Another histos for lumi
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSMultReconstructor.cxx
index 398a25e..88cb54a 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/* $Id$ */
-
-//____________________________________________________________________
-// 
-// AliITSMultReconstructor - find clusters in the pixels (theta and
-// phi) and tracklets.
+//_________________________________________________________________________
 // 
-// These can be used to extract charged particles multiplcicity from the ITS.
+//        Implementation of the ITS-SPD trackleter class
 //
-// A tracklet consist of two ITS clusters, one in the first pixel
-// layer and one in the second. The clusters are associates if the 
-// differencies in Phi (azimuth) and Zeta (longitudinal) are inside 
-// a fiducial volume. In case of multiple candidates it is selected the
-// candidate with minimum distance in Phi. 
-// The parameter AssociationChoice allows to control if two clusters
-// in layer 2 can be associated to the same cluster in layer 1 or not.
-// (TRUE means double associations exluded; default = TRUE)
+// It retrieves clusters in the pixels (theta and phi) and finds tracklets.
+// These can be used to extract charged particle multiplicity from the ITS.
 //
-// Two methods return the number of traklets and the number of clusters 
-// in the first SPD layer (GetNTracklets GetNSingleClusters)
+// A tracklet consists of two ITS clusters, one in the first pixel layer and 
+// one in the second. The clusters are associated if the differences in 
+// Phi (azimuth) and Theta (polar angle) are within fiducial windows.
+// In case of multiple candidates the candidate with minimum
+// distance is selected. 
 //
-// -----------------------------------------------------------------
-// 
-// NOTE: The cuts on phi and zeta depend on the interacting system (p-p  
-//  or Pb-Pb). Please, check the file AliITSMultReconstructor.h and be 
-//  sure that SetPhiWindow and SetZetaWindow are defined accordingly.
+// Two methods return the number of tracklets and the number of unassociated 
+// clusters (i.e. not used in any tracklet) in the first SPD layer
+// (GetNTracklets and GetNSingleClusters)
+//
+// The cuts on phi and theta depend on the interacting system (p-p or Pb-Pb)
+// and can be set via AliITSRecoParam class
+// (SetPhiWindow and SetThetaWindow)  
 // 
-//  Author :  Tiziano Virgili 
-//  
-//  Recent updates (D. Elia, INFN Bari):
-//     - multiple association forbidden (fOnlyOneTrackletPerC2 = kTRUE) 
+// Origin: Tiziano Virgili 
+//
+// Current support and development: 
+//         Domenico Elia, Maria Nicassio (INFN Bari) 
+//         Domenico.Elia@ba.infn.it, Maria.Nicassio@ba.infn.it
+//
+// Most recent updates:
+//     - multiple association forbidden (fOnlyOneTrackletPerC2 = kTRUE)    
 //     - phi definition changed to ALICE convention (0,2*TMath::pi()) 
 //     - cluster coordinates taken with GetGlobalXYZ()
 //     - fGeometry removed
 //     - number of fired chips on the two layers
-//     - option to avoid duplicates in the overlaps (fRemoveClustersFromOverlaps)
+//     - option to cut duplicates in the overlaps
 //     - options and fiducial cuts via AliITSRecoParam
+//     - move from DeltaZeta to DeltaTheta cut
+//     - update to the new algorithm by Mariella and Jan Fiete
+//     - store also DeltaTheta in the ESD 
+//     - less new and delete calls when creating the needed arrays
 //
-//____________________________________________________________________
+//     - RS: to decrease the number of new/deletes the clusters data are stored 
+//           not in float[6] attached to float**, but in 1-D array.
+//     - RS: Clusters are sorted in Z in roder to have the same numbering as in the ITS reco
+//     - RS: Clusters used by ESDtrack are flagged, this information is passed to AliMulitiplicity object 
+//           when storing the tracklets and single cluster info
+//     - MN: first MC label of single clusters stored  
+//_________________________________________________________________________
 
 #include <TClonesArray.h>
 #include <TH1F.h>
 #include <TH2F.h>
 #include <TTree.h>
+#include <TBits.h>
+#include <TArrayI.h>
+#include <string.h>
 
 #include "AliITSMultReconstructor.h"
 #include "AliITSReconstructor.h"
-#include "AliITSsegmentationSPD.h"
 #include "AliITSRecPoint.h"
+#include "AliITSRecPointContainer.h"
 #include "AliITSgeom.h"
+#include "AliITSgeomTGeo.h"
+#include "AliITSDetTypeRec.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDVertex.h"
+#include "AliESDtrack.h"
+#include "AliMultiplicity.h"
 #include "AliLog.h"
+#include "TGeoGlobalMagField.h"
+#include "AliMagF.h"
+#include "AliESDv0.h"
+#include "AliV0.h"
+#include "AliKFParticle.h"
+#include "AliKFVertex.h"
+#include "AliRefArray.h"
 
 //____________________________________________________________________
 ClassImp(AliITSMultReconstructor)
@@ -71,167 +95,256 @@ ClassImp(AliITSMultReconstructor)
 
 //____________________________________________________________________
 AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor():
-fClustersLay1(0),
-fClustersLay2(0),
-fDetectorIndexClustersLay1(0),
-fDetectorIndexClustersLay2(0),
-fOverlapFlagClustersLay1(0),
-fOverlapFlagClustersLay2(0),
+fDetTypeRec(0),fESDEvent(0),fTreeRP(0),fTreeRPMix(0),
 fTracklets(0),
 fSClusters(0),
-fAssociationFlag(0),
-fNClustersLay1(0),
-fNClustersLay2(0),
 fNTracklets(0),
 fNSingleCluster(0),
-fOnlyOneTrackletPerC2(0),
-fPhiWindow(0),
-fZetaWindow(0),
+fNSingleClusterSPD2(0),
+fDPhiWindow(0),
+fDThetaWindow(0),
+fPhiShift(0),
 fRemoveClustersFromOverlaps(0),
 fPhiOverlapCut(0),
 fZetaOverlapCut(0),
+fPhiRotationAngle(0),
+fScaleDTBySin2T(0),
+fNStdDev(1.0),
+fNStdDevSq(1.0),
+//
+fCutPxDrSPDin(0.1),
+fCutPxDrSPDout(0.15),
+fCutPxDz(0.2),
+fCutDCArz(0.5),
+fCutMinElectronProbTPC(0.5),
+fCutMinElectronProbESD(0.1),
+fCutMinP(0.05),
+fCutMinRGamma(2.),
+fCutMinRK0(1.),
+fCutMinPointAngle(0.98),
+fCutMaxDCADauther(0.5),
+fCutMassGamma(0.03),
+fCutMassGammaNSigma(5.),
+fCutMassK0(0.03),
+fCutMassK0NSigma(5.),
+fCutChi2cGamma(2.),
+fCutChi2cK0(2.),
+fCutGammaSFromDecay(-10.),
+fCutK0SFromDecay(-10.),
+fCutMaxDCA(1.),
+//
 fHistOn(0),
 fhClustersDPhiAcc(0),
 fhClustersDThetaAcc(0),
-fhClustersDZetaAcc(0),
 fhClustersDPhiAll(0),
 fhClustersDThetaAll(0),
-fhClustersDZetaAll(0),
 fhDPhiVsDThetaAll(0),
 fhDPhiVsDThetaAcc(0),
-fhDPhiVsDZetaAll(0),
-fhDPhiVsDZetaAcc(0),
 fhetaTracklets(0),
 fhphiTracklets(0),
 fhetaClustersLay1(0),
-fhphiClustersLay1(0){
-
-  fNFiredChips[0] = 0;
-  fNFiredChips[1] = 0;
-
+fhphiClustersLay1(0),
+//
+  fDPhiShift(0),
+  fDPhiWindow2(0),
+  fDThetaWindow2(0),
+  fPartners(0),
+  fAssociatedLay1(0),
+  fMinDists(0),
+  fBlackList(0),
+//
+  fCreateClustersCopy(0),
+  fClustersLoaded(0),
+  fRecoDone(0),
+  fBuildRefs(kTRUE),
+  fStoreSPD2SingleCl(kFALSE),
+  fSPDSeg()
+{
+  // default c-tor
+  for (int i=0;i<2;i++) {
+    fNFiredChips[i] = 0;
+    fClArr[i] = 0;
+    for (int j=0;j<2;j++) fUsedClusLay[i][j] = 0;
+    fDetectorIndexClustersLay[i] = 0;
+    fClusterCopyIndex[i] = 0;
+    fOverlapFlagClustersLay[i] = 0;
+    fNClustersLay[i] = 0;
+    fClustersLay[i] = 0;
+  }
   // Method to reconstruct the charged particles multiplicity with the 
   // SPD (tracklets).
-
-
+  
   SetHistOn();
 
