attempt to address new coverity reports for AliCalo stuff and QA checker
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
index 2daf060..22d3ba1 100644 (file)
  **************************************************************************/
 
 /* $Id$ */
-/* $Log:
-   1 October 2000. Yuri Kharlov:
-     AreNeighbours()
-     PPSD upper layer is considered if number of layers>1
-   18 October 2000. Yuri Kharlov:
-     AliEMCALClusterizerv1()
-     CPV clusterizing parameters added
-     MakeClusters()
-     After first PPSD digit remove EMC digits only once
-*/
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
-//  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
-//                           of new  IO (à la PHOS)
+
+//-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
+//--         Gustavo Conesa (LPSC-Grenoble), move common clusterizer functionalities to mother class
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all 
 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
-//  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
-//  standalone mode.
-// Use Case:
-//  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")  
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//               //reads gAlice from header file "..."                      
-//  root [1] cl->ExecuteTask()  
-//               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
-//  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
-//               //sets another title for Digitis (input) branch
-//  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
-//               //sets another title four output branches
-//  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)  
-//               //set clusterization parameters
-//  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
-//               //once more finds RecPoints options are 
-//               // deb - print number of found rec points
-//               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
-//               // time - print benchmarking results
+//
 
 // --- ROOT system ---
 
-#include "TROOT.h" 
-#include "TFile.h" 
-#include "TFolder.h" 
-#include "TMath.h" 
-#include "TMinuit.h"
-#include "TTree.h" 
-#include "TSystem.h" 
-#include "TBenchmark.h"
+#include <TFile.h> 
+#include <TMath.h> 
+#include <TMinuit.h>
+#include <TTree.h> 
+#include <TBenchmark.h>
+#include <TBrowser.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TList.h>
+#include <TClonesArray.h>
 
 // --- Standard library ---
-
+#include <cassert>
 
 // --- AliRoot header files ---
-
+#include "AliLog.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
-#include "AliEMCALDigitizer.h"
-#include "AliEMCALTowerRecPoint.h"
-#include "AliEMCAL.h"
-#include "AliEMCALGetter.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-#include "AliRun.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
+#include "AliESDCaloCluster.h"
+#include "AliEMCALUnfolding.h"
 
 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
-  
-//____________________________________________________________________________
-  AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
-{
-  // default ctor (to be used mainly by Streamer)
-  
-  InitParameters() ; 
-  fDefaultInit = kTRUE ; 
-}
 
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const char* headerFile, const char* name, const Bool_t toSplit)
-:AliEMCALClusterizer(headerFile, name, toSplit)
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(): AliEMCALClusterizer()
 {
   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
   
-  InitParameters() ; 
-  Init() ;
-  fDefaultInit = kFALSE ; 
-
+  Init();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-  AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry)
+  : AliEMCALClusterizer(geometry)
 {
-  // dtor
-  fSplitFile = 0 ; 
-  
+  // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
+  // use this contructor to avoid usage of Init() which uses runloader
+  // change needed by HLT - MP
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const 
-{ 
-  TString branchName(GetName() ) ;
-  branchName.Remove(branchName.Index(Version())-1) ;
-  return branchName ;
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry, AliEMCALCalibData * calib, AliCaloCalibPedestal * caloped)
+: AliEMCALClusterizer(geometry, calib, caloped)
+{
+  // ctor, geometry and calibration are initialized elsewhere.
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t where) const
+  AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 {
-  //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database
-  // where = 0 == PRE ; where = 1 == ECAL ; where = 2 == HCAL
-  if ( where == 0 ) // calibrate as PRE section
-    return -fADCpedestalPRE + amp * fADCchannelPRE ; 
-  else if (where == 1) //calibrate as EC section 
-    return -fADCpedestalEC + amp * fADCchannelEC ;
-  else if (where == 2) //calibrate as HC section
-    return -fADCpedestalHC + amp * fADCchannelHC ;
-  else 
-    Fatal("Calibrate", "Something went wrong!") ;
-  return -9999999. ; 
+  // dtor
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
+void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
 {
-  // Steering method
-
-  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
-    Init() ;
-
+  // Steering method to perform clusterization for the current event 
+  // in AliEMCALLoader
+  
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
   
