]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDReconstructor.cxx
Whoops - stupid mistake - sorry
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDReconstructor.cxx
index acf44e3f102004b15ce631615a2dda39ac6af5f9..846a59a69b16f3b5bc65edb580f87fc46b3147c8 100644 (file)
@@ -1,3 +1,16 @@
+//____________________________________________________________________
+//
+// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
+// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
+// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
+// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
+// method. 
+//
+//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
+//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+//
+//
+//____________________________________________________________________
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 /* $Id$ */
-/** @file    AliFMDReconstructor.cxx
-    @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
-    @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
-    @brief   FMD reconstruction 
+/** 
+ * @file    AliFMDReconstructor.cxx
+ * @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+ * @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
+ * @brief   FMD reconstruction 
 */
-//____________________________________________________________________
-//
-// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
-// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
-// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
-// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
-// method. 
-//
-//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
-//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
-//
-//
-//____________________________________________________________________
 
 // #include <AliLog.h>                        // ALILOG_H
 // #include <AliRun.h>                        // ALIRUN_H
 #include "AliFMDDebug.h"
 #include "AliFMDGeometry.h"                // ALIFMDGEOMETRY_H
 #include "AliFMDParameters.h"              // ALIFMDPARAMETERS_H
+#include "AliFMDAltroMapping.h"            // ALIFMDALTROMAPPING_H
 #include "AliFMDDigit.h"                   // ALIFMDDIGIT_H
+#include "AliFMDSDigit.h"                  // ALIFMDDIGIT_H
 #include "AliFMDReconstructor.h"           // ALIFMDRECONSTRUCTOR_H
+#include "AliFMDRecoParam.h"               // ALIFMDRECOPARAM_H
 #include "AliFMDRawReader.h"               // ALIFMDRAWREADER_H
 #include "AliFMDRecPoint.h"               // ALIFMDMULTNAIIVE_H
 #include "AliESDEvent.h"                  // ALIESDEVENT_H
 #include "AliESDVertex.h"                 // ALIESDVERTEX_H
+#include "AliESDTZERO.h"                  // ALIESDVERTEX_H
 #include <AliESDFMD.h>                    // ALIESDFMD_H
 #include <TMath.h>
 #include <TH1.h>
 #include <TH2.h>
 #include <TFile.h>
+#include <climits>
+#include "AliFMDESDRevertexer.h"
+
+
 class AliRawReader;
 
 //____________________________________________________________________
@@ -73,58 +82,18 @@ AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor()
     fDiagStep2(0),
     fDiagStep3(0),
     fDiagStep4(0),
-    fDiagAll(0)
+    fDiagAll(0),
+    fBad(0), 
+    fZombie(false)
 {
   // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.  
   SetNoiseFactor();
   SetAngleCorrect();
-}
-  
-
-//____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other) 
-  : AliReconstructor(), 
-    fMult(other.fMult),
-    fNMult(other.fNMult),
-    fTreeR(other.fTreeR),
-    fCurrentVertex(other.fCurrentVertex),
-    fESDObj(other.fESDObj),
-    fNoiseFactor(other.fNoiseFactor),
-    fAngleCorrect(other.fAngleCorrect),
-    fVertexType(other.fVertexType),
-    fESD(other.fESD),
-    fDiagnostics(other.fDiagnostics),
-    fDiagStep1(other.fDiagStep1), 
-    fDiagStep2(other.fDiagStep2),
-    fDiagStep3(other.fDiagStep3),
-    fDiagStep4(other.fDiagStep4),
-    fDiagAll(other.fDiagAll) 
-{
-  // Copy constructor 
-}
-  
-
-//____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor&
-AliFMDReconstructor::operator=(const AliFMDReconstructor& other) 
-{
-  // Assignment operator
-  fMult          = other.fMult;
-  fNMult         = other.fNMult;
-  fTreeR         = other.fTreeR;
-  fCurrentVertex = other.fCurrentVertex;
-  fESDObj        = other.fESDObj;
-  fNoiseFactor   = other.fNoiseFactor;
-  fAngleCorrect  = other.fAngleCorrect;
-  fVertexType    = other.fVertexType;
-  fESD           = other.fESD;
-  fDiagnostics   = other.fDiagnostics;
-  fDiagStep1     = other.fDiagStep1;
-  fDiagStep2     = other.fDiagStep2;
-  fDiagStep3     = other.fDiagStep3;
-  fDiagStep4     = other.fDiagStep4;
-  fDiagAll       = other.fDiagAll;
-  return *this;
+  if (AliDebugLevel() > 0) fDiagnostics = kTRUE;
+  for(Int_t det = 1; det<=3; det++) {
+    fZS[det-1]       = kFALSE;
+    fZSFactor[det-1] = 0;
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -149,43 +118,59 @@ AliFMDReconstructor::Init()
 