-  if(AliITSReconstructor::GetRecoParam()) { 
-    SetOnlyOneTrackletPerC2(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterOnlyOneTrackletPerC2());
+  if (AliITSReconstructor::GetRecoParam()) { 
     SetPhiWindow(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiWindow());
-    SetZetaWindow(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterZetaWindow());
+    SetThetaWindow(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterThetaWindow());
+    SetPhiShift(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiShift());
     SetRemoveClustersFromOverlaps(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterRemoveClustersFromOverlaps());
     SetPhiOverlapCut(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiOverlapCut());
     SetZetaOverlapCut(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterZetaOverlapCut());
+    SetPhiRotationAngle(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiRotationAngle());
+    SetNStdDev(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterNStdDevCut());
+    SetScaleDThetaBySin2T(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterScaleDThetaBySin2T());
+    SetBuildRefs(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterBuildCl2TrkRefs());
+    SetStoreSPD2SingleCl(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterStoreSPD2SingleCl());
+    //
+    SetCutPxDrSPDin(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDrSPDin());
+    SetCutPxDrSPDout(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDrSPDout());
+    SetCutPxDz(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDz());
+    SetCutDCArz(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutDCArz());
+    SetCutMinElectronProbTPC(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinElectronProbTPC());
+    SetCutMinElectronProbESD(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinElectronProbESD());
+    SetCutMinP(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinP());
+    SetCutMinRGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinRGamma());
+    SetCutMinRK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinRK0());
+    SetCutMinPointAngle(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinPointAngle());
+    SetCutMaxDCADauther(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMaxDCADauther());
+    SetCutMassGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassGamma());
+    SetCutMassGammaNSigma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassGammaNSigma());
+    SetCutMassK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassK0());
+    SetCutMassK0NSigma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassK0NSigma());
+    SetCutChi2cGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutChi2cGamma());
+    SetCutChi2cK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutChi2cK0());
+    SetCutGammaSFromDecay(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutGammaSFromDecay());
+    SetCutK0SFromDecay(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutK0SFromDecay());
+    SetCutMaxDCA(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMaxDCA());
+    //
   } else {
-    SetOnlyOneTrackletPerC2();
     SetPhiWindow();
-    SetZetaWindow();
+    SetThetaWindow();
+    SetPhiShift();
     SetRemoveClustersFromOverlaps();
     SetPhiOverlapCut();
     SetZetaOverlapCut();
+    SetPhiRotationAngle();
+
+    //
+    SetCutPxDrSPDin();
+    SetCutPxDrSPDout();
+    SetCutPxDz();
+    SetCutDCArz();
+    SetCutMinElectronProbTPC();
+    SetCutMinElectronProbESD();
+    SetCutMinP();
+    SetCutMinRGamma();
+    SetCutMinRK0();
+    SetCutMinPointAngle();
+    SetCutMaxDCADauther();
+    SetCutMassGamma();
+    SetCutMassGammaNSigma();
+    SetCutMassK0();
+    SetCutMassK0NSigma();
+    SetCutChi2cGamma();
+    SetCutChi2cK0();
+    SetCutGammaSFromDecay();
+    SetCutK0SFromDecay();
+    SetCutMaxDCA();
   } 
-  
-
-  fClustersLay1              = new Float_t*[300000];
-  fClustersLay2              = new Float_t*[300000];
-  fDetectorIndexClustersLay1 = new Int_t[300000];
-  fDetectorIndexClustersLay2 = new Int_t[300000];
-  fOverlapFlagClustersLay1   = new Bool_t[300000];
-  fOverlapFlagClustersLay2   = new Bool_t[300000];
-  fTracklets                 = new Float_t*[300000];
-  fSClusters                 = new Float_t*[300000];
-  fAssociationFlag           = new Bool_t[300000];
-
-  for(Int_t i=0; i<300000; i++) {
-    fClustersLay1[i]       = new Float_t[6];
-    fClustersLay2[i]       = new Float_t[6];
-    fTracklets[i]          = new Float_t[5];
-    fSClusters[i]           = new Float_t[2];
-    fOverlapFlagClustersLay1[i]   = kFALSE;
-    fOverlapFlagClustersLay2[i]   = kFALSE;
-    fAssociationFlag[i]    = kFALSE;
-  }
-
+  //
+  fTracklets                 = 0;
+  fSClusters                 = 0;
+  //
   // definition of histograms
-  fhClustersDPhiAcc   = new TH1F("dphiacc",  "dphi",  100,0.,0.1);
-  fhClustersDPhiAcc->SetDirectory(0);
+  Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
+  TH1::AddDirectory(kFALSE);
+  
+  fhClustersDPhiAcc   = new TH1F("dphiacc",  "dphi",  100,-0.1,0.1);
   fhClustersDThetaAcc = new TH1F("dthetaacc","dtheta",100,-0.1,0.1);
-  fhClustersDThetaAcc->SetDirectory(0);
-  fhClustersDZetaAcc = new TH1F("dzetaacc","dzeta",100,-1.,1.);
-  fhClustersDZetaAcc->SetDirectory(0);
 
-  fhDPhiVsDZetaAcc = new TH2F("dphiVsDzetaacc","",100,-1.,1.,100,0.,0.1);
-  fhDPhiVsDZetaAcc->SetDirectory(0);
-  fhDPhiVsDThetaAcc = new TH2F("dphiVsDthetaAcc","",100,-0.1,0.1,100,0.,0.1);
-  fhDPhiVsDThetaAcc->SetDirectory(0);
+  fhDPhiVsDThetaAcc = new TH2F("dphiVsDthetaAcc","",100,-0.1,0.1,100,-0.1,0.1);
 
   fhClustersDPhiAll   = new TH1F("dphiall",  "dphi",  100,0.0,0.5);
-  fhClustersDPhiAll->SetDirectory(0);
-  fhClustersDThetaAll = new TH1F("dthetaall","dtheta",100,-0.5,0.5);
-  fhClustersDThetaAll->SetDirectory(0);
-  fhClustersDZetaAll = new TH1F("dzetaall","dzeta",100,-5.,5.);
-  fhClustersDZetaAll->SetDirectory(0);
+  fhClustersDThetaAll = new TH1F("dthetaall","dtheta",100,0.0,0.5);
 
-  fhDPhiVsDZetaAll = new TH2F("dphiVsDzetaall","",100,-5.,5.,100,0.,0.5);
-  fhDPhiVsDZetaAll->SetDirectory(0);
-  fhDPhiVsDThetaAll = new TH2F("dphiVsDthetaAll","",100,-0.5,0.5,100,0.,0.5);
-  fhDPhiVsDThetaAll->SetDirectory(0);
+  fhDPhiVsDThetaAll = new TH2F("dphiVsDthetaAll","",100,0.,0.5,100,0.,0.5);
 
   fhetaTracklets  = new TH1F("etaTracklets",  "eta",  100,-2.,2.);
-  fhetaTracklets->SetDirectory(0);
   fhphiTracklets  = new TH1F("phiTracklets",  "phi",  100, 0., 2*TMath::Pi());
-  fhphiTracklets->SetDirectory(0);
   fhetaClustersLay1  = new TH1F("etaClustersLay1",  "etaCl1",  100,-2.,2.);
-  fhetaClustersLay1->SetDirectory(0);
   fhphiClustersLay1  = new TH1F("phiClustersLay1", "phiCl1", 100, 0., 2*TMath::Pi());
-  fhphiClustersLay1->SetDirectory(0);
+  for (int i=2;i--;) fStoreRefs[i][0] =  fStoreRefs[i][1] = kFALSE;
+  TH1::AddDirectory(oldStatus);
 }
 
 //______________________________________________________________________
-AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor(const AliITSMultReconstructor &mr) : TObject(mr),
-fClustersLay1(mr.fClustersLay1),
-fClustersLay2(mr.fClustersLay2),
-fDetectorIndexClustersLay1(mr.fDetectorIndexClustersLay1),
-fDetectorIndexClustersLay2(mr.fDetectorIndexClustersLay2),
-fOverlapFlagClustersLay1(mr.fOverlapFlagClustersLay1),
-fOverlapFlagClustersLay2(mr.fOverlapFlagClustersLay2),
-fTracklets(mr.fTracklets),
-fSClusters(mr.fSClusters),
-fAssociationFlag(mr.fAssociationFlag),
-fNClustersLay1(mr.fNClustersLay1),
-fNClustersLay2(mr.fNClustersLay2),
-fNTracklets(mr.fNTracklets),
-fNSingleCluster(mr.fNSingleCluster),
-fOnlyOneTrackletPerC2(mr.fOnlyOneTrackletPerC2),
-fPhiWindow(mr.fPhiWindow),
-fZetaWindow(mr.fZetaWindow),
-fRemoveClustersFromOverlaps(mr.fRemoveClustersFromOverlaps),
-fPhiOverlapCut(mr.fPhiOverlapCut),
-fZetaOverlapCut(mr.fZetaOverlapCut),
-fHistOn(mr.fHistOn),
-fhClustersDPhiAcc(mr.fhClustersDPhiAcc),
-fhClustersDThetaAcc(mr.fhClustersDThetaAcc),
-fhClustersDZetaAcc(mr.fhClustersDZetaAcc),
-fhClustersDPhiAll(mr.fhClustersDPhiAll),
-fhClustersDThetaAll(mr.fhClustersDThetaAll),
-fhClustersDZetaAll(mr.fhClustersDZetaAll),
-fhDPhiVsDThetaAll(mr.fhDPhiVsDThetaAll),
-fhDPhiVsDThetaAcc(mr.fhDPhiVsDThetaAcc),
-fhDPhiVsDZetaAll(mr.fhDPhiVsDZetaAll),
-fhDPhiVsDZetaAcc(mr.fhDPhiVsDZetaAcc),
-fhetaTracklets(mr.fhetaTracklets),
-fhphiTracklets(mr.fhphiTracklets),
-fhetaClustersLay1(mr.fhetaClustersLay1),
-fhphiClustersLay1(mr.fhphiClustersLay1) {
-  // Copy constructor
-
+AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor(const AliITSMultReconstructor &mr) : 
+AliTrackleter(mr),
+fDetTypeRec(0),fESDEvent(0),fTreeRP(0),fTreeRPMix(0),
+fTracklets(0),
+fSClusters(0),
+fNTracklets(0),
+fNSingleCluster(0),
+fNSingleClusterSPD2(0),
+fDPhiWindow(0),
+fDThetaWindow(0),
+fPhiShift(0),
+fRemoveClustersFromOverlaps(0),
+fPhiOverlapCut(0),
+fZetaOverlapCut(0),
+fPhiRotationAngle(0),
+fScaleDTBySin2T(0),
+fNStdDev(1.0),
+fNStdDevSq(1.0),
+//
+fCutPxDrSPDin(0.1),
+fCutPxDrSPDout(0.15),
+fCutPxDz(0.2),
+fCutDCArz(0.5),
+fCutMinElectronProbTPC(0.5),
+fCutMinElectronProbESD(0.1),
+fCutMinP(0.05),
+fCutMinRGamma(2.),
+fCutMinRK0(1.),
+fCutMinPointAngle(0.98),
+fCutMaxDCADauther(0.5),
+fCutMassGamma(0.03),
+fCutMassGammaNSigma(5.),
+fCutMassK0(0.03),
+fCutMassK0NSigma(5.),
+fCutChi2cGamma(2.),
+fCutChi2cK0(2.),
+fCutGammaSFromDecay(-10.),
+fCutK0SFromDecay(-10.),
+fCutMaxDCA(1.),
+//
+fHistOn(0),
+fhClustersDPhiAcc(0),
+fhClustersDThetaAcc(0),
+fhClustersDPhiAll(0),
+fhClustersDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAcc(0),
+fhetaTracklets(0),
+fhphiTracklets(0),
+fhetaClustersLay1(0),
+fhphiClustersLay1(0),
+fDPhiShift(0),
+fDPhiWindow2(0),
+fDThetaWindow2(0),
+fPartners(0),
+fAssociatedLay1(0),
+fMinDists(0),
+fBlackList(0),
+//
+fCreateClustersCopy(0),
+fClustersLoaded(0),
+fRecoDone(0),
+fBuildRefs(kTRUE),
+fStoreSPD2SingleCl(kFALSE),
+fSPDSeg()
+ {
+  // Copy constructor :!!! RS ATTENTION: old c-tor reassigned the pointers instead of creating a new copy -> would crash on delete
+   AliError("May not use");
 }
 
