Fixed memory leaks for #86360: High memory consumption in 2.76TeV p+p RAW reco jobs
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
index 46221be..84c14a3 100644 (file)
 /* $Id$ */
 
 //_________________________________________________________________________
-//*--
-//*-- Yves Schutz (SUBATECH) 
+//--
+//-- Yves Schutz (SUBATECH) 
 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
 // derived from STEER/AliReconstructor. 
 // 
+
+
 // --- ROOT system ---
+#include <TClonesArray.h>
+#include "TGeoManager.h"
+#include "TGeoMatrix.h"
 
 // --- Standard library ---
 
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 
-#include "AliRun.h"
-#include "AliESD.h"
+#include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDCaloCluster.h"
+#include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliESDtrack.h"
-#include "AliRunLoader.h"
 #include "AliEMCALLoader.h"
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
+#include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALClusterizerv2.h"
+#include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
 #include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALPID.h"
-#include "AliEMCALTrigger.h"
 #include "AliRawReader.h"
-
-ClassImp(AliEMCALReconstructor)
-
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliEMCALGeometry.h"
+#include "AliEMCAL.h"
+#include "AliESDVZERO.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
+#include "AliEMCALTriggerPatch.h"
+#include "AliEMCALTriggerTypes.h"
+
+ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
+  
+const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
+AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
+AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
+TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
+AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
-  : fDebug(kFALSE) 
+  : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
 {
   // ctor
-} 
 
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor(const AliEMCALReconstructor & rec)
-  : AliReconstructor(rec),
-    fDebug(rec.fDebug)
-{
-  //copy ctor
-}
+  // AliDebug(2, "Mark.");  
+
+  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
+  
+  //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
+  //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  if (rl->GetAliRun()){
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if(!fGeom) {
+    AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
+    fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
+  }
+  
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fCalibData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+      if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fCalibData)
+    AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+  
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fPedestalData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
+      if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fPedestalData)
+    AliFatal("Dead map not found in CDB!");
+  
+  if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
+  
+  AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
+  
+  const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
+  
+  if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
+  fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
+  
+  fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
+  
+  //Init temporary list of digits
+  fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+  fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
+  fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);  
+
+  //Track matching
+  fMatches = new TList();
+  fMatches->SetOwner(kTRUE);
+} 
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 {
   // dtor
+
+  //AliDebug(2, "Mark.");
+
+  if(fGeom)              delete fGeom;
+  
+  //No need to delete, recovered from OCDB
+  //if(fCalibData)         delete fCalibData;
+  //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
+  
+  if(fgDigitsArr){
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    delete fgDigitsArr; 
+  }
+  
+  if(fgClustersArr){
+    fgClustersArr->Clear();
+    delete fgClustersArr; 
+  }
+  
+  if(fgTriggerDigits){
+    fgTriggerDigits->Clear();
+    delete fgTriggerDigits; 
+  }
+  
+  if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
+  if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
+  if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
+  
+  if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
+  
+  AliCodeTimer::Instance()->Print();
 } 
 
