]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDReconstructor.cxx
Whoops - stupid mistake - sorry
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDReconstructor.cxx
index b634193457dbe04b00b7aec321770c75762d59c9..846a59a69b16f3b5bc65edb580f87fc46b3147c8 100644 (file)
@@ -1,3 +1,16 @@
+//____________________________________________________________________
+//
+// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
+// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
+// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
+// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
+// method. 
+//
+//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
+//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+//
+//
+//____________________________________________________________________
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
-
 /* $Id$ */
+/** 
+ * @file    AliFMDReconstructor.cxx
+ * @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+ * @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
+ * @brief   FMD reconstruction 
+*/
 
-//____________________________________________________________________
-//
-// This is a class that constructs ReconstParticles (reconstructed
-// particles) out of Digits
-//
-//
-// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from
-// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
-// internal cache (fAdcs). 
-//
-// From the cached values it then calculates the number of particles
-// that hit a region of the FMDs, as specified by the user. 
-//
-// The reconstruction can be done in two ways: Either via counting the
-// number of empty strips (Poisson method), or by converting the ADC
-// signal to an energy deposition, and then dividing by the typical
-// energy loss of a particle.
-// 
-// Currently, this class only reads the digits from a TClonesArray,
-// and the Poission method for reconstruction. 
-//
-// 
-//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
-//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
-//
-//
-//____________________________________________________________________
+// #include <AliLog.h>                        // ALILOG_H
+// #include <AliRun.h>                        // ALIRUN_H
+#include "AliFMDDebug.h"
+#include "AliFMDGeometry.h"                // ALIFMDGEOMETRY_H
+#include "AliFMDParameters.h"              // ALIFMDPARAMETERS_H
+#include "AliFMDAltroMapping.h"            // ALIFMDALTROMAPPING_H
+#include "AliFMDDigit.h"                   // ALIFMDDIGIT_H
+#include "AliFMDSDigit.h"                  // ALIFMDDIGIT_H
+#include "AliFMDReconstructor.h"           // ALIFMDRECONSTRUCTOR_H
+#include "AliFMDRecoParam.h"               // ALIFMDRECOPARAM_H
+#include "AliFMDRawReader.h"               // ALIFMDRAWREADER_H
+#include "AliFMDRecPoint.h"               // ALIFMDMULTNAIIVE_H
+#include "AliESDEvent.h"                  // ALIESDEVENT_H
+#include "AliESDVertex.h"                 // ALIESDVERTEX_H
+#include "AliESDTZERO.h"                  // ALIESDVERTEX_H
+#include <AliESDFMD.h>                    // ALIESDFMD_H
+#include <TMath.h>
+#include <TH1.h>
+#include <TH2.h>
+#include <TFile.h>
+#include <climits>
+#include "AliFMDESDRevertexer.h"
 
-#include "AliFMD.h"                            // ALIFMD_H
-#include "AliFMDDigit.h"                       // ALIFMDDIGIT_H
-#include "AliFMDParticles.h"                   // ALIFMDPARTICLES_H
-#include "AliFMDReconstructor.h"               // ALIFMDRECONSTRUCTOR_H
-#include "AliAltroBuffer.h"                    // ALIALTROBUFFER_H
-#include "AliLog.h"                            // ALILOG_H
-#include "AliRun.h"                            // ALIRUN_H
-#include "AliRunLoader.h"                      // ALIRUNLOADER_H
-#include "AliLoader.h"                         // ALILOADER_H
-#include "AliHeader.h"                         // ALIHEADER_H
-#include "AliGenEventHeader.h"                 // ALIGENEVENTHEADER_H
-#include "AliFMDRawStream.h"                   // ALIFMDRAWSTREAM_H
-#include "AliFMDRawReader.h"                   // ALIFMDRAWREADER_H
-#include "AliRawReader.h"                      // ALIRAWREADER_H
-#include "AliFMDReconstructionAlgorithm.h"     // ALIFMDRECONSTRUCTIONALGORITHM_H
+
+class AliRawReader;
 
 //____________________________________________________________________
-ClassImp(AliFMDReconstructor);
+ClassImp(AliFMDReconstructor)
+#if 0
+  ; // This is here to keep Emacs for indenting the next line
+#endif
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor() 
   : AliReconstructor(),
-    fDeltaEta(0), 
-    fDeltaPhi(0), 
-    fThreshold(0),
-    fPedestal(0), 
-    fPedestalWidth(0),
-    fPedestalFactor(0)
+    fMult(0x0), 
+    fNMult(0),
+    fTreeR(0x0),
+    fCurrentVertex(0),
+    fESDObj(0x0),
+    fNoiseFactor(0),
+    fAngleCorrect(kTRUE),
+    fVertexType(kNoVertex),
+    fESD(0x0),
+    fDiagnostics(kFALSE),
+    fDiagStep1(0), 
+    fDiagStep2(0),
+    fDiagStep3(0),
+    fDiagStep4(0),
+    fDiagAll(0),
+    fBad(0), 
+    fZombie(false)
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta();
-  SetDeltaPhi();
-  SetThreshold();
-  SetPedestal();
-
-  fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.  
+  SetNoiseFactor();
+  SetAngleCorrect();
+  if (AliDebugLevel() > 0) fDiagnostics = kTRUE;
+  for(Int_t det = 1; det<=3; det++) {
+    fZS[det-1]       = kFALSE;
+    fZSFactor[det-1] = 0;
+  }
 }
-  
 
 //____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other) 
-  : AliReconstructor(),
-    fDeltaEta(0), 
-    fDeltaPhi(0), 
-    fThreshold(0),
-    fPedestal(0), 
-    fPedestalWidth(0),
-    fPedestalFactor(0)
+AliFMDReconstructor::~AliFMDReconstructor() 
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta(other.fDeltaEta);
-  SetDeltaPhi(other.fDeltaPhi);
-  SetThreshold(other.fThreshold);
-  SetPedestal(other.fPedestal, other.fPedestalWidth, other.fPedestalFactor);
-
-  // fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = other.fFMDLoader;
-  fRunLoader = other.fRunLoader;
-  fFMD       = other.fFMD;
+  // Destructor 
+  if (fMult)   fMult->Delete();
+  if (fMult)   delete fMult;
+  if (fESDObj) delete fESDObj;
 }
-  
 
