proper linking for libHLTrec.so
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
index 9c6bad4..d24a4b6 100644 (file)
  **************************************************************************/
 
 /* $Id$ */
-/* $Log:
-   1 October 2000. Yuri Kharlov:
-     AreNeighbours()
-     PPSD upper layer is considered if number of layers>1
-   18 October 2000. Yuri Kharlov:
-     AliEMCALClusterizerv1()
-     CPV clusterizing parameters added
-     MakeClusters()
-     After first PPSD digit remove EMC digits only once
-*/
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
-//  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
-//                           of new  IO (à la PHOS)
+
+//-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
+//--         Gustavo Conesa (LPSC-Grenoble), move common clusterizer functionalities to mother class
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all 
 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
-//  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
-//  standalone mode.
-// Use Case:
-//  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")  
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//               //reads gAlice from header file "..."                      
-//  root [1] cl->ExecuteTask()  
-//               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
-//  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
-//               //sets another title for Digitis (input) branch
-//  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
-//               //sets another title four output branches
-//  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)  
-//               //set clusterization parameters
-//  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
-//               //once more finds RecPoints options are 
-//               // deb - print number of found rec points
-//               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
-//               // time - print benchmarking results
+//
 
 // --- ROOT system ---
 
-#include "TROOT.h" 
-#include "TFile.h" 
-#include "TFolder.h" 
-#include "TMath.h" 
-#include "TMinuit.h"
-#include "TTree.h" 
-#include "TSystem.h" 
-#include "TBenchmark.h"
+#include <TFile.h> 
+#include <TMath.h> 
+#include <TMinuit.h>
+#include <TTree.h> 
+#include <TBenchmark.h>
+#include <TBrowser.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TList.h>
+#include <TClonesArray.h>
 
 // --- Standard library ---
-
+#include <cassert>
 
 // --- AliRoot header files ---
-
+#include "AliLog.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
-#include "AliEMCALDigitizer.h"
-#include "AliEMCALTowerRecPoint.h"
-#include "AliEMCAL.h"
-#include "AliEMCALGetter.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-#include "AliRun.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
+#include "AliESDCaloCluster.h"
+#include "AliEMCALUnfolding.h"
 
 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
-  
-//____________________________________________________________________________
-  AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
-{
-  // default ctor (to be used mainly by Streamer)
-  
-  InitParameters() ; 
-  fDefaultInit = kTRUE ; 
-}
 
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const char* headerFile, const char* name, const Bool_t toSplit)
-:AliEMCALClusterizer(headerFile, name, toSplit)
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(): AliEMCALClusterizer()
 {
   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
   
-  InitParameters() ; 
-  Init() ;
-  fDefaultInit = kFALSE ; 
-
+  Init();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-  AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry)
+  : AliEMCALClusterizer(geometry)
 {
-  // dtor
-  fSplitFile = 0 ; 
-  
+  // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
+  // use this contructor to avoid usage of Init() which uses runloader
+  // change needed by HLT - MP
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const 
-{ 
-  TString branchName(GetName() ) ;
-  branchName.Remove(branchName.Index(Version())-1) ;
-  return branchName ;
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry, AliEMCALCalibData * calib, AliCaloCalibPedestal * caloped)
+: AliEMCALClusterizer(geometry, calib, caloped)
+{
+  // ctor, geometry and calibration are initialized elsewhere.
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Bool_t inpresho) const
+  AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 {
-  //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database
-  if ( inpresho ) // calibrate as pre shower
-    return -fADCpedestalPreSho + amp * fADCchannelPreSho ; 
-  else //calibrate as tower 
-    return -fADCpedestalTower + amp * fADCchannelTower ;                
+  // dtor
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
+void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
 {
-  // Steering method
-
-  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
-    Init() ;
-
+  // Steering method to perform clusterization for the current event 
+  // in AliEMCALLoader
+  
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
   
