]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOS.cxx
Common class for raw data reading and ALTRO mappiing for PHOS and EMCAL (Gustavo...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOS.cxx
index 035b0dd99574f00671f4a793611f215452ffe37e..901a28e0db60bfb6c09a060164255c0566e7a73a 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 /* $Id$ */
+/* History of cvs commits:
+ *
+ * $Log$
+ * Revision 1.103  2006/11/14 17:11:15  hristov
+ * Removing inheritances from TAttLine, TAttMarker and AliRndm in AliModule. The copy constructor and assignment operators are moved to the private part of the class and not implemented. The corresponding changes are propagated to the detectors
+ *
+ * Revision 1.102  2006/10/27 17:14:27  kharlov
+ * Introduce AliDebug and AliLog (B.Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.101  2006/10/13 06:47:29  kharlov
+ * Simulation of RAW data applies real mapping (B.Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.100  2006/08/11 12:36:26  cvetan
+ * Update of the PHOS code needed in order to read and reconstruct the beam test raw data (i.e. without an existing galice.root)
+ *
+ * Revision 1.99  2006/06/28 11:36:09  cvetan
+ * New detector numbering scheme (common for DAQ/HLT/Offline). All the subdetectors shall use the AliDAQ class for the sim and rec of the raw data. The AliDAQ and raw reader classes now provide all the necessary interfaces to write and select the detector specific raw-data payload. Look into the AliDAQ.h and AliRawReader.h for more details.
+ *
+ * Revision 1.98  2006/05/11 11:30:48  cvetan
+ * Major changes in AliAltroBuffer. Now it can be used only for writing of raw data. All the corresponding read method are removed. It is based now on AliFstream in order to avoid endianess problems. The altro raw data is written always with little endian
+ *
+ * Revision 1.97  2006/04/22 10:30:17  hristov
+ * Add fEnergy to AliPHOSDigit and operate with EMC amplitude in energy units (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.96  2006/04/07 08:41:59  hristov
+ * Follow AliAlignObj framework and remove AliPHOSAlignData (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.95  2006/03/14 19:40:41  kharlov
+ * Remove De-digitizing of raw data and digitizing the raw data fit
+ *
+ * Revision 1.94  2006/03/07 18:56:25  kharlov
+ * CDB is passed via environment variable
+ *
+ * Revision 1.93  2005/11/22 08:45:11  kharlov
+ * Calibration is read from CDB if any (Boris Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.92  2005/11/03 13:09:19  hristov
+ * Removing meaningless const declarations (linuxicc)
+ *
+ * Revision 1.91  2005/07/27 15:08:53  kharlov
+ * Mixture ArCO2 is corrected
+ *
+ * Revision 1.90  2005/06/17 07:39:07  hristov
+ * Removing GetDebug and SetDebug from AliRun and AliModule. Using AliLog for the messages
+ *
+ * Revision 1.89  2005/05/28 12:10:07  schutz
+ * Copy constructor is corrected (by T.P.)
+ *
+ */
 
 //_________________________________________________________________________
 // Base Class for PHOS description:
@@ -30,53 +79,59 @@ class TFile;
 #include <TFolder.h> 
 #include <TTree.h>
 #include <TVirtualMC.h> 
+#include <TH1F.h> 
+#include <TF1.h> 
+#include <TRandom.h> 
 
