change order of bookkeeping events
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALSurvey.cxx
index 7bba70a..086e5b3 100644 (file)
 // and convert the data into AliAlignObjParams of alignable EMCAL volumes.
 // AliEMCALSurvey inherits TObject only to use AliLog "functions".
 //
-// This whole thing is just a dummy class with dummy variables until
-// the actual survey points are determined.  For now I assumed that
-// the x,y center and starting z value of each supermodule is the only
-// surveyed point
+// Dummy functions originally written before EMCAL installation and
+// survey are kept for backward compatibility, but now they are not
+// used.
+//
+// Surveyed points on the EMCAL support rails were used with the CATIA
+// 3D graphics program to determine the positions of the bottom
+// corners of the active area for each supermodule.  These numbers are
+// read in from file and converted to position of the center and roll, 
+// pitch, yaw angles of each installed SM.
 //
 // J.L. Klay - Cal Poly
-// 28-Feb-2008
+// Adapted for DCAL by M.L. Wang CCNU & Subatech Oct-19-2012
+// 21-May-2010
 //
 
 #include <fstream>
@@ -36,6 +42,7 @@
 #include <TMath.h>
 
 #include "AliSurveyObj.h"
+#include "AliSurveyPoint.h"
 
 #include "AliAlignObjParams.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
@@ -46,71 +53,111 @@ ClassImp(AliEMCALSurvey)
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALSurvey::AliEMCALSurvey()
-                : fNSuperModule(0),
-                  fSuperModuleData(0)
+ : fNSuperModule(0),
+   fSuperModuleData(0),
+   fDataType(kSurvey)
 {
   //Default constructor.
 }
 
 namespace {
 
-  //for now, measurements assumed to be taken at x,y center and
-  //nominal starting z value of each supermodule
+  //Coordinates for each SM described in survey reports
 
   struct AliEMCALSuperModuleCoords {
-    Double_t fX1; //x coordinate of the first supermodule point
-    Double_t fY1; //y coordinate of the first supermodule point
-    Double_t fZ1; //z coordinate of the first supermodule point
+    Double_t fX1; //x coordinate of the center of supermodule
+    Double_t fY1; //y coordinate of the center of supermodule
+    Double_t fZ1; //z coordinate of the center of supermodule
+    Double_t fPsi;   //yaw (psi) of supermodule
+    Double_t fTheta; //pitch (theta) of supermodule
+    Double_t fPhi;  //roll angle (phi) of supermodule
+
   };
 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALSurvey::AliEMCALSurvey(const TString &txtFileName)
-                : fNSuperModule(0),
-                  fSuperModuleData(0)
+AliEMCALSurvey::AliEMCALSurvey(const TString &txtFileName,const SurveyDataType_t type)
+  : fNSuperModule(0),
+    fSuperModuleData(0),
+    fDataType(type)
 {
-  //Read survey data from txt file.
+  //Get the geometry object and then attempt to
+  //read survey data from a file, depending on which
+  //method (kSurvey or kDummy) is selected.
+  
   const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
   if (!geom) {
     AliError("Cannot obtain AliEMCALGeometry instance.");
     return;
   }
-
-  std::ifstream inputFile(txtFileName.Data());
-  if (!inputFile) {
-    AliError(("Cannot open the survey file " + txtFileName).Data());
-    return;
-  }
-
+  
   fNSuperModule = geom->GetNumberOfSuperModules();
-
-  Int_t dummyInt = 0;
-  Double_t *xReal = new Double_t[fNSuperModule];
-  Double_t *yReal = new Double_t[fNSuperModule];
-  Double_t *zReal = new Double_t[fNSuperModule];
-
-  for (Int_t i = 0; i < fNSuperModule; ++i) {
+  
+  if(fDataType == kSurvey) {
+    
+    AliSurveyObj *s1 = new AliSurveyObj();
+    s1->FillFromLocalFile(txtFileName);
+    TObjArray* points = s1->GetData();
+    InitSuperModuleData(points);
+    
+  } else {
+    
+    //Use a dummy file that stores x,y,z of the center of each SM
+    //useful for testing...
+    std::ifstream inputFile(txtFileName.Data());
     if (!inputFile) {
-      AliError("Error while reading input file.");
-      delete [] xReal;
-      delete [] yReal;
-      delete [] zReal;
+      AliError(("Cannot open the survey file " + txtFileName).Data());
       return;
     }
-    inputFile>>dummyInt>>xReal[i]>>yReal[i]>>zReal[i];
-  }
-
-  InitSuperModuleData(xReal, yReal, zReal);
-
-  delete [] xReal;
-  delete [] yReal;
-  delete [] zReal;
+    
+    Int_t dummyInt = 0;
+    Double_t *xReal     = new Double_t[fNSuperModule];
+    Double_t *yReal     = new Double_t[fNSuperModule];
+    Double_t *zReal     = new Double_t[fNSuperModule];
+    Double_t *psiReal   = new Double_t[fNSuperModule];
+    Double_t *thetaReal = new Double_t[fNSuperModule];
+    Double_t *phiReal   = new Double_t[fNSuperModule];
+    //init the arrays
+    memset(xReal,     0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    memset(yReal,     0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    memset(zReal,     0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    memset(psiReal,   0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    memset(thetaReal, 0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    memset(phiReal,   0,sizeof(Int_t)*fNSuperModule);
+    
+    
+    for (Int_t i = 0; i < fNSuperModule; ++i) {
+      if (!inputFile) {
+        AliError("Error while reading input file.");
+        delete [] xReal;
+        delete [] yReal;
+        delete [] zReal;
+        delete [] psiReal;
+        delete [] thetaReal;
+        delete [] phiReal;
+        return;
+      }
+      inputFile>>dummyInt>>xReal[i]>>yReal[i]>>zReal[i]>>psiReal[i]>>thetaReal[i]>>phiReal[i];
+    }
+    
+    InitSuperModuleData(xReal, yReal, zReal, psiReal, thetaReal, phiReal);
+    
+    delete [] xReal;
+    delete [] yReal;
+    delete [] zReal;
+    delete [] psiReal;
+    delete [] thetaReal;
+    delete [] phiReal;
+    
+  } //kDummy way of doing it
+  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALSurvey::~AliEMCALSurvey()
 {
+  //destructor
   delete [] fSuperModuleData;
 }
 