   if(strstr(option,"print"))
-    Print("") ; 
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
-  if(gime->BranchExists("RecPoints"))
-    return ;
-  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;
-  Int_t ievent ;
-
-  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
-
-    gime->Event(ievent,"D") ;
-
-    if(ievent == 0)
-      GetCalibrationParameters() ;
-
-    fNumberOfTowerClusters = fNumberOfPreShoClusters = 0 ;
-           
-    MakeClusters() ;
-    
-    if(fToUnfold)
-      MakeUnfolding() ;
-
-    WriteRecPoints(ievent) ;
-
-    if(strstr(option,"deb"))  
-      PrintRecPoints(option) ;
-
-    //increment the total number of digits per run 
-    fRecPointsInRun += gime->TowerRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
-    fRecPointsInRun += gime->PreShowerRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
- }
+    Print(""); 
   
-  if(strstr(option,"tim")){
-    gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
-    Info("Exec", "took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nevents ) ;
-  }
+  //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
+  GetCalibrationParameters();
   
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALTowerRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
-                                   Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
-{ 
-  // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima 
-  // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
-  // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
+  //Get dead channel map from file or digitizer default values.
+  GetCaloCalibPedestal();
+       
+  fNumberOfECAClusters = 0;
   
-
-  gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
-  gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
-  gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
-                                         // To set the address of the minimization function 
-  TList * toMinuit = new TList();
-  toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
-  toMinuit->AddAt(digits,1) ;
+  MakeClusters();  //only the real clusters
   
-  gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
-
-  // filling initial values for fit parameters
-  AliEMCALDigit * digit ;
-
-  Int_t ierflg  = 0; 
-  Int_t index   = 0 ;
-  Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
-
-  Int_t iDigit ;
-
-  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ; 
-
-  for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
-    digit = maxAt[iDigit]; 
-
-    Int_t relid[4] ;
-    Float_t x = 0.;
-    Float_t z = 0.;
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
-
-    Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
-
-    gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){ 
-      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;      
-      return kFALSE;
+  if(fToUnfold){
+    fClusterUnfolding->SetInput(fNumberOfECAClusters,fRecPoints,fDigitsArr);
+    fClusterUnfolding->MakeUnfolding();
+  }
+    
+  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section 
+  Int_t index;
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+    AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index));
+    if(rp){
+      rp->EvalAll(fECAW0,fDigitsArr,fJustClusters);
+      //For each rec.point set the distance to the nearest bad crystal
+      if (fCaloPed)
+        rp->EvalDistanceToBadChannels(fCaloPed);
     }
+    else AliFatal("Null rec point in list!");
   }
-
-  Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
-                      //  depends on it. 
-  Double_t p1 = 1.0 ;
-  Double_t p2 = 0.0 ;
-
-  gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls  
-  gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
-  gMinuit->SetMaxIterations(5);
-  gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
-
-  gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
-
-  if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
-    Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;      
-    return kFALSE ;
-  }            
-  for(index = 0; index < nPar; index++){
-    Double_t err ;
-    Double_t val ;
-    gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
-    fitparameters[index] = val ;
-   }
-
-  delete toMinuit ;
-  return kTRUE;
-
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
-{
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ;
-  const AliEMCALDigitizer * dig = gime->Digitizer(BranchName()) ;
-
-  fADCchannelTower   = dig->GetTowerchannel() ;
-  fADCpedestalTower  = dig->GetTowerpedestal();
-
-  fADCchannelPreSho  = dig->GetPreShochannel() ;
-  fADCpedestalPreSho = dig->GetPreShopedestal() ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Init()
-{
-  // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
-  // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
   