 // --- Standard library ---
 
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliMagF.h"
-#include "AliESDtrack.h" 
-#include "AliESD.h"
 #include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSGetter.h"
-#include "AliPHOSQAChecker.h"
 #include "AliRun.h"
 #include "AliPHOSDigitizer.h"
 #include "AliPHOSSDigitizer.h"
-#include "AliPHOSReconstructor.h"
+#include "AliPHOSDigit.h"
+#include "AliAltroBuffer.h"
+#include "AliAltroMapping.h"
+#include "AliCaloAltroMapping.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
+#include "AliPHOSCalibData.h"
+#include "AliDAQ.h"
+
 ClassImp(AliPHOS)
+
+Double_t AliPHOS::fgCapa        = 1.;        // 1pF 
+Int_t    AliPHOS::fgOrder       = 2 ;
+Double_t AliPHOS::fgTimeMax     = 2.56E-5 ;  // each sample is over 100 ns fTimeMax/fTimeBins
+Double_t AliPHOS::fgTimePeak    = 4.1E-6 ;   // 4 micro seconds
+Double_t AliPHOS::fgTimeTrigger = 100E-9 ;      // 100ns, just for a reference
+
+Double_t AliPHOS::fgHighCharge  = 8.2;       // adjusted for a high gain range of 5.12 GeV (10 bits)
+Double_t AliPHOS::fgHighGain    = 6.64;
+Double_t AliPHOS::fgHighLowGainFactor = 16.; // adjusted for a low gain range of 82 GeV (10 bits) 
+
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOS:: AliPHOS() : AliDetector()
+  AliPHOS:: AliPHOS() : AliDetector()
 {
   // Default ctor
-  fName="PHOS";
-  fQATask = 0;
-  fTreeQA = 0;
-  fDebug = kFALSE ; 
+  fName   = "PHOS" ;
+
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOS::AliPHOS(const char* name, const char* title): AliDetector(name, title) 
+AliPHOS::AliPHOS(const char* name, const char* title): AliDetector(name, title)
 {
   //   ctor : title is used to identify the layout
-  
-  fQATask = 0;
-  fTreeQA = 0;
-  fDebug = kFALSE ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOS::~AliPHOS() 
 {  
-  
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOS::Copy(AliPHOS & phos)
-{
-  TObject::Copy(phos) ; 
-  //  fQATask = AliPHOSQAChecker::Copy(*(phos.fQATask)) ; 
-  phos.fTreeQA = fTreeQA->CloneTree() ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -149,7 +204,7 @@ void AliPHOS::CreateMaterials()
 
   AliMixture(7, "Thermo Insul.$", aTI, zTI, dTI, -2, wTI) ;
 
-  // --- Textolitn ---
+  // --- Textolith ---
   Float_t aTX[4] = {16.0, 28.09, 12.011, 1.00794} ;
   Float_t zTX[4] = {8.0, 14.0, 6.0, 1.0} ;
   Float_t wTX[4] = {292.0, 68.0, 462.0, 736.0} ;
@@ -158,12 +213,12 @@ void AliPHOS::CreateMaterials()
   AliMixture(8, "Textolit$", aTX, zTX, dTX, -4, wTX) ;
 
   //--- FR4  ---
-  Float_t aFR[3] = {28.0855, 15.9994, 17.749} ; 
-  Float_t zFR[3] = {14., 8., 8.875} ; 
-  Float_t wFR[3] = {.28, .32, .4} ;
+  Float_t aFR[4] = {16.0, 28.09, 12.011, 1.00794} ;
+  Float_t zFR[4] = {8.0, 14.0, 6.0, 1.0} ;
+  Float_t wFR[4] = {292.0, 68.0, 462.0, 736.0} ;
   Float_t dFR = 1.8 ; 
 
-  AliMixture(9, "FR4$", aFR, zFR, dFR, -3, wFR) ;
+  AliMixture(9, "FR4$", aFR, zFR, dFR, -4, wFR) ;
 
   // --- The Composite Material for  micromegas (so far polyetylene) ---                                       
   Float_t aCM[2] = {12.01, 1.} ; 
@@ -200,30 +255,16 @@ void AliPHOS::CreateMaterials()
   Float_t dAr = 0.001782 ; 
   AliMaterial(15, "Ar$", 39.948, 18.0, dAr, 14.0, 0., 0, 0) ;   
  
- // ArCo2
-  Char_t namate[21]="";
-  Float_t aGM[2] ; 
-  Float_t zGM[2] ; 
-  Float_t wGM[2] ; 
-  Float_t dGM ; 
-
-  Float_t absL, radL, density ;
-  Float_t buf[1] ;
-  Int_t nbuf ;
-
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[15], namate, aGM[0], zGM[0], density, radL, absL, buf, nbuf) ; // Get properties of Ar 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[14], namate, aGM[1], zGM[1], density, radL, absL, buf, nbuf) ; // Get properties of CO2 
-
-
-  // Create gas mixture 
-
-  Float_t arContent    = 0.80 ;  // Ar-content of the Ar/CO2-mixture (80% / 20%) 
-  wGM[0] = arContent;
-  wGM[1] = 1. - arContent ;
-  dGM    = wGM[0] * dAr + wGM[1] * dCO;
-
-  AliMixture(16, "ArCO2$", aGM, zGM, dGM,  2, wGM) ;
+  // Ar+CO2 Mixture (80% / 20%)
+  Float_t arContent = 0.80 ;  // Ar-content of the ArCO2-mixture
+  Float_t aArCO[3]  = {39.948, 12.0, 16.0} ;
+  Float_t zArCO[3]  = {18.0  ,  6.0,  8.0} ;
+  Float_t wArCO[3];
+  wArCO[0] = arContent;
+  wArCO[1] = (1-arContent)*1;
+  wArCO[2] = (1-arContent)*2;
+  Float_t dArCO = arContent*dAr + (1-arContent)*dCO ;
+  AliMixture(16, "ArCO2$", aArCO, zArCO, dArCO,  -3, wArCO) ;
 
