Compatibility with the trunk of ROOT
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDRawReader.cxx
index d3494a6..a8ff830 100644 (file)
@@ -58,6 +58,7 @@
 #include "AliFMDCalibSampleRate.h"
 #include "AliFMDCalibStripRange.h"
 #include "AliFMDAltroMapping.h"
+#include "AliFMDUShortMap.h"
 // #include "AliFMDAltroIO.h"  // ALIFMDALTROIO_H 
 #include "AliAltroRawStreamV3.h"
 #include <TArrayS.h>           // ROOT_TArrayS
@@ -92,6 +93,8 @@ AliFMDRawReader::AliFMDRawReader(AliRawReader* reader, TTree* tree)
     fSampleRate[i]   = 0;
     fZeroSuppress[i] = kFALSE;
     fNoiseFactor[i]  = 1;
+    fL1Phase[i]      = 0;
+    fNErrors[i]      = 0;
   }
 }
 
@@ -110,7 +113,7 @@ AliFMDRawReader::Exec(Option_t*)
   
   ReadAdcs(array);
   Int_t nWrite = fTree->Fill();
-  AliFMDDebug(1, ("Got a grand total of %d digits, wrote %d bytes to tree", 
+  AliDebug(1,Form("Got a grand total of %d digits, wrote %d bytes to tree", 
                   array->GetEntriesFast(), nWrite));
   delete array;
 }
@@ -131,71 +134,71 @@ AliFMDRawReader::NewDDL(AliAltroRawStreamV3& input, UShort_t& det)
 
