]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ITS/AliITS.cxx
commented define _ClusterTopology_ - to be used only for the special productions
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITS.cxx
index 5bf1afb811ad1d22f16e12dcfe040ea0266488c3..ae9d9b566e9624a347377379a041e545ee8e0b29 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.54  2001/05/31 20:37:56  barbera
-Bari/Salerno model set as defaault SPD simulation
-
-Revision 1.53  2001/05/31 18:52:24 barbera 
-Bari model becomes the default
-
-Revision 1.53  2001/05/30 07:52:24  hristov
-TPC and CONTAINERS included in the search path
-
-Revision 1.52  2001/05/30 06:04:58  hristov
-Changes made to be consitant with changes in TPC tracking classes (B.Nilsen)
-
-Revision 1.51  2001/05/16 14:57:15  alibrary
-New files for folders and Stack
-
-Revision 1.50  2001/05/11 09:15:21  barbera
-Corrected to make fast point creation working with PPR geometry
-
-Revision 1.49  2001/05/11 07:37:49  hristov
-Legacy lines commented
-
-Revision 1.48  2001/05/10 18:14:25  barbera
-A typo corrected
-
-Revision 1.47  2001/05/10 17:55:59  barbera
-Modified to create rec points also for PPR geometries
-
-Revision 1.46  2001/05/10 00:05:28  nilsen
-Allowed for HitsToDigits function to work with versions 5, 7, 8, and 9. This
-should probably be cleaned up to only check to make sure that fITSgeom has
-been properly defined.
-
-Revision 1.45  2001/05/01 22:35:48  nilsen
-Remove/commented a number of cout<< statements. and made change needed by
-SSD code.
-
-Revision 1.44  2001/04/26 22:44:01  nilsen
-Removed dependence on layer 5/6 in AliITS::HitsToDigits. This will be
-done properly in AliITSv???.cxx via SetDefaults.
-
-Revision 1.43  2001/04/26 13:22:52  barbera
-TMatrix and TVector elimininated to speed up the code
-
-Revision 1.42  2001/04/25 21:55:12  barbera
-Updated version to be compatible with actual verion of STEER and TPC
-
-Revision 1.41  2001/04/21 15:16:51  barbera
-Updated with the new SSD reconstruction code
-
-Revision 1.40  2001/03/17 15:07:06  mariana
-Update SDD response parameters
-
-Revision 1.39  2001/03/12 17:45:32  hristov
-Changes needed on Sun with CC 5.0
-
-Revision 1.38  2001/03/07 14:04:51  barbera
-Some vector dimensions increased to cope with full events
-
-Revision 1.37  2001/03/07 12:36:35  barbera
-A change added in the tracking part to manage delta rays
-
-Revision 1.36  2001/03/02 19:44:11  barbera
- modified to taking into account new version tracking v1
-
-Revision 1.35  2001/02/28 18:16:46  mariana
-Make the code compatible with the new AliRun
-
-Revision 1.34  2001/02/11 15:51:39  mariana
-Set protection in MakeBranch
-
-Revision 1.33  2001/02/10 22:26:39  mariana
-Move the initialization of the containers for raw clusters in MakeTreeC()
-
-Revision 1.32  2001/02/08 23:55:31  nilsen
-Removed fMajor/MinorVersion variables in favor of variables in derived classes.
-Set arrays char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"} as const.
-
-Revision 1.31  2001/02/02 23:57:28  nilsen
-Added include file that are no londer included in AliITSgeom.h
-
-Revision 1.30  2001/01/30 09:23:13  hristov
-Streamers removed (R.Brun)
+/* $Id$ */
 
-Revision 1.29  2001/01/26 20:01:09  hristov
-Major upgrade of AliRoot code
-
-Revision 1.28  2000/12/18 14:02:00  barbera
-new version of the ITS tracking to take into account the new TPC track parametrization
-
-Revision 1.27  2000/12/08 13:49:27  barbera
-Hidden declaration in a for loop removed to be compliant with HP-UX compiler
-
-Revision 1.26  2000/11/27 13:12:13  barbera
-New version containing the files for tracking
-
-Revision 1.25  2000/11/12 22:38:05  barbera
-Added header file for the SPD Bari model
-
-Revision 1.24  2000/10/09 22:18:12  barbera
-Bug fixes from MAriana to le AliITStest.C run correctly
-
-Revision 1.23  2000/10/05 20:47:42  nilsen
-fixed dependencies of include files. Tryed but failed to get a root automaticly
-generates streamer function to work. Modified SetDefaults.
-
-Revision 1.9.2.15  2000/10/04 16:56:40  nilsen
-Needed to include stdlib.h
-
-=======
-Revision 1.22  2000/10/04 19:45:52  barbera
-Corrected by F. Carminati for v3.04
-
-Revision 1.21  2000/10/02 21:28:08  fca
-Removal of useless dependecies via forward declarations
-
-Revision 1.20  2000/10/02 16:31:39  barbera
-General code clean-up
-
-Revision 1.9.2.14  2000/10/02 15:43:51  barbera
-General code clean-up (e.g., printf -> cout)
-
-Revision 1.19  2000/09/22 12:13:25  nilsen
-Patches and updates for fixes to this and other routines.
-
-Revision 1.18  2000/07/12 05:32:20  fca
-Correcting several syntax problem with static members
-
-Revision 1.17  2000/07/10 16:07:18  fca
-Release version of ITS code
-
-Revision 1.9.2.3  2000/02/02 13:42:09  barbera
-fixed AliITS.cxx for new AliRun structure. Added ITS hits list to list of hits which will have their track numbers updated
-
-Revision 1.9.2.2  2000/01/23 03:03:13  nilsen
-//fixed FillModule. Removed fi(fabs(xl)<dx....
-
-Revision 1.9.2.1  2000/01/12 19:03:32  nilsen
-This is the version of the files after the merging done in December 1999.
-See the ReadMe110100.txt file for details
-
-Revision 1.9  1999/11/14 14:33:25  fca
-Correct problems with distructors and pointers, thanks to I.Hrivnacova
-
-Revision 1.8  1999/09/29 09:24:19  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
-
-*/
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//
-//      An overview of the basic philosophy of the ITS code development
-// and analysis is show in the figure below.
-//Begin_Html
-/*
+//                                                                           //
+//      An overview of the basic philosophy of the ITS code development      //
+// and analysis is show in the figure below.                                 //
+//Begin_Html                                                                 //
+/*                                               
 <img src="picts/ITS/ITS_Analysis_schema.gif">
 </pre>
 <br clear=left>
@@ -211,1170 +64,1356 @@ the AliITS class.
 // futher information.
 //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-#include <iostream.h>
-#include <iomanip.h>
-#include <fstream.h>
+
 #include <stdlib.h>
-#include <TMath.h>
-#include <TRandom.h>
-#include <TBranch.h>
-#include <TVector.h>
 #include <TClonesArray.h>
-#include <TROOT.h>
-#include <TObjectTable.h>
 #include <TFile.h>
-#include <TTree.h>
+#include <TParticle.h>
 #include <TString.h>
-//#include <TParticle.h>
-
-
-#include "AliRun.h"
+#include <TTree.h>
+#include <TVirtualMC.h>
+#include <TArrayI.h>
+#include "AliDetector.h"
 #include "AliITS.h"
-#include "AliITSMap.h"
-#include "AliITSDetType.h"
-#include "AliITSClusterFinder.h"
-#include "AliITSsimulationSPD.h"
-#include "AliITSsimulationSDD.h"
-#include "AliITSsimulationSSD.h"
-#include "AliITSresponse.h"
-#include "AliITSsegmentationSPD.h"
-#include "AliITSresponseSPD.h"
-#include "AliITSresponseSPDdubna.h"
-#include "AliITSsegmentationSDD.h"
-#include "AliITSresponseSDD.h"
-#include "AliITSsegmentationSSD.h"
-#include "AliITSresponseSSD.h"
+#include "AliITSDetTypeSim.h"
+#include "AliITSDDLRawData.h"
+#include "AliITSLoader.h"
 #include "AliITShit.h"
-#include "AliITSgeom.h"
-#include "AliITSdigit.h"
 #include "AliITSmodule.h"
-#include "AliITSRecPoint.h"
-#include "AliITSRawCluster.h"
+#include "AliITSpListItem.h"
+#include "AliITSsimulation.h"
+#include "AliITSsimulationFastPoints.h"
 #include "AliMC.h"
-#include "stdlib.h"
-
-//#include "AliKalmanTrack.h" 
-//#include "AliMagF.h"
-//#include "AliITStrack.h"
-//#include "AliITSiotrack.h"
-//#include "AliITStracking.h"
-//#include "AliITSRad.h"   
-//#include "AliTPC.h"
-//#include "AliTPCParam.h"
-//#include "AliTPCtracker.h"
+#include "AliITSDigitizer.h"
+#include "AliITSRecPoint.h"
+#include "AliITSsegmentationSPD.h"
+#include "AliITSsegmentationSDD.h"
+#include "AliITSsimulationSDD.h"
+#include "AliITSCalibrationSDD.h"
+#include "AliITSCalibrationSSD.h"
+#include "AliITSsegmentationSSD.h"
+#include "AliITSRawStreamSPD.h"
+#include "AliITSRawStreamSSD.h"
+#include "AliITSRawStreamSDD.h"
+#include "AliRawReader.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliITSInitGeometry.h"
+#include "AliITSFOSignalsSPD.h"
 
