.
                if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
                   // If data is a collection, we set the name of the collection 
@@ -465,7 +488,8 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
                } else {
                   if (output->GetData()->InheritsFrom(TTree::Class())) {
                      TTree *tree = (TTree*)output->GetData();
-                     // tree->SetDirectory(file);
+                     // Check if tree is in memory
+                     if (tree->GetDirectory()==gROOT) tree->SetDirectory(gDirectory);
                      tree->AutoSave();
                   } else {
                      output->GetData()->Write();
@@ -476,6 +500,8 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
                   printf("   file %s listing content:\n", filename);
                   file->ls();
                }   
+               // Clear file list to release object ownership to user.
+//               file->Clear();
                file->Close();
                output->SetFile(NULL);
                // Restore current directory
@@ -508,7 +534,8 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
             if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: special output\n", output->GetName());
             if (isManagedByHandler) {
                // Terminate IO for files managed by the output handler
-               if (file) file->Write();
+               // file->Write() moved to AOD handler (A.G. 11.01.10)
+//               if (file) file->Write();
                if (file && fDebug > 2) {
                   printf("   handled file %s listing content:\n", file->GetName());
                   file->ls();
@@ -532,11 +559,12 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
                      output->GetData()->Write();
                   }   
                }      
-               file->Clear();
                if (fDebug > 2) {
                   printf("   file %s listing content:\n", output->GetFileName());
                   file->ls();
                }
+               // Clear file list to release object ownership to user.
+//               file->Clear();
                file->Close();
                output->SetFile(NULL);
             }
@@ -590,6 +618,7 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
          }      
       }
    } 
+   cdir->cd();
    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 }
 
@@ -606,7 +635,8 @@ void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
    TDirectory *cdir = gDirectory;
    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
       wrap = 0;
-      if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() && !inGrid) continue;
+      if (cont->GetProducer() && cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() && !inGrid) continue;
+      if (cont->IsRegisterDataset()) continue;
       const char *filename = cont->GetFileName();
       Bool_t isManagedByHandler = kFALSE;
       if (!(strcmp(filename, "default")) && fOutputEventHandler) {
@@ -674,7 +704,7 @@ void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate only on the client.
    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
    if (!source) {
-      Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
+      Error("UnpackOutput", "No target. Exiting.");
       return;
    }
    if (fDebug > 1) printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
@@ -712,54 +742,87 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
   // the results graphically.
    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Terminate()\n");
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   gROOT->cd();
    AliAnalysisTask *task;
    AliAnalysisDataContainer *output;
    TIter next(fTasks);
    TStopwatch timer;
+   Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
    // Call Terminate() for tasks
-   while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
+   Int_t itask = 0;
+   while (!IsSkipTerminate() && (task=(AliAnalysisTask*)next())) {
       // Save all the canvases produced by the Terminate
       TString pictname = Form("%s_%s", task->GetName(), task->ClassName());
-      Int_t istart = gROOT->GetListOfCanvases()->GetEntries()-1;
       task->Terminate();
+      gROOT->cd();
+      if (getsysInfo) 
+         AliSysInfo::AddStamp(Form("%s_TERMINATE",task->ClassName()),0, itask, 2);
+      itask++;   
       if (TObject::TestBit(kSaveCanvases)) {
-         timer.Start();
-         while (timer.CpuTime()<5) {
-            timer.Continue();
-            gSystem->ProcessEvents();
-         }   
-         Int_t iend = gROOT->GetListOfCanvases()->GetEntries()-1;
-         if (istart == iend) continue;
+         if (!gROOT->IsBatch()) {
+            if (fDebug>0) printf("Waiting 5 sec for %s::Terminate() to finish drawing ...", task->ClassName());
+            timer.Start();
+            while (timer.CpuTime()<5) {
+               timer.Continue();
+               gSystem->ProcessEvents();
+            }
+         }
+         Int_t iend = gROOT->GetListOfCanvases()->GetEntries();
+         if (iend==0) continue;
          TCanvas *canvas;
-         for (Int_t ipict=0; ipict<iend-istart; ipict++) {
-            canvas = (TCanvas*)gROOT->GetListOfCanvases()->At(istart+ipict);
+         for (Int_t ipict=0; ipict<iend; ipict++) {
+            canvas = (TCanvas*)gROOT->GetListOfCanvases()->At(ipict);
             if (!canvas) continue;         
             canvas->SaveAs(Form("%s_%02d.gif", pictname.Data(),ipict));
-         }   
+         } 
+         gROOT->GetListOfCanvases()->Delete(); 
       }
    }   
    //
-   TIter next1(fOutputs);
+   if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
+   if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
+   if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
+   gROOT->cd();
+   TObjArray *allOutputs = new TObjArray();
+   Int_t icont;
+   for (icont=0; icont<fOutputs->GetEntriesFast(); icont++) allOutputs->Add(fOutputs->At(icont));
+   if (!IsSkipTerminate())
+      for (icont=0; icont<fParamCont->GetEntriesFast(); icont++) allOutputs->Add(fParamCont->At(icont));
+   TIter next1(allOutputs);
+   TString handlerFile = "";
+   if (fOutputEventHandler) {
+      handlerFile = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
+   }
+   icont = 0;
    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
       // Special outputs or grid files have the files already closed and written.