   if(strstr(option,"print"))
-    Print("") ; 
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
-  if(gime->BranchExists("RecPoints"))
-    return ;
-  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;
-  Int_t ievent ;
-
-  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
-
-    gime->Event(ievent,"D") ;
-
-    if(ievent == 0)
-      GetCalibrationParameters() ;
-
-    fNumberOfPREClusters = fNumberOfECClusters = fNumberOfHCClusters = 0 ;
-           
-    MakeClusters() ;
-
-    if(fToUnfold)
-      MakeUnfolding() ;
-
-    WriteRecPoints(ievent) ;
-
-    if(strstr(option,"deb"))  
-      PrintRecPoints(option) ;
-
-    //increment the total number of digits per run 
-    fRecPointsInRun += gime->PRERecPoints()->GetEntriesFast() ;  
-    fRecPointsInRun += gime->ECALRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
-    fRecPointsInRun += gime->HCALRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
- }
+    Print(""); 
   
-  if(strstr(option,"tim")){
-    gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
-    Info("Exec", "took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nevents ) ;
-  }
+  //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
+  GetCalibrationParameters();
   
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALTowerRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
-                                   Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
-{ 
-  // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima 
-  // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
-  // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
+  //Get dead channel map from file or digitizer default values.
+  GetCaloCalibPedestal();
+       
+  fNumberOfECAClusters = 0;
   
-
-  gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
-  gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
-  gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
-                                         // To set the address of the minimization function 
-  TList * toMinuit = new TList();
-  toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
-  toMinuit->AddAt(digits,1) ;
+  MakeClusters();  //only the real clusters
   
-  gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
-
-  // filling initial values for fit parameters
-  AliEMCALDigit * digit ;
-
-  Int_t ierflg  = 0; 
-  Int_t index   = 0 ;
-  Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
-
-  Int_t iDigit ;
-
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ; 
-
-  for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
-    digit = maxAt[iDigit]; 
-
-    Int_t relid[4] ;
-    Float_t x = 0.;
-    Float_t z = 0.;
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
-
-    Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
-
-    gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){ 
-      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;      
-      return kFALSE;
+  if(fToUnfold){
+    fClusterUnfolding->SetInput(fNumberOfECAClusters,fRecPoints,fDigitsArr);
+    fClusterUnfolding->MakeUnfolding();
+  }
+    
+  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section 
+  Int_t index;
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+    AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index));
+    if(rp){
+      rp->EvalAll(fECAW0,fDigitsArr,fJustClusters);
+      //For each rec.point set the distance to the nearest bad crystal
+      if (fCaloPed)
+        rp->EvalDistanceToBadChannels(fCaloPed);
     }
+    else AliFatal("Null rec point in list!");
   }
-
-  Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
-                      //  depends on it. 
-  Double_t p1 = 1.0 ;
-  Double_t p2 = 0.0 ;
-
-  gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls  
-  gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
-  gMinuit->SetMaxIterations(5);
-  gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
-
-  gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
-
-  if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
-    Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;      
-    return kFALSE ;
-  }            
-  for(index = 0; index < nPar; index++){
-    Double_t err ;
-    Double_t val ;
-    gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
-    fitparameters[index] = val ;
-   }
-
-  delete toMinuit ;
-  return kTRUE;
-
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
-{
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
-  const AliEMCALDigitizer * dig = gime->Digitizer(BranchName()) ;
-
-  fADCchannelPRE  = dig->GetPREchannel() ;
-  fADCpedestalPRE = dig->GetPREpedestal() ; 
-
-  fADCchannelEC   = dig->GetECchannel() ;
-  fADCpedestalEC  = dig->GetECpedestal();
-
-  fADCchannelHC   = dig->GetHCchannel() ;
-  fADCpedestalHC  = dig->GetHCpedestal();
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Init()
-{
-  // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
-  // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
   