-  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
-    SetTitle("galice.root") ;
-
-  TString branchname = GetName() ;
-  branchname.Remove(branchname.Index(Version())-1) ;
-
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance(GetTitle(), branchname.Data(), fToSplit ) ; 
-  if ( gime == 0 ) {
-    Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ; 
-    return ;
-  } 
-
-  fSplitFile = 0 ;
-  if(fToSplit){
-    // construct the name of the file as /path/EMCAL.SDigits.root
-    //First - extract full path if necessary
-    TString fileName(GetTitle()) ;
-    Ssiz_t islash = fileName.Last('/') ;
-    if(islash<fileName.Length())
-      fileName.Remove(islash+1,fileName.Length()) ;
-    else
-      fileName="" ;
-    // Next - append the file name 
-    fileName+="EMCAL.RecData." ;
-    if((strcmp(branchname.Data(),"Default")!=0)&&(strcmp(branchname.Data(),"")!=0)){
-      fileName+=branchname ;
-      fileName+="." ;
+  fRecPoints->Sort();
+  
+  for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
+    AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index));
+    if(rp){
+      rp->SetIndexInList(index);
+      rp->Print();
     }
-    fileName+="root" ;
-    // Finally - check if the file already opened or open the file
-    fSplitFile = static_cast<TFile*>(gROOT->GetFile(fileName.Data()));   
-    if(!fSplitFile)
-      fSplitFile =  TFile::Open(fileName.Data(),"update") ;
+    else AliFatal("Null rec point in list!");
   }
-
-  const AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
-  fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
-  if(!gMinuit) 
-    gMinuit = new TMinuit(100) ;
-
-  gime->PostClusterizer(this) ;
-  gime->PostRecPoints(branchname ) ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
-{
-  fNumberOfPreShoClusters = fNumberOfTowerClusters = 0 ;   
-  fPreShoClusteringThreshold  = 0.0001;
-  fTowerClusteringThreshold   = 0.2;    
-  fTowerLocMaxCut  = 0.03 ;
-  fPreShoLocMaxCut = 0.03 ;
   
-  fW0     = 4.5 ;
-  fW0CPV  = 4.0 ;
-
-  fTimeGate = 1.e-8 ; 
+  if (fTreeR)
+    fTreeR->Fill();
   
-  fToUnfold = kFALSE ;
+  if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))  
+    PrintRecPoints(option);
   
-  TString clusterizerName( GetName()) ; 
-  if (clusterizerName.IsNull() ) 
-    clusterizerName = "Default" ; 
-  clusterizerName.Append(":") ; 
-  clusterizerName.Append(Version()) ; 
-  SetName(clusterizerName) ;
-  fRecPointsInRun          = 0 ; 
-
+  AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
+  
+  if(strstr(option,"tim")){
+    gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
+    printf("Exec took %f seconds for Clusterizing", 
+           gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
+  }    
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
+Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2, Bool_t & shared) const
 {
-  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
+  // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour; continue searching 
   //                                       = 1 are neighbour
-  //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
-  // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
+  //                                       = 2 is in different SM; continue searching 
+  // In case it is in different SM, but same phi rack, check if neigbours at eta=0
+  // neighbours are defined as digits having at least a common side 
   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
-
-   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::GetInstance()->EMCALGeometry() ;
-
-  Int_t rv = 0 ; 
-
-  Int_t relid1[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
-
-  Int_t relid2[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
-  if ( (relid1[0] == relid2[0]) && (relid1[1]==relid2[1]) ) { // inside the same EMCAL Arm 
-    Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;  
-    Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;  
-    
-    if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
-      if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fTimeGate))
-      rv = 1 ; 
-    }
-    else {
-      if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1)) 
-       rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
-    }
-
-  } 
-  else {
-    
-    if( (relid1[0] < relid2[0]) || (relid1[1] != relid2[1]) )  
-      rv=2 ;
-  }
-  return rv ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALClusterizerv1::IsInTower(AliEMCALDigit * digit) const
-{
-  // Tells if (true) or not (false) the digit is in a EMCAL-Tower 
-  Bool_t rv = kFALSE ; 
-  if (!digit->IsInPreShower()) 
-    rv = kTRUE; 
-  return rv ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALClusterizerv1::IsInPreShower(AliEMCALDigit * digit) const
-{
-  // Tells if (true) or not (false) the digit is in a EMCAL-PreShower
-  Bool_t rv = kFALSE ; 
-  if (digit->IsInPreShower()) 
-    rv = kTRUE; 
-  return rv ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints(Int_t event)
-{
-
-  // Creates new branches with given title
-  // fills and writes into TreeR.
-
-  AliEMCALGetter *gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
-  TObjArray * towerRecPoints = gime->TowerRecPoints() ; 
-  TObjArray * preshoRecPoints = gime->PreShowerRecPoints() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  TTree * treeR ; 
   
