]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ITS/AliITSgeom.cxx
Correct formula for phi, in case of current local X <0, in GetLocalXat and GetPhiZat
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSgeom.cxx
index 84823008326275573577a795448fe0c201f0bd06..287e67870e6a5bb3ee18e035a9c132941929d1e8 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.4.4.5  2000/03/04 23:42:39  nilsen
-Updated the comments/documentations and improved the maintainability of the
-code.
-
-Revision 1.4.4.4  2000/03/02 21:27:07  nilsen
-Added two functions, SetByAngles and SetTrans.
-
-Revision 1.4.4.3  2000/01/23 03:09:10  nilsen
-// fixed compiler warnings for new function LtLErrorMatrix(...)
-
-Revision 1.4.4.2  2000/01/19 23:18:20  nilsen
-Added transformations of Error matrix to AliITSgeom and fixed some typos
-in AliITS.h and AliITShitIndex.h
-
-Revision 1.4.4.1  2000/01/12 19:03:32  nilsen
-This is the version of the files after the merging done in December 1999.
-See the ReadMe110100.txt file for details
-
-Revision 1.4  1999/10/15 07:03:20  fca
-Fixed bug in GetModuleId(Int_t index,Int_t &lay,Int_t &lad, Int_t &det) and
-a typo in the creator. aliroot need to be rerun to get a fixed geometry.
-
-Revision 1.3  1999/10/04 15:20:12  fca
-Correct syntax accepted by g++ but not standard for static members, remove minor warnings
-
-Revision 1.2  1999/09/29 09:24:20  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
-
-*/
+/* $Id$ */
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
 // ITS geometry manipulation routines.                               //
@@ -52,65 +22,27 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 // By: Bjorn S. Nilsen                                               //
 // version: 0.0.1                                                    //
 // Updated May 27 1999.                                              //
-// Added Cylindrical random and global based changes.               //
+// Added Cylindrical random and global based changes.                //
 // Added  function PrintComparison.                                  //
+// Modified and added functions Feb. 7 2006                          //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-// The structure AliITSgeomS:
-//     The structure AliITSgeomS has been defined to hold all of the
-// information necessary to do the coordinate transformations for one
-// detector between the ALICE Cartesian global and the detector local
-// coordinate systems. The rotations are implemented in the following
-// order, Rz*Ry*Rx*(Vglobal-Vtrans)=Vlocal (in matrix notation). 
-// In addition it contains an index to the TObjArray containing all of
-// the information about the shape of the active detector volume, and
-// any other useful detector parameters. See the definition of *fShape
-// below and the classes AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD, and AliITSgeomSSD
-// for a full description. This structure is not available outside of 
-// these routines.
-//
-// Int_t fShapeIndex
-//     The index to the array of detector shape information. In this way
-// only an index is needed to be stored and not all of the shape
-// information. This saves much space since most, if not all, of the
-// detectors of a give type have the same shape information and are only
-// placed in a different spot in the ALICE/ITS detector.
-//
-// Float_t fx0,fy0,fz0
-//     The Cartesian translation vector used to define part of the
-// coordinate transformation. The units of the translation are kept
-// in the Monte Carlo distance units, usually cm.
-//
-// Float_t frx,fry,frz
-//     The three rotation angles that define the rotation matrix. The
-// angles are, frx the rotation about the x axis. fry the rotation about
-// the "new" or "rotated" y axis. frz the rotation about the "new" or
-// "rotated" z axis. These angles, although redundant with the rotation
-// matrix fr, are kept for speed. This allows for their retrieval without
-// having to compute them each and every time. The angles are kept in
-// radians
-//
-// Float_t fr[9]
-//     The 3x3 rotation matrix defined by the angles frx, fry, and frz,
-// for the Global to Local transformation is
-//    |fr[0] fr[1] fr[2]| | cos(frz)  sin(frz) 0| | cos(fry) 0  sin(fry)|
-// fr=|fr[3] fr[4] fr[4]|=|-sin(frz)  cos(frz) 0|*|   0      1    0     |
-//    |fr[6] fr[7] fr[8]| |   0         0      1| |-sin(fry) 0  cos(fry)|
-//
-//    |1    0        0     |
-//   *|0  cos(frx) sin(frx)|
-//    |0 -sin(frx) cos(frx)|
-//
-// Even though this information is redundant with the three rotation
-// angles, because this transformation matrix can be used so much it is
-// kept to speed things up a lot. The coordinate system used is Cartesian.
-//
 //     The local coordinate system by, default, is show in the following
 // figures. Also shown are the ladder numbering scheme.
 //Begin_Html
 /*
+<img src="picts/ITS/AliITSgeomMatrix_L1.gif">
+</pre>
+<br clear=left>
+<font size=+2 color=blue>
+<p>This shows the relative geometry differences between the ALICE Global
+coordinate system and the local detector coordinate system.
+</font>
+<pre>
+
+<pre>
 <img src="picts/ITS/its1+2_convention_front_5.gif">
 </pre>
 <br clear=left>
@@ -142,7 +74,7 @@ pixel coordinate system.
 <pre>
 */
 //End_Html
-
+//
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
@@ -152,895 +84,727 @@ pixel coordinate system.
 //
 // Data Members:
 //
+// TString    fVersion 
+//     Transformation version.
+// Int_t      fTrans
+//     Flag to keep track of which transformation 
+// Int_t      fNmodules
+//      The total number of modules
 // Int_t fNlayers
 //     The number of ITS layers for this geometry. By default this
 //  is 6, but can be modified by the creator function if there are
 // more layers defined.
 //
-// Int_t *fNlad
+// TArrayI fNlad
 //     A pointer to an array fNlayers long containing the number of 
 // ladders for each layer. This array is typically created and filled 
 // by the AliITSgeom creator function.
 //
-// Int_t *fNdet
+// TArrayI fNdet
 //     A pointer to an array fNlayers long containing the number of
 // active detector volumes for each ladder. This array is typically
 // created and filled by the AliITSgeom creator function.
 //
-// AliITSgeomS **fGm
-//     A pointer to an array of pointers pointing to the AliITSgeomS
-// structure containing the coordinate transformation information.
-// The AliITSgeomS structure corresponding to layer=lay, ladder=lad,
-// and detector=det is gotten by fGm[lay-1][(fNlad[lay-1]*(lad-1)+det-1)].
-// In this way a lot of space is saved over trying to keep a three
-// dimensional array fNlayersXmax(fNlad)Xmax(fNdet), since the number
-// of detectors typically increases with layer number.
+// TObjArray fGm containing objects of type AliITSgeomMatrix
+//     A pointer to an array of AliITSgeomMatrix classes. One element 
+// per module (detector) in the ITS. AliITSgeomMatrix basicly contains
+// all of the necessary information about the detector and it's coordinate
+// transformations.
 //
-// TObjArray *fShape
+// TObjArray fShape containting objects of type AliITSgeom
 //     A pointer to an array of TObjects containing the detailed shape
 // information for each type of detector used in the ITS. For example
-// I have created AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD, and AliITSgeomSSD as
-// example structures, derived from TObjects, to hold the detector
-// information. I would recommend that one element in each of these
-// structures, that which describes the shape of the active volume,
-// be one of the ROOT classes derived from TShape. In this way it would
-// be easy to have the display program display the correct active
-// ITS volumes. See the example classes AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD,
-// and AliITSgeomSSD for a more detailed example.
-//
-// Inlined Member Functions:
-//
-// Int_t GetNdetectors(Int_t layer)
-//     This function returns the number of detectors/ladder for a give 
-// layer. In particular it returns fNdet[layer-1].
-//
-// Int_t GetNladders(Int_t layer)
-//     This function returns the number of ladders for a give layer. In
-// particular it returns fNlad[layer-1].
-//
-// Int_t GetNlayers()
-//     This function returns the number of layers defined in the ITS
-// geometry. In particular it returns fNlayers.
-//
-// GetAngles(Int_t layer,Int_t ladder,Int_t detector,
-//           Float_t &rx, Float_t &ry, Float_t &rz)
-//     This function returns the rotation angles for a give detector on
-// a give ladder in a give layer in the three floating point variables
-// provided. rx = frx, fy = fry, rz = frz. The angles are in radians
-//
-// GetTrans(Int_t layer,Int_t ladder,Int_t detector,
-//          Float_t &x, Float_t &y, Float_t &z)
-//     This function returns the Cartesian translation for a give
-// detector on a give ladder in a give layer in the three floating
-// point variables provided. x = fx0, y = fy0, z = fz0. The units are
-// those of the Monte Carlo, generally cm.
-//
-// SetTrans(Int_t layer,Int_t ladder,Int_t detector,
-//          Float_t x, Float_t y, Float_t z)
-//     This function sets a new translation vector, given by the three
-// variables x, y, and z, for the Cartesian coordinate transformation
-// for the detector defined by layer, ladder and detector.
-//
-// Int_t IsVersion()
-//     This function returns the version number of this AliITSgeom
-// class.
-//
-// AddShape(TObject *shape)
-//     This function adds one more shape element to the TObjArray
-// fShape. It is primarily used in the constructor functions of the
-// AliITSgeom class. The pointer *shape can be the pointer to any
-// class that is derived from TObject (this is true for nearly every
-// ROOT class). This does not appear to be working properly at this time.
-//
-// Int_t GetStartSPD()
-//     This functions returns the starting module index number for the
-// silicon pixels detectors (SPD). Typically this is zero. To loop over all
-// of the pixel detectors do: for(Int_t i=GetStartSPD();i<=GetLastSPD();i++)
-//
-// Int_t GetLastSPD()
-//     This functions returns the last module index number for the
-// silicon pixels detectors (SPD). To loop over all of the pixel detectors 
-// do: for(Int_t i=GetStartSPD();i<=GetLastSPD();i++)
-//
-// Int_t GetStartSDD()
-//     This functions returns the starting module index number for the
-// silicon drift detectors (SDD). To loop over all of the drift detectors 
-// do: for(Int_t i=GetStartSDD();i<=GetLastSDD();i++)
-//
-// Int_t GetLastSDD()
-//     This functions returns the last module index number for the
-// silicon drift detectors (SDD). To loop over all of the drift detectors 
-// do: for(Int_t i=GetStartSDD();i<=GetLastSDD();i++)
-//
-// Int_t GetStartSSD()
-//     This functions returns the starting module index number for the
-// silicon strip detectors (SSD). To loop over all of the strip detectors 
-// do: for(Int_t i=GetStartSSD();i<=GetLastSSD();i++)
-//
-// Int_t GetStartSSD()
-//     This functions returns the last module index number for the
-// silicon strip detectors (SSD). To loop over all of the strip detectors 
-// do: for(Int_t i=GetStartSSD();i<=GetLastSSD();i++)
-//
-// TObject *GetShape(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det)
-//     This functions returns the shape object AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD,
-// or AliITSgeomSSD for that particular module designated by lay, lad, and
-// detector. In principle there can be additional shape objects. In this
-// way a minimum of shape objects are created since one AliITSgeomS?D shape
-// object is used for all modules of that type.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-#include <iostream.h>
-#include <fstream.h>
-#include <iomanip.h>
-#include <stdio.h>
-#include "AliITSgeom.h"
-#include "AliITSgeomSPD300.h"
-#include "AliITSgeomSPD425.h"
+// I have created AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD, and 
+// AliITSsegmenttionSSD as example structures, derived from TObjects, 
+// to hold the detector information. I would recommend that one element 
+// in each of these structures, that which describes the shape of the 
+// active volume, be one of the ROOT classes derived from TShape. In this 
+// way it would be easy to have the display program display the correct 
+// active ITS volumes. See the example classes AliITSgeomSPD, 
+// AliITSgeomSDD, and AliITSgeomSSD for a more detailed 
+// example.
+////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+#include <Riostream.h>
+#include <ctype.h>
+
+#include <TRandom.h>
+#include <TSystem.h>
+#include <TArrayI.h>
+
+#include "AliITSgeomSPD.h"
 #include "AliITSgeomSDD.h"
 #include "AliITSgeomSSD.h"
-#include "TRandom.h"
+#include "AliITSgeom.h"
+#include "AliLog.h"
 
 ClassImp(AliITSgeom)
 
-//_____________________________________________________________________
-AliITSgeom::AliITSgeom(){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The default constructor for the AliITSgeom class. It, by default,
-// sets fNlayers to zero and zeros all pointers.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  // Default constructor.
-  // Do not allocate anything zero everything
-   fNlayers = 0;
-   fNlad    = 0;
-   fNdet    = 0;
-   fGm       = 0;
-   fShape   = 0;
-   return;
-}
-
-//_____________________________________________________________________
-AliITSgeom::~AliITSgeom(){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The destructor for the AliITSgeom class. If the arrays fNlad,
-// fNdet, or fGm have had memory allocated to them, there pointer values
-// are non zero, then this memory space is freed and they are set
-// to zero. In addition, fNlayers is set to zero. The destruction of
-// TObjArray fShape is, by default, handled by the TObjArray destructor.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  // Default destructor.
-  // if arrays exist delete them. Then set everything to zero.
-   if(fGm!=0){
-      for(Int_t i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-      delete[] fGm;
-   } // end if fGm!=0
-   if(fNlad!=0) delete[] fNlad;
-   if(fNdet!=0) delete[] fNdet;
-   fNlayers = 0;
-   fNlad    = 0;
-   fNdet    = 0;
-   fGm       = 0;
-   return;
-}
-
-//_____________________________________________________________________
-AliITSgeom::AliITSgeom(const char *filename){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The constructor for the AliITSgeom class. All of the data to fill
-// this structure is read in from the file given my the input filename.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   FILE     *pf;
-   Int_t    i;
-   AliITSgeomS *g;
-   Int_t    l,a,d;
-   Float_t  x,y,z,o,p,q,r,s,t;
-   Double_t oor,pr,qr,rr,sr,tr; // Radians
-   Double_t lr[9];
-   Double_t si; // sin(angle)
-   Double_t pi = TMath::Pi(), byPI = pi/180.;
-
-   pf = fopen(filename,"r");
-
-   fNlayers = 6; // set default number of ladders
-   fNlad    = new Int_t[fNlayers];
-   fNdet    = new Int_t[fNlayers];
-   // find the number of ladders and detectors in this geometry.
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){fNlad[i]=fNdet[i]=0;} // zero out arrays
-   for(;;){ // for ever loop
-      i = fscanf(pf,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
-                     &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
-      if(i==EOF) break;
-      if(l<1 || l>fNlayers) {
-         printf("error in file %s layer=%d min is 1 max is %d/n",
-                 filename,l,fNlayers);
-         continue;
-      }// end if l
-      if(fNlad[l-1]<a) fNlad[l-1] = a;
-      if(fNdet[l-1]<d) fNdet[l-1] = d;
-   } // end for ever loop
-   // counted the number of ladders and detectors now allocate space.
-   fGm = new AliITSgeomS* [fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      fGm[i] = 0;
-      l = fNlad[i]*fNdet[i];
-      fGm[i] = new AliITSgeomS[l]; // allocate space for transforms
-   } // end for i
-
-   // Set up Shapes for a default configuration of 6 layers.
