]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALRawUtils.cxx
add getter for the array with digits and initialization inside, just for analysis...
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRawUtils.cxx
index 5e52a6a792fb595fdf08b1cc8c7e2b5bb6a3836d..93393bddac24f9af6d6358c55fe0d9e8e402d7e7 100644 (file)
 //    Need to add concurrent high and low-gain info in the future
 //    No pedestal is added to the raw signal.
 //*-- Author: Marco van Leeuwen (LBL)
+//*-- Major refactoring by Per Thomas Hille
 
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
-#include <stdexcept>
-  
-#include "TF1.h"
-#include "TGraph.h"
-#include <TRandom.h>
-class TSystem;
-  
-class AliLog;
 #include "AliRun.h"
 #include "AliRunLoader.h"
-class AliCaloAltroMapping;
 #include "AliAltroBuffer.h"
 #include "AliRawReader.h"
 #include "AliCaloRawStreamV3.h"
 #include "AliDAQ.h"
-  
 #include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliEMCALLoader.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-class AliEMCALDigitizer;
 #include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALRawDigit.h"
 #include "AliEMCAL.h"
 #include "AliCaloCalibPedestal.h"  
-#include "AliCaloFastAltroFitv0.h"
-#include "AliCaloNeuralFit.h"
 #include "AliCaloBunchInfo.h"
 #include "AliCaloFitResults.h"
-#include "AliCaloRawAnalyzerFastFit.h"
-#include "AliCaloRawAnalyzerNN.h"
-#include "AliCaloRawAnalyzerLMS.h"
-#include "AliCaloRawAnalyzerPeakFinder.h"
-#include "AliCaloRawAnalyzerCrude.h"
 #include "AliEMCALTriggerRawDigitMaker.h"
 #include "AliEMCALTriggerSTURawStream.h"
 #include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliCaloConstants.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzer.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzerFactory.h"
+#include "AliEMCALRawResponse.h"
 
-ClassImp(AliEMCALRawUtils)
-  
-// Signal shape parameters
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgTimeBins     = 256;       // number of sampling bins of the raw RO signal (we typically use 15-50; theoretical max is 1k+) 
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgTimeBinWidth = 100E-9 ;   // each sample is 100 ns
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgTimeTrigger  = 600E-9 ;   // the time of the trigger as approximately seen in the data
+using namespace CALO;
+using namespace EMCAL;
 
-// some digitization constants
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgThreshold         = 1;
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgDDLPerSuperModule = 2;  // 2 ddls per SuperModule
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgPedestalValue     = 0;  // pedestal value for digits2raw, default generate ZS data
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgFEENoise          = 3.; // 3 ADC channels of noise (sampled)
+ClassImp(AliEMCALRawUtils)
 
-AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils( Algo::fitAlgorithm fitAlgo)
-  : fHighLowGainFactor(0.), fOrder(0), fTau(0.), fNoiseThreshold(0),
-    fNPedSamples(0), fGeom(0), fOption(""),
-    fRemoveBadChannels(kTRUE),fFittingAlgorithm(0),  
-    fTimeMin(-1.),fTimeMax(1.),
-    fUseFALTRO(kFALSE),fRawAnalyzer(0),
-    fTriggerRawDigitMaker(0x0)
-{
 
-  //These are default parameters.  
-  //Can be re-set from without with setter functions
-  //Already set in the OCDB and passed via setter in the AliEMCALReconstructor
-  fHighLowGainFactor = 16. ;   // Adjusted for a low gain range of 82 GeV (10 bits) 
-  fOrder             = 2;      // Order of gamma fn
-  fTau               = 2.35;   // in units of timebin, from CERN 2007 testbeam
-  fNoiseThreshold    = 3;      // 3 ADC counts is approx. noise level
-  fNPedSamples       = 4;      // Less than this value => likely pedestal samples
-  fRemoveBadChannels = kFALSE; // Do not remove bad channels before fitting
-  fUseFALTRO         = kTRUE;  // Get the trigger FALTRO information and pass it to digits.
+AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils( Algo::fitAlgorithm fitAlgo) : fNoiseThreshold(3),
+                                                                 fNPedSamples(4), 
+                                                                 fGeom(0), 
+                                                                 fOption(""),
+                                                                 fRemoveBadChannels(kFALSE),
+                                                                 fFittingAlgorithm(fitAlgo),  
+                                                                 fTimeMin(-1.),
+                                                                 fTimeMax(1.),
+                                                                 fUseFALTRO(kTRUE),
+                                                                 fRawAnalyzer(0),
+                                                                 fTriggerRawDigitMaker(0x0)
+{ // ctor; set up fit algo etc
   SetFittingAlgorithm(fitAlgo);
-
-  //Get Mapping RCU files from the AliEMCALRecParam                                 
   const TObjArray* maps = AliEMCALRecParam::GetMappings();
   if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
-
-  for(Int_t i = 0; i < 4; i++) {
-    fMapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
-  }
-
-  //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
-  //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
+  for(Int_t i = 0; i < 4; i++) 
+    {
+      fMapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
+    }
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
-  if (rl && rl->GetAliRun()) {
+  if (rl && rl->GetAliRun()) 
+    {
     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
-    if(emcal)fGeom = emcal->GetGeometry();
-    else {
+    if(emcal)
+      {
+       fGeom = emcal->GetGeometry();
+      }
+    else 
+      {
+       AliDebug(1, Form("Using default geometry in raw reco"));
+       fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
+      }
+    } 
+  else 
+    {
       AliDebug(1, Form("Using default geometry in raw reco"));
       fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
     }
-
-  } else {
-    AliDebug(1, Form("Using default geometry in raw reco"));
-    fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
-  }
-
+  
   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
-       
   fTriggerRawDigitMaker = new AliEMCALTriggerRawDigitMaker();
-
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils(AliEMCALGeometry *pGeometry, Algo::fitAlgorithm fitAlgo)
-  : fHighLowGainFactor(0.), fOrder(0), fTau(0.), fNoiseThreshold(0),
-    fNPedSamples(0), fGeom(pGeometry), fOption(""),
-    fRemoveBadChannels(kTRUE),fFittingAlgorithm(0),
-    fTimeMin(-1.),fTimeMax(1.),
-    fUseFALTRO(kFALSE),fRawAnalyzer(),
-    fTriggerRawDigitMaker(0x0)
-{
-  //
-  // Initialize with the given geometry - constructor required by HLT
-  // HLT does not use/support AliRunLoader(s) instances
-  // This is a minimum intervention solution
-  // Comment by MPloskon@lbl.gov
-  //
-
-  //These are default parameters. 
-  //Can be re-set from without with setter functions 
-  //Already set in the OCDB and passed via setter in the AliEMCALReconstructor
-  fHighLowGainFactor = 16. ;   // adjusted for a low gain range of 82 GeV (10 bits)
-  fOrder             = 2;      // order of gamma fn
-  fTau               = 2.35;   // in units of timebin, from CERN 2007 testbeam
-  fNoiseThreshold    = 3;      // 3 ADC counts is approx. noise level
-  fNPedSamples       = 4;      // Less than this value => likely pedestal samples
-  fRemoveBadChannels = kFALSE; // Do not remove bad channels before fitting
-  fUseFALTRO         = kTRUE;  // Get the trigger FALTRO information and pass it to digits.
-  SetFittingAlgorithm(fitAlgo);
 