+//____________________________________________________________________________                                  
+void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
+{
+  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
+  Int_t clusterizerType = -1;
+  Int_t eventType = -1;
+  if(GetRecParam()) {
+    clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
+    eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
+  }
+  else{
+    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
+      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
+    //Get The reco param for the default event specie                                                           
+    if (entry) {
+      AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
+      if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
+    }
+  }
+  
+  //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
+  if(fgClusterizer){
+    if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
+      //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
+      //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
+      
+      if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
+      
+      //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
+      delete fgClusterizer;
+    }
+    else return;
+  }
+  
+  if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
+  else 
+  {
+    AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
+  }
+}
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const 
+void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 {
   // method called by AliReconstruction; 
   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
   // the global tracking.
-  TString headerFile(runLoader->GetFileName()) ; 
-  TString branchName(runLoader->GetEventFolder()->GetName() ) ;  
-  
-  AliEMCALClusterizerv1 clu(headerFile, branchName);
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));    
-
-  Int_t nEvents   = runLoader->GetNumberOfEvents();
-  runLoader->LoadDigits("EMCAL");
-  for (Int_t ievent = 0; ievent < nEvents; ievent++) {
-    runLoader->GetEvent(ievent);
-    if ( Debug() ) 
-      clu.ExecuteTask("deb all") ; 
-    else 
-      clu.ExecuteTask("pseudo") ;  
-  }   
-  // Unload the Digits and RecPoints
-  emcalLoader->UnloadDigits() ; 
-  emcalLoader->UnloadRecPoints() ; 
+  // Works on the current event.
+  
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+    
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+  
+  InitClusterizer();
+  
+  fgClusterizer->InitParameters();
+  fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
+  
+  //Skip clusterization of LED events
+  if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
+    
+    if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
+      
+      fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+      
+      //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
+      fgClusterizer->Digits2Clusters("");
+      
+      fgClusterizer->Clear();
+      
+    }//digits array exists and has somethind
+  }//not a LED event
+  
+  clustersTree->Fill();        
+
+  // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
+  fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, AliRawReader* rawReader) const 
-
+void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
+  
 {
-  // Reconstruction loop for Raw Data processing
-  //
-  // Only the clusterization is performed
-  // Track-cluster matching is done in FillESD because the track
-  // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve 
-  // the tracks reconstructed by the global tracking.
-  
-  TString headerFile(runLoader->GetFileName()) ; 
-  TString branchName(runLoader->GetEventFolder()->GetName()) ;  
-
-  static AliEMCALRawUtils rawUtils;
-  AliEMCALClusterizerv1 clu(headerFile, branchName);
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));    
-  Int_t iEvent = 0;
+  // Conversion from raw data to
+  // EMCAL digits.
+  // Works on a single-event basis
+  
   rawReader->Reset() ; 
-  while (rawReader->NextEvent()) {  
-    runLoader->GetEvent(iEvent++);
-
-    rawUtils.Raw2Digits(rawReader);
-
-    if ( Debug() ) 
-      clu.ExecuteTask("deb pseudo all") ; 
-    else 
-      clu.ExecuteTask("pseudo") ;  
-    // Unload the RecPoints
-    emcalLoader->UnloadRecPoints() ; 
+  
+  fTriggerData->SetMode(1);    
+  
+  if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
+  
+  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
+  
+  Int_t bufsize = 32000;
+  digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
+  digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
+  
+  //Skip calibration events do the rest
+  Bool_t doFit = kTRUE;
+  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
+  if (doFit){
+    //must be done here because, in constructor, option is not yet known
+    fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+    
+    //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
+    
+    //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
+    //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
+    fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
+    fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
+    fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
+    if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
+    fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
+    
+    //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
+    //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
+    
+    //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
+    //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
+    
+    fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
+    
+  }//skip calibration event
+  else{
+    AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
   }
+  
+  digitsTree->Fill();
+  digitsTrg->Delete();
+  delete digitsTrg;
+  
 }
 
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::FillESD(AliRunLoader* runLoader, AliESD* esd) const
+void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree, 
+                                   AliESDEvent* esd) const
 {
   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
-  const double timeScale = 1.e+11; // transition constant from sec to 0.01 ns 
-
-  Int_t eventNumber = runLoader->GetEventNumber() ;
-
-  // Creates AliESDCaloCluster from AliEMCALRecPoints 
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  runLoader->LoadRecPoints("EMCAL");
-  runLoader->GetEvent(eventNumber);
-  TObjArray *clusters = emcalLoader->RecPoints();
-  Int_t nClusters = clusters->GetEntries(), nClustersNew=0;
-  AliDebug(1,Form("Event %d: %d clusters",eventNumber,nClusters));
-  //  Int_t nRP=0, nPC=0; // in input
-  esd->SetFirstEMCALCluster(esd->GetNumberOfCaloClusters()); // Put after Phos clusters 
-
-  //######################################################
-  //#########Calculate trigger and set trigger info###########
-  //######################################################
-  AliEMCALTrigger tr ;
-  //   tr.SetPatchSize(1);//create 4x4 patches
-  tr.Trigger();
-  
-  Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
-  Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
-  Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
-  Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
-
-  AliEMCALGeometry * geom = 0;
-  if (runLoader->GetAliRun() && runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
-    geom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-  if (geom == 0) 
-    geom = AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaulGeometryName());
-
-  Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
-  Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
-  Int_t iCellPhi2x2 = tr.Get2x2CellPhi();
-  Int_t iCellPhinxn = tr.GetnxnCellPhi();
-  Int_t iCellEta2x2 = tr.Get2x2CellEta();
-  Int_t iCellEtanxn = tr.GetnxnCellEta();
-
-  AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",  maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iCellPhi2x2, iCellEta2x2));
-  AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",  maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iCellPhinxn, iCellEtanxn));
-
-  TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
-  TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
-
-  Int_t iAbsId2x2 = geom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSM2x2, iCellPhi2x2, iCellEta2x2) ;
-  Int_t iAbsIdnxn = geom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSMnxn, iCellPhinxn, iCellEtanxn) ;
-  geom->GetGlobal(iAbsId2x2, pos2x2);
-  geom->GetGlobal(iAbsIdnxn, posnxn);
-  
-  TArrayF triggerPosition(6);
-  triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;   
-  triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;   
-  triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;  
-  triggerPosition[3] = posnxn(0) ;   
-  triggerPosition[4] = posnxn(1) ;   
-  triggerPosition[5] = posnxn(2) ;  
-
-  TArrayF triggerAmplitudes(4);
-  triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;   
-  triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;    
-  triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;   
-  triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;   
-
-  esd->AddEMCALTriggerPosition(triggerPosition);
-  esd->AddEMCALTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
-  
-  //######################################################
-  //#######################TRACK MATCHING###############
-  //######################################################
-  //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
-
-  // step 1 - initialize array of matched track indexes
-  Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
-  for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
-    matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
-  
-  // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
-  Int_t iemcalMatch = -1;
-  Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
-  for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
-    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
-    iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
-    if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
-  } 
+  // and V0 
+  // Works on the current event
+  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
+  //return;
   