   // Get the DDL number
   UInt_t ddl = input.GetDDLNumber();
-  AliFMDDebug(2, ("DDL number %d", ddl));
-
-  /* Note, previously, the ALTROCFG1 register was interpreted as 
-   * 
-   * Bits    Value    Description
-   *   0- 3      0/1   1st Baseline filter, mode 
-   *   4- 5   Over-1   2nd baseline filter, # of pre-samples
-   *   6- 9   factor   2nd baseline filter, # of post-samples 
-   *  10-          0   2nd baseline filter, enable
-   *  11-12       00   Zero suppression, glitch filter mode
-   *  13-15      001   Zero suppression, # of post samples
-   *  16-17       01   Zero suppression, # of pre  samples
-   *  18         0/1   Zero suppression, enable
-   *
-   * The interpretation used in AliAltroRawStreamerV3 - which
-   * corresponds directly to ALTRO DPCFG register - is 
-   *
-   * Bits    Value  Description
-   *   0- 3    0/1   1st Baseline filter, mode 
-   *   4         0   Polarity (if '1', then "1's inverse")
-   *   5- 6     01   Zero suppression, # of pre samples
-   *   7-10   0001   Zero suppression, # of post samples
-   *  11         0   2nd baseline filter, enable
-   *  12-13     00   Zero suppression, glitch filter mode
-   *  14-16 factor   2nd baseline filter, # of post-samples
-   *  17-18     01   2nd baseline filter, # of pre-samples 
-   *  19       0/1   Zero suppression, enable
-   *
-   *  Writing 'x' for variable values, that means we have the
-   *  following patterns for the 2 cases 
-   *
-   *    bit #  20   16   12    8    4    0
-   *     old    |0x01|0010|00xx|xxxx|xxxx|
-   *     new    |x01x|xx00|0000|1010|xxxx|
-   *
-   *  That means that we can check if bits 10-13 are '1000' or
-   *  '0000', which will tell us if the value was written with the
-   *  new or the old interpretation.    That is, we can check that 
-   *
-   *    if (((altrocfg1 >> 10) & 0x8) == 0x8) { 
-   *      // old interpretation 
-   *    }
-   *    else { 
-   *      // New interpretation 
-   *    }
-   *
-   * That means, that we should never 
-   *
-   *  - change the # of zero suppression post samples 
-   *  - Turn on 2nd baseline correction 
-   *  - Change the zero-suppression glitch filter mode
-   *
-   * This change as introduced in version 1.2 of Rcu++
-   */
+  AliDebug(2,Form("DDL number %d", ddl));
+
+  // Note, previously, the ALTROCFG1 register was interpreted as 
+  // 
+  // Bits    Value    Description
+  //   0- 3      0/1   1st Baseline filter, mode 
+  //   4- 5   Over-1   2nd baseline filter, # of pre-samples
+  //   6- 9   factor   2nd baseline filter, # of post-samples 
+  //  10-          0   2nd baseline filter, enable
+  //  11-12       00   Zero suppression, glitch filter mode
+  //  13-15      001   Zero suppression, # of post samples
+  //  16-17       01   Zero suppression, # of pre  samples
+  //  18         0/1   Zero suppression, enable
+  //
+  // The interpretation used in AliAltroRawStreamerV3 - which
+  // corresponds directly to ALTRO DPCFG register - is 
+  //
+  // Bits    Value  Description
+  //   0- 3    0/1   1st Baseline filter, mode 
+  //   4         0   Polarity (if '1', then "1's inverse")
+  //   5- 6     01   Zero suppression, # of pre samples
+  //   7-10   0001   Zero suppression, # of post samples
+  //  11         0   2nd baseline filter, enable
+  //  12-13     00   Zero suppression, glitch filter mode
+  //  14-16 factor   2nd baseline filter, # of post-samples
+  //  17-18     01   2nd baseline filter, # of pre-samples 
+  //  19       0/1   Zero suppression, enable
+  //
+  //  Writing 'x' for variable values, that means we have the
+  //  following patterns for the 2 cases 
+  //
+  //    bit #  20   16   12    8    4    0
+  //     old    |0x01|0010|00xx|xxxx|xxxx|
+  //     new    |x01x|xx00|0000|1010|xxxx|
+  //
+  //  That means that we can check if bits 10-13 are '1000' or
+  //  '0000', which will tell us if the value was written with the
+  //  new or the old interpretation.    That is, we can check that 
+  //
+  //    if (((altrocfg1 >> 10) & 0x8) == 0x8) { 
+  //      // old interpretation 
+  //    }
+  //    else { 
+  //      // New interpretation 
+  //    }
+  //
+  // That means, that we should never 
+  //
+  //  - change the # of zero suppression post samples 
+  //  - Turn on 2nd baseline correction 
+  //  - Change the zero-suppression glitch filter mode
+  //
+  // This change as introduced in version 1.2 of Rcu++
+  //
   UInt_t cfg1 = input.GetAltroCFG1();
   if (((cfg1 >> 10) & 0x8) == 0x8) {
     UInt_t cfg2 = input.GetAltroCFG2();
-    AliFMDDebug(3, ("We have data from older MiniConf 0x%x cfg2=0x%08x", 
+    AliDebug(3,Form("We have data from older MiniConf 0x%x cfg2=0x%08x", 
                    ((cfg1 >> 10) & 0x8), cfg2));
     fZeroSuppress[ddl] = (cfg1 >>  0) & 0x1;
     fNoiseFactor[ddl]  = (cfg1 >>  6) & 0xF;
     fSampleRate[ddl]   = (cfg2 >> 20) & 0xF;
   }
   else {
-    AliFMDDebug(3, ("We have data from newer MiniConf 0x%x", 
+    AliDebug(3,Form("We have data from newer MiniConf 0x%x", 
                    ((cfg1 >> 10) & 0x8)));
     fZeroSuppress[ddl] = input.GetZeroSupp();
     // WARNING: We store the noise factor in the 2nd baseline
@@ -205,11 +208,15 @@ AliFMDRawReader::NewDDL(AliAltroRawStreamV3& input, UShort_t& det)
     // WARNING: We store the sample rate in the number of pre-trigger
     // samples, since we'll never use that mode.
     fSampleRate[ddl]     = input.GetNPretriggerSamples();
+    // 
   }
-  AliFMDDebug(3, ("RCU @ DDL %d zero suppression: %s", 
+  AliDebug(10,Form("Phase of DDL=%d is %g (%d)", ddl, input.GetL1Phase(),
+                  input.GetAltroCFG2() & 0x1F));
+  fL1Phase[ddl] = input.GetAltroCFG2() & 0x1F; // input.GetL1Phase();
+  AliDebug(3,Form("RCU @ DDL %d zero suppression: %s", 
                   ddl, (fZeroSuppress[ddl] ? "yes" : "no")));
-  AliFMDDebug(3, ("RCU @ DDL %d noise factor: %d", ddl,fNoiseFactor[ddl]));    
-  AliFMDDebug(3, ("RCU @ DDL %d sample rate: %d", ddl,fSampleRate[ddl]));
+  AliDebug(3,Form("RCU @ DDL %d noise factor: %d", ddl,fNoiseFactor[ddl]));    
+  AliDebug(3,Form("RCU @ DDL %d sample rate: %d", ddl,fSampleRate[ddl]));
 
 
   // Get Errors seen 
@@ -235,7 +242,7 @@ AliFMDRawReader::NewDDL(AliAltroRawStreamV3& input, UShort_t& det)
 
 //____________________________________________________________________
 Int_t
-AliFMDRawReader::NewChannel(AliAltroRawStreamV3& input,  UShort_t det,
+AliFMDRawReader::NewChannel(const AliAltroRawStreamV3& input,  UShort_t det,
                            Char_t&  ring, UShort_t& sec, Short_t& strbase)
 {
   // Processs a new channel.  Sets the internal data members
@@ -255,7 +262,13 @@ AliFMDRawReader::NewChannel(AliAltroRawStreamV3& input,  UShort_t det,
   Int_t    ddl    = input.GetDDLNumber();
   Int_t    hwaddr = input.GetHWAddress();
   if (input.IsChannelBad()) { 
-    AliError(Form("Channel 0x%03x is marked as bad!", hwaddr));
+    const char* msg = Form("Ignoring channel %03d/0x%03x with errors", 
+                          ddl, hwaddr); 
+    AliWarning(msg); 
+    if (AliDebugLevel() > 10) input.HexDumpChannel();
+    fReader->AddMinorErrorLog(AliAltroRawStreamV3::kAltroPayloadErr,msg);
+    fNErrors[ddl] += 1;
+    return 0xFFFF;
   }
   
