]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ITS/AliITSMultReconstructor.cxx
Instead just bit-flag marking used clusters store ID's of ESDtracks for
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSMultReconstructor.cxx
index 8348960c39d4c20c2bb04451f0ddfd59ce65f9ad..e4fd5846215ec89b772d4d45f8bc8db772c66f1a 100644 (file)
-//____________________________________________________________________
-// 
-// AliITSMultReconstructor - find clusters in the pixels (theta and
-// phi) and tracklets.
+/**************************************************************************
+ * Copyright(c) 2007-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
+ *                                                                        *
+ * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
+ * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
+ *                                                                        *
+ * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
+ * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
+ * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
+ * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
+ * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
+ * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
+ * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
+ **************************************************************************/
+
+//_________________________________________________________________________
 // 
-// These can be used to extract charged particles multiplcicity from the ITS.
+//        Implementation of the ITS-SPD trackleter class
 //
-// A tracklet consist of two ITS clusters, one in the first pixel
-// layer and one in the second. The clusters are associates if the 
-// differencies in Phi (azimuth) and Zeta (longitudinal) are inside 
-// a fiducial volume. In case of multiple candidates it is selected the
-// candidate with minimum distance in Phi. 
-// The parameter AssociationChoice allows to control if two clusters 
-// in layer 2 can be associated to the same cluster in layer 1 or not.
+// It retrieves clusters in the pixels (theta and phi) and finds tracklets.
+// These can be used to extract charged particle multiplicity from the ITS.
 //
-// -----------------------------------------------------------------
-// 
-// TODO: 
+// A tracklet consists of two ITS clusters, one in the first pixel layer and 
+// one in the second. The clusters are associated if the differences in 
+// Phi (azimuth) and Theta (polar angle) are within fiducial windows.
+// In case of multiple candidates the candidate with minimum
+// distance is selected. 
+//
+// Two methods return the number of tracklets and the number of unassociated 
+// clusters (i.e. not used in any tracklet) in the first SPD layer
+// (GetNTracklets and GetNSingleClusters)
+//
+// The cuts on phi and theta depend on the interacting system (p-p or Pb-Pb)
+// and can be set via AliITSRecoParam class
+// (SetPhiWindow and SetThetaWindow)  
 // 
-// - Introduce a rough pt estimation from the difference in phi ? 
-// - Allow for a more refined selection criterium in case of multiple 
-//   candidates (for instance by introducing weights for the difference 
-//   in Phi and Zeta). 
+// Origin: Tiziano Virgili 
 //
-//____________________________________________________________________
-
-#include "AliITSMultReconstructor.h"
-
-#include "TTree.h"
-#include "TH1F.h"
-#include "TH2F.h"
+// Current support and development: 
+//         Domenico Elia, Maria Nicassio (INFN Bari) 
+//         Domenico.Elia@ba.infn.it, Maria.Nicassio@ba.infn.it
+//
+// Most recent updates:
+//     - multiple association forbidden (fOnlyOneTrackletPerC2 = kTRUE)    
+//     - phi definition changed to ALICE convention (0,2*TMath::pi()) 
+//     - cluster coordinates taken with GetGlobalXYZ()
+//     - fGeometry removed
+//     - number of fired chips on the two layers
+//     - option to cut duplicates in the overlaps
+//     - options and fiducial cuts via AliITSRecoParam
+//     - move from DeltaZeta to DeltaTheta cut
+//     - update to the new algorithm by Mariella and Jan Fiete
+//     - store also DeltaTheta in the ESD 
+//     - less new and delete calls when creating the needed arrays
+//
+//     - RS: to decrease the number of new/deletes the clusters data are stored 
+//           not in float[6] attached to float**, but in 1-D array.
+//     - RS: Clusters are sorted in Z in roder to have the same numbering as in the ITS reco
+//     - RS: Clusters used by ESDtrack are flagged, this information is passed to AliMulitiplicity object 
+//           when storing the tracklets and single cluster info
+//     - MN: first MC label of single clusters stored  
+//_________________________________________________________________________
 
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TH1F.h>
+#include <TH2F.h>
+#include <TTree.h>
+#include <TBits.h>
+#include <TArrayI.h>
 
+#include "AliITSMultReconstructor.h"
+#include "AliITSReconstructor.h"
+#include "AliITSsegmentationSPD.h"
 #include "AliITSRecPoint.h"
+#include "AliITSRecPointContainer.h"
 #include "AliITSgeom.h"
+#include "AliITSgeomTGeo.h"
+#include "AliITSDetTypeRec.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDVertex.h"
+#include "AliESDtrack.h"
+#include "AliMultiplicity.h"
 #include "AliLog.h"
+#include "TGeoGlobalMagField.h"
+#include "AliMagF.h"
+#include "AliESDv0.h"
+#include "AliV0.h"
+#include "AliKFParticle.h"
+#include "AliKFVertex.h"
 
 //____________________________________________________________________
 ClassImp(AliITSMultReconstructor)
 
+
 //____________________________________________________________________
-AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor() {
+AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor():
+fDetTypeRec(0),fESDEvent(0),fTreeRP(0),fUsedClusLay1(0),fUsedClusLay2(0),
+fClustersLay1(0),
+fClustersLay2(0),
+fDetectorIndexClustersLay1(0),
+fDetectorIndexClustersLay2(0),
+fOverlapFlagClustersLay1(0),
+fOverlapFlagClustersLay2(0),
+fTracklets(0),
+fSClusters(0),
+fNClustersLay1(0),
+fNClustersLay2(0),
+fNTracklets(0),
+fNSingleCluster(0),
+fPhiWindow(0),
+fThetaWindow(0),
+fPhiShift(0),
+fRemoveClustersFromOverlaps(0),
+fPhiOverlapCut(0),
+fZetaOverlapCut(0),
+//
+fCutPxDrSPDin(0.1),
+fCutPxDrSPDout(0.15),
+fCutPxDz(0.2),
+fCutDCArz(0.5),
+fCutMinElectronProbTPC(0.5),
+fCutMinElectronProbESD(0.1),
+fCutMinP(0.05),
+fCutMinRGamma(2.),
+fCutMinRK0(1.),
+fCutMinPointAngle(0.98),
+fCutMaxDCADauther(0.5),
+fCutMassGamma(0.03),
+fCutMassGammaNSigma(5.),
+fCutMassK0(0.03),
+fCutMassK0NSigma(5.),
+fCutChi2cGamma(2.),
+fCutChi2cK0(2.),
+fCutGammaSFromDecay(-10.),
+fCutK0SFromDecay(-10.),
+fCutMaxDCA(1.),
+//
+fHistOn(0),
+fhClustersDPhiAcc(0),
+fhClustersDThetaAcc(0),
+fhClustersDPhiAll(0),
+fhClustersDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAcc(0),
+fhetaTracklets(0),
+fhphiTracklets(0),
+fhetaClustersLay1(0),
+fhphiClustersLay1(0){
 
-  fGeometry =0;
+  fNFiredChips[0] = 0;
+  fNFiredChips[1] = 0;
+  // Method to reconstruct the charged particles multiplicity with the 
+  // SPD (tracklets).
 