-   fShape = new TObjArray(3);
-   AddShape((TObject *) new AliITSgeomSPD300());  // shape 0
-   AddShape((TObject *) new AliITSgeomSDD());  // shape 1
-   AddShape((TObject *) new AliITSgeomSSD());  // shape 2
-
-   // prepare to read in transforms
-   rewind(pf); // start over reading file
-   for(;;){ // for ever loop
-      i = fscanf(pf,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
-                     &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
-      if(i==EOF) break;
-      if(l<1 || l>fNlayers) {
-         printf("error in file %s layer=%d min is 1 max is %d/n",
-                 filename,l,fNlayers);
-         continue;
-      }// end if l
-      l--; a--; d--; // shift layer, ladder, and detector counters to zero base
-      i = d + a*fNdet[l]; // position of this detector
-      g = &(fGm[l][i]);
-
-      oor = byPI*o;
-      pr = byPI*p;
-      qr = byPI*q;
-      rr = byPI*r;
-      sr = byPI*s;
-      tr = byPI*t;
-
-      g->fx0   = x;
-      g->fy0   = y;
-      g->fz0   = z;
-//
-      si    = sin(oor);if(o== 90.0) si = +1.0;
-                      if(o==270.0) si = -1.0;
-                      if(o==  0.0||o==180.) si = 0.0;
-      lr[0] = si * cos(pr);
-      lr[1] = si * sin(pr);
-      lr[2] = cos(oor);if(o== 90.0||o==270.) lr[2] = 0.0;
-                      if(o== 0.0)           lr[2] = +1.0;
-                      if(o==180.0)          lr[2] = -1.0;
-//
-      si    =  sin(qr);if(q== 90.0) si = +1.0; 
-                       if(q==270.0) si = -1.0;
-                       if(q==  0.0||q==180.) si = 0.0;
-      lr[3] = si * cos(rr);
-      lr[4] = si * sin(rr);
-      lr[5] = cos(qr);if(q== 90.0||q==270.) lr[5] = 0.0;
-                      if(q==  0.0)          lr[5] = +1.0;
-                      if(q==180.0)          lr[5] = -1.0;
-//
-      si    = sin(sr);if(s== 90.0) si = +1.0;
-                      if(s==270.0) si = -1.0;
-                      if(s==  0.0||s==180.) si = 0.0;
-      lr[6] = si * cos(tr);
-      lr[7] = si * sin(tr);
-      lr[8] = cos(sr);if(s== 90.0||s==270.0) lr[8] =  0.0;
-                      if(s==  0.0)           lr[8] = +1.0;
-                      if(s==180.0)           lr[8] = -1.0;
-      // Normalize these elements
-      for(a=0;a<3;a++){// reuse float Si and integers a and d.
-         si = 0.0;
-         for(d=0;d<3;d++) si += lr[3*a+d]*lr[3*a+d];
-         si = TMath::Sqrt(1./si);
-         for(d=0;d<3;d++) g->fr[3*a+d] = lr[3*a+d] = si*lr[3*a+d];
-      } // end for a
-      // get angles from matrix up to a phase of 180 degrees.
-      oor     = atan2(lr[7],lr[8]);if(oor<0.0) oor += 2.0*pi;
-      pr     = asin(lr[2]);       if(pr<0.0) pr += 2.0*pi;
-      qr     = atan2(lr[3],lr[0]);if(qr<0.0) qr += 2.0*pi;
-      g->frx = oor;
-      g->fry = pr;
-      g->frz = qr;
-      // l = layer-1 at this point.
-           if(l==0||l==1) g->fShapeIndex = 0; // SPD's
-      else if(l==2||l==3) g->fShapeIndex = 1; // SDD's
-      else if(l==4||l==5) g->fShapeIndex = 2; // SSD's
-   } // end for ever loop
-   fclose(pf);
-}
-
-//________________________________________________________________________
-AliITSgeom::AliITSgeom(const AliITSgeom &source){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The copy constructor for the AliITSgeom class. It calls the
-// = operator function. See the = operator function for more details.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-    *this = source;  // Just use the = operator for now.
-
-    return;
-}
-
-//________________________________________________________________________
-/*void AliITSgeom::operator=(const AliITSgeom &source){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The = operator function for the AliITSgeom class. It makes an
-// independent copy of the class in such a way that any changes made
-// to the copied class will not affect the source class in any way.
-// This is required for many ITS alignment studies where the copied
-// class is then modified by introducing some misalignment.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t i,j,k;
-
-   if(this == &source) return; // don't assign to ones self.
-
-   // if there is an old structure allocated delete it first.
-   if(fGm != 0){
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-      delete[] fGm;
-   } // end if fGm != 0 
-   if(fNlad != 0) delete[] fNlad;
-   if(fNdet != 0) delete[] fNdet;
-
-   fNlayers = source.fNlayers;
-   fNlad = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNlad[i] = source.fNlad[i];
-   fNdet = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNdet[i] = source.fNdet[i];
-   fShape = new TObjArray(*(source.fShape));//This does not make a proper copy.
-   fGm = new AliITSgeomS* [fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      fGm[i] = new AliITSgeomS[fNlad[i]*fNdet[i]];
-      for(j=0;j<(fNlad[i]*fNdet[i]);j++){
-         fGm[i][j].fShapeIndex = source.fGm[i][j].fShapeIndex;
-         fGm[i][j].fx0 = source.fGm[i][j].fx0;
-         fGm[i][j].fy0 = source.fGm[i][j].fy0;
-         fGm[i][j].fz0 = source.fGm[i][j].fz0;
-         fGm[i][j].frx = source.fGm[i][j].frx;
-         fGm[i][j].fry = source.fGm[i][j].fry;
-         fGm[i][j].frz = source.fGm[i][j].frz;
-         for(k=0;k<9;k++) fGm[i][j].fr[k] = source.fGm[i][j].fr[k];
-      } // end for j
-   } // end for i
-   return;
-   }*/
-//________________________________________________________________________
-AliITSgeom& AliITSgeom::operator=(const AliITSgeom &source){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The = operator function for the AliITSgeom class. It makes an
-// independent copy of the class in such a way that any changes made
-// to the copied class will not affect the source class in any way.
-// This is required for many ITS alignment studies where the copied
-// class is then modified by introducing some misalignment.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t i,j,k;
-
-   if(this == &source) return *this; // don't assign to ones self.
-
-   // if there is an old structure allocated delete it first.
-   if(fGm != 0){
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-      delete[] fGm;
-   } // end if fGm != 0 
-   if(fNlad != 0) delete[] fNlad;
-   if(fNdet != 0) delete[] fNdet;
-
-   fNlayers = source.fNlayers;
-   fNlad = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNlad[i] = source.fNlad[i];
-   fNdet = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNdet[i] = source.fNdet[i];
-   fShape = new TObjArray(*(source.fShape));//This does not make a proper copy.
-   fGm = new AliITSgeomS* [fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      fGm[i] = new AliITSgeomS[fNlad[i]*fNdet[i]];
-      for(j=0;j<(fNlad[i]*fNdet[i]);j++){
-         fGm[i][j].fShapeIndex = source.fGm[i][j].fShapeIndex;
-         fGm[i][j].fx0 = source.fGm[i][j].fx0;
-         fGm[i][j].fy0 = source.fGm[i][j].fy0;
-         fGm[i][j].fz0 = source.fGm[i][j].fz0;
-         fGm[i][j].frx = source.fGm[i][j].frx;
-         fGm[i][j].fry = source.fGm[i][j].fry;
-         fGm[i][j].frz = source.fGm[i][j].frz;
-         for(k=0;k<9;k++) fGm[i][j].fr[k] = source.fGm[i][j].fr[k];
-      } // end for j
-   } // end for i
-   return *this;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                       const Double_t *g,Double_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the global ALICE Cartesian coordinate
-// to local active volume detector Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The global coordinates are entered by
-// the three element Double_t array g and the local coordinate values
-// are returned by the three element Double_t array l. The order of the 
-// three elements are g[0]=x, g[1]=y, and g[2]=z, similarly for l.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Double_t x,y,z;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   lay--; lad--; det--;
-   gl = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-   x    = g[0] - gl->fx0;
-   y    = g[1] - gl->fy0;
-   z    = g[2] - gl->fz0;
-   l[0] = gl->fr[0]*x + gl->fr[1]*y + gl->fr[2]*z;
-   l[1] = gl->fr[3]*x + gl->fr[4]*y + gl->fr[5]*z;
-   l[2] = gl->fr[6]*x + gl->fr[7]*y + gl->fr[8]*z;
-   return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(const Int_t *id,const Double_t *g,Double_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the id[0]=layer, 
-// id[1]=ladder, and id[2]=detector numbers. The local coordinates are
-// entered by the three element Double_t array l and the global coordinate
-// values are returned by the three element Double_t array g. The order of the 
-// three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    GtoL(id[0],id[1],id[2],g,l);
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(const Int_t index,const Double_t *g,Double_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the detector
-// index numbers (see GetModuleIndex and GetModuleID). The local 
-// coordinates are entered by the three element Double_t array l and the 
-// global coordinate values are returned by the three element Double_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly 
-// for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    lay,lad,det;
-
-    this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
-
-    GtoL(lay,lad,det,g,l);
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                       const Float_t *g,Float_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the global ALICE Cartesian coordinate
-// to local active volume detector Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The global coordinates are entered by
-// the three element Float_t array g and the local coordinate values
-// are returned by the three element Float_t array l. The order of the 
-// three elements are g[0]=x, g[1]=y, and g[2]=z, similarly for l.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    for(i=0;i<3;i++) gd[i] = (Double_t) g[i];
-    GtoL(lay,lad,det,(Double_t *)gd,(Double_t *)ld);
-    for(i=0;i<3;i++) l[i] = (Float_t) ld[i];
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(const Int_t *id,const Float_t *g,Float_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the Int_t array id,
-// id[0]=layer, id[1]=ladder, and id[2]=detector numbers. The local 
-// coordinates are entered by the three element Float_t array l and the
-// global coordinate values are returned by the three element Float_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly
-// for g. The order of the three elements are g[0]=x, g[1]=y, and g[2]=z,
-// similarly for l.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    for(i=0;i<3;i++) gd[i] = (Double_t) g[i];
-    GtoL(id[0],id[1],id[2],(Double_t *)gd,(Double_t *)ld);
-    for(i=0;i<3;i++) l[i] = (Float_t) ld[i];
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoL(const Int_t index,const Float_t *g,Float_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the detector
-// index numbers (see GetModuleIndex and GetModuleID). The local 
-// coordinates are entered by the three element Float_t array l and the 
-// global coordinate values are returned by the three element Float_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly 
-// for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    lay,lad,det;
-    Int_t    i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
-
-    for(i=0;i<3;i++) gd[i] = (Double_t) g[i];
-    GtoL(lay,lad,det,(Double_t *)gd,(Double_t *)ld);
-    for(i=0;i<3;i++) l[i] = (Float_t) ld[i];
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                     const Double_t *l,Double_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The local coordinates are entered by
-// the three element Float_t array l and the global coordinate values
-// are returned by the three element Float_t array g. The order of the 
-// three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Double_t x,y,z;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   lay--; lad--; det--;
-   gl   = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-   x    = gl->fr[0]*l[0] + gl->fr[3]*l[1] + gl->fr[6]*l[2];
-   y    = gl->fr[1]*l[0] + gl->fr[4]*l[1] + gl->fr[7]*l[2];
-   z    = gl->fr[2]*l[0] + gl->fr[5]*l[1] + gl->fr[8]*l[2];
-   g[0] = x + gl->fx0;
-   g[1] = y + gl->fy0;
-   g[2] = z + gl->fz0;
-   return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(const Int_t *id,const Double_t *l,Double_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the three
-// element array Id containing as it's three elements Id[0]=layer, 
-// Id[1]=ladder, and Id[2]=detector numbers. The local coordinates
-// are entered by the three element Double_t array l and the global
-// coordinate values are returned by the three element Double_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z,
-// similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    LtoG(id[0],id[1],id[2],l,g);
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(const Int_t index,const Double_t *l,Double_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the detector  
-// index number (see GetModuleIndex and GetModuleId). The local coordinates
-// are entered by the three element Double_t array l and the global
-// coordinate values are returned by the three element Double_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z,
-// similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    lay,lad,det;
-
-    this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
-
-    LtoG(lay,lad,det,l,g);
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                     const Float_t *l,Float_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The local coordinates are entered by
-// the three element Float_t array l and the global coordinate values
-// are returned by the three element Float_t array g. The order of the 
-// three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    for(i=0;i<3;i++) ld[i] = (Double_t) l[i];
-    LtoG(lay,lad,det,(Double_t *)ld,(Double_t *)gd);
-    for(i=0;i<3;i++) g[i] = (Float_t) gd[i];
-    return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(const Int_t *id,const Float_t *l,Float_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the three
-// element array Id containing as it's three elements Id[0]=layer, 
-// Id[1]=ladder, and Id[2]=detector numbers. The local coordinates
-// are entered by the three element Float_t array l and the global
-// coordinate values are returned by the three element Float_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z,
-// similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    for(i=0;i<3;i++) ld[i] = (Double_t) l[i];
-    LtoG(id[0],id[1],id[2],(Double_t *)ld,(Double_t *)gd);
-    for(i=0;i<3;i++) g[i] = (Float_t) gd[i];
+//______________________________________________________________________
+AliITSgeom::AliITSgeom():
+TObject(),
+fVersion("GEANT"),// Transformation version.
+fTrans(0),       // Flag to keep track of which transformation 
+fNmodules(0),    // The total number of modules
+fNlayers(0),     // The number of layers.
+fNlad(),         //[] Array of the number of ladders/layer(layer)
+fNdet(),         //[] Array of the number of detector/ladder(layer)
+fGm(0,0),        // Structure of translation. and rotation.
+fShape(0,0)      // Array of shapes and detector information.
+{
+    //     The default constructor for the AliITSgeom class. It, by default,
+    // sets fNlayers to zero and zeros all pointers.
+    // Do not allocate anything zero everything.
+    // Inputs:
+    //    none.
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    a zeroed AliITSgeom object.
+
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
     return;
 }
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoG(const Int_t index,const Float_t *l,Float_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to global ALICE Cartesian coordinate transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the detector  
-// index number (see GetModuleIndex and GetModuleId). The local coordinates
-// are entered by the three element Float_t array l and the global
-// coordinate values are returned by the three element Float_t array g.
-// The order of the three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z,
-// similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t    i,lay,lad,det;
-    Double_t gd[3],ld[3];
-
-    this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
 
-    for(i=0;i<3;i++) ld[i] = (Double_t) l[i];
-    LtoG(lay,lad,det,(Double_t *)ld,(Double_t *)gd);
-    for(i=0;i<3;i++) g[i] = (Float_t) gd[i];
-    return;
-}
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoL(const Int_t *id1,const Int_t *id2,
-                     Double_t *l1,Double_t *l2){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to a different local active volume detector Cartesian coordinate
-// transformation. The original local detector coordinate system is determined
-// by the detector array id1, id1[0]=layer, id1[1]=ladder, and id1[2]=detector
-// and the new coordinate system is determined by the detector array id2,
-// id2[0]=layer, id2[1]=ladder, and id2[2]=detector. The original local
-// coordinates are entered by the three element Double_t array l1 and the
-// other new local coordinate values are returned by the three element
-// Double_t array l2. The order of the three elements are l1[0]=x, l1[1]=y,
-// and l1[2]=z, similarly for l2.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t g[3];
-
-    LtoG(id1,l1,g);
-    GtoL(id2,g,l2);
+AliITSgeom::AliITSgeom(Int_t itype,Int_t nlayers,const Int_t *nlads,
+                       const Int_t *ndets,Int_t mods):
+TObject(),
+fVersion("GEANT"),    // Transformation version.
+fTrans(itype),       // Flag to keep track of which transformation 
+fNmodules(mods),     // The total number of modules
+fNlayers(nlayers),   // The number of layers.
+fNlad(nlayers,nlads),//[] Array of the number of ladders/layer(layer)
+fNdet(nlayers,ndets),//[] Array of the number of detector/ladder(layer)
+fGm(mods,0),         // Structure of translation. and rotation.
