Charged jets (pPb): Improved trackcut analysis
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSClusterizerv1.cxx
index 7a364ab..840ffd0 100644 (file)
 
 /* History of cvs commits:
  *
- * $Log$
+ * $Log: AliPHOSClusterizerv1.cxx,v $
+ * Revision 1.118  2007/12/11 21:23:26  kharlov
+ * Added possibility to swith off unfolding
+ *
+ * Revision 1.117  2007/10/18 08:42:05  kharlov
+ * Bad channels cleaned before clusterization
+ *
+ * Revision 1.116  2007/10/01 20:24:08  kharlov
+ * Memory leaks fixed
+ *
+ * Revision 1.115  2007/09/26 14:22:17  cvetan
+ * Important changes to the reconstructor classes. Complete elimination of the run-loaders, which are now steered only from AliReconstruction. Removal of the corresponding Reconstruct() and FillESD() methods.
+ *
+ * Revision 1.114  2007/09/06 16:06:44  kharlov
+ * Absence of sorting results in loose of all unfolded clusters
+ *
+ * Revision 1.113  2007/08/28 12:55:07  policheh
+ * Loaders removed from the reconstruction code (C.Cheshkov)
+ *
+ * Revision 1.112  2007/08/22 09:20:50  hristov
+ * Updated QA classes (Yves)
+ *
+ * Revision 1.111  2007/08/08 12:11:28  kharlov
+ * Protection against uninitialized fQADM
+ *
+ * Revision 1.110  2007/08/07 14:16:00  kharlov
+ * Quality assurance added (Yves Schutz)
+ *
+ * Revision 1.109  2007/07/24 17:20:35  policheh
+ * Usage of RecoParam objects instead of hardcoded parameters in reconstruction.
+ * (See $ALICE_ROOT/PHOS/macros/BeamTest2006/RawReconstruction.C).
+ *
+ * Revision 1.108  2007/06/18 07:00:51  kharlov
+ * Bug fix for attempt to use AliPHOSEmcRecPoint after its deletion
+ *
+ * Revision 1.107  2007/05/25 14:12:26  policheh
+ * Local to tracking CS transformation added for CPV rec. points
+ *
+ * Revision 1.106  2007/05/24 13:01:22  policheh
+ * Local to tracking CS transformation invoked for each EMC rec.point
+ *
+ * Revision 1.105  2007/05/02 13:41:22  kharlov
+ * Mode protection against absence of calib.data from AliPHOSCalibData to AliPHOSClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
+ *
+ * Revision 1.104  2007/04/27 16:55:53  kharlov
+ * Calibration stops if PHOS CDB objects do not exist
+ *
+ * Revision 1.103  2007/04/11 11:55:45  policheh
+ * SetDistancesToBadChannels() added.
+ *
+ * Revision 1.102  2007/03/28 19:18:15  kharlov
+ * RecPoints recalculation in TSM removed
+ *
+ * Revision 1.101  2007/03/06 06:51:27  kharlov
+ * Calculation of cluster properties dep. on vertex posponed to TrackSegmentMaker
+ *
+ * Revision 1.100  2007/01/10 11:07:26  kharlov
+ * Raw digits writing to file (B.Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.99  2006/11/07 16:49:51  kharlov
+ * Corrections for next event switch in case of raw data (B.Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.98  2006/10/27 17:14:27  kharlov
+ * Introduce AliDebug and AliLog (B.Polichtchouk)
+ *
+ * Revision 1.97  2006/08/29 11:41:19  kharlov
+ * Missing implementation of ctors and = operator are added
+ *
+ * Revision 1.96  2006/08/25 16:56:30  kharlov
+ * Compliance with Effective C++
+ *
+ * Revision 1.95  2006/08/11 12:36:26  cvetan
+ * Update of the PHOS code needed in order to read and reconstruct the beam test raw data (i.e. without an existing galice.root)
+ *
+ * Revision 1.94  2006/08/07 12:27:49  hristov
+ * Removing obsolete code which affected the event numbering scheme
+ *
+ * Revision 1.93  2006/08/01 12:20:17  cvetan
+ * 1. Adding a possibility to read and reconstruct an old rcu formatted raw data. This is controlled by an option of AliReconstruction and AliPHOSReconstructor. 2. In case of raw data processing (without galice.root) create the default AliPHOSGeometry object. Most likely this should be moved to the CDB
+ *
+ * Revision 1.92  2006/04/29 20:26:46  hristov
+ * Separate EMC and CPV calibration (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.91  2006/04/22 10:30:17  hristov
+ * Add fEnergy to AliPHOSDigit and operate with EMC amplitude in energy units (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.90  2006/04/11 15:22:59  hristov
+ * run number in query set to -1: forces AliCDBManager to use its run number (A.Colla)
+ *
+ * Revision 1.89  2006/03/13 14:05:42  kharlov
+ * Calibration objects for EMC and CPV
+ *
+ * Revision 1.88  2006/01/11 08:54:52  hristov
+ * Additional protection in case no calibration entry was found
+ *
+ * Revision 1.87  2005/11/22 08:46:43  kharlov
+ * Updated to new CDB (Boris Polichtchouk)
+ *
  * Revision 1.86  2005/11/14 21:52:43  hristov
  * Coding conventions
  *
 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
 //  standalone mode.
 // Use Case:
-//  root [0] AliPHOSClusterizerv1 * cl = new AliPHOSClusterizerv1("galice.root", "recpointsname", "digitsname")  
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//               // reads gAlice from header file "galice.root", uses digits stored in the branch names "digitsname" (default = "Default")
-//               // and saves recpoints in branch named "recpointsname" (default = "digitsname")                       
-//  root [1] cl->ExecuteTask()  
-//               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
+//  root [0] AliPHOSClusterizerv1 * cl = new AliPHOSClusterizerv1(<pointer_to_phos_geometry_onject>)  
+//  root [1] cl->Digits2Clusters(digitsTree,clusterTree)
+//               //finds RecPoints in the current event
 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
 //               //sets another title for Digitis (input) branch
 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
 //               //sets another title four output branches
 //  root [4] cl->SetEmcLocalMaxCut(0.03)  
 //               //set clusterization parameters
-//  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
-//               //once more finds RecPoints options are 
-//               // deb - print number of found rec points
-//               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
-//               // time - print benchmarking results
 
 // --- ROOT system ---
 
 #include "TMinuit.h"
 #include "TTree.h" 
 #include "TBenchmark.h"
+#include "TClonesArray.h"
 