 //____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor&
-AliFMDReconstructor::operator=(const AliFMDReconstructor& other
+void 
+AliFMDReconstructor::Init(
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta(other.fDeltaEta);
-  SetDeltaPhi(other.fDeltaPhi);
-  SetThreshold(other.fThreshold);
-  SetPedestal(other.fPedestal, other.fPedestalWidth);
-
-  // fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = other.fFMDLoader;
-  fRunLoader = other.fRunLoader;
-  fFMD       = other.fFMD;
-
-  return *this;
-}
+  // Initialize the reconstructor 
+
+  // Initialize the geometry 
+  AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
+  geom->Init();
+  geom->InitTransformations();
+
+  // Initialize the parameters
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+  if (param->Init() != 0) {
+    AliError("Failed to initialize parameters, making zombie");
+    fZombie = true;
+  }
+  else 
+    fZombie = false;
+  
+  // Current vertex position
+  fCurrentVertex = 0;
+  // Create array of reconstructed strip multiplicities 
+  // fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
+  // Create ESD output object 
+  fESDObj = new AliESDFMD;
   
+  // Check if we need diagnostics histograms 
+  if (!fDiagnostics) return;
+  AliInfo("Making diagnostics histograms");
+  if (!fDiagStep1) {
+    fDiagStep1   = new TH2I("diagStep1", "Read ADC vs. Noise surpressed ADC",
+                           1024, -.5, 1023.5, 1024, -.5, 1023.5);
+    fDiagStep1->SetDirectory(0);
+    fDiagStep1->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+    fDiagStep1->GetYaxis()->SetTitle(Form("ADC (noise surpressed %4.f)", 
+                                         fNoiseFactor));
+  }
+  if (!fDiagStep2) {
+    fDiagStep2  = new TH2F("diagStep2",  "ADC vs Edep deduced",
+                          1024, -.5, 1023.5, 100, 0, 2);
+    fDiagStep2->SetDirectory(0);
+    fDiagStep2->GetXaxis()->SetTitle("ADC (noise surpressed)");
+    fDiagStep2->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+  }
+  if (!fDiagStep3) {
+    fDiagStep3  = new TH2F("diagStep3",  "Edep vs Edep path corrected",
+                          100, 0., 2., 100, 0., 2.);
+    fDiagStep3->SetDirectory(0);
+    fDiagStep3->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+    fDiagStep3->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+  }
+  if (!fDiagStep4) {
+    fDiagStep4  = new TH2F("diagStep4",  "Edep vs Multiplicity deduced", 
+                          100, 0., 2., 100, -.1, 19.9);
+    fDiagStep4->SetDirectory(0);
+    fDiagStep4->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+    fDiagStep4->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+    fDiagAll    = new TH2F("diagAll",    "Read ADC vs Multiplicity deduced", 
+                          1024, -.5, 1023.5, 100, -.1, 19.9);
+  }
+  if (!fDiagAll) {
+    fDiagAll->SetDirectory(0);
+    fDiagAll->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+    fDiagAll->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+  }
+}
+
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::SetPedestal(Float_t mean, Float_t width, Float_t factor) 
+AliFMDReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* reader, 
+                                  TTree* digitsTree) const
 {
-  // Set the pedestal, and pedestal width 
-  fPedestal       = mean;
-  fPedestalWidth  = width;
-  fPedestalFactor = factor;
+  // Convert Raw digits to AliFMDDigit's in a tree 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDDebug(1, ("Reading raw data into digits tree"));
+  if (!digitsTree) { 
+    AliError("No digits tree passed");
+    return;
+  }
+  static TClonesArray* array = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  digitsTree->Branch("FMD", &array);
+  array->Clear();
+  
+  AliFMDRawReader rawRead(reader, digitsTree);
+  // rawRead.SetSampleRate(fFMD->GetSampleRate());
+  // rawRead.Exec();
+  rawRead.ReadAdcs(array);
+
+  Int_t nWrite = digitsTree->Fill();
+  AliFMDDebug(1, ("Got a grand total of %d digits, wrote %d bytes to tree", 
+                  array->GetEntriesFast(), nWrite));
+
+  
+  AliFMDAltroMapping* map = AliFMDParameters::Instance()->GetAltroMap();
+  for (size_t i = 1; i <= 3; i++) { 
+    fZS[i-1]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
+    fZSFactor[i-1] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, 
-                                AliRawReader* rawReader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  fParticles->Clear();
-  if (!runLoader) {
-    Error("Exec","Run Loader loader is NULL - Session not opened");
+AliFMDReconstructor::GetVertex(AliESDEvent* esd) const
+{
+  // Return the vertex to use. 
+  // This is obtained from the ESD object. 
+  // If not found, a warning is issued.
+  fVertexType    = kNoVertex;
+  fCurrentVertex = 0;
+  if (!esd) return;
+  
+  const AliESDVertex* vertex = esd->GetPrimaryVertex();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetPrimaryVertexTPC();
+  if (!vertex)        vertex = esd->GetVertex();
+
+  if (vertex) {
+    AliFMDDebug(2, ("Got %s (%s) from ESD: %f", 
+                   vertex->GetName(), vertex->GetTitle(), vertex->GetZv()));
+    fCurrentVertex = vertex->GetZv();
+    fVertexType    = kESDVertex;
     return;
   }
-  fRunLoader = runLoader;
-  fFMDLoader = runLoader->GetLoader("FMDLoader");
-  if (!fFMDLoader) 
-    Fatal("AliFMDReconstructor","Can not find FMD (loader) "
-         "in specified event");
-
-  // Get the AliRun object
-  if (!fRunLoader->GetAliRun()) fRunLoader->LoadgAlice();
-  
-  // Get the AliFMD object
-  fFMD = static_cast<AliFMD*>(fRunLoader->GetAliRun()->GetDetector("FMD"));
-  if (!fFMD) {
-    AliError("Can not get FMD from gAlice");
+  else if (esd->GetESDTZERO()) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Got primary vertex from T0: %f", esd->GetT0zVertex()));
+    fCurrentVertex = esd->GetT0zVertex();
+    fVertexType    = kESDVertex;
     return;
   }
-  fFMDLoader->LoadRecPoints("RECREATE");
+  AliWarning("Didn't get any vertex from ESD or generator");
+}
+  
+//____________________________________________________________________
+Int_t
+AliFMDReconstructor::GetIdentifier() const
+{
+  // Get the detector identifier. 
+  // Note the actual value is cached so that we do not 
+  // need to do many expensive string comparisons. 
+  static Int_t idx = AliReconstruction::GetDetIndex(GetDetectorName());
+  return idx;
+}
 