-      if (fMode == kGridAnalysis) continue;
-      if (output->IsSpecialOutput()&&(fMode == kProofAnalysis)) continue;
+      icont++;
+      if (fMode == kGridAnalysis && icont<=fOutputs->GetEntriesFast()) continue;
+      if (fMode == kProofAnalysis) {
+        if (output->IsSpecialOutput() || output->IsRegisterDataset()) continue;
+      }  
       const char *filename = output->GetFileName();
-      if (!(strcmp(filename, "default"))) {
-         if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
-         TFile *aodfile = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
-         if (aodfile) {
-            if (fDebug > 1) printf("Writing output handler file: %s\n", filename);
-            aodfile->Write();
-            continue;
-         }   
-      }      
+      TString openoption = "RECREATE";
+      if (!(strcmp(filename, "default"))) continue;
       if (!strlen(filename)) continue;
       if (!output->GetData()) continue;
       TDirectory *opwd = gDirectory;
       TFile *file = output->GetFile();
       if (!file) file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
-      if (!file) file = new TFile(filename, "RECREATE");
+      if (!file) {
+             //if (handlerFile == filename && !gSystem->AccessPathName(filename)) openoption = "UPDATE";
+         if (!gSystem->AccessPathName(filename)) openoption = "UPDATE";
+             if (fDebug>0) printf("Opening file: %s  option=%s\n",filename, openoption.Data());
+         file = new TFile(filename, openoption);
+      } else {
+         if (fDebug>0) printf("File <%s> already opened with option: <%s> \n", filename, file->GetOption());
+         openoption = file->GetOption();
+         if (openoption == "READ") {
+            if (fDebug>0) printf("...reopening in UPDATE mode\n");
+            file->ReOpen("UPDATE");            
+         }
+      }   
       if (file->IsZombie()) {
          Error("Terminate", "Cannot open output file %s", filename);
          continue;
@@ -772,7 +835,7 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
          if (!file->GetDirectory(dir)) file->mkdir(dir);
          file->cd(dir);
       }  
-      if (fDebug > 1) printf("   writing output data %s to file %s:%s\n", output->GetData()->GetName(), file->GetName(), output->GetFolderName());
+      if (fDebug > 0) printf("...writing container %s to file %s:%s\n", output->GetName(), file->GetName(), output->GetFolderName());
       if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
       // If data is a collection, we set the name of the collection 
       // as the one of the container and we save as a single key.
@@ -782,19 +845,22 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
       } else {
          if (output->GetData()->InheritsFrom(TTree::Class())) {
             TTree *tree = (TTree*)output->GetData();
-            tree->SetDirectory(file);
+            tree->SetDirectory(gDirectory);
             tree->AutoSave();
          } else {
             output->GetData()->Write();
          }   
       }      
       if (opwd) opwd->cd();
-   }   
+   }
+   gROOT->cd();
    next1.Reset();
    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
       // Close all files at output
       TDirectory *opwd = gDirectory;
       if (output->GetFile()) {
+         // Clear file list to release object ownership to user.
+//         output->GetFile()->Clear();
          output->GetFile()->Close();
          output->SetFile(NULL);
          // Copy merged outputs in alien if requested
@@ -807,40 +873,184 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
       }   
       if (opwd) opwd->cd();
    }   
+   delete allOutputs;
 
-   if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
-   if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
-   if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
-
-   Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
    if (getsysInfo) {
-      TDirectory *cdir = gDirectory;
+      TDirectory *crtdir = gDirectory;
       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
+      TH1 *hist;
+      TString cut;
       if (!f.IsZombie()) {
          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
+         tree->SetName("syswatch");
          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
          tree->SetMarkerColor(kBlue);
          tree->SetMarkerSize(0.5);
          if (!gROOT->IsBatch()) {
             tree->SetAlias("event", "id0");
-            tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
-            new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
-            tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
