]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - MUON/AliMUONReconstructor.cxx
Coding conventions
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONReconstructor.cxx
index f840174d749f6fbeb11ae2462e1dca066d305c36..43e2d66c7741bcb4f3e95abd66d515773675b5ff 100644 (file)
  **************************************************************************/
 /* $Id$ */
 
+//-----------------------------------------------------------------------------
 /// \class AliMUONReconstructor
 ///
 /// Implementation of AliReconstructor for MUON subsystem.
 ///
-/// The behavior of the MUON reconstruction can be changed, besides
-/// the usual methods found in AliReconstruction (e.g. to disable tracking)
-/// by using AliReconstruction::SetOption("MUON",options)
-/// where options should be a space separated string.
+/// The clustering mode and the associated parameters can be changed through the
+/// AliMUONRecoParam object set in the reconstruction macro or read from the CDB
+/// (see methods in AliMUONRecoParam.h file for details)
 ///
-/// Valid options are :
-///
-/// SAVEDIGITS : if you want to save in the TreeD the *calibrated* digits
-///     that are used for the clustering
+/// Valid modes are :
 ///
 /// SIMPLEFIT : use the AliMUONClusterFinderSimpleFit clusterizer
 ///
-/// AZ : use the AliMUONClusterFinderAZ clusterizer (default)
+/// SIMPLEFITV3 : SIMPLEFIT with preclustering=PRECLUSTERV3
+///
+/// MLEM : use AliMUONClusterFinderMLEM and AliMUONPreClusterFinder for preclustering (default)
+/// MLEMV2 : MLEM with preclustering=PRECLUSTERV2
+/// MLEMV3 : MLEM with preclustering=PRECLUSTERV3
 ///
 /// PRECLUSTER : use only AliMUONPreClusterFinder. Only for debug as
 /// the produced clusters do not have a position, hence the tracking will not
 /// work
+/// PRECLUSTERV2 : another version of the preclustering
+/// PRECLUSTERV3 : yet another version of the preclustering
 ///
 /// COG : use AliMUONClusterFinderCOG clusterizer. Not really a production
 /// option either, as center-of-gravity is generally not a good estimate
 /// of the cluster position...
 ///
+/// PEAKCOG : COG cluster finder around local maxima
+/// PEAKFIT : fit around local maxima with up to 3 peaks, COG otherwise
+///
 /// NOCLUSTERING : bypass completely the clustering stage
 ///
-/// NOSTATUSMAP : disable the computation and usage of the pad status map. Only
-/// for debug !
+/// ------
+///
+/// The behavior of the MUON reconstruction can also be changed, besides
+/// the usual methods found in AliReconstruction (e.g. to disable tracking)
+/// by using AliReconstruction::SetOption("MUON",options)
+/// where options should be a space separated string.
+///
+/// Valid options are :
+///
+/// SAVEDIGITS : if you want to save in the TreeD the *calibrated* digits
+///     that are used for the clustering
+///
+/// DIGITSTOREV1 : use the V1 implementation of the digitstore 
+/// DIGITSTOREV2R : use the V2R implementation of the digitstore 
 ///
 /// NOLOCALRECONSTRUCTION : for debug, to disable local reconstruction (and hence
 /// "recover" old behavior)
 ///
 /// TRIGGERDISABLE : disable the treatment of MUON trigger
 ///
+/// NOFASTTRKDECODER : makes the digit maker class use the non-high performance decoder
+///                  AliMUONPayloadTracker instead of  AliMUONTrackerDDLDecoder.
+///
+/// NOFASTTRGDECODER : makes the digit maker class use the non-high performance decoder
+///                  AliMUONPayloadTrigger instead of AliMUONTriggerDDLDecoder.
+///
+/// NOFASTDECODERS : makes the digit maker class use the non-high performance decoders
+///                  AliMUONPayloadTracker and AliMUONPayloadTrigger.
+///
 /// \author Laurent Aphecetche, Subatech
+//-----------------------------------------------------------------------------
 
