change definition of TRU fitter, remove unneeded class dependencies
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALTrigger.cxx
index 68f3521..a8ed0f3 100644 (file)
 #include "AliEMCALTrigger.h" 
 #include "AliEMCALGeometry.h"
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliCaloConstants.h"
+#include "AliEMCALRawResponse.h"
+
+using namespace CALO;
 
 ClassImp(AliEMCALTrigger)
 
@@ -122,59 +127,11 @@ AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger()
    //Print("") ; 
 }
 
-
-
 //____________________________________________________________________________
-AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger(const AliEMCALTrigger & trig) 
-  : AliTriggerDetector(trig),
-    fGeom(trig.fGeom),
-    f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp), 
-    f2x2ModulePhi(trig.f2x2ModulePhi),  
-    f2x2ModuleEta(trig.f2x2ModuleEta),
-    f2x2SM(trig.f2x2SM),
-    fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp), 
-    fnxnModulePhi(trig.fnxnModulePhi),  
-    fnxnModuleEta(trig.fnxnModuleEta),
-    fnxnSM(trig.fnxnSM),
-    fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
-    fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
-    fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
-    fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
-    fDigitsList(trig.fDigitsList),
-    fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
-    fL1GammaLowPtThreshold(trig.fL1GammaLowPtThreshold),
-    fL1GammaMediumPtThreshold(trig.fL1GammaMediumPtThreshold), 
-    fL1GammaHighPtThreshold(trig.fL1GammaHighPtThreshold),
-    fPatchSize(trig.fPatchSize),
-    fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
-    f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
-    fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
-    f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
-    fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
-    fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
-    fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
-    fSimulation(trig.fSimulation),
-    fIsolateInSuperModule(trig.fIsolateInSuperModule),
-    fTimeKey(trig.fTimeKey),
-    fAmpTrus(trig.fAmpTrus),
-    fTimeRtrus(trig.fTimeRtrus),
-    fAmpSMods(trig.fAmpSMods),
-    fTriggerPosition(trig.fTriggerPosition),
-    fTriggerAmplitudes(trig.fTriggerAmplitudes),
-    fNJetPatchPhi(trig.fNJetPatchPhi), 
-    fNJetPatchEta(trig.fNJetPatchEta), 
-    fNJetThreshold(trig.fNJetThreshold),
-    fL1JetThreshold(trig.fL1JetThreshold), 
-    fJetMaxAmp(trig.fJetMaxAmp),
-    fAmpJetMatrix(trig.fAmpJetMatrix),
-    fJetMatrixE(trig.fJetMatrixE),
-    fAmpJetMax(trig.fAmpJetMax),
-    fVZER0Mult(trig.fVZER0Mult)
-{
-  // cpy ctor
-}
-
 AliEMCALTrigger::~AliEMCALTrigger() {
+       
+  //dtor
+       
   if(GetTimeKey()) {
     delete [] fADCValuesHighnxn; 
     delete [] fADCValuesLownxn;
@@ -203,6 +160,9 @@ void AliEMCALTrigger::CreateInputs()
    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaHPt_L1", det, 0x04 ) );
    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaMPt_L1", det, 0x08 ) );
    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaLPt_L1", det, 0x016 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetHPt_L1", det, 0x032 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetMPt_L1", det, 0x048 ) );
+   fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetLPt_L1", det, 0x064 ) );
 
    if(fNJetThreshold<=0) return;
    // Jet Trigger(s)
@@ -236,14 +196,15 @@ Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * a
   //                            1             4x4                      8x8               
                           
   Bool_t b = kFALSE;
+  if(!ampmatrixes) return kFALSE;
+  
   // Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
-  Int_t itru = mtru + iSM * fGeom->GetNTRU(); //number of tru, min 0 max 3*12=36.
+  Int_t itru = mtru + iSM * fGeom->GetNTRU(); //number of tru, min 0 max 3*22=66.
   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
   Int_t colborder = 0;
   Int_t rowborder = 0;
   static int keyPrint = 0;
-  if(keyPrint) printf(" IsPatchIsolated : iSM %i mtru %i itru %i maxphi %i maxeta %i \n", iSM, mtru, itru, maxphi, maxeta);
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" IsPatchIsolated : iSM %i mtru %i itru %i maxphi %i maxeta %i \n", iSM, mtru, itru, maxphi, maxeta));
   
   if(fIsolateInSuperModule){ // ?
     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(iSM)) ;
@@ -258,6 +219,11 @@ Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * a
   }
   if(iSM>9) rowborder /= 2; // half size in phi
   