   // Initialize the parameters
   AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
-  param->Init();
+  if (param->Init() != 0) {
+    AliError("Failed to initialize parameters, making zombie");
+    fZombie = true;
+  }
+  else 
+    fZombie = false;
   
   // Current vertex position
   fCurrentVertex = 0;
   // Create array of reconstructed strip multiplicities 
-  fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
+  // fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
   // Create ESD output object 
   fESDObj = new AliESDFMD;
   
   // Check if we need diagnostics histograms 
   if (!fDiagnostics) return;
-  fDiagStep1   = new TH2I("diagStep1", "Read ADC vs. Noise surpressed ADC",
-                       1024, -.5, 1023.5, 1024, -.5, 1023.5);
-  fDiagStep1->SetDirectory(0);
-  fDiagStep1->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
-  fDiagStep1->GetYaxis()->SetTitle(Form("ADC (noise surpressed %4.f)", 
-                                       fNoiseFactor));
-  fDiagStep2  = new TH2F("diagStep2",  "ADC vs Edep deduced",
-                       1024, -.5, 1023.5, 100, 0, 2);
-  fDiagStep2->SetDirectory(0);
-  fDiagStep2->GetXaxis()->SetTitle("ADC (noise surpressed)");
-  fDiagStep2->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
-  fDiagStep3  = new TH2F("diagStep3",  "Edep vs Edep path corrected",
-                       100, 0., 2., 100, 0., 2.);
-  fDiagStep3->SetDirectory(0);
-  fDiagStep3->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
-  fDiagStep3->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
-  fDiagStep4  = new TH2F("diagStep4",  "Edep vs Multiplicity deduced", 
-                       100, 0., 2., 100, -.1, 19.9);
-  fDiagStep4->SetDirectory(0);
-  fDiagStep4->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
-  fDiagStep4->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
-  fDiagAll    = new TH2F("diagAll",    "Read ADC vs Multiplicity deduced", 
-                        1024, -.5, 1023.5, 100, -.1, 19.9);
-  fDiagAll->SetDirectory(0);
-  fDiagAll->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
-  fDiagAll->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+  AliInfo("Making diagnostics histograms");
+  if (!fDiagStep1) {
+    fDiagStep1   = new TH2I("diagStep1", "Read ADC vs. Noise surpressed ADC",
+                           1024, -.5, 1023.5, 1024, -.5, 1023.5);
+    fDiagStep1->SetDirectory(0);
+    fDiagStep1->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+    fDiagStep1->GetYaxis()->SetTitle(Form("ADC (noise surpressed %4.f)", 
+                                         fNoiseFactor));
+  }
+  if (!fDiagStep2) {
+    fDiagStep2  = new TH2F("diagStep2",  "ADC vs Edep deduced",
+                          1024, -.5, 1023.5, 100, 0, 2);
+    fDiagStep2->SetDirectory(0);
+    fDiagStep2->GetXaxis()->SetTitle("ADC (noise surpressed)");
+    fDiagStep2->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+  }
+  if (!fDiagStep3) {
+    fDiagStep3  = new TH2F("diagStep3",  "Edep vs Edep path corrected",
+                          100, 0., 2., 100, 0., 2.);
+    fDiagStep3->SetDirectory(0);
+    fDiagStep3->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+    fDiagStep3->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+  }
+  if (!fDiagStep4) {
+    fDiagStep4  = new TH2F("diagStep4",  "Edep vs Multiplicity deduced", 
+                          100, 0., 2., 100, -.1, 19.9);
+    fDiagStep4->SetDirectory(0);
+    fDiagStep4->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+    fDiagStep4->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+    fDiagAll    = new TH2F("diagAll",    "Read ADC vs Multiplicity deduced", 
+                          1024, -.5, 1023.5, 100, -.1, 19.9);
+  }
+  if (!fDiagAll) {
+    fDiagAll->SetDirectory(0);
+    fDiagAll->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+    fDiagAll->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -194,52 +179,238 @@ AliFMDReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* reader,
                                   TTree* digitsTree) const
 {
   // Convert Raw digits to AliFMDDigit's in a tree 
-  AliFMDDebug(2, ("Reading raw data into digits tree"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDDebug(1, ("Reading raw data into digits tree"));
+  if (!digitsTree) { 
+    AliError("No digits tree passed");
+    return;
+  }
+  static TClonesArray* array = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  digitsTree->Branch("FMD", &array);
+  array->Clear();
+  
   AliFMDRawReader rawRead(reader, digitsTree);
   // rawRead.SetSampleRate(fFMD->GetSampleRate());
-  rawRead.Exec();
+  // rawRead.Exec();
+  rawRead.ReadAdcs(array);
+
+  Int_t nWrite = digitsTree->Fill();
+  AliFMDDebug(1, ("Got a grand total of %d digits, wrote %d bytes to tree", 
+                  array->GetEntriesFast(), nWrite));
+
+  
+  AliFMDAltroMapping* map = AliFMDParameters::Instance()->GetAltroMap();
+  for (size_t i = 1; i <= 3; i++) { 
+    fZS[i-1]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
+    fZSFactor[i-1] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::GetVertex() const
+AliFMDReconstructor::GetVertex(AliESDEvent* esd) const
 {
   // Return the vertex to use. 
   // This is obtained from the ESD object. 
   // If not found, a warning is issued.
   fVertexType    = kNoVertex;
   fCurrentVertex = 0;
-  if (fESD) {
-    const AliESDVertex* vertex = fESD->GetVertex();
-    if (vertex) {
-      AliFMDDebug(2, ("Got vertex from ESD: %f", vertex->GetZv()));
-      fCurrentVertex = vertex->GetZv();
-      fVertexType    = kESDVertex;
-      return;
-    }
+  if (!esd) return;
+  
+  const AliESDVertex* vertex = esd->GetPrimaryVertex();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetPrimaryVertexTPC();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetVertex();
+
+  if (vertex) {
+    AliFMDDebug(2, ("Got %s (%s) from ESD: %f", 
+                   vertex->GetName(), vertex->GetTitle(), vertex->GetZv()));
+    fCurrentVertex = vertex->GetZv();
+    fVertexType    = kESDVertex;
+    return;
+  }
+  else if (esd->GetESDTZERO()) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Got primary vertex from T0: %f", esd->GetT0zVertex()));
+    fCurrentVertex = esd->GetT0zVertex();
+    fVertexType    = kESDVertex;
+    return;
   }
   AliWarning("Didn't get any vertex from ESD or generator");
 }
   