 ClassImp(AliITS)
-//_____________________________________________________________________________
-AliITS::AliITS() : AliDetector() {
-  //
-  // Default initialiser for ITS
-  //     The default constructor of the AliITS class. In addition to
+
+//______________________________________________________________________
+AliITS::AliITS() : AliDetector(),
+fDetTypeSim(0),
+fEuclidOut(0),
+fOpt("All"),
+fIdN(0),
+fIdSens(0),
+fIdName(0),
+fITSmodules(0),
+fTiming(kFALSE),
+fSimuParam(0),
+fModA(0),
+fpSDigits(0)
+{
+  // Default initializer for ITS
+  //      The default constructor of the AliITS class. In addition to
   // creating the AliITS class it zeros the variables fIshunt (a member
   // of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros the pointers
-  // fITSpoints, fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
+  // fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
   // is also called.
-  //
-
+  
+//    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
+//PH    SetMarkerColor(kRed);
+  for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
+}
+//______________________________________________________________________
+AliITS::AliITS(const Char_t *title):
+  AliDetector("ITS",title),
+  fDetTypeSim(0),
+  fEuclidOut(0),
+  fOpt("All"),
+  fIdN(0),
+  fIdSens(0),
+  fIdName(0),
+  fITSmodules(0),
+  fTiming(kFALSE),
+  fSimuParam(0),
+  fModA(0),
+  fpSDigits(0)
+{
+    //     The standard Constructor for the ITS class. 
+    // It also zeros the variables
+    // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
+    // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
+    // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
+    // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
+    // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
+    // class for a description of these parameters and its constructor
+    // functions.
+    // Inputs:
+    //   Char_t *title  Simulation title for the ITS
+    // Outputs:
+    //   none.
+    // Return:
+    //   none.
+  
+    fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560); // from AliDetector
+    if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
+    //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
+    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
+    fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
+    //PH  SetMarkerColor(kRed);
+    if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
+    fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+    for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
+}
+//______________________________________________________________________
+AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):
+  AliDetector(name,title),
+  fDetTypeSim(0),
+  fEuclidOut(0),
+  fOpt("All"),
+  fIdN(0),
+  fIdSens(0),
+  fIdName(0),
+  fITSmodules(0),
+  fTiming(kFALSE),
+  fSimuParam(0),
+  fModA(0),
+  fpSDigits(0)
+{
+  //     The standard Constructor for the ITS class. 
+  // It also zeros the variables
+  // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
+  // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
+  // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
+  // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
+  // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
+  // class for a description of these parameters and its constructor
+  // functions.
+  
+  fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560);
+  if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
+  //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
 
-  fIshunt     = 0;
-  fEuclidOut  = 0;
+  SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
+    
+  fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
+  //PH  SetMarkerColor(kRed);
+  if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
+}
+//______________________________________________________________________
+AliITS::~AliITS(){
+    // Default destructor for ITS.
+    //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
+    // the AliITS class it deletes the memory pointed to by 
+    // fIdSens, fIdName, fDetTypeSim and it's contents.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+    if (fHits) {
+      fHits->Delete();
+      delete fHits;
+      fHits=0;
+    }
+    if(fITSmodules) {
+        this->ClearModules();
+        delete fITSmodules;
+       fITSmodules = 0;
+    }// end if fITSmodules!=0
+
+    delete[] fIdName;  // Array of TStrings
+    delete[] fIdSens;
+    Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
+    if (fDetTypeSim){
+      delete fDetTypeSim;
+      fDetTypeSim = 0;
+    }
+    if(fSimuParam){
+      delete fSimuParam;
+      fSimuParam=0;
+    }
+    if(fModA){
+      if(size>0){
+       for(Int_t j=0; j<size; j++){
+         fModA[j]->Delete();
+         delete fModA[j];
+       }
+      }
+      delete []fModA;
+    }
+    if(fpSDigits){
+      fpSDigits->Delete();
+      delete fpSDigits;
+    }
+}
 
-  fNDetTypes = kNTYPES;
-  fIdN        = 0;
-  fIdName     = 0;
-  fIdSens     = 0;
-  fITSmodules = 0;
-  //
-  fDetTypes   = 0;
-  //
-  fDtype  = 0;
-  fNdtype = 0;
-  fCtype  = 0;
-  fNctype = 0;
-  fRecPoints = 0;
-  fNRecPoints = 0;
-  fTreeC = 0;
-  //
-  fITSgeom=0;
+//______________________________________________________________________
+AliDigitizer* AliITS::CreateDigitizer(AliDigitizationInput* digInput)const{
+    // Creates the AliITSDigitizer in a standard way for use via AliModule.
+    // This function can not be included in the .h file because of problems
+    // with the order of inclusion (recursive).
+    // Inputs:
+    //    AliDigitizationInput* digInput  The Manger class for Digitization
+    // Output:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    A new AliITSRunDigitizer (cast as a AliDigitizer).
+
+     return new AliITSDigitizer(digInput);
+}
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::Init(){
+    // Initializer ITS after it has been built
+    //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be
+    // called from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
+    // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
+    // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster
+    // classes therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+    Int_t i;
+    // Array of TStrings
+    if(TVirtualMC::GetMC()) for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = TVirtualMC::GetMC()->VolId(fIdName[i]);
 }
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::SetDefaults(){
+    // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+    AliInfoClass("AliITS::Setting Defaults");
+    if(!fDetTypeSim) { 
+     Error("SetDefaults()","fDetTypeSim is 0!"); 
+     return;
+    }
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):AliDetector(name,title){
-  //
-  // Default initialiser for ITS
-  //     The constructor of the AliITS class. In addition to creating the
-  // AliITS class, it allocates memory for the TClonesArrays fHits and
-  // fDigits, and for the TObjArray fITSpoints. It also zeros the variables
-  // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros
-  // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the ROOT
-  // macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The variables
-  // passes with this constructor, const char *name and *title, are used by
-  // the constructor of AliDetector class. See AliDetector class for a
-  // description of these parameters and its constructor functions.
-  //
+    fDetTypeSim->SetDefaults();
+    if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
+}
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::SetDefaultSimulation(){
+    // sets the default simulation.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+    if(!fDetTypeSim) { 
+     Error("SetDefaultSimulation()","fDetTypeSim is 0!"); 
+     return;
+    }
 
-  fHits       = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
-  gAlice->AddHitList(fHits);
+    fDetTypeSim->SetDefaultSimulation();
+    if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
-  fNDetTypes = kNTYPES;
+}
 
-  fNdtype = new Int_t[kNTYPES];
-  fDtype = new TObjArray(kNTYPES);
 
-  fNctype = new Int_t[kNTYPES];
-  fCtype = new TObjArray(kNTYPES);
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::MakeBranch(Option_t* option){
+    // Creates Tree branches for the ITS.
+    // Inputs:
+    //      Option_t *option    String of Tree types S,D, and/or R.
+    //      const char *file    String of the file name where these branches
+    //                          are to be stored. If blank then these branches
+    //                          are written to the same tree as the Hits were
+    //                          read from.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("MakeBranch","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
+  }
 
+  Bool_t cH = (strstr(option,"H")!=0);
+  Bool_t cS = (strstr(option,"S")!=0);
+  Bool_t cD = (strstr(option,"D")!=0);
+  
+  if(cH && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
+  AliDetector::MakeBranch(option);
+  
+  if(cS) MakeBranchS(0);
+  if(cD) MakeBranchD(0);
 
-  fRecPoints = 0;
-  fNRecPoints = 0;
 
-  fTreeC = 0;
+}
+//___________________________________________________________________
+void AliITS::MakeBranchS(const char* fl){
 
-  fITSmodules = 0; 
+  // Creates Tree Branch for the ITS summable digits.
+  // Inputs:
+  //      cont char *fl  File name where SDigits branch is to be written
+  //                     to. If blank it write the SDigits to the same
+  //                     file in which the Hits were found.
 
-  fIshunt     = 0;
-  fEuclidOut  = 0;
-  fIdN        = 0;
-  fIdName     = 0;
-  fIdSens     = 0;
-  fDetTypes = new TObjArray(kNTYPES);  
-
-  Int_t i;
-  for(i=0;i<kNTYPES;i++) {
-    fDetTypes->AddAt(new AliITSDetType(),i); 
-    fNdtype[i]=0;
-    fNctype[i]=0;
-   }
-  //
+  
+  if(!fDetTypeSim){
+    Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
+  }
+  Int_t buffersize = 4000;
+  char branchname[31];
 
-  SetMarkerColor(kRed);
+  // only one branch for SDigits.
+  snprintf(branchname,30,"%s",GetName());
 
-  fITSgeom=0;
-}
-//___________________________________________________________________________
-AliITS::AliITS(AliITS &source){
-  // copy constructor
-  if(this==&source) return;
-  Error("AliITS::Copy constructor",
-       "You are not allowed to make a copy of the AliITS");
-  exit(1);
-}
-//____________________________________________________________________________
-AliITS& AliITS::operator=(AliITS &source){
-  // assignment operator
-  if(this==&source) return *this;
-  Error("AliITS::operator=",
-       "You are not allowed to make a copy of the AliITS");
-  exit(1);
-  return *this; //fake return
+  if(fLoader->TreeS()){
+    TClonesArray* sdig = (TClonesArray*)fDetTypeSim->GetSDigits();
+    MakeBranchInTree(fLoader->TreeS(),branchname,&sdig,buffersize,fl);
+  } 
 }
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::ClearModules(){
-  //clear the modules TObjArray
-
-  if(fITSmodules) fITSmodules->Delete();
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::MakeBranchD(const char* file){
 
+  //Make branch for digits
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Warning("MakeBranchD","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
+  }
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  MakeBranchInTreeD(fLoader->TreeD(),file);
 }
-//_____________________________________________________________________________
-AliITS::~AliITS(){
-  //
-  // Default distructor for ITS
-  //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
-  // the AliITS class it deletes the memory pointed to by the fHits, fDigits,
-  // fIdSens, fIdName, and fITSpoints.
-  //
 
+//___________________________________________________________________
+void AliITS:: MakeBranchInTreeD(TTree* treeD, const char* file){
+  // Creates Tree branches for the ITS.
 