-  //Get Mapping RCU files from the AliEMCALRecParam
-  const TObjArray* maps = AliEMCALRecParam::GetMappings();
-  if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
-
-  for(Int_t i = 0; i < 4; i++) {
-    fMapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
-  }
-
-  if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
-       
-  fTriggerRawDigitMaker = new AliEMCALTriggerRawDigitMaker();  
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils(const AliEMCALRawUtils& rawU)
-  : TObject(),
-    fHighLowGainFactor(rawU.fHighLowGainFactor), 
-    fOrder(rawU.fOrder),
-    fTau(rawU.fTau),
-    fNoiseThreshold(rawU.fNoiseThreshold),
-    fNPedSamples(rawU.fNPedSamples),
-    fGeom(rawU.fGeom), 
-    fOption(rawU.fOption),
-    fRemoveBadChannels(rawU.fRemoveBadChannels),
-    fFittingAlgorithm(rawU.fFittingAlgorithm),
-    fTimeMin(rawU.fTimeMin),fTimeMax(rawU.fTimeMax),
-    fUseFALTRO(rawU.fUseFALTRO),
-    fRawAnalyzer(rawU.fRawAnalyzer),
-    fTriggerRawDigitMaker(rawU.fTriggerRawDigitMaker)
+AliEMCALRawUtils::~AliEMCALRawUtils() 
 {
-  //copy ctor
-  fMapping[0] = rawU.fMapping[0];
-  fMapping[1] = rawU.fMapping[1];
-  fMapping[2] = rawU.fMapping[2];
-  fMapping[3] = rawU.fMapping[3];
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALRawUtils& AliEMCALRawUtils::operator =(const AliEMCALRawUtils &rawU)
-{
-  //assignment operator
-
-  if(this != &rawU) {
-    fHighLowGainFactor = rawU.fHighLowGainFactor;
-    fOrder             = rawU.fOrder;
-    fTau               = rawU.fTau;
-    fNoiseThreshold    = rawU.fNoiseThreshold;
-    fNPedSamples       = rawU.fNPedSamples;
-    fGeom              = rawU.fGeom;
-    fOption            = rawU.fOption;
-    fRemoveBadChannels = rawU.fRemoveBadChannels;
-    fFittingAlgorithm  = rawU.fFittingAlgorithm;
-    fTimeMin           = rawU.fTimeMin;
-    fTimeMax           = rawU.fTimeMax;
-    fUseFALTRO         = rawU.fUseFALTRO;
-    fRawAnalyzer       = rawU.fRawAnalyzer;
-    fMapping[0]        = rawU.fMapping[0];
-    fMapping[1]        = rawU.fMapping[1];
-    fMapping[2]        = rawU.fMapping[2];
-    fMapping[3]        = rawU.fMapping[3];
-    fTriggerRawDigitMaker = rawU.fTriggerRawDigitMaker;  
-  }
-
-  return *this;
-
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALRawUtils::~AliEMCALRawUtils() {
   //dtor
-
+  delete fRawAnalyzer;
+  delete fTriggerRawDigitMaker;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
+
 void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
 {
   // convert digits of the current event to raw data
-  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *loader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  
-  // get the digits
   loader->LoadDigits("EMCAL");
   loader->GetEvent();
   TClonesArray* digits = loader->Digits() ;
@@ -254,79 +131,82 @@ void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
   for (Int_t i=0; i < nDDL; i++)
     buffers[i] = 0;
   
-  TArrayI adcValuesLow(fgTimeBins);
-  TArrayI adcValuesHigh(fgTimeBins);
+  TArrayI adcValuesLow( TIMEBINS );
+  TArrayI adcValuesHigh( TIMEBINS );
   
   // loop over digits (assume ordered digits)
-  for (Int_t iDigit = 0; iDigit < digits->GetEntries(); iDigit++) {
-    AliEMCALDigit* digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit)) ;
-    if(!digit){
-      AliFatal("NULL Digit");
-    }
-    else{
-      if (digit->GetAmplitude() < fgThreshold) 
-        continue;
-      
-      //get cell indices
-      Int_t nSM = 0;
-      Int_t nIphi = 0;
-      Int_t nIeta = 0;
-      Int_t iphi = 0;
-      Int_t ieta = 0;
-      Int_t nModule = 0;
-      fGeom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSM, nModule, nIphi, nIeta);
-      fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSM, nModule, nIphi, nIeta,iphi, ieta) ;
-      
-      //Check which is the RCU, 0 or 1, of the cell.
-      Int_t iRCU = -111;
-      //RCU0
-      if (0<=iphi&&iphi<8) iRCU=0; // first cable row
-      else if (8<=iphi&&iphi<16 && 0<=ieta&&ieta<24) iRCU=0; // first half; 
-      //second cable row
-      //RCU1
-      else if(8<=iphi&&iphi<16 && 24<=ieta&&ieta<48) iRCU=1; // second half; 
-      //second cable row
-      else if(16<=iphi&&iphi<24) iRCU=1; // third cable row
-      
-      if (nSM%2==1) iRCU = 1 - iRCU; // swap for odd=C side, to allow us to cable both sides the same
+  for (Int_t iDigit = 0; iDigit < digits->GetEntries(); iDigit++) 
+    {
+      AliEMCALDigit* digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit)) ;
+      if(!digit)
+       {
+         AliFatal("NULL Digit");
+       }
+      else
+       {
+         if (digit->GetAmplitude() <  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold() ) 
+           {
+             continue;
+           }
+         //get cell indices
+         Int_t nSM = 0;
+         Int_t nIphi = 0;
+         Int_t nIeta = 0;
+         Int_t iphi = 0;
+         Int_t ieta = 0;
+         Int_t nModule = 0;
+         fGeom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSM, nModule, nIphi, nIeta);
+         fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSM, nModule, nIphi, nIeta,iphi, ieta) ;
       
