]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx
Load pythia libraries.
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
index 0085172be7352765c07c0260a7f03190c94ec446..43c971e0ed4f3afd79854b5b804ade230e493c62 100644 (file)
@@ -1,4 +1,3 @@
-
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
 
 /* $Id$ */
 
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
+//-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
 //                           of new  IO (à la PHOS)
+//  Mar 2007, Aleksei Pavlinov - new algoritmh of pseudo clusters
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
 //               // time - print benchmarking results
 
 // --- ROOT system ---
-
-#include "TROOT.h" 
-#include "TFile.h" 
-#include "TFolder.h" 
-#include "TMath.h" 
-#include "TMinuit.h"
-#include "TTree.h" 
-#include "TSystem.h" 
-#include "TBenchmark.h"
+#include <cassert>
+
+class TROOT;
+#include <TH1.h>
+#include <TFile.h> 
+class TFolder;
+#include <TMath.h> 
+#include <TMinuit.h>
+#include <TTree.h> 
+class TSystem; 
+#include <TBenchmark.h>
+#include <TBrowser.h>
+#include <TROOT.h>
 
 // --- Standard library ---
 
 
 // --- AliRoot header files ---
-#include "AliEMCALGetter.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliESD.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
 #include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALDigitizer.h"
 #include "AliEMCAL.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
+#include "AliEMCALHistoUtilities.h"
+#include "AliEMCALRecParam.h"
+#include "AliEMCALReconstructor.h"
+#include "AliCDBManager.h"
 
-ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
-
-Int_t addOn[20][60][60]; 
+class AliCDBStorage;
+#include "AliCDBEntry.h"
 
-//____________________________________________________________________________
-  AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
-{
-  // default ctor (to be used mainly by Streamer)
-  
-  InitParameters() ; 
-  fDefaultInit = kTRUE ;
-  for(Int_t is=0;is<20;is++){ 
-    for(Int_t i=0;i<60;i++){ 
-      for(Int_t j=0;j<60;j++){ 
-       addOn[is][i][j]=0;
-      }
-    }
-  }
-//PH   cout<<"file to read 1"<<endl;
-  ReadFile();
-//PH   cout<<"file read 1"<<endl;
-}
+ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
 
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName)
-:AliEMCALClusterizer(alirunFileName, eventFolderName)
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
+  : AliEMCALClusterizer(),
+    fHists(0),fPointE(0),fPointL1(0),fPointL2(0),
+    fPointDis(0),fPointMult(0),fDigitAmp(0),fMaxE(0),
+    fMaxL1(0),fMaxL2(0),fMaxDis(0),fGeom(0),
+    fDefaultInit(kFALSE),
+    fToUnfold(kFALSE),
+    fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(0),
+    fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
+    fECAW0(0.),fTimeCut(0.),fMinECut(0.)
 {
   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
   
   InitParameters() ; 
   Init() ;
-  fDefaultInit = kFALSE ; 
-  for(Int_t is=0;is<20;is++){ 
-    for(Int_t i=0;i<60;i++){ 
-      for(Int_t j=0;j<60;j++){ 
-       addOn[is][i][j]=0;
-      }
-    }
-  }
-//PH   cout<<"file to read 2"<<endl;
-  ReadFile();
-//PH   cout<<"file read 2"<<endl;
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 {
   // dtor
-  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const 
-{ 
-   return GetName();
+Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t AbsId) 
+{
+  // Convert digitized amplitude into energy.
+  // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
+  // or from digitizer parameters for simulated data.
 
-}
+  if(fCalibData){
+    
+    if (fGeom==0)
+      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
+    
+    Int_t iSupMod = -1;
+    Int_t nModule  = -1;
+    Int_t nIphi   = -1;
+    Int_t nIeta   = -1;
+    Int_t iphi    = -1;
+    Int_t ieta    = -1;
+    
+    Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+    if(!bCell) {
+      fGeom->PrintGeometry();
+      Error("Calibrate()"," Wrong cell id number : %i", AbsId);
+      assert(0);
+    }
 