@@ -133,22 +180,51 @@ void AliEMCALSurvey::CreateAliAlignObjParams(TClonesArray &array)
   Int_t arrayInd = array.GetEntries(), iIndex = 0;
   AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::kInvalidLayer;
   UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iIndex);
+  AliAlignObjParams* myobj = 0x0;
+
+  TString SMName;
+  Int_t tmpType = -1;
+  Int_t SMOrder = 0;
 
   for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
-    TString smodName(TString::Format("EMCAL/FullSupermodule%d", smodnum+1));
-    if(geom->GetKey110DEG() && smodnum >= 10) {
-      smodName = "EMCAL/HalfSupermodule";
-      smodName += (smodnum-10+1);
-    }    
+    if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "FullSupermodule";
+    else if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "HalfSupermodule";
+    else if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "OneThrdSupermodule";
+    else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCALSupermodule";
+    else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCALExtensionSM";
+    else AliError("Unkown SM Type!!");
+
+    if(geom->GetSMType(smodnum) == tmpType) {
+      SMOrder++;
+    } else {
+      tmpType = geom->GetSMType(smodnum);
+      SMOrder = 1;
+    }
+
+    TString smodName(TString::Format("EMCAL/%s%d", SMName.Data(), SMOrder));
     AliEMCALSuperModuleDelta t(GetSuperModuleTransformation(smodnum));
+
+    ///////////////////////////////
+    // JLK 13-July-2010
+    //
+    // VERY IMPORTANT!!!!
+    //
+    // All numbers were calculated in ALICE global c.s., which means
+    // that the last argument in the creation of AliAlignObjParams
+    // MUST BE set to true
+    //////////////////////////////
     new(array[arrayInd])
       AliAlignObjParams(
                        smodName.Data(), volid, 
                        t.fXShift, t.fYShift, t.fZShift, 
                        -t.fPsi, -t.fTheta, -t.fPhi, 
-                       false
+                       true
                        );
     ++arrayInd;
+    myobj = (AliAlignObjParams*)array.UncheckedAt(smodnum);
+    printf("==== AliAlignObjParams for SM %d ====\n",smodnum);
+    myobj->Print("");
+
   }
 