-  if (!fRunLoader->TreeE())     fRunLoader->LoadHeader();
+//____________________________________________________________________
+const AliFMDRecoParam*
+AliFMDReconstructor::GetParameters() const
+{
+  // Get the reconstruction parameters. 
+  // 
+  // Return: 
+  //   Pointer to reconstruction parameters or null if not found or wrong type
+  Int_t iDet = GetIdentifier(); // Was 12 - but changed on Cvetans request
+  const AliDetectorRecoParam* params = AliReconstructor::GetRecoParam(iDet);
+  if (!params || params->IsA() != AliFMDRecoParam::Class()) return 0;
+  return static_cast<const AliFMDRecoParam*>(params);
+}
 
-  if (rawReader) {
-    Int_t event = 0;
-    while (rawReader->NextEvent()) {
-      ProcessEvent(event, rawReader);
-      event++;
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::UseRecoParam(Bool_t set) const
+{
+  // 
+  // Set-up reconstructor to use values from reconstruction
+  // parameters, if present, for this event.   If the argument @a set
+  // is @c false, then restore preset values. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    set 
+  //  
+  static Float_t savedNoiseFactor  = fNoiseFactor;
+  static Bool_t  savedAngleCorrect = fAngleCorrect;
+  if (set) { 
+    const AliFMDRecoParam* params  = GetParameters();
+    if (params) { 
+      fNoiseFactor  = params->NoiseFactor();
+      fAngleCorrect = params->AngleCorrect();
     }
+    return;
   }
-  else {
-    Int_t nEvents= Int_t(fRunLoader->TreeE()->GetEntries()); 
-    for(Int_t event = 0; event < nEvents; event++) 
-      ProcessEvent(event, 0);
-  }
+  fNoiseFactor  = savedNoiseFactor;
+  fAngleCorrect = savedAngleCorrect;
+}
+  
+  
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::MarkDeadChannels(AliESDFMD* esd) const
+{
+  // Loop over all entries of the ESD and mark 
+  // those that are dead as such 
+  // - otherwise put in the zero signal. 
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
 
+  for (UShort_t d = 1; d <= 3; d++) { 
+    UShort_t nR = (d == 1 ? 1 : 2);
 
-  fFMDLoader->UnloadRecPoints();
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+    for (UShort_t q = 0; q < nR; q++) {
+      Char_t   r  = (q == 0 ? 'I' : 'O');
+      UShort_t nS = (q == 0 ?  20 :  40);
+      UShort_t nT = (q == 0 ? 512 : 256);
+
+      for (UShort_t s = 0; s < nS; s++) { 
+       for (UShort_t t = 0; t < nT; t++) {
+         if (fBad(d, r, s, t)) { 
+           AliDebug(5, Form("Marking FMD%d%c[%2d,%3d] as bad", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidMult);
+         }         
+         if (param->IsDead(d, r, s, t)) { 
+           AliDebug(5, Form("Marking FMD%d%c[%2d,%3d] as dead", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidMult);
+           // esd->SetEta(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidEta);
+         }
+         else if (esd->Multiplicity(d, r, s, t) == AliESDFMD::kInvalidMult) {
+           AliDebug(10, Form("Setting null signal in FMD%d%c[%2d,%3d]", 
+                             d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, 0);
+         }
+       }
+      }
+    }
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  Reconstruct(runLoader, 0);
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliFMDRawReader& rawReader) const
+{
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from FMD raw reader"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  fBad.Reset(false);
+  UShort_t det, sec, str, fac;
+  Short_t  adc, oldDet = -1;
+  Bool_t   zs;
+  Char_t   rng;
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  while (rawReader.NextSignal(det, rng, sec, str, adc, zs, fac)) { 
+    if (det != oldDet) { 
+      fZS[det-1]       = zs;
+      fZSFactor[det-1] = fac;
+      oldDet           = det;
+    }
+    ProcessSignal(det, rng, sec, str, adc);
+  }
+  UseRecoParam(kFALSE);
+
 }
 
