]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSAnalyze.cxx
Coding rule violations fixed.
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSAnalyze.cxx
index 196f53883b8a864ce8cfb562a2cfe945faa3b051..d20e46c94600732b553c12e4b2bd46ececdf99f5 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
+/* $Id$ */
+
 //_________________________________________________________________________
-// Algorythm class to analyze PHOS events
-//*-- Y. Schutz :   SUBATECH 
+// Algorythm class to analyze PHOS events. In this class we demostrate, 
+// how to handle reconstructed objects with AliPHSOIndexToObject.
+// As an example we propose sulotions for four most frequently used tasks:
+//    DrawRecon(...) - to draw reconstructed objects in the PHOS plane,
+//                     very usefull in the debuging
+//    InvarianMass(...) - to calculate "REAL" and "MIXED" photon pairs 
+//                        invariant mass distributions
+//    EnergyResoluition(...) -\ Energy and position resolutions of the 
+//    PositionResolution(...)-/ reconstructed photons
+//    Contamination(...) - calculates contamination of the photon spectrum and 
+//                         pobability of reconstruction of several primaries as 
+//                         kGAMMA,kELECTRON etc.
+////    User Case:
+//    root [0] AliPHOSAnalyze * a = new AliPHOSAnalyze("galice.root")
+//                    // set the file you want to analyse
+//    root [1] a->DrawRecon(1,3)
+//                    // plot RecObjects, made in event 1, PHOS module 3 
+//    root [2] a->DrawRecon(1,3,"PHOSRP","another PID")
+//                    // plot RecObjets made in the event 1, PHOS module 3,
+//                    // produced in the another reconstruction pass,
+//                    // which produced PHOS RecParticles ("PHOSRP") with 
+//                    // title "another PID".
+//    root [3] a->InvariantMass()
+//                    // Calculates "REAL" and "MIXED" invariant mass 
+//                    // distributions of kGAMMA and (kGAMMA+kNEUTRALEM)
+//                    // and APPENDS this to the file "invmass.root"
+//    root [4] a->PositionResolution()
+//                    // calculates two dimentional histos: energy of the primary
+//                    // photon vs distance betwin incedence point and reconstructed 
+//                    // poisition. One can analyse the produced file position.root 
+//                    // with macro PhotonPosition.C
+//    root [5] a->EnergyResolution()
+//                    // calculates two dimentional histos: energy of the primary
+//                    // photon vs energy of the reconstructed particle. One can 
+//                    // analyse the produced file energy.root 
+//                    // with macro PhotonEnergy.C
+//    root [6] a->Contamination()
+//                    // fills spectra of primary photons and several kinds of 
+//                    // reconstructed particles, so that analyzing them one can 
+//                    // estimate conatmination, efficiency of registration etc.
+//*--
+//*-- Author: Dmitri Peressounko (SUBATECH & RRC Kurchatov Institute)
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
+
 // --- ROOT system ---
 
 #include "TFile.h"
 #include "TH1.h"
-#include "TPad.h"
+#include "TH2.h"
 #include "TH2.h"
 #include "TParticle.h"
 #include "TClonesArray.h"
-#include "TTree.h"
 #include "TMath.h"
-#include "TCanvas.h" 
+#include "TROOT.h"
 
 // --- Standard library ---
 
-#include <iostream>
-#include <cstdio>
-
 // --- AliRoot header files ---
 
-#include "AliRun.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliStack.h"
+#include "AliPHOSGeometry.h"
 #include "AliPHOSAnalyze.h"
-#include "AliPHOSClusterizerv1.h"
-#include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
-#include "AliPHOSPIDv1.h"
-#include "AliPHOSReconstructioner.h"
 #include "AliPHOSDigit.h"
+#include "AliPHOSSDigitizer.h"
+#include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
+#include "AliPHOSCpvRecPoint.h"
 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
 #include "AliPHOSRecParticle.h"
+#include "AliPHOSLoader.h"
+
 
 ClassImp(AliPHOSAnalyze)
 
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSAnalyze::AliPHOSAnalyze():
+  fCorrection(1.2),  //Value calculated for default parameters of reconstruction
+  fEvt(0),
+  ffileName(),
+  fRunLoader(0)
+{
+  // default ctor (useless)
+}
 
 //____________________________________________________________________________
-  AliPHOSAnalyze::AliPHOSAnalyze()
+AliPHOSAnalyze::AliPHOSAnalyze(Text_t * fileName):
+  fCorrection(1.05),  //Value calculated for default parameters of reconstruction   
+  fEvt(0),
+  ffileName(fileName),
+  fRunLoader(0)
 {
-  // ctor
-  
-  fRootFile = 0 ; 
+  // ctor: analyze events from root file "name"
+  fRunLoader = AliRunLoader::Open(fileName,"AliPHOSAnalyze");
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+   }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSAnalyze::AliPHOSAnalyze(Text_t * name)
+AliPHOSAnalyze::AliPHOSAnalyze(const AliPHOSAnalyze & ana): 
+  TObject(ana),
+  fCorrection(0.),
+  fEvt(0),
+  ffileName(),
+  fRunLoader(0)
 {
-  // ctor
-  
-  Bool_t ok = OpenRootFile(name)  ; 
-  if ( !ok ) {
-    cout << " AliPHOSAnalyze > Error opening " << name << endl ; 
-  }
-  else { 
-    gAlice = (AliRun*) fRootFile->Get("gAlice");
-    fPHOS  = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
-    fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance( fPHOS->GetGeometry()->GetName(), fPHOS->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
-    fEvt = -999 ; 
-  }
+  // copy ctor
+  ( (AliPHOSAnalyze &)ana ).Copy(*this) ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -80,692 +133,1175 @@ AliPHOSAnalyze::~AliPHOSAnalyze()
 {
   // dtor
 
-  fRootFile->Close() ; 
-  delete fRootFile ; 
-  fRootFile = 0 ; 
+}
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSAnalyze::DrawRecon(Int_t Nevent,Int_t Nmod){
+  //Draws pimary particles and reconstructed 
+  //digits, RecPoints, RecPartices etc 
+  //for event Nevent in the module Nmod.
 
-  delete fPHOS ; 
-  fPHOS = 0 ; 
+  //========== Create ObjectLoader
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
+  
+  
+  if(Nevent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents() ) {
+    AliError(Form("There is no event %d only %d events available", Nevent, fRunLoader->GetNumberOfEvents() )) ;
+    return ;
+  }
+  AliPHOSGeometry * phosgeom =  AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+  fRunLoader->GetEvent(Nevent);
 
-  delete fClu ; 
-  fClu = 0 ;
+  Int_t nx = phosgeom->GetNPhi() ;
+  Int_t nz = phosgeom->GetNZ() ;
+  Float_t * cri= phosgeom->GetEMCAGeometry()->GetCrystalHalfSize() ;
+  Float_t x = nx*cri[0] ;
+  Float_t z = nz*cri[2] ;
+  Int_t nxCPV = (Int_t) (nx*phosgeom->GetPadSizePhi()/(2.*cri[0])) ;
+  Int_t nzCPV = (Int_t) (nz*phosgeom->GetPadSizeZ()/(2.*cri[2])) ;
+  
+  TH2F * emcDigits = (TH2F*) gROOT->FindObject("emcDigits") ;
+  if(emcDigits)
+    emcDigits->Delete() ;
+  emcDigits = new TH2F("emcDigits","EMC digits",  nx,-x,x,nz,-z,z);
+  TH2F * emcSdigits =(TH2F*) gROOT->FindObject("emcSdigits") ;  
+  if(emcSdigits)
+    emcSdigits->Delete() ;
+  emcSdigits = new TH2F("emcSdigits","EMC sdigits", nx,-x,x,nz,-z,z);
+  TH2F * emcRecPoints = (TH2F*)gROOT->FindObject("emcRecPoints") ; 
+  if(emcRecPoints)
+    emcRecPoints->Delete() ;
+  emcRecPoints = new TH2F("emcRecPoints","EMC RecPoints",nx,-x,x,nz,-z,z);
+  TH2F * cpvSdigits =(TH2F*) gROOT->FindObject("cpvSdigits") ;
+  if(cpvSdigits)
+    cpvSdigits->Delete() ;
+  cpvSdigits = new TH2F("cpvSdigits","CPV sdigits", nx,-x,x,nz,-z,z);
+  TH2F * cpvDigits = (TH2F*)gROOT->FindObject("cpvDigits") ;
+  if(cpvDigits)
+    cpvDigits->Delete() ;
+  cpvDigits = new TH2F("cpvDigits","CPV digits",   nxCPV,-x,x,nzCPV,-z,z) ;
+  TH2F * cpvRecPoints= (TH2F*)gROOT->FindObject("cpvRecPoints") ; 
+  if(cpvRecPoints)
+    cpvRecPoints->Delete() ;
+  cpvRecPoints = new TH2F("cpvRecPoints","CPV RecPoints",    nxCPV,-x,x,nzCPV,-z,z) ;
 
-  delete fPID ; 
-  fPID = 0 ;
+  TH2F * phot = (TH2F*)gROOT->FindObject("phot") ;
+  if(phot)
+    phot->Delete() ;
+  phot = new TH2F("phot","Primary Photon",  nx,-x,x,nz,-z,z);
+  TH2F * recPhot = (TH2F*)gROOT->FindObject("recPhot") ; 
+  if(recPhot)
+    recPhot->Delete() ;
+  recPhot = new TH2F("recPhot","RecParticles with primary Photon",nx,-x,x,nz,-z,z);
+  
+  //Get Vertex
+  Double_t vtx[3]={0.,0.,0.} ;  
+//DP: extract vertex either from Generator or from data
 
-  delete fRec ; 
-  fRec = 0 ;
+  
+  //Plot Primary Particles
+  
+  if (fRunLoader->Stack() == 0x0) fRunLoader->LoadKinematics("READ");
+  
 
-  delete fTrs ; 
-  fTrs = 0 ;
+  const TParticle * primary ;
+  Int_t iPrimary ;
+  for ( iPrimary = 0 ; iPrimary < fRunLoader->Stack()->GetNprimary() ; iPrimary++)
+    {
+      primary = fRunLoader->Stack()->Particle(iPrimary);
+      
+      Int_t primaryType = primary->GetPdgCode();
+//       if( (primaryType == 211)||(primaryType == -211)||(primaryType == 2212)||(primaryType == -2212)
+//          ||(primaryType == 11)||(primaryType == -11) ) {
+//         Int_t moduleNumber ;
+//         Double_t primX, primZ ;
+//         phosgeom->ImpactOnEmc(primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+//         if(moduleNumber==Nmod)
+//           charg->Fill(primZ,primX,primary->Energy()) ;
+//       }
+      if( primaryType == 22 ) {
+        Int_t moduleNumber ;
+        Double_t primX, primZ ;
+        phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+        if(moduleNumber==Nmod) 
+          phot->Fill(primZ,primX,primary->Energy()) ;
+      }
+//       else{
+//         if( primaryType == -2112 ) {
+//           Int_t moduleNumber ;
+//           Double_t primX, primZ ;
+//           phosgeom->ImpactOnEmc(primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+//           if(moduleNumber==Nmod)
+//             nbar->Fill(primZ,primX,primary->Energy()) ;
+//         }
+//       }
+    }  
 
