]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDPreprocessor.cxx
extra bit for TPC and Global constrained flagging
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDPreprocessor.cxx
index 57fc71fedd3e7cd3407258e1c4e96295789064fc..98654f22e94702eb18279ddc9030ee4311705220 100644 (file)
@@ -115,7 +115,7 @@ Bool_t AliFMDPreprocessor::GetAndCheckFileSources(TList*&     list,
     case kDCS: sys = "DCS";     break;
     default:   sys = "unknown"; break;
     }
-    Log(Form("Failed to get file sources for %s/%s", sys.Data(), system));
+    Log(Form("Failed to get file sources for %s/%d", sys.Data(), system));
     return kFALSE;
   }
   return kTRUE;
@@ -143,6 +143,7 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
   Bool_t resultRate  = kTRUE;
   Bool_t resultZero  = kTRUE;
   Bool_t infoCalib   = kTRUE;
+  Bool_t resultDead  = kTRUE;
   // Do we need this ?
   // if(!dcsAliasMap) return 1;
   // 
@@ -150,8 +151,18 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
   // AliCDBManager* cdb   = AliCDBManager::Instance();
   // cdb->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
   // cdb->SetRun(0);
+  
+  // Get the run type 
+  TString runType(GetRunType()); 
+  
   AliFMDParameters* pars = AliFMDParameters::Instance();
-  pars->Init(this, false, AliFMDParameters::kAltroMap);
+  if(runType.Contains("PEDESTAL", TString::kIgnoreCase))
+    pars->Init(this, false, AliFMDParameters::kAltroMap|AliFMDParameters::kPulseGain);
+  else if(runType.Contains("GAIN", TString::kIgnoreCase))
+    pars->Init(this, false, AliFMDParameters::kAltroMap|AliFMDParameters::kPedestal);
+  else
+    pars->Init(this, false, AliFMDParameters::kAltroMap);
+  
   // This is if the SOR contains Fee parameters, and we run a DA to
   // extract these parameters.   The same code could work if we get
   // the information from DCS via the FXS 
@@ -159,7 +170,7 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
   AliFMDCalibSampleRate*      calibRate  = 0;
   AliFMDCalibStripRange*      calibRange = 0;
   AliFMDCalibZeroSuppression* calibZero  = 0;
-  
+
   if (GetAndCheckFileSources(files, kDAQ,pars->GetConditionsShuttleID()))
     infoCalib = GetInfoCalibration(files, calibRate, calibRange, calibZero);
  
@@ -168,12 +179,11 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
   resultZero  = (!calibZero  ? kFALSE : kTRUE);
   
 
-  // Get the run type 
-  TString runType(GetRunType()); 
-
+  
   //Creating calibration objects
   AliFMDCalibPedestal* calibPed  = 0;
   AliFMDCalibGain*     calibGain = 0;
+  AliFMDCalibDeadMap*  calibDead = 0;
   if (runType.Contains("PEDESTAL", TString::kIgnoreCase)) { 
     if (GetAndCheckFileSources(files, kDAQ, pars->GetPedestalShuttleID())) {
       if(files->GetSize())
@@ -188,6 +198,8 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
     }
     resultGain = (calibGain ? kTRUE : kFALSE);
   }
+  if(runType.Contains("PEDESTAL", TString::kIgnoreCase) || runType.Contains("GAIN", TString::kIgnoreCase))
+    calibDead = GetDeadChannelMap(calibPed,calibGain);
   
   //Storing Calibration objects  
   AliCDBMetaData metaData;
@@ -215,9 +227,13 @@ UInt_t AliFMDPreprocessor::Process(TMap* /* dcsAliasMap */)
     resultZero = Store("Calib","ZeroSuppression", calibZero,&metaData,0,kTRUE);
     delete calibZero;
   }
+  if(calibDead) { 
+    resultDead = Store("Calib","Dead", calibDead,&metaData,0,kTRUE);
+    delete calibDead;
+  }
 
   Bool_t success = (resultPed && resultGain  && resultRange && 
-                   resultRate  && resultZero && infoCalib);
+                   resultRate  && resultZero && resultDead && infoCalib);
   
   Log(Form("FMD preprocessor was %s", (success ? "successful" : "failed")));
   return (success ? 0 : 1);
@@ -265,7 +281,7 @@ AliFMDPreprocessor::GetInfoCalibration(TList* files,
   
 //____________________________________________________________________
 AliFMDCalibPedestal* 
-AliFMDPreprocessor::GetPedestalCalibration(TList* pedFiles)
+AliFMDPreprocessor::GetPedestalCalibration(const TList* pedFiles)
 {
   // Read DAQ DA produced CSV files of pedestals, and return a
   // calibration object. 
@@ -282,33 +298,35 @@ AliFMDPreprocessor::GetPedestalCalibration(TList* pedFiles)
   TObjString*          fileSource;
   