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* reader, TTree*) const
+{
+  // Reconstruct directly from raw data (no intermediate output on
+  // digit tree or rec point tree).  
+  // 
+  // Parameters: 
+  //   reader  Raw event reader 
+  //   ctree    Not used - 'cluster tree' to store rec-points in. 
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from raw reader"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDRawReader rawReader(reader, 0);
+  Reconstruct(rawReader);
+}
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::ProcessEvent(Int_t event, 
-                                 AliRawReader* reader) const
+AliFMDReconstructor::Digitize(AliRawReader* reader, TClonesArray* sdigits) const
 {
-  // Process one event read from either a clones array or from a a raw
-  // data reader. 
-  fRunLoader->GetEvent(event) ;
-  //event z-vertex for correction eta-rad dependence      
-  AliHeader *header            = fRunLoader->GetHeader();
-  if (!header) Warning("ProcessEvent", "no AliHeader found!");
-  AliGenEventHeader* genHeader = (header ? header->GenEventHeader() : 0);
-
-  // Get the Z--coordinate from the event header 
-  TArrayF o(3); 
-  if (genHeader) genHeader->PrimaryVertex(o);
-  else           Warning("ProcessEvent", "No GenEventHeader Found");
-  fCurrentVertex = o.At(2);
-
-  // If the recontruction tree isn't loaded, load it
-  if(fFMDLoader->TreeR()==0) fFMDLoader->MakeTree("R");
-  
-  //Make branches to hold the reconstructed particles 
-  const Int_t kBufferSize = 16000;
-  fFMDLoader->TreeR()->Branch("FMD", &fParticles, kBufferSize);
-
-  // Load or recreate the digits 
-  if (fFMDLoader->LoadDigits((reader ? "UPDATE" : "READ"))) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Error occured while loading digits. Exiting.");
-      return;
-    }
+  // Reconstruct directly from raw data (no intermediate output on
+  // digit tree or rec point tree).  
+  // 
+  // Parameters: 
+  //   reader  Raw event reader 
+  //   ctree    Not used. 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
   }
-  // Get the digits tree 
-  TTree* digitTree = fFMDLoader->TreeD();
-  if (!digitTree) { 
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Can not get Tree with Digits. "
-           "Nothing to reconstruct - Exiting");
-      return;
-    }
-    fFMDLoader->MakeTree("D");
-    digitTree = fFMDLoader->TreeD();
+  AliFMDRawReader rawReader(reader, 0);
+
+  UShort_t det, sec, str, sam, rat, fac;
+  Short_t  adc, oldDet = -1;
+  Bool_t   zs;
+  Char_t   rng;
     
-  }
-  // Get the FMD branch holding the digits. 
-  TBranch *digitBranch = digitTree->GetBranch("FMD");
-  TClonesArray* digits = fFMD->Digits();
-  if (!digitBranch) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
-      return;
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  while (rawReader.NextSample(det, rng, sec, str, sam, rat, adc, zs, fac)) { 
+    if (!rawReader.SelectSample(sam, rat)) continue;
+    if (det != oldDet) { 
+      fZS[det-1]       = zs;
+      fZSFactor[det-1] = fac;
+      oldDet           = det;
     }
-    fFMD->MakeBranchInTree(digitTree, fFMD->GetName(), &(digits), 4000, 0);
+    DigitizeSignal(sdigits, det, rng, sec, str, sam, adc);
   }
-  if (!reader) digitBranch->SetAddress(&digits);
+  UseRecoParam(kFALSE);
+}
 
-  if  (reader) {
-    AliFMDRawReader rawRead(fFMD, reader);
-    // rawRead->SetSampleRate(fSampleRate);
-    rawRead.Exec();
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, 
+                                TTree* clusterTree) const 
+{
+  // Reconstruct event from digits in tree 
+  // Get the FMD branch holding the digits. 
+  // FIXME: The vertex may not be known yet, so we may have to move
+  // some of this to FillESD. 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //   digitsTree      Pointer to a tree containing digits 
+  //   clusterTree     Pointer to output tree 
+  // 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
   }
-  else {
-    // Read the ADC values from a clones array. 
-    AliDebug(10, "Reading ADCs from Digits array");
-    // read Digits, and reconstruct the particles
-    if (!fFMDLoader->TreeD()->GetEvent(0)) return;
+  if (!fMult) fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint");
+
+  AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from digits in a tree"));
+  GetVertex(fESD);
+
+
+
+  static TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  TBranch*      digitBranch   = digitsTree->GetBranch("FMD");
+  if (!digitBranch) {
+    Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
+    return;
   }
-  
-  TIter next(&fAlgorithms);
-  AliFMDReconstructionAlgorithm* algorithm = 0;
-  while ((algorithm = static_cast<AliFMDReconstructionAlgorithm*>(next()))) 
-    algorithm->PreEvent();
+  digitBranch->SetAddress(&digits);
 
+  if (digits)  digits->Clear();
+  if (fMult)   fMult->Clear();
+  if (fESDObj) fESDObj->Clear();
+  
+  fNMult = 0;
+  fTreeR = clusterTree;
+  fTreeR->Branch("FMD", &fMult);
+  
+  AliFMDDebug(5, ("Getting entry 0 from digit branch"));
+  digitBranch->GetEntry(0);
+  
+  AliFMDDebug(5, ("Processing digits"));
+  UseRecoParam(kTRUE);
   ProcessDigits(digits);
+  UseRecoParam(kFALSE);
 
-  next.Reset();
-  algorithm = 0;
-  while ((algorithm = static_cast<AliFMDReconstructionAlgorithm*>(next()))) 
-    algorithm->PostEvent();
-  
-  if (reader) {
-    digitTree->Fill();
-    fFMDLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
-  }
-  fFMDLoader->UnloadDigits();
-  fFMDLoader->TreeR()->Reset();
-  fFMDLoader->TreeR()->Fill(); 
-  fFMDLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+  Int_t written = clusterTree->Fill();
+  AliFMDDebug(10, ("Filled %d bytes into cluster tree", written));
+  // digits->Delete();
+  // delete digits;
 }
 