-}
+  
+  Int_t iSDigit ;
+  AliPHOSDigit * sdigit ;
+  const TClonesArray * sdigits = gime->SDigits() ;
+  Int_t nsdig[5] = {0,0,0,0,0} ;
+  if(sdigits){
+    for(iSDigit = 0; iSDigit < sdigits->GetEntriesFast() ; iSDigit++)
+      {
+       sdigit = (AliPHOSDigit *) sdigits->At(iSDigit) ;
+       Int_t relid[4];
+       phosgeom->AbsToRelNumbering(sdigit->GetId(), relid) ;
+       Float_t xd,zd ;
+       phosgeom->RelPosInModule(relid,xd,zd);
+       Float_t e = sdigit->GetEnergy() ;
+       nsdig[relid[0]-1]++ ;
+       if(relid[0]==Nmod){
+         if(relid[1]==0)  //EMC
+           emcSdigits->Fill(xd,zd,e) ;
+         if( relid[1]!=0 )
+           cpvSdigits->Fill(xd,zd,e) ;
+       }
+      }
+  }
+  TString message ; 
+  message  = "Number of EMC + CPV SDigits per module: \n" ;
+  message += "%d %d %d %d %d\n"; 
+  AliInfo(Form(message.Data(), nsdig[0], nsdig[1], nsdig[2], nsdig[3], nsdig[4] )) ;
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::AnalyzeOneEvent(Int_t evt)
-{
-  Bool_t ok = Init(evt) ; 
+  //Plot digits
+  Int_t iDigit ;
+  AliPHOSDigit * digit ;
+  const TClonesArray * digits = gime->Digits(); 
+  if(digits) {
+    for(iDigit = 0; iDigit < digits->GetEntriesFast(); iDigit++)
+      {
+       digit = (AliPHOSDigit *) digits->At(iDigit) ;
+       Int_t relid[4];
+       phosgeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
+       Float_t xd,zd ;
+       phosgeom->RelPosInModule(relid,xd,zd) ;
+       Float_t e = digit->GetEnergy() ;
+       if(relid[0]==Nmod){
+         if(relid[1]==0)  //EMC
+           emcDigits->Fill(xd,zd,e) ;
+         if( relid[1]!=0 )
+           cpvDigits->Fill(xd,zd,e) ;
+       }
+      }
+  }
   
-  if ( ok ) {
-    //=========== Get the number of entries in the Digits array
-    
-    Int_t nId = fPHOS->Digits()->GetEntries();    
-    printf("AnalyzeOneEvent > Number of entries in the Digit array is %d \n",nId);
-    
-    //=========== Do the reconstruction
-    
-    cout << "AnalyzeOneEvent > Found  " << nId << "  digits in PHOS"   << endl ;  
-    
-    fPHOS->Reconstruction(fRec);  
-    
-    // =========== End of reconstruction
+  
+  //Plot RecPoints
+  Int_t irecp ;
+  TVector3 pos ;
+  TObjArray * emcrp = gime->EmcRecPoints() ;
+  if(emcrp) {
+    for(irecp = 0; irecp < emcrp->GetEntriesFast() ; irecp ++){
+      AliPHOSEmcRecPoint * emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcrp->At(irecp) ;
+      if(emc->GetPHOSMod()==Nmod){
+       emc->GetLocalPosition(pos) ;
+       emcRecPoints->Fill(pos.X(),pos.Z(),emc->GetEnergy());
+      }
+    }
+  }
+  
+  TObjArray * cpvrp = gime->CpvRecPoints() ;
+  if(cpvrp) {
+    for(irecp = 0; irecp < cpvrp->GetEntriesFast() ; irecp ++){
+      AliPHOSRecPoint * cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvrp->At(irecp) ;
+      if(cpv->GetPHOSMod()==Nmod){
+       cpv->GetLocalPosition(pos) ;
+       cpvRecPoints->Fill(pos.X(),pos.Z(),cpv->GetEnergy());
+      }
+    }
+  }
     
-    cout << "AnalyzeOneEvent > event # " << fEvt << " processed" << endl ;   
-  } // ok
-  else
-    cout << "AnalyzeOneEvent > filed to process event # " << evt << endl ;   
+  //Plot RecParticles
+  AliPHOSRecParticle * recParticle ;
+  Int_t iRecParticle ;
+  TClonesArray * rp = gime->RecParticles() ;
+  TClonesArray * ts = gime->TrackSegments() ;
+  if(rp && ts && emcrp) {
+    for(iRecParticle = 0; iRecParticle < rp->GetEntriesFast() ; iRecParticle++ )
+      {
+       recParticle = (AliPHOSRecParticle *) rp->At(iRecParticle) ;
+       Int_t moduleNumberRec ;
+       Double_t recX, recZ ;
+       phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,recParticle->Theta(), recParticle->Phi(), moduleNumberRec, recX, recZ) ;
+       if(moduleNumberRec == Nmod){
+         
+         Double_t minDistance = 5. ;
+         Int_t closestPrimary = -1 ;       
 
-}
+         //extract list of primaries: it is stored at EMC RecPoints
+         Int_t emcIndex = ((AliPHOSTrackSegment *) ts->At(recParticle->GetPHOSTSIndex()))->GetEmcIndex() ;
+         Int_t numberofprimaries ;
+         Int_t * listofprimaries  = ((AliPHOSRecPoint*) emcrp->At(emcIndex))->GetPrimaries(numberofprimaries)  ;
+         Int_t index ;
+         const TParticle * primPart ;
+         Double_t distance = minDistance ;
+         
+         for ( index = 0 ; index < numberofprimaries ; index++){
+           primPart = fRunLoader->Stack()->Particle(listofprimaries[index]) ;
+           Int_t moduleNumber ;
+           Double_t primX, primZ ;
+           phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primPart->Theta(), primPart->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+           if(moduleNumberRec == moduleNumber)
+             distance = TMath::Sqrt((recX-primX)*(recX-primX)+(recZ-primZ)*(recZ-primZ) ) ;
+           if(minDistance > distance)
+             {
+              minDistance = distance ;
+              closestPrimary = listofprimaries[index] ;
+             }
+         }
+         
+         if(closestPrimary >=0 ){
+           
+           Int_t primaryType = fRunLoader->Stack()->Particle(closestPrimary)->GetPdgCode() ;
+           
+           if(primaryType==22)
+             recPhot->Fill(recZ,recX,recParticle->Energy()) ;
+//            else
+//              if(primaryType==-2112)
+//               recNbar->Fill(recZ,recX,recParticle->Energy()) ; 
+         }
+       }
+      }
 
+  }
+  
+  //Plot made histograms
+  emcSdigits->Draw("box") ;
+  emcDigits->SetLineColor(5) ;
+  emcDigits->Draw("boxsame") ;
+  emcRecPoints->SetLineColor(2) ;
+  emcRecPoints->Draw("boxsame") ;
+  cpvSdigits->SetLineColor(1) ;
+  cpvSdigits->Draw("boxsame") ;
+  
+}
 //____________________________________________________________________________
- void AliPHOSAnalyze::AnalyzeManyEvents(Int_t Nevents, Int_t module)   // analyzes many events   
-{
+void AliPHOSAnalyze::Ls(){
+  //lists branches and titles of PHOS-related branches of TreeR, TreeD, TreeS
+  
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
 
