]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx
change order of bookkeeping events
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
index 4a0e894832b2aff6b9351499d9c932abc1702fca..8c070801526098ecc0204ec2f207b8c2a545787e 100644 (file)
 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
 // derived from STEER/AliReconstructor. 
 // 
-//-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
-//                    : fgDigitsArr should read just once at event
+
 
 // --- ROOT system ---
-#include <TList.h>
 #include <TClonesArray.h>
-#include <TH2.h>
 #include "TGeoManager.h"
 #include "TGeoMatrix.h"
 
@@ -37,6 +34,8 @@
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 
 #include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
 #include "AliESDEvent.h"
 #include "AliESDCaloCluster.h"
 #include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALClusterizerv2.h"
+#include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
 #include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALPID.h"
-#include "AliEMCALTrigger.h"
+#include "AliEMCALRecoUtils.h"
 #include "AliRawReader.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliCDBManager.h"
 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
+#include "AliEMCALTriggerPatch.h"
+#include "AliEMCALTriggerTypes.h"
 
 ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
-
-const AliEMCALRecParam* AliEMCALReconstructor::fgkRecParam = 0;  // EMCAL rec. parameters
-AliEMCALRawUtils* AliEMCALReconstructor::fgRawUtils = 0;   // EMCAL raw utilities class
-AliEMCALClusterizer* AliEMCALReconstructor::fgClusterizer = 0;   // EMCAL clusterizer class
-TClonesArray*     AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr = 0;  // shoud read just once at event
+  
+const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
+AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
+AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
+TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
-  : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0) 
+  : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
 {
   // ctor
 
-  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
+  // AliDebug(2, "Mark.");  
 
+  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
+  
   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
-  if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL")) {
-    fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-  } else {
+  if (rl->GetAliRun()){
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if(!fGeom) {
     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
   }
-
+  
   //Get calibration parameters 
   if(!fCalibData)
     {
-               AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
-               AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
-               if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+      if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
     }
-       
+  
   if(!fCalibData)
-               AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
-       
+    AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+  
   //Get calibration parameters 
   if(!fPedestalData)
     {
-               AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
-               AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
-               if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
+      if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
     }
-       
-       if(!fPedestalData)
-               AliFatal("Dead map not found in CDB!");
-       
-       
-  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
-  fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData); 
-       
+  
+  if(!fPedestalData)
+    AliFatal("Dead map not found in CDB!");
+  
   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
-
+  
   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
-
+  
   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
-
+  
   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
+  
+  fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
+  
+  //Init temporary list of digits
+  fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+  fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
+
+  const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
+  fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);   
+       
+  //Track matching
+  fMatches = new TList();
+  fMatches->SetOwner(kTRUE);
 } 
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 {
   // dtor
-  delete fGeom;
-  delete fgRawUtils;
-  delete fgClusterizer;
-  delete fgTriggerProcessor;
 
+  //AliDebug(2, "Mark.");
+
+  if(fGeom)              delete fGeom;
+  
+  //No need to delete, recovered from OCDB
+  //if(fCalibData)         delete fCalibData;
+  //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
+  
+  if(fgDigitsArr){
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    delete fgDigitsArr; 
+  }
+  
+  if(fgClustersArr){
+    fgClustersArr->Clear();
+    delete fgClustersArr; 
+  }
+  
+  if(fgTriggerDigits){
+    fgTriggerDigits->Clear();
+    delete fgTriggerDigits; 
+  }
+  
+  if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
+  if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
+  if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
+  
+  if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
+  
   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 } 
 