-  delete fHits;
-  delete fDigits;
-  delete fRecPoints;
-//  delete fIdName;        // TObjArray of TObjStrings
-  if(fIdName!=0) delete[] fIdName;  // Array of TStrings
-  if(fIdSens!=0) delete[] fIdSens;
-  if(fITSmodules!=0) {
-      this->ClearModules();
-      delete fITSmodules;
-  }// end if fITSmodules!=0
+  if(!fDetTypeSim){
+    Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
+  }
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
-  //
-  if(fDtype) {
-    fDtype->Delete();
-    delete fDtype;
+  const Char_t *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
+  const Char_t* digclass;
+  Int_t buffersize = 4000;
+  Char_t branchname[31];
+  
+  if(!fDetTypeSim->GetDigits()){
+    fDetTypeSim->SetDigits(new TObjArray(fgkNTYPES));
   }
-  delete [] fNdtype;
-  if (fCtype) {
-    fCtype->Delete();
-    delete fCtype;
+  for(Int_t i=0;i<fgkNTYPES;i++){
+    digclass = fDetTypeSim->GetDigitClassName(i);
+    TString classn = digclass;
+    if(!((fDetTypeSim->GetDigits())->At(i))){
+      (fDetTypeSim->GetDigits())->AddAt(new TClonesArray(classn.Data(),1000),i);
+    }
+    else ResetDigits(i);  
+    if(fgkNTYPES==3) snprintf(branchname,30,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
+    else sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
+    TObjArray* dig = DigitsAddress(i);
+    if(GetDigits() && treeD) AliDetector::MakeBranchInTree(treeD,branchname, &dig,buffersize,file);
   }
-  delete [] fNctype;
-  //
 
-  if (fDetTypes) {
-    fDetTypes->Delete();
-    delete fDetTypes;
+}
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::SetTreeAddress(){
+    // Set branch address for the Trees.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+    
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("SetTreeAddress","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
   }
 
-  if (fTreeC) delete fTreeC;
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
-  if (fITSgeom) delete fITSgeom;
-
-}
-
-//___________________________________________
-AliITSDetType* AliITS::DetType(Int_t id)
-{
-  //return pointer to id detector type
-    return ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id]);
+  TTree *treeS = fLoader->TreeS();
+  TTree *treeD = fLoader->TreeD();
+  if (fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
+      fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
+  }
+  AliDetector::SetTreeAddress();
 
+  fDetTypeSim->SetTreeAddressS(treeS, (Char_t*)GetName());
+  fDetTypeSim->SetTreeAddressD(treeD, (Char_t*)GetName());
 }
-//___________________________________________
-void AliITS::SetClasses(Int_t id, const char *digit, const char *cluster)
-{
-  //set the digit and cluster classes to be used for the id detector type
-    ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id])->ClassNames(digit,cluster);
-
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
+    // Add an ITS hit
+    //     The function to add information to the AliITShit class. See the
+    // AliITShit class for a full description. This function allocates the
+    // necessary new space for the hit information and passes the variable
+    // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
+    // function.
+    // Inputs:
+    //      Int_t   track   Track number which produced this hit.
+    //      Int_t   *vol    Array of Integer Hit information. See AliITShit.h
+    //      Float_t *hits   Array of Floating Hit information.  see AliITShit.h
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+  TClonesArray &lhits = *fHits;
+  new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
 }
-//___________________________________________
-void AliITS::SetResponseModel(Int_t id, AliITSresponse *response)
-{
-  //set the response model for the id detector type
 
-    ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id])->ResponseModel(response);
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::FillModules(Int_t /* evnt */,Int_t bgrev,Int_t /* nmodules */,
+                         Option_t *option, const char *filename){
+  // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from
+  // background if option=Add.
 
+  static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
+  static Bool_t first=kTRUE;
+  static TFile *file;
+  const char *addBgr = strstr(option,"Add");
+  
+  if (addBgr ) {
+    if(first) {
+      file=new TFile(filename);
+    } // end if first
+    first=kFALSE;
+    file->cd();
+    file->ls();
+    // Get Hits Tree header from file
+    if(trH1) delete trH1;
+    trH1=0;
+    
+    char treeName[21];
+    snprintf(treeName,20,"TreeH%d",bgrev);
+    trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
+    if (!trH1) {
+      Error("FillModules","cannot find Hits Tree for event:%d",bgrev);
+    } // end if !trH1
+    // Set branch addresses
+  } // end if addBgr
+  
+  FillModules(fLoader->TreeH(),0); // fill from this file's tree.
+    
+  if (addBgr ) {
+    FillModules(trH1,10000000); // Default mask 10M.
+    TTree *fAli=fLoader->GetRunLoader()->TreeK();
+    TFile *fileAli=0;
+    if (fAli) {
+      fileAli =fAli->GetCurrentFile();
+      fileAli->cd();
+    }
+  } // end if add
+  
+  
 }
-
-//___________________________________________
-void AliITS::SetSegmentationModel(Int_t id, AliITSsegmentation *seg)
-{
-  //set the segmentation model for the id detector type
-
-    ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id])->SegmentationModel(seg);
-
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::FillModules(TTree *treeH, Int_t mask) {
+    // fill the modules with the sorted by module hits; 
+    // can be called many times to do a merging
+    // Inputs:
+    //      TTree *treeH  The tree containing the hits to be copied into
+    //                    the modules.
+    //      Int_t mask    The track number mask to indecate which file
+    //                    this hits came from.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+    if (treeH == 0x0)
+     {
+       AliError("Tree H  is NULL");
+       return;
+     }
+    Int_t lay,lad,det,index;
+    AliITShit *itsHit=0;
+    AliITSmodule *mod=0;
+    char branchname[21];
+    snprintf(branchname,20,"%s",GetName());
+    TBranch *branch = treeH->GetBranch(branchname);
+    if (!branch) {
+        Error("FillModules","%s branch in TreeH not found",branchname);
+        return;
+    } // end if !branch
+    branch->SetAddress(&fHits);
+    Int_t nTracks =(Int_t) treeH->GetEntries();
+    Int_t iPrimTrack,h;
+    for(iPrimTrack=0; iPrimTrack<nTracks; iPrimTrack++){
+        ResetHits();
+        Int_t nBytes = treeH->GetEvent(iPrimTrack);
+        if (nBytes <= 0) continue;
+        Int_t nHits = fHits->GetEntriesFast();
+        for(h=0; h<nHits; h++){
+            itsHit = (AliITShit *)fHits->UncheckedAt(h);
+            itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
+            if (GetITSgeom()) {
+                index = GetITSgeom()->GetModuleIndex(lay,lad,det);
+            } else {
+                index=det-1; // This should not be used.
+            } // end if [You must have fITSgeom for this to work!]
+            mod = GetModule(index);
+            itsHit->SetTrack(itsHit->GetTrack()+mask); // Set track mask.
+            mod->AddHit(itsHit,iPrimTrack,h);
+        } // end loop over hits 
+    } // end loop over tracks
 }
 
-//___________________________________________
-void AliITS::SetSimulationModel(Int_t id, AliITSsimulation *sim)
-{
-  //set the simulation model for the id detector type
-
-   ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id])->SimulationModel(sim);
+//______________________________________________________________________
+Bool_t AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
+    // Initialize the modules array.
+    // Inputs:
+    //      Int_t size  Size of array of the number of modules to be
+    //                  created. If size <=0 then the number of modules
+    //                  is gotten from AliITSgeom class kept in fITSgeom.
+    // Outputs:
+    //      Int_t &nmodules The number of modules existing.
+    // Return:
+    //      none.
+
+    if(fITSmodules){ 
+        fITSmodules->Delete();
+        delete fITSmodules;
+    } // end fir fITSmoudles
+
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("InitModules","fDetTypeSim is null!");
+      return kFALSE;
+    }
+    if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
-}
-//___________________________________________
-void AliITS::SetReconstructionModel(Int_t id, AliITSClusterFinder *reconst)
-{
-  //set the cluster finder model for the id detector type
+    Int_t nl,indexMAX,index;
 
-   ((AliITSDetType*) (*fDetTypes)[id])->ReconstructionModel(reconst);
+    if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
+        if(fDetTypeSim->GetITSgeom()==0) {
+            Error("InitModules","fITSgeom not defined");
+            return kFALSE;
+        } // end if fITSgeom==0
+        nl = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetNlayers();
+        indexMAX = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetIndexMax();
+        nmodules = indexMAX;
+        fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
+        for(index=0;index<indexMAX;index++){
+            fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
+        } // end for index
+    }else{
+        fITSmodules = new TObjArray(size);
+        for(index=0;index<size;index++) {
+            fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
+        } // end for index
 
+        nmodules = size;
+    } // end i size<=0
+    return kTRUE;
 }
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::Hits2SDigits(){
+    // Standard Hits to summable Digits function.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+  
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
-  //
-  // Add an ITS hit
-  //     The function to add information to the AliITShit class. See the
-  // AliITShit class for a full description. This function allocates the
-  // necessary new space for the hit information and passes the variable
-  // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
-  // function.
-  //
-  TClonesArray &lhits = *fHits;
-  new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
+   if(!fDetTypeSim) {
+     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is null!");
+     return; 
+  } 
+     
+  SetDefaults();
+  fLoader->LoadHits("read");
+  fLoader->LoadSDigits("recreate");
+  AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+
+  for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+        // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
+        // Event number from file, no background hit merging , use size from
+        // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
+    rl->GetEvent(iEvent);
+    if (!fLoader->TreeS()) fLoader->MakeTree("S");
+    MakeBranch("S");
+    SetTreeAddress();
+    HitsToPreDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
+  } // end for iEvent
+    
+  fLoader->UnloadHits();
+  fLoader->UnloadSDigits();
+  
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddRealDigit(Int_t id, Int_t *digits) 
-{
-  // add a real digit - as coming from data
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::Hits2Digits(){
 
-  TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)(*fDtype)[id]);
-  new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigit(digits);
-
-}
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddSimDigit(Int_t id, AliITSdigit *d) 
-{
-
-  // add a simulated digit
-
-  TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)(*fDtype)[id]);
-
-  switch(id)
-  {
-  case 0:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSPD(*((AliITSdigitSPD*)d));
-     break;
-  case 1:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSDD(*((AliITSdigitSDD*)d));
-     break;
-  case 2:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSSD(*((AliITSdigitSSD*)d));
-     break;
+  //Conversion from hits to digits
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
   }
+   
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  SetDefaults();
 