-  if ( fRootFile == 0 ) 
-    cout << "AnalyzeManyEvents > " << "Root File not openned" << endl ;  
-  else
-    {
-      //========== Get AliRun object from file 
-      gAlice = (AliRun*) fRootFile->Get("gAlice") ;
-      //=========== Get the PHOS object and associated geometry from the file      
-      fPHOS  = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
-      fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance( fPHOS->GetGeometry()->GetName(), fPHOS->GetGeometry()->GetTitle() );
-      //========== Booking Histograms
-      cout << "AnalyzeManyEvents > " << "Booking Histograms" << endl ; 
-      BookingHistograms();
-      Int_t ievent;
-      Int_t relid[4] ;
-      AliPHOSDigit * digit ;
-      AliPHOSEmcRecPoint * emc ;
-      AliPHOSPpsdRecPoint * ppsd ;
-      AliPHOSTrackSegment * tracksegment ;
-      for ( ievent=0; ievent<Nevents; ievent++)
-       {  
-          if (ievent==0)  cout << "AnalyzeManyEvents > " << "Starting Analyzing " << endl ; 
-         //========== Create the Clusterizer
-         fClu = new AliPHOSClusterizerv1() ; 
-         fClu->SetEmcEnergyThreshold(0.025) ; 
-         fClu->SetEmcClusteringThreshold(0.75) ; 
-         fClu->SetPpsdEnergyThreshold    (0.0000002) ; 
-         fClu->SetPpsdClusteringThreshold(0.0000001) ; 
-         fClu->SetLocalMaxCut(0.03) ;
-         fClu->SetCalibrationParameters(0., 0.00000001) ;  
-         //========== Creates the track segment maker
-         fTrs = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1()  ; 
-         //========== Creates the particle identifier
-         fPID = new AliPHOSPIDv1() ;
-         fPID->SetShowerProfileCuts(0.5, 1.5, 0.5, 1.5 ) ; 
-         fPID->Print() ;           
-         //========== Creates the Reconstructioner  
-         fRec = new AliPHOSReconstructioner(fClu, fTrs, fPID) ; 
-         //========== Event Number
-         if ( ( log10(ievent+1) - (Int_t)(log10(ievent+1)) ) == 0. ) cout <<  "AnalyzeManyEvents > " << "Event is " << ievent << endl ;  
-         //=========== Connects the various Tree's for evt
-         gAlice->GetEvent(ievent);
-         //=========== Gets the Digit TTree
-         gAlice->TreeD()->GetEvent(0) ;
-         //=========== Gets the number of entries in the Digits array 
-         TIter nextdigit(fPHOS->Digits()) ;
-         while( ( digit = (AliPHOSDigit *)nextdigit() ) )
-           {
-             fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;         
-             if (fClu->IsInEmc(digit)) fhEmcDigit->Fill(fClu->Calibrate(digit->GetAmp())) ; 
-             else    
-               {  
-                 if (relid[1]<17) fhVetoDigit->Fill(fClu->Calibrate(digit->GetAmp())); 
-                 if (relid[1]>16) fhConvertorDigit->Fill(fClu->Calibrate(digit->GetAmp()));
-               }
-           }
-         //=========== Do the reconstruction
-         fPHOS->Reconstruction(fRec);
-         //=========== Cluster in module
-         TIter nextEmc(fPHOS->EmcClusters()  ) ;
-         while((emc = (AliPHOSEmcRecPoint *)nextEmc())) 
-           {
-             if ( emc->GetPHOSMod() == module )
-               {  
-                 fhEmcCluster->Fill(  emc->GetTotalEnergy()  ); 
-                 TIter nextPpsd( fPHOS->PpsdClusters()) ;
-                 while((ppsd = (AliPHOSPpsdRecPoint *)nextPpsd())) 
-                   {
-                     if ( ppsd->GetPHOSMod() == module )
-                       {                         
-                         if (!ppsd->GetUp()) fhConvertorEmc->Fill(emc->GetTotalEnergy(),ppsd->GetTotalEnergy()) ;
-                       }
-                   } 
-               }
-           }
-         //=========== Cluster in module PPSD Down
-         TIter nextPpsd(fPHOS->PpsdClusters() ) ;
-         while((ppsd = (AliPHOSPpsdRecPoint *)nextPpsd())) 
-           {
-             if ( ppsd->GetPHOSMod() == module )
-               { 
-                 if (!ppsd->GetUp()) fhConvertorCluster->Fill(ppsd->GetTotalEnergy()) ;
-                 if (ppsd->GetUp())  fhVetoCluster     ->Fill(ppsd->GetTotalEnergy()) ;
-               }
-           }
-         //========== TRackSegments in the event
-         TIter nextTrackSegment(fPHOS->TrackSegments() ) ; 
-         while((tracksegment = (AliPHOSTrackSegment *)nextTrackSegment())) 
-           {
-             if ( tracksegment->GetPHOSMod() == module )
-               { 
-                 AliPHOSRecParticle recpart(tracksegment) ; 
-                 switch(recpart.GetType())
-                   {
-                   case kGAMMA:
-                     fhPhotonEnergy->Fill(recpart.Energy() ) ; 
-                     //fhPhotonPositionX->Fill(recpart. ) ;
-                     //fhPhotonPositionY->Fill(recpart. ) ;                 
-                     //cout << "PHOTON" << endl;
-                     break;
-                   case kELECTRON:
-                     fhElectronEnergy->Fill(recpart.Energy() ) ; 
-                     //fhElectronPositionX->Fill(recpart. ) ;
-                     //fhElectronPositionY->Fill(recpart. ) ; 
-                     //cout << "ELECTRON" << endl;
-                     break;
-                   case kNEUTRON:
-                     fhNeutronEnergy->Fill(recpart.Energy() ) ; 
-                     //fhNeutronPositionX->Fill(recpart. ) ;
-                     //fhNeutronPositionY->Fill(recpart. ) ; 
-                     //cout << "NEUTRON" << endl;
-                     break ;
-                   case kCHARGEDHADRON :
-                     fhChargedHadronEnergy->Fill(recpart.Energy() ) ; 
-                     //fhChargedHadronPositionX->Fill(recpart. ) ;
-                     //fhChargedHadronPositionY->Fill(recpart. ) ; 
-                     //cout << "CHARGED HADRON" << endl;
-                     break ;
-                     
-                   }
-               }
-           }
-         // Deleting fClu, fTrs, fPID et fRec
-         fClu->Delete();
-         fTrs->Delete();
-         fPID->Delete();
-         fRec->Delete();
-
-       }   // endfor
-      SavingHistograms();
-    }       // endif
-}           // endfunction
 
+  Int_t ibranch;
+  TObjArray * branches; 
+  
+  if (gime->TreeS() == 0x0) 
+   {
+     if (gime->LoadSDigits("READ"))
+      {
+        AliError(Form("Problems with loading summable digits"));
+        return;
+      }
+   }
+  branches = gime->TreeS()->GetListOfBranches() ;
+  TString message ; 
+  message  = "TreeS:\n" ;
+  for(ibranch = 0;ibranch <branches->GetEntries();ibranch++){
+    TBranch * branch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
+    if(strstr(branch->GetName(),"PHOS") ){
+      message += "       " ; 
+      message += branch->GetName() ; 
+      message += "     " ; 
+      message += branch->GetTitle() ;
+      message += "\n" ; 
+    }
+  }
+  if (gime->TreeD() == 0x0) 
+   {
+     if (gime->LoadDigits("READ"))
+      {
+        AliError(Form("Problems with loading digits"));
+        return;
+      }
+   }
 
-//____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSAnalyze::BookingHistograms()
-{
-  if (fhEmcDigit )         delete fhEmcDigit  ;
-  if (fhVetoDigit )        delete fhVetoDigit  ;
-  if (fhConvertorDigit )   delete fhConvertorDigit   ;
-  if (fhEmcCluster   )     delete  fhEmcCluster   ;
-  if (fhVetoCluster )      delete fhVetoCluster   ;
-  if (fhConvertorCluster ) delete fhConvertorCluster  ;
-  if (fhConvertorEmc )     delete fhConvertorEmc  ;
-  fhEmcDigit         = new TH1F("hEmcDigit",      "hEmcDigit",         1000,  0. ,  25.);
-  fhVetoDigit        = new TH1F("hVetoDigit",     "hVetoDigit",         500,  0. ,  3.e-5);
-  fhConvertorDigit   = new TH1F("hConvertorDigit","hConvertorDigit",    500,  0. ,  3.e-5);
-  fhEmcCluster       = new TH1F("hEmcCluster",    "hEmcCluster",       1000,  0. ,  30.);
-  fhVetoCluster      = new TH1F("hVetoCluster",   "hVetoCluster",       500,  0. ,  3.e-5);
-  fhConvertorCluster = new TH1F("hConvertorCluster","hConvertorCluster",500,  0. ,  3.e-5);
-  fhConvertorEmc     = new TH2F("hConvertorEmc",  "hConvertorEmc",      200,  1. ,  3., 200, 0., 3.e-5);
-  fhPhotonEnergy     = new TH1F("hPhotonEnergy",  "hPhotonEnergy",     1000,  0. ,  30.);
-  fhElectronEnergy   = new TH1F("hElectronEnergy","hElectronEnergy",   1000,  0. ,  30.);
-  fhNeutronEnergy    = new TH1F("hNeutronEnergy", "hNeutronEnergy",    1000,  0. ,  30.);
-  fhChargedHadronEnergy    = new TH1F("hChargedHadronEnergy", "hChargedHadronEnergy",    1000,  0. ,  30.);
-  fhPhotonPositionX  = new TH1F("hPhotonPositionX","hPhotonPositionX",   500,-80. , 80.);
-  fhElectronPositionX= new TH1F("hElectronPositionX","hElectronPositionX",500,-80. , 80.);
-  fhNeutronPositionX  = new TH1F("hNeutronPositionX","hNeutronPositionX",500,-80. , 80.);
-  fhChargedHadronPositionX  = new TH1F("hChargedHadronPositionX","hChargedHadronPositionX",500,-80. , 80.);
-  fhPhotonPositionY  = new TH1F("hPhotonPositionY","hPhotonPositionY",   500,-80. , 80.);
-  fhElectronPositionY= new TH1F("hElectronPositionY","hElectronPositionY",500,-80. , 80.);
-  fhNeutronPositionY  = new TH1F("hNeutronPositionY","hNeutronPositionY",500,-80. , 80.);
-  fhChargedHadronPositionY  = new TH1F("hChargedHadronPositionY","hChargedHadronPositionY",500,-80. , 80.);
+  branches = gime->TreeD()->GetListOfBranches() ;
+  
+  message += "TreeD:\n" ;
+  for(ibranch = 0;ibranch <branches->GetEntries();ibranch++){
+    TBranch * branch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
+    if(strstr(branch->GetName(),"PHOS") ) {
+      message += "       "; 
+      message += branch->GetName() ; 
+      message += "     " ; 
+      message += branch->GetTitle() ; 
+      message +="\n" ;
+    }
+  }
+  
+  if (gime->TreeR() == 0x0) 
+   {
+     if (gime->LoadRecPoints("READ"))
+      {
+        AliError(Form("Problems with loading rec points"));
+        return;
+      }
+   }
 
+  branches = gime->TreeR()->GetListOfBranches() ;
+  
+  message += "TreeR: \n" ;
+  for(ibranch = 0;ibranch <branches->GetEntries();ibranch++){
+    TBranch * branch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
+    if(strstr(branch->GetName(),"PHOS") ) {
+      message += "       " ; 
+      message += branch->GetName() ; 
+      message += "     " ;
+      message += branch->GetTitle() ; 
+      message += "\n" ;
+    }
+  }
+  AliInfo(Form(message.Data())) ;  
 }
 //____________________________________________________________________________
-Bool_t AliPHOSAnalyze::Init(Int_t evt)
+ void AliPHOSAnalyze::InvariantMass()
 {
+  // Calculates Real and Mixed invariant mass distributions
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
+  
+  gime->LoadRecParticles("READ");
+  
+  Int_t nMixedEvents = 4 ; //# of events used for calculation of 'mixed' distribution 
+  
+  
+  //opening file
+  TFile * mfile = new TFile("invmass.root","update");
+  
+  //========== Reading /Booking Histograms
+  TH2D * hRealEM = 0 ;
+  hRealEM = (TH2D*) mfile->Get("hRealEM") ;
+  if(hRealEM == 0) 
+    hRealEM = new TH2D("hRealEM",   "Real for EM particles",      250,0.,1.,40,0.,4.) ;
+  TH2D * hRealPhot = 0 ;
 
-  Bool_t ok = kTRUE ; 
+  hRealPhot = (TH2D*)mfile->Get("hRealPhot");
+  if(hRealPhot == 0)
+    hRealPhot = new TH2D("hRealPhot", "Real for kPhoton particles", 250,0.,1.,40,0.,4.) ;
+
+  TH2D * hMixedEM = 0 ;
+  hMixedEM = (TH2D*) mfile->Get("hMixedEM") ;
+  if(hMixedEM == 0)
+    hMixedEM = new TH2D("hMixedEM",  "Mixed for EM particles",     250,0.,1.,40,0.,4.) ;
+
+  TH2D * hMixedPhot = 0 ;
+  hMixedPhot = (TH2D*) mfile->Get("hMixedPhot") ;
+  if(hMixedPhot == 0)
+    hMixedPhot = new TH2D("hMixedPhot","Mixed for kPhoton particles",250,0.,1.,40,0.,4.) ;
   