   // --- Stainless steel (let it be pure iron) ---
   AliMaterial(17, "Steel$", 55.845, 26, 7.87, 1.76, 0., 0, 0) ;
@@ -248,12 +289,14 @@ void AliPHOS::CreateMaterials()
   AliMixture(19, "Cables  $", aCA, zCA, dCA, -4, wCA) ;
 
 
-
   // --- Air ---
-  AliMaterial(99, "Air$", 14.61, 7.3, 0.001205, 30420., 67500., 0, 0) ;
-  
+  Float_t aAir[4]={12.0107,14.0067,15.9994,39.948};
+  Float_t zAir[4]={6.,7.,8.,18.};
+  Float_t wAir[4]={0.000124,0.755267,0.231781,0.012827};
+  Float_t dAir = 1.20479E-3;
  
+  AliMixture(99, "Air$", aAir, zAir, dAir, 4, wAir) ;
+
   // DEFINITION OF THE TRACKING MEDIA
 
   // for PHOS: idtmed[699->798] equivalent to fIdtmed[0->100]
@@ -377,65 +420,160 @@ void AliPHOS::CreateMaterials()
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOS::FillESD(AliESD* esd) const 
+void AliPHOS::Digits2Raw()
 {
-  // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertxing
-
-  //Creates the tracksegments and Recparticles
-  AliPHOSReconstructor * rec = new AliPHOSReconstructor((fLoader->GetRunLoader()->GetFileName()).Data()) ; 
-  TList * taskslist = rec->GetListOfTasks() ; 
-  Int_t index ;
-  TTask * task ; 
-  TString name ; 
-  // set clusterizer task inactive 
-  for (index = 0; index < taskslist->GetSize(); index++) {
-    task = dynamic_cast<TTask *>(taskslist->At(index)) ; 
-    name = task->GetName() ; 
-    if ( name.Contains(AliConfig::Instance()->GetReconstructionerTaskName()))
-      task->SetActive(kFALSE) ; 
-    if ( name.Contains(AliConfig::Instance()->GetTrackerTaskName()))
-      (dynamic_cast<AliPHOSTrackSegmentMaker *> (task))->SetESD(esd) ; 
+// convert digits of the current event to raw data
+  
+  AliPHOSLoader * loader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fLoader) ; 
+
+  // get the digits
+  loader->LoadDigits();
+  TClonesArray* digits = loader->Digits() ;
+
+  if (!digits) {
+    AliError(Form("No digits found !"));
+    return;
+  }
+
+  // get the geometry
+  AliPHOSGeometry* geom = GetGeometry();
+  if (!geom) {
+    AliError(Form("No geometry found !"));
+    return;
   }
 