-  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
-    SetTitle("galice.root") ;
-
-  TString branchname = GetName() ;
-  branchname.Remove(branchname.Index(Version())-1) ;
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance(GetTitle(), branchname.Data(), fToSplit ) ; 
-  if ( gime == 0 ) {
-    Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ; 
-    return ;
-  } 
-
-  fSplitFile = 0 ;
-  if(fToSplit){
-    // construct the name of the file as /path/EMCAL.SDigits.root
-    //First - extract full path if necessary
-    TString fileName(GetTitle()) ;
-    Ssiz_t islash = fileName.Last('/') ;
-    if(islash<fileName.Length())
-      fileName.Remove(islash+1,fileName.Length()) ;
-    else
-      fileName="" ;
-    // Next - append the file name 
-    fileName+="EMCAL.RecData." ;
-    if((strcmp(branchname.Data(),"Default")!=0)&&(strcmp(branchname.Data(),"")!=0)){
-      fileName+=branchname ;
-      fileName+="." ;
+  fRecPoints->Sort();
+  
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+    AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index));
+    if(rp){
+      rp->SetIndexInList(index);
+      rp->Print();
     }
-    fileName+="root" ;
-    // Finally - check if the file already opened or open the file
-    fSplitFile = static_cast<TFile*>(gROOT->GetFile(fileName.Data()));   
-    if(!fSplitFile)
-      fSplitFile =  TFile::Open(fileName.Data(),"update") ;
+    else AliFatal("Null rec point in list!");
   }
-
-  const AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
-  fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
-  if(!gMinuit) 
-    gMinuit = new TMinuit(100) ;
-
-  gime->PostClusterizer(this) ;
-  gime->PostRecPoints(branchname ) ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
-{
-  fNumberOfPREClusters = fNumberOfECClusters = fNumberOfHCClusters = 0 ;   
-  fPREClusteringThreshold  = 0.0001; // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer
-  fECClusteringThreshold   = 0.0045;  // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer
-  fHCClusteringThreshold   = 0.001;  // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer  
-  fPRELocMaxCut = 0.03 ;
-  fECLocMaxCut  = 0.03 ;
-  fHCLocMaxCut  = 0.03 ;
   
-  fPREW0    = 4.0 ;
-  fECW0     = 4.5 ;
-  fHCW0     = 4.5 ;
-
-  fTimeGate = 1.e-8 ; 
+  if (fTreeR)
+    fTreeR->Fill();
   
-  fToUnfold = kFALSE ;
+  if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))  
+    PrintRecPoints(option);
   
-  TString clusterizerName( GetName()) ; 
-  if (clusterizerName.IsNull() ) 
-    clusterizerName = "Default" ; 
-  clusterizerName.Append(":") ; 
-  clusterizerName.Append(Version()) ; 
-  SetName(clusterizerName) ;
-  fRecPointsInRun          = 0 ; 
-
+  AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
+  
+  if(strstr(option,"tim")){
+    gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
+    printf("Exec took %f seconds for Clusterizing", 
+           gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
+  }    
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
+Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2, Bool_t & shared) const
 {
-  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
+  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour; continue searching 
   //                                       = 1 are neighbour
-  //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
-  // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
+  //                                       = 2 is in different SM; continue searching 
+  // In case it is in different SM, but same phi rack, check if neigbours at eta=0
+  // neighbours are defined as digits having at least a common side 
   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
-
-   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::GetInstance()->EMCALGeometry() ;
-
-  Int_t rv = 0 ; 
-
-  Int_t relid1[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
-
-  Int_t relid2[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
-  
-  if ( (relid1[0] == relid2[0]) && // inside the same EMCAL Arm  
-       (relid1[1]==relid2[1]) ) {  // and same tower section
-    Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;  
-    Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;  
-    
-    if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
-      if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fTimeGate))
-      rv = 1 ; 
-    }
-    else {
-      if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1)) 
-       rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
-    }
-
-  } 
-  else {
-    
-    if( (relid1[0] < relid2[0]) || (relid1[1] != relid2[1]) )  
-      rv=0 ;
-  }
-
-  if (gDebug == 2 ) 
-    Info("AreNeighbours", "neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d,%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d,%d,%d", 
-        rv, d1->GetId(), relid1[0], relid1[1], relid1[2], relid1[3], 
-        d2->GetId(), relid2[0], relid2[1], relid2[2], relid2[3]) ;   
-  
-  return rv ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints(Int_t event)
-{
-
-  // Creates new branches with given title
-  // fills and writes into TreeR.
-
-  AliEMCALGetter *gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
-
-  TObjArray * aPRERecPoints = gime->PRERecPoints() ; 
-  TObjArray * aECRecPoints = gime->ECALRecPoints() ; 
-  TObjArray * aHCRecPoints = gime->HCALRecPoints() ; 
-
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  TTree * treeR ; 
-  
-  if(fToSplit){
-    if(!fSplitFile)
-      return ;
-    fSplitFile->cd() ;
-    TString name("TreeR") ;
-    name += event ; 
-    treeR = dynamic_cast<TTree*>(fSplitFile->Get(name)); 
-  }
-  else{
-    treeR = gAlice->TreeR();
-  }
-
-  if(!treeR){
-    gAlice->MakeTree("R", fSplitFile);
-    treeR = gAlice->TreeR() ;
-  }
-  Int_t index ;
-
-  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for PRE section
-  for(index = 0; index < aPRERecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)))->EvalAll(fPREW0,digits)  ;
-  aPRERecPoints->Sort() ;
   