 //____________________________________________________________________
-UShort_t
-AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(AliFMDDigit* digit) const
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits, 
+                                  const AliFMDRawReader& rawRead) const
 {
-  // Member function to subtract the pedestal from a digit
-  // This implementation does nothing, but a derived class could over
-  // load this to subtract a pedestal that was given in a database or
-  // something like that. 
-
-  Int_t counts = 0;
-  Float_t ped = fPedestal * fPedestalFactor * fPedestalWidth;
-  if (digit->Count3() >= 0)      counts = digit->Count3();
-  else if (digit->Count2() >= 0) counts = digit->Count2();
-  else                           counts = digit->Count2();
-  counts = TMath::Max(Int_t(counts - ped), 0);
-  return  UShort_t(counts);
+  // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
+  // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
+  // used. 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    digits Array of digits
+  // 
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  AliFMDAltroMapping* map = AliFMDParameters::Instance()->GetAltroMap();
+  for (size_t i = 1; i <= 3; i++) { 
+    fZS[i-1]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
+    fZSFactor[i-1] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
+  }
+  UseRecoParam(kTRUE);
+  ProcessDigits(digits);
+  UseRecoParam(kFALSE);
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void
 AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
 {
+  // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
+  // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
+  // used. 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    digits Array of digits
+  // 
   Int_t nDigits = digits->GetEntries();
+  AliFMDDebug(2, ("Got %d digits", nDigits));
+  fESDObj->SetNoiseFactor(fNoiseFactor);
+  fESDObj->SetAngleCorrected(fAngleCorrect);
+  fBad.Reset(false);
   for (Int_t i = 0; i < nDigits; i++) {
     AliFMDDigit* digit = static_cast<AliFMDDigit*>(digits->At(i));
-    AliFMDSubDetector* subDetector = 0;
-    switch (digit->Detector()) {
-    case 1: subDetector = fFMD->GetFMD1(); break;
-    case 2: subDetector = fFMD->GetFMD2(); break;
-    case 3: subDetector = fFMD->GetFMD3(); break;
-    }
-    if (!subDetector) { 
-      Warning("ProcessDigits", "Unknown detector: FMD%d" , digit->Detector());
-      continue;
-    }
-    
-    AliFMDRing* ring  = 0;
-    Float_t     ringZ = 0;
-    switch(digit->Ring()) {
-    case 'i':
-    case 'I':  
-      ring  = subDetector->GetInner(); 
-      ringZ = subDetector->GetInnerZ();
-      break;
-    case 'o':
-    case 'O':  
-      ring  = subDetector->GetOuter(); 
-      ringZ = subDetector->GetOuterZ();
-      break;
-    }
-    if (!ring) {
-      Warning("ProcessDigits", "Unknown ring: FMD%d%c", digit->Detector(), 
-             digit->Ring());
-      break;
-    }
-    
-    Float_t  realZ    = fCurrentVertex + ringZ;
-    Float_t  stripR   = ((ring->GetHighR() - ring->GetLowR()) / ring->GetNStrips() 
-                        * (digit->Strip() + .5) + ring->GetLowR());
-    Float_t  theta    = TMath::ATan2(stripR, realZ);
-    Float_t  phi      = (2 * TMath::Pi() / ring->GetNSectors() 
-                        * (digit->Sector() + .5));
-    Float_t  eta      = -TMath::Log(TMath::Tan(theta / 2));
-    UShort_t counts   = SubtractPedestal(digit);
+    if (!digit) continue;
+    ProcessDigit(digit);
+  }
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessDigit(AliFMDDigit* digit) const
+{
+  // 
+  // Process a single digit 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    digit Digiti to process
+  // 
+  UShort_t det = digit->Detector();
+  Char_t   rng = digit->Ring();
+  UShort_t sec = digit->Sector();
+  UShort_t str = digit->Strip();
+  Short_t  adc = digit->Counts();
+  ProcessSignal(det, rng, sec, str, adc);
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessSignal(UShort_t det, 
+                                  Char_t   rng, 
+                                  UShort_t sec, 
+                                  UShort_t str, 
+                                  Short_t  adc) const
+{
+  // Process the signal from a single strip 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     ADC counts
+  // 
+  if (adc >= AliFMDRawReader::kBadSignal) { 
+    AliFMDDebug(1, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is marked bad", det, rng, sec, str));
+    fBad(det,rng,sec,str) = true;
+    return;
+  }
+
+  // Check that the strip is not marked as dead 
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  if (param->IsDead(det, rng, sec, str)) {
+    AliFMDDebug(1, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
+    fBad(det,rng,sec,str) = true;
+    return;
+  }
+  
+  // digit->Print();
+  // Get eta and phi 
+  Float_t eta, phi;
+  PhysicalCoordinates(det, rng, sec, str, eta, phi);
     
-    TIter next(&fAlgorithms);
-    AliFMDReconstructionAlgorithm* algorithm = 0;
-    while ((algorithm = static_cast<AliFMDReconstructionAlgorithm*>(next()))) 
-      algorithm->ProcessDigit(digit, eta, phi, counts);
+  // Substract pedestal. 
+  UShort_t counts   = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc);
+  if(counts == USHRT_MAX) return;
+  
+    // Gain match digits. 
+  Double_t edep     = Adc2Energy(det, rng, sec, str, eta, counts);
+  // Get rid of nonsense energy
+  if(edep < 0)  return;
+  
+  // Make rough multiplicity 
+  Double_t mult     = Energy2Multiplicity(det, rng, sec, str, edep);
+  // Get rid of nonsense mult
+  //if (mult > 20) { 
+  //  AliWarning(Form("The mutliplicity in FMD%d%c[%2d,%3d]=%f > 20 "
+  //               "(ADC: %d, Energy: %f)", det, rng, sec, str, mult, 
+  //               counts, edep));
+  // }
+  if (mult < 0)  return; 
+  AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
+                   "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f",
+                 det, rng, sec, str, adc, counts, edep, mult));
+  
+  // Create a `RecPoint' on the output branch. 
+  if (fMult) {
+    AliFMDRecPoint* m = 
+      new ((*fMult)[fNMult]) AliFMDRecPoint(det, rng, sec, str, 
+                                           eta, phi, edep, mult);
+    (void)m; // Suppress warnings about unused variables. 
+    fNMult++;
   }
+  
+  fESDObj->SetMultiplicity(det, rng, sec, str, mult);
+  fESDObj->SetEta(det, rng, sec, str, eta);
+  
+  if (fDiagAll) fDiagAll->Fill(adc, mult);  
+
 }
 