 }
@@ -161,12 +237,26 @@ void AliEMCALSurvey::CreateNullObjects(TClonesArray &array, const AliEMCALGeomet
   AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::kInvalidLayer;
   UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iIndex);
 
+  TString SMName;
+  Int_t tmpType = -1;
+  Int_t SMOrder = 0;
+
   for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
-    TString smodName(TString::Format("EMCAL/FullSupermodule%d", smodnum+1));
-    if(geom->GetKey110DEG() && smodnum >= 10) {
-      smodName = "EMCAL/HalfSupermodule";
-      smodName += (smodnum-10+1);
+    if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "FullSupermodule";
+    else if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "HalfSupermodule";
+    else if(geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "OneThrdSupermodule";
+    else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCALSupermodule";
+    else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCALExtensionSM";
+    else AliError("Unkown SM Type!!");
+
+    if(geom->GetSMType(smodnum) == tmpType) {
+      SMOrder++;
+    } else {
+      tmpType = geom->GetSMType(smodnum);
+      SMOrder = 1;
     }
+    TString smodName(TString::Format("EMCAL/%s%d", SMName.Data(), SMOrder));
+
     new(array[arrayInd]) AliAlignObjParams(smodName.Data(), volid, 0., 0., 0., 0., 0., 0., true);
     ++arrayInd;
   }
@@ -184,29 +274,304 @@ AliEMCALSurvey::AliEMCALSuperModuleDelta AliEMCALSurvey::GetSuperModuleTransform
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALSurvey::InitSuperModuleData(const Double_t *xReal, const Double_t *yReal, const Double_t *zReal)
+void AliEMCALSurvey::InitSuperModuleData(const TObjArray *svypts)
 {
+  //This method uses the data points from the EMCAL survey and CATIA program to
+  //create the alignment matrices.  Only valid for (installed)
+  //SM, others will have null objects
+  
+  /*--------------------------------------
+   The bottom edges of the strip modules
+   define the active area of the EMCAL, but
+   in software we have a box to hold them which
+   is longer than that.  We need to convert
+   info about the position of the corners of the
+   bottom of the active area to the center of
+   the software box that contains the strip
+   modules.
+   
+   View from beam axis up to EMCAL
+   Ai                Ci
+   
+   0,1         0,0 1,0          1,1
+   xxxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
+   x   x             x x              x   x
+   x   x    % *      x x      * %     x   x
+   x   x             x x              x   x
+   xxxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
+   1,1         1,0 0,0          0,1
+   <--> = added length                 <--> = added length
+   
+   * represents the center of the active area
+   % represents the center of the full box (with added length)
+   
+   View from side of topmost SM
+   
+   Ai                Ci
+   
+   0,1         0,0 1,0          1,1
+   xxxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
+   x   x    % *      x x      % *     x   x
+   xxxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
+   1,1         1,0 0,0          0,1
+   <--> = added length                 <--> = added length
+   
+   * represents the center of the active area
+   % represents the center of the full box (with added length)
+   
+   -------------------------------------*/
+  
+  AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  //Center of supermodules
+  Float_t pars[] = {geom->GetSuperModulesPar(0),geom->GetSuperModulesPar(1),geom->GetSuperModulesPar(2)};
+  Double_t rpos = (geom->GetEnvelop(0) + geom->GetEnvelop(1))/2.;
+  Float_t fInnerEdge = geom->GetDCALInnerEdge();
+  Double_t phi=0, phiRad=0, xpos=0, ypos=0, zpos=0;
+  
+  AliEMCALSuperModuleCoords *idealSM = new AliEMCALSuperModuleCoords[fNSuperModule];
+  for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
+    AliEMCALSuperModuleCoords &smc = idealSM[smodnum];
+    phiRad = geom->GetPhiCenterOfSMSec(smodnum); //comes in radians
+    phi = phiRad*180./TMath::Pi(); //need degrees for AliAlignObjParams
+    xpos = rpos * TMath::Cos(phiRad);
+    ypos = rpos * TMath::Sin(phiRad);
+    zpos = pars[2];
+    if(  geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half 
+      || geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd 
+      || geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext ) {
+      xpos += (pars[1]/2. * TMath::Sin(phiRad));
+      ypos -= (pars[1]/2. * TMath::Cos(phiRad));
+    } else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard) {
+        zpos = pars[2] + fInnerEdge/2.;
+    }
+
+    smc.fX1 = xpos;
+    smc.fY1 = ypos;
+    smc.fPhi = phi; //degrees
+    smc.fTheta = 0.; //degrees
+    smc.fPsi = 0.; //degrees
+    if(smodnum%2==0) {
+      smc.fZ1 = zpos;
+    } else {
+      smc.fZ1 = -zpos;
+    }
+    printf("<SM %d> IDEAL x,y,z positions: %.2f,%.2f,%.2f, IDEAL phi,theta,psi angles: %.2f,%.2f,%.2f\n",smodnum,smc.fX1,smc.fY1,smc.fZ1,smc.fPhi,smc.fTheta,smc.fPsi);
+    
+  }
+  
+  //Real coordinates of center and rotation angles need to be computed
+  //from the survey/CATIA points
+  const Int_t buffersize = 255;
+  char substr[buffersize];
+  AliEMCALSuperModuleCoords *realSM = new AliEMCALSuperModuleCoords[fNSuperModule];
+  for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
+    AliEMCALSuperModuleCoords &smc = realSM[smodnum];
+    Double_t zLength = pars[2]*2.; //length of SM in z from software
+    Double_t halfHeight = pars[0]; //half the height of the SM in y direction
+    Double_t halfWidth = pars[1];
+
+    printf("AliEMCALGeometry says zlength = %.2f, halfheight = %.2f, halfwidth = %.2f\n",zLength,halfHeight,halfWidth);
+    
+    snprintf(substr,buffersize,"4096%d",smodnum);
+    //retrieve components of four face points and determine average position of center
+    //in x,y,z
+    