 //______________________________________________________________________
 AliITSMultReconstructor& AliITSMultReconstructor::operator=(const AliITSMultReconstructor& mr){
   // Assignment operator
-  this->~AliITSMultReconstructor();
-  new(this) AliITSMultReconstructor(mr);
+  if (this != &mr) {
+    this->~AliITSMultReconstructor();
+    new(this) AliITSMultReconstructor(mr);
+  }
   return *this;
 }
 
@@ -242,349 +355,384 @@ AliITSMultReconstructor::~AliITSMultReconstructor(){
   // delete histograms
   delete fhClustersDPhiAcc;
   delete fhClustersDThetaAcc;
-  delete fhClustersDZetaAcc;
   delete fhClustersDPhiAll;
   delete fhClustersDThetaAll;
-  delete fhClustersDZetaAll;
   delete fhDPhiVsDThetaAll;
   delete fhDPhiVsDThetaAcc;
-  delete fhDPhiVsDZetaAll;
-  delete fhDPhiVsDZetaAcc;
   delete fhetaTracklets;
   delete fhphiTracklets;
   delete fhetaClustersLay1;
   delete fhphiClustersLay1;
-
-  // delete arrays
-  for(Int_t i=0; i<300000; i++) {
-    delete [] fClustersLay1[i];
-    delete [] fClustersLay2[i];
-    delete [] fTracklets[i];
-    delete [] fSClusters[i];
-  }
-  delete [] fClustersLay1;
-  delete [] fClustersLay2;
-  delete [] fDetectorIndexClustersLay1;
-  delete [] fDetectorIndexClustersLay2;
-  delete [] fOverlapFlagClustersLay1;
-  delete [] fOverlapFlagClustersLay2;
+  //
+  // delete arrays    
+  for(Int_t i=0; i<fNTracklets; i++) delete [] fTracklets[i];
+    
+  for(Int_t i=0; i<fNSingleCluster; i++) delete [] fSClusters[i];
+  
+  // 
+  for (int i=0;i<2;i++) {
+    delete[] fClustersLay[i];
+    delete[] fDetectorIndexClustersLay[i];
+    delete[] fClusterCopyIndex[i];
+    delete[] fOverlapFlagClustersLay[i];
+    delete   fClArr[i];
+    for (int j=0;j<2;j++) delete fUsedClusLay[i][j];
+  }
   delete [] fTracklets;
   delete [] fSClusters;
+  //
+  delete[] fPartners;      fPartners = 0;
+  delete[] fMinDists;      fMinDists = 0;
+  delete   fBlackList;     fBlackList = 0;
+  //
+}
 
-  delete [] fAssociationFlag;
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::Reconstruct(AliESDEvent* esd, TTree* treeRP) 
+{  
+  if (!treeRP) { AliError(" Invalid ITS cluster tree !\n"); return; }
+  if (!esd) {AliError("ESDEvent is not available, use old reconstructor"); return;}
+  // reset counters
+  if (fMult) delete fMult; fMult = 0;
+  fNClustersLay[0] = 0;
+  fNClustersLay[1] = 0;
+  fNTracklets = 0; 
+  fNSingleCluster = 0;
+  fNSingleClusterSPD2 = 0;
+  //
+  fESDEvent = esd;
+  fTreeRP = treeRP;
+  //
+  // >>>> RS: this part is equivalent to former AliITSVertexer::FindMultiplicity
+  //
+  // see if there is a SPD vertex 
+  Bool_t isVtxOK=kTRUE, isCosmics=kFALSE;
+  AliESDVertex* vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) isVtxOK = kFALSE;
+  if (vtx && strstr(vtx->GetTitle(),"cosmics")) {
+    isVtxOK = kFALSE;
+    isCosmics = kTRUE;
+  }
+  //
+  if (!isVtxOK) {
+    if (!isCosmics) {
+      AliDebug(1,"Tracklets multiplicity not determined because the primary vertex was not found");
+      AliDebug(1,"Just counting the number of cluster-fired chips on the SPD layers");
+    }
+    vtx = 0;
+  }
+  if(vtx){
+    float vtxf[3] = {vtx->GetX(),vtx->GetY(),vtx->GetZ()};
+    FindTracklets(vtxf);
+  }
+  else {
+    FindTracklets(0);
+  }
+  //
+  CreateMultiplicityObject();
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void
-AliITSMultReconstructor::Reconstruct(TTree* clusterTree, Float_t* vtx, Float_t* /* vtxRes*/) {
+void AliITSMultReconstructor::Reconstruct(TTree* clusterTree, Float_t* vtx, Float_t* /* vtxRes*/) {
+  //
+  // RS NOTE - this is old reconstructor invocation, to be used from VertexFinder and in analysis mode
+
+  if (fMult) delete fMult; fMult = 0;
+  fNClustersLay[0] = 0;
+  fNClustersLay[1] = 0;
+  fNTracklets = 0; 
+  fNSingleCluster = 0;
+  fNSingleClusterSPD2 = 0;
+  //
+  if (!clusterTree) { AliError(" Invalid ITS cluster tree !\n"); return; }
+  //
+  fESDEvent = 0;
+  SetTreeRP(clusterTree);
+  //
+  FindTracklets(vtx);
+  //
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::ReconstructMix(TTree* clusterTree, TTree* clusterTreeMix, const Float_t* vtx, Float_t*) 
+{
+  //
+  // RS NOTE - this is old reconstructor invocation, to be used from VertexFinder and in analysis mode
+
+  if (fMult) delete fMult; fMult = 0;
+  fNClustersLay[0] = 0;
+  fNClustersLay[1] = 0;
+  fNTracklets = 0; 
+  fNSingleCluster = 0;
+  fNSingleClusterSPD2 = 0;
+  //
+  if (!clusterTree) { AliError(" Invalid ITS cluster tree !\n"); return; }
+  if (!clusterTreeMix) { AliError(" Invalid ITS cluster tree 2nd event !\n"); return; }
+  //
+  fESDEvent = 0;
+  SetTreeRP(clusterTree);
+  SetTreeRPMix(clusterTreeMix);
   //
-  // - calls LoadClusterArray that finds the position of the clusters
+  FindTracklets(vtx);
+  //
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FindTracklets(const Float_t *vtx) 
+{
+  // - calls LoadClusterArrays that finds the position of the clusters
   //   (in global coord) 
+
   // - convert the cluster coordinates to theta, phi (seen from the
-  //   interaction vertex). The third coordinate is used for ....
+  //   interaction vertex). Clusters in the inner layer can be now
+  //   rotated for combinatorial studies 
   // - makes an array of tracklets 
   //   
   // After this method has been called, the clusters of the two layers
   // and the tracklets can be retrieved by calling the Get'er methods.
 
-  // reset counters
-  fNClustersLay1 = 0;
-  fNClustersLay2 = 0;
-  fNTracklets = 0; 
-  fNSingleCluster = 0; 
-  // loading the clusters 
-  LoadClusterArrays(clusterTree);
 
-  // find the tracklets
-  AliDebug(1,"Looking for tracklets... ");  
+  // Find tracklets converging to vertex
+  //
+  LoadClusterArrays(fTreeRP,fTreeRPMix);
+  // flag clusters used by ESD tracks
+  if (fESDEvent) ProcessESDTracks();
+  fRecoDone = kTRUE;
 
-  //###########################################################
-  // Loop on layer 1 : finding theta, phi and z 
-  for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {    
-    Float_t x = fClustersLay1[iC1][0] - vtx[0];
-    Float_t y = fClustersLay1[iC1][1] - vtx[1];
-    Float_t z = fClustersLay1[iC1][2] - vtx[2];
+  if (!vtx) return;
 
-    Float_t r    = TMath::Sqrt(TMath::Power(x,2) +
-                              TMath::Power(y,2) +
-                              TMath::Power(z,2));
-    
-    fClustersLay1[iC1][0] = TMath::ACos(z/r);                   // Store Theta
-    fClustersLay1[iC1][1] = TMath::Pi() + TMath::ATan2(-y,-x);  // Store Phi
-    fClustersLay1[iC1][2] = z/r;                                // Store scaled z
-    if (fHistOn) {
-      Float_t eta=fClustersLay1[iC1][0];
-      eta= TMath::Tan(eta/2.);
-      eta=-TMath::Log(eta);
-      fhetaClustersLay1->Fill(eta);    
-      fhphiClustersLay1->Fill(fClustersLay1[iC1][1]);
-    }      
-  }
+  InitAux();
   
-  // Loop on layer 2 : finding theta, phi and r   
-  for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {    
-    Float_t x = fClustersLay2[iC2][0] - vtx[0];
-    Float_t y = fClustersLay2[iC2][1] - vtx[1];
-    Float_t z = fClustersLay2[iC2][2] - vtx[2];
-   
-    Float_t r    = TMath::Sqrt(TMath::Power(x,2) +
-                              TMath::Power(y,2) +
-                              TMath::Power(z,2));
-    
-    fClustersLay2[iC2][0] = TMath::ACos(z/r);                   // Store Theta
-    fClustersLay2[iC2][1] = TMath::Pi() + TMath::ATan2(-y,-x);  // Store Phi
-    fClustersLay2[iC2][2] = z;                                  // Store z
-
- // this only needs to be initialized for the fNClustersLay2 first associations
-    fAssociationFlag[iC2] = kFALSE;
-  }  
+  // find the tracklets
+  AliDebug(1,"Looking for tracklets... ");  
   