+fShape(5,0)          // Array of shapes and detector information.
+{
+    //     A simple constructor to set basic geometry class variables
+    // Inputs:
+    //      Int_t itype   the type of transformation kept.
+    //                    bit 0 => Standard GEANT
+    //                    bit 1 => ITS tracking
+    //                    bit 2 => A change in the coordinate system 
+    //                    has been made. others are still to be defined 
+    //                    as needed.
+    //      Int_t nlayers The number of ITS layers also set the size of 
+    //                    the arrays
+    //      Int_t *nlads  an array of the number of ladders for each 
+    //                    layer. This array must be nlayers long.
+    //      Int_t *ndets  an array of the number of detectors per ladder
+    //                    for each layer. This array must be nlayers long.
+    //      Int_t mods    The number of modules. Typically the sum of all the 
+    //                    detectors on every layer and ladder.
+    // Outputs:
+    //     none
+    // Return:
+    //     A properly inilized AliITSgeom object.
+
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
     return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoL(const Int_t index1,const Int_t index2,
-                     Double_t *l1,Double_t *l2){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// coordinate to a different local active volume detector Cartesian coordinate
-// transformation. The original local detector coordinate system is determined
-// by the detector index number index1, and the new coordinate system is
-// determined by the detector index number index2, (see GetModuleIndex and
-// GetModuleId). The original local coordinates are entered by the three
-// element Double_t array l1 and the other new local coordinate values are
-// returned by the three element Double_t array l2. The order of the three
-// elements are l1[0]=x, l1[1]=y, and l1[2]=z, similarly for l2.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t g[3];
-
-    LtoG(index1,l1,g);
-    GtoL(index2,g,l2);
+void AliITSgeom::Init(Int_t itype,Int_t nlayers,const Int_t *nlads,
+                      const Int_t *ndets,Int_t mods){
+    //     A simple Inilizer to set basic geometry class variables
+    // Inputs:
+    //      Int_t itype   the type of transformation kept.
+    //                    bit 0 => Standard GEANT
+    //                    bit 1 => ITS tracking
+    //                    bit 2 => A change in the coordinate system 
+    //                    has been made. others are still to be defined 
+    //                    as needed.
+    //      Int_t nlayers The number of ITS layers also set the size of 
+    //                    the arrays
+    //      Int_t *nlads  an array of the number of ladders for each 
+    //                    layer. This array must be nlayers long.
+    //      Int_t *ndets  an array of the number of detectors per ladder 
+    //                    for each layer. This array must be nlayers long.
+    //      Int_t mods    The number of modules. Typically the sum of all the 
+    //                    detectors on every layer and ladder.
+    // Outputs:
+    //     none
+    // Return:
+    //     A properly inilized AliITSgeom object.
+
+    fVersion  = "GEANT";     // Transformation version.
+    fTrans    = itype;       // Flag to keep track of which transformation 
+    fNmodules = mods;        // The total number of modules
+    fNlayers  = nlayers;     // The number of layers.
+    fNlad.Set(nlayers,nlads);//[] Array of the number of ladders/layer(layer)
+    fNdet.Set(nlayers,ndets);//[] Array of the number of detector/ladder(layer)
+    fGm.Clear();
+    fGm.Expand(mods);        // Structure of translation. and rotation.
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    fShape.Clear();
+    fShape.Expand(5);         // Array of shapes and detector information.
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
     return;
 }
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoLMomentum(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                             const Double_t *g,Double_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the global ALICE Cartesian momentum
-// to local active volume detector Cartesian momentum transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The global momentums are entered by
-// the three element Double_t array g and the local momentums values
-// are returned by the three element Double_t array l. The order of the 
-// three elements are g[0]=x, g[1]=y, and g[2]=z, similarly for l.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Double_t px,py,pz;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   lay--; lad--; det--;
-   gl = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-   px   = g[0];
-   py   = g[1];
-   pz   = g[2];
-   l[0] = gl->fr[0]*px + gl->fr[1]*py + gl->fr[2]*pz;
-   l[1] = gl->fr[3]*px + gl->fr[4]*py + gl->fr[5]*pz;
-   l[2] = gl->fr[6]*px + gl->fr[7]*py + gl->fr[8]*pz;
-   return;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::CreateMatrix(Int_t mod,Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
+                              AliITSDetector idet,const Double_t tran[3],
+                              const Double_t rot[10]){
+    // Given the translation vector tran[3] and the rotation matrix rot[1],
+    // this function creates and adds to the TObject Array fGm the
+    // AliITSgeomMatrix object.
+    // The rot[10] matrix is set up like:
+    /*   / rot[0]  rot[1]  rot[2] \
+    //  |  rot[3]  rot[4]  rot[5]  |
+    //   \ rot[6]  rot[7]  rot[8] /  if(rot[9]!=0) then the Identity matrix
+    // is used regardless of the values in rot[0]-rot[8].
+    */
+    // Inputs:
+    //    Int_t           mod     The module number. The location in TObjArray
+    //    Int_t           lay     The layer where this module is
+    //    Int_t           lad     On which ladder this module is
+    //    Int_t           det     Which detector on this ladder this module is
+    //    AliITSDetector idet     The type of detector see AliITSgeom.h
+    //    Double_t       tran[3]  The translation vector
+    //    Double_t       rot[10]  The rotation matrix.
+    // Outputs:
+    //    none
+    // Return:
+    //    none.
+    Int_t id[3];
+    Double_t r[3][3] = {{1.0,0.0,0.0},{0.0,1.0,0.0},{0.0,0.0,1.0}};
+
+    if(mod<0||mod>=fGm.GetSize()){ 
+       Error("CreateMatrix","mod=%d is out of bounds max value=%d",mod,
+             fGm.GetSize());
+       return;
+    } // end if
+    delete fGm.At(mod);
+    id[0] = lay; id[1] = lad; id[2] = det;
+    if(rot[9]!=0.0) { // null rotation
+        r[0][0] = rot[0]; r[0][1] = rot[1]; r[0][2] = rot[2];
+        r[1][0] = rot[3]; r[1][1] = rot[4]; r[1][2] = rot[5];
+        r[2][0] = rot[6]; r[2][1] = rot[7]; r[2][2] = rot[8];
+    } // end if
+    fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(idet,id,r,tran),mod);
 }
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoLMomentum(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                             const Float_t *g,Float_t *l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the global ALICE Cartesian momentum
-// to local active volume detector Cartesian momentum transformation.
-// The local detector coordinate system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The global momentums are entered by
-// the three element Float_t array g and the local momentums values
-// are returned by the three element Float_t array l. The order of the 
-// three elements are g[0]=x, g[1]=y, and g[2]=z, similarly for l.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
+//______________________________________________________________________
+AliITSgeom::~AliITSgeom(){
+    //     The destructor for the AliITSgeom class. If the arrays fNlad,
+    // fNdet, or fGm have had memory allocated to them, there pointer values
+    // are non zero, then this memory space is freed and they are set
+    // to zero. In addition, fNlayers is set to zero. The destruction of
+    // TObjArray fShape is, by default, handled by the TObjArray destructor.
+    // Inputs:
+    //    none.
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    none.
 
-    for(i=0;i<3;i++) gd[i] = (Double_t) g[i];
-    GtoLMomentum(lay,lad,det,(Double_t *)gd,(Double_t *)ld);
-    for(i=0;i<3;i++) l[i] = (Float_t) ld[i];
     return;
 }
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoGMomentum(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                             const Double_t *l,Double_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// momentum to global ALICE Cartesian momentum transformation.
-// The local detector momentum system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The local momentums are entered by
-// the three element Double_t array l and the global momentum values
-// are returned by the three element Double_t array g. The order of the 
-// three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Double_t px,py,pz;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   lay--; lad--; det--;
-   gl   = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-   px   = gl->fr[0]*l[0] + gl->fr[3]*l[1] + gl->fr[6]*l[2];
-   py   = gl->fr[1]*l[0] + gl->fr[4]*l[1] + gl->fr[7]*l[2];
-   pz   = gl->fr[2]*l[0] + gl->fr[5]*l[1] + gl->fr[8]*l[2];
-   g[0] = px;
-   g[1] = py;
-   g[2] = pz;
-   return;
-}
-//________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoGMomentum(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                             const Float_t *l,Float_t *g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// momentum to global ALICE Cartesian momentum transformation.
-// The local detector momentum system is determined by the layer, 
-// ladder, and detector numbers. The local momentums are entered by
-// the three element Float_t array l and the global momentum values
-// are returned by the three element Float_t array g. The order of the 
-// three elements are l[0]=x, l[1]=y, and l[2]=z, similarly for g.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t i;
-    Double_t gd[3],ld[3];
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::ReadNewFile(const char *filename){
+    // It is generally preferred to define the geometry in AliITSgeom
+    // directly from the GEANT geometry, see AliITSvPPRasymm.cxx for
+    // and example. Under some circumstances this may not be possible.
+    // This function will read in a formatted file for all of the
+    // information needed to define the geometry in AliITSgeom.
+    // Unlike the older file format, this file may contain comments
+    // and the order of the data does not need to be completely
+    // respected. A file can be created using the function WriteNewFile
+    // defined below.
+    // Inputs:
+    //    const char *filename The file name of the file to be read in.
+    // Outputs:
+    //     none
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t ncmd=9;
+    const char *cmda[]={"Version"        ,"fTrans"  ,"fNmodules",
+                       "fNlayers"       ,"fNladers","fNdetectors",
+                       "fNDetectorTypes","fShape"  ,"Matrix"};
+    Int_t i,j,lNdetTypes,ldet;
+    char cmd[20],c;
+    AliITSgeomMatrix *m=0;
+    ifstream *fp=0;
+    char *filtmp=0;
+    Bool_t arrayGm = kFALSE, arrayShape = kFALSE;
+
+    filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
+    AliInfo(Form("Reading New .det file %s",filtmp));
+    fp = new ifstream(filtmp,ios::in);  // open file to write
+    while(fp->get(c)!=NULL){ // for ever loop
+        if(c==' ') continue; // remove blanks
+        if(c=='\n') continue;
+        if(c=='#' || c=='!') {while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; continue;}
+        if(c=='/'){
+            fp->get(c);{
+                if(c=='/') {while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; continue;}
+                if(c=='*'){
+                  NotYet:
+                    while(fp->get(c)) if(c=='*') break;
+                    fp->get(c);{
+                        if(c=='/') continue;
+                        goto NotYet;
+                    } //
+                } // end if c=='*'
+            } // end if second /
+        } // end if first /
+        fp->putback(c);
+        *fp >> cmd;
+        for(i=0;i<ncmd;i++) if(strcmp(cmd,cmda[i])==0) break;
+        switch (i){
+        case 0:   // Version
+           while(isspace(fp->peek())) fp->get(); // skip spaces
+           if(isdigit(fp->peek())){ // new TString
+               *fp >> j;
+               fVersion.Resize(j);
+               for(j=0;j<fVersion.Length();j++) *fp >> fVersion[j];
+           }else{
+               fVersion.Resize(20);
+               for(j=0;isprint(fp->peek())&&j<20;j++) *fp >> fVersion[j];
+           } // end if isdigit
+            break;
+        case 1:  // fTrans
+            *fp >> fTrans;
+            break;
+        case 2:  // fNModules
+            *fp >> fNmodules;
+            fGm.Clear();
+            fGm.Expand(fNmodules);
+            fGm.SetOwner(kTRUE);
+            arrayGm = kTRUE;
+            break;
+        case 3:  // fNlayers
+            *fp >> fNlayers;
+            fNlad.Set(fNlayers);
+            fNdet.Set(fNlayers);
+            break;
+        case 4:  // fNladers
+            for(j=0;j<fNlayers;j++) *fp >> fNlad[j];
+            break;
+        case 5:  // fNdetectors
+            for(j=0;j<fNlayers;j++) *fp >> fNdet[j];
+            break;
+        case 6:  // fNDetectorTypes
+            *fp >> lNdetTypes;
+            fShape.Clear();
+            fShape.Expand(lNdetTypes);
+            fShape.SetOwner(kTRUE);
+            arrayShape = kTRUE;
+            break;
+        case 7:  // fShape
+            *fp >> ldet;
+            if(!arrayShape) fShape.Expand(5);
+            fShape.SetOwner(kTRUE);
+            switch (ldet){
+            case kSPD :{
+                AliITSgeomSPD *spd = new AliITSgeomSPD();
+                *fp >> *spd;
+                ReSetShape(ldet,spd);
+            } break;
+            case kSDD : case kSDDp:{
+                AliITSgeomSDD *sdd = new AliITSgeomSDD();
+                *fp >> *sdd;
+                ReSetShape(ldet,sdd);
+            }break;
+            case kSSD : case kSSDp :{
+                AliITSgeomSSD *ssd = new AliITSgeomSSD();
+                *fp >> *ssd;
+                ReSetShape(ldet,ssd);
+            }break;
+            default:{
+                AliError(Form("Unknown fShape type number=%d c=%c",ldet,c));
+                while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; // skip to end of line.
+            }break;
+            } // end switch
+            break;
+        case 8:  // Matrix
+            *fp >> ldet;
+            if(!arrayGm){
+                fGm.Clear();
+                fGm.Expand(2270);
+                arrayGm = kTRUE;
+            } // end if
+           if(ldet<0||ldet>=fGm.GetSize()){
+               Error("ReadNewFile","ldet<0||ldet>=fGm.GetSize()=%d",
+                     ldet,fGm.GetSize());
+               return;
+           } // end if
+            delete fGm.At(ldet);
+            fGm.AddAt((TObject*)new AliITSgeomMatrix(),ldet);
+            m = (AliITSgeomMatrix*) fGm.At(ldet);
+            *fp >> *m;
+            m = 0;
+            break;
+        default:
+            AliError(Form("ReadNewFile","Data line i=%d c=%c",i,c));
+            while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; // skip this line
+            break;
+        } // end switch i
+    } // end while
+    delete fp;
 
-    for(i=0;i<3;i++) ld[i] = (Double_t) l[i];
-    LtoGMomentum(lay,lad,det,(Double_t *)ld,(Double_t *)gd);
-    for(i=0;i<3;i++) g[i] = (Float_t) gd[i];
     return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoLMomentum(const Int_t *id1,const Int_t *id2,
-                             const Double_t *l1,Double_t *l2){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The function that does the local active volume detector Cartesian
-// momentum to a different local active volume detector Cartesian momentum
-// transformation. The original local detector momentum system is determined
-// by the Int_t array id1 (id1[0]=lay, id1[1]=lad, id1[2]=det). The new local
-// coordinate system id determined by the Int_t array id2. The local
-// momentums are entered by the three element Double_t array l1 and the other
-// local momentum values are returned by the three element Double_t array l2.
-// The order of the three elements are l1[0]=x, l1[1]=y, and l1[2]=z,
-// similarly for l2.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t g[3];
-
-    LtoGMomentum(id1[0],id1[1],id1[2],l1,g);
-    GtoLMomentum(id2[0],id2[1],id2[2],g,l2);
+void AliITSgeom::WriteNewFile(const char *filename)const{
+    // Writes AliITSgeom, AliITSgeomMatrix, and the defined 
+    // AliITSgeomS*D classes to a file in a format that 
+    // is more readable and commendable.
+    // Inputs:
+    //     const char *filename The file name of the file to be write to.