-// //____________________________________________________________________________
-// void AliEMCALReconstructor::Init()
-// {
-//   // Trigger hists - Oct 24, 2007
-//    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
-// }
+//____________________________________________________________________________                                  
+void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
+{
+  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
+  Int_t clusterizerType = -1;
+  Int_t eventType = -1;
+  if(GetRecParam()) {
+    clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
+    eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
+  }
+  else{
+    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
+      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
+    //Get The reco param for the default event specie                                                           
+    if (entry) {
+      AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
+      if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
+    }
+  }
+  
+  //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
+  if(fgClusterizer){
+    if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
+      //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
+      //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
+      
+      if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
+      
+      //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
+      delete fgClusterizer;
+    }
+    else return;
+  }
+  
+  if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
+  else 
+  {
+    AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
+  }
+}
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
@@ -150,96 +245,94 @@ void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree)
   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
   // the global tracking.
   // Works on the current event.
-
+  
   AliCodeTimerAuto("",0)
-
+    
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+  
+  InitClusterizer();
+  
   fgClusterizer->InitParameters();
   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
-
-  AliEMCALTriggerData* trgData = new AliEMCALTriggerData();
-       
-  Int_t bufferSize = 32000;
-
-  if (TBranch* triggerBranch = clustersTree->GetBranch("EMTRG"))
-         triggerBranch->SetAddress(&trgData);
-  else
-         clustersTree->Branch("EMTRG","AliEMCALTriggerData",&trgData,bufferSize);
-
-  TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit",1000);
-  TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
-  if (!branchdig) 
-  { 
-         AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits !");
-         return;
-  }
-
-  branchdig->SetAddress(&trgDigits);
-  branchdig->GetEntry(0);
-
-  Int_t v0M[2] = {0,0};
-  fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, v0M, trgData);
-       
-  trgDigits->Delete();
-  delete trgDigits; trgDigits = 0x0;
-
-  if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
-
-    fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+  
+  //Skip clusterization of LED events
+  if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
     
-    if(Debug())
-      fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
-    else
+    if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
+      
+      fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+      
+      //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
-    
-    fgClusterizer->Clear();
-
-  }
-
+      
+      fgClusterizer->Clear();
+      
+    }//digits array exists and has somethind
+  }//not a LED event
+  
   clustersTree->Fill();        
 
-  delete trgData; trgData = 0x0;
+  // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
+  fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
-
+  
 {
   // Conversion from raw data to
   // EMCAL digits.
   // Works on a single-event basis
-
+  
   rawReader->Reset() ; 
-
-  TClonesArray *digitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
-  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", 200);
-
+  
+  fTriggerData->SetMode(1);    
+  
+  if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
+  
+  const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
+  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
+  
   Int_t bufsize = 32000;
-  digitsTree->Branch("EMCAL", &digitsArr, bufsize);
+  digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
-
-  //must be done here because, in constructor, option is not yet known
-  fgRawUtils->SetOption(GetOption());
-
-  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
-  fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
-  fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
-  fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
-  fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
-  fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
-  fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
-  fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
-  fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
-  fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
-       
-  fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,digitsArr,fPedestalData,digitsTrg);
-
+  
+  //Skip calibration events do the rest
+  Bool_t doFit = kTRUE;
+  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
+  if (doFit){
+    //must be done here because, in constructor, option is not yet known
+    fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+    
+    //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
+    
+    //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
+    //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
+    fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
+    fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
+    fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
+    if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
+    fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
+    //  fgRawUtils->SetFALTROUsage(0);
+    //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
+    //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
+    
+    //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
+    //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
+    
+    fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
+    
+  }//skip calibration event
+  else{
+    AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
+  }
+  
   digitsTree->Fill();
-  digitsArr->Delete();
   digitsTrg->Delete();
-  delete digitsArr;
   delete digitsTrg;
-
+  
 }
 