   SetHistOn();
-  SetPhiWindow();
-  SetZetaWindow();
-  SetOnlyOneTrackletPerC2();
-
-  fClustersLay1       = new Float_t*[300000];
-  fClustersLay2       = new Float_t*[300000];
-  fTracklets          = new Float_t*[300000];
-  fAssociationFlag    = new Bool_t[300000];
-
-  for(Int_t i=0; i<300000; i++) {
-    fClustersLay1[i]       = new Float_t[3];
-    fClustersLay2[i]       = new Float_t[3];
-    fTracklets[i]          = new Float_t[3];
-    fAssociationFlag[i]    = kFALSE;
-  }
+
+  if(AliITSReconstructor::GetRecoParam()) { 
+    SetPhiWindow(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiWindow());
+    SetThetaWindow(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterThetaWindow());
+    SetPhiShift(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiShift());
+    SetRemoveClustersFromOverlaps(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterRemoveClustersFromOverlaps());
+    SetPhiOverlapCut(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterPhiOverlapCut());
+    SetZetaOverlapCut(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackleterZetaOverlapCut());
+    //
+    SetCutPxDrSPDin(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDrSPDin());
+    SetCutPxDrSPDout(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDrSPDout());
+    SetCutPxDz(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutPxDz());
+    SetCutDCArz(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutDCArz());
+    SetCutMinElectronProbTPC(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinElectronProbTPC());
+    SetCutMinElectronProbESD(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinElectronProbESD());
+    SetCutMinP(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinP());
+    SetCutMinRGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinRGamma());
+    SetCutMinRK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinRK0());
+    SetCutMinPointAngle(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMinPointAngle());
+    SetCutMaxDCADauther(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMaxDCADauther());
+    SetCutMassGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassGamma());
+    SetCutMassGammaNSigma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassGammaNSigma());
+    SetCutMassK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassK0());
+    SetCutMassK0NSigma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMassK0NSigma());
+    SetCutChi2cGamma(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutChi2cGamma());
+    SetCutChi2cK0(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutChi2cK0());
+    SetCutGammaSFromDecay(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutGammaSFromDecay());
+    SetCutK0SFromDecay(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutK0SFromDecay());
+    SetCutMaxDCA(AliITSReconstructor::GetRecoParam()->GetMultCutMaxDCA());
+    //
+  } else {
+    SetPhiWindow();
+    SetThetaWindow();
+    SetPhiShift();
+    SetRemoveClustersFromOverlaps();
+    SetPhiOverlapCut();
+    SetZetaOverlapCut();
+    //
+    SetCutPxDrSPDin();
+    SetCutPxDrSPDout();
+    SetCutPxDz();
+    SetCutDCArz();
+    SetCutMinElectronProbTPC();
+    SetCutMinElectronProbESD();
+    SetCutMinP();
+    SetCutMinRGamma();
+    SetCutMinRK0();
+    SetCutMinPointAngle();
+    SetCutMaxDCADauther();
+    SetCutMassGamma();
+    SetCutMassGammaNSigma();
+    SetCutMassK0();
+    SetCutMassK0NSigma();
+    SetCutChi2cGamma();
+    SetCutChi2cK0();
+    SetCutGammaSFromDecay();
+    SetCutK0SFromDecay();
+    SetCutMaxDCA();
+  } 
+  
+  fClustersLay1              = 0;
+  fClustersLay2              = 0;
+  fDetectorIndexClustersLay1 = 0;
+  fDetectorIndexClustersLay2 = 0;
+  fOverlapFlagClustersLay1   = 0;
+  fOverlapFlagClustersLay2   = 0;
+  fTracklets                 = 0;
+  fSClusters                 = 0;
 
   // definition of histograms
-  fhClustersDPhi   = new TH1F("dphi",  "dphi",  200,-0.1,0.1);
-  fhClustersDPhi->SetDirectory(0);
-  fhClustersDTheta = new TH1F("dtheta","dtheta",200,-0.1,0.1);
-  fhClustersDTheta->SetDirectory(0);
-  fhClustersDZeta = new TH1F("dzeta","dzeta",200,-0.2,0.2);
-  fhClustersDZeta->SetDirectory(0);
-
-  fhDPhiVsDThetaAll = new TH2F("dphiVsDthetaAll","",200,-0.1,0.1,200,-0.1,0.1);
-  fhDPhiVsDThetaAll->SetDirectory(0);
-  fhDPhiVsDThetaAcc = new TH2F("dphiVsDthetaAcc","",200,-0.1,0.1,200,-0.1,0.1);
-  fhDPhiVsDThetaAcc->SetDirectory(0);
+  Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
+  TH1::AddDirectory(kFALSE);
+  
+  fhClustersDPhiAcc   = new TH1F("dphiacc",  "dphi",  100,-0.1,0.1);
+  fhClustersDThetaAcc = new TH1F("dthetaacc","dtheta",100,-0.1,0.1);
 
+  fhDPhiVsDThetaAcc = new TH2F("dphiVsDthetaAcc","",100,-0.1,0.1,100,-0.1,0.1);
+
+  fhClustersDPhiAll   = new TH1F("dphiall",  "dphi",  100,0.0,0.5);
+  fhClustersDThetaAll = new TH1F("dthetaall","dtheta",100,0.0,0.5);
+
+  fhDPhiVsDThetaAll = new TH2F("dphiVsDthetaAll","",100,0.,0.5,100,0.,0.5);
+
+  fhetaTracklets  = new TH1F("etaTracklets",  "eta",  100,-2.,2.);
+  fhphiTracklets  = new TH1F("phiTracklets",  "phi",  100, 0., 2*TMath::Pi());
+  fhetaClustersLay1  = new TH1F("etaClustersLay1",  "etaCl1",  100,-2.,2.);
+  fhphiClustersLay1  = new TH1F("phiClustersLay1", "phiCl1", 100, 0., 2*TMath::Pi());
+  
+  TH1::AddDirectory(oldStatus);
+}
+
+//______________________________________________________________________
+AliITSMultReconstructor::AliITSMultReconstructor(const AliITSMultReconstructor &mr) : 
+AliTrackleter(mr),
+fDetTypeRec(0),fESDEvent(0),fTreeRP(0),fUsedClusLay1(0),fUsedClusLay2(0),
+fClustersLay1(0),
+fClustersLay2(0),
+fDetectorIndexClustersLay1(0),
+fDetectorIndexClustersLay2(0),
+fOverlapFlagClustersLay1(0),
+fOverlapFlagClustersLay2(0),
+fTracklets(0),
+fSClusters(0),
+fNClustersLay1(0),
+fNClustersLay2(0),
+fNTracklets(0),
+fNSingleCluster(0),
+fPhiWindow(0),
+fThetaWindow(0),
+fPhiShift(0),
+fRemoveClustersFromOverlaps(0),
+fPhiOverlapCut(0),
+fZetaOverlapCut(0),
+//
+fCutPxDrSPDin(0.1),
+fCutPxDrSPDout(0.15),
+fCutPxDz(0.2),
+fCutDCArz(0.5),
+fCutMinElectronProbTPC(0.5),
+fCutMinElectronProbESD(0.1),
+fCutMinP(0.05),
+fCutMinRGamma(2.),
+fCutMinRK0(1.),
+fCutMinPointAngle(0.98),
+fCutMaxDCADauther(0.5),
+fCutMassGamma(0.03),
+fCutMassGammaNSigma(5.),
+fCutMassK0(0.03),
+fCutMassK0NSigma(5.),
+fCutChi2cGamma(2.),
+fCutChi2cK0(2.),
+fCutGammaSFromDecay(-10.),
+fCutK0SFromDecay(-10.),
+fCutMaxDCA(1.),
+//
+fHistOn(0),
+fhClustersDPhiAcc(0),
+fhClustersDThetaAcc(0),
+fhClustersDPhiAll(0),
+fhClustersDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAll(0),
+fhDPhiVsDThetaAcc(0),
+fhetaTracklets(0),
+fhphiTracklets(0),
+fhetaClustersLay1(0),
+fhphiClustersLay1(0)
+ {
+  // Copy constructor :!!! RS ATTENTION: old c-tor reassigned the pointers instead of creating a new copy -> would crash on delete
+   AliError("May not use");
+}
+
+//______________________________________________________________________
+AliITSMultReconstructor& AliITSMultReconstructor::operator=(const AliITSMultReconstructor& mr){
+  // Assignment operator
+  if (this != &mr) {
+    this->~AliITSMultReconstructor();
+    new(this) AliITSMultReconstructor(mr);
+  }
+  return *this;
 }
 