+//____________________________________________________________________
+Int_t
+AliFMDReconstructor::GetIdentifier() const
+{
+  // Get the detector identifier. 
+  // Note the actual value is cached so that we do not 
+  // need to do many expensive string comparisons. 
+  static Int_t idx = AliReconstruction::GetDetIndex(GetDetectorName());
+  return idx;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+const AliFMDRecoParam*
+AliFMDReconstructor::GetParameters() const
+{
+  // Get the reconstruction parameters. 
+  // 
+  // Return: 
+  //   Pointer to reconstruction parameters or null if not found or wrong type
+  Int_t iDet = GetIdentifier(); // Was 12 - but changed on Cvetans request
+  const AliDetectorRecoParam* params = AliReconstructor::GetRecoParam(iDet);
+  if (!params || params->IsA() != AliFMDRecoParam::Class()) return 0;
+  return static_cast<const AliFMDRecoParam*>(params);
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::UseRecoParam(Bool_t set) const
+{
+  // 
+  // Set-up reconstructor to use values from reconstruction
+  // parameters, if present, for this event.   If the argument @a set
+  // is @c false, then restore preset values. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    set 
+  //  
+  static Float_t savedNoiseFactor  = fNoiseFactor;
+  static Bool_t  savedAngleCorrect = fAngleCorrect;
+  if (set) { 
+    const AliFMDRecoParam* params  = GetParameters();
+    if (params) { 
+      fNoiseFactor  = params->NoiseFactor();
+      fAngleCorrect = params->AngleCorrect();
+    }
+    return;
+  }
+  fNoiseFactor  = savedNoiseFactor;
+  fAngleCorrect = savedAngleCorrect;
+}
+  
+  
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::MarkDeadChannels(AliESDFMD* esd) const
+{
+  // Loop over all entries of the ESD and mark 
+  // those that are dead as such 
+  // - otherwise put in the zero signal. 
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+
+  for (UShort_t d = 1; d <= 3; d++) { 
+    UShort_t nR = (d == 1 ? 1 : 2);
+
+    for (UShort_t q = 0; q < nR; q++) {
+      Char_t   r  = (q == 0 ? 'I' : 'O');
+      UShort_t nS = (q == 0 ?  20 :  40);
+      UShort_t nT = (q == 0 ? 512 : 256);
+
+      for (UShort_t s = 0; s < nS; s++) { 
+       for (UShort_t t = 0; t < nT; t++) {
+         if (fBad(d, r, s, t)) { 
+           AliDebug(5, Form("Marking FMD%d%c[%2d,%3d] as bad", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidMult);
+         }         
+         if (param->IsDead(d, r, s, t)) { 
+           AliDebug(5, Form("Marking FMD%d%c[%2d,%3d] as dead", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidMult);
+           // esd->SetEta(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidEta);
+         }
+         else if (esd->Multiplicity(d, r, s, t) == AliESDFMD::kInvalidMult) {
+           AliDebug(10, Form("Setting null signal in FMD%d%c[%2d,%3d]", 
+                             d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, 0);
+         }
+       }
+      }
+    }
+  }
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliFMDRawReader& rawReader) const
+{
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from FMD raw reader"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  fBad.Reset(false);
+  UShort_t det, sec, str, fac;
+  Short_t  adc, oldDet = -1;
+  Bool_t   zs;
+  Char_t   rng;
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  while (rawReader.NextSignal(det, rng, sec, str, adc, zs, fac)) { 
+    if (det != oldDet) { 
+      fZS[det-1]       = zs;
+      fZSFactor[det-1] = fac;
+      oldDet           = det;
+    }
+    ProcessSignal(det, rng, sec, str, adc);
+  }
+  UseRecoParam(kFALSE);
+
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* reader, TTree*) const
+{
+  // Reconstruct directly from raw data (no intermediate output on
+  // digit tree or rec point tree).  
+  // 
+  // Parameters: 
+  //   reader  Raw event reader 
+  //   ctree    Not used - 'cluster tree' to store rec-points in. 
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from raw reader"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDRawReader rawReader(reader, 0);
+  Reconstruct(rawReader);
+}
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* /*reader*/, TTree*) const
+AliFMDReconstructor::Digitize(AliRawReader* reader, TClonesArray* sdigits) const
 {
   // Reconstruct directly from raw data (no intermediate output on
   // digit tree or rec point tree).  
+  // 
   // Parameters: 
   //   reader  Raw event reader 
   //   ctree    Not used. 
-  AliError("Method is not used");
-#if 0
-  TClonesArray*   array = new TClonesArray("AliFMDDigit");
-  AliFMDRawReader rawRead(reader, 0);
-  rawRead.ReadAdcs(array);
-  ProcessDigits(array);
-  array->Delete();
-  delete array;
-#endif
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDRawReader rawReader(reader, 0);
+
+  UShort_t det, sec, str, sam, rat, fac;
+  Short_t  adc, oldDet = -1;
+  Bool_t   zs;
+  Char_t   rng;
+    
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  while (rawReader.NextSample(det, rng, sec, str, sam, rat, adc, zs, fac)) { 
+    if (!rawReader.SelectSample(sam, rat)) continue;
+    if (det != oldDet) { 
+      fZS[det-1]       = zs;
+      fZSFactor[det-1] = fac;
+      oldDet           = det;
+    }
+    DigitizeSignal(sdigits, det, rng, sec, str, sam, adc);
+  }
+  UseRecoParam(kFALSE);
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -251,17 +422,31 @@ AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree,
   // Get the FMD branch holding the digits. 
   // FIXME: The vertex may not be known yet, so we may have to move
   // some of this to FillESD. 
-  AliFMDDebug(2, ("Reconstructing from digits in a tree"));
-  GetVertex();
+  // 
+  // Parameters: 
+  //   digitsTree      Pointer to a tree containing digits 
+  //   clusterTree     Pointer to output tree 
+  // 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  if (!fMult) fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint");
+
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from digits in a tree"));
+  GetVertex(fESD);
+
+
 