-  for(index = 0; index < aPRERecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
+  Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
+  Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
   
-  aPRERecPoints->Expand(aPRERecPoints->GetEntriesFast()) ;
+  shared = kFALSE;
   
-  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section
-  for(index = 0; index < aECRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECRecPoints->At(index)))->EvalAll(fECW0,digits) ;
-  
-  aECRecPoints->Sort() ;
-
-  for(index = 0; index < aECRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
-
-  aECRecPoints->Expand(aECRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
+  fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
+  fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
   
-  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for HC section
-  for(index = 0; index < aHCRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCRecPoints->At(index)))->EvalAll(fHCW0,digits) ;
+  //If different SM, check if they are in the same phi, then consider cells close to eta=0 as neighbours; May 2010
+  if (nSupMod1 != nSupMod2 ) {
+    //Check if the 2 SM are in the same PHI position (0,1), (2,3), ...
+    Float_t smPhi1 = fGeom->GetEMCGeometry()->GetPhiCenterOfSM(nSupMod1);
+    Float_t smPhi2 = fGeom->GetEMCGeometry()->GetPhiCenterOfSM(nSupMod2);
+    
+    if(!TMath::AreEqualAbs(smPhi1, smPhi2, 1e-3)) return 2; //Not phi rack equal, not neighbours
+    
+    // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
+    // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
+    if(nSupMod1%2) ieta1+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    else           ieta2+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    
+    shared = kTRUE; // maybe a shared cluster, we know this later, set it for the moment.
+  } //Different SM, same phi
   
-  aHCRecPoints->Sort() ;
-
-  for(index = 0; index < aHCRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
-
-  aHCRecPoints->Expand(aHCRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
+  Int_t rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
+  Int_t coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2);  
   
-  //PRE section branch 
-  TBranch * branchPRE = treeR->Branch("EMCALPRERP","TObjArray",&aPRERecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  branchPRE->SetTitle(BranchName());
-
-  //EC section branch
-  TBranch * branchEC = treeR->Branch("EMCALECRP","TObjArray",&aECRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  branchEC->SetTitle(BranchName());
-
-  //HC section branch
-  TBranch * branchHC = treeR->Branch("EMCALHCRP","TObjArray",&aHCRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  branchHC->SetTitle(BranchName());
+  // neighbours with at least common side; May 11, 2007
+  if ((coldiff==0 && TMath::Abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && TMath::Abs(coldiff)==1)) {  
+    //Diagonal?
+    //if ((coldiff==0 && TMath::Abs(rowdiff==1)) || (rowdiff==0 && TMath::Abs(coldiff==1)) || (TMath::Abs(rowdiff)==1 && TMath::Abs(coldiff==1))) rv = 1;
     