-  //###########################################################
-  // Loop on layer 1 
-  for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {    
-
-    // reset of variables for multiple candidates
-    Int_t  iC2WithBestDist = 0;     // reset 
-    Float_t distmin        = 100.;  // just to put a huge number! 
-    Float_t dPhimin        = 0.;  // Used for histograms only! 
-    Float_t dThetamin      = 0.;  // Used for histograms only! 
-    Float_t dZetamin       = 0.;  // Used for histograms only! 
-     
-    if (fOverlapFlagClustersLay1[iC1]) continue;
-    // Loop on layer 2 
-    for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {      
-      if (fOverlapFlagClustersLay2[iC2]) continue;
-      // The following excludes double associations
-      if (!fAssociationFlag[iC2]) {
-       
-       // find the difference in angles
-       Float_t dTheta = fClustersLay2[iC2][0] - fClustersLay1[iC1][0];
-       Float_t dPhi   = TMath::Abs(fClustersLay2[iC2][1] - fClustersLay1[iC1][1]);
-        // take into account boundary condition
-        if (dPhi>TMath::Pi()) dPhi=2.*TMath::Pi()-dPhi;        
-
-       // find the difference in z (between linear projection from layer 1
-       // and the actual point: Dzeta= z1/r1*r2 -z2)   
-       Float_t r2   = fClustersLay2[iC2][2]/TMath::Cos(fClustersLay2[iC2][0]);
-        Float_t dZeta  = fClustersLay1[iC1][2]*r2 - fClustersLay2[iC2][2];
-
-       if (fHistOn) {
-         fhClustersDPhiAll->Fill(dPhi);    
-         fhClustersDThetaAll->Fill(dTheta);    
-         fhClustersDZetaAll->Fill(dZeta);    
-         fhDPhiVsDThetaAll->Fill(dTheta, dPhi);
-         fhDPhiVsDZetaAll->Fill(dZeta, dPhi);
-       }
-       // make "elliptical" cut in Phi and Zeta! 
-       Float_t d = TMath::Sqrt(TMath::Power(dPhi/fPhiWindow,2) + TMath::Power(dZeta/fZetaWindow,2));
-
-       if (d>1) continue;      
-       
-       //look for the minimum distance: the minimum is in iC2WithBestDist
-               if (TMath::Sqrt(dZeta*dZeta+(r2*dPhi*r2*dPhi)) < distmin ) {
-         distmin=TMath::Sqrt(dZeta*dZeta + (r2*dPhi*r2*dPhi));
-         dPhimin = dPhi;
-         dThetamin = dTheta;
-         dZetamin = dZeta; 
-         iC2WithBestDist = iC2;
-       }
-      } 
-    } // end of loop over clusters in layer 2 
-    
-    if (distmin<100) { // This means that a cluster in layer 2 was found that mathes with iC1
-
-      if (fHistOn) {
-       fhClustersDPhiAcc->Fill(dPhimin);
-       fhClustersDThetaAcc->Fill(dThetamin);    
-       fhClustersDZetaAcc->Fill(dZetamin);    
-       fhDPhiVsDThetaAcc->Fill(dThetamin, dPhimin);
-       fhDPhiVsDZetaAcc->Fill(dZetamin, dPhimin);
-      }
-      
-      if (fOnlyOneTrackletPerC2) fAssociationFlag[iC2WithBestDist] = kTRUE; // flag the association
-      
-      // store the tracklet
-      
-      // use the theta from the clusters in the first layer
-      fTracklets[fNTracklets][0] = fClustersLay1[iC1][0];
-      // use the phi from the clusters in the first layer
-      fTracklets[fNTracklets][1] = fClustersLay1[iC1][1];
-      // store the difference between phi1 and phi2
-      fTracklets[fNTracklets][2] = fClustersLay1[iC1][1] - fClustersLay2[iC2WithBestDist][1];
-
-      // define dphi in the range [0,pi] with proper sign (track charge correlated)
-      if (fTracklets[fNTracklets][2] > TMath::Pi()) 
-          fTracklets[fNTracklets][2] = fTracklets[fNTracklets][2]-2.*TMath::Pi();
-      if (fTracklets[fNTracklets][2] < -TMath::Pi()) 
-          fTracklets[fNTracklets][2] = fTracklets[fNTracklets][2]+2.*TMath::Pi();
-
-      // find label
-      // if equal label in both clusters found this label is assigned
-      // if no equal label can be found the first labels of the L1 AND L2 cluster are assigned
-      Int_t label1 = 0;
-      Int_t label2 = 0;
-      while (label2 < 3)
-      {
-        if ((Int_t) fClustersLay1[iC1][3+label1] != -2 && (Int_t) fClustersLay1[iC1][3+label1] == (Int_t) fClustersLay2[iC2WithBestDist][3+label2])
-          break;
-        label1++;
-        if (label1 == 3)
-        {
-          label1 = 0;
-          label2++;
-        }
-      }
-
-      if (label2 < 3)
-      {
-        AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Found label %d == %d for tracklet candidate %d\n", (Int_t) fClustersLay1[iC1][3+label1], (Int_t) fClustersLay2[iC2WithBestDist][3+label2], fNTracklets));
-        fTracklets[fNTracklets][3] = fClustersLay1[iC1][3+label1];
-        fTracklets[fNTracklets][4] = fClustersLay2[iC2WithBestDist][3+label2];
-      }
-      else
-      {
-        AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Did not find label %d %d %d %d %d %d for tracklet candidate %d\n", (Int_t) fClustersLay1[iC1][3], (Int_t) fClustersLay1[iC1][4], (Int_t) fClustersLay1[iC1][5], (Int_t) fClustersLay2[iC2WithBestDist][3], (Int_t) fClustersLay2[iC2WithBestDist][4], (Int_t) fClustersLay2[iC2WithBestDist][5], fNTracklets));
-        fTracklets[fNTracklets][3] = fClustersLay1[iC1][3];
-        fTracklets[fNTracklets][4] = fClustersLay2[iC2WithBestDist][3];
-      }
+  ClusterPos2Angles(vtx); // convert cluster position to angles wrt vtx
+  //
+  // Step1: find all tracklets allowing double assocation: 
+  int found = 1;
+  while (found > 0) {
+    found = 0;
+    for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay[0]; iC1++) found += AssociateClusterOfL1(iC1);
+  }
+  //
+  // Step2: store tracklets; remove used clusters 
+  for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay[1]; iC2++) StoreTrackletForL2Cluster(iC2);
+  //
+  // store unused single clusters of L1 (optionally for L2 too)
+  StoreL1Singles();
+  //
+  AliDebug(1,Form("%d tracklets found", fNTracklets));
+}
 
-      if (fHistOn) {
-       Float_t eta=fTracklets[fNTracklets][0];
-       eta= TMath::Tan(eta/2.);
-       eta=-TMath::Log(eta);
-       fhetaTracklets->Fill(eta);    
-       fhphiTracklets->Fill(fTracklets[fNTracklets][1]);    
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::CreateMultiplicityObject()
+{
+  // create AliMultiplicity object and store it in the ESD event
+  //
+  TBits fastOrFiredMap,firedChipMap;
+  if (fDetTypeRec) {
+   fastOrFiredMap  = fDetTypeRec->GetFastOrFiredMap();
+   firedChipMap    = fDetTypeRec->GetFiredChipMap(fTreeRP);
+  }
+  //
+  fMult = new AliMultiplicity(fNTracklets,fNSingleCluster,fNFiredChips[0],fNFiredChips[1],fastOrFiredMap);
+  fMult->SetMultTrackRefs( fBuildRefs );
+  fMult->SetSPD2SinglesStored(fStoreSPD2SingleCl);
+  fMult->SetNumberOfSingleClustersSPD2(fNSingleClusterSPD2);
+  // store some details of reco:
+  fMult->SetScaleDThetaBySin2T(fScaleDTBySin2T);
+  fMult->SetDPhiWindow2(fDPhiWindow2);
+  fMult->SetDThetaWindow2(fDThetaWindow2);
+  fMult->SetDPhiShift(fDPhiShift);
+  fMult->SetNStdDev(fNStdDev);
+  //
+  fMult->SetFiredChipMap(firedChipMap);
+  AliITSRecPointContainer* rcont = AliITSRecPointContainer::Instance();
+  fMult->SetITSClusters(0,rcont->GetNClustersInLayer(1,fTreeRP));
+  for(Int_t kk=2;kk<=6;kk++) fMult->SetITSClusters(kk-1,rcont->GetNClustersInLayerFast(kk));
+  //
+  UInt_t shared[100]; 
+  AliRefArray *refs[2][2] = {{0,0},{0,0}};
+  if (fBuildRefs) {
+    for (int il=2;il--;) 
+      for (int it=2;it--;)  // tracklet_clusters->track references to stor
+       if (fStoreRefs[il][it]) refs[il][it] = new AliRefArray(fNTracklets,0);
+  }
+  //
+  for (int i=fNTracklets;i--;)  {
+    float* tlInfo = fTracklets[i];
+    fMult->SetTrackletData(i,tlInfo);
+    //
+    if (!fBuildRefs) continue; // do we need references?
+    for (int itp=0;itp<2;itp++) {      
+      for (int ilr=0;ilr<2;ilr++) {
+       if (!fStoreRefs[ilr][itp]) continue; // nothing to store
+       int clID = int(tlInfo[ilr ? kClID2:kClID1]);
+       int nref = fUsedClusLay[ilr][itp]->GetReferences(clID,shared,100);
+       if (!nref) continue;
+       else if (nref==1) refs[ilr][itp]->AddReference(i,shared[0]);
+       else refs[ilr][itp]->AddReferences(i,shared,nref);
       }
-      
-      AliDebug(1,Form(" Adding tracklet candidate %d ", fNTracklets));
-      AliDebug(1,Form(" Cl. %d of Layer 1 and %d of Layer 2", iC1, 
-                     iC2WithBestDist));
-      fNTracklets++;
-
-      if (fRemoveClustersFromOverlaps) FlagClustersInOverlapRegions (iC1,iC2WithBestDist);
-
     }
-
-    // Delete the following else if you do not want to save Clusters! 
-
-    else { // This means that the cluster has not been associated
-
-      // store the cluster
-       
-      fSClusters[fNSingleCluster][0] = fClustersLay1[iC1][0];
-      fSClusters[fNSingleCluster][1] = fClustersLay1[iC1][1];
-      AliDebug(1,Form(" Adding a single cluster %d (cluster %d  of layer 1)",
-                     fNSingleCluster, iC1));
-      fNSingleCluster++;
+  }
+  if (fBuildRefs) fMult->AttachTracklet2TrackRefs(refs[0][0],refs[0][1],refs[1][0],refs[1][1]); 
+  //
+  AliRefArray *refsc[2] = {0,0};
+  if (fBuildRefs) for (int it=2;it--;) if (fStoreRefs[0][it]) refsc[it] = new AliRefArray(fNClustersLay[0]);
+  for (int i=fNSingleCluster;i--;) {
+    float* clInfo = fSClusters[i];
+    fMult->SetSingleClusterData(i,clInfo); 
+    //
+    if (!fBuildRefs) continue; // do we need references?
+    int ilr = i>=(fNSingleCluster-fNSingleClusterSPD2) ? 1:0;
+    int clID = int(clInfo[kSCID]);
+    for (int itp=0;itp<2;itp++) {
+      if (!fStoreRefs[ilr][itp]) continue;
+      int nref = fUsedClusLay[ilr][itp]->GetReferences(clID,shared,100);
+      if (!nref) continue;
+      else if (nref==1) refsc[itp]->AddReference(i,shared[0]);
+      else refsc[itp]->AddReferences(i,shared,nref);
     }
+  }
+  //
+  if (fBuildRefs) fMult->AttachCluster2TrackRefs(refsc[0],refsc[1]); 
+  fMult->CompactBits();
+  //
+}
 