-  if(fToSplit){
-    if(!fSplitFile)
-      return ;
-    fSplitFile->cd() ;
-    TString name("TreeR") ;
-    name += event ; 
-    treeR = dynamic_cast<TTree*>(fSplitFile->Get(name)); 
-  }
-  else{
-    treeR = gAlice->TreeR();
-  }
-
-  if(!treeR){
-    gAlice->MakeTree("R", fSplitFile);
-    treeR = gAlice->TreeR() ;
-  }
-  Int_t index ;
-  //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties...
-  for(index = 0; index < towerRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(index)))->EvalAll(fW0,digits) ;
+  Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
+  Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
   
-  towerRecPoints->Sort() ;
-
-  for(index = 0; index < towerRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
-
-  towerRecPoints->Expand(towerRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
-  //Now the same for pre shower
-  for(index = 0; index < preshoRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)))->EvalAll(fW0CPV,digits)  ;
-  preshoRecPoints->Sort() ;
-
-  for(index = 0; index < preshoRecPoints->GetEntries(); index++)
-    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
-
-  preshoRecPoints->Expand(preshoRecPoints->GetEntriesFast()) ;
+  shared = kFALSE;
   
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-
-  //First Tower branch
-  TBranch * towerBranch = treeR->Branch("EMCALTowerRP","TObjArray",&towerRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  towerBranch->SetTitle(BranchName());
+  fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
+  fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
   
-  //Now Pre Shower branch 
-  TBranch * preshoBranch = treeR->Branch("EMCALPreShoRP","TObjArray",&preshoRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-  preshoBranch->SetTitle(BranchName());
+  //If different SM, check if they are in the same phi, then consider cells close to eta=0 as neighbours; May 2010
+  if (nSupMod1 != nSupMod2 ) {
+    //Check if the 2 SM are in the same PHI position (0,1), (2,3), ...
+    Float_t smPhi1 = fGeom->GetEMCGeometry()->GetPhiCenterOfSM(nSupMod1);
+    Float_t smPhi2 = fGeom->GetEMCGeometry()->GetPhiCenterOfSM(nSupMod2);
     
-  //And Finally  clusterizer branch
-  AliEMCALClusterizerv1 * cl = (AliEMCALClusterizerv1*)gime->Clusterizer(BranchName()) ;
-  TBranch * clusterizerBranch = treeR->Branch("AliEMCALClusterizer","AliEMCALClusterizerv1",
-                                             &cl,bufferSize,splitlevel);
-  clusterizerBranch->SetTitle(BranchName());
-
-  towerBranch        ->Fill() ;
-  preshoBranch        ->Fill() ;
-  clusterizerBranch->Fill() ;
-
-  treeR->AutoSave() ; //Write(0,kOverwrite) ;  
-  if(gAlice->TreeR()!=treeR)
-    treeR->Delete(); 
+    if(!TMath::AreEqualAbs(smPhi1, smPhi2, 1e-3)) return 2; //Not phi rack equal, not neighbours
+    
+    // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
+    // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
+    if(nSupMod1%2) ieta1+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    else           ieta2+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    
+    shared = kTRUE; // maybe a shared cluster, we know this later, set it for the moment.
+  } //Different SM, same phi
+  
+  Int_t rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
+  Int_t coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2);  
+  
+  // neighbours with at least common side; May 11, 2007
+  if ((coldiff==0 && TMath::Abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && TMath::Abs(coldiff)==1)) {  
+    //Diagonal?
+    //if ((coldiff==0 && TMath::Abs(rowdiff==1)) || (rowdiff==0 && TMath::Abs(coldiff==1)) || (TMath::Abs(rowdiff)==1 && TMath::Abs(coldiff==1))) rv = 1;
+    
+    if (gDebug == 2) 
+      printf("AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(): id1=%d, (row %d, col %d) ; id2=%d, (row %d, col %d), shared %d \n",
+            d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2, shared);   
+    return 1;
+  } //Neighbours
+  else {
+    shared = kFALSE;
+    return 2; 
+  } //Not neighbours
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -507,278 +210,86 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 {
   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
-    
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::GetInstance() ; 
+  // Mar 03, 2007 by PAI
   