-      
 //____________________________________________________________________
 void
-AliFMDReconstructor::ReconstructFromCache() const
+AliFMDReconstructor::DigitizeSignal(TClonesArray* sdigits, 
+                                   UShort_t det, 
+                                   Char_t   rng, 
+                                   UShort_t sec, 
+                                   UShort_t str, 
+                                   UShort_t /* sam */,
+                                   Short_t  adc) const
 {
-  // Based on the information in the cache, do the reconstruction. 
-  Int_t nRecon = 0;
-  // Loop over the detectors 
-  for (Int_t i = 1; i <= 3; i++) {
-    AliFMDSubDetector* sub = 0;
-    switch (i) {
-    case 1: sub = fFMD->GetFMD1(); break;
-    case 2: sub = fFMD->GetFMD2(); break;
-    case 3: sub = fFMD->GetFMD3(); break;
-    }
-    if (!sub) continue;
-       
-    // Loop over the rings in the detector
-    for (Int_t j = 0; j < 2; j++) {
-      Float_t     rZ = 0;
-      AliFMDRing* r  = 0;
-      switch (j) {
-      case 0: r  = sub->GetInner(); rZ = sub->GetInnerZ(); break;
-      case 1: r  = sub->GetOuter(); rZ = sub->GetOuterZ(); break;
-      }
-      if (!r) continue;
-      
-      // Calculate low/high theta and eta 
-      // FIXME: Is this right? 
-      Float_t realZ    = fCurrentVertex + rZ;
-      Float_t thetaOut = TMath::ATan2(r->GetHighR(), realZ);
-      Float_t thetaIn  = TMath::ATan2(r->GetLowR(), realZ);
-      Float_t etaOut   = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaOut / 2));
-      Float_t etaIn    = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaIn / 2));
-      if (TMath::Abs(etaOut) > TMath::Abs(etaIn)) {
-       Float_t tmp = etaIn;
-       etaIn       = etaOut;
-       etaOut      = tmp;
-      }
+  // Process the signal from a single strip 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     ADC counts
+  // 
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  // Check that the strip is not marked as dead 
+  if (param->IsDead(det, rng, sec, str)) {
+    AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
+    return;
+  }
+  
+  // Substract pedestal. 
+  UShort_t counts   = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc);
+  if(counts == USHRT_MAX || counts == 0) return;
+  
+    // Gain match digits. 
+  Double_t edep     = Adc2Energy(det, rng, sec, str, counts);
+  // Get rid of nonsense energy
+  if(edep < 0)  return;
 
-      //-------------------------------------------------------------
-      //
-      // Here starts poisson method 
-      //
-      // Calculate eta step per strip, number of eta steps, number of
-      // phi steps, and check the sign of the eta increment 
-      Float_t stripEta = (Float_t(r->GetNStrips()) / (etaIn - etaOut));
-      Int_t   nEta     = Int_t(TMath::Abs(etaIn - etaOut) / fDeltaEta); 
-      Int_t   nPhi     = Int_t(360. / fDeltaPhi);
-      Float_t sign     = TMath::Sign(Float_t(1.), etaIn);
-
-      AliDebug(10, Form("FMD%d%c Eta range: %f, %f %d Phi steps",
-                       sub->GetId(), r->GetId(), etaOut, etaIn, nPhi));
-
-      // Loop over relevant phi values 
-      for (Int_t p = 0; p < nPhi; p++) {
-       Float_t  minPhi    = p * fDeltaPhi;
-       Float_t  maxPhi    = minPhi + fDeltaPhi;
-       UShort_t minSector = UShort_t(minPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       UShort_t maxSector = UShort_t(maxPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       
-       AliDebug(10, Form(" Now in phi range %f, %f (sectors %d,%d)",
-                         minPhi, maxPhi, minSector, maxSector));
-       // Loop over relevant eta values 
-       for (Int_t e = nEta; e >= 0; --e) {
-         Float_t  maxEta   = etaIn  - sign * e * fDeltaEta;
-         Float_t  minEta   = maxEta - sign * fDeltaEta;
-         if (sign > 0)  minEta = TMath::Max(minEta, etaOut);
-         else           minEta = TMath::Min(minEta, etaOut);
-         Float_t  theta1   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-minEta));
-         Float_t  theta2   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-maxEta));
-         Float_t  minR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta2));
-         Float_t  maxR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta1));
-         UShort_t minStrip = UShort_t((etaIn - maxEta) * stripEta + 0.5);
-         UShort_t maxStrip = UShort_t((etaIn - minEta) * stripEta + 0.5);
-
-         AliDebug(10, Form("  Now in eta range %f, %f (strips %d, %d)\n"
-                           "    [radii %f, %f, thetas %f, %f, sign %d]", 
-                           minEta, maxEta, minStrip, maxStrip, 
-                           minR, maxR, theta1, theta2, sign));
-
-         // Count number of empty strips
-         Int_t   emptyStrips = 0;
-         for (Int_t sector = minSector; sector < maxSector; sector++) 
-           for (Int_t strip = minStrip; strip < maxStrip; strip++) emptyStrips++;
-         // if (fAdcs(sub->GetId() - 1, r->GetId(), sector, strip) 
-         //     < fThreshold) emptyStrips++;
-         
-         // The total number of strips 
-         Float_t nTotal = (maxSector - minSector) * (maxStrip - minStrip);
-         
-         // Log ratio of empty to total number of strips 
-         AliDebug(10, Form("Lambda= %d / %d = %f", 
-                           emptyStrips, nTotal, 
-                           Float_t(emptyStrips) / nTotal));
-         
-         Double_t lambda = (emptyStrips > 0 ? 
-                            - TMath::Log(Double_t(emptyStrips) / nTotal) :
-                            1);
-
-         // The reconstructed number of particles is then given by 
-         Int_t reconstructed = Int_t(lambda * nTotal + 0.5);
-           
-         // Add a AliFMDParticles to the reconstruction tree. 
-         new((*fParticles)[nRecon])   
-           AliFMDParticles(sub->GetId(), r->GetId(),
-                           minSector, maxSector, minStrip, maxStrip,
-                           minEta, maxEta, minPhi, maxPhi,
-                           reconstructed, AliFMDParticles::kPoission);
-         nRecon++;
-       } // phi 
-      } // eta
-    } // ring 
-  } // detector 
+  Int_t n = sdigits->GetEntriesFast();
+  // AliFMDSDigit* sdigit = 
+  new ((*sdigits)[n]) 
+    AliFMDSDigit(det, rng, sec, str, edep, counts, counts, counts, counts);
+  // sdigit->SetCount(sam, counts);
 }
 