-  } // end of loop over clusters in layer 1
-  
-  AliDebug(1,Form("%d tracklets found", fNTracklets));
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::LoadClusterArrays(TTree* tree, TTree* treeMix)
+{
+  // load cluster info and prepare tracklets arrays
+  //
+  if (AreClustersLoaded()) {AliInfo("Clusters are already loaded"); return;}
+  LoadClusterArrays(tree,0);
+  LoadClusterArrays(treeMix ? treeMix:tree,1);
+  int nmaxT = TMath::Min(fNClustersLay[0], fNClustersLay[1]);
+  if (fTracklets) delete[] fTracklets;
+  fTracklets = new Float_t*[nmaxT];
+  memset(fTracklets,0,nmaxT*sizeof(Float_t*));
+  //
+  if (fSClusters) delete[] fSClusters;
+  int nSlots = GetStoreSPD2SingleCl() ? fNClustersLay[0]+fNClustersLay[1] : fNClustersLay[0];
+  fSClusters = new Float_t*[nSlots]; 
+  memset(fSClusters,0,nSlots*sizeof(Float_t*));
+  //
+  AliDebug(1,Form("(clusters in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNClustersLay[0],fNClustersLay[1]));
+  AliDebug(1,Form("(cluster-fired chips in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNFiredChips[0],fNFiredChips[1]));
+  SetClustersLoaded();
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void
-AliITSMultReconstructor::LoadClusterArrays(TTree* itsClusterTree) {
+void AliITSMultReconstructor::LoadClusterArrays(TTree* itsClusterTree, int il) 
+{
   // This method
-  // - gets the clusters from the cluster tree 
+  // - gets the clusters from the cluster tree for layer il
   // - convert them into global coordinates 
   // - store them in the internal arrays
   // - count the number of cluster-fired chips
-  
-  AliDebug(1,"Loading clusters and cluster-fired chips ...");
-  
-  fNClustersLay1 = 0;
-  fNClustersLay2 = 0;
-  fNFiredChips[0] = 0;
-  fNFiredChips[1] = 0;
-  
-  AliITSsegmentationSPD *seg = new AliITSsegmentationSPD();
-
-  TClonesArray* itsClusters = new TClonesArray("AliITSRecPoint");
-  TBranch* itsClusterBranch=itsClusterTree->GetBranch("ITSRecPoints");
-
-  itsClusterBranch->SetAddress(&itsClusters);
-
-  Int_t nItsSubs = (Int_t)itsClusterTree->GetEntries();  
-  Float_t cluGlo[3]={0.,0.,0.};
-  // loop over the its subdetectors
-  for (Int_t iIts=0; iIts < nItsSubs; iIts++) {
-    
-    if (!itsClusterTree->GetEvent(iIts)) 
-      continue;
-    
-    Int_t nClusters = itsClusters->GetEntriesFast();
-
-    // number of clusters in each chip of the current module
+  //
+  // RS: This method was strongly modified wrt original. In order to have the same numbering 
+  // of clusters as in the ITS reco I had to introduce sorting in Z
+  // Also note that now the clusters data are stored not in float[6] attached to float**, but in 1-D array
+  AliDebug(1,Form("Loading clusters and cluster-fired chips for layer %d",il));
+  //
+  fNClustersLay[il] = 0;
+  fNFiredChips[il]  = 0;
+  for (int i=2;i--;) fStoreRefs[il][i] = kFALSE;
+  //
+  AliITSRecPointContainer* rpcont = 0;
+  static TClonesArray statITSrec("AliITSRecPoint");
+  static TObjArray clArr(100);
+  TBranch* branch = 0;
+  TClonesArray* itsClusters = 0;
+  //
+  if (!fCreateClustersCopy) {
+    rpcont=AliITSRecPointContainer::Instance();
+    itsClusters = rpcont->FetchClusters(0,itsClusterTree);
+    if(!rpcont->IsSPDActive()){
+      AliWarning("No SPD rec points found, multiplicity not calculated");
+      return;
+    } 
+  }
+  else {
+    itsClusters = &statITSrec;
+    branch = itsClusterTree->GetBranch("ITSRecPoints");
+    branch->SetAddress(&itsClusters);
+    if (!fClArr[il]) fClArr[il] = new TClonesArray("AliITSRecPoint",100);
+    delete[] fClusterCopyIndex[il];
+  }    
+  //
+  // count clusters
+  // loop over the SPD subdetectors
+  int nclLayer = 0;
+  int detMin = TMath::Max(0,AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(il+1,1,1));
+  int detMax = AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(il+2,1,1);
+  for (int idt=detMin;idt<detMax;idt++) {
+    if (!fCreateClustersCopy) itsClusters = rpcont->UncheckedGetClusters(idt);
+    else                      branch->GetEvent(idt); 
+    int nClusters = itsClusters->GetEntriesFast();
+    if (!nClusters) continue;
     Int_t nClustersInChip[5] = {0,0,0,0,0};
-    Int_t layer = 0;
-    
-    // loop over clusters
     while(nClusters--) {
       AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)itsClusters->UncheckedAt(nClusters);
-      
-      layer = cluster->GetLayer();
-      if (layer>1) continue;            
-      
-      cluster->GetGlobalXYZ(cluGlo);
-      Float_t x = cluGlo[0];
-      Float_t y = cluGlo[1];
-      Float_t z = cluGlo[2];      
-
-      // find the chip for the current cluster
-      Float_t locz = cluster->GetDetLocalZ();
-      Int_t iChip = seg->GetChipFromLocal(0,locz);
-      nClustersInChip[iChip]++; 
-      
-      if (layer==0) {
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][0] = x;
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][1] = y;
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][2] = z;
-        fDetectorIndexClustersLay1[fNClustersLay1]=iIts;  
-
-       for (Int_t i=0; i<3; i++)
-               fClustersLay1[fNClustersLay1][3+i] = cluster->GetLabel(i);
-       fNClustersLay1++;
-      }
-      if (layer==1) {
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][0] = x;
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][1] = y;
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][2] = z;
-
-        fDetectorIndexClustersLay2[fNClustersLay2]=iIts;
-       for (Int_t i=0; i<3; i++)
-               fClustersLay2[fNClustersLay2][3+i] = cluster->GetLabel(i);
-       fNClustersLay2++;
-      }
-      
-    }// end of cluster loop
-
-    // get number of fired chips in the current module
-    if(layer<2)
-    for(Int_t ifChip=0; ifChip<5; ifChip++) {
-      if(nClustersInChip[ifChip] >= 1)  fNFiredChips[layer]++;
+      if (!cluster) continue;
+      if (fCreateClustersCopy)         cluster = new ((*fClArr[il])[nclLayer]) AliITSRecPoint(*cluster);
+      clArr.AddAtAndExpand(cluster,nclLayer++);
+      Int_t chipNo = fSPDSeg.GetChipFromLocal(0,cluster->GetDetLocalZ());
+      if(chipNo>=0)nClustersInChip[ chipNo ]++; 
     }
-
-  } // end of its "subdetector" loop  
-
-  if (itsClusters) {
-    itsClusters->Delete();
-    delete itsClusters;
-    delete seg;
-    itsClusters = 0;
+    for(Int_t ifChip=5;ifChip--;) if (nClustersInChip[ifChip]) fNFiredChips[il]++;
   }
-  AliDebug(1,Form("(clusters in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNClustersLay1,fNClustersLay2));
-  AliDebug(1,Form("(cluster-fired chips in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNFiredChips[0],fNFiredChips[1]));
+  // sort the clusters in Z (to have the same numbering as in ITS reco
+  Float_t *z     = new Float_t[nclLayer];
+  Int_t   *index = new Int_t[nclLayer];
+  for (int ic=0;ic<nclLayer;ic++) z[ic] = ((AliITSRecPoint*)clArr[ic])->GetZ();
+  TMath::Sort(nclLayer,z,index,kFALSE);
+  Float_t*   clustersLay              = new Float_t[nclLayer*kClNPar];
+  Int_t*     detectorIndexClustersLay = new Int_t[nclLayer];
+  Bool_t*    overlapFlagClustersLay   = new Bool_t[nclLayer];
+  if (fCreateClustersCopy) fClusterCopyIndex[il] = new Int_t[nclLayer];
+  //
+  for (int ic=0;ic<nclLayer;ic++) {
+    AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)clArr[index[ic]];
+    float* clPar = &clustersLay[ic*kClNPar];
+    //      
+    cluster->GetGlobalXYZ( clPar );
+    detectorIndexClustersLay[ic] = cluster->GetDetectorIndex(); 
+    overlapFlagClustersLay[ic]   = kFALSE;
+    for (Int_t i=3;i--;) clPar[kClMC0+i] = cluster->GetLabel(i);
+    if (fCreateClustersCopy) fClusterCopyIndex[il][ic] = index[ic];
+  }
+  clArr.Clear();
+  delete[] z;
+  delete[] index;
+  //
+  if (fOverlapFlagClustersLay[il]) delete[] fOverlapFlagClustersLay[il];
+  fOverlapFlagClustersLay[il]   = overlapFlagClustersLay;
+  //
+  if (fDetectorIndexClustersLay[il]) delete[] fDetectorIndexClustersLay[il]; 
+  fDetectorIndexClustersLay[il] = detectorIndexClustersLay;
+  //
+  if (fBuildRefs) {
+    for (int it=0;it<2;it++) {
+      if (fUsedClusLay[il][it]) delete fUsedClusLay[il][it];
+      fUsedClusLay[il][it] = new AliRefArray(nclLayer);
+    }
+  }
+  //
+  if (fClustersLay[il]) delete[] fClustersLay[il]; 
+  fClustersLay[il] = clustersLay;
+  fNClustersLay[il] = nclLayer;
+  //
 }
+
 //____________________________________________________________________
-void
-AliITSMultReconstructor::LoadClusterFiredChips(TTree* itsClusterTree) {
-  // This method
+void AliITSMultReconstructor::LoadClusterFiredChips(TTree* itsClusterTree) {
+  // This method    
   // - gets the clusters from the cluster tree 
   // - counts the number of (cluster)fired chips
   