+  fLoader->LoadHits("read");
+  fLoader->LoadDigits("recreate");
+  AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
+  for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+    rl->GetEvent(iEvent);
+    if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
+    MakeBranch("D");
+    SetTreeAddress();   
+    HitsToDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
+  } 
+  
+  fLoader->UnloadHits();
+  fLoader->UnloadDigits();
+  
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddSimDigit(Int_t id,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,Int_t *hits,Float_t *charges){
-
-  // add a simulated digit to the list
-
-  TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)(*fDtype)[id]);
-  switch(id)
-  {
-  case 0:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSPD(digits,tracks,hits);
-     break;
-  case 1:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSDD(phys,digits,tracks,hits,charges);
-     break;
-  case 2:
-     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSSD(digits,tracks,hits);
-     break;
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
+                          Option_t *option,Option_t *opt,
+                          const char *filename){
+    //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
+    // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
+    // the condition below will disappear when the geom class will be
+    // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
+    // 7 is the SDD beam test version.
+    // Inputs:
+    //      Int_t evnt       Event to be processed.
+    //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
+    //      Int_t nmodules   Not used.
+    //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
+    //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
+    //                       background hits are considered.
+    //      Test_t *filename File name containing the background hits..
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("HitsToDigits","fDetTypeSim is null!");
+    return;
   }
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
+  AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
+
+  const char *all = strstr(opt,"All");
+  const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
+                       strstr(opt,"SSD")};
+  static Bool_t setDef=kTRUE;
+  if (setDef) SetDefaultSimulation();
+  setDef=kFALSE;
+  
+  Int_t nmodules;
+  InitModules(size,nmodules);
+  FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
+  // Reset Fast-OR signals for this event
+  fDetTypeSim->ResetFOSignals();
+
+  AliITSsimulation *sim      = 0;
+  AliITSmodule     *mod      = 0;
+  Int_t id;
+  for(Int_t module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
+    id       = geom->GetModuleType(module);
+    if (!all && !det[id]) continue;
+    sim      = (AliITSsimulation*)fDetTypeSim->GetSimulationModel(id);
+    if (!sim) {
+      Error("HitsToDigits","The simulation class was not "
+           "instanciated for module %d type %s!",module,
+           geom->GetModuleTypeName(module));
+      exit(1);
+    } // end if !sim
+    mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
+    sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
+    // fills all branches - wasted disk space
+    fLoader->TreeD()->Fill(); 
+    ResetDigits();
+  } // end for module
+  
+  ClearModules();
  
+  // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
+  if (all || det[0]) { // SPD present
+    WriteFOSignals();
+  }
+  
+  fLoader->TreeD()->GetEntries();
+  fLoader->TreeD()->AutoSave();
+  // reset tree
+  fLoader->TreeD()->Reset();
 }
+//_____________________________________________________________________
+void AliITS::Hits2PreDigits(){ 
+  // Turn hits into SDigits
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddCluster(Int_t id, AliITSRawCluster *c) 
-{
-
-  // add a cluster to the list
-
-  TClonesArray &lcl = *((TClonesArray*)(*fCtype)[id]);
-
-  switch(id)
-  {
-  case 0:
-     new(lcl[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSPD(*((AliITSRawClusterSPD*)c));
-     break;
-  case 1:
-     new(lcl[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSDD(*((AliITSRawClusterSDD*)c));
-     break;
-  case 2:
-     new(lcl[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSSD(*((AliITSRawClusterSSD*)c));
-     break;
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
   }
-
+   
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  SetDefaults();
+  
+  HitsToPreDigits(fLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber(),
+                 0,-1," ",fOpt," ");
 }
 
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::HitsToPreDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
+                             Option_t *option,Option_t *opt,
+                             const char *filename){
+    //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
+    // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
+    // the condition below will disappear when the geom class will be
+    // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
+    // 7 is the SDD beam test version.
+    // Inputs:
+    //      Int_t evnt       Event to be processed.
+    //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
+    //      Int_t nmodules   Not used.
+    //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
+    //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
+    //                       background hits are considered.
+    //      Test_t *filename File name containing the background hits..
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::AddRecPoint(const AliITSRecPoint &r)
-{
-  //
-  // Add a reconstructed space point to the list
-  //
-  TClonesArray &lrecp = *fRecPoints;
-  new(lrecp[fNRecPoints++]) AliITSRecPoint(r);
-}
  
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("HitsToPreDigits","fDetTypeSim is null!");
+    return;
+  }
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 
-//____________________________________________
-void AliITS::ResetDigits()
-{
-    //
-    // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector
-    //
+  if(!GetITSgeom()){
+    Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
+    return; // need transformations to do digitization.
+  }
+  AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 
-    if (!fDtype) return;
+  const char *all = strstr(opt,"All");
+  const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
+                       strstr(opt,"SSD")};
+  static Bool_t setDef=kTRUE;
+  if (setDef) SetDefaultSimulation();
+  setDef=kFALSE;
+  
+  Int_t nmodules;
+  InitModules(size,nmodules);
+  FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
+  
 
-    Int_t i;
-    for (i=0;i<kNTYPES;i++ ) {
-       if ((*fDtype)[i])    ((TClonesArray*)(*fDtype)[i])->Clear();
-       if (fNdtype)  fNdtype[i]=0;
-    }
-}
+  AliITSsimulation *sim      = 0;
+  AliITSmodule     *mod      = 0;
+  Int_t id,module;
+  for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
+    id       = geom->GetModuleType(module);
+    if (!all && !det[id]) continue;
+    sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
+    if (!sim) {
+      Error("HitsToPreDigits","The simulation class was not "
+           "instanciated for module %d type %s!",module,
+           geom->GetModuleTypeName(module));
+      exit(1);
+    } // end if !sim
+    mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
+    sim->SDigitiseModule(mod,module,evNumber);
+    // fills all branches - wasted disk space
+    fLoader->TreeS()->Fill(); 
+    fDetTypeSim->ResetSDigits();
+  } // end for module
+
+  ClearModules();
 
-//____________________________________________
-void AliITS::ResetDigits(Int_t i)
-{
-    //
-    // Reset number of digits and the digits array for this branch
-    //
-  if ((*fDtype)[i])    ((TClonesArray*)(*fDtype)[i])->Clear();
-  if (fNdtype)  fNdtype[i]=0;
+  
+  fLoader->TreeS()->GetEntries();
+  fLoader->TreeS()->AutoSave();
+  fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
+  // reset tree
+  fLoader->TreeS()->Reset();
 }
 
+//_____________________________________________________________________
+void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
+                                  Option_t *opt0,Option_t *opt1,
+                                 const char *flnm){
+    // keep galice.root for signal and name differently the file for 
+    // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
+    // the condition below will disappear when the geom class will be
+    // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
+    // Inputs:
+    //      Int_t evnt       Event to be processed.
+    //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
+    //      Int_t size       Size used by InitModules. See InitModules.
+    //      Option_t *opt0   Option passed to FillModules. See FillModules.
+    //      Option_t *opt1   String indicating if merging hits or not. To
+    //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
+    //                       background hits are considered.
+    //      Test_t *flnm     File name containing the background hits..
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+
+
+  if(!GetITSgeom()){
+    Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
+    return; // need transformations to do digitization.
+  }
+  AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 
-//____________________________________________
-void AliITS::ResetClusters()
-{
-    //
-    // Reset number of clusters and the clusters array for ITS
-    //
-
-    Int_t i;
-    for (i=0;i<kNTYPES;i++ ) {
-       if ((*fCtype)[i])    ((TClonesArray*)(*fCtype)[i])->Clear();
-       if (fNctype)  fNctype[i]=0;
-    }
+  AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
 
-}
+  const char *all = strstr(opt1,"All");
+  const char *det[3] ={strstr(opt1,"SPD"),strstr(opt1,"SDD"),
+                      strstr(opt1,"SSD")};
+  Int_t nmodules;
+  InitModules(size,nmodules);
+  FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,opt0,flnm);
 
-//____________________________________________
-void AliITS::ResetClusters(Int_t i)
-{
-    //
-    // Reset number of clusters and the clusters array for this branch
-    //
-       if ((*fCtype)[i])    ((TClonesArray*)(*fCtype)[i])->Clear();
-       if (fNctype)  fNctype[i]=0;
+  AliITSsimulation *sim      = 0;
+  AliITSmodule     *mod      = 0;
+  Int_t id,module;
 
+  TTree *lTR = pITSloader->TreeR();
+  if(!lTR) {
+    pITSloader->MakeTree("R");
+    lTR = pITSloader->TreeR();
+  }
+  
+  TClonesArray* ptarray = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
+  TBranch* branch = (TBranch*)lTR->Branch("ITSRecPointsF",&ptarray);
+  branch->SetAddress(&ptarray);
+  //m.b. : this change is nothing but a nice way to make sure
+  //the CPU goes up !    
+  for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
+    id       = geom->GetModuleType(module);
+    if (!all && !det[id]) continue;
+    sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
+    if (!sim) {
+      Error("HitsToFastPoints","The simulation class was not "
+           "instantiated for module %d type %s!",module,
+           geom->GetModuleTypeName(module));
+      exit(1);
+    } // end if !sim
+    mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
+    sim->CreateFastRecPoints(mod,module,gRandom,ptarray);
+    lTR->Fill();
+    ptarray->Clear();
+  } // end for module
+
+  ClearModules();
+  fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+  delete ptarray;
 }
+//_____________________________________________________________________
+Int_t AliITS::Hits2Clusters(TTree *hTree, TTree *cTree) {
+  //------------------------------------------------------------
+  // This function creates ITS clusters
+  //------------------------------------------------------------
+  if(!GetITSgeom()){
+    Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
+    return 1; // need transformations to do digitization.
+  }
+  AliITSgeom *geom=GetITSgeom();
+  Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
+
+  InitModules(-1,mmax);
+  FillModules(hTree,0);
+
+  TClonesArray *points = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
+  TBranch *branch=cTree->GetBranch("ITSRecPoints");
+  if (!branch) cTree->Branch("ITSRecPoints",&points);
+  else branch->SetAddress(&points);
+
+  AliITSsimulationFastPoints sim;
+  Int_t ncl=0;
+  for (Int_t m=0; m<mmax; m++) {
+    AliITSmodule *mod=GetModule(m);      
+    sim.CreateFastRecPoints(mod,m,gRandom,points);      
+    ncl+=points->GetEntriesFast();
+    cTree->Fill();
+    points->Clear();
+  }
 
