]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALQADataMakerRec.cxx
change definition of TRU fitter, remove unneeded class dependencies
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALQADataMakerRec.cxx
index 3e5822b78577caab19d38bf2f0a0ce49dd87e29b..a1b51e92475160a5478b46e7a18818ec582008bf 100644 (file)
@@ -17,7 +17,15 @@ Based on the QA code for PHOS written by Yves Schutz July 2007
 
 Authors:  J.Klay (Cal Poly) May 2008
           S. Salur LBL April 2008
+Created one histogram for QA shifter;-- Yaxian Mao: 11/2009
+The idea:average counts for all the towers should be flat 
+Change all existing histograms as experts
 
+Change histograms for DQM shifter: --  Yaxian Mao 04/2010
+Calcuate the amplitude ratio from current run and the LED reference, for QAChecker use
+Also calculate the ratio of amplitude from LED Monitor system (current/Reference), to check LED system  
 */
 
 // --- ROOT system ---
@@ -26,38 +34,125 @@ Authors:  J.Klay (Cal Poly) May 2008
 #include <TH1F.h> 
 #include <TH1I.h> 
 #include <TH2F.h> 
-
+#include <TLine.h>
+#include <TText.h>
+#include <TProfile.h> 
+#include <TProfile2D.h> 
+#include <TStyle.h>
 // --- Standard library ---
 
+
 // --- AliRoot header files ---
+#include "AliDAQ.h"
 #include "AliESDCaloCluster.h"
 #include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliESDEvent.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliEMCALQADataMakerRec.h"
 #include "AliQAChecker.h"
+#include "AliEMCALDigit.h" 
 #include "AliEMCALRecPoint.h" 
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 #include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliRawReader.h"
+#include "AliCaloRawStreamV3.h"
+#include "AliEMCALGeoParams.h"
+#include "AliRawEventHeaderBase.h"
+#include "AliQAManager.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+
+#include "AliCaloBunchInfo.h"
+#include "AliCaloFitResults.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzer.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzerFactory.h"
+
+#include "AliEMCALGeometry.h"
+#include "AliEMCALTriggerSTURawStream.h"
+
+
+using namespace std;
 
 ClassImp(AliEMCALQADataMakerRec)
            
 //____________________________________________________________________________ 
-  AliEMCALQADataMakerRec::AliEMCALQADataMakerRec() : 
-  AliQADataMakerRec(AliQAv1::GetDetName(AliQAv1::kEMCAL), "EMCAL Quality Assurance Data Maker")
+AliEMCALQADataMakerRec::AliEMCALQADataMakerRec(Int_t fitAlgo) :
+  AliQADataMakerRec(AliQAv1::GetDetName(AliQAv1::kEMCAL), "EMCAL Quality Assurance Data Maker"),
+  fFittingAlgorithm(0),
+  fRawAnalyzer(0),
+  fRawAnalyzerTRU(0),
+  fGeom(0),
+  fSuperModules(20), // number of SuperModules; updated to 20 for EMCal + DCal 
+  fFirstPedestalSample(0),
+  fLastPedestalSample(3),
+  fFirstPedestalSampleTRU(0),
+  fLastPedestalSampleTRU(3),
+  fMinSignalLG(0),
+  fMaxSignalLG(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
+  fMinSignalHG(0),
+  fMaxSignalHG(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
+  fMinSignalTRU(0),
+  fMaxSignalTRU(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
+  fMinSignalLGLEDMon(0),
+  fMaxSignalLGLEDMon(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
+  fMinSignalHGLEDMon(0),
+  fMaxSignalHGLEDMon(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
+  fCalibRefHistoPro(NULL),
+  fCalibRefHistoH2F(NULL),
+  fLEDMonRefHistoPro(NULL),
+  fHighEmcHistoH2F(NULL)
+//  fTextSM(new TText*[fSuperModules]) ,
+//  fLineCol(NULL),
+//  fLineRow(NULL)
+
 {
   // ctor
+  SetFittingAlgorithm(fitAlgo);
+
+  fGeom = new AliEMCALGeometry("EMCAL_COMPLETE12SMV1_DCAL_8SM", "EMCAL");
+//  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
+//    fTextSM[sm] = NULL ;
+//  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
 AliEMCALQADataMakerRec::AliEMCALQADataMakerRec(const AliEMCALQADataMakerRec& qadm) :
-  AliQADataMakerRec()
+  AliQADataMakerRec(), 
+  fFittingAlgorithm(0),
+  fRawAnalyzer(0),
+  fRawAnalyzerTRU(0),
+       fGeom(0),
+  fSuperModules(qadm.GetSuperModules()), 
+  fFirstPedestalSample(qadm.GetFirstPedestalSample()), 
+  fLastPedestalSample(qadm.GetLastPedestalSample()),  
+  fFirstPedestalSampleTRU(qadm.GetFirstPedestalSampleTRU()), 
+  fLastPedestalSampleTRU(qadm.GetLastPedestalSampleTRU()),  
+  fMinSignalLG(qadm.GetMinSignalLG()),
+  fMaxSignalLG(qadm.GetMaxSignalLG()),
+  fMinSignalHG(qadm.GetMinSignalHG()),
+  fMaxSignalHG(qadm.GetMaxSignalHG()),
+  fMinSignalTRU(qadm.GetMinSignalTRU()),
+  fMaxSignalTRU(qadm.GetMaxSignalTRU()),
+  fMinSignalLGLEDMon(qadm.GetMinSignalLGLEDMon()),
+  fMaxSignalLGLEDMon(qadm.GetMaxSignalLGLEDMon()),
+  fMinSignalHGLEDMon(qadm.GetMinSignalHGLEDMon()),
+  fMaxSignalHGLEDMon(qadm.GetMaxSignalHGLEDMon()),
+  fCalibRefHistoPro(NULL),
+  fCalibRefHistoH2F(NULL),
+  fLEDMonRefHistoPro(NULL),
+  fHighEmcHistoH2F(NULL)
+//  fTextSM(new TText*[fSuperModules]) ,
+//  fLineCol(NULL),
+//  fLineRow(NULL)
 {
   //copy ctor 
   SetName((const char*)qadm.GetName()) ; 
   SetTitle((const char*)qadm.GetTitle()); 
+  SetFittingAlgorithm(qadm.GetFittingAlgorithm());
+  
+//  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
+//    fTextSM[sm] = qadm.fTextSM[sm] ;
+//  }  
 }
 
 //__________________________________________________________________
@@ -66,6 +161,11 @@ AliEMCALQADataMakerRec& AliEMCALQADataMakerRec::operator = (const AliEMCALQAData
   // Equal operator.
   this->~AliEMCALQADataMakerRec();
   new(this) AliEMCALQADataMakerRec(qadm);
+//  fLineCol = NULL;
+//  fLineRow = NULL;
+//  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
+//    fTextSM[sm] = qadm.fTextSM[sm] ;
+//  }    
   return *this;
 }
  
@@ -73,10 +173,68 @@ AliEMCALQADataMakerRec& AliEMCALQADataMakerRec::operator = (const AliEMCALQAData
 void AliEMCALQADataMakerRec::EndOfDetectorCycle(AliQAv1::TASKINDEX_t task, TObjArray ** list)
 {
   //Detector specific actions at end of cycle
+       
+//  if(fCycleCounter)
+//       GetRawsData(kNEventsPerTower)->Scale(1./fCycleCounter);
+
   // do the QA checking
+  ResetEventTrigClasses(); // reset triggers list to select all histos
   AliQAChecker::Instance()->Run(AliQAv1::kEMCAL, task, list) ;  
 }
 