+  if(!ampmatrixes || !ampmatrix){
+    AliError("Could not recover the matrix with the amplitudes");
+    return kFALSE;
+  }
+  
   //Define patch modules - what is this ??
   Int_t isolmodules   = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
   Int_t ipatchmodules = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
@@ -304,7 +270,7 @@ Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * a
     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres) b=kTRUE;
   }
 
-  if(keyPrint) printf(" IsPatchIsolated - OUT \n");
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" IsPatchIsolated - OUT \n"));
 
   return b;
 
@@ -425,7 +391,7 @@ void AliEMCALTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClone
 */
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingTowers(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, 
-const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
+                                        const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
   
   // Output from module (2x2 cells from one module)
   Int_t nModulesPhi  = fGeom->GetNModulesInTRUPhi(); // now 4 modules (3 div in phi)
@@ -435,9 +401,9 @@ const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
   Int_t nModulesEta  = fGeom->GetNModulesInTRUEta(); // now 24 modules (no division in eta)
   Int_t nTRU         = fGeom->GetNTRU();
   static int keyPrint = 0;
-  if(keyPrint) printf("MakeSlidingTowers : nTRU %i nModulesPhi %i nModulesEta %i ", 
-  nTRU, nModulesPhi, nModulesEta );
-
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form("MakeSlidingTowers : nTRU %i nModulesPhi %i nModulesEta %i ", 
+                               nTRU, nModulesPhi, nModulesEta ));
+  
   Float_t amp2 = 0 ;
   Float_t ampn = 0 ; 
   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
@@ -445,92 +411,97 @@ const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
       ampmax2(i,j) = ampmaxn(i,j) = -1;
     }
   }
-
+  
   // Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
   // used to calculate the nxn sums
   TMatrixD tru2x2(nModulesPhi/2,nModulesEta/2);
-
+  
   // Loop over all TRUS in a supermodule
   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
     Int_t mtru = itru - isupermod*nTRU ; // Number of TRU in Supermodule !!
-   
+    
+    if(!amptru || !timeRtru){
+      AliError("Amplitude or Time TRU matrix not available");
+      return;
+    }
+    
     // Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi; irow +=2){ 
       for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta ; icol +=2){
-       amp2 = (*amptru)(irow,icol) +(*amptru)(irow+1,icol)+
-         (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
-
-       //Fill matrix with added 2x2 towers for use in nxn sums
-       tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
-       //Select 2x2 maximum sums to select L0 
-       if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
-         ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
-         ampmax2(1,mtru) = irow;
-         ampmax2(2,mtru) = icol;
-       }
+        amp2 = (*amptru)(irow,icol) +(*amptru)(irow+1,icol)+
+        (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
+        
+        //Fill matrix with added 2x2 towers for use in nxn sums
+        tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
+        //Select 2x2 maximum sums to select L0 
+        if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
+          ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
+          ampmax2(1,mtru) = irow;
+          ampmax2(2,mtru) = icol;
+        }
       }
     }
     