+    std::vector<Double_t> xval;
+    std::vector<Double_t> yval;
+    std::vector<Double_t> zval;
+    
+    for(Int_t i = 0; i < svypts->GetEntries(); i++) {
+      AliSurveyPoint* pt = (AliSurveyPoint*)svypts->At(i);
+      TString ptname = pt->GetPointName();
+      if(ptname.Contains(substr)) {
+        //Note: order of values is 00, 01, 10, 11
+        xval.push_back(pt->GetX()*100.); //convert m to cm
+        yval.push_back(pt->GetY()*100.); 
+        zval.push_back(pt->GetZ()*100.); 
+      }
+    }
+    
+    //compute center of active area of each SM on bottome face from survey points
+    Double_t activeX = ((xval[0] + (xval[2] - xval[0])/2.)        //x00 and x10
+                        +(xval[1] + (xval[3] - xval[1])/2.) ) /2.; //x01 and x11
+    
+        Double_t activeY = ((yval[0] + (yval[2] - yval[0])/2.)
+                       +(yval[1] + (yval[3] - yval[1])/2.) ) /2.;
+        
+        Double_t activeZ = ((zval[0] + (zval[2] - zval[0])/2.)
+                       +(zval[1] + (zval[3] - zval[1])/2.) ) /2.;
+    
+    printf("Bottom Center of active area of SM %s: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,activeX,activeY,activeZ);
+    
+    //compute angles for each SM
+    //rotation about each axis
+    //phi = angle in x-y plane
+    
+    Double_t realphi = 0.;
+    //Note: this is phi wrt y axis.  To get phi wrt to x, add pi/2
+    if(smodnum%2 == 0) {
+      realphi = (TMath::ATan((yval[2] - yval[0])/(xval[2] - xval[0])) 
+                 +TMath::ATan((yval[3] - yval[1])/(xval[3] - xval[1])) )/2.;
+    } else {
+      realphi = (TMath::ATan((yval[0] - yval[2])/(xval[0] - xval[2]))
+                 +TMath::ATan((yval[1] - yval[3])/(xval[1] - xval[3])) )/2.;
+    }
+    
+    //NOTE: Psi angle is always zero because the two z values being
+    //subtracted are exactly the same, but just in case that could change...
+    //psi = angle in x-z plane
+    Double_t realpsi = (TMath::ATan((zval[0] - zval[2])/(xval[2] - xval[0]))
+                        +TMath::ATan((zval[1] - zval[3])/(xval[3] - xval[1])) )/2.;
+    
+    //theta = angle in y-z plane
+    Double_t realtheta = TMath::Pi()/2. 
+    + (TMath::ATan((zval[2] - zval[3])/(yval[3] - yval[2]))
+       +TMath::ATan((zval[0] - zval[1])/(yval[1] - yval[0])) )/2.;
+        
+    printf("Old edge of %s 01: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,xval[1],yval[1],zval[1]);
+    printf("Old edge of %s 11: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,xval[3],yval[3],zval[3]);
+    printf("Real theta angle (degrees) = %.2f\n",realtheta*TMath::RadToDeg());
+
+    //Now calculate the center of the box in z with length added to the 01
+    //and 11 corners, corrected by the theta angle
+    Double_t activeLength = TMath::Abs(((zval[1] - zval[0]) + (zval[3] - zval[2]))/2.);
+    printf("ACTIVE LENGTH = %.2f\n",activeLength);
+    if(smodnum%2 == 0) {
+      yval[1] += (zLength - activeLength)*sin(realtheta);
+      yval[3] += (zLength - activeLength)*sin(realtheta);
+      zval[1] += (zLength - activeLength)*cos(realtheta);
+      zval[3] += (zLength - activeLength)*cos(realtheta);
+    } else {
+      yval[1] -= (zLength - activeLength)*sin(realtheta);
+      yval[3] -= (zLength - activeLength)*sin(realtheta);
+      zval[1] -= (zLength - activeLength)*cos(realtheta);
+      zval[3] -= (zLength - activeLength)*cos(realtheta);
+    }
+    
+    printf("New extended edge of %s 01: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,xval[1],yval[1],zval[1]);            
+    printf("New extended edge of %s 11: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,xval[3],yval[3],zval[3]);
+    
+    //Compute the center of the bottom of the box in x,y,z
+    Double_t realX = activeX;    
+    Double_t realY = ((yval[0] + (yval[2] - yval[0])/2.)
+                      +(yval[1] + (yval[3] - yval[1])/2.) ) /2.;    
+    Double_t realZ = ((zval[0] + (zval[2] - zval[0])/2.)
+                      +(zval[1] + (zval[3] - zval[1])/2.) ) /2.;
+    
+    
+    printf("Bottom Center of SM %s Box: %.2f, %.2f, %.2f\n",substr,realX,realY,realZ);
+    
+    //correct the SM centers so that we have the center of the box in
+    //x,y using the phi,theta angles                   
+    realX += halfHeight*TMath::Cos(TMath::Pi()/2+realphi);
+    realY += halfHeight*(TMath::Sin(TMath::Pi()/2+realphi) + TMath::Sin(realtheta));
+    realZ += halfHeight*TMath::Cos(TMath::Pi()/2-realtheta);
+    
+    printf("Rotation angles of SM %s (phi,psi,theta) in degrees: %.4f, %.4f, %.4f\n",substr,realphi*TMath::RadToDeg(),realpsi*TMath::RadToDeg(),realtheta*TMath::RadToDeg());
+    printf("Middle of SM %s: %.2f, %.2f, %.2f\n\n",substr,realX,realY,realZ);
+    
+    smc.fX1 = realX;
+    smc.fY1 = realY;
+    smc.fZ1 = realZ;
+    
+    smc.fPhi = 90. + realphi*TMath::RadToDeg();
+    smc.fTheta = 0. + realtheta*TMath::RadToDeg();
+    smc.fPsi = 0. + realpsi*TMath::RadToDeg();
+    
+  }//loop over supermodules
+
+  //Now take average values for A and C side SMs (0&1,2&3) and set
+  //their values to be equal to that average
+  for (Int_t i = 0; i < fNSuperModule; i++) {
+    if(i%2==0) {
+      AliEMCALSuperModuleCoords &realA = realSM[i];
+      AliEMCALSuperModuleCoords &realC = realSM[i+1];
+      Double_t avgx = (realA.fX1 + realC.fX1)/2.;
+      Double_t avgy = (realA.fY1 + realC.fY1)/2.;
+      Double_t avgphi = (realA.fPhi + realC.fPhi)/2.;
+      Double_t avgtheta = (realA.fTheta + realC.fTheta)/2.;
+      Double_t avgpsi = (realA.fPsi + realC.fPsi)/2.;
+      printf("AVERAGE VALUES: %.2f,%.2f,%.2f,%.2f,%.2f\n",avgx,avgy,avgphi,avgtheta,avgpsi);
+      
+      realA.fX1 = avgx;         realC.fX1 = avgx;
+      realA.fY1 = avgy;         realC.fY1 = avgy;
+      realA.fPhi = avgphi;      realC.fPhi = avgphi;
+      realA.fTheta = avgtheta;  realC.fTheta = avgtheta;
+      realA.fPsi = avgpsi;      realC.fPhi = avgphi;
+    }
+  }
 