   //########################################
-  //##############Fill CaloClusters#############
+  // Trigger
   //########################################
+  
+  static int saveOnce = 0;
+  
+  Int_t v0M[2] = {0, 0};
+  
+  AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
+  
+  if (esdV0) 
+    {
+      for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
+       {
+         v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
+         v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
+       }
+    }
+  else
+    {
+      AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
+    }
+  
+  if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
+  
+  TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
+  
+  if (!branchtrg) 
+    { 
+      AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
+      return;
+    }
+  
+  branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
+  branchtrg->GetEntry(0);
+  
+  // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
+  fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
+  
+  // Fill ESD
+  AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
+  
+  if (trgESD)
+    {
+      trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
+      
+      for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
+       {         
+         AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
+         
+         Int_t px, py;
+         if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
+           {
+             Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
+             
+             rdig->GetMaximum(a, t);
+             rdig->GetL0Times(times);
+             
+             trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
+           }
+       }
+      
+      trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
+      
+      trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
+      
+      Int_t v0[2];
+      fTriggerData->GetL1V0(v0);
+      
+      trgESD->SetL1V0(v0);     
+      trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());            
+      
+      if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded()) 
+       {
+         int type[8] = {0};
+         fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
+         
+         esd->SetCaloTriggerType(type);
+         
+         saveOnce = 1;
+       }
+    }
+  
+  // Resetting
+  fTriggerData->Reset();
+  
+  //########################################
+  //##############Fill CaloCells###############
+  //########################################
+  
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+  
+  Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
+  AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
+  AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
+  emcCells.CreateContainer(nDigits);
+  emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
+  Float_t energy = 0;
+  Float_t time   = 0;
+  for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
+    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
+    time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
+    energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
+    if(energy > 0 ){
+      fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
+      if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
+        emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time);   
+        idignew++;
+      }
+    }
+  }
+  emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
+  emcCells.Sort();
+  
+  //------------------------------------------------------------
+  //-----------------CLUSTERS-----------------------------
+  //------------------------------------------------------------
+  clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
+  clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
+  if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
+  TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
+  branch->SetAddress(&fgClustersArr);
+  branch->GetEntry(0);
+  //clustersTree->GetEvent(0);
+  
+  Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
+  AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 
-
+  
+  //########################################
+  //##############Fill CaloClusters#############
+  //########################################
   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
-    const AliEMCALRecPoint * clust = emcalLoader->RecPoint(iClust);
-    //if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kClusterv1) nRP++; else nPC++;
-    if (Debug()) clust->Print();
+    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
+    if(!clust) continue;
+    //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
+    // clust->Print(); //For debugging
     // Get information from EMCAL reconstruction points
     Float_t xyz[3];
     TVector3 gpos;
     clust->GetGlobalPosition(gpos);
-    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++) 
+    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
-    
-    Int_t digitMult = clust->GetMultiplicity();
-    Short_t *amplList = new Short_t[digitMult];
-    Short_t *timeList = new Short_t[digitMult];
-    Short_t *digiList = new Short_t[digitMult];
-    Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
-    Float_t *timeFloat = clust->GetTimeList();
-    Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
     Float_t elipAxis[2];
     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
+    //Create digits lists
+    Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
+    //TArrayS digiList(digitMult);
+    Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
+    Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
+    TArrayS absIdList(cellMult);
+    TArrayD fracList(cellMult);
     