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance( (fLoader->GetRunLoader()->GetFileName()).Data() ) ;
-  Int_t eventNumber = gime->EventNumber();
-  rec->SetEventRange(eventNumber, eventNumber) ; // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
-  if ( Debug() ) 
-    rec->ExecuteTask("deb all") ;
-  else 
-    rec->ExecuteTask("") ;
-
-  // Creates AliESDtrack from AliPHOSRecParticles 
-  gime->Event(eventNumber, "P") ; 
-  TClonesArray *recParticles = gime->RecParticles();
-  Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntries();
-  for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
-    AliPHOSRecParticle * rp = dynamic_cast<AliPHOSRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
-    if (Debug()) 
-      rp->Print();
-    AliESDtrack * et = new AliESDtrack() ; 
-    // fills the ESDtrack
-    Double_t xyz[3];
-    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++) xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
-    et->SetPHOSposition(xyz) ; 
-    et->SetPHOSsignal  (rp->Energy()) ; 
-    et->SetPHOSpid     (rp->GetPID()) ;
-    et->SetStatus(0x10000) ; 
-    // add the track to the esd object
-    esd->AddTrack(et);
-    delete et;
+  // some digitization constants
+//   const Int_t    kThreshold = 1; // skip digits below this threshold // YVK
+  const Float_t    kThreshold = 0.001; // skip digits below 1 MeV
+  const Int_t      kAdcThreshold = 1;  // Lower ADC threshold to write to raw data
+
+  AliAltroBuffer* buffer = NULL;
+  Int_t prevDDL = -1;
+  Int_t adcValuesLow[fkTimeBins];
+  Int_t adcValuesHigh[fkTimeBins];
+
+
+  //!!!!for debug!!!
+  Int_t modMax=-111;
+  Int_t colMax=-111;
+  Int_t rowMax=-111;
+  Float_t eMax=-333;
+  //!!!for debug!!!
+
+  // loop over digits (assume ordered digits)
+  for (Int_t iDigit = 0; iDigit < digits->GetEntries(); iDigit++) {
+    AliPHOSDigit* digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(iDigit)) ;
+    if (digit->GetEnergy() < kThreshold) 
+      continue;
+    Int_t relId[4];
+    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relId);
+    Int_t module = relId[0];
+   // Begin FIXME 
+    if (relId[1] != 0) 
+      continue;    // ignore digits from CPV
+   // End FIXME 
+
+    Int_t row = relId[2]-1;
+    Int_t col = relId[3]-1;
+
+    Int_t iRCU = -111;
+
+    //RCU0
+    if(0<=row&&row<32 && 0<=col&&col<28) iRCU=0;
+
+    //RCU1
+    if(0<=row&&row<32 && 28<=col&&col<56) iRCU=1;
+
+    //RCU2
+    if(32<=row&&row<64 && 0<=col&&col<28) iRCU=2;
+
+    //RCU3
+    if(32<=row&&row<64 && 28<=col&&col<56) iRCU=3;
+
+
+    // PHOS EMCA has 4 DDL per module. Splitting is based on the (row,column) numbers.
+    // PHOS internal convention: 1<module<5.
+    Int_t iDDL = 4 * (module - 1) + iRCU;
+
+    // new DDL
+    if (iDDL != prevDDL) {
+      // write real header and close previous file
+      if (buffer) {
+       buffer->Flush();
+       buffer->WriteDataHeader(kFALSE, kFALSE);
+       delete buffer;
+      }
+
+      // open new file and write dummy header
+      TString fileName = AliDAQ::DdlFileName("PHOS",iDDL);
+
+      TString path = gSystem->Getenv("ALICE_ROOT");
+      path += "/PHOS/mapping/RCU";
+      path += iRCU;
+      path += ".data";
+
+      AliAltroMapping* mapping = new AliCaloAltroMapping(path.Data());
+      buffer = new AliAltroBuffer(fileName.Data(),mapping);
+      buffer->WriteDataHeader(kTRUE, kFALSE);  //Dummy;
+
+      prevDDL = iDDL;
+    }
+
+    // out of time range signal (?)
+    if (digit->GetTimeR() > GetRawFormatTimeMax() ) {
+      AliInfo("Signal is out of time range.\n");
+      buffer->FillBuffer((Int_t)digit->GetEnergy());
+      buffer->FillBuffer(GetRawFormatTimeBins() );  // time bin
+      buffer->FillBuffer(3);          // bunch length      
+      buffer->WriteTrailer(3, relId[3], relId[2], module);  // trailer
+      
+    // calculate the time response function
+    } else {
+      Double_t energy = 0 ;
+      Int_t   module = relId[0];
+      if ( digit->GetId() <= geom->GetNModules() *  geom->GetNCristalsInModule()) {
+       energy=digit->GetEnergy();
+       AliDebug(2,Form("digit energy: %f\n",digit->GetEnergy()));
+       if(energy>eMax) {eMax=energy; modMax=module; colMax=col; rowMax=row;}
+      }
+      else {
+//     energy = digit->GetAmp()*digitizer->GetCPVchannel()+digitizer->GetCPVpedestal();
+       energy = 0; // CPV raw data format is now know yet
+      }        
+      Bool_t lowgain = RawSampledResponse(digit->GetTimeR(), energy, adcValuesHigh, adcValuesLow) ; 
+      
+      if (lowgain) 
+       buffer->WriteChannel(relId[3]-1, relId[2]-1, 0, 
+                            GetRawFormatTimeBins(), adcValuesLow , kAdcThreshold);
+      else 
+       buffer->WriteChannel(relId[3]-1, relId[2]-1, 1, 
+                            GetRawFormatTimeBins(), adcValuesHigh, kAdcThreshold);
+      
+    }
   }
-}       
+  
+  // write real header and close last file
+  if (buffer) {
+    buffer->Flush();
+    buffer->WriteDataHeader(kFALSE, kFALSE);
+    delete buffer;
+  }
+  
+  AliDebug(1,Form("Digit with max. energy:  modMax %d colMax %d rowMax %d  eMax %f\n",
+        modMax,colMax,rowMax,eMax));
+
+  loader->UnloadDigits();
+}
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOS::Hits2SDigits()  
 { 
 // create summable digits
 