     ampmax2(3,mtru) = 0.;
     if(GetTimeKey()) {
-    // Find most recent time in the selected 2x2 towers
+      // Find most recent time in the selected 2x2 towers
       Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
       Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
       for(Int_t i = 0; i<2; i++){
         for(Int_t j = 0; j<2; j++){
-         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){     
-           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) >  ampmax2(3,mtru)  )
-             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j); // max time
-         }
+          if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){    
+            if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) >  ampmax2(3,mtru)  )
+              ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j); // max time
+          }
         }
       }
     }
-
+    
     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
     if(fPatchSize > 0){
       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi/2; irow++){ 
-       for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta/2; icol++){
-         ampn = 0;
-         if( (irow+fPatchSize) < nModulesPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nModulesEta/2){ //Avoid exit the TRU
-           for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
-             for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
-               ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
-           //Select nxn maximum sums to select L1 
-           if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
-             ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
-             ampmaxn(1,mtru) = irow;
-             ampmaxn(2,mtru) = icol;
-           }
-         }
-       }
+        for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta/2; icol++){
+          ampn = 0;
+          if( (irow+fPatchSize) < nModulesPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nModulesEta/2){ //Avoid exit the TRU
+            for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
+              for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
+                ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
+            //Select nxn maximum sums to select L1 
+            if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
+              ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
+              ampmaxn(1,mtru) = irow;
+              ampmaxn(2,mtru) = icol;
+            }
+          }
+        }
       }
       
       ampmaxn(3,mtru) = 0.; // Was 1 , I don't know why
       if(GetTimeKey()) {
-      //Find most recent time in selected nxn cell
+        //Find most recent time in selected nxn cell
         Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
         Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
         for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
-         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
-           if( (rown+i) < nModulesPhi && (coln+j) < nModulesEta){//Avoid exit the TRU
-             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
-               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) >  ampmaxn(3,mtru)  )
-                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j); // max time
-             }
-           }
-         }
+          for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
+            if( (rown+i) < nModulesPhi && (coln+j) < nModulesEta){//Avoid exit the TRU
+              if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
+                if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) >  ampmaxn(3,mtru)  )
+                  ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j); // max time
+              }
+            }
+          }
         }
       }
     } else { // copy 2x2 to nxn  
-       ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
-       ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
-       ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
-       ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
+      ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
+      ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
+      ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
+      ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
     }
   }
-  if(keyPrint) printf(" : MakeSlidingTowers -OUt \n");
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" : MakeSlidingTowers -OUt \n"));
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -542,50 +513,42 @@ void AliEMCALTrigger::Print(const Option_t * opt) const
   if(! opt)
     return;
   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
-  printf( " fSimulation %i (input option) : #digits %i\n", fSimulation, fDigitsList->GetEntries());
-  printf( " fTimeKey    %i  \n ", fTimeKey);
-
-  printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Cell, \n") ; 
-  printf( "               -2x2 cells sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
-         f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
-  printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2ModulePhi, f2x2ModulePhi+2, f2x2ModuleEta, f2x2ModuleEta+2) ; 
-  printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
-         2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
+  AliInfo(Form(" fSimulation %i (input option) : #digits %i\n", fSimulation, fDigitsList->GetEntries()));
+  AliInfo(Form(" fTimeKey    %i  \n ", fTimeKey));
+
+  AliInfo(Form("\t Maximum Amplitude after Sliding Cell, \n")) ; 
+  AliInfo(Form("\t -2x2 cells sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
+         f2x2MaxAmp,f2x2SM)) ; 
+  AliInfo(Form("\t -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2ModulePhi, f2x2ModulePhi+2, f2x2ModuleEta, f2x2ModuleEta+2)); 
+  AliInfo(Form("\t -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol))); 
   if(fPatchSize > 0){
-    printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
-    printf( "               -nxn cells sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
-           fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
-    printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnModulePhi, fnxnModulePhi+4*fPatchSize, fnxnModuleEta, fnxnModuleEta+4*fPatchSize) ; 
-    printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
-           4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
+    AliInfo(Form("\t Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1)));
+    AliInfo(Form("\t -nxn cells sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n", fnxnMaxAmp,fnxnSM)); 
+    AliInfo(Form("\t -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnModulePhi, fnxnModulePhi+4*fPatchSize, fnxnModuleEta, fnxnModuleEta+4*fPatchSize)) ; 
+    AliInfo(Form("\t -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) )); 
   }
   
-  printf( "             Isolate in SuperModule? %d\n",  
-          fIsolateInSuperModule) ;  
+  AliInfo(Form("\t Isolate in SuperModule? %d\n", fIsolateInSuperModule)) ;  
+  AliInfo(Form("\t Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold));  
 
-  printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", 
-         fL0Threshold) ;  
   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_L0" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "             *** EMCAL LO is set ***\n") ; 
+    AliInfo(Form("\t *** EMCAL LO is set ***\n")); 
   