-      if (iRCU<0) 
-        Fatal("Digits2Raw()","Non-existent RCU number: %d", iRCU);
+         //Check which is the RCU, 0 or 1, of the cell.
+         Int_t iRCU = -111;
+         if (0<=iphi&&iphi<8) iRCU=0; // first cable row
+         else if (8<=iphi&&iphi<16 && 0<=ieta&&ieta<24) iRCU=0; // first half; 
+         else if(8<=iphi&&iphi<16 && 24<=ieta&&ieta<48) iRCU=1; // second half; 
+         //second cable row
+         else if(16<=iphi&&iphi<24) iRCU=1; // third cable row
+         
+         if (nSM%2==1) iRCU = 1 - iRCU; // swap for odd=C side, to allow us to cable both sides the same
+         
+         if (iRCU<0) 
+           Fatal("Digits2Raw()","Non-existent RCU number: %d", iRCU);
       
-      //Which DDL?
-      Int_t iDDL = fgDDLPerSuperModule* nSM + iRCU;
-      if (iDDL < 0 || iDDL >= nDDL){
-        Fatal("Digits2Raw()","Non-existent DDL board number: %d", iDDL);
-      }
-      else{
-        if (buffers[iDDL] == 0) {      
-          // open new file and write dummy header
-          TString fileName = AliDAQ::DdlFileName("EMCAL",iDDL);
-          //Select mapping file RCU0A, RCU0C, RCU1A, RCU1C
+         //Which DDL?
+         Int_t iDDL = NRCUSPERMODULE*nSM + iRCU;
+         if (iDDL < 0 || iDDL >= nDDL){
+           Fatal("Digits2Raw()","Non-existent DDL board number: %d", iDDL);
+         }
+         else{
+           if (buffers[iDDL] == 0) 
+             {      
+               // open new file and write dummy header
+               TString fileName = AliDAQ::DdlFileName("EMCAL",iDDL);
+               //Select mapping file RCU0A, RCU0C, RCU1A, RCU1C
           Int_t iRCUside=iRCU+(nSM%2)*2;
           //iRCU=0 and even (0) SM -> RCU0A.data   0
           //iRCU=1 and even (0) SM -> RCU1A.data   1
           //iRCU=0 and odd  (1) SM -> RCU0C.data   2
           //iRCU=1 and odd  (1) SM -> RCU1C.data   3
-          //cout<<" nSM "<<nSM<<"; iRCU "<<iRCU<<"; iRCUside "<<iRCUside<<endl;
-          buffers[iDDL] = new AliAltroBuffer(fileName.Data(),fMapping[iRCUside]);
+         buffers[iDDL] = new AliAltroBuffer(fileName.Data(),fMapping[iRCUside]);
           buffers[iDDL]->WriteDataHeader(kTRUE, kFALSE);  //Dummy;
         }
         
         // out of time range signal (?)
-        if (digit->GetTimeR() > GetRawFormatTimeMax() ) {
+        if (digit->GetTimeR() >  TIMEBINMAX  ) {
           AliInfo("Signal is out of time range.\n");
           buffers[iDDL]->FillBuffer((Int_t)digit->GetAmplitude());
-          buffers[iDDL]->FillBuffer(GetRawFormatTimeBins() );  // time bin
+          buffers[iDDL]->FillBuffer( TIMEBINS );  // time bin
           buffers[iDDL]->FillBuffer(3);          // bunch length      
           buffers[iDDL]->WriteTrailer(3, ieta, iphi, nSM);  // trailer
           // calculate the time response function
         } else {
-          Bool_t lowgain = RawSampledResponse(digit->GetTimeR(), digit->GetAmplitude(), adcValuesHigh.GetArray(), adcValuesLow.GetArray()) ; 
-          if (lowgain) 
-            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta, iphi, 0, GetRawFormatTimeBins(), adcValuesLow.GetArray(), fgThreshold);
+          Bool_t lowgain = AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse(digit->GetTimeR(), digit->GetAmplitude(), 
+                                                                  adcValuesHigh.GetArray(), adcValuesLow.GetArray()) ; 
+         
+         if (lowgain) 
+            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta, iphi, 0, TIMEBINS, adcValuesLow.GetArray(),  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold()  );
           else 
-            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta,iphi, 1, GetRawFormatTimeBins(), adcValuesHigh.GetArray(), fgThreshold);
+            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta,iphi, 1, TIMEBINS, adcValuesHigh.GetArray(),  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold()  );
         }
       }// iDDL under the limits
     }//digit exists
@@ -344,252 +224,142 @@ void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
   loader->UnloadDigits();
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALRawUtils::Raw2Digits(AliRawReader* reader,TClonesArray *digitsArr, const AliCaloCalibPedestal* pedbadmap, TClonesArray *digitsTRG, AliEMCALTriggerData* trgData)
+
+
+void AliEMCALRawUtils::AddDigit(TClonesArray *digitsArr, Int_t id, Int_t lowGain, Float_t amp, Float_t time, Float_t chi2, Int_t ndf) 
 {
-  // convert raw data of the current event to digits                                                                                     
-  
-  if(digitsArr) digitsArr->Clear("C"); 
+  // comment
+  AliEMCALDigit *digit = 0, *tmpdigit = 0;
+  TIter nextdigit(digitsArr);
+  while (digit == 0 && (tmpdigit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) 
+    {
+      if (tmpdigit->GetId() == id) digit = tmpdigit;
+    }
   