-  TBranch *digitBranch = digitsTree->GetBranch("FMD");
+  static TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  TBranch*      digitBranch   = digitsTree->GetBranch("FMD");
   if (!digitBranch) {
     Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
     return;
   }
-  TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
   digitBranch->SetAddress(&digits);
 
+  if (digits)  digits->Clear();
   if (fMult)   fMult->Clear();
   if (fESDObj) fESDObj->Clear();
   
@@ -273,15 +458,43 @@ AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree,
   digitBranch->GetEntry(0);
   
   AliFMDDebug(5, ("Processing digits"));
+  UseRecoParam(kTRUE);
   ProcessDigits(digits);
+  UseRecoParam(kFALSE);
 
   Int_t written = clusterTree->Fill();
   AliFMDDebug(10, ("Filled %d bytes into cluster tree", written));
-  digits->Delete();
-  delete digits;
+  // digits->Delete();
+  // delete digits;
 }
  
 
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits, 
+                                  const AliFMDRawReader& rawRead) const
+{
+  // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
+  // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
+  // used. 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    digits Array of digits
+  // 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDAltroMapping* map = AliFMDParameters::Instance()->GetAltroMap();
+  for (size_t i = 1; i <= 3; i++) { 
+    fZS[i-1]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
+    fZSFactor[i-1] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
+  }
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  ProcessDigits(digits);
+  UseRecoParam(kFALSE);
+}
+
 //____________________________________________________________________
 void
 AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
@@ -289,107 +502,271 @@ AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
   // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
   // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
   // used. 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    digits Array of digits
+  // 
   Int_t nDigits = digits->GetEntries();
-  AliFMDDebug(1, ("Got %d digits", nDigits));
+  AliFMDDebug(2, ("Got %d digits", nDigits));
   fESDObj->SetNoiseFactor(fNoiseFactor);
   fESDObj->SetAngleCorrected(fAngleCorrect);
+  fBad.Reset(false);
   for (Int_t i = 0; i < nDigits; i++) {
     AliFMDDigit* digit = static_cast<AliFMDDigit*>(digits->At(i));
-    AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
-    // Check that the strip is not marked as dead 
-    if (param->IsDead(digit->Detector(), digit->Ring(), 
-                     digit->Sector(), digit->Strip())) {
-      AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", digit->Detector(), 
-                       digit->Ring(), digit->Sector(), digit->Strip()));
-      continue;
-    }
+    if (!digit) continue;
+    ProcessDigit(digit);
+  }
+}
 