@@ -593,55 +741,48 @@ AliITSMultReconstructor::LoadClusterFiredChips(TTree* itsClusterTree) {
   fNFiredChips[0] = 0;
   fNFiredChips[1] = 0;
   
-  AliITSsegmentationSPD *seg = new AliITSsegmentationSPD();
-
-  TClonesArray* itsClusters = new TClonesArray("AliITSRecPoint");
-  TBranch* itsClusterBranch=itsClusterTree->GetBranch("ITSRecPoints");
-
-  itsClusterBranch->SetAddress(&itsClusters);
+  AliITSRecPointContainer* rpcont=AliITSRecPointContainer::Instance();
+  TClonesArray* itsClusters=NULL;
+  rpcont->FetchClusters(0,itsClusterTree);
+  if(!rpcont->IsSPDActive()){
+    AliWarning("No SPD rec points found, multiplicity not calculated");
+    return;
+  } 
 
-  Int_t nItsSubs = (Int_t)itsClusterTree->GetEntries();  
   // loop over the its subdetectors
-  for (Int_t iIts=0; iIts < nItsSubs; iIts++) {
-    
-    if (!itsClusterTree->GetEvent(iIts)) 
-      continue;
-    
+  Int_t nSPDmodules=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
+  for (Int_t iIts=0; iIts < nSPDmodules; iIts++) {
+    itsClusters=rpcont->UncheckedGetClusters(iIts);
     Int_t nClusters = itsClusters->GetEntriesFast();
 
     // number of clusters in each chip of the current module
     Int_t nClustersInChip[5] = {0,0,0,0,0};
     Int_t layer = 0;
+    Int_t ladder=0;
+    Int_t det=0;
+    AliITSgeomTGeo::GetModuleId(iIts,layer,ladder,det);
+    --layer;  // layer is from 1 to 6 in AliITSgeomTGeo, but from 0 to 5 here
+    if(layer<0 || layer >1)continue;
     
     // loop over clusters
     while(nClusters--) {
       AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)itsClusters->UncheckedAt(nClusters);
-      
-      layer = cluster->GetLayer();
-      if (layer>1) continue;            
-
+          
       // find the chip for the current cluster
       Float_t locz = cluster->GetDetLocalZ();
-      Int_t iChip = seg->GetChipFromLocal(0,locz);
-      nClustersInChip[iChip]++; 
+      Int_t iChip = fSPDSeg.GetChipFromLocal(0,locz);
+      if (iChip>=0) nClustersInChip[iChip]++; 
       
     }// end of cluster loop
 
     // get number of fired chips in the current module
-    if(layer<2)
     for(Int_t ifChip=0; ifChip<5; ifChip++) {
       if(nClustersInChip[ifChip] >= 1)  fNFiredChips[layer]++;
     }
 
   } // end of its "subdetector" loop  
   
-  if (itsClusters) {
-    itsClusters->Delete();
-    delete itsClusters;
-    delete seg;
-    itsClusters = 0;
-  }
+
   AliDebug(1,Form("(cluster-fired chips in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNFiredChips[0],fNFiredChips[1]));
 }
 //____________________________________________________________________
@@ -655,15 +796,11 @@ AliITSMultReconstructor::SaveHists() {
 
   fhClustersDPhiAll->Write();
   fhClustersDThetaAll->Write();
-  fhClustersDZetaAll->Write();
   fhDPhiVsDThetaAll->Write();
-  fhDPhiVsDZetaAll->Write();
 
   fhClustersDPhiAcc->Write();
   fhClustersDThetaAcc->Write();
-  fhClustersDZetaAcc->Write();
   fhDPhiVsDThetaAcc->Write();
-  fhDPhiVsDZetaAcc->Write();
 
   fhetaTracklets->Write();
   fhphiTracklets->Write();
@@ -672,9 +809,9 @@ AliITSMultReconstructor::SaveHists() {
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void 
-AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithBestDist) {
-
+void AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithBestDist) 
+{
+  // Flags clusters in the overlapping regions
   Float_t distClSameMod=0.;
   Float_t distClSameModMin=0.;
   Int_t   iClOverlap =0;
@@ -684,23 +821,25 @@ AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithB
   Float_t zproj1=0.;
   Float_t zproj2=0.;
   Float_t deZproj=0.;
-
+  Float_t* clPar1  = GetClusterLayer1(iC1);
+  Float_t* clPar2B = GetClusterLayer2(iC2WithBestDist);
   // Loop on inner layer clusters
-  for (Int_t iiC1=0; iiC1<fNClustersLay1; iiC1++) {
-    if (!fOverlapFlagClustersLay1[iiC1]) {
+  for (Int_t iiC1=0; iiC1<fNClustersLay[0]; iiC1++) {
+    if (!fOverlapFlagClustersLay[0][iiC1]) {
       // only for adjacent modules
-      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay1[iC1]-fDetectorIndexClustersLay1[iiC1])==4)||
-         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay1[iC1]-fDetectorIndexClustersLay1[iiC1])==76)) {
-        Float_t dePhi=TMath::Abs(fClustersLay1[iiC1][1]-fClustersLay1[iC1][1]);
+      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay[0][iC1]-fDetectorIndexClustersLay[0][iiC1])==4)||
+         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay[0][iC1]-fDetectorIndexClustersLay[0][iiC1])==76)) {
+       Float_t *clPar11 = GetClusterLayer1(iiC1);
+        Float_t dePhi=TMath::Abs(clPar11[kClPh]-clPar1[kClPh]);
         if (dePhi>TMath::Pi()) dePhi=2.*TMath::Pi()-dePhi;
 
-        zproj1=meanRadiusLay1/TMath::Tan(fClustersLay1[iC1][0]);
-        zproj2=meanRadiusLay1/TMath::Tan(fClustersLay1[iiC1][0]);
+        zproj1=meanRadiusLay1/TMath::Tan(clPar1[kClTh]);
+        zproj2=meanRadiusLay1/TMath::Tan(clPar11[kClTh]);
 
         deZproj=TMath::Abs(zproj1-zproj2);
 
         distClSameMod = TMath::Sqrt(TMath::Power(deZproj/fZetaOverlapCut,2)+TMath::Power(dePhi/fPhiOverlapCut,2));
-        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay1[iiC1]=kTRUE;
+        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay[0][iiC1]=kTRUE;
 
 //        if (distClSameMod<=1.) {
 //          if (distClSameModMin==0. || distClSameMod<distClSameModMin) {
@@ -714,26 +853,27 @@ AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithB
     } 
   } // end Loop on inner layer clusters
 
-//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay1[iClOverlap]=kTRUE;
+//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay[0][iClOverlap]=kTRUE;
 
   distClSameMod=0.;
   distClSameModMin=0.;
   iClOverlap =0;
   // Loop on outer layer clusters
-  for (Int_t iiC2=0; iiC2<fNClustersLay2; iiC2++) {
-    if (!fOverlapFlagClustersLay2[iiC2]) {
+  for (Int_t iiC2=0; iiC2<fNClustersLay[1]; iiC2++) {
+    if (!fOverlapFlagClustersLay[1][iiC2]) {
       // only for adjacent modules
-      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay2[iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay2[iiC2])==4) ||
-         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay2[iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay2[iiC2])==156)) {
-        Float_t dePhi=TMath::Abs(fClustersLay2[iiC2][1]-fClustersLay2[iC2WithBestDist][1]);
+      Float_t *clPar2 = GetClusterLayer2(iiC2);
+      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay[1][iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay[1][iiC2])==4) ||
+         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay[1][iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay[1][iiC2])==156)) {
+        Float_t dePhi=TMath::Abs(clPar2[kClPh]-clPar2B[kClPh]);
         if (dePhi>TMath::Pi()) dePhi=2.*TMath::Pi()-dePhi;
 
-        zproj1=meanRadiusLay2/TMath::Tan(fClustersLay2[iC2WithBestDist][0]);
-        zproj2=meanRadiusLay2/TMath::Tan(fClustersLay2[iiC2][0]);
+        zproj1=meanRadiusLay2/TMath::Tan(clPar2B[kClTh]);
+        zproj2=meanRadiusLay2/TMath::Tan(clPar2[kClTh]);
 
         deZproj=TMath::Abs(zproj1-zproj2);
         distClSameMod = TMath::Sqrt(TMath::Power(deZproj/fZetaOverlapCut,2)+TMath::Power(dePhi/fPhiOverlapCut,2));
-        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay2[iiC2]=kTRUE;
+        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay[1][iiC2]=kTRUE;
 
 //        if (distClSameMod<=1.) {
 //          if (distClSameModMin==0. || distClSameMod<distClSameModMin) {
@@ -746,6 +886,425 @@ AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithB
     }
   } // end Loop on outer layer clusters
 