 
@@ -250,82 +343,174 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
   // and V0 
   // Works on the current event
-  //  printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
+  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
   //return;
-
+  
+  //########################################
+  // Trigger
+  //########################################
+  
+  static int saveOnce = 0;
+  
+  Int_t v0M[2] = {0, 0};
+  
+  AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
+  
+  if (esdV0) 
+    {
+               v0M[0] = esdV0->GetTriggerChargeC();
+               v0M[1] = esdV0->GetTriggerChargeA();
+    }
+  else
+    {
+      AliWarning("No V0 ESD! Run trigger processor w/ null V0 charges");
+    }
+  
+  if (fgTriggerDigits && fgTriggerDigits->GetEntriesFast()) fgTriggerDigits->Delete();
+  
+  TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
+  
+  if (!branchtrg) 
+    { 
+      AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
+      return;
+    }
+  
+  branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
+  branchtrg->GetEntry(0);
+  
+  // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
+  fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
+  
+  // Fill ESD
+  AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
+  
+  if (trgESD)
+    {
+      trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
+      
+      for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
+       {         
+         AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
+         if (AliDebugLevel() > 999) rdig->Print("");
+               
+         Int_t px, py;
+         if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
+           {
+             Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
+             
+             rdig->GetMaximum(a, t);
+             rdig->GetL0Times(times);
+                       
+             trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
+           }
+       }
+      
+               for (int i = 0; i < 2; i++) {
+                       trgESD->SetL1Threshold(2 * i    , fTriggerData->GetL1JetThreshold(  i));
+                       trgESD->SetL1Threshold(2 * i + 1, fTriggerData->GetL1GammaThreshold(i));
+               }
+      
+      Int_t v0[2];
+      fTriggerData->GetL1V0(v0);
+      
+      trgESD->SetL1V0(v0);     
+      trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());            
+      
+      if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded()) 
+       {
+         int type[15] = {0};
+         fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
+         
+         esd->SetCaloTriggerType(type);
+         
+         saveOnce = 1;
+       }
+    }
+  
+  // Resetting
+  fTriggerData->Reset();
+  
   //########################################
   //##############Fill CaloCells###############
   //########################################
-
-  TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
-  TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
-  if (!branchdig) { 
-    AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
-    return;
-  }
-  branchdig->SetAddress(&digits);
-  digitsTree->GetEvent(0);
-  Int_t nDigits = digits->GetEntries(), idignew = 0 ;
+  
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+  
+  Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
-
+  
   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
   emcCells.CreateContainer(nDigits);
-  emcCells.SetType(AliESDCaloCells::kEMCALCell);
+  emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
+  
   Float_t energy = 0;
-  for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
-    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)digits->At(idig);
-    if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
-         energy = (static_cast<AliEMCALClusterizerv1*> (fgClusterizer))->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
-         if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them  
-                 emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());   
-                 idignew++;
-         }
+  Float_t time   = 0;
+  for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) 
+  {
+    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
+    time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
+    energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
+    
+    if(energy > 0 )
+    {
+      fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
+      
+      if(energy > 0) //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
+      { 
+        // Only for MC
+        // Get the label of the primary particle that generated the cell
+        // Assign the particle that deposited more energy
+        Int_t   nprimaries = dig->GetNprimary() ;
+        Int_t   digLabel   =-1 ;
+        Float_t edep       =-1.;
+        if ( nprimaries > 0 )
+        {
+          Int_t jndex ;
+          for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
+            if(edep < dig->GetDEParent(jndex+1))
+            {
+              digLabel = dig->GetIparent (jndex+1);
+              edep     = dig->GetDEParent(jndex+1);
+            }
+                   
+          } // all primaries in digit      
+        } // select primary label
+        
+        emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time,digLabel);   
+        idignew++;
+      }
     }
   }
+  
   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
   emcCells.Sort();
-
+  
   //------------------------------------------------------------
   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
   //------------------------------------------------------------
   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
-
-  TObjArray *clusters = new TObjArray(100);
+  if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
-  branch->SetAddress(&clusters);
+  branch->SetAddress(&fgClustersArr);
   branch->GetEntry(0);
   //clustersTree->GetEvent(0);
-
-  Int_t nClusters = clusters->GetEntries(),  nClustersNew=0;
+  
+  Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 
-  //######################################################
-  //#######################TRACK MATCHING###############
-  //######################################################
-  //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
-
-  // step 1 - initialize array of matched track indexes
-  Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
-  for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
-    matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
-  
-  // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
-  Int_t iemcalMatch = -1;
-  Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
-  for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
-    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
-    iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
-    if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
-  } 
   