-//____________________________________________________________________________
-Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp) const
-{
-  //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database 
-  return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
+    fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+
+    fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
+    fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
+  
+   return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;        
+  }
+  else //Return energy with default parameters if calibration is not available
+    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
+  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
+void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
 {
-  // Steering method to perform clusterization for events
-  // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
-  // This range is optionally set by SetEventRange().
-  // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
+  // Steering method to perform clusterization for the current event 
+  // in AliEMCALLoader
 
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
   
   if(strstr(option,"print"))
     Print("") ; 
+  //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
+  GetCalibrationParameters() ;
 
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 
-  if (fLastEvent == -1) 
-    fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1;
-  Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+  fNumberOfECAClusters = 0;
 
-  Int_t ievent ;
-  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
-    gime->Event(ievent,"D") ;
-    GetCalibrationParameters() ;
+  MakeClusters() ;  //only the real clusters
 
-    fNumberOfECAClusters = 0;
-           
-    MakeClusters() ;
+  if(fToUnfold)
+    MakeUnfolding() ;
 
-    if(fToUnfold)
-      MakeUnfolding() ;
+  Int_t index ;
 
-    WriteRecPoints() ;
+  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section                      
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+      dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index))->EvalAll(fECAW0,fDigitsArr) ;
+  }
 
-    if(strstr(option,"deb"))  
-      PrintRecPoints(option) ;
+  fRecPoints->Sort() ;
 
-    //increment the total number of recpoints per run   
-    fRecPointsInRun += gime->ECARecPoints()->GetEntriesFast() ;  
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
+    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->Print();
   }
+
+  fTreeR->Fill();
   
-  Unload();
+  if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))  
+    PrintRecPoints(option) ;
+
+  AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
 
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
-    printf("Exec took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nEvents ) ;
-  }
-
-  SaveHists();
-
+    printf("Exec took %f seconds for Clusterizing", 
+          gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
+  }    
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -195,16 +206,13 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
 
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  
   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
                                          // To set the address of the minimization function 
   TList * toMinuit = new TList();
   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
-  toMinuit->AddAt(digits,1) ;
+  toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
   
   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
 
@@ -217,16 +225,15 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
 
   Int_t iDigit ;
 
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ; 
-
   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
     digit = maxAt[iDigit]; 
 
-    Int_t relid[2] ;
     Float_t x = 0.;
     Float_t z = 0.;
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
+    //   have to be tune for TRD1; May 31,06
+    //   Int_t relid[2] ;
+    //   fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ; // obsolete method
+    //   fGeom->PosInAlice(relid, x, z) ;                  // obsolete method
 
     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 
@@ -281,16 +288,38 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
 {
-  // Gets the parameters for the calibration from the digitizer
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
-
-  if ( !gime->Digitizer() ) 
-    gime->LoadDigitizer();
-  AliEMCALDigitizer * dig = gime->Digitizer();  
-
-  fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
-  fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
-//PH  cout<<"ChannelECA, peds "<<fADCchannelECA<<" "<<fADCpedestalECA<<endl;
+  // Set calibration parameters:
+  // if calibration database exists, they are read from database,
+  // otherwise, they are taken from digitizer.
+  //
+  // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
+  // for example: 
+  // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
+
+  //Check if calibration is stored in data base
+
+  if(!fCalibData && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()))
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+      if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fCalibData)
+    AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+  //  Please fix it!! Or better just remove it...
+//    if(!fCalibData)
+//      {
+//        //If calibration is not available use default parameters
+//        //Loader
+//        if ( !emcalLoader->Digitizer() ) 
+//      emcalLoader->LoadDigitizer();
+//        AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
+       
+//        fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
+//        fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
+//      }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -299,21 +328,18 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Init()
   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
   
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance();
-  if(!gime)
-    gime = AliEMCALGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data());
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
+  if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
+    fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
+  else 
+    fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaulGeometryName());
 
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
-//PH   cout<<"gime,geom "<<gime<<" "<<geom<<endl;
+  AliDebug(1,Form("geom 0x%x",fGeom));
 
-//Sub  fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
-  fNTowers =400;
   if(!gMinuit) 
     gMinuit = new TMinuit(100) ;
- //Sub if ( !gime->Clusterizer() ) 
- //Sub   gime->PostClusterizer(this); 
- BookHists();
-//PH   cout<<"hists booked "<<endl;
+
+  fHists = BookHists();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -322,125 +348,61 @@ void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
   // Initializes the parameters for the Clusterizer
   fNumberOfECAClusters = 0;
 
-  fECAClusteringThreshold   = 0.5;  // value obtained from Alexei
-  fECALocMaxCut = 0.03;
+  fECALocMaxCut = 0.03; // ??
 