-    // Convert Float_t* and Int_t* to Short_t* to save memory
-    // Problem : we should recalculate a cluster characteristics when discard digit(s)
-    Int_t newdigitMult = 0; 
-    for (Int_t iDigit=0; iDigit<digitMult; iDigit++) {
-      if (amplFloat[iDigit] > 0) {
-       amplList[newdigitMult] = (UShort_t)(amplFloat[iDigit]*500);
-        // Time in units of 0.01 ns = 10 ps
-        if(timeFloat[iDigit] < 65536./timeScale) 
-         timeList[newdigitMult] = (UShort_t)(timeFloat[iDigit]*timeScale);
-        else
-          timeList[newdigitMult] = 65535;
-       digiList[newdigitMult] = (UShort_t)(digitInts[iDigit]);
-        newdigitMult++;
+    Int_t newCellMult = 0;
+    for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
+      if (amplFloat[iCell] > 0) {
+        absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
+        //Calculate Fraction
+        if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
+          fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
+          
+        }
+        else{
+          fracList[newCellMult] = 0; 
+        }
+        newCellMult++;
       }
-      else if (clust->GetClusterType() != AliESDCaloCluster::kPseudoCluster)
-        Warning("FillESD()","Negative or 0 digit amplitude in cluster");
     }
     
-    if(newdigitMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
+    absIdList.Set(newCellMult);
+    fracList.Set(newCellMult);
+    
+    if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
       nClustersNew++;
-      if(newdigitMult != digitMult) { // some digits were deleted
-        Short_t *amplListNew = new Short_t[newdigitMult];
-        Short_t *timeListNew = new Short_t[newdigitMult];
-        Short_t *digiListNew = new Short_t[newdigitMult];
-        for (Int_t iDigit=0; iDigit<newdigitMult; iDigit++) {
-          amplListNew[iDigit] = amplList[iDigit];
-          timeListNew[iDigit] = timeList[iDigit];
-          digiListNew[iDigit] = digiList[iDigit];
-        }
-       
-        delete [] amplList;
-        delete [] timeList;
-        delete [] digiList;
-       
-        amplList = amplListNew;
-        timeList = timeListNew;
-        digiList = digiListNew;
-      }
-      
       //Primaries
       Int_t  parentMult  = 0;
-      Int_t *parentInts =  clust->GetParents(parentMult);
-      Short_t *parentList = new Short_t[parentMult];
-      for (Int_t ipr=0; ipr<parentMult; ipr++) 
-       parentList[ipr] = (Short_t)(parentInts[ipr]);    
-      
-      
+      Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
       // fills the ESDCaloCluster
-      AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ; 
-      ec->SetEMCAL(kTRUE);
-      ec->SetClusterType(clust->GetClusterType());
+      AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
+      ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
       ec->SetPosition(xyz);
       ec->SetE(clust->GetEnergy());
-      TArrayS arrayAmpList(newdigitMult,amplList);
-      TArrayS arrayTimeList(newdigitMult,timeList);
-      TArrayS arrayIndexList(newdigitMult,digiList);
-      ec->AddDigitAmplitude(arrayAmpList);
-      ec->AddDigitTime(arrayTimeList);
-      ec->AddDigitIndex(arrayIndexList);
-    
-      if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kClusterv1){
-
-        ec->SetClusterDisp(clust->GetDispersion());
-        ec->SetClusterChi2(-1); //not yet implemented
-        ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
-        ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
-        ec->SetM11(-1) ;        //not yet implemented
-       
-       TArrayS arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
-       arrayTrackMatched[0]= (Short_t)(matchedTrack[iClust]);
-       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
-       
-       TArrayS arrayParents(parentMult,parentList);
-       ec->AddLabels(arrayParents);
-      } 
       