+            tree->SetAlias("task",  "id1");
+            tree->SetAlias("stage", "id2");
+            // Already defined aliases
+            // tree->SetAlias("deltaT","stampSec-stampOldSec");
+            // tree->SetAlias("T","stampSec-first");
+            // tree->SetAlias("deltaVM","(pI.fMemVirtual-pIOld.fMemVirtual)");
+            // tree->SetAlias("VM","pI.fMemVirtual");
+            TCanvas *canvas = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,1200,800);
+            Int_t npads = 1 /*COO plot for all tasks*/ +
+                          fTopTasks->GetEntries() /*Exec plot per task*/ +
+                          1 /*Terminate plot for all tasks*/ +
+                          1; /*vm plot*/
+                          
+            Int_t iopt = (Int_t)TMath::Sqrt((Double_t)npads);
+            if (npads<iopt*(iopt+1))
+               canvas->Divide(iopt, iopt+1, 0.01, 0.01);
+            else
+               canvas->Divide(iopt+1, iopt+1, 0.01, 0.01);
+            Int_t ipad = 1;
+            // draw the plot of deltaVM for Exec for each task
+            for (itask=0; itask<fTopTasks->GetEntriesFast(); itask++) {
+               task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(itask);
+               canvas->cd(ipad++);
+               cut = Form("task==%d && stage==1", itask);
+               tree->Draw("deltaVM:event",cut,"", 1234567890, 0);
+               hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");            
+               if (hist) {
+                  hist->SetTitle(Form("%s: Exec dVM[kB]/event", task->GetName()));
+                  hist->GetYaxis()->SetTitle("deltaVM [kB]");
+               }   
+            }
+            // Draw the plot of deltaVM for CreateOutputObjects for all tasks
+            canvas->cd(ipad++);
+            tree->SetMarkerStyle(kFullTriangleUp);
+            tree->SetMarkerColor(kRed);
+            tree->SetMarkerSize(0.8);
+            cut = "task>=0 && task<1000 && stage==0";
+            tree->Draw("deltaVM:sname",cut,"", 1234567890, 0);
+            hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");            
+            if (hist) {
+               hist->SetTitle("Memory in CreateOutputObjects()");
+               hist->GetYaxis()->SetTitle("deltaVM [kB]");
+               hist->GetXaxis()->SetTitle("task");
+            }   
+            // draw the plot of deltaVM for Terminate for all tasks
+            canvas->cd(ipad++);
+            tree->SetMarkerStyle(kOpenSquare);
+            tree->SetMarkerColor(kMagenta);
+            cut = "task>=0 && task<1000 && stage==2";
+            tree->Draw("deltaVM:sname",cut,"", 1234567890, 0);
+            hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");
+            if (hist) {
+               hist->SetTitle("Memory in Terminate()");
+               hist->GetYaxis()->SetTitle("deltaVM [kB]");
+               hist->GetXaxis()->SetTitle("task");
+            }   
+            // Full VM profile
+            canvas->cd(ipad++);
+            tree->SetMarkerStyle(kFullCircle);
+            tree->SetMarkerColor(kGreen);
+            cut = Form("task==%d && stage==1",fTopTasks->GetEntriesFast()-1);            
+            tree->Draw("VM:event",cut,"", 1234567890, 0);
+            hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");
+            if (hist) {
+               hist->SetTitle("Virtual memory");
+               hist->GetYaxis()->SetTitle("VM [kB]");
+            }
+            canvas->Modified();   
          }   
+         tree->SetMarkerStyle(kCircle);
+         tree->SetMarkerColor(kBlue);
+         tree->SetMarkerSize(0.5);
          tree->Write();
          f.Close();
          delete tree;
       }
-      if (cdir) cdir->cd();
+      if (crtdir) crtdir->cd();
    }
    // Validate the output files
    if (ValidateOutputFiles()) {
       ofstream out;
       out.open("outputs_valid", ios::out);
       out.close();
-   }      
+   }
+   cdir->cd();      
    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 }
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::ProfileTask(Int_t itop, const char *option) const
+{
+// Profiles the task having the itop index in the list of top (first level) tasks.
+   AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(itop);
+   if (!task) {
+      Error("ProfileTask", "There are only %d top tasks in the manager", fTopTasks->GetEntries());
+      return;
+   }
+   ProfileTask(task->GetName(), option);
+}      
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::ProfileTask(const char *name, const char */*option*/) const
+{
+// Profile a managed task after the execution of the analysis in case NSysInfo
+// was used.