-   //========== Open galice root file  
 
-  if ( fRootFile == 0 ) {
-    Text_t * name  = new Text_t[80] ; 
-    cout << "AnalyzeOneEvent > Enter file root file name : " ;  
-    cin >> name ; 
-    Bool_t ok = OpenRootFile(name) ; 
-    if ( !ok )
-      cout << " AliPHOSAnalyze > Error opening " << name << endl ; 
-    else { 
-      //========== Get AliRun object from file 
-      
-      gAlice = (AliRun*) fRootFile->Get("gAlice") ;
-      
-      //=========== Get the PHOS object and associated geometry from the file 
-      
-      fPHOS  = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
-      fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance( fPHOS->GetGeometry()->GetName(), fPHOS->GetGeometry()->GetTitle() );
-    } // else !ok
-  } // if fRootFile
+  //reading event and copyng it to TConesArray of all photons
+
+  TClonesArray * allRecParticleList  = new TClonesArray("AliPHOSRecParticle", 1000) ;
+  Int_t * nRecParticles = new Int_t[nMixedEvents] ; // to mark boundaries of each event in the total list
+  for(Int_t index = 0; index < nMixedEvents; index ++)
+    nRecParticles[index] = 0 ;
+  Int_t iRecPhot = 0 ;                // number of EM particles in total list
   
-  if ( ok ) {
-    
-    //========== Create the Clusterizer
-
-    fClu = new AliPHOSClusterizerv1() ; 
-    fClu->SetEmcEnergyThreshold(0.025) ; 
-    fClu->SetEmcClusteringThreshold(0.75) ; 
-    fClu->SetPpsdEnergyThreshold    (0.0000002) ; 
-    fClu->SetPpsdClusteringThreshold(0.0000001) ; 
-    fClu->SetLocalMaxCut(0.03) ;
-    fClu->SetCalibrationParameters(0., 0.00000001) ;  
-    cout <<  "AnalyzeOneEvent > using clusterizer " << fClu->GetName() << endl ; 
-    fClu->PrintParameters() ; 
-    
-    //========== Creates the track segment maker
-    
-    fTrs = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1() ;
-    cout <<  "AnalyzeOneEvent > using tack segment maker " << fTrs->GetName() << endl ; 
-    
-    //========== Creates the particle identifier
-    
-    fPID = new AliPHOSPIDv1() ;
-    cout <<  "AnalyzeOneEvent > using particle identifier " << fPID->GetName() << endl ; 
-    
-    //========== Creates the Reconstructioner  
-    
-    fRec = new AliPHOSReconstructioner(fClu, fTrs, fPID) ;     
-    
-    //=========== Connect the various Tree's for evt
+  //scan over all events
+  Int_t event ;
+  
+
+  if (fRunLoader->TreeE() == 0x0) fRunLoader->LoadHeader();
+  
+  
+  Int_t maxevent = (Int_t)fRunLoader->TreeE()->GetEntries();
+  //  for(event = 0; event < gime->MaxEvent(); event++  ){
+  
+  
+  
+  for(event = 0; event < maxevent; event++  ){
+    fRunLoader->GetEvent(event);  //will read only TreeR 
     
-    if ( evt == -999 ) {
-      cout <<  "AnalyzeOneEvent > Enter event number : " ; 
-      cin >> evt ;  
-      cout << evt << endl ; 
+    //copy EM RecParticles to the "total" list        
+    const AliPHOSRecParticle * recParticle ;
+    Int_t iRecParticle ;
+    TClonesArray * rp = gime->RecParticles() ;
+    if(!rp){
+      AliError(Form("Can't find RecParticles")) ; 
+      return ;
     }
-    fEvt = evt ; 
-    gAlice->GetEvent(evt);
-    
-    //=========== Get the Digit TTree
+
+    for(iRecParticle = 0; iRecParticle < rp->GetEntriesFast(); iRecParticle++ )
+      {
+       recParticle = (AliPHOSRecParticle *) rp->At(iRecParticle) ;
+       if((recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST)||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW))
+         new( (*allRecParticleList)[iRecPhot++] ) AliPHOSRecParticle(*recParticle) ;
+      }
     
-    gAlice->TreeD()->GetEvent(0) ;     
+    Int_t mevent = event%nMixedEvents ; //event number in the "mixed" cicle
+    nRecParticles[mevent] = iRecPhot-1 ;  
     
-  } // ok
+    //check, if it is time to calculate invariant mass?
+    if((mevent == 0) && (event +1 == maxevent)){
+      
+      //   if((mevent == 0) && (event +1 == gime->MaxEvent())){
+      
+      //calculate invariant mass:
+      Int_t irp1,irp2 ;
+      Int_t nCurEvent = 0 ;
+      
+      for(irp1 = 0; irp1 < allRecParticleList->GetEntries()-1; irp1++){
+       AliPHOSRecParticle * rp1 = (AliPHOSRecParticle *)allRecParticleList->At(irp1) ;
+       
+       for(irp2 = irp1+1; irp2 < allRecParticleList->GetEntries(); irp2++){
+         AliPHOSRecParticle * rp2 = (AliPHOSRecParticle *)allRecParticleList->At(irp2) ;
+         
+         Double_t invMass ;
+         invMass = (rp1->Energy()+rp2->Energy())*(rp1->Energy()+rp2->Energy())-
+           (rp1->Px()+rp2->Px())*(rp1->Px()+rp2->Px())-
+           (rp1->Py()+rp2->Py())*(rp1->Py()+rp2->Py())-
+           (rp1->Pz()+rp2->Pz())*(rp1->Pz()+rp2->Pz()) ;
+         
+         if(invMass> 0)
+           invMass = TMath::Sqrt(invMass);
+         
+         Double_t pt ; 
+         pt = TMath::Sqrt((rp1->Px()+rp2->Px() )*( rp1->Px()+rp2->Px() ) + 
+                        (rp1->Py()+rp2->Py() )*( rp1->Py()+rp2->Py() ) );
+         
+         if(irp1 > nRecParticles[nCurEvent])
+           nCurEvent++;
+         
+         if(irp2 <= nRecParticles[nCurEvent]){ //'Real' event
+           hRealEM->Fill(invMass,pt);
+           if((rp1->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST)&&
+              (rp2->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST) )
+             hRealPhot->Fill(invMass,pt);
+         }
+         else{
+           hMixedEM->Fill(invMass,pt);
+           if((rp1->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST)&&
+              (rp2->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST) )
+             hMixedPhot->Fill(invMass,pt);
+         } //real-mixed
+         
+      } //loop over second rp
+      }//loop over first rp
+      
+      //Make some cleanings 
+      for(Int_t index = 0; index < nMixedEvents; index ++)
+       nRecParticles[index] = 0 ;
+      iRecPhot = 0 ;              
+      allRecParticleList->Clear() ;
+      
+    }
+  }
+  delete allRecParticleList ;
   
-  return ok ; 
-}
+  //writing output
+  mfile->cd();
+  
+  hRealEM->Write(0,kOverwrite) ;
+  hRealPhot->Write(0,kOverwrite) ;
+  hMixedEM->Write(0,kOverwrite) ;
+  hMixedPhot->Write(0,kOverwrite) ;
+  
+  mfile->Write();
+  mfile->Close();
+  delete mfile ;
+  delete nRecParticles;
 