   //########################################
   //##############Fill CaloClusters#############
   //########################################
   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
-    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)clusters->At(iClust);
-    //if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
-    if (Debug()) clust->Print();
+    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
+    if(!clust) continue;
+    //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
+    // clust->Print(); //For debugging
     // Get information from EMCAL reconstruction points
     Float_t xyz[3];
     TVector3 gpos;
@@ -334,27 +519,30 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
     Float_t elipAxis[2];
     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
-       //Create digits lists
+    //Create digits lists
     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
     //TArrayS digiList(digitMult);
     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
     TArrayS absIdList(cellMult);
     TArrayD fracList(cellMult);
-
+    
     Int_t newCellMult = 0;
     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
       if (amplFloat[iCell] > 0) {
-      absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
-      //Uncomment when unfolding is done
-      //if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0)
-      //fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])*calibration);//get cell calibration value 
-      //else
-      fracList[newCellMult] = 0; 
-      newCellMult++;
+        absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
+        //Calculate Fraction
+        if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
+          fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
+          
+        }
+        else{
+          fracList[newCellMult] = 0; 
+        }
+        newCellMult++;
       }
     }
-
+    
     absIdList.Set(newCellMult);
     fracList.Set(newCellMult);
     
@@ -365,118 +553,274 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
       // fills the ESDCaloCluster
       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
-      ec->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1);
+      ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
       ec->SetPosition(xyz);
       ec->SetE(clust->GetEnergy());
-               
-         //Distance to the nearest bad crystal
-         ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
-
+      
+      //Distance to the nearest bad crystal
+      ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
+      
       ec->SetNCells(newCellMult);
       //Change type of list from short to ushort
       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
-      Double_t *newFracList  = new Double_t[newCellMult];
+      Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
-        newFracList[i]=fracList[i];
+        newFracList[i] =fracList[i];
       }
       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
-      ec->SetClusterDisp(clust->GetDispersion());
-      ec->SetClusterChi2(-1); //not yet implemented
+      ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
+      ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
-      TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
-      arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
-      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
-
+  
+      
       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
       ec->AddLabels(arrayParents);
-
-      // add the cluster to the esd object
+      //
+      //Track matching
+      //
+      fMatches->Clear();
+      Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
+      for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
+       {
+         AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
+         if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
+           {
+             Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
+             Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
+             if(!isMatch) 
+               {
+                 // AliDebug(10, "Not good");
+                 continue;
+               }
+             AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
+             match->SetIndexT(itrack);
+             match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
+             match->SetdEta(dEta);
+             match->SetdPhi(dPhi);
+             fMatches->Add(match);
+           }
+       } 
+      fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
+      Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
+      TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
+      for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
+       {
+         AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
+         arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
+         if(imatch==0)
+           {
+             ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
+           }
+       }
+      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
+    
+      //add the cluster to the esd object
       esd->AddCaloCluster(ec);
+
       delete ec;
       delete [] newAbsIdList ;
       delete [] newFracList ;
-   }
- } // cycle on clusters
-
- delete [] matchedTrack;
+    }
+  } // cycle on clusters
 
- //Fill ESDCaloCluster with PID weights
- AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
- //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
- pid->SetReconstructor(kTRUE);
- pid->RunPID(esd);
- delete pid;
+  //
+  //Reset the index of matched cluster for tracks
+  //to the one in CaloCluster array
+  Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
+  for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
+    {
+      AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
+      if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
+      TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
+      for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
+       {
+         AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
+         track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
+       }
+    }
   
- delete digits;
- delete clusters;
   
- //Store EMCAL misalignment matrixes
- FillMisalMatrixes(esd) ;
-
+  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
+  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
+  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
+  pid->SetReconstructor(kTRUE);
+  pid->RunPID(esd);
+  delete pid;
+  
+  //Store EMCAL misalignment matrixes
+  FillMisalMatrixes(esd) ;
+  
 }
 