   AliFMDParameters*    pars   = AliFMDParameters::Instance();
@@ -268,22 +281,73 @@ AliFMDRawReader::NewChannel(AliAltroRawStreamV3& input,  UShort_t det,
                  "hardware address 0x%03x", ddl, hwaddr));
     return -1;
   }
-  AliFMDDebug(4, ("Board: 0x%02x, Altro: 0x%x, Channel: 0x%x", 
+  AliDebug(4,Form("Board: 0x%02x, Altro: 0x%x, Channel: 0x%x", 
                  board, chip, channel));
 
   // Get the 'conditions'
   fMinStrip = pars->GetMinStrip(det, ring, sec, strbase);
   fMaxStrip = pars->GetMaxStrip(det, ring, sec, strbase);
   fPreSamp  = pars->GetPreSamples(det, ring, sec, strbase);
-  if (fSampleRate[ddl] == 0) 
+  if (fSampleRate[ddl] == 0) {
+    AliDebug(3,Form("Get sample rate for RCU @ DDL %d from OCDB", ddl));
     fSampleRate[ddl] = pars->GetSampleRate(det, ring, sec, strbase);
+  }
+  AliDebug(3,Form("RCU @ DDL %d sample rate: %d", ddl,fSampleRate[ddl]));
 
   return hwaddr;
 }
 
 //____________________________________________________________________
+Bool_t
+AliFMDRawReader::NewBunch(const AliAltroRawStreamV3& input, 
+                         UShort_t&  start, UShort_t& length)
+{
+  // 
+  // Do some checks on the bunch data 
+  // 
+  Int_t    ddl      = input.GetDDLNumber();
+  Int_t    hwaddr   = input.GetHWAddress();  
+  UShort_t nSamples = input.GetNSamplesPerCh() + fPreSamp;
+  UShort_t tstart   = input.GetStartTimeBin();
+  length            = input.GetBunchLength();
+
+  if (tstart >= nSamples) {
+    const char* msg = Form("Bunch in %03d/0x%03x has an start time greater "
+                          "than number of samples: 0x%x >= 0x%x", 
+                          ddl, hwaddr, tstart, nSamples);
+    AliWarning(msg);
+    if (AliDebugLevel() > 10) input.HexDumpChannel();
+    fReader->AddMinorErrorLog(AliAltroRawStreamV3::kAltroPayloadErr,msg);
+    fNErrors[ddl]++;
+    return false;
+  }
+  if ((int(tstart) - length + 1) < 0) { 
+    const char* msg = Form("Bunch in %03d/0x%03x has an invalid length and "
+                          "start time: 0x%x,0x%x (%d-%d+1=%d<0)", 
+                          ddl, hwaddr, length, tstart, tstart, length, 
+                          int(tstart)-length+1);
+    AliWarning(msg);
+    if (AliDebugLevel() > 10) input.HexDumpChannel();
+    fReader->AddMinorErrorLog(AliAltroRawStreamV3::kAltroPayloadErr,msg);
+    fNErrors[ddl]++;                           
+    return false;
+  }
+  if (tstart >= start) { 
+    const char* msg = Form("Bunch in %03d/0x%03x has early start time: "
+                          "0x%x >= 0x%x", ddl, hwaddr, tstart, start);
+    AliWarning(msg);
+    if (AliDebugLevel() > 10) input.HexDumpChannel();
+    fReader->AddMinorErrorLog(AliAltroRawStreamV3::kAltroPayloadErr,msg);
+    fNErrors[ddl]++;
+    return false;
+  }
+  start = tstart;
+  return true;
+}
+
+//____________________________________________________________________
 Int_t
-AliFMDRawReader::NewSample(AliAltroRawStreamV3& input, 
+AliFMDRawReader::NewSample(const AliAltroRawStreamV3& input, 
                           Int_t i, UShort_t t, UShort_t sec,
                           UShort_t  strbase, Short_t&  str, UShort_t& samp)
 {
@@ -305,7 +369,7 @@ AliFMDRawReader::NewSample(AliAltroRawStreamV3& input,
   Int_t           hwa  = input.GetHWAddress();
   const UShort_t* data = input.GetSignals();
   Short_t         adc  = data[i];
-  AliFMDDebug(10, ("0x%04x/0x%03x/%04d %4d", ddl, hwa, t, adc));
+  AliDebug(10,Form("0x%04x/0x%03x/%04d %4d", ddl, hwa, t, adc));
 