 // --- Standard library ---
 
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliLog.h"
-#include "AliPHOSGetter.h"
+#include "AliConfig.h"
 #include "AliPHOSGeometry.h" 
 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
 #include "AliPHOSCpvRecPoint.h"
 #include "AliPHOSDigit.h"
 #include "AliPHOSDigitizer.h"
-#include "AliPHOSCalibrationDB.h"
 #include "AliCDBManager.h"
 #include "AliCDBStorage.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliPHOSRecoParam.h"
+#include "AliPHOSReconstructor.h"
+#include "AliPHOSCalibData.h"
 
 ClassImp(AliPHOSClusterizerv1)
   
 //____________________________________________________________________________
-  AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1() : AliPHOSClusterizer()
+AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1() :
+  AliPHOSClusterizer(),
+  fDefaultInit(0),            fEmcCrystals(0),          fToUnfold(0),
+  fWrite(0),                  
+  fNumberOfEmcClusters(0),    fNumberOfCpvClusters(0),
+  fEmcClusteringThreshold(0), fCpvClusteringThreshold(0), 
+  fEmcLocMaxCut(0),           fW0(0),                   fCpvLocMaxCut(0),
+  fW0CPV(0),                 
+  fTimeGateLowAmp(0.),        fTimeGateLow(0.),         fTimeGateHigh(0.),  
+  fEcoreRadius(0)
 {
   // default ctor (to be used mainly by Streamer)
   
-  InitParameters() ; 
-  fDefaultInit = kTRUE ; 
+  fDefaultInit = kTRUE ;
+  
+  for(Int_t i=0; i<53760; i++){
+    fDigitsUsed[i]=0 ;
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName)
-:AliPHOSClusterizer(alirunFileName, eventFolderName)
+AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1(AliPHOSGeometry *geom) :
+  AliPHOSClusterizer(geom),
+  fDefaultInit(0),            fEmcCrystals(0),          fToUnfold(0),
+  fWrite(0),                
+  fNumberOfEmcClusters(0),    fNumberOfCpvClusters(0),
+  fEmcClusteringThreshold(0), fCpvClusteringThreshold(0), 
+  fEmcLocMaxCut(0),           fW0(0),                   fCpvLocMaxCut(0),
+  fW0CPV(0),                  
+  fTimeGateLowAmp(0.),        fTimeGateLow(0.),         fTimeGateHigh(0.),  
+  fEcoreRadius(0) 
 {
   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
   
-  InitParameters() ;
+  for(Int_t i=0; i<53760; i++){
+    fDigitsUsed[i]=0 ;
+  }
+  
   Init() ;
   fDefaultInit = kFALSE ; 
 }
@@ -124,48 +239,11 @@ AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1(const TString alirunFileName, const T
 
 }
 //____________________________________________________________________________
-const TString AliPHOSClusterizerv1::BranchName() const 
-{  
-  return GetName();
-}
-//____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t absId)
-{  
-  // Convert digitized amplitude into energy.
-  // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
-  // or from digitizer parameters for simulated data.
-
-  if(fCalibData){
-    Int_t relId[4];
-    AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance();
-    gime->PHOSGeometry()->AbsToRelNumbering(absId,relId) ;
-    Int_t   module = relId[0];
-    Int_t   column = relId[3];
-    Int_t   row    = relId[2];
-    if(absId <= fEmcCrystals) { //calibrate as EMC 
-      fADCchanelEmc   = fCalibData->GetADCchannelEmc (module,column,row);
-      fADCpedestalEmc = fCalibData->GetADCpedestalEmc(module,column,row);
-      return fADCpedestalEmc + amp*fADCchanelEmc ;        
-    }
-    else //calibrate as CPV, not implemented yet
-      return 0;
-  }
-  else{ //simulation
-    if(absId <= fEmcCrystals) //calibrate as EMC 
-      return fADCpedestalEmc + amp*fADCchanelEmc ;        
-    else //calibrate as CPV
-      return fADCpedestalCpv+ amp*fADCchanelCpv ;       
-  }
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSClusterizerv1::Exec(Option_t *option)
+void AliPHOSClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t *option)
 {
-  // Steering method to perform clusterization for events
-  // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
-  // This range is optionally set by SetEventRange().
-  // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
+  // Steering method to perform clusterization for one event
+  // The input is the tree with digits.
+  // The output is the tree with clusters.
 
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("PHOSClusterizer"); 
@@ -175,53 +253,28 @@ void AliPHOSClusterizerv1::Exec(Option_t *option)
     return ;
   }
 
-  GetCalibrationParameters() ;
-
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
-  if (fRawReader == 0)
-    gime->SetRawDigits(kFALSE);
-  else
-    gime->SetRawDigits(kTRUE);
-  
-  if (fLastEvent == -1) 
-    fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
-  else 
-    fLastEvent = TMath::Min(fFirstEvent, gime->MaxEvent()); // one event at the time 
-  Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
-
-  Int_t ievent ;
-  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
-    if (fRawReader == 0)
-      gime->Event(ievent    ,"D"); // Read digits from simulated data
-    else
-      gime->Event(fRawReader,"W"); // Read digits from raw data
+  MakeClusters() ;
     
-    fNumberOfEmcClusters  = fNumberOfCpvClusters  = 0 ;
-    
-    MakeClusters() ;
+  AliDebug(2,Form(" ---- Printing clusters (%d)\n",
+                 fEMCRecPoints->GetEntries()));
+  if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1)
+    fEMCRecPoints->Print();
 
-    if(fToUnfold)             
-      MakeUnfolding() ;
+  if(fToUnfold)             
+    MakeUnfolding();
 
-    WriteRecPoints();
+  WriteRecPoints();
 
-    if(strstr(option,"deb"))  
-      PrintRecPoints(option) ;
+  if(strstr(option,"deb"))  
+    PrintRecPoints(option) ;
 
-    //increment the total number of recpoints per run 
-    fRecPointsInRun += gime->EmcRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
-    fRecPointsInRun += gime->CpvRecPoints()->GetEntriesFast() ;  
-    }
-  
-  if(fWrite) //do not unload in "on flight" mode
-    Unload();
-  
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSClusterizer");
-    AliInfo(Form("took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event \n",
-        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSClusterizer"), 
-        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSClusterizer")/nEvents )) ; 
-  } 
+    AliInfo(Form("took %f seconds for Clusterizing\n",
+                gBenchmark->GetCpuTime("PHOSClusterizer"))); 
+  }
+  fEMCRecPoints->Delete();
+  fCPVRecPoints->Delete();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -233,10 +286,8 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::FindFit(AliPHOSEmcRecPoint * emcRP, AliPHOSDigit **
   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
 