   while((fileSource = dynamic_cast<TObjString*>(iter.Next()))) {
-    const Char_t* filename = GetFile(kDAQ, pars->GetPedestalShuttleID(), fileSource->GetName());
+    const Char_t* filename = GetFile(kDAQ, pars->GetPedestalShuttleID(), 
+                                    fileSource->GetName());
     std::ifstream in(filename);
     if(!in) {
       Log(Form("File %s not found!", filename));
       continue;
     }
-
-    // Get header (how long is it ?)
-    TString header;
-    header.ReadLine(in);
-    header.ToLower();
-    if(!header.Contains(pars->GetPedestalShuttleID())) {
-      Log("File header is not from pedestal!");
-      continue;
-    }
-    Log("File contains data from pedestals");
-    
-    // Read columns line
-    int lineno = 2;
-    header.ReadLine(in);
-    
     // Loop until EOF
-    while(in.peek()!=EOF) {
+    int lineno = 0;
+    char cc;
+    while((cc = in.peek())!=EOF) {
       if(in.bad()) { 
        Log(Form("Bad read at line %d in %s", lineno, filename));
        break;
       }
+      if (cc == '#') { 
+       TString line;
+       line.ReadLine(in);
+       lineno++;
+       if (lineno == 1) {
+         line.ToLower();
+         if(!line.Contains(pars->GetPedestalShuttleID())) {
+           Log(Form("File header is not from pedestal!: %s", line.Data()));
+           break;
+         }
+         Log("File contains data from pedestals");
+       }
+       continue;
+      }
       UShort_t det, sec, strip;
       Char_t ring;
       Float_t ped, noise, mu, sigma, chi2ndf;
@@ -346,7 +364,7 @@ AliFMDPreprocessor::GetPedestalCalibration(TList* pedFiles)
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDCalibGain* 
-AliFMDPreprocessor::GetGainCalibration(TList* gainFiles)
+AliFMDPreprocessor::GetGainCalibration(const TList* gainFiles)
 {
   // Read DAQ DA produced CSV files of pedestals, and return a
   // calibration object. 
@@ -362,32 +380,34 @@ AliFMDPreprocessor::GetGainCalibration(TList* gainFiles)
   TIter             iter(gainFiles);
   TObjString*       fileSource;
   while((fileSource = dynamic_cast<TObjString *>(iter.Next()))) {
-    const Char_t* filename = GetFile(kDAQ, pars->GetGainShuttleID(), fileSource->GetName());
+    const Char_t* filename = GetFile(kDAQ, pars->GetGainShuttleID(), 
+                                    fileSource->GetName());
     std::ifstream in(filename);
     if(!in) {
       Log(Form("File %s not found!", filename));
       continue;
     }
-
-    //Get header (how long is it ?)
-    TString header;
-    header.ReadLine(in);
-    header.ToLower();
-    if(!header.Contains(pars->GetGainShuttleID())) {
-      Log("File header is not from gain!");
-      continue;
-    }
-    Log("File contains data from pulse gain");
-
-    // Read column headers
-    header.ReadLine(in);
-
-    int lineno  = 2;
-    // Read until EOF 
-    while(in.peek()!=EOF) {
-      if(in.bad()) { 
-       Log(Form("Bad read at line %d in %s", lineno, filename));
-       break;
+    // Loop until EOF                                                                                                                                   
+    int lineno = 0;
+    char cc;
+    while((cc = in.peek())!=EOF) {
+      if(in.bad()) {
+        Log(Form("Bad read at line %d in %s", lineno, filename));
+        break;
+      }
+      if (cc == '#') {
+        TString line;
+        line.ReadLine(in);
+        lineno++;
+        if (lineno == 1) {
+          line.ToLower();
+          if(!line.Contains(pars->GetGainShuttleID())) {
+            Log(Form("File header is not from gains!: %s", line.Data()));
+            break;
+          }
+          Log("File contains data from gains");
+        }
+       continue;
       }
       UShort_t det, sec, strip;
       Char_t ring;
@@ -418,7 +438,51 @@ AliFMDPreprocessor::GetGainCalibration(TList* gainFiles)
   }
   return calibGain;
 }
+//____________________________________________________________________
+AliFMDCalibDeadMap*    
+AliFMDPreprocessor::GetDeadChannelMap(AliFMDCalibPedestal* pedcalib,
+                                     AliFMDCalibGain*     gaincalib) {
+  //creating dead channel map. '0' means 51200 entries
+  AliFMDCalibDeadMap* deadmap = new AliFMDCalibDeadMap(0);
+  //deadmap->Reset(kTRUE);
+  Float_t noise = 0;
+  Float_t gain  = 0;
+  
+  AliFMDParameters* pars = AliFMDParameters::Instance();
+  //Looping over the channels.
+  for(UShort_t det=1;det<=3;det++) {
+    Int_t nRings = (det==1 ? 1 : 2);
+    for (UShort_t ir = 0; ir < nRings; ir++) {
+      Char_t   ring = (ir == 0 ? 'I' : 'O');
+      UShort_t nsec = (ir == 0 ? 20  : 40);
+      UShort_t nstr = (ir == 0 ? 512 : 256);
+      
+      for(UShort_t sec =0; sec < nsec;  sec++) {
+       
+       for(UShort_t strip = 0; strip < nstr; strip++) {
+         
+         Bool_t isDead = kFALSE;
+         if(pedcalib)
+           noise = pedcalib->Width(det, ring, sec, strip);
+         else 
+           noise = pars->GetPedestalWidth(det, ring, sec, strip);
+       
+         if(gaincalib)
+           gain  = gaincalib->Value(det, ring, sec, strip);
+         else 
+           gain  = pars->GetPulseGain(det, ring, sec, strip);
+         
+         //marking these channels dead.
+         if (gain < 0.5 || gain > 5 || noise > 10 || noise == 0) isDead = kTRUE;
+         
+         deadmap->operator()(det, ring, sec, strip) = isDead;
+       }
+      }
+    }
+  }
 
+  return deadmap;
+}
 //____________________________________________________________________
 //
 // EOF