-    // digit->Print();
-    // Get eta and phi 
-    Float_t eta, phi;
-    PhysicalCoordinates(digit, eta, phi);
-    
-    // Substract pedestal. 
-    UShort_t counts   = SubtractPedestal(digit);
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessDigit(AliFMDDigit* digit) const
+{
+  // 
+  // Process a single digit 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    digit Digiti to process
+  // 
+  UShort_t det = digit->Detector();
+  Char_t   rng = digit->Ring();
+  UShort_t sec = digit->Sector();
+  UShort_t str = digit->Strip();
+  Short_t  adc = digit->Counts();
+  ProcessSignal(det, rng, sec, str, adc);
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessSignal(UShort_t det, 
+                                  Char_t   rng, 
+                                  UShort_t sec, 
+                                  UShort_t str, 
+                                  Short_t  adc) const
+{
+  // Process the signal from a single strip 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     ADC counts
+  // 
+  if (adc >= AliFMDRawReader::kBadSignal) { 
+    AliFMDDebug(1, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is marked bad", det, rng, sec, str));
+    fBad(det,rng,sec,str) = true;
+    return;
+  }
+
+  // Check that the strip is not marked as dead 
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  if (param->IsDead(det, rng, sec, str)) {
+    AliFMDDebug(1, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
+    fBad(det,rng,sec,str) = true;
+    return;
+  }
+  
+  // digit->Print();
+  // Get eta and phi 
+  Float_t eta, phi;
+  PhysicalCoordinates(det, rng, sec, str, eta, phi);
     
+  // Substract pedestal. 
+  UShort_t counts   = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc);
+  if(counts == USHRT_MAX) return;
+  
     // Gain match digits. 
-    Double_t edep     = Adc2Energy(digit, eta, counts);
-    
-    // Make rough multiplicity 
-    Double_t mult     = Energy2Multiplicity(digit, edep);
-    
-    AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
-                     "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f", 
-                     digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(),
-                     digit->Strip(), digit->Counts(), counts, edep, mult));
-    
-    // Create a `RecPoint' on the output branch. 
-    if (fMult) {
-      AliFMDRecPoint* m = 
-       new ((*fMult)[fNMult]) AliFMDRecPoint(digit->Detector(), 
-                                             digit->Ring(), 
-                                             digit->Sector(),
-                                             digit->Strip(),
-                                             eta, phi, 
-                                             edep, mult);
-      (void)m; // Suppress warnings about unused variables. 
-      fNMult++;
-    }
-    
-    fESDObj->SetMultiplicity(digit->Detector(), digit->Ring(), 
-                            digit->Sector(),  digit->Strip(), mult);
-    fESDObj->SetEta(digit->Detector(), digit->Ring(), 
-                   digit->Sector(),  digit->Strip(), eta);
+  Double_t edep     = Adc2Energy(det, rng, sec, str, eta, counts);
+  // Get rid of nonsense energy
+  if(edep < 0)  return;
+  
+  // Make rough multiplicity 
+  Double_t mult     = Energy2Multiplicity(det, rng, sec, str, edep);
+  // Get rid of nonsense mult
+  //if (mult > 20) { 
+  //  AliWarning(Form("The mutliplicity in FMD%d%c[%2d,%3d]=%f > 20 "
+  //               "(ADC: %d, Energy: %f)", det, rng, sec, str, mult, 
+  //               counts, edep));
+  // }
+  if (mult < 0)  return; 
+  AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
+                   "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f",
+                 det, rng, sec, str, adc, counts, edep, mult));
+  
+  // Create a `RecPoint' on the output branch. 
+  if (fMult) {
+    AliFMDRecPoint* m = 
+      new ((*fMult)[fNMult]) AliFMDRecPoint(det, rng, sec, str, 
+                                           eta, phi, edep, mult);
+    (void)m; // Suppress warnings about unused variables. 
+    fNMult++;
+  }
+  
+  fESDObj->SetMultiplicity(det, rng, sec, str, mult);
+  fESDObj->SetEta(det, rng, sec, str, eta);
+  
+  if (fDiagAll) fDiagAll->Fill(adc, mult);  
+
+}
 