   AliFMDParameters*    pars   = AliFMDParameters::Instance();
   AliFMDAltroMapping*  map    = pars->GetAltroMap();
@@ -315,22 +379,22 @@ AliFMDRawReader::NewSample(AliAltroRawStreamV3& input,
   map->Timebin2Strip(sec, t, fPreSamp, fSampleRate[ddl], stroff, samp);
   str             = strbase + stroff;
       
-  AliFMDDebug(20, ("0x%04x/0x%03x/%04d=%4d maps to strip %3d sample %d " 
+  AliDebug(20,Form("0x%04x/0x%03x/%04d=%4d maps to strip %3d sample %d " 
                   "(pre: %d, min: %d, max: %d, rate: %d)",
                  ddl, hwa, t, adc, str, samp, fPreSamp, 
                  fMinStrip, fMaxStrip, fSampleRate[ddl]));
   if (str < 0) { 
-    AliFMDDebug(10, ("Got presamples at timebin %d", i));
+    AliDebug(10,Form("Got presamples at timebin %d", i));
     return -1;
   }
          
   // VA1 Local strip number 
   Short_t lstrip = (t - fPreSamp) / fSampleRate[ddl] + fMinStrip;
       
-  AliFMDDebug(15, ("Checking if strip %d (%d) in range [%d,%d]", 
+  AliDebug(15,Form("Checking if strip %d (%d) in range [%d,%d]", 
                   lstrip, str, fMinStrip, fMaxStrip));
   if (lstrip < fMinStrip || lstrip > fMaxStrip) {
-    AliFMDDebug(10, ("Strip %03d-%d (%d,%d) from t=%d out of range (%3d->%3d)", 
+    AliDebug(10,Form("Strip %03d-%d (%d,%d) from t=%d out of range (%3d->%3d)", 
                    str, samp, lstrip, stroff, t, fMinStrip, fMaxStrip));
     adc = -1;
   }
@@ -341,13 +405,39 @@ AliFMDRawReader::NewSample(AliAltroRawStreamV3& input,
 }
 
 //____________________________________________________________________
-Bool_t
+Int_t
 AliFMDRawReader::NextSample(UShort_t& det, Char_t&   rng, UShort_t& sec, 
                            UShort_t& str, UShort_t& sam, UShort_t& rat, 
                            Short_t&  adc, Bool_t&   zs,  UShort_t& fac)
 {
   // Scan current event for next signal.   It returns kFALSE when
   // there's no more data in the event. 
+  // 
+  // Note, that this member function is in principle very fast, but
+  // contains less error checking.  In particular, channels that have
+  // bad bunches cannot be checked here.  Seeing a bad bunch will only
+  // skip the remainder of the channel and not reset the already read
+  // digits.   This is potentially dangerous. 
+  //
+  // Parameters: 
+  //    det         On return, contain the detector number 
+  //    rng         On return, contain the ring identifier 
+  //    sec         On return, contain the sector number 
+  //    str         On return, contain the strip number 
+  //    sam         On return, contain the sample number 
+  //    rat         On return, contain the sample rate 
+  //    adc         On return, contain the ADC counts 
+  //    zs          On return, contain the zero-supp. flag 
+  //    fac         On return, contain the zero-supp. noise factor 
+  // 
+  // Return values: 
+  //    0    No more data 
+  //    -1   Read sample belongs to a bad bunch 
+  //    >0   Good status - contains bit mask of values 
+  //       Bit 1    New DDL
+  //       Bit 2    New Channel
+  //       Bit 3    New Bunch
+  //       Bit 4    New Sample
   static AliAltroRawStreamV3 stream(fReader); //    = 0;
   static Int_t               ddl      = -1;
   static UShort_t            tdet     = 0;
@@ -356,7 +446,7 @@ AliFMDRawReader::NextSample(UShort_t& det, Char_t&   rng, UShort_t& sec,
   static Short_t             tstr     = 0;   
   static Short_t             bstr     = -1;
   static UShort_t            tsam     = 0;   
-  static UInt_t              trate    = 0;
+  // static UInt_t           trate    = 0;
   static Int_t               hwaddr   = -1;
   static UShort_t            start    = 0;
   static UShort_t            length   = 0;
@@ -364,11 +454,16 @@ AliFMDRawReader::NextSample(UShort_t& det, Char_t&   rng, UShort_t& sec,
   static Int_t               i        = 0; 
   // First entry!
   if (stream.GetDDLNumber() < 0) { 
+    fReader->Reset();
     fReader->Select("FMD");
+    stream.Reset();
+    stream.SelectRawData("FMD");
+    stream.SetCheckAltroPayload(false);
+    for (Int_t j = 0; j < kNDDL; j++) fNErrors[j] = 0;
 