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliEMCALQADataMakerRec::GetCalibRefFromOCDB()
+{
+  //Get the reference histogram from OCDB
+  TString sName1("hHighEmcalRawMaxMinusMin") ;
+  TString sName2("hLowLEDMonEmcalRawMaxMinusMin") ;
+  sName1.Prepend(Form("%s_", AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib))) ; 
+  sName2.Prepend(Form("%s_", AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib))) ; 
+  
+  TString refStorage(AliQAv1::GetQARefStorage()) ;
+  if (!refStorage.Contains(AliQAv1::GetLabLocalOCDB()) && !refStorage.Contains(AliQAv1::GetLabAliEnOCDB())) {
+    AliFatal(Form("%s is not a valid location for reference data", refStorage.Data())) ; 
+  } else {
+    AliQAManager* manQA = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRAWS) ;    
+    AliQAv1::SetQARefDataDirName(AliRecoParam::kCalib) ;
+    if ( ! manQA->GetLock() ) { 
+      manQA->SetDefaultStorage(AliQAv1::GetQARefStorage()) ; 
+      manQA->SetSpecificStorage("*", AliQAv1::GetQARefStorage()) ;
+      manQA->SetRun(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ; 
+      manQA->SetLock() ; 
+    }
+    char * detOCDBDir = Form("%s/%s/%s", GetName(), AliQAv1::GetRefOCDBDirName(), AliQAv1::GetRefDataDirName()) ; 
+    AliCDBEntry * entry = manQA->Get(detOCDBDir, manQA->GetRun()) ;
+    if (entry) {
+      TList * listDetQAD =static_cast<TList *>(entry->GetObject()) ;
+      if ( strcmp(listDetQAD->ClassName(), "TList") != 0 ) {
+        AliError(Form("Expected a Tlist and found a %s for detector %s", listDetQAD->ClassName(), GetName())) ; 
+        listDetQAD = NULL ; 
+      }
+      TObjArray * dirOCDB= NULL ; 
+      if ( listDetQAD )
+        dirOCDB = static_cast<TObjArray *>(listDetQAD->FindObject(Form("%s/%s", AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS).Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib)))) ;       
+      if (dirOCDB){
+        fCalibRefHistoPro = dynamic_cast<TProfile *>(dirOCDB->FindObject(sName1.Data())) ; 
+        fLEDMonRefHistoPro = dynamic_cast<TProfile *>(dirOCDB->FindObject(sName2.Data())) ; 
+      }
+    }
+  }
+  if(fCalibRefHistoPro && fLEDMonRefHistoPro){
+    
+    //Defining histograms binning, each 2D histogram covers all SMs
+    Int_t nSMSectors = fSuperModules / 2; // 2 SMs per sector
+    Int_t nbinsZ = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    Int_t nbinsPhi = nSMSectors * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
+    
+    if(!fCalibRefHistoH2F)
+      fCalibRefHistoH2F =  new TH2F("hCalibRefHisto", "hCalibRefHisto", nbinsZ, -0.5, nbinsZ - 0.5, nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi -0.5);
+    ConvertProfile2H(fCalibRefHistoPro,fCalibRefHistoH2F) ; 
+  } else {
+    AliFatal(Form("No reference object with name %s or %s found", sName1.Data(), sName2.Data())) ; 
+  }
+}
 //____________________________________________________________________________ 
 void AliEMCALQADataMakerRec::InitESDs()
 {
@@ -84,91 +242,290 @@ void AliEMCALQADataMakerRec::InitESDs()
   const Bool_t expert   = kTRUE ; 
   const Bool_t image    = kTRUE ; 
   
-  TH1F * h1 = new TH1F("hESDCaloClusterE",  "ESDs CaloCluster energy in EMCAL",    200, 0., 20.) ; 
+  TH1F * h1 = new TH1F("hESDCaloClusterE",  "ESDs CaloCluster energy in EMCAL;Energy [GeV];Counts",    200, 0., 100.) ; 
   h1->Sumw2() ;
   Add2ESDsList(h1, kESDCaloClusE, !expert, image)  ;                                                     
 
-  TH1I * h2 = new TH1I("hESDCaloClusterM", "ESDs CaloCluster multiplicity in EMCAL", 100, 0,  100) ; 
+  TH1I * h2 = new TH1I("hESDCaloClusterM", "ESDs CaloCluster multiplicity in EMCAL;# of Clusters;Entries", 100, 0,  100) ; 
   h2->Sumw2() ;
   Add2ESDsList(h2, kESDCaloClusM, !expert, image)  ;
 
-  TH1F * h3 = new TH1F("hESDCaloCellA",  "ESDs CaloCell amplitude in EMCAL",    500, 0., 250.) ; 
+  TH1F * h3 = new TH1F("hESDCaloCellA",  "ESDs CaloCell amplitude in EMCAL;Energy [GeV];Counts",    500, 0., 50.) ; 
   h3->Sumw2() ;
   Add2ESDsList(h3, kESDCaloCellA, !expert, image)  ;  
  
-  TH1I * h4 = new TH1I("hESDCaloCellM", "ESDs CaloCell multiplicity in EMCAL", 200, 0,  1000) ; 
+  TH1I * h4 = new TH1I("hESDCaloCellM", "ESDs CaloCell multiplicity in EMCAL;# of Clusters;Entries", 200, 0,  1000) ; 
   h4->Sumw2() ;
   Add2ESDsList(h4, kESDCaloCellM, !expert, image) ;
-       
+  //
+  ClonePerTrigClass(AliQAv1::kESDS); // this should be the last line   
+}
+
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliEMCALQADataMakerRec::InitDigits()
+{
+  // create Digits histograms in Digits subdir
+  const Bool_t expert   = kTRUE ; 
+  const Bool_t image    = kTRUE ; 
+  
+  TH1I * h0 = new TH1I("hEmcalDigits",    "Digits amplitude distribution in EMCAL;Amplitude [ADC counts];Counts",    500, 0, 500) ; 
+  h0->Sumw2() ;
+  Add2DigitsList(h0, 0, !expert, image) ;
+  TH1I * h1 = new TH1I("hEmcalDigitsMul", "Digits multiplicity distribution in EMCAL;# of Digits;Entries", 200, 0, 2000) ; 
+  h1->Sumw2() ;
+  Add2DigitsList(h1, 1, !expert, image) ;
+  //
+  ClonePerTrigClass(AliQAv1::kDIGITS); // this should be the last line
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
 void AliEMCALQADataMakerRec::InitRecPoints()
 {
-  // create Reconstructed Points histograms in RecPoints subdir
+  // create Reconstructed PoInt_ts histograms in RecPoints subdir
   const Bool_t expert   = kTRUE ; 
   const Bool_t image    = kTRUE ; 
   
-  TH1F* h0 = new TH1F("hEMCALRpE","EMCAL RecPoint energies",200, 0.,20.); //GeV
+  TH1F* h0 = new TH1F("hEMCALRpE","EMCAL RecPoint energies;Energy [GeV];Counts",200, 0.,20.); //GeV
   h0->Sumw2();
   Add2RecPointsList(h0,kRecPE, !expert, image);
 
-  TH1I* h1 = new TH1I("hEMCALRpM","EMCAL RecPoint multiplicities",100,0,100);
+  TH1I* h1 = new TH1I("hEMCALRpM","EMCAL RecPoint multiplicities;# of Clusters;Entries",100,0,100);
   h1->Sumw2();
   Add2RecPointsList(h1,kRecPM, !expert, image);
 
-  TH1I* h2 = new TH1I("hEMCALRpDigM","EMCAL RecPoint Digit Multiplicities",20,0,20);
+  TH1I* h2 = new TH1I("hEMCALRpDigM","EMCAL RecPoint Digit Multiplicities;# of Digits;Entries",20,0,20);
   h2->Sumw2();
   Add2RecPointsList(h2,kRecPDigM, !expert, image);
-
+  //
+  ClonePerTrigClass(AliQAv1::kRECPOINTS); // this should be the last line
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
 void AliEMCALQADataMakerRec::InitRaws()
 {
   // create Raws histograms in Raws subdir
-  //these need more thought
-  /*
-   const Bool_t expert   = kTRUE ; 
-   const Bool_t saveCorr = kTRUE ; 
-   const Bool_t image    = kTRUE ; 
-  
-  TH1I * h0 = new TH1I("hLowEmcalSupermodules",    "Low Gain digits in EMCAL supermodules",       12, 0, 12) ;
-  h0->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h0, kNsmodLG, !expert, image, !saveCorr) ;
-  TH1I * h1 = new TH1I("hHighEmcalSupermodules",   "High Gain Digits in EMCAL supermodules",       12, 0, 12) ;
-  h1->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h1, kNsmodHG, !expert, image, !saveCorr) ;
+  const Bool_t expert   = kTRUE ; 
+  const Bool_t saveCorr = kTRUE ; 
+  const Bool_t image    = kTRUE ; 
+  const Option_t *profileOption = "s";
 