-  fECAW0     = 4.5 ;
-  fTimeGate = 1.e-8 ; 
+  fTimeCut = 300e-9 ; // 300 ns time cut (to be tuned) 
   fToUnfold = kFALSE ;
-  fRecPointsInRun  = 0 ;
-  fMinECut = 0.3;
-}
 
-//____________________________________________________________________________
-Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
-{
-  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
-  //                                       = 1 are neighbour
-  //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
-  // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
-  // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
-  //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
-
-   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ;
-
-  Int_t rv = 0 ; 
-
-  Int_t relid1[2] ; 
- //Sub geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
-    Int_t nSupMod=0;
-    Int_t nTower=0;
-    Int_t nIphi=0;
-    Int_t nIeta=0;
-    Int_t iphi=0;
-    Int_t ieta=0;
-   geom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-   relid1[0]=ieta;
-   relid1[1]=iphi;
-
-
-    Int_t nSupMod1=0;
-    Int_t nTower1=0;
-    Int_t nIphi1=0;
-    Int_t nIeta1=0;
-    Int_t iphi1=0;
-    Int_t ieta1=0;
-   geom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
-   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1, nTower1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
-   Int_t relid2[2] ; 
-   relid2[0]=ieta1;
-   relid2[1]=iphi1;
-
-  //Sub  geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
-  
+  fCalibData               = 0 ;
 
-  Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[0] - relid2[0] ) ;  
-  Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[1] - relid2[1] ) ;  
-  
-  if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
-      rv = 1 ; 
+  const AliEMCALRecParam* recParam = AliEMCALReconstructor::GetRecParam();
+  if(!recParam) {
+    AliFatal("Reconstruction parameters for EMCAL not set!");
   }
   else {
-    if((relid2[0] > relid1[0]) && (relid2[1] > relid1[1]+1)) 
-      rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
+    fECAClusteringThreshold = recParam->GetClusteringThreshold();
+    fECAW0                  = recParam->GetW0();
+    fMinECut                = recParam->GetMinECut();
+    AliDebug(1,Form("Reconstruction parameters: fECAClusteringThreshold=%.3f, fECAW=%.3f, fMinECut=%.3f",
+                fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut));
   }
-  if (gDebug == 2 ) 
-if(rv==1)printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
-        rv, d1->GetId(), relid1[0], relid1[1],
-        d2->GetId(), relid2[0], relid2[1]) ;   
-  
-  return rv ; 
-}
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Unload() 
-{
-  // Unloads the Digits and RecPoints
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ; 
-  gime->EmcalLoader()->UnloadDigits() ; 
-  gime->EmcalLoader()->UnloadRecPoints() ; 
 }
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints()
+Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
 {
+  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour ; continue searching 
+  //                                       = 1 are neighbour
+  //                                       = 2 is in different SM; continue searching 
+  // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
+  // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
+  //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
 
-  // Creates new branches with given title
-  // fills and writes into TreeR.
-
-  AliEMCALGetter *gime = AliEMCALGetter::Instance() ; 
+  static Int_t rv; 
+  static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
+  static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
+  static Int_t rowdiff, coldiff;
+  rv = 0 ; 
 
-  TObjArray * aECARecPoints = gime->ECARecPoints() ; 
+  fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
+  fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
+  if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  TTree * treeR = gime->TreeR(); ; 
-  
-  Int_t index ;
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
 
-  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section
-  for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->EvalAll(fECAW0,digits) ;
+  rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
+  coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;  
   
-  aECARecPoints->Sort() ;
-
-  for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
-
-  aECARecPoints->Expand(aECARecPoints->GetEntriesFast()) ; 
+  // neighbours with at least commom side; May 11, 2007
+  if ((coldiff==0 && abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && abs(coldiff)==1)) rv = 1;  
+  if (gDebug == 2 && rv==1) 
+  printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
+        rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);   
   