+    // Outputs:
+    //     none
+    // Return:
+    //     none
+    ofstream *fp;
+    Int_t i;
+    char *filtmp;
+
+    filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
+    fp = new ofstream(filtmp,ios::out);  // open file to write
+    *fp << "//Comment lines begin with two //, one #, or one !" << endl;
+    *fp << "#Blank lines are skipped including /* and */ sections." << endl;
+    *fp << "!and, in principle the order of the lines is not important" <<endl;
+    *fp << "/* In AliITSgeom.h are defined an enumerated type called" << endl;
+    *fp << " AliITSDetectors These are kSPD=" << (Int_t) kSPD ;
+    *fp << ", kSDD=" << (Int_t) kSDD << ", kSSD=" << (Int_t) kSSD;
+    *fp << ", kSSDp=" << (Int_t) kSSDp << ", and kSDDp=" << (Int_t) kSDDp;
+    *fp << "*/" << endl;
+    *fp << "Version "<< fVersion.Length()<<" " << fVersion.Data() << endl;//
+                                                // This should be consistent
+                                                // with the geometry version.
+    *fp << "fTrans " << fTrans << endl;
+    *fp << "fNmodules " << fNmodules << endl;
+    *fp << "fNlayers " << fNlayers << endl;
+    *fp << "fNladers ";
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *fp << fNlad[i] << " ";
+    *fp << endl;
+    *fp << "fNdetectors ";
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *fp << fNdet[i] << " ";
+    *fp << endl;
+    *fp << "fNDetectorTypes " << fShape.GetEntriesFast() << endl;
+    for(i=0;i<fShape.GetEntriesFast();i++){
+       if(!IsShapeDefined(i)) continue; // only print out used shapes.
+       switch (i){
+       case kSPD :
+           *fp << "fShape " << (Int_t) kSPD << " ";
+           *fp << *((AliITSgeomSPD*)(fShape.At(i)));
+           break;
+       case kSDD :
+           *fp << "fShape " << (Int_t) kSDD << " ";
+           *fp << *((AliITSgeomSDD*)(fShape.At(i)));
+           break;
+       case kSSD : case kSSDp :
+           *fp << "fShape " << i << " ";
+           *fp << *((AliITSgeomSSD*)(fShape.At(i)));
+           break;
+       default:
+           Error("AliITSgeom::WriteNewFile","Unknown Shape value");
+       } // end switch (i)
+    } // end for i
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+       *fp << "Matrix " << i << " ";
+       *fp << *GetGeomMatrix(i);
+    } // end for i
+    *fp << "//End of File" << endl;;
+
+    delete fp;
     return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GtoLErrorMatrix(const Int_t index,Double_t **g,Double_t **l){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//      This converts an error matrix, expressed in global coordinates
-// into an error matrix expressed in local coordinates. Since the 
-// translations do not change the error matrix they are not included.
-// Definition: if GtoL is l[i] = T[i][j]*g[j], then from the definition
-// of the transformation matrix above T[i][j] = fr[3*i+j]. Then for a 
-// matrix l[i][l] = T[i][j]*g[j][k]*T[l][k] (sum over repeated indexes). 
-// Where T[l][k] is the transpose of T[k][l].
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t lR[3][3],lRt[3][3];
-    Int_t    lay,lad,det,i,j,k,n;
-    AliITSgeomS *gl;
-
-    GetModuleId(index,lay,lad,det);
-    lay--;lad--;det--;
-    gl = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-    for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++){
-       lR[i][j] = lRt[j][i] = gl->fr[3*i+j];
-    } // end for i,j
-
-    for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++)for(k=0;k<3;k++)for(n=0;n<3;n++){
-       l[i][n] = lR[i][j]*g[j][k]*lRt[k][n];
-    } // end for i,j,k,l
-    return;
+AliITSgeom::AliITSgeom(const char *filename):
+TObject(),
+fVersion("test"),// Transformation version.
+fTrans(0),       // Flag to keep track of which transformation 
+fNmodules(0),    // The total number of modules
+fNlayers(0),     // The number of layers.
+fNlad(),         // TArrayI of the number of ladders/layer(layer)
+fNdet(),         // TArrayI of the number of detector/ladder(layer)
+fGm(0,0),        // TObjArray Structure of translation. and rotation.
+fShape(0,0)      // TObjArray of detector geom.
+{
+    //     The constructor for the AliITSgeom class. All of the data to fill
+    // this structure is read in from the file given my the input filename.
+    // Inputs:
+    //    const char *filename The file name of the file to be read in.
+    // Outputs:
+    //    none
+    // Return:
+    //    An AliITSgeom class initialized from a file.
+    FILE     *pf=0;
+    Int_t    i,lm=0,id[3];
+    Int_t    l,a,d;
+    Float_t  x,y,z,o,p,q,r,s,t;
+    Double_t rot6[6],tran[3];
+    char     buf[200],*buff=0; // input character buffer;
+    char    *filtmp;
+
+    filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
+    Info("AliITSgeom","reading old .det file %s",filtmp);
+    fVersion="GEANT5";
+    pf = fopen(filtmp,"r");
+
+    fNlayers = 6; // set default number of ladders
+  TryAgain:
+    fNlad.Set(fNlayers);
+    fNdet.Set(fNlayers);
+    fNmodules = 0;
+    // find the number of ladders and detectors in this geometry.
+    for(i=0;i<fNlayers;i++){fNlad[i]=fNdet[i]=0;} // zero out arrays
+    while(fgets(buf,200,pf)!=NULL){ // for ever loop
+        for(i=0;i<200;i++)if(buf[i]!=' '){ // remove blank spaces.
+            buff = &(buf[i]);
+            break;
+        } // end for i
+        // remove blank lines and comments.
+        if(buff[0]=='\n'||buff[0]=='#'||buff[0]=='!'||
+           (buff[0]=='/'&&buff[1]=='/')) continue;
+        if(isalpha(buff[0])) { // must be the new file formated file.
+            fclose(pf);
+            ReadNewFile(filename);
+            return;
+        } // end if isalpha(buff[0])
+        sscanf(buff,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
+               &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
+        if(l>lm) lm = l;
+        if(l<1 || l>fNlayers) {
+            printf("error in file %s layer=%d min. is 1 max is %d"
+                   " Trying new format\n",filename,l,fNlayers);
+            fclose(pf);
+            ReadNewFile(filename);
+            return;
+            //continue;
+        }// end if l
+        fNmodules++;
+        if(l<=fNlayers&&fNlad[l-1]<a) fNlad[l-1] = a;
+        if(l<=fNlayers&&fNdet[l-1]<d) fNdet[l-1] = d;
+    } // end while ever loop
+    if(lm>fNlayers){
+        fNlayers = lm;
+        goto TryAgain;
+    } // end if lm>fNlayers
+    // counted the number of ladders and detectors now allocate space.
+    fGm.Expand(fNmodules);
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
+
+    // Set up Shapes for a default configuration of 6 layers.
+    fTrans   = 0; // standard GEANT global/local coordinate system.
+    // prepare to read in transforms
+    lm = 0; // reuse lm as counter of modules.
+    rewind(pf); // start over reading file
+    while(fgets(buf,200,pf)!=NULL){ // for ever loop
+        for(i=0;i<200;i++)if(buf[i]!=' '){ // remove blank spaces.
+            buff = &(buf[i]);
+            break;
+        } // end for i
+        // remove blank lines and comments.
+        if(buff[0]=='\n'||buff[0]=='#'||buff[0]=='!'||
+           (buff[0]=='/'&&buff[1]=='/')) continue;
+        x = y = z = o = p = q = r = s = t = 0.0;
+        sscanf(buff,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
+               &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
+        if(l<1 || l>fNlayers) {
+            Warning("AliITSgeom","error in file %s layer=%d"
+                    " min. is 1 max is %d",filename,l,fNlayers);
+            continue;
+        }// end if l
+        id[0] = l;id[1] = a;id[2] = d;
+        tran[0] = tran[1] = tran[2]  = 0.0;
+        tran[0] = (Double_t)x;tran[1] = (Double_t)y;tran[2] = (Double_t)z;
+        rot6[0] = rot6[1] = rot6[2] = rot6[3] = rot6[4] = rot6[5] =0.0;
+        rot6[0] = (Double_t)o;rot6[1] = (Double_t)p;rot6[2] = (Double_t)q;
+        rot6[3] = (Double_t)r;rot6[4] = (Double_t)s;rot6[5] = (Double_t)t;
+       if(lm<0||lm>=fGm.GetSize()){
+           Error("AliITSgeom(filename)","lm<0||lm>=fGm.GetSize()=%d",
+                 lm,fGm.GetSize());
+           return;
+       } // end if
+        switch (l){
+        case 1: case 2: // layer 1 or2 SPD
+            fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSPD,id,tran),lm++);
+            break;
+        case 3: case 4: // layer 3 or 4 SDD
+            fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSDD,id,tran),lm++);
+            break;
+        case 5: case 6: // layer 5 or 6 SSD
+            fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSSD,id,tran),lm++);
+            break;
+        } // end switch
+    } // end while ever loop
+    fclose(pf);
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoGErrorMatrix(const Int_t index,Double_t **l,Double_t **g){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//      This converts an error matrix, expressed in local coordinates
-// into an error matrix expressed in global coordinates. Since the 
-// translations do not change the error matrix they are not included.
-// Definition: if GtoL is l[i] = T[i][j]*g[j], then from the definition
-// of the transformation matrix above T[i][j] = fr[3*i+j]. Then for a 
-// matrix g[i][l] = T[j][i]*l[j][k]*T[k][l] (sum over repeated indexes). 
-// Where T[j][i] is the transpose of T[i][j].
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t lR[3][3],lRt[3][3];
-    Int_t    lay,lad,det,i,j,k,n;
-    AliITSgeomS *gl;
-
-    GetModuleId(index,lay,lad,det);
-    lay--;lad--;det--;
-    gl = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-    for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++){
-       lR[i][j] = lRt[j][i] = gl->fr[3*i+j];
-    } // end for i,j
-
-    for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++)for(k=0;k<3;k++)for(n=0;n<3;n++){
-       g[i][n] = lRt[i][j]*l[j][k]*lR[k][n];
-    } // end for i,j,k,l
+AliITSgeom::AliITSgeom(const AliITSgeom &source) : 
+TObject(source),
+fVersion(source.fVersion), // Transformation version.
+fTrans(source.fTrans),   // Flag to keep track of which transformation
+fNmodules(source.fNmodules),// The total number of modules
+fNlayers(source.fNlayers), // The number of layers.
+fNlad(source.fNlad),    // Array of the number of ladders/layer(layer)
+fNdet(source.fNdet),    // Array of the number of detector/ladder(layer)
+fGm(source.fGm.GetSize(),source.fGm.LowerBound()),// Structure of 
+                                                  // translation and rotation.
+fShape(source.fShape.GetSize(),source.fShape.LowerBound())// Array of shapes 
+                                                   // and detector information.
+{
+    //     The copy constructor for the AliITSgeom class. It calls the
+    // = operator function. See the = operator function for more details.
+    // Inputs:
+    //     AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
+    //                         a copy of.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t i,n;
+
+    n = source.fGm.GetLast()+1;
+    for(i=source.fGm.LowerBound();i<n;i++){
+        fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(*((AliITSgeomMatrix*)(
+                                             source.fGm.At(i)))),i);
+    } // end for i
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    n = source.fShape.GetLast()+1;
+    for(i=source.fShape.LowerBound();i<n;i++){
+        switch ((AliITSDetector)i){
+        case kSPD :{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSPD(*((AliITSgeomSPD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        } break;
+        case kSDD : case kSDDp:{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSDD(*((AliITSgeomSDD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        }break;
+        case kSSD : case kSSDp :{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSSD(*((AliITSgeomSSD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        }break;
+        default:{
+            AliError(Form("Unknown fShape type number=%d",i));
+        }break;
+        } // end switch
+    } // end for i
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
     return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::LtoLErrorMatrix(const Int_t index1,const Int_t index2,
-                                Double_t **l1,Double_t **l2){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//      This converts an error matrix, expressed in one local coordinates
-// into an error matrix expressed in different local coordinates. Since  
-// the translations do not change the error matrix they are not included.
-// This is done by going through the global coordinate system for 
-// simplicity and constancy.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Double_t g[3][3];
+AliITSgeom& AliITSgeom::operator=(const AliITSgeom &source){
+    //     The = operator function for the AliITSgeom class. It makes an
+    // independent copy of the class in such a way that any changes made
+    // to the copied class will not affect the source class in any way.
+    // This is required for many ITS alignment studies where the copied
+    // class is then modified by introducing some misalignment.
+    // Inputs:
+    //     AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
+    //                         a copy of.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     *this The a new copy of source.
+    Int_t i;
 
-    this->LtoGErrorMatrix(index1,l1,(Double_t **)g);
-    this->GtoLErrorMatrix(index2,(Double_t **)g,l2);
-    return;
+    if(this == &source) return *this; // don't assign to ones self.
+
+    // if there is an old structure allocated delete it first.
+    this->fGm.Clear();
+    this->fShape.Clear();
+
+    this->fVersion  = source.fVersion;
+    this->fTrans    = source.fTrans;
+    this->fNmodules = source.fNmodules;
+    this->fNlayers  = source.fNlayers;
+    this->fNlad     = source.fNlad;
+    this->fNdet     = source.fNdet;
+    this->fGm.Expand(this->fNmodules);
+    for(i=source.fGm.LowerBound();i<source.fGm.GetLast();i++){
+        fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix(*((AliITSgeomMatrix*)(
+                                             source.fGm.At(i)))),i);
+    } // end for i
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    this->fShape.Expand(source.fShape.GetEntriesFast());
+    for(i=source.fShape.LowerBound();i<source.fShape.GetLast();i++){
+        switch ((AliITSDetector)i){
+        case kSPD :{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSPD(*((AliITSgeomSPD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        } break;
+        case kSDD : case kSDDp:{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSDD(*((AliITSgeomSDD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        }break;
+        case kSSD : case kSSDp :{
+            fShape.AddAt(new AliITSgeomSSD(*((AliITSgeomSSD*)(
+                                                 source.fShape.At(i)))),i);
+        }break;
+        default:{
+            AliError(Form("Unknown fShape type number=%d",i));
+        }break;
+        } // end switch
+    } // end for i
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
+    return *this;
 }
 //______________________________________________________________________
-Int_t AliITSgeom::GetModuleIndex(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//      This routine computes the module index number from the layer,
-// ladder, and detector numbers. The number of ladders and detectors
-// per layer is determined when this geometry package is constructed,
-// see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t i,j,k;
+Int_t AliITSgeom::GetModuleIndex(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det)const{
+    //      This routine computes the module index number from the layer,
+    // ladder, and detector numbers. The number of ladders and detectors
+    // per layer is determined when this geometry package is constructed,
+    // see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
+    // Inputs:
+    //    Int_t lay  The layer number. Starting from 1.
+    //    Int_t lad  The ladder number. Starting from 1.
+    //    Int_t det  The detector number. Starting from 1.
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    the module index number, starting from zero.
+    Int_t i,j,k,id[3];
 
     i = fNdet[lay-1] * (lad-1) + det - 1;
     j = 0;
     for(k=0;k<lay-1;k++) j += fNdet[k]*fNlad[k];
-    return (i+j);
+    i = i+j;
+    if(i>=fNmodules) return -1;
+    GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
+    if(id[0]==lay&&id[1]==lad&&id[2]==det) return i;
+    // Array of modules fGm is not in expected order. Search for this index
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
+        if(id[0]==lay&&id[1]==lad&&id[2]==det) return i;
+    } // end for i
+    // This layer ladder and detector combination does not exist return -1.