-  //And Finally  clusterizer branch
-  AliEMCALClusterizerv1 * cl = (AliEMCALClusterizerv1*)gime->Clusterizer(BranchName()) ;
-  TBranch * clusterizerBranch = treeR->Branch("AliEMCALClusterizer","AliEMCALClusterizerv1",
-                                             &cl,bufferSize,splitlevel);
-  clusterizerBranch->SetTitle(BranchName());
-
-  branchPRE->Fill() ;
-  branchEC->Fill() ;
-  branchHC->Fill() ;
-  clusterizerBranch->Fill() ;
-
-  treeR->AutoSave() ; //Write(0,kOverwrite) ;  
-  if(gAlice->TreeR()!=treeR)
-    treeR->Delete(); 
+    if (gDebug == 2) 
+      printf("AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(): id1=%d, (row %d, col %d) ; id2=%d, (row %d, col %d), shared %d \n",
+            d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2, shared);   
+    return 1;
+  } //Neighbours
+  else {
+    shared = kFALSE;
+    return 2; 
+  } //Not neighbours
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -527,465 +210,85 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 {
   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
-    
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
-
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ; 
-
-
-  TObjArray * aPRERecPoints = gime->PRERecPoints(BranchName()) ; 
-  TObjArray * aECRecPoints  = gime->ECALRecPoints(BranchName()) ; 
-  TObjArray * aHCRecPoints  = gime->HCALRecPoints(BranchName()) ; 
-
-  aPRERecPoints->Delete() ;
-  aECRecPoints->Delete() ;
-  aHCRecPoints->Delete() ;
-
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  if ( !digits ) {
-    Fatal("MakeClusters -> Digits with name %s not found", GetName() ) ; 
-  } 
-
-  TIter next(digits) ; 
-  AliEMCALDigit * digit ; 
-  Int_t ndigEC=0, ndigPRE=0, ndigHC=0 ; 
-
-  // count the number of digits in EC section
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(next())) ) { // scan over the list of digits 
-    if (geom->IsInECAL(digit->GetId())) 
-      ndigEC++ ; 
-    else if (geom->IsInPRE(digit->GetId()))
-      ndigPRE++; 
-    else if (geom->IsInHCAL(digit->GetId()))
-      ndigHC++;
-    else {
-      Error("MakeClusters", "id = %d is a wrong ID!", digit->GetId()) ; 
-      abort() ;
+  // Mar 03, 2007 by PAI
+  
+  if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+  
+  fRecPoints->Delete();
+  
+  // Set up TObjArray with pointers to digits to work on calibrated digits 
+  TObjArray *digitsC = new TObjArray();
+  AliEMCALDigit *digit;
+  Float_t dEnergyCalibrated = 0.0, ehs = 0.0, time = 0.0;
+  TIter nextdigit(fDigitsArr);
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // calibrate and clean up digits
+    dEnergyCalibrated =  digit->GetAmplitude();
+    time              =  digit->GetTime();
+    Calibrate(dEnergyCalibrated,time,digit->GetId());
+    digit->SetCalibAmp(dEnergyCalibrated);
+    digit->SetTime(time);
+    if ( dEnergyCalibrated < fMinECut){
+      continue;
     }
-  }
-
-  // add amplitude of PRE and EC sections
-  Int_t digEC ; 
-  for (digEC = 0 ; digEC < ndigEC ; digEC++) {
-    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(digEC)) ;
-    Int_t digPRE ;
-    for (digPRE = ndigEC ; digPRE < ndigEC+ndigPRE ; digPRE++) {
-      AliEMCALDigit *  digitPRE = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(digPRE)) ;
-      if ( geom->AreInSameTower(digit->GetId(), digitPRE->GetId()) ){
-       Float_t  amp = static_cast<Float_t>(digit->GetAmp()) + geom->GetSummationFraction() * static_cast<Float_t>(digitPRE->GetAmp()) + 0.5 ; 
-       digit->SetAmp(static_cast<Int_t>(amp)) ; 
-       break ; 
-      }
+    else if (!fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()))
+      continue;
+    else{
+      ehs += dEnergyCalibrated;
+      digitsC->AddLast(digit);
     }
-    if (gDebug) 
-      Info("MakeClusters","id = %d amp = %d", digit->GetId(), digit->GetAmp()) ; 
-  }  
-
-  TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
-  
-  
-  // Clusterization starts  
-  
-  TIter nextdigit(digitsC) ; 
-  Bool_t notremovedEC = kTRUE, notremovedPRE = kTRUE ;
+  } 
   
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
-    AliEMCALRecPoint * clu = 0 ; 
-    
-    TArrayI clusterPREdigitslist(50), clusterECdigitslist(50), clusterHCdigitslist(50);   
-    Bool_t inPRE = kFALSE, inECAL = kFALSE, inHCAL = kFALSE ;
-    if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) ) {
-      inPRE = kTRUE ; 
-    }
-    else if( geom->IsInECAL(digit->GetId()) ) {
-      inECAL = kTRUE ;
-    }
-    else if( geom->IsInHCAL(digit->GetId()) ) {
-      inHCAL = kTRUE ;
-    }
-    
-    if (gDebug == 2) { 
-      if (inPRE)
-       Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f ", 
-            digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 0), fPREClusteringThreshold) ;  
-      if (inECAL)
-       Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f", 
-            digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 1), fECClusteringThreshold) ;  
-      if (inHCAL)
-       Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f", 
-            digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 2), fHCClusteringThreshold ) ;  
-    }
-    
-    if ( (inPRE  && (Calibrate(digit->GetAmp(), 0) > fPREClusteringThreshold  )) || 
-        (inECAL && (Calibrate(digit->GetAmp(), 1) > fECClusteringThreshold  ))  || 
-        (inHCAL && (Calibrate(digit->GetAmp(), 2) > fHCClusteringThreshold  )) ) {
+  AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %f\n",
+                  fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
+  
+  TIter nextdigitC(digitsC);
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
+    TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
+    dEnergyCalibrated = digit->GetCalibAmp();
+    time              = digit->GetTime();
+    if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && ( dEnergyCalibrated > fECAClusteringThreshold  ) ){
+      // start a new Tower RecPoint
+      if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1);
       