-  if (!digitsArr) {
-    Error("Raw2Digits", "no digits found !");
-    return;
-  }
-  if (!reader) {
-    Error("Raw2Digits", "no raw reader found !");
-    return;
-  }
+  if (!digit) { // no digit existed for this tower; create one
+    Int_t type = AliEMCALDigit::kHG; // use enum in AliEMCALDigit
+    if (lowGain) 
+      { 
+       amp *= HGLGFACTOR;
+       type = AliEMCALDigit::kLGnoHG;
+      } 
+    
+    Int_t idigit = digitsArr->GetEntries();
+    new((*digitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( -1, -1, id, amp, time, type, idigit, chi2, ndf); 
+    AliDebug(2,Form("Add digit Id %d for the first time, type %d", id, type));
+  }//digit added first time
+  else 
+    { // a digit already exists, check range 
+               // (use high gain if signal < cut value, otherwise low gain)
+      if (lowGain) 
+       { // new digit is low gain
+         if (digit->GetAmplitude() >  OVERFLOWCUT ) 
+           {  // use if previously stored (HG) digit is out of range
+             digit->SetAmplitude( HGLGFACTOR * amp);
+             digit->SetTime(time);
+             digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
+             AliDebug(2,Form("Add LG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+           }
+       }//new low gain digit
+      else { // new digit is high gain 
        
+       if (amp <  OVERFLOWCUT  ) 
+         { // new digit is high gain; use if not out of range
+           digit->SetAmplitude(amp);
+           digit->SetTime(time);
+           digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
+           AliDebug(2,Form("Add HG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+         }
+       else 
+         { // HG out of range, just change flag value to show that HG did exist
+           digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
+           AliDebug(2,Form("Change LG digit to HG, ID %d, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+         }
+      }//new high gain digit
+    }//digit existed replace it
+}
+
+
+void AliEMCALRawUtils::Raw2Digits(AliRawReader* reader,TClonesArray *digitsArr, const AliCaloCalibPedestal* pedbadmap, TClonesArray *digitsTRG, AliEMCALTriggerData* trgData)
+{
+  //conversion of raw data to digits
+  if(digitsArr) digitsArr->Clear("C"); 
+  if (!digitsArr) { Error("Raw2Digits", "no digits found !");return;}
+  if (!reader) {Error("Raw2Digits", "no raw reader found !");return;}
   AliEMCALTriggerSTURawStream inSTU(reader);
-       
   AliCaloRawStreamV3 in(reader,"EMCAL",fMapping);      
-       
-  // Select EMCAL DDL's;
   reader->Select("EMCAL",0,43); // 43 = AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL
-  
   fTriggerRawDigitMaker->Reset();      
   fTriggerRawDigitMaker->SetIO(reader, in, inSTU, digitsTRG, trgData);
-       
-  // fRawAnalyzer setup
-  fRawAnalyzer->SetNsampleCut(5); // requirement for fits to be done, for the new methods
-  fRawAnalyzer->SetOverflowCut(fgkOverflowCut);
-  fRawAnalyzer->SetAmpCut(fNoiseThreshold);
-  fRawAnalyzer->SetFitArrayCut(fNoiseThreshold);
   fRawAnalyzer->SetIsZeroSuppressed(true); // TMP - should use stream->IsZeroSuppressed(), or altro cfg registers later
-  
-  // channel info parameters
+    
   Int_t lowGain  = 0;
   Int_t caloFlag = 0; // low, high gain, or TRU, or LED ref.
   
-  // start loop over input stream 
-  while (in.NextDDL()) {
-         
-    //    if ( in.GetDDLNumber() != 0 && in.GetDDLNumber() != 2 ) continue;
-    
-    while (in.NextChannel()) {
-      
-      //Check if the signal  is high or low gain and then do the fit, 
-      //if it  is from TRU or LEDMon do not fit
-      caloFlag = in.GetCaloFlag();
-      //               if (caloFlag != 0 && caloFlag != 1) continue; 
-      if (caloFlag > 2) continue; // Work with ALTRO and FALTRO 
-      
-      //Do not fit bad channels of ALTRO
-      if(caloFlag < 2 && fRemoveBadChannels && pedbadmap->IsBadChannel(in.GetModule(),in.GetColumn(),in.GetRow())) {
-        //printf("Tower from SM %d, column %d, row %d is BAD!!! Skip \n", in.GetModule(),in.GetColumn(),in.GetRow());
-        continue;
-      }  
-      
-      vector<AliCaloBunchInfo> bunchlist; 
-      while (in.NextBunch()) {
-        bunchlist.push_back( AliCaloBunchInfo(in.GetStartTimeBin(), in.GetBunchLength(), in.GetSignals() ) );
-      } // loop over bunches
-      
-      if ( caloFlag < 2 )
-       { // ALTRO
-         Float_t time = 0; 
-         Float_t amp  = 0; 
-         short timeEstimate  = 0;
-         Float_t ampEstimate = 0;
-         Bool_t fitDone = kFALSE;
-         Float_t chi2 = 0;
-         Int_t ndf = 0;
-         
-         if ( fFittingAlgorithm == Algo::kFastFit || fFittingAlgorithm == Algo::kNeuralNet || 
-              fFittingAlgorithm == Algo::kLMS || fFittingAlgorithm == Algo::kPeakFinder || 
-              fFittingAlgorithm == Algo::kCrude) {
-          // all functionality to determine amp and time etc is encapsulated inside the Evaluate call for these methods 
-          AliCaloFitResults fitResults = fRawAnalyzer->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2()); 
-          
-          amp          = fitResults.GetAmp();
-          time         = fitResults.GetTime();
-          timeEstimate = fitResults.GetMaxTimebin();
-          ampEstimate  = fitResults.GetMaxSig();
-          chi2 = fitResults.GetChi2();
-          ndf = fitResults.GetNdf();
-          if (fitResults.GetStatus() == Ret::kFitPar) {
-            fitDone = kTRUE;
-          }
-        }
-        else { // for the other methods we for now use the functionality of 
-          // AliCaloRawAnalyzer as well, to select samples and prepare for fits, 
-          // if it looks like there is something to fit
-          
-          // parameters init.
-          Float_t pedEstimate  = 0;
-          short maxADC = 0;
-          Int_t first = 0;
-          Int_t last = 0;
-          Int_t bunchIndex = 0;
-          //
-          // The PreFitEvaluateSamples + later call to FitRaw will hopefully 
-          // be replaced by a single Evaluate call or so soon, like for the other
-          // methods, but this should be good enough for evaluation of 
-          // the methods for now (Jan. 2010)
-          //
-          int nsamples = fRawAnalyzer->PreFitEvaluateSamples( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2(), bunchIndex, ampEstimate, maxADC, timeEstimate, pedEstimate, first, last); 
-          
-          if (ampEstimate >= fNoiseThreshold) { // something worth looking at
-            
-            time = timeEstimate; // maxrev in AliCaloRawAnalyzer speak; comes with an offset w.r.t. real timebin
-            Int_t timebinOffset = bunchlist.at(bunchIndex).GetStartBin() - (bunchlist.at(bunchIndex).GetLength()-1); 
-            amp = ampEstimate; 
-            
-            if ( nsamples > 1 && maxADC<fgkOverflowCut ) { // possibly something to fit
-              FitRaw(first, last, amp, time, chi2, fitDone);
-              time += timebinOffset;
-              timeEstimate += timebinOffset;
-              ndf = nsamples - 2;
-            }
-            
-          } // ampEstimate check
-        } // method selection
+  Float_t bcTimePhaseCorr = 0; // for BC-based L1 phase correction
+  Int_t bcMod4 = (reader->GetBCID() % 4); // LHC uses 40 MHz, EMCal uses 10 MHz clock
+  if (bcMod4==0 || bcMod4==1) { 
+    bcTimePhaseCorr = -1e-7; // subtract 100 ns for certain BC values
+  } 
 