   
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-  TClonesArray * digits = gime->Digits(); 
-  
-
+  if(!gMinuit) //it was deleted by someone else
+    gMinuit = new TMinuit(100) ;
   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
   gMinuit->SetFCN(AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
@@ -244,7 +295,8 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::FindFit(AliPHOSEmcRecPoint * emcRP, AliPHOSDigit **
 
   TList * toMinuit = new TList();
   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
-  toMinuit->AddAt(digits,1) ;
+  toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
+  toMinuit->AddAt(fGeom,2) ;
   
   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
 
@@ -257,16 +309,14 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::FindFit(AliPHOSEmcRecPoint * emcRP, AliPHOSDigit **
 
   Int_t iDigit ;
 
-  const AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ; 
-
   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
     digit = maxAt[iDigit]; 
 
     Int_t relid[4] ;
     Float_t x = 0.;
     Float_t z = 0.;
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->RelPosInModule(relid, x, z) ;
+    fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
+    fGeom->RelPosInModule(relid, x, z) ;
 
     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 
@@ -318,37 +368,6 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::FindFit(AliPHOSEmcRecPoint * emcRP, AliPHOSDigit **
 
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
-{
-  // Set calibration parameters:
-  // if calibration database exists, they are read from database,
-  // otherwise, they are taken from digitizer.
-  //
-  // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, for example: 
-  // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
-
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-
-  if(AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()){
-    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()
-      ->Get("PHOS/GainFactors_and_Pedestals/Calibration",gAlice->GetRunNumber());
-    fCalibData = (AliPHOSCalibData*) entry->GetObject();
-  }
-  
-  
-  if(!fCalibData)
-    {
-      if ( !gime->Digitizer() ) 
-       gime->LoadDigitizer();
-      AliPHOSDigitizer * dig = gime->Digitizer(); 
-      fADCchanelEmc   = dig->GetEMCchannel() ;
-      fADCpedestalEmc = dig->GetEMCpedestal();
-    
-      fADCchanelCpv   = dig->GetCPVchannel() ;
-      fADCpedestalCpv = dig->GetCPVpedestal() ; 
-    }
-}
 
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSClusterizerv1::Init()
@@ -356,20 +375,18 @@ void AliPHOSClusterizerv1::Init()
   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
   // Attach the Clusterizer task to the list of PHOS tasks
  
-  AliPHOSGetter* gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
-  if(!gime)
-    gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data());
-
-  AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry();
-
-  fEmcCrystals = geom->GetNModules() *  geom->GetNCristalsInModule() ;
+  fEmcCrystals = fGeom->GetNModules() *  fGeom->GetNCristalsInModule() ;
 
   if(!gMinuit) 
     gMinuit = new TMinuit(100);
 
-  if ( !gime->Clusterizer() ) {
-    gime->PostClusterizer(this);
-  }
+  if (!fgCalibData) 
+    fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
+  if (fgCalibData->GetCalibDataEmc() == 0)
+    AliFatal("Calibration parameters for PHOS EMC not found. Stop reconstruction.\n");
+  if (fgCalibData->GetCalibDataCpv() == 0)   
+    AliFatal("Calibration parameters for PHOS CPV not found. Stop reconstruction.\n");   
+
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -378,30 +395,30 @@ void AliPHOSClusterizerv1::InitParameters()
 
   fNumberOfCpvClusters     = 0 ; 
   fNumberOfEmcClusters     = 0 ; 
-  
-  fCpvClusteringThreshold  = 0.0;
-  fEmcClusteringThreshold  = 0.2;   
-  
-  fEmcLocMaxCut            = 0.03 ;
-  fCpvLocMaxCut            = 0.03 ;
 
-  fEmcMinE                 = 0.01 ;
-  fCpvMinE                 = 0.0  ;
+  const AliPHOSRecoParam* recoParam = AliPHOSReconstructor::GetRecoParam();
+  if(!recoParam) AliFatal("Reconstruction parameters are not set!");
 
-  fW0                      = 4.5 ;
-  fW0CPV                   = 4.0 ;
+  recoParam->Print();
 
-  fEmcTimeGate             = 1.e-8 ; 
+  fEmcClusteringThreshold  = recoParam->GetEMCClusteringThreshold();
+  fCpvClusteringThreshold  = recoParam->GetCPVClusteringThreshold();
   
-  fToUnfold                = kTRUE ;
-    
-  fRecPointsInRun          = 0 ;
+  fEmcLocMaxCut            = recoParam->GetEMCLocalMaxCut();
+  fCpvLocMaxCut            = recoParam->GetCPVLocalMaxCut();
 
-  fWrite                   = kTRUE ;
+  fW0                      = recoParam->GetEMCLogWeight();
+  fW0CPV                   = recoParam->GetCPVLogWeight();
 
-  fCalibData               = 0 ;
+  fTimeGateLowAmp          = recoParam->GetTimeGateAmpThresh() ;
+  fTimeGateLow             = recoParam->GetTimeGateLow() ;
+  fTimeGateHigh            = recoParam->GetTimeGateHigh() ;
 
-  SetEventRange(0,-1) ;
+  fEcoreRadius             = recoParam->GetEMCEcoreRadius();
+  
+  fToUnfold                = recoParam->EMCToUnfold() ;
+    
+  fWrite                   = kTRUE ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -410,55 +427,54 @@ Int_t AliPHOSClusterizerv1::AreNeighbours(AliPHOSDigit * d1, AliPHOSDigit * d2)c
   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
   //                                       = 1 are neighbour
   //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
+  //                                       =-1 are not neighbour, continue searching, but do not look before d2 next time
   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
 
-  AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
-
-  Int_t rv = 0 ; 
-
   Int_t relid1[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
+  fGeom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
 
   Int_t relid2[4] ; 
-  geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
+  fGeom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
  
   if ( (relid1[0] == relid2[0]) && (relid1[1]==relid2[1]) ) { // inside the same PHOS module 
     Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;  
     Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;  
     
-    if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
-      if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fEmcTimeGate))
-      rv = 1 ; 
+    if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){   //At least common vertex
+      //    if (( relid1[2]==relid2[2] && coldiff <= 1 )  || ( relid1[3]==relid2[3] &&  rowdiff <= 1 )){ //common side
+      if((relid1[1] != 0) || CheckTimeGate(d1->GetTime(),d1->GetEnergy(),d2->GetTime(),d2->GetEnergy())) 
+      return 1 ; 
     }
     else {
       if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1)) 
-        rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
+        return 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
     }
+    return 0 ;
 