     // Reset variables
     ddl    = -1;  
-    trate  = 0;   
+    // trate= 0;   
     tdet   = 0;   
     trng   = '\0';
     tsec   = 0;   
@@ -377,24 +472,64 @@ AliFMDRawReader::NextSample(UShort_t& det, Char_t&   rng, UShort_t& sec,
     hwaddr = -1;
   }
 
+  UShort_t ret = 0;
   do { 
+    AliDebug(15,Form("t=%4d, start=%4d, length=%4d", t, start, length));
     if (t < start - length + 1) { 
-      if (!stream.NextBunch()) { 
-       if (!stream.NextChannel()) { 
+      AliDebug(10,Form("Time t=%d < start-length+1=%d-%d+1 (%3d/0x%03x)", 
+                      t, start, length, ddl, hwaddr));
+      if (hwaddr > 0xFFF || 
+         hwaddr < 0 || 
+         !stream.NextBunch()) { 
+       if (AliDebugLevel() >= 10 && hwaddr > 0xFFF) {
+         AliDebug(10,"Last channel read was marked bad");
+       }
+       if (AliDebugLevel() >= 10 && hwaddr < 0) {
+         AliDebug(10,"No more channels");
+       }
+       AliDebug(10,"No next bunch, or first entry");
+       if (ddl < 0 || !stream.NextChannel()) { 
+         if (AliDebugLevel() >= 10 && ddl < 0) { 
+           AliDebug(10,"No DDL");
+         }
+         AliDebug(10,"No next channel, or first entry");
          if (!stream.NextDDL()) {
+           AliDebug(10,"No more DDLs");
            stream.Reset();
-           return kFALSE;
+           return 0;
          }
          ddl = NewDDL(stream, tdet);
+         AliDebug(5,Form("New DDL: %d (%d)", ddl, tdet));
+         ret |= 0x1;
+         continue;
        }
        hwaddr = NewChannel(stream, tdet, trng, tsec, bstr);
+       if (hwaddr > 0xFFF) fNErrors[ddl] += 1;
+       AliDebug(5,Form("New Channel: %3d/0x%03x", ddl, hwaddr));
+       start  = 1024;
+       ret |= 0x2;
+       continue;
       }
-      start  = stream.GetStartTimeBin();
-      length = stream.GetBunchLength();
+      if (!NewBunch(stream, start, length)) { 
+       // AliWarning(Form("Bad bunch in %3d/0x%03x read - "
+       //                 "should progress to next channel "
+       //                 "(t=%4d,start=%4d,length=%4d)", 
+       //                 ddl, hwaddr, t,start, length));
+       hwaddr = 0xFFFF; // Bad channel
+       return -1;
+      }
+      AliDebug(5, Form("New bunch in  %3d/0x%03x: start=0x%03x, length=%4d", 
+                      ddl, hwaddr, start, length));
+      ret |= 0x4;
       t      = start;
       i      = 0;
+      AliDebug(10,Form("Got new bunch FMD%d%c[%2d], bunch @ %d, length=%d", 
+                      tdet, trng, tsec, start, length));
     }
     Int_t tadc = NewSample(stream, i, t, tsec, bstr, tstr, tsam);
+    AliDebug(10,Form("New sample FMD%d%c[%2d,%3d]-%d = 0x%03x", 
+                tdet, trng, tsec, tstr, tsam, tadc));
+    ret |= 0x8;
     if (tadc >= 0) { 
       det = tdet;
       rng = trng;
@@ -407,39 +542,51 @@ AliFMDRawReader::NextSample(UShort_t& det, Char_t&   rng, UShort_t& sec,
       fac = fNoiseFactor[ddl];
       t--;
       i++;
+      AliDebug(10,Form("Returning FMD%d%c[%2d,%3d]-%d = 0x%03x (%d,%d,%d)",
+                  det, rng, sec, str, sam, adc, rat, zs, fac));
       break;
     }
+    t--;
+    i++;
   } while (true);
-
-  return kTRUE;
+  AliDebug(5,Form("Returning 0x%02x", ret));
+  return ret;
 }
 