+  AliDebug(1,Form("Number of found fast clusters : %d",ncl));
 
-//____________________________________________
-void AliITS::ResetRecPoints()
-{
-    //
-    // Reset number of rec points and the rec points array 
-    //
-    if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
-    fNRecPoints = 0;
-
-}
+  //cTree->Write();
 
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliITS::DistancetoPrimitive(Int_t , Int_t ){
-  //
-  // Distance from mouse to ITS on the screen. Dummy routine
-  //     A dummy routine used by the ROOT macro display.C to allow for the
-  // use of the mouse (pointing device) in the macro. In general this should
-  // never be called. If it is it returns the number 9999 for any value of
-  // x and y.
-  //
-  return 9999;
+  delete points;
+  return 0;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::Init(){
-  //
-  // Initialise ITS after it has been built
-  //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be called
-  // from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
-  // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
-  // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes
-  // Therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
-  //
-  Int_t i;
-
-//
-  SetDefaults();
-// Array of TStrings
-  for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = gMC->VolId(fIdName[i]);
-//
+//_____________________________________________________________________
+void AliITS::CheckLabels(Int_t lab[3]) const {
+  //------------------------------------------------------------
+  // Tries to find mother's labels
+  //------------------------------------------------------------
+
+  if(lab[0]<0 && lab[1]<0 && lab[2]<0) return; // In case of no labels just exit
+
+  Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
+  for (Int_t i=0;i<3;i++){
+    Int_t label = lab[i];
+    if (label>=0 && label<ntracks) {
+      TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
+      if (part->P() < 0.005) {
+       Int_t m=part->GetFirstMother();
+       if (m<0) {      
+         continue;
+       }
+       if (part->GetStatusCode()>0) {
+         continue;
+       }
+       lab[i]=m;       
+      }
+    }    
+  }
+  
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::SetDefaults()
-{
-  // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes
-
-  if(fDebug) printf("%s: SetDefaults\n",ClassName());
-
-  AliITSDetType *iDetType;
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::SDigitsToDigits(Option_t *opt){
+  // Standard Summable digits to Digits function.
+  // Inputs:
+  //      none.
+  // Outputs:
+  //      none.
+  if (!fDetTypeSim) {
+    AliError("fDetTypeSim is 0!");
+    return;
+  }
+  const char *all = strstr(opt,"All");
+  const char *det[3] ={strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
+                      strstr(opt,"SSD")};
 
+  // Reset Fast-OR signals for this event
+  fDetTypeSim->ResetFOSignals();
 
-  //SPD 
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  SetDefaults();
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  fDetTypeSim->SDigitsToDigits(opt,(Char_t*)GetName());
 
-  iDetType=DetType(0); 
-  if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
-    AliITSsegmentationSPD *seg0=new AliITSsegmentationSPD(fITSgeom);
-    SetSegmentationModel(0,seg0); 
+  // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
+  if (all || det[0]) { // SPD present
+   WriteFOSignals();
   }
-  if (!iDetType->GetResponseModel()) {
-     SetResponseModel(0,new AliITSresponseSPD()); 
-  }
-  // set digit and raw cluster classes to be used
-  
-  const char *kData0=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
-  if (strstr(kData0,"real")) {
-      iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSPD");
-  } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSPD","AliITSRawClusterSPD");
-
-  // SDD                                         //
-  iDetType=DetType(1); 
-  if (!iDetType->GetResponseModel()) {
-    SetResponseModel(1,new AliITSresponseSDD()); 
-  }
-  AliITSresponse *resp1=iDetType->GetResponseModel();
-  if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
-    AliITSsegmentationSDD *seg1=new AliITSsegmentationSDD(fITSgeom,resp1);
-    SetSegmentationModel(1,seg1); 
-  }
-  const char *kData1=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
-  const char *kopt=iDetType->GetResponseModel()->ZeroSuppOption();
-  if ((!strstr(kopt,"2D")) && (!strstr(kopt,"1D")) || strstr(kData1,"real") ) {
-      iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSDD");
-  } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSDD","AliITSRawClusterSDD");
+}
 
-  // SSD
-  iDetType=DetType(2); 
-  if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
-    AliITSsegmentationSSD *seg2=new AliITSsegmentationSSD(fITSgeom);
-    SetSegmentationModel(2,seg2); 
-  }
-  if (!iDetType->GetResponseModel()) {
-    SetResponseModel(2,new AliITSresponseSSD()); 
-  }
-  const char *kData2=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
-  if (strstr(kData2,"real")) {
-      iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSSD");
-  } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSSD","AliITSRawClusterSSD");
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::ResetDigits(){
+    // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
+      return;
+    }
+   
+    fDetTypeSim->ResetDigits();
 
-  if (kNTYPES>3) {
-    Warning("SetDefaults","Only the three basic detector types are initialised!");
-  } 
 
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::SetDefaultSimulation()
-{
-  // to be written
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::ResetDigits(Int_t branch){
+    // Reset number of digits and the digits array for this branch.
+    // Inputs:
+    //      none.
+    // Outputs:
+    //      none.
+
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
+      return;
+    }
+   
+    fDetTypeSim->ResetDigits(branch);
 
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::SetDefaultClusterFinders()
-{
-  // to be written
-
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::AddSumDigit(AliITSpListItem &sdig){
+    // Adds the a module full of summable digits to the summable digits tree.
+    // Inputs:
+    //      AliITSpListItem &sdig   SDigit to be added to SDigits tree.
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("AddSumDigit","fDetTypeSim is 0!");
+      return;
+    }
+    fDetTypeSim->AddSumDigit(sdig);
+    
 }
-//_____________________________________________________________________________
-
-void AliITS::MakeTreeC(Option_t *option)
-{
-  // create a separate tree to store the clusters
-
-//  cout << "AliITS::MakeTreeC" << endl;
-
-     const char *optC = strstr(option,"C");
-     if (optC && !fTreeC) fTreeC = new TTree("TC","Clusters in ITS");
-     else return;
-
-     Int_t buffersize = 4000;
-     char branchname[30];
-
-     const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
-
-     char digclass[40];
-     char clclass[40];
-
-     // one branch for Clusters per type of detector
-     Int_t i;
-     for (i=0; i<kNTYPES ;i++) {
-       AliITSDetType *iDetType=DetType(i); 
-       iDetType->GetClassNames(digclass,clclass);
-       // clusters
-       (*fCtype)[i] = new TClonesArray(clclass,10000); 
-        if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sClusters%s",GetName(),det[i]);
-       else  sprintf(branchname,"%sClusters%d",GetName(),i+1);
-       if (fCtype   && fTreeC) {
-          TreeC()->Branch(branchname,&((*fCtype)[i]), buffersize);
-//        cout << "Making Branch " << branchname;
-//        cout << " for Clusters of detector type " << i+1 << endl;
-       }       
-     }
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch, AliITSdigit *d){
+    //    Add a simulated digit.
+    // Inputs:
+    //      Int_t id        Detector type number.
+    //      AliITSdigit *d  Digit to be added to the Digits Tree. See 
+    //                      AliITSdigit.h
+    // Outputs:
+    //      none.
+    // Return:
+    //      none.
+
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
+      return;
+    }
+    fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,d);
 
 }
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::GetTreeC(Int_t event)
-{
-
-//  cout << "AliITS::GetTreeC" << endl;
-
-  // get the clusters tree for this event and set the branch address
-    char treeName[20];
-    char branchname[30];
-
-    const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
-
-    ResetClusters();
-    if (fTreeC) {
-         delete fTreeC;
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,
+                         Int_t *hits,Float_t *charges, Int_t sigexpanded){
+  //   Add a simulated digit to the list.
+  // Inputs:
+  //      Int_t id        Detector type number.
+  //      Float_t phys    Physics indicator. See AliITSdigits.h
+  //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See 
+  //                      AliITSdigit.h
+  //      Int_t *tracks   Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()] 
+  //                      containing the track numbers that contributed to
+  //                      this digit.
+  //      Int_t *hits     Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
+  //                      containing the hit numbers, from AliITSmodule, that
+  //                      contributed to this digit.
+  //      Float_t *charge Floating point array of the signals contributed
+  //                      to this digit by each track.
+  // Outputs:
+  //      none.
+  // Return:
+  //      none.
+
+    if(!fDetTypeSim) {
+      Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
+      return;
     }
+    fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,phys,digits,tracks,hits,charges,sigexpanded);
 