   } 
   else {
+    if(relid1[0] > relid2[0] && relid1[1]==relid2[1] ) //we switched to the next module
+      return -1 ;
+    if(relid1[1] < relid2[1]) //we switched from EMC(0) to CPV(-1)
+      return -1 ;
     
-    if( (relid1[0] < relid2[0]) || (relid1[1] != relid2[1]) )  
-      rv=2 ;
+    return 2 ;
 
   }
 
-  return rv ; 
+  return 0 ; 
 }
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSClusterizerv1::CleanDigits(TClonesArray * digits){
-  for(Int_t i=0; i<digits->GetEntriesFast(); i++){
-    AliPHOSDigit * digit = static_cast<AliPHOSDigit*>(digits->At(i)) ;
-    Float_t cut = IsInEmc(digit) ? fEmcMinE : fCpvMinE ;
-    if(Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()) < cut)
-      digits->RemoveAt(i) ;
+Bool_t AliPHOSClusterizerv1::CheckTimeGate(Float_t t1, Float_t amp1, Float_t t2, Float_t amp2)const{
+  //Check if two cells have reasonable time difference
+  //Note that at low amplitude time is defined up to 1 tick == 100 ns.
+  if(amp1<fTimeGateLowAmp || amp2<fTimeGateLowAmp){
+   return (TMath::Abs(t1 - t2 ) < fTimeGateLow) ;
   }
-  digits->Compress() ;
-  for (Int_t i = 0 ; i < digits->GetEntriesFast() ; i++) { 
-    AliPHOSDigit *digit = static_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ; 
-    digit->SetIndexInList(i) ;     
+  else{ //Time should be measured with good accuracy
+   return (TMath::Abs(t1 - t2 ) < fTimeGateHigh) ;
   }
 
 }
@@ -468,9 +484,8 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::IsInEmc(AliPHOSDigit * digit) const
   // Tells if (true) or not (false) the digit is in a PHOS-EMC module
  
   Bool_t rv = kFALSE ; 
-  AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 
-  Int_t nEMC = geom->GetNModules()*geom->GetNPhi()*geom->GetNZ();  
+  Int_t nEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();  
 
   if(digit->GetId() <= nEMC )   rv = kTRUE; 
 
@@ -484,9 +499,7 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::IsInCpv(AliPHOSDigit * digit) const
  
   Bool_t rv = kFALSE ; 
   
-  AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
-
-  Int_t nEMC = geom->GetNModules()*geom->GetNPhi()*geom->GetNZ();
+  Int_t nEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
 
   if(digit->GetId() > nEMC )   rv = kTRUE;
 
@@ -494,78 +507,59 @@ Bool_t AliPHOSClusterizerv1::IsInCpv(AliPHOSDigit * digit) const
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSClusterizerv1::Unload() 
-{
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
-  gime->PhosLoader()->UnloadDigits() ; 
-  gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________
 void AliPHOSClusterizerv1::WriteRecPoints()
 {
 
   // Creates new branches with given title
   // fills and writes into TreeR.
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
   Int_t index ;
   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties..
-  Int_t nEmc = emcRecPoints->GetEntriesFast();
+  Int_t nEmc = fEMCRecPoints->GetEntriesFast();
+  Float_t emcMinE= AliPHOSReconstructor::GetRecoParam()->GetEMCMinE(); //Minimal digit energy
+  TVector3 fakeVtx(0.,0.,0.) ;
   for(index = 0; index < nEmc; index++){
-    AliPHOSEmcRecPoint * rp = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( emcRecPoints->At(index) );
-    rp->Purify(fEmcMinE) ;
-    if(rp->GetMultiplicity()>0.) //If this RP is not empty
-      rp->EvalAll(fW0,digits) ;
-    else{
-      emcRecPoints->RemoveAt(index) ;
+    AliPHOSEmcRecPoint * rp =
+      static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) );
+    rp->Purify(emcMinE,fDigitsArr) ;
+    if(rp->GetMultiplicity()==0){
+      fEMCRecPoints->RemoveAt(index) ;
       delete rp ;
+      continue;
     }
+
+    // No vertex is available now, calculate corrections in PID
+    rp->EvalAll(fDigitsArr) ;
+    rp->EvalCoreEnergy(fW0,fEcoreRadius,fDigitsArr) ;
+    rp->EvalAll(fW0,fakeVtx,fDigitsArr) ;
+    rp->EvalLocal2TrackingCSTransform();
   }
-  emcRecPoints->Compress() ;
-  emcRecPoints->Sort() ;
-  //  emcRecPoints->Expand(emcRecPoints->GetEntriesFast()) ;
-  for(index = 0; index < emcRecPoints->GetEntries(); index++){
-    dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( emcRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
+  fEMCRecPoints->Compress() ;
+  fEMCRecPoints->Sort() ; 
+  //  fEMCRecPoints->Expand(fEMCRecPoints->GetEntriesFast()) ;
+  for(index = 0; index < fEMCRecPoints->GetEntries(); index++){
+    static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
   }
   
+  //For each rec.point set the distance to the nearest bad crystal (BVP)
+  SetDistancesToBadChannels();
+
   //Now the same for CPV
-  for(index = 0; index < cpvRecPoints->GetEntries(); index++){
-    AliPHOSCpvRecPoint * rp = dynamic_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( cpvRecPoints->At(index) );
-    rp->EvalAll(fW0CPV,digits) ;
+  for(index = 0; index < fCPVRecPoints->GetEntries(); index++){
+    AliPHOSCpvRecPoint * rp = static_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) );
+    rp->EvalAll(fDigitsArr) ;
+    rp->EvalAll(fW0CPV,fakeVtx,fDigitsArr) ;
+    rp->EvalLocal2TrackingCSTransform();
   }
-  cpvRecPoints->Sort() ;
+  fCPVRecPoints->Sort() ;
   
-  for(index = 0; index < cpvRecPoints->GetEntries(); index++)
-    dynamic_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( cpvRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
+  for(index = 0; index < fCPVRecPoints->GetEntries(); index++)
+    static_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
   