 #include "AliMUONReconstructor.h"
 
-#include "AliCDBManager.h"
-#include "AliLoader.h"
-#include "AliLog.h"
-#include "AliRunLoader.h"
 #include "AliMUONCalibrationData.h"
 #include "AliMUONClusterFinderCOG.h"
 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
 #include "AliMUONClusterFinderSimpleFit.h"
-#include "AliMUONClusterFinderAZ.h"
-#include "AliMUONClusterReconstructor.h"
+#include "AliMUONClusterFinderPeakCOG.h"
+#include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
 #include "AliMUONClusterStoreV1.h"
+#include "AliMUONClusterStoreV2.h"
 #include "AliMUONConstants.h"
 #include "AliMUONDigitCalibrator.h"
 #include "AliMUONDigitMaker.h"
 #include "AliMUONDigitStoreV1.h"
+#include "AliMUONDigitStoreV2R.h"
 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
+#include "AliMUONPreClusterFinderV2.h"
+#include "AliMUONPreClusterFinderV3.h"
+#include "AliMUONSimpleClusterServer.h"
 #include "AliMUONTracker.h"
-#include "AliMUONVTrackStore.h"
 #include "AliMUONTriggerCircuit.h"
-#include "AliMUONTriggerCrateStore.h"
 #include "AliMUONTriggerStoreV1.h"
 #include "AliMUONVClusterFinder.h"
+#include "AliMUONVClusterServer.h"
+#include "AliMUONVTrackStore.h"
+
+#include "AliMpArea.h"
+#include "AliMpCDB.h"
+#include "AliMpConstants.h"
+#include "AliMpDDLStore.h"
+#include "AliMpSegmentation.h"
+
 #include "AliRawReader.h"
-#include "AliMUONStopwatchGroup.h"
-#include "AliMUONStopwatchGroupElement.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliLog.h"
+
 #include <Riostream.h>
+#include <TObjArray.h>
 #include <TClonesArray.h>
 #include <TString.h>
 #include <TTree.h>
@@ -92,41 +131,57 @@ ClassImp(AliMUONReconstructor)
 //_____________________________________________________________________________
 AliMUONReconstructor::AliMUONReconstructor() : 
 AliReconstructor(),
-fCrateManager(0x0),
 fDigitMaker(0x0),
-fTransformer(new AliMUONGeometryTransformer(kTRUE)),
+fTransformer(new AliMUONGeometryTransformer()),
 fDigitStore(0x0),
 fTriggerCircuit(0x0),
 fCalibrationData(0x0),
 fDigitCalibrator(0x0),
-fClusterReconstructor(0x0),
-fClusterStore(0x0),
+fClusterServer(0x0),
 fTriggerStore(0x0),
 fTrackStore(0x0),
-fTimers(new AliMUONStopwatchGroup)
+fClusterStore(0x0)
 {
   /// normal ctor
-  fTransformer->ReadGeometryData("volpath.dat", "geometry.root");
+
+  AliDebug(1,"");
+
+  // Unload and delete old mapping
+  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("MUON/Calib/Mapping");
+  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("MUON/Calib/DDLStore");
+  delete AliMpDDLStore::Instance();
+  delete AliMpSegmentation::Instance();
+
+  // Load mapping
+  if ( ! AliMpCDB::LoadDDLStore() ) {
+    AliFatal("Could not access mapping from OCDB !");
+  }
+  
+  // Load geometry data
+  fTransformer->LoadGeometryData();
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliMUONReconstructor::~AliMUONReconstructor()