-    sprintf(treeName,"TreeC%d",event);
-    fTreeC = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-
-    TBranch *branch;
-    if (fTreeC) {
-        Int_t i;
-       for (i=0; i<kNTYPES; i++) {
-          if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sClusters%s",GetName(),det[i]);
-          else  sprintf(branchname,"%sClusters%d",GetName(),i+1);
-          if (fCtype) {
-               branch = fTreeC->GetBranch(branchname);
-                if (branch) branch->SetAddress(&((*fCtype)[i]));
-           }
-       }
-    } else {
-       Error("AliITS::GetTreeC",
-               "cannot find Clusters Tree for event:%d\n",event);
-    }
+}
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::Digits2Raw(){
+    // convert digits of the current event to raw data
+
+  if(!fDetTypeSim) {
+    Error("Digits2Raw","fDetTypeSim is 0!");
+    return;
+  }
+  fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
+  SetDefaults();
+  if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
+  fDetTypeSim->GetLoader()->LoadDigits();
+  TTree* digits = fDetTypeSim->GetLoader()->TreeD();
+  if (!digits) {
+      Error("Digits2Raw", "no digits tree");
+      return;
+  }
+  fDetTypeSim->SetTreeAddressD(digits,(Char_t*)GetName());
+  
+   // Get the FO signals for this event
+  AliITSFOSignalsSPD* foSignals = NULL;
+  AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
+  AliITSLoader* itsLoader = (AliITSLoader*) runLoader->GetLoader("ITSLoader");
+  if (!itsLoader) {
+    AliError("ITS loader is NULL.");
+  }
+   else {
+      if(!itsLoader->TreeD()) AliError("   !!! No TreeD available !!!");
+      foSignals = (AliITSFOSignalsSPD*)itsLoader->TreeD()->GetUserInfo()->FindObject("AliITSFOSignalsSPD");
+      if(!foSignals) AliError("FO signals not retrieved");
+     }
+  Bool_t deleteFOsignalsLater = kFALSE;
+  if (!foSignals) {
+    AliError("FO signals not available. No FO bits will be written.");
+    foSignals = new AliITSFOSignalsSPD(); // make a temporary dummy signals object
+    deleteFOsignalsLater = kTRUE;
+  }
+  
+  
+  AliITSDDLModuleMapSDD* ddlsdd=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
+  Char_t rawSDD=fDetTypeSim->GetSimuParam()->GetSDDRawDataFormat();
+  AliITSDDLRawData rawWriter;
+  
+  rawWriter.SetSDDRawFormat(rawSDD);
+  //Verbose level
+  // 0: Silent
+  // 1: cout messages
+  // 2: txt files with digits 
+  //BE CAREFUL, verbose level 2 MUST be used only for debugging and
+  //it is highly suggested to use this mode only for debugging digits files
+  //reasonably small, because otherwise the size of the txt files can reach
+  //quickly several MB wasting time and disk space.
+  rawWriter.SetVerbose(0);
+    
+  //SILICON PIXEL DETECTOR
+  AliDebug(1,"Formatting raw data for SPD");
+  rawWriter.RawDataSPD(digits->GetBranch("ITSDigitsSPD"),foSignals);
+  if(deleteFOsignalsLater) delete foSignals;
+    
+  //SILICON DRIFT DETECTOR
+  AliDebug(1,Form("Formatting raw data for SDD - Format code =%d",rawSDD));
+  rawWriter.RawDataSDD(digits->GetBranch("ITSDigitsSDD"),ddlsdd);
+    
+  //SILICON STRIP DETECTOR
+  AliDebug(1,"Formatting raw data for SSD");
+  rawWriter.RawDataSSD(digits->GetBranch("ITSDigitsSSD"));
 
+  fLoader->UnloadDigits();
+}
+//______________________________________________________________________
+AliLoader* AliITS::MakeLoader(const char* topfoldername){ 
+    //builds ITSgetter (AliLoader type)
+    //if detector wants to use castomized getter, it must overload this method
+
+    AliDebug(1,Form("Creating AliITSLoader. Top folder is %s.",
+         topfoldername));
+    fLoader = new AliITSLoader(GetName(),topfoldername);
+    return fLoader;
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliITS::MakeBranch(Option_t* option, const char *file)
+//______________________________________________________________________
+Bool_t AliITS::Raw2SDigits(AliRawReader* rawReader)
 {
   //
-  // Creates Tree branches for the ITS.
+  // Converts RAW data to SDigits
   //
+  // Get TreeS
   //
-  Int_t buffersize = 4000;
-  char branchname[30];
-  sprintf(branchname,"%s",GetName());
-
-  AliDetector::MakeBranch(option,file);
-
-  const char *cD = strstr(option,"D");
-  const char *cR = strstr(option,"R");
+  Int_t last   = -1;
+  Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
+  if(!fModA) {
+    fModA = new TClonesArray*[size];
+    for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++) fModA[mod] = new TClonesArray("AliITSpListItem", 10000);
+  }
+  AliLoader* loader =  (AliRunLoader::Instance())->GetLoader("ITSLoader");
+  if (!loader){
+    Error("Open","Can not get ITS loader from Run Loader");
+    return kFALSE;
+  }
 
-  if (cD) {
+  TTree* tree = 0;
+  tree = loader->TreeS();
+  if (!tree){
+    loader->MakeTree("S");
+    tree = loader->TreeS();
+  }
   //
-  // one branch for digits per type of detector
+  // Array for SDigits
+  // 
+  if(!fpSDigits){
+    fpSDigits = new TClonesArray("AliITSpListItem",10000);
+  }
+  TClonesArray& aSDigits = *fpSDigits;
+  Int_t bufsize = 32000;
+  tree->Branch("ITS", &fpSDigits, bufsize);
+  Int_t npx = 0;
+  //
+  // SPD
   //
-   const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
-
-   char digclass[40];
-   char clclass[40];
-
-   Int_t i;
-   for (i=0; i<kNTYPES ;i++) {
-       AliITSDetType *iDetType=DetType(i); 
-       iDetType->GetClassNames(digclass,clclass);
-       // digits
-       if(!((*fDtype)[i])) (*fDtype)[i] = new TClonesArray(digclass,10000);
-       else ResetDigits(i);
-   }
-
-   for (i=0; i<kNTYPES ;i++) {
-      if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
-      else  sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);      
-      if (fDtype && gAlice->TreeD()) {
-        MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(), 
-                         branchname, &((*fDtype)[i]), buffersize, file);
-//         cout << "Making Branch " << branchname;
-//         cout << " for digits of type "<< i+1 << endl;
-      }        
+  AliITSsegmentationSPD* segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
+  if(!segSPD){
+    AliWarning("Set AliITS defaults");
+    SetDefaults();
+    segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
+  }
+  npx = segSPD->Npx();
+  Double_t thr, sigma; 
+
+  Int_t countRW = -1; // RS counter for raw -> cluster ID's (used in embedding)
+  const TArrayI* rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSPD];
+  AliITSRawStreamSPD inputSPD(rawReader);
+  while(1){
+    Bool_t next  = inputSPD.Next();
+    if (!next) break;
+
+    countRW++; // RS
+    Int_t module = inputSPD.GetModuleID();
+    Int_t column = inputSPD.GetColumn();
+    Int_t row    = inputSPD.GetRow();
+    Int_t index  = npx * column + row;
+
+    if (module >= size) continue;
+    last = (fModA[module])->GetEntries();
+    TClonesArray& dum = *fModA[module];
+    fDetTypeSim->GetSimuParam()->SPDThresholds(module,thr,sigma);
+    thr += 1.;
+    int label = kMaxLabel;
+    if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
+      if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSPD to clusSPD ID's is shorter than current rawSPD ID=%d",countRW));}
+      else label = (*rawID2clusID)[countRW];
     }
+    new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, thr);
   }
+  rawReader->Reset();
 
-  if (cR) {
   //
-  // only one branch for rec points for all detector types
+  // SDD
+  // 
+  AliITSsegmentationSDD* segSDD = (AliITSsegmentationSDD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(1);
+  npx = segSDD->Npx();
+  Int_t scalef=AliITSsimulationSDD::ScaleFourier(segSDD);
+  Int_t firstSDD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
+  Int_t firstSSD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(5,1,1);
   //
-    sprintf(branchname,"%sRecPoints",GetName());
-    if(!fRecPoints) fRecPoints=new TClonesArray("AliITSRecPoint",10000);
-
-    if (fRecPoints && gAlice->TreeR()) {
-      MakeBranchInTree(gAlice->TreeR(), 
-                               branchname, &fRecPoints, buffersize, file) ;
-//      cout << "Making Branch " << branchname;
-//      cout << " for reconstructed space points" << endl;
+  countRW = -1; // RS
+  rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSDD];
+  AliITSRawStream* inputSDD=AliITSRawStreamSDD::CreateRawStreamSDD(rawReader);
+  for(Int_t iMod=firstSDD; iMod<firstSSD; iMod++){
+    AliITSCalibrationSDD* cal = (AliITSCalibrationSDD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(iMod);
+    Bool_t isZeroSupp=cal->GetZeroSupp();
+    if(isZeroSupp){ 
+      for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,cal->GetZSLowThreshold(iSid));
+    }else{
+      for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,0);
     }
-  }    
-}
-
-//___________________________________________
-void AliITS::SetTreeAddress()
-{
-
-  // Set branch address for the Trees.
-
-  char branchname[30];
-  AliDetector::SetTreeAddress();
-
-  const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
-
-  TBranch *branch;
-  TTree *treeD = gAlice->TreeD();
-  TTree *treeR = gAlice->TreeR();
-
-  Int_t i;
-  if (treeD) {
-      for (i=0; i<kNTYPES; i++) {
-         if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
-         else  sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
-         if (fDtype) {
-             branch = treeD->GetBranch(branchname);
-             if (branch) branch->SetAddress(&((*fDtype)[i]));
-         }
-      }
   }
 
