Adding a reminder for coders
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
index 8f952fd..b3fba39 100644 (file)
 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
 // derived from STEER/AliReconstructor. 
 // 
-//-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
-//                    : fgDigitsArr should read just once at event
+
 
 // --- ROOT system ---
-#include <TList.h>
 #include <TClonesArray.h>
-#include <TH2.h>
+#include "TGeoManager.h"
+#include "TGeoMatrix.h"
 
 // --- Standard library ---
 
@@ -35,6 +34,8 @@
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 
 #include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
 #include "AliESDEvent.h"
 #include "AliESDCaloCluster.h"
 #include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALClusterizerv2.h"
+#include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
 #include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALPID.h"
-#include "AliEMCALTrigger.h"
 #include "AliRawReader.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliCDBManager.h"
-#include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
 #include "AliEMCAL.h"
-#include "AliEMCALHistoUtilities.h"
 #include "AliESDVZERO.h"
-
+#include "AliCDBManager.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliRun.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
+#include "AliEMCALTriggerPatch.h"
+#include "AliEMCALTriggerTypes.h"
 
 ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
-
-const AliEMCALRecParam* AliEMCALReconstructor::fgkRecParam = 0;  // EMCAL rec. parameters
-AliEMCALRawUtils* AliEMCALReconstructor::fgRawUtils = 0;   // EMCAL raw utilities class
-AliEMCALClusterizer* AliEMCALReconstructor::fgClusterizer = 0;   // EMCAL clusterizer class
-TClonesArray*     AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr = 0;  // shoud read just once at event
+  
+const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
+AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
+AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
+TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
+AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
-  : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0) 
+  : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
 {
   // ctor
-  InitRecParam();
 
-  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
-  fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1;
+  // AliDebug(2, "Mark.");  
 
+  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
+  
   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
-  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
-  if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL")) {
-    fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-  } else {
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  if (rl->GetAliRun()){
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if(!fGeom) {
     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
   }
-
+  
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fCalibData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+      if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fCalibData)
+    AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+  
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fPedestalData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
+      if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fPedestalData)
+    AliFatal("Dead map not found in CDB!");
+  
   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
-
+  
+  AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
+  
+  const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
+  
+  if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
+  fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
+  
+  fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
+  
+  //Init temporary list of digits
+  fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+  fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
+  fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);  
+
+  //Track matching
+  fMatches = new TList();
+  fMatches->SetOwner(kTRUE);
 } 
 
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor(const AliEMCALReconstructor & rec)
-  : AliReconstructor(rec),
-    fDebug(rec.fDebug),
-    fList(rec.fList),
-    fGeom(rec.fGeom)
-{
-  //copy ctor
-}
-
-//____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 {
   // dtor
-  delete fGeom;
+
+  //AliDebug(2, "Mark.");
+
+  if(fGeom)              delete fGeom;
+  
+  //No need to delete, recovered from OCDB
+  //if(fCalibData)         delete fCalibData;
+  //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
+  
+  if(fgDigitsArr){
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    delete fgDigitsArr; 
+  }
+  
+  if(fgClustersArr){
+    fgClustersArr->Clear();
+    delete fgClustersArr; 
+  }
+  
+  if(fgTriggerDigits){
+    fgTriggerDigits->Clear();
+    delete fgTriggerDigits; 
+  }
+  
+  if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
+  if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
+  if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
+  
+  if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
+  
   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 } 
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Init()
-{
-  // Trigger hists - Oct 24, 2007
-  fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::InitRecParam() const
+//____________________________________________________________________________                                  
+void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 {
-  // Check if the instance of AliEMCALRecParam exists, 
-  // if not, get it from OCDB if available, otherwise create a default one
-
-  if(!fgkRecParam) {
-    fgkRecParam = dynamic_cast<const AliEMCALRecParam*>(AliReconstructor::GetRecoParam(6));
+  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
+  Int_t clusterizerType = -1;
+  Int_t eventType = -1;
+  if(GetRecParam()) {
+    clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
+    eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
   }
-
-  /*
- if (!fgkRecParam  && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet())) {
-    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
-      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Config/RecParam");
-    if (entry) fgkRecParam =  (AliEMCALRecParam*) entry->GetObject();
+  else{
+    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
+      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
+    //Get The reco param for the default event specie                                                           
+    if (entry) {
+      AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
+      if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
+    }
   }
-  */
   