+    return -1;
 }
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GetModuleId(Int_t index,Int_t &lay,Int_t &lad,Int_t &det){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//      This routine computes the layer, ladder and detector number 
-// given the module index number. The number of ladders and detectors
-// per layer is determined when this geometry package is constructed,
-// see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::GetModuleId(Int_t index,Int_t &lay,Int_t &lad,Int_t &det)
+const{
+    //      This routine computes the layer, ladder and detector number 
+    // given the module index number. The number of ladders and detectors
+    // per layer is determined when this geometry package is constructed,
+    // see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
+    // Inputs:
+    //     Int_t index  The module index number, starting from zero.
+    // Outputs:
+    //     Int_t lay    The layer number. Starting from 1.
+    //     Int_t lad    The ladder number. Starting from 1.
+    //     Int_t det    The detector number. Starting from 1.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t id[3];
+    AliITSgeomMatrix *g = GetGeomMatrix(index);
+
+    if (g == 0x0){
+        Error("GetModuleId","Can not get GeoMatrix for index = %d",index);
+        lay = -1; lad = -1; det = -1;
+    }else{
+        g->GetIndex(id);
+        lay = id[0]; lad = id[1]; det = id[2];
+    }// End if
+    return;
+    // The old way kept for posterity.
+/*
     Int_t i,j,k;
-
     j = 0;
     for(k=0;k<fNlayers;k++){
        j += fNdet[k]*fNlad[k];
@@ -1056,699 +820,845 @@ void AliITSgeom::GetModuleId(Int_t index,Int_t &lay,Int_t &lad,Int_t &det){
     lad = k+1;
     det = 1+i-fNdet[lay-1]*k;
     return;
+*/
 }
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GetRotMatrix(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,Double_t *mat){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Returns, in the Double_t array pointed to by mat, the full rotation
-// matrix for the give detector defined by layer, ladder, and detector.
-// It returns all nine elements of fr in the AliITSgeomS structure. See the
-// description of the AliITSgeomS structure for further details of this
-// rotation matrix.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i;
-   AliITSgeomS *g;
-
-   lay--; lad--; det--; // shift to base 0
-   g = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-   for(i=0;i<9;i++) mat[i] = g->fr[i];
-   return;
-}
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GetRotMatrix(Int_t index,Double_t *mat){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Returns, in the Double_t array pointed to by mat, the full rotation
-// matrix for the give detector defined by the module index number.
-// It returns all nine elements of fr in the AliITSgeomS structure. See the
-// description of the AliITSgeomS structure for further details of this
-// rotation matrix.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    lay,lad,det;
-
-   this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
-   GetRotMatrix(lay,lad,det,mat);
-   return;
+//______________________________________________________________________
+Int_t AliITSgeom::GetNDetTypes(Int_t &max)const{
+    // Finds and returns the number of detector types used and the
+    // maximum detector type value. Only counts id >=0 (no undefined
+    // values. See AliITSgeom.h for list of AliITSDetecor enumerated types.
+    // Inputs:
+    //    none.
+    // Outputs:
+    //    The maximum detector type used
+    // Return:
+    //    The number of detector types used
+    Int_t i,*n,id;
+
+    max = -1;
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
+        id = GetModuleType(i);
+        if(id>max) max=id;
+    } // end for i
+    n = new Int_t[max+1];
+    for(i=0;i<max;i++) n[i] = 0;
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
+        id = GetModuleType(i);
+        if(id>-1)n[id]++; // note id=-1 => undefined.
+    } // end for i
+    id = 0;
+    for(i=0;i<max;i++) if(n[i]!=0) id++;
+    delete[] n;
+    return id+1;
 }
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GetRotMatrix(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,Float_t *mat){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Returns, in the Float_t array pointed to by mat, the full rotation
-// matrix for the give detector defined by layer, ladder, and detector.
-// It returns all nine elements of fr in the AliITSgeomS structure. See the
-// description of the AliITSgeomS structure for further details of this
-// rotation matrix.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i;
-   Double_t matd[9];
-
-   GetRotMatrix(lay,lad,det,(Double_t *)matd);
-   for(i=0;i<9;i++) mat[i] = (Float_t) matd[i];
-   return;
+//______________________________________________________________________
+Int_t AliITSgeom::GetNDetTypes(TArrayI &maxs,AliITSDetector *types)const{
+    // Finds and returns the number of detector types used and the
+    // number of each detector type. Only counts id >=0 (no undefined
+    // values. See AliITSgeom.h for list of AliITSDetecor enumerated types.
+    // Inputs:
+    //    none.
+    // Outputs:
+    //    The maximum detector type used
+    // Return:
+    //    The number of detector types used
+    Int_t i,j,*n,id,max;
+
+    max = -1;
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
+        id = GetModuleType(i);
+        if(id>max) max=id;
+    } // end for i
+    n = new Int_t[max+1];
+    for(i=0;i<max;i++) n[i] = 0;
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
+        id = GetModuleType(i);
+        if(id>-1)n[id]++; // note id=-1 => undefined.
+    } // end for i
+    id = 0;
+    for(i=0;i<=max;i++) if(n[i]!=0) id++;
+    maxs.Set(id);
+    j = 0;
+    for(i=0;i<=max;i++) if(n[i]!=0){
+        maxs[j] = n[i];
+        types[j++] = (AliITSDetector) i;
+    } // end for i/end if
+    delete[] n;
+    return id;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GetRotMatrix(Int_t index,Float_t *mat){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Returns, in the Float_t array pointed to by mat, the full rotation
-// matrix for the give detector defined by module index number.
-// It returns all nine elements of fr in the AliITSgeomS structure. See the
-// description of the AliITSgeomS structure for further details of this
-// rotation matrix.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,lay,lad,det;
-   Double_t matd[9];
-
-   this->GetModuleId(index,lay,lad,det);
-   GetRotMatrix(lay,lad,det,(Double_t *)matd);
-   for(i=0;i<9;i++) mat[i] = (Float_t) matd[i];
-   return;
+//______________________________________________________________________
+Int_t AliITSgeom::GetStartDet(Int_t dtype)const{
+    // returns the starting module index value for a give type of detector id.
+    // This assumes that the detector types are different on different layers
+    // and that they are not mixed up.
+    // Inputs:
+    //    Int_t dtype A detector type number. 0 for SPD, 1 for SDD, 
+    //                and 2 for SSD.
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    the module index for the first occurrence of that detector type.
+
+    switch(dtype){
+    case 0:
+        return GetModuleIndex(1,1,1);
+        break;
+    case 1:
+        return GetModuleIndex(3,1,1);
+        break;
+    case 2:
+        return GetModuleIndex(5,1,1);
+        break;
+    default:
+        Warning("GetStartDet","undefined detector type %d",dtype);
+        return 0;
+    } // end switch
+
+    Warning("GetStartDet","undefined detector type %d",dtype);
+    return 0;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-Int_t AliITSgeom::GetStartDet(Int_t id){
-  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  // returns the starting module index value for a give type of detector id
-  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  Int_t first;
-  switch(id)
-  {
-  case 0:
-     first = GetModuleIndex(1,1,1);
-     break;
-  case 1:
-     first = GetModuleIndex(3,1,1);
-     break;
-  case 2:
-     first = GetModuleIndex(5,1,1);
-     break;
-  default:
-     printf("<AliITSgeom::GetFirstDet> undefined detector type\n");
-     first = 0;
-
-  }
-  return first;
+//______________________________________________________________________
+Int_t AliITSgeom::GetLastDet(Int_t dtype)const{
+    // returns the last module index value for a give type of detector id.
+    // This assumes that the detector types are different on different layers
+    // and that they are not mixed up.
+    // Inputs:
+    //     Int_t dtype A detector type number. 0 for SPD, 1 for SDD, 
+    //                 and 2 for SSD.
+    // Outputs:
+    // Return:
+    //     the module index for the last occurrence of that detector type.
+
+    switch((AliITSDetector)dtype){
+    case kSPD:
+        return GetModuleIndex(3,1,1)-1;
+        break;
+    case kSDD:
+        return GetModuleIndex(5,1,1)-1;
+        break;
+    case kSSD:
+        return GetIndexMax()-1;
+        break;
+    case kSSDp: case kSDDp: case kND:
+    default:
+        Warning("GetLastDet","undefined detector type %d",dtype);
+        return 0;
+    } // end switch
+
+    Warning("GetLastDet","undefined detector type %d",dtype);
+    return 0;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-Int_t AliITSgeom::GetLastDet(Int_t id){
-  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  // returns the last module index value for a give type of detector id
-  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  Int_t last;
-  switch(id)
-  {
-  case 0:
-     last = GetLastSPD();
-     break;
-   case 1:
-     last = GetLastSDD();
-     break;
-   case 2:
-     last = GetLastSSD();
-     break;
-   default:
-     printf("<AliITSgeom::GetLastDet> undefined detector type\n");
-     last = 0;
-  }
-  return last;
+//______________________________________________________________________
+Bool_t AliITSgeom::IsInside(Int_t module,Double_t point[3])const{
+    // Determins if the give point is inside of the module as defined
+    // by this set of coordinate transforms.
+    // Inputs:
+    //    Int_t    module    The module to be checked
+    //    Double_t point[3]  A 3 vector global point
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    kTRUE if point is inside of module, kFALSE otherwise.
+    Double_t l[3],dx,dy,dz;
+    AliITSDetector idet = (AliITSDetector)(this->GetGeomMatrix(module)->
+                                           GetDetectorIndex());
+
+    this->GtoL(module,point,l);
+    switch(idet){
+    case kSPD:{
+        AliITSgeomSPD *spd = (AliITSgeomSPD*)(fShape.At((Int_t)idet));
+        dx = spd->GetDx();
+        dy = spd->GetDy();
+        dz = spd->GetDz();}
+        break;
+    case kSDD: case kSDDp:{
+        AliITSgeomSDD *sdd = (AliITSgeomSDD*)(fShape.At((Int_t)idet));
+        dx = sdd->GetDx();
+        dy = sdd->GetDy();
+        dz = sdd->GetDz();}
+        break;
+    case kSSD: case kSSDp:{
+        AliITSgeomSSD *ssd = (AliITSgeomSSD*)(fShape.At((Int_t)idet));
+        dx = ssd->GetDx();
+        dy = ssd->GetDy();
+        dz = ssd->GetDz();}
+        break;
+    default: // Detector not defined.
+        return kFALSE;
+        break;
+    }// end switch
+    if(TMath::Abs(l[0])>dx) return kFALSE;
+    if(TMath::Abs(l[2])>dz) return kFALSE;
+    if(TMath::Abs(l[1])>dy) return kFALSE;
+    return kTRUE;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::PrintComparison(FILE *fp,AliITSgeom *other){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function was primarily created for diagnostic reasons. It
-// print to a file pointed to by the file pointer fp the difference
-// between two AliITSgeom classes. The format of the file is basicly,
-// define d? to be the difference between the same element of the two
-// classes. For example dfrx = this->fGm[i][j].frx - other->fGm[i][j].frx.
-// if(at least one of dfx0, dfy0, dfz0,dfrx,dfry,dfrz are non zero) then print
-// layer ladder detector dfx0 dfy0 dfz0 dfrx dfry dfrz
-// if(at least one of the 9 elements of dfr[] are non zero) then print
-// layer ladder detector dfr[0] dfr[1] dfr[2]
-//                       dfr[3] dfr[4] dfr[5]
-//                       dfr[6] dfr[7] dfr[8]
-// Only non zero values are printed to save space. The differences are
-// typical written to a file because there are usually a lot of numbers
-// printed out and it is usually easier to read them in some nice editor
-// rather than zooming quickly past you on a screen. fprintf is used to
-// do the printing. The fShapeIndex difference is not printed at this time.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,j,k,l;
-   Double_t xt,yt,zt,xo,yo,zo;
-   Double_t rxt,ryt,rzt,rxo,ryo,rzo;  // phi in radians
-   AliITSgeomS *gt,*go;
-   Bool_t   t;
-
-   for(i=0;i<this->fNlayers;i++){
-      for(j=0;j<this->fNlad[i];j++) for(k=0;k<this->fNdet[i];k++){
-        l   = this->fNdet[i]*j+k; // resolved index
-         gt  = &(this->fGm[i][l]);
-        go  = &(other->fGm[i][l]);
-         xt  = gt->fx0; yt  = gt->fy0; zt  = gt->fz0;
-         xo  = go->fx0; yo  = go->fy0; zo  = go->fz0;
-         rxt = gt->frx; ryt = gt->fry; rzt = gt->frz;
-         rxo = go->frx; ryo = go->fry; rzo = go->frz;
-        if(!(xt==xo&&yt==yo&&zt==zo&&rxt==rxo&&ryt==ryo&&rzt==rzo))
-        fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dTrans=%f %f %f drot=%f %f %f\n",
-                i+1,j+1,k+1,xt-xo,yt-yo,zt-zo,rxt-rxo,ryt-ryo,rzt-rzo);
-        t = kFALSE;
-        for(i=0;i<9;i++) t = gt->fr[i] != go->fr[i];
-        if(t){
-            fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dfr= %e %e %e\n",i+1,j+1,k+1,
-                 gt->fr[0]-go->fr[0],gt->fr[1]-go->fr[1],gt->fr[2]-go->fr[2]);
-            fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
-                 gt->fr[3]-go->fr[3],gt->fr[4]-go->fr[4],gt->fr[5]-go->fr[5]);
-            fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
-                 gt->fr[6]-go->fr[6],gt->fr[7]-go->fr[7],gt->fr[8]-go->fr[8]);
-        }
-      } // end for j,k
-   } // end for i
-   return;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::PrintComparison(FILE *fp,AliITSgeom *other)const{
+    //     This function was primarily created for diagnostic reasons. It
+    // print to a file pointed to by the file pointer fp the difference
+    // between two AliITSgeom classes. The format of the file is basically,
+    // define d? to be the difference between the same element of the two
+    // classes. For example dfrx = this->GetGeomMatrix(i)->frx 
+    // - other->GetGeomMatrix(i)->frx.
+    // if(at least one of dfx0, dfy0, dfz0,dfrx,dfry,dfrz are non zero) then
+    // print layer ladder detector dfx0 dfy0 dfz0 dfrx dfry dfrz
+    // if(at least one of the 9 elements of dfr[] are non zero) then print
+    // layer ladder detector dfr[0] dfr[1] dfr[2]
+    //                       dfr[3] dfr[4] dfr[5]
+    //                       dfr[6] dfr[7] dfr[8]
+    // Only non zero values are printed to save space. The differences are
+    // typical written to a file because there are usually a lot of numbers
+    // printed out and it is usually easier to read them in some nice editor
+    // rather than zooming quickly past you on a screen. fprintf is used to
+    // do the printing. The fShapeIndex difference is not printed at this time.
+    // Inputs:
+    //    FILE *fp           A file pointer to an opened file for writing 
+    //                       in which the results of the comparison will 
+    //                       be written.
+    //    AliITSgeom *other  The other AliITSgeom class to which this one is
+    //                       being compared.
+    // Outputs:
+    //    none.
+    // Return:
+    //    none.