+   if (gSystem->AccessPathName("syswatch.root")) {
+      Error("ProfileTask", "No file syswatch.root found in the current directory");
+      return;
+   }
+   if (gROOT->IsBatch()) return;
+   AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->FindObject(name);
+   if (!task) {
+      Error("ProfileTask", "No top task named %s known by the manager.", name);
+      return;
+   }
+   Int_t itop = fTopTasks->IndexOf(task);
+   Int_t itask = fTasks->IndexOf(task);
+   // Create canvas with 2 pads: first draw COO + Terminate, second Exec
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   TFile f("syswatch.root");
+   TTree *tree = (TTree*)f.Get("syswatch");
+   if (!tree) {
+      Error("ProfileTask", "No tree named <syswatch> found in file syswatch.root");
+      return;
+   }   
+   if (fDebug > 0) printf("=== Profiling task %s (class %s)\n", name, task->ClassName());
+   TCanvas *canvas = new TCanvas(Form("profile_%d",itop),Form("Profile of task %s (class %s)",name,task->ClassName()),10,10,800,600);
+   canvas->Divide(2, 2, 0.01, 0.01);
+   Int_t ipad = 1;
+   TString cut;
+   TH1 *hist;
+   // VM profile for COO and Terminate methods
+   canvas->cd(ipad++);
+   cut = Form("task==%d && (stage==0 || stage==2)",itask);
+   tree->Draw("deltaVM:sname",cut,"", 1234567890, 0);
+   hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");
+   if (hist) {
+      hist->SetTitle("Alocated VM[kB] for COO and Terminate");
+      hist->GetYaxis()->SetTitle("deltaVM [kB]");
+      hist->GetXaxis()->SetTitle("method");
+   }   
+   // CPU profile per event
+   canvas->cd(ipad++);
+   cut = Form("task==%d && stage==1",itop);
+   tree->Draw("deltaT:event",cut,"", 1234567890, 0);
+   hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");
+   if (hist) {
+      hist->SetTitle("Execution time per event");
+      hist->GetYaxis()->SetTitle("CPU/event [s]");
+   }   
+   // VM profile for Exec
+   canvas->cd(ipad++);
+   cut = Form("task==%d && stage==1",itop);
+   tree->Draw("deltaVM:event",cut,"", 1234567890, 0);
+   hist = (TH1*)gPad->GetListOfPrimitives()->FindObject("htemp");
+   if (hist) {
+      hist->SetTitle("Alocated VM[kB] per event");
+      hist->GetYaxis()->SetTitle("deltaVM [kB]");
+   }   
+   canvas->Modified();
+   delete tree;
+   f.Close();
+   if (cdir) cdir->cd();
+}     
 
 //______________________________________________________________________________
 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
@@ -889,6 +1099,13 @@ AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
          }   
          break;
+      case kParamContainer:
+         fParamCont->Add(cont);
+         if (filename && strlen(filename)) {
+            cont->SetFileName(filename);
+            cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
+         }   
+         break;
       case kExchangeContainer:
          break;   
    }
@@ -1070,55 +1287,70 @@ void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
+Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 {
 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF, GRID or
 // MIX. Process nentries starting from firstentry
+   Long64_t retv = 0;
+   // Backup current directory and make sure gDirectory points to gROOT
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   gROOT->cd();
    if (!fInitOK) {
       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
-      return;
+      cdir->cd();
+      return -1;
    }
    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
    TString anaType = type;
    anaType.ToLower();
    fMode = kLocalAnalysis;
    Bool_t runlocalinit = kTRUE;
-   if (anaType.Contains("file")) runlocalinit = kFALSE;
+   if (anaType.Contains("file")) {
+      runlocalinit = kFALSE;
+   }   
    if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
    else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
    else if (anaType.Contains("mix"))  fMode = kMixingAnalysis;
 
    if (fMode == kGridAnalysis) {
-      if (!fGridHandler) {
-         Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without a grid handler.");
-         Info("===", "Add an AliAnalysisAlien object as plugin for this manager and configure it.");
-         return;
-      }
-      // Write analysis manager in the analysis file
-      cout << "===== RUNNING GRID ANALYSIS: " << GetName() << endl;
-      // run local task configuration
-      TIter nextTask(fTasks);
-      AliAnalysisTask *task;
-      while ((task=(AliAnalysisTask*)nextTask())) {
-         task->LocalInit();
-      }
-      if (!fGridHandler->StartAnalysis(nentries, firstentry)) {
-         Info("StartAnalysis", "Grid analysis was stopped and cannot be terminated");
-         return;
-      }   
+      if (!anaType.Contains("terminate")) {
+         if (!fGridHandler) {
+            Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without a grid handler.");
+            Info("===", "Add an AliAnalysisAlien object as plugin for this manager and configure it.");
+            cdir->cd();
+            return -1;
+         }
+         // Write analysis manager in the analysis file
+         cout << "===== RUNNING GRID ANALYSIS: " << GetName() << endl;
+         // run local task configuration
+         TIter nextTask(fTasks);
+         AliAnalysisTask *task;
+         while ((task=(AliAnalysisTask*)nextTask())) {
+            task->LocalInit();
+            gROOT->cd();
+         }
+         if (!fGridHandler->StartAnalysis(nentries, firstentry)) {
+            Info("StartAnalysis", "Grid analysis was stopped and cannot be terminated");
+            cdir->cd();
+            return -1;
+         }   
 
-      // Terminate grid analysis
-      if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) return;
-      if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) return;
-      cout << "===== MERGING OUTPUTS REGISTERED BY YOUR ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
-      if (!fGridHandler->MergeOutputs()) {
-         // Return if outputs could not be merged or if it alien handler
-         // was configured for offline mode or local testing.
-         return;
-      }
+         // Terminate grid analysis
+         if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) {cdir->cd(); return -1;}
+         if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) {cdir->cd(); return 0;}
+         cout << "===== MERGING OUTPUTS REGISTERED BY YOUR ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
+         if (!fGridHandler->MergeOutputs()) {
+            // Return if outputs could not be merged or if it alien handler
+            // was configured for offline mode or local testing.