-  if(!fgkRecParam){
-    AliWarning("The Reconstruction parameters for EMCAL nonitialized - Used default one");
-    fgkRecParam = new AliEMCALRecParam();
+  //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
+  if(fgClusterizer){
+    if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
+      //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
+      //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
+      
+      if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
+      
+      //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
+      delete fgClusterizer;
+    }
+    else return;
+  }
+  
+  if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
+    {
+      fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+    }
+  else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
+  else 
+  {
+    AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
   }
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -146,57 +242,92 @@ void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree)
   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
   // the global tracking.
   // Works on the current event.
-
-  AliCodeTimerAuto("")
-
+  
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+    
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
-
+  
+  InitClusterizer();
+  
+  fgClusterizer->InitParameters();
   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
-
-  if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
-
-    fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+  
+  //Skip clusterization of LED events
+  if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
     
-    if(Debug())
-      fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
-    else
+    if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
+      
+      fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+      
+      //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
-    
-    fgClusterizer->Clear();
-
-  }
+      
+      fgClusterizer->Clear();
+      
+    }//digits array exists and has somethind
+  }//not a LED event
+  
+  clustersTree->Fill();        
 
+  // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
+  fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
-
+  
 {
   // Conversion from raw data to
   // EMCAL digits.
   // Works on a single-event basis
-
+  
   rawReader->Reset() ; 
-
-  TClonesArray *digitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
+  
+  fTriggerData->SetMode(1);    
+  
+  if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
+  
+  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
+  
   Int_t bufsize = 32000;
-  digitsTree->Branch("EMCAL", &digitsArr, bufsize);
-
-  //must be done here because, in constructor, option is not yet known
-  fgRawUtils->SetOption(GetOption());
-
-  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(fgkRecParam->GetHighLowGainFactor());
-  fgRawUtils->SetRawFormatOrder(fgkRecParam->GetOrderParameter());
-  fgRawUtils->SetRawFormatTau(fgkRecParam->GetTau());
-  fgRawUtils->SetNoiseThreshold(fgkRecParam->GetNoiseThreshold());
-  fgRawUtils->SetNPedSamples(fgkRecParam->GetNPedSamples());
-
-  fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,digitsArr);
-
+  digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
+  digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
+  
+  //Skip calibration events do the rest
+  Bool_t doFit = kTRUE;
+  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
+  if (doFit){
+    //must be done here because, in constructor, option is not yet known
+    fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+    
+    //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
+    
+    //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
+    //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
+    fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
+    fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
+    fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
+    fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
+    fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
+    
+    //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
+    //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
+    
+    //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
+    //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
+    
+    fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
+    
+  }//skip calibration event
+  else{
+    AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
+  }
+  
   digitsTree->Fill();
-  digitsArr->Delete();
-  delete digitsArr;
-
+  digitsTrg->Delete();
+  delete digitsTrg;
+  
 }
 