-  TH1F * h2 = new TH1F("hLowEmcalRawtime", "Low Gain Time of raw digits in EMCAL", 500, -50., 200.) ;
-  h2->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h2, kLGtime, !expert, image, !saveCorr) ;
-  TH1F * h3 = new TH1F("hHighEmcalRawtime", "High Gain Time of raw digits in EMCAL", 500, -50., 200.) ;
-  h3->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h3, kHGtime, !expert, image, !saveCorr) ;
+  Int_t nTowersPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; // number of towers in a SuperModule; 24x48
+  Int_t nTot = fSuperModules * nTowersPerSM; // max number of towers in all SuperModules
+    
+  //Defining histograms binning, each 2D histogram covers all SMs
+  Int_t nSMSectors = fSuperModules / 2; // 2 SMs per sector
+  Int_t nbinsZ = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+  Int_t nbinsPhi = nSMSectors * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
+       
+  Int_t nTRUCols = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUCols; //total TRU columns for 2D TRU histos
+  Int_t nTRURows = nSMSectors*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRURows; //total TRU rows for 2D TRU histos
+   // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
+  TProfile * h0 = new TProfile("hLowEmcalSupermodules", "Low Gain EMC: # of towers vs SuperMod;SM Id;# of towers",
+                              fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h0, kNsmodLG, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * h1 = new TProfile("hHighEmcalSupermodules", "High Gain EMC: # of towers vs SuperMod;SM Id;# of towers",  
+                              fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ; 
+  Add2RawsList(h1, kNsmodHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 
-  TH1F * h4 = new TH1F("hLowEmcalRawEnergy", "Low Gain Energy of raw digits in EMCAL", 500, 0., 1000.) ;
-  h4->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h4, kSpecLG, !expert, image, !saveCorr) ;
-  TH1F * h5 = new TH1F("hHighEmcalRawEnergy", "High Gain Energy of raw digits in EMCAL",500,0., 1000.) ;
-  h5->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h5, kSpecHG, !expert, image, !saveCorr) ;
+  // where did max sample occur? (bins are towers)
+  TProfile * h2 = new TProfile("hLowEmcalRawtime", "Low Gain EMC: Time at Max vs towerId;Tower Id;Time [ticks]", 
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h2, kTimeLG, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * h3 = new TProfile("hHighEmcalRawtime", "High Gain EMC: Time at Max vs towerId;Tower Id;Time [ticks]", 
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h3, kTimeHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 
-  TH1I * h6 = new TH1I("hLowNtot", "Low Gain Total Number of raw digits in EMCAL", 500, 0, 10000) ;
+  // how much above pedestal was the max sample?  (bins are towers)
+  TProfile * h4 = new TProfile("hLowEmcalRawMaxMinusMin", "Low Gain EMC: Max - Min vs towerId;Tower Id;Max-Min [ADC counts]", 
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h4, kSigLG, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * h5 = new TProfile("hHighEmcalRawMaxMinusMin", "High Gain EMC: Max - Min vs towerId;Tower Id;Max-Min [ADC counts]",
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h5, kSigHG, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // total counter: channels per event
+  TH1I * h6 = new TH1I("hLowNtot", "Low Gain EMC: Total Number of found towers;# of Towers;Counts", 200, 0, nTot) ;
   h6->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h6, kNtotLG, !expert, image, !saveCorr) ;
-  TH1I * h7 = new TH1I("hHighNtot", "High Gain Total Number of raw digits in EMCAL",500,0, 10000) ;
+  Add2RawsList(h6, kNtotLG, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TH1I * h7 = new TH1I("hHighNtot", "High Gain EMC: Total Number of found towers;# of Towers;Counts", 200,0, nTot) ;
   h7->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h7, kNtotHG, !expert, image, !saveCorr) ;
+  Add2RawsList(h7, kNtotHG, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // pedestal (bins are towers)
+  TProfile * h8 = new TProfile("hLowEmcalRawPed", "Low Gain EMC: Pedestal vs towerId;Tower Id;Pedestal [ADC counts]", 
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h8, kPedLG, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * h9 = new TProfile("hHighEmcalRawPed", "High Gain EMC: Pedestal vs towerId;Tower Id;Pedestal [ADC counts]",
+                              nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(h9, kPedHG, expert, !image, !saveCorr) ;
+       
+  // now repeat the same for TRU and LEDMon data
+  Int_t nTot2x2 = fSuperModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM * AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU; // max number of TRU channels for all SuperModules
+
+  // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
+  TProfile * hT0 = new TProfile("hTRUEmcalSupermodules", "TRU EMC: # of TRU channels vs SuperMod;SM Id;# of TRU channels",
+                               fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hT0, kNsmodTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // how much above pedestal was the max sample?  (bins are TRU channels)
+  TProfile * hT1 = new TProfile("hTRUEmcalRawMaxMinusMin", "TRU EMC: Max - Min vs 2x2Id;2x2 Id;Max-Min [ADC counts]", 
+                               nTot2x2, -0.5, nTot2x2-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hT1, kSigTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // total counter: channels per event
+  TH1I * hT2 = new TH1I("hTRUNtot", "TRU EMC: Total Number of found TRU channels;# of TRU Channels;Counts", 200, 0, nTot2x2) ;
+  hT2->Sumw2() ;
+  Add2RawsList(hT2, kNtotTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // L0 trigger hits: # of hits (bins are TRU channels)
+  TH2I * hT3 = new TH2I("hTRUEmcalL0hits", "L0 trigger hits: Total number of 2x2 L0 generated",  nTRUCols, -0.5, nTRUCols - 0.5, nTRURows, -0.5, nTRURows-0.5);
+  hT3->SetOption("COLZ");
+  //hT3->Sumw2();
+  Add2RawsList(hT3, kNL0TRU, expert, image, !saveCorr);
+
+  // L0 trigger hits: average time (bins are TRU channels)
+  TProfile2D * hT4 = new TProfile2D("hTRUEmcalL0hitsAvgTime", "L0 trigger hits: average time bin", nTRUCols, -0.5, nTRUCols - 0.5, nTRURows, -0.5, nTRURows-0.5, profileOption);
+  hT4->SetOption("COLZ");
+  Add2RawsList(hT4, kTimeL0TRU, expert, image, !saveCorr);
+
+  // L0 trigger hits: first in the event (bins are TRU channels)
+  TH1I * hT5 = new TH1I("hTRUEmcalL0hitsFirst", "L0 trigger hits: First hit in the event", nTot2x2, -0.5, nTot2x2);
+  hT5->Sumw2();
+  Add2RawsList(hT5, kNL0FirstTRU, expert, !image, !saveCorr);
+       
+  // L0 trigger hits: average time of first hit in the event (bins are TRU channels)
+  TProfile * hT6 = new TProfile("hTRUEmcalL0hitsFirstAvgTime", "L0 trigger hits: average time of first hit", nTot2x2, -0.5, nTot2x2, profileOption); 
+  Add2RawsList(hT6, kTimeL0FirstTRU, expert, !image, !saveCorr);
+
+  // and also LED Mon..
+  // LEDMon has both high and low gain channels, just as regular FEE/towers
+  Int_t nTotLEDMon = fSuperModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs; // max number of LEDMon channels for all SuperModules
+
+  // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
+  TProfile * hL0 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalSupermodules", "LowLEDMon Gain EMC: # of strips vs SuperMod;SM Id;# of strips",
+                              fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL0, kNsmodLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * hL1 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalSupermodules", "HighLEDMon Gain EMC: # of strips vs SuperMod;SM Id;# of strips",  
+                              fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ; 
+  Add2RawsList(hL1, kNsmodHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // where did max sample occur? (bins are strips)
+  TProfile * hL2 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawtime", "LowLEDMon Gain EMC: Time at Max vs stripId;Strip Id;Time [ticks]", 
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL2, kTimeLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * hL3 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawtime", "HighLEDMon Gain EMC: Time at Max vs stripId;Strip Id;Time [ticks]", 
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL3, kTimeHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 
-  TH1F * h8 = new TH1F("hLowEtot", "Low Gain Total Energy of raw digits in EMCAL", 500, 0., 5000.) ;
-  h8->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h8, kEtotLG, !expert, image, !saveCorr) ;
-  TH1F * h9 = new TH1F("hHighEtot", "High Gain Total Energy of raw digits in EMCAL",500,0., 100000.) ;
-  h9->Sumw2() ;
-  Add2RawsList(h9, kEtotHG, !expert, image, !saveCorr) ;
-  */
+  // how much above pedestal was the max sample?  (bins are strips)
+  TProfile * hL4 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawMaxMinusMin", "LowLEDMon Gain EMC: Max - Min vs stripId;Strip Id;Max-Min [ADC counts]", 
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL4, kSigLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * hL5 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawMaxMinusMin", "HighLEDMon Gain EMC: Max - Min vs stripId;Strip Id;Max-Min [ADC counts]",
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL5, kSigHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
   