-  cpvRecPoints->Expand(cpvRecPoints->GetEntriesFast()) ;
+  fCPVRecPoints->Expand(fCPVRecPoints->GetEntriesFast()) ;
   
   if(fWrite){ //We write TreeR
-    TTree * treeR = gime->TreeR();
-    
-    Int_t bufferSize = 32000 ;    
-    Int_t splitlevel = 0 ;
-    
-    //First EMC
-    TBranch * emcBranch = treeR->Branch("PHOSEmcRP","TObjArray",&emcRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-    emcBranch->SetTitle(BranchName());
-    
-    //Now CPV branch
-    TBranch * cpvBranch = treeR->Branch("PHOSCpvRP","TObjArray",&cpvRecPoints,bufferSize,splitlevel);
-    cpvBranch->SetTitle(BranchName());
-    
-    emcBranch        ->Fill() ;
-    cpvBranch        ->Fill() ;
-    
-    gime->WriteRecPoints("OVERWRITE");
-    gime->WriteClusterizer("OVERWRITE");
+    fTreeR->Fill();
   }
 }
 
@@ -575,120 +569,101 @@ void AliPHOSClusterizerv1::MakeClusters()
   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
 
-  
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
-
-  emcRecPoints->Delete() ;
-  cpvRecPoints->Delete() ;
-  
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
+  fNumberOfCpvClusters     = 0 ;
+  fNumberOfEmcClusters     = 0 ;
 
-  //Remove digits below threshold
-  CleanDigits(digits) ;
+  //Mark all digits as unused yet
+  const Int_t maxNDigits = 3584; // There is no clusters larger than PHOS module ;)
+  Int_t nDigits=fDigitsArr->GetEntriesFast() ;
 
-
-  TClonesArray * digitsC =  static_cast<TClonesArray*>( digits->Clone() ) ;
-  
-  // Clusterization starts  
-
-  TIter nextdigit(digitsC) ; 
+  for(Int_t i=0; i<nDigits; i++){
+    fDigitsUsed[i]=0 ;
+  }
+  Int_t iFirst = 0 ; //first index of digit which potentially can be a part of cluster
+                     //e.g. first digit in this module, first CPV digit etc.
   AliPHOSDigit * digit ; 
-  Bool_t notremoved = kTRUE ;
+  TArrayI clusterdigitslist(maxNDigits) ;   
+  AliPHOSRecPoint * clu = 0 ; 
+  for(Int_t i=0; i<nDigits; i++){
+    if(fDigitsUsed[i])
+      continue ;
 
-  while ( (digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>( nextdigit()) ) ) { // scan over the list of digitsC
-    
+    digit=static_cast<AliPHOSDigit*>(fDigitsArr->At(i)) ;
 
-    AliPHOSRecPoint * clu = 0 ; 
+    clu=0 ;
 
-    TArrayI clusterdigitslist(1500) ;   
     Int_t index ;
 
-    if (( IsInEmc (digit) && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()) > fEmcClusteringThreshold  ) || 
-        ( IsInCpv (digit) && Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()) > fCpvClusteringThreshold  ) ) {
+    //is this digit so energetic that start cluster?
+    if (( IsInEmc(digit) &&  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()) > fEmcClusteringThreshold ) || 
+        ( IsInCpv(digit) &&  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()) > fCpvClusteringThreshold ) ) {
       Int_t iDigitInCluster = 0 ; 
-      
       if  ( IsInEmc(digit) ) {   
         // start a new EMC RecPoint
-        if(fNumberOfEmcClusters >= emcRecPoints->GetSize()) 
-          emcRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters+1) ;
+        if(fNumberOfEmcClusters >= fEMCRecPoints->GetSize()) 
+          fEMCRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters+1) ;
           
-        emcRecPoints->AddAt(new  AliPHOSEmcRecPoint(""), fNumberOfEmcClusters) ;
-        clu = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( emcRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ; 
-          fNumberOfEmcClusters++ ; 
-        clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId())) ; 
-        clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList() ;        
-        iDigitInCluster++ ; 
-        digitsC->Remove(digit) ; 
-
+        fEMCRecPoints->AddAt(new  AliPHOSEmcRecPoint(""), fNumberOfEmcClusters) ;
+        clu = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ; 
+       fNumberOfEmcClusters++ ; 
+       clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()),CalibrateT(digit->GetTime(),digit->GetId(),digit->IsLG())) ;
+        clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList() ;
+        iDigitInCluster++ ;
+        fDigitsUsed[i]=kTRUE ; 
       } else { 
-        
         // start a new CPV cluster
-        if(fNumberOfCpvClusters >= cpvRecPoints->GetSize()) 
-          cpvRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters+1);
+        if(fNumberOfCpvClusters >= fCPVRecPoints->GetSize()) 
+          fCPVRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters+1);
 
-        cpvRecPoints->AddAt(new AliPHOSCpvRecPoint(""), fNumberOfCpvClusters) ;
-
-        clu =  dynamic_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( cpvRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;  
+        fCPVRecPoints->AddAt(new AliPHOSCpvRecPoint(""), fNumberOfCpvClusters) ;
+        clu =  static_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;  
         fNumberOfCpvClusters++ ; 
-        clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()) ) ;        
+        clu->AddDigit(*digit,  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()),0.) ; // no timing information in CPV
         clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList()  ;        
         iDigitInCluster++ ; 
-        digitsC->Remove(digit) ; 
-        nextdigit.Reset() ;
-        
-        // Here we remove remaining EMC digits, which cannot make a cluster
-        
-        if( notremoved ) { 
-          while( ( digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>( nextdigit() ) ) ) {
-            if( IsInEmc(digit) ) 
-              digitsC->Remove(digit) ;
-            else 
-              break ;
-          }
-          notremoved = kFALSE ;
-        }
-        
+        fDigitsUsed[i]=kTRUE ;
       } // else        
-      
-      nextdigit.Reset() ;
-      
+
+      //Now scan remaining digits in list to find neigbours of our seed
       AliPHOSDigit * digitN ; 
       index = 0 ;
       while (index < iDigitInCluster){ // scan over digits already in cluster 
-        digit =  dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(clusterdigitslist[index]) )  ;      
+        digit =  static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(clusterdigitslist[index]) )  ;      
         index++ ; 
-        while ( (digitN = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>( nextdigit() ) ) ) { // scan over the reduced list of digits 
+        for(Int_t j=iFirst; j<nDigits; j++){
+         if (iDigitInCluster >= maxNDigits) {
+           AliError(Form("The number of digits in cluster is more than %d, skip the rest of event",
+                         maxNDigits));
+           return;
+         }
+          if(fDigitsUsed[j]) 
+            continue ;        //look through remaining digits
+          digitN = static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(j) ) ;
           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
           switch (ineb ) {
+          case -1:   //too early (e.g. previous module), do not look before j at subsequent passes
+            iFirst=j ;
+            break ;
           case 0 :   // not a neighbour
             break ;
           case 1 :   // are neighbours 
-            clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), digitN->GetId() ) ) ;
-            clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
+           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetEnergy(),digitN->GetId()),CalibrateT(digitN->GetTime(),digitN->GetId(),digit->IsLG())) ;
+            clusterdigitslist[iDigitInCluster] = j ; 
             iDigitInCluster++ ; 
-            digitsC->Remove(digitN) ;
+            fDigitsUsed[j]=kTRUE ;
             break ;
           case 2 :   // too far from each other
-            goto endofloop;   
+            goto endOfLoop;   
           } // switch
           