 //==================================================================================
 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
-       //Store EMCAL matrixes in ESD Header
-       
-       //Check, if matrixes was already stored
-       for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
-               if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
-                       return ;
-       }
-       
-       //Create and store matrixes
-       if(!gGeoManager){
-               AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
-               return ;
-       }
-       //Note, that owner of copied marixes will be header
-       char path[255] ;
-       TGeoHMatrix * m = 0x0;
-       for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
-               sprintf(path,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
-               if(sm >= 10) sprintf(path,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
-               
-               if (gGeoManager->CheckPath(path)){
-                       gGeoManager->cd(path);
-                       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
-//                     printf("================================================= \n");
-//                     printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
-//                     m->Print("");
-                       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
-//                     printf("================================================= \n");
-               }
-               else{
-                       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
-               }
-       }
+  //Store EMCAL matrixes in ESD Header
+  
+  //Check, if matrixes was already stored
+  for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
+      return ;
+  }
+  
+  //Create and store matrixes
+  if(!gGeoManager){
+    AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
+    return ;
+  }
+  //Note, that owner of copied marixes will be header
+  const Int_t bufsize = 255;
+  char path[bufsize] ;
+  TGeoHMatrix * m = 0x0;
+  Int_t tmpType = -1;
+  Int_t SMOrder = 0;
+  TString SMName;
+  for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "SMOD";
+    else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "SM10";
+    else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "SM3rd";
+    else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCSM";
+    else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCEXT";
+    else AliError("Unkown SM Type!!");
+
+    if(fGeom->GetSMType(sm) == tmpType) {
+      SMOrder++;
+    } else {
+      tmpType = fGeom->GetSMType(sm);
+      SMOrder = 1;
+    }
+    snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/%s_%d", SMName.Data(), SMOrder) ;
+
+    if (gGeoManager->CheckPath(path)){
+      gGeoManager->cd(path);
+      m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+      //                       printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
+      //                       m->Print("");
+      esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+    }
+    else{
+      esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
+    }
+  }
 }
 
-
-
 //__________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 {
-  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
-  if(fgDigitsArr) {
-    // Clear previous digits 
-    fgDigitsArr->Delete();
-    delete fgDigitsArr;
+  // Read the digits from the input tree
+  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);    
+  
+  // Clear previous digits in the list
+  if(fgDigitsArr){ 
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+  }
+  else{
+    // It should not happen, but just in case ...
+    fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100); 
   }
+  
   // Read the digits from the input tree
   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
   if (!branch) { 
     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
     return;
-  }
-  fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
+  }  
+  
   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
   branch->GetEntry(0);
 }
 
+//==================================================================================
+Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
+{
+  //
+  // calculate the residual between track and cluster
+  //
+
+  // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
+  // Otherwise use the TPCInner point
+
+  dEta = -999, dPhi = -999;
+  Bool_t ITSTrackSA = 0;
+
+  AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
+  
+  const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
+  if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
+  else if(track->GetInnerParam())
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
+  else{
+    trkParam = new AliExternalTrackParam(*track); //If there is ITSSa track 
+    ITSTrackSA = 1;    
+  }
+  if(!trkParam) return kFALSE;
+  
+  AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
+  if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(kTRUE), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)){
+       if(ITSTrackSA) delete trkParam;
+       return kFALSE;
+  }
+
+  if(ITSTrackSA) delete trkParam;
+  return kTRUE;
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch() 
+  : TObject(),  
+    fIndexT(-1), 
+    fDistance(-999.),
+    fdEta(-999.),
+    fdPhi(-999.)
+{
+  //default constructor
 
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
+  : TObject(),
+    fIndexT(copy.fIndexT),
+    fDistance(copy.fDistance),
+    fdEta(copy.fdEta),
+    fdPhi(copy.fdPhi)
+{
+  //copy ctor
+}
+//_____________________________________________________________________
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch& AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch::operator = (const AliEMCALMatch &source)
+{ // assignment operator; use copy ctor
+  if (&source == this) return *this;
+
+  new (this) AliEMCALMatch(source);
+  return *this;
+}
+//
+//==================================================================================
+//
+Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const 
+{
+  //
+  // Compare wrt the residual
+  //
+       
+  AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
+       
+  Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
+  Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
+       
+  if (thisDist > thatDist) return 1;
+  else if (thisDist < thatDist) return -1;
+  return 0;
+}