+            cdir->cd();
+            return 0;
+         }
+      }   
+      cout << "===== TERMINATING GRID ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
       ImportWrappers(NULL);
       Terminate();
-      return;
+      cdir->cd();
+      return 0;
    }
    char line[256];
    SetEventLoop(kFALSE);
@@ -1131,18 +1363,23 @@ void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t n
       chain = (TChain*)tree;
       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
-         return;
+         cdir->cd();
+         return -1;
       }   
       ttype = "TChain";
    }   
 
+   Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
+   if (getsysInfo) AliSysInfo::AddStamp("Start", 0);
    // Initialize locally all tasks (happens for all modes)
    TIter next(fTasks);
    AliAnalysisTask *task;
    if (runlocalinit) {
       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
          task->LocalInit();
+         gROOT->cd();
       }
+      if (getsysInfo) AliSysInfo::AddStamp("LocalInit_all", 0);
    }   
    
    switch (fMode) {
@@ -1150,34 +1387,43 @@ void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t n
          if (!tree) {
             TIter nextT(fTasks);
             // Call CreateOutputObjects for all tasks
+            Int_t itask = 0;
             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextT())) {
-               TDirectory *curdir = gDirectory;
                task->CreateOutputObjects();
-               if (curdir) curdir->cd();
+               if (getsysInfo) AliSysInfo::AddStamp(Form("%s_CREATEOUTOBJ",task->ClassName()), 0, itask, 0);
+               gROOT->cd();
+               itask++;
             }   
+            if (IsExternalLoop()) {
+               Info("StartAnalysis", "Initialization done. Event loop is controlled externally.\
+                     \nSetData for top container, call ExecAnalysis in a loop and then Terminate manually");
+               return 0;
+            }
             ExecAnalysis();
             Terminate();
-            return;
+            return 0;
          } 
          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector  
          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
          fSelector = new AliAnalysisSelector(this);
-         tree->Process(fSelector, "", nentries, firstentry);
+         retv = tree->Process(fSelector, "", nentries, firstentry);
          break;
       case kProofAnalysis:
          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
-            Error("StartAnalysis", "No PROOF!!! Aborting.");
-            return;
+            Error("StartAnalysis", "No PROOF!!! Exiting.");
+            cdir->cd();
+            return -1;
          }   
          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
          gROOT->ProcessLine(line);
          if (chain) {
             chain->SetProof();
             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
-            chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
+            retv = chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
          } else {
-            Error("StartAnalysis", "No chain!!! Aborting.");
-            return;
+            Error("StartAnalysis", "No chain!!! Exiting.");
+            cdir->cd();
+            return -1;
          }      
          break;
       case kGridAnalysis:
@@ -1187,7 +1433,8 @@ void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t n
          // Run event mixing analysis
          if (!fEventPool) {
             Error("StartAnalysis", "Cannot run event mixing without event pool");
-            return;
+            cdir->cd();
+            return -1;
          }
          cout << "===== RUNNING EVENT MIXING ANALYSIS " << GetName() << endl;
          fSelector = new AliAnalysisSelector(this);
@@ -1196,28 +1443,35 @@ void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t n
             // Call NotifyBinChange for all tasks
             while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
                if (!task->IsPostEventLoop()) task->NotifyBinChange();
-            chain->Process(fSelector);
+            retv = chain->Process(fSelector);
+            if (retv < 0) {
+               Error("StartAnalysis", "Mixing analysis failed");
+               cdir->cd();
+               return retv;
+            }   
          }
          PackOutput(fSelector->GetOutputList());
          Terminate();
-   }   
+   }
+   cdir->cd();
+   return retv;
 }   
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
+Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 {
 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be: 
 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
    if (!fInitOK) {
       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
-      return;
+      return -1;
    }
    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
    TString anaType = type;
    anaType.ToLower();
    if (!anaType.Contains("proof")) {
       Error("StartAnalysis", "Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
-      return;
+      return -1;
    }   
    fMode = kProofAnalysis;
    char line[256];
@@ -1234,20 +1488,21 @@ void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Lo
    }
    
    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
-      Error("StartAnalysis", "No PROOF!!! Aborting.");
-      return;
+      Error("StartAnalysis", "No PROOF!!! Exiting.");
+      return -1;
    }   
    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
    gROOT->ProcessLine(line);
    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
-      return;
+      return -1;
    }   
    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
            dataset, nentries, firstentry);
    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
-   gROOT->ProcessLine(line);
+   Long_t retv = (Long_t)gROOT->ProcessLine(line);
+   return retv;
 }   
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -1275,7 +1530,7 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const char *
       TString opt(option);
       opt.ToUpper();
       if ((opt=="UPDATE") && (opt!=f->GetOption())) 
-        ::Fatal("AliAnalysisManager::OpenFile", "File %s already opened, but not in UPDATE mode!", cont->GetFileName());
+        ::Info("AliAnalysisManager::OpenFile", "File %s already opened in %s mode!", cont->GetFileName(), f->GetOption());
     } else {
       f = TFile::Open(filename, option);
     }    
@@ -1305,7 +1560,7 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const c
   TString filename = cont->GetFileName();
   if (cont == fCommonOutput) {