-  printf( "             Gamma Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
-         fL1GammaLowPtThreshold) ;
+  AliInfo(Form("\t Gamma Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaLowPtThreshold));
   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaLPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "             *** EMCAL Gamma Low Pt for L1 is set ***\n") ;
+    AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma Low Pt for L1 is set ***\n"));
 
-  printf( "             Gamma Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
-         fL1GammaMediumPtThreshold) ;  
+  AliInfo(Form("\t Gamma Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaMediumPtThreshold));  
   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaMPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "             *** EMCAL Gamma Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
+    AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma Medium Pt for L1 is set ***\n"));
 
-  printf( "             Gamma High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
-         fL1GammaHighPtThreshold) ;  
+  AliInfo(Form("\t Gamma High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaHighPtThreshold));  
   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaHPt_L1" );
   if(in->GetValue())
-    printf( "             *** EMCAL Gamma High Pt for L1 is set ***\n") ;
+    AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma High Pt for L1 is set ***\n")) ;
 
 }
 
@@ -626,7 +589,8 @@ void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM
   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
   Float_t maxtimeRn = -1 ;
   static AliEMCALRawUtils rawUtil;
-  Int_t nTimeBins = rawUtil.GetRawFormatTimeBins() ;
+  // Int_t nTimeBins = rawUtil.GetRawFormatTimeBins() ;
+  Int_t nTimeBins = TIMEBINS;  //changed by PTH
 
   //Set max of 2x2 amplitudes and select L0 trigger
   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
@@ -653,9 +617,15 @@ void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM
         fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
       }
       //printf(" maxtimeR2 %12.5e (1)\n", maxtimeR2);
-      rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2 * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
-      f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
-    
+      //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2 * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
+      //                                f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
+       
+      //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2*TIMEBINMAX/TIMEBINS, 
+      //                                f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
+      
+      AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse( maxtimeR2*TIMEBINMAX/TIMEBINS, 
+                                              f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
+
     // Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
     // Set L0
       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
@@ -695,9 +665,15 @@ void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM
         fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
         fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
       }
-      rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
-      fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
-    
+      //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
+      //   fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
+
+      //rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn*TIMEBINMAX/TIMEBINS, 
+      //                                fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
+
+      AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse (maxtimeRn*TIMEBINMAX/TIMEBINS, 
+                                              fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
+      
     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
     //SetL1 Low
       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
@@ -812,83 +788,99 @@ void AliEMCALTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, TClonesArray * ampmat
   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
     