+//____________________________________________________________________
+UShort_t
+AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det, 
+                                     Char_t   rng, 
+                                     UShort_t sec, 
+                                     UShort_t str, 
+                                     UShort_t adc, 
+                                     Float_t  noiseFactor,
+                                     Bool_t   zsEnabled, 
+                                     UShort_t zsNoiseFactor) const
+{
+  // 
+  // Subtract the pedestal off the ADC counts. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    det           Detector number
+  //    rng           Ring identifier
+  //    sec           Sector number
+  //    str           Strip number
+  //    adc           ADC counts
+  //    noiseFactor   If pedestal substracted pedestal is less then
+  //        this times the noise, then consider this to be 0. 
+  //    zsEnabled     Whether zero-suppression is on.
+  //    zsNoiseFactor Noise factor used in on-line pedestal
+  //        subtraction. 
+  // 
+  // Return:
+  //    The pedestal subtracted ADC counts (possibly 0), or @c
+  //         USHRT_MAX in case of problems.
+  //  
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           ped    = (zsEnabled ? 0 : 
+                               param->GetPedestal(det, rng, sec, str));
+  Float_t           noise  = param->GetPedestalWidth(det, rng, sec, str);
+  if(ped < 0 || noise < 0) { 
+    AliWarningClass(Form("Invalid pedestal (%f) or noise (%f) "
+                        "for FMD%d%c[%02d,%03d]", 
+                   ped, noise, det, rng, sec, str));
+    return USHRT_MAX;
+  }
+  AliDebugClass(15, Form("Subtracting pedestal for FMD%d%c[%2d,%3d]=%4d "
+                        "(%s w/factor %d, noise factor %f, "
+                        "pedestal %8.2f+/-%8.2f)",
+                        det, rng, sec, str, adc, 
+                        (zsEnabled ? "zs'ed" : "straight"), 
+                        zsNoiseFactor, noiseFactor, ped, noise));
+
+  Int_t counts = adc + Int_t(zsEnabled ? zsNoiseFactor * noise : - ped);
+  counts =  TMath::Max(Int_t(counts), 0);
+  // Calculate the noise factor for suppressing remenants of the noise
+  // peak.  If we have done on-line zero suppression, we only check
+  // for noise signals that are larger than the suppressed noise.  If
+  // the noise factor used on line is larger than the factor used
+  // here, we do not do this check at all.  
+  // 
+  // For example:
+  //    Online factor  |  Read factor |  Result 
+  //    ---------------+--------------+-------------------------------
+  //           2       |      3       | Check if signal > 1 * noise
+  //           3       |      3       | Check if signal > 0
+  //           3       |      2       | Check if signal > 0
+  //
+  // In this way, we make sure that we do not suppress away too much
+  // data, and that the read-factor is the most stringent cut. 
+  Float_t nf = TMath::Max(0.F, noiseFactor - (zsEnabled ? zsNoiseFactor : 0));
+  if (counts < noise * nf) counts = 0;
+  if (counts > 0) AliDebugClass(15, "Got a hit strip");
+
+  UShort_t ret = counts < 0 ? 0 : counts;
+  return ret;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+UShort_t
+AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det, 
+                                     Char_t   rng, 
+                                     UShort_t sec, 
+                                     UShort_t str, 
+                                     Short_t  adc) const
+{
+  // Member function to subtract the pedestal from a digit
+  //
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    adc     # of ADC counts
+  // Return:
+  //    Pedestal subtracted signal or USHRT_MAX in case of problems 
+  //
+  UShort_t counts = SubtractPedestal(det, rng, sec, str, adc, 
+                                    fNoiseFactor, fZS[det-1], 
+                                    fZSFactor[det-1]);
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Fill(adc, counts);
+  
+  return counts;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(UShort_t det, 
+                               Char_t   rng, 
+                               UShort_t sec, 
+                               UShort_t str, 
+                               UShort_t count) const
+{
+  // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In the first simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // 
+  //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
+  // 
+  // where 
+  // 
+  //           Pre_amp_MIP_Range
+  //    gain = ----------------- * Energy_deposited_per_MIP
+  //           ADC_channel_size    
+  // 
+  // is constant and the same for all strips.
+  //
+  // For the production we use the conversion measured in the NBI lab.
+  // The total conversion is then:
+  // 
+  //    gain = ADC / DAC
+  // 
+  //                  EdepMip * count
+  //      => energy = ----------------
+  //                  gain * DACPerADC
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    counts  Number of ADC counts over pedestal
+  // Return 
+  //    The energy deposited in a single strip, or -1 in case of problems
+  //
+  if (count <= 0) return 0;
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           gain  = param->GetPulseGain(det, rng, sec, str);
+  // 'Tagging' bad gains as bad energy
+  if (gain < 0) { 
+    AliWarning(Form("Invalid gain (%f) for FMD%d%c[%02d,%03d]", 
+                   gain, det, rng, sec, str));
+    return -1;
+  }
+  AliFMDDebug(5, ("Converting counts %d to energy (factor=%f, DAC2MIP=%f)", 
+                 count, gain,param->GetDACPerMIP()));
+
+  Double_t edep  = ((count * param->GetEdepMip()) 
+                   / (gain * param->GetDACPerMIP()));
+  return edep;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(UShort_t det, 
+                               Char_t   rng, 
+                               UShort_t sec, 
+                               UShort_t str, 
+                               Float_t  eta, 
+                               UShort_t count) const
+{
+  // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In the first simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // 
+  //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
+  // 
+  // where 
+  // 
+  //           Pre_amp_MIP_Range
+  //    gain = ----------------- * Energy_deposited_per_MIP
+  //           ADC_channel_size    
+  // 
+  // is constant and the same for all strips.
+  //
+  // For the production we use the conversion measured in the NBI lab.
+  // The total conversion is then:
+  // 
+  //    gain = ADC / DAC
+  // 
+  //                  EdepMip * count
+  //      => energy = ----------------
+  //                  gain * DACPerADC
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    eta     Psuedo-rapidity
+  //    counts  Number of ADC counts over pedestal
+  // Return 
+  //    The energy deposited in a single strip, or -1 in case of problems
+  //
+  Double_t edep = Adc2Energy(det, rng, sec, str, count);
+  
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Fill(count, edep);  
+  if (fAngleCorrect) {
+    Double_t theta = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-eta));
+    Double_t corr  = TMath::Abs(TMath::Cos(theta));
+    Double_t cedep = corr * edep;
+    AliFMDDebug(10, ("correcting for path %f * %f = %f (eta=%f, theta=%f)",
+                     edep, corr, cedep, eta, theta));
+    if (fDiagStep3) fDiagStep3->Fill(edep, cedep);  
+    edep = cedep;
+  }
+  return edep;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(UShort_t /*det*/, 
+                                        Char_t   /*rng*/, 
+                                        UShort_t /*sec*/, 
+                                        UShort_t /*str*/, 
+                                        Float_t  edep) const
+{
+  // Converts an energy signal to number of particles. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In this simple version, we calculate the multiplicity as 
+  // 
+  //   multiplicity = Energy_deposited / Energy_deposited_per_MIP
+  // 
+  // where 
+  //
+  //   Energy_deposited_per_MIP = 1.664 * SI_density * SI_thickness 
+  // 
+  // is constant and the same for all strips 
+  //
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    edep    Energy deposited in a single strip
+  // Return 
+  //    The "bare" multiplicity corresponding to the energy deposited
+  AliFMDParameters* param   = AliFMDParameters::Instance();
+  Double_t          edepMIP = param->GetEdepMip();
+  Float_t           mult    = edep / edepMIP;
+#if 0
+  if (edep > 0) 
+    AliFMDDebug(15, ("Translating energy %f to multiplicity via "
+                    "divider %f->%f", edep, edepMIP, mult));
+#endif
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Fill(edep, mult);  
+  return mult;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(UShort_t det, 
+                                        Char_t   rng, 
+                                        UShort_t sec, 
+                                        UShort_t str, 
+                                        Float_t& eta, 
+                                        Float_t& phi) const
+{
+  // Get the eta and phi of a digit 
+  // 
+  // Parameters: 
+  //    det    Detector ID
+  //    rng    Ring ID
+  //    sec    Sector ID
+  //    rng    Strip ID
+  //    eta    On return, contains the psuedo-rapidity of the strip
+  //    phi     On return, contains the azimuthal angle of the strip
+  // 
+  AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
+  Double_t x, y, z, r, theta, deta, dphi;
+  geom->Detector2XYZ(det, rng, sec, str, x, y, z);
+
+  // Correct for vertex offset. 
+  z     -= fCurrentVertex;
+  AliFMDGeometry::XYZ2REtaPhiTheta(x, y, z, r, deta, dphi, theta);
+  eta = deta;
+  phi = dphi;
+}
+
+namespace { 
+  class ESDPrinter : public AliESDFMD::ForOne
+  {
+  public:
+    ESDPrinter() {}
+    Bool_t operator()(UShort_t d, Char_t r, UShort_t s, UShort_t t, 
+                     Float_t m, Float_t e)
+    {
+      if (m > 0 && m != AliESDFMD::kInvalidMult) 
+       printf("  FMD%d%c[%2d,%3d] = %6.3f / %6.3f\n", d, r, s, t, m, e);
+      return kTRUE;
+    }
+  };
+}
+
+
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::FillESD(AliRunLoader* /*fRunLoader*/, 
-                            AliESD* /*esd*/) const
+AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */, 
+                            TTree*  /* clusterTree */,
+                            AliESDEvent* esd) const
 {
   // nothing to be done
+  // FIXME: The vertex may not be known when Reconstruct is executed,
+  // so we may have to move some of that member function here. 
+  AliFMDDebug(2, ("Calling FillESD with two trees and one ESD"));
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  // fESDObj->Print();
+
+  // Fix up ESD so that only truely dead channels get the kInvalidMult flag. 
+  MarkDeadChannels(fESDObj);
 