+//______________________________________________________________________
+AliITSMultReconstructor::~AliITSMultReconstructor(){
+  // Destructor
+
+  // delete histograms
+  delete fhClustersDPhiAcc;
+  delete fhClustersDThetaAcc;
+  delete fhClustersDPhiAll;
+  delete fhClustersDThetaAll;
+  delete fhDPhiVsDThetaAll;
+  delete fhDPhiVsDThetaAcc;
+  delete fhetaTracklets;
+  delete fhphiTracklets;
+  delete fhetaClustersLay1;
+  delete fhphiClustersLay1;
+  delete[] fUsedClusLay1;
+  delete[] fUsedClusLay2;
+  // delete arrays    
+  for(Int_t i=0; i<fNTracklets; i++)
+    delete [] fTracklets[i];
+    
+  for(Int_t i=0; i<fNSingleCluster; i++)
+    delete [] fSClusters[i];
+    
+  delete [] fClustersLay1;
+  delete [] fClustersLay2;
+  delete [] fDetectorIndexClustersLay1;
+  delete [] fDetectorIndexClustersLay2;
+  delete [] fOverlapFlagClustersLay1;
+  delete [] fOverlapFlagClustersLay2;
+  delete [] fTracklets;
+  delete [] fSClusters;
+}
 
 //____________________________________________________________________
-void
-AliITSMultReconstructor::Reconstruct(TTree* clusterTree, Float_t* vtx, Float_t* /* vtxRes*/) {
+void AliITSMultReconstructor::Reconstruct(AliESDEvent* esd, TTree* treeRP) 
+{  
+  if (!treeRP) { AliError(" Invalid ITS cluster tree !\n"); return; }
+  if (!esd) {AliError("ESDEvent is not available, use old reconstructor"); return;}
+  // reset counters
+  if (fMult) delete fMult; fMult = 0;
+  fNClustersLay1 = 0;
+  fNClustersLay2 = 0;
+  fNTracklets = 0; 
+  fNSingleCluster = 0;
+  //
+  fESDEvent = esd;
+  fTreeRP = treeRP;
+  //
+  // >>>> RS: this part is equivalent to former AliITSVertexer::FindMultiplicity
+  //
+  // see if there is a SPD vertex 
+  Bool_t isVtxOK=kTRUE, isCosmics=kFALSE;
+  AliESDVertex* vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) isVtxOK = kFALSE;
+  if (vtx && strstr(vtx->GetTitle(),"cosmics")) {
+    isVtxOK = kFALSE;
+    isCosmics = kTRUE;
+  }
+  //
+  if (!isVtxOK) {
+    if (!isCosmics) {
+      AliDebug(1,"Tracklets multiplicity not determined because the primary vertex was not found");
+      AliDebug(1,"Just counting the number of cluster-fired chips on the SPD layers");
+    }
+    vtx = 0;
+  }
+  if(vtx){
+    float vtxf[3] = {vtx->GetX(),vtx->GetY(),vtx->GetZ()};
+    FindTracklets(vtxf);
+  }
+  else {
+    FindTracklets(0);
+  }
+  //
+  CreateMultiplicityObject();
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::Reconstruct(TTree* clusterTree, Float_t* vtx, Float_t* /* vtxRes*/) {
+  //
+  // RS NOTE - this is old reconstructor invocation, to be used from VertexFinder
+
+  if (fMult) delete fMult; fMult = 0;
+  fNClustersLay1 = 0;
+  fNClustersLay2 = 0;
+  fNTracklets = 0; 
+  fNSingleCluster = 0;
+  //
+  if (!clusterTree) { AliError(" Invalid ITS cluster tree !\n"); return; }
+  //
+  fESDEvent = 0;
+  fTreeRP = clusterTree;
+  //
+  FindTracklets(vtx);
   //
-  // - calls LoadClusterArray that finds the position of the clusters
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FindTracklets(const Float_t *vtx) 
+{
+
+  // - calls LoadClusterArrays that finds the position of the clusters
   //   (in global coord) 
   // - convert the cluster coordinates to theta, phi (seen from the
-  //   interaction vertex). The third coordinate is used for ....
+  //   interaction vertex). 
   // - makes an array of tracklets 
   //   
   // After this method has been called, the clusters of the two layers
   // and the tracklets can be retrieved by calling the Get'er methods.
 
-  // reset counters
-  fNClustersLay1 = 0;
-  fNClustersLay2 = 0;
-  fNTracklets = 0; 
 
-  // loading the clusters 
-  LoadClusterArrays(clusterTree);
+  // Find tracklets converging to vertex
+  //
+  LoadClusterArrays(fTreeRP);
+  // flag clusters used by ESD tracks
+  if (fESDEvent) ProcessESDTracks();
+
+  if (!vtx) return;
+
+  const Double_t pi = TMath::Pi();
+  
+  // dPhi shift is field dependent
+  // get average magnetic field
+  Float_t bz = 0;
+  AliMagF* field = 0;
+  if (TGeoGlobalMagField::Instance()) field = dynamic_cast<AliMagF*>(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
+  if (!field)
+  {
+    AliError("Could not retrieve magnetic field. Assuming no field. Delta Phi shift will be deactivated in AliITSMultReconstructor.")
+  }
+  else
+    bz = TMath::Abs(field->SolenoidField());
+  
+  const Double_t dPhiShift = fPhiShift / 5 * bz; 
+  AliDebug(1, Form("Using phi shift of %f", dPhiShift));
+  
+  const Double_t dPhiWindow2 = fPhiWindow * fPhiWindow;
+  const Double_t dThetaWindow2 = fThetaWindow * fThetaWindow;
   
+  Int_t* partners = new Int_t[fNClustersLay2];
+  Float_t* minDists = new Float_t[fNClustersLay2];
+  Int_t* associatedLay1 = new Int_t[fNClustersLay1];
+  TArrayI** blacklist = new TArrayI*[fNClustersLay1];
+
+  for (Int_t i=0; i<fNClustersLay2; i++) {
+    partners[i] = -1;
+    minDists[i] = 2;
+  }
+  for (Int_t i=0; i<fNClustersLay1; i++)
+    associatedLay1[i] = 0; 
+  for (Int_t i=0; i<fNClustersLay1; i++)
+    blacklist[i] = 0;
+
   // find the tracklets
   AliDebug(1,"Looking for tracklets... ");  
-
+  
   //###########################################################
   // Loop on layer 1 : finding theta, phi and z 
   for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {    
-    Float_t x = fClustersLay1[iC1][0] - vtx[0];
-    Float_t y = fClustersLay1[iC1][1] - vtx[1];
-    Float_t z = fClustersLay1[iC1][2] - vtx[2];
+    float *clPar = GetClusterLayer1(iC1);
+    Float_t x = clPar[kClTh] - vtx[0];
+    Float_t y = clPar[kClPh] - vtx[1];
+    Float_t z = clPar[kClZ]  - vtx[2];
+
+    Float_t r    = TMath::Sqrt(x*x + y*y + z*z);
     
-    Float_t r    = TMath::Sqrt(TMath::Power(x,2) +
-                              TMath::Power(y,2) +
-                              TMath::Power(z,2));
+    clPar[kClTh] = TMath::ACos(z/r);                   // Store Theta
+    clPar[kClPh] = TMath::Pi() + TMath::ATan2(-y,-x);  // Store Phi
     