+  fSuperModuleData = new AliEMCALSuperModuleDelta[fNSuperModule];
+  
+  for (Int_t i = 0; i < fNSuperModule; ++i) {
+    const AliEMCALSuperModuleCoords &real = realSM[i];
+    const AliEMCALSuperModuleCoords &ideal = idealSM[i];
+    AliEMCALSuperModuleDelta &t = fSuperModuleData[i];
+    t.fXShift = real.fX1 - ideal.fX1;
+    t.fYShift = real.fY1 - ideal.fY1;
+    t.fZShift = real.fZ1 - ideal.fZ1;
+    t.fPhi = real.fPhi - ideal.fPhi;
+    t.fTheta = real.fTheta - ideal.fTheta;
+    t.fPsi = real.fPsi - ideal.fPsi;
+
+    printf("===================== SM %d =======================\n",i);
+    printf("real x (%.2f) - ideal x (%.2f) = shift in x (%.2f)\n",real.fX1,ideal.fX1,t.fXShift);
+    printf("real y (%.2f) - ideal y (%.2f) = shift in y (%.2f)\n",real.fY1,ideal.fY1,t.fYShift);
+    printf("real z (%.2f) - ideal z (%.2f) = shift in z (%.2f)\n",real.fZ1,ideal.fZ1,t.fZShift);
+    printf("real theta (%.2f) - ideal theta (%.2f) = shift in theta %.2f\n",real.fTheta,ideal.fTheta,t.fTheta);
+    printf("real psi (%.2f) - ideal psi (%.2f) = shift in psi %.2f\n",real.fPsi,ideal.fPsi,t.fPsi);
+    printf("real phi (%.2f) - ideal phi (%.2f) = shift in phi %.2f\n",real.fPhi,ideal.fPhi,t.fPhi);
+    printf("===================================================\n");    
+  }
+  
+  delete [] realSM;
+  delete [] idealSM;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliEMCALSurvey::InitSuperModuleData(const Double_t *xReal, const Double_t *yReal, 
+                                        const Double_t *zReal, const Double_t *psiReal,
+                                        const Double_t *thetaReal, const Double_t *phiReal)
+{
+  ///////////////////////////////////////
+  //Dummy method just takes the inputted values and applies them
+  //
+  //Useful for testing small changes
+  //////////////////////////////////////
   AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
   //Center of supermodules
-  Float_t *pars = geom->GetSuperModulesPars();
+  Float_t pars[] = {geom->GetSuperModulesPar(0),geom->GetSuperModulesPar(1),geom->GetSuperModulesPar(2)};
   Double_t rpos = (geom->GetEnvelop(0) + geom->GetEnvelop(1))/2.;
-  Double_t phi, phiRad, xpos, ypos, zpos;
+  Float_t fInnerEdge = geom->GetDCALInnerEdge();
+  Double_t phi=0, phiRad=0, xpos=0, ypos=0, zpos=0;
+
+  zpos = pars[2];
 