+}
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::DisplayKineEvent(Int_t evt)
+ void AliPHOSAnalyze::EnergyResolution()
 {
-  if (evt == -999) 
-    evt = fEvt ;
-
-  Int_t module ; 
-  cout <<  "DisplayKineEvent > which module (1-5,  -1: all) ? " ; 
-  cin >> module ; cout << module << endl ; 
-
-  Int_t testparticle ; 
-  cout << " 22      : PHOTON " << endl 
-       << " (-)11   : (POSITRON)ELECTRON " << endl 
-       << " (-)2112 : (ANTI)NEUTRON " << endl  
-       << " -999    : Everything else " << endl ; 
-  cout  <<  "DisplayKineEvent > enter PDG particle code to display " ; 
-  cin >> testparticle ; cout << testparticle << endl ; 
-
-  Text_t histoname[80] ;
-  sprintf(histoname,"Event %d: Incident particles in module %d", evt, module) ; 
-
-  Double_t tm, tM, pm, pM ; // min and Max theta and phi covered by module   
-  fGeom->EmcModuleCoverage(module, tm, tM, pm, pM, kDegre) ;
-
-  Double_t theta, phi ; 
-  fGeom->EmcXtalCoverage(theta, phi, kDegre) ;
-
-  Int_t tdim = (Int_t)( (tM - tm) / theta ) ; 
-  Int_t pdim = (Int_t)( (pM - pm) / phi ) ; 
-
-  tm -= theta ; 
-  tM += theta ; 
-  pm -= phi ; 
-  pM += phi ; 
-
-  TH2F * histoparticle = new TH2F("histoparticle",  histoname, 
-                                         pdim, pm, pM, tdim, tm, tM) ; 
-  histoparticle->SetStats(kFALSE) ;
-
-  // Get pointers to Alice Particle TClonesArray
-
-  TParticle * particle;
-  TClonesArray * particlearray  = gAlice->Particles();    
-
-  Text_t canvasname[80];
-  sprintf(canvasname,"Particles incident in PHOS/EMC module # %d",module) ;
-  TCanvas * kinecanvas = new TCanvas("kinecanvas", canvasname, 650, 500) ; 
-
-  // get the KINE Tree
-
-  TTree * kine =  gAlice->TreeK() ; 
-  Stat_t nParticles =  kine->GetEntries() ; 
-  cout << "DisplayKineEvent > events in kine " << nParticles << endl ; 
-  
-  // loop over particles
-
-  Double_t kRADDEG = 180. / TMath::Pi() ; 
-  Int_t index1 ; 
-  Int_t nparticlein = 0 ; 
-  for (index1 = 0 ; index1 < nParticles ; index1++){
-    Int_t nparticle = particlearray->GetEntriesFast() ;
-    Int_t index2 ; 
-    for( index2 = 0 ; index2 < nparticle ; index2++) {         
-      particle            = (TParticle*)particlearray->UncheckedAt(index2) ;
-      Int_t  particletype = particle->GetPdgCode() ;
-      if (testparticle == -999 || testparticle == particletype) { 
-       Double_t phi        = particle->Phi() ;
-       Double_t theta      = particle->Theta() ;
-       Int_t mod ; 
-       Double_t x, z ; 
-       fGeom->ImpactOnEmc(theta, phi, mod, z, x) ;
-       if ( mod == module ) {
-         nparticlein++ ; 
-         histoparticle->Fill(phi*kRADDEG, theta*kRADDEG, particle->Energy() ) ; 
-       } 
-      } 
+  //fills two dimentional histo: energy of primary vs. energy of reconstructed
+
+  TH2F * hAllEnergy = 0 ;  //all reconstructed with primary photon   
+  TH2F * hPhotEnergy= 0 ;  //kGamma  with primary photon   
+  TH2F * hEMEnergy  = 0 ;  //electromagnetic with primary photon   
+
+  //opening file and reading histograms if any
+  TFile * efile = new TFile("energy.root","update");
+
+  hAllEnergy = (TH2F*)efile->Get("hAllEnergy") ;
+  if(hAllEnergy == 0)
+    hAllEnergy  = new TH2F("hAllEnergy",  "Energy of any RP with primary photon",100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+
+  hPhotEnergy =(TH2F*) efile->Get("hPhotEnergy") ;
+  if(hPhotEnergy == 0)
+    hPhotEnergy = new TH2F("hPhotEnergy", "Energy of kGAMMA with primary photon",100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+
+  hEMEnergy =(TH2F*) efile->Get("hEMEnergy");
+  if(hEMEnergy == 0)
+    hEMEnergy   = new TH2F("hEMEnergy",   "Energy of EM with primary photon",    100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+
+
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
+
+
+  AliPHOSGeometry * phosgeom =  AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  Int_t ievent;
+  Int_t maxevent = (Int_t)fRunLoader->TreeE()->GetEntries();
+
+  fRunLoader->LoadKinematics("READ");
+  gime->LoadTracks("READ");
+  
+  for ( ievent=0; ievent < maxevent ; ievent++){
+
+    //read the current event
+    fRunLoader->GetEvent(ievent) ;
+
+    Double_t vtx[3]={0.,0.,0.} ;  
+
+    const AliPHOSRecParticle * recParticle ;
+    Int_t iRecParticle ;
+    TClonesArray * rp = gime->RecParticles() ;
+    if(!rp) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find RecParticles ", ievent)) ;  
+      return ;
+    }
+    TClonesArray * ts = gime->TrackSegments() ;
+    if(!ts) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find TrackSegments", ievent)) ;  
+      return ;
+    }
+    TObjArray * emcrp = gime->EmcRecPoints() ;
+    if(!emcrp){
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find EmcRecPoints")) ; 
+      return ;
+    }
+      
+    for(iRecParticle = 0; iRecParticle < rp->GetEntriesFast() ;iRecParticle++ ){
+      recParticle = (AliPHOSRecParticle *) rp->At(iRecParticle) ;
+      
+      //find the closest primary
+      Int_t moduleNumberRec ;
+      Double_t recX, recZ ;
+      phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,recParticle->Theta(), recParticle->Phi(), moduleNumberRec, recX, recZ) ;
+      
+      Double_t minDistance  = 100. ;
+      Int_t closestPrimary = -1 ;
+      
+      //extract list of primaries: it is stored at EMC RecPoints
+      Int_t emcIndex = ((AliPHOSTrackSegment*) ts->At(recParticle->GetPHOSTSIndex()))->GetEmcIndex() ;
+      Int_t numberofprimaries ;
+      Int_t * listofprimaries  = ((AliPHOSEmcRecPoint*) emcrp->At(emcIndex))->GetPrimaries(numberofprimaries)  ;
+      
+      Int_t index ;
+      const TParticle * primary ;
+      Double_t distance = minDistance ;
+      Double_t dX, dZ; 
+      Double_t dXmin = 0.; 
+      Double_t dZmin = 0. ;
+      for ( index = 0 ; index < numberofprimaries ; index++){
+
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(listofprimaries[index]) ;
+
+       Int_t moduleNumber ;
+       Double_t primX, primZ ;
+       phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+       if(moduleNumberRec == moduleNumber) {
+         dX = recX - primX;
+         dZ = recZ - primZ;
+         distance = TMath::Sqrt(dX*dX + dZ*dZ) ;
+         if(minDistance > distance) {
+           minDistance = distance ;
+           dXmin = dX;
+           dZmin = dZ;
+           closestPrimary = listofprimaries[index] ;
+         }
+       }
+      }
+
+      //if found primary, fill histograms
+      if(closestPrimary >=0 ){
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(closestPrimary) ;
+       if(primary->GetPdgCode() == 22){
+         hAllEnergy->Fill(primary->Energy(), recParticle->Energy()) ;
+         if(recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST){
+           hPhotEnergy->Fill(primary->Energy(), recParticle->Energy() ) ; 
+           hEMEnergy->Fill(primary->Energy(), recParticle->Energy() ) ; 
+         }
+         else
+           if(recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW)
+             hEMEnergy->Fill(primary->Energy(), recParticle->Energy() ) ; 
+       }
+      }
     }
   }
-  kinecanvas->Draw() ; 
-  histoparticle->Draw("color") ; 
-  TPaveText *  pavetext = new TPaveText(294, 100, 300, 101); 
-  Text_t text[40] ; 
-  sprintf(text, "Particles: %d ", nparticlein) ;
-  pavetext->AddText(text) ; 
-  pavetext->Draw() ; 
-  kinecanvas->Update(); 
+
+  //write filled histograms
+  efile->cd() ;
+  hAllEnergy->Write(0,kOverwrite) ;
+  hPhotEnergy->Write(0,kOverwrite) ;
+  hEMEnergy->Write(0,kOverwrite)  ;
+  //  efile->Write() ;
+  efile->Close() ;
+  delete efile ;
 
 }
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::DisplayRecParticles()
+void AliPHOSAnalyze::PositionResolution()
 {
-  if (fEvt == -999) {
-    cout << "DisplayRecPoints > Analyze an event first ... (y/n) " ; 
-    Text_t answer[1] ; 
-    cin >> answer ; cout << answer ; 
-    if ( answer == "y" ) 
-      AnalyzeOneEvent() ;
-  } 
-    if (fEvt != -999) {
+  //fills two dimentional histo: energy vs. primary - reconstructed distance  
+
+
+
+  TH2F * hAllPosition  = 0;     // Position of any RP with primary photon
+  TH2F * hPhotPosition = 0;    // Position of kGAMMA with primary photon
+  TH2F * hEMPosition   = 0;      // Position of EM with primary photon
+
+  TH1F * hAllPositionX = 0;    // X-Position Resolution of photons with photon primary
+  TH1F * hAllPositionZ = 0;    // Z-Position Resolution of photons with photon primary
+
+
+  //opening file and reading histograms if any
+  TFile * pfile = new TFile("position.root","update");
+
+  hAllPosition = (TH2F*)pfile->Get("hAllPosition");
+  if(hAllPosition == 0)
+    hAllPosition  = new TH2F("hAllPosition",  
+                          "Position of any RP with primary photon",100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+  hPhotPosition= (TH2F*)pfile->Get("hPhotPosition");
+  if(hPhotPosition == 0)
+    hPhotPosition = new TH2F("hPhotPosition", 
+                          "Position of kGAMMA with primary photon",100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+  hEMPosition= (TH2F*)pfile->Get("hEMPosition") ;
+  if(hEMPosition == 0)
+    hEMPosition   = new TH2F("hEMPosition",   
+                          "Position of EM with primary photon",    100, 0., 5., 100, 0., 5.);
+  hAllPositionX = (TH1F*)pfile->Get("hAllPositionX") ;                        
+  if(hAllPositionX == 0)
+    hAllPositionX = new TH1F("hAllPositionX", 
+                          "Delta X of any RP with primary photon",100, -2., 2.);
+  hAllPositionZ =(TH1F*) pfile->Get("hAllPositionZ") ;
+  if(hAllPositionZ == 0)
+    hAllPositionZ = new TH1F("hAllPositionZ", 
+                          "Delta X of any RP with primary photon",100, -2., 2.);
+
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
+  
+  if (fRunLoader->TreeE() == 0x0) fRunLoader->LoadHeader();
+
+  AliPHOSGeometry * phosgeom =  AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  Int_t ievent;
+  Int_t maxevent = (Int_t)fRunLoader->TreeE()->GetEntries() ; 
+  for ( ievent=0; ievent < maxevent ; ievent++){
+    
+    //read the current event
+    fRunLoader->GetEvent(ievent) ;
+
+    //DP:Extract vertex position
+    Double_t vtx[3]={0.,0.,0.} ;  
+
+    TClonesArray * rp = gime->RecParticles() ;
+    if(!rp) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find RecParticles", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    TClonesArray * ts = gime->TrackSegments() ;
+    if(!ts) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find TrackSegments", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    TObjArray * emcrp = gime->EmcRecPoints() ;
+    if(!emcrp){
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find EmcRecPoints", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    
+    const AliPHOSRecParticle * recParticle ;
+    Int_t iRecParticle ;
+    for(iRecParticle = 0; iRecParticle < rp->GetEntriesFast(); iRecParticle++ ){
+      recParticle = (AliPHOSRecParticle *) rp->At(iRecParticle) ;
+      
+      //find the closest primary
+      Int_t moduleNumberRec ;
+      Double_t recX, recZ ;
+      phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,recParticle->Theta(), recParticle->Phi(), moduleNumberRec, recX, recZ) ;
       