-    fClustersLay1[iC1][0] = TMath::ACos(z/r);  // Store Theta
-    fClustersLay1[iC1][1] = TMath::ATan(y/x);  // Store Phi
-    fClustersLay1[iC1][2] = z/r;               // Store scaled z 
+    if (fHistOn) {
+      Float_t eta = clPar[kClTh];
+      eta= TMath::Tan(eta/2.);
+      eta=-TMath::Log(eta);
+      fhetaClustersLay1->Fill(eta);    
+      fhphiClustersLay1->Fill(clPar[kClPh]);
+    }      
   }
   
   // Loop on layer 2 : finding theta, phi and r   
   for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {    
-    Float_t x = fClustersLay2[iC2][0] - vtx[0];
-    Float_t y = fClustersLay2[iC2][1] - vtx[1];
-    Float_t z = fClustersLay2[iC2][2] - vtx[2];
-    
-    Float_t r    = TMath::Sqrt(TMath::Power(x,2) +
-                              TMath::Power(y,2) +
-                              TMath::Power(z,2));
-    
-    fClustersLay2[iC2][0] = TMath::ACos(z/r);  // Store Theta
-    fClustersLay2[iC2][1] = TMath::ATan(y/x);  // Store Phi
-    fClustersLay2[iC2][2] = z;                 // Store z
+    float *clPar = GetClusterLayer2(iC2);
+    Float_t x = clPar[kClTh] - vtx[0];
+    Float_t y = clPar[kClPh] - vtx[1];
+    Float_t z = clPar[kClZ]  - vtx[2];
+   
+    Float_t r    = TMath::Sqrt(x*x + y*y + z*z);
 
-    // this only needs to be initialized for the fNClustersLay2 first associations
-    fAssociationFlag[iC2] = kFALSE;
+    clPar[kClTh] = TMath::ACos(z/r);                   // Store Theta
+    clPar[kClPh] = TMath::Pi() + TMath::ATan2(-y,-x);  // Store Phi    
   }  
   
   //###########################################################
-  // Loop on layer 1 
-  for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {    
+  Int_t found = 1;
+  while (found > 0) {
+    found = 0;
+
+    // Step1: find all tracklets allowing double assocation
+    // Loop on layer 1 
+    for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {    
+
+      // already used ?
+      if (associatedLay1[iC1] != 0) continue; 
+
+      found++;
+
+      // reset of variables for multiple candidates
+      Int_t  iC2WithBestDist = -1;   // reset
+      Double_t minDist       =  2;   // reset
+      float* clPar1 = GetClusterLayer1(iC1);
+
+      // Loop on layer 2 
+      for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {      
+
+       float* clPar2 = GetClusterLayer2(iC2);
+
+        if (blacklist[iC1]) {
+          Bool_t blacklisted = kFALSE;
+          for (Int_t i=blacklist[iC1]->GetSize(); i--;) {
+            if (blacklist[iC1]->At(i) == iC2) {
+              blacklisted = kTRUE;
+              break;
+            }
+          }
+          if (blacklisted) continue;
+        }
 
-    // reset of variables for multiple candidates
-    Int_t   iC2WithBestPhi = 0;     // reset 
-    Float_t dPhimin        = 100.;  // just to put a huge number! 
-    
-    // Loop on layer 2 
-    for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {      
-      
-      // The following excludes double associations
-      if (!fAssociationFlag[iC2]) {
-       
        // find the difference in angles
-       Float_t dTheta = fClustersLay2[iC2][0] - fClustersLay1[iC1][0];
-       Float_t dPhi   = fClustersLay2[iC2][1] - fClustersLay1[iC1][1];
-       
-       // find the difference in z (between linear projection from layer 1
-       // and the actual point: Dzeta= z1/r1*r2 -z2)   
-       Float_t r2     = fClustersLay2[iC2][2]/TMath::Cos(fClustersLay2[iC2][0]);
-       Float_t dZeta  = fClustersLay2[iC1][2]*r2 - fClustersLay2[iC2][2]; 
-       
-       if (fHistOn) {
-         fhClustersDPhi->Fill(dPhi);    
-         fhClustersDTheta->Fill(dTheta);    
-         fhClustersDZeta->Fill(dZeta);    
+       Double_t dTheta = TMath::Abs(clPar2[kClTh] - clPar1[kClTh]);  
+       Double_t dPhi   = TMath::Abs(clPar2[kClPh] - clPar1[kClPh]);
+        // take into account boundary condition
+        if (dPhi>pi) dPhi=2.*pi-dPhi;
+        
+       if (fHistOn) {
+         fhClustersDPhiAll->Fill(dPhi);
+         fhClustersDThetaAll->Fill(dTheta);    
          fhDPhiVsDThetaAll->Fill(dTheta, dPhi);
        }
-       // make "elliptical" cut in Phi and Zeta! 
-       Float_t d = TMath::Sqrt(TMath::Power(dPhi/fPhiWindow,2) + TMath::Power(dZeta/fZetaWindow,2));
-       if (d>1) continue;      
-       
-       //look for the minimum distance in Phi: the minimum is in iC2WithBestPhi
-       if (TMath::Abs(dPhi) < dPhimin) {
-         dPhimin = TMath::Abs(dPhi);
-         iC2WithBestPhi = iC2;
+        
+        dPhi -= dPhiShift;
+                
+       // make "elliptical" cut in Phi and Theta! 
+       Float_t d = dPhi*dPhi/dPhiWindow2 + dTheta*dTheta/dThetaWindow2;
+
+       // look for the minimum distance: the minimum is in iC2WithBestDist
+               if (d<1 && d<minDist) {
+         minDist=d;
+         iC2WithBestDist = iC2;
        }
-      } 
-    } // end of loop over clusters in layer 2 
+      } // end of loop over clusters in layer 2 
     