-  if (treeR) {
-    sprintf(branchname,"%sRecPoints",GetName());
-      branch = treeR->GetBranch(branchname);
-      if (branch) branch->SetAddress(&fRecPoints);
+  AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
+  inputSDD->SetDDLModuleMap(ddlmap);
+  while(inputSDD->Next()){
+    countRW++; // RS
+    if(inputSDD->IsCompletedModule()==kFALSE && 
+       inputSDD->IsCompletedDDL()==kFALSE){
+
+      Int_t module = inputSDD->GetModuleID();
+      Int_t anode  = inputSDD->GetCoord1()+segSDD->NpzHalf()*inputSDD->GetChannel();
+      Int_t time   = inputSDD->GetCoord2();
+      Int_t signal10 = inputSDD->GetSignal();
+      Int_t index = AliITSpList::GetIndex(anode,time,scalef*npx);
+
+      if (module >= size) continue;
+      last = fModA[module]->GetEntries();
+      TClonesArray& dum = *fModA[module];
+      int label = kMaxLabel;
+      if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
+       if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSDD to clusSDD ID's is shorter than current rawSDD ID=%d",countRW));}
+       else label = (*rawID2clusID)[countRW];
+      }
+      new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal10));
+      ((AliITSpListItem*) dum.At(last))->AddSignalAfterElect(module, index, Double_t(signal10));
+    }
   }
-  
-
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
-
-  //initialize the modules array
-
-  if(fITSmodules){ 
-      fITSmodules->Delete();
-      delete fITSmodules;
+  delete inputSDD;
+  rawReader->Reset();
+    
+  //
+  // SSD
+  // 
+  AliITSsegmentationSSD* segSSD = (AliITSsegmentationSSD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(2);
+  npx = segSSD->Npx();
+  AliITSRawStreamSSD inputSSD(rawReader);
+  countRW = -1;
+  rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSSD];
+  while(1){
+    Bool_t next  = inputSSD.Next();
+    if (!next) break;
+    countRW++; // RS
+    Int_t module  = inputSSD.GetModuleID();
+    if(module<0)AliError(Form("Invalid SSD  module %d \n",module));
+    if(module<0)continue;
+    Int_t side    = inputSSD.GetSideFlag();
+    Int_t strip   = inputSSD.GetStrip();
+    Int_t signal  = inputSSD.GetSignal();
+    Int_t index  = npx * side + strip;
+
+    if (module >= size) continue;
+       
+    last = fModA[module]->GetEntries();
+    TClonesArray& dum = *fModA[module];
+    int label = kMaxLabel;
+    if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
+      if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSSD to clusSSD ID's is shorter than current rawSSD ID=%d",countRW));}
+      else label = (*rawID2clusID)[countRW];
+    }    
+    new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal));
   }
-
-    Int_t nl,indexMAX,index;
-
-    if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
-       if(fITSgeom==0) {
-           Error("AliITS::InitModules",
-               "in AliITS::InitModule fITSgeom not defined\n");
-           return;
-       } // end if fITSgeom==0
-       nl = fITSgeom->GetNlayers();
-       indexMAX = fITSgeom->GetModuleIndex(nl,fITSgeom->GetNladders(nl),
-                                           fITSgeom->GetNdetectors(nl))+1;
-       nmodules = indexMAX;
-       fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
-       for(index=0;index<indexMAX;index++){
-               fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
-       } // end for index
-    }else{
-       fITSmodules = new TObjArray(size);
-       for(index=0;index<size;index++) {
-           fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
+  rawReader->Reset();
+  AliITSpListItem* sdig = 0;
+    
+  Int_t firstssd = GetITSgeom()->GetStartDet(kSSD);
+  Double_t adcToEv = 1.;
+  for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++)
+    {
+      if(mod>=firstssd) {
+       AliITSCalibrationSSD* calssd = (AliITSCalibrationSSD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(mod);
+       adcToEv = 1./calssd->GetSSDDEvToADC(1.);
+      }
+      Int_t nsdig =  fModA[mod]->GetEntries();
+      for (Int_t ie = 0; ie < nsdig; ie++) {
+       sdig = (AliITSpListItem*) (fModA[mod]->At(ie));
+       Double_t digsig = sdig->GetSignal();
+       if(mod>=firstssd) digsig*=adcToEv; // for SSD: convert back charge from ADC to electron
+       new (aSDigits[ie]) AliITSpListItem(sdig->GetTrack(0), -1, mod, sdig->GetIndex(), digsig);
+       Float_t sig = sdig->GetSignalAfterElect();
+       if(mod>=firstssd) sig*=adcToEv;
+       if (sig > 0.) {
+         sdig = (AliITSpListItem*)aSDigits[ie];
+         sdig->AddSignalAfterElect(mod, sdig->GetIndex(), Double_t(sig));
        }
-
-        nmodules = size;
-    } // end i size<=0
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::FillModules(Int_t evnt,Int_t bgrev,Int_t nmodules,Option_t *option,Text_t *filename){
-
-  // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from background
-  // if option=Add
-
-
-    static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
-    static TClonesArray *fHits2;        //List of hits for one track only
-
-    static Bool_t first=kTRUE;
-    static TFile *file;
-    const char *addBgr = strstr(option,"Add");
-
-
-    if (addBgr ) {
-       if(first) {
-//         cout<<"filename "<<filename<<endl;
-           file=new TFile(filename);
-//         cout<<"I have opened "<<filename<<" file "<<endl;
-           fHits2     = new TClonesArray("AliITShit",1000  );
-       }           
-       first=kFALSE;
-       file->cd();
-       file->ls();
-       // Get Hits Tree header from file
-       if(fHits2) fHits2->Clear();
-       if(trH1) delete trH1;
-       trH1=0;
-       
-       char treeName[20];
-       sprintf(treeName,"TreeH%d",bgrev);
-       trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-        //printf("TrH1 %p of treename %s for event %d \n",trH1,treeName,bgrev);
+      }
        
-       if (!trH1) {
-           Error("AliITS::FillModules",
-           "cannot find Hits Tree for event:%d\n",bgrev);
-       }
-       // Set branch addresses
-       TBranch *branch;
-       char branchname[20];
-       sprintf(branchname,"%s",GetName());
-       if (trH1 && fHits2) {
-           branch = trH1->GetBranch(branchname);
-           if (branch) branch->SetAddress(&fHits2);
-       }
-
-        // test
-       //Int_t ntracks1 =(Int_t)TrH1->GetEntries();
-       //printf("background - ntracks1 - %d\n",ntracks1);
-   }
-
-    //Int_t npart = gAlice->GetEvent(evnt);
-    //if(npart<=0) return;
-    TClonesArray *itsHits = this->Hits();
-    Int_t lay,lad,det,index;
-    AliITShit *itsHit=0;
-    AliITSmodule *mod=0;
-
-    TTree *iTH = gAlice->TreeH();
-    Int_t ntracks =(Int_t) iTH->GetEntries();
-
-    Int_t t,h;
-    for(t=0; t<ntracks; t++){
-       gAlice->ResetHits();
-       iTH->GetEvent(t);
-       Int_t nhits = itsHits->GetEntriesFast();
-       //printf("nhits %d\n",nhits);
-        if (!nhits) continue;
-       for(h=0; h<nhits; h++){
-           itsHit = (AliITShit *)itsHits->UncheckedAt(h);
-           itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
-           // temporarily index=det-1 !!!
-           if(fITSgeom) index = fITSgeom->GetModuleIndex(lay,lad,det);
-           else index=det-1;
-           //
-           mod = this->GetModule(index);
-           mod->AddHit(itsHit,t,h);
-       } // end loop over hits 
-    } // end loop over tracks
-
-    // open the file with background
-    
-    if (addBgr ) {
-          Int_t track,i;
-          ntracks =(Int_t)trH1->GetEntries();
-           //printf("background - ntracks1 %d\n",ntracks);
-           //printf("background - Start loop over tracks \n");     
-            //   Loop over tracks
-
-           for (track=0; track<ntracks; track++) {
-
-               if (fHits2)       fHits2->Clear();
-               trH1->GetEvent(track);
-                //   Loop over hits
-               for(i=0;i<fHits2->GetEntriesFast();++i) {
-
-                   itsHit=(AliITShit*) (*fHits2)[i];
-                   itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
-                   // temporarily index=det-1 !!!
-                   if(fITSgeom) index = fITSgeom->GetModuleIndex(lay,lad,det);
-                   else index=det-1;
-                   //
-                   mod = this->GetModule(index);
-                   mod->AddHit(itsHit,track,i);
-              }  // end loop over hits
-           } // end loop over tracks
-
-           TTree *fAli=gAlice->TreeK();
-            TFile *fileAli=0;
-           
-           if (fAli) fileAli =fAli->GetCurrentFile();
-           fileAli->cd();
-
-    } // end if add
-
-    //gObjectTable->Print();
-
+      tree->Fill();
+      aSDigits.Clear();
+      fModA[mod]->Clear();
+    }
+  loader->WriteSDigits("OVERWRITE");    
+  return kTRUE;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-
-void AliITS::SDigits2Digits()
-{
-  
-  AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
-  
-  // SPD
-  AliITSDetType *iDetType;
-  iDetType=DetType(0);
-  AliITSsegmentationSPD *seg0=(AliITSsegmentationSPD*)iDetType->GetSegmentationModel();
-  AliITSresponseSPD *res0 = (AliITSresponseSPD*)iDetType->GetResponseModel();
-  AliITSsimulationSPD *sim0=new AliITSsimulationSPD(seg0,res0);
-  SetSimulationModel(0,sim0);
-  // test
-  // printf("SPD dimensions %f %f \n",seg0->Dx(),seg0->Dz());
-  // printf("SPD npixels %d %d \n",seg0->Npz(),seg0->Npx());
-  // printf("SPD pitches %d %d \n",seg0->Dpz(0),seg0->Dpx(0));
-  // end test
-  // 
-  // SDD
-  //Set response functions
-  // SDD compression param: 2 fDecrease, 2fTmin, 2fTmax or disable, 2 fTolerance
-
-  iDetType=DetType(1);
-  AliITSresponseSDD *res1 = (AliITSresponseSDD*)iDetType->GetResponseModel();
-  if (!res1) {
-    res1=new AliITSresponseSDD();
-    SetResponseModel(1,res1);
-  }
-  Float_t noise, baseline;
-  res1->GetNoiseParam(noise,baseline);
-  Float_t noise_after_el =  res1->GetNoiseAfterElectronics();
-  Float_t fCutAmp = baseline + 2.*noise_after_el;
-  Int_t cp[8]={0,0,(int)fCutAmp,(int)fCutAmp,0,0,0,0}; //1D
-  res1->SetCompressParam(cp);
-  AliITSsegmentationSDD *seg1=(AliITSsegmentationSDD*)iDetType->GetSegmentationModel();
-  if (!seg1) {
-    seg1 = new AliITSsegmentationSDD(geom,res1);
-    SetSegmentationModel(1,seg1);
-  }
-  AliITSsimulationSDD *sim1=new AliITSsimulationSDD(seg1,res1);
-  SetSimulationModel(1,sim1);
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::UpdateInternalGeometry(){
+  //reads new geometry from TGeo 
+//   AliDebug(1,"Delete ITSgeom and create a new one reading TGeo");
 