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-
-  //EC section branch
-  TBranch * branchECA = treeR->Branch("EMCALECARP","TObjArray",&aECARecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  branchECA->SetTitle(BranchName());
-
-  branchECA->Fill() ;
-
-  gime->WriteRecPoints("OVERWRITE");
-  gime->WriteClusterizer("OVERWRITE");
+  return rv ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -448,125 +410,84 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 {
   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
-    
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ; 
+  // Mar 03, 2007 by PAI
 
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ; 
+  if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 
-  TObjArray * aECARecPoints  = gime->ECARecPoints() ; 
+  fRecPoints->Clear();
 
-  aECARecPoints->Delete() ;
+  // Set up TObjArray with pointers to digits to work on 
+  TObjArray *digitsC = new TObjArray();
+  TIter nextdigit(fDigitsArr);
+  AliEMCALDigit *digit;
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextdigit())) ) {
+    digitsC->AddLast(digit);
+  }
 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
+  double e = 0.0, ehs = 0.0;
+  TIter nextdigitC(digitsC);
 
-  // Clusterization starts    
-  TIter nextdigit(digitsC) ;
-  AliEMCALDigit * digit;
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // clean up digits
+    e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
+    AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
+    AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
+    if ( e < fMinECut || digit->GetTimeR() > fTimeCut ) 
+      digitsC->Remove(digit);
+    else    
+      ehs += e;
+  } 
+  AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %d\n",
+                 fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
 
-//just for hist
-/*
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
-         digitAmp->Fill(digit->GetAmp());
-  }
-  */
-/////////// 
+  nextdigitC.Reset();
 
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
-    AliEMCALRecPoint * clu = 0 ; 
-    
-    TArrayI clusterECAdigitslist(50000);   
-   
-//Sub    if (gDebug == 2) { 
-   //  printf("MakeClusters: id = %d, ene = %f , thre = %f \n", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp()),
-//         fECAClusteringThreshold) ;  
-//    }
-////////////////////////temp solution, embedding///////////////////
-   int nSupMod=0, nTower=0, nIphi=0, nIeta=0;
-   int iphi=0, ieta=0;
-          geom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-          geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-
-         /////////////////////////////////// 
-
-//cout<<ieta<<" "<<iphi<<endl;
-
-//    if ( geom->IsInECA(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
-    if (geom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) > fECAClusteringThreshold  ) ){
-      //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"11 digit, add "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-//         cout<<"crossed the threshold "<<endl;
-      Int_t iDigitInECACluster = 0;
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
+    TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
+
+    if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
       // start a new Tower RecPoint
-      if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) 
-         aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
-      AliEMCALRecPoint * rp = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
-      aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
-      clu = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
+      if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
+      AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
+      fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters) ;
+      recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
       fNumberOfECAClusters++ ; 
-      clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1])) ; 
-      clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;     
-      iDigitInECACluster++ ; 
-//    cout<<" 1st setp:cluno, digNo "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
+
+      recPoint->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1);
+
+      recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ; 
+      TObjArray clusterDigits;
+      clusterDigits.AddLast(digit);    
       digitsC->Remove(digit) ; 
-      if (gDebug == 2 ) 
-       printf("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , thre = %f \n", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp()), fECAClusteringThreshold) ;  
-      nextdigit.Reset() ;
+
+      AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(),
+      Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));  
       