-    if (dPhimin<100) { // This means that a cluster in layer 2 was found that mathes with iC1
-      
-      if (fOnlyOneTrackletPerC2) fAssociationFlag[iC2WithBestPhi] = kTRUE; // flag the association
-      
-      // store the tracklet
-      
-      // use the average theta from the clusters in the two layers
-      fTracklets[fNTracklets][0] = 0.5*(fClustersLay1[iC1][0]+fClustersLay2[iC2WithBestPhi][0]);
-      // use the phi from the clusters in the first layer 
-      fTracklets[fNTracklets][1] = fClustersLay1[iC1][1];
-      // Store the difference between phi1 and phi2
-      fTracklets[fNTracklets][2] = fClustersLay1[iC1][1] - fClustersLay2[iC2WithBestPhi][1];         
-      fNTracklets++;
-      
-      AliDebug(1,Form(" Adding tracklet candidate %d (cluster %d  of layer 1 and %d  of layer 2)", fNTracklets, iC1));
+      if (minDist<1) { // This means that a cluster in layer 2 was found that matches with iC1
+
+        if (minDists[iC2WithBestDist] > minDist) {
+          Int_t oldPartner = partners[iC2WithBestDist];
+          partners[iC2WithBestDist] = iC1;
+          minDists[iC2WithBestDist] = minDist;
+
+          // mark as assigned
+          associatedLay1[iC1] = 1;
+          
+          if (oldPartner != -1) {
+            // redo partner search for cluster in L0 (oldPartner), putting this one (iC2WithBestDist) on its blacklist
+            if (blacklist[oldPartner] == 0) {
+              blacklist[oldPartner] = new TArrayI(1);
+            } else blacklist[oldPartner]->Set(blacklist[oldPartner]->GetSize()+1);
+
+            blacklist[oldPartner]->AddAt(iC2WithBestDist, blacklist[oldPartner]->GetSize()-1);
+
+            // mark as free
+            associatedLay1[oldPartner] = 0;
+          }
+        } else {
+          // try again to find a cluster without considering iC2WithBestDist 
+          if (blacklist[iC1] == 0) {
+            blacklist[iC1] = new TArrayI(1);
+          }
+          else 
+            blacklist[iC1]->Set(blacklist[iC1]->GetSize()+1);
+   
+          blacklist[iC1]->AddAt(iC2WithBestDist, blacklist[iC1]->GetSize()-1);
+        } 
+
+      } else // cluster has no partner; remove
+        associatedLay1[iC1] = 2;   
+    } // end of loop over clusters in layer 1
+  }  
+  // Step2: store tracklets; remove used clusters
+  for (Int_t iC2=0; iC2<fNClustersLay2; iC2++) {
+
+    if (partners[iC2] == -1) continue;
+
+    if (fRemoveClustersFromOverlaps) FlagClustersInOverlapRegions (partners[iC2],iC2);
+
+
+    if (fOverlapFlagClustersLay1[partners[iC2]] || fOverlapFlagClustersLay2[iC2]) continue;
+
+    float* clPar2 = GetClusterLayer2(iC2);
+    float* clPar1 = GetClusterLayer1(partners[iC2]);
+
+    Float_t* tracklet = fTracklets[fNTracklets] = new Float_t[kTrNPar]; // RS Add also the cluster id's
+  
+    // use the theta from the clusters in the first layer
+    tracklet[kTrTheta] = clPar1[kClTh];
+    // use the phi from the clusters in the first layer
+    tracklet[kTrPhi] = clPar1[kClPh];
+    // store the difference between phi1 and phi2
+    tracklet[kTrDPhi] = clPar1[kClPh] - clPar2[kClPh];
+
+    // define dphi in the range [0,pi] with proper sign (track charge correlated)
+    if (tracklet[kTrDPhi] > TMath::Pi())   tracklet[kTrDPhi] = tracklet[kTrDPhi]-2.*TMath::Pi();
+    if (tracklet[kTrDPhi] < -TMath::Pi())  tracklet[kTrDPhi] = tracklet[kTrDPhi]+2.*TMath::Pi();
+
+    // store the difference between theta1 and theta2
+    tracklet[kTrDTheta] = clPar1[kClTh] - clPar2[kClTh];
+
+    if (fHistOn) {
+      fhClustersDPhiAcc->Fill(tracklet[kTrDPhi]); 
+      fhClustersDThetaAcc->Fill(tracklet[kTrDTheta]);    
+      fhDPhiVsDThetaAcc->Fill(tracklet[kTrDTheta],tracklet[kTrDPhi]);
+    }
+
+    // find label
+    // if equal label in both clusters found this label is assigned
+    // if no equal label can be found the first labels of the L1 AND L2 cluster are assigned
+    Int_t label1 = 0;
+    Int_t label2 = 0;
+    while (label2 < 3) {
+      if ((Int_t) clPar1[kClMC0+label1] != -2 && (Int_t) clPar1[kClMC0+label1] == (Int_t) clPar2[kClMC0+label2])
+        break;
+      label1++;
+      if (label1 == 3) {
+        label1 = 0;
+        label2++;
+      }
+    }
+    if (label2 < 3) {
+      AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Found label %d == %d for tracklet candidate %d\n", (Int_t) clPar1[kClMC0+label1], (Int_t) clPar1[kClMC0+label2], fNTracklets));
+      tracklet[kTrLab1] = clPar1[kClMC0+label1];
+      tracklet[kTrLab2] = clPar2[kClMC0+label2];
+    } else {
+      AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Did not find label %d %d %d %d %d %d for tracklet candidate %d\n", (Int_t) clPar1[kClMC0], (Int_t) clPar1[kClMC1], (Int_t) clPar1[kClMC2], (Int_t) clPar2[kClMC0], (Int_t) clPar2[kClMC1], (Int_t) clPar2[kClMC2], fNTracklets));
+      tracklet[kTrLab1] = clPar1[kClMC0];
+      tracklet[kTrLab2] = clPar2[kClMC0];
+    }
+
+    if (fHistOn) {
+      Float_t eta = tracklet[kTrTheta];
+      eta= TMath::Tan(eta/2.);
+      eta=-TMath::Log(eta);
+      fhetaTracklets->Fill(eta);
+      fhphiTracklets->Fill(tracklet[kTrPhi]);
     }
-  } // end of loop over clusters in layer 1
+    //
+    tracklet[kClID1] = partners[iC2];
+    tracklet[kClID2] = iC2;
+    //
+    AliDebug(1,Form(" Adding tracklet candidate %d ", fNTracklets));
+    AliDebug(1,Form(" Cl. %d of Layer 1 and %d of Layer 2", partners[iC2], iC2));
+    fNTracklets++;
+
+    associatedLay1[partners[iC2]] = 1;
+  }
   
+  // Delete the following else if you do not want to save Clusters! 
+  // store the cluster
+  for (Int_t iC1=0; iC1<fNClustersLay1; iC1++) {
+
+    float* clPar1 = GetClusterLayer1(iC1);
+
+    if (associatedLay1[iC1]==2||associatedLay1[iC1]==0) { 
+      fSClusters[fNSingleCluster] = new Float_t[kClNPar];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCTh] = clPar1[kClTh];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCPh] = clPar1[kClPh];
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCLab] = clPar1[kClMC0]; 
+      fSClusters[fNSingleCluster][kSCID] = iC1;
+      AliDebug(1,Form(" Adding a single cluster %d (cluster %d  of layer 1)",
+                fNSingleCluster, iC1));
+      fNSingleCluster++;
+    }
+  }
+
+  delete[] partners;
+  delete[] minDists;
+
+  for (Int_t i=0; i<fNClustersLay1; i++)
+    if (blacklist[i])
+      delete blacklist[i];
+  delete[] blacklist;
+
   AliDebug(1,Form("%d tracklets found", fNTracklets));
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void
-AliITSMultReconstructor::LoadClusterArrays(TTree* itsClusterTree) {
+void AliITSMultReconstructor::CreateMultiplicityObject()
+{
+  // create AliMultiplicity object and store it in the ESD event
+  //
+  TBits fastOrFiredMap,firedChipMap;
+  if (fDetTypeRec) {
+   fastOrFiredMap  = fDetTypeRec->GetFastOrFiredMap();
+   firedChipMap    = fDetTypeRec->GetFiredChipMap(fTreeRP);
+  }
+  //
+  fMult = new AliMultiplicity(fNTracklets,fNSingleCluster,fNFiredChips[0],fNFiredChips[1],fastOrFiredMap);
+  fMult->SetFiredChipMap(firedChipMap);
+  AliITSRecPointContainer* rcont = AliITSRecPointContainer::Instance();
+  fMult->SetITSClusters(0,rcont->GetNClustersInLayer(1,fTreeRP));
+  for(Int_t kk=2;kk<=6;kk++) fMult->SetITSClusters(kk-1,rcont->GetNClustersInLayerFast(kk));
+  //
+  for (int i=fNTracklets;i--;)  {
+    float* tlInfo = fTracklets[i];
+    fMult->SetTrackletData(i,tlInfo, fUsedClusLay1[int(tlInfo[kClID1])],fUsedClusLay2[int(tlInfo[kClID2])]);
+  }
+  //  
+  for (int i=fNSingleCluster;i--;) {
+    float* clInfo = fSClusters[i];
+    fMult->SetSingleClusterData(i,clInfo,fUsedClusLay1[int(clInfo[kSCID])]);
+  }
+  fMult->CompactBits();
+  //
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::LoadClusterArrays(TTree* itsClusterTree) 
+{
   // This method
   // - gets the clusters from the cluster tree 
   // - convert them into global coordinates 
   // - store them in the internal arrays
+  // - count the number of cluster-fired chips
+  //
+  // RS: This method was strongly modified wrt original. In order to have the same numbering 
+  // of clusters as in the ITS reco I had to introduce sorting in Z
+  // Also note that now the clusters data are stored not in float[6] attached to float**, but in 1-D array
   