-      Int_t  iDigitInPRECluster = 0, iDigitInECCluster = 0, iDigitInHCCluster = 0; 
-      Int_t where ; // PRE = 0, ECAl = 1, HCAL = 2
-
-      // Find the seed in each of the section ECAL/PRE/HCAL
-
-      if( geom->IsInECAL(digit->GetId()) ) {   
-       where = 1 ; // to tell we are in ECAL
-       // start a new Tower RecPoint
-       if(fNumberOfECClusters >= aECRecPoints->GetSize()) 
-         aECRecPoints->Expand(2*fNumberOfECClusters+1) ;
-       AliEMCALTowerRecPoint * rp = new  AliEMCALTowerRecPoint("") ; 
-       rp->SetECAL() ; 
-       aECRecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECClusters) ;
-       clu = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECRecPoints->At(fNumberOfECClusters)) ; 
-       fNumberOfECClusters++ ; 
-       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where)) ; 
-       clusterECdigitslist[iDigitInECCluster] = digit->GetIndexInList() ;      
-       iDigitInECCluster++ ; 
-       digitsC->Remove(digit) ; 
-       if (gDebug == 2 ) 
-         Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 1), fECClusteringThreshold) ;  
-       
-      } 
-      else if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) ) { 
-       where = 0 ; // to tell we are in PRE
-       // start a new Pre Shower cluster
-       if(fNumberOfPREClusters >= aPRERecPoints->GetSize()) 
-         aPRERecPoints->Expand(2*fNumberOfPREClusters+1);
-       AliEMCALTowerRecPoint * rp = new AliEMCALTowerRecPoint("") ;    
-       rp->SetPRE() ; 
-       aPRERecPoints->AddAt(rp, fNumberOfPREClusters) ;
-       clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aPRERecPoints->At(fNumberOfPREClusters))  ;  
-       fNumberOfPREClusters++ ; 
-       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where));       
-       clusterPREdigitslist[iDigitInPRECluster] = digit->GetIndexInList()  ;   
-       iDigitInPRECluster++ ; 
-       digitsC->Remove(digit) ;
-       if (gDebug == 2 ) 
-         Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 0), fPREClusteringThreshold) ;  
-       
-       nextdigit.Reset() ;
-
-       // Here we remove remaining EC digits, which cannot make a cluster
-       
-       if( notremovedEC ) { 
-         while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
-           if( geom->IsInECAL(digit->GetId()) )
-             digitsC->Remove(digit) ;
-           else 
-             break ; 
-         }
-         notremovedEC = kFALSE ;
-       }
-
-      } 
-      else if( geom->IsInHCAL(digit->GetId()) ) { 
-       where = 2 ; // to tell we are in HCAL
-       // start a new HCAL cluster
-       if(fNumberOfHCClusters >= aHCRecPoints->GetSize()) 
-         aHCRecPoints->Expand(2*fNumberOfHCClusters+1);
-       AliEMCALTowerRecPoint * rp = new AliEMCALTowerRecPoint("") ;    
-       rp->SetHCAL() ; 
-       aHCRecPoints->AddAt(rp, fNumberOfHCClusters) ;
-       clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCRecPoints->At(fNumberOfHCClusters))  ;  
-       fNumberOfHCClusters++ ; 
-       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where));       
-       clusterHCdigitslist[iDigitInHCCluster] = digit->GetIndexInList()  ;     
-       iDigitInHCCluster++ ; 
-       digitsC->Remove(digit) ;
-       if (gDebug == 2 ) 
-         Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 2), fHCClusteringThreshold) ;  
-       nextdigit.Reset() ;
-   
-       // Here we remove remaining PRE digits, which cannot make a cluster
-       
-       if( notremovedPRE ) { 
-         while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
-           if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) )
-             digitsC->Remove(digit) ;
-           else 
-             break ; 
-         }
-         notremovedPRE = kFALSE ;
-       }       
-      }        
+      AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint(""); 
+      fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters);
+      recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)); 
+      if (recPoint) {
+        fNumberOfECAClusters++; 
+        
+        recPoint->SetClusterType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
+        recPoint->AddDigit(*digit, digit->GetCalibAmp(), kFALSE); //Time or TimeR?
+        TObjArray clusterDigits;
+        clusterDigits.AddLast(digit);  
+        digitsC->Remove(digit); 
+        
+        AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(), dEnergyCalibrated, fECAClusteringThreshold));  //Time or TimeR?
       