 {
   /// dtor
+
+  AliDebug(1,"");
+
   delete fDigitMaker;
   delete fDigitStore;
   delete fTransformer;
-  delete fCrateManager;
   delete fTriggerCircuit;
   delete fCalibrationData;
   delete fDigitCalibrator;
-  delete fClusterReconstructor;
-  delete fClusterStore;
+  delete fClusterServer;
   delete fTriggerStore;
   delete fTrackStore;
-  AliInfo("Timers:");
-  fTimers->Print();
-  delete fTimers;
+  delete fClusterStore;
+
+  delete AliMpSegmentation::Instance(false);
+  delete AliMpDDLStore::Instance(false);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -138,43 +193,10 @@ AliMUONReconstructor::Calibrate(AliMUONVDigitStore& digitStore) const
   {
     CreateCalibrator();
   }
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON",Form("%s::Calibrate(AliMUONVDigitStore*)",fDigitCalibrator->ClassName()));
+  AliCodeTimerAuto(Form("%s::Calibrate(AliMUONVDigitStore*)",fDigitCalibrator->ClassName()))
   fDigitCalibrator->Calibrate(digitStore);  
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void
-AliMUONReconstructor::Clusterize(const AliMUONVDigitStore& digitStore,
-                                 AliMUONVClusterStore& clusterStore) const
-{
-  /// Creates clusters from digits.
-
-  TString sopt(GetOption());
-  sopt.ToUpper();
-  if ( sopt.Contains("NOCLUSTERING") ) return;
-  
-  if  (!fClusterReconstructor)
-  {
-    CreateClusterReconstructor();
-  }
-  
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON",Form("%s::Digits2Clusters(const AliMUONVDigitStore&,AliMUONVClusterStore&)",
-                                                     fClusterReconstructor->ClassName()));
-  fClusterReconstructor->Digits2Clusters(digitStore,clusterStore);  
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-AliMUONVClusterStore*
-AliMUONReconstructor::ClusterStore() const
-{
-  /// Return (and create if necessary) the cluster container
-  if (!fClusterStore) 
-  {
-    fClusterStore = new AliMUONClusterStoreV1;
-  }
-  return fClusterStore;
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void
 AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, 
@@ -183,9 +205,12 @@ AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader,
 {
   /// Convert raw data into digit and trigger stores
   CreateDigitMaker();
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON",Form("%s::Raw2Digits(AliRawReader*,AliMUONVDigitStore*,AliMUONVTriggerStore*)",
-                                                     fDigitMaker->ClassName()));
+  
+  AliCodeTimerStart(Form("%s::Raw2Digits(AliRawReader*,AliMUONVDigitStore*,AliMUONVTriggerStore*)",
+                    fDigitMaker->ClassName()))
   fDigitMaker->Raw2Digits(rawReader,digitStore,triggerStore);
+  AliCodeTimerStop(Form("%s::Raw2Digits(AliRawReader*,AliMUONVDigitStore*,AliMUONVTriggerStore*)",
+                         fDigitMaker->ClassName()))
   Calibrate(*digitStore);
 }
 