+    // total counter: channels per event
+  TH1I * hL6 = new TH1I("hLowLEDMonNtot", "LowLEDMon Gain EMC: Total Number of found strips;# of Strips;Counts", 200, 0, nTotLEDMon) ;
+  hL6->Sumw2() ;
+  Add2RawsList(hL6, kNtotLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TH1I * hL7 = new TH1I("hHighLEDMonNtot", "HighLEDMon Gain EMC: Total Number of found strips;# of Strips;Counts", 200,0, nTotLEDMon) ;
+  hL7->Sumw2() ;
+  Add2RawsList(hL7, kNtotHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+  // pedestal (bins are strips)
+  TProfile * hL8 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawPed", "LowLEDMon Gain EMC: Pedestal vs stripId;Strip Id;Pedestal [ADC counts]", 
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL8, kPedLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  TProfile * hL9 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawPed", "HighLEDMon Gain EMC: Pedestal vs stripId;Strip Id;Pedestal [ADC counts]",
+                              nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
+  Add2RawsList(hL9, kPedHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
+  
+  //temp 2D amplitude histogram for the current run
+  fHighEmcHistoH2F = new TH2F("h2DHighEC2", "High Gain EMC:Max - Min [ADC counts]", nbinsZ, -0.5 , nbinsZ-0.5, nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi-0.5);
+   fHighEmcHistoH2F->SetDirectory(0) ; // this histo must be memory resident
+  //add ratio histograms: to comapre the current run with the reference data 
+  TH2F * h15 = new TH2F("h2DRatioAmp", "High Gain Ratio to Reference:Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run}", nbinsZ, -0.5 , nbinsZ-0.5, 
+                        nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi-0.5);
+  //settings for display in amore
+  h15->SetTitle("Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run}"); 
+  h15->SetMaximum(2.0);
+  h15->SetMinimum(0.1);
+  h15->SetOption("COLZ");
+  gStyle->SetOptStat(0);
+  Int_t color[] = {4,3,2} ;
+  gStyle->SetPalette(3,color);
+  h15->GetZaxis()->SetNdivisions(3);
+  h15->UseCurrentStyle();
+  h15->SetDirectory(0);
+  Add2RawsList(h15, k2DRatioAmp, expert, image, !saveCorr) ;
+
+  TH1F * h16 = new TH1F("hRatioDist", "Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run} ratio distribution", nTot, 0., 2.);
+  // h16->SetMinimum(0.1); 
+  // h16->SetMaximum(100.);
+  gStyle->SetOptStat(0);
+  h16->UseCurrentStyle();
+  h16->SetDirectory(0);
+  Add2RawsList(h16, kRatioDist, !expert, image, !saveCorr) ;
+
+  //add two histograms for shifter from the LED monitor system: comapre LED monitor with the reference run
+  //to be used for decision whether we need to change reference data
+  TH1F * hL10 = new TH1F("hMaxMinusMinLEDMonRatio", "LEDMon amplitude, Ratio to reference run", nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5) ;
+  //settings for display in amore
+  hL10->SetTitle("Amplitude_{LEDMon current}/Amplitude_{LEDMon reference}"); 
+  hL10->SetMaximum(2.0);
+  hL10->SetMinimum(0.1); 
+  gStyle->SetOptStat(0);
+  hL10->UseCurrentStyle();
+  hL10->SetDirectory(0);
+//  hL10->SetOption("E");
+  Add2RawsList(hL10, kLEDMonRatio, expert, image, !saveCorr) ;
+
+  TH1F * hL11 = new TH1F("hMaxMinusMinLEDMonRatioDist", "LEDMon amplitude, Ratio distribution", nTotLEDMon, 0, 2);
+  // hL11->SetMinimum(0.1) ;
+  gStyle->SetOptStat(0);
+  hL11->UseCurrentStyle();
+  hL11->SetDirectory(0);
+  Add2RawsList(hL11, kLEDMonRatioDist, expert, image, !saveCorr) ;
+  
+  GetCalibRefFromOCDB();   
+
+
+       //STU histgrams
+
+ //histos
+ Int_t nSTUCols = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols;
+ Int_t nSTURows = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows;
+//             kAmpL1, kGL1, kJL1,
+//             kGL1V0, kJL1V0, kSTUTRU  
+       
+ TProfile2D *hS0 = new TProfile2D("hL1Amp", "Mean STU signal per Row and Column", nSTUCols, -0.5, nSTUCols-0.5, nSTURows, -0.5, nSTURows-0.5);
+ Add2RawsList(hS0, kAmpL1, expert, !image, !saveCorr) ;
+       
+ TH2F *hS1 = new TH2F("hL1Gamma", "L1 Gamma patch position (FastOR top-left)", nSTUCols, -0.50, nSTUCols-0.5, nSTURows + 5, -0.5, nSTURows-0.5 + 5); //+5 for better visible error box
+ Add2RawsList(hS1, kGL1, !expert, image, !saveCorr) ;
+       
+ TH2F *hS2 = new TH2F("hL1Jet", "L1 Jet patch position (FastOR top-left)", 12, -0.5, nSTUCols-0.5, 16, 0, nSTURows-0.5);
+ Add2RawsList(hS2, kJL1, !expert, image, !saveCorr) ;
+       
+ TH2I *hS3 = new TH2I("hL1GV0", "L1 Gamma patch amplitude versus V0 signal", 500, 0, 50000, 1500, 0, 1500);
+ Add2RawsList(hS3, kGL1V0, expert, image, !saveCorr) ;
+       
+ TH2I *hS4 = new TH2I("hL1JV0", "L1 Jet patch amplitude versus V0 signal", 500, 0, 50000, 1000, 0, 1000);
+ Add2RawsList(hS4, kJL1V0, expert, !image, !saveCorr) ;
+
+ TH1I *hS5 = new TH1I("hFrameR","Link between TRU and STU", 32, 0, 32);
+ Add2RawsList(hS5, kSTUTRU, !expert, image, !saveCorr) ;
+
+ hS0->SetOption("COLZ");
+ hS1->SetOption("COLZ");
+ hS2->SetOption("COLZ");
+ hS3->SetOption("COLZ");
+ hS4->SetOption("COLZ");
+
+  //
+  ClonePerTrigClass(AliQAv1::kRAWS); // this should be the last line
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -180,36 +537,400 @@ void AliEMCALQADataMakerRec::MakeESDs(AliESDEvent * esd)
   for ( Int_t index = 0; index < esd->GetNumberOfCaloClusters() ; index++ ) {
     AliESDCaloCluster * clu = esd->GetCaloCluster(index) ;
     if( clu->IsEMCAL() ) {
-      GetESDsData(kESDCaloClusE)->Fill(clu->E()) ;
+      FillESDsData(kESDCaloClusE,clu->E()) ;
       nTot++ ;
     } 
   }
-  GetESDsData(kESDCaloClusM)->Fill(nTot) ;
+  FillESDsData(kESDCaloClusM,nTot) ;
 