-//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay2[iClOverlap]=kTRUE;
+//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay[1][iClOverlap]=kTRUE;
+
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::InitAux()
+{
+  // init arrays/parameters for tracklet reconstruction
+  
+  // dPhi shift is field dependent, get average magnetic field
+  Float_t bz = 0;
+  AliMagF* field = 0;
+  if (TGeoGlobalMagField::Instance()) field = dynamic_cast<AliMagF*>(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
+  if (!field) {
+    AliError("Could not retrieve magnetic field. Assuming no field. Delta Phi shift will be deactivated in AliITSMultReconstructor.");
+  }
+  else bz = TMath::Abs(field->SolenoidField());
+  fDPhiShift = fPhiShift / 5 * bz; 
+  AliDebug(1, Form("Using phi shift of %f", fDPhiShift));
+  //
+  if (fPartners) delete[] fPartners; fPartners = new Int_t[fNClustersLay[1]];
+  if (fMinDists) delete[] fMinDists; fMinDists = new Float_t[fNClustersLay[1]];
+  if (fAssociatedLay1) delete[] fAssociatedLay1; fAssociatedLay1 = new Int_t[fNClustersLay[0]];
+  //
+  if (fBlackList) delete fBlackList; fBlackList = new AliRefArray(fNClustersLay[0]);
+  //
+  //  Printf("Vertex in find tracklets...%f %f %f",vtx[0],vtx[1],vtx[2]);
+  for (Int_t i=0; i<fNClustersLay[1]; i++) {
+    fPartners[i] = -1;
+    fMinDists[i] = 2*fNStdDev;
+  }
+  memset(fAssociatedLay1,0,fNClustersLay[0]*sizeof(Int_t));
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::ClusterPos2Angles(const Float_t *vtx)
+{
+  // convert cluster coordinates to angles wrt vertex
+  for (int ilr=0;ilr<2;ilr++) {
+    for (Int_t iC=0; iC<fNClustersLay[ilr]; iC++) {    
+      float* clPar = GetClusterOfLayer(ilr,iC);
+      CalcThetaPhi(clPar[kClTh]-vtx[0],clPar[kClPh]-vtx[1],clPar[kClZ]-vtx[2],clPar[kClTh],clPar[kClPh]);
+      if (ilr==0) {
+       clPar[kClPh] = clPar[kClPh] + fPhiRotationAngle;   // rotation of inner layer for comb studies  
+       if (fHistOn) {
+         Float_t eta = clPar[kClTh];
+         eta= TMath::Tan(eta/2.);
+         eta=-TMath::Log(eta);
+         fhetaClustersLay1->Fill(eta);    
+         fhphiClustersLay1->Fill(clPar[kClPh]);
+       }
+      }      
+    }
+  }
+  //
+}
 