 
@@ -207,160 +338,147 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
   // and V0 
   // Works on the current event
-  //  printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
+  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
   //return;
-
-  //######################################################
-  //#########Calculate trigger and set trigger info###########
-  //######################################################
-  AliEMCALTrigger tr;
-  //   tr.SetPatchSize(1);  // create 4x4 patches
-  tr.SetSimulation(kFALSE); // Reconstruction mode
-  tr.SetDigitsList(fgDigitsArr);
-  // Get VZERO total multiplicity for jet trigger simulation 
-  // The simulation of jey trigger will be incorrect if no VZERO data 
-  // at ESD
-  AliESDVZERO* vZero = esd->GetVZEROData();
-  if(vZero) {
-    tr.SetVZER0Multiplicity(vZero->GetMTotV0A() + vZero->GetMTotV0C());
-  }
-  //
-  tr.Trigger();
-
-  Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
-  Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
-  Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
-  Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
-
-  Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
-  Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
-  Int_t iModulePhi2x2 = tr.Get2x2ModulePhi();
-  Int_t iModulePhinxn = tr.GetnxnModulePhi();
-  Int_t iModuleEta2x2 = tr.Get2x2ModuleEta();
-  Int_t iModuleEtanxn = tr.GetnxnModuleEta();
-
-  AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",  maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iModulePhi2x2, iModuleEta2x2));
-  AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",  maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iModulePhinxn, iModuleEtanxn));
-
-  TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
-  TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
-
-  Int_t iAbsId2x2 = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSM2x2, iModulePhi2x2, iModuleEta2x2) ; // should be changed to Module
-  Int_t iAbsIdnxn = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSMnxn, iModulePhinxn, iModuleEtanxn) ;
-  fGeom->GetGlobal(iAbsId2x2, pos2x2);
-  fGeom->GetGlobal(iAbsIdnxn, posnxn);
-  //printf(" iAbsId2x2 %i iAbsIdnxn %i \n", iAbsId2x2, iAbsIdnxn);
-  
-  TArrayF triggerPosition(6);
-  triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;   
-  triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;   
-  triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;  
-  triggerPosition[3] = posnxn(0) ;   
-  triggerPosition[4] = posnxn(1) ;   
-  triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
-  //printf(" triggerPosition ");
-  //for(int i=0; i<6; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerPosition[i]);
-
-  TArrayF triggerAmplitudes(4);
-  triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;   
-  triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;    
-  triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;   
-  triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;   
-  //printf("\n triggerAmplitudes ");
-  //for(int i=0; i<4; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerAmplitudes[i]);
-  //printf("\n");
-  //tr.Print("");
-  //
-  // Trigger jet staff
-  //
-  if(tr.GetNJetThreshold()>0) {
-    // Jet phi/eta
-    Int_t n0 = triggerPosition.GetSize();
-    const TH2F *hpatch = tr.GetJetMatrixE();
-    triggerPosition.Set(n0 + 2);
-    for(Int_t i=0; i<2; i++) triggerPosition[n0+i] = hpatch->GetMean(i+1);   
-    // Add jet ampitudes
-    n0 = triggerAmplitudes.GetSize();
-    triggerAmplitudes.Set(n0 + tr.GetNJetThreshold());
-    Double_t *ampJet = tr.GetL1JetThresholds();
-    for(Int_t i=0; i<tr.GetNJetThreshold(); i++){
-      triggerAmplitudes[n0 + i] = Float_t(ampJet[i]);
+  
+  //########################################
+  // Trigger
+  //########################################
+  
+  static int saveOnce = 0;
+  
+  Int_t v0M[2] = {0, 0};
+  
+  AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
+  
+  if (esdV0) 
+    {
+      for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
+       {
+         v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
+         v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
+       }
     }
-  }
-  esd->AddEMCALTriggerPosition(triggerPosition);
-  esd->AddEMCALTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
-  // Fill trigger hists
-  AliEMCALHistoUtilities::FillTriggersListOfHists(fList,&triggerPosition,&triggerAmplitudes);
-
+  else
+    {
+      AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
+    }
+  
+  if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
+  
+  TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
+  
+  if (!branchtrg) 
+    { 
+      AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
+      return;
+    }
+  
+  branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
+  branchtrg->GetEntry(0);
+  
+  // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
+  fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
+  
+  // Fill ESD
+  AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
+  
+  if (trgESD)
+    {
+      trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
+      
+      for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
+       {         
+         AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
+         
+         Int_t px, py;
+         if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
+           {
+             Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
+             
+             rdig->GetMaximum(a, t);
+             rdig->GetL0Times(times);
+             
+             trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
+           }
+       }
+      
+      trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
+      
+      trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
+      
+      Int_t v0[2];
+      fTriggerData->GetL1V0(v0);
+      
+      trgESD->SetL1V0(v0);     
+      trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());            
+      
+      if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded()) 
+       {
+         int type[8] = {0};
+         fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
+         
+         esd->SetCaloTriggerType(type);
+         
+         saveOnce = 1;
+       }
+    }
+  
+  // Resetting
+  fTriggerData->Reset();
+  
   //########################################
   //##############Fill CaloCells###############
   //########################################
-
-  TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
-  TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
-  if (!branchdig) { 
-    AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
-    return;
-  }
-  branchdig->SetAddress(&digits);
-  digitsTree->GetEvent(0);
-  Int_t nDigits = digits->GetEntries(), idignew = 0 ;
+  
+  //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+  
+  Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
-
   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
   emcCells.CreateContainer(nDigits);
-  emcCells.SetType(AliESDCaloCells::kEMCALCell);
+  emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
+  Float_t energy = 0;
+  Float_t time   = 0;
   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
-    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)digits->At(idig);
-    if(dig->GetAmp() > 0 ){
-      emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),dig->GetAmp(), dig->GetTime());   
-      idignew++;
+    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
+    time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
+    energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
+    if(energy > 0 ){
+      fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
+      if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
+        emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time);   
+        idignew++;
+      }
     }
   }
   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
   emcCells.Sort();
-
+  
   //------------------------------------------------------------
   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
   //------------------------------------------------------------
-  TObjArray *clusters = new TObjArray(100);
+  clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
+  clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
+  if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
-  branch->SetAddress(&clusters);
-  clustersTree->GetEvent(0);
-
-  Int_t nClusters = clusters->GetEntries(),  nClustersNew=0;
+  branch->SetAddress(&fgClustersArr);
+  branch->GetEntry(0);
+  //clustersTree->GetEvent(0);
+  
+  Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
-  esd->SetFirstEMCALCluster(esd->GetNumberOfCaloClusters()); // Put after Phos clusters 
-
 