-      nextdigit.Reset() ;
-      
-      AliEMCALDigit * digitN ; 
-      Int_t index = 0 ;
-
-      // Do the Clustering in each of the three section ECAL/PRE/HCAL
-
-      while (index < iDigitInECCluster){ // scan over digits already in cluster 
-       digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECdigitslist[index])  ;      
-       index++ ; 
-        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits 
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
-         // Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;  
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 1) ) ;
-           clusterECdigitslist[iDigitInECCluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInECCluster++ ; 
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-           break ;
-          case 2 :   // too far from each other
-           goto endofloop1;   
-         } // switch
-         
-       } // while digitN
-       
-      endofloop1: ;
-       nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over EC cluster
-      
-      index = 0 ; 
-      while (index < iDigitInPRECluster){ // scan over digits already in cluster 
-       digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterPREdigitslist[index])  ;      
-       index++ ; 
-        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits 
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
-         //      Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;  
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 0) ) ;
-           clusterPREdigitslist[iDigitInPRECluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInPRECluster++ ; 
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-           break ;
-          case 2 :   // too far from each other
-           goto endofloop2;   
-         } // switch
-         
-       } // while digitN
-       
-      endofloop2: ;
-               nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over PRE cluster
-    
-      index = 0 ; 
-      while (index < iDigitInHCCluster){ // scan over digits already in cluster 
-       digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterHCdigitslist[index])  ;      
-       index++ ; 
-        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits 
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
-         //Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;  
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 2) ) ;
-           clusterHCdigitslist[iDigitInHCCluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInHCCluster++ ; 
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-           break ;
-          case 2 :   // too far from each other
-           goto endofloop3;   
-         } // switch  
-       } // while digitN
-       
-      endofloop3: ;
-       nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over HC cluster
-
-    } // energy theshold     
-  } // while digit  
-  delete digitsC ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
-{
-  Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
-{ 
-  // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
-  // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
-
-  Double_t r4    = r*r*r*r ;
-  Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
-  Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
-  return shape ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALTowerRecPoint * iniTower, 
-                                                Int_t nMax, 
-                                                AliEMCALDigit ** maxAt, 
-                                                Float_t * maxAtEnergy)
-{
-  // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
-  
-  Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Double_t & fret, Double_t * x, Int_t iflag)
-{
-  // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
-  // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
-  
-  ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
-}
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * option)const
-{
-  // Print clusterizer parameters
-
-  TString message("\n") ; 
-  
-  if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
-    
-    // Print parameters
-    TString taskName(GetName()) ; 
-    taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
-    
-    message += "--------------- " ; 
-    message += taskName.Data() ; 
-    message += " " ; 
-    message += GetTitle() ; 
-    message += "-----------\n" ;  
-    message += "Clusterizing digits from the file: " ; 
-    message += taskName.Data() ;  
-    message += "\n                           Branch: " ; 
-    message += GetName() ;  
-    message += "\n                       Pre Shower Clustering threshold = " ; 
-    message += fPREClusteringThreshold ;
-    message += "\n                       Pre Shower  Local Maximum cut    = " ;
-    message += fPRELocMaxCut ;
-    message += "\n                       Pre Shower Logarothmic weight   = " ; 
-    message += fPREW0 ;
-    message += "\n                       EC Clustering threshold = " ; 
-    message += fECClusteringThreshold ; 
-    message += "\n                       EC Local Maximum cut    = " ;
-    message += fECLocMaxCut ; 
-    message += "\n                       EC Logarothmic weight   = " ;
-    message += fECW0 ;
-    message += "\n                       Pre Shower Clustering threshold = " ; 
-    message += fHCClusteringThreshold ; 