@@ -194,6 +219,7 @@ void
 AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 {
    /// convert raw data into a digit tree
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   Bool_t alone = ( TriggerStore() == 0 );
   
@@ -210,22 +236,13 @@ AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree)
   else
   {
     ConvertDigits(rawReader,DigitStore(),TriggerStore());
+    AliCodeTimerStart("Fill digits")
     digitsTree->Fill();
+    AliCodeTimerStop("Fill digits")
     DigitStore()->Clear();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliMUONTriggerCrateStore*
-AliMUONReconstructor::CrateManager() const
-{
-  /// Return (and create if necessary) the trigger crate store
-  if (fCrateManager) return fCrateManager;
-  fCrateManager = new AliMUONTriggerCrateStore;
-  fCrateManager->ReadFromFile();
-  return fCrateManager;
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void
 AliMUONReconstructor::CreateDigitMaker() const
@@ -233,9 +250,33 @@ AliMUONReconstructor::CreateDigitMaker() const
   /// Create (and create if necessary) the digit maker
   if (fDigitMaker) return;
 
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::CreateDigitMaker()");
+  AliCodeTimerAuto("")
 
-  fDigitMaker = new AliMUONDigitMaker;
+  TString option = GetOption();
+  Bool_t enableErrorLogging = kTRUE;
+  Bool_t useFastTrackerDecoder = kTRUE;
+  Bool_t useFastTriggerDecoder = kTRUE;
+  if (option.Contains("NOFASTTRKDECODER"))
+  {
+    useFastTrackerDecoder = kFALSE;
+  }
+  if (option.Contains("NOFASTTRGDECODER"))
+  {
+    useFastTriggerDecoder = kFALSE;
+  }
+  if (option.Contains("NOFASTDECODERS"))
+  {
+    useFastTrackerDecoder = kFALSE;
+    useFastTriggerDecoder = kFALSE;
+  }
+  fDigitMaker = new AliMUONDigitMaker(
+      enableErrorLogging, useFastTrackerDecoder, useFastTriggerDecoder
+    );
+  option.ToUpper();
+  if ( option.Contains("SAVEDIGITS" ))
+    {
+      fDigitMaker->SetMakeTriggerDigits(kTRUE);
+    }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -245,83 +286,134 @@ AliMUONReconstructor::CreateTriggerCircuit() const
   /// Return (and create if necessary) the trigger circuit object
   if (fTriggerCircuit) return;
 
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::CreateTriggerCircuit()");
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   fTriggerCircuit = new AliMUONTriggerCircuit(fTransformer);
 
 }
+
 //_____________________________________________________________________________
 AliTracker* 
-AliMUONReconstructor::CreateTracker(AliRunLoader* runLoader) const
+AliMUONReconstructor::CreateTracker() const
 {
   /// Create the MUONTracker object
-  /// The MUONTracker is passed the GetOption(), i.e. our own options
   
   CreateTriggerCircuit();
   CreateDigitMaker();
+  CreateClusterServer();
+
+  AliMUONTracker* tracker(0x0);
   
-  AliLoader* loader = runLoader->GetDetectorLoader("MUON");
-  if (!loader)
+  if ( ! GetRecoParam()->CombineClusterTrackReco() )
   {
-    AliError("Cannot get MUONLoader, so cannot create MUONTracker");
-    return 0x0;
+    tracker = new AliMUONTracker(GetRecoParam(),
+                                0x0,
+                                 *DigitStore(),
+                                 fDigitMaker,
+                                 fTransformer,
+                                 fTriggerCircuit);
   }
-  AliMUONTracker* tracker = new AliMUONTracker(loader,fDigitMaker,fTransformer,fTriggerCircuit);
-  tracker->SetOption(GetOption());
+  else
+  {
+    tracker = new AliMUONTracker(GetRecoParam(),
+                                fClusterServer,
+                                 *DigitStore(),
+                                 fDigitMaker,
+                                 fTransformer,
+                                 fTriggerCircuit);
+  }
+  
   
   return tracker;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void
-AliMUONReconstructor::CreateClusterReconstructor() const
+AliMUONVClusterFinder*
+AliMUONReconstructor::CreateClusterFinder(const char* clusterFinderType)
 {
-  /// Create cluster reconstructor, depending on GetOption()
+  /// Create a given cluster finder instance
   
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::CreateClusterReconstructor()");
+  AliCodeTimerAutoGeneral("")
 
-  AliDebug(1,"");
-  
   AliMUONVClusterFinder* clusterFinder(0x0);
   
-  TString opt(GetOption());
+  TString opt(clusterFinderType);
   opt.ToUpper();
   