 
 //____________________________________________________________________
-Bool_t
+Int_t
 AliFMDRawReader::NextSignal(UShort_t& det, Char_t&   rng, 
                            UShort_t& sec, UShort_t& str, 
                            Short_t&  adc, Bool_t&   zs, 
                            UShort_t& fac)
 {
-  
+  // 
+  // Get the next signal
+  // 
+  // Parameters:
+  //    det  On return, the detector
+  //    rng  On return, the ring
+  //    sec  On return, the sector
+  //    str  On return, the strip
+  //    adc  On return, the ADC value
+  //    zs   On return, whether zero-supp. is enabled
+  //    fac  On return, the usd noise factor
+  // 
+  // Return:
+  //    true if valid data is returned
+  //
+  Int_t ret = 0;
   do { 
     UShort_t samp, rate;
-    if (!NextSample(det, rng, sec, str, samp, rate, adc, zs, fac)) 
-      return kFALSE;
-
-    Bool_t take = kFALSE;
-    switch (rate) { 
-    case 1:                      take = kTRUE; break;
-    case 2:  if (samp == 1)      take = kTRUE; break;
-    case 3:  if (samp == 1)      take = kTRUE; break; 
-    case 4:  if (samp == 2)      take = kTRUE; break;
-    default: if (samp == rate-2) take = kTRUE; break;
-    }
+    if ((ret = NextSample(det, rng, sec, str, samp, rate, adc, zs, fac)) <= 0)
+      return ret;
+
+    Bool_t take = SelectSample(samp, rate);
     if (!take) continue;
     break;
   } while (true);
-  return kTRUE;
+  return ret;
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -465,7 +612,7 @@ AliFMDRawReader::ReadAdcs(TClonesArray* array)
 {
   // Read ADC values from raw input into passed TClonesArray of AliFMDDigit
   // objects. 
-  AliFMDDebug(2, ("Reading ADC values into a TClonesArray"));
+  AliDebug(3,Form("Reading ADC values into a TClonesArray"));
 
   // Read raw data into the digits array, using AliFMDAltroReader. 
   if (!array) {
@@ -474,9 +621,11 @@ AliFMDRawReader::ReadAdcs(TClonesArray* array)
   }
   const UShort_t kUShortMax = (1 << 16) - 1;
   fSeen.Reset(kUShortMax);
+  for (Int_t ddl = 0; ddl < kNDDL; ddl++) fNErrors[ddl] = 0;
 
   AliAltroRawStreamV3  input(fReader);
   input.Reset();
+  input.SetCheckAltroPayload(false);
   input.SelectRawData("FMD");
   
   // Loop over input RORCs
@@ -484,21 +633,31 @@ AliFMDRawReader::ReadAdcs(TClonesArray* array)
     UShort_t det = 0;
     Int_t    ddl = NewDDL(input, det);
     if (ddl < 0) break;
+    fNErrors[ddl] = 0;
 
     while (input.NextChannel()) { 
       // Get the hardware address, and map that to detector coordinates 
       Char_t   ring;
       UShort_t sec;
       Short_t  strbase;
-      Int_t    hwaddr = NewChannel(input, det, ring, sec, strbase);
+      Int_t    hwaddr   = NewChannel(input, det, ring, sec, strbase);
       if (hwaddr < 0) break;
+      if (hwaddr > 0xFFF) continue;  
 
+      UShort_t start    = 0x3FF;
+      Bool_t   errors   = false;
+      Int_t    first    = -1;
+      Int_t    last     = -1;
       // Loop over bunches 
       while (input.NextBunch()) { 
        // Get Lenght of bunch, and pointer to the data 
        const UShort_t* data   = input.GetSignals();
-       UShort_t        start  = input.GetStartTimeBin();
-       UShort_t        length = input.GetBunchLength();
+       UShort_t        length;
+       if (!NewBunch(input, start, length)) {
+         errors = true;
+         break;
+       }
+
       
        // Loop over the data and store it. 
        for (Int_t i = 0; i < length; i++) { 
@@ -510,28 +669,127 @@ AliFMDRawReader::ReadAdcs(TClonesArray* array)
          if (adc < 0) continue;
          UShort_t counts = adc;
       