     dig = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(idig)) ;
-    amp    = Float_t(dig->GetAmp()); // Energy of the digit (arbitrary units)
-    id     = dig->GetId() ;          // Id label of the cell
-    timeR  = dig->GetTimeR() ;       // Earliest time of the digit
-    if(amp<=0.0) printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU : id %i amp %f \n", id, amp);
-    // printf(" FILLTRU : timeR %10.5e time %10.5e : amp %10.5e \n", timeR, dig->GetTime(), amp);
-    // Get eta and phi cell position in supermodule
-    Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
-    if(!bCell)
-      Error("FillTRU","%i Wrong cell id number %i ", idig, id) ;
-    
-    fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
-    // iphim, ietam - module indexes in SM
-    fGeom->GetModuleIndexesFromCellIndexesInSModule(iSupMod,iphi,ieta, iphim, ietam, nModule); 
-    //if(iSupMod >9) 
-    //printf("iSupMod %i nModule %i iphi %i  ieta %i  iphim %i  ietam %i \n",
-    //iSupMod,nModule, iphi, ieta, iphim, ietam); 
-
-    // Check to which TRU in the supermodule belongs the cell. 
-    // Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
-    // (fNTRUPhi,fNTRUEta).
-    // Each TRU is a cell matrix of dimension (nModulesPhi,nModulesEta)
-
-    // First calculate the row and column in the supermodule 
-    // of the TRU to which the cell belongs.
-    Int_t row   = iphim / nModulesPhi;
-    Int_t col   = ietam / nModulesEta;
-    //Calculate label number of the TRU
-    Int_t itru  = fGeom->GetAbsTRUNumberFromNumberInSm(row, col, iSupMod);
-    //Fill TRU matrix with cell values
-    TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrix->At(itru)) ;
-    TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrix->At(itru)) ;
-
-    //Calculate row and column of the module inside the TRU with number itru
-    Int_t irow = iphim - row * nModulesPhi;
-    if(iSupMod > 9)
-      irow = iphim - row *  nModulesPhi2; // size of matrix the same
-    Int_t icol = ietam - col * nModulesEta;
-    
-    (*amptrus)(irow,icol)  += amp ;
-    if((*timeRtrus)(irow,icol) <0.0 || (*timeRtrus)(irow,icol) <= timeR){ // ??
-      (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
+    if(dig){
+      amp    = Float_t(dig->GetAmplitude()); // Energy of the digit (arbitrary units)
+      id     = dig->GetId() ;          // Id label of the cell
+      timeR  = dig->GetTimeR() ;       // Earliest time of the digit
+      if(amp<=0.0) AliDebug(1,Form(" id %i amp %f \n", id, amp));
+      // printf(" FILLTRU : timeR %10.5e time %10.5e : amp %10.5e \n", timeR, dig->GetTime(), amp);
+      // Get eta and phi cell position in supermodule
+      Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+      if(!bCell)
+        AliError(Form("%i Wrong cell id number %i ", idig, id)) ;
+      
+      fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+      // iphim, ietam - module indexes in SM
+      fGeom->GetModuleIndexesFromCellIndexesInSModule(iSupMod,iphi,ieta, iphim, ietam, nModule); 
+      //if(iSupMod >9) 
+      //printf("iSupMod %i nModule %i iphi %i  ieta %i  iphim %i  ietam %i \n",
+      //iSupMod,nModule, iphi, ieta, iphim, ietam); 
+      
+      // Check to which TRU in the supermodule belongs the cell. 
+      // Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
+      // (fNTRUPhi,fNTRUEta).
+      // Each TRU is a cell matrix of dimension (nModulesPhi,nModulesEta)
+      
+      // First calculate the row and column in the supermodule 
+      // of the TRU to which the cell belongs.
+      Int_t row   = iphim / nModulesPhi;
+      Int_t col   = ietam / nModulesEta;
+      //Calculate label number of the TRU
+      Int_t itru  = fGeom->GetAbsTRUNumberFromNumberInSm(row, col, iSupMod);
+      
+      //Fill TRU matrix with cell values
+      TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrix->At(itru)) ;
+      TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrix->At(itru)) ;
+      
+      if(!amptrus || !timeRtrus){
+        AliError("Could not recover the TRU matrix with amplitudes or times");
+      }
+      else{
+        //Calculate row and column of the module inside the TRU with number itru
+        Int_t irow = iphim - row * nModulesPhi;
+        if(iSupMod > 9)
+          irow = iphim - row *  nModulesPhi2; // size of matrix the same
+        Int_t icol = ietam - col * nModulesEta;
+      
+        (*amptrus)(irow,icol)  += amp ;
+        if((*timeRtrus)(irow,icol) <0.0 || (*timeRtrus)(irow,icol) <= timeR){ // ??
+          (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
+        }
+      }
+      //printf(" ieta %i iphi %i iSM %i || col %i row %i : itru %i -> amp %f\n", 
+      //          ieta, iphi, iSupMod, col, row, itru, amp);     
+      //####################SUPERMODULE MATRIX ##################
+      TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSupMod)) ;
+      if(!ampsmods){
+        AliError("Could not recover the matrix per SM");
+        continue;
+      }
+      (*ampsmods)(iphim,ietam)  += amp ;
+      //    printf(" id %i iphim %i ietam %i SM %i : irow %i icol %i itru %i : amp %6.0f\n", 
+      //id, iphim, ietam, iSupMod, irow, icol, itru, amp); 
     }
-    //printf(" ieta %i iphi %i iSM %i || col %i row %i : itru %i -> amp %f\n", 
-    //    ieta, iphi, iSupMod, col, row, itru, amp);     
-    //####################SUPERMODULE MATRIX ##################
-    TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSupMod)) ;
-    (*ampsmods)(iphim,ietam)  += amp ;
-    //    printf(" id %i iphim %i ietam %i SM %i : irow %i icol %i itru %i : amp %6.0f\n", 
-    //id, iphim, ietam, iSupMod, irow, icol, itru, amp); 
+    else AliError("Could not recover the digit");
   }
   //assert(0);
   //printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() is ended \n");
 }
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::Trigger() 
 {
-  TH1::AddDirectory(0);
   //Main Method to select triggers.
-  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader();
+  TH1::AddDirectory(0);
+
+  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *emcalLoader = 0;
   if(runLoader) {
     emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   }
  