-  if ( strstr(opt,"PRECLUSTER") )
+  if ( strstr(opt,"PRECLUSTERV2") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONPreClusterFinderV2;
+  }    
+  else if ( strstr(opt,"PRECLUSTERV3") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONPreClusterFinderV3;
+  }  
+  else if ( strstr(opt,"PRECLUSTER") )
   {
     clusterFinder = new AliMUONPreClusterFinder;
   }  
+  else if ( strstr(opt,"PEAKCOG") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderPeakCOG(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
+  }
+  else if ( strstr(opt,"PEAKFIT") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderPeakFit(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
+  }
   else if ( strstr(opt,"COG") )
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderCOG;
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderCOG(new AliMUONPreClusterFinder);
   }  
+  else if ( strstr(opt,"SIMPLEFITV3") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderSimpleFit(new AliMUONClusterFinderCOG(new AliMUONPreClusterFinderV3));
+  }
   else if ( strstr(opt,"SIMPLEFIT") )
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderSimpleFit;
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderSimpleFit(new AliMUONClusterFinderCOG(new AliMUONPreClusterFinder));
   }
   else if ( strstr(opt,"MLEM:DRAW") )
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kTRUE);
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kTRUE,new AliMUONPreClusterFinder);
   }
-  else if ( strstr(opt,"MLEM") )
+  else if ( strstr(opt,"MLEMV3") )
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kFALSE);
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinderV3);
   } 
-  else if ( strstr(opt,"AZ") )
+  else if ( strstr(opt,"MLEMV2") )
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderAZ;
-  }
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinderV2);
+  } 
+  else if ( strstr(opt,"MLEM") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
+  } 
   else
   {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderAZ;
+    AliErrorClass(Form("clustering mode \"%s\" does not exist",opt.Data()));
+    return 0x0;
   }
   
-  if ( clusterFinder ) 
-  {
-    AliInfo(Form("Will use %s for clusterizing",clusterFinder->ClassName()));
-  }
+  return clusterFinder;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONReconstructor::CreateClusterServer() const
+{
+  /// Create cluster server
   
-  fClusterReconstructor = new AliMUONClusterReconstructor(clusterFinder,fTransformer);
+  if ( fClusterServer ) return;
+  
+  AliCodeTimerAuto("");
+    
+  AliMUONVClusterFinder* clusterFinder = CreateClusterFinder(GetRecoParam()->GetClusteringMode());
+  
+  if ( !clusterFinder ) return;
+  
+  AliInfo(Form("Will use %s for clusterizing",clusterFinder->ClassName()));
+  
+  fClusterServer = new AliMUONSimpleClusterServer(clusterFinder,*fTransformer);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -330,7 +422,7 @@ AliMUONReconstructor::CreateCalibrator() const
 {
   /// Create the calibrator
   
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::CreateCalibrator()");
+  AliCodeTimerAuto("")
   
   Int_t runNumber = AliCDBManager::Instance()->GetRun();
 
@@ -355,14 +447,15 @@ AliMUONReconstructor::CreateCalibrator() const
   
   TString opt(GetOption());
   opt.ToUpper();
-  Bool_t statusMap(kTRUE);
   
   if ( strstr(opt,"NOSTATUSMAP") )
   {
-    AliWarning("Disconnecting status map : SHOULD BE USED FOR DEBUG ONLY. NOT FOR PRODUCTION !!!");
-    statusMap = kFALSE; 
+    AliWarning("NOSTATUSMAP is obsolete");
   }
-  fDigitCalibrator = new AliMUONDigitCalibrator(*fCalibrationData,statusMap);
+
+  TString calibMode = GetRecoParam()->GetCalibrationMode();
+
+  fDigitCalibrator = new AliMUONDigitCalibrator(*fCalibrationData,GetRecoParam(),calibMode.Data());
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -372,7 +465,27 @@ AliMUONReconstructor::DigitStore() const
   /// Return (and create if necessary) the digit container
   if (!fDigitStore) 
   {
-    fDigitStore = new AliMUONDigitStoreV1;
+    TString sopt(GetOption());
+    sopt.ToUpper();
+    
+    AliInfo(Form("Options=%s",sopt.Data()));
+    
+    if ( sopt.Contains("DIGITSTOREV1") )
+    {
+      fDigitStore = AliMUONVDigitStore::Create("AliMUONDigitStoreV1");
+    }
+    else if ( sopt.Contains("DIGITSTOREV2R") ) 
+    {
+      fDigitStore = AliMUONVDigitStore::Create("AliMUONDigitStoreV2R");
+    }
+    else if ( sopt.Contains("DIGITSTOREV2S") ) 
+    {
+      fDigitStore = AliMUONVDigitStore::Create("AliMUONDigitStoreV2S");
+    }
+    
+    if (!fDigitStore) fDigitStore = AliMUONVDigitStore::Create("AliMUONDigitStoreV2R");
+    
+    AliInfo(Form("Will use %s to store digits during reconstruction",fDigitStore->ClassName()));
   }
   return fDigitStore;
 }
@@ -380,40 +493,73 @@ AliMUONReconstructor::DigitStore() const
 //_____________________________________________________________________________
 void
 AliMUONReconstructor::FillTreeR(AliMUONVTriggerStore* triggerStore,
-                                AliMUONVClusterStore* clusterStore,
                                 TTree& clustersTree) const
 {
   /// Write the trigger and cluster information into TreeR
   