-        } // while digitN
+        }
         
-      endofloop: ;
-        nextdigit.Reset() ; 
+        endOfLoop: ; //scanned all possible neighbours for this digit
         
       } // loop over cluster     
-
     } // energy theshold  
-
-    
-  } // while digit
-
-  delete digitsC ;
+  }
 
 }
 
@@ -698,36 +673,29 @@ void AliPHOSClusterizerv1::MakeUnfolding()
   // Unfolds clusters using the shape of an ElectroMagnetic shower
   // Performs unfolding of all EMC/CPV clusters
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-
-  const AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ;
-
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  
   // Unfold first EMC clusters 
   if(fNumberOfEmcClusters > 0){
 
-    Int_t nModulesToUnfold = geom->GetNModules() ; 
+    Int_t nModulesToUnfold = fGeom->GetNModules() ; 
 
     Int_t numberofNotUnfolded = fNumberOfEmcClusters ; 
     Int_t index ;   
     for(index = 0 ; index < numberofNotUnfolded ; index++){
       
-      AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( emcRecPoints->At(index) ) ;
+      AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) ) ;
       if(emcRecPoint->GetPHOSMod()> nModulesToUnfold)
         break ;
       
       Int_t nMultipl = emcRecPoint->GetMultiplicity() ; 
       AliPHOSDigit ** maxAt = new AliPHOSDigit*[nMultipl] ;
       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
-      Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fEmcLocMaxCut,digits) ;
+      Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fEmcLocMaxCut,fDigitsArr) ;
       
       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0       
         UnfoldCluster(emcRecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
-        emcRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
-        emcRecPoints->Compress() ;
+
+        fEMCRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
+        fEMCRecPoints->Compress() ;
         index-- ;
         fNumberOfEmcClusters -- ;
         numberofNotUnfolded-- ;
@@ -746,28 +714,28 @@ void AliPHOSClusterizerv1::MakeUnfolding()
   // Unfold now CPV clusters
   if(fNumberOfCpvClusters > 0){
     
-    Int_t nModulesToUnfold = geom->GetNModules() ;
+    Int_t nModulesToUnfold = fGeom->GetNModules() ;
 
     Int_t numberofCpvNotUnfolded = fNumberOfCpvClusters ;     
     Int_t index ;   
     for(index = 0 ; index < numberofCpvNotUnfolded ; index++){
       
-      AliPHOSRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliPHOSRecPoint *>( cpvRecPoints->At(index) ) ;
+      AliPHOSRecPoint * recPoint = static_cast<AliPHOSRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) ) ;
 
       if(recPoint->GetPHOSMod()> nModulesToUnfold)
         break ;
       
-      AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>(recPoint) ; 
+      AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>(recPoint) ; 
       
       Int_t nMultipl = emcRecPoint->GetMultiplicity() ; 
       AliPHOSDigit ** maxAt = new AliPHOSDigit*[nMultipl] ;
       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
-      Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fCpvLocMaxCut,digits) ;
+      Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fCpvLocMaxCut,fDigitsArr) ;
       
       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0       
         UnfoldCluster(emcRecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
-        cpvRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
-        cpvRecPoints->Compress() ;
+        fCPVRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
+        fCPVRecPoints->Compress() ;
         index-- ;
         numberofCpvNotUnfolded-- ;
         fNumberOfCpvClusters-- ;
@@ -782,13 +750,16 @@ void AliPHOSClusterizerv1::MakeUnfolding()
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Double_t  AliPHOSClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
+Double_t  AliPHOSClusterizerv1::ShowerShape(Double_t x, Double_t z)
 { 
   // Shape of the shower (see PHOS TDR)
   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
 
-  Double_t r4    = r*r*r*r ;
-  Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
+  //for the moment we neglect dependence on the incident angle.  
+
+  Double_t r2    = x*x + z*z ;
+  Double_t r4    = r2*r2 ;
+  Double_t r295  = TMath::Power(r2, 2.95/2.) ;
   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
   return shape ;
 }
@@ -801,18 +772,11 @@ void  AliPHOSClusterizerv1::UnfoldCluster(AliPHOSEmcRecPoint * iniEmc,
 { 
   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-
-  const AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ;
-
-  const TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
-
   Int_t nPar = 3 * nMax ;
   Float_t * fitparameters = new Float_t[nPar] ;
 
   Bool_t rv = FindFit(iniEmc, maxAt, maxAtEnergy, nPar, fitparameters) ;
+
   if( !rv ) {
     // Fit failed, return and remove cluster
     iniEmc->SetNExMax(-1) ;
@@ -826,18 +790,20 @@ void  AliPHOSClusterizerv1::UnfoldCluster(AliPHOSEmcRecPoint * iniEmc,
 
   Int_t nDigits = iniEmc->GetMultiplicity() ;  
   Float_t * efit = new Float_t[nDigits] ;
-  Float_t xDigit=0.,zDigit=0.,distance=0. ;
+  Float_t xDigit=0.,zDigit=0. ;
   Float_t xpar=0.,zpar=0.,epar=0.  ;
   Int_t relid[4] ;
   AliPHOSDigit * digit = 0 ;
   Int_t * emcDigits = iniEmc->GetDigitsList() ;
 
+  TVector3 vIncid ;
+
   Int_t iparam ;
   Int_t iDigit ;
   for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
-    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(emcDigits[iDigit] ) ) ;   
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
+    digit = static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(emcDigits[iDigit] ) ) ;   
+    fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
+    fGeom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
     efit[iDigit] = 0;
 
     iparam = 0 ;    
@@ -846,13 +812,12 @@ void  AliPHOSClusterizerv1::UnfoldCluster(AliPHOSEmcRecPoint * iniEmc,
       zpar = fitparameters[iparam+1] ;
       epar = fitparameters[iparam+2] ;
       iparam += 3 ;
-      distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-      distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-      efit[iDigit] += epar * ShowerShape(distance) ;
+//      fGeom->GetIncidentVector(fVtx,relid[0],xpar,zpar,vIncid) ;
+//      efit[iDigit] += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vIncid) ;
+      efit[iDigit] += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
     }
   }
   
-
   // Now create new RecPoints and fill energy lists with efit corrected to fluctuations
   // so that energy deposited in each cell is distributed betwin new clusters proportionally
   // to its contribution to efit
@@ -866,38 +831,38 @@ void  AliPHOSClusterizerv1::UnfoldCluster(AliPHOSEmcRecPoint * iniEmc,
     zpar = fitparameters[iparam+1] ;
     epar = fitparameters[iparam+2] ;
     iparam += 3 ;    
-    
+//    fGeom->GetIncidentVector(fVtx,iniEmc->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vIncid) ;
+
     AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = 0 ;  
 
-    if(iniEmc->IsEmc()){ //create new entries in fEmcRecPoints...
+    if(iniEmc->IsEmc()){ //create new entries in fEMCRecPoints...
       