-        if ( fitDone ) { // brief sanity check of fit results      
-          Float_t ampAsymm = (amp - ampEstimate)/(amp + ampEstimate);
-          Float_t timeDiff = time - timeEstimate;
-          if ( (TMath::Abs(ampAsymm) > 0.1) || (TMath::Abs(timeDiff) > 2) ) {
-            // AliDebug(2,Form("Fit results amp %f time %f not consistent with expectations amp %f time %d", amp, time, ampEstimate, timeEstimate));
-            
-            // for now just overwrite the fit results with the simple/initial estimate
-            amp     = ampEstimate;
-            time    = timeEstimate; 
-            fitDone = kFALSE;
-          } 
-        } // fitDone
-        
-        if (amp >= fNoiseThreshold) { // something to be stored
-          if ( ! fitDone) { // smear ADC with +- 0.5 uniform (avoid discrete effects)
-            amp += (0.5 - gRandom->Rndm()); // Rndm generates a number in ]0,1]
-          }
-          
-          Int_t id = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(in.GetModule(), in.GetRow(), in.GetColumn()) ;
-          lowGain  = in.IsLowGain();
-          
-          // go from time-bin units to physical time fgtimetrigger
-          time = time * GetRawFormatTimeBinWidth(); // skip subtraction of fgTimeTrigger?
-          // subtract RCU L1 phase (L1Phase is in seconds) w.r.t. L0:
-          time -= in.GetL1Phase();
-          
-          AliDebug(2,Form("id %d lowGain %d amp %g", id, lowGain, amp));
-          // printf("Added tower: SM %d, row %d, column %d, amp %3.2f\n",in.GetModule(), in.GetRow(), in.GetColumn(),amp);
-
-          AddDigit(digitsArr, id, lowGain, amp, time, chi2, ndf); 
-        }
-        
-      }//ALTRO
-      else if(fUseFALTRO)
-      {// Fake ALTRO
-        fTriggerRawDigitMaker->Add( bunchlist );
-      }//Fake ALTRO
-    } // end while over channel   
-  } //end while over DDL's, of input stream 
-  
+  while (in.NextDDL()) 
+    {
+      while (in.NextChannel()) 
+       {
+         caloFlag = in.GetCaloFlag();
+         if (caloFlag > 2) continue; // Work with ALTRO and FALTRO 
+         if(caloFlag < 2 && fRemoveBadChannels && pedbadmap->IsBadChannel(in.GetModule(),in.GetColumn(),in.GetRow()))
+           {
+             continue;
+           }  
+         vector<AliCaloBunchInfo> bunchlist; 
+         while (in.NextBunch()) 
+           {
+             bunchlist.push_back( AliCaloBunchInfo(in.GetStartTimeBin(), in.GetBunchLength(), in.GetSignals() ) );
+           } 
+         if (bunchlist.size() == 0) continue;
+         if ( caloFlag < 2 )
+           { // ALTRO
+             Int_t id = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(in.GetModule(), in.GetRow(), in.GetColumn()) ;
+             lowGain  = in.IsLowGain();
+             fRawAnalyzer->SetL1Phase( in.GetL1Phase() );
+             AliCaloFitResults res =  fRawAnalyzer->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2());  
+             if(res.GetAmp() >= fNoiseThreshold )
+               {
+                 AddDigit(digitsArr, id, lowGain, res.GetAmp(),  res.GetTime()+bcTimePhaseCorr, res.GetChi2(),  res.GetNdf() ); 
+               }
+           }//ALTRO
+         else if(fUseFALTRO)
+           {// Fake ALTRO
+             fTriggerRawDigitMaker->Add( bunchlist );
+           }//Fake ALTRO
+       } // end while over channel   
+    } //end while over DDL's, of input stream 
   fTriggerRawDigitMaker->PostProcess();        
-       
   TrimDigits(digitsArr);
-       
-  return ; 
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
-void AliEMCALRawUtils::AddDigit(TClonesArray *digitsArr, Int_t id, Int_t lowGain, Float_t amp, Float_t time, Float_t chi2, Int_t ndf) {
-  //
-  // Add a new digit. 
-  // This routine checks whether a digit exists already for this tower 
-  // and then decides whether to use the high or low gain info
-  //
-  // Called by Raw2Digits
-  
-  AliEMCALDigit *digit = 0, *tmpdigit = 0;
-  TIter nextdigit(digitsArr);
-  while (digit == 0 && (tmpdigit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) {
-    if (tmpdigit->GetId() == id) digit = tmpdigit;
-  }
 