-      Int_t module ; 
-      cout <<  "DisplayRecPoints > which module (1-5,  -1: all) ? " ; 
-      cin >> module ; cout << module << endl ;
-      Text_t histoname[80] ; 
-      sprintf(histoname,"Event %d: Reconstructed particles in module %d", fEvt, module) ; 
-      Double_t tm, tM, pm, pM ; // min and Max theta and phi covered by module   
-      fGeom->EmcModuleCoverage(module, tm, tM, pm, pM, kDegre) ;
-      Double_t theta, phi ; 
-      fGeom->EmcXtalCoverage(theta, phi, kDegre) ;
-      Int_t tdim = (Int_t)( (tM - tm) / theta ) ; 
-      Int_t pdim = (Int_t)( (pM - pm) / phi ) ; 
-      tm -= theta ; 
-      tM += theta ; 
-      pm -= phi ; 
-      TH2F * histoRparticle = new TH2F("histoRparticle",  histoname, 
-                                      pdim, pm, pM, tdim, tm, tM) ; 
-      histoRparticle->SetStats(kFALSE) ;
-      Text_t canvasname[80] ; 
-      sprintf(canvasname, "Reconstructed particles in PHOSmodule # %d", module) ;
-      TCanvas * rparticlecanvas = new TCanvas("RparticleCanvas", canvasname, 650, 500) ; 
-      RecParticlesList * rpl = fPHOS->RecParticles() ; 
-      Int_t nRecParticles = rpl->GetEntries() ; 
-      Int_t nRecParticlesInModule = 0 ; 
-      TIter nextRecPart(rpl) ; 
-      AliPHOSRecParticle * rp ; 
-      cout << "DisplayRecParticles > " << nRecParticles << " reconstructed particles " << endl ; 
-      Double_t kRADDEG = 180. / TMath::Pi() ; 
-      while ( (rp = (AliPHOSRecParticle *)nextRecPart() ) ) {
-       AliPHOSTrackSegment * ts = rp->GetPHOSTrackSegment() ; 
-       if ( ts->GetPHOSMod() == module ) {  
-         nRecParticlesInModule++ ; 
-         Double_t theta = rp->Theta() * kRADDEG ;
-         Double_t phi   = rp->Phi() * kRADDEG ;
-         Double_t energy = rp->Energy() ; 
-         histoRparticle->Fill(phi, theta, energy) ;
-       }
+      Double_t minDistance  = 100. ;
+      Int_t closestPrimary = -1 ;
+      
+      //extract list of primaries: it is stored at EMC RecPoints
+      Int_t emcIndex = ((AliPHOSTrackSegment*) ts->At(recParticle->GetPHOSTSIndex()))->GetEmcIndex() ;
+      Int_t numberofprimaries ;
+      Int_t * listofprimaries  = ((AliPHOSEmcRecPoint *) emcrp->At(emcIndex))->GetPrimaries(numberofprimaries)  ;
+
+      Int_t index ;
+      const TParticle * primary ;
+      Double_t distance = minDistance ;
+      Double_t dX = 1000; // incredible number
+      Double_t dZ = 1000; // for the case if no primary will be found
+      Double_t dXmin = 0.; 
+      Double_t dZmin = 0. ;
+      for ( index = 0 ; index < numberofprimaries ; index++){
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(listofprimaries[index]) ;
+       Int_t moduleNumber ;
+       Double_t primX, primZ ;
+       phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+       if(moduleNumberRec == moduleNumber) {
+         dX = recX - primX;
+         dZ = recZ - primZ;
+         distance = TMath::Sqrt(dX*dX + dZ*dZ) ;
+         if(minDistance > distance) {
+           minDistance = distance ;
+           dXmin = dX;
+           dZmin = dZ;
+           closestPrimary = listofprimaries[index] ;
+         }
+       }
+      }
+      
+      //if found primary, fill histograms
+      if(closestPrimary >=0 ){
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(closestPrimary) ;
+       if(primary->GetPdgCode() == 22){
+         hAllPosition->Fill(primary->Energy(), minDistance) ;
+         hAllPositionX->Fill(primary->Energy(), dX) ;
+         hAllPositionZ->Fill(primary->Energy(), dZ) ;
+         if(recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST){
+           hPhotPosition->Fill(primary->Energy(), minDistance ) ; 
+           hEMPosition->Fill(primary->Energy(), minDistance ) ; 
+         }
+         else
+           if(recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW)
+             hEMPosition->Fill(primary->Energy(), minDistance ) ; 
+       }
       }
-      histoRparticle->Draw("color") ; 
-      Text_t text[80] ; 
-      sprintf(text, "reconstructed particles: %d", nRecParticlesInModule) ;
-      TPaveText *  pavetext = new TPaveText(292, 100, 300, 101); 
-      pavetext->AddText(text) ; 
-      pavetext->Draw() ; 
-      rparticlecanvas->Update() ; 
     }
-}
+  }
+  
+  //Write output histgrams
+  pfile->cd() ;
+  hAllPosition->Write(0,kOverwrite) ;
+  hAllPositionX->Write(0,kOverwrite) ;
+  hAllPositionZ->Write(0,kOverwrite) ;
+  hPhotPosition->Write(0,kOverwrite) ;
+  hEMPosition->Write(0,kOverwrite) ;
+  pfile->Write() ;
+  pfile->Close() ;
+  delete pfile ;
 
+
+}
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::DisplayRecPoints()
-{
-  if (fEvt == -999) {
-    cout << "DisplayRecPoints > Analyze an event first ... (y/n) " ; 
-    Text_t answer[1] ; 
-    cin >> answer ; cout << answer ; 
-    if ( answer == "y" ) 
-      AnalyzeOneEvent() ;
-  } 
-    if (fEvt != -999) {
-      
-      Int_t module ; 
-      cout <<  "DisplayRecPoints > which module (1-5,  -1: all) ? " ; 
-      cin >> module ; cout << module << endl ; 
+void AliPHOSAnalyze::Contamination(){
+// fills spectra of primary photons and several kinds of 
+// reconstructed particles, so that analyzing them one can 
+// estimate conatmination, efficiency of registration etc.
 
-      Text_t canvasname[80];
-      sprintf(canvasname,"Digits in PHOS/EMC module # %d",module) ;
-      TCanvas * modulecanvas = new TCanvas("module", canvasname, 650, 500) ; 
-      modulecanvas->Draw() ;
+  //define several general histograms
+  TH1F * hPrimary = 0;   //spectrum (P_t distribution) of primary photons         
+  TH1F * hAllRP   = 0;   //spectrum of all RecParticles in PHOS
+  TH1F * hPhot    = 0;   //spectrum of kGAMMA RecParticles
+  TH1F * hShape   = 0;   //spectrum of all EM RecParticles
+  TH1F * hVeto    = 0;   //spectrum of all neutral RecParticles
 
-      //=========== Creating 2d-histogram of the PHOS module
-      // a little bit junkie but is used to test Geom functinalities
+  //Now separate histograms in accoradance with primary
+  //primary - photon
+  TH1F * hPhotReg = 0;   //Registeres as photon
+  TH1F * hPhotEM  = 0;   //Registered as EM       
 
-      Double_t tm, tM, pm, pM ; // min and Max theta and phi covered by module   
-      
-      fGeom->EmcModuleCoverage(module, tm, tM, pm, pM); 
-      // convert angles into coordinates local to the EMC module of interest
-
-      Int_t emcModuleNumber ;
-      Double_t emcModulexm, emcModulezm ; // minimum local coordinate in a given EMCA module
-      Double_t emcModulexM, emcModulezM ; // maximum local coordinate in a given EMCA module
-      fGeom->ImpactOnEmc(tm, pm, emcModuleNumber, emcModulezm, emcModulexm) ;
-      fGeom->ImpactOnEmc(tM, pM, emcModuleNumber, emcModulezM, emcModulexM) ;
-      Int_t xdim = (Int_t)( ( emcModulexM - emcModulexm ) / fGeom->GetCrystalSize(0) ) ;  
-      Int_t zdim = (Int_t)( ( emcModulezM - emcModulezm ) / fGeom->GetCrystalSize(2) ) ;
-      Float_t xmin = emcModulexm - fGeom->GetCrystalSize(0) ; 
-      Float_t xMax = emcModulexM + fGeom->GetCrystalSize(0) ; 
-      Float_t zmin = emcModulezm - fGeom->GetCrystalSize(2) ; 
-      Float_t zMax = emcModulezM + fGeom->GetCrystalSize(2) ;     
-      Text_t histoname[80];
-      sprintf(histoname,"Event %d: Digits and RecPoints in module %d", fEvt, module) ;
-      TH2F * hModule = new TH2F("HistoReconstructed", histoname,
-                               xdim, xmin, xMax, zdim, zmin, zMax) ;  
-      hModule->SetMaximum(2.0);
-      hModule->SetMinimum(0.0);
-      hModule->SetStats(kFALSE); 
-
-      TIter next(fPHOS->Digits()) ;
-      Float_t energy, y, z;
-      Float_t etot=0.;
-      Int_t relid[4]; Int_t nDigits = 0 ;
-      AliPHOSDigit * digit ; 
-      while((digit = (AliPHOSDigit *)next())) 
-       {  
-         fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-         if (relid[0] == module)  
-           {  
-             nDigits++ ;
-             energy = fClu->Calibrate(digit->GetAmp()) ;
-             etot += energy ; 
-             fGeom->RelPosInModule(relid,y,z) ; 
-             if (energy > 0.01 )  
-               hModule->Fill(y, z, energy) ;
-           } 
-       }
-      cout <<"DrawRecPoints >  Found in module " 
-          << module << " " << nDigits << "  digits with total energy " << etot << endl ;
-      hModule->Draw("col2") ;
-
-      //=========== Cluster in module
-
-      TClonesArray * emcRP = fPHOS->EmcClusters() ;
-      etot = 0.; 
-      Int_t totalnClusters = 0 ; 
-      Int_t nClusters = 0 ;
-      TIter nextemc(emcRP) ;
-      AliPHOSEmcRecPoint * emc ;
-      while((emc = (AliPHOSEmcRecPoint *)nextemc())) 
-       {
-         Int_t numberofprimaries ;
-         Int_t * primariesarray = new Int_t[10] ;
-         emc->GetPrimaries(numberofprimaries, primariesarray) ;
-         totalnClusters++ ;
-         if ( emc->GetPHOSMod() == module )
-           { 
-             nClusters++ ; 
-             energy = emc->GetTotalEnergy() ;   
-             etot+= energy ;  
-             emc->Draw("M") ;
-           }
-       }
-      cout << "DrawRecPoints > Found " << totalnClusters << " EMC Clusters in PHOS" << endl ; 
-      cout << "DrawRecPoints > Found in module " << module << "  " << nClusters << " EMC Clusters " << endl ;
-      cout << "DrawRecPoints > total energy  " << etot << endl ; 
-
-      TPaveText *  pavetext = new TPaveText(22, 80, 83, 90); 
-      Text_t text[40] ; 
-      sprintf(text, "digits: %d;  clusters: %d", nDigits, nClusters) ;
-      pavetext->AddText(text) ; 
-      pavetext->Draw() ; 
-      modulecanvas->Update(); 
+  //primary - n
+  TH1F * hNReg = 0;   //Registeres as photon          
+  TH1F * hNEM  = 0;   //Registered as EM            
+
+  //primary - nBar
+  TH1F * hNBarReg = 0;   //Registeres as photon
+  TH1F * hNBarEM  = 0;   //Registered as EM          
+
+  //primary - charged hadron (pBar excluded)
+  TH1F * hChargedReg = 0;   //Registeres as photon  
+  TH1F * hChargedEM  = 0;   //Registered as EM           
+
+  //primary - pBar
+  TH1F * hPbarReg = 0;   //Registeres as photon  
+  TH1F * hPbarEM  = 0;   //Registered as EM 
+
+
+  //Reading histograms from the file
+  TFile * cfile = new TFile("contamination.root","update") ;
+
+  //read general histograms
+  hPrimary = (TH1F*) cfile->Get("hPrimary") ;
+  if(hPrimary == 0)
+    hPrimary= new TH1F("hPrimary", "Primary photon spectrum", 100, 0., 5.);
+  hAllRP = (TH1F*)cfile->Get("hAllRP") ;
+  if(hAllRP == 0)
+    hAllRP = new TH1F("hAllRP","All Reconstructed particles", 100, 0., 5.);
+  hPhot  = (TH1F*)cfile->Get("hPhot") ;
+  if(hPhot == 0)
+    hPhot = new TH1F("hPhot","All kGAMMA RecParticles",100, 0., 5.);
+  hShape = (TH1F*) cfile->Get("hShape") ;
+  if(hShape == 0)
+    hShape = new TH1F("hShape","All particles with EM shower",100, 0., 5.);
+  hVeto= (TH1F*)cfile->Get("hVeto") ;
+  if(hVeto == 0) 
+    hVeto  = new TH1F("hVeto", "All uncharged particles",      100, 0., 5.);
+
+
+  //primary - photon
+  hPhotReg = (TH1F*)cfile->Get("hPhotReg");
+  if(hPhotReg == 0)
+    hPhotReg   = new TH1F("hPhotReg","Photon registered as photon",100, 0., 5.);
+  hPhotEM  =(TH1F*)cfile->Get("hPhotEM");
+  if(hPhotEM== 0)
+    hPhotEM   = new TH1F("hPhotEM",  "Photon registered as EM", 100, 0., 5.);
+
+  //primary - n
+  hNReg = (TH1F*)cfile->Get("hNReg");
+  if(hNReg== 0)
+   hNReg      = new TH1F("hNReg",   "N registered as photon",              100, 0., 5.);
+  hNEM  = (TH1F*)cfile->Get("hNEM"); 
+  if(hNEM== 0)
+    hNEM      = new TH1F("hNEM",    "N registered as EM",      100, 0., 5.);
+
+  //primary - nBar
+  hNBarReg =(TH1F*)cfile->Get("hNBarReg");
+  if(hNBarReg== 0)
+   hNBarReg   = new TH1F("hNBarReg", "NBar registered as photon",           100, 0., 5.);
+  hNBarEM  =(TH1F*)cfile->Get("hNBarEM"); 
+  if(hNBarEM== 0)
+    hNBarEM   = new TH1F("hNBarEM",  "NBar registered as EM",   100, 0., 5.);
+
+  //primary - charged hadron (pBar excluded)
+  hChargedReg = (TH1F*)cfile->Get("hChargedReg");
+  if(hChargedReg== 0)
+    hChargedReg= new TH1F("hChargedReg", "Charged hadron registered as photon",100, 0., 5.);
+  hChargedEM  = (TH1F*)cfile->Get("hChargedEM"); 
+  if(hChargedEM== 0)
+    hChargedEM= new TH1F("hChargedEM","Charged registered as EM",100, 0., 5.);
  