   //Load EMCAL Geometry
-  if (runLoader && runLoader->GetAliRun() && runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
-    fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-
-  if (fGeom == 0)       
+  if (runLoader && runLoader->GetAliRun()){
+    AliEMCAL* emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal)fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if (!fGeom)   
     fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());          
 
-  if (fGeom==0)
+  if (!fGeom)
     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
   
   //Define parameters
-  Int_t nSuperModules = fGeom->GetNumberOfSuperModules() ; //12 SM in EMCAL
+  Int_t nSuperModules = fGeom->GetNumberOfSuperModules() ; //12 SM in EMCAL and 6/10 DCAL SMs
   Int_t nTRU       = fGeom->GetNTRU();    // 3 TRU per super module
 
   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
@@ -921,7 +913,7 @@ void AliEMCALTrigger::Trigger()
   
   FillTRU(fDigitsList, fAmpTrus, fAmpSMods, fTimeRtrus);
 
-  // Jet staff - only one case, no fredom here
+  // Jet stuff - only one case, no freedom here
   if(fGeom->GetNEtaSubOfTRU() == 6) {
     if(fAmpJetMatrix) {delete fAmpJetMatrix; fAmpJetMatrix=0;}
     if(fJetMatrixE)   {delete fJetMatrixE; fJetMatrixE=0;}
@@ -966,13 +958,15 @@ void AliEMCALTrigger::Trigger()
   // fDigitsList = 0;
 }
 
-void AliEMCALTrigger::GetTriggerInfo(TArrayF &triggerPosition, TArrayF &triggerAmplitudes)
+//____________________________________________________________________________
+void AliEMCALTrigger::GetTriggerInfo(TArrayF &triggerPosition, TArrayF &triggerAmplitudes) const
 {
   // Template - should be defined; Nov 5, 2007
   triggerPosition[0]   = 0.; 
   triggerAmplitudes[0] = 0.;
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD* jetMat, AliEMCALGeometry *g)
 {
   // Nov 5, 2007
@@ -986,12 +980,14 @@ void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD
   Int_t nEtaModSum = g->GetNZ()   / g->GetNEtaSubOfTRU(); // should be 4 
   Int_t nPhiModSum = g->GetNPhi() / g->GetNTRUPhi();      // should be 4 
 
-  if(keyPrint) printf("%s",Form(" AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs | nEtaModSum %i : nPhiModSum %i \n", 
-                 nEtaModSum, nPhiModSum));
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs | nEtaModSum %i : nPhiModSum %i \n", nEtaModSum, nPhiModSum)));
   Int_t jrow=0, jcol=0;  // indexes of jet matrix
   Int_t nEtaSM=0, nPhiSM=0;
   for(Int_t iSM=0; iSM<ampmatrixsmod->GetEntries(); iSM++) {
     TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSM));
+    
+    if(!ampsmods) return;
+    
     Int_t nrow = ampsmods->GetNrows();
     Int_t ncol = ampsmods->GetNcols();
     //printf("%s",Form(" ######## SM %i : nrow %i : ncol %i ##### \n", iSM, nrow, ncol));
@@ -1001,8 +997,7 @@ void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD
         nPhiSM = iSM / 2; 
         nEtaSM = iSM % 2;
         if       (amp>0.0) {
-           if(keyPrint) printf("%s",Form(" ** nPhiSm %i : nEtaSM %i : row %2.2i : col %2.2i -> ", 
-                         nPhiSM, nEtaSM, row, col)); 
+           if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" ** nPhiSm %i : nEtaSM %i : row %2.2i : col %2.2i -> ", nPhiSM, nEtaSM, row, col))); 
           if(nEtaSM == 0) { // positive Z
             jrow = 3*nPhiSM + row/nPhiModSum;
             jcol = 6 + col / nEtaModSum;
@@ -1011,25 +1006,26 @@ void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD
             else       jrow = 3*nPhiSM + 1 - row/nPhiModSum; // half size 
             jcol = 5 - col / nEtaModSum;
          }
-         if(keyPrint) printf("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat) \n", jrow, jcol, amp)); 
+         if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat) \n", jrow, jcol, amp))); 
 