-    if (fDiagAll) fDiagAll->Fill(digit->Counts(), mult);  
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::DigitizeSignal(TClonesArray* sdigits, 
+                                   UShort_t det, 
+                                   Char_t   rng, 
+                                   UShort_t sec, 
+                                   UShort_t str, 
+                                   UShort_t /* sam */,
+                                   Short_t  adc) const
+{
+  // Process the signal from a single strip 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     ADC counts
+  // 
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  // Check that the strip is not marked as dead 
+  if (param->IsDead(det, rng, sec, str)) {
+    AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
+    return;
   }
+  
+  // Substract pedestal. 
+  UShort_t counts   = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc);
+  if(counts == USHRT_MAX || counts == 0) return;
+  
+    // Gain match digits. 
+  Double_t edep     = Adc2Energy(det, rng, sec, str, counts);
+  // Get rid of nonsense energy
+  if(edep < 0)  return;
+
+  Int_t n = sdigits->GetEntriesFast();
+  // AliFMDSDigit* sdigit = 
+  new ((*sdigits)[n]) 
+    AliFMDSDigit(det, rng, sec, str, edep, counts, counts, counts, counts);
+  // sdigit->SetCount(sam, counts);
 }
 
 //____________________________________________________________________
 UShort_t
-AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(AliFMDDigit* digit) const
+AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det, 
+                                     Char_t   rng, 
+                                     UShort_t sec, 
+                                     UShort_t str, 
+                                     UShort_t adc, 
+                                     Float_t  noiseFactor,
+                                     Bool_t   zsEnabled, 
+                                     UShort_t zsNoiseFactor) const
 {
-  // Member function to subtract the pedestal from a digit
-  // This implementation does nothing, but a derived class could over
-  // load this to subtract a pedestal that was given in a database or
-  // something like that. 
-
-  Int_t             counts = 0;
-  Int_t             adc    = 0;
+  // 
+  // Subtract the pedestal off the ADC counts. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    det           Detector number
+  //    rng           Ring identifier
+  //    sec           Sector number
+  //    str           Strip number
+  //    adc           ADC counts
+  //    noiseFactor   If pedestal substracted pedestal is less then
+  //        this times the noise, then consider this to be 0. 
+  //    zsEnabled     Whether zero-suppression is on.
+  //    zsNoiseFactor Noise factor used in on-line pedestal
+  //        subtraction. 
+  // 
+  // Return:
+  //    The pedestal subtracted ADC counts (possibly 0), or @c
+  //         USHRT_MAX in case of problems.
+  //  
   AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
-  Float_t           ped    = param->GetPedestal(digit->Detector(), 
-                                               digit->Ring(), 
-                                               digit->Sector(), 
-                                               digit->Strip());
-  Float_t           noise  = param->GetPedestalWidth(digit->Detector(), 
-                                                    digit->Ring(), 
-                                                    digit->Sector(), 
-                                                    digit->Strip());
-  AliFMDDebug(15, ("Subtracting pedestal %f from signal %d", 
-                  ped, digit->Counts()));
-  if (digit->Count3() > 0)      adc = digit->Count3();
-  else if (digit->Count2() > 0) adc = digit->Count2();
-  else                          adc = digit->Count1();
-  counts = TMath::Max(Int_t(adc - ped), 0);
-  if (counts < noise * fNoiseFactor) counts = 0;
-  if (counts > 0) AliFMDDebug(15, ("Got a hit strip"));
+  Float_t           ped    = (zsEnabled ? 0 : 
+                               param->GetPedestal(det, rng, sec, str));
+  Float_t           noise  = param->GetPedestalWidth(det, rng, sec, str);
+  if(ped < 0 || noise < 0) { 
+    AliWarningClass(Form("Invalid pedestal (%f) or noise (%f) "
+                        "for FMD%d%c[%02d,%03d]", 
+                   ped, noise, det, rng, sec, str));
+    return USHRT_MAX;
+  }
+  AliDebugClass(15, Form("Subtracting pedestal for FMD%d%c[%2d,%3d]=%4d "
+                        "(%s w/factor %d, noise factor %f, "
+                        "pedestal %8.2f+/-%8.2f)",
+                        det, rng, sec, str, adc, 
+                        (zsEnabled ? "zs'ed" : "straight"), 
+                        zsNoiseFactor, noiseFactor, ped, noise));
+
+  Int_t counts = adc + Int_t(zsEnabled ? zsNoiseFactor * noise : - ped);
+  counts =  TMath::Max(Int_t(counts), 0);
+  // Calculate the noise factor for suppressing remenants of the noise
+  // peak.  If we have done on-line zero suppression, we only check
+  // for noise signals that are larger than the suppressed noise.  If
+  // the noise factor used on line is larger than the factor used
+  // here, we do not do this check at all.  
+  // 
+  // For example:
+  //    Online factor  |  Read factor |  Result 
+  //    ---------------+--------------+-------------------------------
+  //           2       |      3       | Check if signal > 1 * noise
+  //           3       |      3       | Check if signal > 0
+  //           3       |      2       | Check if signal > 0
+  //
+  // In this way, we make sure that we do not suppress away too much
+  // data, and that the read-factor is the most stringent cut. 
+  Float_t nf = TMath::Max(0.F, noiseFactor - (zsEnabled ? zsNoiseFactor : 0));
+  if (counts < noise * nf) counts = 0;
+  if (counts > 0) AliDebugClass(15, "Got a hit strip");
+
+  UShort_t ret = counts < 0 ? 0 : counts;
+  return ret;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+UShort_t
+AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det, 
+                                     Char_t   rng, 
+                                     UShort_t sec, 
+                                     UShort_t str, 
+                                     Short_t  adc) const
+{
+  // Member function to subtract the pedestal from a digit
+  //
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     # of ADC counts
+  // Return:
+  //    Pedestal subtracted signal or USHRT_MAX in case of problems 
+  //
+  UShort_t counts = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc, 
+                                    fNoiseFactor, fZS[det-1], 
+                                    fZSFactor[det-1]);
   if (fDiagStep1) fDiagStep1->Fill(adc, counts);
   