-  TObjArray * towerRecPoints  = gime->TowerRecPoints(BranchName()) ; 
-  TObjArray * preshoRecPoints = gime->PreShowerRecPoints(BranchName()) ; 
-  towerRecPoints->Delete() ;
-  preshoRecPoints->Delete() ;
-  
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  if ( !digits ) {
-    Fatal("MakeClusters -> Digits with name %s not found", GetName() ) ; 
-  } 
-  TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
+  if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
   
+  fRecPoints->Delete();
   
-  // Clusterization starts  
+  // Set up TObjArray with pointers to digits to work on calibrated digits 
+  TObjArray *digitsC = new TObjArray();
+  AliEMCALDigit *digit;
+  Float_t dEnergyCalibrated = 0.0, ehs = 0.0, time = 0.0;
+  TIter nextdigit(fDigitsArr);
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // calibrate and clean up digits
+    dEnergyCalibrated =  digit->GetAmplitude();
+    time              =  digit->GetTime();
+    Calibrate(dEnergyCalibrated,time,digit->GetId());
+    digit->SetCalibAmp(dEnergyCalibrated);
+    digit->SetTime(time);
+
+    if ( dEnergyCalibrated < fMinECut || time > fTimeMax || time < fTimeMin ){
+      continue;
+    }
+    else if (!fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()))
+      continue;
+    else{
+      ehs += dEnergyCalibrated;
+      digitsC->AddLast(digit);
+    }
+  } 
   
-  TIter nextdigit(digitsC) ; 
-  AliEMCALDigit * digit ; 
-  Bool_t notremoved = kTRUE ;
+  AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %f\n",
+                  fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
   
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
-    AliEMCALRecPoint * clu = 0 ; 
-    
-    TArrayI clusterdigitslist(1500) ;   
-    Int_t index ;
-    if (( IsInTower (digit)  && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower()) > fTowerClusteringThreshold  ) || 
-        ( IsInPreShower (digit) && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower()) > fPreShoClusteringThreshold  ) ) {
+  TIter nextdigitC(digitsC);
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
+    TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
+    dEnergyCalibrated = digit->GetCalibAmp();
+    time              = digit->GetTime();
+    if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && ( dEnergyCalibrated > fECAClusteringThreshold  ) ){
+      // start a new Tower RecPoint
+      if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1);
       
-      Int_t iDigitInCluster = 0 ; 
+      AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint(""); 
+      fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters);
+      recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)); 
+      if (recPoint) {
+        fNumberOfECAClusters++; 
+        
+        recPoint->SetClusterType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
+        recPoint->AddDigit(*digit, digit->GetCalibAmp(), kFALSE); //Time or TimeR?
+        TObjArray clusterDigits;
+        clusterDigits.AddLast(digit);  
+        digitsC->Remove(digit); 
+        
+        AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(), dEnergyCalibrated, fECAClusteringThreshold));  //Time or TimeR?
       