-      //=========== Cluster in module PPSD Down
-
-      TClonesArray * ppsdRP = fPHOS->PpsdClusters() ;
-      etot = 0.; 
-      TIter nextPpsd(ppsdRP) ;
-      AliPHOSPpsdRecPoint * ppsd ;
-      while((ppsd = (AliPHOSPpsdRecPoint *)nextPpsd())) 
-       {
-         totalnClusters++ ;
-         if ( ppsd->GetPHOSMod() == module )
-           { 
-             nClusters++ ; 
-             energy = ppsd->GetEnergy() ;   
-             etot+=energy ;  
-             if (!ppsd->GetUp()) ppsd->Draw("P") ;
-           }
-       }
-      cout << "DrawRecPoints > Found " << totalnClusters << " Ppsd Down Clusters in PHOS" << endl ; 
-      cout << "DrawRecPoints > Found in module " << module << "  " << nClusters << " Ppsd Down Clusters " << endl ;
-      cout << "DrawRecPoints > total energy  " << etot << endl ; 
-
-      //=========== Cluster in module PPSD Up
-  
-      ppsdRP = fPHOS->PpsdClusters() ;
-      etot = 0.; 
-      TIter nextPpsdUp(ppsdRP) ;
-      while((ppsd = (AliPHOSPpsdRecPoint *)nextPpsdUp())) 
-       {
-         totalnClusters++ ;
-         if ( ppsd->GetPHOSMod() == module )
-           { 
-             nClusters++ ; 
-             energy = ppsd->GetEnergy() ;   
-             etot+=energy ;  
-             if (ppsd->GetUp()) ppsd->Draw("P") ;
-           }
-       }
-  cout << "DrawRecPoints > Found " << totalnClusters << " Ppsd Up Clusters in PHOS" << endl ; 
-  cout << "DrawRecPoints > Found in module " << module << "  " << nClusters << " Ppsd Up Clusters " << endl ;
-  cout << "DrawRecPoints > total energy  " << etot << endl ; 
+  //primary - pBar
+  hPbarReg = (TH1F*)cfile->Get("hPbarReg");
+  if(hPbarReg== 0)
+    hPbarReg= new TH1F("hPbarReg", "pBar registered as photon",100, 0., 5.);
+  hPbarEM  = (TH1F*)cfile->Get("hPbarEM");
+  if(hPbarEM== 0)
+    hPbarEM= new TH1F("hPbarEM","Pbar registered as EM",100, 0., 5.);
+  
+
+  //Now make some initializations
+
+  Int_t counter[8][5] ;      //# of registered particles 
+  Int_t i1,i2 ;
+  for(i1 = 0; i1<8; i1++)
+    for(i2 = 0; i2<5; i2++)
+      counter[i1][i2] = 0 ;
+
+
+
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     AliError(Form("Error Loading session"));
+     return;
+   }
+  
+  AliPHOSLoader* gime = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(fRunLoader->GetLoader("PHOSLoader"));
+  if ( gime == 0 ) 
+   {
+     AliError(Form("Could not obtain the Loader object !")); 
+     return ;
+   } 
+  
+  if (fRunLoader->TreeE() == 0x0) fRunLoader->LoadHeader();
+  AliPHOSGeometry * phosgeom =  AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+  
+  Int_t ievent;
+  Int_t maxevent = (Int_t)fRunLoader->TreeE()->GetEntries() ; 
+  for ( ievent=0; ievent < maxevent ; ievent++){
     
-    } // if !-999
-}
+    fRunLoader->GetEvent(ievent) ;
+    
+    //DP:Extract vertex position
+    Double_t vtx[3]={0.,0.,0.} ;
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::DisplayTrackSegments()
-{
-  if (fEvt == -999) {
-    cout << "DisplayTrackSegments > Analyze an event first ... (y/n) " ; 
-    Text_t answer[1] ; 
-    cin >> answer ; cout << answer ; 
-    if ( answer == "y" ) 
-      AnalyzeOneEvent() ;
-  } 
-    if (fEvt != -999) {
-
-      Int_t module ; 
-      cout <<  "DisplayTrackSegments > which module (1-5,  -1: all) ? " ; 
-      cin >> module ; cout << module << endl ; 
-      //=========== Creating 2d-histogram of the PHOS module
-      // a little bit junkie but is used to test Geom functinalities
+    TClonesArray * rp = gime->RecParticles() ;
+    if(!rp) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find RecParticles", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    TClonesArray * ts = gime->TrackSegments() ;
+    if(!ts) {
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find TrackSegments", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    TObjArray * emcrp = gime->EmcRecPoints() ;
+    if(!emcrp){
+      AliError(Form("Event %d,  Can't find EmcRecPoints", ievent)) ;
+      return ;
+    }
+    
+    
+    //=========== Make spectrum of the primary photons
+    const TParticle * primary ;
+    Int_t iPrimary ;
+    for( iPrimary = 0 ; iPrimary < fRunLoader->Stack()->GetNprimary() ; iPrimary++){
+      primary = fRunLoader->Stack()->Particle(iPrimary) ;
+      Int_t primaryType = primary->GetPdgCode() ;
+      if( primaryType == 22 ) {
+       //check, if photons folls onto PHOS
+       Int_t moduleNumber ;
+       Double_t primX, primZ ;
+       phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+       if(moduleNumber)
+         hPrimary->Fill(primary->Energy()) ;
+       
+      }
+      
+    }
+    
+    //========== Now scan over RecParticles            
+    const AliPHOSRecParticle * recParticle ;
+    Int_t iRecParticle ;
+    for(iRecParticle = 0; iRecParticle < rp->GetEntriesFast(); iRecParticle++ ){
+      recParticle = (AliPHOSRecParticle *) rp->At(iRecParticle) ;
+      //fill histo spectrum of all RecParticles
+      hAllRP->Fill(CorrectedEnergy(recParticle->Energy())) ;
       
-      Double_t tm, tM, pm, pM ; // min and Max theta and phi covered by module   
+      //==========find the closest primary       
+      Int_t moduleNumberRec ;
+      Double_t recX, recZ ;
+      phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,recParticle->Theta(), recParticle->Phi(), moduleNumberRec, recX, recZ) ;
       
-      fGeom->EmcModuleCoverage(module, tm, tM, pm, pM); 
-      // convert angles into coordinates local to the EMC module of interest
+      Double_t minDistance  = 100. ;
+      Int_t closestPrimary = -1 ;
       