+  Double_t oldVz = fCurrentVertex;
+  GetVertex(esd);
+  if (fVertexType != kNoVertex) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Revertexing the ESD data to vz=%f (was %f)",
+                   fCurrentVertex, oldVz));
+    AliFMDESDRevertexer revertexer;
+    revertexer.Revertex(fESDObj, fCurrentVertex);
+  }
+  
+  if (AliDebugLevel() > 10) { 
+    ESDPrinter p;
+    fESDObj->ForEach(p);
+  }
+
+  if (esd) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Writing FMD data to ESD tree"));
+    esd->SetFMDData(fESDObj);
+  }
+
+  if (!fDiagnostics || !esd) return;
+  static bool first = true;
+  // This is most likely NOT the event number you'd like to use. It
+  // has nothing to do with the 'real' event number. 
+  // - That's OK.  We just use it for the name of the directory -
+  // nothing else.  Christian
+  Int_t evno = esd->GetEventNumberInFile(); 
+  AliFMDDebug(3, ("Writing diagnostics histograms to FMD.Diag.root/%03d",evno));
+  TFile f("FMD.Diag.root", (first ? "RECREATE" : "UPDATE"));
+  first = false;
+  f.cd(); 
+  TDirectory* d = f.mkdir(Form("%03d", evno), 
+                         Form("Diagnostics histograms for event # %d", evno));
+  d->cd();
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Write();
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Write();
+  if (fDiagStep3) fDiagStep3->Write();
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Write();
+  if (fDiagAll)   fDiagAll->Write();
+  d->Write();
+  f.Write();
+  f.Close();
+
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Reset();
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Reset();
+  if (fDiagStep3) fDiagStep3->Reset();
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Reset();
+  if (fDiagAll)   fDiagAll->Reset();
 }
 
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::FillESD(AliRawReader*, TTree* clusterTree, 
+                            AliESDEvent* esd) const
+{
+  // 
+  // Forwards to above member function 
+  //
+  if (fZombie) { 
+    AliWarning("I'm a zombie - cannot do anything");
+    return;
+  }
+  TTree* dummy = 0;
+  FillESD(dummy, clusterTree, esd);
+}
 //____________________________________________________________________
 //
 // EOF