-      AliEMCALDigit * digitN ; 
-      Int_t index = 0 ;
-
-      // Find the neighbours
-      while (index < iDigitInECACluster){ // scan over digits already in cluster 
-       digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index])  ;      
-       index++ ; 
-        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit())) { // scan over the reduced list of digits 
-//     cout<<"we have new digit "<<endl;
-          // check that the digit is above the min E Cut
-         ////////////////////
-          geom->GetCellIndex(digitN->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-          geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-         ////////////////
-          if(Calibrate(digitN->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) < fMinECut  )  digitsC->Remove(digitN);
-//     cout<<" new digit above ECut "<<endl;
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
-//     cout<<" new digit neighbour?? "<<ineb<<endl;
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"22 digit, add "<<nSupMod<<" "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) ) ;
-           clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInECACluster++ ; 
-//    cout<<"when neighbour: cluno, digNo "<<digit->GetId()<<" "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-//         break ;
-//          case 2 :   // too far from each other
-//Subh     goto endofloop1;   
-//         cout<<"earlier go to end of loop"<<endl;   
-         } // switch
-    //cout<<"in nextDigit loop "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
-       } // while digitN
-       
-//Sub      endofloop1: ;
-       nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over ECA cluster
-    } // energy threshold
-    else if(Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) < fMinECut  ){
-      //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"33 digit, add  "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-      digitsC->Remove(digit);
-    }
-    //cout<<"after endofloop: cluno, digNo "<<fNumberOfECAClusters<<endl;
-  } // while digit  
+      // Grow cluster by finding neighbours
+      TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
+      while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster 
+       TIter nextdigitN(digitsC); 
+        AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
+        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
+         if (AreNeighbours(digit, digitN)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
+           recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
+           clusterDigits.AddLast(digitN) ; 
+           digitsC->Remove(digitN) ; 
+         } // if(ineb==1)
+        } // scan over digits
+      } // scan over digits already in cluster
+      if(recPoint)
+        AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy())); 
+    } // If seed found
+  } // while digit 
+
   delete digitsC ;
-cout<<"total no of clusters "<<fNumberOfECAClusters<<" from "<<digits->GetEntriesFast()<<" digits"<<endl; 
+
+  AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
 }
 
-//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding() const
 {
   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -614,18 +535,12 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
     
     // Print parameters
  
-    TString taskName(GetName()) ;
-    taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
+    TString taskName(Version()) ;
     
     printf("--------------- "); 
     printf(taskName.Data()) ; 
     printf(" "); 
-    printf(GetTitle()) ; 
-    printf("-----------\n");  
-    printf("Clusterizing digits from the file: "); 
-    printf(taskName.Data());  
-    printf("\n                           Branch: "); 
-    printf(GetName()); 
+    printf("Clusterizing digits: "); 
     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut); 
     printf("\n                       ECA Logarithmic weight   = %f", fECAW0); 
     if(fToUnfold)
@@ -643,28 +558,29 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
 {
   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
-
-  TObjArray * aECARecPoints = AliEMCALGetter::Instance()->ECARecPoints() ; 
-  printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ; 
+  if(strstr(option,"deb")) {
+    printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ; 
   
-  printf("event # %d\n", gAlice->GetEvNumber() ) ;
-  printf("           Found %d ECA Rec Points\n ", 
-        aECARecPoints->GetEntriesFast()) ; 
+    printf("           Found %d ECA Rec Points\n ", 
+        fRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
+  }
 
-  fRecPointsInRun +=  aECARecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  
   if(strstr(option,"all")) {
-    Int_t index =0;
-    printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
-    printf("Clusters in ECAL section\n") ;
-    printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;      
+    if(strstr(option,"deb")) {
+      printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
+      printf("Clusters in ECAL section\n") ;
+      printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     GX    GY   GZ  lX    lY   lZ   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
+    }
+   Int_t index =0;
    Float_t maxE=0; 
    Float_t maxL1=0; 
    Float_t maxL2=0; 
    Float_t maxDis=0; 
 
-    for (index = 0 ; index < aECARecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(aECARecPoints->At(index)) ; 
+    AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 12, double(fRecPoints->GetEntries()));
+
+    for (index = 0 ; index < fRecPoints->GetEntries() ; index++) {
+      AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(fRecPoints->At(index)) ; 
       TVector3  globalpos;  
       //rp->GetGlobalPosition(globalpos);
       TVector3  localpos;  
@@ -674,6 +590,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
       Int_t * primaries; 
       Int_t nprimaries;
       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
+      if(strstr(option,"deb")) 
       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
             rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
             globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
@@ -685,66 +602,78 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
              maxL2=lambda[1];
              maxDis=rp->GetDispersion();
       }
-      pointE->Fill(rp->GetEnergy());
-      pointL1->Fill(lambda[0]);
-      pointL2->Fill(lambda[1]);
-      pointDis->Fill(rp->GetDispersion());
-      pointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
+      fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
+      fPointL1->Fill(lambda[0]);
+      fPointL2->Fill(lambda[1]);
+      fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
+      fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
       ///////////// 
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-      } 
+      if(strstr(option,"deb")){ 
+        for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
+         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
+        }
+      }
     }
 