      if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
-     else Fatal("OpenProofFile","No output container. Aborting.");
+     else Fatal("OpenProofFile","No output container. Exiting.");
   }   
   TFile *f = NULL;
   if (fMode!=kProofAnalysis || !fSelector) {
@@ -1319,7 +1574,7 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const c
       TString opt(option);
       opt.ToUpper();
       if ((opt=="UPDATE") && (opt!=f->GetOption()))
-        Fatal("OpenProofFile", "File %s already opened, but not in UPDATE mode!", cont->GetFileName());
+        ::Info("OpenProofFile", "File %s already opened in %s mode!", cont->GetFileName(), f->GetOption());
     } else {
       f = new TFile(filename, option);
     }
@@ -1345,6 +1600,9 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const c
     // Get the actual file
     line = Form("((TProofOutputFile*)0x%lx)->GetFileName();", (ULong_t)pof);
     filename = (const char*)gROOT->ProcessLine(line);
+    if (fDebug>1) {
+      printf("File: %s already booked via TProofOutputFile\n", filename.Data());
+    }  
     f = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
     if (!f) Fatal("OpenProofFile", "Proof output file found but no file opened for %s", filename.Data());
     // Check if option "UPDATE" was preserved 
@@ -1353,7 +1611,16 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const c
     if ((opt=="UPDATE") && (opt!=f->GetOption())) 
       Fatal("OpenProofFile", "File %s already opened, but not in UPDATE mode!", cont->GetFileName());
   } else {
-    line = Form("TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\");", filename.Data());
+    if (cont->IsRegisterDataset()) {
+      TString dsetName = filename;
+      dsetName.ReplaceAll(".root", cont->GetTitle());
+      dsetName.ReplaceAll(":","_");
+      if (fDebug>1) printf("Booking dataset: %s\n", dsetName.Data());
+      line = Form("TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\", \"DROV\", \"%s\");", filename.Data(), dsetName.Data());
+    } else {
+      if (fDebug>1) printf("Booking TProofOutputFile: %s to be merged\n", filename.Data());
+      line = Form("TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\");", filename.Data());
+    }
     if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line.Data());
     gROOT->ProcessLine(line);
     line = Form("pf->OpenFile(\"%s\");", option);
@@ -1365,7 +1632,7 @@ TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(AliAnalysisDataContainer *cont, const c
     }   
     // Add to proof output list
     line = Form("((TList*)0x%lx)->Add(pf);",(ULong_t)fSelector->GetOutputList());
-    if (fDebug > 1) printf("=== %s", line.Data());
+    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line.Data());
     gROOT->ProcessLine(line);
   }
   if (f && !f->IsZombie() && !f->TestBit(TFile::kRecovered)) {
@@ -1390,16 +1657,22 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
 {
 // Execute analysis.
    static Long64_t ncalls = 0;
+   if (fDebug > 0) printf("MGR: Processing event #%lld\n", ncalls);
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   gROOT->cd();
    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
-   if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
+   if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) AliSysInfo::AddStamp("Exec_start", (Int_t)ncalls);
    ncalls++;
    if (!fInitOK) {
-     Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
+      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
+      cdir->cd();
       return;
-   }   
+   }
    AliAnalysisTask *task;
    // Check if the top tree is active.
    if (fTree) {
+      if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
+         AliSysInfo::AddStamp("Handlers_BeginEventGroup",(Int_t)ncalls, 1002, 0);
       TIter next(fTasks);
    // De-activate all tasks
       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
@@ -1407,26 +1680,33 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
       if (!cont) cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
       if (!cont) {
              Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
+         cdir->cd();
          return;
       }   
       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
-      Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
-      
+      Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();      
 //
 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services 
       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
+      gROOT->cd();
+      if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
+         AliSysInfo::AddStamp("Handlers_BeginEvent",(Int_t)ncalls, 1000, 0);
 //
 //    Execute the tasks
 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
       TIter next1(fTopTasks);
+      Int_t itask = 0;
       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
          if (fDebug >1) {
             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
-         }   
-        
+         }      
          task->ExecuteTask(option);
+         gROOT->cd();
+         if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
+            AliSysInfo::AddStamp(task->ClassName(),(Int_t)ncalls, itask, 1);
+         itask++;   
       }
 //
 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services 
@@ -1435,7 +1715,8 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
       // Gather system information if requested
       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
-         AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
+         AliSysInfo::AddStamp("Handlers_FinishEvent",(Int_t)ncalls, 1001, 1);
+      cdir->cd();   
       return;
    }   
    // The event loop is not controlled by TSelector   
@@ -1444,6 +1725,9 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
+   gROOT->cd();
+   if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
+      AliSysInfo::AddStamp("Handlers_BeginEvent",(Int_t)ncalls, 1000, 0);
    TIter next2(fTopTasks);
    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
       task->SetActive(kTRUE);
@@ -1451,37 +1735,35 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
       }   
       task->ExecuteTask(option);
+      gROOT->cd();
    }   
 //
 // Call FinishEvent() for optional output and MC services 
    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
+   if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
+      AliSysInfo::AddStamp("Handlers_FinishEvent",(Int_t)ncalls, 1000, 1);
+   cdir->cd();   
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
-{
-// Finish analysis.