-         AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%02d,%03d]-%d: %4d", 
-                          det, ring, sec, str, samp, counts));
+         AliDebug(10, Form("FMD%d%c[%02d,%03d]-%d: %4d", 
+                           det, ring, sec, str, samp, counts));
          // Check the cache of indicies
          Int_t idx = fSeen(det, ring, sec, str);
          AliFMDDigit* digit = 0;
          if (idx == kUShortMax) { 
            // We haven't seen this strip yet. 
            fSeen(det, ring, sec, str) = idx = array->GetEntriesFast();
-           AliFMDDebug(7,("making digit for FMD%d%c[%2d,%3d]-%d "
-                          "from timebin %4d", 
-                          det, ring, sec, str, samp, t));
+           AliDebug(7,Form("making digit @ %5d for FMD%d%c[%2d,%3d]-%d "
+                           "from %3d/0x%03x/%4d", 
+                           idx, det, ring, sec, str, samp, ddl, hwaddr, t));
            digit = new ((*array)[idx]) AliFMDDigit(det, ring, sec, str);
            digit->SetDefaultCounts(fSampleRate[ddl]);
          }
-         else 
+         else {
            digit = static_cast<AliFMDDigit*>(array->At(idx));
-         AliFMDDebug(10, ("Setting FMD%d%c[%2d,%3d]-%d "
-                          "from timebin %4d=%4d (%4d)", 
-                          det, ring, sec, str, samp, t, counts, data[i]));
+         }
+         if (first < 0) first = idx;
+         last = idx;
+         AliDebug(10, Form("Setting FMD%d%c[%2d,%3d]-%d from timebin "
+                           "%4d=%4d (%4d)", det, ring, sec, str, samp, t, 
+                           counts, data[i]));
          digit->SetCount(samp, counts);
        } // for (i)
       } // while (bunch)
+      if (errors) { 
+       AliWarning(Form("Channel %3d/0x%03x contain errors, "
+                       "resetting index %d to %d", ddl, hwaddr, first, last));
+       if (first >= 0) {
+         for (Int_t i = first; i <= last; i++) { 
+           AliFMDDigit* digit = static_cast<AliFMDDigit*>(array->At(i));
+           for (Int_t j = 0; j < fSampleRate[ddl]; j++) {
+             AliDebug(10,Form("Resetting strip %s=%d",
+                              digit->GetName(),digit->Counts()));
+             digit->SetCount(j, kBadSignal);
+           }
+         }
+       }
+      }
+      // if (errors && (AliDebugLevel() > 0)) input.HexDumpChannel();
+    } // while (channel)
+  } // while (ddl)
+  return kTRUE;
+}
+//____________________________________________________________________
+Bool_t
+AliFMDRawReader::ReadAdcs(AliFMDUShortMap& map) 
+{
+  // Read ADC values from raw input into passed TClonesArray of AliFMDDigit
+  // objects. 
+  AliDebug(3,Form("Reading ADC values into a map"));
+
+  // const UShort_t kUShortMax = (1 << 16) - 1;
+  for (Int_t ddl = 0; ddl < kNDDL; ddl++) fNErrors[ddl] = 0;
+
+  AliAltroRawStreamV3  input(fReader);
+  input.Reset();
+  input.SetCheckAltroPayload(false);
+  input.SelectRawData("FMD");
+  
+  // Loop over input RORCs
+  while (input.NextDDL()) { 
+    UShort_t det = 0;
+    Int_t    ddl = NewDDL(input, det);
+    if (ddl < 0) break;
+    fNErrors[ddl] = 0;
+
+    while (input.NextChannel()) { 
+      // Get the hardware address, and map that to detector coordinates 
+      Char_t   ring;
+      UShort_t sec;
+      Short_t  strbase;
+      Int_t    hwaddr   = NewChannel(input, det, ring, sec, strbase);
+      if (hwaddr < 0) break;
+      if (hwaddr > 0xFFF) continue;  
+
+      UShort_t start    = 0x3FF;
+      Bool_t   errors   = false;
+      Int_t    first    = -1;
+      Int_t    last     = -1;
+      // Loop over bunches 
+      while (input.NextBunch()) { 
+       // Get Lenght of bunch, and pointer to the data 
+       // const UShort_t* data   = input.GetSignals();
+       UShort_t        length;
+       if (!NewBunch(input, start, length)) {
+         errors = true;
+         break;
+       }
+
+      
+       // Loop over the data and store it. 
+       for (Int_t i = 0; i < length; i++) { 
+         // Time 
+         Short_t  str;
+         UShort_t samp;
+         Int_t    t    = start - i;
+         Int_t    adc  = NewSample(input, i, t, sec, strbase, str, samp);
+         if (adc < 0) continue;
+         UShort_t counts = adc;
+      
+         AliDebug(10, Form("FMD%d%c[%02d,%03d]-%d: %4d", 
+                           det, ring, sec, str, samp, counts));
+         if (SelectSample(samp, fSampleRate[ddl]))
+           map(det,ring,sec,str) = counts; 
+         if (first < 0) first = str;
+         last = str;
+       } // for (i)
+      } // while (bunch)
+      if (errors) { 
+       AliWarning(Form("Channel %3d/0x%03x contain errors, "
+                       "resetting strips %d to %d", ddl, hwaddr, first, last));
+       if (first >= 0) {
+         Int_t ds = first <= last ? 1 : -1;
+         for (Int_t i = first; i != last+ds; i += ds) { 
+           AliDebug(10, Form("Resetting strip FMD%d%c[%02d,%03d]=%d",
+                             det,ring,sec,i,map(det,ring,sec,i)));
+           map(det,ring,sec,i) = kBadSignal;
+         }
+       }
+      }
     } // while (channel)
   } // while (ddl)
   return kTRUE;
@@ -544,8 +802,19 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
                                     TArrayS &pulseLength, 
                                     Bool_t* detectors) 
 {
-
-  AliFMDDebug(0, ("Start of SOD/EOD"));
+  // 
+  // Read SOD event into passed objects.
+  // 
+  // Parameters:
+  //    samplerate   The sample rate object to fill
+  //    striprange   The strip range object to fill
+  //    pulseSize    The pulse size object to fill
+  //    pulseLength  The pulse length (in events) object to fill
+  // 
+  // Return:
+  //    @c true on success
+  //  
+  AliDebug(0,Form("Start of SOD/EOD"));
   