   AliEMCALSuperModuleCoords *idealSM = new AliEMCALSuperModuleCoords[fNSuperModule];
   for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
     AliEMCALSuperModuleCoords &smc = idealSM[smodnum];
-    phiRad = geom->GetPhiCenterOfSM(smodnum); //comes in radians
+    phiRad = geom->GetPhiCenterOfSMSec(smodnum); //comes in radians
     phi = phiRad*180./TMath::Pi(); //need degrees for AliAlignObjParams
     xpos = rpos * TMath::Cos(phiRad);
     ypos = rpos * TMath::Sin(phiRad);
-    zpos = pars[2];
-    if(geom->GetKey110DEG() && smodnum >= 10) {
+
+    if(  geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half
+      || geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd
+      || geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext ) {
       xpos += (pars[1]/2. * TMath::Sin(phiRad));
       ypos -= (pars[1]/2. * TMath::Cos(phiRad));
+    } else if( geom->GetSMType(smodnum) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard) {
+        zpos = pars[2] + fInnerEdge/2.;
     }
+
     smc.fX1 = xpos;
     smc.fY1 = ypos;
+
+    smc.fPhi = phi; //degrees
+    smc.fTheta = 0.; //degrees
+    smc.fPsi = 0.; //degrees
+
     if(smodnum%2==0) {
       smc.fZ1 = zpos;
     } else {
@@ -218,14 +583,12 @@ void AliEMCALSurvey::InitSuperModuleData(const Double_t *xReal, const Double_t *
   AliEMCALSuperModuleCoords *realSM = new AliEMCALSuperModuleCoords[fNSuperModule];
   for (Int_t smodnum = 0; smodnum < geom->GetNumberOfSuperModules(); ++smodnum) {
     AliEMCALSuperModuleCoords &smc = realSM[smodnum];
-    zpos = pars[2];
-    smc.fX1 = xReal[smodnum];  //x and y match
-    smc.fY1 = yReal[smodnum];  //x and y match
-    if(smodnum%2==0) {
-      smc.fZ1 = zReal[smodnum]-zpos;  //z measured is along end,
-    } else {                          //convert to middle of SM
-      smc.fZ1 = zReal[smodnum]+zpos;
-    }
+    smc.fX1    = xReal[smodnum];  
+    smc.fY1    = yReal[smodnum];  
+    smc.fZ1    = zReal[smodnum];  
+    smc.fTheta = thetaReal[smodnum];
+    smc.fPsi   = psiReal[smodnum];
+    smc.fPhi   = phiReal[smodnum];
   }
   