-      if(fNumberOfEmcClusters >= emcRecPoints->GetSize())
-        emcRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters) ;
+      if(fNumberOfEmcClusters >= fEMCRecPoints->GetSize())
+        fEMCRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters) ;
       
-      (*emcRecPoints)[fNumberOfEmcClusters] = new AliPHOSEmcRecPoint("") ;
-      emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( emcRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ;
+      (*fEMCRecPoints)[fNumberOfEmcClusters] = new AliPHOSEmcRecPoint("") ;
+      emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ;
       fNumberOfEmcClusters++ ;
       emcRP->SetNExMax((Int_t)nPar/3) ;
     }
-    else{//create new entries in fCpvRecPoints
-      if(fNumberOfCpvClusters >= cpvRecPoints->GetSize())
-        cpvRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters) ;
+    else{//create new entries in fCPVRecPoints
+      if(fNumberOfCpvClusters >= fCPVRecPoints->GetSize())
+        fCPVRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters) ;
       
-      (*cpvRecPoints)[fNumberOfCpvClusters] = new AliPHOSCpvRecPoint("") ;
-      emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( cpvRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;
+      (*fCPVRecPoints)[fNumberOfCpvClusters] = new AliPHOSCpvRecPoint("") ;
+      emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;
       fNumberOfCpvClusters++ ;
     }
     
     Float_t eDigit ;
     for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
-      digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At( emcDigits[iDigit] ) ) ; 
-      geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-      geom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
-      distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-      distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-      ratio = epar * ShowerShape(distance) / efit[iDigit] ; 
+      digit = static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At( emcDigits[iDigit] ) ) ; 
+      fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
+      fGeom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
+//      ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vIncid) / efit[iDigit] ; 
+      ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) / efit[iDigit] ; 
       eDigit = emcEnergies[iDigit] * ratio ;
-      emcRP->AddDigit( *digit, eDigit ) ;
+      emcRP->AddDigit( *digit, eDigit,CalibrateT(digit->GetTime(),digit->GetId(),digit->IsLG()) ) ;
     }        
   }
  
@@ -912,14 +877,17 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
 
-  TList * toMinuit = dynamic_cast<TList*>( gMinuit->GetObjectFit() ) ;
-
-  AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
-  TClonesArray * digits = dynamic_cast<TClonesArray*>( toMinuit->At(1) )  ;
+  TList * toMinuit = static_cast<TList*>( gMinuit->GetObjectFit() ) ;
 
+  AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
+  TClonesArray * digits = static_cast<TClonesArray*>( toMinuit->At(1) )  ;
+  // A bit buggy way to get an access to the geometry
+  // To be revised!
+  AliPHOSGeometry *geom = static_cast<AliPHOSGeometry *>(toMinuit->At(2));
 
+//  TVector3 * vtx = static_cast<TVector3*>(toMinuit->At(3)) ;  //Vertex position
   
-  //  AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( gMinuit->GetObjectFit() ) ; // EmcRecPoint to fit
+  //  AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( gMinuit->GetObjectFit() ) ; // EmcRecPoint to fit
 
   Int_t * emcDigits     = emcRP->GetDigitsList() ;
 
@@ -927,7 +895,7 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
 
   Float_t * emcEnergies = emcRP->GetEnergiesList() ;
   
-  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
+//  TVector3 vInc ;
   fret = 0. ;     
   Int_t iparam ;
 
@@ -942,7 +910,7 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
 
   for( iDigit = 0 ; iDigit < nOdigits ; iDigit++) {
 
-    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At( emcDigits[iDigit] ) ); 
+    digit = static_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At( emcDigits[iDigit] ) ); 
 
     Int_t relid[4] ;
     Float_t xDigit ;
@@ -956,12 +924,13 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
        Int_t iParam = 0 ;
        efit = 0 ;
        while(iParam < nPar ){
-         Double_t distance = (xDigit - x[iParam]) * (xDigit - x[iParam]) ;
+         Double_t dx = (xDigit - x[iParam]) ;
          iParam++ ; 
-         distance += (zDigit - x[iParam]) * (zDigit - x[iParam]) ; 
-         distance = TMath::Sqrt( distance ) ; 
+         Double_t dz = (zDigit - x[iParam]) ; 
          iParam++ ;          
-         efit += x[iParam] * ShowerShape(distance) ;
+//         fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),x[iParam-2],x[iParam-1],vInc) ;
+//         efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz,vInc) ;
+         efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz) ;
          iParam++ ;
        }
        Double_t sum = 2. * (efit - emcEnergies[iDigit]) / emcEnergies[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E) 
@@ -970,8 +939,11 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
          Double_t xpar = x[iParam] ;
          Double_t zpar = x[iParam+1] ;
          Double_t epar = x[iParam+2] ;
+//         fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vInc) ;
          Double_t dr = TMath::Sqrt( (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar) );
-         Double_t shape = sum * ShowerShape(dr) ;
+//         Double_t shape = sum * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vInc) ;
+         Double_t shape = sum * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
+//DP: No incident angle dependence in gradient yet!!!!!!
          Double_t r4 = dr*dr*dr*dr ;
          Double_t r295 = TMath::Power(dr,2.95) ;
          Double_t deriv =-4. * dr*dr * ( 2.32 / ( (2.32 + 0.26 * r4) * (2.32 + 0.26 * r4) ) +
@@ -993,9 +965,9 @@ void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Dou
        Double_t zpar = x[iparam+1] ;
        Double_t epar = x[iparam+2] ;
        iparam += 3 ;
-       Double_t distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-       distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-       efit += epar * ShowerShape(distance) ;
+//       fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vInc) ;
+//       efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vInc) ;
+       efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
      }
 
      fret += (efit-emcEnergies[iDigit])*(efit-emcEnergies[iDigit])/emcEnergies[iDigit] ; 
@@ -1034,7 +1006,7 @@ void AliPHOSClusterizerv1::Print(const Option_t *)const
   else 
     message = " AliPHOSClusterizerv1 not initialized " ;
   