-  AliDebug(1,"Loading clusters ...");
+  AliDebug(1,"Loading clusters and cluster-fired chips ...");
   
   fNClustersLay1 = 0;
   fNClustersLay2 = 0;
+  fNFiredChips[0] = 0;
+  fNFiredChips[1] = 0;
+  
+  AliITSsegmentationSPD seg;
+
+  AliITSRecPointContainer* rpcont=AliITSRecPointContainer::Instance();
+  TClonesArray* itsClusters=rpcont->FetchClusters(0,itsClusterTree);
+  if(!rpcont->IsSPDActive()){
+    AliWarning("No SPD rec points found, multiplicity not calculated");
+    return;
+  } 
+  //
+  // count clusters
+  // loop over the SPD subdetectors
+  TObjArray clArr(100);
+  for (int il=0;il<2;il++) {
+    int nclLayer = 0;
+    int detMin = AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(il+1,1,1);
+    int detMax = AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(il+2,1,1);
+    for (int idt=detMin;idt<detMax;idt++) {
+      itsClusters=rpcont->UncheckedGetClusters(idt);
+      int nClusters = itsClusters->GetEntriesFast();
+      if (!nClusters) continue;
+      Int_t nClustersInChip[5] = {0,0,0,0,0};
+      while(nClusters--) {
+       AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)itsClusters->UncheckedAt(nClusters);
+       if (!cluster) continue;
+       clArr.AddAtAndExpand(cluster,nclLayer++);
+       nClustersInChip[ seg.GetChipFromLocal(0,cluster->GetDetLocalZ()) ]++; 
+      }
+      for(Int_t ifChip=5;ifChip--;) if (nClustersInChip[ifChip]) fNFiredChips[il]++;
+    }
+    // sort the clusters in Z (to have the same numbering as in ITS reco
+    Float_t *z    = new Float_t[nclLayer];
+    Int_t * index = new Int_t[nclLayer];
+    for (int ic=0;ic<nclLayer;ic++) z[ic] = ((AliITSRecPoint*)clArr[ic])->GetZ();
+    TMath::Sort(nclLayer,z,index,kFALSE);
+    Float_t*   clustersLay              = new Float_t[nclLayer*kClNPar];
+    Int_t*     detectorIndexClustersLay = new Int_t[nclLayer];
+    Bool_t*    overlapFlagClustersLay   = new Bool_t[nclLayer];
+    UInt_t*    usedClusLay              = new UInt_t[nclLayer];
+    //
+    for (int ic=0;ic<nclLayer;ic++) {
+      AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)clArr[index[ic]];
+      float* clPar = &clustersLay[ic*kClNPar];
+      //      
+      cluster->GetGlobalXYZ( clPar );
+      detectorIndexClustersLay[ic] = cluster->GetDetectorIndex(); 
+      overlapFlagClustersLay[ic]   = kFALSE;
+      usedClusLay[ic]              = 0;
+      for (Int_t i=3;i--;) clPar[kClMC0+i] = cluster->GetLabel(i);
+    }
+    clArr.Clear();
+    delete[] z;
+    delete[] index;
+    //
+    if (il==0) {
+      fClustersLay1              = clustersLay;
+      fOverlapFlagClustersLay1   = overlapFlagClustersLay;
+      fDetectorIndexClustersLay1 = detectorIndexClustersLay;
+      fUsedClusLay1              = usedClusLay;
+      fNClustersLay1             = nclLayer;
+    }
+    else {
+      fClustersLay2              = clustersLay;
+      fOverlapFlagClustersLay2   = overlapFlagClustersLay;
+      fDetectorIndexClustersLay2 = detectorIndexClustersLay;
+      fUsedClusLay2              = usedClusLay;
+      fNClustersLay2             = nclLayer;
+    }
+  }
+  //
+  // no double association allowed
+  int nmaxT                  = TMath::Min(fNClustersLay1, fNClustersLay2);
+  fTracklets                 = new Float_t*[nmaxT];
+  fSClusters                 = new Float_t*[fNClustersLay1]; 
+  for (Int_t i=nmaxT;i--;) fTracklets[i] = 0;
+  //
+  AliDebug(1,Form("(clusters in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNClustersLay1,fNClustersLay2));
+  AliDebug(1,Form("(cluster-fired chips in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNFiredChips[0],fNFiredChips[1]));
+}
+//____________________________________________________________________
+void
+AliITSMultReconstructor::LoadClusterFiredChips(TTree* itsClusterTree) {
+  // This method    
+  // - gets the clusters from the cluster tree 
+  // - counts the number of (cluster)fired chips
   
-  TClonesArray* itsClusters = new TClonesArray("AliITSRecPoint");
-  TBranch* itsClusterBranch=itsClusterTree->GetBranch("ITSRecPoints");
-  itsClusterBranch->SetAddress(&itsClusters);
+  AliDebug(1,"Loading cluster-fired chips ...");
   
-  Int_t nItsSubs = (Int_t)itsClusterTree->GetEntries();  
+  fNFiredChips[0] = 0;
+  fNFiredChips[1] = 0;
   
+  AliITSsegmentationSPD seg;   
+  AliITSRecPointContainer* rpcont=AliITSRecPointContainer::Instance();
+  TClonesArray* itsClusters=rpcont->FetchClusters(0,itsClusterTree);
+  if(!rpcont->IsSPDActive()){
+    AliWarning("No SPD rec points found, multiplicity not calculated");
+    return;
+  } 
+
   // loop over the its subdetectors
-  for (Int_t iIts=0; iIts < nItsSubs; iIts++) {
-    
-    if (!itsClusterTree->GetEvent(iIts)) 
-      continue;
-    
+  Int_t nSPDmodules=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
+  for (Int_t iIts=0; iIts < nSPDmodules; iIts++) {
+    itsClusters=rpcont->UncheckedGetClusters(iIts);
     Int_t nClusters = itsClusters->GetEntriesFast();
-    
-    // stuff needed to get the global coordinates
-    Double_t rot[9];   fGeometry->GetRotMatrix(iIts,rot);
-    Int_t lay,lad,det; fGeometry->GetModuleId(iIts,lay,lad,det);
-    Float_t tx,ty,tz;  fGeometry->GetTrans(lay,lad,det,tx,ty,tz);
-    
-    // Below:
-    // "alpha" is the angle from the global X-axis to the
-    //         local GEANT X'-axis  ( rot[0]=cos(alpha) and rot[1]=sin(alpha) )
-    // "phi" is the angle from the global X-axis to the
-    //       local cluster X"-axis
-    
-    Double_t alpha   = TMath::ATan2(rot[1],rot[0])+TMath::Pi();
-    Double_t itsPhi = TMath::Pi()/2+alpha;
-    
-    if (lay==1) itsPhi+=TMath::Pi();
-    Double_t cp=TMath::Cos(itsPhi), sp=TMath::Sin(itsPhi);
-    Double_t r=tx*cp+ty*sp;
+
+    // number of clusters in each chip of the current module
+    Int_t nClustersInChip[5] = {0,0,0,0,0};
+    Int_t layer = 0;
     
     // loop over clusters
     while(nClusters--) {
-      AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)itsClusters->UncheckedAt(nClusters);  
-      
-      if (cluster->GetLayer()>1) 
-       continue;            
+      AliITSRecPoint* cluster = (AliITSRecPoint*)itsClusters->UncheckedAt(nClusters);
       
-      Float_t x = r*cp - cluster->GetY()*sp;
-      Float_t y = r*sp + cluster->GetY()*cp;
-      Float_t z = cluster->GetZ();      
-      
-      if (cluster->GetLayer()==0) {
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][0] = x;
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][1] = y;
-       fClustersLay1[fNClustersLay1][2] = z;
-       fNClustersLay1++;
-      }
-      if (cluster->GetLayer()==1) {    
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][0] = x;
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][1] = y;
-       fClustersLay2[fNClustersLay2][2] = z;
-       fNClustersLay2++;
-      }
+      layer = cluster->GetLayer();
+      if (layer>1) continue;            
+
+      // find the chip for the current cluster
+      Float_t locz = cluster->GetDetLocalZ();
+      Int_t iChip = seg.GetChipFromLocal(0,locz);
+      nClustersInChip[iChip]++; 
       