-  // SSD
-  iDetType=DetType(2);
-  AliITSsegmentationSSD *seg2=(AliITSsegmentationSSD*)iDetType->GetSegmentationModel();
-  AliITSresponseSSD *res2 = (AliITSresponseSSD*)iDetType->GetResponseModel();
-  res2->SetSigmaSpread(3.,2.);
-  AliITSsimulationSSD *sim2=new AliITSsimulationSSD(seg2,res2);
-  SetSimulationModel(2,sim2);
-  cerr<<"Digitizing ITS...\n";
-  TStopwatch timer;
-  timer.Start();
-  HitsToDigits(gAlice->GetEvNumber(),0,-1," ","All"," ");
-  timer.Stop(); timer.Print();
-
-  delete sim0;
-  delete sim1;
-  delete sim2;
+  AliITSVersion_t version = (AliITSVersion_t)IsVersion();
+  AliITSInitGeometry initgeom;
+  AliITSgeom* geom = initgeom.CreateAliITSgeom(version);
+  SetITSgeom(geom);
 }
-
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size, Option_t *option, Option_t *opt,Text_t *filename)
-{
-    // keep galice.root for signal and name differently the file for 
-    // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
-  
-   // the condition below will disappear when the geom class will be
-   // initialised for all versions - for the moment it is only for v5 !
-   // 7 is the SDD beam test version  
-   Int_t ver = this->IsVersion(); 
-   if(ver!=5 && ver!=7 && ver!=8 && ver!=9) return; 
-
-   const char *all = strstr(opt,"All");
-   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),strstr(opt,"SSD")};
-//   cout<<" 1 AliITS "<<endl;
-   Int_t nmodules;
-   InitModules(size,nmodules); 
-//   cout<<" 2 AliITS "<<endl;
-   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
-//   cout<<" 3 AliITS "<<endl;
-
-   //TBranch *branch;
-   AliITSsimulation* sim;
-   //TObjArray *branches=gAlice->TreeD()->GetListOfBranches();
-   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
-
-   Int_t id,module;
-//   Int_t lay, lad, detect;
-   Int_t first,last;
-   for (id=0;id<kNTYPES;id++) {
-        if (!all && !det[id]) continue;
-       //branch = (TBranch*)branches->UncheckedAt(id);
-       AliITSDetType *iDetType=DetType(id); 
-       sim = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
-
-       if (!sim) {
-           Error("HitsToDigits","The simulation class was not instantiated!");
-           exit(1);
-          // or SetDefaultSimulation();
-       }
-
-       if(geom) {
-         first = geom->GetStartDet(id);
-         last = geom->GetLastDet(id);
-       } else first=last=0;
-//     cout << "det type " << id << " first, last "<< first << last << endl;
-       for(module=first;module<=last;module++) {
-           AliITSmodule *mod = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
-/*
-           geom->GetModuleId(module,lay, lad, detect);
-            if ( lay == 6 )
-             ((AliITSsegmentationSSD*)(((AliITSsimulationSSD*)sim)->GetSegmentation()))->SetLayer(6);
-           if ( lay == 5 )
-             ((AliITSsegmentationSSD*)(((AliITSsimulationSSD*)sim)->GetSegmentation()))->SetLayer(5);
-*/
-           sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
-           // fills all branches - wasted disk space
-           gAlice->TreeD()->Fill(); 
-           ResetDigits();
-           // try and fill only the branch 
-           //branch->Fill();
-           //ResetDigits(id);
-       } // loop over modules
-   } // loop over detector types
-
-   ClearModules();
-
-//   Int_t nentries=(Int_t)
-   gAlice->TreeD()->GetEntries();
-//   cout << "nentries in TreeD" << nentries << endl;
-
-   char hname[30];
-   sprintf(hname,"TreeD%d",evNumber);
-   gAlice->TreeD()->Write(hname,TObject::kOverwrite);
-   // reset tree
-   gAlice->TreeD()->Reset();
-
+//______________________________________________________________________
+AliTriggerDetector* AliITS::CreateTriggerDetector() const {
+  // create an AliITSTrigger object (and set trigger conditions as input)
+  return new AliITSTrigger(fDetTypeSim->GetTriggerConditions());
 }
+//______________________________________________________________________
+void AliITS::WriteFOSignals(){
+// This method write FO signals in Digits tree both in Hits2Digits
+// or SDigits2Digits
 
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::DigitsToRecPoints(Int_t evNumber,Int_t lastentry,Option_t *opt)
-{
-  // cluster finding and reconstruction of space points
-  
-   // the condition below will disappear when the geom class will be
-   // initialised for all versions - for the moment it is only for v5 !
-   // 7 is the SDD beam test version  
-   Int_t ver = this->IsVersion(); 
-   if(ver!=5 && ver!=8 && ver!=9) return;
-
-   const char *all = strstr(opt,"All");
-   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),strstr(opt,"SSD")};
-
-   static Bool_t first=kTRUE;
-   if (!TreeC() && first) {
-       MakeTreeC("C");
-       first=kFALSE;
-   }
-
-   TTree *treeC=TreeC();
-
-   //TBranch *branch;
-   AliITSClusterFinder* rec;
-
-   //TObjArray *branches=gAlice->TreeR()->GetListOfBranches();
-   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
-
-   Int_t id,module;
-   for (id=0;id<kNTYPES;id++) {
-        if (!all && !det[id]) continue;
-       //branch = (TBranch*)branches->UncheckedAt(id);
-       AliITSDetType *iDetType=DetType(id); 
-       rec = (AliITSClusterFinder*)iDetType->GetReconstructionModel();
-       if (!rec) {
-           Error("DigitsToRecPoints","The cluster finder class was not instantiated!");
-           exit(1);
-          // or SetDefaultClusterFinders();
-       }
-        TClonesArray *itsDigits  = this->DigitsAddress(id);
-
-        Int_t first,last;
-       if(geom) {
-         first = geom->GetStartDet(id);
-         last = geom->GetLastDet(id);
-       } else first=last=0;
-       printf("first module - last module %d %d\n",first,last);
-       for(module=first;module<=last;module++) {
-              this->ResetDigits();
-              if (all) gAlice->TreeD()->GetEvent(lastentry+module);
-             else gAlice->TreeD()->GetEvent(lastentry+(module-first));
-             Int_t ndigits = itsDigits->GetEntriesFast();
-             if (ndigits) rec->FindRawClusters(module);
-             gAlice->TreeR()->Fill(); 
-             ResetRecPoints();
-             treeC->Fill();
-              ResetClusters();
-             // try and fill only the branch 
-             //branch->Fill();
-             //ResetRecPoints(id);
-       } // loop over modules
-   } // loop over detector types
-
-
-//   Int_t nentries=(Int_t)
-   gAlice->TreeR()->GetEntries();
-//   Int_t ncentries=(Int_t)
-   treeC->GetEntries();
-//   cout << " nentries ncentries " << nentries << ncentries <<  endl;
-
-   char hname[30];
-   sprintf(hname,"TreeR%d",evNumber);
-   gAlice->TreeR()->Write(hname,TObject::kOverwrite);
-   // reset tree
-   gAlice->TreeR()->Reset();
-
-   sprintf(hname,"TreeC%d",evNumber);
-   treeC->Write(hname,TObject::kOverwrite);
-   treeC->Reset();
+  fDetTypeSim->ProcessNoiseForFastOr();
+  fDetTypeSim->WriteFOSignals();
 }
-//____________________________________________________________________________
-void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
-Option_t *option,Option_t *opt,Text_t *filename)
-{
-    // keep galice.root for signal and name differently the file for 
-    // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
-  
-
-   // the condition below will disappear when the geom class will be
-   // initialised for all versions - for the moment it is only for v5 !  
-   Int_t ver = this->IsVersion(); 
-   if(ver!=5 && ver!=8 && ver!=9) return;
-   //if(ver!=5) return; 
-
-   const char *all = strstr(opt,"All");
-   const char *det[3] ={strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),strstr(opt,"SSD")};
-
-   Int_t nmodules;
-   InitModules(size,nmodules);
-   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
-
-
-   AliITSsimulation* sim;
-   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
-
-   TRandom *random=new TRandom[9];
-   random[0].SetSeed(111);
-   random[1].SetSeed(222);
-   random[2].SetSeed(333);             
-   random[3].SetSeed(444);
-   random[4].SetSeed(555);
-   random[5].SetSeed(666);             
-   random[6].SetSeed(777);
-   random[7].SetSeed(888);
-   random[8].SetSeed(999);             
-
-
-   Int_t id,module;
-   for (id=0;id<kNTYPES;id++) {
-        if (!all && !det[id]) continue;
-       AliITSDetType *iDetType=DetType(id); 
-       sim = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
-       if (!sim) {
-           Error("HitsToFastPoints",
-                "The simulation class was not instantiated!");
-           exit(1);
-          // or SetDefaultSimulation();
-       }
 
-        Int_t first,last;
-        if(geom) {
-         first = geom->GetStartDet(id);
-         last = geom->GetLastDet(id);
-        } else first=last=0;
-        printf("first module - last module %d %d\n",first,last);
-       for(module=first;module<=last;module++) {
-           AliITSmodule *mod = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
-           sim->CreateFastRecPoints(mod,module,random);
-           gAlice->TreeR()->Fill(); 
-           ResetRecPoints();
-       } // loop over modules
-   } // loop over detector types
 
-
-   ClearModules();
-
-   //Int_t nentries=(Int_t)gAlice->TreeR()->GetEntries();
-
-   char hname[30];
-   sprintf(hname,"TreeR%d",evNumber);
-   gAlice->TreeR()->Write(hname,TObject::kOverwrite);
-   // reset tree
-   gAlice->TreeR()->Reset();
-
-   delete [] random;
-
-}