-      // add the cluster to the esd object
+      //Distance to the nearest bad crystal
+      ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
+      
+      ec->SetNCells(newCellMult);
+      //Change type of list from short to ushort
+      UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
+      Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
+      for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
+        newAbsIdList[i]=absIdList[i];
+        newFracList[i] =fracList[i];
+      }
+      ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
+      ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
+      ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
+      ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
+      ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
+      ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
+      ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
+      ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
+  
+      
+      TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
+      ec->AddLabels(arrayParents);
+      //
+      //Track matching
+      //
+      fMatches->Clear();
+      Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
+      for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
+       {
+         AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
+         if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
+           {
+             Double_t dEta=-999, dPhi=-999;
+             Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
+             if(!isMatch) 
+               {
+                 // AliDebug(10, "Not good");
+                 continue;
+               }
+             AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
+             match->SetIndexT(itrack);
+             match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
+             match->SetdEta(dEta);
+             match->SetdPhi(dPhi);
+             fMatches->Add(match);
+           }
+       } 
+      fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
+      Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
+      TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
+      for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
+       {
+         AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
+         arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
+         if(imatch==0)
+           {
+             ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
+           }
+       }
+      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
+    
+      //add the cluster to the esd object
       esd->AddCaloCluster(ec);
+
       delete ec;
-      
-    } else { // no new ESD cluster
-      delete [] amplList;
-      delete [] timeList;
-      delete [] digiList;
+      delete [] newAbsIdList ;
+      delete [] newFracList ;
     }
   } // cycle on clusters
-  esd->SetNumberOfEMCALClusters(nClustersNew);
-  //if(nClustersNew != nClusters) 
-  //printf(" ##### nClusters %i -> new %i ##### \n", nClusters, nClustersNew );
+
+  //
+  //Reset the index of matched cluster for tracks
+  //to the one in CaloCluster array
+  Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
+  for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
+    {
+      AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
+      if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
+      TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
+      for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
+       {
+         AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
+         track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
+       }
+    }
+  
   
   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
   pid->SetReconstructor(kTRUE);
   pid->RunPID(esd);
+  delete pid;
+  
+  //Store EMCAL misalignment matrixes
+  FillMisalMatrixes(esd) ;
+  
 }
 
+//==================================================================================
+void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
+  //Store EMCAL matrixes in ESD Header
+  
+  //Check, if matrixes was already stored
+  for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
+      return ;
+  }
+  
+  //Create and store matrixes
+  if(!gGeoManager){
+    AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
+    return ;
+  }
+  //Note, that owner of copied marixes will be header
+  const Int_t bufsize = 255;
+  char path[bufsize] ;
+  TGeoHMatrix * m = 0x0;
+  for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
+    if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
+    
+    if (gGeoManager->CheckPath(path)){
+      gGeoManager->cd(path);
+      m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+      //                       printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
+      //                       m->Print("");
+      esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+    }
+    else{
+      esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
+    }
+  }
+}
 
+//__________________________________________________________________________
+void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
+{
+  // Read the digits from the input tree
+  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);    
+  
+  // Clear previous digits in the list
+  if(fgDigitsArr){ 
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+  }
+  else{
+    // It should not happen, but just in case ...
+    fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100); 
+  }
+  
+  // Read the digits from the input tree
+  TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
+  if (!branch) { 
+    AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
+    return;
+  }  
+  
+  branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
+  branch->GetEntry(0);
+}
+
+//==================================================================================
+Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Double_t &dEta, Double_t &dPhi)const
+{
+  //
+  // calculate the residual between track and cluster
+  //
+
+  // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
+  // Otherwise use the TPCInner point
+  AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
+  const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
+  if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
+  else
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
+  if(!trkParam) return kFALSE;
+
+  //Perform extrapolation
+  Double_t trkPos[3];
+  Float_t  clsPos[3];
+
+  AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
+  cluster->GetPosition(clsPos);
+  TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
+  Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
+  //Rotate to proper local coordinate
+  vec.RotateZ(-alpha); 
+  trkParamTmp.Rotate(alpha); 
+  //extrapolation is done here
+  if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(&trkParamTmp, vec.X(), track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), kFALSE, 0.8, -1)) 
+    return kFALSE; 
+
+  //Calculate the residuals
+  trkParamTmp.GetXYZ(trkPos); 
+   
+  TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
+  TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
+      
+  Double_t clsPhi = clsPosVec.Phi();
+  if(clsPhi<0) clsPhi+=2*TMath::Pi();
+  Double_t trkPhi = trkPosVec.Phi();
+  if(trkPhi<0) trkPhi+=2*TMath::Pi();
+
+  dPhi = clsPhi-trkPhi;
+  dEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
+
+  return kTRUE;
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch() 
+  : TObject(),  
+    fIndexT(-1), 
+    fDistance(-999.),
+    fdEta(-999.),
+    fdPhi(-999.)
+{
+  //default constructor
+
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
+  : TObject(),
+    fIndexT(copy.fIndexT),
+    fDistance(copy.fDistance),
+    fdEta(copy.fdEta),
+    fdPhi(copy.fdPhi)
+{
+  //copy ctor
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const 
+{
+  //
+  // Compare wrt the residual
+  //
+       
+  AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
+       
+  Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
+  Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
+       
+  if (thisDist > thatDist) return 1;
+  else if (thisDist < thatDist) return -1;
+  return 0;
+}