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::FillTreeR()");
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   AliDebug(1,"");
   
   Bool_t ok(kFALSE);
+  Bool_t alone(kTRUE); // is trigger the only info in TreeR ?
+  
+  if ( ! GetRecoParam()->CombineClusterTrackReco() )
+  {
+    alone = kFALSE; // we'll get both tracker and trigger information in TreeR
+  }
+  
   if ( triggerStore ) 
   {
-    Bool_t alone = ( clusterStore ? kFALSE : kTRUE );
     ok = triggerStore->Connect(clustersTree,alone);
     if (!ok)
     {
       AliError("Could not create triggerStore branches in TreeR");
     }
   }
-  
-  if ( clusterStore ) 
+
+  if ( !alone )
   {
-    Bool_t alone = ( triggerStore ? kFALSE : kTRUE );
-    ok = clusterStore->Connect(clustersTree,alone);
-    if (!ok)
+    if (!fClusterStore)
     {
-      AliError("Could not create triggerStore branches in TreeR");
-    }    
+      fClusterStore = new AliMUONClusterStoreV2;
+    }
+    
+    CreateClusterServer();
+    
+    TIter next(DigitStore()->CreateIterator());
+    fClusterServer->UseDigits(next);
+
+    AliMpArea area;
+    
+    AliDebug(1,Form("Doing full clusterization in local reconstruction using %s ",fClusterServer->ClassName()));
+    
+    for ( Int_t i = 0; i < AliMpConstants::NofTrackingChambers(); ++i ) 
+    {
+      if (GetRecoParam()->UseChamber(i))
+      {
+        if ( ( i == 6 || i == 7 )  && GetRecoParam()->BypassSt4() ) continue;
+        if ( ( i == 8 || i == 9 )  && GetRecoParam()->BypassSt5() ) continue;
+        
+        fClusterServer->Clusterize(i,*fClusterStore,area,GetRecoParam());
+      }
+    }
+    
+    Bool_t cok = fClusterStore->Connect(clustersTree,alone);
+    
+    if (!cok) AliError("Could not connect clusterStore to clusterTree");
+    
+    AliDebug(1,Form("Number of clusters found = %d",fClusterStore->GetSize()));
+    
+    StdoutToAliDebug(1,fClusterStore->Print());
   }
-  
+         
   if (ok) // at least one type of branches created successfully
   {
     clustersTree.Fill();
   }
+  
+  if (fClusterStore) fClusterStore->Clear();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -435,23 +581,6 @@ AliMUONReconstructor::HasDigitConversion() const
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Bool_t 
-AliMUONReconstructor::HasLocalReconstruction() const
-{
-  /// Whether or not we have local reconstruction
-  TString opt(GetOption());
-  opt.ToUpper();
-  if ( opt.Contains("NOLOCALRECONSTRUCTION" ) )
-  {
-    return kFALSE;
-  }
-  else
-  {
-    return kTRUE;
-  }
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void 
 AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* rawReader, TTree* clustersTree) const
@@ -465,91 +594,9 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* rawReader, TTree* clustersTree)
     return;
   }
   