           (*jetMat)(jrow,jcol) += amp;
           ampSum += amp; // For controling
         } else if(amp<0.0) {
-          printf("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat: amp<0) \n", jrow, jcol, amp)); 
+          AliDebug(1,Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat: amp<0) \n", jrow, jcol, amp)); 
          assert(0);
         }
       }
     }
   } // cycle on SM
-  if(ampSum <= 0.0) Warning("FillJetMatrixFromSMs","ampSum %f (<=0.0) ", ampSum);
+  if(ampSum <= 0.0) AliDebug(1,Form("ampSum %f (<=0.0) ", ampSum));
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSize, TMatrixD &ampJetMax)
 {
   // Sliding patch : nPatchSize x nPatchSize (OVERLAP)
   static int keyPrint = 0;
-  if(keyPrint) printf(" AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch() was started \n");
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch() was started \n"));
   Double_t ampCur = 0.0, e=0.0;
   ampJetMax(0,0)  = 0.0;
   ampJetMax(3,0)  = 0.0; // unused now
@@ -1052,9 +1048,7 @@ void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSiz
       } // check on patch size
     }
   }
-  if(keyPrint) printf(" ampJetMax %i row %2i->%2i col %2i->%2i \n", 
-  Int_t(ampJetMax(0,0)), Int_t(ampJetMax(1,0)), Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize-1, 
-  Int_t(ampJetMax(2,0)), Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize-1);
+  if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" ampJetMax %i row %2i->%2i col %2i->%2i \n", Int_t(ampJetMax(0,0)), Int_t(ampJetMax(1,0)), Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize-1, Int_t(ampJetMax(2,0)), Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize-1));
 
   Double_t eCorrJetMatrix=0.0;
   if(fVZER0Mult > 0.0) {
@@ -1064,8 +1058,8 @@ void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSiz
     ampJetMax(5,0) = meanAmpBG;
 
     Double_t eCorr     = ampJetMax(0,0) - meanAmpBG; 
-    printf(" ampJetMax(0,0) %f meanAmpBG %f  eCorr %f : ampJetMax(4,0) %f \n",
-          ampJetMax(0,0), meanAmpBG, eCorr, ampJetMax(5,0));
+    AliDebug(2,Form(" ampJetMax(0,0) %f meanAmpBG %f  eCorr %f : ampJetMax(4,0) %f \n",
+          ampJetMax(0,0), meanAmpBG, eCorr, ampJetMax(5,0)));
     ampJetMax(0,0)     = eCorr;
     // --
     eCorrJetMatrix = GetMeanEmcalEnergy(Int_t(fVZER0Mult)) / 208.;
@@ -1091,57 +1085,66 @@ void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSiz
   }
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 Double_t AliEMCALTrigger::GetEmcalSumAmp() const 
 { 
   // Return sum of amplidutes from EMCal
   // Used calibration coefficeint for transition to energy
-  return fAmpJetMatrix >0 ?fAmpJetMatrix->Sum() :0.0;
+  return fAmpJetMatrix ?fAmpJetMatrix->Sum() :0.0;
 }
 
-
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::PrintJetMatrix() const
 {
   //  fAmpJetMatrix : (17,12); // 17-phi(row), 12-eta(col)
   if(fAmpJetMatrix == 0) return;
 