-  if (!digit) { // no digit existed for this tower; create one
-               Int_t type = AliEMCALDigit::kHG; // use enum in AliEMCALDigit
-               if (lowGain) { 
-                       amp *= fHighLowGainFactor;
-                       type = AliEMCALDigit::kLGnoHG;
-               } 
-               Int_t idigit = digitsArr->GetEntries();
-               new((*digitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( -1, -1, id, amp, time, type, idigit, chi2, ndf); 
-               AliDebug(2,Form("Add digit Id %d for the first time, type %d", id, type));
-  }//digit added first time
-  else { // a digit already exists, check range 
-               // (use high gain if signal < cut value, otherwise low gain)
-               if (lowGain) { // new digit is low gain
-                       if (digit->GetAmplitude() > fgkOverflowCut) {  // use if previously stored (HG) digit is out of range
-                               digit->SetAmplitude(fHighLowGainFactor * amp);
-                               digit->SetTime(time);
-                               digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
-                               AliDebug(2,Form("Add LG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
-                       }
-               }//new low gain digit
-               else { // new digit is high gain 
-                       if (amp < fgkOverflowCut) { // new digit is high gain; use if not out of range
-                               digit->SetAmplitude(amp);
-                               digit->SetTime(time);
-                               digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
-                               AliDebug(2,Form("Add HG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
-                       }
-                       else { // HG out of range, just change flag value to show that HG did exist
-                               digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
-                               AliDebug(2,Form("Change LG digit to HG, ID %d, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
-                       }
-               }//new high gain digit
-  }//digit existed replace it
-  
-}
-
-//____________________________________________________________________________ 
 void AliEMCALRawUtils::TrimDigits(TClonesArray *digitsArr) 
-{
-  // Remove digits with only low gain and large time
-  
+{ // rm entries with LGnoHG (unphysical), out of time window, and too bad chi2
   AliEMCALDigit *digit = 0;
   Int_t n = 0;
   Int_t nDigits = digitsArr->GetEntriesFast();
   TIter nextdigit(digitsArr);
   while ((digit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) {
-
-    //Check if only LG existed, remove if so
     if (digit->GetType() == AliEMCALDigit::kLGnoHG) {
       AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, LGnoHG",digit->GetId()));
       digitsArr->Remove(digit);
     }
-    //Check if time is too large or too small, remove if so
     else if(fTimeMin > digit->GetTime() || fTimeMax < digit->GetTime()) {
       digitsArr->Remove(digit);
       AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, Bad Time %e",digit->GetId(), digit->GetTime()));
     }
-    // Check if Chi2 is undefined
     else if (0 > digit->GetChi2()) {
       digitsArr->Remove(digit);
       AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, Bad Chi2 %e",digit->GetId(), digit->GetChi2()));
     }
-    //Good digit, just reassign the index of the digit in case there was a previous removal
     else {
       digit->SetIndexInList(n);        
       n++;
@@ -598,366 +368,18 @@ void AliEMCALRawUtils::TrimDigits(TClonesArray *digitsArr)
   