-      if  ( IsInTower(digit) ) {   
-       // start a new Tower RecPoint
-       if(fNumberOfTowerClusters >= towerRecPoints->GetSize()) 
-         towerRecPoints->Expand(2*fNumberOfTowerClusters+1) ;
-       
-       towerRecPoints->AddAt(new  AliEMCALTowerRecPoint(""), fNumberOfTowerClusters) ;
-       clu = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(towerRecPoints->At(fNumberOfTowerClusters)) ; 
-       fNumberOfTowerClusters++ ; 
-       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower())) ; 
-       clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList() ;  
-       iDigitInCluster++ ; 
-       digitsC->Remove(digit) ; 
-       
-      } else { 
-       
-       // start a new Pre Shower cluster
-       if(fNumberOfPreShoClusters >= preshoRecPoints->GetSize()) 
-         preshoRecPoints->Expand(2*fNumberOfPreShoClusters+1);
-       
-       preshoRecPoints->AddAt(new AliEMCALTowerRecPoint(""), fNumberOfPreShoClusters) ;
-       
-       clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(preshoRecPoints->At(fNumberOfPreShoClusters))  ;  
-       fNumberOfPreShoClusters++ ; 
-       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->IsInPreShower() ) );     
-       clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList()  ; 
-       iDigitInCluster++ ; 
-       digitsC->Remove(digit) ; 
-       nextdigit.Reset() ;
-       
-       // Here we remove remaining Tower digits, which cannot make a cluster
-       
-       if( notremoved ) { 
-         while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
-           if( IsInTower(digit) )
-             digitsC->Remove(digit) ;
-           else 
-             break ; 
-         }
-         notremoved = kFALSE ;
-       }
-       
-      } // else        
-      
-      nextdigit.Reset() ;
-      
-      AliEMCALDigit * digitN ; 
-      index = 0 ;
-      while (index < iDigitInCluster){ // scan over digits already in cluster 
-       digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterdigitslist[index])  ;      
-       index++ ; 
-        while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits 
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), digitN->IsInPreShower() ) ) ;
-           clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInCluster++ ; 
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-           break ;
-          case 2 :   // too far from each other
-           goto endofloop;   
-         } // switch
-         
-       } // while digitN
-       
-      endofloop: ;
-       nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over cluster     
-    } // energy theshold     
-  } // while digit  
-  delete digitsC ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
-{
-  Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
-{ 
-  // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
-  // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
-
-  Double_t r4    = r*r*r*r ;
-  Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
-  Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
-  return shape ;
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALTowerRecPoint * iniTower, 
-                                                Int_t nMax, 
-                                                AliEMCALDigit ** maxAt, 
-                                                Float_t * maxAtEnergy)
-{
-  // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
-  
-  Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Double_t & fret, Double_t * x, Int_t iflag)
-{
-  // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
-  // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
-  
-  ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
-}
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * option)const
-{
-  // Print clusterizer parameters
-
-  TString message("\n") ; 
+        // Grow cluster by finding neighbours
+        TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
+        
+        while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster 
+          TIter nextdigitN(digitsC); 
+          AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
+          while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
+            //Do not add digits with too different time 
+            Bool_t shared = kFALSE;//cluster shared by 2 SuperModules?
+            if(TMath::Abs(time - digitN->GetTime()) > fTimeCut ) continue; //Time or TimeR?
+            if (AreNeighbours(digit, digitN, shared)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT order !!!!! 
+              recPoint->AddDigit(*digitN, digitN->GetCalibAmp(), shared); 
+              clusterDigits.AddLast(digitN); 
+              digitsC->Remove(digitN); 
+            } // if(ineb==1)
+          } // scan over digits
+        } // scan over digits already in cluster
+        
+        AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy())); 
+      }//recpoint
+      else AliFatal("Null recpoint in array!");
+    } // If seed found
+  } // while digit 
   