-  printf("\n ####  jetMatrix : (%i,%i) ##### \n        ", 
-  fAmpJetMatrix->GetNrows(), fAmpJetMatrix->GetNcols());
+  AliInfo(Form("\n ####  jetMatrix : (%i,%i) ##### \n ", 
+              fAmpJetMatrix->GetNrows(), fAmpJetMatrix->GetNcols()));
   PrintMatrix(*fAmpJetMatrix);
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::PrintAmpTruMatrix(Int_t ind) const
 {
+ // Print matrix with TRU patches
   TMatrixD * tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpTrus->At(ind));
   if(tru == 0) return;
-  printf("\n ####  Amp TRU matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n        ", 
-        ind, tru->GetNrows(), tru->GetNcols());
+  AliInfo(Form("\n ####  Amp TRU matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n ", 
+        ind, tru->GetNrows(), tru->GetNcols()));
   PrintMatrix(*tru);
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::PrintAmpSmMatrix(Int_t ind) const
 {
-  TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(ind));
+       // Print matrix with SM amplitudes
+       TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(ind));
   if(sm == 0) return;
-  printf("\n ####  Amp SM matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n        ", 
-        ind, sm->GetNrows(), sm->GetNcols());
+  AliInfo(Form("\n ####  Amp SM matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n ", 
+        ind, sm->GetNrows(), sm->GetNcols()));
   PrintMatrix(*sm);
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::PrintMatrix(const TMatrixD &mat) const
 {
-  for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) printf(" %3i ", col);
-  printf("\n -- \n");
+  //Print matrix object
+  for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) AliInfo(Form(" %3i ", col));
+  AliInfo(Form("\n -- \n"));
   for(Int_t row=0; row<mat.GetNrows(); row++) {
-    printf(" row:%2i ", row);
+    AliInfo(Form(" row:%2i ", row));
     for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) {
-      printf(" %4i", (Int_t)mat(row,col));
+      AliInfo(Form(" %4i", (Int_t)mat(row,col)));
     }
-    printf("\n");
+    AliInfo("\n");
   }
 }
 
+//____________________________________________________________________________
 Bool_t AliEMCALTrigger::CheckConsistentOfMatrixes(const Int_t pri)
 {
+  // Check consitency of matrices
   Double_t sumSM = 0.0, smCur=0.0;
   Double_t sumTru=0.0,  sumTruInSM = 0.0, truSum=0.0;
   //  Bool_t key = kTRUE;
@@ -1164,21 +1167,22 @@ Bool_t AliEMCALTrigger::CheckConsistentOfMatrixes(const Int_t pri)
       sumTru += sumTruInSM;
 
       if(sumTruInSM != smCur) {
-        printf(" sm %i : smCur %f -> sumTruInSM %f \n", i, smCur, sumTruInSM);
+        AliDebug(1,Form(" sm %i : smCur %f -> sumTruInSM %f \n", i, smCur, sumTruInSM));
         return kFALSE;
       }
     }
   }
   Double_t sumJetMat = fAmpJetMatrix->Sum();
-  if(pri || sumSM != sumTru || sumSM !=  sumJetMat) 
-  printf(" sumSM %f : sumTru %f : sumJetMat %f \n", sumSM, sumTru, sumJetMat); 
-  if(sumSM != sumTru || sumSM !=  sumJetMat) return kFALSE; 
+       if(pri || TMath::Abs(sumSM-sumTru)>0.0001 || TMath::Abs(sumSM-sumJetMat) > 0.0001) 
+   AliDebug(1,Form(" sumSM %f : sumTru %f : sumJetMat %f \n", sumSM, sumTru, sumJetMat)); 
+       if(TMath::Abs(sumSM - sumTru)>0.0001 || TMath::Abs(sumSM-sumJetMat) > 0.0001) return kFALSE; 
   else                                       return kTRUE; 
 }
 
-
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALTrigger::Browse(TBrowser* b)
 {
+  //Browse.
   if(&fInputs)      b->Add(&fInputs);
   if(fAmpTrus)      b->Add(fAmpTrus);
   if(fTimeRtrus)    b->Add(fTimeRtrus);