   UInt_t shift_clk[18];
   UInt_t sample_clk[18];
@@ -572,7 +841,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
     Int_t ddl   = streamer.GetDDLNumber();
     Int_t detID = fReader->GetDetectorID();
     if (detectors) detectors[map->DDL2Detector(ddl)-1] = kTRUE;
-    AliFMDDebug(0, (" From reader: DDL number is %d , det ID is %d",ddl,detID));
+    AliDebug(0,Form(" From reader: DDL number is %d , det ID is %d",ddl,detID));
     
     ULong_t  nPayloadWords = streamer.GetRCUPayloadSizeInSOD();
     UChar_t* payloadData   = streamer.GetRCUPayloadInSOD();
@@ -716,7 +985,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
       case 0x24: break; // FMD: L2 timeout
       case 0x25: // FMD: Shift clk 
        shift_clk[board] = ((data >> 8 ) & 0xFF); 
-       AliFMDDebug(30, ("Read shift_clk=%d for board 0x%02x", 
+       AliDebug(30,Form("Read shift_clk=%d for board 0x%02x", 
                         shift_clk[board], board));
        break; 
       case 0x26: // FMD: Strips 
@@ -731,7 +1000,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
       case 0x2A: break; // FMD: Preamp ref
       case 0x2B: // FMD: Sample clk 
        sample_clk[board] = ((data >> 8 ) & 0xFF); 
-       AliFMDDebug(30, ("Read sample_clk=%d for board 0x%02x", 
+       AliDebug(30,Form("Read sample_clk=%d for board 0x%02x", 
                         sample_clk[board], board));
        break; 
       case 0x2C: break; // FMD: Commands
@@ -741,7 +1010,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
       default: break;
        
       }
-      AliFMDDebug(50, ("instruction 0x%x, dataword 0x%x",
+      AliDebug(50,Form("instruction 0x%x, dataword 0x%x",
                       instruction,dataWord));
     } // End of loop over Result memory event
     
@@ -790,7 +1059,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
            strip_high[boards[i]] = strip_high[boards[idx]];
            pulse_length[boards[i]] = pulse_length[boards[idx]];
            pulse_size[boards[i]] = pulse_size[boards[idx]];
-           AliFMDDebug(3, ("Vote taken for ddl %d, board 0x%x",
+           AliDebug(3,Form("Vote taken for ddl %d, board 0x%x",
                            ddl,boards[i]));
          }
        }
@@ -799,13 +1068,13 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
       
       if(sample_clk[boards[i]])
        samplerate = shift_clk[boards[i]]/sample_clk[boards[i]];
-      AliFMDDebug(10, ("Sample rate for board 0x%02x is %d", 
+      AliDebug(10,Form("Sample rate for board 0x%02x is %d", 
                      boards[i], samplerate));
       sampleRate->Set(det,ring,sector,0,samplerate);
       stripRange->Set(det,ring,sector,0,
                      strip_low[boards[i]],strip_high[boards[i]]);
       
-      AliFMDDebug(20, ("det %d, ring %c, ",det,ring));
+      AliDebug(20,Form("det %d, ring %c, ",det,ring));
       pulseLength.AddAt(pulse_length[boards[i]],
                        GetHalfringIndex(det,ring,boards[i]/16));
       pulseSize.AddAt(pulse_size[boards[i]],
@@ -813,7 +1082,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
       
       
       
-      AliFMDDebug(20, (": Board: 0x%02x\n"
+      AliDebug(20,Form(": Board: 0x%02x\n"
                       "\tstrip_low  %3d, strip_high   %3d\n"
                       "\tshift_clk  %3d, sample_clk   %3d\n"
                       "\tpulse_size %3d, pulse_length %3d",
@@ -828,7 +1097,7 @@ Bool_t AliFMDRawReader::ReadSODevent(AliFMDCalibSampleRate* sampleRate,
   AliFMDParameters::Instance()->SetSampleRate(sampleRate);
   AliFMDParameters::Instance()->SetStripRange(stripRange);
   
-  AliFMDDebug(0, ("End of SOD/EOD"));
+  AliDebug(0,Form("End of SOD/EOD"));
   
   return kTRUE;
 }
@@ -864,8 +1133,19 @@ UInt_t AliFMDRawReader::Get32bitWord(Int_t idx)
 }
 //_____________________________________________________________________ 
 Int_t AliFMDRawReader::GetHalfringIndex(UShort_t det, Char_t ring, 
-                                       UShort_t board) {
-
+                                       UShort_t board) const
+{
+  // 
+  // Get short index for a given half-ring
+  // 
+  // Parameters:
+  //    det   Detector number
+  //    ring  Ring identifer
+  //    board Board number
+  // 
+  // Return:
+  //    
+  //
   UShort_t iring  =  (ring == 'I' ? 1 : 0);
   
   Int_t index = (((det-1) << 2) | (iring << 1) | (board << 0));