+    Int_t    i,j,idt[3],ido[3];
+    Double_t tt[3],to[3];  // translation
+    Double_t rt[3],ro[3];  // phi in radians
+    Double_t mt[3][3],mo[3][3]; // matrices
+    AliITSgeomMatrix *gt,*go;
+    Bool_t   t;
+
+    for(i=0;i<this->fNmodules;i++){
+        gt  =  this->GetGeomMatrix(i);
+        go  = other->GetGeomMatrix(i);
+        gt->GetIndex(idt);
+        go->GetIndex(ido);
+        t = kFALSE;
+        for(i=0;i<3;i++) t = t&&idt[i]!=ido[i];
+        if(t) fprintf(fp,"%4.4d %1.1d %2.2d %2.2d %1.1d %2.2d %2.2d\n",i,
+                      idt[0],idt[1],idt[2],ido[0],ido[1],ido[2]);
+        gt->GetTranslation(tt);
+        go->GetTranslation(to);
+        gt->GetAngles(rt);
+        go->GetAngles(ro);
+        t = kFALSE;
+        for(i=0;i<3;i++) t = t&&tt[i]!=to[i];
+        if(t) fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dTrans=%f %f %f drot=%f %f %f\n",
+                      idt[0],idt[1],idt[2],
+                      tt[0]-to[0],tt[1]-to[1],tt[2]-to[2],
+                      rt[0]-ro[0],rt[1]-ro[1],rt[2]-ro[2]);
+        t = kFALSE;
+        gt->GetMatrix(mt);
+        go->GetMatrix(mo);
+        for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++)  t = mt[i][j] != mo[i][j];
+        if(t){
+            fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dfr= %e %e %e\n",
+                    idt[0],idt[1],idt[2],
+                    mt[0][0]-mo[0][0],mt[0][1]-mo[0][1],mt[0][2]-mo[0][2]);
+            fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
+                    mt[1][0]-mo[1][0],mt[1][1]-mo[1][1],mt[1][2]-mo[1][2]);
+            fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
+                    mt[2][0]-mo[2][0],mt[2][1]-mo[2][1],mt[2][2]-mo[2][2]);
+        } // end if t
+    } // end for i
+    return;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::PrintData(FILE *fp,Int_t lay,Int_t lad,Int_t det){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function prints out the coordinate transformations for
-// the particular detector defined by layer, ladder, and detector
-// to the file pointed to by the File pointer fp. fprintf statements
-// are used to print out the numbers. The format is
-// layer ladder detector Trans= fx0 fy0 fz0 rot= frx fry frz Shape=fShapeIndex
-//                         dfr= fr[0] fr[1] fr[2]
-//                         dfr= fr[3] fr[4] fr[5]
-//                         dfr= fr[6] fr[7] fr[8]
-// By indicating which detector, some control over the information 
-// is given to the user. The output it written to the file pointed
-// to by the file pointer fp. This can be set to stdout if you want.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,j,k,l;
-   AliITSgeomS *gt;
-
-   i  = lay-1;
-   j  = lad-1;
-   k  = det-1;
-   l  = this->fNdet[i]*j+k; // resolved index
-   gt = &(this->fGm[i][l]);
-   fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d Trans=%f %f %f rot=%f %f %f Shape=%d\n",
-          i+1,j+1,k+1,gt->fx0,gt->fy0,gt->fz0,gt->frx,gt->fry,gt->frz,
-           gt->fShapeIndex);
-   fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",gt->fr[0],gt->fr[1],gt->fr[2]);
-   fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",gt->fr[3],gt->fr[4],gt->fr[5]);
-   fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",gt->fr[6],gt->fr[7],gt->fr[8]);
-   return;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::PrintData(FILE *fp,Int_t lay,Int_t lad,Int_t det)const{
+    //     This function prints out the coordinate transformations for
+    // the particular detector defined by layer, ladder, and detector
+    // to the file pointed to by the File pointer fp. fprintf statements
+    // are used to print out the numbers. The format is
+    // layer ladder detector Trans= fx0 fy0 fz0 rot= frx fry frz 
+    // Shape=fShapeIndex
+    //                         dfr= fr[0] fr[1] fr[2]
+    //                         dfr= fr[3] fr[4] fr[5]
+    //                         dfr= fr[6] fr[7] fr[8]
+    // By indicating which detector, some control over the information 
+    // is given to the user. The output it written to the file pointed
+    // to by the file pointer fp. This can be set to stdout if you want.
+    // Inputs:
+    //     FILE *fp           A file pointer to an opened file for 
+    //                        writing in which the results of the 
+    //                        comparison will be written.
+    //     Int_t lay          The layer number. Starting from 1.
+    //     Int_t lad          The ladder number. Starting from 1.
+    //     Int_t det          The detector number. Starting from 1.
+    // Outputs:
+    //     none
+    // Return:
+    //     none.
+    AliITSgeomMatrix *gt;
+    Double_t t[3],r[3],m[3][3];
+
+    gt = this->GetGeomMatrix(GetModuleIndex(lay,lad,det));
+    gt->GetTranslation(t);
+    gt->GetAngles(r);
+    fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d Trans=%f %f %f rot=%f %f %f Shape=%d\n",
+            lay,lad,det,t[0],t[1],t[2],r[0],r[1],r[2],
+            gt->GetDetectorIndex());
+    gt->GetMatrix(m);
+    fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[0][0],m[0][1],m[0][2]);
+    fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[1][0],m[1][1],m[1][2]);
+    fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[2][0],m[2][1],m[2][2]);
+    return;
 }
-//___________________________________________________________________________
-ofstream & AliITSgeom::PrintGeom(ofstream &lRb){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The default Streamer function "written by ROOT" doesn't write out
-// the arrays referenced by pointers. Therefore, a specific Streamer function
-// has to be written. This function should not be modified but instead added
-// on to so that older versions can still be read. The proper handling of
-// the version dependent streamer function hasn't been written do to the lack
-// of finding an example at the time of writing.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   // Stream an object of class AliITSgeom.
-    Int_t i,j,k;
-
-    lRb.setf(ios::scientific);
-    lRb << fNlayers << " ";
-    for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb << fNlad[i] << " ";
-    for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb << fNdet[i] << "\n";
-    for(i=0;i<fNlayers;i++) for(j=0;j<fNlad[i]*fNdet[i];j++){
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fShapeIndex << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fx0 << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fy0 << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fz0 << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].frx << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fry << " ";
-       lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].frz << "\n";
-       for(k=0;k<9;k++) lRb <<setprecision(16) << fGm[i][j].fr[k] << " ";
-       lRb << "\n";
-      } // end for i,j
-//      lRb << fShape;
-      return lRb;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::PrintGeom(ostream *wb)const{
+    //     Stream out an object of class AliITSgeom to standard output.
+    // Intputs:
+    //     ofstream *wb    The output streaming buffer.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t i,nshapes;
+
+    wb->setf(ios::scientific);
+    *wb << fTrans << " ";
+    *wb << fNmodules << " ";
+    *wb << fNlayers << " ";
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *wb << fNlad[i] << " ";
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *wb << fNdet[i] << "\n";
+    for(i=0;i<fNmodules;i++) {
+        *wb <<setprecision(16) << *(GetGeomMatrix(i)) << "\n";
+    } // end for i
+    nshapes = fShape.GetEntries();
+    *wb << nshapes <<endl;
+    for(i=0;i<nshapes;i++) if(fShape.At(i)!=0) switch (i){
+    case kSPD:
+        *wb << kSPD <<","<< (AliITSgeomSPD*)(fShape.At(kSPD));
+        break;
+    case kSDD:
+        *wb << kSDD <<","<< (AliITSgeomSDD*)(fShape.At(kSDD));
+        break;
+    case kSSD:
+        *wb << kSSD <<","<< (AliITSgeomSSD*)(fShape.At(kSSD));
+        break;
+    case kSSDp:
+        *wb << kSSDp <<","<< (AliITSgeomSSD*)(fShape.At(kSSDp));
+        break;
+    case kSDDp:
+        *wb << kSDDp <<","<< (AliITSgeomSDD*)(fShape.At(kSDDp));
+        break;
+    } // end for i / switch
+    return;
 }
-//___________________________________________________________________________
-ifstream & AliITSgeom::ReadGeom(ifstream &lRb){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The default Streamer function "written by ROOT" doesn't write out
-// the arrays referenced by pointers. Therefore, a specific Streamer function
-// has to be written. This function should not be modified but instead added
-// on to so that older versions can still be read. The proper handling of
-// the version dependent streamer function hasn't been written do to the lack
-// of finding an example at the time of writing.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   // Stream an object of class AliITSgeom.
-    Int_t i,j,k;
-
-      lRb >> fNlayers;
-      if(fNlad!=0) delete[] fNlad;
-      if(fNdet!=0) delete[] fNdet;
-      fNlad = new Int_t[fNlayers];
-      fNdet = new Int_t[fNlayers];
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb >> fNlad[i];
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb >> fNdet[i];
-      if(fGm!=0){
-         for(i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-         delete[] fGm;
-      } // end if fGm!=0
-      fGm = new AliITSgeomS*[fNlayers];
-      for(i=0;i<fNlayers;i++){
-         fGm[i] = new AliITSgeomS[fNlad[i]*fNdet[i]];
-         for(j=0;j<fNlad[i]*fNdet[i];j++){
-             lRb >> fGm[i][j].fShapeIndex;
-             lRb >> fGm[i][j].fx0;
-             lRb >> fGm[i][j].fy0;
-             lRb >> fGm[i][j].fz0;
-             lRb >> fGm[i][j].frx;
-             lRb >> fGm[i][j].fry;
-             lRb >> fGm[i][j].frz;
-             for(k=0;k<9;k++) lRb >> fGm[i][j].fr[k];
-         } // end for j
-      } // end for i
-//      lRb >> fShape;
-      return lRb;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::ReadGeom(istream *rb){
+    //     Stream in an object of class AliITSgeom from standard input.
+    // Intputs:
+    //     ifstream *rb    The input streaming buffer.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t i,j;
+
+    fGm.Clear();
+
+    *rb >> fTrans >> fNmodules >> fNlayers;
+    fNlad.Set(fNlayers);
+    fNdet.Set(fNlayers);
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *rb >> fNlad[i];
+    for(i=0;i<fNlayers;i++) *rb >> fNdet[i];
+    fGm.Expand(fNmodules);
+    fGm.SetOwner(kTRUE);
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+       if(i<0||i>=fGm.GetSize()){
+           Error("ReadGeom","i<0||i>=fGm.GetSize()=%d",
+                 i,fGm.GetSize());
+           return;
+       } // end if
+        fGm.AddAt(new AliITSgeomMatrix,i);
+        *rb >> *(GetGeomMatrix(i));
+    } // end for i
+    *rb >> i;
+    fShape.Expand(i);
+    fShape.SetOwner(kTRUE);
+    for(i=0;i<fShape.GetEntries();i++) {
+        *rb >> j;
+        switch (j){
+        case kSPD:{
+            AliITSgeomSPD *s = new AliITSgeomSPD();
+            *rb >> *s;
+            fShape.AddAt(s,kSPD);}
+            break;
+        case kSDD:{
+            AliITSgeomSDD *s = new AliITSgeomSDD();
+            *rb >> *s;
+            fShape.AddAt(s,kSDD);}
+            break;
+        case kSSD:{
+            AliITSgeomSSD *s = new AliITSgeomSSD();
+            *rb >> *s;
+            fShape.AddAt(s,kSSD);}
+            break;
+        case kSSDp:{
+            AliITSgeomSSD *s = new AliITSgeomSSD();
+            *rb >> *s;
+            fShape.AddAt(s,kSSDp);}
+            break;
+        case kSDDp:{
+            AliITSgeomSDD *s = new AliITSgeomSDD();
+            *rb >> *s;
+            fShape.AddAt(s,kSDDp);}
+            break;
+        } // end  switch
+    } //  end for i
+    return;
 }
 //______________________________________________________________________
 //     The following routines modify the transformation of "this"
 // geometry transformations in a number of different ways.
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::SetByAngles(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
-                            Float_t rx,Float_t ry,Float_t rz){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function computes a new rotation matrix based on the angles
-// rx, ry, and rz (in radians) for a give detector on the give ladder
-// in the give layer. A new
-// fGm[layer-1][(fNlad[layer-1]*(ladder-1)+detector-1)].fr[] array is
-// computed.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   AliITSgeomS *g;
-   Double_t  sx,cx,sy,cy,sz,cz;
-
-   lay--; lad--; det--; // set to zero base now.
-   g = &(fGm[lay][fNdet[lay]*lad+det]);
-
-   sx = sin(rx); cx = cos(rx);
-   sy = sin(ry); cy = cos(ry);
-   sz = sin(rz); cz = cos(rz);
-   g->frx   = rx;
-   g->fry   = ry;
-   g->frz   = rz;
-   g->fr[0] =  cz*cy;
-   g->fr[1] = -cz*sy*sx - sz*cx;
-   g->fr[2] = -cz*sy*cx + sz*sx;
-   g->fr[3] =  sz*cy;
-   g->fr[4] = -sz*sy*sx + cz*cx;
-   g->fr[5] = -sz*sy*cx - cz*sx;
-   g->fr[6] =  sy;
-   g->fr[7] =  cy*sx;
-   g->fr[8] =  cy*cx;
-   return;
+void AliITSgeom::GlobalChange(const Float_t *tran,const Float_t *rot){
+    //     This function performs a Cartesian translation and rotation of
+    // the full ITS from its default position by an amount determined by
+    // the three element arrays tran and rot. If every element
+    // of tran and rot are zero then there is no change made
+    // the geometry. The change is global in that the exact same translation
+    // and rotation is done to every detector element in the exact same way.
+    // The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
+    // and those of the rotation are in radians. The elements of tran
+    // are tran[0] = x, tran[1] = y, and tran[2] = z.
+    // The elements of rot are rot[0] = rx, rot[1] = ry, and
+    // rot[2] = rz. A change in x will move the hole ITS in the ALICE
+    // global x direction, the same for a change in y. A change in z will
+    // result in a translation of the ITS as a hole up or down the beam line.
+    // A change in the angles will result in the inclination of the ITS with
+    // respect to the beam line, except for an effective rotation about the
+    // beam axis which will just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
+    // Intputs:
+    //     Float_t *tran   A 3 element array representing the global 
+    //                     translations. the elements are x,y,z in cm.
+    //     Float_t *rot    A 3 element array representing the global rotation
+    //                     angles about the three axis x,y,z in radians
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,j;
+    Double_t t[3],r[3];
+    AliITSgeomMatrix *g;
+
+    fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        g = this->GetGeomMatrix(i);
+        g->GetTranslation(t);
+        g->GetAngles(r);
+        for(j=0;j<3;j++){
+            t[j] += tran[j];
+            r[j] += rot[j];
+        } // end for j
+        g->SetTranslation(t);
+        g->SetAngles(r);
+    } // end for i
+    return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::SetByAngles(Int_t index,Double_t angl[]){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Sets the coordinate rotation transformation for a given module
-// as determined by the module index number.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t lay,lad,det;
-    Float_t x,y,z;
-
-    GetModuleId(index,lay,lad,det);
-    x = (Float_t) angl[0];
-    y = (Float_t) angl[1];
-    z = (Float_t) angl[2];
-    SetByAngles(lay,lad,det,x,y,z);
+void AliITSgeom::GlobalCylindericalChange(const Float_t *tran,
+                                         const Float_t *rot){
+    //     This function performs a cylindrical translation and rotation of
+    // each ITS element by a fixed about in radius, rphi, and z from its
+    // default position by an amount determined by the three element arrays
+    // tran and rot. If every element of tran and
+    // rot are zero then there is no change made the geometry. The
+    // change is global in that the exact same distance change in translation
+    // and rotation is done to every detector element in the exact same way.
+    // The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
+    // and those of the rotation are in radians. The elements of tran
+    // are tran[0] = r, tran[1] = rphi, and tran[2] = z.
+    // The elements of rot are rot[0] = rx, rot[1] = ry, and
+    // rot[2] = rz. A change in r will results in the increase of the
+    // radius of each layer by the same about. A change in rphi will results in
+    // the rotation of each layer by a different angle but by the same
+    // circumferential distance. A change in z will result in a translation
+    // of the ITS as a hole up or down the beam line. A change in the angles
+    // will result in the inclination of the ITS with respect to the beam
+    // line, except for an effective rotation about the beam axis which will
+    // just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
+    // Intputs:
+    //     Float_t *tran   A 3 element array representing the global 
+    //                     translations. the elements are r,theta,z in 
+    //                     cm/radians.