-    message += "\n                       HC Local Maximum cut    = " ;
-    message += fHCLocMaxCut ; 
-    message += "\n                       HC Logarothmic weight   = " ;
-    message += fHCW0 ;
-    if(fToUnfold)
-      message +="\nUnfolding on\n" ;
-    else
-      message += "\nUnfolding off\n";
-    
-    message += "------------------------------------------------------------------" ; 
-  }
-  else
-    message += "AliEMCALClusterizerv1 not initialized " ;
-  
-  Info("Print", message.Data() ) ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
-{
-  // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
-
-  TObjArray * aPRERecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->PRERecPoints() ; 
-  TObjArray * aECRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->ECALRecPoints() ; 
-  TObjArray * aHCRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->HCALRecPoints() ; 
-
-  Info("PrintRecPoints", "Clusterization result:") ; 
-  
-  printf("event # %d\n", gAlice->GetEvNumber() ) ;
-  printf("           Found %d PRE SHOWER RecPoints, %d EC Rec Points and %d HC Rec Points\n ", 
-        aPRERecPoints->GetEntriesFast(), aECRecPoints->GetEntriesFast(), aHCRecPoints->GetEntriesFast() ) ; 
-
-  fRecPointsInRun +=  aPRERecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  fRecPointsInRun +=  aECRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  fRecPointsInRun +=  aHCRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  
-  if(strstr(option,"all")) {
-
-    //Pre shower recPoints
-
-    printf("-----------------------------------------------------------------------\n") ;
-    printf("Clusters in PRE section\n") ;
-    printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;      
-
-    Int_t index ;
-    
-    for (index = 0 ; index < aPRERecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)) ; 
-      TVector3  globalpos;  
-      rp->GetGlobalPosition(globalpos);
-      TVector3  localpos;  
-      rp->GetLocalPosition(localpos);
-      Float_t lambda[2]; 
-      rp->GetElipsAxis(lambda);
-      Int_t * primaries;
-      Int_t nprimaries;
-      primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
-            rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(), 
-            globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
-            rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-      }         
-    }
-    
-    printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
-    printf("Clusters in ECAL section\n") ;
-    printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;      
-    
-    for (index = 0 ; index < aECRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(aECRecPoints->At(index)) ; 
-      TVector3  globalpos;  
-      rp->GetGlobalPosition(globalpos);
-      TVector3  localpos;  
-      rp->GetLocalPosition(localpos);
-      Float_t lambda[2]; 
-      rp->GetElipsAxis(lambda);
-      Int_t * primaries; 
-      Int_t nprimaries;
-      primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
-            rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(), 
-            globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
-            rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-      } 
-    }
-
-    printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
-    printf("Clusters in HCAL section\n") ;
-    printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;      
-    
-    for (index = 0 ; index < aHCRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(aHCRecPoints->At(index)) ; 
-      TVector3  globalpos;  
-      rp->GetGlobalPosition(globalpos);
-      TVector3  localpos;  
-      rp->GetLocalPosition(localpos);
-      Float_t lambda[2]; 
-      rp->GetElipsAxis(lambda);
-      Int_t * primaries; 
-      Int_t nprimaries;
-      primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
-            rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(), 
-            globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
-            rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;      
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-      } 
-    }
-
-    printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
-  }
+        // Grow cluster by finding neighbours
+        TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
+        
+        while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster 
+          TIter nextdigitN(digitsC); 
+          AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
+          while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
+            //Do not add digits with too different time 
+            Bool_t shared = kFALSE;//cluster shared by 2 SuperModules?
+            if(TMath::Abs(time - digitN->GetTime()) > fTimeCut ) continue; //Time or TimeR?
+            if (AreNeighbours(digit, digitN, shared)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT order !!!!! 
+              recPoint->AddDigit(*digitN, digitN->GetCalibAmp(), shared); 
+              clusterDigits.AddLast(digitN); 
+              digitsC->Remove(digitN); 
+            } // if(ineb==1)
+          } // scan over digits
+        } // scan over digits already in cluster
+        
+        AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy())); 
+      }//recpoint
+      else AliFatal("Null recpoint in array!");
+    } // If seed found
+  } // while digit 
+  
+  delete digitsC;
+  
+  AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
 }