-  AliPHOSSDigitizer* phosDigitizer = 
-    new AliPHOSSDigitizer(fLoader->GetRunLoader()->GetFileName().Data()) ;
-  phosDigitizer->SetEventRange(0, -1) ; // do all the events
-  phosDigitizer->ExecuteTask("all") ;
+  AliPHOSSDigitizer phosDigitizer(fLoader->GetRunLoader()->GetFileName().Data()) ;
+  phosDigitizer.SetEventRange(0, -1) ; // do all the events
+  phosDigitizer.ExecuteTask("all") ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -447,6 +585,79 @@ AliLoader* AliPHOS::MakeLoader(const char* topfoldername)
  return fLoader;
 }
 
+//__________________________________________________________________
+Double_t AliPHOS::RawResponseFunction(Double_t *x, Double_t *par) 
+{
+  // Shape of the electronics raw reponse:
+  // It is a semi-gaussian, 2nd order Gamma function of the general form
+  // v(t) = n**n * Q * A**n / C *(t/tp)**n * exp(-n * t/tp) with 
+  // tp : peaking time par[0]
+  // n  : order of the function
+  // C  : integrating capacitor in the preamplifier
+  // A  : open loop gain of the preamplifier
+  // Q  : the total APD charge to be measured Q = C * energy
+  
+  Double_t signal ;
+  Double_t xx = x[0] - ( fgTimeTrigger + par[3] ) ; 
+
+  if (xx < 0 || xx > fgTimeMax) 
+    signal = 0. ;  
+  else { 
+    Double_t fac = par[0] * TMath::Power(fgOrder, fgOrder) * TMath::Power(par[1], fgOrder) / fgCapa ; 
+    signal = fac * par[2] * TMath::Power(xx / fgTimePeak, fgOrder) * TMath::Exp(-fgOrder * (xx / fgTimePeak)) ; 
+  }
+  return signal ;  
+}
+
+//__________________________________________________________________
+Double_t AliPHOS::RawResponseFunctionMax(Double_t charge, Double_t gain) 
+{
+  return ( charge * TMath::Power(fgOrder, fgOrder) * TMath::Power(gain, fgOrder) 
+     / ( fgCapa * TMath::Exp(fgOrder) ) );  
+
+}
+
+//__________________________________________________________________
+Bool_t AliPHOS::RawSampledResponse(Double_t dtime, Double_t damp, Int_t * adcH, Int_t * adcL) const 
+{
+  // for a start time dtime and an amplitude damp given by digit, 
+  // calculates the raw sampled response AliPHOS::RawResponseFunction
+  // Input: dtime - signal start time
+  //        damp  - signal amplitude (energy)
+  // Output: adcH - array[fkTimeBins] of 10-bit samples for high-gain channel
+  //         adcL - array[fkTimeBins] of 10-bit samples for low-gain channel
+
+  const Int_t kRawSignalOverflow = 0x3FF ; 
+  Bool_t lowGain = kFALSE ; 
+
+  TF1 signalF("signal", RawResponseFunction, 0, GetRawFormatTimeMax(), 4);
+
+  for (Int_t iTime = 0; iTime < GetRawFormatTimeBins(); iTime++) {
+    signalF.SetParameter(0, GetRawFormatHighCharge() ) ; 
+    signalF.SetParameter(1, GetRawFormatHighGain() ) ; 
+    signalF.SetParameter(2, damp) ; 
+    signalF.SetParameter(3, dtime) ; 
+    Double_t time = iTime * GetRawFormatTimeMax() / GetRawFormatTimeBins() ;
+    Double_t signal = signalF.Eval(time) ;     
+    if ( static_cast<Int_t>(signal+0.5) > kRawSignalOverflow ){  // larger than 10 bits 
+      signal = kRawSignalOverflow ;
+      lowGain = kTRUE ; 
+    }
+    adcH[iTime] =  static_cast<Int_t>(signal + 0.5) ;
+    AliDebug(4,Form("iTime: %d Energy: %f HG signal: %f adcH: %d ",iTime,damp,signal,adcH[iTime]));
+