-  if ( DigitStore() ) 
-  {
-    ConvertDigits(rawReader,DigitStore(),TriggerStore());
-    Clusterize(*(DigitStore()),*(ClusterStore()));
-  }
-    
-  FillTreeR(TriggerStore(),ClusterStore(),*clustersTree);
-}
+  ConvertDigits(rawReader,DigitStore(),TriggerStore());
 
-//_____________________________________________________________________________
-void 
-AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const
-{
-  /// Reconstruct simulated data
-  
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader*)");
-  
-  AliLoader* loader = runLoader->GetDetectorLoader("MUON");
-  if (!loader) 
-  {
-    AliError("Could not get MUON loader");
-    return;
-  }
-  
-  Int_t nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
-  
-  for ( Int_t i = 0; i < nEvents; ++i ) 
-  {
-    runLoader->GetEvent(i);
-    
-    loader->LoadRecPoints("update");
-    loader->CleanRecPoints();
-    loader->MakeRecPointsContainer();
-    TTree* clustersTree = loader->TreeR();
-    
-    loader->LoadDigits("read");
-    TTree* digitsTree = loader->TreeD();
-
-    Reconstruct(digitsTree,clustersTree);
-    
-    loader->UnloadDigits();
-    loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
-    loader->UnloadRecPoints();    
-  }
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void 
-AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, AliRawReader* rawReader) const
-{
-  /// This method is called by AliReconstruction if HasLocalReconstruction()==kFALSE
-  
-  AliMUONStopwatchGroupElement timer(fTimers,"MUON","AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader*, AliRawReader*)");
-  
-  AliLoader* loader = runLoader->GetDetectorLoader("MUON");
-  if (!loader) 
-  {
-    AliError("Could not get MUON loader");
-    return;
-  }
-
-  Int_t i(0);
-  
-  while (rawReader->NextEvent()) 
-  {
-    runLoader->GetEvent(i++);
-    
-    loader->LoadRecPoints("update");
-    loader->CleanRecPoints();
-    loader->MakeRecPointsContainer();
-    TTree* clustersTree = loader->TreeR();
-    
-    loader->LoadDigits("update");
-    loader->CleanDigits();
-    loader->MakeDigitsContainer();
-    TTree* digitsTree = loader->TreeD();
-    ConvertDigits(rawReader, digitsTree);
-    loader->WriteDigits("OVERWRITE");
-    
-    Reconstruct(digitsTree,clustersTree);
-    
-    loader->UnloadDigits();
-    loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
-    loader->UnloadRecPoints();    
-  }
+  FillTreeR(TriggerStore(),*clustersTree);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -559,6 +606,8 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
   /// This method is called by AliReconstruction if HasLocalReconstruction()==kTRUE
   /// AND HasDigitConversion()==kTRUE
   
+  AliCodeTimerAuto("")
+  
   AliDebug(1,"");
   
   if (!digitsTree || !clustersTree) 
@@ -627,10 +676,17 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
   
   if ( fDigitStore ) 
   {
-    Clusterize(*fDigitStore,*(ClusterStore()));
+    // Insure we got calibrated digits (if we reconstruct from pure simulated,
+    // i.e. w/o going through raw data, this will be the case)
+    TIter next(fDigitStore->CreateIterator());
+    AliMUONVDigit* digit = static_cast<AliMUONVDigit*>(next());
+    if (digit && !digit->IsCalibrated())
+    {
+      Calibrate(*fDigitStore);
+    }
   }
     
-  FillTreeR(fTriggerStore,ClusterStore(),*clustersTree);
+  FillTreeR(fTriggerStore,*clustersTree);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________