-  return  UShort_t(counts);
+  return counts;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 Float_t
-AliFMDReconstructor::Adc2Energy(AliFMDDigit* digit, 
-                               Float_t      eta, 
-                               UShort_t     count) const
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(UShort_t det, 
+                               Char_t   rng, 
+                               UShort_t sec, 
+                               UShort_t str, 
+                               UShort_t count) const
 {
   // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
   // Note, that this member function can be overloaded by derived
   // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
   // to find the proper gain for a strip. 
   // 
-  // In this simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // In the first simple version, we calculate the energy deposited as 
   // 
   //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
   // 
@@ -400,16 +777,89 @@ AliFMDReconstructor::Adc2Energy(AliFMDDigit* digit,
   //           ADC_channel_size    
   // 
   // is constant and the same for all strips.
+  //
+  // For the production we use the conversion measured in the NBI lab.
+  // The total conversion is then:
+  // 
+  //    gain = ADC / DAC
+  // 
+  //                  EdepMip * count
+  //      => energy = ----------------
+  //                  gain * DACPerADC
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    counts  Number of ADC counts over pedestal
+  // Return 
+  //    The energy deposited in a single strip, or -1 in case of problems
+  //
   if (count <= 0) return 0;
   AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
-  Float_t           gain  = param->GetPulseGain(digit->Detector(), 
-                                               digit->Ring(), 
-                                               digit->Sector(), 
-                                               digit->Strip());
-  AliFMDDebug(15, ("Converting counts %d to energy via factor %f", 
-                   count, gain));
-
-  Double_t edep  = count * gain;
+  Float_t           gain  = param->GetPulseGain(det, rng, sec, str);
+  // 'Tagging' bad gains as bad energy
+  if (gain < 0) { 
+    AliWarning(Form("Invalid gain (%f) for FMD%d%c[%02d,%03d]", 
+                   gain, det, rng, sec, str));
+    return -1;
+  }
+  AliFMDDebug(5, ("Converting counts %d to energy (factor=%f, DAC2MIP=%f)", 
+                 count, gain,param->GetDACPerMIP()));
+
+  Double_t edep  = ((count * param->GetEdepMip()) 
+                   / (gain * param->GetDACPerMIP()));
+  return edep;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(UShort_t det, 
+                               Char_t   rng, 
+                               UShort_t sec, 
+                               UShort_t str, 
+                               Float_t  eta, 
+                               UShort_t count) const
+{
+  // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In the first simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // 
+  //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
+  // 
+  // where 
+  // 
+  //           Pre_amp_MIP_Range
+  //    gain = ----------------- * Energy_deposited_per_MIP
+  //           ADC_channel_size    
+  // 
+  // is constant and the same for all strips.
+  //
+  // For the production we use the conversion measured in the NBI lab.
+  // The total conversion is then:
+  // 
+  //    gain = ADC / DAC
+  // 
+  //                  EdepMip * count
+  //      => energy = ----------------
+  //                  gain * DACPerADC
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    eta     Psuedo-rapidity
+  //    counts  Number of ADC counts over pedestal
+  // Return 
+  //    The energy deposited in a single strip, or -1 in case of problems
+  //
+  Double_t edep = Adc2Energy(det, rng, sec, str, count);
+  
   if (fDiagStep2) fDiagStep2->Fill(count, edep);  
   if (fAngleCorrect) {
     Double_t theta = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-eta));
@@ -425,8 +875,11 @@ AliFMDReconstructor::Adc2Energy(AliFMDDigit* digit,
 