-  //######################################################
-  //#######################TRACK MATCHING###############
-  //######################################################
-  //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
-
-  // step 1 - initialize array of matched track indexes
-  Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
-  for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
-    matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
-  
-  // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
-  Int_t iemcalMatch = -1;
-  Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
-  for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
-    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
-    iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
-    if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
-  } 
   
   //########################################
   //##############Fill CaloClusters#############
   //########################################
-  esd->SetNumberOfEMCALClusters(nClusters);
   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
-    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)clusters->At(iClust);
-    //if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
-    if (Debug()) clust->Print();
+    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
+    if(!clust) continue;
+    //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
+    // clust->Print(); //For debugging
     // Get information from EMCAL reconstruction points
     Float_t xyz[3];
     TVector3 gpos;
@@ -369,28 +487,33 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
     Float_t elipAxis[2];
     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
-       //Create digits lists
+    //Create digits lists
     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
     //TArrayS digiList(digitMult);
     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
     TArrayS absIdList(cellMult);
-    //Uncomment when unfolding is done
-    //TArrayD fracList(cellMult);
-
+    TArrayD fracList(cellMult);
+    
     Int_t newCellMult = 0;
     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
       if (amplFloat[iCell] > 0) {
-      absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
-    //Uncomment when unfolding is done
-    //fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]);
-      newCellMult++;
+        absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
+        //Calculate Fraction
+        if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
+          fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
+          
+        }
+        else{
+          fracList[newCellMult] = 0; 
+        }
+        newCellMult++;
       }
     }
+    
     absIdList.Set(newCellMult);
-    //Uncomment when unfolding is done
-    //fracList.Set(newCellMult);
-
+    fracList.Set(newCellMult);
+    
     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
       nClustersNew++;
       //Primaries
@@ -398,79 +521,265 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
       // fills the ESDCaloCluster
       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
-      ec->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1);
+      ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
       ec->SetPosition(xyz);
       ec->SetE(clust->GetEnergy());
+      
+      //Distance to the nearest bad crystal
+      ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
+      
       ec->SetNCells(newCellMult);
       //Change type of list from short to ushort
       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
-      //Uncomment when unfolding is done
-      //Double_t *newFracList  = new Double_t[newCellMult];
+      Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
-      //Uncomment when unfolding is done
-      //newFracList[i]=fracList[i];
+        newFracList[i] =fracList[i];
       }
       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
-      //Uncomment when unfolding is done
-      //ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
-      ec->SetClusterDisp(clust->GetDispersion());
-      ec->SetClusterChi2(-1); //not yet implemented
+      ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
+      ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
+      ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
-      TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
-      arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
-      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
-
+  
+      
       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
       ec->AddLabels(arrayParents);
+      //
+      //Track matching
+      //
+      fMatches->Clear();
+      Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
+      for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
+       {
+         AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
+         if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
+           {
+             Double_t dEta=-999, dPhi=-999;
+             Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
+             if(!isMatch) 
+               {
+                 // AliDebug(10, "Not good");
+                 continue;
+               }
+             AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
+             match->SetIndexT(itrack);
+             match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
+             match->SetdEta(dEta);
+             match->SetdPhi(dPhi);
+             fMatches->Add(match);
+           }
+       } 
+      fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
+      Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
+      TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
+      for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
+       {
+         AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
+         arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
+         if(imatch==0)
+           {
+             ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
+           }
+       }
+      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
+    
+      //add the cluster to the esd object
+      esd->AddCaloCluster(ec);
 