+    signalF.SetParameter(0, GetRawFormatLowCharge() ) ;     
+    signalF.SetParameter(1, GetRawFormatLowGain() ) ; 
+    signal = signalF.Eval(time) ;  
+    if ( static_cast<Int_t>(signal+0.5) > kRawSignalOverflow)  // larger than 10 bits 
+      signal = kRawSignalOverflow ;
+    adcL[iTime] = static_cast<Int_t>(0.5 + signal ) ; 
+    AliDebug(4,Form("..LG: %f adcL: %d\n",signal,adcL[iTime]));
+
+  }
+  return lowGain ; 
+}
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOS::SetTreeAddress()
 { 
@@ -454,76 +665,16 @@ void AliPHOS::SetTreeAddress()
   TBranch *branch;
   char branchname[20];
   sprintf(branchname,"%s",GetName());
-  
   // Branch address for hit tree
-  TTree *treeH = TreeH();
+    TTree *treeH = TreeH();
   if (treeH) {
     branch = treeH->GetBranch(branchname);
     if (branch) 
      { 
        if (fHits == 0x0) fHits= new TClonesArray("AliPHOSHit",1000);
-       //Info("SetTreeAddress","<%s> Setting Hits Address",GetName());
+       //AliInfo(Form("<%s> Setting Hits Address",GetName()));
        branch->SetAddress(&fHits);
      }
   }
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOS::Reconstruct() const 
-{ 
-  // method called by AliReconstruction; it should not be called otherwise but the AliPHOSReconstructionner 
-  // should be called for stand alone reconstruction.
-  // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
-  // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
-  // the global tracking.
-  AliPHOSReconstructor * rec = new AliPHOSReconstructor((fLoader->GetRunLoader()->GetFileName()).Data()) ; 
-  TList * taskslist = rec->GetListOfTasks() ; 
-  Int_t index ;
-  TTask * task ; 
-  TString name ; 
-  // set all tasks inactive except clusterizer
-  for (index = 0; index < taskslist->GetSize(); index++) {
-    task = dynamic_cast<TTask *>(taskslist->At(index)) ; 
-    name = task->GetName() ; 
-    if ( !name.Contains(AliConfig::Instance()->GetReconstructionerTaskName()))
-      task->SetActive(kFALSE) ; 
-  }
-  rec->SetEventRange(0, -1) ; // do all the events
-  if ( Debug() ) 
-    rec->ExecuteTask("deb all") ; 
-  else 
-    rec->ExecuteTask("") ; 
-  
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOS::WriteQA()
-{
-
-  // Make TreeQA in the output file. 
-
-  if(fTreeQA == 0)
-    fTreeQA = new TTree("TreeQA", "QA Alarms") ;    
-  // Create Alarms branches
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-
-  TFolder* topfold = GetLoader()->GetTopFolder(); //get top aliroot folder; skowron
-  TString phosqafn(AliConfig::Instance()->GetQAFolderName()+"/"); //get name of QAaut folder relative to top event; skowron
-  phosqafn+=GetName(); //hard wired string!!! add the detector name to the pathname; skowron 
-  TFolder * alarmsF = (TFolder*)topfold->FindObjectAny(phosqafn); //get the folder
-  if (alarmsF == 0x0)
-   {
-     Error("WriteQA","Can not find folder with qa alarms");
-     return;
-   }
-  TString branchName(alarmsF->GetName());
-  TBranch * alarmsBranch = fTreeQA->Branch(branchName,"TFolder", &alarmsF, bufferSize, splitlevel);
-  TString branchTitle = branchName + " QA alarms" ; 
-  alarmsBranch->SetTitle(branchTitle);
-  alarmsBranch->Fill() ; 
-
-  //fTreeQA->Fill() ; 
-}