+    //     Float_t *rot    A 3 element array representing the global rotation
+    //                     angles about the three axis x,y,z in radians
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,j;
+    Double_t t[3],ro[3],r,r0,phi,rphi;
+    AliITSgeomMatrix *g;
+
+    fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        g = this->GetGeomMatrix(i);
+        g->GetTranslation(t);
+        g->GetAngles(ro);
+        r = r0= TMath::Hypot(t[1],t[0]);
+        phi   = TMath::ATan2(t[1],t[0]);
+        rphi  = r0*phi;
+        r    += tran[0];
+        rphi += tran[1];
+        phi   = rphi/r0;
+        t[0]  = r*TMath::Cos(phi);
+        t[1]  = r*TMath::Sin(phi);
+        t[2] += tran[2];
+        for(j=0;j<3;j++){
+            ro[j] += rot[j];
+        } // end for j
+        g->SetTranslation(t);
+        g->SetAngles(ro);
+    } // end for i
     return;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::SetTrans(Int_t index,Double_t v[]){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Sets the coordinate translation for a given module as determined
-// by the module index number.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    Int_t lay,lad,det;
-    Float_t x,y,z;
-
-    GetModuleId(index,lay,lad,det);
-    x = (Float_t) v[0];
-    y = (Float_t) v[1];
-    z = (Float_t) v[2];
-    SetTrans(lay,lad,det,x,y,z);
+void AliITSgeom::RandomChange(const Float_t *stran,const Float_t *srot){
+    //     This function performs a Gaussian random displacement and/or
+    // rotation about the present global position of each active
+    // volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
+    // is determined by the three element array stran, for the
+    // x y and z translations, and the three element array srot,
+    // for the three rotation about the axis x y and z.
+    // Intputs:
+    //     Float_t *stran  A 3 element array representing the global 
+    //                     translations variances. The elements are x,
+    //                     y,z in cm.
+    //     Float_t *srot   A 3 element array representing the global rotation
+    //                     angles variances about the three axis x,y,z in 
+    //                     radians.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,j;
+    Double_t t[3],r[3];
+    AliITSgeomMatrix *g;
+
+    fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        g = this->GetGeomMatrix(i);
+        g->GetTranslation(t);
+        g->GetAngles(r);
+        for(j=0;j<3;j++){
+            t[j] += gRandom->Gaus(0.0,stran[j]);
+            r[j] += gRandom->Gaus(0.0, srot[j]);
+        } // end for j
+        g->SetTranslation(t);
+        g->SetAngles(r);
+    } // end for i
     return;
 }
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GlobalChange(Float_t *tran,Float_t *rot){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function performs a Cartesian translation and rotation of
-// the full ITS from its default position by an amount determined by
-// the three element arrays dtranslation and drotation. If every element
-// of dtranslation and drotation are zero then there is no change made
-// the geometry. The change is global in that the exact same translation
-// and rotation is done to every detector element in the exact same way.
-// The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
-// and those of the rotation are in radians. The elements of dtranslation
-// are dtranslation[0] = x, dtranslation[1] = y, and dtranslation[2] = z.
-// The elements of drotation are drotation[0] = rx, drotation[1] = ry, and
-// drotation[2] = rz. A change in x will move the hole ITS in the ALICE
-// global x direction, the same for a change in y. A change in z will
-// result in a translation of the ITS as a hole up or down the beam line.
-// A change in the angles will result in the inclination of the ITS with
-// respect to the beam line, except for an effective rotation about the
-// beam axis which will just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,j,k,l;
-   Double_t rx,ry,rz;
-   Double_t sx,cx,sy,cy,sz,cz;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      for(j=0;j<fNlad[i];j++) for(k=0;k<fNdet[i];k++){
-        l = fNdet[i]*j+k; // resolved index
-         gl = &(fGm[i][l]);
-         gl->fx0 += tran[0];
-         gl->fy0 += tran[1];
-         gl->fz0 += tran[2];
-         gl->frx +=  rot[0];
-         gl->fry +=  rot[1];
-         gl->frz +=  rot[2];
-         rx = gl->frx; ry = gl->fry; rz = gl->frz;
-         sx = sin(rx); cx = cos(rx);
-         sy = sin(ry); cy = cos(ry);
-         sz = sin(rz); cz = cos(rz);
-         gl->fr[0] =  cz*cy;
-         gl->fr[1] = -cz*sy*sx - sz*cx;
-         gl->fr[2] = -cz*sy*cx + sz*sx;
-         gl->fr[3] =  sz*cy;
-         gl->fr[4] = -sz*sy*sx + cz*cx;
-         gl->fr[5] = -sz*sy*cx - cz*sx;
-         gl->fr[6] =  sy;
-         gl->fr[7] =  cy*sx;
-         gl->fr[8] =  cy*cx;
-      } // end for j,k
-   } // end for i
-   return;
-}
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GlobalCylindericalChange(Float_t *tran,Float_t *rot){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function performs a cylindrical translation and rotation of
-// each ITS element by a fixed about in radius, rphi, and z from its
-// default position by an amount determined by the three element arrays
-// dtranslation and drotation. If every element of dtranslation and
-// drotation are zero then there is no change made the geometry. The
-// change is global in that the exact same distance change in translation
-// and rotation is done to every detector element in the exact same way.
-// The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
-// and those of the rotation are in radians. The elements of dtranslation
-// are dtranslation[0] = r, dtranslation[1] = rphi, and dtranslation[2] = z.
-// The elements of drotation are drotation[0] = rx, drotation[1] = ry, and
-// drotation[2] = rz. A change in r will results in the increase of the
-// radius of each layer by the same about. A change in rphi will results in
-// the rotation of each layer by a different angle but by the same
-// circumferential distance. A change in z will result in a translation
-// of the ITS as a hole up or down the beam line. A change in the angles
-// will result in the inclination of the ITS with respect to the beam
-// line, except for an effective rotation about the beam axis which will
-// just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,j,k,l;
-   Double_t rx,ry,rz,r,phi,rphi; // phi in radians
-   Double_t sx,cx,sy,cy,sz,cz,r0;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      for(j=0;j<fNlad[i];j++) for(k=0;k<fNdet[i];k++){
-        l     = fNdet[i]*j+k; // resolved index
-         gl    = &(fGm[i][l]);
-        r = r0= TMath::Hypot(gl->fy0,gl->fx0);
-        phi   = atan2(gl->fy0,gl->fx0);
-        rphi  = r0*phi;
-        r    += tran[0];
-        rphi += tran[1];
-        phi   = rphi/r0;
-         gl->fx0  = r*TMath::Cos(phi);
-         gl->fy0  = r*TMath::Sin(phi);
-         gl->fz0 += tran[2];
-         gl->frx +=  rot[0];
-         gl->fry +=  rot[1];
-         gl->frz +=  rot[2];
-         rx = gl->frx; ry = gl->fry; rz = gl->frz;
-         sx = sin(rx); cx = cos(rx);
-         sy = sin(ry); cy = cos(ry);
-         sz = sin(rz); cz = cos(rz);
-         gl->fr[0] =  cz*cy;
-         gl->fr[1] = -cz*sy*sx - sz*cx;
-         gl->fr[2] = -cz*sy*cx + sz*sx;
-         gl->fr[3] =  sz*cy;
-         gl->fr[4] = -sz*sy*sx + cz*cx;
-         gl->fr[5] = -sz*sy*cx - cz*sx;
-         gl->fr[6] =  sy;
-         gl->fr[7] =  cy*sx;
-         gl->fr[8] =  cy*cx;
-      } // end for j,k
-   } // end for i
-   return;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::RandomCylindericalChange(const Float_t *stran,
+                                         const Float_t *srot){
+    //     This function performs a Gaussian random displacement and/or
+    // rotation about the present global position of each active
+    // volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
+    // is determined by the three element array stran, for the
+    // r rphi and z translations, and the three element array srot,
+    // for the three rotation about the axis x y and z. This random change
+    // in detector position allow for the simulation of a random uncertainty
+    // in the detector positions of the ITS.
+    // Intputs:
+    //     Float_t *stran  A 3 element array representing the global 
+    //                     translations variances. The elements are r,
+    //                     theta,z in cm/radians.
+    //     Float_t *srot   A 3 element array representing the global rotation
+    //                     angles variances about the three axis x,y,z in 
+    //                     radians.
+    // Outputs:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,j;
+    Double_t t[3],ro[3],r,r0,phi,rphi;
+    TRandom ran;
+    AliITSgeomMatrix *g;
+
+    fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        g = this->GetGeomMatrix(i);
+        g->GetTranslation(t);
+        g->GetAngles(ro);
+        r = r0= TMath::Hypot(t[1],t[0]);
+        phi   = TMath::ATan2(t[1],t[0]);
+        rphi  = r0*phi;
+        r    += ran.Gaus(0.0,stran[0]);
+        rphi += ran.Gaus(0.0,stran[1]);
+        phi   = rphi/r0;
+        t[0]  = r*TMath::Cos(phi);
+        t[1]  = r*TMath::Sin(phi);
+        t[2] += ran.Gaus(0.0,stran[2]);
+        for(j=0;j<3;j++){
+            ro[j] += ran.Gaus(0.0, srot[j]);
+        } // end for j
+        g->SetTranslation(t);
+        g->SetAngles(ro);
+    } // end for i
+    return;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::RandomChange(Float_t *stran,Float_t *srot){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function performs a Gaussian random displacement and/or
-// rotation about the present global position of each active
-// volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
-// is determined by the three element array stran, for the
-// x y and z translations, and the three element array srot,
-// for the three rotation about the axis x y and z.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t    i,j,k,l;
-   Double_t rx,ry,rz;
-   Double_t sx,cx,sy,cy,sz,cz;
-   TRandom  ran;
-   AliITSgeomS *gl;
-
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      for(j=0;j<fNlad[i];j++) for(k=0;k<fNdet[i];k++){
-        l = fNdet[i]*j+k; // resolved index
-         gl = &(fGm[i][l]);
-         gl->fx0 += ran.Gaus(0.0,stran[0]);
-         gl->fy0 += ran.Gaus(0.0,stran[1]);
-         gl->fz0 += ran.Gaus(0.0,stran[2]);
-         gl->frx += ran.Gaus(0.0, srot[0]);
-         gl->fry += ran.Gaus(0.0, srot[1]);
-         gl->frz += ran.Gaus(0.0, srot[2]);
-         rx = gl->frx; ry = gl->fry; rz = gl->frz;
-         sx = sin(rx); cx = cos(rx);
-         sy = sin(ry); cy = cos(ry);
-         sz = sin(rz); cz = cos(rz);
-         gl->fr[0] =  cz*cy;
-         gl->fr[1] = -cz*sy*sx - sz*cx;
-         gl->fr[2] = -cz*sy*cx + sz*sx;
-         gl->fr[3] =  sz*cy;
-         gl->fr[4] = -sz*sy*sx + cz*cx;
-         gl->fr[5] = -sz*sy*cx - cz*sx;
-         gl->fr[6] =  sy;
-         gl->fr[7] =  cy*sx;
-         gl->fr[8] =  cy*cx;
-      } // end for j,k
-   } // end for i
-   return;
+//______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::GeantToTracking(const AliITSgeom &source){
+    //     Copy the geometry data but change it to go between the ALICE
+    // Global coordinate system to that used by the ITS tracking. A slightly
+    // different coordinate system is used when tracking. This coordinate 
+    // system is only relevant when the geometry represents the cylindrical
+    // ALICE ITS geometry. For tracking the Z axis is left alone but X-> -Y
+    // and Y-> X such that X always points out of the ITS cylinder for every
+    // layer including layer 1 (where the detectors are mounted upside down).
+    //Begin_Html
+    /*
+      <img src="picts/ITS/AliITSgeomMatrix_T1.gif">
+    */
+    //End_Html
+    // Input:
+    //     AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
+    //                         a copy of.
+    // Output:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,j,k,l,id[3];
+    Double_t r0[3][3],r1[3][3];
+    Double_t a0[3][3] = {{0.,+1.,0.},{-1.,0.,0.},{0.,0.,+1.}};
+    Double_t a1[3][3] = {{0.,-1.,0.},{+1.,0.,0.},{0.,0.,+1.}};
+
+    *this = source;  // copy everything
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
+        GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
+        GetGeomMatrix(i)->GetMatrix(r0);
+        if(id[0]==1){ // Layer 1 is treated different from the others.
+            for(j=0;j<3;j++) for(k=0;k<3;k++){
+                r1[j][k] = 0.;
+                for(l=0;l<3;l++) r1[j][k] += a0[j][l]*r0[l][k];
+            } // end for j,k
+        }else{
+            for(j=0;j<3;j++) for(k=0;k<3;k++){
+                r1[j][k] = 0.;
+                for(l=0;l<3;l++) r1[j][k] += a1[j][l]*r0[l][k];
+            } // end for j,k
+        } // end if
+        GetGeomMatrix(i)->SetMatrix(r1);
+    } // end for i
+    this->fTrans = (this->fTrans && 0xfffe) + 1;  // set bit 0 true.
+    return;
 }
-
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::RandomCylindericalChange(Float_t *stran,Float_t *srot){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     This function performs a Gaussian random displacement and/or
-// rotation about the present global position of each active
-// volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
-// is determined by the three element array stran, for the
-// r rphi and z translations, and the three element array srot,
-// for the three rotation about the axis x y and z. This random change
-// in detector position allow for the simulation of a random uncertainty
-// in the detector positions of the ITS.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Int_t     i,j,k,l;
-   Double_t  rx,ry,rz,r,phi,x,y;  // phi in radians
-   Double_t  sx,cx,sy,cy,sz,cz,r0;
-   TRandom   ran;
-   AliITSgeomS  *gl;
-
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      for(j=0;j<fNlad[i];j++) for(k=0;k<fNdet[i];k++){
-        l     = fNdet[i]*j+k; // resolved index
-         gl    = &(fGm[i][l]);
-        x     = gl->fx0;
-        y     = gl->fy0;
-        r = r0= TMath::Hypot(y,x);
-        phi   = TMath::ATan2(y,x);
-        r    += ran.Gaus(0.0,stran[0]);
-        phi  += ran.Gaus(0.0,stran[1])/r0;
-         gl->fx0  = r*TMath::Cos(phi);
-         gl->fy0  = r*TMath::Sin(phi);
-         gl->fz0 += ran.Gaus(0.0,stran[2]);
-         gl->frx += ran.Gaus(0.0, srot[0]);
-         gl->fry += ran.Gaus(0.0, srot[1]);
-         gl->frz += ran.Gaus(0.0, srot[2]);
-         rx = gl->frx; ry = gl->fry; rz = gl->frz;
-         sx = sin(rx); cx = cos(rx);
-         sy = sin(ry); cy = cos(ry);
-         sz = sin(rz); cz = cos(rz);
-         gl->fr[0] =  cz*cy;
-         gl->fr[1] = -cz*sy*sx - sz*cx;
-         gl->fr[2] = -cz*sy*cx + sz*sx;
-         gl->fr[3] =  sz*cy;
-         gl->fr[4] = -sz*sy*sx + cz*cx;
-         gl->fr[5] = -sz*sy*cx - cz*sx;
-         gl->fr[6] =  sy;
-         gl->fr[7] =  cy*sx;
-         gl->fr[8] =  cy*cx;
-      } // end for j,k
-   } // end for i
-   return;
+//______________________________________________________________________
+Int_t AliITSgeom::GetNearest(const Double_t g[3],Int_t lay)const{
+    //      Finds the Detector (Module) that is nearest the point g [cm] in
+    // ALICE Global coordinates. If layer !=0 then the search is restricted
+    // to Detectors (Modules) in that particular layer.