-      // add the cluster to the esd object
-     esd->AddCaloCluster(ec);
       delete ec;
       delete [] newAbsIdList ;
-      //delete [] newFracList ;
-   }
- } // cycle on clusters
-
- delete [] matchedTrack;
-
- esd->SetNumberOfEMCALClusters(nClustersNew);
- //if(nClustersNew != nClusters)
- //printf(" ##### nClusters %i -> new %i ##### \n", nClusters, nClustersNew );
+      delete [] newFracList ;
+    }
+  } // cycle on clusters
 
- //Fill ESDCaloCluster with PID weights
+  //
+  //Reset the index of matched cluster for tracks
+  //to the one in CaloCluster array
+  Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
+  for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
+    {
+      AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
+      if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
+      TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
+      for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
+       {
+         AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
+         track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
+       }
+    }
+  
+  
+  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
   pid->SetReconstructor(kTRUE);
   pid->RunPID(esd);
   delete pid;
+  
+  //Store EMCAL misalignment matrixes
+  FillMisalMatrixes(esd) ;
+  
+}
 
-  delete digits;
-  delete clusters;
-
-  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is ended : ncl %i -> %i ### \n ",nClusters, nClustersNew); 
+//==================================================================================
+void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
+  //Store EMCAL matrixes in ESD Header
+  
+  //Check, if matrixes was already stored
+  for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
+      return ;
+  }
+  
+  //Create and store matrixes
+  if(!gGeoManager){
+    AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
+    return ;
+  }
+  //Note, that owner of copied marixes will be header
+  const Int_t bufsize = 255;
+  char path[bufsize] ;
+  TGeoHMatrix * m = 0x0;
+  for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+    snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
+    if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
+    
+    if (gGeoManager->CheckPath(path)){
+      gGeoManager->cd(path);
+      m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+      //                       printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
+      //                       m->Print("");
+      esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
+      //                       printf("================================================= \n");
+    }
+    else{
+      esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
+    }
+  }
 }
 
 //__________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 {
-  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
-  if(fgDigitsArr) {
-    // Clear previous digits 
-    fgDigitsArr->Delete();
-    delete fgDigitsArr;
+  // Read the digits from the input tree
+  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);    
+  
+  // Clear previous digits in the list
+  if(fgDigitsArr){ 
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+  }
+  else{
+    // It should not happen, but just in case ...
+    fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100); 
   }
+  
   // Read the digits from the input tree
   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
   if (!branch) { 
     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
     return;
-  }
-  fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
+  }  
+  
   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
   branch->GetEntry(0);
 }
 
+//==================================================================================
+Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Double_t &dEta, Double_t &dPhi)const
+{
+  //
+  // calculate the residual between track and cluster
+  //
+
+  // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
+  // Otherwise use the TPCInner point
+  AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
+  const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
+  if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
+  else
+    trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
+  if(!trkParam) return kFALSE;
+
+  //Perform extrapolation
+  Double_t trkPos[3];
+  Float_t  clsPos[3];
+
+  AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
+  cluster->GetPosition(clsPos);
+  TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
+  Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
+  //Rotate to proper local coordinate
+  vec.RotateZ(-alpha); 
+  trkParamTmp.Rotate(alpha); 
+  //extrapolation is done here
+  if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(&trkParamTmp, vec.X(), track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), kFALSE, 0.8, -1)) 
+    return kFALSE; 
+
+  //Calculate the residuals
+  trkParamTmp.GetXYZ(trkPos); 
+   
+  TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
+  TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
+      
+  Double_t clsPhi = clsPosVec.Phi();
+  if(clsPhi<0) clsPhi+=2*TMath::Pi();
+  Double_t trkPhi = trkPosVec.Phi();
+  if(trkPhi<0) trkPhi+=2*TMath::Pi();
+
+  dPhi = clsPhi-trkPhi;
+  dEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
+
+  return kTRUE;
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch() 
+  : TObject(),  
+    fIndexT(-1), 
+    fDistance(-999.),
+    fdEta(-999.),
+    fdPhi(-999.)
+{
+  //default constructor
+
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
+  : TObject(),
+    fIndexT(copy.fIndexT),
+    fDistance(copy.fDistance),
+    fdEta(copy.fdEta),
+    fdPhi(copy.fdPhi)
+{
+  //copy ctor
+}
+
+//
+//==================================================================================
+//
+Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const 
+{
+  //
+  // Compare wrt the residual
+  //
+       
+  AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
+       
+  Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
+  Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
+       
+  if (thisDist > thatDist) return 1;
+  else if (thisDist < thatDist) return -1;
+  return 0;
+}