   //fill calo cells
   AliESDCaloCells* cells = esd->GetEMCALCells();
-  GetESDsData(kESDCaloCellM)->Fill(cells->GetNumberOfCells()) ;
+  FillESDsData(kESDCaloCellM,cells->GetNumberOfCells()) ;
 
   for ( Int_t index = 0; index < cells->GetNumberOfCells() ; index++ ) {
-    GetESDsData(kESDCaloCellA)->Fill(cells->GetAmplitude(index)) ;
+    FillESDsData(kESDCaloCellA,cells->GetAmplitude(index)) ;
   }
-
+  //
+  IncEvCountCycleESDs();
+  IncEvCountTotalESDs();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRaws(AliRawReader* rawReader)
 {
-  //Fill prepared histograms with Raw digit properties
+  // Check that all the reference histograms exist before we try to use them - otherwise call InitRaws
+  // RS: Attention: the counters are increments after custom modification of eventSpecie
+  if (!fCalibRefHistoPro || !fCalibRefHistoH2F || !fLEDMonRefHistoPro || !fHighEmcHistoH2F) {
+    InitRaws();
+  }
+
+  // make sure EMCal was readout during the event
+  Int_t emcID = AliDAQ::DetectorID("EMCAL"); // bit 18..
+  const UInt_t *detPattern = rawReader->GetDetectorPattern(); 
+  UInt_t emcInReadout = ( ((1 << emcID) & detPattern[0]) >> emcID);
+  if (! emcInReadout) return; // no poInt_t in looking at this event, if no EMCal data
+
+  // setup
+  rawReader->Reset() ;
+  AliCaloRawStreamV3 in(rawReader,"EMCAL"); 
+  rawReader->Select("EMCAL", 0, AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL) ; //select EMCAL DDL's 
+
+  AliRecoParam::EventSpecie_t saveSpecie = fEventSpecie ;
+  if (rawReader->GetType() == AliRawEventHeaderBase::kCalibrationEvent) { 
+    SetEventSpecie(AliRecoParam::kCalib) ;     
+  }
+
+  const Int_t nTowersPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; // number of towers in a SuperModule; 24x48
+  const Int_t nRows        = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; // number of rows per SuperModule
+  const Int_t nStripsPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs; // number of strips per SuperModule
+  const Int_t n2x2PerSM    = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM * AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU; // number of TRU 2x2's per SuperModule
+  const Int_t n2x2PerTRU   = AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU;
+  const Int_t nTot2x2     = fSuperModules * n2x2PerSM; // total TRU channel
+
+  // SM counters; decl. should be safe, assuming we don't get more than expected SuperModules..
+  Int_t nTotalSMLG[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]       = {0};
+  Int_t nTotalSMHG[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]       = {0};
+  Int_t nTotalSMTRU[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]      = {0};
+  Int_t nTotalSMLGLEDMon[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules] = {0};
+  Int_t nTotalSMHGLEDMon[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules] = {0};
+
+  const Int_t nTRUL0ChannelBits = 10; // used for L0 trigger bits checks
+       int firstL0TimeBin = 999;
+  int triggers[nTot2x2][24]; //auxiliary array for L0 trigger - TODO remove hardcoded 24
+       memset(triggers, 0, sizeof(int) * 24 * nTot2x2);
+
+  Int_t iSM = 0; // SuperModule index 
+  // start loop over input stream  
+  while (in.NextDDL()) {
+    Int_t iRCU = in.GetDDLNumber() % 2; // RCU0 or RCU1, within SuperModule
+    Int_t iDDL = in.GetDDLNumber();
+    fRawAnalyzer->SetIsZeroSuppressed( in.GetZeroSupp() ); 
+    
+    while (in.NextChannel()) {
+      Int_t iBranch = in.GetBranch();
+      
+      iSM = in.GetModule(); // SuperModule
+      //prInt_tf("iSM %d DDL %d", iSM, in.GetDDLNumber()); 
+      if (iSM>=0 && iSM<fSuperModules) { // valid module reading
+
+       Int_t nsamples = 0;
+       vector<AliCaloBunchInfo> bunchlist; 
+       while (in.NextBunch()) {
+         nsamples += in.GetBunchLength();
+         bunchlist.push_back( AliCaloBunchInfo(in.GetStartTimeBin(), in.GetBunchLength(), in.GetSignals() ) );
+       } 
+       
+       if (nsamples > 0) { // this check is needed for when we have zero-supp. on, but not sparse readout
+         Float_t time = 0.; 
+         Float_t amp  = 0.; 
+         // indices for pedestal calc.
+         Int_t firstPedSample = 0;
+         Int_t lastPedSample  = 0;
+         bool isTRUL0IdData   = false;
+
+         if (! in.IsTRUData() ) { // high gain, low gain, LED Mon data - all have the same shaper/sampling 
+           AliCaloFitResults fitResults = fRawAnalyzer->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2()); 
+           amp  = fitResults.GetAmp();
+           time = fitResults.GetTof(); 
+           firstPedSample = fFirstPedestalSample;
+           lastPedSample  = fLastPedestalSample;
+         }
+         else { // TRU data is special, needs its own analyzer
+           AliCaloFitResults fitResults = fRawAnalyzerTRU->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2()); 
+           amp  = fitResults.GetAmp();
+           time = fitResults.GetTof(); 
+           firstPedSample = fFirstPedestalSampleTRU;
+           lastPedSample  = fLastPedestalSampleTRU;
+           if (in.GetColumn() >= n2x2PerTRU) {
+             isTRUL0IdData = true;
+           }
+         }
+  
+         // pedestal samples
+         Int_t nPed = 0;
+         vector<Int_t> pedSamples; 
+       
+         // select earliest bunch 
+         unsigned int bunchIndex = 0;
+         unsigned int startBin = bunchlist.at(0).GetStartBin();
+         if (bunchlist.size() > 0) {
+           for(unsigned int ui=1; ui < bunchlist.size(); ui++ ) {
+             if (startBin > bunchlist.at(ui).GetStartBin() ) {
+               startBin = bunchlist.at(ui).GetStartBin();
+               bunchIndex = ui;
+             }
+           }
+         }
+
+         // check bunch for entries in the pedestal sample range
+         Int_t bunchLength = bunchlist.at(bunchIndex).GetLength(); 
+         const UShort_t *sig = bunchlist.at(bunchIndex).GetData();
+         Int_t timebin = 0;
+
+         if (! isTRUL0IdData) { // regular data, can look at pedestals
+           for (Int_t i = 0; i<bunchLength; i++) {
+             timebin = startBin--;
+             if ( firstPedSample<=timebin && timebin<=lastPedSample ) {
+               pedSamples.push_back( sig[i] );
+               nPed++;
+             }     
+           } // i
+         }
+         else { // TRU L0 Id Data
+           // which TRU the channel belongs to?
+           Int_t iTRUId = in.GetModule()*3 + (iRCU*in.GetBranch() + iRCU);
+
+           for (Int_t i = 0; i< bunchLength; i++) {
+             for( Int_t j = 0; j < nTRUL0ChannelBits; j++ ){
+               // check if the bit j is 1
+               if( (sig[i] & ( 1 << j )) > 0 ){
+                 Int_t iTRUIdInSM = (in.GetColumn() - n2x2PerTRU)*nTRUL0ChannelBits+j;
+                 if(iTRUIdInSM < n2x2PerTRU) {
+                   Int_t iTRUAbsId = iTRUIdInSM + n2x2PerTRU * iTRUId;
+                   // Fill the histograms
+                   Int_t globTRUCol, globTRURow;
+                   GetTruChannelPosition(globTRURow, globTRUCol, iSM, iDDL, iBranch, iTRUIdInSM );
+                   
+                   FillRawsData(kNL0TRU, globTRUCol, globTRURow);
+                   FillRawsData(kTimeL0TRU, globTRUCol, globTRURow, startBin);
+                   triggers[iTRUAbsId][startBin] = 1;
+                   
+                   if((int)startBin < firstL0TimeBin) firstL0TimeBin = startBin;
+                 }
+               }
+             }
+             startBin--;
+           } // i      
+         } // TRU L0 Id data                   
+         
+         // fill histograms
+         if ( in.IsLowGain() || in.IsHighGain() ) { // regular towers
+           Int_t towerId = iSM*nTowersPerSM + in.GetColumn()*nRows + in.GetRow();
+           if ( in.IsLowGain() ) { 
+             nTotalSMLG[iSM]++; 
+             if ( (amp > fMinSignalLG) && (amp < fMaxSignalLG) ) { 
+               FillRawsData(kSigLG,towerId, amp);
+               FillRawsData(kTimeLG,towerId, time);
+             }
+             if (nPed > 0) {
+               for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
+                 FillRawsData(kPedLG,towerId, pedSamples[i]);
+               }
+             }
+           } // gain==0
+           else if ( in.IsHighGain() ) {               
+             nTotalSMHG[iSM]++; 
+             if ( (amp > fMinSignalHG) && (amp < fMaxSignalHG) ) { 
+               FillRawsData(kSigHG,towerId, amp);
+               FillRawsData(kTimeHG,towerId, time);
+             } 
+             if (nPed > 0) {
+               for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
+                 FillRawsData(kPedHG,towerId, pedSamples[i]);
+               }
+             }
+           } // gain==1
+         } // low or high gain
+         // TRU
+         else if ( in.IsTRUData() && in.GetColumn()<AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU) {
+           // for TRU data, the mapping class holds the TRU Int_ternal 2x2 number (0..95) in the Column var..
+           Int_t iTRU = (iRCU*in.GetBranch() + iRCU); //TRU0 is from RCU0, TRU1 from RCU1, TRU2 is from branch B on RCU1
+           Int_t iTRU2x2Id = iSM*n2x2PerSM + iTRU*AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU 
+             + in.GetColumn();
+           nTotalSMTRU[iSM]++; 
+           if ( (amp > fMinSignalTRU) && (amp < fMaxSignalTRU) ) { 
+             FillRawsData(kSigTRU,iTRU2x2Id, amp);
+             //FillRawsData(kTimeTRU,iTRU2x2Id, time);
+           }
+           //if (nPed > 0) {
+             //for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
+               //FillRawsData(kPedTRU,iTRU2x2Id, pedSamples[i]);
+             //}
+           //}
+         }
+         // LED Mon
+         else if ( in.IsLEDMonData() ) {
+           // for LED Mon data, the mapping class holds the gain info in the Row variable
+           // and the Strip number in the Column..
+           Int_t gain = in.GetRow(); 
+           Int_t stripId = iSM*nStripsPerSM + in.GetColumn();
+         
+           if ( gain == 0 ) { 
+             nTotalSMLGLEDMon[iSM]++; 
+             if ( (amp > fMinSignalLGLEDMon) && (amp < fMaxSignalLGLEDMon) ) {
+               FillRawsData(kSigLGLEDMon,stripId, amp);
+               FillRawsData(kTimeLGLEDMon,stripId, time);
+             }
+             if (nPed > 0) {
+               for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
+                 FillRawsData(kPedLGLEDMon,stripId, pedSamples[i]);
+               }
+             }
+           } // gain==0
+           else if ( gain == 1 ) {             
+             nTotalSMHGLEDMon[iSM]++; 
+             if ( (amp > fMinSignalHGLEDMon) && (amp < fMaxSignalHGLEDMon) ) { 
+               FillRawsData(kSigHGLEDMon,stripId, amp);
+               FillRawsData(kTimeHGLEDMon,stripId, time);
+             }
+             if (nPed > 0) {
+               for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
+                 FillRawsData(kPedHGLEDMon,stripId, pedSamples[i]);
+               }
+             }
+           } // low or high gain
+         } // LEDMon
+
+       } // SM index OK
 