+//____________________________________________________________________
+Int_t AliITSMultReconstructor::AssociateClusterOfL1(Int_t iC1)
+{
+  // search association of cluster iC1 of L1 with all clusters of L2
+  if (fAssociatedLay1[iC1] != 0) return 0;
+  Int_t  iC2WithBestDist = -1;   // reset
+  Double_t minDist       =  2*fNStdDev;   // reset
+  float* clPar1 = GetClusterLayer1(iC1);
+  for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay[1]; iC2++) {
+    //
+    if (fBlackList->IsReferred(iC1,iC2)) continue;
+    float* clPar2 = GetClusterLayer2(iC2);
+    //
+    // find the difference in angles
+    Double_t dTheta = TMath::Abs(clPar2[kClTh] - clPar1[kClTh]); 
+    Double_t dPhi   = TMath::Abs(clPar2[kClPh] - clPar1[kClPh]);
+    //        Printf("detheta %f  dephi %f", dTheta,dPhi);
+    //
+    if (dPhi>TMath::Pi()) dPhi=2.*TMath::Pi()-dPhi;     // take into account boundary condition
+    //
+    if (fHistOn) {
+      fhClustersDPhiAll->Fill(dPhi);
+      fhClustersDThetaAll->Fill(dTheta);    
+      fhDPhiVsDThetaAll->Fill(dTheta, dPhi);
+    }
+    Float_t d = CalcDist(dPhi,dTheta,clPar1[kClTh]);     // make "elliptical" cut in Phi and Theta! 
+    // look for the minimum distance: the minimum is in iC2WithBestDist
+    if (d<fNStdDev && d<minDist) { minDist=d; iC2WithBestDist = iC2; }
+  }
+  //
+  if (minDist<fNStdDev) { // This means that a cluster in layer 2 was found that matches with iC1
+    //
+    if (fMinDists[iC2WithBestDist] > minDist) {
+      Int_t oldPartner = fPartners[iC2WithBestDist];
+      fPartners[iC2WithBestDist] = iC1;
+      fMinDists[iC2WithBestDist] = minDist;
+      //
+      fAssociatedLay1[iC1] = 1;      // mark as assigned
+      //
+      if (oldPartner != -1) {
+       // redo partner search for cluster in L0 (oldPartner), putting this one (iC2WithBestDist) on its fBlackList
+       fBlackList->AddReference(oldPartner,iC2WithBestDist);
+       fAssociatedLay1[oldPartner] = 0;       // mark as free   
+      }
+    } else {
+      // try again to find a cluster without considering iC2WithBestDist 
+      fBlackList->AddReference(iC1,iC2WithBestDist);
+    } 
+    //
+  }
+  else fAssociatedLay1[iC1] = 2;// cluster has no partner; remove
+  //
+  return 1;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Int_t AliITSMultReconstructor::StoreTrackletForL2Cluster(Int_t iC2)
+{
+  // build tracklet for cluster iC2 of layer 2
+  if (fPartners[iC2] == -1) return 0;
+  if (fRemoveClustersFromOverlaps) FlagClustersInOverlapRegions (fPartners[iC2],iC2);
+  // Printf("saving tracklets");
+  if (fOverlapFlagClustersLay[0][fPartners[iC2]] || fOverlapFlagClustersLay[1][iC2]) return 0;
+  float* clPar2 = GetClusterLayer2(iC2);
+  float* clPar1 = GetClusterLayer1(fPartners[iC2]);
+  //
+  Float_t* tracklet = fTracklets[fNTracklets] = new Float_t[kTrNPar]; // RS Add also the cluster id's
+  //
+  tracklet[kTrTheta] = clPar1[kClTh];    // use the theta from the clusters in the first layer
+  tracklet[kTrPhi]   = clPar1[kClPh];    // use the phi from the clusters in the first layer
+  tracklet[kTrDPhi] = clPar1[kClPh] - clPar2[kClPh];  // store the difference between phi1 and phi2
+  //
+  // define dphi in the range [0,pi] with proper sign (track charge correlated)
+  if (tracklet[kTrDPhi] > TMath::Pi())   tracklet[kTrDPhi] = tracklet[kTrDPhi]-2.*TMath::Pi();
+  if (tracklet[kTrDPhi] < -TMath::Pi())  tracklet[kTrDPhi] = tracklet[kTrDPhi]+2.*TMath::Pi();
+  //
+  tracklet[kTrDTheta] = clPar1[kClTh] - clPar2[kClTh]; // store the theta1-theta2
+  //
+  if (fHistOn) {
+    fhClustersDPhiAcc->Fill(tracklet[kTrDPhi]); 
+    fhClustersDThetaAcc->Fill(tracklet[kTrDTheta]);    
+    fhDPhiVsDThetaAcc->Fill(tracklet[kTrDTheta],tracklet[kTrDPhi]);
+  }
+  //
+  // find label
+  // if equal label in both clusters found this label is assigned
+  // if no equal label can be found the first labels of the L1 AND L2 cluster are assigned
+  Int_t label1=0,label2=0;
+  while (label2 < 3) {
+    if ( int(clPar1[kClMC0+label1])!=-2 && int(clPar1[kClMC0+label1])==int(clPar2[kClMC0+label2])) break;
+    if (++label1 == 3) { label1 = 0; label2++; }
+  }
+  if (label2 < 3) {
+    AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Found label %d == %d for tracklet candidate %d\n", 
+                                 (Int_t) clPar1[kClMC0+label1], (Int_t) clPar1[kClMC0+label2], fNTracklets));
+    tracklet[kTrLab1] = tracklet[kTrLab2] = clPar1[kClMC0+label1];
+  } else {
+    AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Did not find label %d %d %d %d %d %d for tracklet candidate %d\n", 
+                                 (Int_t) clPar1[kClMC0], (Int_t) clPar1[kClMC1], (Int_t) clPar1[kClMC2], 
+                                 (Int_t) clPar2[kClMC0], (Int_t) clPar2[kClMC1], (Int_t) clPar2[kClMC2], fNTracklets));
+    tracklet[kTrLab1] = clPar1[kClMC0];
+    tracklet[kTrLab2] = clPar2[kClMC0];
+  }
+  //
+  if (fHistOn) {
+    Float_t eta = tracklet[kTrTheta];
+    eta= TMath::Tan(eta/2.);
+    eta=-TMath::Log(eta);
+    fhetaTracklets->Fill(eta);
+    fhphiTracklets->Fill(tracklet[kTrPhi]);
+  }
+  //
+  tracklet[kClID1] = fPartners[iC2];
+  tracklet[kClID2] = iC2;
+  //
+  // Printf("Adding tracklet candidate");
+  AliDebug(1,Form(" Adding tracklet candidate %d ", fNTracklets));
+  AliDebug(1,Form(" Cl. %d of Layer 1 and %d of Layer 2", fPartners[iC2], iC2));
+  fNTracklets++;
+  fAssociatedLay1[fPartners[iC2]] = 1;
+  // 
+  return 1;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::StoreL1Singles()
+{
+  // Printf("saving single clusters...");
+  for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay[0]; iC1++) {
+    float* clPar1 = GetClusterLayer1(iC1);
+    if (fAssociatedLay1[iC1]==2||fAssociatedLay1[iC1]==0) { 
+      fSClusters[fNSingleCluster] = new Float_t[kClNPar];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCTh] = clPar1[kClTh];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCPh] = clPar1[kClPh];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCLab] = clPar1[kClMC0]; 
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCID] = iC1;
+      AliDebug(1,Form(" Adding a single cluster %d (cluster %d  of layer 1)",
+                     fNSingleCluster, iC1));
+      fNSingleCluster++;
+    }
+  }
+  //
+  if (GetStoreSPD2SingleCl()) {
+    for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay[1]; iC2++) {
+      if (fPartners[iC2]<0 || (fOverlapFlagClustersLay[0][fPartners[iC2]] || fOverlapFlagClustersLay[1][iC2])) {
+       float* clPar2 = GetClusterLayer2(iC2);
+       fSClusters[fNSingleCluster] = new Float_t[kClNPar];
+       fSClusters[fNSingleCluster][kSCTh] = clPar2[kClTh];
+       fSClusters[fNSingleCluster][kSCPh] = clPar2[kClPh];
+       fSClusters[fNSingleCluster][kSCLab] = clPar2[kClMC0]; 
+       fSClusters[fNSingleCluster][kSCID] = iC2;
+       AliDebug(1,Form(" Adding a single cluster %d (cluster %d  of layer 2)",
+                       fNSingleCluster, iC2));
+       fNSingleCluster++;
+       fNSingleClusterSPD2++;
+      }
+    }
+  }
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::ProcessESDTracks()
+{
+  // Flag the clusters used by ESD tracks
+  // Flag primary tracks to be used for multiplicity counting 
+  //
+  if (!fESDEvent || !fBuildRefs) return;
+  AliESDVertex* vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexTracks();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) {
+    AliDebug(1,"No primary vertex: cannot flag primary tracks");
+    return;
+  }
+  Int_t ntracks = fESDEvent->GetNumberOfTracks();
+  for(Int_t itr=0; itr<ntracks; itr++) {
+    AliESDtrack* track = fESDEvent->GetTrack(itr);
+    if (!track->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue; // use only tracks propagated in ITS to vtx
+    FlagTrackClusters(itr);
+    FlagIfSecondary(track,vtx);
+  }
+  FlagV0s(vtx);
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagTrackClusters(Int_t id)
+{
+  // RS: flag the SPD clusters of the track if it is useful for the multiplicity estimation
+  //
+  const AliESDtrack* track = fESDEvent->GetTrack(id);
+  Int_t idx[12];
+  if ( track->GetITSclusters(idx)<3 ) return; // at least 3 clusters must be used in the fit
+  Int_t itsType = track->IsOn(AliESDtrack::kITSpureSA) ? 1:0;
+  
+  for (int i=6/*AliESDfriendTrack::kMaxITScluster*/;i--;) { // ignore extras: note: i>=6 is for extra clusters
+    if (idx[i]<0) continue;
+    int layID= (idx[i] & 0xf0000000) >> 28; 
+    if (layID>1) continue; // SPD only
+    int clID = (idx[i] & 0x0fffffff);
+    fUsedClusLay[layID][itsType]->AddReference(clID,id);
+    fStoreRefs[layID][itsType] = kTRUE;
+  }
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagIfSecondary(AliESDtrack* track, const AliVertex* vtx)
+{
+  // RS: check if the track is primary and set the flag
+  double cut = (track->HasPointOnITSLayer(0)||track->HasPointOnITSLayer(1)) ? fCutPxDrSPDin:fCutPxDrSPDout;
+  float xz[2];
+  track->GetDZ(vtx->GetX(),vtx->GetY(),vtx->GetZ(), fESDEvent->GetMagneticField(), xz);
+  if (TMath::Abs(xz[0]*track->P())>cut || TMath::Abs(xz[1]*track->P())>fCutPxDz ||
+      TMath::Abs(xz[0])>fCutDCArz   || TMath::Abs(xz[1])>fCutDCArz) 
+    track->SetStatus(AliESDtrack::kMultSec);
+  else track->ResetStatus(AliESDtrack::kMultSec);
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagV0s(const AliESDVertex *vtx)
+{
+  // flag tracks belonging to v0s
+  //
+  const double kK0Mass = 0.4976;
+  //
+  AliV0 pvertex;
+  AliKFVertex vertexKF;
+  AliKFParticle epKF0,epKF1,pipmKF0,piKF0,piKF1,gammaKF,k0KF;
+  Double_t mass,massErr,chi2c;
+  enum {kKFIni=BIT(14)};
+  //
+  double recVtx[3];
+  float recVtxF[3];
+  vtx->GetXYZ(recVtx);
+  for (int i=3;i--;) recVtxF[i] = recVtx[i];
+  //
+  int ntracks = fESDEvent->GetNumberOfTracks();
+  if (ntracks<2) return;
+  //
+  vertexKF.X() = recVtx[0];
+  vertexKF.Y() = recVtx[1];
+  vertexKF.Z() = recVtx[2];
+  vertexKF.Covariance(0,0) = vtx->GetXRes()*vtx->GetXRes();
+  vertexKF.Covariance(1,2) = vtx->GetYRes()*vtx->GetYRes();
+  vertexKF.Covariance(2,2) = vtx->GetZRes()*vtx->GetZRes();
+  //
+  AliESDtrack *trc0,*trc1;
+  for (int it0=0;it0<ntracks;it0++) {
+    trc0 = fESDEvent->GetTrack(it0);
+    if (trc0->IsOn(AliESDtrack::kMultInV0)) continue;
+    if (!trc0->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue;
+    Bool_t isSAP = trc0->IsPureITSStandalone();
+    Int_t  q0 = trc0->Charge();
+    Bool_t testGamma = CanBeElectron(trc0);
+    epKF0.ResetBit(kKFIni);
+    piKF0.ResetBit(kKFIni);
+    double bestChi2=1e16;
+    int bestID = -1;
+    //    
+    for (int it1=it0+1;it1<ntracks;it1++) {
+      trc1 = fESDEvent->GetTrack(it1);
+      if (trc1->IsOn(AliESDtrack::kMultInV0)) continue;
+      if (!trc1->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue;
+      if (trc1->IsPureITSStandalone() != isSAP) continue; // pair separately ITS_SA_Pure tracks and TPC/ITS+ITS_SA
+      if ( (q0+trc1->Charge())!=0 ) continue;             // don't pair like signs
+      //
+      pvertex.SetParamN(q0<0 ? *trc0:*trc1);
+      pvertex.SetParamP(q0>0 ? *trc0:*trc1);
+      pvertex.Update(recVtxF);
+      if (pvertex.P()<fCutMinP) continue;
+      if (pvertex.GetV0CosineOfPointingAngle()<fCutMinPointAngle) continue;
+      if (pvertex.GetDcaV0Daughters()>fCutMaxDCADauther) continue;
+      double d = pvertex.GetD(recVtx[0],recVtx[1],recVtx[2]);
+      if (d>fCutMaxDCA) continue;
+      double dx=recVtx[0]-pvertex.Xv(), dy=recVtx[1]-pvertex.Yv();
+      double rv = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
+      //
+      // check gamma conversion hypothesis ----------------------------------------------------------->>>
+      Bool_t gammaOK = kFALSE;
+      while (testGamma && CanBeElectron(trc1)) {
+       if (rv<fCutMinRGamma) break;
+       if (!epKF0.TestBit(kKFIni)) {
+         new(&epKF0) AliKFParticle(*trc0,q0>0 ? kPositron:kElectron);
+         epKF0.SetBit(kKFIni);
+       }
+       new(&epKF1) AliKFParticle(*trc1,q0<0 ? kPositron:kElectron);
+       gammaKF.Initialize();
+       gammaKF += epKF0;
+       gammaKF += epKF1;      
+       gammaKF.SetProductionVertex(vertexKF);
+       gammaKF.GetMass(mass,massErr);
+       if (mass>fCutMassGamma || (massErr>0&&(mass>massErr*fCutMassGammaNSigma))) break;
+       if (gammaKF.GetS()<fCutGammaSFromDecay) break;
+       gammaKF.SetMassConstraint(0.,0.001);
+       chi2c = (gammaKF.GetNDF()!=0) ? gammaKF.GetChi2()/gammaKF.GetNDF() : 1000;
+       if (chi2c>fCutChi2cGamma) break;
+       gammaOK = kTRUE;
+       if (chi2c>bestChi2) break;
+       bestChi2 = chi2c;
+       bestID = it1;
+       break;
+      }
+      if (gammaOK) continue;
+      // check gamma conversion hypothesis -----------------------------------------------------------<<<
+      // check K0 conversion hypothesis    ----------------------------------------------------------->>>
+      while (1) {
+       if (rv<fCutMinRK0) break;
+       if (!piKF0.TestBit(kKFIni)) {
+         new(&piKF0) AliKFParticle(*trc0,q0>0 ? kPiPlus:kPiMinus);
+         piKF0.SetBit(kKFIni);
+       }
+       new(&piKF1) AliKFParticle(*trc1,q0<0 ? kPiPlus:kPiMinus);
+       k0KF.Initialize();
+       k0KF += piKF0;
+       k0KF += piKF1;      
+       k0KF.SetProductionVertex(vertexKF);
+       k0KF.GetMass(mass,massErr);
+       mass -= kK0Mass;
+       if (TMath::Abs(mass)>fCutMassK0 || (massErr>0&&(abs(mass)>massErr*fCutMassK0NSigma))) break;
+       if (k0KF.GetS()<fCutK0SFromDecay) break;
+       k0KF.SetMassConstraint(kK0Mass,0.001);
+       chi2c = (k0KF.GetNDF()!=0) ? k0KF.GetChi2()/k0KF.GetNDF() : 1000;
+       if (chi2c>fCutChi2cK0) break;
+       if (chi2c>bestChi2) break;
+       bestChi2 = chi2c;
+       bestID = it1;
+       break;
+      }
+      // check K0 conversion hypothesis    -----------------------------------------------------------<<<
+    }
+    //
+    if (bestID>=0) {
+      trc0->SetStatus(AliESDtrack::kMultInV0);
+      fESDEvent->GetTrack(bestID)->SetStatus(AliESDtrack::kMultInV0);
+    }
+  }
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Bool_t AliITSMultReconstructor::CanBeElectron(const AliESDtrack* trc) const
+{
+  // check if the track can be electron
+  Double_t pid[AliPID::kSPECIES];
+  if (!trc->IsOn(AliESDtrack::kESDpid)) return kTRUE;
+  trc->GetESDpid(pid);
+  return (trc->IsOn(AliESDtrack::kTPCpid)) ? 
+    pid[AliPID::kElectron]>fCutMinElectronProbTPC : 
+    pid[AliPID::kElectron]>fCutMinElectronProbESD;
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+AliITSRecPoint* AliITSMultReconstructor::GetRecPoint(Int_t lr, Int_t n) const
+{
+  // return a cluster of lr corresponding to orderer cluster index n
+  if (fClArr[lr] && fClusterCopyIndex[lr] && n<fNClustersLay[lr]) 
+    return (AliITSRecPoint*) fClArr[lr]->At(fClusterCopyIndex[lr][n]);
+  else {
+    AliError("To access the clusters SetCreateClustersCopy should have been called");
+    return 0;
+  }
 }