   digitsArr->Compress();
   AliDebug(1,Form("N Digits before trimming : %d; after array compression %d",nDigits,digitsArr->GetEntriesFast()));
-          
-}
-       
-//____________________________________________________________________________ 
-void AliEMCALRawUtils::FitRaw(const Int_t firstTimeBin, const Int_t lastTimeBin, Float_t & amp, Float_t & time, Float_t & chi2, Bool_t & fitDone) const 
-{ // Fits the raw signal time distribution
-  
-  //--------------------------------------------------
-  //Do the fit, different fitting algorithms available
-  //--------------------------------------------------
-  int nsamples = lastTimeBin - firstTimeBin + 1;
-  fitDone = kFALSE;
-  
-  switch(fFittingAlgorithm) {
-  case Algo::kStandard:
-    {
-      if (nsamples < 3) { return; } // nothing much to fit
-      //printf("Standard fitter \n");
-
-      // Create Graph to hold data we will fit 
-      TGraph *gSig =  new TGraph( nsamples); 
-      for (int i=0; i<nsamples; i++) {
-        Int_t timebin = firstTimeBin + i;    
-        gSig->SetPoint(i, timebin, fRawAnalyzer->GetReversed(timebin)); 
-      }
-      
-      TF1 * signalF = new TF1("signal", RawResponseFunction, 0, GetRawFormatTimeBins(), 5);
-      signalF->SetParameters(10.,5.,fTau,fOrder,0.); //set all defaults once, just to be safe
-      signalF->SetParNames("amp","t0","tau","N","ped");
-      signalF->FixParameter(2,fTau); // tau in units of time bin
-      signalF->FixParameter(3,fOrder); // order
-      signalF->FixParameter(4, 0); // pedestal should be subtracted when we get here 
-      signalF->SetParameter(1, time);
-      signalF->SetParameter(0, amp);
-      // set rather loose parameter limits
-      signalF->SetParLimits(0, 0.5*amp, 2*amp );
-      signalF->SetParLimits(1, time - 4, time + 4); 
-      
-      try {                    
-        gSig->Fit(signalF, "QROW"); // Note option 'W': equal errors on all points
-        // assign fit results
-        amp  = signalF->GetParameter(0); 
-        time = signalF->GetParameter(1);
-        chi2 = signalF->GetChisquare();
-        fitDone = kTRUE;
-      }
-      catch (const std::exception & e) {
-        AliError( Form("TGraph Fit exception %s", e.what()) ); 
-        // stay with default amp and time in case of exception, i.e. no special action required
-        fitDone = kFALSE;
-      }
-      delete signalF;
-      
-      //printf("Std   : Amp %f, time %g\n",amp, time);
-      delete gSig; // delete TGraph
-      
-      break;
-    }//kStandard Fitter
-      //----------------------------
-  case Algo::kLogFit:
-    {
-      if (nsamples < 3) { return; } // nothing much to fit
-      //printf("LogFit \n");
-      
-      // Create Graph to hold data we will fit 
-      TGraph *gSigLog =  new TGraph( nsamples); 
-      for (int i=0; i<nsamples; i++) {
-        Int_t timebin = firstTimeBin + i;    
-        gSigLog->SetPoint(timebin, timebin, TMath::Log(fRawAnalyzer->GetReversed(timebin) ) ); 
-      }
-      
-      TF1 * signalFLog = new TF1("signalLog", RawResponseFunctionLog, 0, GetRawFormatTimeBins(), 5);
-      signalFLog->SetParameters(2.3, 5.,fTau,fOrder,0.); //set all defaults once, just to be safe
-      signalFLog->SetParNames("amplog","t0","tau","N","ped");
-      signalFLog->FixParameter(2,fTau); // tau in units of time bin
-      signalFLog->FixParameter(3,fOrder); // order
-      signalFLog->FixParameter(4, 0); // pedestal should be subtracted when we get here 
-      signalFLog->SetParameter(1, time);
-      if (amp>=1) {
-        signalFLog->SetParameter(0, TMath::Log(amp));
-      }
-      
-      gSigLog->Fit(signalFLog, "QROW"); // Note option 'W': equal errors on all points
-      
-      // assign fit results
-      Double_t amplog = signalFLog->GetParameter(0); //Not Amp, but Log of Amp
-      amp = TMath::Exp(amplog);
-      time = signalFLog->GetParameter(1);
-      fitDone = kTRUE;
-      
-      delete signalFLog;
-      //printf("LogFit: Amp %f, time %g\n",amp, time);
-      delete gSigLog; 
-      break;
-    } //kLogFit 
-      //----------------------------   
-      
-      //----------------------------
-  }//switch fitting algorithms
-  
-  return;
-}
-
-//__________________________________________________________________
-void AliEMCALRawUtils::FitParabola(const TGraph *gSig, Float_t & amp) const 
-{
-  //BEG YS alternative methods to calculate the amplitude
-  Double_t * ymx = gSig->GetX() ; 
-  Double_t * ymy = gSig->GetY() ; 
-  const Int_t kN = 3 ; 
-  Double_t ymMaxX[kN] = {0., 0., 0.} ; 
-  Double_t ymMaxY[kN] = {0., 0., 0.} ; 
-  Double_t ymax = 0. ; 
-  // find the maximum amplitude
-  Int_t ymiMax = 0 ;  
-  for (Int_t ymi = 0; ymi < gSig->GetN(); ymi++) {
-    if (ymy[ymi] > ymMaxY[0] ) {
-      ymMaxY[0] = ymy[ymi] ; //<========== This is the maximum amplitude
-      ymMaxX[0] = ymx[ymi] ;
-      ymiMax = ymi ; 
-    }
-  }
-  // find the maximum by fitting a parabola through the max and the two adjacent samples
-  if ( ymiMax < gSig->GetN()-1 && ymiMax > 0) {
-    ymMaxY[1] = ymy[ymiMax+1] ;
-    ymMaxY[2] = ymy[ymiMax-1] ; 
-    ymMaxX[1] = ymx[ymiMax+1] ;
-    ymMaxX[2] = ymx[ymiMax-1] ; 
-    if (ymMaxY[0]*ymMaxY[1]*ymMaxY[2] > 0) {
-      //fit a parabola through the 3 points y= a+bx+x*x*x
-      Double_t sy = 0 ; 
-      Double_t sx = 0 ; 
-      Double_t sx2 = 0 ; 
-      Double_t sx3 = 0 ; 
-      Double_t sx4 = 0 ; 
-      Double_t sxy = 0 ; 
-      Double_t sx2y = 0 ; 
-      for (Int_t i = 0; i < kN ; i++) {
-        sy += ymMaxY[i] ; 
-        sx += ymMaxX[i] ;              
-        sx2 += ymMaxX[i]*ymMaxX[i] ; 
-        sx3 += ymMaxX[i]*ymMaxX[i]*ymMaxX[i] ; 
-        sx4 += ymMaxX[i]*ymMaxX[i]*ymMaxX[i]*ymMaxX[i] ; 
-        sxy += ymMaxX[i]*ymMaxY[i] ; 
-        sx2y += ymMaxX[i]*ymMaxX[i]*ymMaxY[i] ; 
-      }
-      Double_t cN = (sx2y*kN-sy*sx2)*(sx3*sx-sx2*sx2)-(sx2y*sx-sxy*sx2)*(sx3*kN-sx*sx2); 
-      Double_t cD = (sx4*kN-sx2*sx2)*(sx3*sx-sx2*sx2)-(sx4*sx-sx3*sx2)*(sx3*kN-sx*sx2) ;
-      Double_t c  = cN / cD ; 
-      Double_t b  = ((sx2y*kN-sy*sx2)-c*(sx4*kN-sx2*sx2))/(sx3*kN-sx*sx2) ;
-      Double_t a  = (sy-b*sx-c*sx2)/kN  ;
-      Double_t xmax = -b/(2*c) ; 
-      ymax = a + b*xmax + c*xmax*xmax ;//<========== This is the maximum amplitude
-      amp = ymax;
-    }
-  }
-  
-  Double_t diff = TMath::Abs(1-ymMaxY[0]/amp) ; 
-  if (diff > 0.1) 
-    amp = ymMaxY[0] ; 
-  //printf("Yves   : Amp %f, time %g\n",amp, time);
-  //END YS
-  return;
-}
-
-//__________________________________________________________________
-Double_t AliEMCALRawUtils::RawResponseFunction(Double_t *x, Double_t *par)
-{
-  // Matches version used in 2007 beam test
-  //
-  // Shape of the electronics raw reponse:
-  // It is a semi-gaussian, 2nd order Gamma function of the general form
-  //
-  // xx = (t - t0 + tau) / tau  [xx is just a convenient help variable]
-  // F = A * (xx**N * exp( N * ( 1 - xx) )   for xx >= 0
-  // F = 0                                   for xx < 0 
-  //
-  // parameters:
-  // A:   par[0]   // Amplitude = peak value
-  // t0:  par[1]
-  // tau: par[2]
-  // N:   par[3]
-  // ped: par[4]
-  //
-  Double_t signal = 0.;
-  Double_t tau    = par[2];
-  Double_t n      = par[3];
-  Double_t ped    = par[4];
-  Double_t xx     = ( x[0] - par[1] + tau ) / tau ;
-
-  if (xx <= 0) 
-    signal = ped ;  
-  else {  
-    signal = ped + par[0] * TMath::Power(xx , n) * TMath::Exp(n * (1 - xx )) ; 
-  }
-  return signal ;  
-}
-
-//__________________________________________________________________
-Double_t AliEMCALRawUtils::RawResponseFunctionLog(Double_t *x, Double_t *par)
-{
-  // Matches version used in 2007 beam test
-  //
-  // Shape of the electronics raw reponse:
-  // It is a semi-gaussian, 2nd order Gamma function of the general form
-  //
-  // xx = (t - t0 + tau) / tau  [xx is just a convenient help variable]
-  // F = A * (xx**N * exp( N * ( 1 - xx) )   for xx >= 0
-  // F = 0                                   for xx < 0 
-  //
-  // parameters:
-  // Log[A]:   par[0]   // Amplitude = peak value
-  // t0:  par[1]
-  // tau: par[2]
-  // N:   par[3]
-  // ped: par[4]
-  //
-  Double_t signal = 0. ;
-  Double_t tau    = par[2];
-  Double_t n      = par[3];
-  //Double_t ped = par[4]; // not used
-  Double_t xx     = ( x[0] - par[1] + tau ) / tau ;
-
-  if (xx < 0) 
-    signal = par[0] - n*TMath::Log(TMath::Abs(xx)) + n * (1 - xx ) ;  
-  else {  
-    signal = par[0] + n*TMath::Log(xx) + n * (1 - xx ) ; 
-  }
-  return signal ;  
-}
-
-//__________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALRawUtils::RawSampledResponse(const Double_t dtime, const Double_t damp, Int_t * adcH, Int_t * adcL, const Int_t keyErr) const 
-{
-  // for a start time dtime and an amplitude damp given by digit, 
-  // calculates the raw sampled response AliEMCAL::RawResponseFunction
-  Bool_t lowGain = kFALSE ; 
-  
-  // A:   par[0]   // Amplitude = peak value
-  // t0:  par[1]                            
-  // tau: par[2]                            
-  // N:   par[3]                            
-  // ped: par[4]
-  
-  TF1 signalF("signal", RawResponseFunction, 0, GetRawFormatTimeBins(), 5);
-  signalF.SetParameter(0, damp) ; 
-  signalF.SetParameter(1, (dtime + fgTimeTrigger)/fgTimeBinWidth) ; 
-  signalF.SetParameter(2, fTau) ; 
-  signalF.SetParameter(3, fOrder);
-  signalF.SetParameter(4, fgPedestalValue);
-       
-  Double_t signal=0.0, noise=0.0;
-  for (Int_t iTime = 0; iTime < GetRawFormatTimeBins(); iTime++) {
-    signal = signalF.Eval(iTime) ;  
-    // Next lines commeted for the moment but in principle it is not necessary to add
-    // extra noise since noise already added at the digits level.      
-    
-    //According to Terry Awes, 13-Apr-2008
-    //add gaussian noise in quadrature to each sample
-    //Double_t noise = gRandom->Gaus(0.,fgFEENoise);
-    //signal = sqrt(signal*signal + noise*noise);
-    
-    // March 17,09 for fast fit simulations by Alexei Pavlinov.
-    // Get from PHOS analysis. In some sense it is open questions.
-    if(keyErr>0) {
-      noise = gRandom->Gaus(0.,fgFEENoise);
-      signal += noise; 
-    }
-         
-    adcH[iTime] =  static_cast<Int_t>(signal + 0.5) ;
-    if ( adcH[iTime] > fgkRawSignalOverflow ){  // larger than 10 bits 
-      adcH[iTime] = fgkRawSignalOverflow ;
-      lowGain = kTRUE ; 
-    }
-    
-    signal /= fHighLowGainFactor;
-    
-    adcL[iTime] =  static_cast<Int_t>(signal + 0.5) ;
-    if ( adcL[iTime] > fgkRawSignalOverflow)  // larger than 10 bits 
-      adcL[iTime] = fgkRawSignalOverflow ;
-        
-  }
-  
-  return lowGain ; 
 }
 