   fSuperModuleData = new AliEMCALSuperModuleDelta[fNSuperModule];
@@ -234,18 +597,24 @@ void AliEMCALSurvey::InitSuperModuleData(const Double_t *xReal, const Double_t *
     const AliEMCALSuperModuleCoords &real = realSM[i];
     const AliEMCALSuperModuleCoords &ideal = idealSM[i];
     AliEMCALSuperModuleDelta &t = fSuperModuleData[i];
-    t.fTheta = TMath::ATan(real.fZ1  / real.fX1) - 
-               TMath::ATan(ideal.fZ1 / ideal.fX1);
-    t.fTheta *= TMath::RadToDeg();
+    t.fTheta = real.fTheta - ideal.fTheta;
     t.fPsi = 0.;
-    t.fPhi = TMath::ATan(real.fY1 / real.fX1) - TMath::ATan(ideal.fY1 / ideal.fX1);
-    t.fPhi *= TMath::RadToDeg();
+    t.fPhi = real.fPhi - ideal.fPhi;
     t.fXShift = real.fX1 - ideal.fX1;
     t.fYShift = real.fY1 - ideal.fY1;
     t.fZShift = real.fZ1 - ideal.fZ1;
 
+    printf("===================== SM %d =======================\n",i);
+    printf("real x (%.2f) - ideal x (%.2f) = shift in x (%.2f)\n",real.fX1,ideal.fX1,t.fXShift);
+    printf("real y (%.2f) - ideal y (%.2f) = shift in y (%.2f)\n",real.fY1,ideal.fY1,t.fYShift);
+    printf("real z (%.2f) - ideal z (%.2f) = shift in z (%.2f)\n",real.fZ1,ideal.fZ1,t.fZShift);
+    printf("real theta (%.2f) - ideal theta (%.2f) = shift in theta %.2f\n",real.fTheta,ideal.fTheta,t.fTheta);
+    printf("real psi (%.2f) - ideal psi (%.2f) = shift in psi %.2f\n",real.fPsi,ideal.fPsi,t.fPsi);
+    printf("real phi (%.2f) - ideal phi (%.2f) = shift in phi %.2f\n",real.fPhi,ideal.fPhi,t.fPhi);
+    printf("===================================================\n");    
   }
 
   delete [] realSM;
   delete [] idealSM;
 }
+