-  //Raw histogram filling not yet implemented
+      } // nsamples>0 check, some data found for this channel; not only trailer/header
+    }// end while over channel 
+   
+  }//end while over DDL's, of input stream 
+  //filling some L0 trigger histos
+  if( firstL0TimeBin < 999 ){
+    for(Int_t i = 0; i < nTot2x2; i++) {       
+      if( triggers[i][firstL0TimeBin] > 0 ) {
+       //histo->Fill(i,j);
+       FillRawsData(kNL0FirstTRU, i);
+       FillRawsData(kTimeL0FirstTRU, i, firstL0TimeBin);
+      }
+    }
+  }
+  
+  //calculate the ratio of the amplitude and fill the histograms, only if the events type is Calib
+  // RS: operation on the group of histos kSigHG,k2DRatioAmp,kRatioDist,kLEDMonRatio,kLEDMonRatio,kSigLGLEDMon
+  const int hGrp[] = {kSigHG,k2DRatioAmp,kRatioDist,kLEDMonRatio,kLEDMonRatioDist,kSigLGLEDMon};
+  if ( rawReader->GetType() == AliRawEventHeaderBase::kCalibrationEvent &&
+       CheckCloningConsistency(fRawsQAList, hGrp, sizeof(hGrp)/sizeof(int)) ) {  // RS converting original code to loop over all matching triggers
+    int nTrig =IsClonedPerTrigClass(kSigHG,fRawsQAList) ? GetNEventTrigClasses() : 0; // loop over triggers only if histos were cloned
+    //
+    for (int itr=-1;itr<nTrig;itr++) { // start from -1 to acknowledge original histos if they were kept
+      TObjArray* trArr = GetMatchingRawsHistosSet(hGrp, sizeof(hGrp)/sizeof(int) ,itr);
+      if (!trArr) continue;  // no histos for current trigger
+      //
+      Double_t binContent = 0.;
+      TProfile* prSigHG      = (TProfile *)trArr->At(0); //kSigHG
+      TH1* th2DRatioAmp      = (TH1*) trArr->At(1); //k2DRatioAmp
+      TH1* thRatioDist       = (TH1*) trArr->At(2); //kRatioDist
+      TH1* thLEDMonRatio     = (TH1*) trArr->At(3); //kLEDMonRatio
+      TH1* thLEDMonRatioDist = (TH1*) trArr->At(4); //kLEDMonRatio
+      TH1* hSigLGLEDMon      = (TH1*) trArr->At(5); //kSigLGLEDMon
+      th2DRatioAmp->Reset("ICE");
+      thRatioDist->Reset("ICE");
+      thLEDMonRatio->Reset("ICE");
+      thLEDMonRatioDist->Reset("ICE");
+      th2DRatioAmp->ResetStats();
+      thRatioDist->ResetStats();
+      thLEDMonRatio->ResetStats();
+      thLEDMonRatioDist->ResetStats();
+      ConvertProfile2H(prSigHG, fHighEmcHistoH2F);  
+      //
+      for(Int_t ix = 1; ix <= fHighEmcHistoH2F->GetNbinsX(); ix++) {
+       for(Int_t iy = 1; iy <= fHighEmcHistoH2F->GetNbinsY(); iy++) { 
+         if(fCalibRefHistoH2F->GetBinContent(ix, iy)) 
+           binContent = fHighEmcHistoH2F->GetBinContent(ix, iy)/fCalibRefHistoH2F->GetBinContent(ix, iy);
+         th2DRatioAmp->SetBinContent(ix, iy, binContent);
+         thRatioDist->Fill(binContent);
+       }
+      } 
+      //
+      //Now for LED monitor system, to calculate the ratio as well
+      Double_t binError = 0. ;
+      // for the binError, we add the relative errors, squared
+      Double_t relativeErrorSqr = 0. ;
+      //
+      for(int ib = 1; ib <= fLEDMonRefHistoPro->GetNbinsX(); ib++) {
+       //
+       if(fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib) != 0) {
+         binContent = hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib) / fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib);
+
+         relativeErrorSqr = TMath::Power( (fLEDMonRefHistoPro->GetBinError(ib) / fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib)), 2);
+         if( hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib) != 0) {
+           relativeErrorSqr += TMath::Power( (hSigLGLEDMon->GetBinError(ib)/hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib)), 2);
+         }
+       }
+       else { // ref. run info is zero
+         binContent = -1;
+         relativeErrorSqr = 1;
+       }
+       thLEDMonRatio->SetBinContent(ib, binContent);
+       
+       binError = sqrt(relativeErrorSqr) * binContent;
+       thLEDMonRatio->SetBinError(ib, binError);
+       thLEDMonRatioDist->Fill(thLEDMonRatio->GetBinContent(ib));
+      }
+    } // loop over eventual trigger clones
+  } 
+  // let's also fill the SM and event counter histograms
+  Int_t nTotalHG = 0;
+  Int_t nTotalLG = 0;
+  Int_t nTotalTRU = 0;
+  Int_t nTotalHGLEDMon = 0;
+  Int_t nTotalLGLEDMon = 0;
+  for (iSM=0; iSM<fSuperModules; iSM++) {  
+    nTotalLG += nTotalSMLG[iSM]; 
+    nTotalHG += nTotalSMHG[iSM]; 
+    nTotalTRU += nTotalSMTRU[iSM]; 
+    nTotalLGLEDMon += nTotalSMLGLEDMon[iSM]; 
+    nTotalHGLEDMon += nTotalSMHGLEDMon[iSM]; 
+    FillRawsData(kNsmodLG,iSM, nTotalSMLG[iSM]); 
+    FillRawsData(kNsmodHG,iSM, nTotalSMHG[iSM]); 
+    FillRawsData(kNsmodTRU,iSM, nTotalSMTRU[iSM]); 
+    FillRawsData(kNsmodLGLEDMon,iSM, nTotalSMLGLEDMon[iSM]); 
+    FillRawsData(kNsmodHGLEDMon,iSM, nTotalSMHGLEDMon[iSM]); 
+  }
+  FillRawsData(kNtotLG,nTotalLG);
+  FillRawsData(kNtotHG,nTotalHG);
+  FillRawsData(kNtotTRU,nTotalTRU);
+  FillRawsData(kNtotLGLEDMon,nTotalLGLEDMon);
+  FillRawsData(kNtotHGLEDMon,nTotalHGLEDMon);
+  IncEvCountCycleESDs();
+  IncEvCountTotalESDs();
+  SetEventSpecie(saveSpecie) ; 
+  
+       MakeRawsSTU(rawReader);
+
+  // just in case the next rawreader consumer forgets to reset; let's do it here again..
+  rawReader->Reset() ;
+  return;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliEMCALQADataMakerRec::MakeDigits()
+{
+  // makes data from Digits
+  FillDigitsData(1,fDigitsArray->GetEntriesFast()) ; 
+  TIter next(fDigitsArray) ; 
+  AliEMCALDigit * digit ; 
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(next())) ) {
+    FillDigitsData(0, digit->GetAmplitude()) ;
+  }  
   //
-  //Need to figure out how to get the info we want without having to
-  //actually run Raw2Digits twice.
-  //I suspect what we actually want is a raw digits method, not a true
-  //emcal raw data method, but this doesn't seem to be allowed in
-  //AliQADataMakerRec.h
+}
 