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisManager::SetInputEventHandler(AliVEventHandler*  handler)
+void AliAnalysisManager::SetInputEventHandler(AliVEventHandler* const handler)
 {
 // Set the input event handler and create a container for it.
    fInputEventHandler   = handler;
    fCommonInput = CreateContainer("cAUTO_INPUT", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
-   Warning("SetInputEventHandler", " An automatic input container for the input chain was created.\nPlease use: mgr->GetCommonInputContainer() to access it.");
+//   Warning("SetInputEventHandler", " An automatic input container for the input chain was created.\nPlease use: mgr->GetCommonInputContainer() to access it.");
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliAnalysisManager::SetOutputEventHandler(AliVEventHandler*  handler)
+void AliAnalysisManager::SetOutputEventHandler(AliVEventHandler* const handler)
 {
 // Set the input event handler and create a container for it.
    fOutputEventHandler   = handler;
    fCommonOutput = CreateContainer("cAUTO_OUTPUT", TTree::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
    fCommonOutput->SetSpecialOutput();
-   Warning("SetOutputEventHandler", " An automatic output container for the output tree was created.\nPlease use: mgr->GetCommonOutputContainer() to access it.");
+//   Warning("SetOutputEventHandler", " An automatic output container for the output tree was created.\nPlease use: mgr->GetCommonOutputContainer() to access it.");
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -1491,39 +1773,40 @@ void AliAnalysisManager::RegisterExtraFile(const char *fname)
 // connected to any output container, so that the manager can properly register,
 // retrieve or merge them when running in distributed mode. The file names are
 // separated by blancs. The method has to be called in MyAnalysisTask::LocalInit().
+   if (fExtraFiles.Contains(fname)) return;
    if (fExtraFiles.Length()) fExtraFiles += " ";
    fExtraFiles += fname;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-Bool_t AliAnalysisManager::GetFileFromWrapper(const char *filename, TList *source)
+Bool_t AliAnalysisManager::GetFileFromWrapper(const char *filename, const TList *source)
 {
 // Copy a file from the location specified ina the wrapper with the same name from the source list.
-   char full_path[512];
-   char ch_url[512];
+   char fullPath[512];
+   char chUrl[512];
    TObject *pof =  source->FindObject(filename);
    if (!pof || !pof->InheritsFrom("TProofOutputFile")) {
       Error("GetFileFromWrapper", "TProofOutputFile object not found in output list for file %s", filename);
       return kFALSE;
    }
-   gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", ((TProofOutputFile*)0x%lx)->GetOutputFileName();)", full_path, pof));
-   gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", gProof->GetUrl();)", ch_url));
-   TString clientUrl(ch_url);
-   TString full_path_str(full_path);
+   gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", ((TProofOutputFile*)0x%lx)->GetOutputFileName();)", fullPath, pof));
+   gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx, \"%%s\", gProof->GetUrl();)", chUrl));
+   TString clientUrl(chUrl);
+   TString fullPath_str(fullPath);
    if (clientUrl.Contains("localhost")){
-      TObjArray* array = full_path_str.Tokenize ( "//" );
+      TObjArray* array = fullPath_str.Tokenize ( "//" );
       TObjString *strobj = ( TObjString *)array->At(1);
       TObjArray* arrayPort = strobj->GetString().Tokenize ( ":" );
       TObjString *strobjPort = ( TObjString *) arrayPort->At(1);
-      full_path_str.ReplaceAll(strobj->GetString().Data(),"localhost:PORT");
-      full_path_str.ReplaceAll(":PORT",Form(":%s",strobjPort->GetString().Data()));
-      if (fDebug > 1) Info("GetFileFromWrapper","Using tunnel from %s to %s",full_path_str.Data(),filename);
+      fullPath_str.ReplaceAll(strobj->GetString().Data(),"localhost:PORT");
+      fullPath_str.ReplaceAll(":PORT",Form(":%s",strobjPort->GetString().Data()));
+      if (fDebug > 1) Info("GetFileFromWrapper","Using tunnel from %s to %s",fullPath_str.Data(),filename);
       delete arrayPort;
       delete array;
    }
    if (fDebug > 1) 
-      Info("GetFileFromWrapper","Copying file %s from PROOF scratch space", full_path_str.Data());
-   Bool_t gotit = TFile::Cp(full_path_str.Data(), filename); 
+      Info("GetFileFromWrapper","Copying file %s from PROOF scratch space", fullPath_str.Data());
+   Bool_t gotit = TFile::Cp(fullPath_str.Data(), filename); 
    if (!gotit)
       Error("GetFileFromWrapper", "Could not get file %s from proof scratch space", filename);
    return gotit;
@@ -1557,16 +1840,21 @@ Bool_t AliAnalysisManager::ValidateOutputFiles() const
    TDirectory *cdir = gDirectory;
    TString openedFiles;
    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
+      if (output->IsRegisterDataset()) continue;
       TString filename = output->GetFileName();
       if (filename == "default") {
          if (!fOutputEventHandler) continue;
          filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
+         // Main AOD may not be there
+         if (gSystem->AccessPathName(filename)) continue;
       }
       // Check if the file is closed
       if (openedFiles.Contains(filename)) continue;;
       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
       if (file) {
          Warning("ValidateOutputs", "File %s was not closed. Closing.", filename.Data());
+         // Clear file list to release object ownership to user.