+    // Inputs:
+    //     Double_t g[3]  The ALICE Cartesian global coordinate from which the
+    //                    distance is to be calculated with.
+    //     Int_t lay      The layer to restrict the search to. If layer=0 then
+    //                    all layers are searched. Default is lay=0.
+    // Output:
+    //     none.
+    // Return:
+    //     The module number representing the nearest module.
+    Int_t    i,l,a,e,in=0;
+    Double_t d,dn=1.0e10;
+    Bool_t   t=lay!=0; // skip if lay = 0 default value check all layers.
+
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        if(t){GetModuleId(i,l,a,e);if(l!=lay) continue;}
+        if((d=GetGeomMatrix(i)->Distance2(g))<dn){
+            dn = d;
+            in = i;
+        } // end if
+    } // end for i
+    return in;
 }
 //______________________________________________________________________
-void AliITSgeom::GeantToTracking(AliITSgeom &source){
-/////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     Copy the geometry data but change it to make coordinate systems
-// changes between the Global to the Local coordinate system used for 
-// ITS tracking. Basicly the difference is that the direction of the
-// y coordinate system for layer 1 is rotated about the z axis 180 degrees
-// so that it points in the same direction as it does in all of the other
-// layers.
-// Fixed for bug and new calulation of tracking coordiantes. BSN June 8 2000.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   Double_t oor,pr,qr;
-   Int_t    i,j,k;
-   Double_t pi = TMath::Pi();
-
-   if(this == &source) return; // don't assign to ones self.
-
-   // if there is an old structure allocated delete it first.
-   if(fGm != 0){
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-      delete[] fGm;
-   } // end if fGm != 0 
-   if(fNlad != 0) delete[] fNlad;
-   if(fNdet != 0) delete[] fNdet;
-
-   fNlayers = source.fNlayers;
-   fNlad = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNlad[i] = source.fNlad[i];
-   fNdet = new Int_t[fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++) fNdet[i] = source.fNdet[i];
-   fShape = new TObjArray(*(source.fShape));//This does not make a proper copy.
-   fGm = new AliITSgeomS* [fNlayers];
-   for(i=0;i<fNlayers;i++){
-      fGm[i] = new AliITSgeomS[fNlad[i]*fNdet[i]];
-      for(j=0;j<(fNlad[i]*fNdet[i]);j++){
-         fGm[i][j].fShapeIndex = source.fGm[i][j].fShapeIndex;
-         fGm[i][j].fx0 = source.fGm[i][j].fx0;
-         fGm[i][j].fy0 = source.fGm[i][j].fy0;
-         fGm[i][j].fz0 = source.fGm[i][j].fz0;
-         fGm[i][j].frx = source.fGm[i][j].frx;
-         fGm[i][j].fry = source.fGm[i][j].fry;
-         fGm[i][j].frz = source.fGm[i][j].frz;
-         for(k=0;k<9;k++) fGm[i][j].fr[k] = source.fGm[i][j].fr[k];
-         if(i==0) { // layer=1 is placed up side down
-             // mupliply by -1  0 0
-             //              0 -1 0
-             //              0  0 1.
-             fGm[i][j].fr[0] = -source.fGm[i][j].fr[0];
-             fGm[i][j].fr[1] = -source.fGm[i][j].fr[1];
-             fGm[i][j].fr[2] = -source.fGm[i][j].fr[2];
-             fGm[i][j].fr[3] = -source.fGm[i][j].fr[3];
-              fGm[i][j].fr[4] = -source.fGm[i][j].fr[4];
-              fGm[i][j].fr[5] = -source.fGm[i][j].fr[5];
-         } // end if i=1
-         // get angles from matrix up to a phase of 180 degrees.
-         oor     = atan2(fGm[i][j].fr[7],fGm[i][j].fr[8]);
-         if(oor<0.0) oor += 2.0*pi;
-         pr     = asin(fGm[i][j].fr[2]);
-         if(pr<0.0) pr += 2.0*pi;
-         qr     = atan2(fGm[i][j].fr[3],fGm[i][j].fr[0]);
-         if(qr<0.0) qr += 2.0*pi;
-         fGm[i][j].frx = oor;
-         fGm[i][j].fry = pr;
-         fGm[i][j].frz = qr;
-      } // end for j
-   } // end for i
-   return;
+void AliITSgeom::GetNearest27(const Double_t g[3],Int_t n[27],Int_t lay)const{
+    //      Finds 27 Detectors (Modules) that are nearest the point g [cm] in
+    // ALICE Global coordinates. If layer !=0 then the search is restricted
+    // to Detectors (Modules) in that particular layer. The number 27 comes 
+    // from including the nearest detector and all those around it (up, down,
+    // left, right, forwards, backwards, and the corners).
+    // Input:
+    //     Double_t g[3]  The ALICE Cartesian global coordinate from which the
+    //                    distance is to be calculated with.
+    //     Int_t lay      The layer to restrict the search to. If layer=0 then
+    //                    all layers are searched. Default is lay=0.
+    // Output:
+    //     Int_t n[27]    The module number representing the nearest 27 modules
+    //                    in order.
+    // Return:
+    //     none.
+    Int_t    i,l,a,e,in[27]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,
+                             0,0,0,0,0,0,0,0,0,
+                             0,0,0,0,0,0,0,0,0,};
+    Double_t d,dn[27]={1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
+                       1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
+                       1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
+                       1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
+                       1.0e10,1.0e10,1.0e10};
+    Bool_t   t=(lay!=0); // skip if lay = 0 default value check all layers.
+
+    for(i=0;i<fNmodules;i++){
+        if(t){GetModuleId(i,l,a,e);if(l!=lay) continue;}
+        for(a=0;a<27;a++){
+            d = GetGeomMatrix(i)->Distance2(g);
+            if(d<dn[a]){
+                for(e=26;e>a;e--){dn[e] = dn[e-1];in[e] = in[e-1];}
+                dn[a] = d; in[a] = i;
+            } // end if d<dn[i]
+        } // end for a
+    } // end for i
+    for(i=0;i<27;i++) n[i] = in[i];
 }
-//___________________________________________________________________________
-void AliITSgeom::Streamer(TBuffer &lRb){
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//     The default Streamer function "written by ROOT" doesn't write out
-// the arrays referenced by pointers. Therefore, a specific Streamer function
-// has to be written. This function should not be modified but instead added
-// on to so that older versions can still be read. The proper handling of
-// the version dependent streamer function hasn't been written do to the lack
-// of finding an example at the time of writing.
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-   // Stream an object of class AliITSgeom.
-    Int_t i,j,k,n;
-
-
-   printf("AliITSgeomStreamer starting\n");
-   if (lRb.IsReading()) {
-      Version_t lRv = lRb.ReadVersion(); if (lRv) { }
-      TObject::Streamer(lRb);
-      printf("AliITSgeomStreamer reading fNlayers\n");
-      lRb >> fNlayers;
-      if(fNlad!=0) delete[] fNlad;
-      if(fNdet!=0) delete[] fNdet;
-      fNlad = new Int_t[fNlayers];
-      fNdet = new Int_t[fNlayers];
-      printf("AliITSgeomStreamer fNlad\n");
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb >> fNlad[i];
-      printf("AliITSgeomStreamer fNdet\n");
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb >> fNdet[i];
-      if(fGm!=0){
-         for(i=0;i<fNlayers;i++) delete[] fGm[i];
-         delete[] fGm;
-      } // end if fGm!=0
-      fGm = new AliITSgeomS*[fNlayers];
-      printf("AliITSgeomStreamer AliITSgeomS\n");
-      for(i=0;i<fNlayers;i++){
-         n     = fNlad[i]*fNdet[i];
-         fGm[i] = new AliITSgeomS[n];
-         for(j=0;j<n;j++){
-             lRb >> fGm[i][j].fShapeIndex;
-             lRb >> fGm[i][j].fx0;
-             lRb >> fGm[i][j].fy0;
-             lRb >> fGm[i][j].fz0;
-             lRb >> fGm[i][j].frx;
-             lRb >> fGm[i][j].fry;
-             lRb >> fGm[i][j].frz;
-             for(k=0;k<9;k++) lRb >> fGm[i][j].fr[k];
-         } // end for j
-      } // end for i
-      /*
-      if(fShape!=0){
-         delete fShape;
-      } // end if
-      printf("AliITSgeomStreamer reading fShape\n");
-      lRb >> fShape;
-      */
-      //if (fShape) fShape->Streamer(lRb);
-   } else {
-      lRb.WriteVersion(AliITSgeom::IsA());
-      TObject::Streamer(lRb);
-      lRb << fNlayers;
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb << fNlad[i];
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) lRb << fNdet[i];
-      for(i=0;i<fNlayers;i++) for(j=0;j<fNlad[i]*fNdet[i];j++){
-         lRb << fGm[i][j].fShapeIndex;
-         lRb << fGm[i][j].fx0;
-         lRb << fGm[i][j].fy0;
-         lRb << fGm[i][j].fz0;
-         lRb << fGm[i][j].frx;
-         lRb << fGm[i][j].fry;
-         lRb << fGm[i][j].frz;
-         for(k=0;k<9;k++) lRb << fGm[i][j].fr[k];
-      } // end for i,j
-      // lRb << fShape;
-      //if (fShape) fShape->Streamer(lRb);
-   } // end if reading
-   printf("AliITSgeomStreamer Finished\n");
+//----------------------------------------------------------------------
+Double_t AliITSgeom::GetAverageRadiusOfLayer(Int_t layer,Double_t &range)const{
+    // Loops over all modules for a given layer and computes the
+    // average cylindrical radius (about the z axis) and the range of
+    // radii covered by this layer. Units, [cm] the Alice default unit.
+    // Input:
+    //    Int_t layer     The layer for which the average radii is to be found
+    // Output:
+    //    Double_t &range The range of radii covered by this layer
+    // Return:
+    //    The average radii for this layer.
+    Double_t r=0.0,rmin=1.0e6,rmax=-1.0,rp,t[3],l[3],dl[3];
+    Int_t    n=0,i,j,lay,lad,det;
+    AliITSDetector idet;
+
+    for(i=0;i<GetIndexMax();i++) {
+        GetModuleId(i,lay,lad,det);
+       idet = GetModuleType(i);
+        if(lay!=layer) continue;
+        dl[0] = dl[1] = dl[2] = 0.0;
+        if(IsShapeDefined((Int_t)idet)) {
+           switch(idet){
+           case kSPD:{
+               dl[0] = ((AliITSgeomSPD*)GetShape(idet))->GetDx();
+               dl[1] = ((AliITSgeomSPD*)GetShape(idet))->GetDy();
+               dl[2] = ((AliITSgeomSPD*)GetShape(idet))->GetDz();
+           } break;
+           case kSDD: case kSDDp:{
+               dl[0] = ((AliITSgeomSDD*)GetShape(idet))->GetDx();
+               dl[1] = ((AliITSgeomSDD*)GetShape(idet))->GetDy();
+               dl[2] = ((AliITSgeomSDD*)GetShape(idet))->GetDz();
+           } break;
+           case kSSD: case kSSDp:{
+               dl[0] = ((AliITSgeomSSD*)GetShape(idet))->GetDx();
+               dl[1] = ((AliITSgeomSSD*)GetShape(idet))->GetDy();
+               dl[2] = ((AliITSgeomSSD*)GetShape(idet))->GetDz();
+           } break;
+           case kND:{
+               Warning("GetAverageRadiusOfLayer",
+                       "idet=kND undefined detector type");
+               continue;
+           }break;
+           default:{
+               Warning("GetAverageRadiusOfLayer",
+                       "idet=%d not a defined value",(Int_t)idet);
+               continue;
+           }break;
+           }// end switch.
+        } // end of
+        n++;
+        GetTransCyln(i,t);
+        rp = t[0];
+        r += rp;
+        if(rmin>rp) rmin = rp;
+        if(rmax<rp) rmax = rp;
+        for(j=0;j<8;j++){ // loop over the corners
+            l[0] = dl[0];if(j%2==0) l[0] = -dl[0];
+            l[1] = dl[1];if(j==2||j==3||j==6||j==7) l[1] = -dl[1];
+            l[2] = dl[2];if(j>3) l[2] = -dl[2];
+            LtoG(i,l,t);
+            rp = TMath::Sqrt(t[0]*t[0]+t[1]*t[1]);
+            if(rmin>rp) rmin = rp;
+            if(rmax<rp) rmax = rp;
+        } // end for j
+    } // end for i
+    r /= (Double_t)n;
+    range = TMath::Max(rmax-r,r-rmin);
+    return r;
 }
+//_______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::DetLToTrackingV2(Int_t md,Float_t xin,Float_t zin,
+                                  Float_t &yout,Float_t &zout) {
+
+    //Conversion from local coordinates on detectors to local
+    //coordinates used for tracking ("v2")
+    // Inputs:
+    //   Int_t   md      Module number
+    //   Float_t xin     Standard local coordinate x
+    //   Float_t zin     Standard local coordinate z
+    // Output:
+    //   Float_t yout    Tracking local coordinate y
+    //   Float_t zout    Tracking local coordinate z
+    // Return:
+    //   none.
+    Float_t x,y,z;
+    Double_t rt[9],al;
+
+    GetTrans(md,x,y,z);
+    GetRotMatrix(md,rt);
+    al = TMath::ATan2(rt[1],rt[0])+TMath::Pi();
+    yout = -(-xin+(x*((Float_t)TMath::Cos(al))+y*((Float_t)TMath::Sin(al))));
+    if(md<(GetModuleIndex(2,1,1))) yout *= -1; 
+    zout = -zin+z; 
+}
+//_______________________________________________________________________
+void AliITSgeom::TrackingV2ToDetL(Int_t md,Float_t yin,Float_t zin,
+                                  Float_t &xout,Float_t &zout) {
+    //Conversion from local coordinates used for tracking ("v2") to
+    //local detector coordinates  
+    // Inputs:
+    //   Int_t   md      Module number
+    //   Float_t yin     Tracking local coordinate y
+    //   Float_t zin     Tracking local coordinate z
+    // Output:
+    //   Float_t xout    Standard local coordinate x
+    //   Float_t zout    Standard local coordinate z
+    // Return:
+    //   none.
+    Float_t x,y,z;
+    Double_t rt[9],al;
+
+    GetTrans(md,x,y,z);
+    GetRotMatrix(md,rt);
+    al = TMath::ATan2(rt[1],rt[0])+TMath::Pi();
+    xout = yin;
+    if(md<(GetModuleIndex(2,1,1))) xout = -xout;
+    xout += (x*((Float_t)TMath::Cos(al))+y*((Float_t)TMath::Sin(al)));
+    zout  = -zin+z; 
+}
+//----------------------------------------------------------------------
+ostream &operator<<(ostream &os,AliITSgeom &p){
+    // Standard output streaming function.
+    // Inputs:
+    //   ostream    os   The output stream
+    //   AliITSgeom p    The AliITSgeom class to be printed out
+    // Outputs:
+    //   none.
+    // Return:
+    //   The input stream
+
+    p.PrintGeom(&os);
+    return os;
+}
+//----------------------------------------------------------------------
+istream &operator>>(istream &is,AliITSgeom &r){
+    // Standard input streaming function.
+    // Inputs:
+    //   istream    is  The input stream
+    //   AliITSgeom p   The AliITSgeom class to be filled from this 
+    //                  input stream
+    // Outputs:
+    //   none.
+    // Return:
+    //   The input stream
+
+    r.ReadGeom(&is);
+    return is;
+}
+//----------------------------------------------------------------------
+