-      MaxE->Fill(maxE);
-      MaxL1->Fill(maxL1);
-      MaxL2->Fill(maxL2);
-      MaxDis->Fill(maxDis);
-
+      fMaxE->Fill(maxE);
+      fMaxL1->Fill(maxL1);
+      fMaxL2->Fill(maxL2);
+      fMaxDis->Fill(maxDis);
 
+    if(strstr(option,"deb"))
     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
   }
 }
-  void AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
+TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
 {
-       pointE = new TH1F("pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       pointL1 = new TH1F("pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
-       pointL2 = new TH1F("pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
-       pointDis = new TH1F("pointDis","point Dis", 1000, 0.0, 3.);
-       pointMult = new TH1F("pointMult","point Mult", 100, 0.0, 100.);
-       digitAmp = new TH1F("digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
-       MaxE = new TH1F("maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       MaxL1 = new TH1F("maxL1","Max point L1", 1000, 0.0, 3.);
-       MaxL2 = new TH1F("maxL2","Max point L2", 1000, 0.0, 3.);
-       MaxDis = new TH1F("maxDis","Max point Dis", 1000, 0.0, 3.);
+  //set up histograms for monitoring clusterizer performance
+
+  gROOT->cd();
+
+       fPointE = new TH1F("00_pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
+       fPointL1 = new TH1F("01_pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
+       fPointL2 = new TH1F("02_pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
+       fPointDis = new TH1F("03_pointDisp","point dispersion", 1000, 0.0, 10.);
+       fPointMult = new TH1F("04_pointMult","#cell in point(cluster)", 101, -0.5, 100.5);
+       fDigitAmp = new TH1F("05_digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
+       fMaxE = new TH1F("06_maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
+       fMaxL1 = new TH1F("07_maxL1","Largest (first) of eigenvalue of covariance matrix", 1000, 0.0, 3.);
+       fMaxL2 = new TH1F("08_maxL2","Smalest (second) of eigenvalue of covariace matrix", 1000, 0.0, 3.);
+       fMaxDis = new TH1F("09_maxDis","Point dispersion", 1000, 0.0, 10.); // 9
+       //
+        new TH1F("10_adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
+        new TH1F("11_energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
+        new TH1F("12_numberOfPoints","number of points(clusters)", 101, -0.5, 100.5);        // 12
+
+  return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
 }
-void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists()
+
+void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
 {
- recofile=new TFile("reco.root","RECREATE"); 
-       pointE->Write();
-       pointL1->Write();
-       pointL2->Write();
-       pointDis->Write();
-       pointMult->Write();
-       digitAmp->Write();
-      MaxE->Write();
-      MaxL1->Write();
-      MaxL2->Write();
-      MaxDis->Write();
-recofile->Close();
+  AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
 }
 
-void AliEMCALClusterizerv1::ReadFile()
+void  AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo()
 {
-  return; // 3-jan-05
-       FILE *fp = fopen("hijing1.dat","r");
-        for(Int_t line=0;line<9113;line++){
-         Int_t eg,l1,l2,sm;
-         Int_t ncols0;
-         ncols0 = fscanf(fp,"%d %d %d %d",&sm,&l1,&l2,&eg);
-       // cout<<eg<<" "<<l1<<" "<<l2<<endl;
-        addOn[sm-1][l1-1][l2-1]=eg;
-        //addOn[sm-1][l1-1][l2-1]=0;
-       }
+  printf(" AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo() : version %s \n", Version() );
+  TH1F *h = (TH1F*)fHists->At(12);
+  if(h) {
+    printf(" ## Multiplicity of RecPoints ## \n");
+    for(int i=1; i<=h->GetNbinsX(); i++) {
+      int nbin = int((*h)[i]);
+      int mult = int(h->GetBinCenter(i));
+      if(nbin > 0) printf(" %i : %5.5i %6.3f %% \n", mult, nbin, 100.*nbin/h->GetEntries()); 
+    }    
+  }
 }
 
+void AliEMCALClusterizerv1::DrawLambdasHists()
+{
+  if(fMaxL1) {
+    fMaxL1->Draw();
+    if(fMaxL2) fMaxL2->Draw("same");
+    if(fMaxDis) {
+      fMaxDis->Draw("same");
+    }
+  }
+}