+//         file->Clear();
          file->Close();
       }
       file = TFile::Open(filename);
@@ -1582,3 +1870,90 @@ Bool_t AliAnalysisManager::ValidateOutputFiles() const
    cdir->cd();
    return kTRUE;
 }   
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::ProgressBar(const char *opname, Long64_t current, Long64_t size, TStopwatch * const watch, Bool_t last, Bool_t refresh)
+{
+// Implements a nice text mode progress bar.
+   static Long64_t icount = 0;
+   static TString oname;
+   static TString nname;
+   static Long64_t ocurrent = 0;
+   static Long64_t osize = 0;
+   static Int_t oseconds = 0;
+   static TStopwatch *owatch = 0;
+   static Bool_t oneoftwo = kFALSE;
+   static Int_t nrefresh = 0;
+   static Int_t nchecks = 0;
+   const char symbol[4] = {'=','\\','|','/'}; 
+   char progress[11] = "          ";
+   Int_t ichar = icount%4;
+   
+   if (!refresh) {
+      nrefresh = 0;
+      if (!size) return;
+      owatch = watch;
+      oname = opname;
+      ocurrent = TMath::Abs(current);
+      osize = TMath::Abs(size);
+      if (ocurrent > osize) ocurrent=osize;
+   } else {
+      nrefresh++;
+      if (!osize) return;
+   }     
+   icount++;
+   Double_t time = 0.;
+   Int_t hours = 0;
+   Int_t minutes = 0;
+   Int_t seconds = 0;
+   if (owatch && !last) {
+      owatch->Stop();
+      time = owatch->RealTime();
+      hours = (Int_t)(time/3600.);
+      time -= 3600*hours;
+      minutes = (Int_t)(time/60.);
+      time -= 60*minutes;
+      seconds = (Int_t)time;
+      if (refresh)  {
+         if (oseconds==seconds) {
+            owatch->Continue();
+            return;
+         }
+         oneoftwo = !oneoftwo;   
+      }
+      oseconds = seconds;   
+   }
+   if (refresh && oneoftwo) {
+      nname = oname;
+      if (nchecks <= 0) nchecks = nrefresh+1;
+      Int_t pctdone = (Int_t)(100.*nrefresh/nchecks);
+      oname = Form("     == %d%% ==", pctdone);
+   }         
+   Double_t percent = 100.0*ocurrent/osize;
+   Int_t nchar = Int_t(percent/10);
+   if (nchar>10) nchar=10;
+   Int_t i;
+   for (i=0; i<nchar; i++)  progress[i] = '=';
+   progress[nchar] = symbol[ichar];
+   for (i=nchar+1; i<10; i++) progress[i] = ' ';
+   progress[10] = '\0';
+   oname += "                    ";
+   oname.Remove(20);
+   if(size<10000) fprintf(stderr, "%s [%10s] %4lld ", oname.Data(), progress, ocurrent);
+   else if(size<100000) fprintf(stderr, "%s [%10s] %5lld ",oname.Data(), progress, ocurrent);
+   else fprintf(stderr, "%s [%10s] %7lld ",oname.Data(), progress, ocurrent);
+   if (time>0.) fprintf(stderr, "[%6.2f %%]   TIME %.2d:%.2d:%.2d             \r", percent, hours, minutes, seconds);
+   else fprintf(stderr, "[%6.2f %%]\r", percent);
+   if (refresh && oneoftwo) oname = nname;
+   if (owatch) owatch->Continue();
+   if (last) {
+      icount = 0;
+      owatch = 0;
+      ocurrent = 0;
+      osize = 0;
+      oseconds = 0;
+      oneoftwo = kFALSE;
+      nrefresh = 0;
+      fprintf(stderr, "\n");
+   }   
+}