-  AliInfo(Form("%s, %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s", message.Data(),  
+  AliInfo(Form("%s, %s %s %s %s %f %f %f %f %f %f", message.Data(),  
        taskName.Data(), 
        GetTitle(),
        taskName.Data(), 
@@ -1046,33 +1018,21 @@ void AliPHOSClusterizerv1::Print(const Option_t *)const
        fCpvLocMaxCut, 
        fW0CPV )) ; 
 }
-
-
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
 {
   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliPHOSClusterizer
 
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance();
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
-
-  AliInfo(Form("\nevent %d \n    Found %d EMC RecPoints and %d CPV RecPoints", 
-              gAlice->GetEvNumber(),
-              emcRecPoints->GetEntriesFast(),
-              cpvRecPoints->GetEntriesFast() ))  ;
+  AliInfo(Form("\nFound %d EMC RecPoints and %d CPV RecPoints", 
+              fEMCRecPoints->GetEntriesFast(),
+              fCPVRecPoints->GetEntriesFast() ))  ;
  
-  fRecPointsInRun +=  emcRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  fRecPointsInRun +=  cpvRecPoints->GetEntriesFast() ; 
-  
-  
   if(strstr(option,"all")) {
     printf("\n EMC clusters \n") ;
     printf("Index    Ene(MeV) Multi Module     X    Y   Z    Lambdas_1  Lambda_2  # of prim  Primaries list\n") ;      
     Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < emcRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliPHOSEmcRecPoint * rp = (AliPHOSEmcRecPoint * )emcRecPoints->At(index) ; 
+    for (index = 0 ; index < fEMCRecPoints->GetEntries() ; index++) {
+      AliPHOSEmcRecPoint * rp = (AliPHOSEmcRecPoint * )fEMCRecPoints->At(index) ; 
       TVector3  locpos;  
       rp->GetLocalPosition(locpos);
       Float_t lambda[2]; 
@@ -1093,8 +1053,8 @@ void AliPHOSClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
     //Now plot CPV recPoints
     printf("\n CPV clusters \n") ;
     printf("Index    Ene(MeV) Module     X     Y    Z  \n") ;      
-    for (index = 0 ; index < cpvRecPoints->GetEntries() ; index++) {
-      AliPHOSCpvRecPoint * rp = (AliPHOSCpvRecPoint * )cpvRecPoints->At(index) ; 
+    for (index = 0 ; index < fCPVRecPoints->GetEntries() ; index++) {
+      AliPHOSCpvRecPoint * rp = (AliPHOSCpvRecPoint * )fCPVRecPoints->At(index) ; 
       
       TVector3  locpos;  
       rp->GetLocalPosition(locpos);
@@ -1106,3 +1066,99 @@ void AliPHOSClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
   }
 }
 
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSClusterizerv1::SetDistancesToBadChannels()
+{
+  //For each EMC rec. point set the distance to the nearest bad crystal.
+  //Author: Boris Polichtchouk 
+
+  if(!fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()) return;
+
+  Int_t badIds[8000];
+  memset(badIds,0,8000*sizeof(Int_t));
+  fgCalibData->EmcBadChannelIds(badIds);
+
+  AliPHOSEmcRecPoint* rp;
+
+  TMatrixF gmat;
+  TVector3 gposRecPoint; // global (in ALICE frame) position of rec. point
+  TVector3 gposBadChannel; // global position of bad crystal
+  TVector3 dR;
+
+  Float_t dist,minDist;
+  Int_t relid[4]={0,0,0,0} ;
+  TVector3 lpos ;
+  for(Int_t iRP=0; iRP<fEMCRecPoints->GetEntries(); iRP++){
+    rp = (AliPHOSEmcRecPoint*)fEMCRecPoints->At(iRP);
+    //evaluate distance to border
+    relid[0]=rp->GetPHOSMod() ;
+    relid[2]=1 ;
+    relid[3]=1 ;
+    Float_t xcorner,zcorner;
+    fGeom->RelPosInModule(relid,xcorner,zcorner) ; //coordinate of the corner cell
+    rp->GetLocalPosition(lpos) ;
+    minDist = 2.2+TMath::Min(-xcorner-TMath::Abs(lpos.X()),-zcorner-TMath::Abs(lpos.Z())); //2.2 - crystal size
+    for(Int_t iBad=0; iBad<fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels(); iBad++) {
+      fGeom->AbsToRelNumbering(badIds[iBad],relid)  ;
+      if(relid[0]!=rp->GetPHOSMod()) //We can not evaluate global position directly since 
+        continue ;                   //bad channels can be in the module which does not exist in simulations.
+      rp->GetGlobalPosition(gposRecPoint,gmat);
+      fGeom->RelPosInAlice(badIds[iBad],gposBadChannel);
+      AliDebug(2,Form("BC position:[%.3f,%.3f,%.3f], RP position:[%.3f,%.3f,%.3f]. E=%.3f\n",
+                     gposBadChannel.X(),gposBadChannel.Y(),gposBadChannel.Z(),
+                     gposRecPoint.X(),gposRecPoint.Y(),gposRecPoint.Z(),rp->GetEnergy()));
+      dR = gposBadChannel-gposRecPoint;
+      dist = dR.Mag();
+      if(dist<minDist) minDist = dist;
+    }
+
+    rp->SetDistanceToBadCrystal(minDist); 
+  }
+
+}
+//==================================================================================
+Float_t AliPHOSClusterizerv1::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId) const{
+  // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
+
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  //Determine rel.position of the cell absolute ID
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
+  if(relId[1]){ //CPV
+    Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
+    return amp*calibration ;
+  }   
+  else{ //EMC
+    Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
+    return amp*calibration ;
+  }
+}
+//==================================================================================
+Float_t AliPHOSClusterizerv1::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId,Bool_t isLG)const{
+  // Calibrate time in EMC digit
+
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  //Determine rel.position of the cell absolute ID
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
+  if(relId[1]){ //CPV
+    return 0. ;
+  }
+  else{ //EMC
+    if(isLG)
+      time += fgCalibData->GetLGTimeShiftEmc(module,column,row);
+    else
+      time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
+    return time ;
+  }
+}
+