-      Int_t emcModuleNumber ;
-      Double_t emcModulexm, emcModulezm ; // minimum local coordinate in a given EMCA module
-      Double_t emcModulexM, emcModulezM ; // maximum local coordinate in a given EMCA module
-      fGeom->ImpactOnEmc(tm, pm, emcModuleNumber, emcModulezm, emcModulexm) ;
-      fGeom->ImpactOnEmc(tM, pM, emcModuleNumber, emcModulezM, emcModulexM) ;
-      Int_t xdim = (Int_t)( ( emcModulexM - emcModulexm ) / fGeom->GetCrystalSize(0) ) ;  
-      Int_t zdim = (Int_t)( ( emcModulezM - emcModulezm ) / fGeom->GetCrystalSize(2) ) ;
-      Float_t xmin = emcModulexm - fGeom->GetCrystalSize(0) ; 
-      Float_t xMax = emcModulexM + fGeom->GetCrystalSize(0) ; 
-      Float_t zmin = emcModulezm - fGeom->GetCrystalSize(2) ; 
-      Float_t zMax = emcModulezM + fGeom->GetCrystalSize(2) ;     
-      Text_t histoname[80];
-      sprintf(histoname,"Event %d: Track Segments in module %d", fEvt, module) ; 
-      TH2F * histotrack = new TH2F("histotrack",  histoname, 
-                                  xdim, xmin, xMax, zdim, zmin, zMax) ;  
-      histotrack->SetStats(kFALSE); 
-      Text_t canvasname[80];
-      sprintf(canvasname,"Track segments in PHOS/EMC-PPSD module # %d", module) ;
-      TCanvas * trackcanvas = new TCanvas("TrackSegmentCanvas", canvasname, 650, 500) ; 
-      histotrack->Draw() ; 
-
-      TrackSegmentsList * trsegl = fPHOS->TrackSegments() ;
-      AliPHOSTrackSegment * trseg ;
-      Int_t nTrackSegments = trsegl->GetEntries() ;
+      //extract list of primaries: it is stored at EMC RecPoints
+      Int_t emcIndex = ((AliPHOSTrackSegment *) ts->At(recParticle->GetPHOSTSIndex()))->GetEmcIndex() ;
+      Int_t numberofprimaries ;
+      Int_t * listofprimaries  = ((AliPHOSEmcRecPoint *) emcrp->At(emcIndex))->GetPrimaries(numberofprimaries)  ;
       Int_t index ;
-      Float_t etot = 0 ;
-      Int_t nTrackSegmentsInModule = 0 ; 
-      for(index = 0; index < nTrackSegments ; index++){
-       trseg = (AliPHOSTrackSegment * )trsegl->At(index) ;
-       etot+= trseg->GetEnergy() ;
-       if ( trseg->GetPHOSMod() == module ) { 
-         nTrackSegmentsInModule++ ; 
-         trseg->Draw("P");
-       }
-      } 
-      Text_t text[80] ; 
-      sprintf(text, "track segments: %d", nTrackSegmentsInModule) ;
-      TPaveText *  pavetext = new TPaveText(22, 80, 83, 90); 
-      pavetext->AddText(text) ; 
-      pavetext->Draw() ; 
-      trackcanvas->Update() ; 
-      cout << "DisplayTrackSegments > Found " << trsegl->GetEntries() << " Track segments with total energy "<< etot << endl ;
-    
-   }
-}
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliPHOSAnalyze::OpenRootFile(Text_t * name)
-{
-  fRootFile   = new TFile(name) ;
-  return  fRootFile->IsOpen() ; 
-}
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSAnalyze::SavingHistograms()
-{
-  Text_t outputname[80] ;// = fRootFile->GetName();
-  sprintf(outputname,"%s.analyzed",fRootFile->GetName());
-  TFile output(outputname,"RECREATE");
-  output.cd();
-  if (fhEmcDigit )         fhEmcDigit->Write()  ;
-  if (fhVetoDigit )        fhVetoDigit->Write()  ;
-  if (fhConvertorDigit )   fhConvertorDigit->Write()   ;
-  if (fhEmcCluster   )     fhEmcCluster->Write()   ;
-  if (fhVetoCluster )      fhVetoCluster->Write()   ;
-  if (fhConvertorCluster ) fhConvertorCluster->Write()  ;
-  if (fhConvertorEmc )     fhConvertorEmc->Write()  ;
-  if (fhPhotonEnergy)      fhPhotonEnergy->Write() ;
-  if (fhPhotonPositionX)   fhPhotonPositionX->Write() ;
-  if (fhPhotonPositionY)   fhPhotonPositionX->Write() ;
-  if (fhElectronEnergy)    fhElectronEnergy->Write() ;
-  if (fhElectronPositionX) fhElectronPositionX->Write() ;
-  if (fhElectronPositionY) fhElectronPositionX->Write() ;
-  if (fhNeutronEnergy)     fhNeutronEnergy->Write() ;
-  if (fhNeutronPositionX)  fhNeutronPositionX->Write() ;
-  if (fhNeutronPositionY)  fhNeutronPositionX->Write() ;
-  if (fhChargedHadronEnergy)     fhChargedHadronEnergy->Write() ;
-  if (fhChargedHadronPositionX)  fhChargedHadronPositionX->Write() ;
-  if (fhChargedHadronPositionY)  fhChargedHadronPositionX->Write() ;
-
-  output.Write();
-  output.Close();
+      Double_t distance = minDistance ;
+      Double_t dX, dZ; 
+      Double_t dXmin = 0.; 
+      Double_t dZmin = 0. ;
+      for ( index = 0 ; index < numberofprimaries ; index++){
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(listofprimaries[index]) ;
+       Int_t moduleNumber ;
+       Double_t primX, primZ ;
+       phosgeom->ImpactOnEmc(vtx,primary->Theta(), primary->Phi(), moduleNumber, primX, primZ) ;
+       if(moduleNumberRec == moduleNumber) {
+         dX = recX - primX;
+         dZ = recZ - primZ;
+         distance = TMath::Sqrt(dX*dX + dZ*dZ) ;
+         if(minDistance > distance) {
+           minDistance = distance ;
+           dXmin = dX;
+           dZmin = dZ;
+           closestPrimary = listofprimaries[index] ;
+         }
+       }
+      }
+      
+      //===========define the "type" of closest primary
+      if(closestPrimary >=0 ){
+       Int_t primaryCode = -1;
+       primary = fRunLoader->Stack()->Particle(closestPrimary) ;
+       Int_t primaryType = primary->GetPdgCode() ;
+       if(primaryType == 22) // photon ?
+         primaryCode = 0 ;
+       else
+         if(primaryType == 2112) // neutron
+           primaryCode = 1 ; 
+         else
+           if(primaryType == -2112) // Anti neutron
+             primaryCode = 2 ;
+           else
+             if(primaryType == -2122) //Anti proton
+              primaryCode = 4 ;
+             else {
+              TParticle tempo(*primary) ; 
+              if(tempo.GetPDG()->Charge())
+                primaryCode = 3 ;
+             }
+
+       //==========Now look at the type of RecParticle
+       Float_t energy = CorrectedEnergy(recParticle->Energy()) ;
+       if(recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST){
+         hPhot->Fill(energy ) ;        
+         switch(primaryCode){
+         case 0:
+           hPhotReg->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 1:
+           hNReg->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 2:
+           hNBarReg->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 3:
+           hChargedReg->Fill(energy ) ;
+           break ;
+         case 4:
+           hPbarReg->Fill(energy ) ;
+           break ;
+         default:
+           break ;
+         }
+       }
+       if((recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST)||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMFAST)||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW)||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMSLOW) ){ //with EM shower
+         hShape->Fill(energy ) ;
+         switch(primaryCode){
+         case 0:
+           hPhotEM->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 1:
+           hNEM->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 2:
+           hNBarEM->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 3:
+           hChargedEM->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         case 4:
+           hPbarEM->Fill(energy ) ; 
+           break ;
+         default:
+           break ;
+         }
+       }
+       
+       if((recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST)||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHAFAST) ||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW) ||
+          (recParticle->GetType() == AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHASLOW) ) //nuetral
+         hVeto->Fill(energy ) ;
+       
+       //fill number of primaries identified as ...
+       if(primaryCode >= 0) // Primary code defined
+         counter[recParticle->GetType()][primaryCode]++ ; 
+       
+      }
+      
+    } // no closest primary found
+  }     
+  
+  
+  //===================  SaveHistograms
+  cfile->cd() ;
+  hPrimary->Write(0,kOverwrite); 
+  hAllRP->Write(0,kOverwrite);  
+  hPhot->Write(0,kOverwrite);  
+  hShape->Write(0,kOverwrite); 
+  hVeto->Write(0,kOverwrite);  
+  hPhotReg->Write(0,kOverwrite); 
+  hPhotEM->Write(0,kOverwrite);   
+  hNReg ->Write(0,kOverwrite);  
+  hNEM  ->Write(0,kOverwrite); 
+  hNBarReg ->Write(0,kOverwrite); 
+  hNBarEM  ->Write(0,kOverwrite); 
+  hChargedReg ->Write(0,kOverwrite); 
+  hChargedEM  ->Write(0,kOverwrite); 
+  hPbarReg ->Write(0,kOverwrite); 
+  hPbarEM  ->Write(0,kOverwrite); 
+  
+  cfile->Write(0,kOverwrite); 
+  cfile->Close();
+  delete cfile ;
+  
+  //print Final Table
+  maxevent = (Int_t)gAlice->TreeE()->GetEntries() ; 
+
+  TString message ; 
+  message  = "Resolutions: Analyzed %d event(s)\n" ; 
+  message += "        Primary:    Photon  Neutron  Antineutron  Charged hadron   AntiProton\n" ; 
+  message += "--------------------------------------------------------------------------------\n" ;
+  message += "         kGAMMA: " ; 
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ; 
+  message += "       kGAMMAHA: " ;
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ; 
+  message += "     kNEUTRALEM: " ; 
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ; 
+  message += "     kNEUTRALHA: " ; 
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ;
+  message += "      kABSURDEM: ";
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ;
+  message += "      kABSURDHA: " ;
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ;
+  message += "      kELECTRON: " ;
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ;
+  message += "     kCHARGEDHA: " ;  
+  message += "%d %d %d %d %d\n" ;
+   
+  message += "--------------------------------------------------------------------------------" ;
+
+  Int_t totalInd = 0 ;
+  for(i1 = 0; i1<8; i1++)
+    for(i2 = 0; i2<5; i2++)
+      totalInd+=counter[i1][i2] ;
+  message += "Indentified particles: %d" ; 
+  
+ AliInfo(Form(message.Data(), maxevent, 
+      counter[2][0], counter[2][1], counter[2][2], counter[2][3], counter[2][4], 
+      counter[3][0], counter[3][1], counter[3][2], counter[3][3], counter[3][4], 
+      counter[0][0], counter[0][1], counter[0][2], counter[0][3], counter[0][4], 
+      counter[1][0], counter[1][1], counter[1][2], counter[1][3], counter[1][4], 
+      counter[4][0], counter[4][1], counter[4][2], counter[4][3], counter[4][4], 
+      counter[5][0], counter[5][1], counter[5][2], counter[5][3], counter[5][4], 
+      counter[6][0], counter[6][1], counter[6][2], counter[6][3], counter[6][4], 
+      counter[7][0], counter[7][1], counter[7][2], counter[7][3], counter[7][4], 
+      totalInd )) ;
+
 }