-       rawReader->Reset() ;
+//____________________________________________________________________________
+void AliEMCALQADataMakerRec::MakeDigits(TTree * digitTree)
+{
+  // makes data from Digit Tree
+  // RS: Attention: the counters are increments in the MakeDigits()
+  if (fDigitsArray) 
+    fDigitsArray->Clear("C") ; 
+  else
+    fDigitsArray = new TClonesArray("AliEMCALDigit", 1000) ; 
+  
+  TBranch * branch = digitTree->GetBranch("EMCAL") ;
+  if ( ! branch ) { AliWarning("EMCAL branch in Digit Tree not found"); return; }
+  //
+  branch->SetAddress(&fDigitsArray) ;
+  branch->GetEntry(0) ; 
+  MakeDigits() ; 
+  //
+  IncEvCountCycleDigits();
+  IncEvCountTotalDigits();  
+  //  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -221,20 +942,22 @@ void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRecPoints(TTree * clustersTree)
     AliError("can't get the branch with the EMCAL clusters !");
     return;
   }
-  TObjArray * emcrecpoints = new TObjArray(100) ;
-  emcbranch->SetAddress(&emcrecpoints);
+  
+  TObjArray * emcRecPoints = new TObjArray(100) ;
+  emcbranch->SetAddress(&emcRecPoints);
   emcbranch->GetEntry(0);
   
-  GetRecPointsData(kRecPM)->Fill(emcrecpoints->GetEntriesFast()) ; 
-  TIter next(emcrecpoints) ; 
+  FillRecPointsData(kRecPM,emcRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
+  TIter next(emcRecPoints) ; 
   AliEMCALRecPoint * rp ; 
   while ( (rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(next())) ) {
-    GetRecPointsData(kRecPE)->Fill( rp->GetEnergy()) ;
-    GetRecPointsData(kRecPDigM)->Fill(rp->GetMultiplicity());
+    FillRecPointsData(kRecPE,rp->GetEnergy()) ;
+    FillRecPointsData(kRecPDigM,rp->GetMultiplicity());
   }
-  emcrecpoints->Delete();
-  delete emcrecpoints;
-  
+  emcRecPoints->Delete();
+  delete emcRecPoints;
+  IncEvCountCycleRecPoints();
+  IncEvCountTotalRecPoints();
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
@@ -243,3 +966,244 @@ void AliEMCALQADataMakerRec::StartOfDetectorCycle()
   //Detector specific actions at start of cycle
   