     }// end of cluster loop
+
+    // get number of fired chips in the current module
+    for(Int_t ifChip=0; ifChip<5; ifChip++) {
+      if(nClustersInChip[ifChip] >= 1)  fNFiredChips[layer]++;
+    }
+
   } // end of its "subdetector" loop  
   
-  AliDebug(1,Form("(clusters in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNClustersLay1,fNClustersLay2));
+
+  AliDebug(1,Form("(cluster-fired chips in layer 1 : %d,  layer 2: %d)",fNFiredChips[0],fNFiredChips[1]));
 }
 //____________________________________________________________________
 void
 AliITSMultReconstructor::SaveHists() {
+  // This method save the histograms on the output file
+  // (only if fHistOn is TRUE). 
   
   if (!fHistOn)
     return;
 
-  fhClustersDPhi->Write();
-  fhClustersDTheta->Write();
-  fhClustersDZeta->Write();
+  fhClustersDPhiAll->Write();
+  fhClustersDThetaAll->Write();
   fhDPhiVsDThetaAll->Write();
+
+  fhClustersDPhiAcc->Write();
+  fhClustersDThetaAcc->Write();
   fhDPhiVsDThetaAcc->Write();
+
+  fhetaTracklets->Write();
+  fhphiTracklets->Write();
+  fhetaClustersLay1->Write();
+  fhphiClustersLay1->Write();
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliITSMultReconstructor::FlagClustersInOverlapRegions (Int_t iC1, Int_t iC2WithBestDist) {
+
+  Float_t distClSameMod=0.;
+  Float_t distClSameModMin=0.;
+  Int_t   iClOverlap =0;
+  Float_t meanRadiusLay1 = 3.99335; // average radius inner layer
+  Float_t meanRadiusLay2 = 7.37935; // average radius outer layer;
+
+  Float_t zproj1=0.;
+  Float_t zproj2=0.;
+  Float_t deZproj=0.;
+  Float_t* clPar1  = GetClusterLayer1(iC1);
+  Float_t* clPar2B = GetClusterLayer2(iC2WithBestDist);
+  // Loop on inner layer clusters
+  for (Int_t iiC1=0; iiC1<fNClustersLay1; iiC1++) {
+    if (!fOverlapFlagClustersLay1[iiC1]) {
+      // only for adjacent modules
+      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay1[iC1]-fDetectorIndexClustersLay1[iiC1])==4)||
+         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay1[iC1]-fDetectorIndexClustersLay1[iiC1])==76)) {
+       Float_t *clPar11 = GetClusterLayer1(iiC1);
+        Float_t dePhi=TMath::Abs(clPar11[kClPh]-clPar1[kClPh]);
+        if (dePhi>TMath::Pi()) dePhi=2.*TMath::Pi()-dePhi;
+
+        zproj1=meanRadiusLay1/TMath::Tan(clPar1[kClTh]);
+        zproj2=meanRadiusLay1/TMath::Tan(clPar11[kClTh]);
+
+        deZproj=TMath::Abs(zproj1-zproj2);
+
+        distClSameMod = TMath::Sqrt(TMath::Power(deZproj/fZetaOverlapCut,2)+TMath::Power(dePhi/fPhiOverlapCut,2));
+        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay1[iiC1]=kTRUE;
+
+//        if (distClSameMod<=1.) {
+//          if (distClSameModMin==0. || distClSameMod<distClSameModMin) {
+//            distClSameModMin=distClSameMod;
+//            iClOverlap=iiC1;
+//          } 
+//        }
+
+
+      } // end adjacent modules
+    } 
+  } // end Loop on inner layer clusters
+
+//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay1[iClOverlap]=kTRUE;
+
+  distClSameMod=0.;
+  distClSameModMin=0.;
+  iClOverlap =0;
+  // Loop on outer layer clusters
+  for (Int_t iiC2=0; iiC2<fNClustersLay2; iiC2++) {
+    if (!fOverlapFlagClustersLay2[iiC2]) {
+      // only for adjacent modules
+      Float_t *clPar2 = GetClusterLayer2(iiC2);
+      if ((TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay2[iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay2[iiC2])==4) ||
+         (TMath::Abs(fDetectorIndexClustersLay2[iC2WithBestDist]-fDetectorIndexClustersLay2[iiC2])==156)) {
+        Float_t dePhi=TMath::Abs(clPar2[kClPh]-clPar2B[kClPh]);
+        if (dePhi>TMath::Pi()) dePhi=2.*TMath::Pi()-dePhi;
+
+        zproj1=meanRadiusLay2/TMath::Tan(clPar2B[kClTh]);
+        zproj2=meanRadiusLay2/TMath::Tan(clPar2[kClTh]);
+
+        deZproj=TMath::Abs(zproj1-zproj2);
+        distClSameMod = TMath::Sqrt(TMath::Power(deZproj/fZetaOverlapCut,2)+TMath::Power(dePhi/fPhiOverlapCut,2));
+        if (distClSameMod<=1.) fOverlapFlagClustersLay2[iiC2]=kTRUE;
+
+//        if (distClSameMod<=1.) {
+//          if (distClSameModMin==0. || distClSameMod<distClSameModMin) {
+//            distClSameModMin=distClSameMod;
+//            iClOverlap=iiC2;
+//          }
+//        }
+
+      } // end adjacent modules
+    }
+  } // end Loop on outer layer clusters
+
+//  if (distClSameModMin!=0.) fOverlapFlagClustersLay2[iClOverlap]=kTRUE;
+
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::ProcessESDTracks()
+{
+  // Flag the clusters used by ESD tracks
+  // Flag primary tracks to be used for multiplicity counting 
+  //
+  if (!fESDEvent) return;
+  AliESDVertex* vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexTracks();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) vtx = (AliESDVertex*)fESDEvent->GetPrimaryVertexSPD();
+  if (!vtx || vtx->GetNContributors()<1) {
+    AliDebug(1,"No primary vertex: cannot flag primary tracks");
+    return;
+  }
+  Int_t ntracks = fESDEvent->GetNumberOfTracks();
+  for(Int_t itr=0; itr<ntracks; itr++) {
+    AliESDtrack* track = fESDEvent->GetTrack(itr);
+    if (!track->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue; // use only tracks propagated in ITS to vtx
+    FlagTrackClusters(itr);
+    FlagIfSecondary(track,vtx);
+  }
+  FlagV0s(vtx);
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagTrackClusters(Int_t id)
+{
+  // RS: flag the SPD clusters of the track if it is useful for the multiplicity estimation
+  //
+  const UShort_t kMaxTrID = 0xffff - 1; // max possible track id
+  if (id>kMaxTrID) return;
+  const AliESDtrack* track = fESDEvent->GetTrack(id);
+  Int_t idx[12];
+  if ( track->GetITSclusters(idx)<3 ) return; // at least 3 clusters must be used in the fit
+  UInt_t *uClus[2] = {fUsedClusLay1,fUsedClusLay2};
+  //
+  UInt_t mark = id+1;
+  if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSpureSA)) mark <<= 16;
+  //
+  for (int i=AliESDfriendTrack::kMaxITScluster;i--;) {
+    // note: i>=6 is for extra clusters
+    if (idx[i]<0) continue;