-  if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
-    
-    // Print parameters
-    TString taskName(GetName()) ; 
-    taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
-    
-    message += "--------------- " ; 
-    message += taskName.Data() ; 
-    message += " " ; 
-    message += GetTitle() ; 
-    message += "-----------\n" ;  
-    message += "Clusterizing digits from the file: " ; 
-    message += taskName.Data() ;  
-    message += "\n                           Branch: " ; 
-    message += GetName() ;  
-    message += "\n                       EMC Clustering threshold = " ; 
-    message += fTowerClusteringThreshold ; 
-    message += "\n                       EMC Local Maximum cut    = " ;
-    message += fTowerLocMaxCut ; 
-    message += "\n                       EMC Logarothmic weight   = " ;
-    message += fW0 ;
-    message += "\n                       CPV Clustering threshold = " ; 
-    message += fPreShoClusteringThreshold ;
-    message += "\n                       CPV Local Maximum cut    = " ;
-    message += fPreShoLocMaxCut ;
-    message += "\n                       CPV Logarothmic weight   = " ; 
-    message += fW0CPV ;
-    if(fToUnfold)
-      message +="\nUnfolding on\n" ;
-    else
-      message += "\nUnfolding off\n";
-    
-    message += "------------------------------------------------------------------" ; 
-  }
-  else
-    message += "AliEMCALClusterizerv1 not initialized " ;
-  
-  Info("Print", message.Data() ) ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
-{
-  // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
-
-  TObjArray * towerRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->TowerRecPoints() ; 
-  TObjArray * preshoRecPoints = AliEMCALGetter::GetInstance()->PreShowerRecPoints() ; 
-
-  TString message("\n")  ;
-
-  message += "event " ; 
-  message += gAlice->GetEvNumber() ;
-  message += "\n       Found " ; 
-  message += towerRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  message += " TOWER Rec Points and " ;
-  message += preshoRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  message += " PRE SHOWER RecPoints\n" ;
-
-  fRecPointsInRun +=  towerRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  fRecPointsInRun +=  preshoRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-
-  char * tempo = new char[8192]; 
-  
-  if(strstr(option,"all")) {
-
-    message += "Tower clusters\n" ;
-    message += "Index    Ene(MeV) Multi Module     phi     r   theta  Lambda 1 Lambda 2  # of prim  Primaries list\n" ;      
-    
-    Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < towerRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(towerRecPoints->At(index)) ; 
-      TVector3  globalpos;  
-      rp->GetGlobalPosition(globalpos);
-      Float_t lambda[2]; 
-      rp->GetElipsAxis(lambda);
-      Int_t * primaries; 
-      Int_t nprimaries;
-      primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      sprintf(tempo, "\n%6d  %8.2f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f %4f  %4f    %2d     : ", 
-             rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(), 
-             globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
-      message += tempo ; 
-     
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       sprintf(tempo, "%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-       message += tempo ;
-      } 
-    }
-
-    //Now plot Pre shower recPoints
-
-    message += "\n-----------------------------------------------------------------------\n" ;
-
-    message += "PreShower clusters\n" ;
-    message += "Index    Ene(MeV) Multi Module     phi     r   theta  Lambda 1 Lambda 2  # of prim  Primaries list\n" ;      
-    
-    for (index = 0 ; index < preshoRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(preshoRecPoints->At(index)) ; 
-      TVector3  globalpos;  
-      rp->GetGlobalPosition(globalpos);
-      Float_t lambda[2]; 
-      rp->GetElipsAxis(lambda);
-      Int_t * primaries;
-      Int_t nprimaries;
-      primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      sprintf(tempo, "\n%6d  %8.2f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f %4f  %4f    %2d     : ", 
-             rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(), 
-             globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
-      message += tempo ; 
-  
-      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
-       sprintf(tempo, "%d ", primaries[iprimary] ) ; 
-       message += tempo ;
-      }         
-    }
-
-    message += "\n-----------------------------------------------------------------------" ;
-  }
-  delete tempo ; 
-  Info("PrintRecPoints", message.Data() ) ; 
+  delete digitsC;
   
+  AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
 }