 }
+
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliEMCALQADataMakerRec::SetFittingAlgorithm(Int_t fitAlgo)              
+{
+  //Set fitting algorithm and initialize it if this same algorithm was not set before.
+
+  fFittingAlgorithm = fitAlgo; // Not sure we need this
+
+  fRawAnalyzer    =  AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer(fitAlgo);
+  
+  // Init also here the TRU algo, even if it is fixed type.
+  fRawAnalyzerTRU = AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer(Algo::kFakeAltro);
+  fRawAnalyzerTRU->SetFixTau(kTRUE);
+  fRawAnalyzerTRU->SetTau(2.5); // default for TRU shaper
+}
+
+//_____________________________________________________________________________________
+void AliEMCALQADataMakerRec::ConvertProfile2H(TProfile * p, TH2 * histo) 
+{  
+  // reset histogram
+  histo->Reset("ICE") ; 
+  histo->ResetStats(); 
+
+  Int_t nbinsProf = p->GetNbinsX();
+  
+  // loop through the TProfile p and fill the TH2F histo 
+  Int_t row = 0;
+  Int_t col = 0;
+  Double_t binContent = 0;
+  Int_t towerNum = 0; // global tower Id
+  //  i = 0; // tower Id within SuperModule
+  Int_t iSM = 0; // SuperModule index 
+  Int_t iSMSide = 0; // 0=A, 1=C side
+  Int_t iSMSector = 0; // 2 SM's per sector
+  
+  // indices for 2D plots
+  Int_t col2d = 0;
+  Int_t row2d = 0;
+  
+  for (Int_t ibin = 1; ibin <= nbinsProf; ibin++) {
+    towerNum = (Int_t) p->GetBinCenter(ibin);
+    binContent = p->GetBinContent(ibin);
+    
+    // figure out what the tower indices are: col, row within a SuperModule
+    iSM = towerNum/(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols);
+    col = (towerNum/AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows) % (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols);
+    row = towerNum % (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows);
+    
+    //DecodeTowerNum(towerNum, &SM, &col, &row);
+    // then we calculate what the global 2D coord are, based on which SM 
+    // we are in
+    iSMSector = iSM / 2;
+    iSMSide = iSM % 2;
+    
+    if (iSMSide == 1) { // C side, shown to the right
+      col2d = col + AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
+    }
+    else { // A side, shown to the left 
+      col2d = col; 
+    }
+    
+    row2d = row + iSMSector * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
+    
+    histo->SetBinContent(col2d+1, row2d+1, binContent);
+  }
+} 
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliEMCALQADataMakerRec::GetTruChannelPosition( Int_t &globRow, Int_t &globColumn, Int_t module, Int_t ddl, Int_t branch, Int_t column ) const
+{ // from local to global indices
+  Int_t mrow;
+  Int_t mcol;
+  Int_t trow;
+  Int_t tcol;
+  Int_t drow;
+  Int_t rcu;
+  // RCU 0 or 1
+  rcu = ddl % 2;
+
+  // 12 rows of 2x2s in a module (3 TRUs by 4 rows)
+  mrow = (module/2) * 12;
+  // 24 columns per module, odd module numbers increased by 24
+  mcol = (module%2) * 24;
+
+  // position within TRU coordinates
+  tcol = column / 4;
+  trow = column % 4;
+
+  //.combine
+  if( module%2 == 0 ){   // A side
+    // mirror rows
+    trow = 3 - trow;
+
+    // TRU in module row addition
+    drow = (rcu*branch+rcu) * 4;
+
+  }
+  else{   // C side
+    // mirror columns
+    tcol = 23 - tcol;
+
+    // TRU in module row addition
+    drow = (2 - (rcu*branch+rcu)) * 4;
+  }
+
+  // output global row/collumn position (0,0 = SMA0, phi = 0, |eta| = max)
+  globRow = mrow + drow + trow;
+  globColumn = mcol + tcol;
+  return;
+
+}
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRawsSTU(AliRawReader* rawReader)
+{ // STU specifics
+  AliEMCALTriggerSTURawStream* inSTU = new AliEMCALTriggerSTURawStream(rawReader);
+       
+  rawReader->Reset();
+  rawReader->Select("EMCAL", 44);
+
+  //L1 segmentation
+  Int_t sizeL1gsubr = 1;
+  Int_t sizeL1gpatch = 2; 
+  Int_t sizeL1jsubr = 4; 
+
+  Int_t iEMCALtrig[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols][AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows];
+  memset(iEMCALtrig, 0, sizeof(int) * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows);
+               
+  if (inSTU->ReadPayLoad()) 
+    {
+      //Fw version (use in case of change in L1 jet 
+      Int_t fw = inSTU->GetFwVersion();
+      Int_t sizeL1jpatch = 2+(fw >> 16);
+
+      //To check link
+      Int_t mask = inSTU->GetFrameReceived() ^ inSTU->GetRegionEnable();
+
+      for (int i = 0; i < 32; i++)
+       {
+               if (!((mask >> i) &  0x1)) FillRawsData(kSTUTRU, i);
+       }
+
+      //V0 signal in STU
+      Int_t iV0Sig = inSTU->GetV0A()+inSTU->GetV0C();
+      
+      //FastOR amplitude receive from TRU
+      for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
+       {
+         UInt_t adc[96];
+         for (Int_t j = 0; j < 96; j++) adc[j] = 0;
+         
+         inSTU->GetADC(i, adc);
+         
+         Int_t iTRU = fGeom->GetTRUIndexFromSTUIndex(i);
+                               
+         for (Int_t j = 0; j < 96; j++)
+           {
+             Int_t idx;
+             fGeom->GetAbsFastORIndexFromTRU(iTRU, j, idx);
+                               
+             Int_t px, py;
+             fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(idx, px, py);
+                                       
+             iEMCALtrig[px][py] = adc[j];
+           }
+       }
+                       
+      //L1 Gamma patches
+      Int_t iTRUSTU, x, y;
+      for (Int_t i = 0; i < inSTU->GetNL1GammaPatch(0); i++)
+       {
+         if (inSTU->GetL1GammaPatch(i, 0, iTRUSTU, x, y)) // col (0..23), row (0..3)
+           {
+             Int_t iTRU;
+             iTRU = fGeom->GetTRUIndexFromSTUIndex(iTRUSTU);
+             
+             Int_t etaG = 23-x, phiG = y + 4 * int(iTRU/2); //position in EMCal
+             if (iTRU%2) etaG += 24; //C-side
+                                       
+             etaG = etaG - sizeL1gsubr * sizeL1gpatch + 1;
+                               
+             //Position of patch L1G (bottom-left FastOR of the patch)
+             FillRawsData(kGL1, etaG, phiG);
+                                       
+             //loop to sum amplitude of FOR in the gamma patch
+             Int_t iL1GPatchAmp = 0;
+             for (Int_t L1Gx = 0; L1Gx < sizeL1gpatch; L1Gx ++)
+               {
+                 for (Int_t L1Gy = 0; L1Gy < sizeL1gpatch; L1Gy ++)
+                   {
+                     if (etaG+L1Gx < 48 && phiG+L1Gy < 64) iL1GPatchAmp += iEMCALtrig[etaG+L1Gx][phiG+L1Gy];
+                     //cout << iEMCALtrig[etaG+L1Gx][phiG+L1Gy] << endl;
+                   }
+               }
+             
+             //if (iL1GPatchAmp > 500) cout << "L1G amp =" << iL1GPatchAmp << endl;
+             FillRawsData(kGL1V0, iV0Sig, iL1GPatchAmp);
+             
+           }
+       }
+               
+      //L1 Jet patches
+      for (Int_t i = 0; i < inSTU->GetNL1JetPatch(0); i++)
+       {
+         if (inSTU->GetL1JetPatch(i, 0, x, y)) // col (0,15), row (0,11)
+           {
+             
+             Int_t etaJ = sizeL1jsubr * (11-y-sizeL1jpatch + 1);
+             Int_t phiJ = sizeL1jsubr * (15-x-sizeL1jpatch + 1);
+             
+             //position of patch L1J (FOR bottom-left)
+             FillRawsData(kJL1, etaJ, phiJ);
+                                       
+             //loop the sum aplitude of FOR in the jet patch
+             Int_t iL1JPatchAmp = 0;
+             for (Int_t L1Jx = 0; L1Jx < sizeL1jpatch*4; L1Jx ++)
+               {
+                 for (Int_t L1Jy = 0; L1Jy < sizeL1jpatch*4; L1Jy ++)
+                   {
+                     if (etaJ+L1Jx < 48 && phiJ+L1Jy < 64) iL1JPatchAmp += iEMCALtrig[etaJ+L1Jx][phiJ+L1Jy];
+                   }
+               }
+               
+             //cout << "L1J amp =" << iL1JPatchAmp << endl;
+             FillRawsData(kJL1V0, iV0Sig, iL1JPatchAmp);
+           }
+       }
+    }
+               
+  //Fill FOR amplitude histo
+  for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
+    {
+      for (Int_t j = 0; j < 60; j++)
+       {
+         if (iEMCALtrig[i][j] != 0) FillRawsData(kAmpL1, i, j, iEMCALtrig[i][j]);
+       }
+    }
+  
+  delete inSTU;
+  return;
+}
+
+