+    int layID= (idx[i] & 0xf0000000) >> 28; 
+    if (layID>1) continue; // SPD only
+    int clID = (idx[i] & 0x0fffffff);
+    uClus[layID][clID] |= mark;
+  }
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagIfSecondary(AliESDtrack* track, const AliVertex* vtx)
+{
+  // RS: check if the track is primary and set the flag
+  double cut = (track->HasPointOnITSLayer(0)||track->HasPointOnITSLayer(1)) ? fCutPxDrSPDin:fCutPxDrSPDout;
+  float xz[2];
+  track->GetDZ(vtx->GetX(),vtx->GetY(),vtx->GetZ(), fESDEvent->GetMagneticField(), xz);
+  if (TMath::Abs(xz[0]*track->P())>cut || TMath::Abs(xz[1]*track->P())>fCutPxDz ||
+      TMath::Abs(xz[0])>fCutDCArz   || TMath::Abs(xz[1])>fCutDCArz) 
+    track->SetStatus(AliESDtrack::kMultSec);
+  else track->ResetStatus(AliESDtrack::kMultSec);
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliITSMultReconstructor::FlagV0s(const AliESDVertex *vtx)
+{
+  // flag tracks belonging to v0s
+  //
+  const double kK0Mass = 0.4976;
+  //
+  AliV0 pvertex;
+  AliKFVertex vertexKF;
+  AliKFParticle epKF0,epKF1,pipmKF0,piKF0,piKF1,gammaKF,k0KF;
+  Double_t mass,massErr,chi2c;
+  enum {kKFIni=BIT(14)};
+  //
+  double recVtx[3];
+  float recVtxF[3];
+  vtx->GetXYZ(recVtx);
+  for (int i=3;i--;) recVtxF[i] = recVtx[i];
+  //
+  int ntracks = fESDEvent->GetNumberOfTracks();
+  if (ntracks<2) return;
+  //
+  vertexKF.X() = recVtx[0];
+  vertexKF.Y() = recVtx[1];
+  vertexKF.Z() = recVtx[2];
+  vertexKF.Covariance(0,0) = vtx->GetXRes()*vtx->GetXRes();
+  vertexKF.Covariance(1,2) = vtx->GetYRes()*vtx->GetYRes();
+  vertexKF.Covariance(2,2) = vtx->GetZRes()*vtx->GetZRes();
+  //
+  AliESDtrack *trc0,*trc1;
+  for (int it0=0;it0<ntracks;it0++) {
+    trc0 = fESDEvent->GetTrack(it0);
+    if (trc0->IsOn(AliESDtrack::kMultInV0)) continue;
+    if (!trc0->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue;
+    Bool_t isSAP = trc0->IsPureITSStandalone();
+    Int_t  q0 = trc0->Charge();
+    Bool_t testGamma = CanBeElectron(trc0);
+    epKF0.ResetBit(kKFIni);
+    piKF0.ResetBit(kKFIni);
+    double bestChi2=1e16;
+    int bestID = -1;
+    //    
+    for (int it1=it0+1;it1<ntracks;it1++) {
+      trc1 = fESDEvent->GetTrack(it1);
+      if (trc1->IsOn(AliESDtrack::kMultInV0)) continue;
+      if (!trc1->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) continue;
+      if (trc1->IsPureITSStandalone() != isSAP) continue; // pair separately ITS_SA_Pure tracks and TPC/ITS+ITS_SA
+      if ( (q0+trc1->Charge())!=0 ) continue;             // don't pair like signs
+      //
+      pvertex.SetParamN(q0<0 ? *trc0:*trc1);
+      pvertex.SetParamP(q0>0 ? *trc0:*trc1);
+      pvertex.Update(recVtxF);
+      if (pvertex.P()<fCutMinP) continue;
+      if (pvertex.GetV0CosineOfPointingAngle()<fCutMinPointAngle) continue;
+      if (pvertex.GetDcaV0Daughters()>fCutMaxDCADauther) continue;
+      double d = pvertex.GetD(recVtx[0],recVtx[1],recVtx[2]);
+      if (d>fCutMaxDCA) continue;
+      double dx=recVtx[0]-pvertex.Xv(), dy=recVtx[1]-pvertex.Yv();
+      double rv = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
+      //
+      // check gamma conversion hypothesis ----------------------------------------------------------->>>
+      Bool_t gammaOK = kFALSE;
+      while (testGamma && CanBeElectron(trc1)) {
+       if (rv<fCutMinRGamma) break;
+       if (!epKF0.TestBit(kKFIni)) {
+         new(&epKF0) AliKFParticle(*trc0,q0>0 ? kPositron:kElectron);
+         epKF0.SetBit(kKFIni);
+       }
+       new(&epKF1) AliKFParticle(*trc1,q0<0 ? kPositron:kElectron);
+       gammaKF.Initialize();
+       gammaKF += epKF0;
+       gammaKF += epKF1;      
+       gammaKF.SetProductionVertex(vertexKF);
+       gammaKF.GetMass(mass,massErr);
+       if (mass>fCutMassGamma || (massErr>0&&(mass>massErr*fCutMassGammaNSigma))) break;
+       if (gammaKF.GetS()<fCutGammaSFromDecay) break;
+       gammaKF.SetMassConstraint(0.,0.001);
+       chi2c = (gammaKF.GetNDF()!=0) ? gammaKF.GetChi2()/gammaKF.GetNDF() : 1000;
+       if (chi2c>fCutChi2cGamma) break;
+       gammaOK = kTRUE;
+       if (chi2c>bestChi2) break;
+       bestChi2 = chi2c;
+       bestID = it1;
+       break;
+      }
+      if (gammaOK) continue;
+      // check gamma conversion hypothesis -----------------------------------------------------------<<<
+      // check K0 conversion hypothesis    ----------------------------------------------------------->>>
+      while (1) {
+       if (rv<fCutMinRK0) break;
+       if (!piKF0.TestBit(kKFIni)) {
+         new(&piKF0) AliKFParticle(*trc0,q0>0 ? kPiPlus:kPiMinus);
+         piKF0.SetBit(kKFIni);
+       }
+       new(&piKF1) AliKFParticle(*trc1,q0<0 ? kPiPlus:kPiMinus);
+       k0KF.Initialize();
+       k0KF += piKF0;
+       k0KF += piKF1;      
+       k0KF.SetProductionVertex(vertexKF);
+       k0KF.GetMass(mass,massErr);
+       mass -= kK0Mass;
+       if (TMath::Abs(mass)>fCutMassK0 || (massErr>0&&(abs(mass)>massErr*fCutMassK0NSigma))) break;
+       if (k0KF.GetS()<fCutK0SFromDecay) break;
+       k0KF.SetMassConstraint(kK0Mass,0.001);
+       chi2c = (k0KF.GetNDF()!=0) ? k0KF.GetChi2()/k0KF.GetNDF() : 1000;
+       if (chi2c>fCutChi2cK0) break;
+       if (chi2c>bestChi2) break;
+       bestChi2 = chi2c;
+       bestID = it1;
+       break;
+      }
+      // check K0 conversion hypothesis    -----------------------------------------------------------<<<
+    }
+    //
+    if (bestID>=0) {
+      trc0->SetStatus(AliESDtrack::kMultInV0);
+      fESDEvent->GetTrack(bestID)->SetStatus(AliESDtrack::kMultInV0);
+    }
+  }
+  //
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Bool_t AliITSMultReconstructor::CanBeElectron(const AliESDtrack* trc) const
+{
+  // check if the track can be electron
+  Double_t pid[AliPID::kSPECIES];
+  if (!trc->IsOn(AliESDtrack::kESDpid)) return kTRUE;
+  trc->GetESDpid(pid);
+  return (trc->IsOn(AliESDtrack::kTPCpid)) ? 
+    pid[AliPID::kElectron]>fCutMinElectronProbTPC : 
+    pid[AliPID::kElectron]>fCutMinElectronProbESD;
+  //
 }