 //____________________________________________________________________
 Float_t
-AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(AliFMDDigit* /* digit */, 
-                                        Float_t      edep) const
+AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(UShort_t /*det*/, 
+                                        Char_t   /*rng*/, 
+                                        UShort_t /*sec*/, 
+                                        UShort_t /*str*/, 
+                                        Float_t  edep) const
 {
   // Converts an energy signal to number of particles. 
   // Note, that this member function can be overloaded by derived
@@ -442,38 +895,72 @@ AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(AliFMDDigit* /* digit */,
   //   Energy_deposited_per_MIP = 1.664 * SI_density * SI_thickness 
   // 
   // is constant and the same for all strips 
+  //
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    edep    Energy deposited in a single strip
+  // Return 
+  //    The "bare" multiplicity corresponding to the energy deposited
   AliFMDParameters* param   = AliFMDParameters::Instance();
   Double_t          edepMIP = param->GetEdepMip();
   Float_t           mult    = edep / edepMIP;
+#if 0
   if (edep > 0) 
     AliFMDDebug(15, ("Translating energy %f to multiplicity via "
                     "divider %f->%f", edep, edepMIP, mult));
+#endif
   if (fDiagStep4) fDiagStep4->Fill(edep, mult);  
   return mult;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void
-AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(AliFMDDigit* digit, 
+AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(UShort_t det, 
+                                        Char_t   rng, 
+                                        UShort_t sec, 
+                                        UShort_t str, 
                                         Float_t& eta, 
                                         Float_t& phi) const
 {
   // Get the eta and phi of a digit 
   // 
-  // Get geometry. 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    eta    On return, contains the psuedo-rapidity of the strip
+  //    phi     On return, contains the azimuthal angle of the strip
+  // 
   AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
-  Double_t x, y, z, r, theta;
-  geom->Detector2XYZ(digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(), 
-                   digit->Strip(), x, y, z);
+  Double_t x, y, z, r, theta, deta, dphi;
+  geom->Detector2XYZ(det, rng, sec, str, x, y, z);
+
   // Correct for vertex offset. 
-  z     += fCurrentVertex;
-  phi   =  TMath::ATan2(y, x);
-  r     =  TMath::Sqrt(y * y + x * x);
-  theta =  TMath::ATan2(r, z);
-  eta   = -TMath::Log(TMath::Tan(theta / 2));
+  z     -= fCurrentVertex;
+  AliFMDGeometry::XYZ2REtaPhiTheta(x, y, z, r, deta, dphi, theta);
+  eta = deta;
+  phi = dphi;
+}
+
+namespace { 
+  class ESDPrinter : public AliESDFMD::ForOne
+  {
+  public:
+    ESDPrinter() {}
+    Bool_t operator()(UShort_t d, Char_t r, UShort_t s, UShort_t t, 
+                     Float_t m, Float_t e)
+    {
+      if (m > 0 && m != AliESDFMD::kInvalidMult) 
+       printf("  FMD%d%c[%2d,%3d] = %6.3f / %6.3f\n", d, r, s, t, m, e);
+      return kTRUE;
+    }
+  };
 }
 
-      
 
 //____________________________________________________________________
 void 
@@ -485,8 +972,29 @@ AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */,
   // FIXME: The vertex may not be known when Reconstruct is executed,
   // so we may have to move some of that member function here. 
   AliFMDDebug(2, ("Calling FillESD with two trees and one ESD"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
   // fESDObj->Print();
 
+  // Fix up ESD so that only truely dead channels get the kInvalidMult flag. 
+  MarkDeadChannels(fESDObj);
+
+  Double_t oldVz = fCurrentVertex;
+  GetVertex(esd);
+  if (fVertexType != kNoVertex) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Revertexing the ESD data to vz=%f (was %f)",
+                   fCurrentVertex, oldVz));
+    AliFMDESDRevertexer revertexer;
+    revertexer.Revertex(fESDObj, fCurrentVertex);
+  }
+  
+  if (AliDebugLevel() > 10) { 
+    ESDPrinter p;
+    fESDObj->ForEach(p);
+  }
+
   if (esd) { 
     AliFMDDebug(2, ("Writing FMD data to ESD tree"));
     esd->SetFMDData(fESDObj);
@@ -499,7 +1007,7 @@ AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */,
   // - That's OK.  We just use it for the name of the directory -
   // nothing else.  Christian
   Int_t evno = esd->GetEventNumberInFile(); 
-  AliFMDDebug(1, ("Writing diagnostics histograms to FMD.Diag.root/%03d",evno));
+  AliFMDDebug(3, ("Writing diagnostics histograms to FMD.Diag.root/%03d",evno));
   TFile f("FMD.Diag.root", (first ? "RECREATE" : "UPDATE"));
   first = false;
   f.cd(); 
@@ -527,10 +1035,16 @@ void
 AliFMDReconstructor::FillESD(AliRawReader*, TTree* clusterTree, 
                             AliESDEvent* esd) const
 {
+  // 
+  // Forwards to above member function 
+  //
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
   TTree* dummy = 0;
   FillESD(dummy, clusterTree, esd);
 }
-
 //____________________________________________________________________
 //
 // EOF