-//__________________________________________________________________
-void AliEMCALRawUtils::CalculateChi2(const Double_t* t, const Double_t* y, const Int_t nPoints, 
-const Double_t sig, const Double_t tau, const Double_t amp, const Double_t t0, Double_t &chi2)
-{
-  //   Input:
-  //   t[]   - array of time bins
-  //   y[]   - array of amplitudes after pedestal subtractions;
-  //   nPoints  - number of points 
-  //   sig   - error of amplitude measurement (one value for all channels)
-  //           if sig<0 that mean sig=1.
-  //   tau   - filter time response (in timebin units)
-  //   amp   - amplitude at t0;
-  //   t0    - time of max amplitude; 
-  // Output:
-  //   chi2 - chi2
-  //   ndf = nPoints - 2 when tau fixed 
-  //   ndf = nPoints - 3 when tau free
-  static Double_t par[5]={0.0, 0.0, 0.0, 2.0, 0.0};
-
-  par[0] = amp;
-  par[1] = t0;
-  par[2] = tau;
-  // par[3]=n=2.; par[4]=ped=0.0
 
-  Double_t dy = 0.0, x = 0.0, f=0.0;
-  for(Int_t i=0; i<nPoints; i++){
-    x     = t[i];
-    f     = RawResponseFunction(&x, par);
-    dy    = y[i] - f;
-    chi2 += dy*dy;
-    //printf(" AliEMCALRawUtils::CalculateChi2 : %i : y %f -> f %f : dy %f \n", i, y[i], f, dy); 
-  }
-  if(sig>0.0) chi2 /= (sig*sig);
-}
-
-//__________________________________________________________________
 void AliEMCALRawUtils::SetFittingAlgorithm(Int_t fitAlgo)              
-{
-       //Set fitting algorithm and initialize it if this same algorithm was not set before.
-       //printf("**** Set Algorithm , number %d ****\n",fitAlgo);
-
-       if(fitAlgo == fFittingAlgorithm && fRawAnalyzer) {
-               //Do nothing, this same algorithm already set before.
-               //printf("**** Algorithm already set before, number %d, %s ****\n",fitAlgo, fRawAnalyzer->GetName());
-               return;
-       }
-       //Initialize the requested algorithm
-       if(fitAlgo != fFittingAlgorithm || !fRawAnalyzer) {
-               //printf("**** Init Algorithm , number %d ****\n",fitAlgo);
-               
-               fFittingAlgorithm = fitAlgo; 
-               if (fRawAnalyzer) delete fRawAnalyzer;  // delete prev. analyzer if existed.
-               
-               if (fitAlgo == Algo::kFastFit) {
-                       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerFastFit();
-               }
-               else if (fitAlgo == Algo::kNeuralNet) {
-                       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerNN();
-               }
-               else if (fitAlgo == Algo::kLMS) {
-                       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerLMS();
-               }
-               else if (fitAlgo == Algo::kPeakFinder) {
-                       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerPeakFinder();
-               }
-               else if (fitAlgo == Algo::kCrude) {
-                       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerCrude();
-               }
-               else {
-                 //                    fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzer();
-                 fRawAnalyzer = 0;
-               }
-       }
-       
+{ // select which fitting algo should be used
+  delete fRawAnalyzer; // delete doesn't do anything if the pointer is 0x0
+  fRawAnalyzer = AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer( fitAlgo );
+  fRawAnalyzer->SetNsampleCut(5); // requirement for fits to be done, for the new methods
+  fRawAnalyzer->SetOverflowCut ( OVERFLOWCUT );
+  fRawAnalyzer->SetAmpCut(fNoiseThreshold);
+  fRawAnalyzer->SetFitArrayCut(fNoiseThreshold);
 }
 
 
+